diff --git a/.obsidian/plugins/tag-word-cloud/data.json b/.obsidian/plugins/tag-word-cloud/data.json index 011fd4b..e69de29 100644 --- a/.obsidian/plugins/tag-word-cloud/data.json +++ b/.obsidian/plugins/tag-word-cloud/data.json @@ -1,144921 +0,0 @@ -{ - "stopwords": "unread", - "filecache": { - "README.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "obsidian安装和使用说明": 1, - "date": 1, - "obsidianvaulttemplateforresearcher": 1, - "写在前面": 1, - "从接触到使用": 1, - "obsidian": 2, - "已经有一段时间了，感觉这个工具用好了应该对搞科研有较大帮助。软件界面如下：": 1, - "obsidian界面概览": 1, - "年月日：使用了obsidian大半年之后，还是觉得很好用。但这并不是因为它的花里胡哨的「关系图谱」或者其它非常fancy的一些插件和主题效果，而是因为自己一直在写养成了习惯。目前使用频率最高的仍然是结合": 1, - "zotero": 1, - "写「文献阅读笔记」和「写日志」。在使用过程中，发现各种碎片信息需要定期整合并输出，然后分享有用的东西给别人。只有这样积累资料和笔记才不至于陷入「囤积症」的窘境。为了完善「收集（草稿）→整理（小结）→输出（发布）」的闭环，我完善了更为丰富的自定义笔记导出功能。": 1, - "下载并打开vault模板库并查看说明书": 1, - "下载安装软件：目前": 1, - "是开源免费的跨平台软件，可以直接到官网下载安装包后安装。": 1, - "下载了vault模板之后，解压到一个指定位置，可以是电脑上的硬盘，也可以是移动硬盘甚至盘，然后重命名vault。比如我把": 1, - "vault": 1, - "命名为": 1, - "working，然后放到了移动硬盘的": 1, - 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"上边的嵌入引用就可以在预览模式中显示存在于规范的实验记录中的内容。由于创建双链是obsidian最基础的功能之一，所以在输入的时候有很多补全提示，如下图所示：": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "嵌入引用别的笔记中的内容，可以尽可能地复用一些东西，减少重复性的工作，同时也可以通过这种方式建立多个笔记之间的相互链接引用关系，是一举多得。关于双链引用还有很多种玩法。但是我建议初学者仅在整理实验方法或者整理主要的实验结果上使用。": 1, - "创建和撰写protocol整理页面": 1, - "同规范的实验记录从看板创建实验记录草稿，建议你也从看板创建": 1, - "protocol整理页面。": 1, - "在protocol整理页面中，注意在": 1, - "frontmatter": 1, - "中添加": 1, - "专属标签。这样你以后就可以通过标签搜索快速找到文库中所有的整理好的实验方法。": 1, - "如上图所示，借鉴了": 1, - "git": 1, - "做版本控制的思路，其实主体内容仅包括两大部分：": 1, - "aster，也就是最新修订版本，建议使用列表完整地撰写。你可以在下次做实验直接将此部分文字复制到新实验记录中。": 1, - "istory，也就是历史版本，当实验不顺利需要对具体方法步骤做调整（在实验记录中），可以通过嵌入引用的方式指向被修改的地方，并作必要说明。": 1, - "obsidian": 2, - "不仅仅可以嵌入引用整段标题作用范围内的内容，也可以具体引用某一行的文字。": 1, - "你只需要右键单击此行，会出现一个右键菜单，你再点击`copy": 1, - "block": 1, - "embeded!somepageeifi`的内容复制到粘贴板，然后在其它页面粘贴一下，就使用了对这一行文本的嵌入引用。": 1, - "实验结果和实验方法类似，都不是一次就能搞定的。所以都可以采取这种「版本控制」方式进行整理，就不再复述了。不过作为实验结果整理页面，你同样可以加上专属标签如": 1, - "。如果实验结果涉及比较繁重的数据分析过程和方法，比如要写代码，你可以考虑使用本教程提供的代码整理模板。": 1, - "导出和分享protocol": 1, - 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"此处为基础研究课题项目为例，一般一个课题项目会以论文发表为阶段性终点。而一篇论文背后主要包括：": 1, - "实验记录：主要是实验操作，试剂耗材仪器设备使用和原始结果的记录": 1, - "结果汇总：主要是有效原始数据处理和讨论分析此类内容的整理汇总": 1, - "论文草稿：根据课题立项依据、有效实验结果进一步组织的论文草稿相关内容": 1, - "经验汇总：项目进行中结合实践经验和参考资料整理形成的protocol，包括做实验也包括数据分析处理和可视化作图": 1, - "所以可以在项目文件夹内再新建上述四个": 1, - "folder。如果是其它类型的项目，你可以根据自己的需求做好顶层设计，方便后续项目资料记录的分类整理。": 1, - "项目概览": 1, - "!asted": 5, - "image": 5, - "png": 5, - "如上图所示，本教程提供的模板库内置了": 1, - "older": 1, - "ote": 2, - "插件，你可以按住": 1, - "trl": 2, - "点击左侧的项目文件夹打开概览页面。在预览模式下可以卡片形式显示。同理，你也可以对诸如": 1, - "这类子文件夹，使用": 1, - "lick": 1, - "的方式查看概览页面。（具体参见older": 1, - "目录内容概览）": 1, - "文件夹笔记概览用到的代码如上，注意默认新建的文件夹概览页面": 1, - "notenly选项为": 1, - "true，是不会显示子目录": 1, - "folder的。然后": 1, - "style": 1, - "也还有另外一个选择为": 1, - "strip。": 1, - "注意文件夹都只是用于分类收纳的。所以我们新建的草稿，先是自动存储在中，草稿完成后按照": 1, - "frontmatter": 1, - "中": 1, - "的相对路径，被转移到指定的目录内。": 1, - "利用看板管理任务": 1, - "一个项目比如是分割成许多任务逐步完成的。对于课题项目中的任务，我建议你使用任务看板进行管理。你可以`": 1, - "trl`": 1, - "打开": 1, - "`quickdd": 1, - "面板`，点击": 1, - "。": 1, - "在": 1, - "ew": 1, - 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"库中放所有的内容。生活日记和工作日志，文献笔记和实验记录各种混淆在一起。你不可能把整个": 1, - "压缩了发送给别人。这不仅过于笨重，而且还会泄露隐私。": 1, - "不过好在，本教程中模板库将项目统一放到": 1, - "rojects": 1, - "的子目录中，在一定程度上实现了「写日志」、「读文献」和做其它课题项目的物理分隔。在此基础上，你可以打开想要导出的项目文件夹中任意一个页面，然后执行": 1, - "`quickdd": 1, - "📦导出项目`": 1, - "命令，即可导出项目的笔记和附件，还有被直接双链引用的页面到用户桌面。": 1, - "所以千万不要在草稿事务中引用你的每日日志，否则这些涉及隐私的日志文件也会被导出。": 1, - "为了方便，与项目一起被导出的还有本模板库所必需的一些文件。你可以把这个当作是一个新的": 1, - "obsidian": 2, - "vault给人使用。当然了，你可以先打开这个新的库check一下内容是否正确显示，附件文件是否遗失，以及涉及隐私的内容被错误导出等等。": 1, - "而对于项目涉及的原始数据部分，在规范的实验记录yapxwe中我们已经提到，由于数据量大，一般不作为附件存入库中，只是会插入其文件路径。所以你可以把移动硬盘移交并提示导师修改硬盘盘符为你自定义的，以支持从": 1, - "笔记到原始数据的正确跳转。": 1, - "下节预告": 1, - "到这里，obsidianvaulttemplateforresearcher": 1, - "提供的三种": 1, - "workflow": 1, - "基本介绍完毕。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 3, - "完整导出项目": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "利用python脚本一键导出所有项目相关资料。": 1, - "tags": 1, - "obsidian做课题": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "要导出一个项目所有零碎的文件不是件容易的事儿，但是在本模板库中它就是一个按键的事儿。": 1, - "`": 2, - "相信你对obsidian了解加深后，很快就会发现这种基于本地文件的数据管理方式有一个弊端，就是太碎片化了。虽然我们在笔记中各种双链引用，玩得不亦乐乎。但是当你导师要求你移交所有项目相关资料给他时，你绝对会傻眼的。": 1, - "为了方便，我们希望能够在一个": 1, - "vault": 2, - "库中放所有的内容。生活日记和工作日志，文献笔记和实验记录各种混淆在一起。你不可能把整个": 1, - "压缩了发送给别人。这不仅过于笨重，而且还会泄露隐私。": 1, - "不过好在，本教程中模板库将项目统一放到": 1, - "rojects": 1, - "的子目录中，在一定程度上实现了「写日志」、「读文献」和做其它课题项目的物理分隔。在此基础上，你可以打开想要导出的项目文件夹中任意一个页面，然后执行": 1, - "`quickdd": 1, - "📦导出项目`": 1, - "命令，即可导出项目的笔记和附件，还有被直接双链引用的页面到用户桌面。": 1, - "所以千万不要在草稿事务中引用你的每日日志，否则这些涉及隐私的日志文件也会被导出。": 1, - "为了方便，与项目一起被导出的还有本模板库所必需的一些文件。你可以把这个当作是一个新的": 1, - "obsidian": 2, - "vault给人使用。当然了，你可以先打开这个新的库check一下内容是否正确显示，附件文件是否遗失，以及涉及隐私的内容被错误导出等等。": 1, - "而对于项目涉及的原始数据部分，在规范的实验记录yapxwe中我们已经提到，由于数据量大，一般不作为附件存入库中，只是会插入其文件路径。所以你可以把移动硬盘移交并提示导师修改硬盘盘符为你自定义的，以支持从": 1, - "笔记到原始数据的正确跳转。": 1, - "下节预告": 1, - "到这里，obsidianvaulttemplateforresearcher": 1, - "提供的三种": 1, - "workflow": 1, - "基本介绍完毕。": 1 - }, - "timestamp": 1648683492000 - }, - "03-Projects/99-黑曜石玩家指南/3-obsidian做课题/撰写论文草稿.md": { - "withStopwords": { - "title": 3, - "撰写论文草稿": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "你以为的论文初稿在我这都算是终稿了。": 1, - "tags": 1, - "obsidian做课题": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "这一节内容涉及到的操作很多前面都提到过，主要是复习下「版本控制」的思路和操作。": 1, - "`": 2, - "复制粘贴完成初稿撰写": 1, - "当实验记录和有效实验结果积累到一定程度，课题的核心目标或者猜想得到验证后，便可形成一个初步的草稿。": 1, - "撰写论文草稿与撰写实验记录一样，走「看板流程」，然后归档到课题项目的子目录中。": 1, - "不过撰写论文草稿可以使用论文草稿模板，已经按照论文主题划分好了": 1, - "itle，bstract，ntroduction，esults": 1, - "and": 1, - "iscussion，onclusion": 1, - "几个部分。": 1, - "一般大家可能认为初稿起码要达到段落语句通顺，图表大体完成。": 1, - "事实上在我提供的流程中，这还远着呢！": 1, - "最原始的初稿就是实验记录和实验结果以及更前期文献调研报告的拼凑。": 1, - "所以形成第一步初稿只是一个资料整理的工作。你也不要着急换成英文写。": 1, - "在前期文献调研的时候，就可以填充": 1, - "ntroduction": 1, - "部分。": 1, - "而有效的实验结果整理好后，可以把文本内容直接复制过来。": 1, - "所以你看，前期做好了整理，到形成文章初稿主要是复制粘贴的工作。": 1, - "这个初稿可以说是非常粗糙的东西，但是包含了基本的信息，但这就已经足够了。": 1, - "另外为了跟导师沟通交流方便，你也可以另外制作幻灯片。不过幻灯片就没有那么多细节和废话了。": 1, - "初稿迭代与版本控制": 1, - "得到了我上面所述的第一版初稿，第二版初稿再往后就是要不断迭代。": 1, - "类似于整理实验方法中提到的版本控制策略，你可以使用「嵌入引用」的方式在第二版初稿中插入第一版的内容，作为": 1, - "istory。": 1, - "!整理实验方法创建和撰写protocol整理页面": 1, - "为了编辑和预览同步，你可以点击第二版草稿页面的「更多选项」，选择「上下拆分」或者「左右拆分」。再对新拆分出来的相同的panel开启预览，然后再点击原页面的「更多选项」，进一步点击「与其它面板关联」，最后选中开启预览的面板。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "这样做的好处，就是你可以一直看着之前版本的内容，在新版本中进行内容修改迭代。然后使用": 1, - "quickdd": 1, - "命令导出为": 1, - "word": 4, - "文档的时候并不会插入这些被嵌入引用的历史版本的内容。": 1, - "论文中插入参考文献": 1, - "参考阶段性文献阅读小结如何插入参考文献。注意如果是一句话引用多篇文献，citation": 1, - "key": 1, - "的双链引用直接用空格隔开即可。": 1, - "论文草稿导出为word": 1, - "参考规范的实验记录导出已完成实验记录为word文档，注意导出的": 1, - "文档中": 1, - "bibliography": 1, - "默认是": 1, - "acsnano": 1, - "的格式。作为论文草稿它其实足够用了，自带链接，可以随时查看原文链接。": 1, - "现在很多杂志还是接收": 1, - "版本的投稿，所以很多老师也习惯于用": 1, - "word。然后你希望你的老师帮你改文章的话，最好提供给他们这个": 1, - "文档。": 1, - "另外自定义导出功能还会把引用了的文献打包导出为": 1, - "refsbib": 1, - "文件，会用": 1, - "latex": 1, - "的童鞋也可以方便地使用这个子文献库文件，进行后续的论文写作排版。": 1, - "不过话说回来，写论文从来都是先把内容搞定，最后再调整格式排版。当论文内容上已经完成不再做修改的时候，我们这个初稿才算是迭代完成。": 1, - "下节预告": 1, - "一般说来，论文发完，整个课题项目的所有资料就可以进行导出存档操作了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 3, - "撰写论文草稿": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "你以为的论文初稿在我这都算是终稿了。": 1, - "tags": 1, - "obsidian做课题": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "这一节内容涉及到的操作很多前面都提到过，主要是复习下「版本控制」的思路和操作。": 1, - "`": 2, - "复制粘贴完成初稿撰写": 1, - "当实验记录和有效实验结果积累到一定程度，课题的核心目标或者猜想得到验证后，便可形成一个初步的草稿。": 1, - "撰写论文草稿与撰写实验记录一样，走「看板流程」，然后归档到课题项目的子目录中。": 1, - "不过撰写论文草稿可以使用论文草稿模板，已经按照论文主题划分好了": 1, - "itle，bstract，ntroduction，esults": 1, - "and": 1, - "iscussion，onclusion": 1, - "几个部分。": 1, - "一般大家可能认为初稿起码要达到段落语句通顺，图表大体完成。": 1, - "事实上在我提供的流程中，这还远着呢！": 1, - "最原始的初稿就是实验记录和实验结果以及更前期文献调研报告的拼凑。": 1, - "所以形成第一步初稿只是一个资料整理的工作。你也不要着急换成英文写。": 1, - "在前期文献调研的时候，就可以填充": 1, - "ntroduction": 1, - "部分。": 1, - "而有效的实验结果整理好后，可以把文本内容直接复制过来。": 1, - "所以你看，前期做好了整理，到形成文章初稿主要是复制粘贴的工作。": 1, - "这个初稿可以说是非常粗糙的东西，但是包含了基本的信息，但这就已经足够了。": 1, - "另外为了跟导师沟通交流方便，你也可以另外制作幻灯片。不过幻灯片就没有那么多细节和废话了。": 1, - "初稿迭代与版本控制": 1, - "得到了我上面所述的第一版初稿，第二版初稿再往后就是要不断迭代。": 1, - "类似于整理实验方法中提到的版本控制策略，你可以使用「嵌入引用」的方式在第二版初稿中插入第一版的内容，作为": 1, - "istory。": 1, - "!整理实验方法创建和撰写protocol整理页面": 1, - "为了编辑和预览同步，你可以点击第二版草稿页面的「更多选项」，选择「上下拆分」或者「左右拆分」。再对新拆分出来的相同的panel开启预览，然后再点击原页面的「更多选项」，进一步点击「与其它面板关联」，最后选中开启预览的面板。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "这样做的好处，就是你可以一直看着之前版本的内容，在新版本中进行内容修改迭代。然后使用": 1, - "quickdd": 1, - "命令导出为": 1, - "word": 4, - "文档的时候并不会插入这些被嵌入引用的历史版本的内容。": 1, - "论文中插入参考文献": 1, - "参考阶段性文献阅读小结如何插入参考文献。注意如果是一句话引用多篇文献，citation": 1, - "key": 1, - "的双链引用直接用空格隔开即可。": 1, - "论文草稿导出为word": 1, - "参考规范的实验记录导出已完成实验记录为word文档，注意导出的": 1, - "文档中": 1, - "bibliography": 1, - "默认是": 1, - "acsnano": 1, - "的格式。作为论文草稿它其实足够用了，自带链接，可以随时查看原文链接。": 1, - "现在很多杂志还是接收": 1, - "版本的投稿，所以很多老师也习惯于用": 1, - "word。然后你希望你的老师帮你改文章的话，最好提供给他们这个": 1, - "文档。": 1, - "另外自定义导出功能还会把引用了的文献打包导出为": 1, - "refsbib": 1, - "文件，会用": 1, - "latex": 1, - "的童鞋也可以方便地使用这个子文献库文件，进行后续的论文写作排版。": 1, - "不过话说回来，写论文从来都是先把内容搞定，最后再调整格式排版。当论文内容上已经完成不再做修改的时候，我们这个初稿才算是迭代完成。": 1, - 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"emplater": 1, - "插入本模板库中已经提供的": 1, - "试剂卡片": 1, - "模板。进一步快速填写卡片内容。": 1, - "如上图所示，我采取了": 1, - "dataview": 3, - "所能识别的": 1, - "value`": 1, - "的方式来组织卡片信息，其好处就是后面可以在": 1, - "中使用一个页面": 1, - "试剂库存管理": 2, - "直接对所有的试剂卡片做": 1, - "query。": 1, - "对于一个试剂类的卡片而言，比较重要的信息不外乎：": 1, - "名称": 1, - "存放位置": 1, - "类别": 1, - "余量": 1, - "规格": 1, - "你当然可以根据自己的情况和喜好进行增减。除了补全上述信息方便": 1, - "query之外。为了方便，建议可以从购买的网址链接直接截图贴在卡片中（附件区域）。": 1, - "此外，试剂的购买报销也是有一套流程要走，多弄几次也可以整理成一个": 1, - "protocol（参考整理实验方法）。然后这个流程中产生的一些重要的文件，比如什么表格文件，什么订单截图，发票，试剂盒说明书等等附件，你都可以直接用拖拽的方式插入到这个卡片中。它们会被自动转存到": 1, - "目录下。": 1, - "仪器设备的话，不仅要记录名称型号，可能还有使用培训的一些笔记。你可以参考试剂卡片，自行涉及仪器卡片的模板。": 1, - "试剂库存的查询管理": 1, - "请直接到": 1, - "目录中，打开页面": 1, - "并预览，便能查看": 1, - "中试剂类卡片的信息。这段": 1, - "的": 1, - "query": 2, - "代码如下：": 1, - "当你修改了卡片模板之后，可以在这段": 1, - "中修改对应的键。": 1, - "如果列表太长，你可以直接在预览模式下按快捷键，trl，输入关键词搜索，入上图所示，结果会被框选。": 1, - "总而言之，这并不是一个成熟的试剂库存管理方案，但对于个人来说其实足够用了。最重要的是这些资料就以卡片的形式存放于你的库中，你无论是写实验记录还是写论文草稿，都可以快速地引用它。如vidin": 1, - "而这个时候你也应该知道，在obsidian中被双链引用的内容，如果不是嵌入引用，按住": 1, - "trl，用鼠标悬停于引用上方是可以预览的。": 1, - "hats": 1, - "pretty": 1, - "good!": 1, - "下节预告": 1, - "一周之内，看看文献，做做实验，买买试剂，学学仪器，科研工作大体就是这样。很快就到小组会时间了，你该写一下工作总结了，这该如何是好？": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 3, - "试剂耗材仪器建卡管理": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "没想到obsidian也可以用于管理试剂库存。": 1, - "tags": 1, - "obsidian做课题": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "此节内容主要涉及": 1, - "obsidian制作卡片相关的流程，又稍有不同。": 1, - "`": 2, - "创建卡片": 1, - "!asted": 8, - "image": 8, - "png": 8, - "在obsidian界面左侧边栏中，你可以找到「创建新的": 1, - "卡片」的按键，点击后会自动在": 1, - "目录中生成卡片，并跳转到新建卡片页面。": 1, - "在编辑模式可以看到，卡片的文件名是自动按照时间戳进行编码的。然后根据卡片模板生成的": 1, - "frontmatter": 1, - "信息也非常简单：": 1, - "alias：这里你可以填写试剂耗材的简短别名，比如用": 1, - "代替二甲基亚砜。这样你后面在实验记录中如果要使用双链引用这个试剂，可以通过别称从文本补全列表中快速找到此试剂。否则通过记住这个时间戳文件名就太难为人了。": 1, - "tags：卡片标签，多个标签用空格隔开。有了标签，我们可以比较轻松地实现卡片信息地分类检索。所以你可以在这里把标签当作分类来用。比如是试剂就用试剂库存作为标签。是仪器设备类的卡片就用仪器设备做标签。": 1, - "插入试剂模板": 1, - 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"实验记录结构说明": 1, - "如上图所示，实验记录一般可以分为五个部分：": 1, - "目的和预期：为什么要做这个实验，要解决什么问题，有什么预期（假设）？": 1, - "方案设计：实验组和对照组，控制的变量是什么，观察什么指标，如何验证假设预期？": 1, - "材料仪器准备：根据实验方案和实验步骤确定，提前准备和预约。": 1, - "实验步骤：具体的实验步骤，按顺序一条一条写，或者使用表格。": 1, - "结果和分析：简单比较实验组和对照的初步原始结果，理解所控制的变量和实验观测指标的关系，检验前面的实验预期，得出有效结论。": 1, - "其中前四个部分都可以在真正做实验之前撰写完毕，然后导出为": 1, - "pdf": 1, - "并打印出来（可参考阶段性文献阅读小结导出文献阅读小结为pdf）。拿着这个去做实验，如果有什么临时变化可以标记修改。做完实验拿到数据之后再填充第五部分。": 1, - "`adtip": 2, - "在材料仪器准备方面，你完全实现对每一种材料试剂，仪器设备单独建立信息页面，然后在实验记录中直接创建双链引用即可。详细内容可参考后面章节👉试剂耗材仪器信息管理": 1, - "插入路径": 1, - "虽然obsidian可以通过拖拽的方式把任意类型的文件转存到": 1, - "ssets": 1, - "目录，并将双链引用插入到笔记中，但是我并不建议你把原始数据（通常比较庞大）直接弄到文库里，这样会变得非常": 1, - "heavy。这种情况下你可以用一个大容量硬盘，设置其盘符为不常用的": 1, - "之类的。然后通过": 1, - "`quickdd": 3, - "📂插入路径`": 1, - "的方式，然后将数据所在路径拷贝到nter": 1, - "value输入框中，创建指向实验数据所在文件夹的超链接。": 1, - "yapxwe": 1, - "注意不要在dmonition中插入图片，否则使用": 1, - "clear": 1, - "unused": 1, - "images": 1, - "将会清除此类图片": 1, - "导出已完成实验记录为word文档": 1, - "实验记录是科研项目中重要的存档资料，过去很多情况是直接在纸质实验记录本上誊写的。但显然电子实验记录比纸质记录有着太多优势：": 1, - "书写速度快，打字速度一般能到字分钟，更不用说可以复制粘贴": 1, - "容易搜索相关信息，如果要查阅过去的电子实验记录内容非常简单，而纸质记录要翻找半天": 1, - "简洁高效的排版，使用本教程书写实验记录只需专注于内容，无需在意格式排版也能得到整洁美观的打印版本": 1, - "也有人担心电子记录容易被篡改。事实上你可以将课题项目的整个": 1, - "folder": 1, - "单独使用": 1, - "git": 1, - "进行管理。每一处文本修改都会自动生成记录。": 1, - "当然现在仍然有很多老一辈的科研人并不懂也不愿意接受这些新鲜事物，所以请你务必征求导师同意后，每周定期将电子实验记录导出并打印为纸质版，装订好让导师签名并附上日期。": 1, - "obsidian": 4, - "并没有提供直接导出": 1, - "word": 3, - "文档的功能。但是在本教程提供的工作流中，pandoc": 1, - "工具可以完成该功能（详见软件下载安装pandoc": 1, - "安装与配置）。具体操作上，你只需要执行": 1, - "👑导出笔记`": 3, - "命令即可。": 1, - "执行该命令后，会将笔记导出到用户桌面的": 1, - "目录。笔记机器相关文件将存放于同文件名目录下。在此目录下生产的文件如上图所示。": 1, - "可以看到，word": 1, - "文档中的提供了实验的标题和实验记录的创建日期。但是图片都是全宽显示，可能导致页面存在大量空白，所以你可以进一步对": 1, - "文档中的图片大小进行调整（按住shift使用鼠标进行拖拽实现等比例缩放），最后双面打印出来。": 1, - "分享嵌入视频的实验记录": 1, - "在": 1, - "中撰写笔记，你可以随意地插入多种多媒体资源，比如音频、视频、动图。在": 1, - "预览页面中它们都可以正常的显示和播放。但是导出为": 1, - "文档后多半是无法正常显示的。": 1, - "可是有些时候，我们希望给导师看视频结果（且包含详细上下文描述）。为了满足这个需求，`quickdd": 1, - "命令还可以生成可断网独立访问的": 1, - "html": 3, - "文件，将多媒体文件数据嵌入到页面中。所以你可以将上一步导出实验记录产生的后缀为": 1, - "的网页文件发送给他。经过测试，手机（微信）上是可以直接打开": 1, - "的。但是千万不要嵌入过大的视频文件（建议小于）。": 1, - "使用自定义导出笔记功能的重要说明": 1, - "可以使用双链内的声明，如，实现图像显示大小的调整。由于代码开发暂不完善，自定义导出笔记功能暂时不支持对此类情况的解析。所以对于需要导出为word的笔记，请不要在obsidian中调整图片的大小。": 1, - "笔记中插入了参考文献时（参考阶段性文献阅读小结如何插入参考文献），自定义导出笔记时会生成": 1, - "bibliography": 1, - "需要联网，否则会报错导致无法实现格式转换。": 1, - "自定义的": 1, - "功能尚不完善，且涉及诸多文件和路径，还依赖于": 1, - "pandoc": 1, - "实现从markdown": 1, - "格式到": 1, - "docx": 1, - "和": 1, - "的转换。所以如果这两种格式的文件并未生成，请从": 1, - "commanddocxtxt": 1, - "或者": 1, - "commandhtmltxt": 1, - "拷贝对应的命令，在导出目录下新建": 1, - "terminal（cmd）运行查看报错信息。": 1, - "下节预告": 1, - "刚开始做实验，我们会自然地希望尽快掌握实验方法技巧。一个好的实验室一般都会流传着好用实用的protocol。这个在某种意义上是实验室真正的积累，因为篇幅有限，发表论文上的methods大多省略了太多细节。而决定成败的往往就是细节。所以下节内容将详细讨论如何形成protocol积累。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 4, - "规范的实验记录": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "撰写实验记录可以说是基本功了。": 1, - "tags": 1, - "obsidian做课题": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "本节内容主要涉及实验记录的创建，撰写和自定义导出为word文稿并打印等内容。": 1, - "`": 4, - "从看板创建实验记录草稿": 1, - "!asted": 5, - "image": 5, - "png": 5, - "在obsidian做课题的工作流程中，有些任务相对比较复杂，不是任务看板中一句话就能说清楚的。比如做某某实验，这个时候我们可以右键点击该任务卡片，选择从卡片新建笔记。": 1, - "该动作会以草稿模板自动在": 1, - "中生成以该任务名为文件名的草稿。": 1, - "请务必采取上述看板流程创建实验记录（而不是从日志的racking中直接新建任务类草稿），其它任务相关的笔记草稿都是如此。": 1, - "插入实验记录模板": 1, - "创建好的草稿你需要补充完成": 1, - "frontmatter": 1, - "的信息，具体参考obsidian撰写草稿frontmatter。然后你可以使用": 1, - "templater": 1, - "插入实验记录模板，操作方法可参考解析文章骨架插入文章骨架模板。": 1, - "实验记录结构说明": 1, - "如上图所示，实验记录一般可以分为五个部分：": 1, - "目的和预期：为什么要做这个实验，要解决什么问题，有什么预期（假设）？": 1, - "方案设计：实验组和对照组，控制的变量是什么，观察什么指标，如何验证假设预期？": 1, - "材料仪器准备：根据实验方案和实验步骤确定，提前准备和预约。": 1, - "实验步骤：具体的实验步骤，按顺序一条一条写，或者使用表格。": 1, - "结果和分析：简单比较实验组和对照的初步原始结果，理解所控制的变量和实验观测指标的关系，检验前面的实验预期，得出有效结论。": 1, - "其中前四个部分都可以在真正做实验之前撰写完毕，然后导出为": 1, - "pdf": 1, - "并打印出来（可参考阶段性文献阅读小结导出文献阅读小结为pdf）。拿着这个去做实验，如果有什么临时变化可以标记修改。做完实验拿到数据之后再填充第五部分。": 1, - "`adtip": 2, - "在材料仪器准备方面，你完全实现对每一种材料试剂，仪器设备单独建立信息页面，然后在实验记录中直接创建双链引用即可。详细内容可参考后面章节👉试剂耗材仪器信息管理": 1, - "插入路径": 1, - "虽然obsidian可以通过拖拽的方式把任意类型的文件转存到": 1, - "ssets": 1, - "目录，并将双链引用插入到笔记中，但是我并不建议你把原始数据（通常比较庞大）直接弄到文库里，这样会变得非常": 1, - "heavy。这种情况下你可以用一个大容量硬盘，设置其盘符为不常用的": 1, - "之类的。然后通过": 1, - "`quickdd": 3, - "📂插入路径`": 1, - "的方式，然后将数据所在路径拷贝到nter": 1, - "value输入框中，创建指向实验数据所在文件夹的超链接。": 1, - "yapxwe": 1, - "注意不要在dmonition中插入图片，否则使用": 1, - "clear": 1, - "unused": 1, - "images": 1, - "将会清除此类图片": 1, - "导出已完成实验记录为word文档": 1, - "实验记录是科研项目中重要的存档资料，过去很多情况是直接在纸质实验记录本上誊写的。但显然电子实验记录比纸质记录有着太多优势：": 1, - "书写速度快，打字速度一般能到字分钟，更不用说可以复制粘贴": 1, - "容易搜索相关信息，如果要查阅过去的电子实验记录内容非常简单，而纸质记录要翻找半天": 1, - "简洁高效的排版，使用本教程书写实验记录只需专注于内容，无需在意格式排版也能得到整洁美观的打印版本": 1, - "也有人担心电子记录容易被篡改。事实上你可以将课题项目的整个": 1, - "folder": 1, - "单独使用": 1, - "git": 1, - "进行管理。每一处文本修改都会自动生成记录。": 1, - "当然现在仍然有很多老一辈的科研人并不懂也不愿意接受这些新鲜事物，所以请你务必征求导师同意后，每周定期将电子实验记录导出并打印为纸质版，装订好让导师签名并附上日期。": 1, - "obsidian": 4, - "并没有提供直接导出": 1, - "word": 3, - "文档的功能。但是在本教程提供的工作流中，pandoc": 1, - "工具可以完成该功能（详见软件下载安装pandoc": 1, - "安装与配置）。具体操作上，你只需要执行": 1, - "👑导出笔记`": 3, - "命令即可。": 1, - "执行该命令后，会将笔记导出到用户桌面的": 1, - "目录。笔记机器相关文件将存放于同文件名目录下。在此目录下生产的文件如上图所示。": 1, - "可以看到，word": 1, - "文档中的提供了实验的标题和实验记录的创建日期。但是图片都是全宽显示，可能导致页面存在大量空白，所以你可以进一步对": 1, - "文档中的图片大小进行调整（按住shift使用鼠标进行拖拽实现等比例缩放），最后双面打印出来。": 1, - "分享嵌入视频的实验记录": 1, - "在": 1, - "中撰写笔记，你可以随意地插入多种多媒体资源，比如音频、视频、动图。在": 1, - "预览页面中它们都可以正常的显示和播放。但是导出为": 1, - "文档后多半是无法正常显示的。": 1, - "可是有些时候，我们希望给导师看视频结果（且包含详细上下文描述）。为了满足这个需求，`quickdd": 1, - "命令还可以生成可断网独立访问的": 1, - "html": 3, - "文件，将多媒体文件数据嵌入到页面中。所以你可以将上一步导出实验记录产生的后缀为": 1, - "的网页文件发送给他。经过测试，手机（微信）上是可以直接打开": 1, - "的。但是千万不要嵌入过大的视频文件（建议小于）。": 1, - "使用自定义导出笔记功能的重要说明": 1, - "可以使用双链内的声明，如，实现图像显示大小的调整。由于代码开发暂不完善，自定义导出笔记功能暂时不支持对此类情况的解析。所以对于需要导出为word的笔记，请不要在obsidian中调整图片的大小。": 1, - "笔记中插入了参考文献时（参考阶段性文献阅读小结如何插入参考文献），自定义导出笔记时会生成": 1, - "bibliography": 1, - "需要联网，否则会报错导致无法实现格式转换。": 1, - "自定义的": 1, - "功能尚不完善，且涉及诸多文件和路径，还依赖于": 1, - "pandoc": 1, - "实现从markdown": 1, - "格式到": 1, - "docx": 1, - "和": 1, - "的转换。所以如果这两种格式的文件并未生成，请从": 1, - "commanddocxtxt": 1, - "或者": 1, - "commandhtmltxt": 1, - "拷贝对应的命令，在导出目录下新建": 1, - "terminal（cmd）运行查看报错信息。": 1, - "下节预告": 1, - "刚开始做实验，我们会自然地希望尽快掌握实验方法技巧。一个好的实验室一般都会流传着好用实用的protocol。这个在某种意义上是实验室真正的积累，因为篇幅有限，发表论文上的methods大多省略了太多细节。而决定成败的往往就是细节。所以下节内容将详细讨论如何形成protocol积累。": 1 - }, - "timestamp": 1648712318000 - }, - "03-Projects/99-黑曜石玩家指南/3-obsidian做课题/工作小结与周汇报.md": { - "withStopwords": { - "title": 4, - "工作小结与周汇报": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "梳理和总结工作有助于提高效率。": 1, - "tags": 1, - "obsidian做课题": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 2, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "这部分内容很多前面已经提过，所以主要是增加对制作任务甘特图的说明。": 1, - "`": 3, - "在幻灯片中总结工作": 1, - "虽然文献阅读周小结我建议单独新建页面进行撰写（详见阶段性文献阅读小结），但是工作小结方面的内容还是推荐并入每周定期汇总小结中。": 1, - "由于周小结往往需要进行幻灯片展示给他人，所以可以从周小结页面通过双链再新建一个幻灯片页面来进一步汇总整理本周完成的课题相关的事务。如何制作": 1, - "obsidian": 2, - "的幻灯片其实也在第一章就介绍过了（详见在obsidian中写幻灯片）。": 1, - "从看板的归档任务创建甘特图": 1, - "你可以在周小结页面，通过": 1, - "`quickdd": 1, - "🐸任务存档`": 1, - "来一键完成本周项目任务的看板流程。": 1, - "它会根据任务看板中已经归档的内容（参考新建课题项目利用看板管理任务），生成一个甘特图，从而直观显示本周你在课题项目中的事务进展。示例如下方。": 1, - "`mermaid": 1, - "gantt": 1, - "本周项目事务甘特图": 1, - "dateormat": 1, - "mmss": 1, - "axisormat": 1, - "md": 1, - "section": 2, - "这是一个测试": 1, - "t": 3, - "d": 3, - "min": 3, - "测试": 1, - "做饭": 1, - "洗碗": 1, - "你当然可以把这段甘特图代码拷贝到工作汇报的obsidian幻灯片中，它在幻灯片中也是能够正常显示的。": 1, - "注意此命令并不会帮你删除看板中已归档的内容。因此会逐渐累积过去所有已归档的内容制作甘特图。如果你只想显示一周内的。你可以定期每周制作完甘特图之后，删除已归档卡片内容。": 1, - "归档记录并查看概览": 1, - "前面我们已经再三提醒，草稿的": 1, - "frontmatter": 1, - "部分的": 1, - "相对路径信息要填写正确。这样才可以对所有": 1, - "中的草稿使用`uickdd": 1, - "📒草稿归档`": 1, - "命令以自动归档。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "正确归档后，你可以按住": 1, - "trl，click该项目的子文件夹查看其overview（参考新建课题项目项目概览），如上图所示，你可以很直观地以卡片的方式（卡片会抓取笔记中图片和文字作为内容摘要）查看每一次的实验记录。": 1, - "下节预告": 1, - "关键性的实验结果拿到以后，一般这个课题就可以开始动手撰写论文草稿了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 4, - "工作小结与周汇报": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "梳理和总结工作有助于提高效率。": 1, - "tags": 1, - "obsidian做课题": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 2, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - 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"!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "正确归档后，你可以按住": 1, - "trl，click该项目的子文件夹查看其overview（参考新建课题项目项目概览），如上图所示，你可以很直观地以卡片的方式（卡片会抓取笔记中图片和文字作为内容摘要）查看每一次的实验记录。": 1, - "下节预告": 1, - "关键性的实验结果拿到以后，一般这个课题就可以开始动手撰写论文草稿了。": 1 - }, - "timestamp": 1648683492000 - }, - "03-Projects/99-黑曜石玩家指南/3-obsidian做课题/本章小结-祝您科研精进.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "本章小结祝您科研精进": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "教你技术不是让你内卷的。": 1, - "tags": 1, - "obsidian做课题": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "本来我是想给这章的小结起一个轻松的名字，比如「祝您文章大发」。但又觉得土里土气的，毕竟文章嘛，只是身外之物。所以我就给改了下，换成了「科研」。这科研就包罗了更多东西，比如思辨能力和学术品味的提升。": 1, - "搞研究，说实话，成果多少是可以做出来的，所以文章无论怎样也是可以发的，这是一个确定性的事情。但是要做真正创新的突破性的成果，发好的文章，多少有些运气在里边，这是一个不确定性的事情。所以我只能用「祝」这个动词，表示「祝你好运」。": 1, - "因为即便你很好地利用了": 1, - "obsidian": 2, - "这个工具，采纳了我提及的": 1, - "workflow，能否真正在学术道路上取得较大的成就，这也是无法保证的。就像坚持跑步能增加耐力，参考本教程能带给你的确定性，只是信息高效管理这种技能的进步和提升，仅此而已。": 1, - "我留意到近些年选择读研的同学越来越多。即便知乎上劝退文再多也无法阻挡这种趋势。生化环材都说是天坑但是入坑的同学同样络绎不绝。或许，很多人可能觉得没得选择吧。虽然读研没钱，但好歹还能弄个学位，如果用功一点还能学点真本事。每个人心中都有自己的小账本。": 1, - "我也留意到大家越来越感叹学术圈之内卷。学历贬值是一日快过一日，更不用说被称之为「硬通货」的发表文章成果。早几年一篇顶刊能直接给副教授的年代早已一去不复返，多少青年才俊过去是望「洋」兴叹，现在是望「家」兴叹。": 1, - "我还注意到一些诸如「图片误用」或「符合当年标准」的学术圈丑怪现象。这些情况或许可以归咎于当时的条件限制，比如没有像我提供的这类科研工作规范流程与工具链。但归根揭底还是因为知识壁垒太高，没有足够多的局外人去关注这个群体，然后正确客观地评价科学家们的工作。缺少实质意义的阳光和透明，所以同行评议慢慢演变成了圈子文化，固步自封而已。": 1, - "虽然当前情况不妙，但总的来说，我觉得对于个人而言，研究生还是值得一读的。因为研究生更像是职场，但与职场不同的是，你是可以在科学探索中犯错而不用承担特别大的代价（除了安全事故和违反学术道德之类严重的情况），相对宽松的环境会给你足够的成长空间和思考未来的空间。": 1, - "我想强调的是，即便读研到博士毕业，也不要轻易觉得自己应该或者适合继续去做学术研究。博士之后的学术研究是职业范畴，跟做其它项目是类似的。你应该认真考虑自己真正想从事的事业，那种到临终之时不会后悔的事情。而且经过了研究生阶段的训练，你也应当有这个自信——干什么都不会混得太差。": 1, - "所以我觉得还是应该将自己的体会和经验分享出去，让新加入的研究生大军，能够相对规范且高效地成长起来，哪怕以后不能成为教授学者，凭借多年的科研训练和形成的缜密思维和学术鉴赏力，也能够作为一个合格的旁观者，关注和评议科学成果，帮助学术圈在阳光下健康成长。这样形成的真正的科技繁荣的局面，于你于我，于全世界普通人都是一件幸事。": 1, - "扯远了。回到本教程来说，前期我只是疯狂描述该怎么操作工具以完成三种基础的": 1, - "workflow。这是为了降低": 1, - "的使用难度，让普通用户能够以尽可能低的学习成本去完成足够多的事情。": 1, - "但是作为笔记软件，一千个用户就有有一千种": 1, - "obsidian。用户越发熟悉使用之后（比如用上半年之后？），总归要根据自己的实际情况做出调整，这就不可避免地需要进一步了解实现各种便捷功能的插件和底层代码。": 1, - "本来我还想就此做一些说明，但其实相关插件教程网上导出可以轻松找到，而python代码对于会的同学来说也很简单，可以直接看代码而无需我做太多解释。再加上对于绝大部分普通用户，三大": 1, - "workflow": 1, - "其实是足够用的。最重要的是自己做了修改之后，就不能应用我最新的模板库升级了。": 1, - "所以本模板库教程，就到此为止了，最后再次祝您，科研精进！": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "本章小结祝您科研精进": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "教你技术不是让你内卷的。": 1, - "tags": 1, - "obsidian做课题": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "本来我是想给这章的小结起一个轻松的名字，比如「祝您文章大发」。但又觉得土里土气的，毕竟文章嘛，只是身外之物。所以我就给改了下，换成了「科研」。这科研就包罗了更多东西，比如思辨能力和学术品味的提升。": 1, - "搞研究，说实话，成果多少是可以做出来的，所以文章无论怎样也是可以发的，这是一个确定性的事情。但是要做真正创新的突破性的成果，发好的文章，多少有些运气在里边，这是一个不确定性的事情。所以我只能用「祝」这个动词，表示「祝你好运」。": 1, - "因为即便你很好地利用了": 1, - "obsidian": 2, - "这个工具，采纳了我提及的": 1, - "workflow，能否真正在学术道路上取得较大的成就，这也是无法保证的。就像坚持跑步能增加耐力，参考本教程能带给你的确定性，只是信息高效管理这种技能的进步和提升，仅此而已。": 1, - "我留意到近些年选择读研的同学越来越多。即便知乎上劝退文再多也无法阻挡这种趋势。生化环材都说是天坑但是入坑的同学同样络绎不绝。或许，很多人可能觉得没得选择吧。虽然读研没钱，但好歹还能弄个学位，如果用功一点还能学点真本事。每个人心中都有自己的小账本。": 1, - "我也留意到大家越来越感叹学术圈之内卷。学历贬值是一日快过一日，更不用说被称之为「硬通货」的发表文章成果。早几年一篇顶刊能直接给副教授的年代早已一去不复返，多少青年才俊过去是望「洋」兴叹，现在是望「家」兴叹。": 1, - "我还注意到一些诸如「图片误用」或「符合当年标准」的学术圈丑怪现象。这些情况或许可以归咎于当时的条件限制，比如没有像我提供的这类科研工作规范流程与工具链。但归根揭底还是因为知识壁垒太高，没有足够多的局外人去关注这个群体，然后正确客观地评价科学家们的工作。缺少实质意义的阳光和透明，所以同行评议慢慢演变成了圈子文化，固步自封而已。": 1, - "虽然当前情况不妙，但总的来说，我觉得对于个人而言，研究生还是值得一读的。因为研究生更像是职场，但与职场不同的是，你是可以在科学探索中犯错而不用承担特别大的代价（除了安全事故和违反学术道德之类严重的情况），相对宽松的环境会给你足够的成长空间和思考未来的空间。": 1, - "我想强调的是，即便读研到博士毕业，也不要轻易觉得自己应该或者适合继续去做学术研究。博士之后的学术研究是职业范畴，跟做其它项目是类似的。你应该认真考虑自己真正想从事的事业，那种到临终之时不会后悔的事情。而且经过了研究生阶段的训练，你也应当有这个自信——干什么都不会混得太差。": 1, - "所以我觉得还是应该将自己的体会和经验分享出去，让新加入的研究生大军，能够相对规范且高效地成长起来，哪怕以后不能成为教授学者，凭借多年的科研训练和形成的缜密思维和学术鉴赏力，也能够作为一个合格的旁观者，关注和评议科学成果，帮助学术圈在阳光下健康成长。这样形成的真正的科技繁荣的局面，于你于我，于全世界普通人都是一件幸事。": 1, - "扯远了。回到本教程来说，前期我只是疯狂描述该怎么操作工具以完成三种基础的": 1, - "workflow。这是为了降低": 1, - "的使用难度，让普通用户能够以尽可能低的学习成本去完成足够多的事情。": 1, - "但是作为笔记软件，一千个用户就有有一千种": 1, - "obsidian。用户越发熟悉使用之后（比如用上半年之后？），总归要根据自己的实际情况做出调整，这就不可避免地需要进一步了解实现各种便捷功能的插件和底层代码。": 1, - "本来我还想就此做一些说明，但其实相关插件教程网上导出可以轻松找到，而python代码对于会的同学来说也很简单，可以直接看代码而无需我做太多解释。再加上对于绝大部分普通用户，三大": 1, - "workflow": 1, - "其实是足够用的。最重要的是自己做了修改之后，就不能应用我最新的模板库升级了。": 1, - "所以本模板库教程，就到此为止了，最后再次祝您，科研精进！": 1 - }, - "timestamp": 1648540246000 - }, - "03-Projects/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/主题阅读与比较阅读.md": { - "withStopwords": { - "title": 3, - "主题阅读与比较阅读": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "这是一件需要充分发挥主观能动性的活动，简单的说就是费脑。": 1, - "tags": 1, - "obsidian读文献": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "在初步阅读了一些文献，以及完成了定期每周的文献周小结之后，你可能对若干个主题或者领域产生了进一步了解的兴趣，也积累了一下术语或者关键词。接下来就可以进入到下一个环节，进行比较系统的主题阅读和比较阅读了。": 1, - "`": 3, - "重要文献的溯源": 1, - "首先，由于论文一般对参考文献引用是非常严格的，所以你完全可以根据若干非常重要的相关的文献，实施溯源搜索，也就是根据内容去找被引文献，甚至被引的被引。": 1, - "!asted": 9, - "image": 9, - "png": 9, - "obsidian": 1, - "的双链功能为我们在自己的文库内构建文献的相互引用网络实现了可能。所以我建议你通过使用": 1, - "`quickdd": 2, - "🔎引文列表`": 2, - "命令，在文献笔记（mdnotes）": 1, - "中先插入此文所引用的文献列表。如果它引用的文献已经存在于你的": 1, - "zotero": 5, - "文库中，那么将自动转变为双链模式，如果还没有收录到你自己的文库，则保留链接。你可以通过链接跳转到原文网址进一步查看。": 1, - "`adtip": 1, - "过了一段时间之后，你可以删除文献笔记中这个": 1, - "eferences部分，重新执行": 1, - "quickdd": 1, - "命令以刷新引文列表，从而给更多已经入库的文献更新链接为双链。": 1, - "此外，由于某些看破不说破的原因，溯源很可能会封闭于某些学术团体（一直是这伙人引来引去的）。所以在溯源的同时，你要根据已有的信息，通过各种途径进行搜索，找寻相关的具有参考价值的资料。这些途径包括各种学术搜索引擎的使用，这里我就不多说了。": 1, - "zotero中建立专题分类": 1, - "为了方便主题阅读和比较阅读，建议先在": 1, - "中建立专题分类，将此专题的文献都收录到分类中。建议新找到的文献资料，都通过": 1, - "doi": 1, - "的方式添加到": 1, - "的文库中（详见当期文献速览通过doi将收藏文献入库）。一般来说，对于初级层次的主题阅读，刚开始收录篇左右的文献就差不多了，不必求全而把时间浪费在搜寻资料上。": 1, - "创建主题阅读笔记": 1, - "同创建草稿的方式（参见obsidian撰写草稿）创建主题阅读笔记。": 1, - "然后将搜索收录到专题分类中的文献条目全部选中，拷贝": 1, - "citation": 6, - "key，粘贴到主题阅读笔记中。": 1, - "注意这里相当于是引用了多篇文献。所以引用多篇文献仅仅是把双链用空格隔开即可。然后": 1, - "key": 7, - "是按照": 1, - "的首字母进行排序的。所以为了后面方便填充笔记内容，zotero中建议按照": 1, - "对文献条目进行排序。": 1, - "边读边写填充内容": 1, - "在主题阅读笔记中插入了大量的参考文献之后，接下来就是填充具体内容。我建议你按照": 1, - "逐个逐个填充。甚至把它们制作成列表都可以。": 1, - "需要注意，可能并不是每一个": 1, - "都已经创建了": 1, - "mdnotes，所以请按住": 1, - "trl，鼠标移动到双链上查看是否能够预览。如果预览为空白，则需要在": 1, - "中对此条目新建一个": 1, - "mdnotes": 1, - "文献笔记（详见当期文献速览创建文献笔记）。如果预览不为空，千万不要再重复创建": 1, - "mdnotes，否则之前填写的一些内容（如文章骨架）会丢失。": 1, - "所以按照这样的操作，一个主题阅读笔记，本质上就对应了": 1, - "中的分类。": 1, - "比较文献关键内容": 1, - "在比较阅读中，最直观的莫过于使用表格了。所以在主题阅读进行到一定阶段，你需要确定这个主题内的文献包含一些常见的重要的实验、方法或者其它指标，以此建立": 1, - "dataview": 4, - "vaule`，填写于": 1, - "mdnote": 1, - "文献笔记中。注意每个": 1, - "value`": 1, - "必须独占一行，而且": 1, - "之前不能有任何内容。这些都是": 1, - "插件的具体使用方法，参见ataview": 1, - "数据查询增强，这里仅提供必要操作说明而不做原理性解释。": 1, - "由于按照本教程的流程，完成初步阅读的研究性文献笔记必定包含以下键值对：": 1, - "novelty：创新性": 1, - "significance：意义": 1, - "potential：潜力": 1, - "所以这里仅提供": 1, - "对这四个": 1, - "attribute（属性）": 1, - "的": 1, - "query": 2, - "默认模板：": 1, - "如果你需要查询自定义属性，可以将自定义的": 1, - "跟上面代码中第一行的": 1, - "novelty、significance": 1, - "或者": 1, - "potential": 1, - "进行替换，然后修改对应的": 1, - "column名方便查看。另外一个需要注意修改的是显示为绿色的主题标签。这里补充强调下：在进行主题阅读时，请务必在文献笔记中的frontmatter": 1, - "中添加主题标签。": 1, - "你可以通过": 1, - "emplater": 1, - "插入": 1, - "主题文献比较查询表": 1, - "插入该": 1, - "template，插入方法参考解析文章骨架插入文章骨架模板。": 1, - "导出调研报告": 1, - "理论上做得好的话，主题阅读的笔记，再稍加修改润色，已经基本可以成为一份调研报告了，你同样可以导出为": 1, - "pdf": 1, - "发送给导师瞅瞅。导出方法参考阶段性文献阅读小结导出文献阅读小结为pdf": 1, - "。但是你会发现导出后插入的参考文献是没有引文列表的，所以你可以再针对此草稿页面使用": 1, - "命令，它会生成基本符合要求的": 1, - "ibliography。导出pdf后效果如下图所示：": 1, - "注意标题已经自动创建了指向网页的超链接，可以在pdf直接打开网页。": 1, - "下节预告": 1, - "文献阅读积累不是一日之功，所以贵在坚持。而当你的文献库愈发庞大，读得文献也更多的时候，常常会发现有些作者总是眼熟。没错，他们可能就是这个领域中的佼佼者。所以有必要进行follow。": 1 - 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"zotero中建立专题分类": 1, - "为了方便主题阅读和比较阅读，建议先在": 1, - "中建立专题分类，将此专题的文献都收录到分类中。建议新找到的文献资料，都通过": 1, - "doi": 1, - "的方式添加到": 1, - "的文库中（详见当期文献速览通过doi将收藏文献入库）。一般来说，对于初级层次的主题阅读，刚开始收录篇左右的文献就差不多了，不必求全而把时间浪费在搜寻资料上。": 1, - "创建主题阅读笔记": 1, - "同创建草稿的方式（参见obsidian撰写草稿）创建主题阅读笔记。": 1, - "然后将搜索收录到专题分类中的文献条目全部选中，拷贝": 1, - "citation": 6, - "key，粘贴到主题阅读笔记中。": 1, - "注意这里相当于是引用了多篇文献。所以引用多篇文献仅仅是把双链用空格隔开即可。然后": 1, - "key": 7, - "是按照": 1, - "的首字母进行排序的。所以为了后面方便填充笔记内容，zotero中建议按照": 1, - "对文献条目进行排序。": 1, - "边读边写填充内容": 1, - "在主题阅读笔记中插入了大量的参考文献之后，接下来就是填充具体内容。我建议你按照": 1, - "逐个逐个填充。甚至把它们制作成列表都可以。": 1, - "需要注意，可能并不是每一个": 1, - "都已经创建了": 1, - "mdnotes，所以请按住": 1, - "trl，鼠标移动到双链上查看是否能够预览。如果预览为空白，则需要在": 1, - "中对此条目新建一个": 1, - "mdnotes": 1, - "文献笔记（详见当期文献速览创建文献笔记）。如果预览不为空，千万不要再重复创建": 1, - "mdnotes，否则之前填写的一些内容（如文章骨架）会丢失。": 1, - "所以按照这样的操作，一个主题阅读笔记，本质上就对应了": 1, - "中的分类。": 1, - "比较文献关键内容": 1, - "在比较阅读中，最直观的莫过于使用表格了。所以在主题阅读进行到一定阶段，你需要确定这个主题内的文献包含一些常见的重要的实验、方法或者其它指标，以此建立": 1, - "dataview": 4, - "vaule`，填写于": 1, - "mdnote": 1, - "文献笔记中。注意每个": 1, - 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"之后直接跳到这个部分仔细阅读。": 1, - "修改文献阅读笔记类型": 1, - "虽然流程大体相似，但在": 1, - "obsidian": 1, - "的笔记撰写操作上略有不同。": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "由于创建文献笔记时默认的": 1, - "ptype": 1, - "是": 1, - "article（如上图所示），所以对于综述类，你需要手动修改": 1, - "frontmatter": 2, - "中此项值为": 1, - "review。完善": 1, - "信息有助于你后续的文献管理和信息聚合。": 1, - "制作思维导图": 1, - "研究论文通常都是": 1, - "「narrow": 1, - "down」的逻辑结构：先说一个大的研究领域，然后圈出其中一部分指出问题，逐步聚焦到一个非常具体的小问题上。而综述可能刚好相反：就一个比较大的概念，不断延伸扩充各个子领域的研究进展。": 1, - "!rawing": 1, - "excalidraw": 1, - "上方是使用": 1, - "xcalidraw": 1, - "插件制作的手绘插图": 1, - "所以在解析综述的骨架上，你完全可以采取你熟悉的工具去绘制美观的思维导图再截图贴过来。但这里我推荐obsidian直接做思维导图，以保持整个工作流的连贯性。": 1, - "obsidian中搞思维导图，利用了": 1, - "ind": 1, - "ap": 1, - "插件，你只需要正常写内容就可以了。": 1, - "在综述文献笔记中，你可以按，在": 1, - "quickdd": 1, - "命令面板中选择": 1, - "，根据模板创建新的页面。完成后按": 1, - "就可以看到自动解析出来的思维导图。然后直接截图贴到文献笔记即可。": 1, - "下节预告": 1, - "当介绍完如何阅读综述类文献之后，怎么读文献这个事情就差不多了。与写日志类似，这都是在生产一些知识碎片，接下来一定要定期的整理，然后有所总结。所以下一节内容对阶段性文献阅读小结作一定说明。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 3, - "重要综述如何阅读": 1, - "date": 1, - 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"完成上述目标之后，你就能在阅读清单近期已阅中看到关于这篇文献阅读的记录：": 1, - "初读印象该写什么": 1, - "我认为文献泛读的目的就是为了获取一个大概的印象。": 1, - "由于这种关于印象的描述和记录最终还是给你自己看，方便review的，所以尽量不要写自己都讨厌的套话废话。有时候只言片语只要你自己觉得日后看到还能唤醒这个印象就行。": 1, - "我个人认为首先只能是一句话概括。有时候你会发现大概就是把标题用自己的话翻译补充一下就ok。": 1, - "所以在我所提及的文献泛读的具体操作是一个递进的过程：": 1, - "读标题，标题读懂了如果能够理解，就直接写初读印象": 1, - "如果标题不是很明白，再读摘要，利用摘要中提供的信息对标题进行补充，完善初读印象": 1, - "如果读完摘要还是不懂（常见于非资深研究生），则考虑是否值得花更多时间阅读原文。由于已经入库的文档是「感兴趣」、「有点相关」、「有美感」三者必占其一的（参见当期文献速览收藏还是要有一定标准），所以阅读原文总归要读，但可以根据你当前具体事务安排罗列优先级。": 1, - "比如你正在进行的课题实验，需要你对这篇文献的方法有深入的了解，那肯定要优先安排进一步阅读原文。再比如你觉得这篇文献数据分析方法和展示方法对你有帮助，同样是尽快安排上。总之记住一句话：文献无穷无尽，你必须根据自己实际情况有所取舍地阅读。": 1, - "所以你看，在我这个流程中，完成文献泛读根本是不用下载原文的，大致看下标题摘要和插图即可。通过标签和": 1, - "对这篇文献建立一个初步的印象，然后使用": 1, - "标清楚它的进一步阅读的优先级。这样就能节约大量力气，把有限的时间分配给于你而言真正重要的文献上进行下一步更仔细地阅读。": 1, - "快捷查看标题摘要": 1, - "可以看到，自动生成地文献笔记已经有标题作者的信息。所以标题查看是没问题的。如果想进一步阅读摘要，可以按住": 1, - "trl，鼠标点击": 1, - "后面的超链接实现跳转。一般而言会跳转到出版商的在线论文页面，即便需要付费也是会提供一个摘要的。": 1, - "该如何打标签": 1, - "标签一定是在文献泛读完成后，初步印象撰写完毕后，从你的印象中高度提炼出来的一些关键词，当然一般都是很实在的词。比如研究领域，研究对象，研究方法啥的。但这个实际上想做好很难，所以还是以自己的感受为主，目的是帮助自己，快速唤起对于这篇文献的印象和记忆。": 1, - 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"同样的，在第一次阅读原文时，我们千万不要去通读全文，而是根据一个具体的目标——「解析文章骨架」，去搜读原文。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 3, - "进一步阅读原文": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "感觉更多是对": 1, - "zotero": 12, - "的介绍了。": 1, - "tags": 1, - "obsidian读文献": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 2, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "好记性不如烂笔头，不管用什么策略去阅读原文，没有什么比直接在pdf上做批注更爽快了。": 1, - "`": 2, - "下载原文并入库": 1, - "!asted": 8, - "image": 8, - "png": 8, - "你可以在": 2, - "库中，右键单击你想要查看原文的文献条目，先选择「在线查看」，然后会自动打开浏览器并跳转到文献的网页。": 1, - "下载原文的方式很多，无论是": 1, - "open": 1, - "access，抑或你单位购买了期刊，还是自己用": 1, - "「诶思西哎哈博」，总之从浏览器下载": 1, - "pdf": 10, - "时务必记得保存到桌面。": 1, - "pdf下载完成后，不用管它，再在": 1, - "中右键点击这个文献，选择": 1, - "ttach": 1, - "ew": 1, - "ile。这个时候，zotfile": 1, - "插件会自动将刚刚下载到桌面的": 1, - "重命名，然后移动到": 1, - "目录下，并在该文献条目记录下生成相对链接。": 1, - "阅读原文并批注": 1, - "版本已经内嵌了一个非常好用的": 1, - "阅览批注功能。当你附加了": 1, - "到文献条目后，双击就可以在": 1, - "中浏览原文。如上图所示，界面非常简洁，包含必要的标注工具。": 1, - "如果你无法打开": 1, - 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"complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "此节内容主要涉及使用模板，方便在文献笔记中填充格式化内容。": 1, - "`": 3, - "文章三要素": 1, - "第一次阅读原文时，应当尽快明了文章的骨架。那么什么是文章的骨架呢？": 1, - "对于一篇创新性研究论文，按照我老师的说法，其骨架就是三个要素：「novelty」，「significance」和「potential」。": 1, - "所以刚开始看一篇文章，一定要带着如下三个问题去搜寻答案，而不是通读全文：": 1, - "创新点（novelty）究竟是什么？注意论文必然有创新之处，否则无法发表。": 1, - "有什么研究意义（significance）？研究意义通常是文章工作要解决的具体的问题所带来的。": 1, - "发展和应用潜力（potential）如何？牵一发而动全身，这个工作能促进哪些领域的发展？": 1, - "值得一提的是，novelty（因为对于发表文章是必要的）所以多少比较清晰，但是": 1, - "significance": 1, - "和": 4, - "potential，很多工作就是在说一些套话或者泛泛而谈。": 1, - "所以在阅读原文时也不要过分依赖于文中怎么说，有时候也要自己结合已有知识储备主动去思考。说不定就能发现作者「丢了西瓜，捡了芝麻」。": 1, - "插入文章骨架模板": 1, - "简单介绍了「文章三要素」之后，那么对于我们这一个环节的阅读，最主要的目标就是在文献笔记中填写「文章骨架」的内容。": 1, - "你可以打开某篇文献的笔记，如果按照流程，它应当显示在你的阅读清单近期已阅的表格中了：": 1, - "!asted": 4, - "image": 4, - "png": 4, - "光标移动到笔记末尾后，可以快速插入「概括文章骨架」模板：": 1, - "具体操作如上图，在左侧边栏最上边的按钮，也就是「emplater」插件按钮，点它（或者按快捷键）。然后弹出一个对话框列表，里面有很多模板，点击「概括文章骨架」，即可在文献笔记光标所在位置插入已经做好格式的内容。": 1, - "`adtip": 1, - "这就是": 1, - "emplater": 1, - "插件的基本使用方法，后面插入任何模板都可以这样做。": 1, - "如果你还有印象的话（详见入库文献泛读），就会按照模板生成的内容中，": 1, - "novelty、significance": 3, - "potential": 3, - "后面都带有两个冒号，是给": 1, - "dataview": 1, - "插件聚合信息用的。": 1, - "填写的方式如同前面的": 1, - "`，在双冒号之后输入空格之后，再写具体的内容。": 1, - "文章骨架怎么写？": 1, - "本质上，文章骨架是对初读印象的进一步补充。前面提到，初读印象可作为文献标题的对应。所以文章骨架也可以作为文献摘要的对应。": 1, - "一篇好的文章，其实已经在摘要中把": 1, - "进行了概括性描述。": 1, - "还是那句老话，如果这篇文章属于你小领域的，那么你就会更容易理解它的这个三要素。这个时候提炼文章骨架更多实对摘要的翻译。当然，这个东西是写给自己看，巩固印象的。所以重要的事情再说一遍，不要写套话废话，照抄照搬。": 1, - "如果摘要不是看得很懂，那么你就需要进一步阅读": 1, - "introduction，里边会对文章具体要解决什么问题和瓶颈，采用了什么方法策略，得到了什么结果，具有什么意义和潜力等有更详细的说明。": 1, - "如果": 1, - "introduction": 2, - "看了还是读不懂": 1, - "是什么，我建议你可以采取以下方式（已按优先级排序）进行操作：": 1, - "根据": 1, - "中的引用文献进行溯源搜索，因为一些概念方法，会在被引用的原文中有更详细的说明。但是溯源需要时间，请结合实际情况合理操作，适可而止。": 1, - "找你的师兄师姐甚至导师询问，注意问题要具体。比如针对创新性方面的疑问，「师兄，你看这篇文献要攻克巴拉巴拉的问题，这个问题有其它的解决方案吗？这篇文章这种解决方案有啥优势劣势呢？」": 1, - "说了这么一大堆，直接上例子。基本上填写这三要素的内容，都可以在文章摘要中找到。然后一定要注意，这不是做什么题目，没有所谓的对错，就按照你自己的理解来。比如这篇文章，我就觉得它新奇的地方，是把兔子打印所需的信息存储到中制作材料，然后打印成一只兔子，然后从兔子上扣一点下来读取信息，又可以打印一只一模一样的兔子。": 1, - "当然了，这里我只是给读者解释，所以对创新点描述得啰里啰唆的。事实上在填写三要素时，请尽可能简洁明了，哪怕只是关键词就行。因为这是给你自己看的，只要你能根据这些关键词重新唤醒对于这篇文章的记忆就行。": 1, - "无论因为什么原因而阅读原文，解析文章骨架都是必要的（abstractintroduction），要不然就不读。做完了这一步之后，就是按照读者各自需求进一步阅读了。比如了解和评价更为具体的结果（读": 1, - "results），或者学习实验方法和数据处理方法（读": 1, - "methods），甚至欣赏学习作者的思辨过程（读": 1, - "discussion），其实都可以在批注中搞定（参见进一步阅读原文阅读原文并批注）。": 1, - "下节预告": 1, - "对于单篇研究性原创论文的阅读就介绍到这里。但实际上我们还会看一些综述。综述的读法跟论文又不大一样，目的更不一样，所以我们的操作也有不一样的地方。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 3, - "解析文章骨架": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "感觉更多在讲怎么读文献，obsidian的操作就是插入模板而已。": 1, - "tags": 1, - "obsidian读文献": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "此节内容主要涉及使用模板，方便在文献笔记中填充格式化内容。": 1, - "`": 3, - "文章三要素": 1, - "第一次阅读原文时，应当尽快明了文章的骨架。那么什么是文章的骨架呢？": 1, - "对于一篇创新性研究论文，按照我老师的说法，其骨架就是三个要素：「novelty」，「significance」和「potential」。": 1, - "所以刚开始看一篇文章，一定要带着如下三个问题去搜寻答案，而不是通读全文：": 1, - "创新点（novelty）究竟是什么？注意论文必然有创新之处，否则无法发表。": 1, - "有什么研究意义（significance）？研究意义通常是文章工作要解决的具体的问题所带来的。": 1, - "发展和应用潜力（potential）如何？牵一发而动全身，这个工作能促进哪些领域的发展？": 1, - "值得一提的是，novelty（因为对于发表文章是必要的）所以多少比较清晰，但是": 1, - "significance": 1, - "和": 4, - "potential，很多工作就是在说一些套话或者泛泛而谈。": 1, - "所以在阅读原文时也不要过分依赖于文中怎么说，有时候也要自己结合已有知识储备主动去思考。说不定就能发现作者「丢了西瓜，捡了芝麻」。": 1, - "插入文章骨架模板": 1, - "简单介绍了「文章三要素」之后，那么对于我们这一个环节的阅读，最主要的目标就是在文献笔记中填写「文章骨架」的内容。": 1, - "你可以打开某篇文献的笔记，如果按照流程，它应当显示在你的阅读清单近期已阅的表格中了：": 1, - "!asted": 4, - "image": 4, - "png": 4, - "光标移动到笔记末尾后，可以快速插入「概括文章骨架」模板：": 1, - "具体操作如上图，在左侧边栏最上边的按钮，也就是「emplater」插件按钮，点它（或者按快捷键）。然后弹出一个对话框列表，里面有很多模板，点击「概括文章骨架」，即可在文献笔记光标所在位置插入已经做好格式的内容。": 1, - "`adtip": 1, - "这就是": 1, - "emplater": 1, - "插件的基本使用方法，后面插入任何模板都可以这样做。": 1, - "如果你还有印象的话（详见入库文献泛读），就会按照模板生成的内容中，": 1, - "novelty、significance": 3, - "potential": 3, - "后面都带有两个冒号，是给": 1, - "dataview": 1, - "插件聚合信息用的。": 1, - "填写的方式如同前面的": 1, - "`，在双冒号之后输入空格之后，再写具体的内容。": 1, - "文章骨架怎么写？": 1, - "本质上，文章骨架是对初读印象的进一步补充。前面提到，初读印象可作为文献标题的对应。所以文章骨架也可以作为文献摘要的对应。": 1, - "一篇好的文章，其实已经在摘要中把": 1, - "进行了概括性描述。": 1, - "还是那句老话，如果这篇文章属于你小领域的，那么你就会更容易理解它的这个三要素。这个时候提炼文章骨架更多实对摘要的翻译。当然，这个东西是写给自己看，巩固印象的。所以重要的事情再说一遍，不要写套话废话，照抄照搬。": 1, - "如果摘要不是看得很懂，那么你就需要进一步阅读": 1, - "introduction，里边会对文章具体要解决什么问题和瓶颈，采用了什么方法策略，得到了什么结果，具有什么意义和潜力等有更详细的说明。": 1, - "如果": 1, - "introduction": 2, - "看了还是读不懂": 1, - "是什么，我建议你可以采取以下方式（已按优先级排序）进行操作：": 1, - "根据": 1, - "中的引用文献进行溯源搜索，因为一些概念方法，会在被引用的原文中有更详细的说明。但是溯源需要时间，请结合实际情况合理操作，适可而止。": 1, - "找你的师兄师姐甚至导师询问，注意问题要具体。比如针对创新性方面的疑问，「师兄，你看这篇文献要攻克巴拉巴拉的问题，这个问题有其它的解决方案吗？这篇文章这种解决方案有啥优势劣势呢？」": 1, - "说了这么一大堆，直接上例子。基本上填写这三要素的内容，都可以在文章摘要中找到。然后一定要注意，这不是做什么题目，没有所谓的对错，就按照你自己的理解来。比如这篇文章，我就觉得它新奇的地方，是把兔子打印所需的信息存储到中制作材料，然后打印成一只兔子，然后从兔子上扣一点下来读取信息，又可以打印一只一模一样的兔子。": 1, - "当然了，这里我只是给读者解释，所以对创新点描述得啰里啰唆的。事实上在填写三要素时，请尽可能简洁明了，哪怕只是关键词就行。因为这是给你自己看的，只要你能根据这些关键词重新唤醒对于这篇文章的记忆就行。": 1, - "无论因为什么原因而阅读原文，解析文章骨架都是必要的（abstractintroduction），要不然就不读。做完了这一步之后，就是按照读者各自需求进一步阅读了。比如了解和评价更为具体的结果（读": 1, - "results），或者学习实验方法和数据处理方法（读": 1, - "methods），甚至欣赏学习作者的思辨过程（读": 1, - "discussion），其实都可以在批注中搞定（参见进一步阅读原文阅读原文并批注）。": 1, - "下节预告": 1, - "对于单篇研究性原创论文的阅读就介绍到这里。但实际上我们还会看一些综述。综述的读法跟论文又不大一样，目的更不一样，所以我们的操作也有不一样的地方。": 1 - }, - "timestamp": 1648711508000 - }, - "03-Projects/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/阶段性文献阅读小结.md": { - "withStopwords": { - "title": 3, - "阶段性文献阅读小结": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "写文献阅读的小结其实跟日志小结的思路是一样的。": 1, - "tags": 1, - "obsidian读文献": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "按照平均每天阅读一篇文献的最低标准，基本上一周就会积累不少零碎的阅读笔记了。这个时候一定要找个时间，定期撰写阅读小结。这是最浅层次地对已完成泛读（即完成解析文章骨架）的文献进行的整理回顾和思考。": 1, - "`": 2, - "创建文献阅读周小结": 1, - "你可以从每天的日志出发，在某一条": 1, - "track，按": 1, - "trl": 2, - "打开": 1, - "quickdd": 1, - "命令面板，选择「🍭阅读小结」快速按照指定模板（见每周文献小结）创建文献阅读小结。": 1, - "文献小结大纲与说明": 1, - "文献阅读小结使用模板继承自日志周小结，所以": 1, - "frontmatter": 2, - "基本是一样的：": 1, - "!asted": 5, - "image": 5, - "png": 5, - "撰写完毕后注意对": 1, - "中的信息进行补充。": 1, - "正文部分主要又三块，首先是近期阅读文献清单，也是继承自阅读清单，但是时间段已经固化，会显示文献小结创建时间倒推一周内的已读文献。": 1, - "基于前面一目了然的已读文献列表，我建议你可以写一下阅读这些文献之后，自己对于课题，对于所处领域以及各方各面的印象还比较深刻的收获。": 1, - "最后一部分，你可以思考下自己还有什么疑问需要继续阅读什么方面的文献。也可以思考基于已读文献，可能有什么新的idea。": 1, - "如何插入参考文献": 1, - "撰写文献小结的时候，不可避免地要插入参考文献。在": 1, - "obsidian": 1, - "中，你可以使用双链指向文献的": 1, - "mdnote": 1, - "文件。一般都是": 1, - "。": 1, - "但实际操作过程中，我建议你再次进入到": 1, - "mdnotes，查看具体的文献笔记内容，并且跳转到": 1, - "zotero": 3, - "中查看原文以及内部批注（相当于复习）。如上图所示，文献笔记中`ocal": 1, - "library`后面的地址，可以按住": 1, - "后鼠标左键点击，跳转到": 1, - "中并预选中该条文献条目。": 1, - "在": 1, - "中选中要引用的条目，按，就会生成该条文献的": 1, - "并复制粘贴板中，接下来直接到小结正文中粘贴即可。": 1, - "导出文献阅读小结为pdf": 1, - "如果你导师或者实验室有要求定期提交文献阅读小结，可以直接点击该小结页面的「选项」，然后选择导出为即可。": 1, - "下节预告": 1, - "已阅而未精读的文献会随着时间推移而越来越多。但不要慌，首先从没有必须精读每一篇文献的规定和必要，其次读文献的更重要的目的是解决困惑和产生idea。所以当有一定文献积累之后，就是时候进行更高级的主题和比较阅读了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 3, - "阶段性文献阅读小结": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "写文献阅读的小结其实跟日志小结的思路是一样的。": 1, - "tags": 1, - "obsidian读文献": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "按照平均每天阅读一篇文献的最低标准，基本上一周就会积累不少零碎的阅读笔记了。这个时候一定要找个时间，定期撰写阅读小结。这是最浅层次地对已完成泛读（即完成解析文章骨架）的文献进行的整理回顾和思考。": 1, - 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"所以在本教程提及的「读文献」流程中，其实把读文献这个事情划分了三个阶段：": 1, - "入库文献泛读：也就是看看标题、摘要和插图，有个初步印象": 1, - "解析文章骨架：进一步看看标题和": 1, - "introduction，争取提炼文章骨架": 1, - "主题阅读与比较阅读：同类主题一起读，比较": 1, - "results": 1, - "和": 1, - "methods等诸多血肉": 1, - "事实上对于一个「破万卷」的专家而言，一万篇的数量只是他收入库中的总文献数量。他真正精读过的文献可能就百来篇，解析过文章骨架的可能有数千篇，剩下的大部分都只停留在一个初步印象的阶段。": 1, - "但这并不是意味着「破万卷」的说法作不得数。因为一个具体的研究领域中，真正有东西的好文章并不多。读懂读透了这些精品文章，剩下的很多文章你只需要泛读一下，也可以有很高的理解度。而从理解程度这个角度来说，「破万卷」是毫不夸张的。": 1, - "那何直接问导师或者大牛讨要这些精品文章进行研读？但我估计你得到的会是一篇重量级的综述。就像我在重要综述如何阅读中所说，即便是这样的综述，也不是需要通读所有内容的。因为时过境迁，你的研究领域和重心都会与旁人不同。": 1, - "而且根据自己实际情况而广泛阅读并加以甄选，才是真正的「授之以渔」，让你的学术判断力和学术品位得到真正的提升，从而完善自己独特的研究领域下的文献积累。": 1, - "对于国内绝大部分按部就班从大学毕业然后读研究生的同学，实际情况可能是一进实验室就被当民工使，各种学习实验操作技能，然后把实验做起来，给已经在做的课题打下手。根本没有你自己按部就班从看文献出发不断思考提炼，做自己提出的课题的机会。其实这并不要紧，时机到了自然水到渠成。所以这不能成为你不读文献，思考自己后面要研究什么的理由。": 1, - "而且「纸上得来终觉浅」，尽早动手，参与到课题当中，积累实践经验体会，更能够激发你阅读文献的动力。": 1, - "比如某个实验做不出来，做不好，折磨了你一两周，你自然对于能够提供帮你解决问题的文献趋之若鹜，都不用导师三令五申你去读文献。": 1, - "除了激发阅读动力，同时也能提供具体的限制条件帮助你筛选近期要精读的文献，因为你阅读文献就是要解决眼前的问题。我相信已经开始做实验的同学应该有所体会。": 1, - "「尽信书则不如不读书」，参考文献上说的也不一定都对，你如果不做实验，仅仅凭着作者精心编织的逻辑来判断，多多少少会被带到沟里去。另外文献终究只有几句话，你如果不做实验，没有在一线战斗的切身体会，也很难把握其中的艰辛，判断文献的难度或者重量。": 1, - "所以要成为一流高手，终究是要内外双修的。在接下来一章中，我就具体介绍如何使用": 1, - "obsidian": 1, - "做课题，实现对「实验记录」、「试剂耗材」、「数据分析」甚至「论文草稿撰写」等具体环节的信息整合管理。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "本章小结恭喜习得内功": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "花了天时间完成了第二章的内容，一共节，感觉还是有点费劲的。": 1, - "tags": 1, - "obsidian读文献": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "若将学术圈类比于武侠小说中的江湖，那么读文献这个事情就像是修习内功。与来往的学术大佬交流也不难得知，他们的文献阅读量都是破万的水平。所以课题组素有「每日一文」的提倡，这样即便资质一般，凭着日积月累的功夫也能达到「内功深厚」的地步。": 1, - "所谓「读书破万卷，下笔如有神」。论文读得多，自然见多识广，对于目前研究的边界有比较清楚的认知，比如哪些问题是重要的，哪些问题已经被解决了，哪些问题还没搞定存在瓶颈。而且你会发现，越是前沿的越是学科交叉的研究，问题越多。这问题越多，idea": 1, - "也就更多。有": 1, - "idea": 1, - "才能有课题。这个道理是如此简单，但是能坚持读文献的不多。": 1, - "一下子读一万篇文献显然是不可能的。我们只可能化整为零，每天读一点，争取十年读一万篇。": 1, - "为啥是十年呢？大家可以简单算一笔账。十年时间，五到六年硕博，再加上博后和青椒阶段，基本上你就成为了人类探索知识边界的先锋骨干，也就是真正的专家。真正的专家没能「破万卷」那只能称之为「砖家」了。": 1, - "十年大概三千六百五十天，平均每天三篇左右的阅读量，就能够实现这个目标。但如果你每一篇文献都画上一个小时去通读，一天三个小时也是非常难的事情。想想锻炼身体这个事情，每天能跑步半小时都是痴人说梦。": 1, - "所以在本教程提及的「读文献」流程中，其实把读文献这个事情划分了三个阶段：": 1, - "入库文献泛读：也就是看看标题、摘要和插图，有个初步印象": 1, - "解析文章骨架：进一步看看标题和": 1, - "introduction，争取提炼文章骨架": 1, - "主题阅读与比较阅读：同类主题一起读，比较": 1, - "results": 1, - "和": 1, - "methods等诸多血肉": 1, - "事实上对于一个「破万卷」的专家而言，一万篇的数量只是他收入库中的总文献数量。他真正精读过的文献可能就百来篇，解析过文章骨架的可能有数千篇，剩下的大部分都只停留在一个初步印象的阶段。": 1, - "但这并不是意味着「破万卷」的说法作不得数。因为一个具体的研究领域中，真正有东西的好文章并不多。读懂读透了这些精品文章，剩下的很多文章你只需要泛读一下，也可以有很高的理解度。而从理解程度这个角度来说，「破万卷」是毫不夸张的。": 1, - "那何直接问导师或者大牛讨要这些精品文章进行研读？但我估计你得到的会是一篇重量级的综述。就像我在重要综述如何阅读中所说，即便是这样的综述，也不是需要通读所有内容的。因为时过境迁，你的研究领域和重心都会与旁人不同。": 1, - "而且根据自己实际情况而广泛阅读并加以甄选，才是真正的「授之以渔」，让你的学术判断力和学术品位得到真正的提升，从而完善自己独特的研究领域下的文献积累。": 1, - "对于国内绝大部分按部就班从大学毕业然后读研究生的同学，实际情况可能是一进实验室就被当民工使，各种学习实验操作技能，然后把实验做起来，给已经在做的课题打下手。根本没有你自己按部就班从看文献出发不断思考提炼，做自己提出的课题的机会。其实这并不要紧，时机到了自然水到渠成。所以这不能成为你不读文献，思考自己后面要研究什么的理由。": 1, - "而且「纸上得来终觉浅」，尽早动手，参与到课题当中，积累实践经验体会，更能够激发你阅读文献的动力。": 1, - "比如某个实验做不出来，做不好，折磨了你一两周，你自然对于能够提供帮你解决问题的文献趋之若鹜，都不用导师三令五申你去读文献。": 1, - "除了激发阅读动力，同时也能提供具体的限制条件帮助你筛选近期要精读的文献，因为你阅读文献就是要解决眼前的问题。我相信已经开始做实验的同学应该有所体会。": 1, - "「尽信书则不如不读书」，参考文献上说的也不一定都对，你如果不做实验，仅仅凭着作者精心编织的逻辑来判断，多多少少会被带到沟里去。另外文献终究只有几句话，你如果不做实验，没有在一线战斗的切身体会，也很难把握其中的艰辛，判断文献的难度或者重量。": 1, - "所以要成为一流高手，终究是要内外双修的。在接下来一章中，我就具体介绍如何使用": 1, - "obsidian": 1, - "做课题，实现对「实验记录」、「试剂耗材」、「数据分析」甚至「论文草稿撰写」等具体环节的信息整合管理。": 1 - }, - "timestamp": 1648540246000 - }, - "03-Projects/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/跟踪领域内大牛.md": { - "withStopwords": { - "title": 3, - "跟踪领域内大牛": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "这部分内容写起来比较轻松。": 1, - "tags": 1, - "obsidian读文献": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 2, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "这一节的内容主要是展示作者排序和展示双链笔记主打的关系图谱。": 1, - "`": 2, - "作者统计排序": 1, - "!asted": 5, - "image": 5, - "png": 5, - "为了方便本教程用户轻松": 1, - "follow": 1, - "大牛，我在": 1, - "中放了一个": 1, - "uthoranking": 2, - "的页面，如上图所示，你可以在预览模式下点击": 1, - "的按钮，然后会在按钮下方基于你个人文献库的统计结果自动生成或更新作者排序列表。": 1, - "创建大牛页面": 1, - "页面切换到编辑模式，你会发现作者名其实就是双链。如果局部预览没有显示，那么你可以按住": 1, - "trl": 1, - "value`格式填写方便": 1, - "dataview": 1, - "解析）。比如大牛的照片，代表作，单位，诸如此类。": 1, - "然了，你完全可以每隔一段时间点一下按钮，对这个作者排序页面进行更新。而这种更新完全不会影响你已经创建的大牛页面的内容。": 1, - "查看大牛的相关文献": 1, - "你可以点击新建的大牛页面的选项，然后选择「打开局部关系图」，就可以看到大牛发表的被你收录的所有文献的文献笔记。如上图所示，就是一个典型的所谓双链笔记的局部关系图谱。": 1, - "注意，这个是自动生成的。因为每一个mdnote": 1, - "文献笔记，都包含了": 1, - "authors": 1, - "字段（如上图所示）。如果": 1, - "author": 1, - "的页面一旦被建立，就会生成这种网络链接。你可以点击关系图中任意一个节点，直接跳转到指向的文献笔记中。": 1, - "将大牛页面归档": 1, - "由于是从草稿创建，会默认保存至，你需要将其转移至": 1, - "目录下，可以修改": 1, - "frontmatter": 1, - "中的": 1, - "的值为": 1, - "，等到后面周小结时统一批量自动归档，具体可参考obsidian撰写草稿frontmatter": 1, - "和每周定期汇总小结zscr。": 1, - "查看全局关系图谱": 1, - "通过「创建大牛页面」和前面提到的「引文列表」（详见主题阅读与比较阅读），会基于作者和文献自身的引用关系，生成高质量的个人文库的关系图谱。现在我们可以点击obsidian左侧边栏的「全局图谱」按钮，查看一下成果了：": 1, - "存在于": 1, - "目录下的大牛页面在关系图谱中会被渲染成黄色的节点。而普通的": 1, - "mdnote": 1, - "文献笔记是浅绿色。至于主题阅读笔记（topics）则成为深绿色。此外我还设置了日志、周小结的渲染样式。通过这个关系图谱可以对整个": 1, - "vault": 1, - "文库有一个直观的了解。": 1, - "值得一提的是，这个关系图谱可以按照时间顺序生成动画，起初我就是不知道在哪里看到这种酷炫的效果被吸引而来。但是后来在实际的使用过程中，发现查看全局图谱的频率低得令人发指。所以我就不再制作这样的动图来哄骗小朋友了。": 1, - "下节预告": 1, - "文献阅读方面的介绍到此基本结束。文献阅读的目的归根结底还是要「触及知识边界」，找寻到别人还未解决的问题，提出你自己创新的方案。所以我们一开始就是为「开题」准备的。开题了，就是要做具体的课题项目了。这个就包括实验报告、物资管理等项目相关的工作流程，我会在下一章进行说明。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 3, - "跟踪领域内大牛": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "这部分内容写起来比较轻松。": 1, - "tags": 1, - "obsidian读文献": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 2, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "这一节的内容主要是展示作者排序和展示双链笔记主打的关系图谱。": 1, - "`": 2, - "作者统计排序": 1, - "!asted": 5, - "image": 5, - "png": 5, - "为了方便本教程用户轻松": 1, - "follow": 1, - "大牛，我在": 1, - "中放了一个": 1, - "uthoranking": 2, - "的页面，如上图所示，你可以在预览模式下点击": 1, - "的按钮，然后会在按钮下方基于你个人文献库的统计结果自动生成或更新作者排序列表。": 1, - "创建大牛页面": 1, - "页面切换到编辑模式，你会发现作者名其实就是双链。如果局部预览没有显示，那么你可以按住": 1, - "trl": 1, - "value`格式填写方便": 1, - "dataview": 1, - "解析）。比如大牛的照片，代表作，单位，诸如此类。": 1, - "然了，你完全可以每隔一段时间点一下按钮，对这个作者排序页面进行更新。而这种更新完全不会影响你已经创建的大牛页面的内容。": 1, - "查看大牛的相关文献": 1, - "你可以点击新建的大牛页面的选项，然后选择「打开局部关系图」，就可以看到大牛发表的被你收录的所有文献的文献笔记。如上图所示，就是一个典型的所谓双链笔记的局部关系图谱。": 1, - 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"根据这三个标准，你可以不": 1, - "miss": 1, - "对你而言有价值的工作的前提下，大幅度降低第一阶段的文献数量（没错，很多文献你没有必要去阅读，能看一眼它的标题和图已经很给面子了）。": 1, - "通过doi将收藏文献入库": 1, - "通过上述的「扫阅」方式和判断标准，基本上五秒的时间就过完一篇当期文献。收藏了之后，就可以进入到下一个环节。": 1, - "平时「扫阅」收藏的文献，包括其它途径获取的文献，比如微信公众号推送，小组成员在微信群里分享的等等文献。我都会找到": 1, - "doi": 1, - "号然后添加到": 1, - "zotero": 1, - "文献库中。我管这个操作叫做「入库」。": 1, - "如上图所示，打开zotero，": 1, - "点击界面中箭头所指图标，输入doi号之后，zotero会联网自动抓取该文献准确的条目信息，包括标题、作者、杂志、卷和页码等等。总之非常方便。": 1, - "需要注意的是，这样添加的文献条目属于「未分类条目」。如果你想把这篇文献添加到某一个你创建好的分类中，需要在添加之前选中分类文件夹。": 1, - "创建文献笔记": 1, - "「入库」后的文献，需要及时创建文献笔记。如上图所示，右键点击文献条目，选择": 1, - "dnotes，然后": 1, - "reate": 1, - "dnotes": 1, - "file。这是，zotero": 1, - "就会在你": 1, - "vault": 1, - "库的": 1, - "目录下新建一条文献笔记。你可以点击": 1, - "目录下的阅读清单查看未读文献表格。": 1, - "这同样是通过": 1, - "dataview": 1, - "插件聚合笔记信息形成的表格。你可以点击": 1, - "ile": 1, - "列中的文件名跳转到刚刚新建的文献笔记。": 1, - "可以看到，这是按照一定模板生成的文献笔记。我不建议你马上对该文献进行阅读。什么事情都可以歇一歇才好。只要你不修改": 1, - "标签，它会一直停留在上面提及的未读文献表格中。": 1, - "锁定citekey": 1, - "接下来比阅读文献更加重要的事情，是锁定这篇文献的": 1, - "citation": 3, - "key。": 1, - 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"即可自动转换为": 1, - "，然后再输入新页面的名称并补全两个中括号，比如": 1, - "这就创建了一个页面链接。您可以按住": 1, - "trl": 2, - "点击该链接，直接按照设定好的草稿模板新建一个页面，并跳转到该草稿页面。": 1, - "frontmatter": 5, - "草稿是正在进行时，为了方便后续的一些信息聚合和自动化操作，所以": 1, - "内容稍多。草稿是根据草稿模板自动创建的，从草稿模板中可以看到": 1, - "的信息：": 1, - "title，标题，在创建草稿页面时根据文件名自动生成": 1, - "date，日期，自动填充的草稿创建日期。": 1, - "excerpt，摘要，一般是对草稿内容做一句话概括，可以完成后填写。": 1, - "tags，标签，多个标签用空格隔开。": 1, - "rating，评分，使用⭐表情": 1, - "status（草稿状态）默认为": 1, - "inprogress，完成了请修改为": 1, - "complete，草稿临时存放于": 1, - "destination，使用相对vault根目录的相对路径，比如该草稿属于项目，你应当填写，后续可以使用": 1, - "`quickdd": 1, - "📒草稿归档`": 2, - "命令对": 1, - "目录下的草稿实现自动归档。": 1, - "（是否分享），所有草稿默认是不公开分享的，如果有需要手动修改为": 1, - "true。": 1, - "obsidianode，有": 1, - "source": 1, - "和": 1, - "preview": 1, - "两个选项，如果你希望此页面每次打开优先是预览模式，可修改为": 1, - "preview。": 1, - "在": 1, - "之后，草稿一片空白，可供您自由发挥。": 1, - "`adtip": 3, - "short": 2, - "link": 1, - "使用方法": 1, - "的路径可以使用": 1, - "link，比如": 1, - "可以基于文件夹数字前缀简写为": 1, - "，此时使用`quickdd": 1, - "命令，也能够实现正确的归档。因此你可以采取统一的的方式创建新文件夹。注意数字前缀不要超过个字符，从到，以及到都是允许的。": 1, - "markdown基本语法": 1, - "obsidian": 3, - "编辑使用": 1, - "markdown": 3, - "语法，其实非常简单，通过一些符号标记就可以完成样式的声明，然后让浏览器按照主题样式渲染出漂亮美观的效果。": 1, - "首先是标题。在草稿中，我建议您使用「三级标题」作为每个小片段的标题，因为它的大小比较合适。而语法标记就是行首输入，空格之后输入标题内容。": 1, - "然后是段落。obsidian中就会生成新的段落。一个段落只包含一个事情，一个说明即可。所以完全可以一句话就是一段，像写诗一样也是好的。电子笔记不费纸，多点空白不要紧。": 1, - "接着是列表。没有什么能比「分条缕析」更加清楚，所以尽可能地使用列表。如果是无序列表，行首使用再空一格；如果是有序列表则是再空一格开始写。退出列表只需要回车两次即可。": 1, - "有时候要强调某些关键词，您可以先鼠标选中内容，然后按快捷键": 1, - "就是加粗，按": 1, - "就是倾斜，如果要就输入「`」号。": 1, - "还有时候要插入网络链接，这个其实跟": 1, - "word": 1, - "文档中很像，选中要插入超链接的内容，按快捷键": 1, - "trl，然后会自动添加符号如，光标会进入括号中，您直接粘贴url地址即可。": 1, - "标题的作用": 1, - "细心的你会发现，标题是可以折叠的。这一点当你的草稿很长的时候非常有用。写完一小节就可以折叠起来。": 1, - "插入图片": 1, - "这里推荐配合": 1, - "nipaste": 1, - "截屏工具使用（详见后续章节：nipaste": 1, - "超好用的截图工具），当使用该工具截取屏幕之后，图片被复制到粘贴板，您只需要在草稿中按下`": 1, - "trl`": 1, - "即可完成图片的插入，obsidian": 1, - "会将粘贴板中的图片拷贝到附件目录（），并且自动生成指向该附件的链接，如下所示：": 1, - "!asted": 3, - "image": 3, - "png": 3, - "注意插入的图片最好独占一行，而且前后均有空行。": 1, - "插入表格": 1, - "中输入表格一直都不大方便，不过在": 1, - "中情况还不是那么糟糕。具体而言，你只要会输入": 1, - "符号就可以了。": 1, - "!输入表格gif": 1, - "换行就": 1, - "nter，自动帮你创建与": 1, - "column": 1, - "name": 1, - "对齐的竖线，然后在后续行输入数据的时候，切换列只需要按": 1, - "ab": 1, - "键就可以了。具体实现效果如下：": 1, - "a": 1, - "b": 1, - "c": 1, - "事实上得益于插件，你还可以直接在": 1, - "中对表格进行计算，下载表格中的数据另存为": 1, - "csv文件。但是这里限于篇幅不做过多讲述，感兴趣的朋友可自行查看插件列表。": 1, - "插入其它附件": 1, - "除了可以在草稿中插入图片，您还可以插入视频，音频等多媒体文件。您可以通过快捷键": 1, - "进行「全局预览」并播放。当然也可以按住": 1, - "键，将鼠标悬停于这些附件链接上方实现「局部预览」。": 1, - "《原神·晨曦酒庄陈致逸》": 1, - "!陈致逸i": 1, - "awn": 1, - "inery": 1, - "heme": 1, - "晨曦酒庄mp": 1, - "仅支持": 2, - "mp": 2, - "音频文件在预览模式下播放": 1, - "《原神·游戏片段截取》": 1, - "!mp": 1, - "格式视频文件在预览模式下播放": 1, - "事实上，其它任何类型的文件都可以插入。而且方式非常简单，都是直接把文件拖入草稿编辑区域。然后附件都会保存到": 1, - "附件目录中。如果您是从该附件目录中拖入的文件，则会自动复制一个附件副本，所以需要格外注意。": 1, - "修改默认编辑模式": 1, - "我习惯于传统的纯文本的编辑模式，这对于内容编辑有着精准的控制，而且不会因为实时渲染而产生比较大的计算开销，使用起来会很流畅。": 1, - "但是在一些特殊场景中，比如撰写论文草稿时，需要看着": 1, - "figure": 1, - "进行具体的描述，这个时候就需要实时预览了。": 1, - "如上图所示，你可以随时修改默认编辑模式。": 1, - "其实也可以使用split面板的方式，并将新面板设置为预览模式，这样实现编辑和预览的分离。这个是经典的": 1, - "编辑器的做法。": 1, - "多使用分节小标题": 1, - 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"为了解决这个问题，您可以使用「列表缩进」，用来分条陈述更多细节。如上图所示，在某一行直接回车，然后按键即可缩进。": 1, - "如果内容实在太多，您希望用单独的一个页面来详细记录，那么可以直接输入两次": 1, - "即可自动转换为": 1, - "，然后再输入新页面的名称并补全两个中括号，比如": 1, - "这就创建了一个页面链接。您可以按住": 1, - "trl": 2, - "点击该链接，直接按照设定好的草稿模板新建一个页面，并跳转到该草稿页面。": 1, - "frontmatter": 5, - "草稿是正在进行时，为了方便后续的一些信息聚合和自动化操作，所以": 1, - "内容稍多。草稿是根据草稿模板自动创建的，从草稿模板中可以看到": 1, - "的信息：": 1, - "title，标题，在创建草稿页面时根据文件名自动生成": 1, - "date，日期，自动填充的草稿创建日期。": 1, - "excerpt，摘要，一般是对草稿内容做一句话概括，可以完成后填写。": 1, - "tags，标签，多个标签用空格隔开。": 1, - "rating，评分，使用⭐表情": 1, - "status（草稿状态）默认为": 1, - "inprogress，完成了请修改为": 1, - "complete，草稿临时存放于": 1, - "destination，使用相对vault根目录的相对路径，比如该草稿属于项目，你应当填写，后续可以使用": 1, - "`quickdd": 1, - "📒草稿归档`": 2, - "命令对": 1, - "目录下的草稿实现自动归档。": 1, - "（是否分享），所有草稿默认是不公开分享的，如果有需要手动修改为": 1, - "true。": 1, - "obsidianode，有": 1, - "source": 1, - "和": 1, - "preview": 1, - "两个选项，如果你希望此页面每次打开优先是预览模式，可修改为": 1, - "preview。": 1, - "在": 1, - "之后，草稿一片空白，可供您自由发挥。": 1, - "`adtip": 3, - "short": 2, - "link": 1, - "使用方法": 1, - "的路径可以使用": 1, - "link，比如": 1, - "可以基于文件夹数字前缀简写为": 1, - "，此时使用`quickdd": 1, - "命令，也能够实现正确的归档。因此你可以采取统一的的方式创建新文件夹。注意数字前缀不要超过个字符，从到，以及到都是允许的。": 1, - "markdown基本语法": 1, - "obsidian": 3, - "编辑使用": 1, - "markdown": 3, - "语法，其实非常简单，通过一些符号标记就可以完成样式的声明，然后让浏览器按照主题样式渲染出漂亮美观的效果。": 1, - "首先是标题。在草稿中，我建议您使用「三级标题」作为每个小片段的标题，因为它的大小比较合适。而语法标记就是行首输入，空格之后输入标题内容。": 1, - "然后是段落。obsidian中就会生成新的段落。一个段落只包含一个事情，一个说明即可。所以完全可以一句话就是一段，像写诗一样也是好的。电子笔记不费纸，多点空白不要紧。": 1, - "接着是列表。没有什么能比「分条缕析」更加清楚，所以尽可能地使用列表。如果是无序列表，行首使用再空一格；如果是有序列表则是再空一格开始写。退出列表只需要回车两次即可。": 1, - "有时候要强调某些关键词，您可以先鼠标选中内容，然后按快捷键": 1, - "就是加粗，按": 1, - "就是倾斜，如果要就输入「`」号。": 1, - "还有时候要插入网络链接，这个其实跟": 1, - "word": 1, - "文档中很像，选中要插入超链接的内容，按快捷键": 1, - "trl，然后会自动添加符号如，光标会进入括号中，您直接粘贴url地址即可。": 1, - "标题的作用": 1, - "细心的你会发现，标题是可以折叠的。这一点当你的草稿很长的时候非常有用。写完一小节就可以折叠起来。": 1, - "插入图片": 1, - "这里推荐配合": 1, - "nipaste": 1, - "截屏工具使用（详见后续章节：nipaste": 1, - "超好用的截图工具），当使用该工具截取屏幕之后，图片被复制到粘贴板，您只需要在草稿中按下`": 1, - "trl`": 1, - "即可完成图片的插入，obsidian": 1, - "会将粘贴板中的图片拷贝到附件目录（），并且自动生成指向该附件的链接，如下所示：": 1, - "!asted": 3, - "image": 3, - 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"vault": 4, - "库中存放": 1, - "pdf": 5, - "的子目录。": 1, - "本教程": 1, - "根目录为": 1, - "，而是存在于该": 1, - "中的子目录，专门保存文献条目的": 1, - "附件。设置正确的路径后我们在选择使用，这对于后面调用": 1, - "zotfile": 5, - "插件很关键。": 1, - "数据存储位置您可以选择默认（如果盘够大）或者指定一个其它不在": 1, - "中的目录。": 1, - "zotfile插件安装和设置": 1, - "是": 2, - "中最强大的插件，点击": 1, - "菜单栏的「工具」": 1, - "「插件」，可以进入插件管理器，然后点开齿轮，选择从文件安装插件。插件为后缀的文件，在软件下载安装中已经提及。后面的": 1, - "mdnotes": 4, - "better": 3, - "bibtex": 3, - "插件的安装同此操作。": 1, - "然后对": 1, - "插件进行设置。点击": 1, - "菜单栏的「工具」就能看到": 1, - "的插件设置选项。如上图所示，对箭头所指内容进行修改。": 1, - "注意将": 1, - "pdf下载的临时目录设置为桌面，以后可以从网上直接下载": 1, - "到桌面，再选择pdf对应的文献条目，右键单击后选择`ttach": 1, - "ew": 1, - "ile`，调用该插件可以自动把": 1, - "重命名并转移到指定目录（去，并且创建指向": 1, - "的链接。": 1, - "插件安装与设置": 2, - "同": 1, - "的安装方式，其设置选项也在zotero": 1, - "菜单栏的「工具」中可见，点开后如上图所示做修改，尤其要注意路径的设置。注意": 1, - "导出目录为": 1, - "，而": 1, - "的模板存放于": 1, - "中。": 1, - "插件安装同": 1, - "zotfile，但是其设置选项已经被整合到": 1, - "首选项中了（说明是个更加高级的大插件）。在这个地方，我们需要修改": 1, - "citation": 2, - "key": 2, - "的格式，如上图所示：就作者加年份即可。": 1, - "此外，还需要修改": 1, - "xport": 1, - 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"了。详见下一节开箱写日志。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 3, - "zoteroobsidian联动配置": 1, - "date": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "excerpt": 1, - "果然完成这个内容又花费了一个小时，所以以后可以按照一小时一节的效率来安排时间。": 1, - "tags": 1, - "obsidian入门": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "`adinfo": 2, - "友情提示": 1, - "在软件下载安装完成后，我们需要完成一些配置以实现zotero和obsidian的联动，估计耗时分钟。": 1, - "`": 2, - "模板库目录结构说明": 1, - "：内容地图，主要存放dataview查询表": 1, - "iary：存放模板化的每日日志，其中每周事务是看板笔记默认存放地": 1, - "eading：存放文献库和文献阅读笔记": 1, - "rojects：按各种实际的项目分类存储相关笔记": 1, - "ards": 1, - "主要存放一些卡片": 1, - "rchives：时间久远而且已经结束的project可以进行存档": 1, - "ssets：存放附件，包括插图、视频、以及各种其它文件": 1, - "emplates：": 1, - "存放笔记模板": 1, - "zotero": 10, - "设置": 1, - "!asted": 7, - "image": 7, - "png": 7, - "打开": 1, - "之后，点击菜单栏的": 1, - "「编辑」，然后选择「首选项」，进入到": 1, - "的设置当中。如上图所示，需要对箭头所示的地方做修改。": 1, - "特别需要注意的是「高级」中的": 1, - "和": 2, - "的路径设置。前者必须是": 1, - "vault": 4, - "库中存放": 1, - "pdf": 5, - "的子目录。": 1, - "本教程": 1, - "根目录为": 1, - "，而是存在于该": 1, - "中的子目录，专门保存文献条目的": 1, - 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"您可以到": 1, - "github": 1, - "仓库下载最新的": 1, - "release": 4, - "本人将资料库存放于移动固态硬盘中，并将硬盘盘符自定义为，然后将资料库解压存放于目录下，并把该": 1, - "vault": 2, - "重命名为": 1, - "。您可以按照个人喜好选择存储方案和仓库命名。后续模板库路径均以为例。": 1, - "`adwarning": 2, - "更新请注意": 1, - "对于已经使用该模板库早期版本的用户，一般而言，由于涉及修改的文件主要是插件配置代码等与个人资料无关的内容。您可以直接下载最新的": 1, - "覆盖之前的库进行更新。但是请注意": 1, - "文档中的说明，如果您自己有自定义的流程或插件配置方面的修改，则不建议更新。": 1, - "zotero": 6, - "是老牌的文献信息管理软件，同样是开源免费，而且多平台可以使用的一个工具，它的功能与": 1, - "endnote": 1, - "和": 4, - "mendeley": 1, - "等软件类似，都可以在写论文时插入参考文献，但是更加强大。截至目前（年月日），zotero": 1, - "版本号已经到": 1, - "，与之前最大的区别在于提供了内嵌的": 1, - "pdf": 3, - "阅读器。": 1, - "官网下载软件包后同样默认安装即可，因为占大头的": 1, - "附件我们后面会指定存储到": 1, - "的": 2, - "库中。": 1, - "zotero插件下载": 1, - "otfile：自动": 1, - "rename": 1, - "附件，然后复制到制定目录，还能从": 1, - "中提取高亮注释。请下载最新的": 1, - "中提供的后缀为": 2, - "的文件。": 2, - "dnotes：将文献记录按照模板生成": 1, - "markdown": 2, - "笔记。目前原作者已停止开发支持，但「青柠学术」（微信公众号：qnscholar）提供了兼容": 1, - "版本的插件": 1, - "in": 1, - "百度网盘": 1, - "eiy（如失效请联系我获取）。": 1, - "etter": 1, - "ibtex": 1, - "citation": 1, - "key，导出为更好的": 1, - 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"数据查询增强。": 1, - "创建周小结": 1, - "还记得我们「一切从日志出发」的宗旨吗？（参见obsidian撰写草稿从日志出发撰写草稿）": 1, - "创建周小结同样是从某一天的日志出发。我个人喜欢在周五进行小结，因为周六要开组会，需要提前梳理一下各方各面的事情。大家可以根据自己的事情情况，固定一周的某一天用于创建周小结。": 1, - "您可以在当天日志的某条": 1, - "track": 2, - "之后，按召唤": 1, - "quickdd": 2, - "命令面板，并点击": 1, - "，就会在这条track之后插入周小结的链接，并自动按照每周小结模板创建新的页面，存放到": 1, - "目录中，最后帮你跳转到这个新建的周小结页面。": 1, - "周小结内容结构说明": 1, - "上图截取了每周小结模板内容。周小结分为五个部分：": 1, - "frontmatter，": 1, - "中的内容请在周小结完成后填写补充。（参考obsidian撰写草稿frontmatter）": 1, - "日志汇总，是对最近一周日志内容的聚合展示，在预览模式下可查看信息表格。": 1, - "本周完成事项汇总": 1, - "需要您对本周事务表中已完成部分表格进行截图并粘贴，然后在自此执行`uickdd": 1, - "📒草稿归档`": 1, - "命令以自动归档。这个操作会清空中状态为": 1, - "的草稿，并将它们按照草稿": 1, - "frontmatter中": 1, - "的值转移到指定目录。": 1, - "zscr": 1, - "本周小结，": 1, - "可以从工作生活学习多个方面，分条概述情况。如果有小组会报告的需求，可以从此处创建一个新的草稿，就命名为，然后在新的草稿内以": 1, - "markdown": 1, - "的方式撰写幻灯片用于小组会展示（参见后续内容在obsidian中写幻灯片）。": 1, - "后续安排，一个小结主要是回顾和展望，所以简单罗列下后面一周的安排吧。": 1, - "周小结是对日志的总结，以此类推，每月总结是类似的操作，这里不再赘述，您只需要在": 1, - "命令面板中找到": 1, - "，然后在约定好的每个月的某一天的日志": 1, - "中插入即可。": 1, - "下节预告": 1, - 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"用户界面概览": 1, - "然后你会看到如上图所示的总体软件界面，看上去有点复杂，很多按钮面板什么的。我们暂时都不用理会，这里只是放上来让大家有个整体印象。": 1, - "创建日记": 1, - "一个快捷键就够了，请按，它会唤起": 1, - "uickdd": 1, - "的下拉菜单面板。直接点击进行当天的日志记录。": 1, - "此时会弹出一个多行输入的窗口，你可以写上一段话。作为某种闪念笔记。或者记录当下的任何内容。点击「」之后，日志流程被启动，今天的日志页面会被自动按照设定好的模板（日志模板）创建出来。而刚刚输入的内容会被添加到日志页面的": 1, - "racking": 1, - "部分。": 1, - "你可以使用快捷键": 1, - "跳转到今日的日志页面，也可以直接点击日历进入。可以看到，这种闪念记录，以时序列表的方式被记录下来，还带有时间戳。": 1, - "日志结构介绍": 1, - "日志页面结构上主要分为三大部分，从上到下分别是：": 1, - "front": 1, - "matter（前言）：记录了这个日志的一些": 1, - "metainfo，比如自动填充的日期（date），标签（tags），摘要（excerpt）以及评分（rating）。": 1, - "：主要是今天要做的事情。将光标至于末尾直接回车会新建一个今天的小任务。如果任务已经完成，光标至于该任务item所在行，按快捷键": 1, - "即可自动打。": 1, - "!新建todogif": 1, - "racking：用于记录闪念笔记吧，随便写，按照时间顺序排列。": 1, - "完善日志信息": 1, - "在一天结束之前，我强烈建议您花五分钟回顾一下今日日志记载内容，并在": 1, - "frontmatter": 1, - "中完善相关信息，比如标签（tags），摘要（excerpt）以及评分（rating）。这样做有利于后续的信息聚合整理流程（参见每周定期汇总小结）。": 1, - "把日志当朋友": 1, - "当一天结束，您可以清楚地看到自己今天完成的事情以及分时记录的各种内容，看一看回顾一下，是否会产生某种充实感呢？": 1, - "当然了，即便今天很多时候在摸鱼，在不受控制地放纵自我，只要你如实地定时地记录了下来，这种反思与回顾也能够帮助你尽快走出困境。": 1, - "此外也要注意「过犹不及」的情况：如果你啰里啰唆整天正事不干，总是在日志里输入一些没有营养的内容，而不去解决真正实际的问题，日志如果会说话恐怕就要嘲笑你了。根据我的经验，每天不超过条": 1, - "track": 2, - "，每条": 1, - "不超过": 1, - "字是比较合适的（平均一小时一条）。": 1, - "总之，您完全可以把这个": 1, - "vault": 1, - "当作是最值得信赖的朋友，请畅所欲言，不要有丝毫顾忌。因为所有的数据都存储于本地，您拥有对它的绝对控制权。": 1, - "下节预告": 1, - "写日志就是这么简单，日积月累，积少成多，当日志变多了之后就可以写周小结。周小结再次进行汇总又可以是月总结。不过接下来，您需要掌握一些基础的markdown语法和编辑技巧，以便撰写出图文并茂的笔记。": 1 - }, - "timestamp": 1648710450000 - }, - "03-Projects/99-黑曜石玩家指南/1-obsidian入门/本章小结-恭喜入门obsidian.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "恭喜入门obsidian": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "一天时间写完第一章，主要还是靠整理之前的笔记吧。": 1, - "tags": 1, - "obsidian入门": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "从我昨天下午决定开始写一本关于": 1, - "obsidian": 8, - "使用的书，打算用三个月的时间。结果到今天中午就完成了第一章「obsidian入门」的主要内容，也就是一天的功夫。所以说很多事情真的是要趁热打铁才效率高。（写论文要是有这个效率早就起飞了😂）": 1, - "这第一章本来按照我的规划，只有三部分内容：先谈谈安装配置，然后讲一下写日志，读文献。但实际写起来了，我基本才写完「写日志」这部分的内容，就已经用掉七节了。所以说大纲也不要太当真，更重要的是内容安排是否合乎实际。": 1, - "没错，我基本是从初学者的角度，边用边写（所以span": 1, - "style\"backgroundcoloryellow\"读者请跟着一步步操作即可span）。要说比较繁琐的地方，就是这一套下来的各种安装配置。我估计一般对电脑不大了解的童鞋，在第一节第二节就会被一个接着一个的下载安装配置给劝退。": 1, - "没办法，免费开源又好用（会才好用🙄）的软件工具最大的缺点就是不够傻瓜。而且在本教程中利用到的不仅仅是一个": 1, - "obsidian，而是": 1, - "zotero": 1, - "anaconda": 1, - "pandoc": 1, - "等一群开源软件和插件组成的工具链。（详见软件下载安装）": 1, - "!rawing": 2, - "excalidraw": 2, - "这个工具链中任一单独的软件都无法提供独立而完整的高效方案，以解决科研工作者在学术研究活动中对电子资料进行统一便捷管理的需求。所以我以": 1, - "为核心，有机地整合这套工具链，服务于span": 1, - "style\"backgroundcoloraabb\"「写日志」和「读文献」两大基础工作流span。": 1, - "工具链的整合是有相当高的门槛的，不仅需要你有丰富的计算机使用经验（包括编程），还需要对日常工作流程和信息管理有深入的理解。你可以理解为：原始的": 1, - "是一把用料扎实的粗胚大剑，而在本教程中经过工具链的加持，它或许已经开锋，成为一把解决科研工作者电子资料管理的利剑。": 1, - "所以，请耐心和细心阅读，一步步地完成第一节（软件下载安装）和第二节内容（zoteroobsidian联动配置），这个无聊、繁琐的阶段一旦迈过，接下来的内容将变得极其简单。": 1, - "你将会看到，写日志（开箱写日志））也就是一个按键的事情，你可以完全专注于内容，而无需理会日志的格式要求。你也会感受到以每日日志为核心出发创建草稿（obsidian撰写草稿）的流程便捷。至于周小结（每周定期汇总小结）、幻灯片（在obsidian中写幻灯片），都是非常简单的事情。说白了，会打字就行。": 1, - "另外，考虑到移动输入的刚需，我还准备了手机客户端obsidian如何使用的补充内容（使用手机撰写日志），可以方便用户临时以及随时记录日志。当然了这里我再次建议，移动端obsidian仅仅是作为一种补充手段，主要还是以桌面客户端": 1, - "对个人": 1, - "vault": 1, - "库进行操作。": 1, - "一章七节，再加上这段凑字数任意发挥的「本章小结」，我觉得字数篇幅上已然足够了。而且内容上也已经相对完整。当你会写日志、写草稿、写周小结和搞幻灯片之后，可以先坚持用它一两个星期，跟": 1, - "培养培养感情。再进入到下一个阶段。": 1, - "拥有了第一章的写书经验，下一章我打算专注于介绍": 1, - "如何具体服务于科研活动。比如实验记录、文献阅读笔记、试剂清单管理甚至论文草稿撰写等等。相信了有了": 1, - "入门基础。进阶到具体业务层也会更加轻松。": 1, - "对于非科研工作者，第二章或许对您仅有借鉴意义。您可以结合第三章（插件篇）和第四章（自定义代码）内容了解如何针对一个": 1, - "specified": 1, - "的": 1, - "workflow": 1, - "配置相关插件甚至自己写代码脚本实现所需功能。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "恭喜入门obsidian": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "一天时间写完第一章，主要还是靠整理之前的笔记吧。": 1, - "tags": 1, - "obsidian入门": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "rojects黑曜石玩家指南": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "从我昨天下午决定开始写一本关于": 1, - "obsidian": 8, - "使用的书，打算用三个月的时间。结果到今天中午就完成了第一章「obsidian入门」的主要内容，也就是一天的功夫。所以说很多事情真的是要趁热打铁才效率高。（写论文要是有这个效率早就起飞了😂）": 1, - "这第一章本来按照我的规划，只有三部分内容：先谈谈安装配置，然后讲一下写日志，读文献。但实际写起来了，我基本才写完「写日志」这部分的内容，就已经用掉七节了。所以说大纲也不要太当真，更重要的是内容安排是否合乎实际。": 1, - "没错，我基本是从初学者的角度，边用边写（所以span": 1, - 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"!ssetsxcalidrawrawing": 1, - "excalidrawmd": 1, - "做这个实验，我还想到了之前看的两篇文献，一个是纳米金对于荧光的影响aab，另外一个就是对这种桶装折纸做ickham。": 1, - "可以给对方推荐跟细胞微管一样的docking": 1, - "sequence：": 1, - "origami": 1, - "参考第一次细胞微管超分辨成像实验vmjs，其实跟trauss文献中是一致的。": 1, - "计划周五做两个空桶折纸的，比较频率差异，注意使用的": 1, - "imager": 2, - "为": 2, - "nt": 1, - "的，lexaluor标记，搞个marker，就用": 1, - "nm": 3, - "的荧光小球": 1, - "marker放到，浓度可以搞大点。注意跟丁龙江确认下折纸的伸出位点。然后拍摄的时候用": 1, - "ms": 1, - "曝光时间，的激光功率。制备样品就用confocal皿打plasma的方案。": 1, - "周五的实验取消了，因为丁龙江只在桶上伸出了一根链，这种拍起来会很慢，而且不一定能拍出来。他按照我说的均匀分布伸出了六条链，计划下周一拍一下，我预约了白天点到点，还可以拍点别的样品。": 1, - "今天正式开始做实验，先拍两个样品。": 1, - "!asted": 5, - "image": 5, - "png": 5, - "滚筒折纸样品，伸出六条docking链，anorop定量": 1, - "n。": 2, - "：延伸链在桶内部中间": 1, - "：延伸链在桶的边缘": 1, - "使用": 2, - "imager，戴哲泽购买的。已分装，浓度定量原液是": 1, - "u，稀释倍后使用。": 1, - "的荧光小球（），稀释": 1, - "倍使用。": 1, - "所以最终": 1, - "m": 3, - "的体系中，折纸样品，imager": 1, - "和荧光小球的用量，buffer": 1, - "·g（": 2, - "m）如上图所示。最终折纸样品": 1, - "p，imager": 1, - "是": 1, - "使用的": 1, - "confocal": 2, - "皿为新开的（），打": 1, - "plasma": 2, - "一分钟。加入样品后估计要静置半个小时后才能拍摄。": 1, - "拍摄参数：": 2, - "激光用于": 4, - "marker，": 3, - "imager，曝光时间为": 2, - "ms，使用的右侧": 2, - "s，xx，拍摄一次需要": 1, - "分钟，产生数据": 1, - "。": 2, - "结果": 1, - "这组条件下拍摄的信号质量还不错。": 1, - "结合频次经过手动圈选个左右近似滚筒的来看，在分钟内差不多都是": 1, - "次多一点。也跟一般的结合动力学接近。说明筒状折纸本身的静电场作用并不影响": 1, - "mager": 1, - "与其内部延伸链的结合。另外，滚筒状结构还是没能拍出来，说明": 1, - "nm直径的圆环也很难搞出来。": 1, - "后面丁龙江打算放一个金球进去再拍拍看。预约了": 1, - "上午的": 1, - "这次只拍摄一个样品，是筒状折纸中间连接了纳米金球。参考上次的实验，但是混合样品的时候使用的buffer的g离子浓度是需要调整的。因为": 1, - "的": 1, - "g离子可能导致材料在混合的过程中就发生了聚集。所以得先铺板，然后置换为含有高镁离子浓度的": 1, - "imaging": 3, - "solution。这样就保证了跟前面实验的条件基本一致了。": 1, - "实验步骤": 1, - "取新confocal": 1, - "皿（）打": 1, - "分钟。": 1, - "将折纸纳米金（割胶回收纯化后nanodrop根据纳米金吸收测定浓度为": 1, - "n）用低盐": 1, - "buffer": 1, - "稀释到": 1, - "p，取": 1, - "u": 2, - "加入到": 1, - "皿中，室温静置分钟。（此处可以多准备一个，做个孵育时长备份，比如": 1, - "min，": 1, - "hr）。": 1, - "使用微流控装置缓慢吸除": 1, - "buffer，然后直接添加": 1, - "solution（": 1, - "n，绿色": 1, - "的荧光小球做": 1, - "镁离子），流速": 1, - "umin。": 1, - "将样品放到显微镜载物台上，找到焦面，查看情况，若有必要则静置分钟后再拍摄。": 1, - "s，xx，拍摄两次。": 1, - "拍摄顺序：先拍摄的": 1, - "号样品（加了金球，延伸链在桶边缘），再拍的号样品。": 1, - "需要准备的试剂材料": 1, - "confocal皿两个": 1, - "低盐buffer，丁龙江提供": 1, - "新鲜水，用于清洗微流控装置": 1, - "m），成像": 1, - "solution": 1, - "imager（用之前已经稀释好的，": 1, - "n，）": 1, - "ellowreen": 1, - "luophere": 1, - "（）": 1, - "微流控漂洗方案": 1, - "使用不含材料的buffer进行漂洗，": 1, - "umin": 1, - "的流速，一边灌注，一边抽取，搞次即可完成未吸附材料的去除。": 1, - "实验结果": 1, - "可以看到": 1, - "样品整体上能够被": 1, - "出来的结构就多。这个可能是因为它的延伸链在边缘更容易被结合所致。进一步分析若干单点的结合频次即可看到显著差异。": 1, - "这个结果说明连接金球之后，确实影响了内部的位点的「活性」。后续可以尝试直接提取代表性的": 1, - "intensitytrace。这个事情就算是做完整了。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "计划帮丁龙江做个单分子成像": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "内容": 1, - "年月日": 6, - "他们有一个材料，是滚筒折纸，直径大概": 1, - "nm，里边套着一个nm的纳米金，纳米金其实是参考邓兆祥他们的方法做的密修饰的球形核酸，上面除了的spacer，还有个的linker，可以跟折纸桶内延伸链杂交。据说这个东西产率较高，但是如果想继续往上面连接小金球就比较困难。他们推测除了位阻效应，也还有静电排斥，因为折纸和纳米金表面都是带负电的。他们希望通过这种单分子成像的手段判断金球对筒状折纸内部位点的影响。后面再通过一个什么，多巴胺聚合生长的方法验证空间位阻效应（因为小分子不同于小金球）。": 1, - "我听完表示实验可以做，但是意义和价值（值不值得去做）依然是需要进一步思考的。另外我限定了初步实验的边界，建议刚开始就做三组实验，两个空桶，一个桶装纳米金。然后延伸链位点一个是在空桶边缘（对称），一个是在空桶中间。装了纳米金的放到中间去。": 1, - "!ssetsxcalidrawrawing": 1, - "excalidrawmd": 1, - "做这个实验，我还想到了之前看的两篇文献，一个是纳米金对于荧光的影响aab，另外一个就是对这种桶装折纸做ickham。": 1, - "可以给对方推荐跟细胞微管一样的docking": 1, - "sequence：": 1, - "origami": 1, - "参考第一次细胞微管超分辨成像实验vmjs，其实跟trauss文献中是一致的。": 1, - "计划周五做两个空桶折纸的，比较频率差异，注意使用的": 1, - "imager": 2, - "为": 2, - "nt": 1, - "的，lexaluor标记，搞个marker，就用": 1, - "nm": 3, - "的荧光小球": 1, - "marker放到，浓度可以搞大点。注意跟丁龙江确认下折纸的伸出位点。然后拍摄的时候用": 1, - "ms": 1, - "曝光时间，的激光功率。制备样品就用confocal皿打plasma的方案。": 1, - "周五的实验取消了，因为丁龙江只在桶上伸出了一根链，这种拍起来会很慢，而且不一定能拍出来。他按照我说的均匀分布伸出了六条链，计划下周一拍一下，我预约了白天点到点，还可以拍点别的样品。": 1, - "今天正式开始做实验，先拍两个样品。": 1, - "!asted": 5, - "image": 5, - "png": 5, - "滚筒折纸样品，伸出六条docking链，anorop定量": 1, - "n。": 2, - "：延伸链在桶内部中间": 1, - "：延伸链在桶的边缘": 1, - "使用": 2, - "imager，戴哲泽购买的。已分装，浓度定量原液是": 1, - "u，稀释倍后使用。": 1, - "的荧光小球（），稀释": 1, - "倍使用。": 1, - "所以最终": 1, - "m": 3, - "的体系中，折纸样品，imager": 1, - "和荧光小球的用量，buffer": 1, - "·g（": 2, - "m）如上图所示。最终折纸样品": 1, - "p，imager": 1, - "是": 1, - "使用的": 1, - "confocal": 2, - "皿为新开的（），打": 1, - "plasma": 2, - 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"event": 1, - "是怎样的。注意，我们并不能观测到颗粒的运动轨迹。": 1, - "体现运动的随机性": 1, - "茜姐给了我一些回复，我部分采纳。她叫我从赛道的概念中跳出来，其实这只是一种形象的说法，只是用于比较。至于同起点，同时间的误解，我也尽量避免。因为我的想法是“居中对齐”的，也就是把各自结合事件按照结合的状态时刻进行对齐。而这种对齐其实是没有问题的（类似于归一化，相对时间）。": 1, - "其实这里绘制轨迹，才是真的容易误导别人，意味我们能够看到单颗粒运动轨迹。": 1, - "相关i软件技巧": 1, - "，快捷键，按住lt放置旋转中心，trl可重复操作": 1, - "，快捷键，按住lt放置缩放中心": 1, - "ntensity": 1, - "race": 1, - "可以先画一个，复制五个，然后依次横向拉伸不同比例，然后使用": 1, - "绘制随机路径": 1, - "这个得用": 1, - "python": 1, - "来完成，而且可以根据": 1, - "的情况来挑选合适的轨迹。": 1, - "随机路径生成": 1, - "`python": 3, - "import": 6, - "numpy": 1, - "as": 3, - "np": 1, - "def": 2, - "andomwalkn": 3, - "n": 3, - "here": 1, - "is": 3, - "the": 2, - "no": 1, - "steps": 1, - "that": 1, - "we": 3, - "require": 1, - "x": 6, - "y": 8, - "xposition": 1, - "starting": 1, - "from": 4, - "origin": 1, - "yposition": 1, - "for": 2, - "i": 1, - "in": 3, - "range": 1, - "step": 5, - "nprandomuniform": 1, - "if": 4, - "less": 1, - "than": 2, - "move": 2, - "up": 2, - "nprandomrandint": 4, - "moving": 2, - "u": 1, - "direction": 2, - 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"cience": 1, - "obotics，或者": 1, - "ature": 1, - "ommunications": 1, - "的样子。": 1, - "理论基础": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "基于扩散系数的方程（tokesinstein": 1, - "elation），扩散系数跟液体剪切力，以及颗粒半径成反比。所以理论基础非常扎实，而无需": 1, - "inspired": 1, - "from": 1, - "many": 1, - "phenomena": 1, - "inside": 1, - "cells（见": 1, - "pptx）。evanyiesrey": 1, - "ntroduction": 1, - "rownian": 1, - "otion": 2, - "utonomously": 1, - "hermal": 1, - "fluctuation": 1, - "driven": 1, - "article": 1, - "size": 3, - "determined": 1, - "molecular": 1, - "machine": 2, - "programmably": 1, - "designed": 1, - "perfect": 1, - "monodispersity": 1, - "precisely": 1, - "controlled": 1, - "sm": 2, - "reversible": 1, - "superresolution": 1, - "technique": 1, - "kinetics": 3, - "calculated": 1, - "single": 2, - "molecule": 2, - "level": 1, - "esults": 1, - "and": 1, - "iscussion": 1, - "characterization": 1, - "different": 1, - "zeta": 1, - "potential": 1, - "iffusive": 1, - "inding": 1, - "based": 1, - "intensity": 1, - "trace": 1, - 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"powerpoint。其中最大的值得改进的地方在于数字化的描述和简单直白的比较，以及比较酷炫抓人眼球的图片。": 1, - "年月日": 2, - "前两天李茜又重新提了一下这个，希望我能把相关实验数据填充完整，我拖了她几天，天天晚上九点就发消息来催，其实我压根没干。这种感觉很不好。但事情总归是要做的。而让我觉得棘手的根本原因，就是平时没有把数据整理好。": 1, - "而没整理好又是因为自己整个博后器件，先是ypora，后来是iote，到现在obsidian，换了三种工作流程了。虽然软件搞了很多，但是资料却越来越分散，无端增加了我整理数据的难度。后面在obsidian中，重要的实验结果，还是要单独整合到一个文件夹或者给一个独特的标签或者干脆一个页面中去。": 1, - "其实完全可以参考一篇文章的架构。一篇文章对应一个project，也就是一个文件夹；然后这个project中会有一些文献调研或者课题思考的东西，就是子目录": 1, - "introduction；至于实验记录就可以放到": 1, - "methods": 1, - "中，包括各种买试剂耗材之类的；然后实验结果和数据分析都放到": 1, - "results。": 1, - "从现在就开始这样干。一个工作一个工作地整理。": 1, - "内容就是整理结果数据，然后分为已完成课题和正在进行中课题emporal": 1, - "barcode，已搞到已有数据整理中，此处closed。": 1, - "complete": 1 - }, - "timestamp": 1639968972000 - }, - "03-Projects/1-FNA-PAINT/1-实验记录/安排TDN26和TDN31的smFRET和PAINT补充实验.md": { - "withStopwords": { - "title": 2, - "安排和的sm和补充实验": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "sm实验方案": 1, - "准备两个片子，采用": 1, - "exchange": 2, - "的方式先ss，再。建议在载物台上连续操作，减少平衡所需时间。": 1, - "mager": 1, - "实验组：、": 1, - "对照组：ss": 1, - "浓度均为": 1, - "n": 1, - "界面封闭": 1, - "微流控、flow": 1, - "chamber、biotinvidin、流速umin": 1, - "组分": 1, - "浓度体积": 1, - "处理": 1, - "时间min": 1, - "biotin": 1, - "in": 3, - "buffer": 8, - "mgm，": 2, - "u": 11, - "incubate": 3, - "wash": 5, - "eutrvidin": 1, - "strand": 1, - "p，": 1, - "ss": 2, - "imager": 2, - "n，": 2, - "imaging": 2, - "成像条件": 1, - "s、ms、、": 1, - "frames": 1, - "一个样品拍摄两个视野": 1, - "ashing": 1, - "buffer：x": 2, - "ween": 2, - "maging": 1, - "·g": 1, - "绿色荧光小球（nm，稀释倍）": 1, - "实验方案": 1, - "年月日": 3, - "今天制备纯化（）了所有的imager，趁热打铁把做了。": 1, - "基本同": 1, - "sm": 1, - "操作，注意": 1, - "点": 1, - "origami": 1, - "使用": 1, - "p": 1, - "孵育": 1, - "min（添加了绿色荧光小球，g离子浓度": 1, - "m）。然后成像时使用": 1, - "的": 1, - "激光，": 1, - "ms": 1, - "帧拍摄。": 1, - "然后": 1, - "ss、、、、、、、": 1, - "通过xchange的方式连续在一个片子中拍摄。每次换一个视野。wash使用": 1, - "的buffer": 1, - "冲两遍。flow": 1, - "chamber": 2, - "容积大概就": 1, - "u。因为数量太多，每个样品只拍摄一个视野。": 1, - "拍完一个系列之后，再换上": 1, - "ss，可以静置等到次日早上再来拍摄，看看样品的稳定性如何。": 1, - "开组会的时候直接用超算平台，命令行的方式处理戴哲泽已经上传上去的数据，简单看了一下结果：": 1, - "!asted": 3, - "image": 3, - "png": 3, - "是第一个拍摄的，信号质量还不错，样品比较密。最后一个也拍的": 1, - "ss，两者对比可以发现，多轮": 1, - "之后（时间也很长），背景似乎升高了。可能是imager非特异性吸附和折纸结构破坏。": 1, - "`adinfo": 1, - "contrastinfo": 1, - "zoom": 1, - "max": 1, - "onepixelblur": 1, - "`": 1, - "后面拍摄的、、、、": 1, - "都还能看到一些结构，但是很弱。到了": 1, - "和": 1, - "效果更差一点但还是有。": 1, - "注意平衡时间（分钟）": 1, - "注意吹打样品，减少在管中的吸附（后续可以使用ppendorf的": 1, - "oind的离心管）": 1, - "可以稍微再调低一点折纸铺板的密度": 1, - "📂": 1, - "戴哲泽他们又做了一遍，折纸铺板密度是": 1, - "p，但是第一次": 1, - "g": 2, - "离子浓度忘记调整，还是原来的，总之就是没拍出来四面体的。后来是把": 1, - "调整到": 1, - "m": 1, - "左右，激光功率从": 1, - "下降到": 1, - "。": 1, - "注意这里是两个样品一组": 1, - "share": 1, - "一个": 1, - "flow": 1, - "来做的。总共用了": 1, - "个片子。": 1, - "实验记录": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 2, - "安排和的sm和补充实验": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "sm实验方案": 1, - "准备两个片子，采用": 1, - "exchange": 2, - "的方式先ss，再。建议在载物台上连续操作，减少平衡所需时间。": 1, - "mager": 1, - "实验组：、": 1, - 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"imager": 2, - "和": 1, - "以及": 1, - "（均稀释到": 1, - "n）。拿数据很快，接下来可以照着之前的方式（详见荧光相关光谱拟合）处理一下。": 1, - "扩散时间": 1, - "!png": 1, - "可以看到这次测试的，染料和ss对照跟上次的数值相比都比较接近，但是四面体却不在区间内。": 1, - "四面体合成表征情况": 1, - "!合成表征png": 1, - "从胶图和成像的结果来看，四面体合成的问题不大。": 1, - "相关曲线比较": 1, - "!correlationurvepng": 1, - "把前后两次的的荧光相关光谱都放到一起，然后看扩散系数，这次补的和确实要比和小。": 1, - "结果分析": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "一方面可能是不同材料批次造成的，另外一方面也有可能是季节环境温度变化所致（温度低分子扩散速度减慢）。考虑再同时做一批。": 1, - "再做一次": 1, - "发现趋势还是有，而且": 1, - "纯染料跟": 1, - "的测量数值都比较稳定，但是": 1, - "就不大稳定了。另外从另一个单颗粒亮度的统计来看，加了之后，颗粒的亮度也是下降了的（详见戴哲泽小组会分享）。": 1, - "实验记录": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "和的实验": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "内容": 1, - "这次测试了个样品，董老师那边的": 1, - "lexaluor（": 1, - "n）作为基准，然后我们提供的": 1, - "ss": 2, - "imager": 2, - "和": 1, - "以及": 1, - "（均稀释到": 1, - "n）。拿数据很快，接下来可以照着之前的方式（详见荧光相关光谱拟合）处理一下。": 1, - "扩散时间": 1, - "!png": 1, - "可以看到这次测试的，染料和ss对照跟上次的数值相比都比较接近，但是四面体却不在区间内。": 1, - 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"埃（": 1, - "nm），旋转角度是": 1, - "度，认为": 1, - "个": 1, - "bp": 1, - "就是一周。": 1, - "所以当不考虑顶点处，理论上四面体的边长应该为：": 1, - "ample": 1, - "ength": 1, - "eight": 2, - "olumn": 1, - "adii": 1, - "ol": 1, - "四面体的体积公式": 1, - "frac{": 1, - "times": 2, - "h}{}，参考百度知道。": 1, - "至于棱长为": 1, - "a": 1, - "的正四面体的外接球的半径，其实为": 1, - "frac{sqrt{}": 1, - "a}{}。参考知乎装逼大佬推导。": 1, - "的分子量信息可以把具体的序列输入到": 1, - "补充材料中了，以此为准。upportingnformationdoc": 1, - "`dvanced": 1, - "ables`": 1, - "插件支持简单的公式计算，具体教程参考。": 1, - "双": 1, - "轴作图": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "从这个图来看，如果扩散时间越长，那么碰撞结合的概率应该越低才对，但实际上看到的反而是这种越大的颗粒具有越高的界面结合频次。我估计这个数据要重做，最好是用": 1, - "纯化之后的": 1, - "imager": 1, - "来搞。🔥": 1, - "横坐标是棱长，纵坐标分别是扩散时间和结合频次。这个在": 1, - "origin": 2, - "中作图非常方便，但是添加": 1, - "error": 1, - "bar": 1, - "的时候遭遇了一些困难，后来查资料，总算让我把": 1, - "lab": 1, - "的作图的操作逻辑给捋顺了。": 1, - "另外我的": 1, - "电脑originab": 1, - "是盗版的，所以偶尔会出现防伪水印。但还是把这个数据分析工程文件放进来，算是一个很好的教程。": 1, - "作图": 1, - "尺寸扩散结合的关系opju": 1, - "不同大小的颗粒的扩散时间xlsx": 1, - "不同大小的四面体的分子量xlsx": 1, - "戴哲泽的贡献": 1, - 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"网站或销售询价报价": 1, - "钉钉申购": 1, - "下单购买，注意发票抬头、货期和收货人信息": 1, - "收货，做好存放记录": 1, - "收发票，化学品平台添加自购（如果是试剂）": 1, - "按实验室要求提交所有报销材料": 1, - "待报销内容": 1, - "报销归档": 1, - "年月中旬英潍捷基的订单：": 1, - "报销材料谢晓冬xlsx": 1, - "到化学品平台申购：asted": 1, - "image": 5, - "png": 5, - "发票清单pdf": 1, - "化学品平台的付款单，hermo荧光标记订单补pdf": 1, - "销售发送过来的电子发票，hermo荧光发票pdf": 1, - "高性能电脑需求及配置单xxddocx，在京东上买的，元，秘书徐丽凤当场就通过微信转账给我了，后面就是把发票发给她就行。注意发票抬头为上海交通大学，单张发票不超过，然后发票不要连号。": 1, - "内存条发票pdf": 1, - "电子发票pdf": 1, - "机械硬盘发票pdf": 1, - "申请上门安装主机docx，这样就省得浪费大家的时间，因为我确实有热情但是没时间，而戴哲泽师弟感觉他没有这个热情去组装一台电脑。记得工程师联系（最后不了了之，自己一个晚上搞定）": 1, - "固态硬盘发票pdf": 1, - "水冷发票pdf": 1, - "机箱电源显示器发票pdf": 1, - "显卡主板发票pdf": 1, - "钱，徐丽凤早就通过微信转给我，让我在京东上买了，所以就是要把这些发票都给她。后面她又要我提供了以下东西，说明报销起来还是有些麻烦的。": 1, - "电脑性能参数说明docx": 1, - "京东订单截图pdf": 1, - "年月日": 1, - "x": 5, - "报销购买一个移动保温箱": 1, - "报销nile": 1, - "red染料购买尼罗红染料，尼罗红电子发票pdf": 1, - "报销抗体，参考购买抗体和适配体，": 1, - "报销小型手提液氮罐，参考安排有用的confocal成像实验和教学计划去所里拿细胞": 1, - "报销生工订购的（核酸适配体及其它）": 1, - "小型液氮罐在京东上购买的，需要联系客服开电子发票，一般会发送到电子邮箱。其它发票基本到位了。": 1, - 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"拍的时候用oechst染色，发现细胞可能存在严重的支原体污染，详见核酸适配体验证实验支原体污染，所以后面还是要严格注意细胞房的洁净制度。最好能戴口罩。消杀值日要做到位。无关人员尽量不要进入细胞房。": 1, - "直接加含有双抗跟支原体试剂之后，细胞直接死掉了，只能后面再复苏了。然后我跟周高昂师弟说后面ep和都暂时不养了，把ea养好，保种，然后染hoechst检查一下，然后看情况用支原体试剂。": 1, - "complete": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "交大实验室细胞库建设": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "主要是让周高昂师弟养一些细胞，知道细胞传代、铺板、培养、冻存和复苏等等操作。另外还发现细胞支原体污染严重（见核酸适配体验证实验支原体污染。这个事情慢慢来吧。": 1, - "内容": 1, - "之前在确定要培养的细胞检查细胞种类中已经大概知道了交大实验室这边有的细胞种类，而且在细胞微信群中建立了一个共享电子表格。后面可以逐步把这个事情搞起来，从头做好细胞库的建设。": 1, - "年月日": 4, - "从赵海培处获得": 1, - "，状态尚可，目前培养在中皿，预计明天传代，可接种一个大皿，长到下周一，冻存一批。": 1, - "从潘改芳处获得": 1, - "，状态尚可，目前培养在大皿，预计明天传代，可接种三个大皿，长到下周一，留一盘给改芳，冻存一批。": 1, - "自己还冻存了两管": 1, - "，择期复苏。": 1, - "购买了便携式小液氮罐（见安排有用的confocal成像实验和教学计划去所里拿细胞），后面跟工程师还有所里的秘书预约，把还回去，然后顺带从所里拿一批细胞过来。": 1, - "将ep": 1, - "和": 1, - "冻存了。每个冻存罐都只放了": 1, - "u。用的冻存液就是添加了": 1, - "的完全培养基（）。ep形态尚可，冻存了管；形态不佳，冻存了管。": 1, - "细胞消化后，离心，": 1, - "rpm": 1, - "for": 1, - "min，然后用冻存液重悬，转移至冻存管（提前写好标记），然后放到碧云天的程序性降温细胞冻存盒中。把整个放到度冰箱暂存。离开细胞房带上，放到度过夜，次日转移到液氮罐中。": 1, - 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"细胞实验，我们有的仪器就是": 1, - "confocal、还有一台活细胞长时程成像仪。特别是后者，我觉得需要真正利用起来，它是产生大数据的利器。所以最近一段时间，我可能要多看一下这方面的文章，活细胞长时程成像。然后寻找和纳米机器人相关的契合点，提出一个简单的方案来。当然了这个并不强求一定要上。": 1, - "因为相比较于开展细胞实验方面的课题，另外一个短期后就要开展的项目，比如用来做存储加密的事情，其实是更为成熟的。如果能够再来一两个帮手，我觉得就是很好的。可以给他们独立的小课题，然后刚开始的时候跟着参与到主课题上学习操作和技术，完成培训过程。茜姐建议我两件事情并成一件来做，大概就是这个意思。": 1, - "跟着我的研究生，可能我培养上更侧重实验方面，因为ta肯定是没有那么多课程压力，也确实存在学习实验技能的需求，有一定的时间保障来实验室。而对于本科生做大创，我更希望ta在调研文献、数据分析和作图上有更多的锻炼，作为一个长期的种子来培养。": 1, - "大创课题是面向本科生，那么就需要一些抓人眼球的，偏向概念性的题目。茜姐给我提供的选择是「计算存储」、「纳米机器人」。显然前者我目前还": 1, - "hold": 1, - "不住，所以还是得从": 1, - "纳米机器人来入手。": 1, - "当然了，也并非只能是纳米机器人，如果把细胞作为": 1, - "biohybrid": 1, - "micromotor也是可以的，相关的工作也不少，而且我们长时程活细胞成像在这个方面是有优势的。但是我基本确定这个等到后面再说了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "认真思考一下给本科生的大创课题": 1, - "date": 1, - "要想解放生产力，做更多事情，人才是根本。所以我要尽可能利用机会，招募到靠谱的小伙伴。人招来了，当然也得对人家负责，而不是坑别人。所以我这边自己得有好的课题项目准备着。": 1, - "当然，所有给别人做的东西，都要服从我的整体布局。那么问题来了，我的总体布局是什么呢？这个又要结合整个anab实验室的大背景谈。三大方向，原子制造，计算我肯定都不行，所以我最终还是要落脚到智能化纳米机器人。当然我做的又跟葛志磊师兄有所区别，我其实是补全从分子到细胞这个区间。": 1, - 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"withStopwords": { - "title": 1, - "整理一下本科生大创项目计划书": 1, - "date": 1, - "status": 1, - "finished": 1, - "课题名称": 1, - "纳米机器人在信息存储加密中的应用": 1, - "研究背景": 1, - "作为一种变革性分子材料，有潜力满足未来指数增长的信息存储需求，理论上可实现超低能耗、超高容量和超稳定的信息存储。目前已有大量研究尝试使用编码、写入、存储、加密和读取信息，为了进一步降低成本真正服务社会经济，信息处理等诸多环节仍需要很大提升。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "信息存储的成本将随着技术的发展逐步下降。与此同时，其市场化应用也将是渐进式发展的，一部分重要的需要长时间存档的信息将被优先利用存储起来。重要的信息在许多场景下需要被充分加密，以保证数据的所有权和安全性。": 1, - "的信息加密领域目前研究相对较少，其中以折纸纳米结构为代表，能够在存储信息的同时产生目前计算机无法暴力破解的密钥，充分保障了信息安全hanga。但是这类在纳米尺度的折纸存储的信息读取过程依赖于原子力扫描显微镜，因此速度缓慢且难以实现自动化。近期有工作提出将": 1, - "超分辨荧光成像作为一种新的折纸的信息读取方案，展现了良好的前景ickinson。": 1, - "主要内容与创新点": 1, - "纳米机器人是一类新兴的可编程的分子工具hubagere。通过的序列设计，能够精确控制多种属性，最终实现特定的功能。基于已有的研究基础，结合纳米机器人的可编程性，本项目拟提出一种全新的信息编码、加密、存储和快速读取的完整解决方案。主要包括以下内容：": 1, - "设计信息编码和加密方案": 1, - "合成加密折纸与加密纳米机器人": 1, - "利用纳米机器人读取折纸上存储的加密信息": 1, - "!schemerobotor大创jpg": 1, - "本项目的创新点在于：引入可编程的纳米机器人，实现从信息编码到读取多个环节上的信息加密。": 1, - "可行性": 1, - "樊春海老师课题组具有以下条件，使得本课题具有良好的可行性：": 1, - "强大的折纸和纳米机器人设计制造能力": 1, - "成熟的相关单分子超分辨成像技术平台": 1, - 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"樊春海老师课题组具有以下条件，使得本课题具有良好的可行性：": 1, - "强大的折纸和纳米机器人设计制造能力": 1, - "成熟的相关单分子超分辨成像技术平台": 1, - "丰富的信息编码、存储和加密方面的工作积累": 1, - "参考文献": 1, - "!本科生大创项目计划书docx": 1 - }, - "timestamp": 1637140152000 - }, - "03-Projects/98-实验室杂务/制作一张图用作大创项目宣传.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "制作一张图用作大创项目宣传": 1, - "date": 1, - "status": 1, - "finished": 1, - "内容": 1, - "接着认真思考一下给本科生的大创课题来弄，不过现在已经确定就是找帮手来弄纳米机器和信息存储加密的题目，就都还好说。": 1, - "在之前帮刘秉仪弄的致远计划的素材可以再改改就继续用好了。": 1, - "!asted": 7, - "image": 7, - "png": 7, - "但是": 1, - "纳米机器，信息存储，加密，这些概念都要进一步体现和强化。": 1, - "!schemerobotorai": 1, - "时间不够了，本来我还想做个": 1, - "的，但是我想在下午下班之前弄好，所以最快的方式只能是在": 1, - "ai": 1, - "上修改了。": 1, - "我想画一个如上图所示的具有透视感的网格，可以到网上搜索一下。": 1, - "发现这个也难搞，然后时间只剩下半个小时，我无论如何要完成任务。": 1, - "!schemerobotor大创大创jpg": 1, - "注意要修改网格里边的颜色，得使用。": 1, - "茜姐说再找一些文献里的关于信息读写，加密，以及成像的好看图，重点是好看抓眼球即可，贴到下边，注明出处即可。": 1, - "找一点图贴上去吧": 1, - "`adnote": 1, - "交大的学生太幸福了，大创的项目计划书特么还是实验室提供的。我不知道，我这样做是否是值得的，就看后面会有怎样的回报吧。": 1, - "`": 1, - "最后就找了最主要的两篇工作弄上去：": 1 - }, - "withoutStopwords": { - 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"报销": 1, - "一波了。": 1, - "注意生工月结的发票还得等着。": 1, - "complete": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "报销抗体和适配体": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "所有的报销内容直接转移到anab发票报销。": 1, - "内容": 1, - "上周购买抗体和适配体已经到货，抗体我已经放到度临时存放，再加上之前的尼罗红购买尼罗红染料，最近可以": 1, - "报销": 1, - "一波了。": 1, - "注意生工月结的发票还得等着。": 1, - "complete": 1 - }, - "timestamp": 1638883102000 - }, - "03-Projects/98-实验室杂务/购买抗体和适配体.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "购买抗体和适配体": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "参考计划imager基底面成像实验和框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案预实验方案小结，我感觉可以一起把东西都": 1, - "采购": 1, - "。除了抗体和核酸适配体序列之外，其它东西都考虑齐全，比如购买一个移动保温箱。": 1, - "比移动保温箱更重要的是": 1, - "培养基": 1, - "的情况下还能勉强活着。这个培养基可以问": 1, - "hermo": 1, - "的销售或者系统楼那边的同学看有没有，交大供货速度非常快。": 1, - "还有": 1, - "actin": 1, - "和": 2, - "tubulin": 4, - "的抗体都可以买一下。不过活细胞实验我感觉短时间内做不成，首先得把这些的细胞超分辨给做出来吧。": 1, - "搜下大厂的抗体": 1, - "其实我知道的就三家，abcam，cst": 1, - "还有一家": 1, - "santa": 1, - "cruze。cst": 1, - "的用的比较多，国内都是优宁维代理的。": 1, - "integrin": 2, - "β": 2, - 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"ideas": 1, - "）。分子量较大，主要靠细胞内吞和蛋白酶降解，而非肝肾途径。血液半衰期h。": 1, - "!apriljpg": 1, - "元和原点，总部在苏州，国内较早的生物医药创投基金，规模亿。专利评估和技术转移（转行第一站）新技术距离应用太过要选，去高新技术园区看看大家干了什么，去调研基金风投都投了什么项目，了解得知什么项目能获得投资。根据调研，得识贵人，天士力资本。": 1, - "听下来，创业做公司还是有很多事情。投资当然也有很多风险。技术型人才创业，一定最好有好的商业伙伴。": 1, - "听报告": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "药物转化与投资": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "方法学发不了好文章，但可以做好应用。cart疗法（细胞疗法），cd，治愈肿瘤。此疗法是经验化的方案而非药物。没有用量，没有代谢半衰期，没有传统一个商品的概念。cart是个人化的治疗方案，一个人一次生产线，效率低下。": 1, - "用抗体模拟cart的功能，cd，直接用这个抗体，副反应非常强，器官衰竭。医药领域曾经灾难，年。细胞因子风暴，如何控制？免疫学认知进步，计量控制。": 1, - "用了三个抗体连到一块，cc，年专利，单抗，一块多钱一针的成本。细胞和细胞的相互作用，多个位点的相互作用。个纳米的细胞间距。突触间隙nm，让抗体把t细胞跟肿瘤细胞拉得足够近。": 1, - "!jpg": 2, - "在人体上的实验效果也很显著，cd，cd，taa三种抗体。": 1, - "科学研究水平国内外差别不大，但是做事情做工程做转化的能力差了二三十年。t细胞干掉肿瘤细胞的模型。目前双特异性抗体通常是靶向癌细胞表面抗原和细胞表面蛋白质复合物。": 1, - "这种三特异性抗体增设了靶向细胞表面蛋白的靶点。是一种共刺激受体，可以正向调节细胞活化。当抗体与结合后会驱动蛋白clx的表达。抗体连接改造是个技术活（或许可以用折纸作为这种linker？": 1, - "ideas": 1, - "）。分子量较大，主要靠细胞内吞和蛋白酶降解，而非肝肾途径。血液半衰期h。": 1, - "!apriljpg": 1, - "元和原点，总部在苏州，国内较早的生物医药创投基金，规模亿。专利评估和技术转移（转行第一站）新技术距离应用太过要选，去高新技术园区看看大家干了什么，去调研基金风投都投了什么项目，了解得知什么项目能获得投资。根据调研，得识贵人，天士力资本。": 1, - "听下来，创业做公司还是有很多事情。投资当然也有很多风险。技术型人才创业，一定最好有好的商业伙伴。": 1, - "听报告": 1 - }, - "timestamp": 1637653306000 - }, - "03-Projects/97-组会汇报/文献大组会-20211120.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "文献大组会": 1, - "date": 1, - "新生自我介绍，周高昂，湖北襄阳，": 1, - "武汉大学。做毕设到明年四月份。程嘉宁，武汉大学，黑龙江牡丹江。": 1, - "曹晓婕讲了一篇单分子成像观测单个离子通道的工作atel。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "给戴哲泽演示": 1, - "obsidian": 1, - "!rawing": 1, - "excalidraw": 1, - "冯灵玉，si，drug": 1, - "delivery，nanocarrier": 1, - "段沐林，治疗性寡核苷酸。": 1, - "李子慕，多肽与信息存储，质谱读取信息，香港理工。": 1, - "陈倩，核酸适配体修饰了氨基，可以与羧基反应，结合到沙门氏菌上，靶向肿瘤细胞表面受体，然后去杀肿瘤，谭蔚泓大作。eihong": 1, - "an": 1, - "潘改芳，cience": 1, - "，，，小螃蟹，序列编程改变宏观水凝胶形状，软体机器人。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "文献大组会": 1, - "date": 1, - "新生自我介绍，周高昂，湖北襄阳，": 1, - "武汉大学。做毕设到明年四月份。程嘉宁，武汉大学，黑龙江牡丹江。": 1, - "曹晓婕讲了一篇单分子成像观测单个离子通道的工作atel。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "给戴哲泽演示": 1, - "obsidian": 1, - "!rawing": 1, - "excalidraw": 1, - "冯灵玉，si，drug": 1, - "delivery，nanocarrier": 1, - "段沐林，治疗性寡核苷酸。": 1, - 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"不过考虑到这次是联合实验室很多小老板齐聚一堂的工作汇报，时间上应该很紧张，大家的知识背景或多或少是不一样的，所以这个简单粗暴的其实是最为观众考虑的。": 1, - "附件": 1, - "!左小磊ub": 2, - "nanometer": 2, - "asymmetrically": 2, - "draftpptx": 1, - "reportpptx": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "学习整理和汇报工作": 1, - "date": 1, - "左老师这个ppt报告的特征，首先就是有明确的数字信息，基于数字的这种比较（而不是基于语言文字的描述）。虽然这些数字怎么来的我看不懂。另外一个显著的特点是会有一些抓人眼球的图片，虽然这些图片很多时候让人不明就里。总之这个就是只涉及到小学数学的逻辑判断（简单）和只管贴图和标题（粗暴）。": 1, - "这种报告显然是跟樊老师或者说组里的风格高度适配的，非常适用于浅层的，或者说大局上宏观上的工作价值和逻辑判断。他把所有的细节尽可能地折叠了，留待后续更为细致的交流（可能）。这个是值得学习也是我一直在努力的方向，只是我没想到可以粗暴和不严谨（但因为有数字你也不能说人家不严谨）到这种程度（有点报喜不报忧甚至是隐藏致命缺陷）。": 1, - "因为我对于多色成像和条形码多少也了解一点，尹鹏的": 1, - "metafluorophore": 1, - "还余音绕梁呢oehrstein。但是他却跟人家年的工作相比in，我再想他这个无非就是一个所谓的不对称连接，把四面体当作碳原子一样可以连接成任意想要的拓扑结构（理论上）。事实上折纸做": 1, - "tile": 1, - "反而是更成熟的，而且未来说不定还可以搞三维的。至于所谓的控制精度到": 1, - "nm，这个你也拍不出来啊。人家一个折纸就可以是色，如果是再做成任意的": 1, - "tile，就更不得了。如果你是": 1, - "sub": 1, - "nm": 1, - "的": 1, - "metafluorophore，或许人家搞不过你，但是这个时候你也就不存在所谓不对称连接了，因为你多连接几个就突破了这个大小。": 1, - "不过考虑到这次是联合实验室很多小老板齐聚一堂的工作汇报，时间上应该很紧张，大家的知识背景或多或少是不一样的，所以这个简单粗暴的其实是最为观众考虑的。": 1, - 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"tags": 1, - "模板": 1, - "实验室内部，博士后和小老板汇报工作有一个模板：": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "然后我需要把之前文章新的逻辑框架oijuyd的内容稍作修改，制作一版新的，还可以参考之前的博士后工作汇报（博士后项目汇报谢晓冬pptx）。": 1, - "我干脆制作了一个内部工作汇报模板pptx，如果后面要继续做这类工作汇报，就可以直接使用了。": 1, - "初步的成品如下，可以睡好午觉之后让茜姐看下并做修改：": 1, - "!": 1, - "工作汇报": 1, - "pptx": 1, - "她认为关于展望部分中，包括「变形金刚」和「集群纳米机器人」的部分都是粗提，纯粹是一种可能性。而「信息读写加密」是一个需要进一步讲清楚的部分。所以这个部分再单独说说。快速搞几张。这对我来说就是一个考古过程，因为弄这部分内容距离现在已经比较久远了。整理信息读写加密部分的思路和数据": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "搞一下工作简报": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "模板": 1, - "实验室内部，博士后和小老板汇报工作有一个模板：": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "然后我需要把之前文章新的逻辑框架oijuyd的内容稍作修改，制作一版新的，还可以参考之前的博士后工作汇报（博士后项目汇报谢晓冬pptx）。": 1, - "我干脆制作了一个内部工作汇报模板pptx，如果后面要继续做这类工作汇报，就可以直接使用了。": 1, - "初步的成品如下，可以睡好午觉之后让茜姐看下并做修改：": 1, - "!": 1, - "工作汇报": 1, - "pptx": 1, - "她认为关于展望部分中，包括「变形金刚」和「集群纳米机器人」的部分都是粗提，纯粹是一种可能性。而「信息读写加密」是一个需要进一步讲清楚的部分。所以这个部分再单独说说。快速搞几张。这对我来说就是一个考古过程，因为弄这部分内容距离现在已经比较久远了。整理信息读写加密部分的思路和数据": 1 - }, - "timestamp": 1648436868000 - }, - "03-Projects/97-组会汇报/小组会-20211023.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "小组会": 1, - "author": 1, - "谢晓冬": 1, - "date": 1, - "ccsclass": 1, - "imggrid": 1, - "文献分享": 1, - "!asted": 9, - "image": 9, - "png": 9, - "s": 1, - "class\"asidehide\"斑马鱼胚胎s": 1, - "微观尺度机械力作用在胚胎发育和疾病发展中的重要作用逐渐被发现。": 1, - "基底膜较厚时，癌细胞无法穿透，": 1, - "发展成良性肿瘤。": 1, - "洛克菲勒大学的发育生物学家lan": 1, - "odrigues说，力和基因的关系是个关键问题。这不仅是皮肤癌的问题。他说：“力学中的深层问题其实是力与分子有什么关系的问题。”": 1, - "eizo触觉受体发现者，诺奖得主。": 1, - "年cienceoste，首次发现iezo蛋白和功能。": 1, - "发现细胞能够响应不同大小的压力产生电信号。": 1, - "对个基因筛查找到高表达的跨膜通道蛋白。": 1, - "piezo": 2, - "基因（红色）脱颖而出，": 1, - "且多种敲除也验证成功。": 1, - "很多物种都有这个piezo基因表达，": 1, - "器官组织中，膀胱、肺和背部神经节都高表达。": 1, - "蛋白的结构示意图aotome：": 1, - "当细胞膜形变过大时，开口打开，阳离子可通过。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "小组会": 1, - "author": 1, - "谢晓冬": 1, - "date": 1, - "ccsclass": 1, - "imggrid": 1, - "文献分享": 1, - "!asted": 9, - "image": 9, - "png": 9, - "s": 1, - "class\"asidehide\"斑马鱼胚胎s": 1, - "微观尺度机械力作用在胚胎发育和疾病发展中的重要作用逐渐被发现。": 1, - "基底膜较厚时，癌细胞无法穿透，": 1, - 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"吕慧，模板在生物学合成很重要，这里搞了一个handle策略，模板会脱落，起到催化作用。andholdediated": 1, - "trand": 1, - "isplacement。似乎是什么效率或者duration提高了十倍？far": 1, - "from": 1, - "equilibrium。链置换在ynamic": 1, - "anotechnology中非常重要，感觉最后有可能引入蛋白，就像核糖体和": 1, - "t那样。感觉跟有点关系。handhold": 1, - "strand": 1, - "nt。⭐分钟整个体系反应完毕": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "文献大组会": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "郑浩然，自限自组装（胶体金）kinetically": 1, - "controlled，两种类型的纳米晶，对纳米金颗粒的有序组装做出了贡献？不同尺寸的瓜环。ature": 1, - "hemistry": 1, - "谢瑶，eftanded": 1, - "，是什么因素导致形成左旋构象的？左旋机制。因": 1, - "的糖苷键呈顺式，不仅使旋转方向发生改变。而且使": 1, - "残基位于分子表面。左手螺旋如何克服染色质的螺旋扭转力。": 1, - "李宇，相分离，染色质，加盐可以使染色质在体外发生相分离，形成球形液滴。另外两个核小体之间的spacer长度也可以影响。高等整合生物的这个spacer更长。可以阻止乙酰化。乙酰化难以相分离。先分别表达跟核小体，然后混合到一起。": 1, - "罗小骞，离子晶体限域（a，，离子晶体，乙醇挥发析出的颗粒，可能存在各向异性，有aptamer吗？），限制发色团，抑制其非辐射跃迁，从而产生高产率高窄度的蓝色磷光，在材料中可能有用吧。": 1, - "吕慧，模板在生物学合成很重要，这里搞了一个handle策略，模板会脱落，起到催化作用。andholdediated": 1, - "trand": 1, - "isplacement。似乎是什么效率或者duration提高了十倍？far": 1, - "from": 1, - "equilibrium。链置换在ynamic": 1, - "anotechnology中非常重要，感觉最后有可能引入蛋白，就像核糖体和": 1, - 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"confocal": 2, - "皿（玻璃基底）若干": 1, - "以": 1, - "mm": 1, - "well": 1, - "型号的": 1, - "皿为例，需加入体积不超过": 1, - "的细胞悬液，以": 1, - "ea": 1, - "细胞为例，数量在": 1, - "万为宜，注意调整好浓度后再一次性加入皿中": 1, - "铺板结束后轻轻放入细胞培养箱": 1, - "细胞传代后一般放到培养箱中连续培养": 1, - "天；注意避免细胞密度超过": 1, - "新手养细胞建议每次都做细胞计数，对细胞的增殖能力有所了解；细胞培养箱要确保二氧化碳供应稳定，箱内水足够（不然细胞培养基很容易干掉）。": 1, - "实验结束后整理超净台，并用乙醇擦拭台面消毒；将取用培养基、缓冲液和其它试剂放回原处；将垃圾带走，固液分离，若存在生物污染风险，必须进行高温高压灭菌处理": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "细胞传代和铺板": 2, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "tags": 1, - "protocol": 1, - "穿实验服，戴手套，条件允许还需要戴口罩，带上晾干的小垃圾桶": 1, - "进入细胞房前，脱鞋，穿鞋套，穿防尘外套": 1, - "进入细胞房后，乙醇做手消": 1, - "检查超净台耗材情况并按需补充，放入垃圾桶，紫外灭菌min": 1, - "从度冰箱取出分装好的细胞培养基和缓冲液摄氏度水浴": 1, - "超净台灭菌结束，关闭紫外，开风扇吹散臭氧，注意远离避免氧化损伤": 1, - "取出预热的培养基和缓冲液，以及冰箱内的胰酶消化液，乙醇擦拭做表面消毒，再放入超净台": 1, - "从培养箱中取出细胞（以中皿ea为例），放入超净台，吸除旧培养基": 1, - "吸取": 2, - "m": 5, - "缓冲液，轻轻漂洗细胞表面": 1, - "加入": 3, - "胰酶溶液消化细胞，一般": 1, - "分钟，新手注意显微镜观察细胞边缘，若变亮收缩即可": 1, - "新鲜培养基终止消化过程，": 1, - "rpm": 1, - "for": 1, - "min": 1, - "离心去上上清，注意配平": 1, - 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"（体积比）的戊二醛（in": 1, - "）。": 1, - "ea细胞培养基": 1, - "培养基：实验室购买的这一款一般已经添加了": 1, - "m": 1, - "谷氨酰胺": 1, - "的胎牛血清：实验室自购的，注意用滤头过滤添加到培养基中": 1, - "双抗：链霉素和青霉素，防止微生物污染，细胞房目前似乎没有": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "常规细胞实验方法整理": 1, - "date": 1, - "细胞固定": 1, - "对于一般贴壁细胞的固定，常规使用多聚甲醛固定，操作非常简单。": 1, - "从恒温培养箱中取出细胞后，去除培养基，使用℃水浴锅预热的漂洗一到两次，注意动作轻柔避免细胞脱落。": 1, - "加入": 1, - "的多聚甲醛（），静置固定": 1, - "分钟。": 1, - "去除，加入缓冲液漂洗一到两次。": 1, - "如果是想微管结构保存更好，可以使用": 1, - "（体积比）的戊二醛（in": 1, - "）。": 1, - "ea细胞培养基": 1, - "培养基：实验室购买的这一款一般已经添加了": 1, - "m": 1, - "谷氨酰胺": 1, - "的胎牛血清：实验室自购的，注意用滤头过滤添加到培养基中": 1, - "双抗：链霉素和青霉素，防止微生物污染，细胞房目前似乎没有": 1 - }, - "timestamp": 1638233092000 - }, - "03-Projects/3-细胞力学成像/微管超分辨成像的优化.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "微管超分辨成像的优化": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "小结": 1, - "内容": 1, - "这部分工作主要安排给周高昂师弟。让他尽可能做出漂亮的细胞微管超分辨成像的样品。更重要的是掌握利用click反应连接和蛋白质这个技术。从目前的情况来看，他最好是拿标记的二抗来练手。": 1, - "先看看bintegrinbeta貌似快要用完了。可能要再买。然后抗体稀释液，还是买碧云天的吧，免得自己配置的": 1, - "非常容易长菌。然后做": 1, - "click反应的反应体系，要让师弟自己好好琢磨，别一次性就把抗体全嚯嚯干净了。": 1, - "需购试剂": 1, - "免疫染色一抗稀释液": 1, - "beyotimecom": 3, - "免疫荧光染色二抗稀释液": 1, - "羊抗兔g": 1, - "多克隆抗体": 2, - "北京博尔西科技有限公司": 2, - "berseetechcom": 2, - "羊抗鼠g": 1, - "ubulin抗体小鼠单抗": 1, - "买的二抗是羊抗兔，一抗可以用之前剩下且分装好的bbetatubulinbiotin。": 1, - "鼠抗和兔抗": 1, - "目前，大多数用于实验应用的还是鼠单抗。然而，鼠单抗体系的发展严重受限于鼠的脾脏小和近亲繁殖。众所周知，兔有不同于人类和小鼠的免疫应答机制，当用外界抗原进行免疫时，兔能产生强于人和小鼠的免疫应答反应。简单可靠的兔单抗已经成为部分科学家的“小红人”。": 1, - "兔单克隆抗体五大优势": 1, - "知乎": 1, - "zhihucom": 1, - "微管成像的优先级更高": 1, - "又到了年底需要写基金本子度日，这次我打算就写一些tension用于测定细胞内吞过程的题目。这个事情肯定是没人做过的，但是里面有什么问题是有价值有意义的，就需要我们来仔细了解。": 1, - "金仲超之前讲过一篇文献是用成像手段研究了内吞过程中囊泡分离过程，还什么成像（见henga）。内吞过程囊泡从细胞膜表面被拉扯进入微管运输体系，这个有多大的力，确实是大家不知道的。那么如果能够提供这样的测量，或许对于开发纳米载体是有帮助的。": 1, - "既然这样，我在写基金本子的时候，一方面我有丰富的细胞，以及纳米颗粒细胞摄取的工作作为基础（博士期间发表的文章），所以另外一方面，我就是要证明自己有做": 1, - "tension": 1, - "的平台条件和技术基础。目前我们已经拿到了分辨率很好的数据，虽然是折纸。然后细胞的成像，我们其实就需要做下微管。但是现在微管超分辨成像的质量还不高（见完成细胞的微管超分辨成像），主要是细胞状态和背景的问题。": 1, - "基于这样的需求，我得安排周高昂师弟拿到一些好看的细胞微管超分辨成像的图才行。至于是不是用": 1, - "click": 2, - "反应实现的不重要。所以可以让他还是先用": 1, - "biotinavidin": 2, - "的方案来做，注意在使用一抗之前，加上内源biotin封闭这一步就行（见完成细胞的微管超分辨成像vidin预先连接）。": 1, - "周高昂师弟因为疫情防控相关政策，不能入校。这次实验后面的部分由我完成。前期让他整理了一下整个": 1, - "的微管标记方案，还不错。": 1, - "周高昂第三次biotinavidin和click方法对细胞微管超分辨成像pdf": 1, - "他昨天下午铺板了，我就接着细胞固定开始做。": 1, - "周高昂师弟因为疫情防控相关政策，直接放假回家了，这方面工作等到来年再说。我感觉可以买一下": 1, - "zeba": 1, - "的脱盐柱，然后再做这个": 1, - "反应，把链接到二抗上。": 1, - "年月日": 1, - "开学已经两周，第一周让周师弟把细胞养起来，第二周让他尝试了一下，验证内源性biotin和游离荧光链的吸附问题。结果发现确实存在大量的内源性biotin，而且荧光链也确实会有一些非特异性吸附，后面让他对二抗做click反应连接，然后用zeba的脱盐柱来去除没有连接上的荧光链。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "微管超分辨成像的优化": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "小结": 1, - "内容": 1, - "这部分工作主要安排给周高昂师弟。让他尽可能做出漂亮的细胞微管超分辨成像的样品。更重要的是掌握利用click反应连接和蛋白质这个技术。从目前的情况来看，他最好是拿标记的二抗来练手。": 1, - "先看看bintegrinbeta貌似快要用完了。可能要再买。然后抗体稀释液，还是买碧云天的吧，免得自己配置的": 1, - "非常容易长菌。然后做": 1, - "click反应的反应体系，要让师弟自己好好琢磨，别一次性就把抗体全嚯嚯干净了。": 1, - "需购试剂": 1, - "免疫染色一抗稀释液": 1, - "beyotimecom": 3, - "免疫荧光染色二抗稀释液": 1, - 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"下午四点去了细胞房之后，先看了下细胞情况，大皿的长得有点密了，消化后传代，w铺大皿，w铺中皿，然后再铺了个": 1, - "confocal皿，w细胞每个皿。": 1, - "然后再做的细胞固定，度的甲醇固定分钟，效果还不错，至少细胞没有鼓泡和明显的皱缩。然后洗了两三遍，再加入": 1, - "封闭（放到度冰箱中孵育）小时。": 1, - "晚上七点过去，去掉封闭液，直接换上一抗，度冰箱孵育过夜，明天早上可以去看下confocal。": 1, - "这个玩意儿在系统楼，使用时如果是直接破膜，用量为": 1, - "（vv）in": 1, - "，如果是": 1, - "wash": 1, - "buffer，用量为": 1, - "，孵育完一抗之后要洗三遍。": 1, - "我做了两个样品，一个是click反应直接连接": 1, - "ocking": 2, - "strand": 2, - "的一抗，可以漂洗完就看": 1, - "confocal。另外一个是通过": 1, - "连接": 1, - "strand，需要再准备一下": 1, - "avidin。": 1, - "vidin预先连接": 1, - "avidin：终浓度": 1, - "nmolm（稀释，μ": 2, - "抗体稀释液）": 1, - "docking链：终浓度为": 1, - "）": 1, - "这是之前细胞微管超分辨成像实验所用的比例。由于是预连接，我希望": 1, - "是倍过量，所以这里的体系修改为：": 1, - "vidin：": 1, - "u": 12, - "trand": 1, - "原液（详见iotin修饰和炔基修饰的docking链nxig）：": 1, - "x": 1, - "（注意补充al到m，避免相对盐离子浓度变化引起的聚集）：": 1, - "`adnote": 3, - "封闭内源性biotin": 1, - "在查找资料的时候发现，细胞内部本身也有很多biotin位点，需要先做block。就先在加一抗之前，就用avidin跟这些位点结合，然后再加过量的biotin，然后再进入后续的免疫荧光染色操作。详见lockendogenousbiotinpdf": 1, - "`": 4, - "这个内源性biotin的问题，现在已经没有办法解决了，不过可以测试vidin预连接的优势如何？但是实验预期仍然是失败的。所以接下来我能想到的是，预连接抗体avidin和biotin修饰的，这样是最简单的，然后直接超滤，晚上再做一个，今天这个样品就算废了。": 1, - "蛋白质浓缩问题": 1, - "要浓缩的样品含盐量必须以上，含盐量低的样品须补加到": 1, - "al": 1, - "对称放置ka超滤管和离心管，": 1, - "g": 3, - "离心": 1, - "分钟": 1, - "离心结束后，内管倒置套在另一个干净的离心管中，": 1, - "min": 1, - "离心收集": 1, - "蛋白质浓缩问题——超滤浓缩管的使用及保存": 1, - "实验方法": 1, - "丁香通": 1, - "biomartcn": 1, - "eutrvidin在中溶解性不佳": 1, - "eutrvidin对于细胞lectin的非特异性结合较弱，然后等电点在，是目前所有vidin中最好的。但是它在中溶解性不佳，可以添加": 1, - "的甘油。": 1, - "详见eutrvidiniotinindroteinpdf": 1, - "制备偶联抗体": 1, - "参考ungmann文章：": 1, - "vidin（": 1, - "mgm）与": 1, - "iotin": 1, - "室温避光混合孵育（gentle": 1, - "shaking）分钟": 1, - "上述混合液再加入": 1, - "biotin修饰的": 1, - "tubulin单克隆抗体（mgm），同样是": 1, - "分钟，然后用": 1, - "的超滤管去除没有连接的": 1, - "avidin和": 1, - "但是我想了一下，这个做成的可能性很高，可惜这周没有机时了，我也不想熬夜。关于免疫荧光染色实验，像这种公司都有很详细说明👉成功的免疫荧光法：固定和通透": 1, - "cellsignalcn": 1, - "我们的avidin，如果没记错，每管应该是": 1, - "u，然后稀释到": 1, - "u，是": 1, - "mgm，所以原始浓度是": 1, - "mgm，所以我得稀释十倍，加入": 1, - "的即可。": 1, - "tubulin我们的是只有": 1, - "ugm，所以要用": 1, - "的样子。最终体积可以用调整到": 1, - "用来做超滤。": 1, - "后续实验安排": 1, - "周四晚上让戴哲泽帮我拍一下。但是明天我要去五院复查，一大早就去挂号然后各种检查之类的。估计下午才回来。所以今天晚上可以把孵育上一抗的细胞拿回转化楼就放到冰箱里边。抗体也不用回收了。后面记得买一下碧云天的抗体稀释液，不容易长菌。": 1, - "我培养了四个细胞，都用": 1, - "固定": 1, - "分钟，然后漂洗一下，只用其中一个最好的，做通透和封闭处理，两个小时，就可以把东西都拿回来在转化楼干。然后制备偶联抗体至少一个小时，然后去把一抗孵育上去。": 1, - "处理通透了": 1, - "min，然后": 1, - "的封闭了两个半小时，然后做偶联抗体，用了": 1, - "抗体，相当于": 1, - "mgm": 1, - "的抗体弄到多少体积为": 1, - "ugm": 1, - "？，其实是": 1, - "u，所以待会儿超滤过后，直接加入": 1, - "（相当于抗体终浓度": 1, - "ugm），明天多孵育点时间。以后注意细胞还是铺到": 1, - "mm": 1, - "的confocal": 1, - "dish": 1, - "中，不然抗体不够用。": 1, - "晚上才把一抗回收，用": 1, - "·g": 1, - "buffer": 1, - "ween": 1, - "漂洗了三次，然后再加入": 1, - "imaging": 2, - "solution，然后加封口膜，加锡箔纸，拿到地下室房间去。": 1, - "solution": 1, - "参考上次计划帮丁龙江做个单分子成像年月日的方案": 1, - "mager：": 1, - "imager（），n，取": 1, - "u，终浓度": 1, - "n": 1, - "iducial": 1, - "arker：": 1, - "nm": 2, - "reen": 1, - "luophere，取": 1, - "u，稀释": 1, - "倍": 1, - "uffer：x": 1, - "vv": 1, - "ween，取": 1, - "u，补足到": 1, - "otal": 1, - "volume：": 1, - "成像参数和步骤": 1, - "先开卤素灯，用明场和低倍镜快速找到合适的，细胞形态较好的细胞。": 1, - "稍微降下物镜位置，将物镜切换到": 1, - "倍油镜（可提前上油）。": 1, - "使用较低的激光功率，cy": 1, - "单通寻找微管稍微比较清楚的细胞": 1, - "使用": 1, - "激光通道（激光功率）查看合适的穿透深度（": 1, - "nm）和旋转角（d）。": 1, - "调整至微管成像的最佳焦面。注意的激光仍然会部分激发": 1, - "cy": 1, - "信号，勉强能看清微管，且左侧通道也有清晰的信号点闪烁，而细胞外的信号点闪烁比较糊时，即为合适焦面。": 1, - "曝光时间设定为": 1, - "ms，锁焦面，设定拍摄": 1, - "帧，关灯拉帘子，开始拍摄。": 1, - "`adcaution": 1, - "前期观察结果": 1, - "细胞外的背景还是挺强的": 1, - "cy通道能够被的激发": 1, - "cy激发也能造成一些，产生": 1, - "拍摄一次产生的数据有": 1, - "过夜拍摄了之后，又再找了一个微管更好的细胞再拍一次。先尝试": 1, - "激光功率，": 1, - "ms": 2, - "曝光拍摄": 1, - "帧，后面再尝试": 1, - "拍。避免谁谁要用机时。因为我今天白天实际没有机时。": 1, - "选取了局部先做一下超分辨的效果看看情况，结果超分辨是有，微管分辨率在": 1, - "左右，但是背景也有点高，而且微管不连续。难怪要拍摄很长时间才行。依我看": 1, - "帧都是需要的。总之需要优化的地方还不少。": 1, - "!zcpng": 1, - "后来尝试直接在": 1, - "ai": 1, - "中完成两个图像的merge比较，效果如顶图，可以操作，但是比较慢，而且也不够准确。后续还可以尝试用编程的方式来配准和分割，甚至做成动画。": 1, - "!tubulin": 1, - "zip": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 5, - "完成细胞的微管超分辨成像": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "!asted": 4, - "image": 4, - "png": 4, - "总算勉强完成了细胞微管的超分辨成像，虽然分辨率只有": 1, - "nm左右，而且背景很糟糕。后续如果还要用avidin的方式，最好把细胞做biotin封闭。": 1, - "内容": 1, - "年月日": 4, - "昨天上午就细胞铺板了。不过细胞有点杨过了，大盘的ea冻存了两管，传代了一个大盘，然后剩下一点点铺了两个": 1, - 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"cellsignalcn": 1, - "我们的avidin，如果没记错，每管应该是": 1, - "u，然后稀释到": 1, - "u，是": 1, - "mgm，所以原始浓度是": 1, - "mgm，所以我得稀释十倍，加入": 1, - "的即可。": 1, - "tubulin我们的是只有": 1, - "ugm，所以要用": 1, - "的样子。最终体积可以用调整到": 1, - "用来做超滤。": 1, - "后续实验安排": 1, - "周四晚上让戴哲泽帮我拍一下。但是明天我要去五院复查，一大早就去挂号然后各种检查之类的。估计下午才回来。所以今天晚上可以把孵育上一抗的细胞拿回转化楼就放到冰箱里边。抗体也不用回收了。后面记得买一下碧云天的抗体稀释液，不容易长菌。": 1, - "我培养了四个细胞，都用": 1, - "固定": 1, - "分钟，然后漂洗一下，只用其中一个最好的，做通透和封闭处理，两个小时，就可以把东西都拿回来在转化楼干。然后制备偶联抗体至少一个小时，然后去把一抗孵育上去。": 1, - "处理通透了": 1, - "min，然后": 1, - "的封闭了两个半小时，然后做偶联抗体，用了": 1, - "抗体，相当于": 1, - "mgm": 1, - "的抗体弄到多少体积为": 1, - "ugm": 1, - "？，其实是": 1, - "u，所以待会儿超滤过后，直接加入": 1, - "（相当于抗体终浓度": 1, - "ugm），明天多孵育点时间。以后注意细胞还是铺到": 1, - "mm": 1, - "的confocal": 1, - "dish": 1, - "中，不然抗体不够用。": 1, - "晚上才把一抗回收，用": 1, - "·g": 1, - "buffer": 1, - "ween": 1, - "漂洗了三次，然后再加入": 1, - "imaging": 2, - "solution，然后加封口膜，加锡箔纸，拿到地下室房间去。": 1, - "solution": 1, - "参考上次计划帮丁龙江做个单分子成像年月日的方案": 1, - "mager：": 1, - "imager（），n，取": 1, - "u，终浓度": 1, - "n": 1, - "iducial": 1, - "arker：": 1, - "nm": 2, - "reen": 1, - "luophere，取": 1, - "u，稀释": 1, - "倍": 1, - "uffer：x": 1, - "vv": 1, - "ween，取": 1, - "u，补足到": 1, - "otal": 1, - "volume：": 1, - "成像参数和步骤": 1, - "先开卤素灯，用明场和低倍镜快速找到合适的，细胞形态较好的细胞。": 1, - "稍微降下物镜位置，将物镜切换到": 1, - "倍油镜（可提前上油）。": 1, - "使用较低的激光功率，cy": 1, - "单通寻找微管稍微比较清楚的细胞": 1, - "使用": 1, - "激光通道（激光功率）查看合适的穿透深度（": 1, - "nm）和旋转角（d）。": 1, - "调整至微管成像的最佳焦面。注意的激光仍然会部分激发": 1, - "cy": 1, - "信号，勉强能看清微管，且左侧通道也有清晰的信号点闪烁，而细胞外的信号点闪烁比较糊时，即为合适焦面。": 1, - "曝光时间设定为": 1, - "ms，锁焦面，设定拍摄": 1, - "帧，关灯拉帘子，开始拍摄。": 1, - "`adcaution": 1, - "前期观察结果": 1, - "细胞外的背景还是挺强的": 1, - "cy通道能够被的激发": 1, - "cy激发也能造成一些，产生": 1, - "拍摄一次产生的数据有": 1, - "过夜拍摄了之后，又再找了一个微管更好的细胞再拍一次。先尝试": 1, - "激光功率，": 1, - "ms": 2, - "曝光拍摄": 1, - "帧，后面再尝试": 1, - "拍。避免谁谁要用机时。因为我今天白天实际没有机时。": 1, - "选取了局部先做一下超分辨的效果看看情况，结果超分辨是有，微管分辨率在": 1, - "左右，但是背景也有点高，而且微管不连续。难怪要拍摄很长时间才行。依我看": 1, - "帧都是需要的。总之需要优化的地方还不少。": 1, - "!zcpng": 1, - "后来尝试直接在": 1, - "ai": 1, - "中完成两个图像的merge比较，效果如顶图，可以操作，但是比较慢，而且也不够准确。后续还可以尝试用编程的方式来配准和分割，甚至做成动画。": 1, - "!tubulin": 1, - "zip": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "timestamp": 1641781644000 - }, - "03-Projects/3-细胞力学成像/1-实验记录/细胞微管超分辨成像实验.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "细胞微管超分辨成像实验": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "在注意细胞固定和使用ween之后，终于用基于avidin的方法把微管标记上docking": 1, - "strand": 2, - "了，但是背景很高。": 1, - "内容": 1, - "这周让周高昂师弟尝试": 1, - "biotinβtubulin一抗，再加": 1, - "avidin（作为二抗），再加": 1, - "biotin修饰的链的方式，把ocking": 1, - "标记到细胞的微管上，方便后面做超分辨成像。": 1, - "材料和步骤": 1, - "一抗：带biotin的βubulin单抗": 1, - "（": 1, - "μgm，": 1, - "ka，": 2, - "nmolm）": 1, - "avidin（mgm，": 1, - "nmolm，已分装": 1, - "u每管）": 1, - "带有biotin和cy标记的": 1, - "docking链（未分装，": 1, - "nmolm": 2, - "）": 2, - "上述所需材料要稀释到一定终浓度使用：": 1, - "一抗：终浓度": 1, - "的带有biotin的βubulin单抗（稀释，μ": 1, - "in": 3, - "m": 4, - "抗体稀释液）": 2, - "avidin：终浓度": 1, - "nmolm（稀释，μ": 2, - "docking链：终浓度为": 1, - "操作上类似免疫荧光染色，详见第一次细胞微管超分辨成像实验，需要注意的是：": 1, - "一抗要回收，而vidin蛋白和无需回收": 1, - "开始加抗体之后的一些漂洗步骤，最好是放置在摇床上晃一晃，大概一分钟（为了加速分子扩散过程并给其足够的时间），然后把液体吸干净（m": 1, - "的枪头较难吸干就用u的枪头）": 1, - "标记完，漂洗三遍之后，如果confocal看成像效果不好（高背景，以及细胞外有很多信号），再加入": 1, - "的": 4, - "放到摇床上避光脱色半个小时（转速可以稍微高点）。": 1, - "由于本周预约机时紧张，我只约到了周二的时间，所以今天周一就让师弟把这个弄起来，这样明天就能做了。": 1, - "confocal就没拍出来": 1, - "!asted": 4, - "image": 4, - "png": 4, - "由于赶工，让师弟用之前固定然后放置到度的老ea细胞拍拍看，结果还是没能染出微管来。分析有以下原因：": 1, - "细胞没有固定好，结构逐渐破坏": 1, - "摇床力道太大，细胞结构遭破坏": 1, - "avidin和荧光还是存在明显的非特异性吸附需要搞掉": 1, - "总之让师弟吸取经验教训，~~下午接着干~~": 1, - "后天传细胞铺板再好好整一整。注意非特异性吸附，还是得用": 1, - "的ween": 1, - "来解决。": 1, - "细胞固定液的问题": 1, - "我们的多聚甲醛很可能不行了，细胞固定能力较差，所以后面固定时间设置为": 1, - "min。": 1, - "第一次biotinavidin方法对细胞微管超分辨成像pdf": 1, - "让师弟整理下经验教训，感觉缺乏自己的思考，很多是在记录我说的话。不过他先能记住也是好的。": 1, - "成像拍摄步骤": 1, - "找戴哲泽要": 1, - "nt": 1, - "imager": 3, - "加入": 1, - "solution，包含终浓度为": 1, - "n": 1, - "和": 1, - "荧光小球（": 1, - "nm）": 1, - "找到焦面后，用cy通道对微管进行成像，静置分钟后拍": 1, - "拍摄参数，曝光时间ms，激光功率，拍摄帧数帧，使用s，xbin": 1, - "周师弟拍的confocal的效果": 1, - "用的": 1, - "avidin": 1, - "的方案，总算把连接到微管上了，不过这个背景还是有点高，虽然加了": 1, - "ween。后面考虑先预杂交": 1, - "aividin和，然后超滤纯化一下，然后就省去三抗孵育的时间。同时减少": 1, - 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"的": 4, - "放到摇床上避光脱色半个小时（转速可以稍微高点）。": 1, - "由于本周预约机时紧张，我只约到了周二的时间，所以今天周一就让师弟把这个弄起来，这样明天就能做了。": 1, - "confocal就没拍出来": 1, - "!asted": 4, - "image": 4, - "png": 4, - "由于赶工，让师弟用之前固定然后放置到度的老ea细胞拍拍看，结果还是没能染出微管来。分析有以下原因：": 1, - "细胞没有固定好，结构逐渐破坏": 1, - "摇床力道太大，细胞结构遭破坏": 1, - "avidin和荧光还是存在明显的非特异性吸附需要搞掉": 1, - "总之让师弟吸取经验教训，~~下午接着干~~": 1, - "后天传细胞铺板再好好整一整。注意非特异性吸附，还是得用": 1, - "的ween": 1, - "来解决。": 1, - "细胞固定液的问题": 1, - "我们的多聚甲醛很可能不行了，细胞固定能力较差，所以后面固定时间设置为": 1, - "min。": 1, - "第一次biotinavidin方法对细胞微管超分辨成像pdf": 1, - "让师弟整理下经验教训，感觉缺乏自己的思考，很多是在记录我说的话。不过他先能记住也是好的。": 1, - "成像拍摄步骤": 1, - "找戴哲泽要": 1, - "nt": 1, - "imager": 3, - "加入": 1, - "solution，包含终浓度为": 1, - "n": 1, - "和": 1, - "荧光小球（": 1, - "nm）": 1, - "找到焦面后，用cy通道对微管进行成像，静置分钟后拍": 1, - "拍摄参数，曝光时间ms，激光功率，拍摄帧数帧，使用s，xbin": 1, - "周师弟拍的confocal的效果": 1, - "用的": 1, - "avidin": 1, - "的方案，总算把连接到微管上了，不过这个背景还是有点高，虽然加了": 1, - "ween。后面考虑先预杂交": 1, - "aividin和，然后超滤纯化一下，然后就省去三抗孵育的时间。同时减少": 1, - "非特异性吸附的问题。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "timestamp": 1641259776000 - 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"rotocolchnitzbauer。": 1, - "已有抗体": 1, - "之前陆陆续续在优宁维买了一些抗体，整理如下：": 1, - "integrin": 1, - "β": 1, - "单抗：（），兔源，细胞膜蛋白": 1, - "βctin": 1, - "单抗：bsin（abs），鼠源，细胞微丝": 1, - "羊抗鼠g（二抗）：bsin（": 1, - "absss），结合鼠源抗体": 1, - "βubulin单抗：bsin（），鼠源，细胞微管，浓度": 1, - "µgml": 2, - "生物素化": 1, - "βubulin": 1, - "单抗：（），兔源，细胞微管，浓度": 1, - "fjhibp": 1, - "连接生物素化抗体": 1, - "在年ungmann的工作中ungmann，用的是iotin修饰的抗体，再连接avidin，再上docking": 1, - "链的方式，而且也需要": 1, - "flow": 1, - "chamber。": 1, - "irst": 1, - "μl": 4, - "of": 6, - "mgml": 3, - "streptavidin": 1, - "dissolved": 1, - "in": 9, - "buffer": 2, - "was": 2, - "reacted": 1, - "with": 11, - "biotinylated": 2, - "docking": 1, - "strands": 1, - "at": 4, - "μ": 1, - "and": 6, - "an": 1, - "additional": 1, - "for": 7, - "min": 7, - "room": 1, - "temperature": 1, - "while": 1, - "gently": 1, - "shaking": 1, - "solution": 1, - "then": 1, - "incubated": 1, - "a": 4, - "second": 1, - "step": 1, - "monoclonal": 1, - "antibodies": 1, - "against": 2, - "the": 4, - "protein": 1, - "interest": 1, - 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"h，再固定。固定完了还需要用硼氢化钠还原，然后再用": 1, - "做通透，然后用": 1, - "做封闭，再用抗体过夜孵育。孵育完了之后，漂洗，再做一次后固定，然后用漂洗。": 1, - "还需要购买的一些东西": 1, - "a：硼氢化钠，抗原修复用（弃用）": 1, - "：曲拉通，细胞通透用（有库存）": 1, - "glutaraldehyde：戊二醛，细胞固定用（弃用）": 1, - "：牛血清白蛋白，封闭非特异性抗原用（有库存）": 1, - "已布置给周高昂师弟购买，让他都在sigma": 1, - "中购买，另外biotin修饰的": 1, - "docking链，其实我之前都前前后后买过两次，用来做": 1, - "sm": 1, - "的。连抗体不用着急，可以先做一做普通的tubulin或者actin的免疫荧光成像，看看特异性效果。": 1, - "complete": 1, - "采购": 1 - }, - "timestamp": 1639986132000 - }, - "03-Projects/3-细胞力学成像/1-实验记录/第一次细胞微管超分辨成像实验.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "第一次细胞微管超分辨成像实验": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "!asted": 12, - "image": 12, - "png": 12, - "普通免疫荧光染色做得还可以，但是click反应连接抗体和还是有点问题。": 1, - "内容": 1, - "在整理细胞微管成像方法中已经罗列目前有的东西，其实是可以做一次普通的免疫荧光成像（羊抗鼠g": 1, - "和": 1, - "βubulin单抗）和一次超分辨成像（biotin": 1, - "βubulin": 1, - "单抗vidinbiotinockingtrand）的。但本质上都是相同的操作流程（免疫荧光染色）。": 1, - "微管的免疫荧光成像": 1, - "试剂准备": 1, - "基础缓冲液：": 1, - "（p": 1, - "）": 1, - "细胞通透液：": 1, - "vv": 1, - "riton": 1, - "in": 7, - "抗原封闭液：": 1, - "wv": 1, - "抗体稀释液：": 1, - "一抗：": 1, - "ugm": 1, - "βubulin鼠源单抗（": 1, - "抗体稀释液": 2, - "二抗：": 1, - "羊抗鼠g": 1, - "细胞固定液：": 1, - "操作步骤": 1, - "固定，": 1, - "min": 6, - "漂洗，": 6, - "洗三次": 6, - "通透，riton": 1, - "孵育": 1, - "封闭，": 1, - "封闭": 1, - "标记，一抗过夜避光低温孵育（水平摇床，~": 1, - "rpm）": 1, - "染色，二抗孵育": 1, - "h": 1, - "后固定，": 1, - "查询物品存放地点": 1, - "实验结果": 1, - "ep细胞太小微管不明显": 1, - "通过上述简单的流程先尝试对手上已有的ep细胞做一个免疫荧光染色，结果如上所示，虽然师弟操作过程中有些波折，但主要问题还是这个细胞不大适合做微管成像。": 1, - "年月日": 4, - "铺了梁承品的ea细胞，明天让师弟试着再做一次，还可以自行摸索，用下zeiss的airyscan超分辨成像功能。": 1, - "wpasicrincipleiryscanpdf": 1, - "wplusracticaluideofeconvolutionpdf": 1, - "productinfopdf": 1, - "今天下午三点到五点还是跟着去拍了一下细胞微管，做得还是不错的，拍到了典型的细胞微管的图像。结果暂时还没有弄出来，最后拍了一个双色的iryscan的细胞。感觉iryscan的效果也没有说明书上的那么好。另外细胞质量不佳，ea似乎也有一些支原体污染。": 1, - "细胞微管confocal效果": 1, - "如上图所示，这次微管拍的效果还行。一方面确实ea这个细胞拍出来的微管效果更好，另外师弟也确实没有把拍摄参数调整到最优，事实上用zeiss的confocal拍微管，要扫描速度足够慢才行。": 1, - "riyscan超分辨效果": 1, - "airyscan在做后处理的时候一个": 1, - "autofilter，感觉弱的信号就被去除了。至于具体的提高分辨率的效果，可以看下放大的局部细节图：": 1, - "感觉分辨率提升还是有限的。": 1, - "ea微管的超分辨成像": 1, - "东西都是齐全的（见iotin修饰和炔基修饰的docking链），现在我需要选择是用avidin的方案，还是click反应直接连的方案。这个还用说吗？如果东西都齐全，自然是选择最优的方案来做，所以今天上午就可以把抗体连上。": 1, - "抗体修饰": 1, - "需要用炔基修饰的，购自akara，序列详见下方。": 1, - "：cy": 1, - "vmjs": 1, - "抗体选用已经做过的": 1, - "βubulin单抗（bsin，），最好确认下这个抗体的大小，一般g都是k（摩尔分子质量": 1, - "w": 1, - "gmol），所以完全可以用": 1, - "k": 1, - "的超滤管。": 1, - "取": 1, - "u": 15, - "抗体（浓度": 1, - "ugu": 1, - "p）与": 1, - "叠氮化试剂（in": 1, - "，": 1, - "m，参考试剂配制计算表配置crosslinker溶液）混合后室温避光反应": 1, - "发现我们买的规格是mg，加了m的之后，实际浓度应该是": 1, - "m": 4, - "用了接近u抗体，所以总体积可能在": 1, - "u，抗体分子的摩尔数大概是": 1, - "nmol": 1, - "叠氮化反应溶液立即加入": 1, - "ris·l": 2, - "p": 2, - "终止反应，室温避光孵育min": 1, - "主要靠ris来竞争酰化反应过程实现反应终止": 1, - "转移至超滤管": 1, - "illipore": 1, - "a，加入": 1, - "缓冲液，": 1, - "g": 2, - "离心": 2, - "~": 1, - "分钟，使用该缓冲液": 1, - "µ": 1, - "洗涤": 1, - "次": 1, - "向超滤管中加入": 1, - "的缓冲液，室温静置min，倒置放入干净的": 1, - "离心管中，": 1, - "中洗脱叠氮修饰的蛋白质产物（": 1, - "get）。": 1, - "加入倍量的炔基修饰链（": 1, - "缓冲液，摩尔数到": 1, - "nmol，浓度自行计算），分成两管，做成两个反应，各加入": 1, - "的": 1, - "click": 1, - "反应试剂（新开试剂盒总共提供了": 1, - "m，液），用超纯水补足体积到": 1, - "u（in": 1, - "m离心管）": 1, - "akara买的链，得有，戴哲泽师弟说添加了buffer，但是浓度已经不清楚了。": 1, - "炔基链的分子量大概是，就得有": 1, - "nmol，": 1, - "就是": 1, - "nmol，如果稀释到": 1, - "（umol": 1, - "nmolm的浓度，大概要加buffer": 1, - "u。": 1, - "炔基已按照": 1, - "每管进行了分装，冻存于度。": 1, - "盖上盖子vortex": 1, - "秒混匀": 1, - "加入": 3, - "u（click反应试剂盒提供，液），vortex混匀": 1, - "lick": 2, - "additive": 2, - "solution（新开试剂盒需加超纯水u溶解，液），vortex": 1, - "秒，等待两分钟": 1, - "solution（新开试剂盒需加超纯水u溶解，液），vortex混匀，溶液变为亮橙色": 1, - "室温静置反应h，全程注意避光": 1, - "ka": 1, - "离心管超滤漂洗三次，操作同": 1, - "step": 2, - "每个超滤管中各加入": 1, - "缓冲液，静置五分钟后洗脱，同": 1, - "😲注意事项": 1, - "所提到的缓冲液和additive": 1, - "solution要临时配置（可能要用到p计），注意参考说明书（见click反应试剂盒说明书pdf。": 1, - "用孙晨蕴在生工买的": 1, - "risl": 1, - "p，注意跟她说一下。": 1, - "然后用放在干燥试剂柜中的，sigma牌子的，按照郑浩然的说法，得用": 1, - "的注射器抽取": 1, - "。避免针孔太大。": 1, - "📍后续操作": 1, - "给周高昂师弟安排了一下：基本同普通的免疫荧光染色，把细胞固定之后，不用染细胞核，做好通透，然后封闭，然后孵育一抗过夜。明天早上让师弟漂洗一下，不用加二抗，直接confocal拍拍看。": 1, - "今天有事请假，显然周高昂拍个confocal看看，结果如上。可能抗体做了click反应之后还是会存在一些问题。从上面的结果来看，抗体蛋白应该是修饰上了，不然不会有cy的荧光。我估计还是click反应影响了抗体的特异性。这个click反应可能需要再摸索。": 1, - "另外这个样品做的结果如上，感觉跟confocal中看到的差不多。再要求看了下成像时候的背景，感觉是非常高的。结合茜姐之前做的分析，我感觉也只能说是抗体蛋白在多轮纯化过程中发生了变性。因为同样的操作我们做普通的免疫荧光染色问题是不大的，为啥这里会出问题。。。": 1, - "实在不行，后面还是考虑用biotin修饰的抗体来搞，只不过是把二抗换为avidinbiotin修饰的docking链而已。完全不用纯化，因为免疫染色的步骤中就有好多次漂洗。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "第一次细胞微管超分辨成像实验": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "!asted": 12, - "image": 12, - "png": 12, - "普通免疫荧光染色做得还可以，但是click反应连接抗体和还是有点问题。": 1, - "内容": 1, - "在整理细胞微管成像方法中已经罗列目前有的东西，其实是可以做一次普通的免疫荧光成像（羊抗鼠g": 1, - "和": 1, - "βubulin单抗）和一次超分辨成像（biotin": 1, - "βubulin": 1, - "单抗vidinbiotinockingtrand）的。但本质上都是相同的操作流程（免疫荧光染色）。": 1, - "微管的免疫荧光成像": 1, - "试剂准备": 1, - "基础缓冲液：": 1, - "（p": 1, - "）": 1, - "细胞通透液：": 1, - "vv": 1, - "riton": 1, - "in": 7, - "抗原封闭液：": 1, - "wv": 1, - "抗体稀释液：": 1, - "一抗：": 1, - "ugm": 1, - "βubulin鼠源单抗（": 1, - "抗体稀释液": 2, - "二抗：": 1, - "羊抗鼠g": 1, - "细胞固定液：": 1, - "操作步骤": 1, - "固定，": 1, - "min": 6, - "漂洗，": 6, - "洗三次": 6, - "通透，riton": 1, - 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"png": 1, - "从这个结果来看，至少有两个问题，一个是细胞膜上为啥被": 1, - "hoechst": 1, - "染上色了，另外一个是": 1, - "holestrol": 1, - "标记的": 1, - "cy荧光链怎么跑到细胞内部去了。由于染色都是在细胞固定之后发生的，如果细胞膜是完整的，那么理论上荧光链不会自发跑进去。": 1, - "支原体污染": 1, - "!imgpng": 1, - "刚刚查了一下，oechst这个染料分子会嵌入到的小沟中，这种状况，很可能是支原体污染。": 1, - "利用荧光染剂（bisbenzimide": 1, - "oechst": 1, - "）侦测支原体污染。此染剂会结合到之denosinehymidine": 1, - "rich区域，因为支原体之中含量占多数（～），所以可将其染色而侦测。被支原体污染之细胞经染色后，在细胞核外与细胞周围可看到许多大小均一之荧光小点，即为支原体之，证明有支原体之污染。": 1, - "支原体污染的来源包括工作环境的污染、操作者本身的污染（一些支原体在人体是正常菌群）、培养基的污染、污染支原体的细胞造成的交叉污染、实验器材带来的污染和用来制备细胞的原始组织或器官的污染。": 1, - "国内外研究表明，％以上是以下四种支原体：口腔支原体（orale）、精氨酸支原体（arginini）、猪鼻支原体（hyorhinis）和莱氏无胆甾原体（laidlawii），为牛源性。所以细胞房还是要带口罩。": 1, - "经查，碧云天有一些支原体去除试剂": 1, - "固定后细胞膜被破坏": 1, - "「如果固定后再染，几乎全部染色」，网友如是说，这说明做完细胞固定之后，细胞膜肯定会受损，所以就出现了这种情况。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "核酸适配体验证实验": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "用我们手上已有的和ep细胞验证适配体失败。核酸适配体还是太难搞了，就算人家发了cience的荧光适配体，我早期做的spinach，效果也不是那么好。以后即便要重复别人的工作，还是得慎重。后来觉得也有可能是细胞被支原体寄生污染了。": 1, - 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"biotincy": 1, - "（同上）": 1, - "nxig": 1, - "是最早在生工购买的，剩下两个是hermo买的，所以这种biotin修饰的链，其实可以不着急订购，炔基修饰用于做": 1, - "click": 2, - "反应的": 1, - "链，可以问下大家有没有推荐的。": 1, - "这里整理完想到，也许有可能做一个双色的细胞的，那么就少一个线粒体的抗体。但是如果要完全重复ungmann，最好是有的setup。": 1, - "炔基修饰docking链": 1, - "可以先看下文献chnitzbauer，虽然推荐了两种方式，但还是会采用更为简单的click反应来连接抗体和ong。click反应试剂盒": 1, - "购买了很久了。": 1, - "炔基链据说最好是在takara上订购，但是货期比较慢，所以不妨先走快一点点的，从生工和takara上同时订购，反正这个估计消耗也比较大。": 1, - "jungmann推荐连抗体方法": 1, - "抗体超滤浓缩到浓度大于": 1, - "mgm": 1, - "按摩尔比例混合crosslinker跟抗体，度避光孵育反应分钟": 1, - "使用": 1, - "zeba": 1, - "脱盐柱子去除多余的": 1, - "linker": 1, - "加入要标记的，跟抗体的摩尔比例为，室温避光反应": 1, - "h": 1, - "超滤去除多余的，做好的标记抗体最多可以在度保存六个月": 1, - "茜姐之前的方法": 1, - "参考茜姐之前在实验室做过的方案感觉更加靠谱一点。抗体需要被叠氮化，然后需要有炔基修饰。": 1, - "!📝": 1, - "连抗体的其他试剂": 1, - "总的来说，反应比例有所变化，然后叠氮化修饰产物纯化还是用的": 1, - "ka的超滤管来脱盐。": 1, - "抗体用量": 1, - "ug，要求浓度": 1, - "ugu": 1, - "抗体": 1, - "u": 4, - "a": 1, - "叠氮化试剂（in": 1, - "）混合后室温避光反应": 1, - "min": 1, - "将不超过": 1, - "µ": 2, - "的叠氮化反应溶液加入超滤管": 1, - "illipore": 1, - "a，再加入纯水": 1, - "稀释到µ，": 1, - "g": 1, - "离心": 1, - "~": 1, - "分钟，使用纯水": 1, - "洗涤": 1, - "次后经浓缩，立即进行下一步": 1, - "反应。": 1, - "加入倍量的炔基修饰链，使用click反应试剂盒反应，度避光反应过夜": 1, - "ka": 1, - "离心管超滤纯化": 1, - "相关重要试剂包括叠氮修饰和click反应试剂盒均已购买：": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "可以支持": 1, - "次反应。": 1, - "complete": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "查看iotin修饰和炔基修饰的docking链": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "整理了一通发现，这个根本无需购买，可以直接用起来，之前基本上都把东西买齐了，就等着上手做实验。不过这周还是先用biotinavidin的连接方案（更为简单）看看。": 1, - "内容": 1, - "这一周计划周四要上，虽然之前已经有一些": 1, - "biotin": 1, - "修饰的": 1, - "docking": 1, - "strand，但是我想着最好还是能够买点新的，因为那些时间太久远了。": 1, - "已有的mager": 1, - "最近购买的是": 1, - "cy": 1, - "修饰的，跟之前的": 1, - "imager": 1, - "序列相同，就叫做": 1, - "吧。除了这个mager，其它都是从": 1, - "hermo": 2, - "订购的，且荧光基团都选择在端。": 1, - "：": 11, - "（x加速使用trauss）": 1, - "：cy": 6, - "之前有的一些带biotin修饰的docking链": 1, - "cybiotin": 1, - "：cybiotin": 2, - "：cy（dzz购自akara，适用nt": 1, - "mager）": 1, - "biotincy": 1, - "（同上）": 1, - "nxig": 1, - 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"png": 6, - "ep": 2, - "可以做": 1, - "的阴性对照，confocal": 1, - "成像效果也确实比普通荧光好，但是我后面未必必须使用": 1, - "细胞。": 1, - "内容": 1, - "之前答应了李凌云师妹安排": 1, - "confocal": 4, - "教学。限于诸多条件，我喜欢让他们参与到有实际意义的实验中，这样可以在推进课题进度的同时完成教学，一石二鸟。但是比较教学还是会分心（对我），另外也需要让他们有参与感，树立信心，所以我会尽量安排简单一点的实验。眼下就有一个好机会。确定要培养的细胞潘改芳已经给我传了细胞": 1, - "我确定后面使用": 1, - "细胞，从潘改芳手里拿到之后，还是先鉴定确认一下。就使用手上有的": 1, - "aptamer。除此之外，可以同时在": 1, - "细胞上测试一下": 1, - "aptamer。总体上跟我上次细胞膜表面的confocal成像非常类似。不过还要添加一个": 1, - "ep（找赵海培要）": 1, - "的阴性对照。": 1, - "潘改芳后来说系统楼细胞房养的状态不好，打算过两天再给我她在转化楼细胞房养的细胞。如果转化楼我们也有权限可以养细胞的话，其实也蛮好的，到时候可以问一下徐丽凤。": 1, - "另外毕竟涉及到活细胞样品，从系统楼到转化楼之间的交流，所以要是能有一个恒温手提箱就最好不过了，这个可以自己购买一个，然后里边放热水，还有架子，再把细胞放到盒子里边。接着购买一个移动保温箱想想买些什么吧。": 1, - "赵海培说今晚就可以给我传一盘": 1, - "细胞，我觉得我可以去配置细胞培养基了。后来她决定不继续养这个ep了，所有的都给我，我觉得可以直接今晚传代铺板使用。": 1, - "另外我看了一下潘改芳养在系统楼的细胞，不是状态不好，而是啥都没有。所以我觉得她传给我的细胞我还是不大放心，所以还是找公司买一下吧。发现上海就有一家这样的青旗公司": 1, - "计划去所里拿细胞": 1, - "我跟所里的学生何威说了一下这个事情，先了解情况。查询了一下有没有以下细胞：": 1, - "师弟说帮我找找，但是不保证没支原体污染。另外我还让他提供了一下所里用的hermo的细胞冻存管的货号是": 1, - "，没想到这个玩意儿现在货期超长，要到明年六月份才发货了。": 1, - "然后打听了一下，尹芳菲师妹曾经用过液氮的方式从所里转移细胞到仁济，还行。但是如果是干冰什么的，温度不够，到了之后细胞都是碎片。最好是养好了细胞之后，通过培养瓶转运。这样的话，最好是找一下所里的学生，帮忙复苏一下以上几种细胞。": 1, - "总归是要过去拿，一下子复苏这么多细胞也不好，还是买个手提液氮罐过去拿好了。": 1, - "可以直接买这个": 1, - "容积的，作为小批量的冻存细胞转运是足够了的，空重大概斤，女生也能提起来。已经订购，加上之前那个保温箱，都是我自己京东付款的，让开学校的发票，后面注意报销。液氮罐到了，我就出发去所里。": 1, - "晚上传代ep细胞": 1, - "基本全程无监督让周高昂师弟对ep细胞进行传代，而我在显微镜房尝试使用那台普通的ikon倒置荧光显微镜，打算做一个简单的教程，这样以后如果有人跟我抢confocal，建议ta先尝试这个。": 1, - "师弟传完细胞后跟我反馈，说这个细胞难以消化，搞了一分半钟都还是成团的，然后最后只铺了w到培养皿中。我建议他跟赵海培问清楚这个细胞的情况，比如传代是多少比例，多少天一传。另外还让他铺了两个": 1, - "mm": 1, - "玻璃基底的": 1, - "皿。": 1, - "细胞培养基直接到hermo交大仓库领": 1, - "根据实际情况的安排": 1, - "我前面计划的confocal实验因为": 1, - "估计难以落实。接下来只能先鉴定一下": 1, - "ep作为": 1, - "适配体阴性对照的情况。预期结果就跟iua中一样。我打算让周高昂师弟自己写个实验计划，然后我帮忙修改一下，然后开始执行，这样估计今天下午就能开搞，然后晚上做一下三个细胞样品的confocal成像。也可以先看下lank，看完了让周高昂师弟去做hol的染色。这样就有四组了。": 1, - "confocal成像结果": 1, - "年月日，今天下午一点半到四点半，专门搞这个事情。带人教学不可避免地效率低下。不过还算是拿到了一些结果，ep": 1, - "也不是那么好的的阴性对照，如果跟完全空白的": 1, - "lank": 2, - "组相比。但如果跟": 1, - "hol修饰整个细胞膜的相比，信号还算是比较弱的，至少比ea弱一点。后面如果用": 1, - "，或许就不用负对照了。": 1, - "另外我还演示了一下怎么用confocal": 1, - "拍摄": 1, - "图像，怎么拍摄": 1, - "iles": 1, - "做自动拼图，其实都还算是比较简单的。此外还我还用了普通的荧光倒置显微镜作为一个比较。ikon普通荧光倒置显微镜的使用方法如果有空也可以整理一下。": 1, - "上图从左到右分别是": 1, - "lank，ep，ea，eahol，周高昂和李凌云都参与了拍摄。其中ea其实也没什么信号，本来也是一个不确定的阳性对照，不说也罢。只能说看": 1, - "和": 2, - "hol": 1, - "标记的两个对照，ep": 1, - "可以算是": 1, - "的阴性对照，接下来就是要看": 1, - "了。但是另外一个问题是我真的要用吗？": 1, - "另外": 1, - "怎么拍明场我确实还没搞清楚。后面有机会问下相关大佬。": 1, - "然后再看下普通荧光显微镜跟": 1, - "的区别。这个都是": 1, - "ep细胞的细胞核。但是confocal": 1, - "只采集了很薄的一层，每次采集的信号都是一个很小的": 1, - "volume，所以基本不存在来自于其它位置的荧光的干扰。": 1, - "oechst细胞核染料": 1, - "要把细胞核染漂亮也不容易。常用的oechst染料的荧光强度随着溶液p升高而增强。水溶液可在": 1, - "°避光保存至少个月。长期储存于≤": 1, - "°。oechst": 1, - "oechst": 1, - "都是一种可以穿透细胞膜的蓝色荧光染料，对细胞的毒性较低。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "安排有用的confocal成像实验和教学": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "!asted": 6, - "image": 6, - "png": 6, - "ep": 2, - "可以做": 1, - "的阴性对照，confocal": 1, - "成像效果也确实比普通荧光好，但是我后面未必必须使用": 1, - "细胞。": 1, - "内容": 1, - "之前答应了李凌云师妹安排": 1, - "confocal": 4, - "教学。限于诸多条件，我喜欢让他们参与到有实际意义的实验中，这样可以在推进课题进度的同时完成教学，一石二鸟。但是比较教学还是会分心（对我），另外也需要让他们有参与感，树立信心，所以我会尽量安排简单一点的实验。眼下就有一个好机会。确定要培养的细胞潘改芳已经给我传了细胞": 1, - "我确定后面使用": 1, - "细胞，从潘改芳手里拿到之后，还是先鉴定确认一下。就使用手上有的": 1, - "aptamer。除此之外，可以同时在": 1, - "细胞上测试一下": 1, - "aptamer。总体上跟我上次细胞膜表面的confocal成像非常类似。不过还要添加一个": 1, - "ep（找赵海培要）": 1, - "的阴性对照。": 1, - "潘改芳后来说系统楼细胞房养的状态不好，打算过两天再给我她在转化楼细胞房养的细胞。如果转化楼我们也有权限可以养细胞的话，其实也蛮好的，到时候可以问一下徐丽凤。": 1, - "另外毕竟涉及到活细胞样品，从系统楼到转化楼之间的交流，所以要是能有一个恒温手提箱就最好不过了，这个可以自己购买一个，然后里边放热水，还有架子，再把细胞放到盒子里边。接着购买一个移动保温箱想想买些什么吧。": 1, - "赵海培说今晚就可以给我传一盘": 1, - "细胞，我觉得我可以去配置细胞培养基了。后来她决定不继续养这个ep了，所有的都给我，我觉得可以直接今晚传代铺板使用。": 1, - "另外我看了一下潘改芳养在系统楼的细胞，不是状态不好，而是啥都没有。所以我觉得她传给我的细胞我还是不大放心，所以还是找公司买一下吧。发现上海就有一家这样的青旗公司": 1, - "计划去所里拿细胞": 1, - "我跟所里的学生何威说了一下这个事情，先了解情况。查询了一下有没有以下细胞：": 1, - "师弟说帮我找找，但是不保证没支原体污染。另外我还让他提供了一下所里用的hermo的细胞冻存管的货号是": 1, - "，没想到这个玩意儿现在货期超长，要到明年六月份才发货了。": 1, - "然后打听了一下，尹芳菲师妹曾经用过液氮的方式从所里转移细胞到仁济，还行。但是如果是干冰什么的，温度不够，到了之后细胞都是碎片。最好是养好了细胞之后，通过培养瓶转运。这样的话，最好是找一下所里的学生，帮忙复苏一下以上几种细胞。": 1, - "总归是要过去拿，一下子复苏这么多细胞也不好，还是买个手提液氮罐过去拿好了。": 1, - "可以直接买这个": 1, - "容积的，作为小批量的冻存细胞转运是足够了的，空重大概斤，女生也能提起来。已经订购，加上之前那个保温箱，都是我自己京东付款的，让开学校的发票，后面注意报销。液氮罐到了，我就出发去所里。": 1, - "晚上传代ep细胞": 1, - "基本全程无监督让周高昂师弟对ep细胞进行传代，而我在显微镜房尝试使用那台普通的ikon倒置荧光显微镜，打算做一个简单的教程，这样以后如果有人跟我抢confocal，建议ta先尝试这个。": 1, - "师弟传完细胞后跟我反馈，说这个细胞难以消化，搞了一分半钟都还是成团的，然后最后只铺了w到培养皿中。我建议他跟赵海培问清楚这个细胞的情况，比如传代是多少比例，多少天一传。另外还让他铺了两个": 1, - "mm": 1, - "玻璃基底的": 1, - "皿。": 1, - "细胞培养基直接到hermo交大仓库领": 1, - "根据实际情况的安排": 1, - "我前面计划的confocal实验因为": 1, - "估计难以落实。接下来只能先鉴定一下": 1, - "ep作为": 1, - "适配体阴性对照的情况。预期结果就跟iua中一样。我打算让周高昂师弟自己写个实验计划，然后我帮忙修改一下，然后开始执行，这样估计今天下午就能开搞，然后晚上做一下三个细胞样品的confocal成像。也可以先看下lank，看完了让周高昂师弟去做hol的染色。这样就有四组了。": 1, - "confocal成像结果": 1, - "年月日，今天下午一点半到四点半，专门搞这个事情。带人教学不可避免地效率低下。不过还算是拿到了一些结果，ep": 1, - "也不是那么好的的阴性对照，如果跟完全空白的": 1, - "lank": 2, - "组相比。但如果跟": 1, - "hol修饰整个细胞膜的相比，信号还算是比较弱的，至少比ea弱一点。后面如果用": 1, - "，或许就不用负对照了。": 1, - "另外我还演示了一下怎么用confocal": 1, - "拍摄": 1, - "图像，怎么拍摄": 1, - "iles": 1, - "做自动拼图，其实都还算是比较简单的。此外还我还用了普通的荧光倒置显微镜作为一个比较。ikon普通荧光倒置显微镜的使用方法如果有空也可以整理一下。": 1, - "上图从左到右分别是": 1, - "lank，ep，ea，eahol，周高昂和李凌云都参与了拍摄。其中ea其实也没什么信号，本来也是一个不确定的阳性对照，不说也罢。只能说看": 1, - "和": 2, - "hol": 1, - "标记的两个对照，ep": 1, - "可以算是": 1, - "的阴性对照，接下来就是要看": 1, - "了。但是另外一个问题是我真的要用吗？": 1, - "另外": 1, - "怎么拍明场我确实还没搞清楚。后面有机会问下相关大佬。": 1, - "然后再看下普通荧光显微镜跟": 1, - "的区别。这个都是": 1, - "ep细胞的细胞核。但是confocal": 1, - "只采集了很薄的一层，每次采集的信号都是一个很小的": 1, - "volume，所以基本不存在来自于其它位置的荧光的干扰。": 1, - "oechst细胞核染料": 1, - "要把细胞核染漂亮也不容易。常用的oechst染料的荧光强度随着溶液p升高而增强。水溶液可在": 1, - "°避光保存至少个月。长期储存于≤": 1, - "°。oechst": 1, - "oechst": 1, - "都是一种可以穿透细胞膜的蓝色荧光染料，对细胞的毒性较低。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "timestamp": 1639734770000 - }, - "03-Projects/3-细胞力学成像/1-实验记录/带周高昂养细胞.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "带周高昂养细胞": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "小结": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "这周最好是教会他养细胞，从下周开始就可以让他帮我养细胞了。顺带可以教他使用细胞房最简单的显微镜和细胞计数仪。": 1, - "内容": 1, - "入门养ea细胞，来源可能是上海生科院，注意我的账户密码已经用dge浏览器记住，其实还是": 1, - "sheldonsinapcom": 1, - "和": 1, - "xxd": 1, - "。但是生科院的产品目录并没有做得好。": 1, - 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"docking": 1, - "链，或者是靶向特定蛋白的": 1, - "aptamer序列核酸适配体调研。看看能不能做成像。": 1, - "实验设计": 1, - "先测试": 1, - "能否对（基底面）细胞膜以及细胞膜上的特定蛋白做超分辨成像，具体如下图所示：": 1, - "!ssetsxcalidrawrawing": 1, - "excalidrawmd": 1, - "注意，空白细胞的阴性对照可在序列买回来之前完成。": 1, - "相关序列": 1, - "mager序列：": 1, - "ptamerdocking链序列：": 1, - "：′′": 1, - "（靶向nucleolin）": 1, - "：’": 1, - "’": 1, - "（靶向蛋白）": 1, - "pacer：": 1, - "nm": 1, - "ocking：": 1, - "abel": 1, - "heck": 1, - "cy": 1, - "（检验aptamer对靶蛋白标记效果）": 1, - "胆固醇修饰：": 1, - "上海生工修饰基团说明pdf": 1, - "，端或者端修饰皆可": 1, - "另外还有一个": 1, - "aptamer": 1, - "也可以考虑，叫做mer，可以靶向": 1, - "细胞表面受体以及其它多种蛋白分子。这个已经被尝试用于超分辨成像了traussa。了解了一下之后，发现这个mer比较复杂，需要一些修饰碱基，所以还是算了oldupta。": 1, - "实验": 1, - "complete": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "计划imager基底面成像实验": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "接着尼罗红细胞膜成像实验，打算看一下": 1, - "lexa": 1, - "修饰的单链": 1, - "和": 1, - "能否进入到细胞的下表面。这个可以拜托戴哲泽帮我合成一下四面体，顺带让他带一下做毕设的周高昂师弟，把四面体合成和跑胶表征这个部分教会。": 1, - "说起目前这三个师弟，戴哲泽，金仲超和周高昂，我得尽快对他们有所安排。这个另外再想想。": 1, - 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"withStopwords": { - "title": 1, - "框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案": 1, - "date": 1, - "小结": 1, - "!asted": 9, - "image": 9, - "png": 9, - "这个初步实验方案其实就是复现别人的实验。": 1, - "明确关键词": 1, - "昨天把制定细胞力学超分辨成像初步计划发送给李茜看了，她的反馈跟我预计的一模一样，无非就是第一个方案没有，第二个方案太长远。在": 1, - "anab": 1, - "的工作一定要跟框架核酸搭上关系，不然就好像没有添加商标一样，老板没法那这个工作去跟人要资源或者谈合作。而刚开始没有支持，就无法立项，那你什么都做不了。如果你给了别人想到的东西，别人才会给你相应的支持，然后在这样的支持中，你可以做一点额外的事情。": 1, - "然后上边是樊老师关于课题": 1, - "idea": 1, - "和好工作形成的一些经验之谈。当然了核心意思就是「无需多么高明的idea，需要的是领域内世界第一，认识深刻」。然后茜姐也跟我说了一下，「世界第一」更多靠的是对领域的细分。比如我们前面的的工作，又可以说是热涨落自驱动集群纳米机器人执行复杂任务（成像）领域的世界第一。": 1, - "最后，demo并不需要解决什么科学问题，只是向大家证明我们能用框架核酸做细胞力学超分辨成像这个事情。": 1, - "综上所述，我其实完全可以尝试重复人家的实验rockman，但是可以做得更简单一点。不过再简单，也要五脏俱全。像框架核酸，超分辨成像，细胞力学这三个关键词是缺一不可的。": 1, - "预实验思考与设计": 1, - "这个实验首先是一个细胞成像，所以我可以选择常用的": 1, - "ea": 2, - "细胞。然后显微镜目前无法支持活细胞成像，且只能看基底面薄薄的一层，所以我得先做固定细胞成像。然后得选一个代表性的蛋白，像": 1, - "integrin": 2, - "αβ": 2, - "就可以，年这篇纳米金的工作就完全可以借鉴iu": 1, - "。": 1, - "基底面还是得选择封闭修饰，tension": 1, - "probe": 4, - "还是经过茎环设计的": 1, - "docking链，要充分参考t这篇文章rockman，然后蛋白通过结合对probe施加作用力。但是一看，我就发现修饰到": 1, - "链上也是比较费时间的实验，国内几家公司也没有直接提供这种修饰（尼罗红与细胞膜超分辨成像rccvn）。": 1, - "我想了一下或许有更简单的方案来完成这种连接，据茜姐说连接抗体是现成的技术，所以可以直接选定最经典的vinculin（黏着斑蛋白）的抗体rashoff，修饰链，预杂交到界面上的": 1, - "tension": 4, - "上。": 1, - "但是如上图所示，vinculin是在细胞内的类似接头蛋白，负责连接actin和integrin，所以还是选择真正跟胞外基质接触的": 1, - "integrin吧，找一下": 1, - "细胞中": 1, - "表达丰度适中，然后也有一些意义的蛋白。注意避免": 1, - "focal": 2, - "adhesion": 2, - "中富集的": 1, - "integrin，因为": 1, - "比较": 1, - "tight，gap": 1, - "height": 1, - "很低，就算": 1, - "probe被拉开，imager也较难去": 1, - "。想来想去，我之前也是做过": 1, - "ntegrin": 2, - "的，所以就用这个试试好了。ea": 1, - "细胞也比较皮实，到时候室温，然后培养基无二氧化碳也能坚持几个小时，就算拍应该也。不过细胞脱壁的时候得考虑是否选择无胰酶的方案。": 1, - "细胞这边的东西考虑好了，接下来就是界面和初步的": 1, - "的设计。我考虑是界面上伸出": 1, - "docking": 3, - "链，但是": 1, - "docking链被": 1, - "hairpin": 2, - "封闭，hairpin一端连接着抗体，被拉走了就能暴露": 1, - "序列，然后被": 1, - "imager": 2, - "可逆的结合到一起。这里需要搞清楚的就是选择什么": 1, - "序列，其它的我都比较清楚。我可以参考一下早期的基于d": 1, - "hairpin的tension": 1, - "工作lakely": 1, - "hangiu。": 1, - "但是上述方案还不如下边这个简单rockman：": 1, - "我把变成抗体蛋白，甚至连都能搞tabley。然后docking序列换成跟现有的": 1, - "匹配的，剩下的部分做一下调整，控制含量，避免特殊二级结构形成，就可以了。": 1, - "endocytosis": 3, - "force": 1, - "另外一个我比较感兴趣的是": 1, - "过程中的力学。以": 1, - "clathrinmediated": 1, - "为例aksonen，该过程会回收一些细胞表面受体蛋白，如果我们能够把抗体指向这些蛋白，就有可能知道它们被回收时产生的作用力。": 1, - "但是这里就涉及到一些问题，比如哪些蛋白更需要被研究？然后这些蛋白会分布到细胞膜下表面去吗？我觉得这是后一个阶段可以考虑的问题。这只是说明了用抗体标记任意膜受体蛋白的好处。": 1, - "预实验方案小结": 1, - "小结一下预实验的基本方案：": 1, - "细胞：ea": 1, - "抗体：靶向": 1, - "β": 1, - "亚基，连接": 1, - "block": 1, - "strand": 2, - "界面：封闭，biotinavidin连接": 1, - "probe：拉链式，如下图所示": 1, - "imager：ss、imager": 1, - "成像阶段：arly": 1, - "attachment（living": 1, - "cell": 1, - "imaging，": 1, - "h）": 1, - "观测目标：不断扩大的接触圈（如下图）rockman": 1, - "目前仅需要简单设计下序列，然后购买抗体，连": 1, - "后来想到，如果不用抗体，可以直接使用": 1, - "aptamer（核酸适配体调研）": 1, - "呀，这个更快！但是就需要找一下合适的蛋白对象了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案": 1, - "date": 1, - "小结": 1, - "!asted": 9, - "image": 9, - "png": 9, - "这个初步实验方案其实就是复现别人的实验。": 1, - "明确关键词": 1, - "昨天把制定细胞力学超分辨成像初步计划发送给李茜看了，她的反馈跟我预计的一模一样，无非就是第一个方案没有，第二个方案太长远。在": 1, - "anab": 1, - "的工作一定要跟框架核酸搭上关系，不然就好像没有添加商标一样，老板没法那这个工作去跟人要资源或者谈合作。而刚开始没有支持，就无法立项，那你什么都做不了。如果你给了别人想到的东西，别人才会给你相应的支持，然后在这样的支持中，你可以做一点额外的事情。": 1, - "然后上边是樊老师关于课题": 1, - "idea": 1, - "和好工作形成的一些经验之谈。当然了核心意思就是「无需多么高明的idea，需要的是领域内世界第一，认识深刻」。然后茜姐也跟我说了一下，「世界第一」更多靠的是对领域的细分。比如我们前面的的工作，又可以说是热涨落自驱动集群纳米机器人执行复杂任务（成像）领域的世界第一。": 1, - "最后，demo并不需要解决什么科学问题，只是向大家证明我们能用框架核酸做细胞力学超分辨成像这个事情。": 1, - "综上所述，我其实完全可以尝试重复人家的实验rockman，但是可以做得更简单一点。不过再简单，也要五脏俱全。像框架核酸，超分辨成像，细胞力学这三个关键词是缺一不可的。": 1, - "预实验思考与设计": 1, - "这个实验首先是一个细胞成像，所以我可以选择常用的": 1, - "ea": 2, - "细胞。然后显微镜目前无法支持活细胞成像，且只能看基底面薄薄的一层，所以我得先做固定细胞成像。然后得选一个代表性的蛋白，像": 1, - "integrin": 2, - "αβ": 2, - "就可以，年这篇纳米金的工作就完全可以借鉴iu": 1, - "。": 1, - "基底面还是得选择封闭修饰，tension": 1, - "probe": 4, - "还是经过茎环设计的": 1, - "docking链，要充分参考t这篇文章rockman，然后蛋白通过结合对probe施加作用力。但是一看，我就发现修饰到": 1, - "链上也是比较费时间的实验，国内几家公司也没有直接提供这种修饰（尼罗红与细胞膜超分辨成像rccvn）。": 1, - "我想了一下或许有更简单的方案来完成这种连接，据茜姐说连接抗体是现成的技术，所以可以直接选定最经典的vinculin（黏着斑蛋白）的抗体rashoff，修饰链，预杂交到界面上的": 1, - "tension": 4, - "上。": 1, - "但是如上图所示，vinculin是在细胞内的类似接头蛋白，负责连接actin和integrin，所以还是选择真正跟胞外基质接触的": 1, - "integrin吧，找一下": 1, - "细胞中": 1, - "表达丰度适中，然后也有一些意义的蛋白。注意避免": 1, - "focal": 2, - "adhesion": 2, - "中富集的": 1, - "integrin，因为": 1, - "比较": 1, - "tight，gap": 1, - "height": 1, - "很低，就算": 1, - "probe被拉开，imager也较难去": 1, - "。想来想去，我之前也是做过": 1, - "ntegrin": 2, - "的，所以就用这个试试好了。ea": 1, - "细胞也比较皮实，到时候室温，然后培养基无二氧化碳也能坚持几个小时，就算拍应该也。不过细胞脱壁的时候得考虑是否选择无胰酶的方案。": 1, - "细胞这边的东西考虑好了，接下来就是界面和初步的": 1, - "的设计。我考虑是界面上伸出": 1, - "docking": 3, - "链，但是": 1, - "docking链被": 1, - "hairpin": 2, - "封闭，hairpin一端连接着抗体，被拉走了就能暴露": 1, - "序列，然后被": 1, - "imager": 2, - "可逆的结合到一起。这里需要搞清楚的就是选择什么": 1, - "序列，其它的我都比较清楚。我可以参考一下早期的基于d": 1, - "hairpin的tension": 1, - "工作lakely": 1, - "hangiu。": 1, - "但是上述方案还不如下边这个简单rockman：": 1, - "我把变成抗体蛋白，甚至连都能搞tabley。然后docking序列换成跟现有的": 1, - "匹配的，剩下的部分做一下调整，控制含量，避免特殊二级结构形成，就可以了。": 1, - "endocytosis": 3, - "force": 1, - "另外一个我比较感兴趣的是": 1, - "过程中的力学。以": 1, - "clathrinmediated": 1, - "为例aksonen，该过程会回收一些细胞表面受体蛋白，如果我们能够把抗体指向这些蛋白，就有可能知道它们被回收时产生的作用力。": 1, - "但是这里就涉及到一些问题，比如哪些蛋白更需要被研究？然后这些蛋白会分布到细胞膜下表面去吗？我觉得这是后一个阶段可以考虑的问题。这只是说明了用抗体标记任意膜受体蛋白的好处。": 1, - "预实验方案小结": 1, - "小结一下预实验的基本方案：": 1, - "细胞：ea": 1, - "抗体：靶向": 1, - 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"细胞给固定了（看了一眼细胞铺板密度尚可），然后带到转化楼来备用，看今天什么时候有空就去拍一下。我感觉得准备买一个手提恒温箱之类的东西，不然这样细胞拿来拿去太不方便。购买一个移动保温箱": 1, - "!常规细胞实验方法整理细胞固定": 1, - "实验到这一步，我基本上无法判断所谓的窗口期了，不过这个也不是特别重要。固定的ek细胞还是可以用于尝试拍细胞的，这也是很有意义的摸索。": 1, - "预约了今天上午点到点的": 1, - "，打算先计划安排一下。": 1, - "首先是": 1, - "nile": 8, - "red": 8, - "的成像参数，类似": 1, - "cy，用": 1, - "激光激发，但是这个通道一般拍单分子界面会比较脏，所以我需要先拍没用用": 1, - "染的阴性对照，看看什么情况。然后再用": 1, - "n": 2, - "的染液染，再拍摄看看情况。最后我可以尝试使用非全内反射的方式拍拍看。": 1, - "事实上考虑到点扩散函数，在三维空间上是漏斗状的，所以我也不确定直接这样拍是否能够简单地根据信号的亮度来判断其高度。但是肯定高度太高的细胞部分，由于的特性，是拍不出来的。": 1, - "从八点半开始，搞了两个小时，采集完了所有数据，接下来就是分析一下。分析的记录可以接着这个文档写，但还要把主要的结果贴到中去。": 1, - "去了之后发现水平仪很偏，花了点时间调平：": 1, - "数据分析": 1, - "细胞轮廓获取": 1, - "不能扫描z轴，所以我自己在模式上，慢慢调整z轴位置，拍单张，然后做成stack，见上图左侧，然后搞了一个": 1, - "median": 1, - "projection，见上图右侧，可以用于获取细胞的轮廓。注意这里应该有好几个细胞。": 1, - "未染色细胞基底面背景情况": 1, - "首先": 1, - "cy": 1, - "通道确实是有比较多的杂质背景的，然后基本确定拍细胞基底面的最佳穿透深度是": 1, - "nm。此时信噪比较高。": 1, - "然后背景杂质的信号，在的激发下，": 1, - "ms": 3, - "曝光时间，无信号背景是，机器的": 1, - "offset": 1, - "是": 2, - "，": 1, - "count": 1, - "值一般大于": 1, - "，最高在": 1, - "再看下其它通道，基本上可以判断最好的还是": 1, - "通道，确实是不容易有什么界面上杂质引起的背景。contrast": 1, - "均调整为": 1, - "。这对于我们选择探针的荧光标记非常重要。": 1, - "实验条件和拍摄参数": 1, - "对于实验条件，主要就是": 1, - "的染料浓度，从我自己稀释的这个染液来看，得用": 1, - "甚至更低的终浓度，然后染液加进去之后大概需要": 1, - "min": 1, - "的平衡时间。": 1, - "对于拍摄参数，比如激光功率，曝光时间都做了一些摸索，目前暂时感觉": 1, - "和": 1, - "的能够得到比较正常的闪烁的单分子荧光信号。后面会尝试从单分子信号重构出细胞膜下表面形貌，并对这两种条件进行比较。为了节约时间，我每个条件拍摄的都是": 1, - "帧。": 1, - "我的假设是：细胞膜离基底面的高度，可能跟单分子信号的密度有一定程度的负相关性，即间隙高度越大，累积信号密度越低。": 1, - "注意": 1, - "在": 1, - "lipid": 1, - "中的荧光量子产率，我设定为": 1, - "，根据文献ose报道。拍摄中使用的": 1, - "ain": 1, - "，相机": 1, - "offset（baseline）是": 1, - "，picassolocalize": 1, - "参数如下所示：": 1, - "然后打开": 1, - "render，看下点累积的效果：": 1, - "还是能够获得一些信息的，接下来就是要把细胞的轮廓跟这个做一个共定位。": 1, - "然后看下两种参数拍的效果：": 1, - "注意左侧是": 1, - "ms，右侧是ms，且右侧的": 1, - "localize": 1, - "参数也略有差异，所以render出来的效果上就会有所不同。主要是左边的条件能够采集到更多的单分子荧光信号，而在的激光功率的时候，荧光分子容易被淬灭。": 1, - "圈选一些结构上的数据来看，ms的光子数水平要比": 1, - "ms高": 1, - "倍，显然还是ms条件更优。": 1, - "然后对": 1, - "ms的数据做了": 1, - "filter，结果那些比较特殊的结构都被去掉了（可能是因为单分子信号有融合或者不够典型），留下来的就越发像我最开始预期的一样了。": 1, - "感觉基底面拍的还不如直接高": 1, - "浓度拍摄的，如果不看超分辨的话。事实上传统的分辨率是": 1, - "nm，如果这里能够做到": 1, - "nm": 1, - "也是很好了啊。注意上图存在视野漂移的情况，所以共定位不是很好。": 1, - "然后分辨率这个东西，可以看到膜轮廓的宽度就有": 1, - "nm，根本没搞成什么超分辨。": 1, - "结论": 1, - "的超分辨能力是毋庸置疑的，而从这里的结果来看，确实能够对细胞膜和基底面的间隙空间形貌进行表征。而且还有一些特征的圆环": 1, - "pattern，这可能是细胞固定造成的。另外细胞外可能有大量的胞外囊泡或胞外基质（分泌外囊泡还是比较多的）的或者其它因素，导致": 1, - "发光。": 1, - "细胞内部确实存在比较明显的空腔，虽然细胞地面并没有明显的外部轮廓，但是胞外基质之类的可能会阻止较大的分子向细胞基底间隙扩散渗透。": 1, - "细胞样品并没有扔掉，下一次可以把修饰的荧光单链和四面体都扔进去看看。不过我觉得最好是搞一个": 1, - "的细胞吧。因为": 1, - "也会造成一些": 1, - "通道的杂点。": 1, - "另外一个事情，如果能够用": 1, - "扫描一下这个细胞的基底面，或许也能够得到一个很好的比较的参照。就是说一般": 1, - "对于这个基底面的成像是无能为力的。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "尼罗红细胞膜成像实验": 1, - "date": 1, - "实验目的": 1, - "验证尼罗红做细胞膜超分辨成像的可能性，了解细胞": 1, - "arly": 1, - "dhesion": 1, - "的窗口期，判断细胞膜下表面跟基底面的间隙高度情况。": 1, - "!asted": 14, - "image": 14, - "png": 14, - "实验设计": 1, - "时隔很久之后做实验，打算搞得简单一点。找人要一点": 1, - "ea": 2, - "细胞，铺一个": 1, - "confocal": 3, - "皿，孵育": 1, - "个小时，一个做固定处理，然后直接拿去拍": 1, - "。": 2, - "实际操作": 1, - "年月日": 3, - 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"内容": 1, - "这次要真正好好养一到两种细胞，后面能够测量他的traction": 1, - "force。其实我是倾向于养": 1, - "这个细胞。因为它是一种具有肿瘤迁移能力的癌细胞。贴壁不是特别好，所以基底面间隙会大一点。然后我们手上的无论哪种": 1, - "aptamer": 2, - "（，）或者抗体对它都可以用（见购买抗体和适配体）。": 1, - "刚到群里瞅了一下，在交大这边有潘改芳和尹芳菲曾经询问过，但是似乎都没有人能给回答。": 1, - "!asted": 6, - "image": 6, - "png": 6, - "所以细胞大概率也是没有的。另外尹芳菲还给我提供了信息，这边液氮罐疏于管理，有一段时间液氮都没了，导致细胞复苏之后存活率特别低。而目前大家在养的细胞，我目前了解到的就是": 1, - "ep、ea、巨噬细胞等等。": 1, - "为了方便搞清楚情况，我先在细胞培养群里边发一个表格。但是这个事情还比较急，所以我决定上午的时候，带着师弟去细胞房摸排一下情况。": 1, - "检查细胞种类": 1, - "带着周高昂师弟到系统楼转了一下，先看了细胞房在养的细胞，然后又看了一下液氮罐的冻存的细胞情况。细胞培养基，常见的、": 1, - "和": 1, - "都是有的。细胞目前在养的感觉也就是：": 1, - "梁承品：ea": 1, - "戴琨：anc，aw": 1, - "赵海培：ep，ep": 1, - "魏雨涵：ek，，（雌性生殖干细胞）": 1, - "然后大家冻存的细胞：": 1, - "谢晓冬：ea（）": 1, - "郝亚亚：稳表达das的ea细胞系（）": 1, - "张霜叶：（）": 1, - "戴琨：ea，ep，anc": 1, - "（）": 2, - "丁飞：，": 1, - "注意括号内为冻存盒位置。但是冻存盒其实还是可以有更具体的编号的。另外大家用的冻存罐似乎也不大好（有液氮漏进去），最好还是用": 1, - "hermo": 2, - "的。": 1, - "购买一波物品": 1, - "通过共享表格，我已经知道了潘改芳在养": 1, - "细胞，可以找她看看能不能传我一盘。这个是最快的方案。然后就是相应的一些培养基和试剂耗材的准备。": 1, - "m": 3, - "离心管：找张霜叶要，她说有，弄一点灭菌即可": 1, - "铝质饭盒：值日的时候总能找到一些空饭盒": 1, - "离心管架子：可以到探索平台上购买": 1, - "透明离心管架子：可以到探索平台上购买": 1, - "细胞冻存管：到": 1, - "上购买": 1, - "普通金属镊子：用于夹取离心管和酒精棉球，可以到探索平台上购买": 1, - "文具夹子：用于夹住打开的培养皿包装带": 1, - "探索平台账户：，": 1, - "密码": 1, - "为": 1, - "，是组内常用购买一些常规耗材的平台。购买时注意修改收货人信息，和发票信息。": 1, - "后续交给周高昂师弟去购买，都不是很着急，下午可以找潘改芳问一下细胞的情况。": 1, - "靶蛋白背景知识": 1, - "这就是一个高度糖基化的膜蛋白，癌细胞普遍高表达，但是糖基化不充分，所以能够暴露一些抗原表位。蛋白在文献中iua细胞是阳性对照，ep细胞是阴性对照，注意这两种细胞都使用": 1, - "培养基培养。": 1, - "膜蛋白recycle背景": 1, - "我在组会上提到，细胞会通过endocytosis的方式回收一些膜蛋白。但是对于我们选定的这些蛋白，比如": 1, - "nucleolin、": 1, - "这些蛋白的回收速率等相关情况，有没有报导，或者大家研究这个膜蛋白": 1, - "recycle": 1, - "的常用模型是什么，需要一些文献调研。我能马上想到的是a": 1, - "an的一篇文章iao，把蛋白质拖到lysosome中实现knockdown的，有点类似": 1, - "的策略。里面提到了一个": 1, - "cellsurface": 1, - "lysosomeshuttling": 1, - "receptor（），也是有": 1, - "的，长度为": 1, - "nt。注意文章中用的就是最简单的ea细胞。": 1, - "适配体序列如下所示：": 1, - "所以后续可以再买一个适配体过来玩玩。": 1, - "潘改芳已经给我传了细胞": 1, - "细胞一般就是两天传一下，明天可以看一下密度，然后决定什么时候传代铺板，用手上有的的aptamer测试一下，找一个": 1, - "ep": 1, - "作为对照。也算是对自己手上的细胞做到心里有数。": 1, - "complete": 1 - }, - 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"hermo": 2, - "的。": 1, - "购买一波物品": 1, - "通过共享表格，我已经知道了潘改芳在养": 1, - "细胞，可以找她看看能不能传我一盘。这个是最快的方案。然后就是相应的一些培养基和试剂耗材的准备。": 1, - "m": 3, - "离心管：找张霜叶要，她说有，弄一点灭菌即可": 1, - "铝质饭盒：值日的时候总能找到一些空饭盒": 1, - "离心管架子：可以到探索平台上购买": 1, - "透明离心管架子：可以到探索平台上购买": 1, - "细胞冻存管：到": 1, - "上购买": 1, - "普通金属镊子：用于夹取离心管和酒精棉球，可以到探索平台上购买": 1, - "文具夹子：用于夹住打开的培养皿包装带": 1, - "探索平台账户：，": 1, - "密码": 1, - "为": 1, - "，是组内常用购买一些常规耗材的平台。购买时注意修改收货人信息，和发票信息。": 1, - "后续交给周高昂师弟去购买，都不是很着急，下午可以找潘改芳问一下细胞的情况。": 1, - "靶蛋白背景知识": 1, - "这就是一个高度糖基化的膜蛋白，癌细胞普遍高表达，但是糖基化不充分，所以能够暴露一些抗原表位。蛋白在文献中iua细胞是阳性对照，ep细胞是阴性对照，注意这两种细胞都使用": 1, - "培养基培养。": 1, - "膜蛋白recycle背景": 1, - "我在组会上提到，细胞会通过endocytosis的方式回收一些膜蛋白。但是对于我们选定的这些蛋白，比如": 1, - "nucleolin、": 1, - "这些蛋白的回收速率等相关情况，有没有报导，或者大家研究这个膜蛋白": 1, - "recycle": 1, - "的常用模型是什么，需要一些文献调研。我能马上想到的是a": 1, - "an的一篇文章iao，把蛋白质拖到lysosome中实现knockdown的，有点类似": 1, - "的策略。里面提到了一个": 1, - "cellsurface": 1, - "lysosomeshuttling": 1, - "receptor（），也是有": 1, - "的，长度为": 1, - "nt。注意文章中用的就是最简单的ea细胞。": 1, - "适配体序列如下所示：": 1, - "所以后续可以再买一个适配体过来玩玩。": 1, - 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"的胶体金（郑浩然），取用其中": 1, - "的倍比稀释到": 1, - "水中，分别有": 1, - "倍（），一万倍（）和一百万倍（），在做细胞之前可以先看下纳米金。": 1, - "到地下室发现师妹在用仪器，然后一看我预约到自己的日历上了。以后还是要注意啊。": 1, - "s相机光子数换算": 1, - "主要参考上面的截图，跟略有不同，ffset可能要实际测量确定。": 1, - "ep细胞的黏附真强": 1, - "让师弟留意室温放置的": 1, - "细胞的黏附情况，作为对照也拍照记录下。结果发现这个细胞室温也能贴壁得还可以。": 1, - "实验结果": 1, - "现象": 1, - "这是": 1, - "h": 1, - "细胞培养箱孵育后从上图可以看到，还是可以发生的，但是并不是一个": 1, - "sm，可能是因为nchor的浓度太高了（": 1, - "孵育": 1, - "min）。注意这个拍摄参数是": 1, - "的cy": 1, - "通道激光激发的。穿透深度是": 1, - "nm。": 1, - "除此之外，我也知道了": 1, - "这个细胞贴壁的时候，可能是这个样子的（纵切面如下图）：": 1, - "!ssetsxcalidrawrawing": 1, - "excalidrawmd": 1, - "然后看": 1, - "通道，没有细胞的区域有很多密密麻麻的信号，可能是": 1, - "anchor": 1, - "没有漂洗干净导致的所谓的非特异性吸附。而细胞区域内的下表面，越靠近中央的部分，细胞间隙可能越大，所以看上去会有点暗，因为cy分子由于离基底面太高，可能在倏逝波的作用下无法被充分激发。": 1, - "sm信噪比": 1, - "后面做了一个": 1, - "孵育细胞": 1, - "，然后加": 1, - "拍摄的结果（": 1, - "激光，": 1, - "曝光），能够看到一些闪烁的点了，但是似乎还是拍不出来，我估计应该是界面太脏，膜上的单分子信号质量不如界面上的（有高度差）。": 1, - "在": 1, - "picasso": 1, - "中半自动地圈选了": 1, - "个点，然后做了一些": 1, - "filter，得到上面的情况分析，可以看到": 1, - "通道的光子数大概是": 1, - 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"总之为了方便，两个": 1, - "ptamer": 1, - "我都使用": 1, - "的浓度，活细胞状态下标记": 1, - "分钟，然后进行固定。固定的时候使用预冷的": 1, - "搞分钟即可。更多细胞固定方法参考知乎。": 1, - "固定之后，再加入": 1, - "荧光链室温孵育": 1, - "分钟，浓度控制在": 1, - "u，然后再漂洗掉多余的": 1, - "abel。注意这个时候的incubate": 1, - "wash": 1, - "buffer，可能要使用含有": 1, - "m": 2, - "g": 1, - "离子的": 1, - "促进杂交了。": 1, - "常规细胞膜染料使用": 1, - "i应该是在碧云天买的。最大激发波长为nm，最大发射波长为nm。跟cy类似。最常用的浓度为μ。i可以直接染色活的细胞或组织，染色时间通常为分钟。": 1, - "事实上有的是i，是一种绿色荧光探针。最大激发波长为nm，最大发射波长为nm。另外我们还有": 1, - "itoracker": 1, - "染料（ed），可以让师弟拍着玩玩。": 1, - "顺带了解到碧云天还有微丝": 1, - "实际操作": 1, - "年月日": 2, - "上午十一点细胞铺板，mm的confocal皿；每个well，": 1, - "细胞悬液约万": 1, - "ea": 1, - "细胞。细胞来源于戴琨，生长过密，状态不佳。使用": 1, - "培养基。": 1, - "整理了一下相关的抗体试剂，并溶解了所需的ptamer": 1, - "。整理归置细胞成像相关物品": 1, - "下午四点带着师弟去给细胞换液，经过四五个小时之后，果然还有一些细胞没有贴壁，用漂洗一遍，然后换新鲜培养基即可去除这些贴壁能力差的细胞。总体来看，还是要过夜培养，明天下午再继续后面的实验。": 1, - "下午一点半开始制备三个膜和膜蛋白的探针，abel和ptamer预杂交（混合）好后，再带到细胞房去。杂交后浓度为": 1, - "u，孵育（固定后）细胞终浓度为": 1, - "n，孵育时间为": 1, - "min。这样可以减少操作步骤和时间。!asted": 1, - "png!ptamer和abel预杂交配方表xlsx": 1, - "下午两点开始固定细胞、染色、漂洗，搞了三个小时。晚饭后快速用": 1, - "看了下效果。与空白对照相比，两个aptamer都有信号。与胆固醇对全部磷脂双分子的标记相比，信号很弱。另外单独": 1, - "polycy": 1, - "这个": 1, - "标记的也有荧光，可能这种存在非特异性吸附。!asted": 1, - "confocal拍完的细胞样品，加": 1, - "times": 1, - "·g{}": 1, - "m，放到冰箱度暂存，后面再用。": 1, - "结果分析": 1, - "ea细胞系污染": 1, - "在细胞固定前我检查了一下，发现有两种截然不同的形貌。本来我还以为是之前戴琨养得太密了有些细胞有点贴壁不好。但是我估计他可能把巨噬细胞混入了ea细胞系中。然后可以看到巨噬细胞中好多巨噬泡。": 1, - "核酸适配体的信号": 1, - "总的来说，核酸适配体在我们这一套操作流程下还算是可以靶向细胞膜蛋白的，但是比较弱，可以在孵育的阶段，孵育时间和使用浓度上再做优化。!confocalcellembraneresultpptx": 1, - "confocal拍摄三维图像": 1, - "!ovieavi": 1, - "上边是": 1, - "的三维成像的结果（mage初步处理，太丑了），可以看到细胞膜上确实是有的，但是基底面什么的很难用": 1, - "看到。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "timestamp": 1638579736000 - }, - "03-Projects/3-细胞力学成像/1-实验记录/细胞下表面TIRF成像.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "细胞下表面成像": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "!asted": 4, - "image": 4, - "png": 4, - "实验并不成功，无法得出有效结论。需要更好的实验设计再做。": 1, - "如果细胞下表面间隙较大，docking位点离界面太远，也可能拍不出来，因为倏逝波。如果细胞贴壁太好，imager": 1, - "渗透不进去，同样拍不出来。所以这个实验设计还是有问题。": 1, - "内容": 1, - "接着细胞膜表面的confocal成像，有": 1, - "个细胞样品可用。在探针设计上（计划imager基底面成像实验），已经结合到细胞膜表面的robe可以存在": 1, - "docking": 5, - "位点，可以用": 1, - "imager": 4, - "做": 1, - "。此次": 1, - "成像实验，主要有三个目的：": 1, - "在单分子水平，更灵敏地判断核酸适配体对靶标的特异性结合": 1, - "判断": 1, - "ss": 4, - "能够渗透进入下表面的空间与": 1, - "位点结合": 1, - "了解": 1, - "imager（cy）与": 1, - "sequence": 1, - "上的": 1, - "cy": 6, - "的": 2, - "sm": 1, - "情况": 1, - "实验设计": 1, - "此次实验均使用": 1, - "n": 1, - "imager，使用前从储存液（": 1, - "u）倍比稀释到": 1, - "u，再稀释到": 1, - "n。采用": 1, - "的方式成像。": 1, - "组别": 1, - "细胞膜标记": 1, - "加abel": 1, - "说明": 1, - "测试aptamer可用性": 1, - "同上": 1, - "hol": 1, - "用作膜标记对照": 1, - "lank": 1, - "膜标记对照": 1, - "先使用hol组做阳性测试，确定的拍摄参数。": 1, - "再按照顺序进行": 1, - "，查看对比成像效果。": 1, - "实际操作": 1, - "先看了一下hol组，发现界面很脏，几乎很少": 1, - "再看lank组，添加的": 1, - "更多在细胞边缘，说明不能很好地扩散进入细胞跟基底面的间隙内": 1, - "发现拍摄的时候需要用比较大的穿透深度，另外角也不是很好调节": 1, - "结果": 1, - "细胞失败": 1, - "!holsmellmp": 1, - "左边是": 1, - "通道，右边是": 1, - "通道，我用": 1, - "的激光激发，理论上如果是": 1, - "，左侧信号应该比较多。但事实上刚好相反，说明": 1, - "根本没有结合到细胞膜上。或者因为漂洗与放置时间过长，导致": 1, - "链丢失？": 1, - "分屏后光斑位置映射关系": 1, - "上图显示了分屏器的共定位情况，总的来说，左边屏幕的光斑，像素值再增加": 1, - "即可找到对应的右侧的相同位置的点。注意在下半部分还是存在一定误差，所以最好把观测视野放到上半部分。!分屏映射校验图tif!分屏位置映射关系xlsx": 1, - "ss较难渗透入细胞下表面间隙": 1, - "空白细胞组，如上图所示，有四个细胞基底面区域，但是只有一个细胞渗透的": 1, - "信号比较多。所以如果要用": 1, - "的方式对细胞膜表面的一些力学性质做测量，可能选择贴壁太好的细胞搞不成。另外，细胞核染色似乎也会造成一些影响。": 1, - "这里还是用了": 1, - "imager，所以还缺少一个真正的": 1, - "blank": 1, - "对照。": 1, - "分析": 1, - "采集的": 1, - "信号尽量还是不要选择": 1, - "cy，因为界面上大凡有点什么脏的，可能就有这个信号。这个事情明天可以用纯空白完全没有处理过的细胞尝试一下，上次做实验（见细胞膜表面的confocal成像）还剩下三个。": 1, - "docking链丢失的问题也很好解决，hol": 1, - "这一组，可以再去拍一拍": 1, - "confocal": 2, - "看看，如果丢失了，confocal": 1, - "也拍不出来才对。如果没有丢失，confocal": 1, - "应该还能拍出类似的结果（见细胞膜表面的confocal成像）。": 1, - "ptamer": 1, - "与细胞膜靶标的结合尚待优化。": 1, - "与ptamer的spacer形成双链，可能可以提供一定的刚性，但如果跑掉了，这个": 1, - "spacer": 1, - "可能就比较柔软，使得末端的": 1, - "位点不是那么容易暴露。从来看，的": 1, - "荧光并没有在": 1, - "中那么强。所以要考虑存在这个可能。如果真是这样的话，后面可能要考虑样品要尽可能fresh，而且spacer延长为个。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "细胞下表面成像": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - 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"：ptamer": 2, - "hol：胆固醇修饰docking链": 1, - "abel：细胞膜荧光标签": 1, - "mager：ss": 1, - "imager": 1, - "for": 1, - "cell": 1, - "membrane": 1, - "imaging": 1, - "已加": 1, - "buffer（p）到": 1, - "u，并放置到": 1, - "度盒子中。": 1, - "其它": 1, - "a：硼氢化钠（危化品，暂不使用）游离醛可以用硼氢化钠洗涤除去": 1, - "riton": 1, - "：曲拉通，细胞通透用": 1, - "glutaraldehyde：戊二醛，细胞固定用（危化品，暂不使用）": 1, - "：牛血清白蛋白，封闭非特异性抗原用": 1, - "biotin：生物素修饰": 1, - "eutrvidin：链霉亲和素，结合biotin": 1, - "lick": 1, - "反应试剂盒：与抗体一同放置于度": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "关于细胞固定用于免疫荧光成像，可以参考一些资料。危化品，只要不是易制爆的，可以正常地从化学品平台走流程。": 1, - "很多相关试剂，可以在我们课题组的试剂库存中查询到。": 1, - "complete": 1, - "库存管理": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "整理归置细胞成像相关物品": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "内容": 1, - "抗体": 1, - "x": 11, - "integrin": 1, - "β": 1, - "单抗：（），兔源，细胞膜蛋白": 1, - "βctin": 1, - "单抗：bsin（abs），鼠源，细胞微丝": 1, - "羊抗鼠g（二抗）：bsin（": 1, - "absss），结合鼠源抗体": 1, - "βubulin单抗：bsin（），鼠源，细胞微管": 1, - "生物素化": 1, - "βubulin": 1, - "单抗：（），兔源，细胞微管": 1, - 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"hol": 3, - "样品拍的，以及多次漂洗后今天拍的两个不同视野的细胞（已调整至相同contrast）。以后这种的细胞表面修饰，还是使用比较": 1, - "gentle": 1, - "的方式来处理吧。": 1, - "内容": 1, - "参考前两次实验：": 1, - "细胞膜表面的confocal成像": 1, - "细胞下表面成像": 1, - "觉得还需要对": 1, - "做一次": 1, - "confocal": 3, - "成像，判断一下：": 1, - "是否cy荧光丢失（）": 1, - "细胞下表面的信号情况如何（）": 1, - "然后由于": 1, - "对于细胞膜良好的标记效果，可以search一下这个样品（疑似巨噬细胞混到了ea中）一些有意思的现象。另外，也可以让自己对于": 1, - "的操作更加熟悉一点。周高昂师弟今天上午学习四面体合成表征，就不带他了。": 1, - "实验结果": 1, - "很快就发现确实": 1, - "cy": 1, - "信号丢失很多，刚开始以为是某个视野被拍得淬灭了，又切换到其它视野也差不多，所以确实是": 1, - "abel": 1, - "解离了或者是整个胆固醇修饰的链都跑掉了。": 1, - "bp": 1, - "不稳定。": 1, - "另外还发现细胞膜存在一些破损，说明固定漂洗的步骤存在一些问题": 1, - "此外，cy信号分布已经不均匀，可能与lipid": 1, - "raft": 1, - "有关，胆固醇在这种地方结合比较紧密。": 1, - "另外本次实验还采集了细胞核的三维数据，细胞分裂时的染色体清晰可见，但是暂未处理。": 1, - "confocal使用注意事项": 1, - "今天使用": 1, - "遇到了一些问题并解决掉了，形成以下几条经验：": 1, - "切换样品时，显微镜前面板上可以oad": 1, - "osition，物镜会降下去，然后放好新的样品，再按向上就回到原来的焦面附近": 1, - "目镜下找焦面，可以在软件的locate": 1, - "panel": 1, - "中选择相应的通道，常用的明场或者细胞核（如果染了oechst）": 1, - "做细胞三维成像的时候，不要着急渲染和导出视频，此处会导致未知错误电脑重启，所以建议坚持这个原则：采集数据和分析数据分开。": 1, - "在confocal正式拍摄的时候，注意关掉灯。成像参数可以选择慢一点，以及做以下average，减少背景波动。": 1, - "采集和保存数据的时候，看情况选择bit或者bit。前者占用存储空间更少，而后者数据精度更高。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "confocal再探细胞膜": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "上图左中右分别是两天前刚做好": 1, - "hol": 3, - "样品拍的，以及多次漂洗后今天拍的两个不同视野的细胞（已调整至相同contrast）。以后这种的细胞表面修饰，还是使用比较": 1, - "gentle": 1, - "的方式来处理吧。": 1, - "内容": 1, - "参考前两次实验：": 1, - "细胞膜表面的confocal成像": 1, - "细胞下表面成像": 1, - "觉得还需要对": 1, - "做一次": 1, - "confocal": 3, - "成像，判断一下：": 1, - "是否cy荧光丢失（）": 1, - "细胞下表面的信号情况如何（）": 1, - "然后由于": 1, - "对于细胞膜良好的标记效果，可以search一下这个样品（疑似巨噬细胞混到了ea中）一些有意思的现象。另外，也可以让自己对于": 1, - "的操作更加熟悉一点。周高昂师弟今天上午学习四面体合成表征，就不带他了。": 1, - "实验结果": 1, - "很快就发现确实": 1, - "cy": 1, - "信号丢失很多，刚开始以为是某个视野被拍得淬灭了，又切换到其它视野也差不多，所以确实是": 1, - "abel": 1, - "解离了或者是整个胆固醇修饰的链都跑掉了。": 1, - "bp": 1, - "不稳定。": 1, - "另外还发现细胞膜存在一些破损，说明固定漂洗的步骤存在一些问题": 1, - "此外，cy信号分布已经不均匀，可能与lipid": 1, - "raft": 1, - "有关，胆固醇在这种地方结合比较紧密。": 1, - "另外本次实验还采集了细胞核的三维数据，细胞分裂时的染色体清晰可见，但是暂未处理。": 1, - "confocal使用注意事项": 1, - "今天使用": 1, - "遇到了一些问题并解决掉了，形成以下几条经验：": 1, - "切换样品时，显微镜前面板上可以oad": 1, - "osition，物镜会降下去，然后放好新的样品，再按向上就回到原来的焦面附近": 1, - "目镜下找焦面，可以在软件的locate": 1, - "panel": 1, - "中选择相应的通道，常用的明场或者细胞核（如果染了oechst）": 1, - "做细胞三维成像的时候，不要着急渲染和导出视频，此处会导致未知错误电脑重启，所以建议坚持这个原则：采集数据和分析数据分开。": 1, - "在confocal正式拍摄的时候，注意关掉灯。成像参数可以选择慢一点，以及做以下average，减少背景波动。": 1, - "采集和保存数据的时候，看情况选择bit或者bit。前者占用存储空间更少，而后者数据精度更高。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "timestamp": 1638504810000 - }, - "03-Projects/3-细胞力学成像/3-细胞力学成像.md": { - "withStopwords": { - "细胞力学成像": 1, - "verview": 1, - "你好，我基本上已经学会如何使用": 1, - "folder": 1, - "note": 1, - "了，github有关于这方面的语法和说明，当然了更重要的是，关于题图的自动生成，这个插件似乎是自动抓取前面一部分内容，所以以后每个页面内容结束后，在开头插入一个简短的概要小结。": 1, - "`ccard": 1, - "type": 1, - "folderbrieflive": 1, - "imagerefix": 1, - "ssets": 1, - "notenly": 1, - "true": 1, - "style": 1, - "card": 1, - "`": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "细胞力学成像": 1, - "verview": 1, - "你好，我基本上已经学会如何使用": 1, - "folder": 1, - "note": 1, - "了，github有关于这方面的语法和说明，当然了更重要的是，关于题图的自动生成，这个插件似乎是自动抓取前面一部分内容，所以以后每个页面内容结束后，在开头插入一个简短的概要小结。": 1, - "`ccard": 1, - "type": 1, - "folderbrieflive": 1, - "imagerefix": 1, - "ssets": 1, - "notenly": 1, - "true": 1, - "style": 1, - "card": 1, - "`": 1 - }, - "timestamp": 1638165970000 - }, - "03-Projects/3-细胞力学成像/0-思考讨论/制定细胞力学超分辨成像初步计划.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "制定细胞力学超分辨成像初步计划": 1, - "date": 1, - "内容": 1, - "看了很多文献，目前我觉得结合实际情况，想比较快的做一些相关的工作，demo就是用": 1, - "nile": 3, - "red": 3, - "对细胞膜进行实时超分辨成像。": 1, - "只能激发细胞膜跟基底面的部分空间（": 1, - "nm），而这个部分则是细胞力学成像的主战场，主要包括一些受体蛋白跟基质的相互作用。但是已有的空间分辨率不够，而新兴方法如使用的是一次性力学探针，只要作用力超过阈值，就亮了，后面这个位置发生了什么是无法继续检测的，所以新方法不能监测特定位置的连续力学动态变化。此外新方法还有样品制备非常复杂等现实条件制约。": 1, - "是一种膜染料，结合到细胞膜上才会发光，另外它会可逆地结合到膜上，在": 1, - "n": 1, - "的极低浓度下能够产生单分子荧光信号，所以很早就被应用于超分辨成像。haronov": 1, - "后续也有不少人基于此发展细胞膜的超分辨成像，甚至能够以分钟的时间分辨率看到": 1, - "endocytosis": 1, - "的过程anylchuk：": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "从": 1, - "scale": 1, - "bar": 1, - "可以看到，这种基于": 1, - "的": 2, - "做出来的细胞膜，估计做完数据处理后，至少也有": 1, - "nm": 3, - "厚。而从一些文献中得知，细胞膜跟基底面的空间，其实一般在": 1, - "左右，iebel": 1, - "所以要检测这个空间的高度变化，z轴的分辨率（目前基于像散的方法是": 1, - "nm）是一个挑战。": 1, - "但如果能够比较好地检测这个空隙的高度变化，其实是可以反推很多东西的。因为这个高度变化就是细胞机械力的作用结果（形变）。如果能够通过这种方式实时检测空隙的高度变化，我们就可以连续观测整个细胞膜下表面的力学作用图景。虽然不能给出具体精确的力学数值，但是却能够提供关于连续形变的动力学描述。": 1, - "其它重要参考文献": 1, - "三维成像": 1, - "inuma": 1, - "用对折纸结构进行立体成像，z轴分辨率也相当不错，cience大作。其实这个cylindrical": 1, - "lens的用法非常简单，庄小威iaowei": 1, - "huang的工作中uang早有提到。": 1, - "ungmann": 1, - "，超分辨多色成像，用到了柱面透镜？在另外一篇cience中说得更加清楚点。inuma": 1, - "尼罗红染料": 1, - "很好的一个工作，除了nile": 1, - "red，还用到另外一种类似的可逆结合的荧光染料，": 1, - "oechst，再加上，实现的多色活细胞超分辨成像，图拍的也很漂亮。⭐pahn": 1, - "用还有一堆细胞膜染料，包括ile": 1, - "ed，研究细菌细胞膜的流动性，用到了但是不涉及超分辨。因为ile": 1, - "ed非常集中能够形成foci。⭐trahl": 1, - "细胞形貌测量": 1, - "用的方式测量细胞跟基底面之间的空隙的厚度，大概在": 1, - "左右。ai": 1, - "细胞表面形貌成像，无论是，还是一些电阻抗的扫描显微镜，都可以做得很好，而且现在来讲速度也上来了，但是都是对细胞上表面形貌的测量。eitao": 1, - "细胞力学相关": 1, - "tabley": 1, - "早期一个关于（表皮生长因子）受体蛋白的": 1, - "tension": 2, - "sensor。": 1, - "olacheck": 1, - "一篇精悍的综述，归纳总结了现有的一些细胞力学测量方法，指出了": 1, - "probe": 1, - "存在的问题是不能获取力的方向，当然了这是阈值型probe策略上的局限，此外还有比如样品制备耗时长，只能看二维等等问题。⭐": 1, - "iu": 1, - "大佬halid": 1, - "alaita早期利用纳米金淬灭荧光的距离效应，做的一个tension": 1, - "probe，看了": 1, - "integrin": 1, - "蛋白的作用。也是不错的范文。⭐": 1, - "lotnikov": 1, - "durotaxis，细胞会向胞外基质比较硬的地方迁移，这也是一种趋向性。其中": 1, - "focal": 1, - "adhesion（）具有": 1, - "fluctuating": 1, - "force，被认为是细胞感受机械力的": 1, - "sensor。另外一篇很早的文章，仔细地介绍了如何根据基质中的荧光小球的运动反推计算细胞的traction": 1, - "force。abass": 1, - "用来测量": 1, - "cell": 1, - "traction": 1, - "forces的rockman": 1, - "长期计划": 1, - "超分辨的细胞力学测量目前还无法获取作用力的方向信息，利用四面体的结构特点结合": 1, - "或许能够在一定程度上得到作用力方向：": 1, - "!rawing": 1, - "excalidraw": 1, - "估计只能是判断三种状态差异：": 1, - "竖直向上（或者力很大，作用时间很短），三个棱都被拉开，位点充分暴露，结合频次最高": 1, - "与某条棱同向，带一个面翻转，暴露一个位点，结合频次最低": 1, - "与某个侧面中垂线同向，带一条棱旋转，暴露两个位点，结合频次居中": 1, - "注意，这里也不一定使用四面体，或许其它折纸结构（比如": 1, - "tile）会更好。": 1, - "导出记录": 1, - "!制定细胞力学超分辨成像初步计划docx": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "制定细胞力学超分辨成像初步计划": 1, - "date": 1, - 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"~bashprofile": 2, - "`": 5, - "注意julia软件包可以到": 1, - "ownload": 1, - "下载最新版本的，此处选择": 1, - "linux": 1, - "版本，已经编译好，用": 1, - "命令解压一下，然后使用": 1, - "编辑一下": 1, - "bashprofile。": 1, - "lustrehomeacctccelmqccelmqlabesktopxxdjuliajulia": 1, - "bin": 1, - "export": 1, - "在该文件后面添加如上所示内容即可，退出来后执行命令：": 1, - "source": 1, - "这样可以使环境变量即刻生效，就可以直接在terminal中使用": 1, - "了。": 1, - "把julia搞到jupyterlab中": 1, - "在": 1, - "terminal": 1, - "中直接键入": 1, - "，然后键入进入包管理模式，进一步输入：": 1, - "`julia": 2, - "add": 1, - "ulia": 2, - "就会开始安装一系列包。安装完成后，键入（向左删除）推出包管理模式，输入：": 1, - "using": 1, - "installkernel\"ulia\"": 1, - "\"depwarnno\"": 1, - "然后刷新一下": 1, - "jupyterlab，就大功告成了，julia的": 1, - "kernel": 1, - "已经出现在了新建页面中。立即新建一个": 1, - "ipynb，进入输入语句并执行，毫无问题。💯": 1, - "超算": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "超算平台上部署ulia": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "julia部署": 1, - "年月日": 1, - "julia在科学计算上比python具有更大的性能上的优势，有时间的话可以简单学习了解下。": 1, - "在linux上安装julia": 1, - "登陆jupyter可视化平台之后，打开一个terminal": 1, - 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"withStopwords": { - "title": 1, - "试剂配制计算表": 1, - "date": 1, - "配制试剂经常设计到一些简单的关于浓度、质量和体积方面的计算。所以这里放上来相关的一些excel表格，方便复用。swjxl": 1, - "ile": 2, - "ed": 2, - "染液": 2, - "!nile": 1, - "red": 1, - "染液配置表格xlsx": 1, - "购买尼罗红染料配置": 1, - "抗体连": 1, - "配置crosslinker溶液": 1, - "叠氮化物（hermo，），w：": 1, - "先溶解于，再稀释到具体的反应体系中。": 1, - "这个东西非常容易潮解，所以从冰箱拿出来后先恢复到室温再开盖": 1, - "现配现用，冻存也会慢慢潮解。说明书推荐是直接加把整个都溶解了，避免称量吸潮什么的。": 1, - "!zidehosphineeagpdf": 1, - "取": 1, - "m": 2, - "加入到": 1, - "mg": 1, - "的瓶子中，制成": 1, - "m（）的": 1, - "stock": 1, - "solution": 1, - "储存液放置于度冻存，使用前恢复室温再解开封口膜吸取": 1, - "做蛋白修饰时，如果蛋白浓度大于": 1, - "mgm，用十倍过量，如果浓度较低，用到倍过量，一般crosslinker终浓度是m": 1, - "修饰反应可以放置室温min，或者冰上小时。": 1, - "反应结束后加": 1, - "uenching": 1, - "buffer终止，其实就是": 1, - "riscl": 1, - "p，ris终浓度为": 1, - "把反应体系室温静置": 1, - "min或者冰上分钟": 1, - "使用zeba脱盐柱或者超滤离心管去除多余未反应的crosslinker": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "试剂配制计算表": 1, - "date": 1, - "配制试剂经常设计到一些简单的关于浓度、质量和体积方面的计算。所以这里放上来相关的一些excel表格，方便复用。swjxl": 1, - "ile": 2, - "ed": 2, - 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"{}": 2, - "selfnewlibrary": 2, - "用于装修改后的entries": 1, - "loadself": 1, - "fp": 3, - "testalse": 2, - "load": 1, - "the": 1, - "librarybib": 1, - "with": 2, - "openfp": 2, - "as": 3, - "bibtexfile": 1, - "bibdatabase": 1, - "bibtexparserloadbibtexfile": 1, - "bibdatabaseentriesdict": 1, - "if": 9, - "test": 4, - "print{}": 1, - "entries": 1, - "loaded!formatlenselflibrary": 1, - "saveself": 1, - "db": 1, - "dbentries": 1, - "注意这里为list": 1, - "writer": 1, - "w": 1, - "bibfile": 7, - "注意编码是": 1, - "utf，默认的": 1, - "gbk": 1, - "会出错": 1, - "bibfilewritewriterwritedb": 1, - "printave": 1, - "to": 2, - "{}formatfp": 1, - "的数据搞成字典方便交互处理，这样就可读可写了。": 1, - "obsidian调用的主函数": 1, - "main": 2, - "try": 4, - "给": 1, - "obsidian": 4, - "templater": 3, - "插件cmd调用的接头，参考如下：": 1, - "eadingpdfspaperdocxpy": 1, - "projectsworkingrojects软件工具obsidianobsidian中浏览并标注文献pdfmd`": 1, - "先获取": 1, - "文件的路径": 1, - "scriptpath": 1, - "ospathabspathsysargv": 1, - "这里要使用绝对路径，否则后面pandoc转的时候找资源会使用": 1, - "exportdir": 1, - "的相对路径": 1, - 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"可以说这段代码完全是不断实践迭代出来的，基本上是一个比较": 1, - "robust": 1, - "的与": 1, - "emplater": 2, - "插件交互的": 1, - "示范。后续还会经常用到。其实我也考虑过进一步整合为一个内置于": 1, - "的": 2, - "模块，多写一些类来做好封装。但可以等到后面有空了再说。": 1, - "fetchinfo": 1, - "函数": 1, - "其实就是citation": 1, - "key，如": 1, - "xxd": 1, - "bib文件地址": 1, - "worker": 1, - "workerloadbibfile": 1, - "info": 9, - "workerlibraryckey": 1, - "doi": 2, - "infodoi": 2, - "fetchfrompubmeddoi": 2, - "typeinfo": 2, - "is": 2, - "dict": 2, - "content": 4, - "\"n": 2, - "ubed": 3, - "tatistics\"": 2, - "for": 3, - "in": 9, - "{infokey}": 3, - "else": 3, - "print\"pubmed": 1, - "not": 2, - "found!\"": 1, - "printinfo": 1, - "today": 2, - "datetimetodaystrftime\"md\"": 3, - "{citedtimes": 2, - "fetchfrombingdoi": 2, - "journaljournalnameinfo": 1, - "publishdate": 2, - "infodate": 1, - "queryt": 2, - "f{today}": 2, - "}": 2, - "otero": 1, - "printcontent": 1, - "pyperclipcopycontent": 1, - "这个函数中，首先就是到": 1, - "文献库文件中找条目的doi，找到了doi之后我会优先到": 1, - "上查一下文献的其它信息，比如被引次数，用到了另外一个函数": 1, - "。": 1, - 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"来找，由于": 1, - "是": 1, - "代码的关键词，所以加了一个下划线后缀。然后有些": 1, - "text可能包含一些格式化不显示内容（换行空格之类的），可以用字符串的": 1, - "方法去除。": 1, - "爬取ing学术网站信息": 1, - "目前bing学术算是国内能够愉快访问并替代google的选择了": 1, - "bingurl": 1, - "f{bingurl}searchq{quotedoi}": 1, - "acacontent": 1, - "soupfindclassacamain": 1, - "acalist": 1, - "acacontentfindallclassbhanel": 1, - "acalistfindclassacacontenttextstrip": 1, - "这里依然是": 1, - "联用，不过只抓取被引次数，所以还算简单。": 1, - "调用crossref接口查询doi": 1, - "fetchfromcrossrefdoi": 2, - "f": 1, - "res": 1, - "urlopenquery": 1, - "返回的是json二进制文件": 1, - "resgetcode": 1, - "\"nternet": 1, - "onnection": 1, - "rror": 1, - "ot": 1, - "rossef!\"": 1, - "data": 1, - "jsonloadsresread": 1, - "entry": 2, - "datamessage": 1, - "infotitle": 1, - "entrytitle": 1, - "infofisrtauthor": 1, - "entryauthorgiven": 2, - "entryauthorfamily": 2, - "cauthor": 2, - "curl": 1, - "entryauthor": 1, - "cis": 2, - "entryauthorauthenticatedorcid": 1, - "co": 3, - "f{cauthor}": 1, - "infocorrespondingauthor": 1, - "infoaddress": 1, - "entryauthoraffiliationname": 1, - 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"function。左边是名字，自己随意命名，右边是": 1, - "命令。": 1, - "`yaml": 1, - "fetchpaperinfo": 1, - "value": 1, - "ssetscriptsfetchpaperinfopy": 1, - "projectsworkingrojects软件工具obsidianobsidian中浏览并标注文献pdfmd": 1, - "注意使用的脚本是相对路径，根目录就是vault的根目录": 1, - "然后参数是": 1, - "templater内置函数提供的（比如当前笔记文件的路径）": 1, - "使用命令行的时候，注意检查自己的": 1, - "是否在环境变量中，而且python所用到的模块是否已经安装": 1, - "quickdd命令": 1, - "设置好了": 1, - "插件中的": 1, - "function": 1, - "之后，然后去添加": 1, - "quickdd": 2, - "命令：": 1, - "添加一个": 1, - "apture": 2, - "的命令，然后进入其中设置，直接是": 1, - "active": 2, - "file，这样当你": 1, - "keep": 1, - "当前的文献笔记": 1, - "的时候，调用": 1, - "命令（快捷键": 1, - "），就会激活下方填写的": 1, - "function，然后完成一系列操作。": 1, - "执行效果": 1, - "bing": 1, - "dataview": 2, - "查看": 1, - "在文献笔记中有了这些内容之后，我就可以使用": 1, - "进行非常自定义的查询，": 1, - "渲染之后显示如下：": 1 - }, - "timestamp": 1647829800000 - }, - "03-Projects/软件工具/obsidian/obsidian-slides测试.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "obsidianslides测试": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "ppt": 1, - "debug": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - 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"操作步骤": 1, - "开启「卡片」插件": 1, - "新建试剂「卡片模板」和卡片夹目录": 1, - "在": 2, - "模板目录内新建": 1, - "文件，文件内容如下所示：": 1, - "`": 2, - "试剂库存": 1, - "alias": 1, - "试剂简称": 1, - "试剂名称": 1, - "抗体核酸": 1, - "已分装将用完": 1, - "浓度或质量。。": 1, - "在根目录新建目录。": 1, - "设置「卡片」插件": 1, - "在「插件选项」侧栏中找到「卡片」，按上图填写信息即可。": 1, - "创建试剂目录": 1, - "可以在目录下新建页面，写入以下内容：": 1, - "这相当于建立了一个查询（query），dataview": 1, - "插件会自动按照脚本获取试剂卡片的信息。": 1, - "新建一个试剂卡片": 1, - "界面左侧边栏有一个": 1, - "icon": 1, - "可以直接创建新的卡片，在新建的卡片中修改信息，注意": 1, - "是特殊符号，前面是键，后面是值，": 1, - "后面要有空格。": 1, - "可以填写自己熟悉的别称，这样在引用卡片时可以通过别称在补全提示中快速搜索到这个卡片。如：羊抗兔：": 1, - "点击提示选项就可以补全双链引用。": 1, - "重要说明": 1, - "除了开启内置的卡片插件外，本方案还依赖以下插件：": 1, - "ataview": 1, - "templater": 1, - "用户可根据自己的试剂情况，修改试剂卡片模板，和": 1, - "dataview": 1, - "query": 1, - "脚本。": 1, - "导出docx": 1, - "!推广obsidian用于试剂库存管理方案docx": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "推广obsidian用于试剂库存管理方案": 1, - "date": 2, - "status": 1, - "complete": 1, - "excerpt": 1, - "用obsidian整理试剂库存也有明显的优势，整理一下经验打算推而广之。": 1, - "tags": 2, - "obsidian": 3, - 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"capture": 1, - "模板，使之能够直接通过快捷键新增任务并添加到看板。本来我还考虑了给看板添加所谓的优先级和复杂性，但是后来想想这个价值判断不是难事。拖延也并不是因为不知道什么事情重要，只是发动机空转，没有开始去做第一步而已。": 1, - "不过既然看板日志基本上对应具体的事物，我觉得还是可以弄一个": 1, - "模板": 1, - "，里边要对这个事情有简单的描述，然后可以被": 1, - "dataview": 1, - "检索整理成表格。还能够反向链接到当日日志。所以我搞了一个看板事务。还修改了看板的设置，其实就是": 1, - "front": 1, - "matter": 1, - "中的信息被修改了：": 1, - "`yaml": 1, - "kanbanplugin": 1, - "basic": 1, - "linkdatetodailynote": 1, - "true": 4, - "timeformat": 1, - "mmss": 2, - "dateformat": 1, - "showrelativedate": 1, - "prependarchivedate": 1, - "prependarchiveformat": 1, - "prependarchiveseparator": 1, - "datepickerweekstart": 1, - "hidedateintitle": 1, - "newnotetemplate": 1, - "emplates看板事务md": 1, - "newnotefolder": 1, - "nbox看板日志": 1, - "`": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "整理看板日志工作流": 1, - "date": 1, - "反馈": 1, - "m": 1, - "内容": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "使用": 1, - "obsidian": 1, - "有一段时间之后，主要是用来弄文献阅读笔记，基本已经顺畅上路了。但是日志这一块，跟看板之间还是有一些割裂。后来我觉得如果把一天分成好多事情，那么逻辑上就清楚多了。": 1, - "看板就是置顶可见常见的看板，要先建立一个任务，然后执行它，然后完成了就可以写一些后感什么的。每天的日志主要是对看板的具体补充。因为我的看板内容上不会很负责，而且有些时候看板上的一句话是要直接作为看板笔记的文件名的。": 1, - "为了方便看板跟日志的连接，我修改了看板的设置，并且也修改了": 1, - "uickdd": 1, - "的": 1, - "capture": 1, - "模板，使之能够直接通过快捷键新增任务并添加到看板。本来我还考虑了给看板添加所谓的优先级和复杂性，但是后来想想这个价值判断不是难事。拖延也并不是因为不知道什么事情重要，只是发动机空转，没有开始去做第一步而已。": 1, - "不过既然看板日志基本上对应具体的事物，我觉得还是可以弄一个": 1, - "模板": 1, - "，里边要对这个事情有简单的描述，然后可以被": 1, - "dataview": 1, - "检索整理成表格。还能够反向链接到当日日志。所以我搞了一个看板事务。还修改了看板的设置，其实就是": 1, - "front": 1, - "matter": 1, - "中的信息被修改了：": 1, - "`yaml": 1, - "kanbanplugin": 1, - "basic": 1, - "linkdatetodailynote": 1, - "true": 4, - "timeformat": 1, - "mmss": 2, - "dateformat": 1, - "showrelativedate": 1, - "prependarchivedate": 1, - "prependarchiveformat": 1, - "prependarchiveseparator": 1, - "datepickerweekstart": 1, - "hidedateintitle": 1, - "newnotetemplate": 1, - "emplates看板事务md": 1, - "newnotefolder": 1, - "nbox看板日志": 1, - "`": 1 - }, - "timestamp": 1636700292000 - }, - "03-Projects/软件工具/obsidian/添加一个事务表.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "添加一个事务表": 1, - "date": 1, - "反馈": 1, - "m": 1, - "内容": 1, - "这里主要是测试以下": 1, - "kanban": 1, - "利用模板新建模板日志的功能，结果发现似乎跟": 1, - "templater": 3, - "不兼容啊。还是创建的": 1, - "最初的草稿。可能": 1, - "要设置一下。但是也没有关系。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "添加一个事务表": 1, - "date": 1, - "反馈": 1, - "m": 1, - "内容": 1, - "这里主要是测试以下": 1, - "kanban": 1, - "利用模板新建模板日志的功能，结果发现似乎跟": 1, - "templater": 3, - "不兼容啊。还是创建的": 1, - "最初的草稿。可能": 1, - "要设置一下。但是也没有关系。": 1 - }, - "timestamp": 1636700318000 - }, - "03-Projects/软件工具/blender/blender编程.md": { - "withStopwords": { - "title": 2, - "blender编程": 1, - "date": 1, - "lender中物体变换": 1, - "其实如果有": 1, - "python": 2, - "编程基础，那么用这种方式控制然后制作三维动画简直不能更轻松。因为一些基础操作，比如移动旋转还有插入关键帧什么的，真的是比较繁琐的。另外一个方面，blender": 1, - "为开发者提供了非常方便的": 1, - "查询方式，基本上用户界面上每一个基础操作都有对应的函数文档，可以直接右键查询。": 1, - "!asted": 5, - "image": 5, - "png": 5, - "另外我也到网上查了一些教程，先看中文的翻译，然后自己在": 1, - "blender": 3, - "的命令行": 1, - "nterface": 1, - "中稍微弄了一下。": 1, - "`python": 5, - "bpydataobjects": 2, - "bpydataobjectsamera": 1, - "objects对象": 1, - "支持列表索引": 1, - "bpydataobjectsube": 6, - "objects": 1, - "也支持字典索引": 1, - 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"check": 1, - "the": 1, - "number": 1, - "according": 1, - "to": 1, - "channel": 1, - "number!": 1, - "namemain": 1, - "sysargv": 2, - "mode": 3, - "worker": 1, - "convertorfp": 1, - "workerload": 1, - "workerdata": 1, - "workersave": 1, - "`": 2, - "读取数据则通过": 1, - "这个函数，要格外注意，读出来的数据，如果遭到修改，那么硬盘中的原始数据也会被修改。": 1, - "readfp": 1, - "yamlfp": 1, - "openyamlfp": 1, - "r": 1, - "yamlloadf": 1, - "oaderyamlulloader": 1, - "movie": 2, - "npmemmapfp": 1, - "dtypeinfoata": 1, - "shapeinforames": 1, - "infoeight": 2, - "剩下的对raw进行": 1, - "操作的函数，我交给了戴哲泽让他来完成，也算是一次编程教学。": 1, - "解析": 1, - "关键是要把各种数据格式转成": 1, - "raw，所以用到了": 1, - "这个包。": 1, - "其它": 1, - "后面重新写了一个更简洁的从": 1, - "到": 1, - "jupyter": 1, - "笔记本：rawipynb，使用时基本上只需要输入": 1, - "文件路径即可。": 1 - }, - "timestamp": 1639030396000 - }, - "03-Projects/软件工具/python/FCS荧光相关光谱拟合.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "荧光相关光谱拟合": 1, - "date": 1, - "需求": 1, - "从董朝青老师那里采集到的荧光相关光谱数据，其实还是文本文件，然后需要对相关光谱做拟合，从而得到一些参数，其中最重要的就是扩散时间。": 1, - "代码": 1, - "`python": 1, - 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"`": 1, - "解析": 1, - "这段代码主要的功能就是从文本文件中提取相关光谱的数据并做预处理，然后对光谱做拟合，解析出来参数。值得一提的主要是利用": 1, - "做": 1, - "曲线拟合": 1, - "，由于这个对初值敏感，所以迭代次数自己设置高一点。然后是拟合的结果，也就是参数的获取，参数的误差值的获取，还有评估拟合效果的方值计算，都是非常清楚的。所以这个是做": 1, - "python": 1, - "做曲线拟合非常好的": 1, - "模板": 1, - "。": 1, - "使用": 1, - "可以参考并自行修改程序运行部分的，以适配批量或者处理单个数据文件的需求。": 1, - "效果": 1, - "!荧光相关光谱分析html": 1, - "其它": 1, - "荧光相关光谱已经是从最原始的": 1, - "ntensity": 1, - "race": 1, - "中提取分析出来的。其底层还是时序信号的自相关分析，能够发现一些周期性。其实在": 1, - "的数据分析中也有用到过这种，不仅仅是计算": 1, - "inetics，还包括漂移校正。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "荧光相关光谱拟合": 1, - "date": 1, - "需求": 1, - "从董朝青老师那里采集到的荧光相关光谱数据，其实还是文本文件，然后需要对相关光谱做拟合，从而得到一些参数，其中最重要的就是扩散时间。": 1, - "代码": 1, - "`python": 1, - "import": 4, - "os": 1, - "glob": 1, - "numpy": 1, - "as": 3, - "np": 1, - "pandas": 1, - "pd": 1, - "from": 1, - "scipyoptimize": 1, - "curvefit": 2, - "def": 3, - "fitfp": 2, - "initialguess": 2, - "printfp": 1, - "with": 1, - "openfp": 1, - "r": 2, - "encodingutf": 1, - "f": 1, - "data": 7, - "fread": 1, - 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"效果": 1, - "!荧光相关光谱分析html": 1, - "其它": 1, - "荧光相关光谱已经是从最原始的": 1, - "ntensity": 1, - "race": 1, - "中提取分析出来的。其底层还是时序信号的自相关分析，能够发现一些周期性。其实在": 1, - "的数据分析中也有用到过这种，不仅仅是计算": 1, - "inetics，还包括漂移校正。": 1 - }, - "timestamp": 1636534230000 - }, - "03-Projects/软件工具/python/从obsidian导出docx.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "从obsidian导出docx": 1, - "date": 1, - "需求": 1, - "obsidian": 3, - "虽然有": 1, - "pandoc": 5, - "的插件，但是不好用。而我之前有一套基于": 1, - "把": 1, - "markdown": 4, - "草稿转成带有参考文献的": 1, - "docx，所以这里稍微修改一下就可以用。这样我就能导出一份样式能够调整的": 1, - "word": 1, - "文档分享给别人，同时也可以作为论文草稿。": 1, - "代码": 1, - "`python": 1, - "import": 4, - "os": 1, - "shutil": 1, - "re": 2, - "subprocess": 1, - "sys": 1, - "bibtexparser": 3, - "from": 3, - "bibtexparserbwriter": 1, - "ibexriter": 2, - "bibtexparserbibdatabase": 1, - "ibatabase": 2, - "class": 2, - "onvertor": 1, - "将论文草稿导出为带参考文献的docx": 1, - "def": 9, - "initself": 2, - "vault": 3, - "fp": 7, - "bib": 4, - "style": 4, - "template": 4, - "selfvault": 1, - "selfmd": 1, - 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"libpathspliteading": 1, - "根目录": 1, - "f\"{libpath}yibrarybib\"": 1, - "f\"{libpath}acsnanocsl\"": 1, - "f\"{libpath}templatedocx\"": 1, - "sysargv": 1, - "xxd": 1, - "onvertorvault": 1, - "xxdtoesktop": 1, - "xxdtoocx": 1, - "xxdtoib": 1, - "printlibpath": 1, - "`": 1, - "解析": 1, - "这段代码比较复杂，按照完成任务的逻辑可以分成以下几个部分：": 1, - "读取obsidian文件内容，并将其中": 1, - "wiki": 2, - "双链部分转换为": 1, - "格式": 1, - "通过": 1, - "从总的文献库中提取被引用的条目形成新的子文献库": 1, - "把文本和附件以及子文献库内容都复制到用户桌面的": 1, - "目录": 1, - "通过命令行工具调用": 1, - "完成": 1, - "到": 2, - "docx": 3, - "的格式转换": 2, - "这部分代码比较复杂，写了两个类，除此之外，一些比较重要的编程知识点如下：": 1, - "模块的使用，注意读出的是字典，而要写入的时候又是list": 1, - "基于正则": 1, - "模块的": 1, - "oswalk": 1, - "方法遍历所有文件夹和文件找到附件": 1, - "subprocessopen": 1, - "方法使用子进程调用": 1, - "工具": 1, - "使用": 1, - "这段代码同样作为": 1, - "脚本文件放到了": 1, - "目录下，同时还需要配套的其它文件如：": 1, - "yibrarybib：文献总库，由": 1, - "zotero": 1, - "维持更新": 1, - "acsnanocsl：参考文献引文样式文件": 1, - "templatedocx：导出的": 1, - "的模板文件": 1, - "这些是我整合": 1, - "工作流的重要工具。使用的时候，同批量获取citationey，只需要用": 1, - "emplator": 1, - "插入": 1, - "模块即可。": 1, - "效果": 1, - "正确运行没有啥提示，桌面的": 1, - "目录会出现一个子文件夹，里边放了各种文件：": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "然后可以看下": 1, - "文档的效果，杠杠滴：": 1, - "其它": 1, - "利用": 1, - "还可以导出嵌入的": 1, - "文件，可以支持多媒体内容，比如音乐视频啥的。但是之前我玩": 1, - "iote": 1, - "的时候这个功能实际用的比较少，所以还是算了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "从obsidian导出docx": 1, - "date": 1, - "需求": 1, - "obsidian": 3, - "虽然有": 1, - "pandoc": 5, - "的插件，但是不好用。而我之前有一套基于": 1, - "把": 1, - "markdown": 4, - "草稿转成带有参考文献的": 1, - "docx，所以这里稍微修改一下就可以用。这样我就能导出一份样式能够调整的": 1, - "word": 1, - "文档分享给别人，同时也可以作为论文草稿。": 1, - "代码": 1, - "`python": 1, - "import": 4, - "os": 1, - "shutil": 1, - "re": 2, - "subprocess": 1, - "sys": 1, - "bibtexparser": 3, - "from": 3, - "bibtexparserbwriter": 1, - "ibexriter": 2, - "bibtexparserbibdatabase": 1, - "ibatabase": 2, - "class": 2, - "onvertor": 1, - "将论文草稿导出为带参考文献的docx": 1, - "def": 9, - "initself": 2, - "vault": 3, - "fp": 7, - "bib": 4, - "style": 4, - "template": 4, - "selfvault": 1, - "selfmd": 1, - 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"模仿": 1, - "github": 1, - "项目的": 1, - "elease": 1, - "age，此页为ppt汇总页，不管是组会还是汇报的ppt都插入此处。注意用三级标题的日期，还要有简短的分条概述。": 1, - "年月日": 9, - "!小组会谢晓冬pptx": 13, - "讲文献，溶酶体的超分辨成像示踪，大连化物所的工作。": 1, - "回顾之前的工作情况，简化信息加密设计方案，并计划订购相关物品试剂。": 1, - "小组会，继续讲文献，主要是斑马鱼中的组织迁移过程中的机械力传导模型，感觉有点因果倒置了。": 1, - "!文献大组会谢晓冬pptx": 2, - "文献大组会，分享一个简单的工作，用很简单的策略做了一个": 1, - "barcode，用变色顺序来编码多色。": 1, - "分享一些文献，主要是把折纸做成运动管道，再施加电场实现高速运动的case，另外还提到了胞间连丝。": 1, - "通过filter去除cy通道背景信号": 1, - "升级的双色通道配准（半自动）与混合样模式识别（人工）": 1, - "补充的": 1, - "xchange造成背景增加": 1, - "作图经验分享": 1, - "晁洁figure修改建议xxdpptx": 2, - "其实没有太多发挥空间，这个工作本身就非常简单，我只能说改改": 1, - "scheme，突出亮点，给人印象深刻即可。📂archieves改图晁洁李茜": 1, - "y通道的结构缺陷所致背景可通过调整入射角改善": 1, - "四种六螺旋混合样品拍摄": 1, - "细胞微管的超分辨重构": 1, - "!求职谢晓冬pptx": 2, - "lakz": 1, - "自我介绍与期望岗位薪酬": 1, - "博士后阶段的主要工作": 1, - "结构编码的纳米机器运动": 1, - "信息加密存储与读取": 1, - "博士后阶段的主要贡献": 1, - "建立荧光超分辨成像体系": 1, - "各种培训和成像数据分析支持": 1, - "未来三五年的工作计划": 1, - "细胞力学超分辨成像": 1, - "频次比例编码折纸位点存储信息位深": 1, - "后面又根据李茜的反馈意见，再修改了一般不那么中规中矩，但是亮点更加突出的ppt。": 1, - "ijog": 1, - "漂移校正新方法成功重构x点阵折纸": 1, - "漂移波动的频谱分析：需消除低频波动": 1, - "对细胞微管的标记和成像": 1, - "最强照明": 1, - "x": 1, - "rid": 1, - "数据分析尝试": 1, - "信息加密六螺旋双色": 1, - "超分辨多色通道图像配准": 1, - "使用超算中心处理超大数据": 1, - "!数据整理pptx": 1, - "采取obsidian工作流之后第一次规范地发布课题数据整理的ppt。": 1, - "注意事项详见已有数据整理。": 1, - "核酸适配体的特异性验证": 1, - "细胞微管成像并查看了irycan的分辨率提升效果": 1, - "click反应连接炔基修饰与抗体": 1, - "第一次细胞微管成像": 1, - "结构光照明，偏振激光激发，cy荧光强度和作用力方向有明确定量关系": 1, - "首次实现nm空间分辨率的细胞力学方向测量lanchard": 1, - "有助于解析一些朝向依赖（orientationdependent）的细胞表面受体的作用机制": 1, - "首次尝试对细胞微管的免疫荧光成像": 1, - "单分子荧光漂白曲线采集和分析": 1, - "了解ep细胞贴附过程时间窗口期": 1, - "检验了s做单分子信号质量": 1, - "这周做的事情比较多，也有一些实质性进展。基本上我之前关于四面体能否进入细胞基底面间隙的疑虑被打消了，不过四面体在这个限域空间的扩散行为可能跟溶液中的又会不大一样。": 1, - "按照惯例，月末还需要提交实验记录本。茜姐没提就算了。": 1, - "由于会有一些新生在场，我打算介绍一些，就从最近一篇综述vanee入手吧。到了家里发现，可能明天茜姐又要找我聊一下关于信息存储加密的事情。我讲这个有点不合时宜，还是得重新做。但是明天早上又安排了实验，所以把电脑带上吧。": 1, - "结果到了年月日，我做完实验感觉时间已经非常不够用了，所以直接拿这个讲讲吧。至于本周主要的调研工作，我就不讲了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "ppt发布汇总页": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "模仿": 1, - "github": 1, - 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"准备年度博士后面上基金申请": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "!asted": 4, - "image": 4, - "png": 4, - "从去年的情况来看，已取得的科研成果评分为": 1, - "，选题的创新性为，平台条件为，所以主要还是已取得的科研成果不大行。或者说，已有成果跟目前要研究的东西不是很匹配。然后也要充分利用平台条件特色。": 1, - "先找到去年的资料包。注意这个玩意儿只能用": 1, - "来搞。": 1, - "📂projects基金申请博士后基金博士后面上基金申请": 1, - "去年我写的是暗场成像的，这个题目不大行，所以下一步想一想写什么题目。我个人是认为纳米探针在分析化学上的应用会更好一点。毕竟这个博后是锁死在分析化学口的。而跟其它分析化学的工作相比，我的是成像，动态成像。所以我不妨从之前那个迁移体的工作延伸出去。借助纳米颗粒在细胞内的运动聚集状态分析来做事情。青基的题目也可以想一想，最好是能够跟后面的的内容有一个过渡，所以可以是多模态的成像，就是纳米金探针加上做一些成像分析的工作。": 1, - "调研胞间连丝": 1, - "migrasome属于一种新的细胞器，研究这种比较新的东西可能会有新的发现。但是通过胞内颗粒运动状态的变化去分析细胞内部环境比如粘弹性，相比较于探测具有更好的实时性。但是这个题目也太大了。从另一个角度出发，细胞间这种管道运输，如果用纳米探针作为标准物质来搞的话，可能更": 1, - "make": 1, - "sense，毕竟之前都有一些文章说线粒体都能通过这种细胞间的丝（intercellular": 1, - "nanotubes）发生转运aha。所以我的落脚点可能还是这种胞间连丝。所以下一步了解这方面的内容。": 1, - "癌细胞存在多种免疫逃逸机制，其中一种就是通过胞间连丝窃取免疫细胞的线粒体，那么有没有其它利用胞间连丝的作用呢？": 1, - "asho": 1, - "ase": 1, - "signalling。": 1, - "可以看到，胞间连丝的作用还是很多的。那么接下来我的这个纳米探针和成像方法，可以解决什么问题？就是在这样一个通道中，一个比较普遍的运输过程的一些物理描述。接下来我就需要了解以下这方面有没有已经发表的工作，做到了什么程度。": 1, - "先快速看了三篇综述，aidyahinneryamashita": 1, - "对于胞间连丝有了一个比较宽泛的理解。这种结构非常常见，比如神经元细胞。至于普通的一些细胞，也有很多，甚至是细菌。这是细胞之间实现高效通讯的一个非常重要的方式和途径。": 1, - "查看各种对象在中的转运过程，相关文章年前就有一些，包括量子点，纳米金刚石，还有看溶酶体，线粒体，脂质体等等。bounitalepperlaeristlustomowinskiang": 1, - "但是用纳米金来看的确实比较少。": 1, - "也有一些纯粹从成像的角度去做的工作，比如和attice": 1, - "light": 1, - "sheet。alaszarker": 1, - "还有人工构建这种": 1, - "tunneling": 1, - "nanotube": 1, - "然后研究一些东西的工作。ong": 1, - "tommer。": 1, - "最近几年大量的相关工作集中于其生物学功能，比如间充质干细胞通过传递线粒体实现再生恢复能力；aliwal": 1, - "还有巨噬细胞极化能够影响和细胞器传递的过程；oodman": 1, - "还有很多综述，讨论": 1, - "跟免疫方面的关系。": 1, - "初步搜罗了篇文献，可以对这个领域做进一步的了解。下一步注意跟踪这个方面国内外做得比较好的团队的后续工作，看看有些什么具体的进展。但是更重要的是，我想解决的具体是什么问题？": 1, - "纳米金的切入点": 1, - "纳米金探针暗场成像的特点，可以间距荧光，然后暗场下可以变色，通过颜色显示大小。然后暗场追踪就有长时程的特点。因为暗场成像，不需要考虑光漂白的情况，也没有所谓的光毒性。所以某种程度上可以说是定量地研究cargo": 1, - "size": 2, - "跟": 1, - "trafficking": 1, - "的关系。那么这个size跟trafficking之间的关系为什么要研究，是否重要？这个是我需要进一步从文献中查找的。": 1, - "直观的看，基于": 1, - "的": 1, - "transmission，既有": 1, - "molecule，也有": 1, - "organelle，可以说": 1, - "范围是非常大。目前很多都是看一些": 1, - "organelle": 1, - "的转运，因为这个是在分辨率允许范围内的。但是对于更小的": 1, - "cargo，可能较难长时间观察。而且可能一些细的": 1, - "本身也难以通过普通的光学显微镜看到。但是我不是要去做一个超分辨的检测。": 1, - "考虑到纳米金聚集体最后一般是在晚期内吞体或者溶酶体中，而今天查的文献中刚好有一个疾病模型是": 1, - "asynuclein（突触核蛋白）": 1, - "通过溶酶体转运的。bounitictoria": 1, - "所以我从某种程度上可以从这里切入，说自己想开发一种诊疗一体的阻断工具。": 1, - "到此为止，基本上有个大致的思路了，剩下的明天再说，不然一整天搞这个事情有点腻。": 1, - "进站时间超过限制": 1, - "所以博士后面上基本上不用搞了，这个可以拿来整青基了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "准备年度博士后面上基金申请": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "!asted": 4, - "image": 4, - "png": 4, - "从去年的情况来看，已取得的科研成果评分为": 1, - "，选题的创新性为，平台条件为，所以主要还是已取得的科研成果不大行。或者说，已有成果跟目前要研究的东西不是很匹配。然后也要充分利用平台条件特色。": 1, - "先找到去年的资料包。注意这个玩意儿只能用": 1, - "来搞。": 1, - "📂projects基金申请博士后基金博士后面上基金申请": 1, - "去年我写的是暗场成像的，这个题目不大行，所以下一步想一想写什么题目。我个人是认为纳米探针在分析化学上的应用会更好一点。毕竟这个博后是锁死在分析化学口的。而跟其它分析化学的工作相比，我的是成像，动态成像。所以我不妨从之前那个迁移体的工作延伸出去。借助纳米颗粒在细胞内的运动聚集状态分析来做事情。青基的题目也可以想一想，最好是能够跟后面的的内容有一个过渡，所以可以是多模态的成像，就是纳米金探针加上做一些成像分析的工作。": 1, - "调研胞间连丝": 1, - "migrasome属于一种新的细胞器，研究这种比较新的东西可能会有新的发现。但是通过胞内颗粒运动状态的变化去分析细胞内部环境比如粘弹性，相比较于探测具有更好的实时性。但是这个题目也太大了。从另一个角度出发，细胞间这种管道运输，如果用纳米探针作为标准物质来搞的话，可能更": 1, - 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"wordpress，可以说用于写日志的工具是非常丰富，而且电脑手机多端协同使用完全不成问题。不过": 1, - "obsidian": 1, - "侧重于工作，比如安排实验，调研文献之类的；而": 1, - "joplin可以使用坚果云同步，可以和手机端很好协同，所以我用来作为临时性草稿和生活方面的内容，这样可以方便随时随地写日志；wordpress是一个博客网站，主要特点是方便分享，可以定期（比如每周）发布一些有价值的内容。": 1, - "写日志的目的，是为了对抗遗忘，也是为了能够给后人留下些东西。从信息的角度出发，我的读者必定是亲朋好友，他们的第一站就是我的博客网站。所以不要把太多细节弄到博客中。他们关心的问题才是我需要呈现的内容。以此原则，一篇典型的周记应该包括以下内容：": 1, - "这周主要做（发生）了什么（重要的）事情？": 1, - "这周心情如何？": 1, - "这周身体怎样？": 1, - "下周有什么安排？": 1, - "写博客不难，坚持年复一年地写博客是真难。所以这也是一个依赖于习惯去实现的事情。从目前的时间安排来看，每周六周日的晚上是最合适的时间，能够给我写博客。而从内容上看，我保底要求自己先从周记做起。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "制定全局笔记日志方案": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "目前我常用": 1, - "obsidian、joplin，再加上这个": 1, - "wordpress，可以说用于写日志的工具是非常丰富，而且电脑手机多端协同使用完全不成问题。不过": 1, - "obsidian": 1, - "侧重于工作，比如安排实验，调研文献之类的；而": 1, - "joplin可以使用坚果云同步，可以和手机端很好协同，所以我用来作为临时性草稿和生活方面的内容，这样可以方便随时随地写日志；wordpress是一个博客网站，主要特点是方便分享，可以定期（比如每周）发布一些有价值的内容。": 1, - "写日志的目的，是为了对抗遗忘，也是为了能够给后人留下些东西。从信息的角度出发，我的读者必定是亲朋好友，他们的第一站就是我的博客网站。所以不要把太多细节弄到博客中。他们关心的问题才是我需要呈现的内容。以此原则，一篇典型的周记应该包括以下内容：": 1, - "这周主要做（发生）了什么（重要的）事情？": 1, - "这周心情如何？": 1, - "这周身体怎样？": 1, - "下周有什么安排？": 1, - "写博客不难，坚持年复一年地写博客是真难。所以这也是一个依赖于习惯去实现的事情。从目前的时间安排来看，每周六周日的晚上是最合适的时间，能够给我写博客。而从内容上看，我保底要求自己先从周记做起。": 1 - }, - "timestamp": 1644799224000 - }, - "03-Projects/0-阶段性思考/2022-02/申请博士后续聘.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "申请博士后续聘": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "按照学校要求，结合咨询高延静师姐的经验，基本上就是填表，找老师签字，然后交给焦斌即可。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "给樊老师发了一封邮件，算是立了": 1, - "flag。等回复吧。": 1, - "!博士后续聘评估表谢晓冬doc": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "申请博士后续聘": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "按照学校要求，结合咨询高延静师姐的经验，基本上就是填表，找老师签字，然后交给焦斌即可。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "给樊老师发了一封邮件，算是立了": 1, - "flag。等回复吧。": 1, - "!博士后续聘评估表谢晓冬doc": 1 - }, - "timestamp": 1644997906000 - }, - "03-Projects/0-阶段性思考/2022-02/2021年下半年博士后年度考核.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "年下半年博士后年度考核": 1, - 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"二、请评述申请项目所关注问题的科学价值以及对相关前沿领域的潜在贡献。": 3, - "本项目针对活细胞单分子水平研究过程中现有的超分辨荧光显微成像技术的不足，提出拟构建以四面体为框架的新型超分辨成像探针，通过荧光闪烁频率差异解决不同靶标位点的同时多色成像的科学问题。": 1, - "三、请评述申请人的创新潜力与研究方案的可行性。": 3, - "申请者有较好的学习背景和从事科学研究的经历，也有较好的工作条件和前期研究工作基础。该项目选题具有理论和潜在的应用价值，研究内容较恰当，研究目标也比较明确，研究方案和技术路线基本可行。建议给予资助。": 1, - "四、其他建议": 3, - "本项目通过设计基于框架核酸的多价态成像探针，发展超分辨的多色成像手段。申请的项目具有一定的新颖性和独特性，但不是很突出。项目拟突破现有成像手段存在的分辨率、光损伤和成像速度上的瓶颈，但对于设计的策略为什么可以突破这些瓶颈，申请书交待的不清楚。纳米探针，尤其是四面体探针已经被广泛应用于成像研究中。对于项目提出的研究内容与目前报道的内容相比有什么突破，申请书中交待的也不清楚。": 1, - "项目拟通过发展超分辨多色成像手段，用于在活细胞单分子水平上研究多种生物组分的相互作用，但申请书中只是介绍了要发展的方法，对于方法的应用则根本没有提及。只有“当建立起成熟的技术体系后，再将该超分辨多色成像技术引入活细胞系统”这样一句话，导致申请书中研究的内容缺乏应用出口。": 1, - "项目提出的研究方案具有一定的可行性，但申请人的研究基础一般。": 1, - "申请人对申请书的撰写很不认真，申请书中竟然还有其他人提出的修改意见。如“写全名，不要全部大写”、“确认一下，染料分子具体种类”。总的来说，不建议对该申请给予资助。": 1, - "本项目拟发展超分辨光学成像的新型多色探针，在四面体上引入多个核酸杂交序列，利用不同价态的序列与目标位点结合时荧光闪烁频率的差异进行编码，实现不同靶标位点的同时多色成像。这一研究思路与常规方法有显著不同，具有较好的独特性和新颖性。": 1, - "项目关注的超分辨光学成像探针这一领域近年来发展迅速，对生物学领域相关问题研究意义重大，具有重要的科学价值。": 1, - "申请人具有很好的研究基础，对项目有一定程度的预研，提出的相关方法可望解决传统策略“越多色越耗时”的弊端，所提出的研究方案具有可行性。申请书应对这种频率编码在实际使用中可能出现的问题进行一些讨论。": 1, - "归纳问题": 1, - "提出的策略到底是要突破什么瓶颈？": 1, - "四面体探针的优势是什么？": 1, - "这种新方法新策略的应用出口是什么？": 1, - "频率编码方案可能存在哪些问题？": 1, - "文本撰写上的一些错误（注释没删掉）": 1, - "!青基草稿xxdpdf": 1, - "!青基提交版pdf": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "修改去年的青年基金": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "先看评审意见": 1, - "谢晓冬女士先生：": 1, - "您好，您申请的国家自然科学基金项目，已经科学部初审、同行专家评议、学科评审组评审。由于科学基金实行竞争机制、择优支持，在有限的经费条件下，资助项目只能优中选优；或者因项目本身的原因，在某些方面尚有不足；今年未能给予资助。": 1, - "为了使科学基金评审工作更加客观、公正、透明，加强同行之间的交流，我们把同行评议意见全文反馈，该意见仅供您参考。": 1, - "关于你的项目的同行评议意见如下：": 1, - "具体评价意见：": 3, - "一、该申请项目的研究思想或方案是否具有新颖性和独特性？请详细阐述判断理由。": 3, - "本项目拟构建以四面体为框架的多价态、超分辨成像探针，通过荧光闪烁频率差异实现不同靶标位点的同时多色成像。项目的研究思想和实验方案有新颖性。": 1, - "二、请评述申请项目所关注问题的科学价值以及对相关前沿领域的潜在贡献。": 3, - "本项目针对活细胞单分子水平研究过程中现有的超分辨荧光显微成像技术的不足，提出拟构建以四面体为框架的新型超分辨成像探针，通过荧光闪烁频率差异解决不同靶标位点的同时多色成像的科学问题。": 1, - "三、请评述申请人的创新潜力与研究方案的可行性。": 3, - "申请者有较好的学习背景和从事科学研究的经历，也有较好的工作条件和前期研究工作基础。该项目选题具有理论和潜在的应用价值，研究内容较恰当，研究目标也比较明确，研究方案和技术路线基本可行。建议给予资助。": 1, - "四、其他建议": 3, - "本项目通过设计基于框架核酸的多价态成像探针，发展超分辨的多色成像手段。申请的项目具有一定的新颖性和独特性，但不是很突出。项目拟突破现有成像手段存在的分辨率、光损伤和成像速度上的瓶颈，但对于设计的策略为什么可以突破这些瓶颈，申请书交待的不清楚。纳米探针，尤其是四面体探针已经被广泛应用于成像研究中。对于项目提出的研究内容与目前报道的内容相比有什么突破，申请书中交待的也不清楚。": 1, - 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"长远的思考多半空洞。随着时间推移，我很快忙起来，也就成了「人无远虑，必有近忧」，开始思考眼下的，一周之内的事情。比如思考任务和人员分配、思考一下师弟们的安排、思考剩下两天做什么交差。而且为了警惕自己不要在这种繁忙中迷失自我，还暗自告诫莫让他人安排了你的人生。": 1, - "从过去整个思考的变化来看，我的想法确实越来越切合实际。这就是一个很好的进步。要知道我并不是绝顶聪明，除了工作也还有生活上同样需要花费不少时间精力。我必须在通盘考虑下才能做出周全的安排。": 1, - "内容": 1, - "`ccard": 1, - "type": 1, - "folderbrieflive": 1, - "imagerefix": 1, - "ssets": 1, - "notenly": 1, - "true": 1, - "style": 1, - "card": 1, - "`": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "verview": 1, - "小结": 1, - "在ppt发布页ijog的求职ppt中，我大致列了一下未来的研究兴趣和工作计划。这是一个比较现实的计划，它是从我现有的基础出发的。一个是细胞力学方面搞点工具出来，另外一个是存储方面搞点事情出来。前者偏向基础科学一点，后者更偏向应用科学一点。当然了，两者本质上都只是更进一步的延伸应用。": 1, - "过去在研究方向思考中，我结合了去侯尚国师兄实验室的具体安排，设想了一下，但是也非常不具体。在职业发展的思考中，我相当于是反悔了，最终决定留在上海，希望能够拼搏一番，追求一下卓越（评个优青什么的）。虽然也没有很具体的想法，但是这也算是有意义的。不过话说回来，还是要量力而为，不要变得追逐名利，本末倒置了。在未来发展方向中，我思考了一下微纳机器人方面的可行性，目前来讲这是一个更加基础或者说遥远的事情，不过好在我已经开始思考具体的东西了。幻想我的实验室这种事情，还是留到以后再说，至于文献阅读方向思考中说的基本也不作数，因为从历史的角度出发，我不算喜欢看文献，也没能做到每日一文。在思考一下未来的课题中，我倒是尝试归纳出来几个方向，算是自己比较感兴趣的。但现在文章发表真的是海量，我不可能非常仔细认真地去看，绝大部分可能就看个五分钟，有个大致印象。": 1, - "长远的思考多半空洞。随着时间推移，我很快忙起来，也就成了「人无远虑，必有近忧」，开始思考眼下的，一周之内的事情。比如思考任务和人员分配、思考一下师弟们的安排、思考剩下两天做什么交差。而且为了警惕自己不要在这种繁忙中迷失自我，还暗自告诫莫让他人安排了你的人生。": 1, - 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"但是这里面的逻辑抽提出来，”当网络复杂度足够高的时候，从整体看它就是一个生命“，感觉也有点意思。量变引起质变或许是一个普遍现象，如果照着这个逻辑，现在互联网也在高速发展，那么整个互联网组织起来的人类社会整体，是否也可以看成是一个全新的生命呢？": 1, - "给生命编程": 1, - "宏大的问题（如上所提）大多没有真正的答案，穷极人的一生也无法给出什么答案，所以对于这种问题只能谈”信或不信“。我大体上还是相信，”复杂网络成就生命“这个假说的。恰好今年的诺贝尔物理学奖就颁给了研究复杂系统的。": 1, - "或许我们现在对于细胞内的分子互作网络认知还是沧海一粟，但是基于已知的网络，我们其实已经开始逐步尝试”给生命编程“。这就是合成生物学的范畴。博士期间其实我也有一些调研，但是限于实验室条件，并没有真正开展这方面的工作。我自身非常认同合成生物学的意义：就像是一个生命黑客，刚开始的阶段是学习生命的编程语言，开发一些小的生命程序。": 1, - "所以说了这么多，用早上最清醒的大脑，我得出结论，我未来的发展方向还得是合成生物学，成为一名生命黑客（姑且先叫做这个名字吧）。至于目前掌握的所有技术，以及知识背景，都只不过是预备。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "文献阅读方向思考": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "合成生物学": 1, - "excerpt": 1, - "明确了将合成生物学作为自己最关心的领域，立志成为一名生命黑客。": 1, - "我的研究领域": 1, - "首先是几个关键词：荧光成像、单细胞、单颗粒（或者单分子）。": 1, - "成像是一种手段，也是我主要掌握的技术工具。单细胞单颗粒既是研究对象，也是一个尺度范围。概括起来，我就是利用成像手段，研究细胞分子生物学问题。当然我也会做一些所谓的纳米机器人。": 1, - "我不是开发新技术的（相比较于做仪器的），我只是比较好的掌握了一些高阶的自定义的玩法（相比较于做生物的）。所以对于成像，我只是一个高级用户，而非开发者。那么我的重心，还是要回归到细胞分子生物学问题上。": 1, - "细胞分子生物学": 1, - "虽然这个领域很大，热点问题也很多。但如果我要把科学研究当作一生的事业，那就必须要直视内心，不忘初心，而不是追逐潮流。": 1, - 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"上一次的思考仅仅通过阅读文献这种实践就被证明不切实际（文献阅读方向思考），": 1, - "所以这里继续思考。希望能够对后面的职业发展有所帮助。": 1, - "我已经跟侯尚国师兄二次确认要过去他那边，所以结合他的技术特长，我的知识储备，以及深圳湾实验室的平台条件，可以做的方向其实是比较明确的。": 1, - "其实说到底还是问题不够具体。研究方向可以大致笼统的定，找准几个关键词即可，比如成像，单颗粒，细胞，都很好。但是现在要做的是得有一些具体的可行的": 1, - "idea": 3, - "的储备。": 1, - "这个": 1, - "的形成，自然是靠大量的文献阅读，然后综合未来的实际的实验室条件来筛选。而且，我觉得到那边去相当于要自主创业了，所以刚开始的": 1, - "一定要务实，能够保证性价比就好，不要过分追求高精尖。对我们来说，能够从": 1, - "mall、ngew": 1, - "起步发文章都是不错的。": 1, - "所以其实在这里，我就是要思考未来三五年，乃至十年期的工作计划。": 1, - "优势条件": 1, - "师兄掌握的世界一流的三维单颗粒示踪技术": 1, - "我掌握的丰富的探针设计、细胞成像以及数据分析经验": 1, - "在这样的基础上，我们能干些什么？师兄之前我跟提过一个人工智能的项目，说是跟哈工大那边的一个老师有合作，希望能够基于轨迹分析出来不同的": 1, - "pattern（of": 1, - "virus）。这个是重数据和分析的项目，如果能够在一年之内做出来也是不错的。": 1, - "既然是在师兄的实验室里，我想绝大部分课题，当然是要围绕着怎么应用这个尖端技术来开展。所以我可能要真正的独立去提出一些有意义的科学问题（可以用这个技术来解决）。": 1, - "初期阅读计划": 1, - "我觉得自己还是先从单颗粒单分子示踪成像的角度，多看看这方面的文章，做好积累，同时也获得一些启发。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "研究方向思考": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "思考": 1, - "积累idea": 1, - "上一次的思考仅仅通过阅读文献这种实践就被证明不切实际（文献阅读方向思考），": 1, - "所以这里继续思考。希望能够对后面的职业发展有所帮助。": 1, - 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"这一波我为啥想留在上海，详见上面的聊天记录，概括起来就是有以下几个点：": 1, - "有更大的机会实现阶层跨越": 1, - "比我预期的要多的独立自主": 1, - "但是就像老婆说的，不能一会儿一个主意，得有反复地客观地思考比较。所以我打算看看之前是怎么想的。": 1, - "回顾历史": 1, - "从有记录的日志来看，我最早是在，知悉实验室师兄师姐贷款三十年买房这件事情后，有所触动，在情绪作用下，没有太多认真的思考的情况下草率地得出了「想想都觉得可怕。所以我坚决不能留上海，要完完全全断了这个念想」的结论。": 1, - "然后在，我出于「有充分的设备上的保障来提高": 1, - "的分辨率，真正开展一些": 1, - "computing": 1, - "和": 1, - "robot": 1, - "的工作」的考虑，觉得去侯尚国师兄在深圳湾实验室的组会更好。为了解决一个实验技术上的需求，而不是有长远的职业规划，就产生的这样的想法自然也称不上成熟，甚至可以说有点任性。": 1, - "过了几天，到，我的跳槽想法也更加成熟了点，我觉得「自己以后肯定是要单干，做独立」以及对于买房的担忧交织在一起，更加倾向于去深圳湾实验室。而本质上这两件事情是一回事，只有留在上海樊老师组，做独立才有更大的可能，而成为了优秀的人才，住房也根本不是问题。": 1, - "在，通过回顾前一段时间的思考和记录，认为自己「在学术上并没有卓越的追求，只是想通过这种方式满足生活需求。希望有更多业余时间能写写小说，开发有意思的软件」，但回想以下这几年来，我压根没有写过小说，即便是开发": 1, - "iote": 1, - "这个软件，到现在也完完全全被": 1, - "obsidian": 1, - "取代。所以不要对几乎没做过的事情充满幻想，成熟一点吧。": 1, - "在，我又对跳槽的事情做了一个字数比较多但是逻辑并不清楚的思考，其实一个因素，「我觉得深圳湾实验室设备条件比在上海的更好，有好的平台条件，我就更有可能做出好的工作，成为独立」，这个逻辑也是非常荒诞的。因为要成为一名独立，好的仪器设备平台条件恰恰是最不重要的因素。另外我也思考了自己的研究兴趣和家庭因素，这回总算考虑得全面点了。但是研究兴趣这个东西（详见截图）本质上也不重要，职业生涯几十年还是比较长的，完全可以立足当下，逐渐发展和靠近自己的兴趣。至于家庭因素，我必须搞清楚，我爸妈家是我的原生家庭，严格意义来讲并不算我家。我爸妈家有我爸妈对其负责，而我必须首先对我跟我老婆组成的这个小家庭负责。但是就我的感觉，我老婆明显是很希望留在上海发展的。": 1, - "再到了，我居然就已经跟刚回国的侯尚国师兄联系，敲定了去深圳的事情。其中还有一个重要的砝码是": 1, - "w": 2, - "的深圳市人才补助，和预估": 1, - "的年薪（如果留交大做助理研究员可能只有w出头）。但是到今天看，这个人才计划已经取消了，吸引力便大大下降。其实回过头看，别人给你的终究不是你的，自己凭实力争取到的才是自己的。": 1, - "，我又再次思考了一下，博士后之后的去留问题。这次主要是茜姐push我的文章草稿的进度（其实还不是因为自己拖拉），有点恼怒，再次在情绪作用下完成了一系列思考，所以你看思考决策过程一定要保持冷静客观，拒绝情绪化。": 1, - "放完高温假之后，我觉得过去的思考都比较凌乱，干脆做了一个列表来进行打分比较，看去深圳和留上海的得失情况。其实上海跟深圳只有": 1, - "分的差距，这些差距主要来源于一些未来三五年的短期的生活需求，比如生娃、通勤、家人照料等等。而从长期发展来看，这些问题终将不是问题，所以我在做决定的时候，还是有点短视了。": 1, - "再到八月底的时候，我打算参加深圳湾的青年科学家论坛，但是到九月份开幕的时候，却没有完整听多少，因为这个本质上是招的一个面试大会。这个现在已经成为国内许多单位引才的基本操作。然后我通过侯师兄知道，以我目前的文章成果，根本无法申请到深圳湾实验室的启航学者，我到时候过去了只能是让师兄掏钱养着，所以这个也就没啥意思了。": 1, - "最后是，我听了深圳湾的青年科学家论坛，之后侯师兄打电话跟我再次确认这个事情，我当时说确定要去，「主要是家庭因素，再一个我们研究方向契合，还有就是我想去小一点的实验室」。然后师兄把另外一个求职者给拒绝了。搞得我也很不好意思。后面我也逐渐在同事间散步我想去深圳湾实验室的消息。就等着什么时候找个机会跟茜姐坦白情况。": 1, - "总结经验": 1, - "到目前为止，我人生总共完成了三次重大选择，一个是高考填志愿，一个是推免研究生，一个是跟我老婆处对象。这三次决策，做决定的时候都很快，并没有像这次历时如此之久，思考如此之多。但结果其实都还不错的。": 1, - "我觉得这样的思考也是有意义的，快速决策多半靠直觉和偏好，但成熟的人总归要学会深思熟虑，而且是有逻辑地思考。通过回顾我这段历史，也能清楚地看到我做决策时候一些可笑的地方。比如短视、以及情绪化。": 1, - "从另一个角度来说，想这么多，往往是因为还远没有到做决定的时候，在这个漫长的中间期，各种变量和影响因素也还是太多了。所以以后千万不要答应别人一年以后怎么样。甚至一周之后怎样都要慎重回复。": 1, - "接下来的应对": 1, - "既然考虑清楚了，首先是尽快跟师兄说清楚，道歉。虽然难为情，但是必须去做。然后是跟老爸老妈说清楚，免得他们空欢喜一场。当然了这个沟通的内容和方式，都需要好好想想，避免引起对方不适。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "职业发展的思考": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "反省": 1, - "这一波我想留": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "evmx": 1, - "这一波我为啥想留在上海，详见上面的聊天记录，概括起来就是有以下几个点：": 1, - "有更大的机会实现阶层跨越": 1, - "比我预期的要多的独立自主": 1, - "但是就像老婆说的，不能一会儿一个主意，得有反复地客观地思考比较。所以我打算看看之前是怎么想的。": 1, - "回顾历史": 1, - "从有记录的日志来看，我最早是在，知悉实验室师兄师姐贷款三十年买房这件事情后，有所触动，在情绪作用下，没有太多认真的思考的情况下草率地得出了「想想都觉得可怕。所以我坚决不能留上海，要完完全全断了这个念想」的结论。": 1, - "然后在，我出于「有充分的设备上的保障来提高": 1, - "的分辨率，真正开展一些": 1, - "computing": 1, - "和": 1, - "robot": 1, - "的工作」的考虑，觉得去侯尚国师兄在深圳湾实验室的组会更好。为了解决一个实验技术上的需求，而不是有长远的职业规划，就产生的这样的想法自然也称不上成熟，甚至可以说有点任性。": 1, - "过了几天，到，我的跳槽想法也更加成熟了点，我觉得「自己以后肯定是要单干，做独立」以及对于买房的担忧交织在一起，更加倾向于去深圳湾实验室。而本质上这两件事情是一回事，只有留在上海樊老师组，做独立才有更大的可能，而成为了优秀的人才，住房也根本不是问题。": 1, - "在，通过回顾前一段时间的思考和记录，认为自己「在学术上并没有卓越的追求，只是想通过这种方式满足生活需求。希望有更多业余时间能写写小说，开发有意思的软件」，但回想以下这几年来，我压根没有写过小说，即便是开发": 1, - 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"最后是，我听了深圳湾的青年科学家论坛，之后侯师兄打电话跟我再次确认这个事情，我当时说确定要去，「主要是家庭因素，再一个我们研究方向契合，还有就是我想去小一点的实验室」。然后师兄把另外一个求职者给拒绝了。搞得我也很不好意思。后面我也逐渐在同事间散步我想去深圳湾实验室的消息。就等着什么时候找个机会跟茜姐坦白情况。": 1, - "总结经验": 1, - "到目前为止，我人生总共完成了三次重大选择，一个是高考填志愿，一个是推免研究生，一个是跟我老婆处对象。这三次决策，做决定的时候都很快，并没有像这次历时如此之久，思考如此之多。但结果其实都还不错的。": 1, - "我觉得这样的思考也是有意义的，快速决策多半靠直觉和偏好，但成熟的人总归要学会深思熟虑，而且是有逻辑地思考。通过回顾我这段历史，也能清楚地看到我做决策时候一些可笑的地方。比如短视、以及情绪化。": 1, - "从另一个角度来说，想这么多，往往是因为还远没有到做决定的时候，在这个漫长的中间期，各种变量和影响因素也还是太多了。所以以后千万不要答应别人一年以后怎么样。甚至一周之后怎样都要慎重回复。": 1, - "接下来的应对": 1, - "既然考虑清楚了，首先是尽快跟师兄说清楚，道歉。虽然难为情，但是必须去做。然后是跟老爸老妈说清楚，免得他们空欢喜一场。当然了这个沟通的内容和方式，都需要好好想想，避免引起对方不适。": 1 - }, - "timestamp": 1637590104000 - }, - "03-Projects/0-阶段性思考/2022-01/未来发展方向.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "未来发展方向": 1, - "date": 1, - "前面已经有过研究方向思考和职业发展的思考，但是由于不打算去侯尚国师兄组了，所以要充分考虑现有的条件下能做些什么。": 1, - "在认真思考一下给本科生的大创课题，我提出目前一两年内，主要还是继续做纳米机器人，先把": 1, - "in": 1, - "vitro": 1, - "的弄好，同时也逐渐起步开始搞一些活细胞的内容。": 1, - "同时我也快速扫读了一些文献，比如分子机器专题阅读、微纳机器人的运动和应用": 1, - "等等，对于整个领域有了一个感性的认识：": 1, - "!微纳机器人的运动和应用tje": 1, - "从长远来看，我更想挑战一下集群纳米机器人，以及人工生命等题目。": 1, - "!职业发展的思考evmx": 1, - "从目前的发展来看，我的工作将具有显著的运动控制策略的特征，这个就好比当年从无到有造飞机的阶段。因为现在的各种运动控制其实做得并不算很好。而我们从size影响布朗运动入手，算是一个比较好的切入点。": 1, - "所以下一个阶段的文献阅读，我需要更加专注于运动控制这块。当然动力也是我的考量。所以又可以新开一个调研主题：微纳机器人的运动控制。": 1, - "关于运动控制": 1, - "运动控制从传统意义上讲，属于自动化领域。一个运动控制系统，包括以下组成部分：": 1, - "信号接收器，接收控制信号并转换": 1, - "执行器，执行特定的运动动作": 1, - "反馈传感器，将运动状态和信息反馈": 1, - "上述整理可能并不全面，总之传统意义上的机器还是需要和人或者人操纵的电脑进行交互来实现完全控制的。": 1, - "但事实上无论是发送信号、信号转码，还是传感器采集大量的信息反馈，都会形成大量的负荷，对于微纳机器人来讲，太难了。所以很难让单个的微纳机器人具备所有的功能，他们只能是具备部分的功能，通过集群组合来执行复杂的操作逻辑。就像细胞一样。": 1, - "在细胞中，生物大分子或者一些亚细胞结构，本质上都是只具有少数简单功能的": 1, - "molecular": 1, - "machine。但是通过复杂的调控网络组织起来之后，却能够形成高度智能的细胞。当然了细胞的功能某种意义上讲也比较简单，比如一些原核单细胞生物，基本上就是不断复制分裂。如果要执行更高级的功能，比如类似人类这种思考和创造的功能，就还需要细胞形成超级复杂的大脑结构。": 1, - "我觉得这种集群的理念，是一定要贯穿微纳机器人设计始终的。那么接下来从文献调研的角度来讲，我需要知道对于单个的微纳机器人，可以具有哪些功能，或者说做到什么程度，以及有没有可能实现不同功能机器人的集群级联？": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "未来发展方向": 1, - "date": 1, - "前面已经有过研究方向思考和职业发展的思考，但是由于不打算去侯尚国师兄组了，所以要充分考虑现有的条件下能做些什么。": 1, - "在认真思考一下给本科生的大创课题，我提出目前一两年内，主要还是继续做纳米机器人，先把": 1, - 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"最后，这是为建立我自己的实验室准备的，所以我也得相应的制度建设，从而保证实验室整体高效有序甚至是自动化运行。": 1, - "如果我独立建实验室": 1, - "我个人电脑技术很强，完全可以建一个实验室内部网站（局域网），然后让大家通过网站来共享相关资料内容。这个网站既可以是": 1, - "gitlab，也可以是": 1, - "bbs（物理距离这么近，没必要再在网上讨论了）。但从我的经验来看，gitlab": 1, - "是更好的选择。然后每个人都可以建立自己的课题相关的仓库。": 1, - "我推崇电子实验记录，事实上": 1, - "有": 1, - "git": 1, - "插件，支持同步到": 1, - "gitlab": 2, - "的仓库去，而且每一次修改都会有记录，基本上不存在篡改的可能。而且我还可以通过每个人的主页轻松知道实验记录提交情况。": 1, - "当然了，原始数据很多情况下会比较大，所以这个还是要独立保存，不必上传": 1, - "gitlab。上传到": 1, - "上的主要就是基于": 1, - "markdown": 1, - "语法的图片文字。": 1, - "`adinfo": 1, - "补充说明": 1, - "collapse": 1, - "open": 1, - "简直太搞笑了，几个人还搞个破网站，自己维护就没有那个精力，所以根本就不现实，而且会把大家都搞得很累。不过整理一下这些搞科研的经验还是很有必要的。": 1, - "`": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 2, - "我的实验室": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "大致规划一下自己要发布的内容的类型，主要是分享搞科研的一些技术性经验。": 1, - "关于内容": 1, - "这个": 1, - "older": 1, - "专门用于发布一些后面组建实验室，或者带学生用得着的东西。所以面向的多数情况下是我的学生。既然如此，那么就是从学生的角度出发，放一些他们真正需要，以及我需要他们知道的一些实用的方法。这里我先简单罗列一下：": 1, - "eading：基于": 1, - "obsidian": 5, - "和": 3, - "zotero": 1, - "的文献阅读技巧和方法": 1, - 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"目前能做的题目或方向": 1, - "按照目前anab的发展规划和战略方向，未来五年内主流不大涉及细胞，所以细胞方面主要是作为demo。目前已经完成的课题基本上决定了我主要还是做纳米机器。这个大的方向是可以确定的。但是大方向之下又可以做些什么，是需要思考的。": 1, - "信息加密": 1, - "这个其实已经有比较成熟的初步设想和一些预实验。参考整理信息读写加密部分的思路和数据。其核心就是用": 1, - "纳米机器来调制": 1, - "emporal": 1, - "barcode，然后用这个作为索引加密。我个人觉得意义方面还是不够，可以再好好想想。": 1, - "不过我看王飞师姐的动作（她负责计算和信息存储），后面": 1, - "超分辨成像肯定对于组内而言是非常重要的表征手段。然后从这门已经熟练掌握的技术出发，单分子单颗粒成像示踪能够干些什么（服务大家），也可以是我思考的一个角度。": 1, - "运动控制": 1, - "已完成课题主要是从运动控制上来讲故事。其实这也是一个有意思的方向，可以进一步发展。就是如何控制纳米机器的运动，我觉得这个是纳米机器领域最根本最核心的问题之一。但是毫无疑问它非常难，目前根本没有非常好的针对单个nanomachine的控制手段。": 1, - "自由扩散，布朗运动终究还是要克服的。所以细胞后面还是发展出来了沿微管运动的囊泡运输的方式。而目前我们在体外也可以复现这种": 1, - "active": 1, - "transport，无论是基于微管和动力蛋白的方式，还是所谓的": 1, - "walker": 1, - "的方式。当然了我更有可能做": 1, - "walker，但是这个方向的难点其实很多（是真正难啃的骨头）。我觉得这个方向很难但是更有可能做出非常有意义的工作。": 1, - "智能响应": 1, - "想要控制单个纳米机器在整个世界中的运动自然是很难，但是一些自限性运动，或者说响应外部条件实现变构或者执行一些功能，这种": 1, - "dynamic": 1, - "nanomachine": 1, - "难度会小很多。而且基于此的一些": 1, - "probe": 1, - "或者": 1, - "nanocarrier": 1, - "的设计和工作也是层出不穷，相对来说是一个比较容易出文章的领域（也可以很轻松跟细胞结合）。": 1, - "人工智能": 1, - "人工智能作为近十年兴起的工具，必然会在科学研究中大放异彩。利用人工智能，最直接的一个点，就是提高效率，特别是提高数据挖掘和分析的效率，试图发现隐藏在数据背后的一些有意思的东西。所以这个方向其实只是一个附庸方向，它服务于我拿到的成像数据的分析。比如我之前提到的，有没有可能通过人工智能实现更好的漂移校正，从而提高分辨率。": 1, - "初步文献阅读的方向": 1, - "我的文库中大量关于的文献，从目前的情况来看，它们的阅读优先级已经大大降低。我认为，我目前更应该阅读一些智能响应方面的工作。因为这方面的工作比较多，也相对比较简单。当然了，很多": 1, - "computing类似的新概念，其实都是这个领域的细节分支。智能响应的微纳器件": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "思考一下未来的课题": 1, - "date": 1, - "构思课题的基本原则": 1, - "从前面一些思考看下来并没有真正往提出一个课题的方向有效地前进。我觉得到了这个博士后期，虽然茜姐没跟我说，但是显然提出一个值得去做而且具备可行性的课题，是后面非常重要的能力，甚至胜过一切。": 1, - "实验室内流传一句话，叫做「去做最重要的事情」，这个是樊老师的博士后导师，诺奖得主给他的建议，也是他经常给我们的建议。在思考课题上来讲，这个就是一个最重要的原则。": 1, - "但是「去做最重要的事情」得有前提条件，就是你有一份能做的事情的清单。能做就是具备可行性。所以你看，构思课题的时候，可行性的优先级高于重要性。如果你想了半天只有一件能做的事情，那也就无所谓什么最重要的事情，因为你只能做这个。": 1, - "另外一个隐含的前提是，你有「寻找重要意义」的真实需求。就是说，对于我们这种刚进入科研圈的，首先要谋求的是立足和生存。而寻找重要意义，如果恰好能够碰上最好，碰不上还是务实一点，别凭空去思考，觉得自己要往哪个方向哪个领域发展。事实上你是哪个领域哪个方向，是一种历史概括，是过去式，它由你已经完成的工作决定的。我觉得对于学科交叉领域来说，就更不能被这种想法禁锢住。": 1, - "综上所述，我觉得自己还是务实一点，看看以目前的条件，能够做哪些事情，先列一个清单，然后再做挑选。": 1, - "目前能做的题目或方向": 1, - 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"从实际实践出发": 1, - "我毕竟是学生物出身，其实现在搞超分辨成像，深感自己无论是光学硬件还是物理数学的基础都很缺乏，更不用说涉及到微观纳米颗粒运动控制，以及化学过程涉及到一系列物理化学等等理论。另外一个就是说这些东西还是太精深了，我觉得适合那种喜欢在一个小方向花一辈子努力钻研的人才。我的经历和精力都决定了我自始至终是复合型学科交叉人才，所以就要充分发挥这种优势，做广度优先而非深度优先的事情。": 1, - "我在实际操作过程中，也就是这段时间在细胞力学方面的调研，就明显感觉到一种难以言喻的亲切感。广泛地了解细胞的一些神奇之处，有助于我加深对于生命的理解，满足我最初「探索生命奥秘」的需求。所以我觉得以后还是要充分利用樊老师这边框架核酸乃至其它相关的纳米探针，还有各种超分辨表征手段，去做一些细胞分子生物学的问题。这个空想是没有用的，只能是大量的阅读文献，事实上我很快就想到能否研究一下": 1, - "cell": 1, - "endocytosis": 1, - "的力学框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案endocytosis": 1, - "force。": 1, - "从资源利用出发": 1, - "很多人都有远大的理想，都想做一些": 1, - "fancy": 1, - "的工作；还有很多人能力超群，天赋异禀。可是真正成功的还是少数。因为人要做成大事，离不开各种资源辅助。但是资源不仅有限，而且大多数集中在少数人手里。很多很多人，都在第一关就被卡住：拿不到别人的投资。而掌握资源的少数人，往往是由于历史或者制度原因上位，在大部分时候并不能产生好的具体的想法。这就是人才和资源的一种矛盾。": 1, - "做事情的第一关就是要拉赞助，如果自己是金主同样也要招兵买马，本质上就是一种人力资源和生产要素的交换。人类通过合作而不断前进，但是合作的基础是信任。说信任还太早，你起码还得认识。所以很多人会说，要结交贵人。我觉得结交是对的，但是也不要把对方想得太高人一等，诚如我知，不过是一种交换。只是因为很多历史和制度原因，交换双方的稀缺性和掌握的信息严重不对等。": 1, - "说人话，大腿还是要牢牢抱紧。": 1, - "小结": 1, - "有三种境界：": 1, - "别人说啥你做啥（听话），傻乎乎地爬上去或者被坑死": 1, - "别人说啥你任性（凭感觉），偶尔感叹一下错过机会然后逐渐碌碌无为": 1, - "别人说啥你想想（思考），挣扎与争执最后达成共识实现共赢": 1, - "我觉得自己完全没有必要因为这周没有搞什么写文章的事情惭愧或者焦虑，因为我完成了一件更为重要的事情。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "莫让他人安排了你的人生": 1, - "date": 1, - "这一周说起来，周一周二疯狂看文献，周三交调研报告，周四继续修改，还有其它一堆乱七八糟的被李茜安排下来的事务。我还是忙得没空仔细思考权衡，只能是先去完成。但今天没有被安排任务了，我觉得就适合复盘和思考一下这个问题，就像标题所说，要警惕，「莫让他人安排了你的人生」。孔子说「三思而后行」，我这里也简单思考一下，归纳出一些经验。": 1, - "从重要程度出发": 1, - "周一的时候，茜姐跟我聊，未来樊老师想在细胞力学方面开展相关工作，问我能不能尝试做细胞力学的超分辨成像，因为已经有一个": 1, - "t": 1, - "的工作rockman。这个事情说实话其实是很难的，特别是我在仔细阅读了此文之后。而且从另外一个角度来说，我就算是要去做一个验证性的实验，也差不多是建立起来了一个体系，把人家文章中的东西复现了七八成。严格来讲，如果将来不打算在这个团队留下来，这件事情对我来说毫无意义。": 1, - "而在职业发展的思考中我基本已经明确要留在上海，所以以后不管怎么说还是要仰仗樊老师。这种情况，我没有什么资格去谈，说你给我个准信让我留下来我就去做这个方向。所以只能是我自己主动去争取，去展现自己的实力和价值。一般情况下，需要发表一些高水平文章作为资本。但是由于我在团队内，都是知根知底的，所以工作能力并不一定需要以文章的形式体现。因此茜姐认为，比起发文章，这个可能更加重要。因为要尽快做出来demo，然后再拿这个去谈（也是时候了）。然后确定能留下来，有的是时间去发文章。": 1, - "从实际实践出发": 1, - "我毕竟是学生物出身，其实现在搞超分辨成像，深感自己无论是光学硬件还是物理数学的基础都很缺乏，更不用说涉及到微观纳米颗粒运动控制，以及化学过程涉及到一系列物理化学等等理论。另外一个就是说这些东西还是太精深了，我觉得适合那种喜欢在一个小方向花一辈子努力钻研的人才。我的经历和精力都决定了我自始至终是复合型学科交叉人才，所以就要充分发挥这种优势，做广度优先而非深度优先的事情。": 1, - "我在实际操作过程中，也就是这段时间在细胞力学方面的调研，就明显感觉到一种难以言喻的亲切感。广泛地了解细胞的一些神奇之处，有助于我加深对于生命的理解，满足我最初「探索生命奥秘」的需求。所以我觉得以后还是要充分利用樊老师这边框架核酸乃至其它相关的纳米探针，还有各种超分辨表征手段，去做一些细胞分子生物学的问题。这个空想是没有用的，只能是大量的阅读文献，事实上我很快就想到能否研究一下": 1, - "cell": 1, - "endocytosis": 1, - "的力学框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案endocytosis": 1, - "force。": 1, - "从资源利用出发": 1, - "很多人都有远大的理想，都想做一些": 1, - "fancy": 1, - "的工作；还有很多人能力超群，天赋异禀。可是真正成功的还是少数。因为人要做成大事，离不开各种资源辅助。但是资源不仅有限，而且大多数集中在少数人手里。很多很多人，都在第一关就被卡住：拿不到别人的投资。而掌握资源的少数人，往往是由于历史或者制度原因上位，在大部分时候并不能产生好的具体的想法。这就是人才和资源的一种矛盾。": 1, - "做事情的第一关就是要拉赞助，如果自己是金主同样也要招兵买马，本质上就是一种人力资源和生产要素的交换。人类通过合作而不断前进，但是合作的基础是信任。说信任还太早，你起码还得认识。所以很多人会说，要结交贵人。我觉得结交是对的，但是也不要把对方想得太高人一等，诚如我知，不过是一种交换。只是因为很多历史和制度原因，交换双方的稀缺性和掌握的信息严重不对等。": 1, - "说人话，大腿还是要牢牢抱紧。": 1, - "小结": 1, - "有三种境界：": 1, - "别人说啥你做啥（听话），傻乎乎地爬上去或者被坑死": 1, - "别人说啥你任性（凭感觉），偶尔感叹一下错过机会然后逐渐碌碌无为": 1, - "别人说啥你想想（思考），挣扎与争执最后达成共识实现共赢": 1, - "我觉得自己完全没有必要因为这周没有搞什么写文章的事情惭愧或者焦虑，因为我完成了一件更为重要的事情。": 1 - }, - "timestamp": 1639734770000 - }, - "03-Projects/0-阶段性思考/2022-01/思考一下师弟们的安排.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "思考一下师弟们的安排": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "戴哲泽后面接着信息加密的工作往下做，金仲超可以让他自己先调研下形成的初步方案，这些人大体上的安排都算是清楚的。": 1, - "周高昂的安排": 1, - "剩下的这个做毕设的周高昂师弟，虽然他是看着那个多色来的，但是我觉得做毕设，对于他而言更重要的是体验，而我跟他的关系也得是互利互惠。所以基于这样的原则，考虑到后面我的事情。我决定还是让他来做一些基础的实验，比如四面体合成，细胞培养和一些显微镜，比如": 1, - "和": 1, - "confocal": 1, - "的使用，这样就能帮我做一些基础的实验。": 1, - "但是对于他而言，后面毕业设计的论文，甚至是后面的发展，我也要稍微考虑一下。比如他论文题目，写什么呢？肯定不能是把我们未发表的数据拿去": 1, - "present，所以还得再想想一个听上去": 1, - "make": 1, - "sense": 1, - "的": 1, - "idea，然后在这个过程中顺手能够做的事情。": 1, - "细胞的力学超分辨成像中，做着做着肯定会有很多问题，所以具体他的论文内容，到时候都可以很容易编，所以不用急于一时。只不过我平时要注意积累和留意。当然了我也可以给他另外一个题目，就是之前我一直在提的，关于用实现漂移校正提取的事情。可以让他选择，当然了这是多选题。": 1, - "刚刚问了一下周高昂，他完全没有编程基础，对细胞成像更感兴趣。所以这个问题很完美的解决了。这周可以安排他开始把细胞培养起来了。就养ea细胞好了。": 1, - "毕设开题": 1, - "!开题报告周高昂武汉大学doc": 1, - "!任务书周高昂武汉大学doc": 1, - "既然他想做点细胞成像的东西，那就把细胞膜超分辨实时成像的这个题目给他。现在": 1, - "nile": 2, - "red": 3, - "基本上已经不大可行了，因为": 1, - "与细胞膜的": 1, - "binding": 1, - "kinetics": 1, - "很难调整，所以就比较难得到好的单分子荧光信号。他的实验体系非常简单，就是膜上修饰胆固醇作为": 1, - "docking": 1, - "链，然后": 1, - "imager": 1, - "去": 1, - "。然后扔给他几篇参考文献先了解下背景。": 1, - "这篇最早用nile": 1, - "对lipid": 1, - "bilayer做的工作要看haronov，然后是e": 1, - "u的两篇工作anylchukoon，再然后是用做的膜超分辨pahn，还有那个用mer做的工作traussa。": 1, - "不过听他说，开题报告跟最后答辩的毕业论文内容可以不一致，我觉得也就无所谓了吧。": 1, - "指导学生": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "思考一下师弟们的安排": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "戴哲泽后面接着信息加密的工作往下做，金仲超可以让他自己先调研下形成的初步方案，这些人大体上的安排都算是清楚的。": 1, - "周高昂的安排": 1, - "剩下的这个做毕设的周高昂师弟，虽然他是看着那个多色来的，但是我觉得做毕设，对于他而言更重要的是体验，而我跟他的关系也得是互利互惠。所以基于这样的原则，考虑到后面我的事情。我决定还是让他来做一些基础的实验，比如四面体合成，细胞培养和一些显微镜，比如": 1, - "和": 1, - "confocal": 1, - "的使用，这样就能帮我做一些基础的实验。": 1, - "但是对于他而言，后面毕业设计的论文，甚至是后面的发展，我也要稍微考虑一下。比如他论文题目，写什么呢？肯定不能是把我们未发表的数据拿去": 1, - "present，所以还得再想想一个听上去": 1, - "make": 1, - "sense": 1, - "的": 1, - "idea，然后在这个过程中顺手能够做的事情。": 1, - "细胞的力学超分辨成像中，做着做着肯定会有很多问题，所以具体他的论文内容，到时候都可以很容易编，所以不用急于一时。只不过我平时要注意积累和留意。当然了我也可以给他另外一个题目，就是之前我一直在提的，关于用实现漂移校正提取的事情。可以让他选择，当然了这是多选题。": 1, - "刚刚问了一下周高昂，他完全没有编程基础，对细胞成像更感兴趣。所以这个问题很完美的解决了。这周可以安排他开始把细胞培养起来了。就养ea细胞好了。": 1, - 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"考虑做个培训": 1, - "上面提到的日报制度，其实关键是要实现完整的信息流高度整合，而不是让信息分散存储于单个文件中。比如我数据是一个文件，日志是一个文件，然后汇总的excel表格又是一个，用于报告的又是一个。然后各个层级的信息被不同的文件割裂，不能很好地链接起来。而这个痛点，其实可以比较好地用": 1, - "obsidian": 1, - "软件来解决。所以下次小组会，我不妨用这个做一次演示，让大家看到这种效果。吸引大家特别是新生的兴趣，然后在实验室范围内，做一个简单的培训。": 1, - "课题方面": 1, - "其实现在一个很重要的问题，是人力资源的分配，不能让大家闲着。周高昂我已经做出了安排，但是两位普博，金仲超和谢瑶我还不知道怎么搞，或许可以跟他们聊一下。虽然茜姐说刚开始不一定每人给他们准备一个课题，但还是要帮助人家思考一下。当然前期主要还是参与到现有的课题中。": 1, - "所以金仲超还是可以让他尝试一下，毕竟他自己有一些想法，对于这样主动的学生还是要尽力培养，然后在单分子成像上金仲超可以跟戴哲泽互为备份。然后谢瑶的话，我觉得也可以让她跟着我做一些细胞方面的事情，这样谢瑶跟周高昂师弟可以在细胞成像上互为备份，谁都可以上。": 1, - "然后茜姐说，金仲超是比较心高气傲的，让戴哲泽带他肯定不行。所以还是得我来带。但是我认为对于普博而言，更重要的是思考一个课题，学习技术什么的已经不是那么重要了。当然了他们要做什么课题，大体上还是我们老师来决定的。": 1, - "所以还是回到了这个最本质的问题，我能够让他们做什么课题？本来我打算是多看文献看看有什么": 1, - "idea。但是这样很容易分散甚至迷失。茜姐建议最好是把自己的东西做精深，然后再立足于自己去发散出其它的课题。所以还是要充分地审视自己已有的工作。给大家一个比较清晰的": 1, - "blueprint。": 1, - "这个可以作为我下次小组会最重要的部分。再加上一些简单的实验设计，初步结果和分析，还有文献分享，其实内容就很丰富了。「不能让学生觉得在浪费光阴」倒逼我对全局进行思考。": 1, - "李茜发布的两个任务": 1, - "重新讲一下戴哲泽师弟讲过的两篇文献，如何把": 1, - "device": 1, - "讲清楚": 1, - "比较阅读两篇内容接近，但是档次不同的文章。": 1, - 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"最后就是关于已有方案用imager来搞信息存储的具体路线图，需要拿到什么数据，做哪些实验，这个相对来说轻松一点，后面主要让戴哲泽负责的。也要思考起来的。": 1, - "联想到之前茜姐转发我樊老师的聊天截图（框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案），里面说要尽量做自己擅长的事情，范围一下子就缩小了很多，然后做里面重要的事情，然后把这个重要的事情做到尽善尽美。基于这样的考量，其实电化学超分辨成像，目前有没有做到尽善尽美，做到极致，我们有没有这样的能力和意志去推进这个领域，才是真正需要思考的问题。": 1, - "目前做得最好的，我听金仲超的报告，一个是冯建东他们组，虽然发了ature，但其实还是有很多不足，这个文章我需要好好拜读一下。另外一个是他师兄发的一个对比较大的纳米片，然后牺牲时间换分辨率的方式做的超分辨。这些文章有机会我还是要好好阅读一下，虽然一眼看过去，成像效果就不怎么样。特别是在细胞上的表现就不行。所以不妨考虑这个跟细胞力学成像结合到一起。但是可以让金仲超先建立成像的": 1, - "in": 1, - "vitro": 1, - "体系。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "我突然想到，可以通过看他们进入实验室一段时间的文献阅读情况，来判断他们的兴趣偏好更为准确。然后就发现：金仲超对于细胞成像更有兴趣，而谢瑶对于单分子成像以及结构方面感兴趣。所以这跟我的设想是完全相反的。所以这个东西真的未必要做。而谢瑶可以成为戴哲泽的好帮手。": 1, - "小结后续": 1, - "这个东西也并不着急定下来，今天晚上我分别约谈金仲超和谢瑶，听听他们是什么想法。我这边还是要把自己手上的工作弄顺。看一下哪些部分人家可以参与。": 1, - "!学生文献阅读情况分析pptx": 1, - "认真分析了一下谢瑶的文献阅读情况，因为对她确实了解不多。看下来，她也确实对单分子成像更感兴趣，也知道去了解一点实验室其它方向的工作，以及可能更普遍的热点工作，比如as等等。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "思考任务和人员分配": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "大致安排": 1, - "目前从技术层面和具体事务上看，我主要就两个方向的课题：": 1, - 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"国内外研究现状": 1, - "存储发展与现状": 1, - "使用": 1, - "进行数据存储的理念可以追溯到": 1, - "世纪": 1, - "年代中期，然而当时": 1, - "测序和合成技术仍在起步阶段，不足以支撑大信息量": 1, - "存储的发展。早期的尝试工作所存储的信息量往往只有几十个字节，实际应用的潜力极为有限avis": 1, - "lelland": 1, - "ancroft。": 1, - "进入到": 1, - "世纪之后，哈佛大学": 1, - "eorge": 1, - "hurch": 1, - "与欧洲生物信息学研究所": 1, - "ick": 1, - "oldman": 1, - "等人的工作将": 1, - "存储这一领域推上了一个新的台阶，并引发了": 1, - "存储研究的热潮。": 1, - "年，hurch": 2, - "等人利用新一代的合成与测序方法，成功将": 1, - "的数字化信息存储于": 1, - "中hurch。次年，oldman": 1, - "等人则用十几万条人工": 1, - "合成的": 1, - "片段实现了": 1, - "的": 1, - "数据存储oldman。至": 1, - "年，": 2, - "存储在单次实验中的最大存储量已经超过": 1, - "，存储于": 1, - "万条": 1, - "片段中rganick。": 1, - "随着": 1, - "合成与测序技术的进步，新的": 1, - "存储方法也在不断涌现。": 1, - "团队构建出首个基于": 1, - "系统的分子记录器hipman。该记录器让细菌细胞获取按照时间顺序输入的": 1, - "编码": 1, - "信息，并在基因组的": 1, - "阵列中按时间顺序存储它们。这样，这些包含时间": 1, - "顺序的事件信息就能够被读取和重建。": 1, - "年，他们成功使用": 1, - "系统存": 1, - "取了一段骑马奔跑的视频短片hipman，所有的帧都可以按正确顺序重建。": 1, - "年哥伦比亚大学": 1, - "ang": 1, - "团队开发了一种基于电遗传学的": 1, - "存储架构，实现了数字信": 1, - "息到": 1, - "遗传信息的直接写入。响应电刺激的": 1, - "系统可以将外部电脉冲": 1, - "转换成可遗传的基因信息，为硅基碳基的信息交互探索了新的可能性im。": 1, - "据美国": 1, - "分子信息存储项目预测，至": 1, - "存储的写入成本将降低至": 1, - "美元，而数据的写入与读取速度将超越": 1, - "秒，可与现有存储技术匹敌。然而，这一预测能否实现，还有赖于一系列技术瓶颈的突破。": 1, - "折纸与信息存储": 1, - "折纸术（": 1, - "origami）是纳米技术的一个重要分支。该方法发明于年，即利用上百条短单链作为“订书钉”，辅助折叠一条长达数千碱基的噬菌体基因组单链，并自组装形成预先设计的结构othemund。近年来，折纸术迎来了快速发展，目前几乎可以定制任意形状的复杂几何结构，包括各种实心或者镂空的结构、复杂曲面结构、可以动态变构的纳米装置与纳米机器人等等ey。": 1, - "除了利用折纸术制作各种精确的纳米结构外，折纸术同样可用于信息存储。": 1, - "年上海交通大学团队发展了一套基于": 1, - "折纸技术的生物分子加密系统，": 1, - "实现了加密术与隐写术的整合。": 1, - "该": 1, - "加密系统采用一条长度为": 1, - "碱基左右的骨架链，": 1, - "实现了约": 1, - "位的理论密钥长度hanga。年，ughes团队报道了基于折纸和超分辨成像技术的数字核酸记忆（d）ickinson。其主体部分是一个折纸面板。该面板上通过延伸链的精确排布实现": 1, - "和": 2, - "的排列组合，信息通过喷泉码rlich的编码方式写入折纸。该方案基于成像手段直接读取信息，理论上能够实现以实验室硬件达到相当于磁带（每秒数百）的读写速度，短期内具有较大的发展潜力。": 1, - "多色成像与信息存储": 1, - "目前": 1, - "d": 2, - "技术仅在折纸面板的单个比特位上实现了": 1, - "bit": 1, - "的位深（即": 1, - "），而从成像的角度看，还可以运用多色的策略扩充折纸面板上存储信息的位深，从而进一步提升折纸的信息存储密度。alf": 1, - "等人基于发展出用于超多色成像的xchange技术ungmann": 1, - "，": 1, - "可以通过漂洗置换序列不同的mager，实现对不同颜色的时间尺度区分，完成了": 1, - "nm分辨率下的色成像。": 1, - "通过不同颜色的荧光信号组合制作条形码（barcode）也是重要的多色成像策略。比如于": 1, - "年提出的基于六螺旋折纸的荧光": 1, - "barcodein": 1, - "。再后来基于方块折纸和三色荧光组合而成的": 1, - "metafluorophoreoehrstein。除了荧光信号颜色的差异可以制作": 1, - "barcode，荧光信号闪烁的频率同样可以制作多色条形码，": 1, - "如利用荧光短链与靶标链结合频率差异形成的emporal": 1, - "arcodeshaha。": 1, - "以及调整一个方块折纸上": 1, - "docking": 1, - "位点数量，加上三色成像的方式弄出来结合频率差异": 1, - "barcode": 1, - "的方案": 1, - "ade": 1, - "。": 1, - "在成像硬件设备上的改造同样可以扩充多色超分辨成像的能力。年就有人采用多种激光照明实现少数的同时多色成像": 1, - "omezarcia": 1, - "，后来也有针对分屏后的信号的点扩散函数进行调制实现同屏的多通道多色成像": 1, - "patovski，最近": 1, - "alf": 1, - "等人用分屏的方式实现一块传感器同时采集多种颜色的信号imber": 1, - "。这些方案都为基于成像的折纸信息存储进一步提升和突破奠定了基础。": 1, - "纳米机器人与信息检索": 1, - "成像过程中，": 1, - "mager": 2, - "与靶标序列可逆地结合解离，产生不断闪烁的单分子荧光信号，其闪烁频率与": 1, - "的序列结合长度相关，这意味着的单分子荧光闪烁动力学具有良好的可编程性ungmann，因此，不同的靶标可以通过信号闪烁频率差异加以区分，这种频率标记的新思路有望突破荧光染料种类造成的“颜色”限制。mager": 1, - "常用长度范围是到个碱基，单纯从序列和长度入手，频率调制能力十分有限，因此有必要进一步拓展mager": 1, - "设计范围。": 1, - "基于碱基互补配对原理，利用核酸分子可以精确设计和组装从一维到三维、大小形貌多样的框架核酸结构": 1, - "ramework": 1, - "nucleic": 1, - "acids": 1, - "se，在该框架结构上进一步组装化学分子、蛋白质等其他功能单元，可以设计得到功能化的": 1, - "纳米机器人u。其中四面体": 1, - "etrahedral": 1, - "anostructure": 1, - "作为一种合成简便，大小适中、结构精确可控的纳米结构，是mager十分优秀的搭载框架in": 1, - "in。在四面体上可以直接延伸出不同数目和序列的mager链，形成频率检索加密的纳米机器人，用于折纸上所存储信息的解密和读取。": 1, - "技术路线": 1, - "这里用": 1, - "drawio": 1, - "搞个流程图就可以了。": 1, - "!刘致远大创技术路线图png": 1, - "!刘致远大创技术路线图drawio": 1, - "拟解决问题和预期成果": 1, - "拟解决问题": 1, - "实现基于纳米机器人的加密信息成像解码读取是本项目的关键科学问题。已有的": 1, - "方案存在存储位深较少，信息存储密度低，没有加密等问题。": 1, - "预期成果": 1, - "本项目拟构建可用于信息成像读取解密的纳米机器人，通过框架核酸调整mager对靶标序列的捕获概率，实现对成像过程中单分子荧光信号闪烁频率进行调制，扩充折纸上存储信息的位深，并进一步根据成像结果和信号频率统计差异实现加密信息的解码。": 1, - "研究进度安排": 1, - "年月至年月": 3, - "（）": 6, - "制备并完成新型mager探针中关于框架核酸大小、延伸链长度、荧光基团修饰方面条件的筛选优化。": 1, - "完成六螺旋靶标结构以及超分辨成像样品的制备，并进行初步的验证新型mager探针的设计。": 1, - "建立完善超分辨多色成像实验体系。": 1, - "完成多价态高阶mager探针在调制中靶标信号闪烁频率的测试，并对四色靶标样品和细胞样品进行超分辨同时多色成像。": 1, - "在国际主流杂志上发表论文篇，申请专利项。": 1, - "整理实验数据，完善相关成果和技术，撰写提交结题报告。": 1, - "已有基础": 1, - "与本项目有关的研究积累和已取得的成绩": 1, - "折纸和纳米机器人设计制造能力方面：制成执行迷宫行走任务的单分子巡航机器人": 1, - "折纸和纳米机器人设计制造能力方面：完成了精准定制的折纸及其矿化，制作了具备逻辑运算能力的单颗粒“投票机": 1, - "单分子超分辨成像技术平台：通过本平台实现了活细胞双模式单颗粒成像和单细胞水平半定量研究球形": 1, - "核酸的胞内实时聚集和定位，并开发了基于比色法的自动算法，实现了纳米机器组件在细胞内聚集状态的自动、": 1, - "快速、定量的准确分析": 1, - "信息编码、存储和加密，以及计算方面：完成了集合加密与隐写功能的信息加密系统和可实现任意功能数字运算的开关电路": 1, - "已具备的条件，尚缺少的条件及解决方法": 1, - "实验室已建立起来了基于四面体的新型mager探针合成与表征手段，并使用原子力显微镜证明了新型mager探针的立体框架结构以及良好的单分散性（下图a）。实验室建立起成熟的传统成像体系，能够使用传统的mager探针完成对点阵折纸纳米结构（下图b）和细胞微管结构的超分辨成像（下图c）。这些前期成果为本项目的顺利开展和进行奠定了坚实的基础。": 1, - "!刘致远大创已有技术积累png": 1, - "可供参考的资料": 1, - "交大本科生致远学者许晗玲申请书pdf": 1, - "合成科学战略报告第十五章信息存储和计算李茜pdf": 1, - "青年项目报告正文谢晓冬doc": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "帮整本科生刘致远的大创申请": 1, - "date": 1, - "excerpt": 1, - "为啥要做？做完后有何收获感想体会？": 1, - "tags": 1, - "申请书": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "destination": 1, - "share": 1, - "false": 1, - "obsidianode": 1, - "source": 1, - "申请表文件": 1, - "!附件：上海交通大学大学生创新实践计划项目申请表docx": 1, - "需要我补充的说起来是「立项依据」，但简直就是「文献综述」、「课题执行方案」等真正实打实的内容。": 1, - "项目简介": 1, - "纳米机器人是一类新兴的可编程的分子工具。通过的序列设计，能够精确控制多种属性，最终实现特定的功能。基于已有的研究基础，结合纳米机器人的可编程性，本项目提出一种全新的信息编码、加密、存储和快速读取的完整解决方案。": 2, - "研究目的": 1, - "世界正在产生太多的数据，而存储无法跟进。发展变革性的信息存储与处理方式，已成为大数据时代的迫切需求。脱氧核糖核酸（）作为亿万年自然进化选择出来的碳基生命遗传信息的存储介质，具有极高的存储密度和稳健性。基于本身所具有的可编码性和高效复制能力，理论上可以实现超低能耗、超高容量和超稳定的信息存储。": 1, - "目前已有大量研究尝试使用编码、写入、存储、加密和读取信息，为了进一步降低成本真正服务社会经济，信息处理等诸多环节仍需要很大提升。信息存储的成本将随着技术的发展逐步下降。与此同时，其市场化应用也将是渐进式发展的，一部分重要的需要长时间存档的信息将被优先利用存储起来。重要的信息在许多场景下需要被充分加密，以保证数据的所有权和安全性。的信息加密领域目前研究相对较少，其中以折纸纳米结构为代表，能够在存储信息的同时产生目前计算机无法暴力破解的密钥，充分保障了信息安全。": 1, - "国内外研究现状": 1, - "存储发展与现状": 1, - "使用": 1, - "进行数据存储的理念可以追溯到": 1, - "世纪": 1, - "年代中期，然而当时": 1, - "测序和合成技术仍在起步阶段，不足以支撑大信息量": 1, - "存储的发展。早期的尝试工作所存储的信息量往往只有几十个字节，实际应用的潜力极为有限avis": 1, - "lelland": 1, - "ancroft。": 1, - "进入到": 1, - "世纪之后，哈佛大学": 1, - "eorge": 1, - "hurch": 1, - "与欧洲生物信息学研究所": 1, - "ick": 1, - "oldman": 1, - "等人的工作将": 1, - "存储这一领域推上了一个新的台阶，并引发了": 1, - "存储研究的热潮。": 1, - "年，hurch": 2, - "等人利用新一代的合成与测序方法，成功将": 1, - "的数字化信息存储于": 1, - "中hurch。次年，oldman": 1, - "等人则用十几万条人工": 1, - "合成的": 1, - "片段实现了": 1, - "的": 1, - "数据存储oldman。至": 1, - "年，": 2, - "存储在单次实验中的最大存储量已经超过": 1, - "，存储于": 1, - "万条": 1, - "片段中rganick。": 1, - "随着": 1, - "合成与测序技术的进步，新的": 1, - "存储方法也在不断涌现。": 1, - "团队构建出首个基于": 1, - "系统的分子记录器hipman。该记录器让细菌细胞获取按照时间顺序输入的": 1, - "编码": 1, - "信息，并在基因组的": 1, - "阵列中按时间顺序存储它们。这样，这些包含时间": 1, - "顺序的事件信息就能够被读取和重建。": 1, - "年，他们成功使用": 1, - "系统存": 1, - "取了一段骑马奔跑的视频短片hipman，所有的帧都可以按正确顺序重建。": 1, - "年哥伦比亚大学": 1, - "ang": 1, - "团队开发了一种基于电遗传学的": 1, - "存储架构，实现了数字信": 1, - "息到": 1, - "遗传信息的直接写入。响应电刺激的": 1, - "系统可以将外部电脉冲": 1, - "转换成可遗传的基因信息，为硅基碳基的信息交互探索了新的可能性im。": 1, - "据美国": 1, - "分子信息存储项目预测，至": 1, - "存储的写入成本将降低至": 1, - "美元，而数据的写入与读取速度将超越": 1, - "秒，可与现有存储技术匹敌。然而，这一预测能否实现，还有赖于一系列技术瓶颈的突破。": 1, - "折纸与信息存储": 1, - "折纸术（": 1, - "origami）是纳米技术的一个重要分支。该方法发明于年，即利用上百条短单链作为“订书钉”，辅助折叠一条长达数千碱基的噬菌体基因组单链，并自组装形成预先设计的结构othemund。近年来，折纸术迎来了快速发展，目前几乎可以定制任意形状的复杂几何结构，包括各种实心或者镂空的结构、复杂曲面结构、可以动态变构的纳米装置与纳米机器人等等ey。": 1, - "除了利用折纸术制作各种精确的纳米结构外，折纸术同样可用于信息存储。": 1, - "年上海交通大学团队发展了一套基于": 1, - "折纸技术的生物分子加密系统，": 1, - "实现了加密术与隐写术的整合。": 1, - "该": 1, - "加密系统采用一条长度为": 1, - "碱基左右的骨架链，": 1, - "实现了约": 1, - "位的理论密钥长度hanga。年，ughes团队报道了基于折纸和超分辨成像技术的数字核酸记忆（d）ickinson。其主体部分是一个折纸面板。该面板上通过延伸链的精确排布实现": 1, - "和": 2, - "的排列组合，信息通过喷泉码rlich的编码方式写入折纸。该方案基于成像手段直接读取信息，理论上能够实现以实验室硬件达到相当于磁带（每秒数百）的读写速度，短期内具有较大的发展潜力。": 1, - "多色成像与信息存储": 1, - "目前": 1, - "d": 2, - "技术仅在折纸面板的单个比特位上实现了": 1, - "bit": 1, - "的位深（即": 1, - "），而从成像的角度看，还可以运用多色的策略扩充折纸面板上存储信息的位深，从而进一步提升折纸的信息存储密度。alf": 1, - "等人基于发展出用于超多色成像的xchange技术ungmann": 1, - "，": 1, - "可以通过漂洗置换序列不同的mager，实现对不同颜色的时间尺度区分，完成了": 1, - "nm分辨率下的色成像。": 1, - "通过不同颜色的荧光信号组合制作条形码（barcode）也是重要的多色成像策略。比如于": 1, - "年提出的基于六螺旋折纸的荧光": 1, - "barcodein": 1, - "。再后来基于方块折纸和三色荧光组合而成的": 1, - "metafluorophoreoehrstein。除了荧光信号颜色的差异可以制作": 1, - "barcode，荧光信号闪烁的频率同样可以制作多色条形码，": 1, - "如利用荧光短链与靶标链结合频率差异形成的emporal": 1, - "arcodeshaha。": 1, - "以及调整一个方块折纸上": 1, - "docking": 1, - "位点数量，加上三色成像的方式弄出来结合频率差异": 1, - "barcode": 1, - "的方案": 1, - "ade": 1, - "。": 1, - "在成像硬件设备上的改造同样可以扩充多色超分辨成像的能力。年就有人采用多种激光照明实现少数的同时多色成像": 1, - "omezarcia": 1, - "，后来也有针对分屏后的信号的点扩散函数进行调制实现同屏的多通道多色成像": 1, - "patovski，最近": 1, - "alf": 1, - "等人用分屏的方式实现一块传感器同时采集多种颜色的信号imber": 1, - "。这些方案都为基于成像的折纸信息存储进一步提升和突破奠定了基础。": 1, - "纳米机器人与信息检索": 1, - 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"marker": 1, - "的时候，就是因为存在这样的缩放，导致并没有应用真正的漂移轨迹。": 1, - "虽说，": 1, - "x": 1, - "nm，但这种误差确实存在。或许后面可以考虑对不同通道的marker的点做完仿射变换后再漂移校正。": 1, - "`": 1, - "模式识别": 1, - "根据完整性和长度，手动圈选出来个左右的结构之后，再根据模式进行分类圈选。这个过程还是可以手动完成，但是也可以看到数据质量确实不高。": 1, - "可以看到，cy": 1, - "通道信号质量明显比": 1, - "好，这个跟之前是不大一致的。后面如果还要做的话，我看最好还是用": 1, - "来搞好了，避免这两种可以的dye之间有什么crosstalking。": 1, - "📂多色混合六螺旋样品": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "思考的信息加密应用": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "complete": 1, - "先回顾一下之前的实验，在年圣诞节前后，我分别用单链imager对四种六螺旋折纸进行了（见信息加密十点六螺旋的成像实验），发现双色通道配准就是一个大问题。而后再做多色混合样品拍摄就一塌糊涂了。后来把相关数据整理到": 1, - "，留待进一步分析。": 1, - "混合样品拍摄数据的进一步分析": 1, - "cy通道的背景过滤": 1, - "!asted": 6, - "image": 6, - "png": 6, - "对": 1, - "n": 1, - "（": 1, - "imager": 1, - "每种浓度为": 1, - "n）的慢拍样品（ms曝光）做分析，可以看到": 1, - "cy": 1, - "通道的背景很糟糕，但是大体上还是可以进一步区分，net": 1, - "和": 1, - "sigmax": 1, - "是有区别的。属于单分子荧光信号的": 1, - "net更大，sigmax更小。": 1, - "可以看到通过这两个特征进行": 1, - "filter": 1, - "之后的效果还是可以的。cy通道的信号基本可用了。": 1, - "cy用s采集的单分子荧光信号特征如上图，概括如下：": 1, - "likelihood：": 1, - "net：": 1, - "sigmax：": 1, - "photons：": 1, - "bg：": 1, - "📂xxdeicai": 1, - "双色通道配准": 1, - "尝试文献报道的一些软件，如": 1, - "mixer。我只需要把数据变形一下即可。imberadeus": 1, - "mixer": 1, - "reads": 1, - "space": 1, - "separated": 1, - "text": 1, - "file": 1, - "containing": 1, - "the": 1, - "lists": 1, - "of": 1, - "localizations": 1, - "with": 1, - "one": 1, - "localization": 1, - "per": 1, - "line": 1, - "但是，我们的双色信号互补的，cy有，就没有。所以还是不行，得自己来弄，我觉得最切实可行的，就是手动把数据给弄了，半自动处理，然后统计，先看看结果如何。": 1, - "先用": 1, - "rad": 1, - "的": 2, - "circle": 1, - "pick": 1, - "选择一些我觉得能够match的结构，再根据这个做进一步精细的配准看看效果。": 1, - "可以看到效果还是可以的，说明配准到这里还是ok的。但是信号质量确实是不行。感觉有一些点还没有出来。帧慢拍都没能行，这个有点说不过去了都。": 1, - "我在想要不要手动按照相应的": 1, - "pattern": 1, - "直接挑选出来。因为我们是要从概念上验证频率编码索引实现加密的可行性，而不是要一步到位把数据分析自动化也搞完。可以根据这个配准的结果，更进一步地圈选出来比较好的结构，做后面的事情。": 1, - "📂xxdeicainmerge": 1, - "`adcaution": 1, - "cy通道的信号坐标有缩放，需要乘以": 1, - "左右以映射到": 1, - "。可能我们用不同的荧光": 1, - "marker": 1, - "的时候，就是因为存在这样的缩放，导致并没有应用真正的漂移轨迹。": 1, - "虽说，": 1, - "x": 1, - "nm，但这种误差确实存在。或许后面可以考虑对不同通道的marker的点做完仿射变换后再漂移校正。": 1, - "`": 1, - "模式识别": 1, - "根据完整性和长度，手动圈选出来个左右的结构之后，再根据模式进行分类圈选。这个过程还是可以手动完成，但是也可以看到数据质量确实不高。": 1, - "可以看到，cy": 1, - "通道信号质量明显比": 1, - "好，这个跟之前是不大一致的。后面如果还要做的话，我看最好还是用": 1, - "来搞好了，避免这两种可以的dye之间有什么crosstalking。": 1, - "📂多色混合六螺旋样品": 1 - }, - "timestamp": 1646011614000 - }, - "03-Projects/2-DNA信息加密/分析3x4折纸双色PAINT数据.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "分析x折纸双色数据": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "x": 1, - "折纸要稳定拍出来好的效果似乎也很不容易，总之这次算是失败了。": 1, - "内容": 1, - "整理本地大数据分析工作流": 1, - "发现使用超算，在数据传输的开销还是太大了，所以某种意义上讲，还不如本地电脑处理，刚好我也有一台远程控制的主机。要用的工具我已经整理成代码和脚本。": 1, - "首先是要把": 1, - "lif": 1, - "文件切割并转成": 1, - "raw": 2, - "文件，可以在jupyterlab中执行。然后就直接在": 1, - "cmd": 1, - "中运行": 1, - "bat": 1, - "脚本。注意把bat脚本放入每个子文件夹中。": 1, - "lifrawipynb": 1, - "localizebat": 1, - "localizesbat": 1, - "localizejoin": 1, - "`sh": 1, - "conda": 1, - "activate": 1, - "picasso": 5, - "python": 2, - "m": 2, - "localize": 1, - "b": 1, - "a": 1, - "mle": 1, - "g": 1, - "d": 1, - "bl": 1, - "s": 1, - "ga": 1, - "qe": 1, - "join": 2, - "locshdf": 1, - "`": 1, - "上边是脚本的具体内容，其实就是调用": 1, - "的命令行工具，然后指定一些参数而已。": 1, - "修改picasso代码": 1, - "提供的": 1, - "工具被我做了一些修改，以支持对分块数据的批量聚合以及顺序问题。": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "漂移校正效果不行": 1, - "这次就算是上了": 1, - "的漂移校正nossen，还是没能很方便地得到很好的结果。我在以下方面做了尝试：": 1, - "做": 2, - "filter": 1, - "，选出质量较好的单分子信号": 1, - "cut，选择局部小区域，如x": 1, - "做undrift预处理，比如": 1, - "总之利用": 1, - "postprocessing": 1, - "克服漂移校正还是非常": 1, - "tricky，暂时先放一边吧。": 1, - "complete": 1, - "数据分析": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "分析x折纸双色数据": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "x": 1, - "折纸要稳定拍出来好的效果似乎也很不容易，总之这次算是失败了。": 1, - "内容": 1, - "整理本地大数据分析工作流": 1, - "发现使用超算，在数据传输的开销还是太大了，所以某种意义上讲，还不如本地电脑处理，刚好我也有一台远程控制的主机。要用的工具我已经整理成代码和脚本。": 1, - "首先是要把": 1, - "lif": 1, - "文件切割并转成": 1, - "raw": 2, - "文件，可以在jupyterlab中执行。然后就直接在": 1, - "cmd": 1, - "中运行": 1, - 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"内容": 1, - "混合多种折纸样品": 1, - "把": 1, - "fc、fc、fc": 1, - "和": 1, - "fc": 1, - "以及": 1, - "x": 3, - "grid": 1, - "都混合到一起拍摄。混合配方详见下表。混合液取u加入到打": 1, - "plasma": 1, - "的": 1, - "confocal": 1, - "dish": 1, - "中，显微镜载物台上找到焦面后静置分钟后拍摄。": 1, - "!asted": 3, - "image": 3, - "png": 3, - "!混合折纸样品配方表xlsx": 1, - "后来发现": 1, - "通道背景太高，所以把": 1, - "标记的": 1, - "imager": 3, - "终浓度都调整为": 1, - "n，总浓度为": 1, - "n，cy标记的imager的浓度为": 1, - "n，再拍了一次。效果就好了不少。": 1, - "`adtip": 2, - "这次拍摄使用的confocal皿（已经静置拍摄h），我直接拿下来，用": 1, - "m": 1, - "的移液枪把之前的": 1, - "solution": 1, - "吸除，然后换上更低浓度的": 1, - "mixture，感觉没有造成已经吸附的材料的脱离。说明打plasma还是很nice啊。": 1, - "`": 3, - "实际拍摄参数": 1, - "`yaml": 1, - "amera": 1, - "s": 1, - "xposuretime": 1, - "or": 2, - "ms": 4, - "aser": 1, - "angle": 1, - "d": 1, - "enetrationepth": 1, - "rames": 1, - "ormat": 1, - "bin": 1, - "为了更好的单分子信号质量，还是先把激光功率调整到最大吧。注意角要仔细调整，使得背景低，然后信噪比也高。": 1, - "数据预处理": 1, - "先本地切割数据，简单看了下，": 1, - "曝光的数据可以用用": 1, - "net": 1, - "的参数做localize，无需对配置文件做额外修改。然后上传到超算中心做localize，如下图所示：": 1, - "估计要个小时左右，毕竟是将近": 1, - "的数据。可以让winscp采取后台传输方式，开多几个进程，但是ii的速度峰值也只有": 1, - "s，所以就这样吧。": 1, - "感觉超算中心虽然好用，但时间都浪费在数据传输上边了，或许还不如在本地执行": 1, - "结果很糟糕啊": 1, - "多种结构在一起，非常混乱，密度也比较大，然后": 1, - "感觉点少，而": 1, - "cy": 1, - "通道点很多。基于手动圈选的图像配准也比较粗糙，而且要做第二次配准会把本来快配准的通道弄乱。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "多色混合样品拍摄": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "并不算成功，主要是通道的效果比较差，需仔细调整imager浓度。": 1, - "内容": 1, - "混合多种折纸样品": 1, - "把": 1, - "fc、fc、fc": 1, - "和": 1, - "fc": 1, - "以及": 1, - "x": 3, - "grid": 1, - "都混合到一起拍摄。混合配方详见下表。混合液取u加入到打": 1, - "plasma": 1, - "的": 1, - "confocal": 1, - "dish": 1, - "中，显微镜载物台上找到焦面后静置分钟后拍摄。": 1, - "!asted": 3, - "image": 3, - "png": 3, - "!混合折纸样品配方表xlsx": 1, - "后来发现": 1, - "通道背景太高，所以把": 1, - "标记的": 1, - "imager": 3, - "终浓度都调整为": 1, - "n，总浓度为": 1, - "n，cy标记的imager的浓度为": 1, - "n，再拍了一次。效果就好了不少。": 1, - "`adtip": 2, - "这次拍摄使用的confocal皿（已经静置拍摄h），我直接拿下来，用": 1, - "m": 1, - "的移液枪把之前的": 1, - "solution": 1, - "吸除，然后换上更低浓度的": 1, - 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"内容": 1, - "cy通道的背景": 1, - "之前做双色，用的confocal皿，没有任何清洗，背景挺高，已经严重影响了cy标记的imager做的效果。戴哲泽做了liquinox清洗的玻片，去看了一下还是有较高的背景。我怀疑这个背景不是样品上的，而是物镜上的，不妨拿个皿加点水直接去看看。": 1, - "无光照背景随时间波动": 1, - "!asted": 7, - "image": 7, - "png": 7, - "注意": 1, - "`stability": 1, - "`": 1, - "是用": 1, - "ean": 2, - "来计算的。均值是每帧的像素均值，并且扣除了`offset": 1, - "`。由于": 1, - "和": 1, - "都是": 1, - "count": 1, - "单位，通过相同公式换算为光子数。所以此处得到的稳定性指标等同于光子检测稳定性。": 1, - "加激光照射后的背景波动": 1, - "此样品仅使用了": 1, - "·g（": 1, - "m）": 1, - "buffer": 1, - "置于新开封的": 1, - "confocal": 1, - "皿中，激光": 1, - "cy用": 1, - "强度，是的强度。可以看到，`stability": 1, - "~": 1, - "`，背景波动还是有显著上升的。": 1, - "旋转角的影响": 1, - "在拍摄的过程中发现，cy通道的背景总体的pattern并不会因为移动视野而发生太大变化，考虑可能是玻璃表面不平整造成的某种光的效应，推测调整入射角会有改善，事实上确实如此。": 1, - "通过每度拍摄一张图像的方式，可以看到在": 1, - "`ngle": 1, - "d`时，这种界面缺陷背景被降至最低，表现出最好的信噪比，能够清晰地看到杂质点。": 1, - "对每帧的roi内（x）的背景像素的均值和进行分析发现，指标跟背景的情况有一定对应关系，但是并不是非常吻合。所以后面还是要尽量调整角找到最佳的背景。需要注意的是，每一次实验可能都会有所变化。": 1, - "同帧内像素值差异": 1, - "上图是加了激光照明的空白样品，这个值大概在": 1, - "左右。而对于没有光照，同样取": 1, - "x": 1, - "的空白帧而言，在": 1, - "，这个东西也是符合预期的。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "搞清楚cy通道背景的问题": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "cy通道的背景主要是界面结构缺陷所致，最好是仔细调整角来克服这个问题。通过数据后处理来消除这种背景暂时难度较大。": 1, - "内容": 1, - "cy通道的背景": 1, - "之前做双色，用的confocal皿，没有任何清洗，背景挺高，已经严重影响了cy标记的imager做的效果。戴哲泽做了liquinox清洗的玻片，去看了一下还是有较高的背景。我怀疑这个背景不是样品上的，而是物镜上的，不妨拿个皿加点水直接去看看。": 1, - "无光照背景随时间波动": 1, - "!asted": 7, - "image": 7, - "png": 7, - "注意": 1, - "`stability": 1, - "`": 1, - "是用": 1, - "ean": 2, - "来计算的。均值是每帧的像素均值，并且扣除了`offset": 1, - "`。由于": 1, - "和": 1, - "都是": 1, - "count": 1, - "单位，通过相同公式换算为光子数。所以此处得到的稳定性指标等同于光子检测稳定性。": 1, - "加激光照射后的背景波动": 1, - "此样品仅使用了": 1, - "·g（": 1, - "m）": 1, - "buffer": 1, - "置于新开封的": 1, - "confocal": 1, - "皿中，激光": 1, - "cy用": 1, - "强度，是的强度。可以看到，`stability": 1, - "~": 1, - "`，背景波动还是有显著上升的。": 1, - "旋转角的影响": 1, - "在拍摄的过程中发现，cy通道的背景总体的pattern并不会因为移动视野而发生太大变化，考虑可能是玻璃表面不平整造成的某种光的效应，推测调整入射角会有改善，事实上确实如此。": 1, - "通过每度拍摄一张图像的方式，可以看到在": 1, - "`ngle": 1, - 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"ilobaser，奥地利，，推出了生产引物的设备": 1, - "ridia，美国，，开发基于的数据存储解决方案": 1, - "ynthomics，美国，，低成本、高质量、缩短周转时间的寡核苷酸合成解决方案": 1, - "存储：这些公司正在开启数据存储的未来存储数据存储碱基新浪新闻": 1, - "sinacomcn": 1, - "公斤就能存储全球数据！未来人体就是行走的超级“硬盘”产经前瞻经济学人": 1, - "qianzhancom": 1, - "国内的公司：": 1, - "中科碳元，深圳先进院合成生物学大牛创办公司获千万融资": 1, - "苏州泓迅生物科技股份有限公司": 1, - "生工生物工程上海股份有限公司": 1, - "中科碳元的存储编码解码器": 1, - "一个简单的在线工具，简化用户编码和解码信息。": 1, - "!asted": 3, - "image": 3, - "png": 3, - "可以看到，我输入的信息如此短，但是表示它的序列却那么长，确实是有点过分了。": 1, - "如果限定长度的最小值为": 1, - "（不能更小了），": 1, - "最大值为": 1, - "，它就采取了": 1, - "split": 1, - "的方案。": 1, - "存储的折纸解决方案": 1, - "以方块折纸为例，一个方块折纸（x": 1, - "nm），算它个碱基，每个碱基，一个折纸以": 1, - "nm": 1, - "的分辨率存储点阵（间隔nm），可以存": 1, - "个点。": 1, - "可以存储多少个点？初步计算，g": 1, - "做成方块折纸，可以存": 1, - "的数据，相当于": 1, - "万个": 1, - "的移动硬盘。": 1, - "里面到底可以写入多少信息？": 1, - "知乎": 1, - "zhihucom": 1, - "与直接合成，通过单个碱基来编码的方案相比。折纸是一种组合方案，只需要合成有限种类的短链（延伸链）即可实现这种编码。我觉得这是一个很大的优势。但其实现有文献报道的，是": 1, - "可以用喷泉码的方式存储": 1, - "的数据hurchrlich。提到了这个喷泉码（": 1, - "fountain）是个有意思的编码策略，在ickinson中也有提到，不过这个": 1, - "d": 1, - "每个折纸上": 1, - "点，只有": 1, - "点是真正存储信息的。": 1, - "喷泉码百度百科": 1, - "anrosentcode": 1, - "ncoderecoder": 1, - "for": 1, - "the": 1, - "uby": 1, - "ransform": 1, - "fountain": 1, - "code": 1, - "githubcom": 1, - "双色拓展折纸位点存储的机制": 1, - "对于一个docking": 1, - "strand，可以任意设计，使其与两种": 1, - "mager": 2, - "的结合频次不同（总和保证该位点能够被出来），借助两种": 1, - "的结合频次比例实现对单个位点信息的编码，而不再是传统的": 1, - "。茜姐乍一听说感觉还可以，并联想到wain": 1, - "am的文章im，通过链互补设计实现基于纳米颗粒的计算。": 1, - "complete": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "创业上市与存储": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "现有技术用喷泉码编码策略可以实现": 1, - "g": 3, - "存储": 2, - "b": 3, - "数据，但瓶颈似乎还是在合成跟测序上。而折纸不用合成太多种类的链，似乎也能存储不少数据，不严谨估计甚至能到": 1, - "b。但是读取折纸上的信息需要超分辨成像，速度较慢。不过好在可以增加显微镜来实现线性提升以及微流控实现自动化。": 1, - "内容": 1, - "一些创业公司": 1, - "目前存储领域主要还是依赖于合成与测序。国外的一些公司包括：": 1, - "atalog，美国，，": 1, - "已经使用技术存储了小说《银河系漫游指南》和诗歌《未走的路》": 1, - "vonetix，英国，，硅阵列上并行合成的技术": 1, - "olecular": 1, - "ssemblies，美国，，": 1, - "酶促合成技术": 1, - "cript，法国，，专有的无模板技术制造合成": 1, - "wist": 1, - "ioscience，美国，，提供高通量的合成和测序服务": 1, - "elixworks": 1, - "echnologies，爱尔兰，，o平台，将合成成本降至美元字节": 1, - "ilobaser，奥地利，，推出了生产引物的设备": 1, - "ridia，美国，，开发基于的数据存储解决方案": 1, - "ynthomics，美国，，低成本、高质量、缩短周转时间的寡核苷酸合成解决方案": 1, - "存储：这些公司正在开启数据存储的未来存储数据存储碱基新浪新闻": 1, - "sinacomcn": 1, - "公斤就能存储全球数据！未来人体就是行走的超级“硬盘”产经前瞻经济学人": 1, - "qianzhancom": 1, - "国内的公司：": 1, - "中科碳元，深圳先进院合成生物学大牛创办公司获千万融资": 1, - "苏州泓迅生物科技股份有限公司": 1, - "生工生物工程上海股份有限公司": 1, - "中科碳元的存储编码解码器": 1, - "一个简单的在线工具，简化用户编码和解码信息。": 1, - "!asted": 3, - "image": 3, - "png": 3, - "可以看到，我输入的信息如此短，但是表示它的序列却那么长，确实是有点过分了。": 1, - "如果限定长度的最小值为": 1, - "（不能更小了），": 1, - "最大值为": 1, - "，它就采取了": 1, - "split": 1, - "的方案。": 1, - "存储的折纸解决方案": 1, - "以方块折纸为例，一个方块折纸（x": 1, - "nm），算它个碱基，每个碱基，一个折纸以": 1, - "nm": 1, - "的分辨率存储点阵（间隔nm），可以存": 1, - "个点。": 1, - "可以存储多少个点？初步计算，g": 1, - "做成方块折纸，可以存": 1, - "的数据，相当于": 1, - "万个": 1, - "的移动硬盘。": 1, - "里面到底可以写入多少信息？": 1, - "知乎": 1, - "zhihucom": 1, - "与直接合成，通过单个碱基来编码的方案相比。折纸是一种组合方案，只需要合成有限种类的短链（延伸链）即可实现这种编码。我觉得这是一个很大的优势。但其实现有文献报道的，是": 1, - "可以用喷泉码的方式存储": 1, - "的数据hurchrlich。提到了这个喷泉码（": 1, - "fountain）是个有意思的编码策略，在ickinson中也有提到，不过这个": 1, - "d": 1, - "每个折纸上": 1, - "点，只有": 1, - "点是真正存储信息的。": 1, - "喷泉码百度百科": 1, - "anrosentcode": 1, - "ncoderecoder": 1, - "for": 1, - "the": 1, - "uby": 1, - "ransform": 1, - "fountain": 1, - "code": 1, - "githubcom": 1, - "双色拓展折纸位点存储的机制": 1, - "对于一个docking": 1, - "strand，可以任意设计，使其与两种": 1, - "mager": 2, - "的结合频次不同（总和保证该位点能够被出来），借助两种": 1, - "的结合频次比例实现对单个位点信息的编码，而不再是传统的": 1, - "。茜姐乍一听说感觉还可以，并联想到wain": 1, - "am的文章im，通过链互补设计实现基于纳米颗粒的计算。": 1, - "complete": 1 - }, - "timestamp": 1641427508000 - }, - "03-Projects/2-DNA信息加密/做TIRF分屏的高精度坐标映射.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "做分屏的高精度坐标映射": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "使用分屏器做一些单分子成像实验，特别是双色超分辨这种，需要更高精度的坐标映射关系。我先就信息加密十点六螺旋的成像实验中的样品进行了这种手动校正，但是效果还是不大好。": 1, - "内容": 1, - "手动校正": 1, - "在细胞下表面成像": 1, - "分屏后光斑位置映射关系就已经粗略的得到了像素的关系，但实际上这个并不适用于超分辨的结果。因为左右的点并不是对应地很好，几十纳米的差异足以让结构不像样子。为此我先从": 1, - 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"!分屏高精度坐标映射关系计算xlsx": 1, - "!分屏坐标映射校正vzip": 1, - "后面还是得用超分辨的双标折纸来做这个事情。本来最好是点六螺旋的样品，但是现在这样也ok，两点勉勉强强应该够用。": 1, - "双标样品拍摄": 1, - "让戴哲泽师弟用信息加密十点六螺旋的成像实验剩下的六螺旋样品，和": 1, - "imager": 1, - "两种不同的荧光标记，分别是（购自英潍捷基）": 1, - "和": 1, - "cy": 1, - "标记（购自生工，见细胞膜表面的confocal成像，已经稀释到": 1, - "u方便使用，详见细胞下表面成像实验设计）的做一次，预计在分屏的两侧能看到一一对应的两点结构（间隔": 1, - "nm），然后基于这个来做坐标映射可以方便很多。": 1, - "!分屏多色通道配准ipynb": 1, - "后面到网上查了一下，找到一个根据对应映射点坐标，精确求解仿射变换矩阵的函数，还是挺好用的。": 1, - "complete": 1, - "数据分析": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "做分屏的高精度坐标映射": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "使用分屏器做一些单分子成像实验，特别是双色超分辨这种，需要更高精度的坐标映射关系。我先就信息加密十点六螺旋的成像实验中的样品进行了这种手动校正，但是效果还是不大好。": 1, - "内容": 1, - "手动校正": 1, - "在细胞下表面成像": 1, - "分屏后光斑位置映射关系就已经粗略的得到了像素的关系，但实际上这个并不适用于超分辨的结果。因为左右的点并不是对应地很好，几十纳米的差异足以让结构不像样子。为此我先从": 1, - "picasso": 1, - "render": 1, - "中导出放到了": 1, - "倍的全图，pixelsize相当于是": 1, - "nm，然后用": 1, - "mage辅助处理，找到一一对应的映射坐标组，然后在excel中快速得出变换关系。": 1, - "`js": 1, - 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"zhihucom": 1, - "当然了可以用更短的曝光时间拍摄荧光小球看看情况，如果这个振动的频率峰值还是在": 1, - "z，就很糟糕了。": 1, - "频率分析代码": 1, - "numpy": 1, - "np": 1, - "scipyfft": 1, - "fft": 1, - "fftfreq": 3, - "fs": 4, - "e": 2, - "采样频率，总共采样了帧": 1, - "yf": 2, - "fftdriftxvalues": 2, - "序列强度值": 1, - "lendrift": 2, - "xf": 2, - "pltplotxf": 1, - "npabsyf": 2, - "pltxlabelrequency": 2, - "z": 3, - "pltylabelmplitude": 2, - "pltxlim": 2, - "pltgrid": 2, - "pltshow": 2, - "正确的频率分析": 1, - "之前频率分析并没有使用真实的时间，而是帧作为相对的时间单位。频率的单位是，所以还是要把总的时间搞进去。": 1, - "totaltime": 1, - "总的采样时间": 1, - "pltfigurefigsize": 1, - "pltplotxftotaltime": 1, - "pltylim": 1, - "结果如上图所示，所以处理掉的是小于": 1, - "的低频振动的影响。而这种低频振动，或许需要利用更大更重的光学平台才能有效避免。": 1, - "complete": 1, - "数据分析": 1 - }, - "timestamp": 1641095988000 - }, - "03-Projects/2-DNA信息加密/了解漂移校正的RCC和其它一些算法的文章.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "了解漂移校正的和其它一些算法的文章": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "超分辨成像后数据处理还是非常重要的，但是我感觉自己的数学物理基础相当匮乏，基本上只能用用这些已经发表出来的工具代码。": 1, - "内容": 1, - "在picasso分析最强照明的数据之后，基本判定影响我们成像分辨率的最重要因素是漂移。而基于荧光小球的漂移校正似乎不能得到非常好的效果。而参考文章中的搞法，先做，也很难直接得出x的grid结构。": 1, - "关于通过数据后处理来实现更高的分辨率的文章我还是积累了不少，但是大多都看不大懂，这里简单罗列一下，有空再好好钻研。": 1, - "nossen，基于熵最优化的漂移校正估计，据说比的精度能提高倍，可以一试，所谓的熵，似乎是高斯混合模型参数的一个统计指标。": 1, - "u，神乎其技，对环形结构的似乎有很好的效果": 1, - "ang，自动漂移校正的原文": 1, - "lmokadem，基于贝叶斯估计的漂移校正": 1, - "complete": 1, - "文献调研": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "了解漂移校正的和其它一些算法的文章": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "超分辨成像后数据处理还是非常重要的，但是我感觉自己的数学物理基础相当匮乏，基本上只能用用这些已经发表出来的工具代码。": 1, - "内容": 1, - "在picasso分析最强照明的数据之后，基本判定影响我们成像分辨率的最重要因素是漂移。而基于荧光小球的漂移校正似乎不能得到非常好的效果。而参考文章中的搞法，先做，也很难直接得出x的grid结构。": 1, - "关于通过数据后处理来实现更高的分辨率的文章我还是积累了不少，但是大多都看不大懂，这里简单罗列一下，有空再好好钻研。": 1, - "nossen，基于熵最优化的漂移校正估计，据说比的精度能提高倍，可以一试，所谓的熵，似乎是高斯混合模型参数的一个统计指标。": 1, - "u，神乎其技，对环形结构的似乎有很好的效果": 1, - "ang，自动漂移校正的原文": 1, - "lmokadem，基于贝叶斯估计的漂移校正": 1, - "complete": 1, - "文献调研": 1 - }, - "timestamp": 1641094386000 - }, - "03-Projects/2-DNA信息加密/picasso分析最强照明的PAINT数据.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "picasso分析最强照明的数据": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "!asted": 7, - "image": 7, - "png": 7, - "戴哲泽师弟之前做了一个激光功率，而且开了高功率模式做的，然后据说用hunder这个插件做了一些分析，终于能够勉强看到x的结构。不过这个数据漂移比较严重，而且他的marker没有使用分屏，所以最终分析难度很大。这也说明了漂移确实是一个大问题。": 1, - "内容": 1, - "先圈选了一部分结构虽然不是很清晰，但是可以确认是方块折纸的结构查看基本的情况：": 1, - "可以看到这个单分子荧光光斑信号质量是很高的。有了这个前提保障，接下来我尝试解决漂移校正的问题，选取了一个最好的漂移轨迹并且做filter只取其lpx小的localization，然后提取相应的帧，结果做出来的效果还是不行。相关代码如下：": 1, - "!基于单点漂移校正html": 1, - "这个marker的轨迹单步jump都差不多有": 1, - "nm，所以用它来完成漂移校正几乎是不可能的。所以似乎基于marker的漂移校正还是存在问题的，这个问题该如何避免呢？我觉得就是要比较多的": 1, - "fiducial": 1, - "marker": 1, - "才能解决这个问题，通过比较多的数量来规避单个颗粒的波动，所以分屏是必须的。": 1, - "原始数据的信号质量，可以看到这个信噪比还是杠杠的。": 1, - "最后还是花了很长时间让电脑算的漂移校正结果。": 1, - "相关数据地址：": 1, - "对单点漂移轨迹做平滑之后再校正": 1, - "!漂移轨迹的平滑html": 1, - "可以看到这个校正结果稍微好一点。说明单颗粒marker的波动如果被平均，应该是得到更好的漂移校正结果的。所以我们最好有比较多的marker来做这个基于marker的漂移校正。": 1, - "complete": 1, - "数据分析": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "picasso分析最强照明的数据": 1, - 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"date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "搞了一个多进程监听文件并做localize处理的工具，算是打通了任督二脉。多进程并发计算和分布式计算是充分利用超算中心资源的唯一途径。而且数据量和计算量不大的时候，其实用自己的笔记本和超算中心并没有非常吃惊的区别（做测试）。": 1, - "内容": 1, - "我的电脑cpu是核，分了个数据块进行并行的多进程计算，总共耗时用掉": 1, - "秒。如果是不搞这个多进程，耗时更快只需要": 1, - "秒。如果注意切片成个数据块，总的运算时间需要": 1, - "秒。如果是切片成个数据库，运行时间变成": 1, - "秒。如果是两个数据块，则需要": 1, - "秒。所以似乎对于这种小的数据，可能体现不出来优势啊。": 1, - "!asted": 4, - "image": 4, - "png": 4, - "然后我用ssh登录自己的台式机来做计算，发现多核的优势就显著体现出来了。同样是个数据块，秒搞定。单如果是单个数据来处理，同样是要更快一些，只需要秒：": 1, - "总的来说，台式机的虽然是": 1, - "的，但是性能差不多是我电脑的三倍。接下来我又要登录超算平台来试一试了。先做了数据分割，就发现速度没有台式机快。同样是分割为个数据，先看单个的处理速度，为秒，还是挺快的。但是想用多进程的时候，直接报错。": 1, - "那么我接下来只能是去试一试": 1, - "vscode": 1, - "这个了，这个似乎支持多进程。后来发现是文件读取出现问题，真正运行下来，只需要秒。如果搞成个进程，需要": 1, - "秒。所以这个东西真的是，玄学。": 1, - "只能说单块数据太小了体现不出来优势吧。": 1, - "最后我把代码整理了一下，做成了一个数据处理工具，把lif放到": 1, - "data": 1, - "中，按照说明书运行，就可以了。!大数据格式转换与自动localizezip": 1, - "complete": 1, - "超算": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "并行计算": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - 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"date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "了解了一点皮毛，不过真的是很有用。": 1, - "内容": 1, - "超算的账户，用户名是，": 1, - "密码": 1, - "是": 1, - "超算可视化平台网址": 1, - "tudio": 1, - "jupyter": 1, - "和": 1, - "vscode": 1, - "感觉超算平台，还是要充分掌握并行计算编程，不然核的性能还是浪费了。多线程并发执行": 1, - "数据传输": 1, - "windows": 1, - "系统上用": 1, - "winscp": 1, - "即可，挺好用的。": 1, - "ssh登录提示": 1, - "slurm常用指令：": 2, - "sbatch": 1, - "提交作业": 1, - "scancel": 1, - "取消指定作业": 1, - "集群设置以下队列，使用限制与说明如下：": 1, - "cpu": 1, - "允许单作业核数为~，每核配比内存，节点需独占使用；单节点配置为核，内存": 1, - "huge": 1, - "允许单作业核数为~，每核配比内存，节点可共享使用；单节点配置为核，内存": 3, - "ct": 1, - "small": 2, - "dgx": 1, - "允许单作业卡数为~，每卡最高配比核，每核配比内存；单节点配置为核，内存，块显存的卡": 1, - "cpu，small和dgx队列作业运行时间最长天，huge和ct最长天。作业延长需发邮": 1, - "件申请，附上用户名和作业，延长后的作业最长运行时间不超过天。": 1, - "debug": 1, - "仅用于短时间测试，请勿批量投递作业进行完整计算。队列每节点配置为核，节点可共享使用，作业允许节点数~，每核配比内存，最长运行时间为分钟": 1, - "用户帮助文档：": 1, - "登陆节点禁止运行作业和并行编译，如需交互操作，请申请计算资源：": 1, - "srun": 1, - "p": 1, - "n": 1, - "pty": 1, - "binbash": 1, - "bash": 1, - "command": 1, - "not": 1, - "found": 1, - "登录节点不适合进行大批量数据传输，请通过传输节点datahpcsjtueducn进行数据拷贝": 1, - "，参考": 1, - "邮件支持：hpcsjtueducn": 1, - "账户存储使用情况：": 1, - "账户存储免费使用额度为：": 1, - "ccelmq账户存储使用量为：": 1, - "ccelmqlab用户存储使用量为：": 1, - "计费容量：": 1, - "complete": 1, - "超算": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "交大超算平台使用经验": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "了解了一点皮毛，不过真的是很有用。": 1, - "内容": 1, - "超算的账户，用户名是，": 1, - "密码": 1, - "是": 1, - "超算可视化平台网址": 1, - "tudio": 1, - "jupyter": 1, - "和": 1, - "vscode": 1, - "感觉超算平台，还是要充分掌握并行计算编程，不然核的性能还是浪费了。多线程并发执行": 1, - "数据传输": 1, - "windows": 1, - "系统上用": 1, - "winscp": 1, - "即可，挺好用的。": 1, - "ssh登录提示": 1, - "slurm常用指令：": 2, - "sbatch": 1, - "提交作业": 1, - "scancel": 1, - "取消指定作业": 1, - "集群设置以下队列，使用限制与说明如下：": 1, - "cpu": 1, - "允许单作业核数为~，每核配比内存，节点需独占使用；单节点配置为核，内存": 1, - "huge": 1, - "允许单作业核数为~，每核配比内存，节点可共享使用；单节点配置为核，内存": 3, - "ct": 1, - "small": 2, - "dgx": 1, - "允许单作业卡数为~，每卡最高配比核，每核配比内存；单节点配置为核，内存，块显存的卡": 1, - "cpu，small和dgx队列作业运行时间最长天，huge和ct最长天。作业延长需发邮": 1, - 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"lifraw": 1, - "将数据转成": 1, - "raw": 3, - "并分割数据块，每帧一个s或者每帧一个s。具体代码如下，几经修改应该是比较鲁棒了。": 1, - "`python": 4, - "from": 7, - "readlifreader": 1, - "import": 17, - "ifile": 1, - "用于读取lif文件数据": 1, - "numpy": 2, - "as": 10, - "np": 2, - "用于保存和读取": 1, - "文件": 2, - "yaml": 5, - "用于保存信息到": 1, - "os": 4, - "time": 1, - "glob": 4, - "datetime": 2, - "def": 15, - "savedata": 2, - "fp": 17, - "保存信息到yaml文件": 1, - "n": 6, - "row": 2, - "col": 2, - "datashape": 1, - "info": 2, - "{": 1, - "yte": 1, - "rder": 1, - "ata": 1, - "ype": 1, - "uint": 1, - "rames": 1, - "eight": 1, - "idth": 1, - "}": 1, - "base": 11, - "ospathsplitextfp": 6, - "with": 3, - "openfp": 1, - "w": 1, - "encodingutf": 3, - "f": 5, - "yamldumpinfo": 1, - "printf数据已保存至": 1, - "{fp}": 1, - "datatofilefp": 1, - "lifrawfp": 2, - "batchsize": 3, - "注意一个project对应一个lif文件，每个project中只有一个": 1, - "xyt": 1, - "的视频数据": 1, - "为": 1, - "lif": 1, - "文件路径，返回": 1, - "nparray": 1, - "shape": 1, - "t": 2, - "y": 1, - "x": 1, - "将数据保存为picasso可以处理的raw文件，并保存相应信息到yaml文件中": 1, - "data": 4, - "ifilefp": 1, - "准备好存储空间，适合更多数据": 1, - "ext": 5, - "wks": 2, - "fname": 5, - "ospathsplitbase": 1, - "now": 1, - "datetimenow": 1, - "datastamp": 1, - "nowstrftime\"md\"": 1, - "cutdir": 1, - "ospathjoinwks": 1, - "fcut{batchsize}{datastamp}": 1, - "if": 14, - "not": 7, - "ospathexistscutdir": 1, - "osmakedirscutdir": 1, - "转换数据": 1, - "try": 2, - "读取lif数据": 1, - "series": 1, - "datagetimage": 1, - "s": 2, - "seriesinfo": 1, - "fn": 2, - "sdimst": 1, - "lif文件太大，容易出现内存分配不足问题": 1, - "idx": 6, - "batchid": 3, - "for": 6, - "frame": 2, - "in": 10, - "seriesgetitertc": 1, - "z": 1, - "dataappendnparrayframe": 1, - "or": 1, - "nparraydata": 1, - "dtypeuint": 1, - "ospathjoincutdir": 1, - "fnamef\"{batchidbatchsize}raw\"": 1, - "except": 2, - "xception": 2, - "e": 2, - "printstre": 2, - "return": 5, - "namemain": 3, - "timetime": 1, - "fps": 10, - "globglobrxxdeicailif": 1, - "totalbatch": 2, - "printf\"ut": 1, - "into": 1, - "{totalbatch}": 1, - "parts": 1, - "after": 1, - "{timetimet}": 1, - "sec\"": 1, - "`": 18, - "数据上传": 1, - "在家用的": 1, - "manjarolinux": 1, - "系统，可以使用rsync命令行工具传输。但是": 1, - "`bash": 8, - "rsync": 3, - "compress": 2, - "archive": 2, - "partial": 2, - "progress": 2, - "runmediaxxdlementsxxdeicaicut": 2, - "ccelmqlabdatahpcsjtueducnlustrehomeacctccelmqccelmqlabesktopxxddata": 1, - "可以看到传输速度还不错（家里s），等他先传一会儿，然后再去超算中心的作业中开启": 1, - "server。": 1, - "开启作业": 1, - "本次作业使用": 1, - "app": 3, - "目录下的": 1, - "代码。注意先修改": 1, - "配置文件，指定拍摄所用的相机，以及一些光子转换所需的参数。": 1, - "ccelmqlabcas": 5, - "~": 3, - "module": 2, - "load": 4, - "miniconda": 3, - "source": 3, - "activate": 3, - "picasso": 11, - "cd": 2, - "esktopxxdapp": 1, - "dir": 1, - "localizeconfigyaml": 2, - "localizepy": 4, - "python": 4, - "的核数为": 1, - "rocessing": 8, - "datacutslifraw": 8, - "可以看到这个节点的核数是，而且马上就把子数据块放到不同的进程开始做localize了。": 1, - "该代码存放于目录中，需要激活": 1, - "虚拟环境才能正确运行。": 1, - "注意cut数据必须放到": 1, - "的子目录中，一般使用上边的一整套代码就不会出错。然后该代码运行后不会自动停止，而是不断监听的多个子目录执行多进程作业，用户可以在": 1, - "erminal": 1, - "中按终止作业。": 1, - "main": 4, - 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"cy": 1, - "的两倍，所以背景也确实要高一些。": 1, - "从后面处理的结果来看：": 1, - "这个索引端点看不见": 1, - "这个靠近边缘的索引端点似乎也看不见": 1, - "所以六螺旋这样的设计估计还是有点难度，或者合成上加大": 1, - "staple链的比例能够解决。由于这个设计跟eng": 1, - "in于年的": 1, - "barcode": 1, - "工作中用到的": 1, - "nanorod": 1, - "很像in，所以可以对比参照一下设计。": 1, - "complete": 1, - "实验": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "信息加密十点六螺旋的成像实验": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "deadline": 1, - "小结": 1, - "!asted": 3, - "image": 3, - "png": 3, - "分辨率上还是老样子，": 1, - "nm": 1, - "只能说够呛。": 1, - "内容": 1, - "初步整理信息加密工作之后，决定先做一个实验试试：": 1, - "!整理信息读写加密部分的思路和数据试样": 1, - "操作步骤": 1, - "用新开封的confocal皿（": 1, - "mm": 1, - "bottom": 1, - "glass），直接打plasma": 1, - "分钟": 1, - "加入折纸": 1, - "p": 1, - "和": 2, - "mager": 2, - "solution（含": 1, - "marker）混合液": 1, - "u": 1, - "到confocal皿，封口膜封闭，找到焦面后静置分钟后拍摄": 1, - "拍摄参数，曝光时间ms，marker的通道激光功率为，其它通道为，使用s和分屏拍摄，使用x": 1, - "bin，拍摄帧，约min。": 1, - "solution": 1, - "需要": 1, - "（）、（cy）": 1, - "（）": 1, - "三种": 1, - "ss": 1, - "imager": 3, - "做混合，每种": 1, - "用": 1, - "n": 1, - 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"目前的": 1, - "体系中，也可以先剥离出来一个小课题，尝试一下这种结构变化对于": 1, - "的影响。当然如果时间上凑不上，可以再延伸一下。目前可以先看下相关文献：iotif": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "想想后面的存储加密是否能引入p": 1, - "date": 1, - "用于信息存储加密的课题设计上，目前只有频率和颜色，事实上还可以加上": 1, - "p，这样会比较丰富饱满。p响应的主要是": 1, - "imotif（p": 1, - "都有很大的变化），这个可以了解一下。可能还有一些": 1, - "结构也能响应": 1, - "p。imotif": 1, - "可以嵌入到目前": 1, - "体系不同的部位，既可以是": 1, - "docking": 1, - "strand，也可以是imager": 1, - "的": 1, - "capture": 1, - "链或者是骨架上。茜姐只是脑洞大开地跟我说一下这个事情，但其实很有很多具体的问题。": 1, - "iotif": 1, - "引入到": 1, - "目前的": 1, - "体系中，也可以先剥离出来一个小课题，尝试一下这种结构变化对于": 1, - "的影响。当然如果时间上凑不上，可以再延伸一下。目前可以先看下相关文献：iotif": 1 - }, - "timestamp": 1636076678000 - }, - "03-Projects/2-DNA信息加密/整理DNA信息读写加密部分的思路和数据.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "整理信息读写加密部分的思路和数据": 1, - "date": 1, - "信息存储必然是fanlab实验室未来几年的重点核心。所以我的工作展望也必须要突出这一点。要认真而谨慎地探讨，基于单分子成像的存储信息读取方案的可行性和创新性。": 1, - "首先用于信息读取，是完全可行的，已经有这样的工作报道ickinson。基于此的信息读取的优势，直观感受是比扫": 1, - "这类的方式要快。由张祎男师兄完成的信息加密的工作就是扫实现的信息读取hanga。": 1, - "而我们的工作思路，其实是对信息加密的一个继承。因为前期的工作可认为是让我们具备了调制荧光信号闪烁频率的能力。接下来就是要利用这种能力，或者是把频率一种key，对存储的信息进行加密。这个在我的博士后项目汇报谢晓冬pptx": 1, - "所以我大致回顾了一下，弄了一个：信息读写加密": 1, - "工作计划": 1, - "pptx，其实就是一个": 1, - "emporal": 1, - "barcode": 1, - "的东西hahhaha。": 1, - "十点六螺旋设计": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "相关的东西其实我们都已经买齐了，接下来就是要做成功，需要拿到好的数据。首先肯定还是先用单链拍一个样品试试看，分辨率到底有没有可以改善的空间。": 1, - "!加密方案所需所有链汇总xlsx": 1, - "信息加密方案": 1, - "其实这个更多就是一个信息加密的策略，用折纸的方式提供了映射表。对这串信息进行了加密，而解密需要知道形成这个六螺旋折纸需要补充的staple序列，以及mager的序列（对信息点进行，不然无法知道），和imager及其索引编号（对索引点进行，不然无法知道信息分段索引）。": 1, - "试样": 1, - "索引点可以都用一个，信息点的和间隔排列，合成一个这样的六螺旋样品，然后同时用三种": 1, - "ss": 1, - "imager": 1, - "来做。如加密方案中所示，其实我可以选取": 1, - "组作为测试样。f的频率对应的就是，c就是，不过我们可以先用单链拍拍索引看看。": 1, - "但是这里边一个更加基础的问题，其实是用频率编码索引的空间到底有多大（可能更多靠吹嘘）。我们如何产生足够多的频率差异，使之在单个折纸结构上可以区分。之前的数据显示也就": 1, - "跟": 1, - "之间差异比较大。": 1, - "合成fc（）样品": 1, - "找到之前混合的骨架链，见加密方案所需所有链汇总xlsx中「基本staple链」这个": 1, - "sheet，有背景颜色填充的序列是无需添加的，剩下的链混合到一起（无延伸末端和biotin标记链的混合物）。": 1, - "pointextension": 1, - "fc的信息pattern为（见设计图，填充背景黄色高亮为，其余为），序列可从「point延伸链」中寻找，使用后缀为的序列，使用后缀为的序列。按照pattern选取": 1, - "point": 1, - "延伸链，fc分别为：": 1, - "location": 1, - 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"摘记": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "变": 1, - "docking": 1, - "strand": 1, - "为": 1, - "anchor，被检测的": 1, - "ligand": 1, - "提供": 1, - "结合位点，nice。另外": 1, - "boundary": 1, - "marker也很好，有方向性。": 1, - "ttachments": 1, - "ubed": 1, - "tatistics": 1, - "ngew": 1, - "hem": 1, - "nt": 1, - "d": 1, - "ngl": 1, - "ct": 1, - "ai": 1, - "yss": 1, - "nstitute": 1, - "iologically": 1, - "nspired": 1, - "ngineering": 1, - "arvard": 1, - "niversity": 1, - "oston": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "alias": 1, - "u": 4, - "tags": 1, - "超分辨多色成像": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐": 1, - "uper‐resolution": 1, - "eometric": 1, - "arcoding": 1, - "for": 2, - "ultiplexed": 1, - "mi": 1, - "rofiling": 1, - "cite": 1, - "uthors": 1, - "eidong": 2, - "eng": 1, - "in": 1, - "ingjie": 2, - "aicite": 1, - "anie": 1, - "ocal": 1, - "libraryzoteroselectitems": 1, - "文献泛读": 1, - "!": 5, - "创新点到底是什么": 1, - "把docking链变成anchor，让mi提供imager的结合位点": 1, - "有什么意义？": 1, - "将做成了一个mi的检测工具，可多色可计数。": 1, - "有什么潜力": 1, - "很好的一个单分子检测平台": 1, - 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"的": 1, - "docking": 1, - "sequence上存在个": 1, - "imager": 1, - "的结合位点，从而实现，结合各种其它优化累积，比最原始的要百倍快。。": 1, - "ttachments": 1, - "ubed": 1, - "tatistics": 1, - "at": 1, - "ethods": 1, - "ug": 1, - "ungmann": 1, - "aculty": 1, - "of": 1, - "hysics": 1, - "enter": 1, - "for": 1, - "anoscience": 1, - "udwig": 1, - "aximilian": 1, - "niversity": 1, - "unich": 1, - "ermany": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "alias": 1, - "trauss": 4, - "tags": 1, - "超分辨多色成像": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "p": 1, - "to": 1, - "fold": 1, - "speedup": 1, - "and": 3, - "multiplexing": 1, - "in": 1, - "optimized": 1, - "cite": 1, - "uthors": 1, - "ebastian": 2, - "alf": 2, - "ungmanncite": 1, - "sx": 1, - "ocal": 1, - "libraryzoteroselectitems": 1, - "文献泛读": 1, - "!": 5, - "创新点到底是什么": 1, - "更短的imager和简并设计的靶标序列实现百倍加速的": 1, - "有什么意义？": 1, - "使更加成熟和被广泛应用": 1, - "有什么潜力": 1, - "可以更快地对复杂生物样品进行成像或许可以减少过长时间激光照射造成的样品损伤": 1, - "什么要素，技术，体系，研究对象？": 1, - "er": 1, - "rb": 1, - "cet": 1, - "主要目标和结论，以及优缺点分析？": 1, - "一轮成像分钟已经很不错了，但是一般实验室很难复现。": 1, - 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"主要目标和结论，以及优缺点分析？": 1, - "此文设计并尝试了中正交的imager序列，最后实现了细胞内色成像，说明imager在细胞内造成的cross": 1, - "talking": 1, - "可能也是比较严重的。imager序列设计也大有讲究。": 1, - "ttachments": 1, - "ubed": 1, - "tatistics": 1, - "hem": 1, - "ci": 1, - "pr": 1, - "in": 1, - "yss": 1, - "nstitute": 1, - "iologically": 1, - "nspired": 1, - "ngineering": 1, - "arvard": 1, - "niversity": 1, - "oston": 1, - "assachusetts": 1, - "mail": 2, - "pyhmsharvardedu": 1, - "jungmannbiochemmpgde": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "alias": 1, - "gasti": 4, - "tags": 1, - "超分辨多色成像": 1, - "barcoded": 1, - "labeling": 1, - "probes": 1, - "for": 2, - "highly": 1, - "multiplexed": 1, - "xchange": 1, - "imaging": 1, - "cite": 1, - "uthors": 1, - "arit": 2, - "u": 1, - "ang": 1, - "lorian": 1, - "chueder": 1, - "ishwarya": 1, - "ukumar": 1, - "alf": 1, - "ungmann": 1, - "eng": 2, - "incite": 1, - "ocal": 1, - "libraryzoteroselectitems": 1, - "文献泛读": 1, - "!": 5, - "创新点到底是什么": 1, - "将docking序列修饰到抗体上以减弱位阻影响": 1, - "有什么意义？": 1, - "相比较于初代xchange用bbiotinavidinbiotin在细胞内标记方案，这种方案能够获得更好的成像分辨率": 1, - 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"翻人家实验室一看，果然是大佬。": 1, - "他妈的各种资源都要翻墙才能查看，这是逼着我有空去搞个自己搭建服务器么。。然后发现如果是": 1, - "vimeo上的视频，可以使用另外一个网站下载。": 1, - "!mp": 1, - "文章的通讯之一，是大佬。": 1, - "另一个通讯是电镜大佬。": 1, - "电镜技术（for": 1, - "largevolume": 1, - "imaging）的一作兼通讯。": 1, - "最近在招募": 1, - "细胞生理学": 1, - "这个研究方向真的是大佬云集，很多都是搞硬核技术，特别是成像数据分析方面。比如之前我看到的": 1, - "cellpose": 1, - "的": 1, - "carsen": 1, - "stringer。": 1, - "聚焦离子束扫描电子显微镜（）与三维超分辨成像技术（）联用来实现细胞多模态成像": 1, - "训练所需的数据，估计需要利用前面的连用技术的前置，通过三维超分辨成像技术给不同的亚细胞器打上标签，而不是真的靠专家的眼力去实现分割。no，no。": 1, - "!细胞器mp": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "电子显微镜细胞器分割": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "文献汇报": 1, - "文献汇报谢晓冬pptx": 1, - "!asted": 8, - "image": 8, - "png": 8, - "（霍华德休斯医学研究所）又搞大事情了。但是网站在中国境内基本上很难打开和直接使用。只能参考一下": 1, - "python": 1, - "教程": 1, - "翻人家实验室一看，果然是大佬。": 1, - "他妈的各种资源都要翻墙才能查看，这是逼着我有空去搞个自己搭建服务器么。。然后发现如果是": 1, - "vimeo上的视频，可以使用另外一个网站下载。": 1, - "!mp": 1, - "文章的通讯之一，是大佬。": 1, - "另一个通讯是电镜大佬。": 1, - "电镜技术（for": 1, - "largevolume": 1, - "imaging）的一作兼通讯。": 1, - "最近在招募": 1, - "细胞生理学": 1, - "这个研究方向真的是大佬云集，很多都是搞硬核技术，特别是成像数据分析方面。比如之前我看到的": 1, - 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"ntoniou：作为催化活性来源的内部酶运动：速率促进振动和氢隧穿": 1, - "larke：用费米共振模拟α螺旋肽的相干能量转移": 1, - "larkelarkea：": 1, - "simple": 1, - "model": 1, - "is": 3, - "presented": 1, - "to": 4, - "describe": 1, - "a": 7, - "mechanism": 1, - "by": 2, - "which": 1, - "large": 2, - "quanta": 1, - "of": 5, - "vibrational": 2, - "energy": 5, - "may": 1, - "be": 1, - "transferred": 1, - "coherently": 1, - "through": 1, - "hydrogen": 1, - "bonding": 1, - "network，⭐": 1, - "beling，investigate": 1, - "the": 7, - "fading": 1, - "between": 1, - "oscillations": 1, - "in": 7, - "different": 1, - "degrees": 1, - "freedom": 1, - "ujisaki，ibrational": 1, - "relaxation": 2, - "proteins": 2, - "hen": 1, - "protein": 2, - "excited": 1, - "ligand": 1, - "binding": 1, - "attachment": 1, - "or": 1, - "laser": 1, - "pulses": 1, - "occurs": 1, - "nergy": 2, - "initially": 1, - "“injected”": 1, - "into": 1, - "localized": 1, - "region": 1, - "flows": 1, - "rest": 1, - "and": 3, - "surrounding": 1, - "solvent": 1, - "molecules": 1, - "including": 1, - 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"另外一部分实验，就是使用不同比例的磷脂分子来影响流动性的实验，则说明了这个四面体加几个的探针，其荧光强度更容易受到流动性影响，结合不同距离的显著信号下降，说明这个探针更可能是基于分子间的共振（有距离，有阻尼），产生的荧光信号增强的效果。": 1, - "但是这个olecular": 1, - "esonance距离衰减得比较厉害，能够支持的距离也就": 1, - "nm多一点。这个作用距离跟": 1, - "的很像，所以也不排除是类似": 1, - "的效应（光波耦合，而非机械振动耦合），比如一个": 1, - "分子的发射荧光再次影响了临近的": 1, - "，但是这个可能性比较小，排除实验也很简单，做一个用": 1, - "nm": 1, - "波长激发的实验即可。": 1, - "细胞膜张力的相关工作速览": 1, - "carthy，liposome上出现由不同磷脂分子形成的相分离，有一些microdomain，类似lipid": 1, - "raft": 1, - "ongsirojkul，渗透压控制liposome膜表面相分离": 1, - "iswas，β降低胆固醇可增强细胞膜张力及其变化，从而降低细胞的完整性": 1, - "ottcher，膜张力变化还能激活": 1, - "integrin信号通路": 1, - "antor，认为细胞膜的侧向压力，可能是一种重要的调控蛋白受体功能的机制": 1, - "olom，一种膜张力荧光探针": 1, - "lipt": 1, - "fluorescent": 1, - "lipid": 1, - "reporter，如下图所示：": 1, - "ournier，通过模型直接计算": 1, - "tension，物理学期刊大作": 1, - "asan，探讨了膜张力对脂质跨双层运动的影响": 1, - "scla，报道了一种膜张力响应蛋白acterial": 1, - "sc": 1, - "hannel": 1, - "anmey，介绍了磷脂分子和膜的一些动态特性": 1, - "ieber，讨论了细胞运动过程中，头部和尾部的膜张力": 1, - "angamani，蛋白质可以改变局部膜的曲率和张力": 1, - "aha，似乎测量了在特定渗透压下脂质体膜的张力": 1, - "heetz，介绍细胞膜骨架和膜的一些关系": 1, - 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"nm": 4, - "左右，那么只要探针进入就是会亮成一片（背景很高）。但是实验的结果又是可以做，说明间隙不是很大的影响。但是文章提到信噪比为，所以我就不懂了。其实还是跟倏逝波有关，距离界面": 1, - "跟": 1, - "nm，这个激光的强度是指数下降的。不过间隙厚度的变化，是否能够作为另外一种测定细胞": 1, - "force的方式（用结果推测原因），也可以考虑。事实上电致化学发光（）也做一些这种细胞黏附的实验，其实就是利用的这种leaky吧。": 1, - "raction": 1, - "force": 1, - "microscopy": 1, - "olinork": 2, - "alior": 1, - "rashoff": 1, - "azlett": 1, - "endenmann": 1, - "ic": 1, - "id": 1, - "iu": 1, - "大佬halid": 1, - "alaita早期利用纳米金淬灭荧光的距离效应，做的一个tension": 1, - "probe，看了": 1, - "integrin": 2, - "蛋白的作用。也是不错的范文。⭐": 1, - "lotnikov": 1, - "durotaxis，细胞会向胞外基质比较硬的地方迁移，这也是一种趋向性。其中": 1, - "focal": 1, - "adhesion（）具有": 1, - "fluctuating": 1, - "的": 2, - "force，被认为是细胞感受机械力的": 1, - "sensor。另外一篇很早的文章，仔细地介绍了如何根据基质中的荧光小球的运动反推计算细胞的traction": 1, - "force。abass": 1, - "olacheck": 1, - "一篇精悍的综述，归纳总结了现有的一些细胞力学测量方法，指出了": 1, - "tension": 4, - "probe": 1, - "存在的问题是不能获取力的方向，当然了这是阈值型probe策略上的局限，此外还有比如样品制备耗时长，只能看二维等等问题。⭐": 1, - "iera": 1, - "chlichthaerle": 1, - "tabley": 1, - "早期一个关于（表皮生长因子）受体蛋白的": 1, - "sensor。": 1, - "tubb": 1, - "wiatlowska": 1, - "orselen": 1, - "各种细节的问题": 1, - "新的": 1, - "probe能解决什么问题？首先是确定要看什么力？如果是用来做，只能看细胞跟基底面的间隙以及细胞边缘很浅的一层的蛋白。如果也看": 1, - "force，那么就是选定一些黏着斑蛋白之类的。接下来是这个框架核酸的probe能够提供超越hairpin的什么东西，有助于提供更多的力学信息。有没有可能把": 1, - "size": 1, - "对应成它们的碱基对设计。不同大小的四面体，一端连细胞，一端连界面上的靶点。": 1, - "!rawing": 2, - "excalidraw": 2, - "我本质上还是一个测量间隙厚度的想法：细胞表面和基质上都有四面体的": 1, - "docking": 4, - "链。细胞上的用的方式与integrin连接，细胞变形产生力的作用的时候，由于两条": 1, - "链离得太远，imager不能稳定停留在界面上。但是如果厚度较小，限域空间里，imager的结合频次到底会如何响应这个厚度？细胞表面和基底面如何竞争结合这个": 1, - "链？另外如何是测量这个间隙的厚度，有没有其它方法可以做，以及做的效果如何，以及我是不是非得用": 1, - "imager来做？": 1, - "我很快查到今年就有这样的工作，用的方式测量细胞跟基底面之间的空隙的厚度，大概在": 1, - "左右。ai": 1, - "这个事实早在年就已经用研究过了。iebel": 1, - "!asted": 4, - "image": 4, - "png": 4, - "总的来说，细胞跟基质的高度早就可以用测量了，然后最近也实现了实时的测量，但是还没有做到超分辨。如果可以把空间分辨率也提升上去，实时地观察细胞膜跟基质的距离变化，本身也是一个很有意思的事情。而且根据时空变化还可以反推力学作用，不管是大小还是方向。": 1, - "要做这个事情，我首先想到了是最早的，用": 1, - "nile": 6, - "red": 6, - "染料对细胞膜成像。haronov": 1, - "然后我震惊地发现此文并没有涉及到细胞膜。难道是": 1, - "染料有细胞毒性？可是他在文章中也说了可以做一些这样的成像啊。然后我看了一下这个工作的后续，主要是许珂再搞一些事情，anylchukoon。我主要看到他们能够看细胞膜的上表面，而且还是的，但是细胞膜跟基质的底面似乎并没有。然后成像速度还挺快的，": 1, - "min": 2, - "就能拍完超分辨。": 1, - "其实用": 1, - "做超分辨的细胞膜成像的工作已经很多了，可以另外调研一下。确认一下有没有直接用": 1, - "看细胞膜和基底面距离变化的（用）。我个人认为这个肯定有人做过。尼罗红与细胞膜超分辨成像": 1, - "另外一个是之前看到一个核酸适配体和染料快速可逆结合的，或许这里也可以用上。unbul": 1, - "但是这个": 1, - "aptamer": 2, - "是": 1, - "，估计容易被降解，而且对应的底物也比较特殊，估计比较难以买到。": 1, - "我只是觉得这种基于aptamer的策略也许是可行的，就是一个变构。让细胞的作用力导致": 1, - "构象变化，产生荧光信号响应。": 1, - "另外还有的想法，就是利用结构，问了下实验室的刘江波和陈杰林，得知被打开大概就是几个": 1, - "p": 1, - "的力。然后在细胞培养基中估计是动态稳定的，现在能够设计的是": 1, - "个": 1, - "的串联序列，但实际真实能够存在的估计小于个。一般研究的力学的都是用磁镊或者光镊在搞。": 1, - "`adinfo": 1, - "小结": 2, - "最终我似乎是想用": 1, - "结合": 1, - "动态地观察细胞膜与基底面之间的距离变化。这个如果能够做成，那就真的是吊打在cell": 1, - "adhesion方面的研究。": 1, - "`": 2, - "直接使用": 1, - "观测gap": 1, - "height": 2, - "变化存在z轴分辨率和时间分辨率的问题。不过我觉得如果是大尺度的": 1, - "变化，": 1, - "z": 1, - "轴分辨率和": 1, - "的成像时间也还不错。": 1, - "基于框架核酸的ension": 1, - "ngle": 1, - "robe": 1, - "先看一个典型的四面体（，oxzip，可以用": 1, - "oxiew在线工具": 1, - "打开和编辑）的结构。思考一个问题，如果从一条": 1, - "capture": 1, - "施加作用力拉伸，会不会暴露出来单链的": 1, - "位点？但是我直观地从这个结构来看，很难有解旋的作用。但如果是": 1, - "，中间三条棱插入，搞成": 1, - "split": 1, - "的状态，一个四面体就可以搞三个，然后顶部一拉，就暴露位点。": 1, - "如上图所示的设计，由于四面体上有三条棱，其实就可以搞三种不同的颜色。如果能够成像，就有可能实现对作用力的方向的解析。如果是可以控制这个四面体能够搞得更大一点，或许空间上就可以区分，但是现有的，差不多": 1, - "nm的外接球直径，所以很难区分这三条棱，哪一条先被拉开。": 1, - "从另外一个角度来看，如果是作用力比较大，按照s的的最长": 1, - "作用时间算，可能一下子把三个棱都拉开了。就算是有方向的缓慢作用力，力的空间朝向也很难判断啊。我估计只能是判断三种状态差异：": 1, - "竖直向上（或者力很大，作用时间很短），三个棱都被拉开，位点充分暴露，结合频次最高": 1, - "与某条棱同向，带一个面翻转，暴露一个位点，结合频次最低": 1, - "与某个侧面中垂线同向，带一条棱旋转，暴露两个位点，结合频次居中": 1, - "所以这里本身就需要一些模拟的工作，来判断一个半球的空间内作用力方向跟棱的打开的关系。至于作用力的大小，我觉得这个同样是阈值型的，只能知道它大概用超过了多少的力作用了这个probe。": 1, - "或者我可以换一个角度来思考，细胞就是施加一个作用力，拉扯一下探针，然后突破阈值之后，细胞走掉，跟这个探针不再接触。而探针在细胞力的作用下发生不可逆的变构（split），暴露出不同数量的位点。这样的话就足够后面的成像。": 1, - "至于力的方向正不正确，其实都有现成的模型，比如那个血小板细胞的收缩环，大致就能判断其作用力的方向。另外还有一些细胞脱壁直接变成悬浮细胞模型，则可以用于验证竖直向上的作用力。": 1, - "`adnote": 1, - "这个想法显然更加一点，也要高级一点（操作起来也更难），但是还是需要看一下关于细胞力学成像的方向解析方面的研究。": 1, - "能否直接用现成的": 1, - "确认能否直接拍": 1, - "尼罗红与细胞膜超分辨成像": 1, - "超分辨成像": 1, - "上面提到的两个课题思路，本质上都能解决作用力方向的问题，但实验体系什么的都不是现成的，可能要费老大功夫。所以在调研了这么多文献之后，我也在考虑能否用现成的体系，稍微多个细胞，就做点细胞力学方面的事情。": 1, - "把": 1, - "直接拿去用的话，还是一个频率差异，但是也会遭遇到无法扩散到细胞跟基底面的gap中去的问题。然后要验证这一点，我做片子，铺细胞，可能还要对靶蛋白做标记，就是一整套新的实验体系差不多就": 1, - "setup": 1, - "了。": 1, - "还有一个问题，修饰在界面上的探针，如何确保它们不被内吞了呢？虽然人家工作已经做出来了，但是这里也可能有": 1, - "trick": 2, - "啊。另外细胞跟基底面之间的胞外基质成分其实也是比较复杂的，我非常怀疑": 1, - "imager在其中的扩散行为。": 1, - "最后，就算第一个问题解决了，imager也能对基底面成像，那么怎么把频率映射为作用力，这也是一个很大的问题。暴露不同的": 1, - "strand，然后同时多色成像（基于频率？）这个只是多色同时成像的可能性。哪怕只能搞两种似乎也行啊。但事实上如果用分屏的方式，也能很轻松做到两种颜色同时成像。": 1, - "我觉得现在是从一个做工具做技术的角度去思考问题，而不是从需求出发去解决实际问题，所以还是要先找到有意义的关于细胞力学方面的重要问题，不然的话就以最简单粗暴的方式弄一个技术，免得别人用起来也不方便。": 1, - "总而言之，直接移植": 1, - "到细胞力学的体系，我认为是一个非常远的目标了，至少得一年的时间（按照我搞的经验）。": 1, - "probe的drawback": 1, - "看多了我也产生一个疑问，既然的作用力是波动的lotnikov，会不会只要细胞接触到了表面就会触发这些信号？iu此文和用做的工作rockman都存在这样的问题。界面做好了之后，可能一个小时就铺细胞，此时细胞正好是要贴壁的过程，只要碰到了界面，就要用sensor去试探基质。所以这也算是一个": 1, - "吧。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 3, - "细胞分子力学专题": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "文献调研": 1, - "关于细胞的机械力作用，其实博士阶段我也经常看到相关的文献。我大致知道：": 1, - "机械力作用能够影响一些干细胞的分化（比如特定形貌的表面培养它们）": 1, - "测量分子机械力常用的光镊、磁镊等技术，但是门槛都很高；也有毛细管悬滴法": 1, - "我最近从头开始搭建自己的文献库，之前的一些文献和阅读记录并没有整合进来，所以这里干脆从零开始来了解这个领域。目前文库里边，有用来测量": 1, - "cell": 2, - "traction": 4, - "forces的rockman，还有用折纸测量微观分子拉力的拉力计ickels。还有piezo蛋白的。osteaselwandter": 1, - "洛克菲勒大学的发育生物学家lan": 1, - "odrigues说，力和基因的关系是个关键问题。这不仅是皮肤癌的问题。他说：“力学中的深层问题其实是力与分子有什么关系的问题。”": 1, - "值得注意的是，中医针灸也是一种细胞力学刺激，最近也有相关文献报道。iub": 1, - "先精读一篇文章": 1, - "第一遍速览，rockman": 1, - "这里边主要用到了两种细胞，还介绍了一些蛋白抑制剂，可以用于控制调整": 1, - "force。我觉得这个体系应该是比较成熟的，关键是我们要去做的话，能解决什么问题？它其实是突破了的控制分辨率限制，我们能突破什么？这个就需要精读了。不过作为刚开始的一个demo，我完全可以用单链复现一下这个体系，验证体系的成熟程度。": 1, - "再仔细看了一下全文和，此文还是存在一些问题，比如": 1, - "ss": 1, - "imager": 4, - "扩散到细胞和基质之间，这个厚度是否跟的倏逝波场配合？如果间隙就是": 1, - "nm": 4, - "左右，那么只要探针进入就是会亮成一片（背景很高）。但是实验的结果又是可以做，说明间隙不是很大的影响。但是文章提到信噪比为，所以我就不懂了。其实还是跟倏逝波有关，距离界面": 1, - "跟": 1, - "nm，这个激光的强度是指数下降的。不过间隙厚度的变化，是否能够作为另外一种测定细胞": 1, - "force的方式（用结果推测原因），也可以考虑。事实上电致化学发光（）也做一些这种细胞黏附的实验，其实就是利用的这种leaky吧。": 1, - "raction": 1, - "force": 1, - "microscopy": 1, - "olinork": 2, - "alior": 1, - "rashoff": 1, - "azlett": 1, - "endenmann": 1, - "ic": 1, - "iu": 1, - "大佬halid": 1, - "alaita早期利用纳米金淬灭荧光的距离效应，做的一个tension": 1, - "probe，看了": 1, - "integrin": 2, - "蛋白的作用。也是不错的范文。⭐": 1, - "lotnikov": 1, - "durotaxis，细胞会向胞外基质比较硬的地方迁移，这也是一种趋向性。其中": 1, - "focal": 1, - "adhesion（）具有": 1, - "fluctuating": 1, - "的": 2, - "force，被认为是细胞感受机械力的": 1, - "sensor。另外一篇很早的文章，仔细地介绍了如何根据基质中的荧光小球的运动反推计算细胞的traction": 1, - "force。abass": 1, - "olacheck": 1, - "一篇精悍的综述，归纳总结了现有的一些细胞力学测量方法，指出了": 1, - "tension": 4, - "probe": 1, - "存在的问题是不能获取力的方向，当然了这是阈值型probe策略上的局限，此外还有比如样品制备耗时长，只能看二维等等问题。⭐": 1, - "iera": 1, - "chlichthaerle": 1, - "tabley": 1, - "早期一个关于（表皮生长因子）受体蛋白的": 1, - "sensor。": 1, - "tubb": 1, - "wiatlowska": 1, - "orselen": 1, - "各种细节的问题": 1, - "新的": 1, - "probe能解决什么问题？首先是确定要看什么力？如果是用来做，只能看细胞跟基底面的间隙以及细胞边缘很浅的一层的蛋白。如果也看": 1, - "force，那么就是选定一些黏着斑蛋白之类的。接下来是这个框架核酸的probe能够提供超越hairpin的什么东西，有助于提供更多的力学信息。有没有可能把": 1, - "size": 1, - "对应成它们的碱基对设计。不同大小的四面体，一端连细胞，一端连界面上的靶点。": 1, - "!rawing": 2, - "excalidraw": 2, - "我本质上还是一个测量间隙厚度的想法：细胞表面和基质上都有四面体的": 1, - "docking": 4, - "链。细胞上的用的方式与integrin连接，细胞变形产生力的作用的时候，由于两条": 1, - "链离得太远，imager不能稳定停留在界面上。但是如果厚度较小，限域空间里，imager的结合频次到底会如何响应这个厚度？细胞表面和基底面如何竞争结合这个": 1, - "链？另外如何是测量这个间隙的厚度，有没有其它方法可以做，以及做的效果如何，以及我是不是非得用": 1, - "imager来做？": 1, - "我很快查到今年就有这样的工作，用的方式测量细胞跟基底面之间的空隙的厚度，大概在": 1, - "左右。ai": 1, - "这个事实早在年就已经用研究过了。iebel": 1, - "!asted": 4, - "image": 4, - "png": 4, - "总的来说，细胞跟基质的高度早就可以用测量了，然后最近也实现了实时的测量，但是还没有做到超分辨。如果可以把空间分辨率也提升上去，实时地观察细胞膜跟基质的距离变化，本身也是一个很有意思的事情。而且根据时空变化还可以反推力学作用，不管是大小还是方向。": 1, - "要做这个事情，我首先想到了是最早的，用": 1, - "nile": 6, - "red": 6, - "染料对细胞膜成像。haronov": 1, - "然后我震惊地发现此文并没有涉及到细胞膜。难道是": 1, - "染料有细胞毒性？可是他在文章中也说了可以做一些这样的成像啊。然后我看了一下这个工作的后续，主要是许珂再搞一些事情，anylchukoon。我主要看到他们能够看细胞膜的上表面，而且还是的，但是细胞膜跟基质的底面似乎并没有。然后成像速度还挺快的，": 1, - "min": 2, - "就能拍完超分辨。": 1, - "其实用": 1, - "做超分辨的细胞膜成像的工作已经很多了，可以另外调研一下。确认一下有没有直接用": 1, - "看细胞膜和基底面距离变化的（用）。我个人认为这个肯定有人做过。尼罗红与细胞膜超分辨成像": 1, - "另外一个是之前看到一个核酸适配体和染料快速可逆结合的，或许这里也可以用上。unbul": 1, - "但是这个": 1, - "aptamer": 2, - "是": 1, - "，估计容易被降解，而且对应的底物也比较特殊，估计比较难以买到。": 1, - "我只是觉得这种基于aptamer的策略也许是可行的，就是一个变构。让细胞的作用力导致": 1, - "构象变化，产生荧光信号响应。": 1, - "另外还有的想法，就是利用结构，问了下实验室的刘江波和陈杰林，得知被打开大概就是几个": 1, - "p": 1, - "的力。然后在细胞培养基中估计是动态稳定的，现在能够设计的是": 1, - "个": 1, - "的串联序列，但实际真实能够存在的估计小于个。一般研究的力学的都是用磁镊或者光镊在搞。": 1, - "`adinfo": 1, - "小结": 2, - "最终我似乎是想用": 1, - "结合": 1, - "动态地观察细胞膜与基底面之间的距离变化。这个如果能够做成，那就真的是吊打在cell": 1, - "adhesion方面的研究。": 1, - "`": 2, - "直接使用": 1, - "观测gap": 1, - "height": 2, - "变化存在z轴分辨率和时间分辨率的问题。不过我觉得如果是大尺度的": 1, - "变化，": 1, - "z": 1, - "轴分辨率和": 1, - "的成像时间也还不错。": 1, - "基于框架核酸的ension": 1, - "ngle": 1, - "robe": 1, - "先看一个典型的四面体（，oxzip，可以用": 1, - "oxiew在线工具": 1, - "打开和编辑）的结构。思考一个问题，如果从一条": 1, - "capture": 1, - "施加作用力拉伸，会不会暴露出来单链的": 1, - "位点？但是我直观地从这个结构来看，很难有解旋的作用。但如果是": 1, - "，中间三条棱插入，搞成": 1, - "split": 1, - "的状态，一个四面体就可以搞三个，然后顶部一拉，就暴露位点。": 1, - "如上图所示的设计，由于四面体上有三条棱，其实就可以搞三种不同的颜色。如果能够成像，就有可能实现对作用力的方向的解析。如果是可以控制这个四面体能够搞得更大一点，或许空间上就可以区分，但是现有的，差不多": 1, - "nm的外接球直径，所以很难区分这三条棱，哪一条先被拉开。": 1, - "从另外一个角度来看，如果是作用力比较大，按照s的的最长": 1, - "作用时间算，可能一下子把三个棱都拉开了。就算是有方向的缓慢作用力，力的空间朝向也很难判断啊。我估计只能是判断三种状态差异：": 1, - "竖直向上（或者力很大，作用时间很短），三个棱都被拉开，位点充分暴露，结合频次最高": 1, - "与某条棱同向，带一个面翻转，暴露一个位点，结合频次最低": 1, - "与某个侧面中垂线同向，带一条棱旋转，暴露两个位点，结合频次居中": 1, - "所以这里本身就需要一些模拟的工作，来判断一个半球的空间内作用力方向跟棱的打开的关系。至于作用力的大小，我觉得这个同样是阈值型的，只能知道它大概用超过了多少的力作用了这个probe。": 1, - "或者我可以换一个角度来思考，细胞就是施加一个作用力，拉扯一下探针，然后突破阈值之后，细胞走掉，跟这个探针不再接触。而探针在细胞力的作用下发生不可逆的变构（split），暴露出不同数量的位点。这样的话就足够后面的成像。": 1, - "至于力的方向正不正确，其实都有现成的模型，比如那个血小板细胞的收缩环，大致就能判断其作用力的方向。另外还有一些细胞脱壁直接变成悬浮细胞模型，则可以用于验证竖直向上的作用力。": 1, - "`adnote": 1, - "这个想法显然更加一点，也要高级一点（操作起来也更难），但是还是需要看一下关于细胞力学成像的方向解析方面的研究。": 1, - "能否直接用现成的": 1, - "确认能否直接拍": 1, - "尼罗红与细胞膜超分辨成像": 1, - "超分辨成像": 1, - "上面提到的两个课题思路，本质上都能解决作用力方向的问题，但实验体系什么的都不是现成的，可能要费老大功夫。所以在调研了这么多文献之后，我也在考虑能否用现成的体系，稍微多个细胞，就做点细胞力学方面的事情。": 1, - "把": 1, - "直接拿去用的话，还是一个频率差异，但是也会遭遇到无法扩散到细胞跟基底面的gap中去的问题。然后要验证这一点，我做片子，铺细胞，可能还要对靶蛋白做标记，就是一整套新的实验体系差不多就": 1, - "setup": 1, - "了。": 1, - "还有一个问题，修饰在界面上的探针，如何确保它们不被内吞了呢？虽然人家工作已经做出来了，但是这里也可能有": 1, - "trick": 2, - "啊。另外细胞跟基底面之间的胞外基质成分其实也是比较复杂的，我非常怀疑": 1, - "imager在其中的扩散行为。": 1, - "最后，就算第一个问题解决了，imager也能对基底面成像，那么怎么把频率映射为作用力，这也是一个很大的问题。暴露不同的": 1, - "strand，然后同时多色成像（基于频率？）这个只是多色同时成像的可能性。哪怕只能搞两种似乎也行啊。但事实上如果用分屏的方式，也能很轻松做到两种颜色同时成像。": 1, - 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"与扩散系数": 1, - "是`ean": 1, - "quare": 1, - "isplacement`缩写，指的是均方位移。其定义为液体和气体分子不会待在一个固定位置，而是不停移动的。": 1, - "均方位移的量与原子的扩散系数存在对应关系。": 1, - "所以很多东西被浓缩到一个扩散系数里边去了。显然这是一个由粒子和环境共同决定的因素。比如流体环境黏度增大，这个扩散系数显然就会改变。": 1, - "`diffusion": 1, - "coefficient`": 1, - "阅读文献udyak：收获蛮大！😊": 1, - "the": 2, - "diffusion": 2, - "of": 2, - "nanoparticles": 1, - "in": 1, - "dense": 1, - "fluids": 1, - "differs": 1, - "significantly": 1, - "from": 1, - "rownian": 1, - "particles": 1, - "纳米颗粒的扩散系数受到本征的严重影响，这里给出了一个模拟的结果，即扩散系数与size": 1, - "存在指数关系，但是k值由材料本身决定。不过这个基本符合我的感受：即size越大，扩散系数越小，扩散能力越弱。": 1, - "阅读文献udyak，引用了文献udyak，但是探讨的纳米颗粒的size和溶液整体的黏度的关系。": 1, - "阅读文献harazmi：降低anus纳米颗粒的表面能（疏水部分），能够增加平动和转动的扩散系数。也是一个模拟为主的工作。": 1, - "阅读文献ournier：在有机组织中的扩散很不一样，基于这种方式联合可以对脑部成像有更好的效果。": 1, - "阅读文献usko：通过纳米孔测量蛋白质的转动的扩散系数，有不同大小的，还有蛋白复合体的，基本上也是越大，扩散系数越小。这个文章很有用。⭐": 1, - "蛋白质和小分子颗粒扩散": 1, - "阅读文献akshi，定量研究了大肠杆菌中的扩散转运": 1, - "阅读文献albo，认为一些分子的拥挤程度影响了扩散系数。。比如γlobulin，这不是跟差不多么": 1, - "阅读文献vonulow：蛋白浓度提高后，转动衰减比平动更严重": 1, - "阅读文献roves：技术测定多糖分子的扩散系数跟分子量的指数关系": 1, - "阅读文献onopka：测定在两种不同状态下细菌中的扩散系数。": 1, - "阅读文献esmelova：体系中球蛋白浓度越高，扩散系数越差": 1, - "阅读文献impson：iffusion": 1, - "ordered": 1, - "spectroscopy": 1, - "的详细介绍。": 1, - "阅读文献ingh：认为纳米材料会影响细胞形状，没啥乱用。": 1, - "阅读文献akshi：光激活aede蛋白为例的diffusing": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "纳米颗粒布朗运动专题阅读": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "文献调研": 1, - "小结": 1, - "我们在综述提到，四面体是一种": 1, - "molecular": 1, - "machine分子机器专题阅读，然后通过设计大小来影响其运动，运动主要就是": 1, - "diffusing，所以这里深入了解并确认了": 1, - "size": 1, - "对于颗粒的": 1, - "diffusing": 1, - "的影响，基本在几百": 1, - "k": 1, - "到": 1, - "nm": 1, - "范围都是有一个指数下降的趋势。这意味着我之前的判断”四面体越大扩散性越差“的观点是站得住脚的。": 1, - "值得注意的是，借鉴蛋白颗粒有平动还有转动，而且size增加后似乎转动受到的影响还要大于平动，所以对于": 1, - "而言，它需要寻找到合适的空间取向，也成为了一个限速步骤。那么它的": 1, - "dark": 1, - "time": 1, - "理论上讲会更长。很有参考价值的文献都放了截图。": 1, - "最后说一下意义，扩散是微观世界中分子运动的主要形式，但可惜的是扩散本身是随机的。而生命的神奇之处就在于，通过各种各样的方式调控，使得分子运动有序化，从而在某种意义上驾驭了随机的分子扩散，使之产生确定的生物功能。": 1, - "布朗运动": 1, - "布朗运动是指悬浮在液体或气体中的微粒所做的永不停息的无规则运动。": 1, - "其因由英国植物学家布朗所发现而得名。作布朗运动的微粒的直径一般为": 1, - "~": 1, - "厘米，这些小的微粒处于液体或气体中时，由于液体分子的热运动，微粒受到来自各个方向液体分子的碰撞，当受到不平衡的冲撞时而运动，由于这种不平衡的冲撞，微粒的运动不断地改变方向而使微粒出现不规则的运动。": 1, - 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"ourzac": 1, - "多位nanomedicine或者nanorobot领域的大佬畅谈该领域的发展，什么可以称作nanorobot，以及集群机器人作为一种手段对我有所启发。⭐": 1, - "oyogluarnum": 1, - "用纳米技术合成四价流感疫苗，非常精确的组成。": 1, - "hena": 1, - "uliang": 2, - "hao等人的综述，主要是关于纳米技术应用于nanomedicine，提出了所谓的": 1, - "precise": 1, - "和": 1, - "intelligent": 1, - "的概念。": 1, - "hen": 1, - "自家用折纸治疗急性肾损伤的文章，陈倩师妹的工作。": 1, - "ia": 2, - "能够有较大穿透深度的近红外，加上上转换纳米颗粒，还有aptamer，从而实现了所谓的": 1, - "high": 1, - "spatialtemporal": 1, - "selectivity": 1, - "的": 3, - "controllable": 1, - "therapeutic": 1, - "devices，说法都很有讲究。⭐": 1, - "ouglas": 1, - "hurch大佬eorge": 1, - "hurch的工作，什么autonomous": 1, - "robot、aptamer": 1, - "encoded": 1, - "logic": 1, - "gate": 1, - "等概念，人家十年前就提出了。ourzac": 1, - "的采访中也有": 1, - "church": 1, - "关于": 1, - "anorobot": 1, - "的描述。⭐": 1, - "ea": 1, - "茜姐ian": 1, - "i通讯，葛志磊师兄一作的small文章，六螺旋折纸载药（ox）杀癌细胞，特点主要是载药数量精确？？": 1, - "oua": 1, - "黑磷纳米片治疗急性肾损伤，侯军军师弟的工作。": 1, - "u": 1, - "关于微纳机器人的小综述。": 1, - "iang": 1, - "姜大卫师兄更早的关于用折纸治疗急性肾损伤的工作，算是搞起了一个模型。": 1, - "iangb": 1, - "非常好的关于纳米技术和纳米结构材料用作nanomedicine的综述工作，作图简洁清新舒服。⭐": 1, - "ina": 1, - "做了一个多功能的nanorobot，典型的费力不讨好的工作，又是磁场控制、又是载药、可控释放、光热治疗等等。": 1, - "hezria": 1, - "基于材料的一些motor的相关综述。": 1, - "ryuchkov": 1, - "果蝇的眼角膜上有纳米覆盖层，由于一种扩散反应的机制，形成了所谓的图灵样斑（uring": 1, - "patterns），此文进一步搞清楚了这种形貌结构跟生物学功能的关系。主要是对光线信号有更好的反射效果。": 1, - "生物医药领域，微纳机器人在": 1, - "drug": 1, - "delivery": 1, - "precision": 1, - "surgery": 1, - "medical": 1, - "diagnosis": 1, - "and": 2, - "detoxification等方面的应用和进展。": 1, - "i": 2, - "hao大佬的高引论文，其实就是模仿church做的一个": 1, - "origami": 2, - "trigger，能够响应凝血，在肿瘤微环境造成杀伤效果。": 1, - "ib": 1, - "一方面把肿瘤部位的血小板弄死，使得肿瘤组织更具更好的permeability，提高纳米材料的效应，另外一方面又让纳米材料载带凝血酶来阻断肿瘤组织的血运，饿死它们。": 1, - "基于zyme，以及烧桥原理，实现的分子机器在细胞膜表面的随机自主行走，行走过的路径会引起受体二聚，产生": 1, - "signaling": 1, - "cytoskeleton": 1, - "remodeling": 1, - "to": 1, - "enhance": 1, - "cell": 1, - "migration。概念上是个不错的工作。⭐": 1, - "iub": 1, - "aoquan": 1, - "ing等人的工作，ranched": 1, - "structure": 1, - "用于载带": 1, - "si、as": 1, - "等等进入细胞实现基因编辑。": 1, - "iud": 1, - "还是国家纳米科学中心这帮人，特别喜欢做滚筒折纸来载带一些，东西，这个是弄了一个肿瘤抗原，作为一个vaccine来发挥作用。事实上从健康理念上讲，确实是先疫苗预防，然后及早诊断。而等到病入膏肓，再治疗难度就很大。": 1, - "aa": 1, - "川大unfeng": 2, - "in的工作，四面体上伸出了一个": 1, - "aptamer，可以靶向肿瘤，导致蛋白进入到溶酶体降解途径，跟技术有点类似，还有一个韩达a": 1, - "an的工作，也是类似的比较有意思的策略（靶向降解蛋白）。⭐": 1, - "bphmkn": 1, - "edinaanchez": 1, - "一篇评论文章，讲微纳机器人需要更好的成像和控制，里边图比较漂亮，总结了三种典型的": 1, - "micromotor": 1, - "prototype。⭐": 1, - "ishraa": 1, - "介绍纳米结构，特别是": 1, - "作为": 1, - "carrier": 1, - "跟": 1, - "cellualr": 1, - "uptake": 1, - "的相关小综述。": 1, - "ou": 1, - "用蛋白质和做了个纳米线，所以不管是纯纳米结构，纳米结构，还是蛋白质组装的结构，以及这种": 1, - "hybrid": 1, - "nanomaterials，都有人做过了。": 1, - "enga": 1, - "微纳马达在生物医学上的研究进展综述，感觉还没有特别重量级的工作。": 1, - "iana": 1, - "in的工作，所谓的nanobee，我似乎还帮忙审过。": 1, - "angb": 2, - "可编程的药物释放，不能依赖于细胞内环境的降解作用，这样降解也得是自发可控，所以引入了zyme。产物包裹了氧化锌纳米颗粒。这个锌离子（进入酸性溶酶体中产生），既是酶的辅酶，也是的产生源。": 1, - "还是丁宝全aoquan": 1, - "ing他们滚筒折纸载带和靶向治疗肿瘤的工作，感觉换汤不换药。。": 1, - "angc": 1, - "一篇短小精悍的综述，提出了nanomotor要应用于invivo": 1, - "application面临的一些挑战。": 1, - "⭐": 1, - "angd": 1, - "基于纳米结构的probe的一些进展的综述，内容较多。": 1, - "ang": 1, - "韩达a": 1, - "an模仿丁宝全他们体系，利用滚筒折纸执行抗凝血功能的工作，但是亮点主要在": 1, - "computing。": 1, - "快速粗略的读完一遍文库中微纳机器人相关的内容后，我感觉这个领域还非常初步。而且这个概念之前我其实是跟": 1, - "nanomedicine": 1, - "搞混淆了的。有一小部分nanorobot可以算是medicine，但大部分都不算。另外nanorobot也容易跟": 1, - "motor": 1, - "混淆。所以定义不是特别清楚，应用不是很多，是目前这个领域给我的感受。文章发得好的，一方面是搞纳米智能机器人的，另外一方面可能就张良方的一些工作还。": 1, - "tje": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 3, - "微纳机器人的运动和应用": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "微纳机器人能用来做什么，有什么用途？这是我第一个需要回答的问题，得先从已有的文献中先做一下简单的分类和思考：": 1, - "测量分子作用力，ickelsrockman": 1, - "检测或者过滤抗原，iang": 1, - "调控细胞功能，i": 1, - "运载货物，ouglashubagere": 1, - "微纳机器人的运动控制或驱动，不少可以参考自家综述ang：": 1, - "链置换行走，ungharaazrafshanhao": 1, - "物理场作用驱动，mith": 1, - "`adinfo": 2, - "补充说明": 2, - "collapse": 2, - "open": 2, - "还是有不少内容有残缺，需要大量的文献阅读，去搜吧": 1, - "`": 2, - "相关文献速览": 1, - "atool": 1, - "用包硅的四氧化三铁作为致动器（actuator），电磁场驱动，然后表面修饰能够结合细菌细胞壁的endolysin作为sensor，最终实现对多重耐药的金黄色葡萄球菌的杀灭。": 1, - "ourzac": 1, - "多位nanomedicine或者nanorobot领域的大佬畅谈该领域的发展，什么可以称作nanorobot，以及集群机器人作为一种手段对我有所启发。⭐": 1, - "oyogluarnum": 1, - "用纳米技术合成四价流感疫苗，非常精确的组成。": 1, - "hena": 1, - "uliang": 2, - "hao等人的综述，主要是关于纳米技术应用于nanomedicine，提出了所谓的": 1, - "precise": 1, - "和": 1, - "intelligent": 1, - "的概念。": 1, - "hen": 1, - "自家用折纸治疗急性肾损伤的文章，陈倩师妹的工作。": 1, - "ia": 2, - "能够有较大穿透深度的近红外，加上上转换纳米颗粒，还有aptamer，从而实现了所谓的": 1, - "high": 1, - "spatialtemporal": 1, - "selectivity": 1, - "的": 3, - "controllable": 1, - "therapeutic": 1, - "devices，说法都很有讲究。⭐": 1, - "ouglas": 1, - "hurch大佬eorge": 1, - "hurch的工作，什么autonomous": 1, - "robot、aptamer": 1, - "encoded": 1, - "logic": 1, - "gate": 1, - "等概念，人家十年前就提出了。ourzac": 1, - "的采访中也有": 1, - "church": 1, - "关于": 1, - "anorobot": 1, - "的描述。⭐": 1, - "ea": 1, - "茜姐ian": 1, - "i通讯，葛志磊师兄一作的small文章，六螺旋折纸载药（ox）杀癌细胞，特点主要是载药数量精确？？": 1, - "oua": 1, - "黑磷纳米片治疗急性肾损伤，侯军军师弟的工作。": 1, - "u": 1, - "关于微纳机器人的小综述。": 1, - "iang": 1, - "姜大卫师兄更早的关于用折纸治疗急性肾损伤的工作，算是搞起了一个模型。": 1, - "iangb": 1, - "非常好的关于纳米技术和纳米结构材料用作nanomedicine的综述工作，作图简洁清新舒服。⭐": 1, - "ina": 1, - "做了一个多功能的nanorobot，典型的费力不讨好的工作，又是磁场控制、又是载药、可控释放、光热治疗等等。": 1, - "hezria": 1, - "基于材料的一些motor的相关综述。": 1, - "ryuchkov": 1, - "果蝇的眼角膜上有纳米覆盖层，由于一种扩散反应的机制，形成了所谓的图灵样斑（uring": 1, - "patterns），此文进一步搞清楚了这种形貌结构跟生物学功能的关系。主要是对光线信号有更好的反射效果。": 1, - "生物医药领域，微纳机器人在": 1, - "drug": 1, - "delivery": 1, - "precision": 1, - "surgery": 1, - "medical": 1, - "diagnosis": 1, - "and": 2, - "detoxification等方面的应用和进展。": 1, - "i": 2, - "hao大佬的高引论文，其实就是模仿church做的一个": 1, - "origami": 2, - "trigger，能够响应凝血，在肿瘤微环境造成杀伤效果。": 1, - "ib": 1, - "一方面把肿瘤部位的血小板弄死，使得肿瘤组织更具更好的permeability，提高纳米材料的效应，另外一方面又让纳米材料载带凝血酶来阻断肿瘤组织的血运，饿死它们。": 1, - "基于zyme，以及烧桥原理，实现的分子机器在细胞膜表面的随机自主行走，行走过的路径会引起受体二聚，产生": 1, - "signaling": 1, - "cytoskeleton": 1, - "remodeling": 1, - "to": 1, - "enhance": 1, - "cell": 1, - "migration。概念上是个不错的工作。⭐": 1, - "iub": 1, - "aoquan": 1, - "ing等人的工作，ranched": 1, - "structure": 1, - "用于载带": 1, - "si、as": 1, - "等等进入细胞实现基因编辑。": 1, - "iud": 1, - "还是国家纳米科学中心这帮人，特别喜欢做滚筒折纸来载带一些，东西，这个是弄了一个肿瘤抗原，作为一个vaccine来发挥作用。事实上从健康理念上讲，确实是先疫苗预防，然后及早诊断。而等到病入膏肓，再治疗难度就很大。": 1, - "aa": 1, - "川大unfeng": 2, - "in的工作，四面体上伸出了一个": 1, - "aptamer，可以靶向肿瘤，导致蛋白进入到溶酶体降解途径，跟技术有点类似，还有一个韩达a": 1, - "an的工作，也是类似的比较有意思的策略（靶向降解蛋白）。⭐": 1, - "bphmkn": 1, - "edinaanchez": 1, - "一篇评论文章，讲微纳机器人需要更好的成像和控制，里边图比较漂亮，总结了三种典型的": 1, - "micromotor": 1, - "prototype。⭐": 1, - "ishraa": 1, - "介绍纳米结构，特别是": 1, - "作为": 1, - "carrier": 1, - "跟": 1, - "cellualr": 1, - "uptake": 1, - "的相关小综述。": 1, - "ou": 1, - "用蛋白质和做了个纳米线，所以不管是纯纳米结构，纳米结构，还是蛋白质组装的结构，以及这种": 1, - "hybrid": 1, - "nanomaterials，都有人做过了。": 1, - "enga": 1, - "微纳马达在生物医学上的研究进展综述，感觉还没有特别重量级的工作。": 1, - "iana": 1, - "in的工作，所谓的nanobee，我似乎还帮忙审过。": 1, - "angb": 2, - "可编程的药物释放，不能依赖于细胞内环境的降解作用，这样降解也得是自发可控，所以引入了zyme。产物包裹了氧化锌纳米颗粒。这个锌离子（进入酸性溶酶体中产生），既是酶的辅酶，也是的产生源。": 1, - "还是丁宝全aoquan": 1, - "ing他们滚筒折纸载带和靶向治疗肿瘤的工作，感觉换汤不换药。。": 1, - "angc": 1, - "一篇短小精悍的综述，提出了nanomotor要应用于invivo": 1, - "application面临的一些挑战。": 1, - "⭐": 1, - "angd": 1, - "基于纳米结构的probe的一些进展的综述，内容较多。": 1, - "ang": 1, - "韩达a": 1, - "an模仿丁宝全他们体系，利用滚筒折纸执行抗凝血功能的工作，但是亮点主要在": 1, - "computing。": 1, - "快速粗略的读完一遍文库中微纳机器人相关的内容后，我感觉这个领域还非常初步。而且这个概念之前我其实是跟": 1, - "nanomedicine": 1, - "搞混淆了的。有一小部分nanorobot可以算是medicine，但大部分都不算。另外nanorobot也容易跟": 1, - "motor": 1, - "混淆。所以定义不是特别清楚，应用不是很多，是目前这个领域给我的感受。文章发得好的，一方面是搞纳米智能机器人的，另外一方面可能就张良方的一些工作还。": 1, - "tje": 1 - }, - "timestamp": 1637208648000 - }, - "02-Reading/2-topics/纳米/i-Motif.md": { - "withStopwords": { - "title": 2, - "iotif": 3, - "date": 1, - "tags": 1, - "文献调研": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "pngctr": 1, - "图片来源：ineffableislandcom": 1, - "he": 1, - "imotif": 38, - "is": 1, - "a": 2, - "fourstranded": 1, - "knot": 2, - "of": 2, - "n": 1, - "the": 2, - "structure": 1, - "letters": 1, - "on": 1, - "same": 1, - "strand": 1, - "bind": 1, - "to": 1, - "each": 1, - "other": 1, - "最早在年，imotif": 1, - "被发现鉴定ehringatel，代表的是，翻译过来就是。": 1, - "boussi": 1, - "关于": 1, - "很好的综述，imotif": 1, - "确实是": 1, - "p": 12, - "响应，但是却存在一个类似": 1, - "m": 1, - "值的半转换": 1, - "值。然后": 1, - "的稳定性主要是半质子化的": 1, - "对，也有很多其它因素能够影响。此外": 1, - "的序列也存在多样性，甚至有些细胞里边的启动子都能形成": 1, - "imotif。⭐": 1, - "lba": 1, - "从分析化学角度看": 1, - "的文章，这个东西结合电化学还挺有意思的，或许是新型的": 1, - "成像手段？另外还发现了用": 1, - "实现纳米金可逆聚集的工作": 1, - "harma，感觉": 1, - "针对": 1, - "的这种": 1, - "switch": 3, - "功能真的是非常好用⭐": 1, - "rown": 1, - "不少癌症相关的基因的表达调控元件都有": 1, - "imotif，所以这个玩意现在也是热门的靶点，事实上已经有抗体开发出来了。至少做细胞核成像是没有问题的。": 1, - 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"和": 1, - "都是跟物质的运动有关。": 1, - "此后，上海交通大学在其建校周年时，跟cience联合发布了新版的个问题。": 1, - "其中人工智能部分第一个问题就是：可注射的抗病纳米机器人会成为现实吗？所以你看，其实我搞来搞去，都是在搞人工智能。我觉得这个是我要抓住的一个点。因为曾经我踏上码农的道路，就是体会到了自动化的魅力。效率的提高是对生产力的解放，这对于整个人类社会来讲都是进步的。": 1, - "所以脑子里始终记住四个字，“提高效率”，要做提高效率的研究，因为提高效率让我真正快乐。人工智能如果不能提高效率，那就是人工智障。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "微纳机器人的运动控制": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "文献调研": 1, - "写在前面": 1, - "没有实际真实的目标去阅读文献或者调研一个东西是低效的。那么在开始做这件事情之前，我需要问一下自己，后面是要开展这方面的课题吗？还想着如何去控制纳米机器人的运动吗？我会去使用化学催化反应或者物理手段控制吗？": 1, - "其实我第一时间的反应都是": 1, - "o，因为我们提运动控制，纯粹是从答案找问题，觉得是一种新的运动控制策略。但是毫无疑问我们在这个方面的积累是严重不足的。不过后面不做这个方面的更重要的因素是，实在是": 1, - "hold": 1, - "不住。": 1, - "观察单颗粒的运动当然是可行的，甚至我们还有侯尚国师兄超强的三维单颗粒实时示踪手段。但是控制单颗粒运动这个事情，过于细节，我还没有形成一个": 1, - "big": 2, - "view，就很难产生较强的意义感。": 1, - "而且从理论上来讲，不管怎么做结构设计优化，都无法实现真正的主动靶向运输，物法实现真正意义上的纳米机器人：能够接收并执行人类发出的指令，以及自主地处理一些微观世界地任务。": 1, - "我心中其实是有一个": 1, - "view，如职业发展的思考中所说，我更想搞一点探索生命奥秘的题目，比如研究分子反应网络，或者是集群行为什么的，做个人工细胞什么的。但显然这个目前跟我的研究领域相去甚远，而且也过于理想化。": 1, - "所谓，听其言，观其行。我嘴上讲着总想研究一点生命的奥秘，但事实上我真正欣赏的文章，多是偏向技术突破（比如成像技术，分析手段，方面的），或者是好的技术应用，而不是概念上的某种突破。这种情况可能是我目前的境界还没有到，没有体会到从无到有，突破认知边界的那种意义感。": 1, - "全世界最前沿的个科学问题": 1, - "cience杂志在创刊周年发布了个问题，这些问题其实是一些非常大的问题。而从某种意义上讲，我的研究最好是从属于其中之一。": 1, - "化学自组织的发展程度如何": 1, - "自然界中手性原则的起源是什么": 1, - "蛋白质如何发现其作用对象": 1, - "是什么保持了细胞内的通行顺畅": 1, - "我留下了可能跟我兴趣点相关的问题。其中": 1, - "和": 1, - "都是跟物质的运动有关。": 1, - "此后，上海交通大学在其建校周年时，跟cience联合发布了新版的个问题。": 1, - "其中人工智能部分第一个问题就是：可注射的抗病纳米机器人会成为现实吗？所以你看，其实我搞来搞去，都是在搞人工智能。我觉得这个是我要抓住的一个点。因为曾经我踏上码农的道路，就是体会到了自动化的魅力。效率的提高是对生产力的解放，这对于整个人类社会来讲都是进步的。": 1, - "所以脑子里始终记住四个字，“提高效率”，要做提高效率的研究，因为提高效率让我真正快乐。人工智能如果不能提高效率，那就是人工智障。": 1 - }, - "timestamp": 1636362944000 - }, - "02-Reading/2-topics/成像/超分辨多色成像.md": { - "withStopwords": { - "在多色成像上就有好多工作，比如比较经典的": 1, - "xchange。ungmann": 1, - "其实比它更早的多色成像工作应该是基于六螺旋的": 1, - "barcode。in": 1, - "后来": 1, - "ungmann": 2, - "又发展出来了所谓的": 1, - "metafluorophore。oehrstein": 1, - "此外也有利用与靶标链结合频率差异弄的emporal": 1, - "arcodes。haha": 1, - "还有通过调整一个方块折纸上": 1, - "docking": 1, - "位点数量，加上三色成像的方式弄出来结合频率差异": 1, - "barcode": 1, - "的方案。": 1, - "ade": 1, - "可以说": 1, - "在超分辨多色成像领域确实有优势。但是它的劣势也非常明显，就是速度太慢了，最近": 1, - "等人用分屏的方式稍稍缓解了这个问题。imber": 1, - "当然了早年就有人采用多种激光照明实现少数的同时多色成像。omezarcia": 1, - "最近也有针对分屏后的信号的点扩散函数进行调制实现同屏的多通道多色成像。": 1, - "patovski": 1, - "针对超分辨多色成像的优化有很多策略比如同时使用碳酸亚乙酯、重复序列和spacer设计加速；ivitci": 1, - "更短的imager和简并设计的靶标序列实现百倍加速的；": 1, - "trauss": 1, - "甚至包括自动化方面的工作。lmada": 1, - "需要注意的是自动化exchange": 1, - "fluid": 1, - "是被普遍采用的策略，多色成像也这样搞。levanski": 1, - "这些本质上都是解决成像速度慢的问题，另外还有降低设备成本和操作难度的小型化ite；uer": 1, - "或者是与转盘共聚焦连用增加成像深度，chueder": 1, - "以及使用": 1, - "nanobody减少分子标记的位阻效应，ogratedrissi": 1, - "所以这些优化除了自动化之外，其它更多是对成像技术本身缺陷的优化（而不是新的多色策略）。某种程度上讲，exchange": 1, - "仍然是超分辨多色成像领域的主流。": 1, - "除了上述我直接通过回忆记起来的代表性工作，xchange本身就有了很多应用以及其它变形。比如jungmann对exchange的进一步优化，也是把docking链直接修饰到抗体上，减少位阻，适用于细胞内多靶标的成像，gasti": 1, - "但是这个工作跟前面提到的nanobody的其实有点类似的，ogratedrissi": 1, - "所以有时候你不比较阅读都不知道其中的细微差异。此外，对xchange的优化还包括使用": 1, - "quencher链，这样有助于克服厚组织样品多色成像时": 1, - "imager": 2, - "在漂洗过程中难以快速扩散的问题；utz": 1, - "可以很明显的发现除了": 1, - "xchange技术提出者，其它人做的针对这个技术修修补补的工作杂志发的都不是很好。": 1, - "但如果是使用": 1, - "xchange去做一些别的事情，哪怕是换一种说法，比如对标sequential免疫荧光染色，可以说xchange只需要一轮免疫染色，后面都是置换，速度很快；ang": 1, - "甚至简单的用该技术看下细胞膜上受体蛋白分布也还可以；erbin": 1, - "或者不做细胞成像，做成mi的体外检测也很好；u": 1, - "当然一些生物学领域深耕细作基础深厚的团队运用起成像技术更能够做出漂亮的工作，比如对神经元突触的成像。uo": 1, - "使用超分辨成像是为": 1, - "narrow": 1, - "范围，因为多色成像工作更是数不胜数。所以除了，我只需要想想其它的超分辨成像手段，比如": 1, - "、、": 1, - "甚至": 1, - "在多色成像上的一些进展如何即可。tockhammer此外，也只是": 1, - "这类依赖于": 1, - "diffusive": 1, - "probe": 1, - "的超分辨成像手段的分支，所以还可以看到有些直接用一些染料小分子做的多色超分辨。比如用": 1, - "ile": 1, - "ed": 1, - "对细菌的多色超分辨成像。pahn": 1, - "比较偏门的就是拉曼成像，不过这个信号弱是硬伤，而且它的超分辨是超它自己的分辨率极限。ian": 1, - "另外针对多色超分辨成像数据的分析也是难题。in": 1, - "文献阅读列表": 1, - "在": 1, - "阅读了": 1, - "`dvpages\"eadingmdnotes\"": 1, - "超分辨多色成像whereppfilemtimedvdate\"today\"filelength`": 1, - "篇文献": 1, - "`dataview": 2, - "novelty": 2, - "\"创新点\"": 2, - "journal": 2, - "\"期刊\"": 2, - "publishdate": 2, - "\"日期\"": 2, - "citedtimes": 2, - "\"引用\"": 2, - "\"eadingmdnotes\"": 2, - "超分辨多色成像": 2, - "filemtime": 4, - "datetoday": 2, - "dur": 1, - "day": 1, - "filetags": 1, - "!": 1, - "\"综述\"": 1, - "`": 2, - "otal": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "在多色成像上就有好多工作，比如比较经典的": 1, - 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"nile": 4, - "red": 4, - "最快实现超分辨成像是": 1, - "min，anylchuk感觉这里可能是非常勉强够用的。至于": 1, - "做超分辨的空间分辨率，无论是xy还是z，基本上还是有保障。而细胞膜跟基底面的空隙一般也就在": 1, - "nm": 1, - "左右iebelai。说实话这个厚度，估计四面体大了是很难扩散进去的。": 1, - "这是从eica公司关于显微镜产品的技术说明，左侧是普通，右侧是。确实看的就是": 1, - "cell": 1, - "adhesion": 1, - "基底面，细胞（breast": 1, - "carcinoma": 1, - "tumor": 1, - "cell）黏附蛋白直接就是一片绿。当然了这里不是单分子成像，也没有，所以看着就是一片绿。": 1, - "看e": 1, - "u": 1, - "用": 1, - "和": 1, - "拍的细胞膜anylchuk，其实也是绿油油的一片。但是这里拍的z轴估计比较厚，然后拍的是上表面。特别需要注意这里用的": 1, - "添加了比较短的烷基链修饰。不过我不用对z轴分辨率担心，毕竟人家cience中都能看几十个纳米的折纸。inuma": 1, - "另外又查到另外一篇用对微米的表面修饰的微球做的表征，也是用到像散的方法做": 1, - "，我干脆问了一下高兆帅，像散方法拿到z轴分辨率大概就是": 1, - "nm。所以这个分辨率，其实我是很难判断这种高度的变化的。所以这大概就是为什么大家都不去做的原因。": 1, - "至于细胞表面形貌成像，无论是，还是一些电阻抗的扫描显微镜，都可以做得很好，而且现在来讲速度也上来了。eitao": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "确认能否直接拍": 1, - "date": 1, - "内容": 1, - "前面已经确认过，ungmann提供的三维的": 1, - "需要额外的硬件，一个什么": 1, - "cylinder": 1, - "lens，通过光学像散的方式实现。inuma": 1, - "但另外一篇文章又说不需要什么光学切片，但仔细看了一下还是要用像散获取z轴信息，只是因为diffusive": 1, - "probe没有结合的时候是被淬灭完全没有荧光的（这种结合到靶标才会亮的性质就叫做），所以无需考虑背景问题。hung": 1, - 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"荧光寿命成像与": 1, - "的结合，能搞出来多色成像的花样。不同的荧光染料分子，可能光谱性质很接近，但是荧光寿命可能差异很大。": 1, - "dhikari": 1, - "利用这个染料分子瞬时二聚化红移的特点做，实现了对真核细胞内脂滴的超分辨成像，分辨率可达nm。": 1, - "chermelleh": 1, - "面向生物学家和用户的关于各种超分辨荧光成像的综述介绍。示意图很漂亮。⭐": 1, - "in": 1, - "数据分析方法，可以从稠密的数据中发现特定的": 1, - "pattern，实现自动化的圈选。": 1, - "u": 1, - "利用统计学的一些方法，硬是把数据后处理最终得到分辨率给提高了很多，神乎其技！有空一定要尝试一下。⭐": 1, - "uyang": 1, - "用深度学习的方式，可以利用最多少两个数量级的采集帧数（单分子定位成像，），重构出结构。需要wildfield的reference，重构出来的结构又要进行卷积生成图像跟": 1, - "reference": 1, - "做差值，作为": 1, - "loss": 1, - "function。这个思路其实听上去是可行的，而且在一些常见的结构，如微管和线粒体上取得了较好的结果。⭐": 1, - "aylor": 1, - "用对纳米金棒成像，用到了一种特殊的荧光染料，避免plasmon": 1, - "resonance对于荧光单分子定位的影响aab。": 1, - "alzarotti": 1, - "诺奖得主在的基础上进一步发展出了": 1, - "，分辨率到": 1, - "nm。": 1, - "eghin": 1, - "当高内涵加上超分辨（主要是d），实现对细胞的高通量成像和自动化数据预处理分析，cool。⭐": 1, - "lom": 1, - "介绍超分辨成像的综述，有空可以简单看看。": 1, - "aab": 1, - "plasmonic": 1, - "coupling": 1, - "效应能够导致单分子定位的位置发生偏移。所以纳米金附近有荧光，会对荧光单分子定位产生影响，这个很神奇。⭐": 1, - "auer": 1, - "单分子定位成像技术在真核细胞成像中的应用介绍，大综述，先说了不少有机荧光染料的内容。⭐": 1, - "ish": 1, - "介绍了一下全内反射显微镜的基础知识，以及用于细胞膜表面的一些研究。": 1, - "haronov": 1, - "概念最早出现的文章，用的是尼罗红（ile": 1, - "ed）染料去染": 1, - "liposome，分辨率还可以，是超分辨。速度很快，因为染料在膜上的停留时间只有": 1, - "ms。⭐": 1, - "`adnote": 1, - "小结": 1, - "collapse": 1, - "open": 1, - "单分子超分辨成像是目前成像领域的最前沿，追求的就是更高的时空分辨率，还有更多的颜色。但事实上很多时候都是": 1, - "tradeoff，在实际使用中也有很多地方需要": 1, - "optimization。总的来说，可以优化的，既有光学硬件的设计，也有样品制备的优化，还有数据采集和分析高通量自动化方面的各种努力。所以单分子成像领域目前的主要问题，其实就是让它变得好用起来，以及有更多有意义的用途，真正助力生物医学研究。要让「旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家」。": 1, - "`": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 2, - "单分子成像": 1, - "date": 1, - "单分子成像是": 1, - "超分辨成像的大背景，这个领域目前发展到什么样的阶段，可以简单看看。": 1, - "oelho": 3, - "是": 1, - "工作的后续啊，这个主动式的三维漂移校正平台，发完cience": 1, - "dvances": 1, - "再发": 1, - "ature": 1, - "protocol，其实也挺好的。": 1, - "urd": 1, - "提出了一种算法能够完成对圆环形的": 1, - "pattern": 1, - "（点累积结果）的识别。": 1, - "ischer": 1, - "基于超分辨成像，发展了一种定量化的单分子共定位分析手段，能够解析蛋白复合体。⭐": 1, - "peiser": 1, - "利用深度学习算法，实现对稠密的成像数据的单分子定位分析（一般的要求稀疏的单分子荧光信号），从而提高成像速度。": 1, - "unbul": 1, - "搞了一种": 1, - "aptamer（核酸适配体），可以对罗丹明染料有非常快结合解离速度，然后就造成快速的": 1, - "blinking，非常好的思路。这个": 1, - "aptamer": 1, - "可以共价表达到": 1, - "上，cool。⭐": 1, - "使用主动式的三维漂移校正平台，实现对细胞内分子距离的测定，这样就可以解决": 1, - "的漂移校正的问题。": 1, - "iekmann": 1, - "成像速度和成像质量很难兼得，此文给出了一个比较好的成像方案，关于激光功率等各项参数调优。⭐": 1, - "wosch": 1, - "实现在细胞里边的三维多色成像。": 1, - "ou": 1, - "侯尚国hangguo": 1, - "ou师兄的大作，目前最好的单分子三维实时示踪成像技术。": 1, - "imenez": 1, - "详细介绍了的成像样品制备。⭐": 1, - "levanski": 1, - "兼容": 1, - "d": 1, - "的自动化多色成像方案。可想而知目前超分辨多色成像存在费时费力的情况。": 1, - "i": 1, - "使用深度学习来实现": 1, - "sm": 1, - "数据的自动分类分析。也跟人讲过。": 1, - "a": 1, - "ongjian": 1, - "ao的相关特色工作，加电场控制，可以测定单个蛋白质分子的一些属性，不过涉及到比较复杂的数据分析过程。我之前跟人组会上分享过。": 1, - "ockl": 1, - "单分子超分辨成像的综述，面向应用提出了一些challenge。⭐": 1, - "hin": 1, - "用单分子成像的方法定量检测内源提取纯化的micro，发就有点意思了。⭐": 1, - "hiele": 1, - "荧光寿命成像与": 1, - "的结合，能搞出来多色成像的花样。不同的荧光染料分子，可能光谱性质很接近，但是荧光寿命可能差异很大。": 1, - "dhikari": 1, - "利用这个染料分子瞬时二聚化红移的特点做，实现了对真核细胞内脂滴的超分辨成像，分辨率可达nm。": 1, - "chermelleh": 1, - "面向生物学家和用户的关于各种超分辨荧光成像的综述介绍。示意图很漂亮。⭐": 1, - "in": 1, - "数据分析方法，可以从稠密的数据中发现特定的": 1, - "pattern，实现自动化的圈选。": 1, - "u": 1, - "利用统计学的一些方法，硬是把数据后处理最终得到分辨率给提高了很多，神乎其技！有空一定要尝试一下。⭐": 1, - "uyang": 1, - "用深度学习的方式，可以利用最多少两个数量级的采集帧数（单分子定位成像，），重构出结构。需要wildfield的reference，重构出来的结构又要进行卷积生成图像跟": 1, - "reference": 1, - "做差值，作为": 1, - "loss": 1, - "function。这个思路其实听上去是可行的，而且在一些常见的结构，如微管和线粒体上取得了较好的结果。⭐": 1, - "aylor": 1, - "用对纳米金棒成像，用到了一种特殊的荧光染料，避免plasmon": 1, - "resonance对于荧光单分子定位的影响aab。": 1, - "alzarotti": 1, - "诺奖得主在的基础上进一步发展出了": 1, - "，分辨率到": 1, - "nm。": 1, - "eghin": 1, - "当高内涵加上超分辨（主要是d），实现对细胞的高通量成像和自动化数据预处理分析，cool。⭐": 1, - "lom": 1, - "介绍超分辨成像的综述，有空可以简单看看。": 1, - "aab": 1, - "plasmonic": 1, - "coupling": 1, - "效应能够导致单分子定位的位置发生偏移。所以纳米金附近有荧光，会对荧光单分子定位产生影响，这个很神奇。⭐": 1, - "auer": 1, - "单分子定位成像技术在真核细胞成像中的应用介绍，大综述，先说了不少有机荧光染料的内容。⭐": 1, - "ish": 1, - "介绍了一下全内反射显微镜的基础知识，以及用于细胞膜表面的一些研究。": 1, - "haronov": 1, - "概念最早出现的文章，用的是尼罗红（ile": 1, - "ed）染料去染": 1, - "liposome，分辨率还可以，是超分辨。速度很快，因为染料在膜上的停留时间只有": 1, - "ms。⭐": 1, - "`adnote": 1, - "小结": 1, - "collapse": 1, - "open": 1, - "单分子超分辨成像是目前成像领域的最前沿，追求的就是更高的时空分辨率，还有更多的颜色。但事实上很多时候都是": 1, - "tradeoff，在实际使用中也有很多地方需要": 1, - "optimization。总的来说，可以优化的，既有光学硬件的设计，也有样品制备的优化，还有数据采集和分析高通量自动化方面的各种努力。所以单分子成像领域目前的主要问题，其实就是让它变得好用起来，以及有更多有意义的用途，真正助力生物医学研究。要让「旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家」。": 1, - "`": 1 - }, - "timestamp": 1636627094000 - }, - "02-Reading/2-topics/成像/VAE分子共振荧光增强.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "分子共振荧光增强": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "文献调研": 1, - "分子共振": 1, - "molecular": 1, - "resonance，分子共振，比如，就是通过这种方式实现了能量从": 1, - "donor": 1, - "到": 1, - "receptor": 1, - "的转移。现如今我们手上有一种": 1, - "分子，似乎也存在这种共振，但的共振似乎是自身或者是跟胆固醇。": 1, - "共振结构是年鲍林": 1, - "auling创立的一种分子结构理论。": 1, - "分子hou具有效应，这种分子存在振动，如果把它卡住在一种构象，会有荧光峰出现。这种分子振动在多个分子间可能出现分子共振。": 1, - "费米共振": 1, - "费米共振的理论是在年由ermi提出的。他在研究了的振动光谱后发现，的弯曲振动谱的倍频×cmcm本应该在拉曼谱中比在红外谱中弱，但是在拉曼光谱中却出现了两个强峰cm和cm，同时本应该出现的对称伸缩振动的强峰消失。ermi把这一现象称为费米共振（ermi": 1, - "esonance），是两个具有相同对称性的能量相近的振动能级互相耦合的结果。": 1, - "费米共振是一种广泛存在于分子内和分子间的分子振动耦合（mechanically）和能量转移现象。分子内的费米共振现象由某个基团的基频和另一个基团的组频或某两个基团的和频发生耦合而产生。": 1, - "所以我觉得这应该是一种费米共振现象。但是具体的现象我是不大清楚的。": 1, - "法诺共振": 1, - "在物理学中，": 1, - "法诺共振（ano": 1, - "resonance）是一种会产生非对称线形的散射共振现象。背景和共振散射之间的干涉产生一种非对称的线形。": 1, - "感觉这是一个光学现象，可以问高兆帅。但估计不是这里的机制。": 1, - "费米共振的一些研究": 1, - "!asted": 3, - "image": 3, - "png": 3, - "分子间的费米共振tride。": 1, - "注意这种措辞，vibrational": 1, - "coupling": 1, - "effectaiz。不过还有一个需要厘清的，是": 1, - "similar": 1, - "mechanism，因为如果是发射的光波产生的后继影响。": 1, - "这似乎也是一个分子间的费米共振的例子。ui": 1, - "其它文献": 1, - "aselwandter，讲": 1, - "peizo": 1, - "蛋白的，跟": 1, - "cell": 1, - "mechanosensitivity": 1, - "有关，今年拿了诺贝尔生理与医学奖好像。": 1, - "iang，似乎是从模拟的角度研究三聚体蛋白（": 1, - "peizo）的动态。": 1, - "hang，田禾院士团队弄的": 1, - "分子，跟蝴蝶一样的形态，可机械振动，伸展态有红色荧光。": 1, - "redenbeck，综述，通过拉曼光谱来研究分子振动，这个是基本操作了。": 1, - "ang，费米共振用于受激拉曼。": 1, - "roehlich，研究有费米共振的气体分子": 1, - "hosh，氢键诱发的分子内不同基团的费米共振": 1, - "an，检测两个分子间的费米共振，，算是物理学的顶刊把，湖南大学有个老师参与。": 1, - "atakeyama，做的，利用硼和氮的相反的共振效应，基于策略（hermally": 1, - "activated": 1, - "delayed": 1, - "fluorescence）设计的新型发光材料，可以有很窄的蓝光光谱。有点意思。": 1, - "acaluso，这篇文章把概念分得很清楚，分子内的叫做structural": 1, - "fluctuations，": 1, - "分子间的叫做": 1, - "vibronic": 1, - "interactions。": 1, - "afiq，这个发表在hem上的文章是一个典型的分子内的费米共振的应用。⭐": 1, - "odgers，用费米共振效应测量两个近红外探针的氢键结合状态。": 1, - "chnedermann，指出vibronic": 1, - "couplingwwwnaturecomarticlessz": 1, - "的重要性，对于分子系统的": 1, - "efficient": 1, - "energy": 1, - "flow": 1, - "，ature": 1, - "hemistry": 1, - "的大作。不过这个是原子核跟电子的振动耦合⭐elor": 1, - "hkirman，感觉荧光激发过程也容易受到费米共振的影响": 1, - "un，针尖增强拉曼光谱中的激活振动模式和费米共振": 1, - "ergauwe，水的振动强耦合对酶活性的影响": 1, - "ojcik，二聚体中的费米共振的模拟模型研究": 1, - "ianga，该工作在三甲胺水团簇中，氢键结合的伸缩振动与水分子的多种运动模式（平动、摇摆和弯曲）发生了强烈的费米共振，从而产生了异常复杂的多组伸缩振动谱峰。": 1, - "其它相关内容": 1, - "!膜张力的情况": 1, - "!蛋白分子振动": 1, - "小结": 1, - "现有的工作基础可能跟膜张力无关，而跟分子间共振相关，距离费米共振这种很物理化学的领域（而且感觉主要是一些做能源化学机理研究的人在搞，相对比较冷门）还有较大的距离，建议如下：": 1, - "核心问题是如何驾驭分子间共振从而影响能量传递效率？": 1, - "解决方案是利用框架核酸的精确调控控制距离（分子排布）": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "分子共振荧光增强": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "文献调研": 1, - "分子共振": 1, - "molecular": 1, - "resonance，分子共振，比如，就是通过这种方式实现了能量从": 1, - "donor": 1, - "到": 1, - "receptor": 1, - "的转移。现如今我们手上有一种": 1, - 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"iang，似乎是从模拟的角度研究三聚体蛋白（": 1, - "peizo）的动态。": 1, - "hang，田禾院士团队弄的": 1, - "分子，跟蝴蝶一样的形态，可机械振动，伸展态有红色荧光。": 1, - "redenbeck，综述，通过拉曼光谱来研究分子振动，这个是基本操作了。": 1, - "ang，费米共振用于受激拉曼。": 1, - "roehlich，研究有费米共振的气体分子": 1, - "hosh，氢键诱发的分子内不同基团的费米共振": 1, - "an，检测两个分子间的费米共振，，算是物理学的顶刊把，湖南大学有个老师参与。": 1, - "atakeyama，做的，利用硼和氮的相反的共振效应，基于策略（hermally": 1, - "activated": 1, - "delayed": 1, - "fluorescence）设计的新型发光材料，可以有很窄的蓝光光谱。有点意思。": 1, - "acaluso，这篇文章把概念分得很清楚，分子内的叫做structural": 1, - "fluctuations，": 1, - "分子间的叫做": 1, - "vibronic": 1, - "interactions。": 1, - "afiq，这个发表在hem上的文章是一个典型的分子内的费米共振的应用。⭐": 1, - "odgers，用费米共振效应测量两个近红外探针的氢键结合状态。": 1, - "chnedermann，指出vibronic": 1, - "couplingwwwnaturecomarticlessz": 1, - "的重要性，对于分子系统的": 1, - "efficient": 1, - "energy": 1, - "flow": 1, - "，ature": 1, - "hemistry": 1, - "的大作。不过这个是原子核跟电子的振动耦合⭐elor": 1, - "hkirman，感觉荧光激发过程也容易受到费米共振的影响": 1, - "un，针尖增强拉曼光谱中的激活振动模式和费米共振": 1, - "ergauwe，水的振动强耦合对酶活性的影响": 1, - "ojcik，二聚体中的费米共振的模拟模型研究": 1, - "ianga，该工作在三甲胺水团簇中，氢键结合的伸缩振动与水分子的多种运动模式（平动、摇摆和弯曲）发生了强烈的费米共振，从而产生了异常复杂的多组伸缩振动谱峰。": 1, - 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"diffusion的高精度测量。⭐️": 1, - "ateuegue": 1, - "用来分析结合蛋白跟的相互作用⭐️": 1, - "ies": 1, - "有非常详细的从荧光信号trace到扩散系数求解的计算公式": 1, - "⭐️": 3, - "igler": 1, - "pringer出版社关于专门的指导书，更为详细。": 1, - "auer": 1, - "同样时方面的指导书": 1, - "ezgin": 1, - "使用测量膜蛋白diffusion的protocol": 1, - "hang": 1, - "使用查看纳米颗粒吸附的蛋白冠": 1, - "ei": 1, - "使用查看disorderd": 1, - "protein": 1, - "的相分离": 1, - "u": 1, - "一种过渡金属组成的二维纳米材料，具有相关闪烁特性，可以用技术分析。": 1, - "assler": 1, - "用来做，有提高信噪比和光子监测速度的作用，但要求很高的成像速度，差不多": 1, - "us。": 1, - "ian": 1, - "交大化院董朝青老师技术的一个实际使用，也是我们最后获得数据的设备方法，一定要研读和引用。⭐️": 1, - "`adinfo": 1, - "补充说明": 1, - "collapse": 1, - "open": 1, - "还是一个非常有用的技术，其核心还是在于自相关分析，以及背后的统计学原理（泊森分布），有空的话完全可以拿的数据尝试做这样的分析。": 1, - "`": 1, - "eidemann": 1, - "简述了技术用于研究细胞内的分子运动。不仅仅是自由扩散，还有好多种复杂形式，比如拥挤环境，网状组织中的分子扩散运动都具有显著不同的": 1, - "pattern。": 1, - "ucksch": 1, - "alf": 1, - "ungmann": 1, - "参与的用": 1, - "研究界面结合解离事件的工作。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 2, - "荧光相关光谱成像": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "文献调研": 1, - "我们的文章还需要": 1, - "size": 1, - "影响了": 1, - 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"us。": 1, - "ian": 1, - "交大化院董朝青老师技术的一个实际使用，也是我们最后获得数据的设备方法，一定要研读和引用。⭐️": 1, - "`adinfo": 1, - "补充说明": 1, - "collapse": 1, - "open": 1, - "还是一个非常有用的技术，其核心还是在于自相关分析，以及背后的统计学原理（泊森分布），有空的话完全可以拿的数据尝试做这样的分析。": 1, - "`": 1, - "eidemann": 1, - "简述了技术用于研究细胞内的分子运动。不仅仅是自由扩散，还有好多种复杂形式，比如拥挤环境，网状组织中的分子扩散运动都具有显著不同的": 1, - "pattern。": 1, - "ucksch": 1, - "alf": 1, - "ungmann": 1, - "参与的用": 1, - "研究界面结合解离事件的工作。": 1 - }, - "timestamp": 1636417344000 - }, - "02-Reading/2-topics/成像/DNA-PAINT超分辨成像.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "超分辨成像": 1, - "date": 1, - "超分辨成像可以说是我博士后期间了解最多的领域，这部分的内容非常丰富，但由于我中间切换了好几次文献管理库。所以目前的分类状态比较混乱。这里只是作为一个目录性质的存在。": 1, - "主要概念": 1, - "chueder": 4, - "vanee": 1, - "klund": 1, - "uang": 1, - "i": 1, - "ia": 1, - "iu": 2, - "ieves": 1, - "tein": 1, - "chnitzbauer": 2, - "ungmann": 5, - "ikic": 1, - "inuma": 2, - "用对折纸结构进行立体成像，z轴分辨率也相当不错，cience大作。": 1, - "，超分辨多色成像，用到了柱面透镜？在另外一篇cience中说得更加清楚点。inuma": 1, - "的开山之作。⭐️": 1, - "haronov": 1, - "用尼罗红染料和liposome体系第一次提出了超分辨成像的概念，值得注意的是他们处理数据的时候，先对数据基于傅里叶变换做了降噪处理，但是我之前做降噪处理似乎是有问题的。另外一篇更早的文章中ei，已经想到了": 1, - "diffusion": 1, - "controlled": 1, - "collision": 1, - "产生这种单分子荧光": 1, - "burst。注意此文还给出了一个碰撞速率跟浓度以及扩散系数的公式。⭐️": 1, - "多色成像": 1, - "levanski": 2, - "uo": 2, - "ade": 2, - "uer": 2, - "omezarcia": 1, - "utz": 1, - "pahn": 1, - "u": 2, - "gasti": 1, - "ang": 5, - "erbin": 1, - "oehrstein": 1, - "in": 3, - "技术优化": 1, - "我认为最大的优点就是能超多色成像（见的多色成像），但是也存在很多问题，首当其冲就是速度慢，自动化程度（见微流控系统调研）也亟待提高。此外对我这种入门的，漂移校正也很重要，不然分辨率根本上不去（单分子成像的漂移校正）。当然了，成像的背景以及成像的视野大小等等，都需要不断改进。所以在这项技术的优化上也有很多改进。不过我觉得这项技术如果是瞄准细胞成像，还是有它致命的缺陷，跟、": 1, - "和": 1, - "有很大的差距。": 1, - "hang": 2, - "lowsley": 1, - "eertsema": 2, - "hung": 1, - "ilius": 1, - "olland": 1, - "trauss": 1, - "rchetti": 1, - "chlichthaerlea": 1, - "ogratedrissi": 1, - "tehr": 1, - "lumhardt": 1, - "chlichthaerle": 2, - "traussa": 1, - "eghin": 1, - "ee": 1, - "相关应用": 1, - "ickinson": 1, - "ubner": 1, - "ustafa": 1, - "rockman": 1, - "hen": 1, - "ickham": 1, - "数据分析": 1, - "oelho": 1, - "通过硬件主动克服漂移校正，好像还有一个不错的应用oelho，因为从源头上克服了漂移之后，产生高质量单分子信号的效率就从根本上改善了。": 1, - "urd": 1, - "另一种超分辨成像图案模式识别和重构的方法。": 1, - "!asted": 7, - "image": 7, - "png": 7, - "imenez": 1, - "详细介绍了做细胞的超分辨成像时候样品制备和一些实验方法细节上的内容。⭐": 1, - "alinovic": 1, - "使用红色的荧光小球，": 1, - "nm": 1, - "大小的能够取得相对较好的漂移校正效果。": 1, - "解决超分辨图像中的模式识别问题。": 1, - "用经典的统计学方法完成数据后续分析提升分辨率。": 1, - "alf": 1, - "做和picasso数据分析软件的protocol": 1, - "rover": 1, - "通过硬件实时主动调整，克服漂移": 1, - "用同时采集的明场通道作为marker用于漂移校正": 1, - "主要是用于自动漂移校正的方法。": 1, - "anterle": 1, - "介绍了": 1, - "ourier": 1, - "ring": 1, - "correlation": 1, - "作为超分辨成像的分辨率方法，给出了比较容易明白的": 1, - "分析过程。还可以通过滤波": 1, - "filter": 1, - "实现更好的成像效果。": 1, - "oho": 1, - "提供了基于python的软件工具包，包括": 1, - "的分析和去卷积。": 1, - "ieuwenhuizen": 1, - "主要是用": 1, - "来测定图像的分辨率，基本原理还是要单个解构分成两张图，然后做傅里叶变换，然后计算相关。注意对于低空间频率，曲线接近统一对于高空间频率，噪声占主导，衰减到。图像分辨率被定义为曲线低于给定阈值的空间频率的倒数，阈值等于≈最适合于定位显微镜图像。图像傅里叶变换结果如下图所示：": 1, - "hao": 1, - "这篇文章提出了稀疏去卷积（parse": 1, - "deconvolution）方法，结合i系统可实现目前活细胞光学成像中最高空间分辨率（nm）下，速度最快（z）、成像时间最长（小时以上）的超分辨成像。⭐": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "超分辨成像": 1, - "date": 1, - "超分辨成像可以说是我博士后期间了解最多的领域，这部分的内容非常丰富，但由于我中间切换了好几次文献管理库。所以目前的分类状态比较混乱。这里只是作为一个目录性质的存在。": 1, - "主要概念": 1, - "chueder": 4, - "vanee": 1, - "klund": 1, - "uang": 1, - "i": 1, - "ia": 1, - "iu": 2, - "ieves": 1, - "tein": 1, - "chnitzbauer": 2, - "ungmann": 5, - "ikic": 1, - "inuma": 2, - "用对折纸结构进行立体成像，z轴分辨率也相当不错，cience大作。": 1, - "，超分辨多色成像，用到了柱面透镜？在另外一篇cience中说得更加清楚点。inuma": 1, - "的开山之作。⭐️": 1, - "haronov": 1, - "用尼罗红染料和liposome体系第一次提出了超分辨成像的概念，值得注意的是他们处理数据的时候，先对数据基于傅里叶变换做了降噪处理，但是我之前做降噪处理似乎是有问题的。另外一篇更早的文章中ei，已经想到了": 1, - "diffusion": 1, - "controlled": 1, - "collision": 1, - "产生这种单分子荧光": 1, - "burst。注意此文还给出了一个碰撞速率跟浓度以及扩散系数的公式。⭐️": 1, - "多色成像": 1, - "levanski": 2, - "uo": 2, - "ade": 2, - "uer": 2, - "omezarcia": 1, - "utz": 1, - "pahn": 1, - "u": 2, - "gasti": 1, - "ang": 5, - "erbin": 1, - "oehrstein": 1, - "in": 3, - "技术优化": 1, - "我认为最大的优点就是能超多色成像（见的多色成像），但是也存在很多问题，首当其冲就是速度慢，自动化程度（见微流控系统调研）也亟待提高。此外对我这种入门的，漂移校正也很重要，不然分辨率根本上不去（单分子成像的漂移校正）。当然了，成像的背景以及成像的视野大小等等，都需要不断改进。所以在这项技术的优化上也有很多改进。不过我觉得这项技术如果是瞄准细胞成像，还是有它致命的缺陷，跟、": 1, - "和": 1, - "有很大的差距。": 1, - "hang": 2, - "lowsley": 1, - "eertsema": 2, - 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"flashlamp": 1, - "的暗场成像技术uan，说是能够检测纳米金颗粒的自由运动，神奇。其实就是要超快拍摄。": 1, - "henouard": 1, - "这个是多种数据分析处理方法的比较。": 1, - "ho": 1, - "利用cy转换为cy的机制，开发了一套可以用于密集对象的的技术，对蛋白进行了追踪成像。": 1, - "eschout": 1, - "单分子定位的基本概念讲的很清楚，有助于硬件优化和数据分析。": 1, - "eng": 1, - "一个对纳米金刚石在细胞里边的，不仅看位置变化，还能同时获取旋转变化信息。里边有不少关于": 1, - "rotation": 1, - "的引文，可以收藏。⭐": 1, - "olsteen": 1, - "似乎是有一块特殊的透镜，然后就能用实现的多个颗粒的追踪（两个点变六个）。最重要的是这个范围还挺大的。": 1, - "ou": 3, - "侯师兄": 1, - "ealtime": 3, - "的": 1, - "protocol，比较详细，从光路到软件设置": 1, - "侯师兄用": 1, - "看了一个病毒颗粒": 1, - "landing": 1, - "on": 1, - "living": 1, - "cell": 1, - "的过程，可惜这个技术通量太低，没有观察病毒进入细胞的过程": 1, - "oua": 1, - "侯师兄关于": 1, - "的小综述，对于细胞和分子体系的运动的时空尺度总结得不错。": 1, - "侯师兄代表作，详细展示了": 1, - "。": 1, - "aqaman": 1, - "早期介绍活细胞单颗粒二维示踪数据分析方法的文章": 1, - "in": 1, - "提出了一个fanshaped": 1, - "tracker": 1, - "算法用于分析亚细胞囊泡运动轨迹。其实就是一个扇形区域搜索，然后计算是下一个连续轨迹上的点的可能性。这种算法主要是解决漏帧问题。missing": 1, - "point": 1, - "of": 1, - "trajectory。": 1, - "erkhoff": 1, - "关于二维": 1, - "数据分析方面的综述文章": 1, - "ouoang": 1, - "离心力显微镜（），看上去主要是检测结合力的。样品预先结合在界面上，转起来后如果离开界面，会出现离焦的图像变化。有点新奇。⭐": 1, - "owalek": 1, - "用神经网络对二维的的trajectory数据进行特征分类。具有很高的借鉴意义，不过如果我们提供三维轨迹是否更有优势，这个可能在具体场景上（比如竖直穿膜过程，平面缺乏z轴信息）会有很大差异。⭐": 1, - "urzthalererbinoartinez": 1, - "提到了一个概念：ifferential": 1, - "ynamic": 1, - "icroscopy（），感觉就是基于成像对运动轨迹分析得到什么，后面再具体了解。⭐": 1, - "inden": 1, - "使用隐马尔可夫算法对": 1, - "轨迹数据进行分析": 1, - "anzo": 1, - "关于方方面面比较全面的综述，年以前的文章暂时不用细看，就看这篇综述即可。⭐name": 1, - "ibatabase": 1, - "is": 1, - "not": 1, - "defined": 1, - "patovski": 1, - "的多色成像，有点意思。⭐": 1, - "ian": 1, - "早期关于二维的综述文章吧。": 1, - "axton": 1, - "扩散系数分布相关的早期工作": 1, - "的大综述，非常全面。⭐": 1, - "avakoli": 1, - "相当于是用追踪一个载药的lipid": 1, - "droplet，发现其运动与表面带电相关。": 1, - "hal": 1, - "量子点标记神经元上的蛋白分子": 1, - "inevez": 1, - "rackate这个mage插件，可以用于的数据分析，我已经使用过。⭐": 1, - "voniezmann": 1, - "三维单分子定位超分辨成像和单分子示踪方面的综述": 1, - "ang": 1, - "技术在细胞研究方面的综述": 1, - "asim": 1, - "关于细胞膜蛋白的的综述": 1, - "粗略浏览了一些文献之后，有以下体会：": 1, - "查一个关键词，最好是五年以内的文献，更早之前的除非是高引，否则可以等到后面溯源的时候再看。": 1, - "如果是比较陌生的，希望有比较系统全面的认知，优先看综述。": 1, - "作为一个技术，目前的应用似乎还不是很多。": 1, - "侯尚国师兄的": 1, - "ealime": 1, - 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"有人在知乎问我怎么没有": 1, - "mdnotes": 1, - "目录，才发现自己打包漏掉了，干脆下个月再补发一个包，并建议大家": 1, - "git": 1, - "clone": 1, - "而不是下载最新的": 1, - "release。我这个": 1, - "v": 1, - "得删除。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "x": 2, - "多喝水，避免久坐不动": 1, - "阅读一篇文献": 1, - "racking": 1, - "以后还是定期发布吧！有bug可以着急修改，改了就到中去记录一下。但是不要着急去git同步甚至发布": 1, - "release。导出了模板库之后，记得打开检查一下。避免出现什么未知的问题。": 1, - "下午又费了不少功夫修整obsidian教程，哎。我觉得这回应该是差不多了。后面真的真的不能花费太多时间在这个上边了。周小结": 1, - "上午完成了一个帮忙整大创申请书的任务，算是对信息加密存储这来龙去脉的文献做了一下梳理吧。": 1, - "有人在知乎问我怎么没有": 1, - "mdnotes": 1, - "目录，才发现自己打包漏掉了，干脆下个月再补发一个包，并建议大家": 1, - "git": 1, - "clone": 1, - "而不是下载最新的": 1, - "release。我这个": 1, - "v": 1, - "得删除。": 1 - }, - "timestamp": 1648727996000 - }, - "01-Diary/日志存档/2022-03-30.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "多喝水，避免久坐不动": 1, - "遵守作息时间表": 1, - "x": 1, - 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"jungmann。": 1, - "开完了小组会，好像给自己定了一个目标，下周争取把文章框架整理好。然后实现回学校就补数据就ok了的状态。": 1, - "老婆发烧到，本来都躺到床上了，还得起来继续工作。病因推测是上次骑电瓶车去五院，路上可能吹风导致受寒了。": 1, - "又到了一周小组会，总不能说自己从头到尾都在忙活自己的兴趣爱好，疯狂撰写obsidian教程吧。算了，算了，讲点文献。小组会": 1, - "补充记录，今天上海发布报告我们小区有确诊病例，所以疫情封控还在继续，中午又再次去做了核酸。": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "补充记录以下，帮李茜p了一张他们线上存储会议的合照。": 1, - "今天到目前为止，又写了两小节obsidian教程的内容。写作速度明显变慢。": 1, - "早上七点半起床，洗漱，早餐，出恭，八段锦，这一套下来很快就一个小时过去了。不得不说八段锦还是很有舒展身体的效果，做完精气神好像都被激活了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "x": 5, - "多喝水，避免久坐不动": 1, - "遵守作息时间表": 1, - "阅读一篇文献": 1, - "准备小组会汇报内容（就讲文献）": 1, - "继续写一两节obsidian教程": 1, - "racking": 1, - "又增加了一个": 1, - "authorcount": 1, - "的功能，可以从文献库中提取作者并统计，看看我看谁的文章最多。毫无疑问是": 1, - "jungmann。": 1, - "开完了小组会，好像给自己定了一个目标，下周争取把文章框架整理好。然后实现回学校就补数据就ok了的状态。": 1, - "老婆发烧到，本来都躺到床上了，还得起来继续工作。病因推测是上次骑电瓶车去五院，路上可能吹风导致受寒了。": 1, - "又到了一周小组会，总不能说自己从头到尾都在忙活自己的兴趣爱好，疯狂撰写obsidian教程吧。算了，算了，讲点文献。小组会": 1, - 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"花了点时间完成实验室安全教育和考试的任务。": 1, - "!实验室安全培训内容docx": 1, - "!实验室安全答题docx": 1, - "帮老婆弄一下六级英语的成绩单，弄成pdf，她在华为转正要走一些必要的流程。": 1, - "胡文娟六级成绩单": 1, - "完成昨天综述修改建议剩下的一点尾巴，补全了后面的修改建议。": 1, - "!combinedv": 1, - "dzz": 1, - "xxd": 1, - "rdocx": 1, - "又完成了obsidian教程一小节，花费一个小时。本来还想接着再写一节。但是今天的事情比较多，周五晚上又要开组会，不能这么任性了。": 1, - "早上起床洗碗做早餐然后出门扔垃圾做核酸检测，时间很快就过去了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "今天过得非常充实，希望以后每天都能这样。": 1, - "x": 6, - "多喝水，避免久坐不动": 1, - "遵守作息时间表": 1, - "阅读一篇文献": 1, - "继续写一点obsidian教程": 1, - "完成综述修改建议": 1, - "把审稿的任务完成。": 1, - "racking": 1, - "再次测试一下，好的，在前面加换行符就好。": 1, - "感觉tracking的格式有点问题，多增加一些换行把！": 1, - "发现昨天对代码整理之后，paperdocxpy": 1, - "存在了bug，今天给改回来了，而且进一步对代码做了优化。": 1, - "!asted": 3, - "image": 3, - "png": 3, - "原定年月在深圳的分析化学年会因为疫情又延后了，我直接申请退费。": 1, - "又写了一节obsidian教程，主要就讲了怎么搞pdf，做标注。进一步阅读原文": 1, - "审一篇稿子，讲一个什么糖修饰的，具有良好的稳定性，在血清中不容易降解。然后用非常老套的套路看了下这个材料的细胞摄取，生物分布代谢什么的。审稿": 1, - "在obsidian教程关于草稿撰写的部分，增加了如何创建表格。": 1, - 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"剩下的明天再搞。": 1, - "!combinedv": 1, - "dzz": 1, - "xxd": 1, - "rcdocx": 1, - "!fig修改建议xxdpptx": 1, - "下午陪老婆做完产检。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "这次大排畸产检结果显示胎儿发育正常，上图中只有一个是谢合吾。虽然还在娘胎里，但是相貌已然不凡了。": 1, - "在obsidian中绘制了两个示意图放到obsidian教程第一章的小结中，不然都是文字太干巴巴的了。不过我应当克制这种美化的冲动，先力求快速完整地完成该教程的撰写计划。": 1, - "刚刚陪老婆去小区物业领取临时出入证，发现还是有不少人出入的，但都是特殊需求，比如看病就医，或者是去医院上班的。": 1, - "昨晚对目录结构做了调整，把存放了大量pdf文件的": 1, - "pdfs": 1, - "目录从": 1, - "eading": 1, - "移动到了": 1, - "ssets。然后导出": 1, - "docx": 1, - "和": 1, - "html": 1, - "的相关文件转移到": 1, - "cripts，而mdnotes则统一放置到": 1, - "eadingmdnotes。这样的安排可以使整个": 1, - "vault": 1, - "库「轻重分离」，日志、阅读笔记和其它事务记录作为纯文本文件分别存储于": 1, - "iary、eading、rojects。这三个目录轻量化之后，可以方便免费使用云同步工具，做到重要地个人信息的实时备份。": 1, - "据说疫情封控还要继续，不过好在现在封控顾及了民生，社区可以flexible放行特殊需求的人，比如今天要去做产检大排畸的老婆大人。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "多喝水，避免久坐不动": 1, - "遵守作息时间表": 1, - "阅读一篇文献": 1, - "x": 3, - "写一两节obsidian教程": 1, - 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"刚刚去拖了个地，稍微运动了一下感觉也好不少，待会儿下一个break可以做一个八段锦的体操。": 1, - "疫情封控在家，两天两天又两天。今天干嘛呢？今天好好反省一下这段时间的所作所为吧。周小结": 1, - "帮李茜下载视频转gif和mp，用到screengif，bilibili下载助手，迅雷影音。视频是清华大学李赛团队制作的新冠病毒的科普：": 1, - "!“恶魔”曝光！清华联合发布新冠病毒真实图像mp": 1, - "制作这样的视频，一方面需要有超高质量的电镜成像数据，另外一方面三维制作渲染技术也要求很好，所以这个视频值得收藏。": 1, - "各种小工具不断迭代升级，所以我现在不大想记录下该怎么操作这些软件。因为并不复杂，点两下鼠标，或者网上搜搜都能找到。而我现在记录下来的方法，将来也可能失效。所以我觉得最重要的还是不怕麻烦，然后善于搜索。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "x": 4, - "多喝水，避免久坐不动": 1, - "遵守作息时间表": 1, - "阅读一篇文献": 1, - "完成obsidian教程的部分内容": 1, - "racking": 1, - "刚刚写了不少": 1, - "obsidian": 1, - "教程相关的内容，也算是有个交代。💯": 1, - "搞完了序言，大致说了下为啥要做这个事情，书大致是什么内容，以及自己撰写计划。接下来先把目录搞定。obsidian目录": 1, - "打算开始逐步撰写《黑曜石玩家指南》，先写个序言吧。想想自己打算在这本书中写什么内容，有个什么大纲安排，然后按部就班的一章节一章节的安排。决定写obsidan教程": 1, - "刚刚去做了一次八段锦，打了好几个嗝，早餐吃的面条的味道都涌上来了。这是好事，说明这样子的运动对于胃肠道蠕动有好处，助消化。还是要多动，否则久坐会容易积食不消化。": 1, - "完成了最近一段时间的周小结，还顺带完善了本周事务归档到相对应的project": 1, - "folder": 1, - "的工具脚本。后面希望能够形成良好的工作流。": 1, - 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"另外还看了下国自然的，截止日期是月日，学校这边我还没有打听到，但估计会比较早。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "跟李茜聊了一下：": 1, - "春节假期过得如何？": 1, - "有没有兴趣长长见识，帮她搞一下大佬们的会议，回答是可以": 1, - "今年的各种安排，生娃，博后延期（要请示樊老师），文章发表，保底是两篇": 1, - "其它的工作或者兴趣，人工细胞": 1, - "了解一下基金申请的情况。": 1, - "博士后面上资助，申报开始时间为月日，截止日期是月日。这个基金还是要争取拿到。准备年度博士后面上基金申请": 1, - "另外还看了下国自然的，截止日期是月日，学校这边我还没有打听到，但估计会比较早。": 1 - }, - "timestamp": 1644482254000 - }, - "01-Diary/日志存档/2022-01-20.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "早上一来一直在搞制定公用电脑管理方案，然后整了一个盘，在这个方面的技术又有所精进，主要是各种好用的工具又变多了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "早上一来一直在搞制定公用电脑管理方案，然后整了一个盘，在这个方面的技术又有所精进，主要是各种好用的工具又变多了。": 1 - }, - "timestamp": 1642647630000 - 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"密码": 1, - "是": 1, - "game。注意更换设备登录需邮箱验证，但是我早已忘记密码，幸好已经跟手机绑定。我还是成功在僚机上安装了steam，所以之前安装失败可能还是网络拥堵的问题。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "刚刚添加了一个【uickdd📂插入路径】，可以方便指向电脑硬盘其它位置的资源，比如数据，而无需将这些很大的数据弄到vault中来。": 1, - "又到了周小结的时候了。周小结": 1, - "我的steam账户是跟qq邮箱绑定的（xxdqqcom。然后账户名则为sheldonxxd，": 1, - "密码": 1, - "是": 1, - "game。注意更换设备登录需邮箱验证，但是我早已忘记密码，幸好已经跟手机绑定。我还是成功在僚机上安装了steam，所以之前安装失败可能还是网络拥堵的问题。": 1 - }, - "timestamp": 1642379782000 - }, - "01-Diary/日志存档/2022-01-13.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "决定在僚机上安装下steam，发现网站都登不上去，或者学校校园网出于好意帮我们屏蔽掉了。最终我在超算平台自己的账户里部署了": 1, - "julia。": 1, - "摸了一下自己的肚子，真的是好几层肥肉，真的要加强锻炼减减肥了。今天下午天气不错，去锻炼一下，算是开个头。": 1, - "刚罗小骞师妹过来问我要corelraw的安装包，我顺带整理了手上有的最新版本的corelraw，搞成压缩包（存放到机械硬盘中了，并上传了实验室的企业微盘）。虽然我已经很久不用这个软件了。因为破解版有反破解的风险，需要设置防火墙和修改host屏蔽。": 1, - "修改了本周事务表的dataview查询语句，适配新的草稿模板，使用status属性，inprogress": 1, - "和": 1, - "complete": 1, - "两个标签可以省下来了，可以让标签更加有信息。": 1, - "又要重蹈覆辙吗？今天上午差不多折腾了一个上午的trilium，就跟之前搞iote，搞obsidian一样。如果时间精力总是这样浪费掉，很难有所成就啊。就好好用": 1, - "obsidian": 1, - "不行吗？": 1, - "今天戴哲泽要一口气合成和纯化从、、、、、、七个样品，干脆晚上直接所有的都做一个。": 1, - "明天上午要陪老婆去产检，实验只能让戴哲泽自己去化学楼了。": 1, - "昨天晚上让戴哲泽去做一下和的sm，发现cy通道背景很高，而通道看不到什么信号，很奇怪。最好是再订购一条docking": 1, - "strand。": 1, - "上午来了之后，决定还是把生活方面的内容，转移到trilium上面去，跟工作内容分开。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "决定在僚机上安装下steam，发现网站都登不上去，或者学校校园网出于好意帮我们屏蔽掉了。最终我在超算平台自己的账户里部署了": 1, - "julia。": 1, - "摸了一下自己的肚子，真的是好几层肥肉，真的要加强锻炼减减肥了。今天下午天气不错，去锻炼一下，算是开个头。": 1, - "刚罗小骞师妹过来问我要corelraw的安装包，我顺带整理了手上有的最新版本的corelraw，搞成压缩包（存放到机械硬盘中了，并上传了实验室的企业微盘）。虽然我已经很久不用这个软件了。因为破解版有反破解的风险，需要设置防火墙和修改host屏蔽。": 1, - "修改了本周事务表的dataview查询语句，适配新的草稿模板，使用status属性，inprogress": 1, - "和": 1, - "complete": 1, - "两个标签可以省下来了，可以让标签更加有信息。": 1, - 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"tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "晚上花了一个半小时教郑浩然师弟如何处理他的脂质体图像，两个通道的数值要求比值，首先要做漂移校正共定位，然后做除法计算，本来以为颇简单的事情，还是花费了一个半小时。最后把这个代码部署到交大超算jupyter平台上了。!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "感觉下午什么都不想做，不知道为啥？可能是稍微有空了一些？其实又进入了一个人生中的转折点，该停下来好好思考一番了。把之前的思考归纳到中，用的": 1, - "olderote插件直接归纳总结。": 1, - "刚刚看了一下股市，感觉新年以来一直在跌，我今天入手小部分增持了一些股票，算是试探性地操作。我感觉炒股这东西，每个月一两次的交易频率是ok的。": 1, - "理财": 1, - "刚刚跟郑浩然去了解了下目前confocal的情况，倍物镜存在一定的照明不均问题，但估计可以通过后处理消除。其他人拍细胞的倍油镜的还是比较均匀的。": 1, - "调整了看板的设置，任务中增加标签会被隐藏，但是会显示到卡片下方，这样可以方便从卡片新建笔记时不带上标签了。": 1, - "昨天感觉主要是去搞求职了，没能计划安排这周的事务，今天务必搞定。周小结": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "晚上花了一个半小时教郑浩然师弟如何处理他的脂质体图像，两个通道的数值要求比值，首先要做漂移校正共定位，然后做除法计算，本来以为颇简单的事情，还是花费了一个半小时。最后把这个代码部署到交大超算jupyter平台上了。!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "感觉下午什么都不想做，不知道为啥？可能是稍微有空了一些？其实又进入了一个人生中的转折点，该停下来好好思考一番了。把之前的思考归纳到中，用的": 1, - 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"view": 1, - "和": 1, - "taste。": 1, - "西安这波": 1, - "疫情": 1, - "充分暴露了当地政府城市治理能力的诸多问题，比如一码通故障体现了信息技术能力不够，再比如足八月孕妇在医院门口等到流产，体现了领导干部处事僵硬呆板甚至可以说毫无人性。而上海、成都甚至东莞，都出现过疫情的紧急情况，都得到了及时处理而没有到这种地步。": 1, - "今天上午要帮丁龙江做下实验，可以先看看之前的一些资料。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "把localize跟提取trace的两个工具代码发给了戴哲泽，让他消化吸收一下，以后这种事情可以交给他处理。另外跟他说可以考虑重构代码，做成一个本地工作站一键localize的工具。": 1, - "丁龙江的实验已经做完，感觉点很少，估计是纯化得太厉害，导致延伸链丢失。也有可能确实是纳米金的作用导致imager更难结合到桶上。确实纳米金会导致桶内伸出链的可及性下降。数据还是像上次一样分割上传到超算中心完成localize。顺便整理下代码：利用超算中心做localize": 1, - "李茜昨天跟我说要尽快找樊老师聊一下，表明自己是值得被留下来的。然后岗位估计是助理研究员，年薪税前大概是w，反正没有我现在收入高。跟老樊聊，主要讲三个方面，自己做了什么，能做什么，后面想做什么，要体现自己的": 1, - "view": 1, - "和": 1, - "taste。": 1, - "西安这波": 1, - "疫情": 1, - "充分暴露了当地政府城市治理能力的诸多问题，比如一码通故障体现了信息技术能力不够，再比如足八月孕妇在医院门口等到流产，体现了领导干部处事僵硬呆板甚至可以说毫无人性。而上海、成都甚至东莞，都出现过疫情的紧急情况，都得到了及时处理而没有到这种地步。": 1, - "今天上午要帮丁龙江做下实验，可以先看看之前的一些资料。": 1 - }, - "timestamp": 1641456502000 - 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"otes": 1, - "githubcom": 1, - "上午来了之后想搞清楚cy通道背景的问题，拿了个空白皿加纯buffer去拍然后回来分析数据就是一上午过去了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "发现工作流还是得用任务看板，新建任务，然后有必要就从看板新建页面，此时": 1, - "list": 1, - "item": 1, - "会自动反向链接到当天日志。而且也方便周小结转移内容。以及兼容关系图谱，虽然很久没有查看了。": 1, - "看了一下两位新生的期末小结，金仲超对于想做的东西还是比较清晰的，谢瑶还是踏踏实实学到了些东西。前者想做，和细胞表面的。后者想做细胞内的。谢瑶docx，金仲超docx": 1, - "去东窗台望远休息一下眼睛，顺带神游思考了一些关于存储方面的事情，详见创业上市与存储": 1, - "京东买电脑的发票终于搞齐了，财务报销这种事情就是有点烦。。": 1, - "给戴哲泽师弟说了一下，计划周五早上拍一个四种六螺旋的混合样品，需要合成几种折纸。另外他反馈新买的链（详见补充订购其它大小的imager）也到了，另外还加上": 1, - "lexaluor修饰的": 1, - "imager。但是我打算下周再搞。并建议戴哲泽管理好这些": 1, - "imager，溶解分装妥善保存于度。": 1, - "思考了下春节假期写基金本子的事情，博后面上打算写去年的同时成像工作，青基打算写要做的endocytosis内吞作用力tension测量，顺带搞清楚了目前的工作重点，就是要拿到好的微管超分辨成像图证明自己在上的能力。（见微管超分辨成像的优化）。": 1, - "午饭后尝试了一下": 1, - "trilium": 1, - "这个笔记软件，据说是高度自定义的，可以自己到服务器上架设，然后随时通过浏览器访问（感觉还是不够安全的样子）👀zadamtrilium": 1, - "uild": 1, - "your": 1, - "personal": 1, - 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"image": 1, - "png": 1, - "决定从年开始，生活方面的记录和工作日志开始合并。生活记录主要是在日志中，而工作方面的内容则以新增页面为主。多使用标签加以区别。": 1, - "房东在京东上给我们换了一个洗衣机，说今天送货到家，预约时间是个机器人电话，说要按键回复是否有空，结果我的电话刚好欠费停机，按也没用。。。所以千万不要迷信所谓人工智能，总有一些情况是难以预料的，而这些不具备推理思考能力的就没办法搞定。": 1, - "周高昂师弟过来问我这周什么安排，我说他后面就是养hela细胞，把细胞微管的超分辨成像做好就行，一月底就是春节，所以也就剩下三周时间，他能把这个搞定就不错了。": 1, - "然后就开始整理和打印": 1, - "实验记录": 1, - "，发现打印机的墨盒跟纸张都没有了，打印机处的东西是乱七八糟的。另外我直接从obsidian导出pdf然后打印出来的操作也是有点迷的，以后最好每周打印一次实验记录，而且最好是导出为docx后调整图片大小再打印，搞完了再分类存档。": 1, - "上午来了之后，先弄了一下细胞微管超分辨成像的结果的展示图（详见完成细胞的微管超分辨成像），把工作做完整。": 1, - "晨练": 1, - "元旦假期过后，早上起不来床，来了实验室就犯困，打了一套八段锦就很有提神的效果。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "理财": 1, - "老婆今天又要加班到很晚，我可以先回家，也可以先下班，然后了解下股票的一些知识，主要是得会看线图。": 1, - "晚上跟周高昂师弟去细胞房值日，先就插了下枪头，灭了个菌。算是意思意思吧。": 1, - "今天都要过去了，还没有完成最重要的事情，思考这周要做些什么。": 1, - "让周高昂去磕细胞微管超分辨成像的优化，让戴哲泽去磕的分辨率提升，路线方针都是很清楚的，就是需要实践了。": 1, - "准备补相关的实验，要求先整理好数据和文章大致内容，然后、sm、可能都要做一遍。但是像样品准备什么的，可以交给剩下的谢瑶和金仲超。": 1, - "准备拿信息加密方面的数据，要用上四面体和几种六螺旋混合到一起（也可能下周做）。": 1, - "总的来说，未来三周就是多做实验，尽量把数据都拿到手，放假了就写文章搞基金什么的。": 1, - "一个半年前的发票说我没报销，一看公共邮箱里边根本没有这个号的发票，真是见了鬼了。现在抓紧报掉，免得hermo又锁我们账号。顺带找京东客服催了一下电子发票的开具，": 1, - "报销": 1, - "这个事情就是麻烦。": 1, - "是时候给obsidian的用户分享怎么把实验记录导出为": 1, - "docx": 1, - "了。从obsidian导出docx": 1, - "中午午饭后回家一趟，安装房东给买的洗衣机，还是有一些操作彰显了我的智慧。我先用天然气灶台烧刀片，切割下水道接头管，然后把挂钩钉上去，再搞了个回形针把洗衣机的出水管跟下水道口拉住。经过测试现在洗衣服已经不会漏水弄得卫生间总是湿湿的了。!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "决定从年开始，生活方面的记录和工作日志开始合并。生活记录主要是在日志中，而工作方面的内容则以新增页面为主。多使用标签加以区别。": 1, - "房东在京东上给我们换了一个洗衣机，说今天送货到家，预约时间是个机器人电话，说要按键回复是否有空，结果我的电话刚好欠费停机，按也没用。。。所以千万不要迷信所谓人工智能，总有一些情况是难以预料的，而这些不具备推理思考能力的就没办法搞定。": 1, - "周高昂师弟过来问我这周什么安排，我说他后面就是养hela细胞，把细胞微管的超分辨成像做好就行，一月底就是春节，所以也就剩下三周时间，他能把这个搞定就不错了。": 1, - "然后就开始整理和打印": 1, - "实验记录": 1, - "，发现打印机的墨盒跟纸张都没有了，打印机处的东西是乱七八糟的。另外我直接从obsidian导出pdf然后打印出来的操作也是有点迷的，以后最好每周打印一次实验记录，而且最好是导出为docx后调整图片大小再打印，搞完了再分类存档。": 1, - "上午来了之后，先弄了一下细胞微管超分辨成像的结果的展示图（详见完成细胞的微管超分辨成像），把工作做完整。": 1, - "晨练": 1, - "元旦假期过后，早上起不来床，来了实验室就犯困，打了一套八段锦就很有提神的效果。": 1 - 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"工具来搞的，不过我觉得这样也好，不然": 1, - "拷贝来拷贝去似乎也不大好。": 1, - "昨天一天加上今天半天算是all": 1, - "in": 1, - "数据分析了，终于实现了超分辨双色通道的高精度配准。详见iotezip": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "戴哲泽反馈数据处理第一步localize就很慢，我现在考虑有没有可能做并行计算。": 1, - "奇怪的知识又增加了，给自己的台式机开启了ssh服务器，然后笔记本连接它，发现ssh登录输入局域网ip是不行的，得是。然后发现台式机开启的jupyter": 1, - "server，我用笔记本正确的访问方式是输入到浏览器地址栏，nice。": 1, - "下午深度尝试使用交大的": 1, - "超算": 1, - "平台，jupyter算是部署完毕并且走通了。接下来了解更具体地内容，比如申请相应的资源，然后进行计算。交大超算平台使用经验": 1, - "戴哲泽反馈lif文件转raw时报错闪退，经查发现是数据有问题，当数据大于内存余量时才出错。为此我修改了代码，采取分割的方式将大的lif保存为若干个小的raw。详见将lif文件转换为raw格式ipynb，效果还不错：!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "年纪真的大了，连续写代码分析数据，盯着电脑屏幕看久了眼睛贼疼。肩膀也酸，还胸闷。": 1, - "全程在台式机上处理的数据，所以没有及时记录到": 1, - "obsidian": 2, - "中，而是用的": 1, - "iote": 1, - "工具来搞的，不过我觉得这样也好，不然": 1, - "拷贝来拷贝去似乎也不大好。": 1, - "昨天一天加上今天半天算是all": 1, - "in": 1, - "数据分析了，终于实现了超分辨双色通道的高精度配准。详见iotezip": 1 - }, - "timestamp": 1640526126000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-12-23.md": { - 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"昨晚花了很大的力气做分屏的高精度坐标映射，希望实现双色通道在纳米尺度上的共定位，结果发现还是相当困难，我们手动采集了将近三十个成对的映射点，但是得到的线性映射函数还是不好用。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "刚刚碰到徐丽凤师姐说移动硬盘的事情，我觉得可以搞一个无人值守的工作站主机，再配个ip，安装linux系统，大家都可以使用web服务来分析处理数据和拷贝数据。最简单的方案就是把之前的电脑再弄过来，重新布置一下。": 1, - "打算精读一下eng": 1, - "in关于": 1, - "barcode": 1, - "的文献in，感觉对于六螺旋目前的体系很有帮助。": 1, - "跟戴哲泽师弟说了一下，让他来做两点的，imager只使用的，只不过一种是标记，一种是cy标记。然后通过这个双标样品，实现空间坐标映射。做分屏的高精度坐标映射双标样品拍摄": 1, - "昨晚花了很大的力气做分屏的高精度坐标映射，希望实现双色通道在纳米尺度上的共定位，结果发现还是相当困难，我们手动采集了将近三十个成对的映射点，但是得到的线性映射函数还是不好用。": 1 - }, - "timestamp": 1641096136000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-12-21.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "下午要开始做，如果周高昂师弟的不行，就做六螺旋的，需要把": 1, - "imager": 1, - "链跟": 1, - "marker": 1, - "什么的准备好了。": 1, - "昨晚跟今天早上一点时间，都用在了的数据分析上了，想尽办法也没能用picasso搞出来x折纸结构，尽快其单分子信号质量已经是最佳的了。picasso分析最强照明的数据": 1 - 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"⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "感觉今天的事情基本都做得差不多了，该安排下去的活都安排下去了，接下来我可以看点文献，处理下数据，写写文章什么的。细胞力学成像专题阅读": 1, - "刚看了一下仪器预约的情况，只有周二有空，所以让周高昂师弟准备好今天就开始把biotin修饰的一抗（见整理细胞微管成像方法已有抗体）就给孵育上，的抗体会好一些，但是浓度低，不过还是可以稀释到抗体稀释液中使用。周计划周高昂pdf，细胞冻存（初版）周高昂pdf，细胞微管超分辨成像实验": 1, - "的成像改造工程正式启动，其实就是买个像散的柱透镜给塞进光路中。主要是给高兆帅他们提供一些需求说明。": 1, - "给戴哲泽安排了一下合成六螺旋与设计四面体的任务。参见同时查看尺寸和扩散结合频次的关系，信息加密十点六螺旋的成像实验": 1, - "修改周小结ppt为ppt发布页，以后但凡是制作了ppt给别人看的都发布到这里来。": 1, - "任务看板有一些事情放着碍眼。任务看板gaxsp": 1, - "其实就是整理代码，尽快搞定把。提取漂移校正后的单分子荧光强度随时间变化曲线，花了分钟才整理完。": 1, - "先想想这周都要干什么吧!不一定非要把本周安排满，能把今天做什么安排清楚都行。": 1, - "把已有的数据贴个任务看板zkfc，已有数据整理": 1, - "做相关的实验计划并分配任务": 1, - "做信息加密方面的实验计划并分配任务任务看板qusre，整理信息读写加密部分的思路和数据": 1, - "今天是周一，例行完成周小结。周小结": 1, - "上周的日志写得更少了，这不是一件好的事情，其实是因为生活方面一些坏习惯死灰复燃，导致工作生活节奏紊乱。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "racking": 1, - "感觉今天的事情基本都做得差不多了，该安排下去的活都安排下去了，接下来我可以看点文献，处理下数据，写写文章什么的。细胞力学成像专题阅读": 1, - "刚看了一下仪器预约的情况，只有周二有空，所以让周高昂师弟准备好今天就开始把biotin修饰的一抗（见整理细胞微管成像方法已有抗体）就给孵育上，的抗体会好一些，但是浓度低，不过还是可以稀释到抗体稀释液中使用。周计划周高昂pdf，细胞冻存（初版）周高昂pdf，细胞微管超分辨成像实验": 1, - 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"老规矩整理一下上周的情况，然后再决定这周干什么。周小结": 1, - "整理就花了将近一个小时，主要是给周高昂师弟仔细思考了一个本周的实验安排，也算是打了个样，后续要求大家这样搞，周日的时候就发送过来看看。当然这个也可以进一步优化，就是甘特图什么的。": 1, - "下午来了尝试报销一下最近买的东西anab发票报销，结果发现有的发票还没有到手。": 1, - "徐丽凤给了我一个测试报告（见irf测试报告docx），估计是仪器管理相关的需求，现在要凑够个小时的使用机时，我让戴哲泽师弟去弄了，让他周三晚上六点前给我一下。后面徐丽凤说越快越好不要等到周三，我让师弟今晚弄好给我（见irf测试报告docx）": 1 - }, - "timestamp": 1648725486000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-12-09.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "免疫荧光染色": 1, - "racking": 1, - "今天看看有没有可能做一个免疫荧光染色，但是会有很多东西要准备，可能不是很来得及。不过这个后面也是要做的，可以试着安排一下。第一次细胞微管超分辨成像实验": 1, - "昨天做的细胞黏附实验的数据，虽然没有很成功，但是结果还是可以拿上来分析分析，毕竟也还是有的。细胞分时黏附成像": 1, - "明天请假，这周基本就剩下今天下午了。周高昂师弟现在在养两种细胞，一个是": 1, - "，一个是": 1, - "ep。我差点今天再复苏一个": 1, - "ea": 1, - "细胞。但光养着细胞拿来用，也是没啥意义的。所以我还得继续思考，后面要做的实验。主要有三个方面：": 1, - "细胞力学成像，或许可以直接上": 1, - "细胞微管的超分辨成像": 1, - "普通免疫荧光confocal成像": 1, - "细胞传代冻存保种方面的安排": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - 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"tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "细胞界面的mager吸附": 1, - "racking": 1, - "今天下午做细胞的成像，基本上就只能拍一下，看看mager能否进入细胞下边了。细胞界面的mager吸附": 1, - "上午去拍了一下confocal，感觉现在也不是那么喜欢做实验了，两个小时关在黑屋子里，做细胞成像，也不大舒服，主要是温度有点高。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "细胞界面的mager吸附": 1, - "racking": 1, - "今天下午做细胞的成像，基本上就只能拍一下，看看mager能否进入细胞下边了。细胞界面的mager吸附": 1, - "上午去拍了一下confocal，感觉现在也不是那么喜欢做实验了，两个小时关在黑屋子里，做细胞成像，也不大舒服，主要是温度有点高。": 1 - }, - "timestamp": 1638752244000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-12-06.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "技术支持申请需规范": 1, - "racking": 1, - "新的一周开始了，从周小结开始。周小结": 1, - "补交周小结到企业微信，这个最好还是遵守实验室的规章制度，按时提交吧。": 1, - "学校工会刚发完福利苹果，就开始号召大家捐款。这次我捐了": 1, - "元，算是积德行善，给尚在娘胎的娃修点福报吧。!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "今天下午潘莉跟我约明天帮忙拍一个淬灭曲线，来来回回我问了十五分钟，才搞清楚大致情况。为了避免以后类似的事情发生，我决定搞一个技术支持申请单。以后先把单子填好再找我。本来是让金仲超搞了一下（见单分子成像技术协助申请表金仲超docx），但是他还没有十分准确地理解，也很正常，让他们去做主要就是学习一下。最后还是我自己写了个单分子成像实验技术支持申请单docx": 1 - 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"晚上还指导了周高昂师弟去做细胞传代铺板，看上去他还不大熟练，所以后面接着让他养细胞吧。下周一带他把冻存的ea细胞复苏起来。明后天可以告诉他需要准备些什么东西。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "细胞下表面成像": 1, - "racking": 1, - "上午整理了下confocal细胞成像的数据，然后跟着高兆帅继续安装新的，但是进度很慢。细胞膜表面的confocal成像": 1, - "下午打算做一下细胞样品的成像，看下细胞的下表面。细胞下表面成像": 1, - "下午终于搞定了新的s相机的安装，已经分屏器的调整，然后还拍了细胞的样品，但是结果并不怎么样。": 1, - "晚上先是指导了一下戴哲泽用新的相机做，但是他的样品有点脏。我感觉单分子成像的难度还是太大了，所以后面并不打算仔细教做毕设的周高昂师弟，他负责好细胞培养跟confocal成像，活细胞成像就非常好了。": 1, - "晚上还指导了周高昂师弟去做细胞传代铺板，看上去他还不大熟练，所以后面接着让他养细胞吧。下周一带他把冻存的ea细胞复苏起来。明后天可以告诉他需要准备些什么东西。": 1 - }, - "timestamp": 1638752224000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-11-30.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "具体计划安排细胞膜的confocal成像验证一些问题。": 1, - "racking": 1, - "昨天跟戴琨约了今天上午传细胞，叫上我，争取把他剩下的细胞都薅过来。周高昂师弟能赶上就跟着，赶不上我也不等他了。注意使用well为mm直径的confocal皿，可以多搞点样品。细胞膜表面的confocal成像": 1, - "回顾了下细胞免疫荧光成像的一些步骤，再次采购一些常规试剂，让周高昂师弟去买，也算是学习锻炼了。整理细胞微管成像方法": 1, - "下午教翟婷婷用picasso处理她的单分子荧光数据。她需要统计发射的总光子数，用的激光功率才，就为了说明抗漂白。后续的处理为了简单，让她用originab打开hdf文件。": 1, - "和李茜聊了一下，她把目前的工作分为了三个部分，都是围绕，第一个是之前的工作在重构，第二个是在信息存储上的课题要开展，继续带着戴哲泽开始做；第三个是细胞成像的，带着师弟周高昂开始搞。另外还聊起来看看元旦有没有可能搞一个什么培训。我说细胞房培训至少也要两周之后。": 1, - "跟高兆帅尝试给安装新的s，结果没有成功，eica的软件似乎重装了，无法识别硬件，只能再约工程师来搞。另外关于像散成像，镜子似乎也没有合适的地方放置。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "具体计划安排细胞膜的confocal成像验证一些问题。": 1, - "racking": 1, - "昨天跟戴琨约了今天上午传细胞，叫上我，争取把他剩下的细胞都薅过来。周高昂师弟能赶上就跟着，赶不上我也不等他了。注意使用well为mm直径的confocal皿，可以多搞点样品。细胞膜表面的confocal成像": 1, - "回顾了下细胞免疫荧光成像的一些步骤，再次采购一些常规试剂，让周高昂师弟去买，也算是学习锻炼了。整理细胞微管成像方法": 1, - "下午教翟婷婷用picasso处理她的单分子荧光数据。她需要统计发射的总光子数，用的激光功率才，就为了说明抗漂白。后续的处理为了简单，让她用originab打开hdf文件。": 1, - "和李茜聊了一下，她把目前的工作分为了三个部分，都是围绕，第一个是之前的工作在重构，第二个是在信息存储上的课题要开展，继续带着戴哲泽开始做；第三个是细胞成像的，带着师弟周高昂开始搞。另外还聊起来看看元旦有没有可能搞一个什么培训。我说细胞房培训至少也要两周之后。": 1, - "跟高兆帅尝试给安装新的s，结果没有成功，eica的软件似乎重装了，无法识别硬件，只能再约工程师来搞。另外关于像散成像，镜子似乎也没有合适的地方放置。": 1 - 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"事务安排": 1, - "今天又到星期四了，这周小组会我总得讲点什么，除了文献之外。所以我得好好想想。思考剩下两天做什么交差": 1, - "整理和改进阅读清单，对于dataview的query语句语法了解又更进一步，对于文献阅读工作流也更加顺畅。": 1, - "思考了一下，觉得统筹全局，做好设计，安排人员是目前一个比较重要的工作。我需要把自己手上的事情整理好，然后细分一下。晚上还约了两位普博面谈。思考任务和人员分配": 1, - "看了一下戴哲泽昨晚挑战分辨率的结果调研photon": 1, - "detection": 1, - "rate，有一个条件似乎还行，但最好是低浓度，长曝光，高功率地拍摄才有可能提高分辨率。顺带我让他尝试对原始数据做一个时间轴上的bin处理，需要掌握对raw文件的。的数据": 1, - "整理出来一份细胞传代和铺板的实验方法，打印出来交给周高昂师弟，让他边看我做实验边有个对照，争取尽快上手。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "带周师弟做细胞实验，思考人员分配。": 1, - "racking": 1, - "实验安排": 1, - "今天晚上老婆估计会七点到家，我可以下午带师弟传ea细胞。这样周六下午可以再让他来传细胞，我在旁边看着。后面养细胞的事情就基本交给他了。然后刚开始可以教他做一些固定样品，使用显微镜拍摄好看的图片。": 1, - "事务安排": 1, - "今天又到星期四了，这周小组会我总得讲点什么，除了文献之外。所以我得好好想想。思考剩下两天做什么交差": 1, - "整理和改进阅读清单，对于dataview的query语句语法了解又更进一步，对于文献阅读工作流也更加顺畅。": 1, - "思考了一下，觉得统筹全局，做好设计，安排人员是目前一个比较重要的工作。我需要把自己手上的事情整理好，然后细分一下。晚上还约了两位普博面谈。思考任务和人员分配": 1, - "看了一下戴哲泽昨晚挑战分辨率的结果调研photon": 1, - "detection": 1, - 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"efault": 1, - "emplate，然后增加了一个新增文献的阅读清单，这样就很方便了。泛读完成之后，注意修改unread标签和评级，然后在zotero中完成分类。": 1, - "对应地又修改了一下quickdd命令，以后文献调研是文献调研，放到每周事务里边。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "似乎各种看文献，然后进一步优化了zoteroobsidian的工作流。": 1, - "racking": 1, - "先把周小结都交到企业微信的共享云盘中吧，以后要养成习惯。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "昨天晚上跟李茜聊了一下，有一些重要信息：": 1, - "她认为之前的工作虽然重要但是急不来，需要自我不断思考和突破": 1, - "细胞成像的事情需有更高的优先级做出来": 1, - "谢瑶也会加入我们，这么多人力资源如何高效利用起来也需要思考": 1, - "细胞房需要重新管理起来": 1, - "昨天戴琨师弟帮我传了一盘ea细胞，但是他说状态不是很好，可能有黑胶虫，他已经买了药，三天到货后除一下。另外细胞房昨晚已经整体紫外过夜灭菌了。细胞房这一块我还是要继续抓起来。但还是要先充分了解实际情况。": 1, - "早上还有一点时间，可以继续看看文献，需要扫读的还有很多呢！": 1, - "刚刚陈杰林找我要了一个比较好用的录屏软件，我向他推荐了aptura，虽然停止开发了但是确实好用。不过各种软件设置还是需要注意一下。": 1, - "zotero": 1, - "文献阅读流程还是要进一步优化，当条目入库之后，不必放到任何分类目录中，此时默认为": 1, - "状态。然后统一创建": 1, - "mdnotes，后面不管是新增附件还是pdf标注，都不必再更新mdnotes。然后mdnotes的模板做一定的修改，文章的泛读和精读笔记都放到这个文件中。所以我修改了dnotes": 1, - "efault": 1, - "emplate，然后增加了一个新增文献的阅读清单，这样就很方便了。泛读完成之后，注意修改unread标签和评级，然后在zotero中完成分类。": 1, - 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"以后所有的非日志页面统一从日志出发，实现入口的统一。新建任务只适用于比较大的复杂任务，一旦创建就会产生页面。结果发现跟我想的还是很不一样。所以这个任务看板还是像原来那样吧。": 1, - "想到看板还可以用于日常文献阅读的不同阶段，这样就能知道哪些阅读到了什么样的深度。后来想想，一个个去添加到看板，会把自己逼疯的。算了算了。周小结": 1, - "obsidian": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "excerpt": 1, - "做完了尼罗红细胞膜超分辨成像实验但结果不好，更多的时间似乎放到了优化obsidian上。": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "racking": 1, - "终于把尼罗红的细胞膜成像预实验给做完了，初步分析的结果感觉这个玩意儿超分辨不大现实，不过用作一种可以抗漂白的diffusive": 1, - "membrane": 1, - "dye": 1, - "还是不错的。接下来要考虑怎么把现有的人力资源用起来。": 1, - "晚上又去看了一下，ss基本对于细胞界面没有非特异性吸附。": 1, - "修改了本周事务表，注意可以在每个事务文件文末新增一行，用标签的方式表示此事务的分类和状态。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "修改了日志部分的目录结构，以后都放到本周事务中。感觉这样我似乎都不怎么需要任务看板了，因为我可以很清楚现在有哪些事情，处于什么状态。然后每周小结只需要把本周事务表弄过去，设置一下期限即可。另外其它类型的事务，包括文献调研，代码整理，都可以用草稿的方式新建。": 1, - "我倒是觉得，看板可以是某种日志的形式。随手记记就是从新建任务开始。但是从实际情况来看，看板三个比较合适，可以放置一些长期的任务，所以还是有其存在的必要的。": 1, - "感觉每篇笔记的标签不要超过五个，慎重使用标签。": 1, - "调整了quickdd，在实际使用过程中，其实随手记记更加频繁，优先级比新建任务高。": 1, - "删除了quickdd中的添加人物，因为比使用": 1, - 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"到上刷了一下，结果发现已经有两个月没有跟踪最新文献了，夸张。这个还是很有必要的，知道当下都有什么最新的进展。怎么说的，这个事情从现在开始抓吧。": 1, - "微信群里有人推荐了一个国内大佬开发的在线文献阅读的网站，试用了一下，还是有很多问题的。不过里边的很多理念可以学习一下，方便我组织优化自己的文献阅读工作流。": 1, - "分析一下制约分辨率的可能因素：调研photon": 1, - "detection": 1, - "rate": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🐈日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "针对初步的实验安排采购了一些试剂，还听了金融大佬的报告": 1, - "racking": 1, - "采购": 1, - "今天主要是得把该买的东西都买了，然后这周剩下的时间，赶紧把我之前的文章写好，下周东西到齐了之后开始做新的实验。购买抗体和适配体": 1, - "听报告": 1, - "下午听了两个多小时的报告，主要是转化医学的案例，既有技术研发做三特异性抗体药物产品的，也有从投资的角度看产业化历程的。有所启发，或许折纸也可以作为": 1, - "linker": 1, - "连上好几个抗体，做一个的疗法。跟之前": 1, - "也有点像，linker": 1, - "的角色很重要。估计组内已经有人在开展这样的工作吧，因为并不难想到。报告药物转化与投资": 1, - "obsidian": 2, - "发现手机日志跟电脑有两种交互场景：）把手机内容增量备份到电脑，）把手机某篇笔记发送给working": 1, - "vault。对于前者，使用数据线或者电脑上自建热点贡献文件夹是可以轻松实现。对于后者的需求，最直接的就是通过微信发送笔记内容文本，然后再发送附件即可。并不是什么事情都需要写代码": 1, - "发现日历是结合日志功能的，只能跟踪一个folder，所以我干脆把日志从一开始就放到日志存档目录而不是本周事务中。": 1, - "到上刷了一下，结果发现已经有两个月没有跟踪最新文献了，夸张。这个还是很有必要的，知道当下都有什么最新的进展。怎么说的，这个事情从现在开始抓吧。": 1, - 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}, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "null": 1, - "racking": 1, - "记录下自己看过的小说": 1, - "昨天上午修改基金正文还有其他一些东西，硬是把我搞烦搞累了，中午伏案午睡也不成，所以下午直接回家，说是躺床上好好休息，然后在家办公，晚上再回学校打卡。结果却是，我躺在客厅沙发，开始看小说，疯狂看。一本是《洪荒降临之最强玩家》，大致就是主角重生，知道世界要发生异变，智脑接管地球，所有人都可以玩一个叫做洪荒的游戏，而游戏世界跟现实世界差别不是很大。然后主角先知先觉，各种抢机缘。刚开始我快速看了一两百章，爽过之后就刷到最后一章看，逐渐就索然无味了。另外一本书是《洪荒之人族崛起》，也是类似的套路，讲主角从现代穿越到了洪荒世界一个人族身上，茹毛饮血，然后开始修仙，各种先知，各种气运，直到最后成为媲美盘古大神的级别。这都是爽文，虽然没啥营养，但是确实能够让人在比较短暂的时间里爽一爽，当然也就一两个小时，看多了就是索然无味。不过也有稍微比较好点的耐看的爽文，比如起点中文网的《大奉打更人》，虽然大致上是抄袭明朝万历年间的历史，但明显作者写作功力要强上一些。": 1, - "关于在上海买房": 1, - "我已经知道实验室好几个博士后在上海买房了。比如丁飞、渠志倍、甚至是高延静。基本上买的都是二手房，总价万，首付（w），然后贷款分期年还，一个月还房贷一万三四千。说实话我听起来都是瞠目结舌的。房子首付就要万，我上哪里凑这么多钱（就算我爸没搞也弄不来这么多钱），而且二手房还得交税，现金。所以差不多要准备w才能考虑在上海买房。买了之后，再考虑还贷年。想想都觉得可怕。所以我坚决不能留上海，要完完全全断了这个念想。所以博士后之后，赶紧找一个南方的坑入了。粤港澳交通发达，即便是深圳我也可以考虑，房子买在东莞，工作在深圳，我可以短期租住的嘛。既然是这样，就要多找那边的朋友帮忙留意位置了。": 1 - }, - "timestamp": 1637585290000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-04-09.md": { - 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"最近侯尚国师兄回国，到了深圳湾实验室建组，他在搭建显微镜平台上有丰富的经验，我觉得这也是我的机会。我可以明年出站后加入他的实验室，这样我们就有充分的设备上的保障来提高": 1, - "的分辨率，真正开展一些": 1, - "的工作。虽然刚开始可能待遇不会很好，但至少这样是更": 1, - "的。好吧，最近我可以跟侯师兄联系一下。": 1, - "这个想法我暂时还是要保密，比如茜姐。她是非常希望我能留在交大，大家后面一起做一些有意思的工作。如果事后要问起来，我就说去南方离爸妈近，好照顾一家老小。": 1, - "不过我又想到，自己青基的项目如果中了，那么现在项目不能跟着人走，我就不得不博士后延期来完成这个项目了。如果没中，那就是老天爷都要让我走这条路。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "null": 1, - "racking": 1, - "再次失眠": 1, - "昨天没有午睡，所以到了晚饭后感觉很困，就回家了。回家之后也没啥性质休闲娱乐，就说先睡半个小时再起来干点活。结果定了闹钟根本没用，我一觉睡到晚上十点多老婆下班回家。所以，我再次失眠了。这个事情告诉我：真的困得不行的时候，定闹钟是没用的。以后必须要避免这种情况发生，我得：": 1, - "必须午睡，而且是有质量的午睡，甚至骑车回家午睡都行": 1, - "晚上要是提前回家了，感觉到困乏也不用睡觉，坚持休闲娱乐甚至锻炼一下都行（毕竟困乏多数是因为脑力劳动过度所致，身体还是不疲惫的）": 1, - "思考课题与人生": 1, - "既然睡不着，干脆起来写写东西，比如思考课题，甚至是思考人生。": 1, - "我博士后就剩下不到一年的时间，不出意外到了今年底我就要开始找教职了。而按照现在“水涨船高”的行情，我估计还得再发表两篇": 1, - "angew": 2, - "以上的文章，才能有把握找到一般的教职。而如果想成为好地方的特聘教授做独立的": 1, - "，这年头没有几篇子刊或者正刊是行不通的。": 1, - "就我目前的": 1, - "课题来看，短期内也就是几篇": 1, - 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"github": 1, - "pages": 1, - "上写博客的基本看法。所以上边尽量还是要放一些能够吹牛逼的东西。比如：": 1, - "有用的代码": 1, - "做人做事的经验总结": 1, - "预测和猜想": 1, - "达成的目标和取得的成就": 1, - "本来还想加一个重大事件的看法和分析，但是这个部分很容易涉及到时政，当局并不愿意我们在毫无根据以及缺少真凭实据的情况下胡乱发言，所以还是算了。再一个我自己也确实不擅长，也不大可能对很多问题有独到的见解。": 1, - "关于课题": 1, - "目前做的这个": 1, - "肯定是没跑的。但是这个东西，我还没有看到能够发表": 1, - "aturecience": 1, - "的潜力。继续做框架核酸，": 1, - "纳米结构的": 1, - "，其实很难解决": 1, - "在生物成像上的痛点。所以我总是想着，这个技术能不能用于": 1, - "robot": 1, - "的一些行为表征，但是目前最好": 1, - "nm": 1, - "的分辨率，其实很难。而且就算是你要做": 1, - "robot，最后也要找生物学应用出口（如果不是工作特别": 1, - "astonishing": 1, - "的话）。": 1, - "目前我的特长，最厉害的就是成像数据分析，而后是成像探针设计，最后才是所谓的生物学背景。如果我能够就某一个生物学问题，利用成像方法，基于统计学的大数据分析，得到一些有意思的结果，我觉得自己就可以成为独立的": 1, - "，领导一个实验室，或者说直白点就是自己处去单干。": 1, - "细胞也是“千人千面”，现在各种单细胞分析也是非常热门的方向，但是也仅仅做到了一个“单”字，在系统研究细胞群体动态行为方面，还是非常少见。我觉得这个方面，并不是大家没有想到，而是难度非常大。但我觉得可以尝试。": 1, - "哈佛大学威斯研究院研究员李曙光博士": 1, - "揭开集群运动行为的面纱": 1, - "当然了，既然我对现在的研究方向还不是很满意，现在凭空凭感觉说换一个也不切实际，还是要多思考多看文献再做决定，而且注意以下几点：": 1, - "我已有的（或者未来能有）条件能不能做": 1, - "这个领域或者问题有没有潜力值得持续投入精力": 1, - "关于未来": 1, - 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"所以": 1, - "用于": 1, - "细胞裂解可能更好，而": 1, - "主要是漂洗缓冲液中常用。": 1, - "去污剂": 1, - "ween等": 1, - "labomecn": 1, - "细胞固定试剂": 1, - "戊二醛：": 1, - "穿透性强，微细结构保存好，但对抗原有一定影响，常与其他固定剂联合用作免疫电镜固定液。": 1, - "多聚甲醛常用：": 1, - "可用于免疫电镜；也可用于免疫荧光染色。": 1, - "主要检测组织内一些性能娇弱的抗原特别是细胞表面抗原，例如各类淋巴细胸分化决定簇、主要组织相容性抗原等。": 1, - "戊二醛、多聚甲醛与福尔马林固定原理及用途的区别": 1, - "生物科学": 1, - "小木虫论坛学术科研互动平台": 1, - "muchongcom": 1, - "标记方案": 1, - "细胞培养": 1, - "使用": 1, - "细胞，培养基，": 1, - "的胎牛血清，加双抗，正常培养即可。细胞漂洗": 1, - "足矣。细胞固定液参考ungmann": 1, - "的文章ungmann。需要物品如下：": 1, - "细胞，有的": 1, - "培养基及血清之类的，需询问": 1, - "，实验室库存未知，可能需要购买": 1, - "a，硼氢化钠，库存未知，可能需要购买": 1, - "戊二醛，库存为止，可能需要购买": 1, - "多聚甲醛，有的": 1, - "，有的": 1, - "蛋白（用于封闭非特异性抗原），库存未知，可能需要购买": 1, - "生物素亲和素标记": 1, - "此方案中，使用带": 1, - "biotin": 2, - "修饰的": 2, - "一抗，然后预先和": 1, - "avidin": 1, - "结合好，再结合带": 1, - "ocking": 2, - "链。所需物品清单如下：": 1, - "抗体": 1, - "βtubulin（biotin），已下单，三周货期": 1, - "avidin，实验室还有库存": 1, - "biotin修饰的": 1, - "链（还带": 2, - "修饰），需订购": 2, - "超滤管，需查询库存": 2, - "直连抗体标记": 1, - "此方案中，直接通过": 1, - "把": 1, - 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"然后在学术上，并没有卓越的追求，只有满足自己满足社会的务实的需求。还会继续做分子细胞成像相关，如果能涉及到智能化小器件的开发就更好。": 1, - "留在交大和尽快买房子的愿望是冲突的，综合我前面的想法，那只能舍弃交大，去一个一般的城市一般的学校。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "null": 1, - "racking": 1, - "通过一些关键词搜索自己的文库，先看下之前都是怎么想的：": 1, - "自己这一辈子，要是能有一部这样的超长小说，也算是非常了不起了。": 1, - "🔗html《》": 11, - "，": 4, - "未来还是要继续做细胞与分子成像，理想的就是用成像方法研究细胞行为学。": 1, - "疯狂在搞": 1, - "xidebar": 1, - "软件开发，这是典型的不务正业。": 1, - "要记住，现在我的职业是做科研，做不好就没饭吃。": 1, - "robot，恕我直言，更容易发好文章。": 1, - "留下很多有价值的记忆，免得自己老了之后都没有跟子孙后代吹牛逼的资本。": 1, - "🔗thinkboutloghtml《关于博客的思考》": 1, - "吐露了希望尽量留在交大的想法。": 1, - "还是要尽快买属于自己的房子。": 1, - "要以一个开放积极进去的心态去迎接未来。": 1, - "🔗keepalancehtml《博士毕业之后》": 1, - "事业上做好力所能及的事情，平日里拥有健康的生活方式，每一天都尽量充实一点，人生的幸福感与成就感并不会比做大事的弄潮儿差。": 1, - "🔗hinaillinhtml《大变局之我见》": 1, - "更多的智能器件，才应该是发力的方向。": 1, - "🔗thinkboutorldhtml《吃饱喝足想歪歪》": 1, - "概括一下，就是要职业上继续做科研，业余还能有时间写小说，或者写代码开发有意思的软件。": 1, - "然后在学术上，并没有卓越的追求，只有满足自己满足社会的务实的需求。还会继续做分子细胞成像相关，如果能涉及到智能化小器件的开发就更好。": 1, - 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"xidebar": 1, - "的项目代码一样，非常主动自觉地去做这个事情。我觉得如果我能够在交大站稳脚跟，或许可以自己独立做一做这个方面的研究。先找到一个好的简单的突破口，然后利用好这边的仪器。当初樊老师招我来，未必不是存了补足这边细胞生物学方面短板的意思。所以在": 1, - "这边的工作差不多了，我就会逐步转移工作重心到细胞成像上来。": 1, - "但是家人的比重也很重，至少要跟我个人的兴趣持平。我不希望自己变成一个工作狂，所有的时间精力都投入到工作中。我不希望每周累死累活，一到周日完全只想宅在家里补觉，甚至还会因为周日没有加班，拖延了课题进度而自责。": 1, - "所以还是下决心博后之后去广东。至少我可以买房买车搞起来。": 1, - "终于跟侯师兄打电话表达了一下意向，幸好人家还没有招满，可以给我助理研究员的位置和待遇，三年后可以成为副研究员（侯哥是五年的考核期）。其实这种编制随着国家发展，越到后面意义越小，还是要做出有代表性的工作。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "null": 1, - "racking": 1, - "上一次思考，基本上确定，“去个一般点的地方和学校继续做分子细胞成像相关的研究”。而目前我的现状是，": 1, - "超分辨需要的": 1, - "显微镜一般的实验室就搞不起。至于做别的成像，如果希望效果好，那肯定离不开高端仪器。然后养细胞其实也很贵。如果我不考虑好这些因素，贸然去了一个地方，很可能什么都干不了。所以说要想独立做": 1, - "，得有一些容易的课题作为预备和启动。这个是我需要筹划的。": 1, - "然后既然决定要离开，博后延期就不要考虑了，而且现在就要开始找下家，我的范围还比较好划，东莞及其附近都行。之前我最想去的是深圳湾实验室，平台还是很重要的。": 1, - "既然重视平台，为何不选择留在交大？主要还是我对于这边的战略方向，还是不大感兴趣。无论是纳米机器人还是信息存储与计算。而对于超分辨成像，其实也就是那样，就算我能够发一点文章，但它也不是我非常感兴趣的方向。": 1, - "我感兴趣的方向，还是分子层面或者细胞层面的相互作用。但是在这个方面我的积累实在是太少了。之前我或许还了解了一点": 1, - "entosis（细胞吞噬），": 1, - "migracytosis（迁移性胞吐），但是最近几年了解的就越发少了。所以我即不知道研究进展如何，更不知道国内谁做得比较好。最近": 1, - "migracytosis": 1, - "都已经发": 1, - "了，我之前还拿相关工作发了中国分析化学。其实我觉得自己就“癌细胞自己吃自己”的这个事情好好研究一下。这个要结合肿瘤微环境，以及放疗化疗的实际情况考虑。": 1, - "房价什么的影响因素真的无所谓，真正重要的是有没有一个自己真正感兴趣的问题。因为是自己真正感兴趣的问题，就会像之前写": 1, - "xidebar": 1, - "的项目代码一样，非常主动自觉地去做这个事情。我觉得如果我能够在交大站稳脚跟，或许可以自己独立做一做这个方面的研究。先找到一个好的简单的突破口，然后利用好这边的仪器。当初樊老师招我来，未必不是存了补足这边细胞生物学方面短板的意思。所以在": 1, - "这边的工作差不多了，我就会逐步转移工作重心到细胞成像上来。": 1, - "但是家人的比重也很重，至少要跟我个人的兴趣持平。我不希望自己变成一个工作狂，所有的时间精力都投入到工作中。我不希望每周累死累活，一到周日完全只想宅在家里补觉，甚至还会因为周日没有加班，拖延了课题进度而自责。": 1, - "所以还是下决心博后之后去广东。至少我可以买房买车搞起来。": 1, - "终于跟侯师兄打电话表达了一下意向，幸好人家还没有招满，可以给我助理研究员的位置和待遇，三年后可以成为副研究员（侯哥是五年的考核期）。其实这种编制随着国家发展，越到后面意义越小，还是要做出有代表性的工作。": 1 - }, - "timestamp": 1637585290000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-06-03.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "null": 1, - "racking": 1, - "📅": 1, - "未来三年的计划安排": 1, - "前几天我已经和侯尚国师兄说好了，博后出站去跟他在深圳湾实验室混。既然这样，我就势必要做出一些安排和调整。": 1, - "首先最重要的事情，就是未来三年的科研计划，要结合师兄实验室以及深圳湾实验室平台资源，做仔细地思考，然后做出一些有意义的工作。现在就要调研起来。": 1, - "其次是安家的事情。买房暂时还是买不起，估计到时候还是得在深圳先租房度过头几年。然后生娃，未来三年肯定是要生娃的，到时候让我爸妈在东莞带着，周末或节假日可以经常家人团聚。就这一点我是非常满意的。": 1, - "接着是上海这边的善后交接。我博士后期间主要搞": 1, - "，文章势必是要出来一篇的。然后把戴哲泽带出来，基本上就功德圆满了。此外是跟陈楠老师那边，纳米银的文章也要有一个交代，最好能在我还在上海的时候发出去。另外是申请的基金，目前博士后面上已经没戏了，后面就看青年基金（我估计中的希望也不大），所以大体上看，明年出站能够比较洒脱。当然了，人走了，心还在，以后还是可以有很多合作的。": 1, - "😟": 1, - "robot": 1, - "怕是搞不下去": 1, - "今天让师弟看了一下加入过氧化氢对经典的单链": 1, - "的影响情况，结果发现浓度高了肯定不行，浓度低也说不清楚，因为是同一张片子换液了多次。虽然我之前的预实验结论不受影响，即带引擎数量越多，robot的运动更快。但是这种情况下，robot": 1, - "恐怕不能拿来做": 1, - "了。至于能拿来做什么，这个就不是我要操心的了。因为按照我的规划，我在交大发一篇文章，就算是给了足够的交代了。": 1, - "工作啥时候结束": 1, - "现在想到一个非常简单的加密的事情，基本上能够囫囵，然后发个": 1, - "angew": 1, - "之类的。但是要想得更有趣点，发个子刊，还是很有难度。": 1, - "按照飞姐的建议，我前两天看了一下张祎男师兄的，他采用了折纸加密，形状加密等多种方式。但是我这个": 1, - "case": 1, - "中，折纸只能搞六螺旋一种，而": 1, - "pattern": 3, - "也只不过是一排点。所以真的只能说是启发参考，而完全不能照搬。": 1, - "目前我的加密设计，只能说从概念上实现了加密和解密的功能，但是加密的优势（不可破解）还不是特别突出，甚至于加密的信息的容量也不够突出。只能说相比较于之前的多色（其实是两种颜色）成像，从概念上讲更加有趣点。": 1, - "如果说折纸本身就是一种加密手段，那么就是选择": 1, - "staple": 4, - "链组合，这个组合就是一个": 1, - "key，但如果确定为": 1, - "结构，那么其实": 1, - "大体是固定的一个组合，如果从其中随机抽样，比如": 1, - "个位点（staple）作为": 1, - "extension，剩下的能够有多少种组合呢？就是说，我作为": 1, - "message": 1, - "sender，只提供了几条": 1, - "链，而我需要告诉对方（reciever）的是剩下的": 1, - "staple，如果对方不知道这种组合，就无法合成出来有固定": 1, - "的": 1, - "，解析得到我的信息，这就是所谓的折纸加密。这个在我的体系中也是成立的。而且这是天然的一级加密。": 1, - "另外，要合成": 1, - "pattern，我们的": 1, - "不是一个": 1, - "origami上的，而是多个": 1, - "origami": 1, - "的组合，所以理论上我们的": 1, - "链组合还要大一点。因为你得合成三种或者更多种": 1, - "折纸。合成了之后，虽然你知道我的": 1, - "extension": 2, - "链序列是什么，而且基本上也能知道这些序列在单个折纸上的": 1, - "pattern，但是你还不知道它们应该怎么才能组合成一个正确的排列。所以这个就是一个二级的加密，就是单pattern的组合。这种排列组合的数量就不会太丰富，因为": 1, - "能够容纳的信息量有限，目前我们实验条件制约下，我设计的是只有种": 1, - "pattern，但是如果你要搞色成像，那这个排列组合的空间就非常大了。当然我们不排除使用": 1, - "exchange，如果到时候": 1, - "imager": 2, - "不是很好用的情况下。或许我们可以先用": 1, - "exchange": 1, - "来验证一下概念，得到一个时间，肯定比较长，然后作为对照，而": 1, - "就一锅丢进去，基于频率区分，可以更快地读出来。": 1, - "六螺旋如果按照常规理想的": 1, - "的分辨率来看，以": 1, - "nm": 1, - "为准，一条六螺旋上可以容纳": 1, - "bit，其中用于确定结构和方向的端点（个）去除，还剩下": 1, - 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"工作啥时候结束": 1, - "现在想到一个非常简单的加密的事情，基本上能够囫囵，然后发个": 1, - "angew": 1, - "之类的。但是要想得更有趣点，发个子刊，还是很有难度。": 1, - "按照飞姐的建议，我前两天看了一下张祎男师兄的，他采用了折纸加密，形状加密等多种方式。但是我这个": 1, - "case": 1, - "中，折纸只能搞六螺旋一种，而": 1, - "pattern": 3, - "也只不过是一排点。所以真的只能说是启发参考，而完全不能照搬。": 1, - "目前我的加密设计，只能说从概念上实现了加密和解密的功能，但是加密的优势（不可破解）还不是特别突出，甚至于加密的信息的容量也不够突出。只能说相比较于之前的多色（其实是两种颜色）成像，从概念上讲更加有趣点。": 1, - "如果说折纸本身就是一种加密手段，那么就是选择": 1, - "staple": 4, - "链组合，这个组合就是一个": 1, - "key，但如果确定为": 1, - "结构，那么其实": 1, - "大体是固定的一个组合，如果从其中随机抽样，比如": 1, - "个位点（staple）作为": 1, - "extension，剩下的能够有多少种组合呢？就是说，我作为": 1, - "message": 1, - "sender，只提供了几条": 1, - "链，而我需要告诉对方（reciever）的是剩下的": 1, - "staple，如果对方不知道这种组合，就无法合成出来有固定": 1, - "的": 1, - "，解析得到我的信息，这就是所谓的折纸加密。这个在我的体系中也是成立的。而且这是天然的一级加密。": 1, - "另外，要合成": 1, - "pattern，我们的": 1, - "不是一个": 1, - "origami上的，而是多个": 1, - "origami": 1, - "的组合，所以理论上我们的": 1, - "链组合还要大一点。因为你得合成三种或者更多种": 1, - "折纸。合成了之后，虽然你知道我的": 1, - "extension": 2, - "链序列是什么，而且基本上也能知道这些序列在单个折纸上的": 1, - "pattern，但是你还不知道它们应该怎么才能组合成一个正确的排列。所以这个就是一个二级的加密，就是单pattern的组合。这种排列组合的数量就不会太丰富，因为": 1, - "能够容纳的信息量有限，目前我们实验条件制约下，我设计的是只有种": 1, - "pattern，但是如果你要搞色成像，那这个排列组合的空间就非常大了。当然我们不排除使用": 1, - "exchange，如果到时候": 1, - "imager": 2, - "不是很好用的情况下。或许我们可以先用": 1, - "exchange": 1, - "来验证一下概念，得到一个时间，肯定比较长，然后作为对照，而": 1, - "就一锅丢进去，基于频率区分，可以更快地读出来。": 1, - "六螺旋如果按照常规理想的": 1, - "的分辨率来看，以": 1, - "nm": 1, - "为准，一条六螺旋上可以容纳": 1, - "bit，其中用于确定结构和方向的端点（个）去除，还剩下": 1, - "bit。然后": 1, - "链我们按照": 1, - "nt": 1, - "计算，的次方也有很大的编码空间，就相当于我们可以编码的信息，至少是": 1, - "x": 1, - "思考这些东西没啥意义。": 1 - }, - "timestamp": 1637585290000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-08-04.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "null": 1, - "racking": 1, - "师兄师姐都是好人": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "突然决定提前休高温假回老家，最重要的事情就是思考博士后之后的去留。但其实我在家里并没有做太多这个方面的思考，也没有坚持写论文。我就是顺其自然地过休假生活。": 1, - "回到上海之后，茜姐来问我写作的进度。我说假期就没写。然后她稍微批评了一下，这个是她的性格。我虽稍有恼怒但也能理解。": 1, - "思考去留无非是有选择，一个是留下跟着茜姐在上海交大接着混，另外一个是南下深圳跟着侯尚国师兄混。其实有这么一个假期让我解脱出来，我觉得还可以有第三个选择：转行。": 1, - "为何转行": 1, - "做研究包含很多事情，但大体上是要围绕一个具体课题去开展各项工作，比如：": 1, - "做实验（一般）": 1, - "看文献（不爱看）": 1, - "带学生（没耐心）": 1, - "谈合作与社交（不喜欢）": 1, - "分析数据（一般）": 1, - "写文章投稿（不喜欢）": 1, - "做报告（一般）": 1, - "从上面来看，很多科研相关的活动，其实我不是很感兴趣。如果课题不能让我真正喜欢（然而这一点非常困难），仅仅是为了发文章糊口，我宁愿干点别的事情。": 1, - "我坚持写日志也快一年了。不难看出，我并没有什么聪明才智，或者远见卓识，更缺乏规划，自律和强大的执行力。简单的说，我就是一个普通人。与其在学术前沿阵地上成为炮灰，为人类增加一些根本微不足道的知识，不如真正投身业界生产对人们真正有用的产品。": 1, - "转行利弊": 1, - "学术研究作为一项职业，「性价比」可以说是非常低的，课题失败的风险很高，要做的杂事很多，加班加点是义务，最后到手的收益，名多利少，而且还是一个超长期的过程。而且这个领域内卷一天比一天严重。": 1, - "我在这个方面的累积优势，只能说中等水平：": 1, - "有一些文章成果": 1, - "有院士大佬背后罩着": 1, - "自己的科研技能点满满": 1, - "所在的研究领域还算热门": 1, - "如果要转行，以上所有累积优势荡然无存，我只能倚仗自己的博士学历，以及一些基本的学习能力，沟通能力，办事能力以及编程能力。以我的情况，如果不是有特别好的工作，就只有自己创业，才值得转行。": 1, - "核心诉求": 1, - "转行自然也是可以，但前提要想好自己的核心诉求是什么，再想能干什么。": 1, - "既然是用“搞科研挣钱少还劳心费神伤身，现在身体吃不消”的核心理由，那么换一份工作，就得是「轻松」的。显然这个不大现实。特别是转行，刚开始几年不可能比继续做科研更轻松。": 1, - "所以当我说想转行的时候，本质上是价值观的问题。搞科研纵然有千万条不好，但让我做出转行决定，不是心累，也不是憋屈，更不是不感兴趣，而是无用。我确实觉得": 1, - "paint": 1, - "无用，robot": 1, - "无用，": 1, - "storage": 1, - "with": 1, - "origami": 1, - "更是无用。": 1, - "不仅是我觉得没用，很多低年级的师弟师妹也觉得无用，至于到了樊老师那个层次，就是找了个「有之以为利，无之以为用」的说法麻醉自己。中层的青年老师眼里，就不会考虑这个问题，只有文章文章文章，能发文章，让自己升职加薪比什么都强。所以起码对自己有用，至于对别人对社会有没有用，全靠瞎几把吹（文章粉饰）的水平。": 1, - "以人为本": 1, - "我觉得做职业选择，还是得以人为本，从自身最基本的地方出发。": 1, - "第一个就是身体条件。我现在是绝对的亚健康，胃病肝炎还有阿尔法型超重。照顾好自己的身体，就必须要平衡好生活和工作（不管是什么职业），合理分配时间精力，别让自己落入拖延的怪圈，导致身体和精神上的巨大压力。": 1, - "第二个就是基本诉求。人活着基本诉求无非就是衣食住行，教育医疗等等得到满足。眼下来看，除了买房难，其它的都还好。如果在上海或深圳，基本只能租房。其实我如果留在交大慢慢发展人脉，教育医疗也能有好的保障。": 1, - "第三个就是精神追求。这个涉及到个人深层次的价值观，也就是我会认为度过怎样的一生才有意义。目前我至少可以用排除法：我不求大富大贵，也不追求卓越的名声。我就想普普通通的，跟自己老婆长相厮守，生娃然后扶养ta长大，然后比较健康地终老，就非常不错了。如果说有什么牛逼的事情，做了教授的较高的社会地位值得一吹，发表的论文也值得一吹，甚至业余搞点把软件或者电子制作的作品，又或者写一部自己满意的超长篇小说，都是非常值得骄傲的事情。当然，还有坚持写日记，坚持锻炼……其实这些事情都有两个共同的特点：": 1, - "常人不能完成": 1, - "需要付出持久的努力": 1, - "所以，其实我觉得的牛逼，并不是所谓的「有没有用」或者说对别人做了多少贡献。牛逼非常简单，就是别人做不到，你能。如果要再升华一下这一点，他就叫做「创新」。不过创新总是难得（得蝎子拉屎），能够胜过大部分人就很不错了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "null": 1, - "racking": 1, - "师兄师姐都是好人": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "突然决定提前休高温假回老家，最重要的事情就是思考博士后之后的去留。但其实我在家里并没有做太多这个方面的思考，也没有坚持写论文。我就是顺其自然地过休假生活。": 1, - "回到上海之后，茜姐来问我写作的进度。我说假期就没写。然后她稍微批评了一下，这个是她的性格。我虽稍有恼怒但也能理解。": 1, - "思考去留无非是有选择，一个是留下跟着茜姐在上海交大接着混，另外一个是南下深圳跟着侯尚国师兄混。其实有这么一个假期让我解脱出来，我觉得还可以有第三个选择：转行。": 1, - "为何转行": 1, - "做研究包含很多事情，但大体上是要围绕一个具体课题去开展各项工作，比如：": 1, - "做实验（一般）": 1, - "看文献（不爱看）": 1, - "带学生（没耐心）": 1, - "谈合作与社交（不喜欢）": 1, - "分析数据（一般）": 1, - "写文章投稿（不喜欢）": 1, - "做报告（一般）": 1, - "从上面来看，很多科研相关的活动，其实我不是很感兴趣。如果课题不能让我真正喜欢（然而这一点非常困难），仅仅是为了发文章糊口，我宁愿干点别的事情。": 1, - "我坚持写日志也快一年了。不难看出，我并没有什么聪明才智，或者远见卓识，更缺乏规划，自律和强大的执行力。简单的说，我就是一个普通人。与其在学术前沿阵地上成为炮灰，为人类增加一些根本微不足道的知识，不如真正投身业界生产对人们真正有用的产品。": 1, - "转行利弊": 1, - "学术研究作为一项职业，「性价比」可以说是非常低的，课题失败的风险很高，要做的杂事很多，加班加点是义务，最后到手的收益，名多利少，而且还是一个超长期的过程。而且这个领域内卷一天比一天严重。": 1, - "我在这个方面的累积优势，只能说中等水平：": 1, - "有一些文章成果": 1, - "有院士大佬背后罩着": 1, - "自己的科研技能点满满": 1, - "所在的研究领域还算热门": 1, - "如果要转行，以上所有累积优势荡然无存，我只能倚仗自己的博士学历，以及一些基本的学习能力，沟通能力，办事能力以及编程能力。以我的情况，如果不是有特别好的工作，就只有自己创业，才值得转行。": 1, - "核心诉求": 1, - "转行自然也是可以，但前提要想好自己的核心诉求是什么，再想能干什么。": 1, - "既然是用“搞科研挣钱少还劳心费神伤身，现在身体吃不消”的核心理由，那么换一份工作，就得是「轻松」的。显然这个不大现实。特别是转行，刚开始几年不可能比继续做科研更轻松。": 1, - "所以当我说想转行的时候，本质上是价值观的问题。搞科研纵然有千万条不好，但让我做出转行决定，不是心累，也不是憋屈，更不是不感兴趣，而是无用。我确实觉得": 1, - "paint": 1, - "无用，robot": 1, - "无用，": 1, - "storage": 1, - "with": 1, - "origami": 1, - "更是无用。": 1, - "不仅是我觉得没用，很多低年级的师弟师妹也觉得无用，至于到了樊老师那个层次，就是找了个「有之以为利，无之以为用」的说法麻醉自己。中层的青年老师眼里，就不会考虑这个问题，只有文章文章文章，能发文章，让自己升职加薪比什么都强。所以起码对自己有用，至于对别人对社会有没有用，全靠瞎几把吹（文章粉饰）的水平。": 1, - "以人为本": 1, - "我觉得做职业选择，还是得以人为本，从自身最基本的地方出发。": 1, - "第一个就是身体条件。我现在是绝对的亚健康，胃病肝炎还有阿尔法型超重。照顾好自己的身体，就必须要平衡好生活和工作（不管是什么职业），合理分配时间精力，别让自己落入拖延的怪圈，导致身体和精神上的巨大压力。": 1, - "第二个就是基本诉求。人活着基本诉求无非就是衣食住行，教育医疗等等得到满足。眼下来看，除了买房难，其它的都还好。如果在上海或深圳，基本只能租房。其实我如果留在交大慢慢发展人脉，教育医疗也能有好的保障。": 1, - "第三个就是精神追求。这个涉及到个人深层次的价值观，也就是我会认为度过怎样的一生才有意义。目前我至少可以用排除法：我不求大富大贵，也不追求卓越的名声。我就想普普通通的，跟自己老婆长相厮守，生娃然后扶养ta长大，然后比较健康地终老，就非常不错了。如果说有什么牛逼的事情，做了教授的较高的社会地位值得一吹，发表的论文也值得一吹，甚至业余搞点把软件或者电子制作的作品，又或者写一部自己满意的超长篇小说，都是非常值得骄傲的事情。当然，还有坚持写日记，坚持锻炼……其实这些事情都有两个共同的特点：": 1, - "常人不能完成": 1, - "需要付出持久的努力": 1, - "所以，其实我觉得的牛逼，并不是所谓的「有没有用」或者说对别人做了多少贡献。牛逼非常简单，就是别人做不到，你能。如果要再升华一下这一点，他就叫做「创新」。不过创新总是难得（得蝎子拉屎），能够胜过大部分人就很不错了。": 1 - }, - "timestamp": 1637585290000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-08-17.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "null": 1, - "racking": 1, - "我博士后在交大干了满一年，接下来又要决定未来了，这是艰难的，所以当初我就开玩笑说，做博士后就是个「死缓」。其实到现在，我的选择可以有很多，但是比较占优的，也就是两种：一个是争取留在交大继续，二是去深圳湾实验室跟侯尚国师兄合作。": 1, - "比较两种选择": 1, - "工作上的选择必然也会对生活造成巨大的影响。因为这个事情直接决定了我将来到底要在哪里安居乐业。生娃，买房，这些人生中非常大事，在未来三到五年都会陆陆续续解决。所以我不得不做好选择和计划。": 1, - "!asted": 5, - "image": 5, - "png": 5, - "通过各方面的比较公平实在的评价比较，可以看到去深圳湾实验室，还是占有一定优势的。所以我最终还是要选择去深圳湾实验室。": 1, - "⭐基于选择制定计划": 1, - "既然要去深圳，那么最好是成为「深圳湾启航学者」，这样就不用挤占自己课题组的经费（不然我助理研究员的工资是侯师兄从课题组发的钱），有利于我跟侯师兄进一步的发展。为了做这件事，我最好要参加「青年科学家云论坛」，这个截止报名时间比较紧迫，我得抓紧了。": 1, - "我做出的这个决定，其实对于李茜师姐来说并不是一个好消息。所以我得找个时机跟她讲清楚，不要到时候再突然变卦，让人家猝不及防。": 1, - "参加论坛暂时没有什么太多要求，就是填写一个报名表就可以了。所以这个可先搞着，看那边的通知，如果可以做报告，后面就准备。然后至于申请启航学者的事情，肯定得我跟李茜说明白之后，再找樊老师要推荐信，这样就十拿九稳了。等到这个事情差不多了，我才能继续后面的事情，比如思考未来的课题和发展方向，甚至买房买车等等。": 1, - "青年基金如果能中最好，~~这样我就能再申请一个深圳后备级人才计划资助，五年下来似乎有": 1, - "w，也是一笔大钱。如果申请不中，那么我就转而发力博士后面上，好好改改，争取能拿到~~。": 1, - "深圳湾实验室相关": 1, - "“深”爱人才、“圳”等你来、“湾”里相会": 1, - "——深圳湾实验室年青年科学家云论坛通知": 1, - "qqcom": 4, - "年月日举行青年科学家云论坛，论坛将采取线上方式进行。": 1, - "具有海内外知名大学或科研院所博士学位，原则上年龄不超过周岁": 1, - "海内外青年学者请通过邮件（lippszblaccn）提交个人简历和论坛报名表（详见附件），报名截止日期：年月日": 1, - "参会者将有机会优先入选深圳湾实验室特聘研究员或者深圳湾实验室启航学者👇": 1, - "深圳湾学者全球招聘通知": 1, - "“深圳湾学者”实行聘期制，聘期为年。“深圳湾港湾学者”可续聘一个周期，“深圳湾启航学者”表现优异者，可申请特聘研究员（unior": 1, - "rincipal": 1, - "nvestigator）岗位。": 1, - "深圳湾启航学者应具有博士学位，原则上获得博士学位不超过年。有良好学术训练基础，在科学研究方面有出色的成就和创新性研究思路。聘期内全职在实验室工作。": 1, - "“深圳湾启航学者”的岗位职责和支持条件：根据实验室以及研究所中心的学科规划，在现有课题组内开展合作研究工作或独立领导团队开展科学研究工作；": 1, - "实验室提供世界先进的技术支撑平台，提供科研经费。": 1, - "作为全职岗位，深圳湾启航学者享有全职员工的所有福利待遇，包括五险一金、补充医疗保险、年度健康体检、带薪年假、人才住房；接收户口档案；协助子女入学等。": 1, - "应聘材料：": 1, - "自荐信；": 1, - "简历；": 1, - "研究总结和预计在实验室开展的研究工作计划；": 1, - "至少三名推荐人的姓名、机构、联系方式等信息。港湾学者候选人的其中一名推荐人为实验室现有，该为候选人获得港湾学者后在实验室的合作研究者。": 1, - "请将上述材料合并为一个文档后发送给实验室人事部李老师，邮箱：hrfellowszblaccn。申请人需在申请材料或申请邮件中明确其意向研究所中心和申请岗位。": 1, - "学者岗位申请持续开放，每份申请材料一经收到即会进入评估程序。只有初审合格的申请人会被联系和邀请参加面试。": 1, - "关于青年基金": 1, - "国自然放榜时间表！": 1, - "前（本周四）": 1, - "月日": 1, - "信息中心开通依托单位和申请人项目审批结果查询功能。": 1, - "关于深圳人才计划": 1, - "关于后备人才政策废止": 1, - "深圳市委书记王伟中": 1, - "深圳市": 1, - "广东省": 1, - "领导留言板": 1, - "人民网": 1, - "peoplecomcn": 1, - "深圳市政府给出的解释中，主要是突出市场化机制支持人才，支持重点用人单位设置特聘岗位，根据不同专业、不同学科特点和人才成长规律，自主评价聘用高精尖缺人才。所以“深圳湾学者”就是在这种背景下提出的。": 1, - "深圳市人力资源和社会保障局关于高层次人才业务、新引进人才租房和生活补贴业务相关安排的公告深圳市人力资源和社会保障局网站": 1, - "szgovcn": 2, - "深圳人才补贴": 1, - "年深圳人才补贴政策讲解（必读干货）": 1, - "知乎": 4, - "zhihucom": 4, - "入职落户后缴纳了三个月社保，可以领几万块市里的补贴，再过半年可以领光明区的补贴。": 1, - "关于生娃定居买房": 1, - "老婆已经吃起了叶酸，还跟我算起了家庭小账本，踌躇满志地要搞定几件人生大事。": 1, - "深圳将不断加大人才安居保障力度，加快完善“”住房供应与保障体系。所以买房这个事情其实也不用着急。如果合适，深圳市区的房子也可以买。": 1, - "深圳市人民政府关于深化住房制度改革加快建立多主体供给多渠道保障租购并举的住房供应与保障体系的意见市政府文件": 1, - "年深圳人才房申请指南（公租房安居房）": 1, - "补充：关于户口": 1, - "深圳户口有什么好处？": 1, - "年了，上海户口为什么依然价值百万？": 1, - "看完最后👆这篇关于上海户口的说明，虽然大部分说法感觉不靠谱，但是确实还是很有吸引力，就像老婆时不时念叨浪费了上海户口。": 1, - "但是仔细想想，上海户口最大利好的是子孙后代。比如有上海户口，上学，就业乃至婚恋都是很大加分。然后对我们自己好的地方可能在于医疗和养老，然后公共交通出行也比较方便。": 1, - "以上海为例，户口最大的价值在于两点，一个是购房资格，一个是教育。但是要实现这两个价值，说白了都是以经济基础为前提的。": 1, - "上海户口真的那么好吗？": 1, - "户口所附带的一些东西，比如医疗、教育，其实我在前面的表格中也有体现，所以也没啥好说的。深圳户口和上海户口相比，不会差到哪里去。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "null": 1, - "racking": 1, - "我博士后在交大干了满一年，接下来又要决定未来了，这是艰难的，所以当初我就开玩笑说，做博士后就是个「死缓」。其实到现在，我的选择可以有很多，但是比较占优的，也就是两种：一个是争取留在交大继续，二是去深圳湾实验室跟侯尚国师兄合作。": 1, - "比较两种选择": 1, - "工作上的选择必然也会对生活造成巨大的影响。因为这个事情直接决定了我将来到底要在哪里安居乐业。生娃，买房，这些人生中非常大事，在未来三到五年都会陆陆续续解决。所以我不得不做好选择和计划。": 1, - "!asted": 5, - "image": 5, - "png": 5, - "通过各方面的比较公平实在的评价比较，可以看到去深圳湾实验室，还是占有一定优势的。所以我最终还是要选择去深圳湾实验室。": 1, - "⭐基于选择制定计划": 1, - "既然要去深圳，那么最好是成为「深圳湾启航学者」，这样就不用挤占自己课题组的经费（不然我助理研究员的工资是侯师兄从课题组发的钱），有利于我跟侯师兄进一步的发展。为了做这件事，我最好要参加「青年科学家云论坛」，这个截止报名时间比较紧迫，我得抓紧了。": 1, - "我做出的这个决定，其实对于李茜师姐来说并不是一个好消息。所以我得找个时机跟她讲清楚，不要到时候再突然变卦，让人家猝不及防。": 1, - "参加论坛暂时没有什么太多要求，就是填写一个报名表就可以了。所以这个可先搞着，看那边的通知，如果可以做报告，后面就准备。然后至于申请启航学者的事情，肯定得我跟李茜说明白之后，再找樊老师要推荐信，这样就十拿九稳了。等到这个事情差不多了，我才能继续后面的事情，比如思考未来的课题和发展方向，甚至买房买车等等。": 1, - 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"差不多把小组会文献汇报部分的内容搞完了，打算下班回家。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "整理文献库和看文献，顺带做了一点小组会的内容。": 1, - "racking": 1, - "先尝试学习使用dataview插件，感觉在自动聚合一些内容上有不错的效果。": 1, - "这周的任务还剩下两个，而且还是最难的两个，而且这周只剩下两天了。我还是先修改文章的igure吧，不然小组会都不知道讲什么。然后改图改累了就穿插着写ntroduction和文章。": 1, - "我发了outline和scheme的截图给茜姐，她回复我跑远了先停下来，不明觉厉，那就先弄小组会吧。小组会，然后在准备小组会报告，要分享文献，索性把之前弄的两个专题阅读的内容给搞过来。分子机器专题阅读，纳米颗粒布朗运动专题阅读": 1, - "整理了最近三个主题阅读的内容（另外还包括分子共振荧光增强）。": 1, - "继续扫读文献库，把分子机器专题的搞完。": 1, - "发现分子机器里边有不少框架核酸的内容，其实应当另外析出。框架核酸及其应用": 1, - "查看微信公众号上的推送，发现关于力学在组织发育和肿瘤形成发展中扮演的角色还挺重要的，可以找": 1, - "细胞力学": 1, - "方面的文献读一下。细胞分子力学专题": 1, - "差不多把小组会文献汇报部分的内容搞完了，打算下班回家。": 1 - }, - "timestamp": 1637585290000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-10-22.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "还是看文献的一天，还不错啦！": 1, - "racking": 1, - "昨天整理了文献库，也看了不少文献，还剩下很多文献没有整理。我觉得这样也不是办法，我得停下来思考一下，凝练出我应当发力的主要方向，以及另外三到五个感兴趣的方向。文献阅读方向思考": 1, - "决定了合成生物学的方向之后，我打算先找一些电子书看看，可以用": 1, - "ystems": 1, - "iology》aneko": 1, - "简单看了下《ife": 1, - "complex": 1, - "biological": 1, - "system》这本书的前言和某章，学到了一些术语吧，对于一个复杂系统的基本概念有了了解。": 1, - "注册了zibrary的会员，用户名是": 1, - "sheldonsinapcom，密码是": 1, - "zbook，edge浏览器记住了": 1, - "密码": 1, - "。注册用户每天可以下载本书，不然就只能下载本。然后我接着下载了四本关于合成生物学的书籍。": 1, - "沈建磊师兄跟我约了周六下午大组会之后聊一聊，我可以再了解一下膜张力的情况。膜张力的情况": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "还是看文献的一天，还不错啦！": 1, - "racking": 1, - "昨天整理了文献库，也看了不少文献，还剩下很多文献没有整理。我觉得这样也不是办法，我得停下来思考一下，凝练出我应当发力的主要方向，以及另外三到五个感兴趣的方向。文献阅读方向思考": 1, - "决定了合成生物学的方向之后，我打算先找一些电子书看看，可以用": 1, - "ystems": 1, - "iology》aneko": 1, - "简单看了下《ife": 1, - "complex": 1, - "biological": 1, - "system》这本书的前言和某章，学到了一些术语吧，对于一个复杂系统的基本概念有了了解。": 1, - "注册了zibrary的会员，用户名是": 1, - "sheldonsinapcom，密码是": 1, - "zbook，edge浏览器记住了": 1, - "密码": 1, - "。注册用户每天可以下载本书，不然就只能下载本。然后我接着下载了四本关于合成生物学的书籍。": 1, - "沈建磊师兄跟我约了周六下午大组会之后聊一聊，我可以再了解一下膜张力的情况。膜张力的情况": 1 - 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"sheldonsinapcom，": 1, - "密码": 2, - "是": 2, - "xxd。": 2, - "寻找报名参加学术会议的实验室相关制度要求，发现企业微信（规章制度）和钉钉（试剂耗材采购，请假考勤等）都很久没有登录了。钉钉的登录手机号是": 1, - "，": 1, - "王飞师姐计划买一个微流控系统，让我帮忙调研一下。微流控系统调研": 1, - "我真心觉得，看板这个东西有一个就可以了。": 1, - "给任务看板好好地整理了一下，以后就用这一个看板就行，足以支持我做计划安排。我在计划安排这一块，思想和行动非常割裂，但还是要实事求是，先从简单的搞起。所以看板也非常简单。": 1, - "现在基本上搞会了anban插件，接下来要结合": 1, - "quickdd": 2, - "和": 1, - "emplater": 1, - "弄一个快速添加任务的东西。但这个如何跟我现有的日志体系结合到一起，值得思考。": 1, - "我把quickdd的快捷键都整理了一遍，就可以召唤": 1, - "quickdd，然后进一步选择各种命令。关于": 1, - "的用法，我觉得这篇博客非常好。": 1, - "上周通过形而上的思考文献阅读方向思考，觉得自己后面想搞合成生物学的东西，但是简单了解了一下，这个想法也是有点不切实际。所以还是要必须联系实际情况来做一些思考。研究方向思考": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "还是做了不少事情，但却是并不重要的急事杂事。": 1, - "racking": 1, - "今天是分析化学年会（，深圳）提交摘要的deadline，先把这个事情搞定（深圳分析化学年会展报）。我注册了中国化学会的会员，登录邮箱是": 1, - "sheldonsinapcom，": 1, - "密码": 2, - "是": 2, - "xxd。": 2, - "寻找报名参加学术会议的实验室相关制度要求，发现企业微信（规章制度）和钉钉（试剂耗材采购，请假考勤等）都很久没有登录了。钉钉的登录手机号是": 1, - 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"imager": 1, - "了。": 1, - "左小磊老师名下的博士生郭瑞妍找我咨询超分辨成像样品制备的事情，我建议她搞合作，她说后面经常用想自己学，。": 1, - "再次查看戴哲泽师弟的工作汇报，感觉他的逻辑还是有点混乱的，似乎一个下午也没有多少更新。要求他先把一个大纲弄出来。": 1, - "晚上又跟茜姐一起看戴哲泽的工作汇报，果然不出我所料地挨批。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "做了一点正事，但也就一点点。": 1, - "racking": 1, - "昨晚提早下班放浪形骸了，今天开始改变，先从前期的小结开始。周小结": 1, - "做事还是要讲究循序渐进，其实并不是我拖延，而是要干的事情大多比较陌生而且复杂，而且我想做出的改变太多。所以我不妨先从一些简单的事情干起。比如阅读文献，先每天阅读十篇单颗粒成像方面的文章。成像": 1, - "不过这个事情可以安排到晚上来搞，因为它并不算难，我现在更应该搞，不然即便我看了十篇文献，内心也不会舒坦，这就是真实。文章新的逻辑框架": 1, - "刚刚跟戴哲泽看了一下他的大组会，完成度比较低，因为他调入了一个误区。他试图把这个大组会工作汇报当作是文章的来搞，然后根据得到结果来推前面的背景。这样对于他必然是吃力的，尤其是他对于这个工作的创新性把握还不到位，到底这个工作提出了一个什么新的概念，我已经明确跟他指出是一种新型的": 1, - "imager": 1, - "了。": 1, - "左小磊老师名下的博士生郭瑞妍找我咨询超分辨成像样品制备的事情，我建议她搞合作，她说后面经常用想自己学，。": 1, - "再次查看戴哲泽师弟的工作汇报，感觉他的逻辑还是有点混乱的，似乎一个下午也没有多少更新。要求他先把一个大纲弄出来。": 1, - "晚上又跟茜姐一起看戴哲泽的工作汇报，果然不出我所料地挨批。": 1 - }, - "timestamp": 1637585290000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-10-27.md": { - "withStopwords": { - 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"饭后无聊，想到一个图像分析的编程题目，编程题目分析随机曲线。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "前期的拖延导致了现在的压力。": 1, - "racking": 1, - "win的升级不慢，但由于未知网络因素，下载到特定的进度居然卡死，无语，浪费我早上宝贵时间，本来打算看看文献开工的。": 1, - "早上茜姐过来问我今天能不能搞完，我说可以。其实如果昨天静下心来搞，昨天就能搞完一个初稿。所以还是有点": 1, - "拖延": 1, - "了。": 1, - "中午搜索了一些关于nanorobot的生物医学应用的文献微纳机器人的运动和应用，找了篇左右，差不多了，接下来要快速的看，主要的目的还是要完成的素材积累文章新的逻辑框架。": 1, - "饭后无聊，想到一个图像分析的编程题目，编程题目分析随机曲线。": 1 - }, - "timestamp": 1637590110000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-10-29.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "事业上有种拨开云雾的感觉。": 1, - "racking": 1, - "昨天晚上跟茜姐聊了一下，让我又动摇了后面去深圳的想法。职业发展的思考": 1, - "调研了一下荧光相关光谱技术，感觉在测定分子或纳米颗粒的布朗运动扩散系数上很有用。荧光相关光谱成像": 1, - "但是这个似乎要用": 1, - "confocal": 1, - "去做，而且后续的数据分析也需要一些功夫。": 1, - "千里之行始于足下，我觉得做一个obsidian搞学术研究的教程还蛮有意义的。不妨现在就开始做起来，每天一点点。利用obsidian搞科研": 1 - }, - "withoutStopwords": { - 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"bjvam": 1, - "尝试了workbench这个插件，简直就是一个垃圾。所以很快试用结束后就删除掉了。下一步我打算看看文献。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "戴哲泽师弟工作汇报终于结束，跟侯尚国师兄说明情况并获得理解。": 1, - "racking": 1, - "电脑": 2, - "带了拯救者p电脑到学校来安装一些软件和系统升级。结果还是会遇到一些问题，manjaro中通过软件包管理器安装blender失败，因为cuda总是装不上，尝试直接通过命令行`yay": 1, - "`，发现是镜像源的问题，切换到上海交大的镜像源，就舒服多了。": 1, - "联想拯救者p电脑上的zotero储存了前期大量的文献积累，暂时还不能用，所以我在家里主要还是得用manjaro系统来同步办公。": 1, - "又到了周末，到了需要写周小结的时候了，试试？周小结": 1, - "obsidian": 2, - "发现周小结模板中": 1, - "dataview": 1, - "的": 1, - "query": 1, - "语句存在问题，查询资料后修改成功，后面根据日志文件名日期来进行更为准确的query。每周小结": 1, - "bjvam": 1, - "尝试了workbench这个插件，简直就是一个垃圾。所以很快试用结束后就删除掉了。下一步我打算看看文献。": 1 - }, - "timestamp": 1637589058000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-10-31.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "在家还是没有认真完成重要工作的习惯，不过好歹迈出了第一步，看了一点文献。": 1, - "racking": 1, - "obsidian": 6, - "感觉临时任务没有必要添加到看板中，这样就失去了计划执行完成的意义。": 1, - "感觉文献阅读工作流还是需要进一步完善，感觉没有必要依赖于annotator插件了。所以完全切换成了": 1, - "zoterocitations": 1, - "的工作流。看文献的标注还是依赖于": 1, - "foxit": 1, - "reader": 1, - "直接在": 1, - "pdf": 1, - "上做高亮标注即可。": 1, - "文献调研": 1, - "每天提前一个小时上班，不妨好好利用这段时间，多看文献，真正养成看文献的习惯。": 1, - "发现标签值得好好利用，使用日志racking的时候可以先想好标签。然后标签加上反斜杠还能作为子标签呢。": 1, - "继续整理标签，只要在标签面板rename即可，非常方便。感觉文件夹就是分类，标签就是另外一种组织方式。太棒了，终于把": 1, - "ag": 1, - "rangler": 1, - "这个插件用起来了。": 1, - "电脑": 1, - "花了点时间，调整了自己笔记本上manjaro的显示缩放（英寸屏幕，缩放比较合适），其实在显示器设置的部分。": 1, - "修改了paperdocxpy": 1, - "和": 1, - "getitationeyspy": 1, - "的代码，采用相对路径。此后随便移动": 1, - "vault": 1, - "也不用修改代码了。另外注意从": 1, - "obsidianzotero": 1, - "中导出": 1, - "citation": 1, - "key": 1, - "时，要导出到": 1, - "目录下的文件。": 1, - "发现在linux上运行，paperdocxpy": 1, - "脚本还是存在很多问题，一一解决，现在才称得上是能够完美了。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "在家还是没有认真完成重要工作的习惯，不过好歹迈出了第一步，看了一点文献。": 1, - 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"rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "还不错，终于搞了第一版的，也理清了一些东西。": 1, - "racking": 1, - "obsidian": 1, - "来了实验室打开电脑的第一件事情，就是发布vault模板的第一个release，后面还有没有新的版本，就随缘了，但这个事情我必须要切割，不然会分散我的时间精力。": 1, - "今天是周一，肯定是要进行一下周小结周小结，然后思考一下这周的安排，对任务看板做修改。一定要养成这样的": 1, - "习惯": 1, - "。": 1, - "总算给茜姐提交了的初稿，并获得了一些建议文章新的逻辑框架。下一步搞新的scheme。": 1, - "文献调研": 1, - "深入了解了一下stokesinstein方程，公式简洁明了，扩散系数就是跟液体剪切力（黏度相关）和大小成反比。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "还不错，终于搞了第一版的，也理清了一些东西。": 1, - "racking": 1, - "obsidian": 1, - "来了实验室打开电脑的第一件事情，就是发布vault模板的第一个release，后面还有没有新的版本，就随缘了，但这个事情我必须要切割，不然会分散我的时间精力。": 1, - "今天是周一，肯定是要进行一下周小结周小结，然后思考一下这周的安排，对任务看板做修改。一定要养成这样的": 1, - "习惯": 1, - "。": 1, - "总算给茜姐提交了的初稿，并获得了一些建议文章新的逻辑框架。下一步搞新的scheme。": 1, - "文献调研": 1, - "深入了解了一下stokesinstein方程，公式简洁明了，扩散系数就是跟液体剪切力（黏度相关）和大小成反比。": 1 - }, - "timestamp": 1637589058000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-11-02.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "修改了第二版，方向是对的，另外还看了不少文献，以及了解了python控制blender制作动画。": 1, - "racking": 1, - "文献调研": 1, - "早上来先看个十篇微纳机器人的运动和应用中还没看的文献，平均六分钟一篇，也还行吧，其实看的内容很少。": 1, - "电脑": 1, - "在笔记本hinkpad上开启了共享文件夹以及服务，然后开启个人热点，手机连上这个热点就可以实现无线文件传输了，速度大概在s的样子。": 1, - "作图": 1, - "打算用": 1, - "python": 1, - "编程的方式控制": 1, - "blender": 1, - "制作三维动画，主要是涉及到物体的选择、移动变换以及插入关键帧。blender编程": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "修改了第二版，方向是对的，另外还看了不少文献，以及了解了python控制blender制作动画。": 1, - "racking": 1, - "文献调研": 1, - "早上来先看个十篇微纳机器人的运动和应用中还没看的文献，平均六分钟一篇，也还行吧，其实看的内容很少。": 1, - "电脑": 1, - "在笔记本hinkpad上开启了共享文件夹以及服务，然后开启个人热点，手机连上这个热点就可以实现无线文件传输了，速度大概在s的样子。": 1, - "作图": 1, - "打算用": 1, - "python": 1, - "编程的方式控制": 1, - "blender": 1, - "制作三维动画，主要是涉及到物体的选择、移动变换以及插入关键帧。blender编程": 1 - }, - "timestamp": 1637585292000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-11-03.md": { - 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"zotero": 1, - "中的还可以保留为同一个文件夹内，这个倒也无妨，总之做好链接就行。": 1, - "帮戴琨同学安装了一下cadnano，非常简单的事情，再一次树立了实验室老码农形象。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "有一次展现了作图的能力，另今天实验室举办了第四季度的生日会。": 1, - "racking": 1, - "早上来趁着脑子清醒，有目的性地看下文献，思考切实可行的未来发展方向。": 1, - "午饭前搜罗了一下iotif的文献，可以好好看看。": 1, - "计划今天再整理一下超分辨成像的文献，争取周末的时候能够系统地再回顾阅读一下。": 1, - "作图": 1, - "昨天帮忙修改的图对方很满意，还需要再帮忙修改一处（anuscriptdocx，帮忙改图李茜ai，改图建议pptx）。我先用草图说明了大致的修改方向，如果对方要让我全权修改的话，就需要对方提供矢量图元素了。": 1, - "obsidian": 1, - "在文献阅读的时候遇到一个新的问题。就是针对一个": 1, - "topic，其实它的内容是需要不断更新的。但是一篇笔记的内容如果太多，就会出现阅读困难。不过在": 1, - "zotero": 1, - "中的还可以保留为同一个文件夹内，这个倒也无妨，总之做好链接就行。": 1, - "帮戴琨同学安装了一下cadnano，非常简单的事情，再一次树立了实验室老码农形象。": 1 - }, - "timestamp": 1637589056000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-11-06.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "上午小组会，下午大组会，周六的组会开不停。": 1, - "racking": 1, - "小组会": 1, - "今天留给我的时间不多了，半个小时把小组会搞好（小组会谢晓冬pptx）。": 1, - "为了更好的展示效果，制作一个blender四面随机运动的三维动画。andomsblend": 1, - "下午听组会的时候重新做了一个文献汇报的（文献汇报谢晓冬pptx），讲的是结构色方面的工作ib，用于绿色印刷，通过结构控制颜色的策略还是很不错的，真刺激。这个工作降低了结构色印刷工艺的难度，但即便这样还是很难。话说结构本身很大程度上决定功能，手性光学材料就是如此。": 1, - "ekakb": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "上午小组会，下午大组会，周六的组会开不停。": 1, - "racking": 1, - "小组会": 1, - "今天留给我的时间不多了，半个小时把小组会搞好（小组会谢晓冬pptx）。": 1, - "为了更好的展示效果，制作一个blender四面随机运动的三维动画。andomsblend": 1, - "下午听组会的时候重新做了一个文献汇报的（文献汇报谢晓冬pptx），讲的是结构色方面的工作ib，用于绿色印刷，通过结构控制颜色的策略还是很不错的，真刺激。这个工作降低了结构色印刷工艺的难度，但即便这样还是很难。话说结构本身很大程度上决定功能，手性光学材料就是如此。": 1, - "ekakb": 1 - }, - "timestamp": 1637585292000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-11-07.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "周日在家不要求工作什么，不过好歹可以写下周小结，毕竟自动化程度很高了。": 1, - "racking": 1, - "周日在家，老婆却要去上班，所以自己好自为之，最好是能够补补课，把之前因为拖延的进度赶回来吧。不过可以先对这周做一个小结。周小结": 1, - "发现在": 1, - "linux": 1, - "上，我的每日相关的dataview": 1, - "模版似乎失效了。所以这个东西慎用吧。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "周日在家不要求工作什么，不过好歹可以写下周小结，毕竟自动化程度很高了。": 1, - "racking": 1, - "周日在家，老婆却要去上班，所以自己好自为之，最好是能够补补课，把之前因为拖延的进度赶回来吧。不过可以先对这周做一个小结。周小结": 1, - "发现在": 1, - "linux": 1, - "上，我的每日相关的dataview": 1, - "模版似乎失效了。所以这个东西慎用吧。": 1 - }, - "timestamp": 1637585292000 - }, - "01-Diary/日志存档/2021-11-08.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "又是接人，又是搞工作汇报，其实做的事情蛮多了。": 1, - "racking": 1, - "刚接到侯尚国师兄，他从深圳过来上海，找樊老师聊一下。": 1, - "茜姐说周三小老板们要聊一下，希望把我手头上这个东西整理出来一份形式上达标的工作汇报，到时候她去讲一讲。今天先快速地给她搞出来一版。搞一下工作简报": 1, - "下午又做了一个框架核酸分子机器的补充，给茜姐整理信息读写加密部分的思路和数据；接着她就跟我细化布置了另外一个任务统计汇总框架核酸分子机器的结构参数。": 1, - "感觉有点累，似乎什么都不想干了，而且也快到饭点了，干脆看一会儿文献吧微纳机器人的运动控制。": 1 - 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"在github上的vault模板有人提了issue，询问的确实是一个存在的问题，这算是我第一次被人提issue，值得纪念。另外我还发现这个项目已经被标了三颗星。无论是线下还是线上，都有人用，说明我这个项目确实做的是好东西。或许后面有空，可以现在实验室内部宣传推广一下。但就是准备一份详细的教程会比较费时间。": 1, - "把软件工具给细化了一下，后面慢慢地填充内容。其实我个人值得分享的一些经验技巧，大部分都是一些软件工具的使用。我觉得这个也是宝贵的，如果一个新生能够尽快地掌握这些工具技术，或许能够更快地实现「思考自由」，从而加速科研的效率。": 1, - "又只剩一个小时就到晚上的饭点了，干脆一鼓作气把单分子成像剩下的部分看完了。": 1, - "根据实际情况，增加了文献调研模板，规范了速览阅读笔记的主要内容，其实非常简单，就是一个page就是针对一个特定问题的回答，文献就是其中的素材。另外还新增了大牛页面模板模板，感觉又可以搞一波": 1, - "quickdd": 1, - "了。!": 1, - "添加一段注释内容到当前光标，预览时并不会出现这段内容": 1, - "弄了一个笔记注释的": 1, - "quickdd，这样以后就可以轻松插入不被渲染和打印出来的注释内容了。": 1, - "终于把需要用到的": 1, - "quickdd命令给弄好了。忽然想起来思考课题最好也搞一个模板，帮助自己理顺逻辑，避免一堆废话。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "打算规范化弄一下people，并且建立一个人物汇总页。终于把uthoranking搞好了，弄这个的时候发现": 1, - "esearchate": 1, - "更加好用。": 1, - "陈杰林分享了将endnote里的文献信息还有一起导入zotero": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "跟人分享了obsidian，并进一步完善obsidian工具链。": 1, - "racking": 1, - 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"nm。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "周六开一天的组会，上午临时急忙做了一个文献分享。": 1, - "racking": 1, - "听大组会": 1, - "梁承品，特殊的线粒体染料分子，可以用作超分辨成像，而且拍摄时间似乎能到一个小时": 1, - "文献调研": 1, - "把sm的专题调研部分大致看完了": 1, - "丁飞讲了一篇直接用低温薄层包裹自体癌细胞制备肿瘤疫苗，激活患者的免疫细胞的工作，这个方向感觉又会成为包膜类似的领域，比较混乱。": 1, - "郝亚亚讲了一个利用上转换颗粒结合低功耗的实现信息存储的工作，": 1, - "nm": 2, - "分辨率。感觉现在很多工作会想着把激光功率降下来。另外这里边还有氧化石墨烯。有点像蓝光（单层可达": 1, - "的存储容量）。这个如果做成光盘，估计得有倍的容量提升。": 1, - "thers": 1, - "看完文献之后，本来想思考一下新课题，但似乎也没有什么好的想法。或许可以先整理下已有的实验技术和条件，以及观察的一些实验现象和实验困难，从实际情况出发提出一些问题。": 1, - "光刻机是目前国家最被卡脖子的东西。其实就是高精度加工电子芯片。有没有可能利用": 1, - "bottomup": 1, - "的方式制备可用的芯片，其实尹朋eng": 1, - "in尝试过用折纸作为限域模板来生长一些金属，瞄准着芯片制备。从短期来看，": 1, - "制程的芯片以及背后的庞大工业链决定了，基于晶体管的电子芯片的基本结构和工作原理是不会改变的。所以问题就是如何生长这种晶体管，然后按照人类意愿（芯片设计图）实现空间排布。如果能够有纳米机器人来执行这个原子尺度的合成制造就好了。": 1, - "折纸确实是可以搞的，每个位点都可以伸出延伸链，作为寻址位点。所以就有可能实现定点的生长。双螺旋是": 1, - "nm，伸出位点间距一般是": 1, - "nm。": 1 - }, - "timestamp": 1637590078000 - }, - 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"racking": 1, - "今天周三，这周已经有两天的忘我地文献调研和课题思考，如果再这样就会拖慢现有文章工作的进度了。所以今天简单草拟一下关于细胞力学成像比较快的实验计划，算是对前两天工作的总结。": 1, - "obsidian": 7, - "发现目前的事务表中关于重要程度，紧急程度，成就感的信息都没有太多必要，徒增累赘，也不客观。我感觉每天做的事情，就让他待在inbox里好了，等到周小结的时候直接看事务表就一目了然自己到底做了些什么。那么我关心的可能就是一个timeline": 1, - "occupied的情况，所以只需要starttime和duration即可。": 1, - "将看板事务修改为本周事务，并且将": 1, - "folder": 1, - "转移至": 1, - "iary目录下。": 1, - "修改日志模板，感觉没有必要搞一个每日相关，因为看板事务已经很好地自动建立了对当天日志的链接。": 1, - "修改默认新建文件的目录直接为": 1, - "iary本周事务，然后修改": 1, - "nbox": 1, - "为": 1, - "，作为存放各种使用": 1, - "dataview": 2, - "实现的": 1, - "map，调整了本周事务表，并且删除了之前的看板任务的模板。": 1, - "更换了一个lueopaz主题，避免审美疲劳。": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "发现": 1, - "的一些高级用法（bjvam），表达式如果用了加减乘除运算符，一定要有空格，不然就是无效的。然后时间相减默认得到一个duration的数据类型。如“今天到此为止工作了": 1, - "`thisfilemtime": 1, - "thisfilectimehours`": 1, - "个小时”。": 1, - "到网上找lueopaz主题推荐的霞鹜文楷字体下载要老大一会儿了，这里干脆添加上附件：enai霞鹜文楷字体包zip，然后就发现自己屏幕的分辨率不够，无法直观感受到这字体的妙处。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - 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}, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅日志": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "dailynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "还是看文献调研了下核酸适配体": 1, - "racking": 1, - "根据上级最新指示精神，重新制定了细胞力学成像的方案，收集分析思考甄选了大量信息，最后得到的方案其实看上去如果偷懒的话，只看一篇文献就足够了。所以有些时候真的是要给自己设置一个": 1, - "deadline，比如要求自己一个小时内必须解决这个事情，就不会去花费两天的时间看两百多篇论文。当然了这个过程本身还是带来了很多收获，都是有用的知识积累。": 1, - "忽然觉得，其实阅读文献的时候，只要建立了zotero跟obsidian的连接就可以了，无需频繁更新": 1, - "mdnotes文件。至于pdf备注，说实话目前还没有感受到它的强大威力，可能是搞得不多。不过我现在有在考虑做一个基于dataview的map，能够直接看我文库中高引作者和高引论文。但关系图谱已经就此做了图形化展示。": 1, - "我必须修改下关系图谱中的未创建页面的节点颜色，打开主题样式css文件，搜索这个属性即可`": 1, - "graphunresolved`。": 1, - "另外样式文件中有非常多的注释，介绍了一些独特的用法，比如特殊标签有不同颜色，给字体或者背景加颜色，控制图片位置大小甚至添加图注等。但只有标签比较好看，图片的比较实用。": 1, - "下午调研了好久核酸适配体的东西，感觉这个会更加简单方便。": 1, - "给大家演示一下": 1, - "obsidian，这是个链接帮李茜刷一下文章angew的格式，这里演示文献引用erreira，然后我自己又折腾主题，到论坛上发现": 1, - "style": 1, - "setting": 1, - "插件配套": 1, - "lue": 1, - "opaz主题使用": 1, - "搞了一个icon插件，让自己的笔记更加丰富有趣一点把，快捷键是，我觉得也没多少有意思的icon，所以关闭了。不过文件夹的icon倒是可以搞一个。": 1 - }, - "timestamp": 1637590042000 - 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"当然了，所谓的志存高远还是可以的，比如给自己定一个五年之后的目标，做出成果，弄个优青的头衔，这个是可以的。但如果是去哪个城市哪个单位，买房买车诸如此类过于现实的事务，都只是未来可能存在选择而不是志向。考虑这种还远没有到做决定的选择，就很难给自己带来正面的情绪。我觉得这里还是要各种学会区分，区分志向和选择。再自己咬文嚼字一下，「志存高远」，就是把比较高的不大可能完成的志向存放到比较远的地方，才能产生吸引力和美感。另外一个相对应的就是「活在当下」，像买房买车定居什么城市这种，都是具体生活事务，而且还是未来而非当下的生活。所以千万不要活在未来。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "📅月总结": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "monthlysummary": 1, - "rating": 2, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 2, - "工作上有很大进步，切记不要拖延，要明白志存高远，活在当下的道理。": 1, - "情况汇总": 1, - "`dataview": 1, - "\"ummary\"": 1, - "\"ating\"": 1, - "\"iary\"": 1, - "weeklynote": 1, - "date\"\"": 2, - "filename": 1, - "desc": 1, - "`": 1, - "心得体会": 1, - "其实是过去两个月了，说起来现在能够不看日志，回想起来的几件事情：": 1, - "已经能够非常熟练地使用obsidian": 1, - "明确了后面留在上海发展": 1, - "工作有了新的架构": 1, - "又带了一波新生做实验": 1, - "要说有什么心得体会，这个阶段无疑是进步了很多，而且也有点拨开迷雾的感觉。就是要踏踏实实好好干活。保持好一个稳定输出的节奏，千万别说我已经做了这么多事情，给自己放两天假好好放松一下。按照过往的经历，这样做经常导致重新开机的巨大心理挑战。所以就跟我的工作电脑一样，可以休息，但是不要关机。否则打开了那么多的软件界面，千头万绪再重新开机找回来是非常困难的。": 1, - "另外对于一些课题思考整理这种事情，目前潜意识里还是有点畏难的，这就导致了拖延的情况时长发生。但是没有办法，一定多少要每天干一点，不然越拖越难受，自己整个人心理也不健康。这里我是对整理思考工作新架构有感。": 1, - 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"iote": 1, - "么，结果现在使用更多的是": 1, - "obsidian。": 1, - "从高中到现在，我无论是在纸质笔记本上还是电脑上写过很多日志随笔了，但是都没能很好的整理到一起。等到以后我退休了，或许可以尝试收集一下这些资料，然后整理起来，写成一本「我的自传」之类的书籍，方便后人阅读。现在使用": 1, - "obsidian": 2, - "写日志笔记，我觉得不要妄想后人会直接来阅读这个最原始的资料库。": 1, - "秉承新的理念，即「收集（草稿）→整理（小结）→输出（发布）」，我还是得有一个计划。比如每周一篇博客或者每年一部书籍的出版计划。我觉得可以用gitbook，事实上我之前已经有了一个模板文件夹，部署好了相关的脚本。📂archievesfirebooksacademicwriting": 1, - "不过我觉得，草稿也完全可以在": 1, - "的": 1, - "project": 1, - "中完成。": 1, - "后续安排": 1, - "工作上的事情我不想也不敢想太长远，因为未来很多事情可能会让我很焦虑，甚至到睡不着觉的地步。而我非常明白自己最需要的是改善自己的身体健康，加强锻炼，另外可能更重要的是养成一些好习惯。最后，我也明白人生短暂，得花时间做一些自己真正想做的事情，比如写一本小说，出几本书什么的。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🥑周小结": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "weeklynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "健康最重要，人生短暂，有空就做自己真正想做的事情。": 1, - "本周事务": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "x": 5, - "的sm新方案设计": 1, - "{}": 5, - "的信息加密新方案设计": 1, - "推广obsidian用于试剂库存管理方案": 2, - "文献阅读": 1, - "是时候清空一下自己的未读文献列表了": 1, - "开足马力搞起来": 1, - "项目归档": 1, - "obsidian导出库模板": 1, - 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"昨天茜姐找我聊了一下关于信息存储加密这个事情，年底能不能搞完，我说不行，存在技术难点，可能不是一次两次实验就能搞定的。但是这个事情可能是更加重要的。因为她还是觉得作为一个新方法的应用落脚点得是这个事情，这样才有子刊的味道。所以我还得花点时间想想怎么拿到这方面的数据。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🥑周小结": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "weeklynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "本周事务": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "x": 2, - "计划帮丁龙江做个单分子成像": 1, - "{}": 2, - "分析x折纸双色数据": 1, - "`adtip": 1, - "注意把本周事务表中已完成的项目整理到其它对应的目录中，实现清空。": 1, - "`": 1, - "心得体会": 1, - "看看上次的周小结，提到obsidian工作流要进一步改。具体而言，就是要把写周小结的时间提前到周六上午甚至是周五。自己先小结一遍，然后根据周小结的内容写小组会的。": 1, - "后续安排": 1, - "戴哲泽周一已经帮我合成了和（详见补充订购其它大小的imager），并且做完了，暂存于度。预约了周三和周四晚上的，可以先拍": 1, - "sm，再拍": 1, - "。我需要提供一下之前用的条件参数，并指定具体的实验方案细节，让他们（还有谢瑶、金仲超）去动手操作。周高昂这边，让他继续把细胞养着，继续尝试给细胞微管修饰上，先用confocal看就行。": 1, - "昨天茜姐找我聊了一下关于信息存储加密这个事情，年底能不能搞完，我说不行，存在技术难点，可能不是一次两次实验就能搞定的。但是这个事情可能是更加重要的。因为她还是觉得作为一个新方法的应用落脚点得是这个事情，这样才有子刊的味道。所以我还得花点时间想想怎么拿到这方面的数据。": 1 - }, - "timestamp": 1641861612000 - }, - "01-Diary/周小结/2022-01-02_周小结.md": { - "withStopwords": { - 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"不过终究只是一个比较概括的内容的展示，更具体或者说更罗嗦的内容，还是需要用这种文本记录的方式留下来。按照严格的办法，本来就应该是先在周小结中写好详细内容，然后再选取其中需要展示的部分弄到中的。只是我之前的习惯，都是要开小组会了才来做这件事情，所以就比较仓促。但事实上这样才是更加合理的，后面要逐步转变过来。而且这个小结，其实跟草稿模板是深度兼容的。": 1, - "后续安排": 1, - "新的一年要有新的气象，好好干吧。": 1 - }, - "timestamp": 1641263292000 - }, - "01-Diary/周小结/2021-12-27_周小结.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "🥑周小结": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "weeklynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "本周事务": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "x": 3, - "整理漂移校正后强度时间曲线提取代码": 1, - "{}": 3, - "gaxsp": 1, - "整理信息加密存储课题资料": 1, - "qusre": 1, - "接着之前的继续汇总工作": 1, - "zkfc": 1, - "心得体会": 1, - "上周干的事情很多啊，比较有自豪感的事情，就是用上了交大超算中心，感觉很爽。": 1, - "后续安排": 1, - "按照上周周小结的情况来看，这周：": 1, - "有机会还是要完成细胞的微管超分辨成像": 1, - "了解漂移校正的和其它一些算法的文章": 1, - "补充订购其它大小的imager": 1, - "思考下一步信息加密的实验计划": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🥑周小结": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "weeklynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "本周事务": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - 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"vault的差异也越来越大。不过具体而言，我觉得工作日志还是要以日志为主，类似“一元笔记法”，每天的日志是第一个入口。一般的事务如果能够在日志中一两句话说完就这样就好，如果复杂一点的，可以新建一个草稿；如果是更复杂的，还可以添加到长期的任务看板中。我觉得这种工作流是更为合适的。因为日志中": 1, - "tracking": 1, - "自带时间戳，一天结束之后你可以很清楚自己都干了什么。": 1, - "后续安排": 1, - "关于课题安排": 1, - "过去半个月，我主要是带周高昂师弟做一些细胞成像实验。目前来看基本上可以让他负责这一块儿了，后面就剩下一个对细胞微管做成像的实验了。所以从这周开始，我可以逐步把精力放到单分子成像这一块儿来。但是吸取上周的经验教训，我没有必要在这里想得太细，也很浪费时间。比如周高昂师弟让他列一个本周的计划过来。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🥑周小结": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "weeklynote": 1, - "rating": 2, - "⭐️": 1, - "excerpt": 2, - "本周事务": 1, - "!asted": 1, - "image": 1, - "png": 1, - "x": 4, - "交大实验室细胞库建设": 1, - "{}": 4, - "iotin修饰和炔基修饰的docking链": 1, - "核酸适配体验证实验": 1, - "第一次细胞微管超分辨成像实验": 1, - "心得体会": 1, - "`dataview": 1, - "ummary": 1, - "ating": 1, - "\"iary日志存档\"": 1, - "dailynote": 1, - "datefilenamedate\"\"": 1, - "datefilename": 1, - "date\"\"": 1, - "filename": 1, - "asc": 1, - "`": 1, - "关于obsidian工作流": 1, - "在实际的obsidian使用过程中，我发现工作日志跟生活日志有非常显著的区别，前者以具体事务为基本单元，而后者以每天的journey为主。所以两个obsidian": 1, - 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"然后我还整了一个近期阅读（已放到记录下obsidian中常用的query查询最近一周读了什么文献），其实这个也没有必要，把周小结搞得太过于复杂。": 1, - "后续安排": 1, - "如我在ppt发布页年月日中所说：": 1, - "活细胞": 1, - "endocytosis": 1, - "traction": 1, - "force": 1, - "imaging": 1, - "筹备": 1, - "ucleolin高表达癌细胞培养准备": 1, - "培养皿基底面封闭修饰准备": 1, - "拉链式": 1, - "tension": 2, - "probe设计订购": 1, - "整理信息加密存储相关资料并制定实验方案": 1, - "其实这个工作量还是稍微偏大了一点。我觉得我在安排事情上要更加地科学合理。所以我学习了一下甘特图（见了解一下mermaid做甘特图）。": 1, - "如果上一周是成功的理想的一周（见周小结后续安排），那么其实我也可以参考上周在周小结中的做法，先从做实验的角度去安排。": 1, - "要让周师弟把细胞养起来，但是养什么细胞要尽快确定": 1, - "要准备一些样品做confocal教学，这样以后就不用我亲自到细胞房去了": 1, - "思考新的实验设计，关于": 1, - "probe。": 1, - "信息加密存储，也需要重新整理下资料，这个主要是带金仲超和谢瑶去做。他俩的分工我还需要注意一下。": 1, - "然后我就在任务看板中新增了一堆任务，先完成吧，因为基本上都是更具体的事务安排。": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🥑周小结": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "weeklynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "又开始带新人做实验，各种预实验搞起来。": 1, - "本周事务": 1, - "x": 6, - "细胞膜表面的confocal成像": 1, - "{}": 6, - "细胞下表面成像": 1, - "整理归置细胞成像相关物品": 1, - "细胞界面的mager吸附": 1, - "confocal再探细胞膜": 1, - 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"然后我就在任务看板中新增了一堆任务，先完成吧，因为基本上都是更具体的事务安排。": 1 - }, - "timestamp": 1647831550000 - }, - "01-Diary/周小结/2021-12-13_周小结.md": { - "withStopwords": { - "title": 1, - "🥑周小结": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "weeklynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "实验教学、数据分析、做计划，非常高产的一周。": 1, - "本周事务": 1, - "x": 7, - "记录下obsidian中常用的query": 1, - "{}": 7, - "确定要培养的细胞": 1, - "尝试对光漂白的台阶曲线做分析": 1, - "安排有用的confocal成像实验和教学": 1, - "整理细胞微管成像方法": 1, - "报销抗体和适配体": 1, - "细胞分时黏附成像": 1, - "心得体会": 1, - "上周确实是做了不少实验，过得比较充实（见小组会谢晓冬pptx）。但是文献看得很少，思考也比较少。后面要想办法解放自己的生产力，把周高昂师弟真正带出来。少做实验，多思考。": 1, - "后续安排": 1, - "在小组会谢晓冬pptx中已经有所提及：": 1, - "复苏培养ea（xxd冻存）": 1, - "完成微管的免疫荧光和超分辨成像": 1, - "培养皿基底面封闭修饰准备": 1, - "拉链式": 1, - "tension": 1, - "probe设计订购": 1, - "整理信息加密存储相关资料并制定实验方案": 1, - "增加若干不同大小四面体imager并完成相关补充实验": 1, - "事实上ea细胞已经在上周六复苏了，今天来看的话，细胞比较稀，可以考虑再长一天然后消化全部传代。其实我的ea之前似乎是梁承品给的。复苏活率这么低的原因，可能正如尹芳菲师妹所说，液氮罐曾经无人管理出现了液氮挥发完的情况吧。": 1, - "这周五上午又要请假去江川路社区医院拿孕妇的小卡。所以时间也比较紧张。另外还有周二和周三下午的": 1, - "confocal": 4, - "教学。周二的话，ea细胞来不及，所以只能是看下": 1, - "这个": 2, - "aptamer": 2, - "针对": 1, - "和": 3, - "ep": 1, - "两个细胞的特异性差异了。周一晚上": 1, - "ea": 3, - "细胞可以传代然后稍微铺个板，长到周二下午固定，走免疫荧光的那一套，就可以周三看看细胞微管。这些事情都可以让周高昂师弟去做了。": 1, - "后面其实也不知道有什么用，或许可以作为一个对照？？按文献iua中的说法，四面体连接是作为膜蛋白靶向的，然后还能被细胞摄取。如果后面要尝试分析这个过程的力学成像也是可以的。所以这个模型有进一步验证的价值。": 1, - "这样的话，这周细胞微管的超分辨成像，其实也可以让周高昂师弟准备样品，如果他的细胞微管普通的免疫荧光成像能够搞成功的话。然后我就可以专注于一些思考设计方面的工作。比如不同大小四面体imager这个工作，真的不能再搁置了。": 1, - "对周高昂本周的实验安排": 1, - "主要是三个细胞成像实验：": 1, - "核酸适配体靶向成像体系的验证": 1, - "ea细胞微管结构的普通免疫荧光成像": 1, - "ea细胞微管的超分辨成像": 1, - "周一": 1, - "下午两点查看细胞铺板状态（ep，": 1, - "）": 1, - "下午给ea细胞（梁承品给的，标记，三盘中有一盘可传代）传代（标记ea），铺两个": 1, - "皿，使用": 2, - "mm": 2, - "bottom": 2, - "dish。": 1, - "给我们自己复苏的ea细胞传代，由于细胞数量较少，全部转移到下一个中皿，（标记ea）": 1, - "周二": 1, - "上午完成ep，": 1, - "总共个confocal皿的固定和染色（）": 1, - "上午完成": 1, - "细胞的固定（铺板要超过h）": 1, - "下午完成ep": 1, - "细胞的成像（confocal": 1, - "教学）": 1, - "下午和晚上进入": 1, - "细胞的免疫荧光染色（新配一抗二抗）": 1, - "周三": 1, - "上午完成ea的免疫荧光染色": 1, - "上午完成细胞的冻存": 1, - "上午完成ep": 1, - "细胞的传代培养": 1, - "上午在普通显微镜下比较两种ea细胞的形态": 1, - "下午完成ea细胞的免疫荧光成像（confocal教学）": 1, - "晚上将ea进行传代扩大培养（全部转移到大皿中）": 1, - "晚上ea铺四个": 1, - "dish": 1, - "周四": 1, - "上午准备biotin修饰的抗体通过": 1, - "avidin": 1, - "连接": 1, - "（docking": 1, - "strand）": 1, - "下午把ea固定，类似的方法做免疫荧光染色，但不使用二抗，修饰上一抗即可（注意仔细参考相关文献ungmann，整理细胞微管成像方法连接生物素化抗体）": 1, - "周五": 1, - "由于": 1, - "docking": 1, - "链上已经修饰了": 1, - "cy": 1, - "分子，上午可先用": 1, - "成像检验一下ea微管标记。": 1, - "下午超分辨成像。": 1, - "ea细胞冻存。": 1, - "我觉得这是一个很好的本周实验计划的": 1, - "模板": 1, - "，后面有机会推广一下。本周实验安排docx": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "🥑周小结": 1, - "date": 1, - "tags": 1, - "weeklynote": 1, - "rating": 1, - "⭐️⭐️⭐️⭐️⭐️": 1, - "excerpt": 1, - "实验教学、数据分析、做计划，非常高产的一周。": 1, - "本周事务": 1, - "x": 7, - "记录下obsidian中常用的query": 1, - "{}": 7, - "确定要培养的细胞": 1, - "尝试对光漂白的台阶曲线做分析": 1, - "安排有用的confocal成像实验和教学": 1, - "整理细胞微管成像方法": 1, - "报销抗体和适配体": 1, - "细胞分时黏附成像": 1, - "心得体会": 1, - "上周确实是做了不少实验，过得比较充实（见小组会谢晓冬pptx）。但是文献看得很少，思考也比较少。后面要想办法解放自己的生产力，把周高昂师弟真正带出来。少做实验，多思考。": 1, - "后续安排": 1, - "在小组会谢晓冬pptx中已经有所提及：": 1, - "复苏培养ea（xxd冻存）": 1, - "完成微管的免疫荧光和超分辨成像": 1, - 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"是我们这个": 1, - "方案中统一使用的": 1, - "mager，再看ee文章中的设计，序列基本上跟这个不冲突，所以我们的": 1, - "就是：。那么对应的": 1, - "ocking": 2, - "strand": 1, - "是：。": 1, - "onor：cy": 1, - "trand：iotin": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "的sm新方案设计": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐": 1, - "excerpt": 1, - "遭遇疫情，虽然设计好了，但还没有订购下单。": 1, - "tags": 1, - "sm": 2, - "status": 1, - "inprogress": 1, - "!asted": 2, - "image": 2, - "png": 2, - "这次做": 1, - "主要参考": 1, - "这篇文章ee，注意我们现有的": 1, - "imager": 2, - "都是从端伸出的荧光基团。所以我们的方案中：": 1, - "!rawing": 1, - "excalidraw": 1, - "ocking链端修饰biotin": 1, - "onor": 2, - "trand：ss": 1, - "mager，cy修饰于序列端": 1, - "ccpetor：mager，lexa修饰于延伸链端": 1, - "近界面区域结合onor": 1, - "trand": 2, - "远端结合cceptor": 1, - "然后是确定序列，cceptor其实已经是确定的，但是作为一整套体系，我觉得最好这个onor的序列以后也能用于其它实验，所以得跟数据库中的不冲突或者怎么样。": 1, - "!加密方案所需所有链汇总xlsx": 1, - "这个序列后面还买了": 1, - "takara": 1, - "的": 1, - "cyb": 1, - "修饰的，": 1, - "可以用作全新的信息加密方案的index，内嵌在点之中。但是选择什么": 1, - "暂时还无法确定。": 1, - "是我们这个": 1, - "方案中统一使用的": 1, - "mager，再看ee文章中的设计，序列基本上跟这个不冲突，所以我们的": 1, - 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"固定在界面上很快就会被淬灭掉的。sm能够提供": 1, - "结合事件的一些": 1, - "unbiased": 1, - "的描述，这个也是必须的数据。": 1, - "然后是六螺旋体系上的，这里其实是分为两个部分，一个是验证": 1, - "用于超分辨成像的": 1, - "performance，所以要有简单的图案被拍摄出来，我们选择的就是三点。还要有分辨率和结合的频率的展示。这个部分的数据年前也让戴哲泽所有mager一起做了一遍，结果因为一些原因似乎一些原因没有拿到好的结果，所以还是要重做的。第二个部分是利用": 1, - "改变结合频率的能力，结合多色来做一些信息加密和解密读取的事情。这个部分目前进行了一些预实验但是并不成功，还得修改设计降低难度。": 1, - "总的来说，除了": 1, - "的合成表征，其它部分的数据都需要重新做一下实验，所以剩下的工作量还是很大的。但由于前面已经有了很多经验积累，这也可以作为是一次重复性检验的实验，从头做到尾，可以连续搞，所以估计不会超过一周（更何况现在能够调动的人力资源很多）。只是最后的信息加密的应用，可能要多花一些时间摸索。": 1, - "接下来要做的事情": 1, - "设计sm的新方案，并购买链（见的sm新方案设计）": 1, - "设计信息加密的新方案，并购买链": 1, - "整理实验数据可用部分，也就是的合成表征（见已有数据整理）": 1, - "重新开始写论文草稿，争取实验结果出来之后文章也能快速搞完（见综述）": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1, - "开足马力搞起来": 1, - "date": 1, - "rating": 1, - "⭐⭐⭐": 1, - "deadline": 1, - "status": 1, - "inprogress": 1, - "说明": 1, - "没有文章是不行的。到如今，工作上任何事情的优先级都没有把这篇文章发表出来重要。一鼓作气，再而衰，三而竭，持续输出，警惕中断！": 1, - "现状": 1, - "的第一篇文章，是以结构设计控制运动，然后造成频率差异，最后应用于信息加密方面的整体思路。目前而言思路是清楚的，但是实验数据方面七零八落，需要重新弄一下。": 1, - "我们主要是控制四面体的大小，所以有": 1, - 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"obsidian界面概览": 3, - "年月日：使用了obsidian大半年之后，还是觉得很好用。但这并不是因为它的花里胡哨的「关系图谱」或者其它非常fancy的一些插件和主题效果，而是因为自己一直在写养成了习惯。目前使用频率最高的仍然是结合": 3, - "zotero": 180, - "写「文献阅读笔记」和「写日志」。在使用过程中，发现各种碎片信息需要定期整合并输出，然后分享有用的东西给别人。只有这样积累资料和笔记才不至于陷入「囤积症」的窘境。为了完善「收集（草稿）→整理（小结）→输出（发布）」的闭环，我完善了更为丰富的自定义笔记导出功能。": 3, - "下载并打开vault模板库并查看说明书": 3, - "下载安装软件：目前": 3, - "是开源免费的跨平台软件，可以直接到官网下载安装包后安装。": 3, - "下载了vault模板之后，解压到一个指定位置，可以是电脑上的硬盘，也可以是移动硬盘甚至盘，然后重命名vault。比如我把": 3, - "vault": 114, - "命名为": 3, - "working，然后放到了移动硬盘的": 3, - "projects": 6, - "目录下：。": 3, - "打开该模板库，注意关闭「安全模式」，关闭obsidian最新版提供的「实时预览」功能，进入到模板库中可查看": 3, - "中的「黑曜石玩家指南」project，里边有非常完整的关于": 3, - "，和的工作流程操作说明。": 3, - "更新日志": 3, - "年月日（v）": 12, - "解决quickdd：草稿归档功能失效问题": 3, - "阅读清单的frontmatter增加recentlimit项，以控制近期已阅文献表格显示长度": 3, - "每周小结模板更新": 3, - "通过新版obsidian实时阅览模式兼容性测试，增加和删除了部分插件。": 3, - "增加": 3, - "frontmatter": 69, - "中": 18, - "destination": 135, - "对于": 9, - "shortlink": 3, - "的支持，参考obsidian撰写草稿frontmatter。": 3, - "增加相册模板，可用于个人收藏重要的照片于目录下，具体操作可参考obsidian新建个人相片集。": 3, - "按照，和的三大": 3, - "workflow对quickdd命令进行了分组。": 3, - "修改了导出项目未包含eading目录的bug。": 3, - "大致回顾梳理了《黑曜石玩家指南》并作小幅度的修改。": 3, - "重要提示：此版本对文件目录做出了重大调整，使用之前版本的用户不能直接通过复制粘贴到现有库的方式实现升级，建议先了解模板库中的教程再进行操作。": 3, - "完善了，和的三大": 3, - "workflow所需的相关功能": 3, - "撰写了详细的使用教程《黑曜石玩家指南》并内置库中。": 3, - "增加笔记自定义导出为word和html的功能（带参考文献，以及嵌入多媒体），方便分享": 3, - "修改更新": 3, - "readme": 6, - "文档关于【自定义导出】和【升级】的内容": 3, - "调整了阅读清单的说明和query和文献阅读笔记模板dnotes": 3, - "efault": 24, - "emplate": 6, - "注意事项": 3, - "由于对部分插件主题做了源代码级别的修改，请不要自行升级此模板库内的插件和主题，以免相关配置丢失（此类情况在更新": 3, - "templater、dataview": 3, - "等插件时容易遇见）。": 3, - "黑曜石玩家指南书籍目录": 3, - "序言": 3, - "决定写obsidan教程": 6, - "一鼓作气之后": 9, - "结束这场战斗吧": 9, - "第一章obsidian入门": 3, - "软件下载安装": 9, - "zoteroobsidian联动配置": 9, - "开箱写日志": 9, - "obsidian撰写草稿": 9, - "使用手机撰写日志": 9, - "每周定期汇总小结": 9, - "在obsidian中写幻灯片": 12, - "本章小结恭喜入门obsidian": 6, - "第二章obsidian读文献": 3, - "当期文献速览": 9, - "入库文献泛读": 9, - "进一步阅读原文": 9, - "解析文章骨架": 9, - "重要综述如何阅读": 12, - "阶段性文献阅读小结": 9, - "主题阅读与比较阅读": 9, - "跟踪领域内大牛": 9, - "本章小结恭喜习得内功": 9, - "第三章obsidian做课题": 3, - "新建课题项目": 9, - "规范的实验记录": 9, - "整理实验方法": 9, - "试剂耗材仪器建卡管理": 9, - "工作小结与周汇报": 9, - "撰写论文草稿": 9, - "完整导出项目": 9, - "本章小结祝您科研精进": 9, - "附录": 3, - "obsidian快捷键": 6, - "obsidian第三方插件列表": 6, - "obsidian主题界面布局说明": 9, - "obsidian新建个人相片集": 6, - "胡文娟六级成绩单": 6, - "excerpt": 627, - "把图片搞成pdf存档": 3, - "tags": 1470, - "重要文件": 3, - "rating": 1524, - "⭐": 531, - "status": 228, - "complete": 315, - "share": 303, - "false": 1068, - "!微信图片jpg": 3, - "obsidianode": 42, - "preview": 30, - "cssclass": 15, - "imggrid": 21, - "照片": 12, - "!asted": 2034, - "image": 2103, - "jpg": 99, - "上面是之前几次超检查的报告单，从最初周左右到周的结果，看着从小胚芽长成了人形，挺有意思的。": 3, - "这是老婆在周大排畸四维彩超的时候用手机记录的样子，鼻梁高挺，五官周正，感觉是个男孩，而且比较像我。": 3, - "jpgctr": 3, - "这是当天孕妇微信群中其它妈妈分享的彩超结果，相比较之下谢合吾还是的。": 3, - "春疫情在家的美食集锦": 3, - "其实自己动手做啥都好吃。": 3, - "ife相册私房菜": 3, - "谢晓冬小时候的照片": 3, - "想比较下谢合吾到底跟我小时候有多像。": 3, - "inprogress": 27, - "ife相册谢晓冬": 3, - "png": 1971, - "第一次写书的体验": 6, - "做成了自己一直想做的事情，写了一本《黑曜石玩家指南》。": 3, - "感悟": 3, - "挺自豪的一件事情": 3, - "写一本书的人生成就已经达成！": 3, - "这部作品叫做《黑曜石玩家指南》。": 3, - "它介绍了如何利用obsidian和zotero两大工具搞科研。": 3, - "我结合实践的经验体会提炼出，和三大工作流。": 3, - "这是一本有用的工具书而且我希望它能够广泛传播并发挥更大作用。": 3, - "所以我昨天就开源发布到": 3, - "github": 18, - "上与全世界网友共享。": 3, - "此外我还到知乎上写了一个非常简短的关于此书的介绍。": 3, - "没想到当天就有不少人前来查看，下载和给我的项目加星。": 3, - "知乎文章上也有人点赞和回复「谢谢分享」。": 3, - "还是有点激动和自豪的。": 3, - "测试出热情保质期": 3, - "毕竟是一本书，有三大章二十多节。": 3, - "这个篇幅对应着相当大的工作量。": 3, - "我总共用了八天的时间来完成。": 3, - "草稿中的时间记录真实地反映了我的输出频率。": 3, - "在这八天了我主要就是在干这个。": 3, - "全凭着一股冲动而不是按部就班。": 3, - "我摸清楚了自己的「热情保质期」，": 3, - "短则一天长也不过一周。": 3, - "大纲的真正作用": 3, - "计划总是赶不上变化。": 3, - "在我写书这个事情上充分体现。": 3, - "最初的大纲和时间安排，": 3, - "最后回头看是又粗糙又一厢情愿。": 3, - "所以这真是一个一拍脑门写就的东西。": 3, - "但都是草稿有总比没有好，": 3, - "总归能够指引一个大概的方向，": 3, - "那么最初版本的大纲也就完成了使命。": 3, - "积累了大量的内容之后，": 3, - "再来根据实际情况做出进一步修改，": 3, - "这才不致于空中楼阁的境地：": 3, - "花费大量时间去做什么顶层设计。": 3, - "有真材实料才行": 3, - "回想我为什么能写成这本书？": 3, - "一方面是有自由支配的时间，": 3, - "另外一方面是认可这个作品的意义，": 3, - "所以我会有激情和较强的初始动力。": 3, - "再还有的客观条件是我确实有料。": 3, - "很多因素可能都是必要条件，": 3, - "但是有真材实料才是最根本的首要条件。": 3, - "所以反观研究论文同样也是如此。": 3, - "所以请看重那些在一线踏实做实验的年轻人。": 3, - "我适合一鼓作气": 3, - "虽然我提前很多完成了这本书，": 3, - "但严格来说我本来可以做得更好更轻松。": 3, - "虽然初始大纲内容并不合理，": 3, - "但我给了自己三个月的时间完成，": 3, - "每天写一点无疑会很轻松且不耽搁本职工作。": 3, - "但实际上我仍然选择了一鼓作气，": 3, - "趁着热情高涨去尽快完成它。": 3, - "或许很多大佬可以细水长流并行处理，": 3, - "但是我必须承认我就适合一鼓作气。": 3, - "不过好歹这次也证明我多少是可以做成自己想做的事，": 3, - "后面可以把任务分割为我「热情保质期」的时间长度，": 3, - "然后努力激发自己的热情去一小份一小份地弄。": 3, - "之前都记录了什么": 3, - "⭐⭐⭐": 252, - "过去最多的可能就是健康方面的记录，无需仔细统计，我以下情况算是频繁的：": 3, - "胃痛、拉肚子": 3, - "流鼻血": 3, - "阴囊瘙痒，皮肤瘙痒": 3, - "眼睛干涩": 3, - "解决这些身体上的问题我也非常清楚怎么办：": 3, - "少食多餐，细嚼慢咽，绝对只吃分饱": 3, - "多喝水，多起身活动，不要久坐": 3, - "注意使用电子屏幕的时间": 3, - "然后在休闲娱乐方面，我反反复复的卸载安装王者荣耀，还有看网络小说，这些方式确实能吸引转移分散我的注意力，但是也非常容易上瘾。综合考虑，还是戒掉。可以培养一些其它的兴趣爱好。玩游戏看小说可真的太肥宅了，其实并不健康。后面可以尝试：": 3, - "王者荣耀的排位上分还不如自己一步一个脚印的跑步里程累积（跑步）": 3, - "网络小说中的幻想师姐还不如自己拿起相机去拍摄身边的风景和故事（摄影录像）": 3, - "边听着歌，边写一些东西，留下一些文字给后人，也是蛮好的（日志博客）": 3, - "之前的obsidian日志vault地址：": 3, - "projectsobsidianmobilelifesheldon": 3, - "反思一下最近玩游戏": 6, - "⭐⭐⭐⭐": 24, - "deadline": 171, - "小结": 156, - "握手言和，玩玩游戏没什么。找准定位，轻松打上王者。": 3, - "内容": 159, - "王者荣耀这个游戏我是反复卸载安装，到现在我觉得还是跟自己握手言和吧。": 3, - "玩这个游戏，总归是有收获的，比如最近我发现自己确实更加适合辅助的位置，而打野根本不行。射手和中单猥琐一下也还ok，上单的话我的操作什么的还是不行。你看，王者是五个人的游戏，你需要了解自己最擅长的位置，然后发挥作用。所以当我明确自己是辅助位之后，上分似乎变得更加容易了。虽然辅助不能carry，但是因为擅长，总的胜率还是会高一些。": 3, - "!牛魔蹲草mp": 3, - "另外一个方面，玩这个游戏还是需要了解不少东西，比如英雄的克制关系以及各种装备的作用。当然自己也需要比较熟练的操作，比如放技能要放准，然后补兵要高效。但是更重要的还是操作意识。比如蹲草。": 3, - "游戏毕竟还是娱乐，过度游戏毫无疑问是伤身体的。合理安排时间就好。不要让自己潜意识觉得玩完今天，后面就永远不能玩了，这种潜意识就会让自己产生又想减肥，又想暴饮暴食的矛盾心理，非常难受。所以还是握手言和吧。": 3, - "年月日：还是不行啊，玩这个游戏十连跪，心态都崩了，直接卸载。": 3, - "试剂库存": 48, - "抗体": 45, - "click": 33, - "alias": 1974, - "click试剂盒": 3, - "itelick抗体叠氮标记试剂盒": 3, - "hemo": 3, - "周高昂": 3, - "试剂盒": 3, - "申购": 3, - "适用于ug级别的抗体叠氮化标记修饰": 3, - "一般的叠氮化修饰容易破坏抗体的特异性识别区域，这里是对重链上的糖基化位点用酶催化的方式做标记，更加安全。该试剂盒货期较长，差不多三周的样子。": 3, - "说明书": 3, - "!itelickzidoodifctnitpdf": 3, - "!itelickzidoodificationitpdf": 3, - "羊抗兔": 3, - "羊抗兔g": 6, - "ersee（eijing）": 6, - "已分装": 6, - "mg总量": 3, - "羊抗鼠": 3, - "羊抗鼠g": 9, - "总量mg": 3, - "bintegrinbeta": 3, - "integrin": 48, - "β": 30, - "单抗兔源": 3, - 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"\"kn\"": 3, - "\"tqmso\"": 3, - "\"capture": 6, - "strand\"": 6, - "fill\"b\"": 9, - "direction\"ltr\"capture": 3, - "strandtextg": 3, - "制作一个obsidian工作流的图示": 6, - "finished": 30, - "反馈": 9, - "m": 204, - "!rawing": 27, - "流程越简单越好，所以就像上边画的。": 3, - "另外我觉得": 3, - "这个插件确实是非常棒，基本上都替代了": 3, - "drawio。画简笔画的流程图和示意图完全没有问题。比如": 3, - "trl滚轮": 3, - "是缩放，hift滚轮": 3, - "是横向滑动视窗，感觉跟": 3, - "adobe": 3, - "illustrator": 3, - "有点像。": 3, - "学习使用dataview插件": 6, - "obsidiandataview": 3, - "主要参考大佬github上的说明，下面是一个对一个时间段内的日志rontatter内容聚合的简单例子，感觉在写周小结的时候会非常有用：": 3, - "date\"\"": 27, - "data\"\"": 3, - "注意": 27, - "的query": 3, - "语法其实跟": 3, - "sql": 6, - "非常像，但是关键词和操作符并不多：": 3, - "xpected": 3, - "one": 57, - "following": 75, - "or": 126, - "更详细的用法，可以参考知乎上的中文翻译文档。": 3, - "测试zotero文献阅读工作流": 3, - "obsidianzotero": 9, - "obsidian测试": 3, - "otero相关插件安装设置": 3, - "插件安装": 3, - "otfile：自动": 6, - "rename": 9, - "附件，然后复制到制定目录，还能从": 6, - "pdf": 129, - "中提取高亮注释": 3, - "dnotes：将文献记录按照模板生成": 6, - "笔记": 3, - "etter": 15, - "ibtex": 9, - "citation": 69, - "key，导出为更好的": 6, - "记录，也可以是": 6, - "json，配合": 6, - "的": 300, - "citations": 9, - "插件使用。": 3, - "注意如果是新安装的": 3, - "zotero，先安装插件，弄好设置之后，再登录同步。": 3, - "zotero插件安装包": 3, - "zotfilefxxpi": 6, - "mdnotesxpi": 3, - "zoterobetterbibtexxpi": 6, - "设置": 18, - "otile": 3, - "dnotes": 99, - "ibex": 6, - "相关设置": 3, - "目录结构": 3, - "itation": 3, - "插件": 12, - "模板": 21, - "!dnotes": 3, - "实战": 3, - "阅读文献pdf并直接做标注": 3, - "建议使用": 3, - "foxit": 6, - "reader，稳定性兼容性较好。": 3, - "提取": 3, - "中的标注": 3, - "做好标注之后，可以用": 3, - "插件提取": 3, - "annotations，如上图所示。然后就会自动生成一个文件：": 3, - "导出markdown笔记": 3, - "然后再用": 3, - "插件导出到": 3, - "obsidian的笔记库中。": 3, - "先生成或者更新": 3, - "文件，然后": 3, - "export": 12, - "markdown（搞两下），就可以到": 3, - "中看到如下结果：": 3, - "文献markdown笔记效果": 3, - "在markdown草稿中插入参考文献": 3, - "基于": 3, - "插件完成，快捷键是。": 3, - "高阶": 3, - "关系图谱": 3, - "每篇文献可以通过作者自动关联起来，这个有助于发现高产作者。": 3, - "导出为带参考文献的docx": 3, - "这个需要基于自定义的python工具包，pandoc，以及一些模板文件，样式文件和": 3, - "bib": 36, - "文件。然后还需要使用": 3, - "emplater": 30, - "插件实现调用，颇为复杂，不如用": 3, - "obsidian直接导出为": 3, - "pdf。但是草稿主要目的是尽快完成内容，而不在乎格式。所以建议完成注意内容后，转为": 3, - "zoterooffice": 3, - "的工作流，结合杂志社的模板和要求，进一步完成文章，方便投稿。": 3, - "注释": 9, - "这就是一段符合": 3, - "语法的注释，导出为": 3, - "时（推荐纸张，避免单页有大段空白），这段内容不会显示，而且": 3, - "的一些双链或者其它特殊标记在此注释范围内也不会正常发挥作用。": 3, - "你猜猜我在注释里说了什么？": 3, - "主题样式": 3, - "草稿的样式由": 3, - "的主题决定，其实一般都比较朴素。这里推荐使用": 3, - "nd": 3, - "ang，或者": 3, - "racula（如果你喜欢暗色和五彩斑斓的标题）。": 3, - "安装obsidian": 6, - "pngctr": 21, - "首先肯定是下载安装obsidian，主流的三大桌面操作系统，windows、linux": 3, - "和": 306, - "mac": 3, - "都是支持的，直接官网下载安装最新版本即可。": 3, - "obsidianvault学术模板": 6, - "可以直接到我放到": 3, - "上托管的仓库": 3, - "文档。": 6, - "obsidian的学习难度": 6, - "关于": 9, - "obsidian，网上的教程可以说铺天盖地。如果从零开始学习，可以说没有一个月是搞不定的。但如果使用此教程，特别是使用我提供的开箱即用的模板，基本上一天就会。这也是我写这个教程的主要原因。": 3, - "为什么要用obsidian": 6, - "做科学研究是一个典型的需要对大量信息进行收集整合，然后思考凝练的过程。无论是阅读文献、听报告，还是做实验记录，写周小结甚至起草科技论文发表，都离不开对各种素材的高效组织。而": 3, - "可以将笔记、数据和文献之间复杂的关联自动生成漂亮的关系图谱（如上图所示，每个点代表一个笔记文件），让你在自己的文库中，能够随时随地轻松地": 3, - "recall": 3, - "相关的内容，科研效率嗖嗖提升。": 3, - "什么是obsidian": 6, - "官网slogan如上，obsidian": 3, - "是一款功能丰富强大无比的笔记软件（绝大部分功能免费），简洁实用同时又稳定安全，确实可以作为“第二大脑”。": 3, - "利用obsidian搞科研": 6, - "大纲": 6, - "前言": 3, - "!notitle": 15, - "安装部署软件环境": 3, - "布置python环境": 3, - "安装设置zotero": 3, - "掌握基础编辑语法": 3, - "markdown语法": 3, - "obsidian特性": 3, - "使用规范和工作流": 3, - "撰写一些笔记": 3, - "常规日记": 3, - "实验记录": 18, - "pdf标注": 3, - "专题调研": 3, - "大牛简历": 3, - "工作总结": 3, - "论文草稿": 3, - "自定义高阶玩法": 3, - "emplator": 6, - "anban": 3, - "uickdd": 24, - "ataview": 6, - "ython": 6, - "其它小技巧": 3, - "obsidian使用规范": 3, - "obsidian规范": 3, - "每周一手动从emplates每周看板模板创建": 3, - "刚开始不要搞得太复杂，就是简单用用，不必学习网上的各种教程，因为我未必存在他们的需求。": 3, - "文献阅读时，先做zoteropdf阅读好原文，然后再生成阅读笔记。": 3, - "关键人物可以进行额外的一些调研。如hunhai": 3, - "an": 474, - "第一遍的阅读笔记从": 3, - "来，第二遍可以使用": 3, - "annotater": 6, - "插件。": 3, - "进入到mdnotes之后，复制": 3, - "文件名，然后到下方": 3, - "notes": 3, - "区域，新建": 3, - "item，按快捷键粘贴，": 3, - "调用quickdd": 3, - "自动生成annotation笔记。": 3, - "凡是在笔记里边": 3, - "cite": 1929, - "了的": 3, - "reference，注意在": 3, - "pin": 3, - "掉它的": 3, - "key。": 6, - "每周可以有一个周小结，使用": 3, - "显示": 3, - "frontmatter，然后从看板中把完成并且": 3, - "achieve": 6, - "的内容拷贝过来。": 3, - "插入附件": 3, - "打开quickdd": 3, - "obsidian入门": 27, - "新建相册页": 3, - "如上图所示，已经设置了针对单个目录应用单独的模板，所以你可以直接在子目录中新建页面，会自动根据相册模板生成未命名的相册页。": 3, - "切换为编辑模式并插入图片": 3, - "由于相册模板设置了": 3, - "为": 33, - "preview，所以新建的页面一篇空白，你需要按": 3, - "trl": 33, - "切换为可编辑模式。": 3, - "由于": 6, - "lue": 18, - "opaz": 9, - "主题内置了": 3, - "css": 3, - "样式，而且我们相册模板中已经启用了这个样式，`cssclass": 3, - "imggrid`，所以你可以直接在页面中连续插入图片而不用换行，css样式会自动调整图片的布局。": 3, - "但是需要注意，一行插入的图片不要超过张，否则缩放得太小就不好看了。另外多张图片最好可以用空格隔开。": 3, - "页面容量限制与图片压缩": 3, - "预览时obsidian加载显示图片的速度会受到整个页面的图片数据大小。经测试不建议在一个页面中存入超过": 3, - "的图片。": 3, - "由于我们的操作中主要使用复制粘贴的方式，直接将图片粘贴到页面中，一般是会保存为": 3, - "格式，所以可以使用": 3, - "命令实现对图片的压缩，将": 3, - "文件转换为": 3, - "格式。": 6, - "此命令依赖于": 3, - "代码，使用到了": 3, - "模块对图像进行处理。处理完毕后你需要使用": 3, - "将相册页面中的": 3, - "全部转换为": 3, - "，实现替换。然后再重新预览相册页面时，打开速度会流畅很多。": 3, - "注意之前的原始png图像并没有被删除，如果你觉得后期太占用存储空间，可以打开obsidian全局命令面板，执行": 3, - "clear": 12, - "unused": 6, - "images": 39, - "命令：": 6, - "当然了，按照我们的设定，这个": 3, - "的操作只是把没有": 3, - "link": 18, - "的单独的图片文件给转移到": 3, - "，而不是完全从": 3, - "中删除了。这是一种防误删的操作。": 3, - "好像都没完整说一下软件界面。。": 3, - "obsidian附录": 9, - "rojects黑曜石玩家指南": 93, - "本模板库使用": 3, - "作为默认主题，界面布局基本如下：": 3, - "在": 75, - "中查询和自定义快捷键非常方便。有了快捷键，能够提高一些我们日常操作的效率。下方列举了我常用的快捷键：": 3, - "：页面预览": 3, - "：幻灯片预览": 3, - "：思维导图预览": 3, - "：quickdd命令面板": 3, - "：emplater插入模板面板": 3, - "：锁定页面": 3, - "：对选定文字背景橙色高亮": 3, - "：对选定文字插入超链接": 3, - "：寻找并替换文字": 3, - "：注释掉选中的文字": 3, - "：创建或完成清单": 3, - "：跳转到今日日志页面": 3, - "激情澎拜地一直写啊写，感觉主题内容都写得差不多了。": 3, - "obsidian教程": 9, - "一周时间一鼓作气，我完成了这本obsidian教程的前面两个大章，分有个小节，估计得有将近万字。": 3, - "从刚开始动笔时写的序言来看（见决定写obsidan教程），情况已经发生了很多变化。": 3, - "首先是大纲。我本来只想写本小书，仅打算讲三部分内容，估计总共也就是四五万字的样子。结果原计划中第一个部分": 3, - "「obsidian入门」变成了三个大章，分别对应「写日志」、「读文献」和「做课题」三个基础工作流。而且「做课题」这部分我还没动笔。": 3, - "其次是进度。我本来是想用三个月的时间写四五万字的内容，这样一周写个两节内容都是ok的。但是真正动笔写下来，内心总劝自己：打铁要趁热。又赶上疫情封控在家，相对轻松的环境下我简直停不下来，一天的功夫就完成了第一章的内容。而后感到有点疲惫，需要收敛，不能耽误了正经工作，但是在这种一鼓作气的势头下，基本每天还是能够写个两小节。所以一周之内，我就完成了差不多一半的内容。": 3, - "疫情封控似乎还看不到头。我借助写书排遣了情绪，逐渐地适应居家办公生活的节奏之后（其实就是养成到点坐在电脑前的习惯），后面希望把更多时间精力放在写": 3, - "paper": 3, - "而不是写": 3, - "obsidian教程上。": 3, - "「一鼓作气，再而衰，三而竭」，前期我已经完成了大部分琐碎的内容，所以是开了一个好头。就算现在势头衰弱，我也丝毫不担心这本书会烂尾。或许真正做事情就是这样，很少有那么好的未雨绸缪精心策划，都是趁着势起先大干一场后再说。": 3, - "当然了，能够在一周的时间内持续投入时间精力而精神振奋，效率不减。我也相当于是测试了一下我的耐力，也就是一周。所以以后分割任务最大的长度就是一周时间。": 3, - "决定写obsidian教程": 3, - "打算写一本研究人员如何使用obsidian作为笔记工具辅助科研工作与学习的小书。": 3, - "为啥要写这本书？": 3, - "「要不，写本书吧？」": 3, - "这个念头从脑海中升起后，我便越来越觉得这件事情意义重大。": 3, - "把": 18, - "（黑曜石）这个好用的工具介绍给大家，让更多研究者能够高效地组织自己的电子笔记资料，我相信是有利于整体的科技创新的。": 3, - "从这个角度讲，它的意义因为受众面之广，甚至超过我自己从事的相关研究。": 3, - "所以即便我很懒，也愿意拿出一点时间，整理下自己使用": 3, - "的心得体会，汇集成书。": 3, - "我的文笔也差，了解的东西估计也不多，不过都不要紧，这算是抛砖引玉吧。": 3, - "通过此书，我希望越来越多的研究者能够享受到新技术带来的便利。": 3, - "如果您看到这本小书觉得赞同我的想法，非常欢迎您传播分享。": 3, - "本书内容如何安排？": 3, - "是一个自定义程度很高的笔记工具，这意味着有大量的设置和使用技巧，所以很多人在入门阶段就放弃了。": 3, - "但事实上，笔记这个东西，先用起来比什么都重要，哪怕只是每天一两行的简单日记。所以我打算把本书内容分为三个部分：": 3, - "快速入门使用：基于模板库开始逐步丰富您的个人资料库": 3, - "主题插件配置：了解一些常用主题插件的设置和使用技巧": 3, - "自定义功能代码：了解obsidian调用python代码实现的一些高阶功能": 3, - "在「快速入门使用」中，我主要是介绍一些使用方法，目标就是先会用起来。比如怎么写一篇图文并茂的笔记，然后还能够原汁原味地分享给别人。我相信对于研究者来说，模板库中预设的「写日志」和「文献阅读」是最通用的的两条工作流，所以侧重于这两种工作流的描述。": 3, - "在「主题插件配置」中，我会详细介绍模板库用到的主题插件和响应的配置，让大家能够「知其所以然」。这也是很必要的，因为随着笔记的积累，每个人都会产生非常个性化的需求，就需要您会调整一些配置了。": 3, - "在「自定义功能代码」中，我主要介绍模板库中一些功能是如何一键调用python代码实现。由于我擅长": 3, - "而对": 3, - "javascript": 6, - "了解不多，所以我写了一些": 3, - "脚本来": 3, - "smooth": 3, - "「写日志」和「文献阅读」两个工作流。如果有同样情况的大佬或者是想顺带学习": 3, - "的童鞋，这个部分算是更加高阶的内容。": 3, - "接下来就是完成": 3, - "对于任何一个作品而言，确定了大纲之后，所有的激情便会逐渐消退。": 3, - "接下来就是分割任务，一个章节一个章节的完成。": 3, - "不设置": 3, - "的多数情况会烂尾，": 3, - "所以我还是给自己设置一个合理的期限，": 3, - "在三个月内（before": 3, - "）完成这个教程吧。": 3, - "写在本书完成之后，不是烂尾，而是没有必要再继续写了。": 3, - "又过去两天，没想到第三章的内容我直接就给完成了。": 3, - "我估计是前面两大章": 3, - "workflow": 12, - "中已经介绍了各种操作，": 3, - "到了第三章很多都是「参考巴拉巴拉」之类的描述。": 3, - "本来按照原计划，还有关于插件和python代码的详细介绍说明。": 3, - "可是后来考虑到很多因素，觉得没要必要再多说。": 3, - "因为推出这个": 3, - "模板库的目的就是希望大家少折腾。": 3, - "接着到后面又鼓励去用户去折腾，这就很奇怪。": 3, - "需要折腾的事情让爱折腾的人去干吧。": 3, - "插件怎么搞代码怎么改网上一堆资料。": 3, - "一鼓作气，再而衰，三而竭。": 3, - "结束这场战斗吧，我满足了，也累了。": 3, - "整理好的实验方法是一种宝贵的积累。": 3, - "obsidian做课题": 24, - "protocol": 15, - "`adinfo": 150, - "友情提示": 63, - "整理实验方法其实非常简单，主要是借此谈一谈obsidian的嵌入引用功能": 3, - "obsidian嵌入引用": 3, - "相信前边已经注意到大量的双链引用，如": 3, - "，还有插图如": 3, - "。前者通常指向某个页面或者附件文件，后者多了一个感叹号之后就实现了嵌入，即在当前页面显示链接文件的内容。这就叫嵌入引用了。": 3, - "当然了，嵌入引用能够显示其内容的文件类型非常有限，仅包括图片文件，如": 3, - "png、jpg、gif": 3, - "格式的。而音频文件我只测试过": 3, - "mp，视频文件仅测试过": 3, - "mp，这些多媒体文件也可以正常显示。另外还可以嵌入显示": 3, - "文件。这么多文件可以嵌入显示，显示其它笔记页面的内容自然不在话下。比如：": 3, - "!规范的实验记录分享嵌入视频的实验记录": 3, - "上边的嵌入引用就可以在预览模式中显示存在于规范的实验记录中的内容。由于创建双链是obsidian最基础的功能之一，所以在输入的时候有很多补全提示，如下图所示：": 3, - "嵌入引用别的笔记中的内容，可以尽可能地复用一些东西，减少重复性的工作，同时也可以通过这种方式建立多个笔记之间的相互链接引用关系，是一举多得。关于双链引用还有很多种玩法。但是我建议初学者仅在整理实验方法或者整理主要的实验结果上使用。": 3, - "创建和撰写protocol整理页面": 3, - "同规范的实验记录从看板创建实验记录草稿，建议你也从看板创建": 3, - "protocol整理页面。": 3, - "在protocol整理页面中，注意在": 3, - "中添加": 3, - "专属标签。这样你以后就可以通过标签搜索快速找到文库中所有的整理好的实验方法。": 3, - "如上图所示，借鉴了": 3, - "git": 15, - "做版本控制的思路，其实主体内容仅包括两大部分：": 3, - "aster，也就是最新修订版本，建议使用列表完整地撰写。你可以在下次做实验直接将此部分文字复制到新实验记录中。": 3, - "istory，也就是历史版本，当实验不顺利需要对具体方法步骤做调整（在实验记录中），可以通过嵌入引用的方式指向被修改的地方，并作必要说明。": 3, - "不仅仅可以嵌入引用整段标题作用范围内的内容，也可以具体引用某一行的文字。": 3, - "你只需要右键单击此行，会出现一个右键菜单，你再点击`copy": 3, - "block": 12, - "embeded!somepageeifi`的内容复制到粘贴板，然后在其它页面粘贴一下，就使用了对这一行文本的嵌入引用。": 3, - "实验结果和实验方法类似，都不是一次就能搞定的。所以都可以采取这种「版本控制」方式进行整理，就不再复述了。不过作为实验结果整理页面，你同样可以加上专属标签如": 3, - "。如果实验结果涉及比较繁重的数据分析过程和方法，比如要写代码，你可以考虑使用本教程提供的代码整理模板。": 3, - "导出和分享protocol": 3, - "一份稳定了好用的": 3, - "当然是值得打印出来的（随时随地可以查看）。你可以直接使用": 3, - "的导出": 3, - "功能，它会根据你使用的主题样式生成排版好的": 3, - "文件，然后打印出来。值得注意的是，嵌入引用的内容同样会被打印出来，其它各种插件和代码块（如admonition、mermaid、excalidraw）的样式效果都会被正确渲染。": 3, - "如果你希望导出": 3, - "word": 36, - "版本做更简洁更正式的终版编辑，可以参考规范的实验记录导出已完成实验记录为word文档，此时嵌入引用的": 3, - "istory": 3, - "内容将不会显示。": 3, - "下节预告": 63, - "做实验不仅仅是记录和方法，还需要跟很多具体的实物打交道，比如试剂、耗材、仪器等等。这些实物的信息同样是我们需要记录和在写论文的时候的提供的。所以我们也可以在obsidian中对这些实物的信息进行建卡管理。": 3, - "⭐⭐": 222, - "与写日志、读文献不同，用obsidian做课题项目将会使用另外一套流程，主要涉及到任务看板的使用。": 3, - "项目文件目录说明": 3, - "对于任意一个项目，你可以在目录下新建一个文件夹，并使用项目名称或者关键词命名。": 3, - "此处为基础研究课题项目为例，一般一个课题项目会以论文发表为阶段性终点。而一篇论文背后主要包括：": 3, - "实验记录：主要是实验操作，试剂耗材仪器设备使用和原始结果的记录": 3, - "结果汇总：主要是有效原始数据处理和讨论分析此类内容的整理汇总": 3, - "论文草稿：根据课题立项依据、有效实验结果进一步组织的论文草稿相关内容": 3, - "经验汇总：项目进行中结合实践经验和参考资料整理形成的protocol，包括做实验也包括数据分析处理和可视化作图": 3, - "所以可以在项目文件夹内再新建上述四个": 3, - "folder。如果是其它类型的项目，你可以根据自己的需求做好顶层设计，方便后续项目资料记录的分类整理。": 3, - "项目概览": 3, - "如上图所示，本教程提供的模板库内置了": 3, - "older": 6, - "ote": 9, - "插件，你可以按住": 3, - "点击左侧的项目文件夹打开概览页面。在预览模式下可以卡片形式显示。同理，你也可以对诸如": 3, - "这类子文件夹，使用": 3, - "lick": 24, - "的方式查看概览页面。（具体参见older": 3, - "目录内容概览）": 3, - "文件夹笔记概览用到的代码如上，注意默认新建的文件夹概览页面": 3, - "notenly选项为": 3, - "true，是不会显示子目录": 3, - "folder的。然后": 3, - "也还有另外一个选择为": 3, - "strip。": 3, - "注意文件夹都只是用于分类收纳的。所以我们新建的草稿，先是自动存储在中，草稿完成后按照": 3, - "的相对路径，被转移到指定的目录内。": 3, - "利用看板管理任务": 3, - "一个项目比如是分割成许多任务逐步完成的。对于课题项目中的任务，我建议你使用任务看板进行管理。你可以`": 3, - "trl`": 6, - "打开": 9, - "面板`，点击": 3, - "。": 63, - "ew": 42, - "ask": 6, - "的弹出输入框中，建议你先输入一个或若干个专属标签，如，然后空格，再输入具体的任务名称，注意尽量简短。回车确认后，你就可以在": 3, - "目录下的": 6, - "任务看板": 3, - "页面中看到该任务卡。如果已经开始执行，你可以把它拖拽到": 3, - "oing": 9, - "面板中。": 3, - "如果任务已经完成，再将该任务卡拖拽到": 3, - "面板中，并及时点击": 3, - "rchive": 6, - "card，给该任务添加上完成时间戳。": 3, - "将任务看板打开为": 3, - "文件你可以看到，在归档下边，已经完成的任务包含了完整的起始时间戳。这个时间戳很重要，后面我们进行周小结的时候可以利用归档信息绘制甘特图（参考工作小结与周汇报从看板的归档任务创建甘特图），那么就可以一目了然地看到一周内项目的具体进展。": 3, - "在一个课题项目的执行中，首当其冲就是做实验，而写好一份实验记录就非常重要了。": 3, - "利用python脚本一键导出所有项目相关资料。": 3, - "要导出一个项目所有零碎的文件不是件容易的事儿，但是在本模板库中它就是一个按键的事儿。": 3, - "相信你对obsidian了解加深后，很快就会发现这种基于本地文件的数据管理方式有一个弊端，就是太碎片化了。虽然我们在笔记中各种双链引用，玩得不亦乐乎。但是当你导师要求你移交所有项目相关资料给他时，你绝对会傻眼的。": 3, - "为了方便，我们希望能够在一个": 3, - "库中放所有的内容。生活日记和工作日志，文献笔记和实验记录各种混淆在一起。你不可能把整个": 3, - "压缩了发送给别人。这不仅过于笨重，而且还会泄露隐私。": 3, - "不过好在，本教程中模板库将项目统一放到": 3, - "rojects": 6, - "的子目录中，在一定程度上实现了「写日志」、「读文献」和做其它课题项目的物理分隔。在此基础上，你可以打开想要导出的项目文件夹中任意一个页面，然后执行": 3, - "📦导出项目`": 3, - "命令，即可导出项目的笔记和附件，还有被直接双链引用的页面到用户桌面。": 3, - "所以千万不要在草稿事务中引用你的每日日志，否则这些涉及隐私的日志文件也会被导出。": 3, - "为了方便，与项目一起被导出的还有本模板库所必需的一些文件。你可以把这个当作是一个新的": 3, - "vault给人使用。当然了，你可以先打开这个新的库check一下内容是否正确显示，附件文件是否遗失，以及涉及隐私的内容被错误导出等等。": 3, - "而对于项目涉及的原始数据部分，在规范的实验记录yapxwe中我们已经提到，由于数据量大，一般不作为附件存入库中，只是会插入其文件路径。所以你可以把移动硬盘移交并提示导师修改硬盘盘符为你自定义的，以支持从": 3, - "笔记到原始数据的正确跳转。": 3, - "到这里，obsidianvaulttemplateforresearcher": 3, - "提供的三种": 3, - "基本介绍完毕。": 3, - "你以为的论文初稿在我这都算是终稿了。": 3, - "这一节内容涉及到的操作很多前面都提到过，主要是复习下「版本控制」的思路和操作。": 3, - "复制粘贴完成初稿撰写": 3, - "当实验记录和有效实验结果积累到一定程度，课题的核心目标或者猜想得到验证后，便可形成一个初步的草稿。": 3, - "撰写论文草稿与撰写实验记录一样，走「看板流程」，然后归档到课题项目的子目录中。": 3, - "不过撰写论文草稿可以使用论文草稿模板，已经按照论文主题划分好了": 3, - "itle，bstract，ntroduction，esults": 3, - "iscussion，onclusion": 3, - "几个部分。": 3, - "一般大家可能认为初稿起码要达到段落语句通顺，图表大体完成。": 3, - "事实上在我提供的流程中，这还远着呢！": 3, - "最原始的初稿就是实验记录和实验结果以及更前期文献调研报告的拼凑。": 3, - "所以形成第一步初稿只是一个资料整理的工作。你也不要着急换成英文写。": 3, - "在前期文献调研的时候，就可以填充": 3, - "部分。": 6, - "而有效的实验结果整理好后，可以把文本内容直接复制过来。": 3, - "所以你看，前期做好了整理，到形成文章初稿主要是复制粘贴的工作。": 3, - "这个初稿可以说是非常粗糙的东西，但是包含了基本的信息，但这就已经足够了。": 3, - "另外为了跟导师沟通交流方便，你也可以另外制作幻灯片。不过幻灯片就没有那么多细节和废话了。": 3, - "初稿迭代与版本控制": 3, - "得到了我上面所述的第一版初稿，第二版初稿再往后就是要不断迭代。": 3, - "类似于整理实验方法中提到的版本控制策略，你可以使用「嵌入引用」的方式在第二版初稿中插入第一版的内容，作为": 3, - "istory。": 3, - "!整理实验方法创建和撰写protocol整理页面": 3, - "为了编辑和预览同步，你可以点击第二版草稿页面的「更多选项」，选择「上下拆分」或者「左右拆分」。再对新拆分出来的相同的panel开启预览，然后再点击原页面的「更多选项」，进一步点击「与其它面板关联」，最后选中开启预览的面板。": 3, - "这样做的好处，就是你可以一直看着之前版本的内容，在新版本中进行内容修改迭代。然后使用": 3, - "quickdd": 42, - "命令导出为": 3, - "文档的时候并不会插入这些被嵌入引用的历史版本的内容。": 3, - "论文中插入参考文献": 3, - "参考阶段性文献阅读小结如何插入参考文献。注意如果是一句话引用多篇文献，citation": 3, - "key": 90, - "的双链引用直接用空格隔开即可。": 3, - "论文草稿导出为word": 3, - "参考规范的实验记录导出已完成实验记录为word文档，注意导出的": 3, - "文档中": 3, - "bibliography": 9, - "默认是": 3, - "acsnano": 3, - "的格式。作为论文草稿它其实足够用了，自带链接，可以随时查看原文链接。": 3, - "现在很多杂志还是接收": 3, - "版本的投稿，所以很多老师也习惯于用": 3, - "word。然后你希望你的老师帮你改文章的话，最好提供给他们这个": 3, - "另外自定义导出功能还会把引用了的文献打包导出为": 3, - "refsbib": 3, - "文件，会用": 3, - "latex": 6, - "的童鞋也可以方便地使用这个子文献库文件，进行后续的论文写作排版。": 3, - "不过话说回来，写论文从来都是先把内容搞定，最后再调整格式排版。当论文内容上已经完成不再做修改的时候，我们这个初稿才算是迭代完成。": 3, - "一般说来，论文发完，整个课题项目的所有资料就可以进行导出存档操作了。": 3, - "没想到obsidian也可以用于管理试剂库存。": 3, - "此节内容主要涉及": 3, - "obsidian制作卡片相关的流程，又稍有不同。": 3, - "创建卡片": 3, - "在obsidian界面左侧边栏中，你可以找到「创建新的": 3, - "卡片」的按键，点击后会自动在": 3, - "目录中生成卡片，并跳转到新建卡片页面。": 3, - "在编辑模式可以看到，卡片的文件名是自动按照时间戳进行编码的。然后根据卡片模板生成的": 3, - "信息也非常简单：": 3, - "alias：这里你可以填写试剂耗材的简短别名，比如用": 3, - "代替二甲基亚砜。这样你后面在实验记录中如果要使用双链引用这个试剂，可以通过别称从文本补全列表中快速找到此试剂。否则通过记住这个时间戳文件名就太难为人了。": 3, - "tags：卡片标签，多个标签用空格隔开。有了标签，我们可以比较轻松地实现卡片信息地分类检索。所以你可以在这里把标签当作分类来用。比如是试剂就用试剂库存作为标签。是仪器设备类的卡片就用仪器设备做标签。": 3, - "插入试剂模板": 3, - "如果这是一张试剂卡片，你可以用": 3, - "插入本模板库中已经提供的": 3, - "试剂卡片": 3, - "模板。进一步快速填写卡片内容。": 3, - "如上图所示，我采取了": 3, - "所能识别的": 3, - "value`": 6, - "的方式来组织卡片信息，其好处就是后面可以在": 3, - "中使用一个页面": 3, - "试剂库存管理": 6, - "直接对所有的试剂卡片做": 3, - "query。": 3, - "对于一个试剂类的卡片而言，比较重要的信息不外乎：": 3, - "名称": 6, - "存放位置": 6, - "类别": 3, - "余量": 3, - "规格": 3, - "你当然可以根据自己的情况和喜好进行增减。除了补全上述信息方便": 3, - "query之外。为了方便，建议可以从购买的网址链接直接截图贴在卡片中（附件区域）。": 3, - "此外，试剂的购买报销也是有一套流程要走，多弄几次也可以整理成一个": 3, - "protocol（参考整理实验方法）。然后这个流程中产生的一些重要的文件，比如什么表格文件，什么订单截图，发票，试剂盒说明书等等附件，你都可以直接用拖拽的方式插入到这个卡片中。它们会被自动转存到": 3, - "目录下。": 6, - "仪器设备的话，不仅要记录名称型号，可能还有使用培训的一些笔记。你可以参考试剂卡片，自行涉及仪器卡片的模板。": 3, - "试剂库存的查询管理": 3, - "请直接到": 3, - "目录中，打开页面": 3, - "并预览，便能查看": 3, - "中试剂类卡片的信息。这段": 3, - "query": 46, - "代码如下：": 3, - "当你修改了卡片模板之后，可以在这段": 3, - "中修改对应的键。": 3, - "如果列表太长，你可以直接在预览模式下按快捷键，trl，输入关键词搜索，入上图所示，结果会被框选。": 3, - "总而言之，这并不是一个成熟的试剂库存管理方案，但对于个人来说其实足够用了。最重要的是这些资料就以卡片的形式存放于你的库中，你无论是写实验记录还是写论文草稿，都可以快速地引用它。如vidin": 3, - "而这个时候你也应该知道，在obsidian中被双链引用的内容，如果不是嵌入引用，按住": 3, - "trl，用鼠标悬停于引用上方是可以预览的。": 3, - "hats": 3, - "pretty": 3, - "good!": 3, - "一周之内，看看文献，做做实验，买买试剂，学学仪器，科研工作大体就是这样。很快就到小组会时间了，你该写一下工作总结了，这该如何是好？": 3, - "撰写实验记录可以说是基本功了。": 3, - "本节内容主要涉及实验记录的创建，撰写和自定义导出为word文稿并打印等内容。": 3, - "从看板创建实验记录草稿": 3, - "在obsidian做课题的工作流程中，有些任务相对比较复杂，不是任务看板中一句话就能说清楚的。比如做某某实验，这个时候我们可以右键点击该任务卡片，选择从卡片新建笔记。": 3, - "该动作会以草稿模板自动在": 3, - "中生成以该任务名为文件名的草稿。": 3, - "请务必采取上述看板流程创建实验记录（而不是从日志的racking中直接新建任务类草稿），其它任务相关的笔记草稿都是如此。": 3, - "插入实验记录模板": 3, - "创建好的草稿你需要补充完成": 3, - "的信息，具体参考obsidian撰写草稿frontmatter。然后你可以使用": 3, - "插入实验记录模板，操作方法可参考解析文章骨架插入文章骨架模板。": 3, - "实验记录结构说明": 3, - "如上图所示，实验记录一般可以分为五个部分：": 3, - "目的和预期：为什么要做这个实验，要解决什么问题，有什么预期（假设）？": 3, - "方案设计：实验组和对照组，控制的变量是什么，观察什么指标，如何验证假设预期？": 3, - "材料仪器准备：根据实验方案和实验步骤确定，提前准备和预约。": 3, - "实验步骤：具体的实验步骤，按顺序一条一条写，或者使用表格。": 3, - "结果和分析：简单比较实验组和对照的初步原始结果，理解所控制的变量和实验观测指标的关系，检验前面的实验预期，得出有效结论。": 3, - "其中前四个部分都可以在真正做实验之前撰写完毕，然后导出为": 3, - "并打印出来（可参考阶段性文献阅读小结导出文献阅读小结为pdf）。拿着这个去做实验，如果有什么临时变化可以标记修改。做完实验拿到数据之后再填充第五部分。": 3, - "`adtip": 36, - "在材料仪器准备方面，你完全实现对每一种材料试剂，仪器设备单独建立信息页面，然后在实验记录中直接创建双链引用即可。详细内容可参考后面章节👉试剂耗材仪器信息管理": 3, - "插入路径": 3, - "虽然obsidian可以通过拖拽的方式把任意类型的文件转存到": 3, - "ssets": 27, - "目录，并将双链引用插入到笔记中，但是我并不建议你把原始数据（通常比较庞大）直接弄到文库里，这样会变得非常": 3, - "heavy。这种情况下你可以用一个大容量硬盘，设置其盘符为不常用的": 3, - "之类的。然后通过": 3, - "📂插入路径`": 3, - "的方式，然后将数据所在路径拷贝到nter": 3, - "value输入框中，创建指向实验数据所在文件夹的超链接。": 3, - "yapxwe": 3, - "注意不要在dmonition中插入图片，否则使用": 3, - "将会清除此类图片": 3, - "导出已完成实验记录为word文档": 3, - "实验记录是科研项目中重要的存档资料，过去很多情况是直接在纸质实验记录本上誊写的。但显然电子实验记录比纸质记录有着太多优势：": 3, - "书写速度快，打字速度一般能到字分钟，更不用说可以复制粘贴": 3, - "容易搜索相关信息，如果要查阅过去的电子实验记录内容非常简单，而纸质记录要翻找半天": 3, - "简洁高效的排版，使用本教程书写实验记录只需专注于内容，无需在意格式排版也能得到整洁美观的打印版本": 3, - "也有人担心电子记录容易被篡改。事实上你可以将课题项目的整个": 3, - "folder": 18, - "单独使用": 3, - "进行管理。每一处文本修改都会自动生成记录。": 3, - "当然现在仍然有很多老一辈的科研人并不懂也不愿意接受这些新鲜事物，所以请你务必征求导师同意后，每周定期将电子实验记录导出并打印为纸质版，装订好让导师签名并附上日期。": 3, - "并没有提供直接导出": 3, - "文档的功能。但是在本教程提供的工作流中，pandoc": 3, - "工具可以完成该功能（详见软件下载安装pandoc": 3, - "安装与配置）。具体操作上，你只需要执行": 3, - "👑导出笔记`": 9, - "命令即可。": 3, - "执行该命令后，会将笔记导出到用户桌面的": 3, - "目录。笔记机器相关文件将存放于同文件名目录下。在此目录下生产的文件如上图所示。": 3, - "可以看到，word": 3, - "文档中的提供了实验的标题和实验记录的创建日期。但是图片都是全宽显示，可能导致页面存在大量空白，所以你可以进一步对": 3, - "文档中的图片大小进行调整（按住shift使用鼠标进行拖拽实现等比例缩放），最后双面打印出来。": 3, - "分享嵌入视频的实验记录": 3, - "中撰写笔记，你可以随意地插入多种多媒体资源，比如音频、视频、动图。在": 3, - "预览页面中它们都可以正常的显示和播放。但是导出为": 3, - "文档后多半是无法正常显示的。": 3, - "可是有些时候，我们希望给导师看视频结果（且包含详细上下文描述）。为了满足这个需求，`quickdd": 3, - "命令还可以生成可断网独立访问的": 3, - "html": 33, - "文件，将多媒体文件数据嵌入到页面中。所以你可以将上一步导出实验记录产生的后缀为": 3, - "的网页文件发送给他。经过测试，手机（微信）上是可以直接打开": 3, - "的。但是千万不要嵌入过大的视频文件（建议小于）。": 3, - "使用自定义导出笔记功能的重要说明": 3, - "可以使用双链内的声明，如，实现图像显示大小的调整。由于代码开发暂不完善，自定义导出笔记功能暂时不支持对此类情况的解析。所以对于需要导出为word的笔记，请不要在obsidian中调整图片的大小。": 3, - "笔记中插入了参考文献时（参考阶段性文献阅读小结如何插入参考文献），自定义导出笔记时会生成": 3, - "需要联网，否则会报错导致无法实现格式转换。": 3, - "自定义的": 3, - "功能尚不完善，且涉及诸多文件和路径，还依赖于": 3, - "实现从markdown": 3, - "格式到": 3, - "docx": 21, - "的转换。所以如果这两种格式的文件并未生成，请从": 3, - "commanddocxtxt": 3, - "commandhtmltxt": 3, - "拷贝对应的命令，在导出目录下新建": 3, - "terminal（cmd）运行查看报错信息。": 3, - "刚开始做实验，我们会自然地希望尽快掌握实验方法技巧。一个好的实验室一般都会流传着好用实用的protocol。这个在某种意义上是实验室真正的积累，因为篇幅有限，发表论文上的methods大多省略了太多细节。而决定成败的往往就是细节。所以下节内容将详细讨论如何形成protocol积累。": 3, - "梳理和总结工作有助于提高效率。": 3, - "这部分内容很多前面已经提过，所以主要是增加对制作任务甘特图的说明。": 3, - "在幻灯片中总结工作": 3, - "虽然文献阅读周小结我建议单独新建页面进行撰写（详见阶段性文献阅读小结），但是工作小结方面的内容还是推荐并入每周定期汇总小结中。": 3, - "由于周小结往往需要进行幻灯片展示给他人，所以可以从周小结页面通过双链再新建一个幻灯片页面来进一步汇总整理本周完成的课题相关的事务。如何制作": 3, - "的幻灯片其实也在第一章就介绍过了（详见在obsidian中写幻灯片）。": 3, - "从看板的归档任务创建甘特图": 3, - "你可以在周小结页面，通过": 3, - "🐸任务存档`": 3, - "来一键完成本周项目任务的看板流程。": 3, - "它会根据任务看板中已经归档的内容（参考新建课题项目利用看板管理任务），生成一个甘特图，从而直观显示本周你在课题项目中的事务进展。示例如下方。": 3, - "`mermaid": 9, - "gantt": 9, - "本周项目事务甘特图": 6, - "dateormat": 9, - "mmss": 12, - "axisormat": 9, - "md": 6, - "section": 18, - "这是一个测试": 3, - "t": 81, - "d": 60, - "min": 126, - "测试": 3, - "做饭": 3, - "洗碗": 3, - "你当然可以把这段甘特图代码拷贝到工作汇报的obsidian幻灯片中，它在幻灯片中也是能够正常显示的。": 3, - "注意此命令并不会帮你删除看板中已归档的内容。因此会逐渐累积过去所有已归档的内容制作甘特图。如果你只想显示一周内的。你可以定期每周制作完甘特图之后，删除已归档卡片内容。": 3, - "归档记录并查看概览": 3, - "前面我们已经再三提醒，草稿的": 3, - "部分的": 3, - "相对路径信息要填写正确。这样才可以对所有": 3, - "中的草稿使用`uickdd": 3, - "命令以自动归档。": 3, - "正确归档后，你可以按住": 3, - "trl，click该项目的子文件夹查看其overview（参考新建课题项目项目概览），如上图所示，你可以很直观地以卡片的方式（卡片会抓取笔记中图片和文字作为内容摘要）查看每一次的实验记录。": 3, - "关键性的实验结果拿到以后，一般这个课题就可以开始动手撰写论文草稿了。": 3, - "教你技术不是让你内卷的。": 3, - "本来我是想给这章的小结起一个轻松的名字，比如「祝您文章大发」。但又觉得土里土气的，毕竟文章嘛，只是身外之物。所以我就给改了下，换成了「科研」。这科研就包罗了更多东西，比如思辨能力和学术品味的提升。": 3, - "搞研究，说实话，成果多少是可以做出来的，所以文章无论怎样也是可以发的，这是一个确定性的事情。但是要做真正创新的突破性的成果，发好的文章，多少有些运气在里边，这是一个不确定性的事情。所以我只能用「祝」这个动词，表示「祝你好运」。": 3, - "因为即便你很好地利用了": 3, - "这个工具，采纳了我提及的": 3, - "workflow，能否真正在学术道路上取得较大的成就，这也是无法保证的。就像坚持跑步能增加耐力，参考本教程能带给你的确定性，只是信息高效管理这种技能的进步和提升，仅此而已。": 3, - "我留意到近些年选择读研的同学越来越多。即便知乎上劝退文再多也无法阻挡这种趋势。生化环材都说是天坑但是入坑的同学同样络绎不绝。或许，很多人可能觉得没得选择吧。虽然读研没钱，但好歹还能弄个学位，如果用功一点还能学点真本事。每个人心中都有自己的小账本。": 3, - "我也留意到大家越来越感叹学术圈之内卷。学历贬值是一日快过一日，更不用说被称之为「硬通货」的发表文章成果。早几年一篇顶刊能直接给副教授的年代早已一去不复返，多少青年才俊过去是望「洋」兴叹，现在是望「家」兴叹。": 3, - "我还注意到一些诸如「图片误用」或「符合当年标准」的学术圈丑怪现象。这些情况或许可以归咎于当时的条件限制，比如没有像我提供的这类科研工作规范流程与工具链。但归根揭底还是因为知识壁垒太高，没有足够多的局外人去关注这个群体，然后正确客观地评价科学家们的工作。缺少实质意义的阳光和透明，所以同行评议慢慢演变成了圈子文化，固步自封而已。": 3, - "虽然当前情况不妙，但总的来说，我觉得对于个人而言，研究生还是值得一读的。因为研究生更像是职场，但与职场不同的是，你是可以在科学探索中犯错而不用承担特别大的代价（除了安全事故和违反学术道德之类严重的情况），相对宽松的环境会给你足够的成长空间和思考未来的空间。": 3, - "我想强调的是，即便读研到博士毕业，也不要轻易觉得自己应该或者适合继续去做学术研究。博士之后的学术研究是职业范畴，跟做其它项目是类似的。你应该认真考虑自己真正想从事的事业，那种到临终之时不会后悔的事情。而且经过了研究生阶段的训练，你也应当有这个自信——干什么都不会混得太差。": 3, - "所以我觉得还是应该将自己的体会和经验分享出去，让新加入的研究生大军，能够相对规范且高效地成长起来，哪怕以后不能成为教授学者，凭借多年的科研训练和形成的缜密思维和学术鉴赏力，也能够作为一个合格的旁观者，关注和评议科学成果，帮助学术圈在阳光下健康成长。这样形成的真正的科技繁荣的局面，于你于我，于全世界普通人都是一件幸事。": 3, - "扯远了。回到本教程来说，前期我只是疯狂描述该怎么操作工具以完成三种基础的": 3, - "workflow。这是为了降低": 3, - "的使用难度，让普通用户能够以尽可能低的学习成本去完成足够多的事情。": 3, - "但是作为笔记软件，一千个用户就有有一千种": 3, - "obsidian。用户越发熟悉使用之后（比如用上半年之后？），总归要根据自己的实际情况做出调整，这就不可避免地需要进一步了解实现各种便捷功能的插件和底层代码。": 3, - "本来我还想就此做一些说明，但其实相关插件教程网上导出可以轻松找到，而python代码对于会的同学来说也很简单，可以直接看代码而无需我做太多解释。再加上对于绝大部分普通用户，三大": 3, - "其实是足够用的。最重要的是自己做了修改之后，就不能应用我最新的模板库升级了。": 3, - "所以本模板库教程，就到此为止了，最后再次祝您，科研精进！": 3, - "这是一件需要充分发挥主观能动性的活动，简单的说就是费脑。": 3, - "obsidian读文献": 27, - "在初步阅读了一些文献，以及完成了定期每周的文献周小结之后，你可能对若干个主题或者领域产生了进一步了解的兴趣，也积累了一下术语或者关键词。接下来就可以进入到下一个环节，进行比较系统的主题阅读和比较阅读了。": 3, - "重要文献的溯源": 3, - "首先，由于论文一般对参考文献引用是非常严格的，所以你完全可以根据若干非常重要的相关的文献，实施溯源搜索，也就是根据内容去找被引文献，甚至被引的被引。": 3, - "的双链功能为我们在自己的文库内构建文献的相互引用网络实现了可能。所以我建议你通过使用": 3, - "🔎引文列表`": 6, - "命令，在文献笔记（mdnotes）": 3, - "中先插入此文所引用的文献列表。如果它引用的文献已经存在于你的": 3, - "文库中，那么将自动转变为双链模式，如果还没有收录到你自己的文库，则保留链接。你可以通过链接跳转到原文网址进一步查看。": 3, - "过了一段时间之后，你可以删除文献笔记中这个": 3, - "eferences部分，重新执行": 3, - "命令以刷新引文列表，从而给更多已经入库的文献更新链接为双链。": 3, - "此外，由于某些看破不说破的原因，溯源很可能会封闭于某些学术团体（一直是这伙人引来引去的）。所以在溯源的同时，你要根据已有的信息，通过各种途径进行搜索，找寻相关的具有参考价值的资料。这些途径包括各种学术搜索引擎的使用，这里我就不多说了。": 3, - "zotero中建立专题分类": 3, - "为了方便主题阅读和比较阅读，建议先在": 3, - "中建立专题分类，将此专题的文献都收录到分类中。建议新找到的文献资料，都通过": 3, - "doi": 12, - "的方式添加到": 3, - "的文库中（详见当期文献速览通过doi将收藏文献入库）。一般来说，对于初级层次的主题阅读，刚开始收录篇左右的文献就差不多了，不必求全而把时间浪费在搜寻资料上。": 3, - "创建主题阅读笔记": 3, - "同创建草稿的方式（参见obsidian撰写草稿）创建主题阅读笔记。": 3, - "然后将搜索收录到专题分类中的文献条目全部选中，拷贝": 3, - "key，粘贴到主题阅读笔记中。": 3, - "注意这里相当于是引用了多篇文献。所以引用多篇文献仅仅是把双链用空格隔开即可。然后": 3, - "是按照": 3, - "的首字母进行排序的。所以为了后面方便填充笔记内容，zotero中建议按照": 3, - "对文献条目进行排序。": 3, - "边读边写填充内容": 3, - "在主题阅读笔记中插入了大量的参考文献之后，接下来就是填充具体内容。我建议你按照": 3, - "逐个逐个填充。甚至把它们制作成列表都可以。": 3, - "需要注意，可能并不是每一个": 3, - "都已经创建了": 3, - "mdnotes，所以请按住": 3, - "trl，鼠标移动到双链上查看是否能够预览。如果预览为空白，则需要在": 3, - "中对此条目新建一个": 3, - "文献笔记（详见当期文献速览创建文献笔记）。如果预览不为空，千万不要再重复创建": 3, - "mdnotes，否则之前填写的一些内容（如文章骨架）会丢失。": 3, - "所以按照这样的操作，一个主题阅读笔记，本质上就对应了": 3, - "中的分类。": 3, - "比较文献关键内容": 3, - "在比较阅读中，最直观的莫过于使用表格了。所以在主题阅读进行到一定阶段，你需要确定这个主题内的文献包含一些常见的重要的实验、方法或者其它指标，以此建立": 3, - "vaule`，填写于": 3, - "mdnote": 9, - "文献笔记中。注意每个": 3, - "必须独占一行，而且": 3, - "之前不能有任何内容。这些都是": 3, - "插件的具体使用方法，参见ataview": 3, - "数据查询增强，这里仅提供必要操作说明而不做原理性解释。": 3, - "由于按照本教程的流程，完成初步阅读的研究性文献笔记必定包含以下键值对：": 3, - "novelty：创新性": 3, - "significance：意义": 3, - "potential：潜力": 3, - "所以这里仅提供": 3, - "对这四个": 3, - "attribute（属性）": 3, - "默认模板：": 3, - "如果你需要查询自定义属性，可以将自定义的": 3, - "跟上面代码中第一行的": 3, - "novelty、significance": 12, - "进行替换，然后修改对应的": 3, - "column名方便查看。另外一个需要注意修改的是显示为绿色的主题标签。这里补充强调下：在进行主题阅读时，请务必在文献笔记中的frontmatter": 3, - "中添加主题标签。": 3, - "你可以通过": 3, - "插入": 6, - "主题文献比较查询表": 3, - "插入该": 3, - "template，插入方法参考解析文章骨架插入文章骨架模板。": 3, - "导出调研报告": 3, - "理论上做得好的话，主题阅读的笔记，再稍加修改润色，已经基本可以成为一份调研报告了，你同样可以导出为": 3, - "发送给导师瞅瞅。导出方法参考阶段性文献阅读小结导出文献阅读小结为pdf": 3, - "。但是你会发现导出后插入的参考文献是没有引文列表的，所以你可以再针对此草稿页面使用": 3, - "命令，它会生成基本符合要求的": 3, - "ibliography。导出pdf后效果如下图所示：": 3, - "注意标题已经自动创建了指向网页的超链接，可以在pdf直接打开网页。": 3, - "文献阅读积累不是一日之功，所以贵在坚持。而当你的文献库愈发庞大，读得文献也更多的时候，常常会发现有些作者总是眼熟。没错，他们可能就是这个领域中的佼佼者。所以有必要进行follow。": 3, - "所谓的提高效率不过是从实际情况出发有所权衡和取舍。对于重要的文献和综述，再别无他法，只能是老老实实下苦功夫读懂读透。": 3, - "综述类文献的阅读与之前非常相似，在此部分内容中你将了解如何在obsidian中制作思维导图。": 3, - "综述阅读的一般流程": 3, - "一般新加入团队的小朋友，导师或者师兄师姐会推荐一两篇文献。主要是目前课题高度相关的文献或者重要的综述。啥都不懂，你该怎么去阅读它们呢？通篇从头读到尾吗？": 3, - "对于这种「敲门砖」级别的文献。如果有时间肯定是要通读多读，读透读懂的。对于研究论文我前面已经仔细介绍了阅读的诸多环节。其实对于综述，首次见面还是一样的流程：": 3, - "第一轮筛选就不需要了，可以直接入库，然后阅读综述标题摘要，快速看看插图，获取对于该综述的大体印象。相当于你要完成": 3, - "comment，还有补充": 3, - "tag，rating": 3, - "之类的。这个步骤要争取在分钟内完成。": 3, - "第二轮也同样是「解析文章骨架」，但是却并不是去概括前面所提到的三要素，而是根据综述的": 3, - "introduction": 15, - "和后面的小标题，绘制一个简单的思维导图（对应了综述的大纲）。": 3, - "第三轮也还是「按需搜索」，就是基于思维导图，思考判断你实验室或者课题目前处于这张思维导图的什么位置（或者离得最近的）。读完了": 3, - "之后直接跳到这个部分仔细阅读。": 3, - "修改文献阅读笔记类型": 3, - "虽然流程大体相似，但在": 3, - "的笔记撰写操作上略有不同。": 3, - "由于创建文献笔记时默认的": 3, - "是": 54, - "article（如上图所示），所以对于综述类，你需要手动修改": 3, - "中此项值为": 3, - "review。完善": 3, - "信息有助于你后续的文献管理和信息聚合。": 3, - "制作思维导图": 3, - "研究论文通常都是": 3, - "「narrow": 3, - "down」的逻辑结构：先说一个大的研究领域，然后圈出其中一部分指出问题，逐步聚焦到一个非常具体的小问题上。而综述可能刚好相反：就一个比较大的概念，不断延伸扩充各个子领域的研究进展。": 3, - "上方是使用": 3, - "xcalidraw": 3, - "插件制作的手绘插图": 3, - "所以在解析综述的骨架上，你完全可以采取你熟悉的工具去绘制美观的思维导图再截图贴过来。但这里我推荐obsidian直接做思维导图，以保持整个工作流的连贯性。": 3, - "obsidian中搞思维导图，利用了": 3, - "ind": 9, - "ap": 12, - "插件，你只需要正常写内容就可以了。": 3, - "在综述文献笔记中，你可以按，在": 3, - "命令面板中选择": 3, - "，根据模板创建新的页面。完成后按": 3, - "就可以看到自动解析出来的思维导图。然后直接截图贴到文献笔记即可。": 3, - "当介绍完如何阅读综述类文献之后，怎么读文献这个事情就差不多了。与写日志类似，这都是在生产一些知识碎片，接下来一定要定期的整理，然后有所总结。所以下一节内容对阶段性文献阅读小结作一定说明。": 3, - "非常简单，获取对文献的初步印象就行。": 3, - "入库之后的文献要尽快全部完成泛读，不然你的未读清单会爆炸的。在我推荐的流程中，文献泛读与别处不一样，可以说简单到一篇文献最多只用分钟即可。": 3, - "打开文献工作区布局": 3, - "在上一节（当期文献速览）中，我们已经完成文献的入库，并创建了文献阅读笔记。": 3, - "下一个阶段就是对这些新入库的文献进行泛读。如上图所示，你可以点击": 3, - "左侧边栏的「管理工作区布局」，然后选择加载「文献阅读」。obsidian": 3, - "就会切换到已经设定好的界面布局，首当其冲显示的就是阅读清单。": 3, - "阅读清单结构说明": 3, - "阅读清单主要包含三个表格：": 3, - "未读文献表格：表格只有两列，分别为文献笔记文件名和创建日期，并按照文件创建日期倒序排列。": 3, - "近期已经阅读文献清单，这里展示的是近期文献阅读笔记存在过更新的情况，按照文件修改时间倒序排列。表格包括了标签、评分和comment，有助于概览文献情况。": 3, - "组会上已分享展示的文献，展示已经制作ppt在实验室定期组会上分享的高价值文献。（费曼学习法，给人讲过的才印象更加深刻）": 3, - "泛读的目标": 3, - "`所在行，直接输入即可。注意两个冒号后边是有一个空格的，不要删掉，否则": 3, - "插件不能解析这个信息。": 3, - "在写完了": 3, - "之后，你完全可以换行换行再在后面贴一张文章中给你印象深刻的图。因为插图比文字更能够唤起印象。": 3, - "泛读的第二个目标是，根据你的初读印象，在文献笔记的": 3, - "中删除原来占位置的标签，输入你自定义的标签，多个标签之间使用空格。然后再给这个文献弄一个简单的星标评分，你可以直接复制默认的一星（⭐）。": 3, - "完成上述目标之后，你就能在阅读清单近期已阅中看到关于这篇文献阅读的记录：": 3, - "初读印象该写什么": 3, - "我认为文献泛读的目的就是为了获取一个大概的印象。": 3, - "由于这种关于印象的描述和记录最终还是给你自己看，方便review的，所以尽量不要写自己都讨厌的套话废话。有时候只言片语只要你自己觉得日后看到还能唤醒这个印象就行。": 3, - "我个人认为首先只能是一句话概括。有时候你会发现大概就是把标题用自己的话翻译补充一下就ok。": 3, - "所以在我所提及的文献泛读的具体操作是一个递进的过程：": 3, - "读标题，标题读懂了如果能够理解，就直接写初读印象": 3, - "如果标题不是很明白，再读摘要，利用摘要中提供的信息对标题进行补充，完善初读印象": 3, - "如果读完摘要还是不懂（常见于非资深研究生），则考虑是否值得花更多时间阅读原文。由于已经入库的文档是「感兴趣」、「有点相关」、「有美感」三者必占其一的（参见当期文献速览收藏还是要有一定标准），所以阅读原文总归要读，但可以根据你当前具体事务安排罗列优先级。": 3, - "比如你正在进行的课题实验，需要你对这篇文献的方法有深入的了解，那肯定要优先安排进一步阅读原文。再比如你觉得这篇文献数据分析方法和展示方法对你有帮助，同样是尽快安排上。总之记住一句话：文献无穷无尽，你必须根据自己实际情况有所取舍地阅读。": 3, - "所以你看，在我这个流程中，完成文献泛读根本是不用下载原文的，大致看下标题摘要和插图即可。通过标签和": 3, - "对这篇文献建立一个初步的印象，然后使用": 3, - "标清楚它的进一步阅读的优先级。这样就能节约大量力气，把有限的时间分配给于你而言真正重要的文献上进行下一步更仔细地阅读。": 3, - "快捷查看标题摘要": 3, - "可以看到，自动生成地文献笔记已经有标题作者的信息。所以标题查看是没问题的。如果想进一步阅读摘要，可以按住": 3, - "trl，鼠标点击": 3, - "后面的超链接实现跳转。一般而言会跳转到出版商的在线论文页面，即便需要付费也是会提供一个摘要的。": 3, - "该如何打标签": 3, - "标签一定是在文献泛读完成后，初步印象撰写完毕后，从你的印象中高度提炼出来的一些关键词，当然一般都是很实在的词。比如研究领域，研究对象，研究方法啥的。但这个实际上想做好很难，所以还是以自己的感受为主，目的是帮助自己，快速唤起对于这篇文献的印象和记忆。": 3, - "完成泛读的入库文献可以根据情况罗列「进一步阅读原文」的优先级，所以下一节就讲这个内容。": 3, - "感觉更多是对": 3, - "的介绍了。": 3, - "好记性不如烂笔头，不管用什么策略去阅读原文，没有什么比直接在pdf上做批注更爽快了。": 3, - "下载原文并入库": 3, - "你可以在": 6, - "库中，右键单击你想要查看原文的文献条目，先选择「在线查看」，然后会自动打开浏览器并跳转到文献的网页。": 3, - "下载原文的方式很多，无论是": 3, - "access，抑或你单位购买了期刊，还是自己用": 3, - "「诶思西哎哈博」，总之从浏览器下载": 3, - "时务必记得保存到桌面。": 3, - "pdf下载完成后，不用管它，再在": 3, - "中右键点击这个文献，选择": 3, - "ttach": 3, - "ile。这个时候，zotfile": 3, - "插件会自动将刚刚下载到桌面的": 3, - "重命名，然后移动到": 3, - "目录下，并在该文献条目记录下生成相对链接。": 3, - "阅读原文并批注": 3, - "版本已经内嵌了一个非常好用的": 3, - "阅览批注功能。当你附加了": 3, - "到文献条目后，双击就可以在": 3, - "中浏览原文。如上图所示，界面非常简洁，包含必要的标注工具。": 3, - "如果你无法打开": 3, - "pdf，可能是插件配置有误（详见zoteroobsidian联动配置zotfile插件安装和设置）。": 3, - "保存批注到pdf文件": 3, - "默认把批注内容存储于自身的数据库（可以云同步），但是这样容易造成丢失，而且当你给别人": 3, - "这篇原文时，pdf中的标注对方是看不到的。": 3, - "为了解决这个问题，我建议你养成习惯，把批注保存到": 3, - "文件中。由于": 3, - "采取的标准很好，所以别的": 3, - "阅读器都可以正常查看这种批注。": 3, - "具体而言，你只需要点击「文件」，然后选择「store": 3, - "annotations": 3, - "file」，就可以把批注保存到": 3, - "文件中。": 3, - "从批注创建笔记": 3, - "当你在": 3, - "中做了一些批注之后，你可以直接把所有的批注收集起来新建一个笔记。如上图所示，右键点击此文献条目后再点「dd": 3, - "anotations」，选择做了批注的附件pdf，zotero": 3, - "就会自动生成一个笔记。你可以在右侧边栏中看到其中内容，如下图所示。": 3, - "将注释笔记存储到vault中": 3, - "上一步生成的注释，同样是存储于": 3, - "内部的，我们可以把它整合到自己的": 3, - "库中。具体操作就是右键单击这个新生成的注释文件，选择「dnotes": 3, - "xport": 24, - "markdown」。": 3, - "库中看到这个新生成的注释文件，mdnotes": 3, - "已经按照模板自动帮你建立好了指向该条目主文件的反向链接。": 3, - "值得说明的是，将标注内容存储于": 3, - "中的作用主要是你可以全库搜索文献内的标注，这有利于你直接发现文献的相互联系，适用于系统性主题阅读和比较阅读时快速抓取关键信息。": 3, - "不过被魔改以适配": 3, - "插件似乎丢失了指向": 3, - "的链接。所以从": 3, - "库中的这个文件里边，你无法再直接跳转回": 3, - "中指定": 3, - "内容的具体的被标注内容了。": 3, - "但是在": 3, - "中存储的注释，其链接仍然是有效的，你点击某条注释，选择「在页面显示」，就能够直接跳转到": 3, - "中被注释的区域，这个功能可以说非常方便。": 3, - "特别注意，在": 3, - "zotero中可以直接搜索注释中的内容。所以在使用一段时间后，我更多地把「将注释笔记存储到vault中」这种手段作为信息备份。": 3, - "关于pdf注释的建议": 3, - "由于pdf注释的特点，我并不建议在注释中插入图片什么的（虽然是可以的）。因为这样会让注释变得": 3, - "heavy。相反，我更推荐使用一句话，加上若干标签的方式来完成注释。为了让": 3, - "能够自动抓取便签，你可以遵循简单的标签语法规则，就是在关键词前面加，比如。为了清楚，标签应当在一句话描述之后独占一行，如果有多个标签用空格隔开，如：": 3, - "这是一段批注，用于演示被推荐的批注格式。": 3, - "obsidian搞科研": 3, - "本节内容主要讲的是原文阅读在软件使用层面的东西，掌握这套阅读注释的流程虽然能够比较轻松自然地把文献批注组织起来。但是真正能够提高原文阅读的效率，还需要有一定策略。": 3, - "可以说，不同轮次阅读原文都应当有不同的目标，就像我们在「文献速览」时解决的是判断某篇文献是否要「入库」，而在「文献泛读」时力求快速获取印象和标签。": 3, - "同样的，在第一次阅读原文时，我们千万不要去通读全文，而是根据一个具体的目标——「解析文章骨架」，去搜读原文。": 3, - "感觉更多在讲怎么读文献，obsidian的操作就是插入模板而已。": 3, - "此节内容主要涉及使用模板，方便在文献笔记中填充格式化内容。": 3, - "文章三要素": 3, - "第一次阅读原文时，应当尽快明了文章的骨架。那么什么是文章的骨架呢？": 3, - "对于一篇创新性研究论文，按照我老师的说法，其骨架就是三个要素：「novelty」，「significance」和「potential」。": 3, - "所以刚开始看一篇文章，一定要带着如下三个问题去搜寻答案，而不是通读全文：": 3, - "创新点（novelty）究竟是什么？注意论文必然有创新之处，否则无法发表。": 3, - "有什么研究意义（significance）？研究意义通常是文章工作要解决的具体的问题所带来的。": 3, - "发展和应用潜力（potential）如何？牵一发而动全身，这个工作能促进哪些领域的发展？": 3, - "值得一提的是，novelty（因为对于发表文章是必要的）所以多少比较清晰，但是": 3, - "potential，很多工作就是在说一些套话或者泛泛而谈。": 3, - "所以在阅读原文时也不要过分依赖于文中怎么说，有时候也要自己结合已有知识储备主动去思考。说不定就能发现作者「丢了西瓜，捡了芝麻」。": 3, - "插入文章骨架模板": 3, - "简单介绍了「文章三要素」之后，那么对于我们这一个环节的阅读，最主要的目标就是在文献笔记中填写「文章骨架」的内容。": 3, - "你可以打开某篇文献的笔记，如果按照流程，它应当显示在你的阅读清单近期已阅的表格中了：": 3, - "光标移动到笔记末尾后，可以快速插入「概括文章骨架」模板：": 3, - "具体操作如上图，在左侧边栏最上边的按钮，也就是「emplater」插件按钮，点它（或者按快捷键）。然后弹出一个对话框列表，里面有很多模板，点击「概括文章骨架」，即可在文献笔记光标所在位置插入已经做好格式的内容。": 3, - "这就是": 3, - "插件的基本使用方法，后面插入任何模板都可以这样做。": 3, - "如果你还有印象的话（详见入库文献泛读），就会按照模板生成的内容中，": 3, - "后面都带有两个冒号，是给": 3, - "插件聚合信息用的。": 3, - "填写的方式如同前面的": 3, - "`，在双冒号之后输入空格之后，再写具体的内容。": 3, - "文章骨架怎么写？": 3, - "本质上，文章骨架是对初读印象的进一步补充。前面提到，初读印象可作为文献标题的对应。所以文章骨架也可以作为文献摘要的对应。": 3, - "一篇好的文章，其实已经在摘要中把": 3, - "进行了概括性描述。": 3, - "还是那句老话，如果这篇文章属于你小领域的，那么你就会更容易理解它的这个三要素。这个时候提炼文章骨架更多实对摘要的翻译。当然，这个东西是写给自己看，巩固印象的。所以重要的事情再说一遍，不要写套话废话，照抄照搬。": 3, - "如果摘要不是看得很懂，那么你就需要进一步阅读": 3, - "introduction，里边会对文章具体要解决什么问题和瓶颈，采用了什么方法策略，得到了什么结果，具有什么意义和潜力等有更详细的说明。": 3, - "如果": 3, - "看了还是读不懂": 3, - "是什么，我建议你可以采取以下方式（已按优先级排序）进行操作：": 3, - "根据": 3, - "中的引用文献进行溯源搜索，因为一些概念方法，会在被引用的原文中有更详细的说明。但是溯源需要时间，请结合实际情况合理操作，适可而止。": 3, - "找你的师兄师姐甚至导师询问，注意问题要具体。比如针对创新性方面的疑问，「师兄，你看这篇文献要攻克巴拉巴拉的问题，这个问题有其它的解决方案吗？这篇文章这种解决方案有啥优势劣势呢？」": 3, - "说了这么一大堆，直接上例子。基本上填写这三要素的内容，都可以在文章摘要中找到。然后一定要注意，这不是做什么题目，没有所谓的对错，就按照你自己的理解来。比如这篇文章，我就觉得它新奇的地方，是把兔子打印所需的信息存储到中制作材料，然后打印成一只兔子，然后从兔子上扣一点下来读取信息，又可以打印一只一模一样的兔子。": 3, - "当然了，这里我只是给读者解释，所以对创新点描述得啰里啰唆的。事实上在填写三要素时，请尽可能简洁明了，哪怕只是关键词就行。因为这是给你自己看的，只要你能根据这些关键词重新唤醒对于这篇文章的记忆就行。": 3, - "无论因为什么原因而阅读原文，解析文章骨架都是必要的（abstractintroduction），要不然就不读。做完了这一步之后，就是按照读者各自需求进一步阅读了。比如了解和评价更为具体的结果（读": 3, - "results），或者学习实验方法和数据处理方法（读": 3, - "methods），甚至欣赏学习作者的思辨过程（读": 3, - "discussion），其实都可以在批注中搞定（参见进一步阅读原文阅读原文并批注）。": 3, - "对于单篇研究性原创论文的阅读就介绍到这里。但实际上我们还会看一些综述。综述的读法跟论文又不大一样，目的更不一样，所以我们的操作也有不一样的地方。": 3, - "写文献阅读的小结其实跟日志小结的思路是一样的。": 3, - "按照平均每天阅读一篇文献的最低标准，基本上一周就会积累不少零碎的阅读笔记了。这个时候一定要找个时间，定期撰写阅读小结。这是最浅层次地对已完成泛读（即完成解析文章骨架）的文献进行的整理回顾和思考。": 3, - "创建文献阅读周小结": 3, - "你可以从每天的日志出发，在某一条": 3, - "track，按": 3, - "命令面板，选择「🍭阅读小结」快速按照指定模板（见每周文献小结）创建文献阅读小结。": 3, - "文献小结大纲与说明": 3, - "文献阅读小结使用模板继承自日志周小结，所以": 3, - "基本是一样的：": 3, - "撰写完毕后注意对": 3, - "中的信息进行补充。": 3, - "正文部分主要又三块，首先是近期阅读文献清单，也是继承自阅读清单，但是时间段已经固化，会显示文献小结创建时间倒推一周内的已读文献。": 3, - "基于前面一目了然的已读文献列表，我建议你可以写一下阅读这些文献之后，自己对于课题，对于所处领域以及各方各面的印象还比较深刻的收获。": 3, - "最后一部分，你可以思考下自己还有什么疑问需要继续阅读什么方面的文献。也可以思考基于已读文献，可能有什么新的idea。": 3, - "如何插入参考文献": 3, - "撰写文献小结的时候，不可避免地要插入参考文献。在": 3, - "中，你可以使用双链指向文献的": 3, - "文件。一般都是": 3, - "但实际操作过程中，我建议你再次进入到": 3, - "mdnotes，查看具体的文献笔记内容，并且跳转到": 3, - "中查看原文以及内部批注（相当于复习）。如上图所示，文献笔记中`ocal": 3, - "library`后面的地址，可以按住": 3, - "后鼠标左键点击，跳转到": 3, - "中并预选中该条文献条目。": 3, - "中选中要引用的条目，按，就会生成该条文献的": 3, - "并复制粘贴板中，接下来直接到小结正文中粘贴即可。": 3, - "导出文献阅读小结为pdf": 3, - "如果你导师或者实验室有要求定期提交文献阅读小结，可以直接点击该小结页面的「选项」，然后选择导出为即可。": 3, - "已阅而未精读的文献会随着时间推移而越来越多。但不要慌，首先从没有必须精读每一篇文献的规定和必要，其次读文献的更重要的目的是解决困惑和产生idea。所以当有一定文献积累之后，就是时候进行更高级的主题和比较阅读了。": 3, - "花了天时间完成了第二章的内容，一共节，感觉还是有点费劲的。": 3, - "若将学术圈类比于武侠小说中的江湖，那么读文献这个事情就像是修习内功。与来往的学术大佬交流也不难得知，他们的文献阅读量都是破万的水平。所以课题组素有「每日一文」的提倡，这样即便资质一般，凭着日积月累的功夫也能达到「内功深厚」的地步。": 3, - "所谓「读书破万卷，下笔如有神」。论文读得多，自然见多识广，对于目前研究的边界有比较清楚的认知，比如哪些问题是重要的，哪些问题已经被解决了，哪些问题还没搞定存在瓶颈。而且你会发现，越是前沿的越是学科交叉的研究，问题越多。这问题越多，idea": 3, - "也就更多。有": 3, - "idea": 15, - "才能有课题。这个道理是如此简单，但是能坚持读文献的不多。": 3, - "一下子读一万篇文献显然是不可能的。我们只可能化整为零，每天读一点，争取十年读一万篇。": 3, - "为啥是十年呢？大家可以简单算一笔账。十年时间，五到六年硕博，再加上博后和青椒阶段，基本上你就成为了人类探索知识边界的先锋骨干，也就是真正的专家。真正的专家没能「破万卷」那只能称之为「砖家」了。": 3, - "十年大概三千六百五十天，平均每天三篇左右的阅读量，就能够实现这个目标。但如果你每一篇文献都画上一个小时去通读，一天三个小时也是非常难的事情。想想锻炼身体这个事情，每天能跑步半小时都是痴人说梦。": 3, - "所以在本教程提及的「读文献」流程中，其实把读文献这个事情划分了三个阶段：": 3, - "入库文献泛读：也就是看看标题、摘要和插图，有个初步印象": 3, - "解析文章骨架：进一步看看标题和": 3, - "introduction，争取提炼文章骨架": 3, - "主题阅读与比较阅读：同类主题一起读，比较": 3, - "results": 9, - "methods等诸多血肉": 3, - "事实上对于一个「破万卷」的专家而言，一万篇的数量只是他收入库中的总文献数量。他真正精读过的文献可能就百来篇，解析过文章骨架的可能有数千篇，剩下的大部分都只停留在一个初步印象的阶段。": 3, - "但这并不是意味着「破万卷」的说法作不得数。因为一个具体的研究领域中，真正有东西的好文章并不多。读懂读透了这些精品文章，剩下的很多文章你只需要泛读一下，也可以有很高的理解度。而从理解程度这个角度来说，「破万卷」是毫不夸张的。": 3, - "那何直接问导师或者大牛讨要这些精品文章进行研读？但我估计你得到的会是一篇重量级的综述。就像我在重要综述如何阅读中所说，即便是这样的综述，也不是需要通读所有内容的。因为时过境迁，你的研究领域和重心都会与旁人不同。": 3, - "而且根据自己实际情况而广泛阅读并加以甄选，才是真正的「授之以渔」，让你的学术判断力和学术品位得到真正的提升，从而完善自己独特的研究领域下的文献积累。": 3, - "对于国内绝大部分按部就班从大学毕业然后读研究生的同学，实际情况可能是一进实验室就被当民工使，各种学习实验操作技能，然后把实验做起来，给已经在做的课题打下手。根本没有你自己按部就班从看文献出发不断思考提炼，做自己提出的课题的机会。其实这并不要紧，时机到了自然水到渠成。所以这不能成为你不读文献，思考自己后面要研究什么的理由。": 3, - "而且「纸上得来终觉浅」，尽早动手，参与到课题当中，积累实践经验体会，更能够激发你阅读文献的动力。": 3, - "比如某个实验做不出来，做不好，折磨了你一两周，你自然对于能够提供帮你解决问题的文献趋之若鹜，都不用导师三令五申你去读文献。": 3, - "除了激发阅读动力，同时也能提供具体的限制条件帮助你筛选近期要精读的文献，因为你阅读文献就是要解决眼前的问题。我相信已经开始做实验的同学应该有所体会。": 3, - "「尽信书则不如不读书」，参考文献上说的也不一定都对，你如果不做实验，仅仅凭着作者精心编织的逻辑来判断，多多少少会被带到沟里去。另外文献终究只有几句话，你如果不做实验，没有在一线战斗的切身体会，也很难把握其中的艰辛，判断文献的难度或者重量。": 3, - "所以要成为一流高手，终究是要内外双修的。在接下来一章中，我就具体介绍如何使用": 3, - "做课题，实现对「实验记录」、「试剂耗材」、「数据分析」甚至「论文草稿撰写」等具体环节的信息整合管理。": 3, - "这部分内容写起来比较轻松。": 3, - "这一节的内容主要是展示作者排序和展示双链笔记主打的关系图谱。": 3, - "作者统计排序": 3, - "为了方便本教程用户轻松": 3, - "follow": 3, - "大牛，我在": 3, - "中放了一个": 3, - "uthoranking": 6, - "的页面，如上图所示，你可以在预览模式下点击": 3, - "的按钮，然后会在按钮下方基于你个人文献库的统计结果自动生成或更新作者排序列表。": 3, - "创建大牛页面": 3, - "页面切换到编辑模式，你会发现作者名其实就是双链。如果局部预览没有显示，那么你可以按住": 3, - "value`格式填写方便": 3, - "解析）。比如大牛的照片，代表作，单位，诸如此类。": 3, - "然了，你完全可以每隔一段时间点一下按钮，对这个作者排序页面进行更新。而这种更新完全不会影响你已经创建的大牛页面的内容。": 3, - "查看大牛的相关文献": 3, - "你可以点击新建的大牛页面的选项，然后选择「打开局部关系图」，就可以看到大牛发表的被你收录的所有文献的文献笔记。如上图所示，就是一个典型的所谓双链笔记的局部关系图谱。": 3, - "注意，这个是自动生成的。因为每一个mdnote": 3, - "文献笔记，都包含了": 3, - "authors": 9, - "字段（如上图所示）。如果": 3, - "author": 15, - "的页面一旦被建立，就会生成这种网络链接。你可以点击关系图中任意一个节点，直接跳转到指向的文献笔记中。": 3, - "将大牛页面归档": 3, - "由于是从草稿创建，会默认保存至，你需要将其转移至": 3, - "目录下，可以修改": 3, - "中的": 12, - "的值为": 3, - "，等到后面周小结时统一批量自动归档，具体可参考obsidian撰写草稿frontmatter": 3, - "和每周定期汇总小结zscr。": 3, - "查看全局关系图谱": 3, - "通过「创建大牛页面」和前面提到的「引文列表」（详见主题阅读与比较阅读），会基于作者和文献自身的引用关系，生成高质量的个人文库的关系图谱。现在我们可以点击obsidian左侧边栏的「全局图谱」按钮，查看一下成果了：": 3, - "存在于": 3, - "目录下的大牛页面在关系图谱中会被渲染成黄色的节点。而普通的": 3, - "文献笔记是浅绿色。至于主题阅读笔记（topics）则成为深绿色。此外我还设置了日志、周小结的渲染样式。通过这个关系图谱可以对整个": 3, - "文库有一个直观的了解。": 3, - "值得一提的是，这个关系图谱可以按照时间顺序生成动画，起初我就是不知道在哪里看到这种酷炫的效果被吸引而来。但是后来在实际的使用过程中，发现查看全局图谱的频率低得令人发指。所以我就不再制作这样的动图来哄骗小朋友了。": 3, - "文献阅读方面的介绍到此基本结束。文献阅读的目的归根结底还是要「触及知识边界」，找寻到别人还未解决的问题，提出你自己创新的方案。所以我们一开始就是为「开题」准备的。开题了，就是要做具体的课题项目了。这个就包括实验报告、物资管理等项目相关的工作流程，我会在下一章进行说明。": 3, - "又是一个小时过去了，还不错，今天就写这一节。": 3, - "在「obsidian搞科研」这第二章的第一小节，我刚开始就谈当期文献速览，马上就感觉到不妥。因为对于真正刚进入实验室的科研小白，他们早期的文献大多是导师或者师兄师姐推荐的，需要精读的文献。其中又以综述最为重要。所以对于这部分童鞋，我建议你优先参考后面": 3, - "这一小节。": 3, - "扫阅最新发表的文章": 3, - "对于经验丰富的科研老鸟，在对自己研究领域内的工作有比较系统和全面的了解之后，平时应当注意跟踪所属和感兴趣的领域内最新进展，所以你需要知道一些你感兴趣的工作经常发表的杂志，定期扫阅": 3, - "current": 3, - "issue。": 3, - "比如上图是我对最近一年入库文献所属期刊的统计情况，知道了这些就可以到": 3, - "网站": 3, - "关注之后，你可以看到，当期杂志文章会以卡片的形式呈现出来，一般会有标题和示意图，你可以快速根据这些信息判断文章是否值得收藏入库做进一步阅读。值得一提的是，还有手机，所以完全可以利用碎片时间完成这个「扫阅」的工作。": 3, - "收藏还是要有一定标准": 3, - "这第一步仅看标题和图片，说实话只是留下个印象。跟你研究领域接近，印象深刻；跟你兴趣爱好接近，印象深刻；跟你审美偏好接近，印象深刻。": 3, - "所以于我而言，凭借一张文献卡片决定是否收藏就三个标准：研究领域相关程度、感兴趣程度和对插图的主观感觉。": 3, - "需要注意的是，这三个标准是递进的关系而非并列。因为刚开始一无所知的时候，肯定是跟实验室研究领域越相关的你越兴奋。到了一定程度之后，你了解了不少概念，知道了一些关键词，就会有感兴趣这个维度的偏好。再到后面，或许凭借一张图你就能大致判断这个工作的价值和作者的研究水平。": 3, - "根据这三个标准，你可以不": 3, - "miss": 3, - "对你而言有价值的工作的前提下，大幅度降低第一阶段的文献数量（没错，很多文献你没有必要去阅读，能看一眼它的标题和图已经很给面子了）。": 3, - "通过doi将收藏文献入库": 3, - "通过上述的「扫阅」方式和判断标准，基本上五秒的时间就过完一篇当期文献。收藏了之后，就可以进入到下一个环节。": 3, - "平时「扫阅」收藏的文献，包括其它途径获取的文献，比如微信公众号推送，小组成员在微信群里分享的等等文献。我都会找到": 3, - "号然后添加到": 3, - "文献库中。我管这个操作叫做「入库」。": 3, - "如上图所示，打开zotero，": 3, - "点击界面中箭头所指图标，输入doi号之后，zotero会联网自动抓取该文献准确的条目信息，包括标题、作者、杂志、卷和页码等等。总之非常方便。": 3, - "需要注意的是，这样添加的文献条目属于「未分类条目」。如果你想把这篇文献添加到某一个你创建好的分类中，需要在添加之前选中分类文件夹。": 3, - "创建文献笔记": 3, - "「入库」后的文献，需要及时创建文献笔记。如上图所示，右键点击文献条目，选择": 3, - "dnotes，然后": 3, - "reate": 3, - "file。这是，zotero": 3, - "就会在你": 3, - "库的": 3, - "目录下新建一条文献笔记。你可以点击": 3, - "目录下的阅读清单查看未读文献表格。": 3, - "这同样是通过": 3, - "插件聚合笔记信息形成的表格。你可以点击": 3, - "ile": 144, - "列中的文件名跳转到刚刚新建的文献笔记。": 3, - "可以看到，这是按照一定模板生成的文献笔记。我不建议你马上对该文献进行阅读。什么事情都可以歇一歇才好。只要你不修改": 3, - "标签，它会一直停留在上面提及的未读文献表格中。": 3, - "锁定citekey": 3, - "接下来比阅读文献更加重要的事情，是锁定这篇文献的": 3, - "在创建了": 3, - "之后，我建议你立即锁定这篇文献的": 3, - "key，不然它后面随着文献库的增长会发生变化。这个情况会导致你在笔记中基于": 3, - "的文献引用失效。": 3, - "可以发现，锁定了citekey": 3, - "之后，会多一个📌的标记。如果你没有看到这一列。可以右键点击标题，然后把": 3, - "打勾。": 3, - "如果看不到这个选项，请确认": 3, - "插件已经正确安装（参考zoteroobsidian联动配置）。": 3, - "`adwarning": 9, - "请务必关联创建": 3, - "和锁定": 3, - "这两个操作，这样文献条目📌的标记还有助于你判断": 3, - "是否创建。如果已经创建": 3, - "mdnotes，后面就不要再创建了，否则会覆盖已有的文献阅读笔记，那就惨了。": 3, - "一篇科技论文往往需要经过很多轮的阅读，恭喜你已经完成了最初的最简单的一轮，即「收藏入库」。请一定要把好这第一关，否则你的「未读文献清单」会爆炸的。而下一节的内容，则是讲解处理这些「未读文献清单」并进入到「文献泛读」阶段。": 3, - "越来越进入正题了，从初学者的角度，尽可能克制地讲一点必要的东西，比如写一个草稿，标题段落列表插图超链接什么的，应该是足够了。": 3, - "当您已经知晓如何使用格式化日志tracking事务之后，我强烈建议您从任一条": 3, - "track": 15, - "出发，创建相关的草稿以记录更多内容。此部分预估耗时分钟。": 3, - "从日志出发撰写草稿": 3, - "当您在写日志时，有些事情一句话就讲完了，有些事情却难以在": 3, - "部分描述清楚。": 3, - "!列表缩进gif": 3, - "为了解决这个问题，您可以使用「列表缩进」，用来分条陈述更多细节。如上图所示，在某一行直接回车，然后按键即可缩进。": 3, - "如果内容实在太多，您希望用单独的一个页面来详细记录，那么可以直接输入两次": 3, - "即可自动转换为": 3, - "，然后再输入新页面的名称并补全两个中括号，比如": 3, - "这就创建了一个页面链接。您可以按住": 3, - "点击该链接，直接按照设定好的草稿模板新建一个页面，并跳转到该草稿页面。": 3, - "草稿是正在进行时，为了方便后续的一些信息聚合和自动化操作，所以": 3, - "内容稍多。草稿是根据草稿模板自动创建的，从草稿模板中可以看到": 3, - "的信息：": 3, - "title，标题，在创建草稿页面时根据文件名自动生成": 3, - "date，日期，自动填充的草稿创建日期。": 3, - "excerpt，摘要，一般是对草稿内容做一句话概括，可以完成后填写。": 3, - "tags，标签，多个标签用空格隔开。": 3, - "rating，评分，使用⭐表情": 3, - "status（草稿状态）默认为": 3, - "inprogress，完成了请修改为": 3, - "complete，草稿临时存放于": 3, - "destination，使用相对vault根目录的相对路径，比如该草稿属于项目，你应当填写，后续可以使用": 3, - "命令对": 3, - "目录下的草稿实现自动归档。": 3, - "（是否分享），所有草稿默认是不公开分享的，如果有需要手动修改为": 3, - "true。": 3, - "obsidianode，有": 3, - "两个选项，如果你希望此页面每次打开优先是预览模式，可修改为": 3, - "preview。": 3, - "之后，草稿一片空白，可供您自由发挥。": 3, - "short": 24, - "使用方法": 6, - "的路径可以使用": 3, - "link，比如": 3, - "可以基于文件夹数字前缀简写为": 3, - "，此时使用`quickdd": 3, - "命令，也能够实现正确的归档。因此你可以采取统一的的方式创建新文件夹。注意数字前缀不要超过个字符，从到，以及到都是允许的。": 3, - "markdown基本语法": 3, - "编辑使用": 3, - "语法，其实非常简单，通过一些符号标记就可以完成样式的声明，然后让浏览器按照主题样式渲染出漂亮美观的效果。": 3, - "首先是标题。在草稿中，我建议您使用「三级标题」作为每个小片段的标题，因为它的大小比较合适。而语法标记就是行首输入，空格之后输入标题内容。": 3, - "然后是段落。obsidian中就会生成新的段落。一个段落只包含一个事情，一个说明即可。所以完全可以一句话就是一段，像写诗一样也是好的。电子笔记不费纸，多点空白不要紧。": 3, - "接着是列表。没有什么能比「分条缕析」更加清楚，所以尽可能地使用列表。如果是无序列表，行首使用再空一格；如果是有序列表则是再空一格开始写。退出列表只需要回车两次即可。": 3, - "有时候要强调某些关键词，您可以先鼠标选中内容，然后按快捷键": 3, - "就是加粗，按": 3, - "就是倾斜，如果要就输入「`」号。": 3, - "还有时候要插入网络链接，这个其实跟": 3, - "文档中很像，选中要插入超链接的内容，按快捷键": 3, - "trl，然后会自动添加符号如，光标会进入括号中，您直接粘贴url地址即可。": 3, - "标题的作用": 3, - "细心的你会发现，标题是可以折叠的。这一点当你的草稿很长的时候非常有用。写完一小节就可以折叠起来。": 3, - "插入图片": 3, - "这里推荐配合": 3, - "nipaste": 3, - "截屏工具使用（详见后续章节：nipaste": 3, - "超好用的截图工具），当使用该工具截取屏幕之后，图片被复制到粘贴板，您只需要在草稿中按下`": 3, - "即可完成图片的插入，obsidian": 3, - "会将粘贴板中的图片拷贝到附件目录（），并且自动生成指向该附件的链接，如下所示：": 3, - "注意插入的图片最好独占一行，而且前后均有空行。": 3, - "插入表格": 3, - "中输入表格一直都不大方便，不过在": 3, - "中情况还不是那么糟糕。具体而言，你只要会输入": 3, - "符号就可以了。": 3, - "!输入表格gif": 3, - "换行就": 3, - "nter，自动帮你创建与": 3, - "column": 6, - "name": 48, - "对齐的竖线，然后在后续行输入数据的时候，切换列只需要按": 3, - "ab": 6, - "键就可以了。具体实现效果如下：": 3, - "b": 27, - "c": 33, - "事实上得益于插件，你还可以直接在": 3, - "中对表格进行计算，下载表格中的数据另存为": 3, - "csv文件。但是这里限于篇幅不做过多讲述，感兴趣的朋友可自行查看插件列表。": 3, - "插入其它附件": 3, - "除了可以在草稿中插入图片，您还可以插入视频，音频等多媒体文件。您可以通过快捷键": 3, - "进行「全局预览」并播放。当然也可以按住": 3, - "键，将鼠标悬停于这些附件链接上方实现「局部预览」。": 3, - "《原神·晨曦酒庄陈致逸》": 3, - "!陈致逸i": 3, - "awn": 3, - "inery": 3, - "heme": 3, - "晨曦酒庄mp": 3, - "仅支持": 6, - "mp": 12, - "音频文件在预览模式下播放": 3, - "《原神·游戏片段截取》": 3, - "!mp": 6, - "格式视频文件在预览模式下播放": 3, - "事实上，其它任何类型的文件都可以插入。而且方式非常简单，都是直接把文件拖入草稿编辑区域。然后附件都会保存到": 3, - "附件目录中。如果您是从该附件目录中拖入的文件，则会自动复制一个附件副本，所以需要格外注意。": 3, - "修改默认编辑模式": 3, - "我习惯于传统的纯文本的编辑模式，这对于内容编辑有着精准的控制，而且不会因为实时渲染而产生比较大的计算开销，使用起来会很流畅。": 3, - "但是在一些特殊场景中，比如撰写论文草稿时，需要看着": 3, - "figure": 9, - "进行具体的描述，这个时候就需要实时预览了。": 3, - "如上图所示，你可以随时修改默认编辑模式。": 3, - "其实也可以使用split面板的方式，并将新面板设置为预览模式，这样实现编辑和预览的分离。这个是经典的": 3, - "编辑器的做法。": 3, - "多使用分节小标题": 3, - "当草稿内容比较多的时候，建议对于表达一个意思的段落内容直接使用分节小标题，这样有利于信息的快速提取，方便后期review时高效定位。而且本模板库继承了": 3, - "主题的": 3, - "floatingtoc": 3, - "插件，在编辑模式下可以在页面左侧显示悬浮目录。": 3, - "!floatingtocgif": 3, - "完善frontmatter": 3, - "与日志类似（详见开箱写日志完善日志信息），当您完成了草稿的主体内容之后，请完善": 3, - "中的信息。这个步骤略有繁琐，但是却是非常必要的步骤，因为这是第一次对最原始的文本草稿数据进行汇总整理，有利于后续自动化的信息聚合（参见每周定期汇总小结）。": 3, - "根据实际场景，大家不大可能一天二十四小时对着电脑工作。所以日志的撰写，还有移动端的需求。下一部分内容将介绍如何使用obsidian移动客户端辅助日志草稿。": 3, - "这篇就直接就按照幻灯片的方式来写吧": 3, - "ppt": 12, - "sheldonxxd": 3, - "年月日": 126, - "简洁明了最重要": 3, - "一张": 3, - "slide": 3, - "一张图，一句话足矣。": 3, - "幻灯片规则": 3, - "使用三级标题": 3, - "每张幻灯片用": 3, - "隔开": 3, - "就这么简单。": 3, - "幻灯片预览": 3, - "按快捷键": 3, - "可以调用插件开启预览。": 3, - "调整插图大小": 3, - "上一页slide的插图就有点大": 3, - "可以在插图链接后添加实现。": 3, - "字体高亮": 3, - "有时候需要对关键词做高亮处理。": 3, - "「编辑增强插件」提供了快捷键。": 3, - "选中文本按": 3, - "style\"backgroundcolorff\"trllt数字span": 3, - "即可。": 9, - "在浏览器中查看": 3, - "幻灯片预览面板可以选择在浏览器中打开。": 3, - "切换幻灯片": 3, - "!幻灯片播放gif": 3, - "键盘上的方向键就可以实现幻灯片的切换。": 3, - "幻灯片播放的其它快捷键": 3, - "：focus，全屏展示": 6, - "：打开画笔，可以标注": 6, - "：可以下载画笔标记数据": 6, - "：peaker，演讲者模式": 6, - "：暂停播放": 6, - "：enu": 6, - "：verview": 6, - "：放大": 3, - "导出独立幻灯片文件": 3, - "如上图所示，操作步骤如下：": 3, - "点击幻灯片预览面板的选项": 3, - "点击": 3, - "as": 387, - "html后关闭预览，切换到幻灯片编辑草稿面板": 3, - "可以看到在": 3, - "根目录生成了一个": 3, - "运行": 6, - "导出": 3, - "命令": 3, - "在桌面的": 3, - "obsidianslides": 6, - "目录中可以看到被导出的html": 3, - "您可以把整个": 3, - "文件夹拷贝到盘": 3, - "然后到其它设备使用网络浏览器播放": 3, - "导出为pdf": 3, - "同上张片子，但选择": 3, - "style\"backgroundcolorff\"rint": 3, - "resentationspan，": 3, - "会自动跳转到浏览器去打印，注意配置，打印到桌面即可。": 3, - "obsidian幻灯片的优势": 3, - "幻灯片仍然是文本，易于内容搜索和管理": 3, - "减少使用其它软件按编辑体验的割裂感": 3, - "导出独立只要有浏览器就能播放": 3, - "专注于内容，无需担心排版错误": 3, - "有助于养成简洁风格「一图一句一张片」": 3, - "轻松撰写公式，如": 3, - "x{}timesfrac{pi}{lambda}": 3, - "果然完成这个内容又花费了一个小时，所以以后可以按照一小时一节的效率来安排时间。": 3, - "在软件下载安装完成后，我们需要完成一些配置以实现zotero和obsidian的联动，估计耗时分钟。": 3, - "模板库目录结构说明": 3, - "：内容地图，主要存放dataview查询表": 3, - "iary：存放模板化的每日日志，其中每周事务是看板笔记默认存放地": 3, - "eading：存放文献库和文献阅读笔记": 3, - "rojects：按各种实际的项目分类存储相关笔记": 3, - "ards": 6, - "主要存放一些卡片": 3, - "rchives：时间久远而且已经结束的project可以进行存档": 3, - "ssets：存放附件，包括插图、视频、以及各种其它文件": 3, - "emplates：": 3, - "存放笔记模板": 3, - "之后，点击菜单栏的": 3, - "「编辑」，然后选择「首选项」，进入到": 3, - "的设置当中。如上图所示，需要对箭头所示的地方做修改。": 3, - "特别需要注意的是「高级」中的": 3, - "的路径设置。前者必须是": 3, - "库中存放": 3, - "的子目录。": 3, - "本教程": 3, - "根目录为": 3, - "，而是存在于该": 3, - "中的子目录，专门保存文献条目的": 3, - "附件。设置正确的路径后我们在选择使用，这对于后面调用": 3, - "插件很关键。": 3, - "数据存储位置您可以选择默认（如果盘够大）或者指定一个其它不在": 3, - "中的目录。": 3, - "zotfile插件安装和设置": 3, - "中最强大的插件，点击": 3, - "菜单栏的「工具」": 3, - "「插件」，可以进入插件管理器，然后点开齿轮，选择从文件安装插件。插件为后缀的文件，在软件下载安装中已经提及。后面的": 3, - "插件的安装同此操作。": 3, - "然后对": 6, - "插件进行设置。点击": 3, - "菜单栏的「工具」就能看到": 3, - "的插件设置选项。如上图所示，对箭头所指内容进行修改。": 3, - "注意将": 3, - "pdf下载的临时目录设置为桌面，以后可以从网上直接下载": 3, - "到桌面，再选择pdf对应的文献条目，右键单击后选择`ttach": 3, - "ile`，调用该插件可以自动把": 3, - "重命名并转移到指定目录（去，并且创建指向": 3, - "的链接。": 3, - "插件安装与设置": 6, - "同": 3, - "的安装方式，其设置选项也在zotero": 3, - "菜单栏的「工具」中可见，点开后如上图所示做修改，尤其要注意路径的设置。注意": 3, - "导出目录为": 3, - "，而": 3, - "的模板存放于": 3, - "中。": 6, - "插件安装同": 3, - "zotfile，但是其设置选项已经被整合到": 3, - "首选项中了（说明是个更加高级的大插件）。在这个地方，我们需要修改": 3, - "的格式，如上图所示：就作者加年份即可。": 3, - "此外，还需要修改": 3, - "uickopy": 3, - "中的格式为": 3, - "oam": 15, - "ite": 18, - "ey。这样当你使用快捷键": 3, - "从": 6, - "中拷贝文献，就会拷贝一个": 3, - "ey": 21, - "格式的内容出来。": 3, - "然后再到「导出」选项中修改": 3, - "的便捷复制，选择": 3, - "uick": 6, - "opy": 3, - "ey，就大功告成了。": 3, - "如某篇文献的": 3, - "，那么对应的": 3, - "就是": 12, - "，然后你把这个": 3, - "直接粘贴到": 3, - "中就完成了引文的插入，非常便捷。": 3, - "导出「我的文库」到": 3, - "ault": 3, - "如上图所示，在完成了上述提及的三个插件的设置之后，我们可以右键点击「我的文库」，然后选择「导出文献库」，并且选择": 3, - "ibae": 3, - "的格式并": 3, - "eep": 18, - "updated。导出到": 3, - "指定目录（）去，注意文件名修改为英文。": 3, - "bib文件检查": 3, - "完成了上述配置和操作后，请注意检查，在目录下应当存在以下文件：": 3, - "yibrarybib：与": 3, - "文献库同步的": 3, - "文件，由": 3, - "插件导出并维持更新": 3, - "acsnanocsl：引文格式文件，用于生成": 3, - "acs": 3, - "nano": 12, - "markdowncss：html样式文件，用于将笔记导出为": 3, - "emplatemd：mdnotes笔记模板文件": 3, - "templatedocx：用于将笔记导出word文档的模板": 3, - "paperdocxpy：导出笔记为docx和html": 3, - "的python代码": 3, - "到这里，基本上所有的安装和配置已经弄完了，接下来我们就可以愉快地开始使用": 3, - "了。详见下一节开箱写日志。": 3, - "这个部分只是作为补充，但又有必要说，因为移动输入也是刚需。": 3, - "同时有": 3, - "ndroid": 3, - "版本的": 6, - "app。所以如果电脑不在身边，您完全可以使用手机撰写日志。此部分内容预估分钟。": 3, - "下载安装移动版obsidian": 3, - "苹果的应用商店可以直接搜索到": 3, - "obsidian，可以直接安装。对于普通安卓手机用户，或许也可以从应用商店下载，但是我使用的华为手机鸿蒙系统的应用商店没有，所以自己在网上找的": 3, - "apk": 3, - "手动安装。": 3, - "安卓版obsidian：bsidianapk": 3, - "下载移动版obsidian模板库": 3, - "由于手机app与部分插件不兼容，而且手机app中一般仅作为随手日志的用途，所以在此教程前面所提及的模板库上进行了精简，仅保留了您已经掌握的「写日志」和「写草稿」的工作流程。您可以在": 3, - "elease": 6, - "页面中搜索「mobilevaulttemplate」找到压缩包下载解压即可。如果您查看的是本教程的草稿版本，那么下方的文件链接是有效的：": 3, - "obsidian移动客户端轻量模板库：mobilevaulttemplatezip": 3, - "因为有着相同的「写日志」工作流程，使用此页体积的轻量级模板库之后，能够与电脑上的": 3, - "库在操作上和内容格式上尽可能保持一致。": 3, - "连接手机并传输文件": 3, - "手机安装好": 3, - "之后，您可以把「轻量模板库」中的内容复制到手机内部存储中，比如我放在": 3, - "目录中并重命名为": 3, - "sheldon。": 3, - "打开ault并完成初始化设置": 3, - "打开手机上的": 3, - "obsidian，第一次使用需要一些同意协议和权限，修改界面语言。同样地需要关闭安全模式以启用第三方插件。": 3, - "如上图左所示，为了丝滑地使用": 3, - "命令（在任意区域下拉即可唤起），您还需要设置快捷命令。手机操作界面仍然分为三个部分，虽然竖屏只能显示一部分，但是左右滑动可以切换。": 3, - "手机客户端的内容编辑": 3, - "与之前介绍的「写日志」流程一样，您可以使用": 3, - "命令快速记录下闪念笔记。也可以从日志中创建其它草稿。": 3, - "与电脑客户端不同，手机客户端提供了快捷输入栏，方便您创建双链、插入图片以及设置文本样式等等。另外您也可以通过手机输入法提供的「语音转文字」输入功能快速写入文本。": 3, - "手机内容同步至电脑": 3, - "移动客户端仍然把所有资料存储于手机本地，而云同步是付费服务。但是考虑到桌面客户端使用的完整模板库内容更加庞大复杂，我并不推荐您使用云同步的方式解决此问题。": 3, - "正确的做法是手动定期同步。我建议您只把": 3, - "作为补充性质的临时记录工具，仅在不得不需要记录而电脑不在身边的情况下使用。": 3, - "我个人的做法是，一般当天写": 3, - "摘要之前，就会直接把手机日志或草稿中的内容复制粘贴，通过微信发送到电脑，然后粘贴到桌面": 3, - "库中。": 6, - "有些童鞋可能会采取": 3, - "split": 18, - "的方案，日志什么的统一放到手机上写，而其它部分放到电脑中。这种方案我也曾尝试过一段时间，感觉非常割裂。它使得「一切从日志出发」的理念无法丝滑地实现。所以我也不建议。": 3, - "当日志和草稿积累起来之后，我强烈建议您每周定期整理小结一次。所以这就是我们下一章节的主要内容了。": 3, - "花了一个多小时来写这个玩意，但是作为第一节，可以作为后面章节的模板，": 3, - "所以构思了一下内容逻辑和内容布局样式，不过总的来说还是值得花点时间的。": 3, - "此部分内容主要是下载所需的软件、插件和模板，估计耗时分钟。": 3, - "安装": 9, - "截至目前（年月日）仍然是开源免费的笔记软件。": 3, - "它可以在": 3, - "indows、inux、mac多种系统平台上使用。虽然它也有移动设备版本，但是考虑到个人知识库的": 3, - "heavy": 3, - "的特点，我仍然建议您以使用桌面客户端为主。本教程以": 3, - "indows": 9, - "操作系统为例展开，其它操作系统大同小异。": 3, - "另外": 9, - "也有一些付费功能，如果您有发布和云同步的需求，可以购买使用。": 3, - "请您先不要理会网上一大堆关于「双链笔记」的说明，「双链」这个概念现在咱们还用不着理会。": 3, - "官网": 3, - "盘，而无需担心长时间使用之后": 3, - "盘空间不足的情况。": 3, - "obsidian模板库下载": 3, - "本教程以": 3, - "「obsidianvaulttemplateforresearcher」为模板库展开，此模板库目前由本人维护，它整合了「写日志」和「文献阅读」工作流所需的一些插件和功能，并完善了相应的配置，最大程度降低了初学者的使用门槛，力求达到「开箱即用」的地步。": 3, - "您可以到": 3, - "仓库下载最新的": 3, - "release": 15, - "本人将资料库存放于移动固态硬盘中，并将硬盘盘符自定义为，然后将资料库解压存放于目录下，并把该": 3, - "重命名为": 3, - "。您可以按照个人喜好选择存储方案和仓库命名。后续模板库路径均以为例。": 3, - "更新请注意": 3, - "对于已经使用该模板库早期版本的用户，一般而言，由于涉及修改的文件主要是插件配置代码等与个人资料无关的内容。您可以直接下载最新的": 3, - "覆盖之前的库进行更新。但是请注意": 3, - "文档中的说明，如果您自己有自定义的流程或插件配置方面的修改，则不建议更新。": 3, - "是老牌的文献信息管理软件，同样是开源免费，而且多平台可以使用的一个工具，它的功能与": 3, - "endnote": 3, - "mendeley": 3, - "等软件类似，都可以在写论文时插入参考文献，但是更加强大。截至目前（年月日），zotero": 3, - "版本号已经到": 3, - "，与之前最大的区别在于提供了内嵌的": 3, - "阅读器。": 3, - "官网下载软件包后同样默认安装即可，因为占大头的": 3, - "附件我们后面会指定存储到": 3, - "zotero插件下载": 3, - "中提取高亮注释。请下载最新的": 3, - "中提供的后缀为": 6, - "的文件。": 6, - "笔记。目前原作者已停止开发支持，但「青柠学术」（微信公众号：qnscholar）提供了兼容": 3, - "版本的插件": 3, - "百度网盘": 3, - "eiy（如失效请联系我获取）。": 3, - "插件使用。请下载最新的": 3, - "如果您是在": 3, - "obsdian": 3, - "中查看本书的草稿，那么下边的附件链接可以右键点击，然后选择找到这三个插件的本地备份文件。我目前使用的就是这些版本的插件，暂时还没有什么问题。": 3, - "mdnotesalphaxpi": 3, - "anaconda安装与配置": 3, - "一些自定义功能依赖于": 3, - "脚本代码实现，建议下载安装": 3, - "anaconda": 15, - "（清华镜像源）并将其添加到环境变量（安装时全打勾）。": 3, - "使用cmd命令行工具安装以下": 3, - "模块：": 3, - "`bash": 27, - "conda": 27, - "activate": 24, - "base": 144, - "pip": 6, - "install": 12, - "pyperclip": 12, - "bibtexparser": 24, - "虽然包含了大量所需的模块，但本模板库内使用的代码还需": 3, - "以支持粘贴板交互和读写": 3, - "文件。": 9, - "安装与配置": 3, - "也是一个免费开源的工具，主要功能就是提供文件格式转换。比如我们可以把": 3, - "格式的文件，通过pandoc导出为": 3, - "文档或者可以断网独立访问的": 3, - "页面。您可以到pandoc官网下载适合自己操作系统的安装包。一路默认安装，并注意添加到系统环境变量。": 3, - "安装结束后，可以": 3, - "cmd，输入命令`pandoc": 3, - "version`": 3, - "查看安装信息。本教程用到的": 3, - "版本信息如上图所示。": 3, - "当你已经完成了": 3, - "的安装，下载了指定的模板库并解压到您喜欢的存储介质和地址，如，接下来，在使用之前，您还需要一些简单的设置建立": 3, - "之间的联动。详见zoteroobsidian联动配置。": 3, - "周小结可以说是写日志做笔记中最重要的一件事情了。": 3, - "对于写日志做笔记这件事情，如果不定期整理，提取概括关键有效的信息，过了一周就会乱成一团。": 3, - "本周事务表": 3, - "您可能会注意到在": 3, - "左侧目录文档树中，内存在一个": 3, - "本周事务表，里面仅仅填写了一些看不懂的代码，但是如果使用预览模式却能看到对本周创建的草稿内容的一个汇总。这样可以对本周做了哪些「大事」，还有哪些事情没有完成，能做到一目了然的效果。": 3, - "如上图所示，由于草稿创建后自动在": 3, - "目录下生成文件，然后草稿的很多": 3, - "可以作为元数据被": 3, - "dataview插件": 3, - "抓取。这里我通过一个": 3, - "提取了草稿的文件名、标签、摘要和最后修改日期。在预览模式下，当鼠标悬停于文件名时，还能够激活局部预览。": 3, - "这里涉及到使用": 3, - "插件对相关内容进行整合和显示。由于": 3, - "插件使用较为复杂，我不推荐大家入门阶段就去了解和掌握。有基础的童鞋可以直接跳转后边的内容👉ataview": 3, - "数据查询增强。": 3, - "创建周小结": 3, - "还记得我们「一切从日志出发」的宗旨吗？（参见obsidian撰写草稿从日志出发撰写草稿）": 3, - "创建周小结同样是从某一天的日志出发。我个人喜欢在周五进行小结，因为周六要开组会，需要提前梳理一下各方各面的事情。大家可以根据自己的事情情况，固定一周的某一天用于创建周小结。": 3, - "您可以在当天日志的某条": 3, - "之后，按召唤": 3, - "命令面板，并点击": 3, - "，就会在这条track之后插入周小结的链接，并自动按照每周小结模板创建新的页面，存放到": 3, - "目录中，最后帮你跳转到这个新建的周小结页面。": 3, - "周小结内容结构说明": 3, - "上图截取了每周小结模板内容。周小结分为五个部分：": 3, - "frontmatter，": 3, - "中的内容请在周小结完成后填写补充。（参考obsidian撰写草稿frontmatter）": 3, - "日志汇总，是对最近一周日志内容的聚合展示，在预览模式下可查看信息表格。": 3, - "需要您对本周事务表中已完成部分表格进行截图并粘贴，然后在自此执行`uickdd": 3, - "命令以自动归档。这个操作会清空中状态为": 3, - "的草稿，并将它们按照草稿": 3, - "frontmatter中": 3, - "的值转移到指定目录。": 3, - "zscr": 3, - "本周小结，": 3, - "可以从工作生活学习多个方面，分条概述情况。如果有小组会报告的需求，可以从此处创建一个新的草稿，就命名为，然后在新的草稿内以": 3, - "的方式撰写幻灯片用于小组会展示（参见后续内容在obsidian中写幻灯片）。": 3, - "后续安排，一个小结主要是回顾和展望，所以简单罗列下后面一周的安排吧。": 3, - "周小结是对日志的总结，以此类推，每月总结是类似的操作，这里不再赘述，您只需要在": 3, - "命令面板中找到": 3, - "，然后在约定好的每个月的某一天的日志": 3, - "中插入即可。": 3, - "自己每周的小结可能包含很多个人隐私的内容，而关于工作部分的周小结通常是需要分享汇报的。所以我们有着做幻灯片展示的刚需。下一个部分的内容就详细介绍如何制作": 3, - "幻灯片。": 3, - "写日志可以非常简单，就是一个按键的事情。": 3, - "在安装配置完成后，您可以打开模板库开始撰写第一批日志了。": 3, - "用obsidian打开模板库": 3, - "当你第一次打开": 3, - "obsidian，务必打开自己已经解压并重命名好的模板库，如": 3, - "就这一次，obsidian": 3, - "会记录位置。下次就会自动打开这个库。": 3, - "关闭安全模式": 3, - "如果你是第一次打开带有大量第三方插件的模板库，obsidian": 3, - "会弹出提示，询问你是否要关闭安全模式，请务必关闭，否则插件不能使用。": 3, - "修改界面语言": 3, - "第一次使用": 3, - "默认界面是英语，你可以在首选项（左侧边栏最底下的小齿轮）中，进入到关于": 3, - "进行修改，如上图所示。我相信由于我使用中文撰写的教程，应该用户估计以汉语为母语的为多数，改过来还是方便一点。": 3, - "用户界面概览": 3, - "然后你会看到如上图所示的总体软件界面，看上去有点复杂，很多按钮面板什么的。我们暂时都不用理会，这里只是放上来让大家有个整体印象。": 3, - "创建日记": 3, - "一个快捷键就够了，请按，它会唤起": 3, - "的下拉菜单面板。直接点击进行当天的日志记录。": 3, - "此时会弹出一个多行输入的窗口，你可以写上一段话。作为某种闪念笔记。或者记录当下的任何内容。点击「」之后，日志流程被启动，今天的日志页面会被自动按照设定好的模板（日志模板）创建出来。而刚刚输入的内容会被添加到日志页面的": 3, - "你可以使用快捷键": 3, - "跳转到今日的日志页面，也可以直接点击日历进入。可以看到，这种闪念记录，以时序列表的方式被记录下来，还带有时间戳。": 3, - "日志结构介绍": 3, - "日志页面结构上主要分为三大部分，从上到下分别是：": 3, - "front": 9, - "matter（前言）：记录了这个日志的一些": 3, - "metainfo，比如自动填充的日期（date），标签（tags），摘要（excerpt）以及评分（rating）。": 3, - "：主要是今天要做的事情。将光标至于末尾直接回车会新建一个今天的小任务。如果任务已经完成，光标至于该任务item所在行，按快捷键": 3, - "即可自动打。": 3, - "!新建todogif": 3, - "racking：用于记录闪念笔记吧，随便写，按照时间顺序排列。": 3, - "完善日志信息": 3, - "在一天结束之前，我强烈建议您花五分钟回顾一下今日日志记载内容，并在": 3, - "中完善相关信息，比如标签（tags），摘要（excerpt）以及评分（rating）。这样做有利于后续的信息聚合整理流程（参见每周定期汇总小结）。": 3, - "把日志当朋友": 3, - "当一天结束，您可以清楚地看到自己今天完成的事情以及分时记录的各种内容，看一看回顾一下，是否会产生某种充实感呢？": 3, - "当然了，即便今天很多时候在摸鱼，在不受控制地放纵自我，只要你如实地定时地记录了下来，这种反思与回顾也能够帮助你尽快走出困境。": 3, - "此外也要注意「过犹不及」的情况：如果你啰里啰唆整天正事不干，总是在日志里输入一些没有营养的内容，而不去解决真正实际的问题，日志如果会说话恐怕就要嘲笑你了。根据我的经验，每天不超过条": 3, - "，每条": 3, - "不超过": 3, - "字是比较合适的（平均一小时一条）。": 3, - "总之，您完全可以把这个": 3, - "当作是最值得信赖的朋友，请畅所欲言，不要有丝毫顾忌。因为所有的数据都存储于本地，您拥有对它的绝对控制权。": 3, - "写日志就是这么简单，日积月累，积少成多，当日志变多了之后就可以写周小结。周小结再次进行汇总又可以是月总结。不过接下来，您需要掌握一些基础的markdown语法和编辑技巧，以便撰写出图文并茂的笔记。": 3, - "恭喜入门obsidian": 3, - "一天时间写完第一章，主要还是靠整理之前的笔记吧。": 3, - "从我昨天下午决定开始写一本关于": 3, - "使用的书，打算用三个月的时间。结果到今天中午就完成了第一章「obsidian入门」的主要内容，也就是一天的功夫。所以说很多事情真的是要趁热打铁才效率高。（写论文要是有这个效率早就起飞了😂）": 3, - "这第一章本来按照我的规划，只有三部分内容：先谈谈安装配置，然后讲一下写日志，读文献。但实际写起来了，我基本才写完「写日志」这部分的内容，就已经用掉七节了。所以说大纲也不要太当真，更重要的是内容安排是否合乎实际。": 3, - "没错，我基本是从初学者的角度，边用边写（所以span": 3, - "style\"backgroundcoloryellow\"读者请跟着一步步操作即可span）。要说比较繁琐的地方，就是这一套下来的各种安装配置。我估计一般对电脑不大了解的童鞋，在第一节第二节就会被一个接着一个的下载安装配置给劝退。": 3, - "没办法，免费开源又好用（会才好用🙄）的软件工具最大的缺点就是不够傻瓜。而且在本教程中利用到的不仅仅是一个": 3, - "obsidian，而是": 3, - "等一群开源软件和插件组成的工具链。（详见软件下载安装）": 3, - "这个工具链中任一单独的软件都无法提供独立而完整的高效方案，以解决科研工作者在学术研究活动中对电子资料进行统一便捷管理的需求。所以我以": 3, - "为核心，有机地整合这套工具链，服务于span": 3, - "style\"backgroundcoloraabb\"「写日志」和「读文献」两大基础工作流span。": 3, - "工具链的整合是有相当高的门槛的，不仅需要你有丰富的计算机使用经验（包括编程），还需要对日常工作流程和信息管理有深入的理解。你可以理解为：原始的": 3, - "是一把用料扎实的粗胚大剑，而在本教程中经过工具链的加持，它或许已经开锋，成为一把解决科研工作者电子资料管理的利剑。": 3, - "所以，请耐心和细心阅读，一步步地完成第一节（软件下载安装）和第二节内容（zoteroobsidian联动配置），这个无聊、繁琐的阶段一旦迈过，接下来的内容将变得极其简单。": 3, - "你将会看到，写日志（开箱写日志））也就是一个按键的事情，你可以完全专注于内容，而无需理会日志的格式要求。你也会感受到以每日日志为核心出发创建草稿（obsidian撰写草稿）的流程便捷。至于周小结（每周定期汇总小结）、幻灯片（在obsidian中写幻灯片），都是非常简单的事情。说白了，会打字就行。": 3, - "另外，考虑到移动输入的刚需，我还准备了手机客户端obsidian如何使用的补充内容（使用手机撰写日志），可以方便用户临时以及随时记录日志。当然了这里我再次建议，移动端obsidian仅仅是作为一种补充手段，主要还是以桌面客户端": 3, - "对个人": 3, - "库进行操作。": 3, - "一章七节，再加上这段凑字数任意发挥的「本章小结」，我觉得字数篇幅上已然足够了。而且内容上也已经相对完整。当你会写日志、写草稿、写周小结和搞幻灯片之后，可以先坚持用它一两个星期，跟": 3, - "培养培养感情。再进入到下一个阶段。": 3, - "拥有了第一章的写书经验，下一章我打算专注于介绍": 3, - "如何具体服务于科研活动。比如实验记录、文献阅读笔记、试剂清单管理甚至论文草稿撰写等等。相信了有了": 3, - "入门基础。进阶到具体业务层也会更加轻松。": 3, - "对于非科研工作者，第二章或许对您仅有借鉴意义。您可以结合第三章（插件篇）和第四章（自定义代码）内容了解如何针对一个": 3, - "specified": 3, - "配置相关插件甚至自己写代码脚本实现所需功能。": 3, - "黑曜石玩家指南": 3, - "verview": 27, - "!黑曜石玩家指南书籍目录": 3, - "尝试对光漂白的台阶曲线做分析": 6, - "网友提供的": 3, - "stepfinder": 9, - "我觉得是分析这个": 3, - "intensity": 21, - "trace": 33, - "台阶曲线的非常好的工具。不过参数上有一些需要注意的地方，然后分析结果除了数出台阶数目来，其它的一些信息不是那么好懂。": 3, - "另外从这个结果来看，也只能从台阶的高度，台阶的长度，大致地计算这个荧光分子的一些参数性质，这个就只能等以后有时间有需求再研究了。": 3, - "数据说明": 3, - "今天帮潘莉做了一个cy荧光分子的单分子荧光漂白曲线。拍摄参数是": 3, - "通道激光，曝光时间是": 3, - "ms。在这个条件下似乎得到的漂白台阶曲线比较合理。她的样品是六个": 3, - "连接到一起的，每个上都有一个cy荧光分子。样品制备也比较简单，取出干净的confocal皿，打一下plasma，然后直接把样品溶液滴加上去，很快就能够吸附了。用成像采集单分子数据。": 3, - "数据读取": 3, - "我使用": 3, - "mage": 12, - "将原始数据": 3, - "lif": 33, - "文件读取出来，然后设置": 3, - "x": 717, - "的矩形": 3, - "圈选中合适的": 3, - "spot，然后": 3, - "lot": 6, - "xis": 3, - "rofile，这个时候会得到一个丑陋的图，可以保存数据到": 3, - "csv": 3, - "然后到": 3, - "jupyter": 18, - "lab": 6, - "中直接打开大佬提供的": 3, - "笔记本，用": 3, - "函数读取我们自己的数据。接下来就是几个重要的参数的说明了：": 3, - "data：一维数组，也就是intensity的值": 3, - "resolution：采样频率，为": 3, - "dt，其中dt为每帧实际时间": 3, - "filtermint：过滤台阶的持续最短时间，可以设置为一帧的时间": 3, - "dt": 3, - "filtermaxt：建议是倍的dt，过滤用": 3, - "expectedminstepsize：最小的台阶高度，intensity的落差": 3, - "基本上我修改以上参数，就可以得到正确的分析结果。": 3, - "代码整理": 3, - "`python": 138, - "mport": 6, - "necessary": 9, - "modules": 6, - "functions": 6, - "import": 288, - "matplotlib": 9, - "matplotlibusemoduleipymplbackendnbagg": 3, - "numpy": 30, - "np": 30, - "os": 54, - "pyplot": 3, - "plt": 12, - "software": 9, - "sys": 27, - "syspathappend": 3, - "sf": 3, - "ythoncoredisplay": 3, - "display": 3, - "display\"stylecontainer": 3, - "width": 18, - "!important": 3, - "}style\"": 3, - "oad": 3, - "your": 6, - "data": 189, - "pandas": 15, - "pd": 15, - "pdreadcsvcsv": 3, - "resolution": 66, - "lendatadatasecmax": 3, - "dataeanvalues": 3, - "et": 210, - "parameters": 9, - "for": 1083, - "filtering": 12, - "finding": 6, - "steps": 18, - "filtermint": 6, - "filtermaxt": 6, - "expectedminstepsize": 6, - "values": 84, - "additional": 12, - "filtertime": 6, - "filternumber": 6, - "number": 30, - "edginess": 6, - "float": 3, - "expectedmindwellt": 6, - "stepsizethreshold": 6, - "equal": 3, - "adapt": 3, - "constant": 6, - "stepfinderresult": 3, - "fig": 21, - "sffilterfindanalysestepsdata": 3, - "paddatarue": 3, - "verboserue": 3, - "plotrue": 3, - "step": 33, - "finder": 3, - "result": 6, - "sfplotresultstepfinderresult": 3, - "simulatedsteps": 3, - "figshow": 9, - "这个stepfinder的工具代码非常简短，这里直接附上。!stepfindermasterzip": 3, - "后记": 3, - "把这个工具分享给了戴哲泽师弟，毕竟他是我后面单分子成像的第一接班人，还是要用力培养。但是这小子显然已经有些依赖了，什么不懂就来问题，不知道自己先搜索一下。详见下图。": 3, - "无非就是一个": 3, - "“nable": 3, - "find": 6, - "vcvarsallbat”": 3, - "的问题，网上到处都是答案。": 3, - "计划帮丁龙江做个单分子成像": 6, - "他们有一个材料，是滚筒折纸，直径大概": 3, - "nm，里边套着一个nm的纳米金，纳米金其实是参考邓兆祥他们的方法做的密修饰的球形核酸，上面除了的spacer，还有个的linker，可以跟折纸桶内延伸链杂交。据说这个东西产率较高，但是如果想继续往上面连接小金球就比较困难。他们推测除了位阻效应，也还有静电排斥，因为折纸和纳米金表面都是带负电的。他们希望通过这种单分子成像的手段判断金球对筒状折纸内部位点的影响。后面再通过一个什么，多巴胺聚合生长的方法验证空间位阻效应（因为小分子不同于小金球）。": 3, - "我听完表示实验可以做，但是意义和价值（值不值得去做）依然是需要进一步思考的。另外我限定了初步实验的边界，建议刚开始就做三组实验，两个空桶，一个桶装纳米金。然后延伸链位点一个是在空桶边缘（对称），一个是在空桶中间。装了纳米金的放到中间去。": 3, - "!ssetsxcalidrawrawing": 9, - "excalidrawmd": 9, - "做这个实验，我还想到了之前看的两篇文献，一个是纳米金对于荧光的影响aab，另外一个就是对这种桶装折纸做ickham。": 3, - "可以给对方推荐跟细胞微管一样的docking": 3, - "sequence：": 3, - "origami": 96, - "参考第一次细胞微管超分辨成像实验vmjs，其实跟trauss文献中是一致的。": 3, - "计划周五做两个空桶折纸的，比较频率差异，注意使用的": 3, - "nt": 24, - "的，lexaluor标记，搞个marker，就用": 3, - "nm": 198, - "的荧光小球": 3, - "marker放到，浓度可以搞大点。注意跟丁龙江确认下折纸的伸出位点。然后拍摄的时候用": 3, - "ms": 75, - "曝光时间，的激光功率。制备样品就用confocal皿打plasma的方案。": 3, - "周五的实验取消了，因为丁龙江只在桶上伸出了一根链，这种拍起来会很慢，而且不一定能拍出来。他按照我说的均匀分布伸出了六条链，计划下周一拍一下，我预约了白天点到点，还可以拍点别的样品。": 3, - "今天正式开始做实验，先拍两个样品。": 3, - "滚筒折纸样品，伸出六条docking链，anorop定量": 3, - "n。": 6, - "：延伸链在桶内部中间": 3, - "：延伸链在桶的边缘": 3, - "imager，戴哲泽购买的。已分装，浓度定量原液是": 3, - "u，稀释倍后使用。": 3, - "的荧光小球（），稀释": 3, - "倍使用。": 3, - "所以最终": 3, - "的体系中，折纸样品，imager": 3, - "和荧光小球的用量，buffer": 3, - "·g（": 9, - "m）如上图所示。最终折纸样品": 3, - "p，imager": 3, - "使用的": 3, - "confocal": 120, - "皿为新开的（），打": 3, - "plasma": 18, - "一分钟。加入样品后估计要静置半个小时后才能拍摄。": 3, - "拍摄参数：": 6, - "激光用于": 12, - "marker，": 9, - "imager，曝光时间为": 6, - "ms，使用的右侧": 6, - "s，xx，拍摄一次需要": 3, - "分钟，产生数据": 3, - "结果": 12, - "这组条件下拍摄的信号质量还不错。": 3, - "结合频次经过手动圈选个左右近似滚筒的来看，在分钟内差不多都是": 3, - "次多一点。也跟一般的结合动力学接近。说明筒状折纸本身的静电场作用并不影响": 3, - "mager": 60, - "与其内部延伸链的结合。另外，滚筒状结构还是没能拍出来，说明": 3, - "nm直径的圆环也很难搞出来。": 3, - "后面丁龙江打算放一个金球进去再拍拍看。预约了": 3, - "上午的": 3, - "这次只拍摄一个样品，是筒状折纸中间连接了纳米金球。参考上次的实验，但是混合样品的时候使用的buffer的g离子浓度是需要调整的。因为": 3, - "g离子可能导致材料在混合的过程中就发生了聚集。所以得先铺板，然后置换为含有高镁离子浓度的": 3, - "imaging": 387, - "solution。这样就保证了跟前面实验的条件基本一致了。": 3, - "取新confocal": 3, - "皿（）打": 3, - "分钟。": 6, - "将折纸纳米金（割胶回收纯化后nanodrop根据纳米金吸收测定浓度为": 3, - "n）用低盐": 3, - "buffer": 69, - "稀释到": 3, - "p，取": 3, - "u": 738, - "加入到": 6, - "皿中，室温静置分钟。（此处可以多准备一个，做个孵育时长备份，比如": 3, - "min，": 3, - "hr）。": 3, - "使用微流控装置缓慢吸除": 3, - "buffer，然后直接添加": 3, - "solution（": 9, - "n，绿色": 3, - "的荧光小球做": 3, - "镁离子），流速": 3, - "umin。": 3, - "将样品放到显微镜载物台上，找到焦面，查看情况，若有必要则静置分钟后再拍摄。": 3, - "s，xx，拍摄两次。": 3, - "拍摄顺序：先拍摄的": 3, - "号样品（加了金球，延伸链在桶边缘），再拍的号样品。": 3, - "需要准备的试剂材料": 3, - "confocal皿两个": 3, - "低盐buffer，丁龙江提供": 3, - "新鲜水，用于清洗微流控装置": 3, - "m），成像": 3, - "solution": 57, - "imager（用之前已经稀释好的，": 3, - "n，）": 3, - "ellowreen": 3, - "luophere": 3, - "微流控漂洗方案": 3, - "使用不含材料的buffer进行漂洗，": 3, - "umin": 3, - "的流速，一边灌注，一边抽取，搞次即可完成未吸附材料的去除。": 3, - "实验结果": 15, - "可以看到": 3, - "样品整体上能够被": 3, - "出来的结构就多。这个可能是因为它的延伸链在边缘更容易被结合所致。进一步分析若干单点的结合频次即可看到显著差异。": 3, - "这个结果说明连接金球之后，确实影响了内部的位点的「活性」。后续可以尝试直接提取代表性的": 3, - "intensitytrace。这个事情就算是做完整了。": 3, - "实验": 57, - "`ccard": 24, - "type": 33, - "folderbrieflive": 24, - "imagerefix": 24, - "notenly": 24, - "card": 24, - "用于纳米结构表征": 3, - "文章写作": 3, - "此文主要由戴哲泽负责素材（包括文字和图片）收集整理，李茜负责文字修改润色，我负责插图制作的指导和其它文字细节部分的把关。": 3, - "为了方便，把草稿从": 3, - "转录至": 3, - "obsidian，并将相关参考文献转换为双链，也算是对相关文献的一个综合，后续通过这篇文献就能够很快追溯回去。另外也可以对整个文章做一个检查。": 3, - "n": 243, - "many": 12, - "biological": 18, - "systems": 18, - "genetic": 3, - "information": 21, - "stored": 3, - "nucleic": 108, - "acids": 27, - "hese": 3, - "biomolecules": 9, - "have": 108, - "most": 9, - "predictable": 3, - "programmable": 15, - "interactions": 24, - "among": 3, - "molecules": 81, - "either": 6, - "natural": 6, - "synthetic": 12, - "ones": 6, - "wning": 3, - "their": 24, - "unique": 9, - "binding": 90, - "specificity": 12, - "remarkable": 3, - "thermodynamic": 3, - "stability": 24, - "been": 33, - "utilized": 6, - "powerful": 3, - "material": 6, - "construct": 3, - "functional": 6, - "nanocomposites": 3, - "ith": 6, - "nanotechnology": 9, - "pioneered": 3, - "by": 333, - "eeman": 9, - "on": 828, - "’s": 3, - "numerous": 3, - "acid": 90, - "nanostructures": 93, - "designed": 15, - "assembled": 9, - 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"电脑作图i": 6, - "ersion": 6, - "作图文件：": 6, - "cheme": 6, - "ai": 129, - "先把要素搞上：热涨落驱动（波浪线），不同大小的四面体，随机运动（箭头方向），扩散系数差异（箭头长短），界面结合。。接下来就是怎么弄得更加清楚，更加好看，我想着能否做成": 3, - "的，能够与众不同也是可以的。": 3, - "作图记录": 3, - "先整个基本要素出来（赛道图），剩下的就好说了。": 3, - "这里主要是进一步完善和美化作图，前面提到的thermal": 3, - "fluctuation": 18, - "driven，autonomous、binding": 3, - "cycle等关键词（escription": 3, - "otion），我都高度浓缩到一个圈圈里边了。然后右侧展示了我们的": 3, - "readout，也就是检测到的": 3, - "event": 3, - "是怎样的。注意，我们并不能观测到颗粒的运动轨迹。": 3, - "体现运动的随机性": 3, - "茜姐给了我一些回复，我部分采纳。她叫我从赛道的概念中跳出来，其实这只是一种形象的说法，只是用于比较。至于同起点，同时间的误解，我也尽量避免。因为我的想法是“居中对齐”的，也就是把各自结合事件按照结合的状态时刻进行对齐。而这种对齐其实是没有问题的（类似于归一化，相对时间）。": 3, - "其实这里绘制轨迹，才是真的容易误导别人，意味我们能够看到单颗粒运动轨迹。": 3, - "相关i软件技巧": 3, - "，快捷键，按住lt放置旋转中心，trl可重复操作": 3, - "，快捷键，按住lt放置缩放中心": 3, - "ntensity": 9, - "race": 9, - "可以先画一个，复制五个，然后依次横向拉伸不同比例，然后使用": 3, - "绘制随机路径": 3, - "这个得用": 3, - "来完成，而且可以根据": 3, - "的情况来挑选合适的轨迹。": 3, - "随机路径生成": 3, - "def": 237, - "andomwalkn": 9, - "here": 6, - "no": 87, - "require": 6, - "xposition": 3, - "starting": 3, - "origin": 9, - "yposition": 3, - "range": 27, - "nprandomuniform": 3, - "if": 222, - "less": 9, - "move": 6, - "up": 9, - "nprandomrandint": 12, - "moving": 12, - "direction": 9, - "greater": 3, - "down": 6, - "xpositionappendx": 3, - "ypositionappendy": 3, - "return": 120, - "xpositionyposition": 3, - "绘制渐变色折线": 3, - "matplotlibcollections": 6, - "ineollection": 6, - "matplotlibcolors": 6, - "istedolormap": 6, - "oundaryorm": 6, - "matplotlibpyplot": 9, - "colorlineplotx": 6, - "frame": 39, - "cmapviridis": 6, - "figsize": 6, - "对单条曲线上渐变色": 6, - "nparrayx": 12, - "nparrayy": 6, - "dydx": 6, - "nparrayframe": 6, - "yreshape": 6, - "segments": 6, - "npconcatenatepoints": 6, - "axis": 9, - "axs": 6, - "pltsubplotsfigsizefigsize": 6, - "lc": 6, - "ineollectionsegments": 6, - "cmapcmap": 6, - "used": 33, - "colormapping": 6, - "lcsetarraydydx": 6, - "lcsetlinewidth": 6, - "line": 18, - "axsaddcollectionlc": 6, - "figcolorbarline": 6, - "axaxs": 6, - "axssetxlimxmin": 6, - "xmax": 6, - "axssetylimymax": 6, - "ymin": 6, - "pltaxisequal": 6, - "生成随机路径并查看": 3, - "trackpy": 3, - "motion": 15, - "pdatarame": 9, - "tracex": 3, - "tracey": 6, - "traceframe": 6, - "nplinspace": 3, - "lenx": 6, - "dtypeint": 6, - "msd": 3, - "motionmsdtrace": 3, - "mpp": 3, - "fps": 60, - "colorlineplottracex": 3, - "pltsavefigr\"serssheldonesktop新建文件夹tracesvg\"": 3, - "pltshow": 27, - "pltplotmsdlagt": 3, - "msdmsd": 3, - "文章新的逻辑框架": 3, - "论文": 3, - "按照茜姐的反馈，最好是先说纳米机器人，然后引入到布朗运动。而且她建议我模仿陈静老师给樊春海老师的关于“声子瓶颈”的工作汇报（mega": 3, - "phonon": 3, - "bottleneckpptx），见文章主体大纲解析。虽然我现在数据还不足，但是可以用一些旧的数据先占位，然后前面的可以先搞起来，不算一个难得事情。": 3, - "版本": 3, - "pptx": 9, - "年月日：precompiling": 3, - "的创新提法很危险，hold不住，暂时放弃。茜姐建议，前面逻辑大体是粗顺的，不用在这个阶段进一步精雕细琢，倒是后面的结果部分，以及": 3, - "scheme，要好好弄起来，让人能够一目了然。": 3, - "pptx，茜姐建议我参考helix": 3, - "statemachine": 3, - "oijuyd": 3, - "概要": 3, - "`adnote": 24, - "标题": 3, - "collapse": 27, - "ramework": 15, - "modulated": 6, - "autonomous": 12, - "nanorobots": 3, - "!!!": 6, - "adabstract": 3, - "摘要": 3, - "重要性：调控微观运动对于开发智能高效的纳米机器人至关重要。": 3, - "挑战：纳米机器人的运动受到随机布朗运动的严重制约，现有方案包括添加化学反应引擎或施加物理场作用，均难以实现自主持续的可控运动。": 3, - "创新点：反其道行之，利用布朗运动的尺寸效应（by": 3, - "）实现对自主结合运动的调控。": 3, - "展望：有望呈现智能调控纳米机器人运动调控的新策略。": 3, - "adinfo": 3, - "备注": 9, - "标题中要突出一些关键词，比如框架核酸，纳米机器人，然后自主结合运动等等。不过": 3, - "这个词似乎用得有点弱。": 3, - "重要性，不可无限延伸，先默认开发智能高效的纳米机器人是很重要的，但是这个机器人有什么用不必讨论。那么对于这个问题里面，子问题是如何调控微观运动，注意调控和": 3, - "modulate": 3, - "对应上了。": 3, - "挑战，跟其它已有的方法相比，我们的特点还是这三点：自主、持续、可控。可控是框架核酸编码带来的，自主和持续是跟物理化学方法相比的。": 3, - "创新点，从策略上讲，大量的工作在对抗随机布朗运动，而我们的工作，包括生命体系本身，其实都是在利用布朗运动来实现高度有序的分子相互作用网络。": 3, - "背景介绍": 3, - "这个就是对前面提出的重要性，挑战和创新性的一个扩充。哪些文献证明了重要，哪些文献可以看出依然存在所谓的挑战，然后又是基于哪些文献你创新性地提出了一个想法。总之这里就是文献关，一定要找高水平的文章。": 3, - "存在的gap": 3, - "ize": 3, - "是否真的影响了扩散系数？？虽然有文献，但是有数据更好！tuhjg": 3, - "后面我们还是决定用荧光相关光谱成像来测定这个。": 3, - "新的想法": 3, - "对标文章erling主要是模仿计算机领域，用高级编程语言封装底层的汇编代码，从而简化器件设计，降低门槛。我们也可以说是模仿预编译过程，实现对纳米机器人的运动模式的静态控制（有点像静态的编程语言，如），而无需实时地去控制robot在体系中运动（有点像动态编程语言，如python）。好处就是简单和节能，缺点就是不能实时控制。所以我把目前的调控方式，形容为预编译控制nanorobot的运动，precompilingao。总体整下来我觉得这个文章估计能发": 3, - "cience": 21, - "obotics，或者": 3, - "ature": 15, - "ommunications": 6, - "的样子。": 3, - "理论基础": 3, - "基于扩散系数的方程（tokesinstein": 3, - "elation），扩散系数跟液体剪切力，以及颗粒半径成反比。所以理论基础非常扎实，而无需": 3, - "inspired": 9, - "phenomena": 3, - "inside": 27, - "cells（见": 3, - "pptx）。evanyiesrey": 3, - "rownian": 24, - "otion": 21, - "utonomously": 6, - "hermal": 12, - "driven": 9, - "size": 60, - "machine": 12, - "programmably": 3, - "perfect": 3, - "monodispersity": 3, - "precisely": 3, - "controlled": 24, - "reversible": 33, - "calculated": 12, - "molecule": 54, - "level": 6, - "zeta": 3, - "iffusive": 3, - "inding": 27, - "distribution": 21, - "pplication": 12, - "performance": 12, - "继续修改工作项目": 3, - "!李茜工作汇报pptx": 3, - "主要是得参考学习整理和汇报工作中左小磊老师的样子，弄一个五分钟内让人非常明白的，能够留下深刻印象的": 3, - "powerpoint。其中最大的值得改进的地方在于数字化的描述和简单直白的比较，以及比较酷炫抓人眼球的图片。": 3, - "前两天李茜又重新提了一下这个，希望我能把相关实验数据填充完整，我拖了她几天，天天晚上九点就发消息来催，其实我压根没干。这种感觉很不好。但事情总归是要做的。而让我觉得棘手的根本原因，就是平时没有把数据整理好。": 3, - "而没整理好又是因为自己整个博后器件，先是ypora，后来是iote，到现在obsidian，换了三种工作流程了。虽然软件搞了很多，但是资料却越来越分散，无端增加了我整理数据的难度。后面在obsidian中，重要的实验结果，还是要单独整合到一个文件夹或者给一个独特的标签或者干脆一个页面中去。": 3, - "其实完全可以参考一篇文章的架构。一篇文章对应一个project，也就是一个文件夹；然后这个project中会有一些文献调研或者课题思考的东西，就是子目录": 3, - "introduction；至于实验记录就可以放到": 3, - "中，包括各种买试剂耗材之类的；然后实验结果和数据分析都放到": 3, - "results。": 3, - "从现在就开始这样干。一个工作一个工作地整理。": 3, - "内容就是整理结果数据，然后分为已完成课题和正在进行中课题emporal": 3, - "barcode，已搞到已有数据整理中，此处closed。": 3, - "安排和的sm和补充实验": 6, - "sm实验方案": 3, - "准备两个片子，采用": 3, - "exchange": 30, - "的方式先ss，再。建议在载物台上连续操作，减少平衡所需时间。": 3, - "实验组：、": 3, - "对照组：ss": 3, - "浓度均为": 3, - "界面封闭": 3, - "微流控、flow": 3, - "chamber、biotinvidin、流速umin": 3, - "组分": 3, - "浓度体积": 3, - "处理": 3, - "时间min": 3, - "mgm，": 6, - "incubate": 9, - "wash": 21, - "p，": 3, - "ss": 42, - "n，": 6, - "成像条件": 3, - "s、ms、、": 3, - "frames": 12, - "一个样品拍摄两个视野": 3, - "ashing": 3, - "buffer：x": 6, - "ween": 24, - "maging": 153, - "·g": 15, - "绿色荧光小球（nm，稀释倍）": 3, - "实验方案": 3, - "今天制备纯化（）了所有的imager，趁热打铁把做了。": 3, - "基本同": 3, - "操作，注意": 3, - "点": 3, - "p": 192, - "孵育": 9, - "min（添加了绿色荧光小球，g离子浓度": 3, - "m）。然后成像时使用": 3, - "激光，": 6, - "帧拍摄。": 3, - "然后": 6, - "ss、、、、、、、": 3, - "通过xchange的方式连续在一个片子中拍摄。每次换一个视野。wash使用": 3, - "的buffer": 3, - "冲两遍。flow": 3, - "容积大概就": 3, - "u。因为数量太多，每个样品只拍摄一个视野。": 3, - "拍完一个系列之后，再换上": 3, - "ss，可以静置等到次日早上再来拍摄，看看样品的稳定性如何。": 3, - "开组会的时候直接用超算平台，命令行的方式处理戴哲泽已经上传上去的数据，简单看了一下结果：": 3, - "是第一个拍摄的，信号质量还不错，样品比较密。最后一个也拍的": 3, - "ss，两者对比可以发现，多轮": 3, - "之后（时间也很长），背景似乎升高了。可能是imager非特异性吸附和折纸结构破坏。": 3, - "contrastinfo": 3, - "zoom": 3, - "max": 3, - "onepixelblur": 3, - "后面拍摄的、、、、": 3, - "都还能看到一些结构，但是很弱。到了": 3, - "效果更差一点但还是有。": 3, - "注意平衡时间（分钟）": 3, - "注意吹打样品，减少在管中的吸附（后续可以使用ppendorf的": 3, - "oind的离心管）": 3, - "可以稍微再调低一点折纸铺板的密度": 3, - "戴哲泽他们又做了一遍，折纸铺板密度是": 3, - "p，但是第一次": 3, - "离子浓度忘记调整，还是原来的，总之就是没拍出来四面体的。后来是把": 3, - "调整到": 3, - "左右，激光功率从": 3, - "下降到": 3, - "注意这里是两个样品一组": 3, - "一个": 3, - "flow": 12, - "来做的。总共用了": 3, - "个片子。": 3, - "和的实验": 6, - "这次测试了个样品，董老师那边的": 3, - "lexaluor（": 3, - "n）作为基准，然后我们提供的": 3, - "以及": 12, - "（均稀释到": 3, - "n）。拿数据很快，接下来可以照着之前的方式（详见荧光相关光谱拟合）处理一下。": 3, - "扩散时间": 3, - "!png": 3, - "可以看到这次测试的，染料和ss对照跟上次的数值相比都比较接近，但是四面体却不在区间内。": 3, - "四面体合成表征情况": 3, - "!合成表征png": 3, - "从胶图和成像的结果来看，四面体合成的问题不大。": 3, - "相关曲线比较": 3, - "!correlationurvepng": 3, - "把前后两次的的荧光相关光谱都放到一起，然后看扩散系数，这次补的和确实要比和小。": 3, - "结果分析": 6, - "一方面可能是不同材料批次造成的，另外一方面也有可能是季节环境温度变化所致（温度低分子扩散速度减慢）。考虑再同时做一批。": 3, - "再做一次": 3, - "发现趋势还是有，而且": 3, - "纯染料跟": 3, - "的测量数值都比较稳定，但是": 3, - "就不大稳定了。另外从另一个单颗粒亮度的统计来看，加了之后，颗粒的亮度也是下降了的（详见戴哲泽小组会分享）。": 3, - "补充订购其它大小的imager": 6, - "让戴哲泽补充设计订购了": 3, - "，后者类似于采取了split": 3, - "的方案。": 9, - "想补足同时查看尺寸和扩散结合频次的关系双": 3, - "轴作图中的数据点，之前让戴哲泽师弟设计一下，他给忘了，昨天提醒他才把这个事情搞定：": 3, - "!imager序列大全xlsx": 3, - "昨天下单订购，估计要元旦后才到货。": 3, - "photon": 12, - "rate": 18, - "上图是": 3, - "picassosimulate": 3, - "模拟出来的两个数据，左侧": 3, - "，右侧是，在相同contrast下，明显可以看到右侧似乎出现了更糊的状态，而且有“减速”的效果。": 3, - "然后再比较一下光子数，可以看到最后产生的光子，也呈现这种倍比关系：": 3, - "说明这个本质上还是说明我们采集到的光子数太少了。然后在相同的threshold下，每帧localize出来的spot": 3, - "也会变少。激光功率是可以调整的，但是直接测量实际功率然后跟人家文献里的比较一下也可以。": 3, - "我搜索了一下激光功率测量仪，国内有公司代购而且有现货": 3, - "我感觉测量激光功率也是治标不治本。我后面有空可以尝试分析以前的一些数据，各种不同功率的，包括界面吸附lexa的，都有。看看到底是个什么情况。": 3, - "实验方面，我让戴哲泽师弟可以去尝试一下调节激光功率：": 3, - "然后得到的结果其实没有太大变化，不过好在他做了好几组条件（终于上道了），通过分析，我觉得": 3, - "浓度还要放低，然后曝光时间要拉长。": 3, - "但是再去做实验也比较费时费力。所以我建议他尝试对原始数据做时间轴上的": 3, - "bin处理，因为他最后一个": 3, - "曝光的其实成像效果是最佳的。这个原始数据是": 3, - "raw": 36, - "格式，所以我是时候把": 3, - "文件的": 3, - "模块交给他了。": 3, - "分析": 6, - "同时查看尺寸和扩散结合频次的关系": 6, - "边长使用理论计算值，扩散时间、结合频次使用实验测定结果。结合频次其实有两个来源，一个是": 3, - "sm，一个是": 3, - "，都搞一搞。": 3, - "的理论计算": 3, - "搜了": 3, - "aston": 3, - "拿诺奖的关于": 3, - "双螺旋结构的": 3, - "文章，得知一个碱基步长是": 3, - "埃（": 3, - "nm），旋转角度是": 3, - "度，认为": 3, - "个": 9, - "bp": 12, - "就是一周。": 3, - "所以当不考虑顶点处，理论上四面体的边长应该为：": 3, - "ample": 9, - "ength": 3, - "olumn": 3, - "adii": 3, - "ol": 3, - "四面体的体积公式": 3, - "frac{": 3, - "times": 21, - "h}{}，参考百度知道。": 3, - "至于棱长为": 3, - "的正四面体的外接球的半径，其实为": 3, - "frac{sqrt{}": 3, - "a}{}。参考知乎装逼大佬推导。": 3, - "的分子量信息可以把具体的序列输入到": 3, - "补充材料中了，以此为准。upportingnformationdoc": 3, - "`dvanced": 3, - "ables`": 3, - "插件支持简单的公式计算，具体教程参考。": 3, - "双": 3, - "轴作图": 3, - "从这个图来看，如果扩散时间越长，那么碰撞结合的概率应该越低才对，但实际上看到的反而是这种越大的颗粒具有越高的界面结合频次。我估计这个数据要重做，最好是用": 3, - "纯化之后的": 3, - "来搞。🔥": 3, - "横坐标是棱长，纵坐标分别是扩散时间和结合频次。这个在": 3, - "中作图非常方便，但是添加": 3, - "error": 21, - "bar": 6, - "的时候遭遇了一些困难，后来查资料，总算让我把": 3, - "的作图的操作逻辑给捋顺了。": 3, - "另外我的": 3, - "电脑originab": 3, - "是盗版的，所以偶尔会出现防伪水印。但还是把这个数据分析工程文件放进来，算是一个很好的教程。": 3, - "作图": 12, - "尺寸扩散结合的关系opju": 3, - "不同大小的颗粒的扩散时间xlsx": 3, - "不同大小的四面体的分子量xlsx": 3, - "戴哲泽的贡献": 3, - "!libxlsx": 3, - "计算了不同大小的imager的扩散速度。": 3, - "帮忙设计和、和。": 3, - "统计汇总框架核酸分子机器的结构参数": 6, - "这个事情可以让郝亚亚帮忙，但主要还是我来完成。": 3, - "祖传方块折纸的biotin修饰链序列设计": 3, - "!origami上做biotin修饰docx": 3, - "郝亚亚又来找我问": 3, - "picasso": 69, - "系列的方块折纸的序列情况，那个是中间挖了八个孔，每个孔附近有": 3, - "修饰的伸出链。然后有一个": 3, - "的伸出位点，我都已经设计好了的。": 3, - "链伸出有两个": 3, - "spacer，序列是：": 3, - "我当初买这套链就是当作标准样品来搞的，所以混链全部混进去就行。骨架链选择。": 3, - "小组会": 24, - "小组会讲篇别的非成像类的文献，比如链置换。": 3, - "loop": 12, - "链置换": 9, - "先转录再链置换": 3, - "nput": 6, - "链和": 3, - "eporter": 9, - "链（封闭态）都是需要转录出来": 3, - "预封闭的": 3, - "reporter": 6, - "包含自切割的ibozyme序列": 3, - "不同配比链置换反应效果": 3, - "共转录情况下nput到倍过量就完全置换": 3, - "output读取": 3, - "链置换产物r可以进一步用链置换读取": 3, - "逻辑门构建": 3, - "如门，就是体系中同时转录两种预封闭的reporter": 3, - "放大器构建": 3, - "和逻辑门一样的套路，放大效果显著": 3, - "逻辑门串联无压力": 3, - "leaky的情况不算严重，且与模拟结果吻合良好": 3, - "ibozyme序列": 3, - "多余的部分会影响链置换吗？": 3, - "读后感": 3, - "似乎多一点尾巴不影响链置换": 3, - "二级结构的选择感觉很有技巧": 3, - "这周还是稍微讲下文献吧！": 3, - "文献汇报": 9, - "projectfolder": 27, - "组会汇报": 3, - "控制": 3, - "的数量和": 3, - "的长短来调节闪烁频次制作": 3, - "font": 15, - "color\"yellow\"kinetic": 3, - "barcodefont。ade": 3, - "跟我们想实现的效果可以说是一模一样。": 3, - "频率编码的好处就是": 3, - "color\"yellow\"simultaneous": 3, - "detectionfont。": 3, - "此文能够同时做成色成像。": 3, - "三倍的结合位点数量差异": 3, - "→": 6, - "闪烁频次分布显著差异": 3, - "长度差异": 3, - "结合时间分布显著差异": 3, - "三种染料颜色，": 3, - "五档": 3, - "产生": 3, - "种": 3, - "kinetic": 3, - "barcode": 42, - "原始数据看上去背景同样很脏。": 3, - "由于整个方块都成了单一颜色的barcode，不涉及样式图案，直接聚类鉴别。": 3, - "的四种可频率区分的组合": 3, - "用「结合时间」对「闪烁频次」作图进行聚类分析": 3, - "requency": 3, - "ncoding": 12, - "一点也不新鲜": 3, - "对做任何技术优化都不讨好": 3, - "的频率控制仍有新意": 3, - "频次聚类数据分析可借鉴": 3, - "药物转化与投资": 3, - "方法学发不了好文章，但可以做好应用。cart疗法（细胞疗法），cd，治愈肿瘤。此疗法是经验化的方案而非药物。没有用量，没有代谢半衰期，没有传统一个商品的概念。cart是个人化的治疗方案，一个人一次生产线，效率低下。": 3, - "用抗体模拟cart的功能，cd，直接用这个抗体，副反应非常强，器官衰竭。医药领域曾经灾难，年。细胞因子风暴，如何控制？免疫学认知进步，计量控制。": 3, - "用了三个抗体连到一块，cc，年专利，单抗，一块多钱一针的成本。细胞和细胞的相互作用，多个位点的相互作用。个纳米的细胞间距。突触间隙nm，让抗体把t细胞跟肿瘤细胞拉得足够近。": 3, - "!jpg": 6, - "在人体上的实验效果也很显著，cd，cd，taa三种抗体。": 3, - "科学研究水平国内外差别不大，但是做事情做工程做转化的能力差了二三十年。t细胞干掉肿瘤细胞的模型。目前双特异性抗体通常是靶向癌细胞表面抗原和细胞表面蛋白质复合物。": 3, - "这种三特异性抗体增设了靶向细胞表面蛋白的靶点。是一种共刺激受体，可以正向调节细胞活化。当抗体与结合后会驱动蛋白clx的表达。抗体连接改造是个技术活（或许可以用折纸作为这种linker？": 3, - "ideas": 12, - "）。分子量较大，主要靠细胞内吞和蛋白酶降解，而非肝肾途径。血液半衰期h。": 3, - "!apriljpg": 3, - "元和原点，总部在苏州，国内较早的生物医药创投基金，规模亿。专利评估和技术转移（转行第一站）新技术距离应用太过要选，去高新技术园区看看大家干了什么，去调研基金风投都投了什么项目，了解得知什么项目能获得投资。根据调研，得识贵人，天士力资本。": 3, - "听下来，创业做公司还是有很多事情。投资当然也有很多风险。技术型人才创业，一定最好有好的商业伙伴。": 3, - "听报告": 6, - "文献大组会": 6, - "新生自我介绍，周高昂，湖北襄阳，": 3, - "武汉大学。做毕设到明年四月份。程嘉宁，武汉大学，黑龙江牡丹江。": 3, - "曹晓婕讲了一篇单分子成像观测单个离子通道的工作atel。": 3, - "给戴哲泽演示": 3, - "冯灵玉，si，drug": 3, - "delivery，nanocarrier": 3, - "段沐林，治疗性寡核苷酸。": 3, - "李子慕，多肽与信息存储，质谱读取信息，香港理工。": 3, - "陈倩，核酸适配体修饰了氨基，可以与羧基反应，结合到沙门氏菌上，靶向肿瘤细胞表面受体，然后去杀肿瘤，谭蔚泓大作。eihong": 3, - "潘改芳，cience": 3, - "，，，小螃蟹，序列编程改变宏观水凝胶形状，软体机器人。": 3, - "学习整理和汇报工作": 3, - "左老师这个ppt报告的特征，首先就是有明确的数字信息，基于数字的这种比较（而不是基于语言文字的描述）。虽然这些数字怎么来的我看不懂。另外一个显著的特点是会有一些抓人眼球的图片，虽然这些图片很多时候让人不明就里。总之这个就是只涉及到小学数学的逻辑判断（简单）和只管贴图和标题（粗暴）。": 3, - "这种报告显然是跟樊老师或者说组里的风格高度适配的，非常适用于浅层的，或者说大局上宏观上的工作价值和逻辑判断。他把所有的细节尽可能地折叠了，留待后续更为细致的交流（可能）。这个是值得学习也是我一直在努力的方向，只是我没想到可以粗暴和不严谨（但因为有数字你也不能说人家不严谨）到这种程度（有点报喜不报忧甚至是隐藏致命缺陷）。": 3, - "因为我对于多色成像和条形码多少也了解一点，尹鹏的": 3, - "metafluorophore": 3, - "还余音绕梁呢oehrstein。但是他却跟人家年的工作相比in，我再想他这个无非就是一个所谓的不对称连接，把四面体当作碳原子一样可以连接成任意想要的拓扑结构（理论上）。事实上折纸做": 3, - "tile": 3, - "反而是更成熟的，而且未来说不定还可以搞三维的。至于所谓的控制精度到": 3, - "nm，这个你也拍不出来啊。人家一个折纸就可以是色，如果是再做成任意的": 3, - "tile，就更不得了。如果你是": 3, - "metafluorophore，或许人家搞不过你，但是这个时候你也就不存在所谓不对称连接了，因为你多连接几个就突破了这个大小。": 3, - "不过考虑到这次是联合实验室很多小老板齐聚一堂的工作汇报，时间上应该很紧张，大家的知识背景或多或少是不一样的，所以这个简单粗暴的其实是最为观众考虑的。": 3, - "!左小磊ub": 6, - "nanometer": 15, - "asymmetrically": 6, - "draftpptx": 3, - "reportpptx": 3, - "深圳分析化学年会展报": 3, - "学术会议": 3, - "年月日到日，在深圳大学丽湖校区举办分析化学年会。": 3, - "按照组里的要求，一般就是得做一个展报。我打算用之前那个膜包纳米金的迁移性胞吐工作来搞（注意跟陈楠老师沟通一下）。这样会省掉很多事情。眼下已知的就是要干两件事情：": 3, - "提交论文摘要，注意参考相关要求使用模板。": 3, - "论文摘要撰写说明doc": 3, - "论文摘要模板docx": 3, - "制作展报，同样也有要求。": 3, - "除了上面两样事情，还有一些杂务：": 3, - "在组内填写参加学术会议申请表，发送给李明强老师，可能还有钉钉？": 3, - "附表": 3, - "参会申请表汇总docx": 3, - "订购往返机票以及住宿": 3, - "注意查看组内相关要求，保留报销凭证，方便后面报销。": 3, - "另外也可以借此机会，到深圳湾实验室侯尚国师兄那里看看什么情况。⭐": 3, - "膜包金的迁移性胞吐": 3, - "那就快速地搞起来，~~然后": 3, - "poster": 3, - "啥的可以发陈老师一份。~~（估计也没有这个必要），人家会觉得我过分小心了。": 3, - "ell": 141, - "igration": 6, - "ediated": 9, - "xocytosis": 6, - "old": 36, - "anoprobespdf": 3, - "论文摘要深圳分析化学年会纳米金迁移性胞吐doc": 3, - "在会议提交论文的时候还需要作者的比较详细的信息，单位、邮箱、电话什么的。后面注意保存这些信息。": 3, - "搞一下工作简报": 6, - "实验室内部，博士后和小老板汇报工作有一个模板：": 3, - "然后我需要把之前文章新的逻辑框架oijuyd的内容稍作修改，制作一版新的，还可以参考之前的博士后工作汇报（博士后项目汇报谢晓冬pptx）。": 3, - "我干脆制作了一个内部工作汇报模板pptx，如果后面要继续做这类工作汇报，就可以直接使用了。": 3, - "初步的成品如下，可以睡好午觉之后让茜姐看下并做修改：": 3, - "工作汇报": 3, - "她认为关于展望部分中，包括「变形金刚」和「集群纳米机器人」的部分都是粗提，纯粹是一种可能性。而「信息读写加密」是一个需要进一步讲清楚的部分。所以这个部分再单独说说。快速搞几张。这对我来说就是一个考古过程，因为弄这部分内容距离现在已经比较久远了。整理信息读写加密部分的思路和数据": 3, - "谢晓冬": 6, - "ccsclass": 3, - "文献分享": 3, - "class\"asidehide\"斑马鱼胚胎s": 3, - "微观尺度机械力作用在胚胎发育和疾病发展中的重要作用逐渐被发现。": 3, - "基底膜较厚时，癌细胞无法穿透，": 3, - "发展成良性肿瘤。": 3, - "洛克菲勒大学的发育生物学家lan": 6, - "odrigues说，力和基因的关系是个关键问题。这不仅是皮肤癌的问题。他说：“力学中的深层问题其实是力与分子有什么关系的问题。”": 6, - "eizo触觉受体发现者，诺奖得主。": 3, - "年cienceoste，首次发现iezo蛋白和功能。": 3, - "发现细胞能够响应不同大小的压力产生电信号。": 3, - "对个基因筛查找到高表达的跨膜通道蛋白。": 3, - "piezo": 9, - "基因（红色）脱颖而出，": 3, - "且多种敲除也验证成功。": 3, - "很多物种都有这个piezo基因表达，": 3, - "器官组织中，膀胱、肺和背部神经节都高表达。": 3, - "蛋白的结构示意图aotome：": 3, - "当细胞膜形变过大时，开口打开，阳离子可通过。": 3, - "郑浩然，自限自组装（胶体金）kinetically": 3, - "controlled，两种类型的纳米晶，对纳米金颗粒的有序组装做出了贡献？不同尺寸的瓜环。ature": 3, - "hemistry": 21, - "谢瑶，eftanded": 3, - "，是什么因素导致形成左旋构象的？左旋机制。因": 3, - "的糖苷键呈顺式，不仅使旋转方向发生改变。而且使": 3, - "残基位于分子表面。左手螺旋如何克服染色质的螺旋扭转力。": 3, - "李宇，相分离，染色质，加盐可以使染色质在体外发生相分离，形成球形液滴。另外两个核小体之间的spacer长度也可以影响。高等整合生物的这个spacer更长。可以阻止乙酰化。乙酰化难以相分离。先分别表达跟核小体，然后混合到一起。": 3, - "罗小骞，离子晶体限域（a，，离子晶体，乙醇挥发析出的颗粒，可能存在各向异性，有aptamer吗？），限制发色团，抑制其非辐射跃迁，从而产生高产率高窄度的蓝色磷光，在材料中可能有用吧。": 3, - "吕慧，模板在生物学合成很重要，这里搞了一个handle策略，模板会脱落，起到催化作用。andholdediated": 3, - "isplacement。似乎是什么效率或者duration提高了十倍？far": 3, - "equilibrium。链置换在ynamic": 3, - "anotechnology中非常重要，感觉最后有可能引入蛋白，就像核糖体和": 3, - "t那样。感觉跟有点关系。handhold": 3, - "nt。⭐分钟整个体系反应完毕": 3, - "文章主体大纲解析": 6, - "为了高效地与人讨论文章的脉络，需要整理出来一个的。尤其要注意，这个不是拿去做演讲的，而是用于讨论的。所以逻辑上和内容上要足够完整。": 3, - "第一页放标题，以及重要性、挑战、创新点和展望。开门见山，提纲挈领，后面就是围绕这个展开。": 3, - "接着用三到四页做背景介绍，讲清楚关键问题中的一些概念，以及现有的一些方法之类的。": 3, - "然后是对标的文章，这个一定要找准。因为这个既是比较的对象，但更是模仿的对象。特别是文章的逻辑脉络。然后就是照着这个脉络，在概念上逐一对应地呈现自己已经拿到的实验数据。": 3, - "可以看到，这里主要就是": 3, - "legend，然后还有简单的小标题说明事情。基本上就是": 3, - "的图示版本。": 3, - "审稿": 9, - "帮樊老师审稿，了解了一堆衍生物，具有更好的稳定性。": 3, - "首先放上pdf稿件：": 3, - "然后开始撰写审稿意见，由于看下来是个很基础也比较扎实的工作，没啥巧功夫，所以直接放行接收。：": 3, - "manuscript": 3, - "cellular": 69, - "uptake": 12, - "biodistribution": 6, - "metabolism": 3, - "excretion": 3, - "threose": 3, - "novel": 30, - "kind": 3, - "derivatives": 3, - "inherited": 3, - "baseparing": 3, - "feature": 3, - "good": 6, - "resistance": 9, - "blood": 9, - "serum": 3, - "degradation": 3, - "owing": 3, - "alphathreose": 3, - "oreover": 3, - "maintained": 3, - "efficient": 15, - "make": 9, - "therapeutic": 18, - "agent": 9, - "etailed": 3, - "supplied": 3, - "measure": 6, - "penetration": 6, - "ability": 3, - "multicellular": 6, - "spheroids": 3, - "similar": 9, - "tumor": 15, - "microenvironment": 6, - "unveiling": 3, - "micrometer": 3, - "depth": 3, - "came": 3, - "albc": 3, - "mice": 3, - "animal": 3, - "model": 33, - "both": 12, - "biosafety": 3, - "promising": 9, - "attractive": 6, - "work": 6, - "provided": 6, - "solid": 6, - "vitro": 18, - "vivo": 21, - "materials": 9, - "paving": 3, - "way": 6, - "biomedical": 6, - "application": 6, - "suggest": 3, - "accept": 3, - "publish": 3, - "soon": 3, - "制定公用电脑管理方案": 6, - "软件计算机表格": 3, - "!机房计算机与软件清单xlsx": 3, - "公共电脑情况": 3, - "已有公用电脑": 3, - "台，其中": 3, - "台卓越性能工作站，": 3, - "台高性能台式机。": 3, - "公共电脑管理和使用计划": 3, - "拟成立【计算机管理小组】，对公共电脑进行：": 3, - "统一重装": 3, - "win": 6, - "工作站版本系统或": 3, - "ininux双系统": 3, - "设立统一管理员账户，锁定系统配置修改和软件安装权限": 3, - "根据用户需求和电脑性能合理配置安装软件并维持公布软件说明文档（如下方表格）": 3, - "安装软件": 3, - "软件版本": 3, - "软件功能": 3, - "安装人员": 3, - "安装日期": 3, - "计算机名": 3, - "使用人员": 3, - "lender": 9, - "三维建模动画渲染": 6, - "陈二": 6, - "张三，李四": 3, - "王五，钱六": 3, - "之后，对于普通用户：": 3, - "用户需申请注册（原则上不超过台电脑），使用自己的用户名密码登录系统": 3, - "用户安装软件，需向【计算机管理小组】提交申请": 3, - "用户使用【卓越性能工作站电脑】需提前预约（看使用情况而定）": 3, - "计算机管理小组与分工": 3, - "计算机管理小组主要负责机房运行维护，主要内容如下：": 3, - "谢晓冬，负责机房初期总体建设安排与管理。": 3, - "段沐林，负责后期系统软件安装维护和权限管理。": 3, - "软件使用文档建设": 3, - "为实现软件使用方法技巧的有效积累和传承，拟使用": 3, - "oplin": 6, - "工具建设共享的软件使用文档，（不强制）要求软件使用用户提交相关作业的": 3, - "protocol。": 6, - "工作安排": 3, - "：查看机房电脑情况并汇总统计，重装系统和部署设置教学": 3, - "通知大家转移重要文件，征集软件需求，全面重装系统与用户注册": 3, - "后期：按需逐步安装软件，维护文档，按需更换或升级计算机软硬件": 3, - "摸清家底": 3, - "!机房电脑信息汇总xlsx": 3, - "因为已经到年底了，所以我们无法全面重装系统，这个只能是先跟大家通知一下，到月号之前，请大家跟网管联系，逐步转移走重要的资料。年底之前，可以进一步摸清电脑的情况。": 3, - "预装系统和软件": 3, - "可以使用ventoyentoy": 3, - "new": 15, - "bootable": 3, - "githubcom": 21, - "新一代多合一系统启动盘工具丨简而易网": 3, - "jianeryicom": 3, - "ine系统盘": 3, - "知乎": 24, - "zhihucom": 24, - "盘可以申购一个作为专用，": 3, - "高速固态盘金属闪存手机移动硬盘优盘": 3, - "中国红": 3, - "【图片": 3, - "价格": 3, - "品牌": 3, - "报价】京东": 3, - "jdcom": 3, - "注意盘的颗粒有三种，，就是特别经久耐用，但是容量不高。不过对于装机的盘来讲，就是要读的速度快，不会反复擦写。": 3, - "机房电脑管理盘说明": 3, - "可使用此盘安装（重装）系统和必要软件。强烈建议备份此盘中所有内容。": 3, - "系统镜像": 3, - "上海交大in中文版：建议安装工作站版本": 3, - "e：工具箱，方便故障修复": 3, - "anjarolinux：最受欢迎的linux桌面系统之一": 3, - "装机软件": 3, - "驱动精灵（网卡版）：方便安装完系统后装驱动": 3, - "z压缩工具：小巧精悍的压缩工具": 3, - "nipaste：方便使用的截图工具": 3, - "oplin：开源免费可同步的笔记工具": 3, - "eroier：虚拟局域网客户端": 3, - "entoy：制作本类机房管理盘启动盘所需": 3, - "应用软件（ptional）": 3, - "riginab破解版：常规数据分析处理所需": 3, - "：徕卡显微镜成像数据分析": 3, - "iji（mage）：开源图像数据分析工具": 3, - "dobe": 6, - "llustrator": 6, - "破解版：二维矢量绘图软件": 3, - "anab发票报销": 3, - "一般采购报销流程说明": 3, - "调研要买啥": 3, - "网站或销售询价报价": 3, - "钉钉申购": 3, - "下单购买，注意发票抬头、货期和收货人信息": 3, - "收货，做好存放记录": 3, - "收发票，化学品平台添加自购（如果是试剂）": 3, - "按实验室要求提交所有报销材料": 3, - "待报销内容": 3, - "报销归档": 3, - "年月中旬英潍捷基的订单：": 3, - "报销材料谢晓冬xlsx": 3, - "到化学品平台申购：asted": 3, - "发票清单pdf": 3, - "化学品平台的付款单，hermo荧光标记订单补pdf": 3, - "销售发送过来的电子发票，hermo荧光发票pdf": 3, - "高性能电脑需求及配置单xxddocx，在京东上买的，元，秘书徐丽凤当场就通过微信转账给我了，后面就是把发票发给她就行。注意发票抬头为上海交通大学，单张发票不超过，然后发票不要连号。": 3, - "内存条发票pdf": 3, - "电子发票pdf": 3, - "机械硬盘发票pdf": 3, - "申请上门安装主机docx，这样就省得浪费大家的时间，因为我确实有热情但是没时间，而戴哲泽师弟感觉他没有这个热情去组装一台电脑。记得工程师联系（最后不了了之，自己一个晚上搞定）": 3, - "固态硬盘发票pdf": 3, - "水冷发票pdf": 3, - "机箱电源显示器发票pdf": 3, - "显卡主板发票pdf": 3, - "钱，徐丽凤早就通过微信转给我，让我在京东上买了，所以就是要把这些发票都给她。后面她又要我提供了以下东西，说明报销起来还是有些麻烦的。": 3, - "电脑性能参数说明docx": 3, - "京东订单截图pdf": 3, - "报销购买一个移动保温箱": 3, - "报销nile": 3, - "red染料购买尼罗红染料，尼罗红电子发票pdf": 3, - "报销抗体，参考购买抗体和适配体，": 3, - "报销小型手提液氮罐，参考安排有用的confocal成像实验和教学计划去所里拿细胞": 3, - "报销生工订购的（核酸适配体及其它）": 3, - "小型液氮罐在京东上购买的，需要联系客服开电子发票，一般会发送到电子邮箱。其它发票基本到位了。": 3, - "抗体发票：asted": 6, - "便携式保温箱发票pdf": 3, - "尼罗红电子发票pdf": 3, - "液氮罐京东发票pdf": 3, - "生工月结发票：asted": 3, - "!报销材料谢晓冬xlsx": 3, - "然后四个试剂要到交大化学品平台去搞结算单，所以申购什么的，又要走一波。一般要到次日才能走完审批。另外我还发现之前一些报销我自己垫付的款项还没有到账。需要注意一下。": 3, - "然后跟秘书陈祚沟通了一下，发现是我自己没有看仔细，因为学校给打钱不会有备注，然后这个数额比较小。": 3, - "有四个试剂，这个是需要化学品平台的付款单，果然过了一天之后才能成功弄到手。注意得一个一个地点确认收货，然后加入付款夹，然后付款，然后打印付款单，真操蛋。": 3, - "付款单年月日pdf": 12, - "注意陈祚提示，付款单中供应商的名称最好是写全，不然财务处可能会打回。": 3, - "交大实验室细胞库建设": 6, - "主要是让周高昂师弟养一些细胞，知道细胞传代、铺板、培养、冻存和复苏等等操作。另外还发现细胞支原体污染严重（见核酸适配体验证实验支原体污染。这个事情慢慢来吧。": 3, - "之前在确定要培养的细胞检查细胞种类中已经大概知道了交大实验室这边有的细胞种类，而且在细胞微信群中建立了一个共享电子表格。后面可以逐步把这个事情搞起来，从头做好细胞库的建设。": 3, - "从赵海培处获得": 3, - "，状态尚可，目前培养在中皿，预计明天传代，可接种一个大皿，长到下周一，冻存一批。": 3, - "从潘改芳处获得": 3, - "，状态尚可，目前培养在大皿，预计明天传代，可接种三个大皿，长到下周一，留一盘给改芳，冻存一批。": 3, - "自己还冻存了两管": 3, - "，择期复苏。": 3, - "购买了便携式小液氮罐（见安排有用的confocal成像实验和教学计划去所里拿细胞），后面跟工程师还有所里的秘书预约，把还回去，然后顺带从所里拿一批细胞过来。": 3, - "将ep": 3, - "冻存了。每个冻存罐都只放了": 3, - "u。用的冻存液就是添加了": 3, - "的完全培养基（）。ep形态尚可，冻存了管；形态不佳，冻存了管。": 3, - "细胞消化后，离心，": 3, - "rpm": 6, - "min，然后用冻存液重悬，转移至冻存管（提前写好标记），然后放到碧云天的程序性降温细胞冻存盒中。把整个放到度冰箱暂存。离开细胞房带上，放到度过夜，次日转移到液氮罐中。": 3, - "冻存细胞遵循的是\"慢冻\"原则，主要是防止细胞在冻存过程中形成冰晶而对细胞造成损害。通常冻存液中加入二甲基亚砜也是为了使细胞内的水降低冰点以防止晶体形成。通常的\"慢冻\"是逐渐降低温度，如细胞在℃冰箱放置小时后转移到℃冰箱过夜，然后再转移到液氮罐中。更简单并且更优的选择是放入可逐步降低温度的装置如程序性细胞冻存盒内并放置在℃冰箱内，并且最好能确保冷却速度约为℃min。": 3, - "拍的时候用oechst染色，发现细胞可能存在严重的支原体污染，详见核酸适配体验证实验支原体污染，所以后面还是要严格注意细胞房的洁净制度。最好能戴口罩。消杀值日要做到位。无关人员尽量不要进入细胞房。": 3, - "直接加含有双抗跟支原体试剂之后，细胞直接死掉了，只能后面再复苏了。然后我跟周高昂师弟说后面ep和都暂时不养了，把ea养好，保种，然后染hoechst检查一下，然后看情况用支原体试剂。": 3, - "认真思考一下给本科生的大创课题": 6, - "要想解放生产力，做更多事情，人才是根本。所以我要尽可能利用机会，招募到靠谱的小伙伴。人招来了，当然也得对人家负责，而不是坑别人。所以我这边自己得有好的课题项目准备着。": 3, - "当然，所有给别人做的东西，都要服从我的整体布局。那么问题来了，我的总体布局是什么呢？这个又要结合整个anab实验室的大背景谈。三大方向，原子制造，计算我肯定都不行，所以我最终还是要落脚到智能化纳米机器人。当然我做的又跟葛志磊师兄有所区别，我其实是补全从分子到细胞这个区间。": 3, - "单分子成像和一些简单的纳米结构设计合成表征什么的，目前有戴哲泽师弟可用，所以也还好。接下来其实我需要有人帮忙养细胞，做一些细胞成像的实验。但是这个需要相关的靠谱的课题才行。这样的话，在分子细胞生物学上，至少做实验这块儿我是真正不用自己动手了。": 3, - "今年招的新生中，金仲超和谢瑶都来找过我，其它两位可能在等分配把。当然了，不管最后上头分谁到我这里来，我都是打算让ta做细胞。因为后续细胞实验我计划一定是要开展起来的。所以本科生大创也可以跟着参与进去。": 3, - "细胞实验，我们有的仪器就是": 3, - "confocal、还有一台活细胞长时程成像仪。特别是后者，我觉得需要真正利用起来，它是产生大数据的利器。所以最近一段时间，我可能要多看一下这方面的文章，活细胞长时程成像。然后寻找和纳米机器人相关的契合点，提出一个简单的方案来。当然了这个并不强求一定要上。": 3, - "因为相比较于开展细胞实验方面的课题，另外一个短期后就要开展的项目，比如用来做存储加密的事情，其实是更为成熟的。如果能够再来一两个帮手，我觉得就是很好的。可以给他们独立的小课题，然后刚开始的时候跟着参与到主课题上学习操作和技术，完成培训过程。茜姐建议我两件事情并成一件来做，大概就是这个意思。": 3, - "跟着我的研究生，可能我培养上更侧重实验方面，因为ta肯定是没有那么多课程压力，也确实存在学习实验技能的需求，有一定的时间保障来实验室。而对于本科生做大创，我更希望ta在调研文献、数据分析和作图上有更多的锻炼，作为一个长期的种子来培养。": 3, - "大创课题是面向本科生，那么就需要一些抓人眼球的，偏向概念性的题目。茜姐给我提供的选择是「计算存储」、「纳米机器人」。显然前者我目前还": 3, - "hold": 6, - "不住，所以还是得从": 3, - "纳米机器人来入手。": 3, - "当然了，也并非只能是纳米机器人，如果把细胞作为": 3, - "biohybrid": 3, - "micromotor也是可以的，相关的工作也不少，而且我们长时程活细胞成像在这个方面是有优势的。但是我基本确定这个等到后面再说了。": 3, - "整理一下本科生大创项目计划书": 6, - "课题名称": 3, - "纳米机器人在信息存储加密中的应用": 3, - "研究背景": 3, - "作为一种变革性分子材料，有潜力满足未来指数增长的信息存储需求，理论上可实现超低能耗、超高容量和超稳定的信息存储。目前已有大量研究尝试使用编码、写入、存储、加密和读取信息，为了进一步降低成本真正服务社会经济，信息处理等诸多环节仍需要很大提升。": 3, - "信息存储的成本将随着技术的发展逐步下降。与此同时，其市场化应用也将是渐进式发展的，一部分重要的需要长时间存档的信息将被优先利用存储起来。重要的信息在许多场景下需要被充分加密，以保证数据的所有权和安全性。": 3, - "的信息加密领域目前研究相对较少，其中以折纸纳米结构为代表，能够在存储信息的同时产生目前计算机无法暴力破解的密钥，充分保障了信息安全hanga。但是这类在纳米尺度的折纸存储的信息读取过程依赖于原子力扫描显微镜，因此速度缓慢且难以实现自动化。近期有工作提出将": 3, - "超分辨荧光成像作为一种新的折纸的信息读取方案，展现了良好的前景ickinson。": 3, - "主要内容与创新点": 3, - "纳米机器人是一类新兴的可编程的分子工具hubagere。通过的序列设计，能够精确控制多种属性，最终实现特定的功能。基于已有的研究基础，结合纳米机器人的可编程性，本项目拟提出一种全新的信息编码、加密、存储和快速读取的完整解决方案。主要包括以下内容：": 3, - "设计信息编码和加密方案": 3, - "合成加密折纸与加密纳米机器人": 3, - "利用纳米机器人读取折纸上存储的加密信息": 3, - "!schemerobotor大创jpg": 3, - "本项目的创新点在于：引入可编程的纳米机器人，实现从信息编码到读取多个环节上的信息加密。": 3, - "可行性": 3, - "樊春海老师课题组具有以下条件，使得本课题具有良好的可行性：": 3, - "强大的折纸和纳米机器人设计制造能力": 3, - "成熟的相关单分子超分辨成像技术平台": 3, - "丰富的信息编码、存储和加密方面的工作积累": 3, - "参考文献": 6, - "!本科生大创项目计划书docx": 3, - "制作一张图用作大创项目宣传": 6, - "接着认真思考一下给本科生的大创课题来弄，不过现在已经确定就是找帮手来弄纳米机器和信息存储加密的题目，就都还好说。": 3, - "在之前帮刘秉仪弄的致远计划的素材可以再改改就继续用好了。": 3, - "但是": 6, - "纳米机器，信息存储，加密，这些概念都要进一步体现和强化。": 3, - "!schemerobotorai": 3, - "时间不够了，本来我还想做个": 3, - "的，但是我想在下午下班之前弄好，所以最快的方式只能是在": 3, - "上修改了。": 3, - "我想画一个如上图所示的具有透视感的网格，可以到网上搜索一下。": 3, - "发现这个也难搞，然后时间只剩下半个小时，我无论如何要完成任务。": 3, - "!schemerobotor大创大创jpg": 3, - "注意要修改网格里边的颜色，得使用。": 3, - "茜姐说再找一些文献里的关于信息读写，加密，以及成像的好看图，重点是好看抓眼球即可，贴到下边，注明出处即可。": 3, - "找一点图贴上去吧": 3, - "交大的学生太幸福了，大创的项目计划书特么还是实验室提供的。我不知道，我这样做是否是值得的，就看后面会有怎样的回报吧。": 3, - "最后就找了最主要的两篇工作弄上去：": 3, - "报销抗体和适配体": 6, - "所有的报销内容直接转移到anab发票报销。": 3, - "上周购买抗体和适配体已经到货，抗体我已经放到度临时存放，再加上之前的尼罗红购买尼罗红染料，最近可以": 3, - "报销": 9, - "一波了。": 3, - "注意生工月结的发票还得等着。": 3, - "购买抗体和适配体": 6, - "⭐️⭐️⭐️": 87, - "参考计划imager基底面成像实验和框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案预实验方案小结，我感觉可以一起把东西都": 3, - "采购": 12, - "。除了抗体和核酸适配体序列之外，其它东西都考虑齐全，比如购买一个移动保温箱。": 3, - "比移动保温箱更重要的是": 3, - "培养基": 3, - "的情况下还能勉强活着。这个培养基可以问": 3, - "hermo": 24, - "的销售或者系统楼那边的同学看有没有，交大供货速度非常快。": 3, - "还有": 3, - "actin": 33, - "tubulin": 33, - "的抗体都可以买一下。不过活细胞实验我感觉短时间内做不成，首先得把这些的细胞超分辨给做出来吧。": 3, - "搜下大厂的抗体": 3, - "其实我知道的就三家，abcam，cst": 3, - "还有一家": 3, - "santa": 3, - "cruze。cst": 3, - "的用的比较多，国内都是优宁维代理的。": 3, - "这个抗体好贵啊": 3, - "要将近": 3, - "的购物地址。": 3, - "αubulin": 3, - "的购物地址": 3, - "总体感觉，我都可以买": 3, - "的蛋白，但是不知道能够做多少次实验。": 3, - "荧光标记的tubulin": 3, - "上还有一些荧光标记的tubulin，但都显示无货状态，所以自己弄下来搞": 3, - "反应似乎是势在必行的。": 3, - "我之前似乎已经购买过": 3, - "bsin": 6, - "的βubulin": 3, - "详见之前的日志。": 3, - "最终抗体购买方案": 3, - "叠氮化试剂和": 3, - "反应试剂盒还有": 3, - "biotin修饰的": 9, - "之前五月份的时候都已经买过了。就算我是要对": 3, - "做超分辨成像也还需要": 3, - "cylindrical": 3, - "lens。所以这些细胞内的蛋白包括": 3, - "actin，可以不着急做。但是这些东西我要归置好（度和度的冰箱空间，最好整个盒子），自己心里有数。": 3, - "我还是想着先用": 3, - "aptamer": 66, - "试一把细胞膜和膜蛋白的成像。抗体蛋白什么的先都可以买回来放着，但并不着急做。": 3, - "发现我已经有优宁维的网站账户，用户名是": 3, - "sheldonsinapcom，": 6, - "密码": 48, - "是xxd": 3, - "。这样下单购买就很方便了，不必微信找销售。": 3, - "再设计aptamer序列": 3, - "这些序列就直接找生工合成好了。账户是": 3, - "的手机号，": 3, - "edge": 15, - "浏览器已经记住了的。": 3, - "!生工引物合成订购表ptamerxlsx": 3, - "干脆买了生工的": 3, - "链，而且": 3, - "上的": 6, - "cy，和": 3, - "凑成一对，到时候还能看看": 3, - "。另外需要注意的是，生工推荐": 3, - "的序列使用": 3, - "纯化，所以我给ss": 3, - "加了一个": 3, - "注意这还只是预实验的东西，那个": 3, - "tension": 129, - "的其实就是一个界面上锚定的链，这个好说的，主要是界面封闭固定修饰这一套最好放到一块儿去弄。": 3, - "申购和订购": 3, - "生工直接网上下单了，优宁维的最后还是找的销售，等待回复吧。": 3, - "优宁维又给我找了个新的销售对接，说有现货，然后给我推荐了以下其它试剂，说是五件八折优惠。结果算下来价格严重超了，还给我搞错了一个。我就感觉这种促销的真的是，还好我不算太着急。最后又换成了一堆的试剂缓冲液，以及一只羊抗鼠g（bsin，absss），或许可以对鼠抗的做一下。": 3, - "帮李茜刷一下文章angew的格式": 6, - "!manuscript": 6, - "刷格式docx": 3, - "据李茜所说，是觉得插图问题最大，都是占双": 3, - "column，跟": 3, - "angew": 15, - "的风格不搭。其实这个可以参考": 3, - "的官方指导": 3, - "插图的时候注意，如果是在word中选择嵌入式插图，可能出现图片显示不全的问题。这个时候要设置段落为单倍行距，即可搞定。": 3, - "快速搞完，主要就是看图，绝大部分可以调整为单个column，最大宽度": 3, - "cm，图中字体使用": 3, - "arial，字号pt。另外是只能x，外加一句话描述，不超过个词。": 3, - "后面对面反馈只是审美差异，不想改。我尝试了一下，其实是word中排版很难搞，会造成大量的空白还无法调整。估计得找个模板重头开始写，然后在合适的位置插图。所以最后让他们修改了最后一个图，因为比较简单，做成单个": 3, - "column。": 3, - "刷格式": 3, - "replydocx": 3, - "所以这个事情的重要教训就是，作图的时候一定要注意这个尺寸，想好做成单": 3, - "还是双": 3, - "column，再调整布局和字号等等。": 3, - "important": 6, - "购买一个移动保温箱": 6, - "选购": 3, - "移动保温箱": 3, - "京东就有这样的移动保温箱，还要有温度计显示，送冰袋可以买一个。另外还可以搞一个热源来维持，或者自己搞一个袋子装热水。": 3, - "按照商家的说明测试，这个装满的热源，可以保温个小时，应该是足够的。": 3, - "内置物架": 3, - "保温箱选择": 3, - "的，外部尺寸是，所以还可以再买个小架子跟盒子，这样就可以放细胞培养皿了。": 3, - "搞一个这样的离心管架子可能就行了，主要是尺寸，基本上是可以完美地放进去的。高度可能不是很够。注意这种架子实验室可能比较多，甚至都未必需要自己购买。": 3, - "细胞托盘": 3, - "我感觉这个托盘的尺寸是比较合适的。": 3, - "但是想来想去，移动保温箱购买是送托盘和冰袋的，所以还好。": 3, - "最终购买": 3, - "注意修改电子发票的抬头为上海交通大学即可。": 3, - "申购报销": 3, - "!便携式保温箱发票pdf": 3, - "货物跟发票都已经到手，后面再一起报销。我感觉这个报销的事情，也可以跟ppt发布页一样专门搞一个页面来弄。具体采购什么就可以分开。就anab发票报销吧。": 3, - "购买尼罗红染料": 6, - "先看文献": 3, - "nile": 87, - "red，就是一种小分子，先看下文献中的情况，特别是做超分辨的。haronov": 3, - "文献是从": 3, - "nvitrogen": 15, - "购买的，买来无需纯化直接使用。所以这个方面还是得相信大厂啊。年许珂的工作anylchuk则是从": 3, - "sigma": 9, - "买的，也是买来就直接用。": 3, - "货比三家": 3, - "所以我在这个方面也别想着给实验室省钱什么的了，因为": 3, - "thermo": 3, - "跟其它国内厂商的价格真的是天差地别。": 3, - "最终我还是决定买": 3, - "red，因为它直接标明": 3, - "microscopy：": 3, - "申购下单": 3, - "发现": 6, - "的组内公共订购账户已经发生变更，": 3, - "，账户是": 3, - "lifengsjtueducn": 3, - "（已添加浏览器记忆）。使用这个账户购买能够便宜一点：": 3, - "到钉钉上申购之后，马上下单购买。": 3, - "sigma尼罗红购买确认单pdf": 3, - "配置": 6, - "ed": 51, - "染液": 12, - "red": 108, - "（sigma，）的分子量是": 3, - "，要配置到": 3, - "的水溶液（imaging": 3, - "buffer），储存液可以用": 3, - "溶解，一般储存液浓度是": 3, - "m，那么我买了": 3, - "mg，就要加": 3, - "的无水": 3, - "（sigma，），然后倍比稀释到": 3, - "μ（此为x，可稀释倍到缓冲液或培养基中，一般细胞培养基中浓度不超过）。所以买了": 3, - "mg": 15, - "还是很耐用的。": 3, - "arget": 12, - "onc": 3, - "mmol": 3, - "dd": 3, - "olume": 3, - "w": 48, - "gmol": 3, - "mole": 3, - "配制完毕后放到度避光保存。": 3, - "收到货之后登录sjtufanlabcom下载电子发票，": 3, - "fanlab。弄好了再到化学品平台添加自购。": 3, - "!尼罗红电子发票pdf": 3, - "疑似未报销发票": 6, - "师妹群里发了一个对账单，樊春海组": 3, - "对账单xlsx，我发现里边有我的名字，吓我一跳，感觉最近很久都没有买东西。然后赶紧到公共邮箱里边看看。结果发现最新一期的对账单根本没有我：": 3, - "然后我又到": 3, - "上看我的历史订单（dge浏览器都记住用户名密码了）": 3, - "发现也没我什么事情，所以这个估计跟我没有关系了。": 3, - "细胞传代和铺板": 6, - "穿实验服，戴手套，条件允许还需要戴口罩，带上晾干的小垃圾桶": 3, - "进入细胞房前，脱鞋，穿鞋套，穿防尘外套": 3, - "进入细胞房后，乙醇做手消": 3, - "检查超净台耗材情况并按需补充，放入垃圾桶，紫外灭菌min": 3, - "从度冰箱取出分装好的细胞培养基和缓冲液摄氏度水浴": 3, - "超净台灭菌结束，关闭紫外，开风扇吹散臭氧，注意远离避免氧化损伤": 3, - "取出预热的培养基和缓冲液，以及冰箱内的胰酶消化液，乙醇擦拭做表面消毒，再放入超净台": 3, - "从培养箱中取出细胞（以中皿ea为例），放入超净台，吸除旧培养基": 3, - "吸取": 6, - "缓冲液，轻轻漂洗细胞表面": 3, - "加入": 27, - "胰酶溶液消化细胞，一般": 3, - "分钟，新手注意显微镜观察细胞边缘，若变亮收缩即可": 3, - "新鲜培养基终止消化过程，": 3, - "离心去上上清，注意配平": 3, - "新鲜培养基重悬细胞，注意轻柔吹打": 3, - "细胞悬液到细胞计数板，进行细胞计数": 3, - "取出新的细胞培养皿（中号），加入": 3, - "新鲜培养基，再根据细胞计数结果，吸取细胞悬液，接种": 3, - "万细胞到新的中皿内": 3, - "轻微晃动中皿（次），使细胞均匀分散": 3, - "将传代完毕的中皿轻轻放入细胞培养箱，注意放置位置靠里靠边，避免被别人碰到甚至打翻": 3, - "细胞铺板（以confocal皿为例），按需求取用": 3, - "皿（玻璃基底）若干": 3, - "以": 3, - "mm": 30, - "型号的": 3, - "皿为例，需加入体积不超过": 3, - "的细胞悬液，以": 3, - "ea": 48, - "细胞为例，数量在": 3, - "万为宜，注意调整好浓度后再一次性加入皿中": 3, - "铺板结束后轻轻放入细胞培养箱": 3, - "细胞传代后一般放到培养箱中连续培养": 3, - "天；注意避免细胞密度超过": 3, - "新手养细胞建议每次都做细胞计数，对细胞的增殖能力有所了解；细胞培养箱要确保二氧化碳供应稳定，箱内水足够（不然细胞培养基很容易干掉）。": 3, - "实验结束后整理超净台，并用乙醇擦拭台面消毒；将取用培养基、缓冲液和其它试剂放回原处；将垃圾带走，固液分离，若存在生物污染风险，必须进行高温高压灭菌处理": 3, - "常规细胞实验方法整理": 6, - "细胞固定": 6, - "对于一般贴壁细胞的固定，常规使用多聚甲醛固定，操作非常简单。": 3, - "从恒温培养箱中取出细胞后，去除培养基，使用℃水浴锅预热的漂洗一到两次，注意动作轻柔避免细胞脱落。": 3, - "的多聚甲醛（），静置固定": 3, - "去除，加入缓冲液漂洗一到两次。": 3, - "如果是想微管结构保存更好，可以使用": 3, - "（体积比）的戊二醛（in": 3, - "）。": 3, - "ea细胞培养基": 3, - "培养基：实验室购买的这一款一般已经添加了": 3, - "谷氨酰胺": 3, - "的胎牛血清：实验室自购的，注意用滤头过滤添加到培养基中": 3, - "双抗：链霉素和青霉素，防止微生物污染，细胞房目前似乎没有": 3, - "微管超分辨成像的优化": 3, - "这部分工作主要安排给周高昂师弟。让他尽可能做出漂亮的细胞微管超分辨成像的样品。更重要的是掌握利用click反应连接和蛋白质这个技术。从目前的情况来看，他最好是拿标记的二抗来练手。": 3, - "先看看bintegrinbeta貌似快要用完了。可能要再买。然后抗体稀释液，还是买碧云天的吧，免得自己配置的": 3, - "非常容易长菌。然后做": 3, - "click反应的反应体系，要让师弟自己好好琢磨，别一次性就把抗体全嚯嚯干净了。": 3, - "需购试剂": 3, - "免疫染色一抗稀释液": 3, - "beyotimecom": 9, - "免疫荧光染色二抗稀释液": 3, - "多克隆抗体": 6, - "北京博尔西科技有限公司": 6, - "berseetechcom": 6, - "ubulin抗体小鼠单抗": 3, - "买的二抗是羊抗兔，一抗可以用之前剩下且分装好的bbetatubulinbiotin。": 3, - "鼠抗和兔抗": 3, - "目前，大多数用于实验应用的还是鼠单抗。然而，鼠单抗体系的发展严重受限于鼠的脾脏小和近亲繁殖。众所周知，兔有不同于人类和小鼠的免疫应答机制，当用外界抗原进行免疫时，兔能产生强于人和小鼠的免疫应答反应。简单可靠的兔单抗已经成为部分科学家的“小红人”。": 3, - "兔单克隆抗体五大优势": 3, - "微管成像的优先级更高": 3, - "又到了年底需要写基金本子度日，这次我打算就写一些tension用于测定细胞内吞过程的题目。这个事情肯定是没人做过的，但是里面有什么问题是有价值有意义的，就需要我们来仔细了解。": 3, - "金仲超之前讲过一篇文献是用成像手段研究了内吞过程中囊泡分离过程，还什么成像（见henga）。内吞过程囊泡从细胞膜表面被拉扯进入微管运输体系，这个有多大的力，确实是大家不知道的。那么如果能够提供这样的测量，或许对于开发纳米载体是有帮助的。": 3, - "既然这样，我在写基金本子的时候，一方面我有丰富的细胞，以及纳米颗粒细胞摄取的工作作为基础（博士期间发表的文章），所以另外一方面，我就是要证明自己有做": 3, - "的平台条件和技术基础。目前我们已经拿到了分辨率很好的数据，虽然是折纸。然后细胞的成像，我们其实就需要做下微管。但是现在微管超分辨成像的质量还不高（见完成细胞的微管超分辨成像），主要是细胞状态和背景的问题。": 3, - "基于这样的需求，我得安排周高昂师弟拿到一些好看的细胞微管超分辨成像的图才行。至于是不是用": 3, - "反应实现的不重要。所以可以让他还是先用": 3, - "biotinavidin": 6, - "的方案来做，注意在使用一抗之前，加上内源biotin封闭这一步就行（见完成细胞的微管超分辨成像vidin预先连接）。": 3, - "周高昂师弟因为疫情防控相关政策，不能入校。这次实验后面的部分由我完成。前期让他整理了一下整个": 3, - "的微管标记方案，还不错。": 3, - "周高昂第三次biotinavidin和click方法对细胞微管超分辨成像pdf": 3, - "他昨天下午铺板了，我就接着细胞固定开始做。": 3, - "周高昂师弟因为疫情防控相关政策，直接放假回家了，这方面工作等到来年再说。我感觉可以买一下": 3, - "zeba": 6, - "的脱盐柱，然后再做这个": 3, - "反应，把链接到二抗上。": 3, - "开学已经两周，第一周让周师弟把细胞养起来，第二周让他尝试了一下，验证内源性biotin和游离荧光链的吸附问题。结果发现确实存在大量的内源性biotin，而且荧光链也确实会有一些非特异性吸附，后面让他对二抗做click反应连接，然后用zeba的脱盐柱来去除没有连接上的荧光链。": 3, - "完成细胞的微管超分辨成像": 3, - "总算勉强完成了细胞微管的超分辨成像，虽然分辨率只有": 3, - "nm左右，而且背景很糟糕。后续如果还要用avidin的方式，最好把细胞做biotin封闭。": 3, - "昨天上午就细胞铺板了。不过细胞有点杨过了，大盘的ea冻存了两管，传代了一个大盘，然后剩下一点点铺了两个": 3, - "皿，应该也是很密的。今天可以固定上，做一下免疫荧光染色。打算对微管的修饰进行优化。": 3, - "先用": 6, - "avidin": 21, - "修饰的": 21, - "链进行连接，然后用": 3, - "k": 24, - "的超滤管离心去除游离的荧光链。这样理论上可以减少游离docking": 3, - "链在细胞内的非特异性吸附。连接方案什么的后面再说，上午点要过去看看细胞状态，该固定固定。然后我只先打算用confocal看下，所以这周没有机时也不要紧。": 3, - "午饭前去系统楼看了下细胞，铺的两个confocal皿一个稀一个密，还ok。另外看的大皿中的算是又长满了，所以之前是严重过密。这种情况下，我今天晚上又需要一比四传一个大皿了。剩下的细胞铺两个confocal皿，然后再剩下的冻存掉。": 3, - "准备新的免疫荧光标记方法": 3, - "参考文献方法a，使用额外添加": 3, - "缓冲液直接裂解细胞秒，然后立即用漂洗一次，然后加入预冷的": 3, - "methanol": 3, - "（甲醇）放到": 3, - "度孵育": 3, - "分钟，这样应该对细微结构保存更加良好。重点还是甲醇。": 3, - "再用洗一遍之后，使用": 3, - "做封闭，大概两个小时。不用洗，直接换入一抗，放到": 3, - "度孵育过夜。其实这些搞法跟bcam抗体做的推荐说明都是非常接近的。了解了大概原理之后，我觉得就用甲醇试试吧，固定破膜一起搞，节约时间。但是注意废液的处理，避免污染空气。": 3, - "缓冲液": 3, - "，哌嗪二乙磺酸，缓冲剂，类似ris？": 3, - "gl": 6, - "，乙二醇双氨基乙基醚四乙酸，缓冲剂，类似": 3, - "所以本质上这个就是一个缓冲液，跟ris没啥两样。我可以自己加": 3, - "铺垫液盖德化工网": 3, - "guidechemcom": 3, - "铺垫液": 3, - "mlml价格上海远慕生物科技有限公司": 3, - "instrumentcomcn": 3, - "还是用": 3, - "一抗，配入抗体稀释液，然后再带上一管封闭液即可。参考细胞微管超分辨成像实验：终浓度": 3, - "nmolm": 9, - "的带有biotin的βubulin单抗（稀释，μ": 6, - "抗体稀释液）。": 3, - "最终我使用的是上次师弟回收的，他都放到一个盒子里边了。": 3, - "下午四点去了细胞房之后，先看了下细胞情况，大皿的长得有点密了，消化后传代，w铺大皿，w铺中皿，然后再铺了个": 3, - "confocal皿，w细胞每个皿。": 3, - "然后再做的细胞固定，度的甲醇固定分钟，效果还不错，至少细胞没有鼓泡和明显的皱缩。然后洗了两三遍，再加入": 3, - "封闭（放到度冰箱中孵育）小时。": 3, - "晚上七点过去，去掉封闭液，直接换上一抗，度冰箱孵育过夜，明天早上可以去看下confocal。": 3, - "这个玩意儿在系统楼，使用时如果是直接破膜，用量为": 3, - "（vv）in": 3, - "，如果是": 3, - "buffer，用量为": 3, - "，孵育完一抗之后要洗三遍。": 3, - "我做了两个样品，一个是click反应直接连接": 3, - "的一抗，可以漂洗完就看": 3, - "confocal。另外一个是通过": 3, - "连接": 6, - "strand，需要再准备一下": 3, - "avidin。": 3, - "vidin预先连接": 3, - "avidin：终浓度": 6, - "nmolm（稀释，μ": 12, - "抗体稀释液）": 9, - "docking链：终浓度为": 6, - "）": 15, - "这是之前细胞微管超分辨成像实验所用的比例。由于是预连接，我希望": 3, - "是倍过量，所以这里的体系修改为：": 3, - "vidin：": 3, - "原液（详见iotin修饰和炔基修饰的docking链nxig）：": 3, - "（注意补充al到m，避免相对盐离子浓度变化引起的聚集）：": 3, - "封闭内源性biotin": 3, - "在查找资料的时候发现，细胞内部本身也有很多biotin位点，需要先做block。就先在加一抗之前，就用avidin跟这些位点结合，然后再加过量的biotin，然后再进入后续的免疫荧光染色操作。详见lockendogenousbiotinpdf": 3, - "这个内源性biotin的问题，现在已经没有办法解决了，不过可以测试vidin预连接的优势如何？但是实验预期仍然是失败的。所以接下来我能想到的是，预连接抗体avidin和biotin修饰的，这样是最简单的，然后直接超滤，晚上再做一个，今天这个样品就算废了。": 3, - "蛋白质浓缩问题": 3, - "要浓缩的样品含盐量必须以上，含盐量低的样品须补加到": 3, - "对称放置ka超滤管和离心管，": 3, - "离心": 15, - "分钟": 6, - "离心结束后，内管倒置套在另一个干净的离心管中，": 3, - "离心收集": 3, - "蛋白质浓缩问题——超滤浓缩管的使用及保存": 3, - "实验方法": 3, - "丁香通": 3, - "biomartcn": 3, - "eutrvidin在中溶解性不佳": 3, - "eutrvidin对于细胞lectin的非特异性结合较弱，然后等电点在，是目前所有vidin中最好的。但是它在中溶解性不佳，可以添加": 3, - "的甘油。": 3, - "详见eutrvidiniotinindroteinpdf": 3, - "制备偶联抗体": 3, - "参考ungmann文章：": 3, - "vidin（": 3, - "mgm）与": 3, - "室温避光混合孵育（gentle": 3, - "shaking）分钟": 3, - "上述混合液再加入": 3, - "tubulin单克隆抗体（mgm），同样是": 3, - "分钟，然后用": 3, - "的超滤管去除没有连接的": 3, - "avidin和": 3, - "但是我想了一下，这个做成的可能性很高，可惜这周没有机时了，我也不想熬夜。关于免疫荧光染色实验，像这种公司都有很详细说明👉成功的免疫荧光法：固定和通透": 3, - "cellsignalcn": 3, - "我们的avidin，如果没记错，每管应该是": 3, - "u，然后稀释到": 3, - "u，是": 3, - "mgm，所以原始浓度是": 3, - "mgm，所以我得稀释十倍，加入": 3, - "的即可。": 3, - "tubulin我们的是只有": 3, - "ugm，所以要用": 3, - "的样子。最终体积可以用调整到": 3, - "用来做超滤。": 3, - "后续实验安排": 3, - "周四晚上让戴哲泽帮我拍一下。但是明天我要去五院复查，一大早就去挂号然后各种检查之类的。估计下午才回来。所以今天晚上可以把孵育上一抗的细胞拿回转化楼就放到冰箱里边。抗体也不用回收了。后面记得买一下碧云天的抗体稀释液，不容易长菌。": 3, - "我培养了四个细胞，都用": 3, - "固定": 3, - "分钟，然后漂洗一下，只用其中一个最好的，做通透和封闭处理，两个小时，就可以把东西都拿回来在转化楼干。然后制备偶联抗体至少一个小时，然后去把一抗孵育上去。": 3, - "处理通透了": 3, - "min，然后": 3, - "的封闭了两个半小时，然后做偶联抗体，用了": 3, - "抗体，相当于": 3, - "mgm": 9, - "的抗体弄到多少体积为": 3, - "ugm": 6, - "？，其实是": 3, - "u，所以待会儿超滤过后，直接加入": 3, - "（相当于抗体终浓度": 3, - "ugm），明天多孵育点时间。以后注意细胞还是铺到": 3, - "的confocal": 3, - "dish": 9, - "中，不然抗体不够用。": 3, - "晚上才把一抗回收，用": 3, - "漂洗了三次，然后再加入": 3, - "solution，然后加封口膜，加锡箔纸，拿到地下室房间去。": 3, - "参考上次计划帮丁龙江做个单分子成像年月日的方案": 3, - "mager：": 3, - "imager（），n，取": 3, - "u，终浓度": 3, - "iducial": 6, - "arker：": 3, - "luophere，取": 3, - "u，稀释": 3, - "倍": 3, - "uffer：x": 3, - "vv": 12, - "ween，取": 3, - "u，补足到": 3, - "otal": 27, - "volume：": 3, - "成像参数和步骤": 3, - "先开卤素灯，用明场和低倍镜快速找到合适的，细胞形态较好的细胞。": 3, - "稍微降下物镜位置，将物镜切换到": 3, - "倍油镜（可提前上油）。": 3, - "使用较低的激光功率，cy": 3, - "单通寻找微管稍微比较清楚的细胞": 3, - "激光通道（激光功率）查看合适的穿透深度（": 3, - "nm）和旋转角（d）。": 3, - "调整至微管成像的最佳焦面。注意的激光仍然会部分激发": 3, - "信号，勉强能看清微管，且左侧通道也有清晰的信号点闪烁，而细胞外的信号点闪烁比较糊时，即为合适焦面。": 3, - "曝光时间设定为": 3, - "ms，锁焦面，设定拍摄": 3, - "帧，关灯拉帘子，开始拍摄。": 3, - "`adcaution": 9, - "前期观察结果": 3, - "细胞外的背景还是挺强的": 3, - "cy通道能够被的激发": 3, - "cy激发也能造成一些，产生": 3, - "拍摄一次产生的数据有": 3, - "过夜拍摄了之后，又再找了一个微管更好的细胞再拍一次。先尝试": 3, - "激光功率，": 3, - "曝光拍摄": 3, - "帧，后面再尝试": 3, - "拍。避免谁谁要用机时。因为我今天白天实际没有机时。": 3, - "选取了局部先做一下超分辨的效果看看情况，结果超分辨是有，微管分辨率在": 3, - "左右，但是背景也有点高，而且微管不连续。难怪要拍摄很长时间才行。依我看": 3, - "帧都是需要的。总之需要优化的地方还不少。": 3, - "!zcpng": 3, - "后来尝试直接在": 3, - "中完成两个图像的merge比较，效果如顶图，可以操作，但是比较慢，而且也不够准确。后续还可以尝试用编程的方式来配准和分割，甚至做成动画。": 3, - "!tubulin": 3, - "zip": 3, - "细胞微管超分辨成像实验": 3, - "在注意细胞固定和使用ween之后，终于用基于avidin的方法把微管标记上docking": 3, - "了，但是背景很高。": 3, - "这周让周高昂师弟尝试": 3, - "biotinβtubulin一抗，再加": 3, - "avidin（作为二抗），再加": 3, - "biotin修饰的链的方式，把ocking": 3, - "标记到细胞的微管上，方便后面做超分辨成像。": 3, - "材料和步骤": 3, - "一抗：带biotin的βubulin单抗": 3, - "（": 6, - "μgm，": 3, - "ka，": 6, - "nmolm）": 3, - "avidin（mgm，": 3, - "nmolm，已分装": 3, - "u每管）": 3, - "带有biotin和cy标记的": 3, - "docking链（未分装，": 3, - "上述所需材料要稀释到一定终浓度使用：": 3, - "一抗：终浓度": 3, - "操作上类似免疫荧光染色，详见第一次细胞微管超分辨成像实验，需要注意的是：": 3, - "一抗要回收，而vidin蛋白和无需回收": 3, - "开始加抗体之后的一些漂洗步骤，最好是放置在摇床上晃一晃，大概一分钟（为了加速分子扩散过程并给其足够的时间），然后把液体吸干净（m": 3, - "的枪头较难吸干就用u的枪头）": 3, - "标记完，漂洗三遍之后，如果confocal看成像效果不好（高背景，以及细胞外有很多信号），再加入": 3, - "放到摇床上避光脱色半个小时（转速可以稍微高点）。": 3, - "由于本周预约机时紧张，我只约到了周二的时间，所以今天周一就让师弟把这个弄起来，这样明天就能做了。": 3, - "confocal就没拍出来": 3, - "由于赶工，让师弟用之前固定然后放置到度的老ea细胞拍拍看，结果还是没能染出微管来。分析有以下原因：": 3, - "细胞没有固定好，结构逐渐破坏": 3, - "摇床力道太大，细胞结构遭破坏": 3, - "avidin和荧光还是存在明显的非特异性吸附需要搞掉": 3, - "总之让师弟吸取经验教训，~~下午接着干~~": 3, - "后天传细胞铺板再好好整一整。注意非特异性吸附，还是得用": 3, - "的ween": 3, - "来解决。": 3, - "细胞固定液的问题": 3, - "我们的多聚甲醛很可能不行了，细胞固定能力较差，所以后面固定时间设置为": 3, - "min。": 6, - "第一次biotinavidin方法对细胞微管超分辨成像pdf": 3, - "让师弟整理下经验教训，感觉缺乏自己的思考，很多是在记录我说的话。不过他先能记住也是好的。": 3, - "成像拍摄步骤": 3, - "找戴哲泽要": 3, - "solution，包含终浓度为": 3, - "荧光小球（": 3, - "nm）": 6, - "找到焦面后，用cy通道对微管进行成像，静置分钟后拍": 3, - "拍摄参数，曝光时间ms，激光功率，拍摄帧数帧，使用s，xbin": 3, - "周师弟拍的confocal的效果": 3, - "用的": 3, - "的方案，总算把连接到微管上了，不过这个背景还是有点高，虽然加了": 3, - "ween。后面考虑先预杂交": 3, - "aividin和，然后超滤纯化一下，然后就省去三抗孵育的时间。同时减少": 3, - "非特异性吸附的问题。": 3, - "整理细胞微管成像方法": 6, - "对细胞微管做一次超分辨成像是我必须完成的挑战，从而树立自己的reputation，同时也真正建立起来一套实验体系。": 3, - "好看的细胞成像，光看细胞膜是没什么意思的。少不了微管，所以细胞固定，通透，抗体连接等等，都需要去做。所以相关的东西都要买起来，具体可以参考ungmann的at": 3, - "rotocolchnitzbauer。": 3, - "已有抗体": 3, - "之前陆陆续续在优宁维买了一些抗体，整理如下：": 3, - "单抗：（），兔源，细胞膜蛋白": 6, - "单抗：bsin（abs），鼠源，细胞微丝": 6, - "羊抗鼠g（二抗）：bsin（": 6, - "absss），结合鼠源抗体": 6, - "βubulin单抗：bsin（），鼠源，细胞微管，浓度": 3, - "单抗：（），兔源，细胞微管，浓度": 3, - "fjhibp": 3, - "连接生物素化抗体": 3, - "在年ungmann的工作中ungmann，用的是iotin修饰的抗体，再连接avidin，再上docking": 3, - "链的方式，而且也需要": 3, - "chamber。": 3, - "irst": 12, - "μl": 12, - "mgml": 15, - "streptavidin": 12, - "dissolved": 6, - "reacted": 6, - "biotinylated": 18, - "μ": 6, - "room": 6, - "temperature": 6, - "gently": 6, - "shaking": 6, - "incubated": 6, - "second": 6, - "monoclonal": 9, - "antibodies": 12, - "against": 18, - "ilter": 6, - "columns": 6, - "micon": 6, - "ka": 24, - "illipore": 18, - "purify": 6, - "preassembled": 15, - "conjugates": 30, - "unreacted": 6, - "streptavidinoligo": 6, - "可以看到，这个东西，是先做好，再拿去标记细胞的。": 3, - "免疫染色": 3, - "approximately": 9, - "confluence": 3, - "cells": 135, - "seeded": 3, - "into": 33, - "abek": 3, - "chambered": 3, - "coverglass": 3, - "h": 45, - "fixation": 15, - "icrotubules": 3, - "mitochondria": 3, - "olgi": 3, - "complexes": 9, - "peroxisomes": 3, - "immunostained": 3, - "procedure": 3, - "mixture": 15, - "paraformaldehyde": 12, - "glutaraldehyde": 9, - "reduction": 6, - "permeabilization": 6, - "blocking": 6, - "wv": 9, - "staining": 12, - "overnight": 6, - "antibody": 9, - "βtubulin": 9, - "diluted": 6, - "μgml": 3, - "postfixation": 3, - "参考文献ungmann，的密度接种到": 3, - "皿中，然后培养": 3, - "h，再固定。固定完了还需要用硼氢化钠还原，然后再用": 3, - "做通透，然后用": 3, - "做封闭，再用抗体过夜孵育。孵育完了之后，漂洗，再做一次后固定，然后用漂洗。": 3, - "还需要购买的一些东西": 3, - "a：硼氢化钠，抗原修复用（弃用）": 3, - "：曲拉通，细胞通透用（有库存）": 3, - "glutaraldehyde：戊二醛，细胞固定用（弃用）": 3, - "：牛血清白蛋白，封闭非特异性抗原用（有库存）": 3, - "已布置给周高昂师弟购买，让他都在sigma": 3, - "中购买，另外biotin修饰的": 3, - "docking链，其实我之前都前前后后买过两次，用来做": 3, - "的。连抗体不用着急，可以先做一做普通的tubulin或者actin的免疫荧光成像，看看特异性效果。": 3, - "第一次细胞微管超分辨成像实验": 6, - "普通免疫荧光染色做得还可以，但是click反应连接抗体和还是有点问题。": 3, - "在整理细胞微管成像方法中已经罗列目前有的东西，其实是可以做一次普通的免疫荧光成像（羊抗鼠g": 3, - "βubulin单抗）和一次超分辨成像（biotin": 3, - "单抗vidinbiotinockingtrand）的。但本质上都是相同的操作流程（免疫荧光染色）。": 3, - "微管的免疫荧光成像": 3, - "试剂准备": 3, - "基础缓冲液：": 3, - "（p": 3, - "细胞通透液：": 3, - "抗原封闭液：": 3, - "抗体稀释液：": 3, - "一抗：": 3, - "βubulin鼠源单抗（": 3, - "抗体稀释液": 6, - "二抗：": 3, - "细胞固定液：": 3, - "操作步骤": 9, - "固定，": 3, - "漂洗，": 18, - "洗三次": 18, - "通透，riton": 3, - "封闭，": 3, - "封闭": 3, - "标记，一抗过夜避光低温孵育（水平摇床，~": 3, - "rpm）": 3, - "染色，二抗孵育": 3, - "后固定，": 3, - "查询物品存放地点": 3, - "ep细胞太小微管不明显": 3, - "通过上述简单的流程先尝试对手上已有的ep细胞做一个免疫荧光染色，结果如上所示，虽然师弟操作过程中有些波折，但主要问题还是这个细胞不大适合做微管成像。": 3, - "铺了梁承品的ea细胞，明天让师弟试着再做一次，还可以自行摸索，用下zeiss的airyscan超分辨成像功能。": 3, - "wpasicrincipleiryscanpdf": 3, - "wplusracticaluideofeconvolutionpdf": 3, - "productinfopdf": 3, - "今天下午三点到五点还是跟着去拍了一下细胞微管，做得还是不错的，拍到了典型的细胞微管的图像。结果暂时还没有弄出来，最后拍了一个双色的iryscan的细胞。感觉iryscan的效果也没有说明书上的那么好。另外细胞质量不佳，ea似乎也有一些支原体污染。": 3, - "细胞微管confocal效果": 3, - "如上图所示，这次微管拍的效果还行。一方面确实ea这个细胞拍出来的微管效果更好，另外师弟也确实没有把拍摄参数调整到最优，事实上用zeiss的confocal拍微管，要扫描速度足够慢才行。": 3, - "riyscan超分辨效果": 3, - "airyscan在做后处理的时候一个": 3, - "autofilter，感觉弱的信号就被去除了。至于具体的提高分辨率的效果，可以看下放大的局部细节图：": 3, - "感觉分辨率提升还是有限的。": 3, - "ea微管的超分辨成像": 3, - "东西都是齐全的（见iotin修饰和炔基修饰的docking链），现在我需要选择是用avidin的方案，还是click反应直接连的方案。这个还用说吗？如果东西都齐全，自然是选择最优的方案来做，所以今天上午就可以把抗体连上。": 3, - "抗体修饰": 3, - "需要用炔基修饰的，购自akara，序列详见下方。": 3, - "：cy": 21, - "vmjs": 3, - "抗体选用已经做过的": 3, - "βubulin单抗（bsin，），最好确认下这个抗体的大小，一般g都是k（摩尔分子质量": 3, - "gmol），所以完全可以用": 3, - "的超滤管。": 3, - "取": 6, - "抗体（浓度": 3, - "ugu": 6, - "p）与": 3, - "叠氮化试剂（in": 6, - "，": 36, - "m，参考试剂配制计算表配置crosslinker溶液）混合后室温避光反应": 3, - "发现我们买的规格是mg，加了m的之后，实际浓度应该是": 3, - "用了接近u抗体，所以总体积可能在": 3, - "u，抗体分子的摩尔数大概是": 3, - "nmol": 3, - "叠氮化反应溶液立即加入": 3, - "ris·l": 6, - "终止反应，室温避光孵育min": 3, - "主要靠ris来竞争酰化反应过程实现反应终止": 3, - "转移至超滤管": 3, - "a，加入": 3, - "缓冲液，": 3, - "分钟，使用该缓冲液": 3, - "µ": 27, - "洗涤": 9, - "次": 3, - "向超滤管中加入": 3, - "的缓冲液，室温静置min，倒置放入干净的": 3, - "离心管中，": 3, - "中洗脱叠氮修饰的蛋白质产物（": 3, - "get）。": 3, - "加入倍量的炔基修饰链（": 3, - "缓冲液，摩尔数到": 3, - "nmol，浓度自行计算），分成两管，做成两个反应，各加入": 3, - "反应试剂（新开试剂盒总共提供了": 3, - "m，液），用超纯水补足体积到": 3, - "u（in": 3, - "m离心管）": 3, - "akara买的链，得有，戴哲泽师弟说添加了buffer，但是浓度已经不清楚了。": 3, - "炔基链的分子量大概是，就得有": 3, - "nmol，": 3, - "nmol，如果稀释到": 3, - "（umol": 3, - "nmolm的浓度，大概要加buffer": 3, - "u。": 6, - "炔基已按照": 3, - "每管进行了分装，冻存于度。": 3, - "盖上盖子vortex": 3, - "秒混匀": 3, - "u（click反应试剂盒提供，液），vortex混匀": 3, - "additive": 6, - "solution（新开试剂盒需加超纯水u溶解，液），vortex": 3, - "秒，等待两分钟": 3, - "solution（新开试剂盒需加超纯水u溶解，液），vortex混匀，溶液变为亮橙色": 3, - "室温静置反应h，全程注意避光": 3, - "离心管超滤漂洗三次，操作同": 3, - "每个超滤管中各加入": 3, - "缓冲液，静置五分钟后洗脱，同": 3, - "😲注意事项": 3, - "所提到的缓冲液和additive": 3, - "solution要临时配置（可能要用到p计），注意参考说明书（见click反应试剂盒说明书pdf。": 3, - "用孙晨蕴在生工买的": 3, - "risl": 3, - "p，注意跟她说一下。": 3, - "然后用放在干燥试剂柜中的，sigma牌子的，按照郑浩然的说法，得用": 3, - "的注射器抽取": 3, - "。避免针孔太大。": 3, - "📍后续操作": 3, - "给周高昂师弟安排了一下：基本同普通的免疫荧光染色，把细胞固定之后，不用染细胞核，做好通透，然后封闭，然后孵育一抗过夜。明天早上让师弟漂洗一下，不用加二抗，直接confocal拍拍看。": 3, - "今天有事请假，显然周高昂拍个confocal看看，结果如上。可能抗体做了click反应之后还是会存在一些问题。从上面的结果来看，抗体蛋白应该是修饰上了，不然不会有cy的荧光。我估计还是click反应影响了抗体的特异性。这个click反应可能需要再摸索。": 3, - "另外这个样品做的结果如上，感觉跟confocal中看到的差不多。再要求看了下成像时候的背景，感觉是非常高的。结合茜姐之前做的分析，我感觉也只能说是抗体蛋白在多轮纯化过程中发生了变性。因为同样的操作我们做普通的免疫荧光染色问题是不大的，为啥这里会出问题。。。": 3, - "实在不行，后面还是考虑用biotin修饰的抗体来搞，只不过是把二抗换为avidinbiotin修饰的docking链而已。完全不用纯化，因为免疫染色的步骤中就有好多次漂洗。": 3, - "核酸适配体验证实验": 6, - "用我们手上已有的和ep细胞验证适配体失败。核酸适配体还是太难搞了，就算人家发了cience的荧光适配体，我早期做的spinach，效果也不是那么好。以后即便要重复别人的工作，还是得慎重。后来觉得也有可能是细胞被支原体寄生污染了。": 3, - "在周小结中提出，或许可以作为一个细胞膜靶向摄取的基本模型，所以验证它对于细胞的这种靶向性，对于在实验室建立这个模型是有意义的，基于此让周高昂师弟开展这方面的实验，我昨天给他铺了个和个ep的皿，材料是足够的。他今天也过来问了我关于实验设计的东西，我说除了实验组（处理两种细胞），阴性对照（lank）和阳性对照（胆固醇标记）最好都上。": 3, - "我在周小结对周高昂本周的实验安排中已经有比较清楚的安排，但似乎他早上九点来了之后时间明显不够用，中午十一点都没能把探针制备，细胞固定，染色完全搞完。但我约定的是下午两点半拍": 3, - "confocal，所以时间上还是能有充分保障的。": 3, - "下午很快拍完，因为对这个核酸适配体并没有多少信号，跟ep没有太大差异。有多种可能：": 3, - "细胞的问题，毕竟人家筛出这个的适配体用的细胞可能就不是我们这个，养着养着就不一样了。": 3, - "没有做活细胞孵育的问题，可能细胞固定之后对于适配体跟细胞上靶蛋白的结合有影响": 3, - "总之这个事情让我对于核酸适配体的信心大减。相关数据在周高昂师弟那里，后面再找他拷贝一下即可。": 3, - "从这个结果来看，至少有两个问题，一个是细胞膜上为啥被": 3, - "hoechst": 3, - "染上色了，另外一个是": 3, - "标记的": 6, - "cy荧光链怎么跑到细胞内部去了。由于染色都是在细胞固定之后发生的，如果细胞膜是完整的，那么理论上荧光链不会自发跑进去。": 3, - "支原体污染": 3, - "!imgpng": 3, - "刚刚查了一下，oechst这个染料分子会嵌入到的小沟中，这种状况，很可能是支原体污染。": 3, - "利用荧光染剂（bisbenzimide": 3, - "oechst": 9, - "）侦测支原体污染。此染剂会结合到之denosinehymidine": 3, - "rich区域，因为支原体之中含量占多数（～），所以可将其染色而侦测。被支原体污染之细胞经染色后，在细胞核外与细胞周围可看到许多大小均一之荧光小点，即为支原体之，证明有支原体之污染。": 3, - "支原体污染的来源包括工作环境的污染、操作者本身的污染（一些支原体在人体是正常菌群）、培养基的污染、污染支原体的细胞造成的交叉污染、实验器材带来的污染和用来制备细胞的原始组织或器官的污染。": 3, - "国内外研究表明，％以上是以下四种支原体：口腔支原体（orale）、精氨酸支原体（arginini）、猪鼻支原体（hyorhinis）和莱氏无胆甾原体（laidlawii），为牛源性。所以细胞房还是要带口罩。": 3, - "经查，碧云天有一些支原体去除试剂": 3, - "固定后细胞膜被破坏": 3, - "「如果固定后再染，几乎全部染色」，网友如是说，这说明做完细胞固定之后，细胞膜肯定会受损，所以就出现了这种情况。": 3, - "查看iotin修饰和炔基修饰的docking链": 3, - "整理了一通发现，这个根本无需购买，可以直接用起来，之前基本上都把东西买齐了，就等着上手做实验。不过这周还是先用biotinavidin的连接方案（更为简单）看看。": 3, - "这一周计划周四要上，虽然之前已经有一些": 3, - "strand，但是我想着最好还是能够买点新的，因为那些时间太久远了。": 3, - "已有的mager": 3, - "最近购买的是": 3, - "修饰的，跟之前的": 3, - "序列相同，就叫做": 3, - "吧。除了这个mager，其它都是从": 3, - "订购的，且荧光基团都选择在端。": 3, - "：": 33, - "（x加速使用trauss）": 3, - "之前有的一些带biotin修饰的docking链": 3, - "cybiotin": 3, - "：cybiotin": 6, - "：cy（dzz购自akara，适用nt": 3, - "mager）": 3, - "（同上）": 3, - "nxig": 3, - "是最早在生工购买的，剩下两个是hermo买的，所以这种biotin修饰的链，其实可以不着急订购，炔基修饰用于做": 3, - "反应的": 3, - "链，可以问下大家有没有推荐的。": 3, - "这里整理完想到，也许有可能做一个双色的细胞的，那么就少一个线粒体的抗体。但是如果要完全重复ungmann，最好是有的setup。": 3, - "炔基修饰docking链": 3, - "可以先看下文献chnitzbauer，虽然推荐了两种方式，但还是会采用更为简单的click反应来连接抗体和ong。click反应试剂盒": 3, - "购买了很久了。": 3, - "炔基链据说最好是在takara上订购，但是货期比较慢，所以不妨先走快一点点的，从生工和takara上同时订购，反正这个估计消耗也比较大。": 3, - "jungmann推荐连抗体方法": 3, - "抗体超滤浓缩到浓度大于": 3, - "按摩尔比例混合crosslinker跟抗体，度避光孵育反应分钟": 3, - "脱盐柱子去除多余的": 3, - "linker": 6, - "加入要标记的，跟抗体的摩尔比例为，室温避光反应": 3, - "超滤去除多余的，做好的标记抗体最多可以在度保存六个月": 3, - "茜姐之前的方法": 3, - "参考茜姐之前在实验室做过的方案感觉更加靠谱一点。抗体需要被叠氮化，然后需要有炔基修饰。": 3, - "!📝": 3, - "连抗体的其他试剂": 6, - "总的来说，反应比例有所变化，然后叠氮化修饰产物纯化还是用的": 3, - "ka的超滤管来脱盐。": 3, - "抗体用量": 3, - "ug，要求浓度": 3, - "）混合后室温避光反应": 3, - "将不超过": 6, - "的叠氮化反应溶液加入超滤管": 6, - "a，再加入纯水": 6, - "稀释到µ，": 6, - "分钟，使用纯水": 6, - "次后经浓缩，立即进行下一步": 6, - "反应。": 6, - "加入倍量的炔基修饰链，使用click反应试剂盒反应，度避光反应过夜": 3, - "离心管超滤纯化": 3, - "相关重要试剂包括叠氮修饰和click反应试剂盒均已购买：": 3, - "可以支持": 3, - "次反应。": 3, - "安排有用的confocal成像实验和教学": 6, - "ep": 48, - "可以做": 3, - "的阴性对照，confocal": 3, - "成像效果也确实比普通荧光好，但是我后面未必必须使用": 3, - "细胞。": 6, - "之前答应了李凌云师妹安排": 3, - "教学。限于诸多条件，我喜欢让他们参与到有实际意义的实验中，这样可以在推进课题进度的同时完成教学，一石二鸟。但是比较教学还是会分心（对我），另外也需要让他们有参与感，树立信心，所以我会尽量安排简单一点的实验。眼下就有一个好机会。确定要培养的细胞潘改芳已经给我传了细胞": 3, - "我确定后面使用": 3, - "细胞，从潘改芳手里拿到之后，还是先鉴定确认一下。就使用手上有的": 3, - "aptamer。除此之外，可以同时在": 3, - "细胞上测试一下": 3, - "aptamer。总体上跟我上次细胞膜表面的confocal成像非常类似。不过还要添加一个": 3, - "ep（找赵海培要）": 3, - "的阴性对照。": 3, - "潘改芳后来说系统楼细胞房养的状态不好，打算过两天再给我她在转化楼细胞房养的细胞。如果转化楼我们也有权限可以养细胞的话，其实也蛮好的，到时候可以问一下徐丽凤。": 3, - "另外毕竟涉及到活细胞样品，从系统楼到转化楼之间的交流，所以要是能有一个恒温手提箱就最好不过了，这个可以自己购买一个，然后里边放热水，还有架子，再把细胞放到盒子里边。接着购买一个移动保温箱想想买些什么吧。": 3, - "赵海培说今晚就可以给我传一盘": 3, - "细胞，我觉得我可以去配置细胞培养基了。后来她决定不继续养这个ep了，所有的都给我，我觉得可以直接今晚传代铺板使用。": 3, - "另外我看了一下潘改芳养在系统楼的细胞，不是状态不好，而是啥都没有。所以我觉得她传给我的细胞我还是不大放心，所以还是找公司买一下吧。发现上海就有一家这样的青旗公司": 3, - "计划去所里拿细胞": 3, - "我跟所里的学生何威说了一下这个事情，先了解情况。查询了一下有没有以下细胞：": 3, - "师弟说帮我找找，但是不保证没支原体污染。另外我还让他提供了一下所里用的hermo的细胞冻存管的货号是": 3, - "，没想到这个玩意儿现在货期超长，要到明年六月份才发货了。": 3, - "然后打听了一下，尹芳菲师妹曾经用过液氮的方式从所里转移细胞到仁济，还行。但是如果是干冰什么的，温度不够，到了之后细胞都是碎片。最好是养好了细胞之后，通过培养瓶转运。这样的话，最好是找一下所里的学生，帮忙复苏一下以上几种细胞。": 3, - "总归是要过去拿，一下子复苏这么多细胞也不好，还是买个手提液氮罐过去拿好了。": 3, - "可以直接买这个": 3, - "容积的，作为小批量的冻存细胞转运是足够了的，空重大概斤，女生也能提起来。已经订购，加上之前那个保温箱，都是我自己京东付款的，让开学校的发票，后面注意报销。液氮罐到了，我就出发去所里。": 3, - "晚上传代ep细胞": 3, - "基本全程无监督让周高昂师弟对ep细胞进行传代，而我在显微镜房尝试使用那台普通的ikon倒置荧光显微镜，打算做一个简单的教程，这样以后如果有人跟我抢confocal，建议ta先尝试这个。": 3, - "师弟传完细胞后跟我反馈，说这个细胞难以消化，搞了一分半钟都还是成团的，然后最后只铺了w到培养皿中。我建议他跟赵海培问清楚这个细胞的情况，比如传代是多少比例，多少天一传。另外还让他铺了两个": 3, - "玻璃基底的": 3, - "皿。": 6, - "细胞培养基直接到hermo交大仓库领": 3, - "根据实际情况的安排": 3, - "我前面计划的confocal实验因为": 3, - "估计难以落实。接下来只能先鉴定一下": 3, - "ep作为": 3, - "适配体阴性对照的情况。预期结果就跟iua中一样。我打算让周高昂师弟自己写个实验计划，然后我帮忙修改一下，然后开始执行，这样估计今天下午就能开搞，然后晚上做一下三个细胞样品的confocal成像。也可以先看下lank，看完了让周高昂师弟去做hol的染色。这样就有四组了。": 3, - "confocal成像结果": 3, - "年月日，今天下午一点半到四点半，专门搞这个事情。带人教学不可避免地效率低下。不过还算是拿到了一些结果，ep": 3, - "也不是那么好的的阴性对照，如果跟完全空白的": 3, - "lank": 12, - "组相比。但如果跟": 3, - "hol修饰整个细胞膜的相比，信号还算是比较弱的，至少比ea弱一点。后面如果用": 3, - "，或许就不用负对照了。": 3, - "另外我还演示了一下怎么用confocal": 3, - "拍摄": 3, - "图像，怎么拍摄": 3, - "iles": 3, - "做自动拼图，其实都还算是比较简单的。此外还我还用了普通的荧光倒置显微镜作为一个比较。ikon普通荧光倒置显微镜的使用方法如果有空也可以整理一下。": 3, - "上图从左到右分别是": 3, - "lank，ep，ea，eahol，周高昂和李凌云都参与了拍摄。其中ea其实也没什么信号，本来也是一个不确定的阳性对照，不说也罢。只能说看": 3, - "hol": 24, - "标记的两个对照，ep": 3, - "可以算是": 3, - "的阴性对照，接下来就是要看": 3, - "了。但是另外一个问题是我真的要用吗？": 3, - "怎么拍明场我确实还没搞清楚。后面有机会问下相关大佬。": 3, - "然后再看下普通荧光显微镜跟": 3, - "的区别。这个都是": 3, - "ep细胞的细胞核。但是confocal": 3, - "只采集了很薄的一层，每次采集的信号都是一个很小的": 3, - "volume，所以基本不存在来自于其它位置的荧光的干扰。": 3, - "oechst细胞核染料": 3, - "要把细胞核染漂亮也不容易。常用的oechst染料的荧光强度随着溶液p升高而增强。水溶液可在": 3, - "°避光保存至少个月。长期储存于≤": 3, - "°。oechst": 3, - "都是一种可以穿透细胞膜的蓝色荧光染料，对细胞的毒性较低。": 3, - "带周高昂养细胞": 6, - "这周最好是教会他养细胞，从下周开始就可以让他帮我养细胞了。顺带可以教他使用细胞房最简单的显微镜和细胞计数仪。": 3, - "入门养ea细胞，来源可能是上海生科院，注意我的账户密码已经用dge浏览器记住，其实还是": 3, - "sheldonsinapcom": 3, - "xxd": 15, - "。但是生科院的产品目录并没有做得好。": 3, - "类别：贴壁，人源宫颈癌细胞": 3, - "完全培养基：，": 3, - "培养条件：℃，": 3, - "冻存条件：液氮": 3, - "常用培养皿：中皿（mm直径）": 3, - "培养周期：天": 3, - "传代比例：": 3, - "或": 3, - "传代": 3, - "消化方法：": 3, - "rypsin，": 3, - "min，新手用显微镜观察细胞边缘": 3, - "上面是ea细胞培养传代冻存的一些关键信息，根据我的经验所得。但是到细胞房做实验还是有另外一些注意的地方：": 3, - "开通门禁权限，找徐丽凤": 3, - "穿实验服，带垃圾桶，戴手套和口罩，穿鞋套再换拖鞋": 3, - "进门风淋除尘，进入后喷酒精擦拭双手": 3, - "把垃圾桶和其它需要使用的耗材放入超净台，开启紫外灭菌分钟": 3, - "完成细胞传代、加药或铺板实验后，清理超净台，把垃圾带走": 3, - "我觉得这里只是一个简单的备忘录，到时候可以让新生整理出来一个详细的": 3, - "出来，这个东西也是能写到毕业论文中去的。": 3, - "!细胞传代和铺板": 3, - "计划imager基底面成像实验": 6, - "⭐️⭐️⭐️⭐️⭐️": 9, - "接着尼罗红细胞膜成像实验，打算看一下": 3, - "lexa": 15, - "修饰的单链": 3, - "能否进入到细胞的下表面。这个可以拜托戴哲泽帮我合成一下四面体，顺带让他带一下做毕设的周高昂师弟，把四面体合成和跑胶表征这个部分教会。": 3, - "说起目前这三个师弟，戴哲泽，金仲超和周高昂，我得尽快对他们有所安排。这个另外再想想。": 3, - "实验目的": 6, - "看看手上的": 3, - "在细胞界面上的吸附性和扩散性。": 3, - "已知没有": 3, - "时，细胞区域和细胞外区域的界面的": 3, - "通道都是比较干净的。但是添加了": 3, - "之后，但是没有靶标的时候能否如此干净，还不好说。所以这里阴性对照是清楚的。另外我们还可以准备一个阳性对照，就是细胞膜上搞一些胆固醇修饰的": 3, - "链，或者是靶向特定蛋白的": 3, - "aptamer序列核酸适配体调研。看看能不能做成像。": 3, - "实验设计": 9, - "先测试": 3, - "能否对（基底面）细胞膜以及细胞膜上的特定蛋白做超分辨成像，具体如下图所示：": 3, - "注意，空白细胞的阴性对照可在序列买回来之前完成。": 3, - "相关序列": 3, - "mager序列：": 3, - "ptamerdocking链序列：": 3, - "：′′": 3, - "（靶向nucleolin）": 3, - "：’": 3, - "’": 9, - "（靶向蛋白）": 3, - "pacer：": 3, - "ocking：": 3, - "abel": 21, - "heck": 3, - "（检验aptamer对靶蛋白标记效果）": 3, - "胆固醇修饰：": 3, - "上海生工修饰基团说明pdf": 6, - "，端或者端修饰皆可": 3, - "另外还有一个": 3, - "也可以考虑，叫做mer，可以靶向": 3, - "细胞表面受体以及其它多种蛋白分子。这个已经被尝试用于超分辨成像了traussa。了解了一下之后，发现这个mer比较复杂，需要一些修饰碱基，所以还是算了oldupta。": 3, - "框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案": 6, - "这个初步实验方案其实就是复现别人的实验。": 3, - "明确关键词": 3, - "昨天把制定细胞力学超分辨成像初步计划发送给李茜看了，她的反馈跟我预计的一模一样，无非就是第一个方案没有，第二个方案太长远。在": 3, - "anab": 3, - "的工作一定要跟框架核酸搭上关系，不然就好像没有添加商标一样，老板没法那这个工作去跟人要资源或者谈合作。而刚开始没有支持，就无法立项，那你什么都做不了。如果你给了别人想到的东西，别人才会给你相应的支持，然后在这样的支持中，你可以做一点额外的事情。": 3, - "然后上边是樊老师关于课题": 3, - "和好工作形成的一些经验之谈。当然了核心意思就是「无需多么高明的idea，需要的是领域内世界第一，认识深刻」。然后茜姐也跟我说了一下，「世界第一」更多靠的是对领域的细分。比如我们前面的的工作，又可以说是热涨落自驱动集群纳米机器人执行复杂任务（成像）领域的世界第一。": 3, - "最后，demo并不需要解决什么科学问题，只是向大家证明我们能用框架核酸做细胞力学超分辨成像这个事情。": 3, - "综上所述，我其实完全可以尝试重复人家的实验rockman，但是可以做得更简单一点。不过再简单，也要五脏俱全。像框架核酸，超分辨成像，细胞力学这三个关键词是缺一不可的。": 3, - "预实验思考与设计": 3, - "这个实验首先是一个细胞成像，所以我可以选择常用的": 3, - "细胞。然后显微镜目前无法支持活细胞成像，且只能看基底面薄薄的一层，所以我得先做固定细胞成像。然后得选一个代表性的蛋白，像": 3, - "αβ": 6, - "就可以，年这篇纳米金的工作就完全可以借鉴iu": 3, - "基底面还是得选择封闭修饰，tension": 3, - "还是经过茎环设计的": 3, - "docking链，要充分参考t这篇文章rockman，然后蛋白通过结合对probe施加作用力。但是一看，我就发现修饰到": 3, - "链上也是比较费时间的实验，国内几家公司也没有直接提供这种修饰（尼罗红与细胞膜超分辨成像rccvn）。": 3, - "我想了一下或许有更简单的方案来完成这种连接，据茜姐说连接抗体是现成的技术，所以可以直接选定最经典的vinculin（黏着斑蛋白）的抗体rashoff，修饰链，预杂交到界面上的": 3, - "上。": 6, - "但是如上图所示，vinculin是在细胞内的类似接头蛋白，负责连接actin和integrin，所以还是选择真正跟胞外基质接触的": 3, - "integrin吧，找一下": 3, - "细胞中": 3, - "表达丰度适中，然后也有一些意义的蛋白。注意避免": 3, - "focal": 36, - "adhesion": 42, - "中富集的": 3, - "integrin，因为": 3, - "比较": 3, - "tight，gap": 3, - "height": 24, - "很低，就算": 3, - "probe被拉开，imager也较难去": 3, - "。想来想去，我之前也是做过": 3, - "ntegrin": 12, - "的，所以就用这个试试好了。ea": 3, - "细胞也比较皮实，到时候室温，然后培养基无二氧化碳也能坚持几个小时，就算拍应该也。不过细胞脱壁的时候得考虑是否选择无胰酶的方案。": 3, - "细胞这边的东西考虑好了，接下来就是界面和初步的": 3, - "的设计。我考虑是界面上伸出": 3, - "链，但是": 3, - "docking链被": 3, - "hairpin": 9, - "封闭，hairpin一端连接着抗体，被拉走了就能暴露": 3, - "序列，然后被": 3, - "可逆的结合到一起。这里需要搞清楚的就是选择什么": 3, - "序列，其它的我都比较清楚。我可以参考一下早期的基于d": 3, - "hairpin的tension": 3, - "工作lakely": 3, - "hangiu。": 3, - "但是上述方案还不如下边这个简单rockman：": 3, - "我把变成抗体蛋白，甚至连都能搞tabley。然后docking序列换成跟现有的": 3, - "匹配的，剩下的部分做一下调整，控制含量，避免特殊二级结构形成，就可以了。": 3, - "endocytosis": 30, - "另外一个我比较感兴趣的是": 3, - "过程中的力学。以": 3, - "clathrinmediated": 12, - "为例aksonen，该过程会回收一些细胞表面受体蛋白，如果我们能够把抗体指向这些蛋白，就有可能知道它们被回收时产生的作用力。": 3, - "但是这里就涉及到一些问题，比如哪些蛋白更需要被研究？然后这些蛋白会分布到细胞膜下表面去吗？我觉得这是后一个阶段可以考虑的问题。这只是说明了用抗体标记任意膜受体蛋白的好处。": 3, - "预实验方案小结": 3, - "小结一下预实验的基本方案：": 3, - "细胞：ea": 3, - "抗体：靶向": 3, - "亚基，连接": 3, - "界面：封闭，biotinavidin连接": 3, - "probe：拉链式，如下图所示": 3, - "imager：ss、imager": 3, - "成像阶段：arly": 3, - "attachment（living": 3, - "imaging，": 3, - "h）": 3, - "观测目标：不断扩大的接触圈（如下图）rockman": 3, - "目前仅需要简单设计下序列，然后购买抗体，连": 3, - "后来想到，如果不用抗体，可以直接使用": 3, - "aptamer（核酸适配体调研）": 3, - "呀，这个更快！但是就需要找一下合适的蛋白对象了。": 3, - "尼罗红细胞膜成像实验": 6, - "验证尼罗红做细胞膜超分辨成像的可能性，了解细胞": 3, - "arly": 6, - "dhesion": 18, - "的窗口期，判断细胞膜下表面跟基底面的间隙高度情况。": 3, - "时隔很久之后做实验，打算搞得简单一点。找人要一点": 3, - "细胞，铺一个": 3, - "皿，孵育": 3, - "个小时，一个做固定处理，然后直接拿去拍": 3, - "实际操作": 9, - "下午到系统楼，找魏雨涵要了一点ek细胞，虽然比较圆，贴壁也不是很好，但是对于我的实验目的来讲可堪一用。孵育过夜，明天一大早拍，跟卢沙沙协调一下时间。": 3, - "准备去溶解和分装，参考：": 3, - "!购买尼罗红染料配置": 3, - "早上到系统楼把": 3, - "细胞给固定了（看了一眼细胞铺板密度尚可），然后带到转化楼来备用，看今天什么时候有空就去拍一下。我感觉得准备买一个手提恒温箱之类的东西，不然这样细胞拿来拿去太不方便。购买一个移动保温箱": 3, - "!常规细胞实验方法整理细胞固定": 3, - "实验到这一步，我基本上无法判断所谓的窗口期了，不过这个也不是特别重要。固定的ek细胞还是可以用于尝试拍细胞的，这也是很有意义的摸索。": 3, - "预约了今天上午点到点的": 3, - "，打算先计划安排一下。": 3, - "首先是": 3, - "的成像参数，类似": 3, - "cy，用": 3, - "激光激发，但是这个通道一般拍单分子界面会比较脏，所以我需要先拍没用用": 3, - "染的阴性对照，看看什么情况。然后再用": 3, - "的染液染，再拍摄看看情况。最后我可以尝试使用非全内反射的方式拍拍看。": 3, - "事实上考虑到点扩散函数，在三维空间上是漏斗状的，所以我也不确定直接这样拍是否能够简单地根据信号的亮度来判断其高度。但是肯定高度太高的细胞部分，由于的特性，是拍不出来的。": 3, - "从八点半开始，搞了两个小时，采集完了所有数据，接下来就是分析一下。分析的记录可以接着这个文档写，但还要把主要的结果贴到中去。": 3, - "去了之后发现水平仪很偏，花了点时间调平：": 3, - "数据分析": 27, - "细胞轮廓获取": 3, - "不能扫描z轴，所以我自己在模式上，慢慢调整z轴位置，拍单张，然后做成stack，见上图左侧，然后搞了一个": 3, - "median": 3, - "projection，见上图右侧，可以用于获取细胞的轮廓。注意这里应该有好几个细胞。": 3, - "未染色细胞基底面背景情况": 3, - "首先": 3, - "通道确实是有比较多的杂质背景的，然后基本确定拍细胞基底面的最佳穿透深度是": 3, - "nm。此时信噪比较高。": 3, - "然后背景杂质的信号，在的激发下，": 3, - "曝光时间，无信号背景是，机器的": 3, - "offset": 3, - "count": 15, - "值一般大于": 3, - "，最高在": 3, - "再看下其它通道，基本上可以判断最好的还是": 3, - "通道，确实是不容易有什么界面上杂质引起的背景。contrast": 3, - "均调整为": 3, - "。这对于我们选择探针的荧光标记非常重要。": 3, - "实验条件和拍摄参数": 3, - "对于实验条件，主要就是": 3, - "的染料浓度，从我自己稀释的这个染液来看，得用": 3, - "甚至更低的终浓度，然后染液加进去之后大概需要": 3, - "的平衡时间。": 3, - "对于拍摄参数，比如激光功率，曝光时间都做了一些摸索，目前暂时感觉": 3, - "的能够得到比较正常的闪烁的单分子荧光信号。后面会尝试从单分子信号重构出细胞膜下表面形貌，并对这两种条件进行比较。为了节约时间，我每个条件拍摄的都是": 3, - "帧。": 3, - "我的假设是：细胞膜离基底面的高度，可能跟单分子信号的密度有一定程度的负相关性，即间隙高度越大，累积信号密度越低。": 3, - "lipid": 27, - "中的荧光量子产率，我设定为": 3, - "，根据文献ose报道。拍摄中使用的": 3, - "ain": 15, - "，相机": 3, - "offset（baseline）是": 3, - "，picassolocalize": 3, - "参数如下所示：": 3, - "然后打开": 3, - "render，看下点累积的效果：": 3, - "还是能够获得一些信息的，接下来就是要把细胞的轮廓跟这个做一个共定位。": 3, - "然后看下两种参数拍的效果：": 3, - "注意左侧是": 3, - "ms，右侧是ms，且右侧的": 3, - "localize": 6, - "参数也略有差异，所以render出来的效果上就会有所不同。主要是左边的条件能够采集到更多的单分子荧光信号，而在的激光功率的时候，荧光分子容易被淬灭。": 3, - "圈选一些结构上的数据来看，ms的光子数水平要比": 3, - "ms高": 3, - "倍，显然还是ms条件更优。": 3, - "ms的数据做了": 3, - "filter，结果那些比较特殊的结构都被去掉了（可能是因为单分子信号有融合或者不够典型），留下来的就越发像我最开始预期的一样了。": 3, - "感觉基底面拍的还不如直接高": 3, - "浓度拍摄的，如果不看超分辨的话。事实上传统的分辨率是": 3, - "nm，如果这里能够做到": 3, - "也是很好了啊。注意上图存在视野漂移的情况，所以共定位不是很好。": 3, - "然后分辨率这个东西，可以看到膜轮廓的宽度就有": 3, - "nm，根本没搞成什么超分辨。": 3, - "结论": 3, - "的超分辨能力是毋庸置疑的，而从这里的结果来看，确实能够对细胞膜和基底面的间隙空间形貌进行表征。而且还有一些特征的圆环": 3, - "pattern，这可能是细胞固定造成的。另外细胞外可能有大量的胞外囊泡或胞外基质（分泌外囊泡还是比较多的）的或者其它因素，导致": 3, - "发光。": 3, - "细胞内部确实存在比较明显的空腔，虽然细胞地面并没有明显的外部轮廓，但是胞外基质之类的可能会阻止较大的分子向细胞基底间隙扩散渗透。": 3, - "细胞样品并没有扔掉，下一次可以把修饰的荧光单链和四面体都扔进去看看。不过我觉得最好是搞一个": 3, - "的细胞吧。因为": 3, - "也会造成一些": 3, - "通道的杂点。": 3, - "另外一个事情，如果能够用": 3, - "扫描一下这个细胞的基底面，或许也能够得到一个很好的比较的参照。就是说一般": 3, - "对于这个基底面的成像是无能为力的。": 3, - "确定要培养的细胞": 6, - "明场图像": 3, - "最终确定要培养细胞作为细胞力学成像的基本模型。": 3, - "这次要真正好好养一到两种细胞，后面能够测量他的traction": 3, - "force。其实我是倾向于养": 3, - "这个细胞。因为它是一种具有肿瘤迁移能力的癌细胞。贴壁不是特别好，所以基底面间隙会大一点。然后我们手上的无论哪种": 3, - "（，）或者抗体对它都可以用（见购买抗体和适配体）。": 3, - "刚到群里瞅了一下，在交大这边有潘改芳和尹芳菲曾经询问过，但是似乎都没有人能给回答。": 3, - "所以细胞大概率也是没有的。另外尹芳菲还给我提供了信息，这边液氮罐疏于管理，有一段时间液氮都没了，导致细胞复苏之后存活率特别低。而目前大家在养的细胞，我目前了解到的就是": 3, - "ep、ea、巨噬细胞等等。": 3, - "为了方便搞清楚情况，我先在细胞培养群里边发一个表格。但是这个事情还比较急，所以我决定上午的时候，带着师弟去细胞房摸排一下情况。": 3, - "检查细胞种类": 3, - "带着周高昂师弟到系统楼转了一下，先看了细胞房在养的细胞，然后又看了一下液氮罐的冻存的细胞情况。细胞培养基，常见的、": 3, - "都是有的。细胞目前在养的感觉也就是：": 3, - "梁承品：ea": 3, - "戴琨：anc，aw": 3, - "赵海培：ep，ep": 3, - "魏雨涵：ek，，（雌性生殖干细胞）": 3, - "然后大家冻存的细胞：": 3, - "谢晓冬：ea（）": 3, - "郝亚亚：稳表达das的ea细胞系（）": 3, - "张霜叶：（）": 3, - "戴琨：ea，ep，anc": 3, - "丁飞：，": 3, - "注意括号内为冻存盒位置。但是冻存盒其实还是可以有更具体的编号的。另外大家用的冻存罐似乎也不大好（有液氮漏进去），最好还是用": 3, - "的。": 6, - "购买一波物品": 3, - "通过共享表格，我已经知道了潘改芳在养": 3, - "细胞，可以找她看看能不能传我一盘。这个是最快的方案。然后就是相应的一些培养基和试剂耗材的准备。": 3, - "离心管：找张霜叶要，她说有，弄一点灭菌即可": 3, - "铝质饭盒：值日的时候总能找到一些空饭盒": 3, - "离心管架子：可以到探索平台上购买": 3, - "透明离心管架子：可以到探索平台上购买": 3, - "细胞冻存管：到": 3, - "上购买": 3, - "普通金属镊子：用于夹取离心管和酒精棉球，可以到探索平台上购买": 3, - "文具夹子：用于夹住打开的培养皿包装带": 3, - "探索平台账户：，": 3, - "，是组内常用购买一些常规耗材的平台。购买时注意修改收货人信息，和发票信息。": 3, - "后续交给周高昂师弟去购买，都不是很着急，下午可以找潘改芳问一下细胞的情况。": 3, - "靶蛋白背景知识": 3, - "这就是一个高度糖基化的膜蛋白，癌细胞普遍高表达，但是糖基化不充分，所以能够暴露一些抗原表位。蛋白在文献中iua细胞是阳性对照，ep细胞是阴性对照，注意这两种细胞都使用": 3, - "培养基培养。": 3, - "膜蛋白recycle背景": 3, - "我在组会上提到，细胞会通过endocytosis的方式回收一些膜蛋白。但是对于我们选定的这些蛋白，比如": 3, - "nucleolin、": 3, - "这些蛋白的回收速率等相关情况，有没有报导，或者大家研究这个膜蛋白": 3, - "recycle": 3, - "的常用模型是什么，需要一些文献调研。我能马上想到的是a": 3, - "an的一篇文章iao，把蛋白质拖到lysosome中实现knockdown的，有点类似": 3, - "的策略。里面提到了一个": 3, - "cellsurface": 3, - "lysosomeshuttling": 3, - "receptor（），也是有": 3, - "的，长度为": 3, - "nt。注意文章中用的就是最简单的ea细胞。": 3, - "适配体序列如下所示：": 3, - "所以后续可以再买一个适配体过来玩玩。": 3, - "潘改芳已经给我传了细胞": 3, - "细胞一般就是两天传一下，明天可以看一下密度，然后决定什么时候传代铺板，用手上有的的aptamer测试一下，找一个": 3, - "作为对照。也算是对自己手上的细胞做到心里有数。": 3, - "细胞分时黏附成像": 6, - "成像最终没做成，不过还是有不少有用的结论：": 3, - "纳米金球还是不大适合作为": 3, - "fiducial": 15, - "marker": 27, - "ep细胞在室温条件下，完全培养基中也能在几个小时内贴壁": 3, - "找到了合适的拍摄参数，sm的信噪比还可以，能到左右": 3, - "s拍单分子荧光感觉得到的sigma更准确": 3, - "接下来就是要看下": 3, - "的一些膜蛋白，特别是": 3, - "的表达量了，然后就准备一下所谓的": 3, - "probe。把界面做好，直接就可以成像了。": 3, - "当然这是一手准备，另外我也可以考虑用": 3, - "复现一下经典的": 3, - "成像，从而证明我们做超分辨细胞成像的能力。": 3, - "实验目的见：!tcjs": 3, - "细胞准备": 3, - "早上快马加鞭先拿周高昂师弟养的": 3, - "细胞传了": 3, - "皿。他之前说": 3, - "细胞铺的中皿，长了": 3, - "天变成了": 3, - "w（细胞计数": 3, - "wm），说明这个细胞还是很给力的，生命力旺盛。我铺板的时候每个皿": 3, - "w多细胞（": 3, - "细胞悬液）。": 3, - "铺板是上午九点半，然后预计收的时间分别是十点半、十一点半、十二点半一直到下午两点半。我收了第一个十点半的样品，跟周高昂师弟交代了": 3, - "一下注意事项，比如": 3, - "固定时间调整为": 3, - "min，然后漂洗都变为一次，而且要尽量轻柔。此外，我还搞了一个室温放置的confocal": 3, - "皿作为贴壁对照，可以跟放在培养箱中的相互比较。": 3, - "大致思路": 3, - "做完了以上事情，我才有空腾出手来写详细的实验计划。有些时候有些实验准备其实是不需要太详细的书面实验计划的，但是这个仅限于我这种老手做细胞传代铺板这么简单的事情，而且还是因为想着今天下午三点开展一下的成像实验。": 3, - "今天下午主要是想做": 3, - "。成像的对象就是": 3, - "的细胞膜，docking": 3, - "链就是胆固醇，然后预杂交上": 3, - "abel，然后用": 3, - "链去做": 3, - "。条件也不用怎么摸索，就参考最早的那个，用": 3, - "mager，然后细胞膜的胆固醇链修饰密度要稍微注意一下。我觉得还是使用": 3, - "的孵育浓度搞": 3, - "min，先不用洗，直接拍拍看。如果背景很高，就漂洗一下。准备好各种溶液，避光保存，使用微流控来换液。": 3, - "试剂耗材准备": 3, - "nchor": 6, - "solution：合成": 3, - "holabel预杂交探针备用，稀释倍使用": 3, - "ash": 9, - "solution：": 9, - "g离子（·g）": 3, - "水：清洗微流控的管子": 3, - "arker：由于是cycy的，所以可用绿色的荧光小球，也可以试用下纳米金（": 3, - "拍摄参数设定": 3, - "这次做，成像视野尽量包含整个细胞，但是考虑到信号什么的，可以用": 3, - "的bin，这样生成的是": 3, - "format，每个像素大概是": 3, - "nm，足够了。": 3, - "另外需要注意，细胞成像没有": 3, - "marker，如果可以的话，最好是用一个": 3, - "marker，如果有比较大的纳米金球最好，没有的话也不要紧。郑浩然有": 3, - "的纳米金球，应该是很": 3, - "ok": 12, - "激光功率": 3, - "可以开到": 3, - "左右，因为按照昨天帮潘莉做到的漂白曲线来看尝试对光漂白的台阶曲线做分析，一般一个": 3, - "分子在": 3, - "这个激光功率下就是": 3, - "左右就会被淬灭。而": 3, - "的结合停留时间也就是": 3, - "左右，所以我得出一个": 3, - "的激光功率参数。": 3, - "相应的曝光时间也可以稍微拉长一点，": 3, - "就好了。所以有信号可以维持个三帧左右，会有很好的信噪比。": 3, - "拍摄时长，我觉得一个样品拍两个视野，每个视野半个小时足矣。今天总共有五个样品，我拍第一个做个示范，接下来让师弟师妹们操作。今天就能把这个数据拿到。": 3, - "`yaml": 24, - "ame": 87, - "embrane": 99, - "xower": 3, - "receptor": 24, - "left": 3, - "donor": 15, - "right": 18, - "ormat": 6, - "bin": 15, - "px": 3, - "ixelize": 3, - "xposure": 3, - "uration": 3, - "hoton": 6, - "onversion": 3, - "hotons": 3, - "ffset": 6, - "？": 3, - "也可以考虑先": 3, - "拍摄，": 3, - "帧也就十几分钟。总之根据实际情况决定。": 3, - "制作细胞膜": 3, - "nchor，度孵育分钟，然后迅速取出放到冰盒中退火。": 3, - "获取": 3, - "的胶体金（郑浩然），取用其中": 3, - "的倍比稀释到": 3, - "水中，分别有": 3, - "倍（），一万倍（）和一百万倍（），在做细胞之前可以先看下纳米金。": 3, - "到地下室发现师妹在用仪器，然后一看我预约到自己的日历上了。以后还是要注意啊。": 3, - "s相机光子数换算": 3, - "主要参考上面的截图，跟略有不同，ffset可能要实际测量确定。": 3, - "ep细胞的黏附真强": 3, - "让师弟留意室温放置的": 3, - "细胞的黏附情况，作为对照也拍照记录下。结果发现这个细胞室温也能贴壁得还可以。": 3, - "现象": 3, - "这是": 3, - "细胞培养箱孵育后从上图可以看到，还是可以发生的，但是并不是一个": 3, - "sm，可能是因为nchor的浓度太高了（": 3, - "min）。注意这个拍摄参数是": 3, - "的cy": 3, - "通道激光激发的。穿透深度是": 3, - "nm。": 18, - "除此之外，我也知道了": 3, - "这个细胞贴壁的时候，可能是这个样子的（纵切面如下图）：": 3, - "然后看": 3, - "通道，没有细胞的区域有很多密密麻麻的信号，可能是": 3, - "anchor": 3, - "没有漂洗干净导致的所谓的非特异性吸附。而细胞区域内的下表面，越靠近中央的部分，细胞间隙可能越大，所以看上去会有点暗，因为cy分子由于离基底面太高，可能在倏逝波的作用下无法被充分激发。": 3, - "sm信噪比": 3, - "后面做了一个": 3, - "孵育细胞": 3, - "，然后加": 3, - "拍摄的结果（": 3, - "曝光），能够看到一些闪烁的点了，但是似乎还是拍不出来，我估计应该是界面太脏，膜上的单分子信号质量不如界面上的（有高度差）。": 3, - "中半自动地圈选了": 3, - "个点，然后做了一些": 3, - "filter，得到上面的情况分析，可以看到": 3, - "通道的光子数大概是": 3, - "，信噪比能到": 3, - "左右。": 6, - "不知道师弟用的什么拍摄参数，反正我是按照": 3, - "ain来计算的，看下来sxsy的表现也很不错，不像以前一样。不过这个同样啥都没拍出来，也是很奇怪。": 3, - "细胞下表面的mager非特异性结合": 3, - "以内的mager可以进入间隙，非特异性吸附情况似乎并不严重。": 3, - "根据昨天的情况（见细胞下表面成像），今天下午只做一个简单的实验，就看下": 3, - "对细胞表面非特异性吸附如何？": 3, - "sage": 3, - "看下": 6, - "mager的细胞界面非特异性吸附": 3, - "非特异性吸附": 3, - "看下的非特异性吸附": 3, - "看下单链mager的吸附": 3, - "注意此次的": 3, - "都是新鲜合成的，用": 3, - "荧光修饰。": 3, - "细胞样品先拍摄没有添加任何mager的空白细胞，看看背景，再原位加入mager": 3, - "buffer）。": 3, - "可以尝试使用明场照明，看下细胞在那里，在原位拍下细胞下表面区域情况。": 3, - "号样品是昨天的": 3, - "lank，已经加过": 3, - "mager，注意充分漂洗。": 3, - "带着大家一起操作": 3, - "号样品先行，初步判断，cy": 3, - "通道和": 3, - "通道的背景荧光都比较少，然后换上含有": 3, - "u，静置平衡分钟，观察": 3, - "通道的荧光情况。看完这个，让三位新生拍剩下的，作为考试。": 3, - "u）": 3, - "吸出培养皿中的": 3, - "将细胞放入载物台，静置分钟": 3, - "拍摄cy通道两个视野": 3, - "数据基本说明": 3, - "如上图所示是单链": 3, - "的结果。我们用模式（角为，透射）在": 3, - "通道下获取细胞轮廓（左图），然后再切换到": 3, - "模式，穿透深度": 3, - "nm，旋转角": 3, - "d，曝光时间": 3, - "ms，激光功率": 3, - "，拍摄": 3, - "通道的": 3, - "信号，视频": 3, - "帧（中间）。为了方便显示，我做了一个": 3, - "ax": 21, - "rojection，可以看到在固定时间段内信号的累积。这个说明": 3, - "是可以渗透到细胞膜下表面跟基底面的缝隙中的。后面直接用做完": 3, - "rojection的结果进行直观的比较。": 3, - "以内的mager可以进入间隙": 3, - "从上图所示结果来看，在平衡时间分钟内仍不能很好进入细胞底部间隙，且还容易造成细胞外的背景升高。": 3, - "跟": 21, - "表现比较类似，证明可以进入到细胞间隙中，不过似乎细胞外背景也有所升高。": 3, - "此外，由于这些样品都属于无靶标，所以mager还是存在一些非特异性结合，不过目测细胞区域内外并没有太大区别，所以可能在允许范围内。": 3, - "最后，通过确定的细胞边界似乎与看出来的细胞轮廓并不是很一致，可能是因为成像焦面差异太大。后期可以考虑使用一些膜染料来帮助确定界面处的细胞膜区域边界。": 3, - "细胞膜表面的confocal成像": 9, - "带着周高昂师弟一起完成了这个预实验，初步判断": 3, - "aptamer方案可行，接下来还有更重要的": 3, - "成像要看。": 3, - "周二准备好细胞，周三固定好，做完染色就可以用": 3, - "先看一下。我主要用到一个": 3, - "aptamer，一个胆固醇修饰的": 3, - "链，然后再搞一个普通的细胞膜染料，比如i之类的。另外可以对细胞核做个染色，毕竟都要拍": 3, - "confocal了。再加上一个空白细胞的对照，我需要用ea铺个": 3, - "组别": 6, - "细胞膜标记": 6, - "加abel": 6, - "目的": 3, - "测试aptamer可用性": 6, - "注意浓度时间": 3, - "同上": 15, - "用作膜标记对照": 6, - "ii": 15, - "膜标记对照": 6, - "ull": 3, - "荧光链用量对照": 3, - "背景荧光": 3, - "ptamer：活细胞孵育，": 3, - "ii：活细胞孵育，": 3, - "hol：活细胞孵育，": 3, - "abel：固定后添加，": 3, - "细胞核染色：oechst，固定后染色，": 3, - "：预冷，固定分钟": 3, - "用到的序列信息": 3, - "标记": 3, - "序列": 3, - "修饰": 3, - "新购离心后添加": 3, - "到": 24, - "u，ptamer合成仅需": 3, - "℃": 3, - "min，然后直接退火到": 3, - "℃，尽量现配现用。": 3, - "核酸适配体细胞膜标记": 3, - "看了一下文献iua，这个核酸适配体，直接度变性分钟后退火annealing即可。严格来讲，似乎需要前后跑个看下结构是否形成？估计形成二级结构前后差异很小，很难区分，算了。": 3, - "孵育细胞时候的": 3, - "用量，从": 3, - "u，时间也可以好几个小时aia。如果是要让跟着nucleolin内吞，大概个小时iua。所以我估计这个细胞膜表面染色，可能最多半个小时？另外一个事情，就是这种标记是否需要活细胞标记，固定后就不行？": 3, - "另外文献中报道，": 3, - "如果使用": 3, - "就能抑制": 3, - "癌细胞的生长，但是对于正常细胞细胞却没有作用，即便把浓度提高到": 3, - "uoundararajan，但需要注意的是此文作用于细胞浆中的nucleolin，以及bcl。": 3, - "总之为了方便，两个": 3, - "我都使用": 3, - "的浓度，活细胞状态下标记": 3, - "分钟，然后进行固定。固定的时候使用预冷的": 3, - "搞分钟即可。更多细胞固定方法参考知乎。": 3, - "固定之后，再加入": 3, - "荧光链室温孵育": 3, - "分钟，浓度控制在": 3, - "u，然后再漂洗掉多余的": 3, - "abel。注意这个时候的incubate": 3, - "buffer，可能要使用含有": 3, - "离子的": 3, - "促进杂交了。": 3, - "常规细胞膜染料使用": 3, - "i应该是在碧云天买的。最大激发波长为nm，最大发射波长为nm。跟cy类似。最常用的浓度为μ。i可以直接染色活的细胞或组织，染色时间通常为分钟。": 3, - "事实上有的是i，是一种绿色荧光探针。最大激发波长为nm，最大发射波长为nm。另外我们还有": 3, - "itoracker": 3, - "染料（ed），可以让师弟拍着玩玩。": 3, - "顺带了解到碧云天还有微丝": 3, - "上午十一点细胞铺板，mm的confocal皿；每个well，": 3, - "细胞悬液约万": 3, - "细胞。细胞来源于戴琨，生长过密，状态不佳。使用": 3, - "培养基。": 3, - "整理了一下相关的抗体试剂，并溶解了所需的ptamer": 3, - "。整理归置细胞成像相关物品": 3, - "下午四点带着师弟去给细胞换液，经过四五个小时之后，果然还有一些细胞没有贴壁，用漂洗一遍，然后换新鲜培养基即可去除这些贴壁能力差的细胞。总体来看，还是要过夜培养，明天下午再继续后面的实验。": 3, - "下午一点半开始制备三个膜和膜蛋白的探针，abel和ptamer预杂交（混合）好后，再带到细胞房去。杂交后浓度为": 3, - "u，孵育（固定后）细胞终浓度为": 3, - "n，孵育时间为": 3, - "min。这样可以减少操作步骤和时间。!asted": 3, - "png!ptamer和abel预杂交配方表xlsx": 3, - "下午两点开始固定细胞、染色、漂洗，搞了三个小时。晚饭后快速用": 3, - "看了下效果。与空白对照相比，两个aptamer都有信号。与胆固醇对全部磷脂双分子的标记相比，信号很弱。另外单独": 3, - "polycy": 3, - "这个": 15, - "标记的也有荧光，可能这种存在非特异性吸附。!asted": 3, - "confocal拍完的细胞样品，加": 3, - "·g{}": 3, - "m，放到冰箱度暂存，后面再用。": 3, - "ea细胞系污染": 3, - "在细胞固定前我检查了一下，发现有两种截然不同的形貌。本来我还以为是之前戴琨养得太密了有些细胞有点贴壁不好。但是我估计他可能把巨噬细胞混入了ea细胞系中。然后可以看到巨噬细胞中好多巨噬泡。": 3, - "核酸适配体的信号": 3, - "总的来说，核酸适配体在我们这一套操作流程下还算是可以靶向细胞膜蛋白的，但是比较弱，可以在孵育的阶段，孵育时间和使用浓度上再做优化。!confocalcellembraneresultpptx": 3, - "confocal拍摄三维图像": 3, - "!ovieavi": 3, - "上边是": 3, - "的三维成像的结果（mage初步处理，太丑了），可以看到细胞膜上确实是有的，但是基底面什么的很难用": 3, - "看到。": 3, - "细胞下表面成像": 12, - "实验并不成功，无法得出有效结论。需要更好的实验设计再做。": 3, - "如果细胞下表面间隙较大，docking位点离界面太远，也可能拍不出来，因为倏逝波。如果细胞贴壁太好，imager": 3, - "渗透不进去，同样拍不出来。所以这个实验设计还是有问题。": 3, - "接着细胞膜表面的confocal成像，有": 3, - "个细胞样品可用。在探针设计上（计划imager基底面成像实验），已经结合到细胞膜表面的robe可以存在": 3, - "位点，可以用": 3, - "做": 21, - "。此次": 3, - "成像实验，主要有三个目的：": 3, - "在单分子水平，更灵敏地判断核酸适配体对靶标的特异性结合": 3, - "能够渗透进入下表面的空间与": 3, - "位点结合": 3, - "了解": 3, - "imager（cy）与": 3, - "情况": 3, - "此次实验均使用": 3, - "imager，使用前从储存液（": 3, - "u）倍比稀释到": 3, - "u，再稀释到": 3, - "n。采用": 3, - "的方式成像。": 3, - "说明": 6, - "先使用hol组做阳性测试，确定的拍摄参数。": 3, - "再按照顺序进行": 3, - "，查看对比成像效果。": 3, - "先看了一下hol组，发现界面很脏，几乎很少": 3, - "再看lank组，添加的": 3, - "更多在细胞边缘，说明不能很好地扩散进入细胞跟基底面的间隙内": 3, - "发现拍摄的时候需要用比较大的穿透深度，另外角也不是很好调节": 3, - "细胞失败": 3, - "!holsmellmp": 3, - "左边是": 3, - "通道，右边是": 3, - "通道，我用": 3, - "的激光激发，理论上如果是": 3, - "，左侧信号应该比较多。但事实上刚好相反，说明": 3, - "根本没有结合到细胞膜上。或者因为漂洗与放置时间过长，导致": 3, - "链丢失？": 3, - "分屏后光斑位置映射关系": 3, - "上图显示了分屏器的共定位情况，总的来说，左边屏幕的光斑，像素值再增加": 3, - "即可找到对应的右侧的相同位置的点。注意在下半部分还是存在一定误差，所以最好把观测视野放到上半部分。!分屏映射校验图tif!分屏位置映射关系xlsx": 3, - "ss较难渗透入细胞下表面间隙": 3, - "空白细胞组，如上图所示，有四个细胞基底面区域，但是只有一个细胞渗透的": 3, - "信号比较多。所以如果要用": 3, - "的方式对细胞膜表面的一些力学性质做测量，可能选择贴壁太好的细胞搞不成。另外，细胞核染色似乎也会造成一些影响。": 3, - "这里还是用了": 3, - "imager，所以还缺少一个真正的": 3, - "blank": 3, - "对照。": 3, - "采集的": 3, - "信号尽量还是不要选择": 3, - "cy，因为界面上大凡有点什么脏的，可能就有这个信号。这个事情明天可以用纯空白完全没有处理过的细胞尝试一下，上次做实验（见细胞膜表面的confocal成像）还剩下三个。": 3, - "docking链丢失的问题也很好解决，hol": 3, - "这一组，可以再去拍一拍": 3, - "看看，如果丢失了，confocal": 3, - "也拍不出来才对。如果没有丢失，confocal": 3, - "应该还能拍出类似的结果（见细胞膜表面的confocal成像）。": 3, - "与细胞膜靶标的结合尚待优化。": 3, - "与ptamer的spacer形成双链，可能可以提供一定的刚性，但如果跑掉了，这个": 3, - "可能就比较柔软，使得末端的": 3, - "位点不是那么容易暴露。从来看，的": 3, - "荧光并没有在": 3, - "中那么强。所以要考虑存在这个可能。如果真是这样的话，后面可能要考虑样品要尽可能fresh，而且spacer延长为个。": 3, - "用ssimager对细胞基底面成像": 6, - "这是一个预": 3, - "，看到今天晚上仪器有空，我可以直接弄一点": 3, - "去拍摄，非常快的。": 3, - "ss，如果能找到以前剩下的": 3, - "也可以一并看了。使用浓度就是": 3, - "n。可以先拍一下不上": 3, - "的作为阴性对照。": 3, - "结果发现，cy": 3, - "通道杂质太多了，nil": 3, - "拍出来的重构连细胞轮廓都看不到了。而且杂质在": 3, - "通道也有信号。然后添加": 3, - "带有": 3, - "并不能显著增加": 3, - "通道的信号数量，说明": 3, - "ssimager": 3, - "对于细胞表界面是没有多少非特异性吸附的。": 3, - "所以后面还是得用全新的ea细胞来做这个实验。": 3, - "整理归置细胞成像相关物品": 6, - "βubulin单抗：bsin（），鼠源，细胞微管": 3, - "单抗：（），兔源，细胞微管": 3, - "已归置到度盒子中。但是注意二抗说明书是": 3, - "度保存的。": 3, - "：带一条同上mager的延伸链（一套，四条链）": 6, - "：带一条同上mager的延伸链（一套，八条链）": 3, - "：ptamer": 6, - "hol：胆固醇修饰docking链": 3, - "abel：细胞膜荧光标签": 3, - "mager：ss": 3, - "已加": 3, - "buffer（p）到": 3, - "u，并放置到": 3, - "度盒子中。": 3, - "a：硼氢化钠（危化品，暂不使用）游离醛可以用硼氢化钠洗涤除去": 3, - "：曲拉通，细胞通透用": 3, - "glutaraldehyde：戊二醛，细胞固定用（危化品，暂不使用）": 3, - "：牛血清白蛋白，封闭非特异性抗原用": 3, - "biotin：生物素修饰": 3, - "eutrvidin：链霉亲和素，结合biotin": 3, - "反应试剂盒：与抗体一同放置于度": 3, - "关于细胞固定用于免疫荧光成像，可以参考一些资料。危化品，只要不是易制爆的，可以正常地从化学品平台走流程。": 3, - "很多相关试剂，可以在我们课题组的试剂库存中查询到。": 3, - "库存管理": 3, - "confocal再探细胞膜": 6, - "上图左中右分别是两天前刚做好": 3, - "样品拍的，以及多次漂洗后今天拍的两个不同视野的细胞（已调整至相同contrast）。以后这种的细胞表面修饰，还是使用比较": 3, - "gentle": 3, - "的方式来处理吧。": 3, - "参考前两次实验：": 3, - "觉得还需要对": 3, - "做一次": 3, - "成像，判断一下：": 3, - "是否cy荧光丢失（）": 3, - "细胞下表面的信号情况如何（）": 3, - "然后由于": 3, - "对于细胞膜良好的标记效果，可以search一下这个样品（疑似巨噬细胞混到了ea中）一些有意思的现象。另外，也可以让自己对于": 3, - "的操作更加熟悉一点。周高昂师弟今天上午学习四面体合成表征，就不带他了。": 3, - "很快就发现确实": 3, - "信号丢失很多，刚开始以为是某个视野被拍得淬灭了，又切换到其它视野也差不多，所以确实是": 3, - "解离了或者是整个胆固醇修饰的链都跑掉了。": 3, - "不稳定。": 3, - "另外还发现细胞膜存在一些破损，说明固定漂洗的步骤存在一些问题": 3, - "此外，cy信号分布已经不均匀，可能与lipid": 3, - "raft": 6, - "有关，胆固醇在这种地方结合比较紧密。": 3, - "另外本次实验还采集了细胞核的三维数据，细胞分裂时的染色体清晰可见，但是暂未处理。": 3, - "confocal使用注意事项": 3, - "今天使用": 3, - "遇到了一些问题并解决掉了，形成以下几条经验：": 3, - "切换样品时，显微镜前面板上可以oad": 3, - "osition，物镜会降下去，然后放好新的样品，再按向上就回到原来的焦面附近": 3, - "目镜下找焦面，可以在软件的locate": 3, - "panel": 3, - "中选择相应的通道，常用的明场或者细胞核（如果染了oechst）": 3, - "做细胞三维成像的时候，不要着急渲染和导出视频，此处会导致未知错误电脑重启，所以建议坚持这个原则：采集数据和分析数据分开。": 3, - "在confocal正式拍摄的时候，注意关掉灯。成像参数可以选择慢一点，以及做以下average，减少背景波动。": 3, - "采集和保存数据的时候，看情况选择bit或者bit。前者占用存储空间更少，而后者数据精度更高。": 3, - "制定细胞力学超分辨成像初步计划": 6, - "看了很多文献，目前我觉得结合实际情况，想比较快的做一些相关的工作，demo就是用": 3, - "对细胞膜进行实时超分辨成像。": 3, - "只能激发细胞膜跟基底面的部分空间（": 3, - "nm），而这个部分则是细胞力学成像的主战场，主要包括一些受体蛋白跟基质的相互作用。但是已有的空间分辨率不够，而新兴方法如使用的是一次性力学探针，只要作用力超过阈值，就亮了，后面这个位置发生了什么是无法继续检测的，所以新方法不能监测特定位置的连续力学动态变化。此外新方法还有样品制备非常复杂等现实条件制约。": 3, - "是一种膜染料，结合到细胞膜上才会发光，另外它会可逆地结合到膜上，在": 3, - "的极低浓度下能够产生单分子荧光信号，所以很早就被应用于超分辨成像。haronov": 3, - "后续也有不少人基于此发展细胞膜的超分辨成像，甚至能够以分钟的时间分辨率看到": 3, - "的过程anylchuk：": 3, - "scale": 3, - "可以看到，这种基于": 3, - "做出来的细胞膜，估计做完数据处理后，至少也有": 3, - "厚。而从一些文献中得知，细胞膜跟基底面的空间，其实一般在": 3, - "左右，iebel": 3, - "所以要检测这个空间的高度变化，z轴的分辨率（目前基于像散的方法是": 3, - "nm）是一个挑战。": 3, - "但如果能够比较好地检测这个空隙的高度变化，其实是可以反推很多东西的。因为这个高度变化就是细胞机械力的作用结果（形变）。如果能够通过这种方式实时检测空隙的高度变化，我们就可以连续观测整个细胞膜下表面的力学作用图景。虽然不能给出具体精确的力学数值，但是却能够提供关于连续形变的动力学描述。": 3, - "其它重要参考文献": 3, - "三维成像": 6, - "用对折纸结构进行立体成像，z轴分辨率也相当不错，cience大作。其实这个cylindrical": 3, - "lens的用法非常简单，庄小威iaowei": 6, - "huang的工作中uang早有提到。": 3, - "，超分辨多色成像，用到了柱面透镜？在另外一篇cience中说得更加清楚点。inuma": 6, - "尼罗红染料": 3, - "很好的一个工作，除了nile": 6, - "red，还用到另外一种类似的可逆结合的荧光染料，": 6, - "oechst，再加上，实现的多色活细胞超分辨成像，图拍的也很漂亮。⭐pahn": 6, - "用还有一堆细胞膜染料，包括ile": 6, - "ed，研究细菌细胞膜的流动性，用到了但是不涉及超分辨。因为ile": 6, - "ed非常集中能够形成foci。⭐trahl": 6, - "细胞形貌测量": 3, - "用的方式测量细胞跟基底面之间的空隙的厚度，大概在": 3, - "左右。ai": 6, - "细胞表面形貌成像，无论是，还是一些电阻抗的扫描显微镜，都可以做得很好，而且现在来讲速度也上来了，但是都是对细胞上表面形貌的测量。eitao": 3, - "细胞力学相关": 3, - "tabley": 15, - "早期一个关于（表皮生长因子）受体蛋白的": 6, - "sensor。": 9, - "olacheck": 93, - "一篇精悍的综述，归纳总结了现有的一些细胞力学测量方法，指出了": 6, - "存在的问题是不能获取力的方向，当然了这是阈值型probe策略上的局限，此外还有比如样品制备耗时长，只能看二维等等问题。⭐": 6, - "iu": 354, - "大佬halid": 6, - "alaita早期利用纳米金淬灭荧光的距离效应，做的一个tension": 6, - "probe，看了": 6, - "蛋白的作用。也是不错的范文。⭐": 6, - "lotnikov": 15, - "durotaxis，细胞会向胞外基质比较硬的地方迁移，这也是一种趋向性。其中": 6, - "adhesion（）具有": 6, - "fluctuating": 9, - "force，被认为是细胞感受机械力的": 6, - "sensor。另外一篇很早的文章，仔细地介绍了如何根据基质中的荧光小球的运动反推计算细胞的traction": 6, - "force。abass": 6, - "用来测量": 3, - "traction": 63, - "forces的rockman": 3, - "长期计划": 3, - "超分辨的细胞力学测量目前还无法获取作用力的方向信息，利用四面体的结构特点结合": 3, - "或许能够在一定程度上得到作用力方向：": 3, - "估计只能是判断三种状态差异：": 3, - "竖直向上（或者力很大，作用时间很短），三个棱都被拉开，位点充分暴露，结合频次最高": 6, - "与某条棱同向，带一个面翻转，暴露一个位点，结合频次最低": 6, - "与某个侧面中垂线同向，带一条棱旋转，暴露两个位点，结合频次居中": 6, - "注意，这里也不一定使用四面体，或许其它折纸结构（比如": 3, - "tile）会更好。": 3, - "导出记录": 3, - "!制定细胞力学超分辨成像初步计划docx": 3, - "细胞力学成像": 3, - "你好，我基本上已经学会如何使用": 3, - "note": 564, - "了，github有关于这方面的语法和说明，当然了更重要的是，关于题图的自动生成，这个插件似乎是自动抓取前面一部分内容，所以以后每个页面内容结束后，在开头插入一个简短的概要小结。": 3, - "超算平台上部署ulia": 6, - "julia部署": 3, - "julia在科学计算上比python具有更大的性能上的优势，有时间的话可以简单学习了解下。": 3, - "在linux上安装julia": 3, - "登陆jupyter可视化平台之后，打开一个terminal": 3, - "`sh": 30, - "module": 15, - "load": 27, - "miniconda": 18, - "cd": 15, - "esktopxxd": 3, - "mkdir": 3, - "julia": 12, - "wget": 6, - "tar": 6, - "zxvf": 3, - "julialinuxxtargz": 3, - "~bashprofile": 6, - "注意julia软件包可以到": 3, - "ownload": 3, - "下载最新版本的，此处选择": 3, - "linux": 9, - "版本，已经编译好，用": 3, - "命令解压一下，然后使用": 3, - "编辑一下": 3, - "bashprofile。": 3, - "lustrehomeacctccelmqccelmqlabesktopxxdjuliajulia": 3, - "在该文件后面添加如上所示内容即可，退出来后执行命令：": 3, - "这样可以使环境变量即刻生效，就可以直接在terminal中使用": 3, - "了。": 12, - "把julia搞到jupyterlab中": 3, - "terminal": 9, - "中直接键入": 3, - "，然后键入进入包管理模式，进一步输入：": 3, - "`julia": 6, - "add": 3, - "ulia": 27, - "就会开始安装一系列包。安装完成后，键入（向左删除）推出包管理模式，输入：": 3, - "installkernel\"ulia\"": 3, - "\"depwarnno\"": 3, - "然后刷新一下": 3, - "jupyterlab，就大功告成了，julia的": 3, - "kernel": 3, - "已经出现在了新建页面中。立即新建一个": 3, - "ipynb，进入输入语句并执行，毫无问题。💯": 3, - "超算": 18, - "试剂配制计算表": 3, - "配制试剂经常设计到一些简单的关于浓度、质量和体积方面的计算。所以这里放上来相关的一些excel表格，方便复用。swjxl": 3, - "!nile": 3, - "染液配置表格xlsx": 3, - "购买尼罗红染料配置": 3, - "抗体连": 3, - "配置crosslinker溶液": 3, - "叠氮化物（hermo，），w：": 3, - "先溶解于，再稀释到具体的反应体系中。": 3, - "这个东西非常容易潮解，所以从冰箱拿出来后先恢复到室温再开盖": 3, - "现配现用，冻存也会慢慢潮解。说明书推荐是直接加把整个都溶解了，避免称量吸潮什么的。": 3, - "!zidehosphineeagpdf": 3, - "的瓶子中，制成": 3, - "m（）的": 3, - "stock": 3, - "储存液放置于度冻存，使用前恢复室温再解开封口膜吸取": 3, - "做蛋白修饰时，如果蛋白浓度大于": 3, - "mgm，用十倍过量，如果浓度较低，用到倍过量，一般crosslinker终浓度是m": 3, - "修饰反应可以放置室温min，或者冰上小时。": 3, - "反应结束后加": 3, - "uenching": 3, - "buffer终止，其实就是": 3, - "riscl": 3, - "p，ris终浓度为": 3, - "把反应体系室温静置": 3, - "min或者冰上分钟": 3, - "使用zeba脱盐柱或者超滤离心管去除多余未反应的crosslinker": 3, - "了解一下mermaid做甘特图": 6, - "mermaid": 3, - "支持的一种代码块，可以渲染成各种图形，其中目前对我来说比较有需求的是甘特图，可以了解一下，对丰富自己的笔记内容非常有用。": 3, - "antt": 3, - "iagram": 3, - "est": 3, - "ection": 3, - "task": 12, - "nother": 6, - "after": 21, - "sec": 6, - "注意从document中直接拷贝过来的代码，具有一些html修饰符（不可见），最好是先搞到记事本或者": 3, - "vscode中，再拷贝到这里来。": 3, - "记录下obsidian中常用的query": 6, - "随着日志工作流的不断优化升级，之前产生的一些利用dataview": 3, - "的query代码片段会被弃用。但是它们本身已经包含了不少知识，直接删除也有点可惜，所以这里简单的收集一下，如果以后有新的": 3, - "需求也可以借鉴。": 3, - "阅读了": 6, - "`dvpages\"eadingpdfs\"": 3, - "超分辨多色成像whereppfilemtimedvdate\"today\"filelength`": 6, - "篇文献": 6, - "journal": 18, - "\"期刊\"": 9, - "publishdate": 15, - "\"日期\"": 9, - "citedtimes": 27, - "\"引用\"": 9, - "\"eadingpdfs\"": 9, - "超分辨多色成像": 87, - "datetoday": 15, - "filectime": 6, - "这个主要是动态展示今日阅读文献情况，行内引用和块调用": 3, - "插件，效果如下：": 3, - "初次使用": 3, - "dataviewjs": 6, - "`dataviewjs": 3, - "let": 3, - "num": 3, - "dvpages\"eadingpdfs\"": 3, - "unreadfilelength": 3, - "dvheader\"仍有\"num\"篇文献没有阅读！\"": 3, - "这种": 3, - "header": 3, - "是无法折叠的。": 3, - "查询最近一周读了什么文献": 3, - "filecday": 15, - "ate": 18, - "\"dnotes": 9, - "emplate\"": 9, - "都是内置函数，后者代表": 3, - "duration。然后运算符（特别是号）和变量之前一定要有空格，不然会报错。": 3, - "汇总最近一周的日志摘要": 3, - "datefilenamedate\"\"": 36, - "因为日志直接使用日期（格式）作为文件名，方便与": 3, - "alender": 3, - "日志插件连用。所以在做日期比较的时候直接使用": 3, - "filename，因为": 3, - "date可以解析多种日期类型的字符串。": 3, - "从obsidian导出docx": 9, - "为了方便obsidian用户打印出较为美观的实验记录用于纸质存档，特提供相关代码工具方便将": 3, - "obsidian的页面转为": 3, - "完成后续的编辑和打印。用户需注意：": 3, - "定期每周导出已完成的实验记录到docx文档": 3, - "在docx中调整图片大小和格式": 3, - "打印docx并按时间顺序装订存档": 3, - "检查vault仓库": 3, - "如使用sheldonxxd提供的vault仓库，相关脚本、文件和插件设置应该是ready的，但为了避免后续未知错误，强烈建议先检查一遍：": 3, - "emplater插件设置": 3, - "如上图所示，emplater插件中需存在用户自定义的函数，调用cmd或者其它bash执行命令": 3, - "eadingpdfspaperdocxpy": 12, - "tpfilepath": 3, - "paperdocx脚本文件": 3, - "然后检查对应的在目录下存在这个python脚本文件。": 3, - "to模板文件": 3, - "此外还需要检查在目录下存在模板文件，该文件中内容仅一行`": 3, - "tpuserto": 3, - "`，用于调用": 3, - "emplater插件中设定好的自定义函数。": 3, - "其它文件": 3, - "这个python脚本文件运行还需要以下文件：": 3, - "yibrarybib：zotero同步更新的bib文献条目总库": 3, - "acsnanocsl：默认使用的参考文献引文条目格式样式文件": 3, - "templatedocx：默认使用的docx文档模板": 3, - "注意文件名区分大小写，不能有任何错误。": 3, - "模板命令": 3, - "点击obsidian左侧边栏的emplater插件，即可打开插入模板下拉对话框，检查是否存在。": 3, - "安装python和依赖": 3, - "建议从清华镜像源下载最新版的miniconda默认安装，注意添加到环境变量。正确安装完毕后，按输入cmd，打开命令行窗口，然后输入，打开python解释器。": 3, - "如上图所示，如果能够看到": 3, - "conda，则说明成功。": 3, - "直接搜索pandoc下载安装，注意添加到环境变量。": 3, - "同python安装，可在cmd命令行窗口如上图所示输入命令`pandoc": 3, - "version`查看是否安装成功以及对应的版本。": 3, - "安装完python之后，进入cmd，`conda": 3, - "basepip": 3, - "bibtexparser`安装此模块。": 3, - "其它问题": 3, - "对于linux用户或mac用户，请注意在脚本中修改": 3, - "的文件导出地址。默认的是windows用户的桌面。": 3, - "使用和效果": 3, - "以emplater插入模板的方式调用to函数即可，相关的docx和其它文件均会导出到桌面的": 3, - "目录下，如下图所示：": 3, - "obsidian自定义导出幻灯片": 9, - "做幻灯片无论是小组会还是分享都有需求，用oweroint太割裂，所以这里对插件做了一点增强，可以导出独立的幻灯片html。": 3, - "正则": 3, - "软件工具obsidian": 18, - "代码说明": 6, - "ossys": 3, - "shutil": 12, - "re": 27, - "io": 9, - "urllibrequest": 6, - "unquote": 3, - "urlopen": 9, - "sysstdout": 6, - "ioextrappersysstdoutbuffer": 6, - "encodingutf": 78, - "出现print打印字符在cmd的一些错误": 6, - "embedurl": 3, - "rootdir": 27, - "ospathsplitexturl": 3, - "urlstartswith\"http\"": 3, - "fp": 183, - "url": 18, - "openfp": 39, - "rb": 6, - "basebencodefread": 3, - "else": 39, - "try": 45, - "res": 9, - "urlopenurl": 3, - "basebencoderesread": 3, - "except": 48, - "xception": 36, - "printstre": 36, - "datastr": 6, - "fdataimage{ext}basestrdata": 3, - "utf": 3, - "content": 66, - "patternreplace": 3, - "注意跟前面": 3, - "resub": 3, - "用到的": 3, - "保持一致": 3, - "converturl": 9, - "导出幻灯片html的indexhtml文件路径": 3, - "vault库的根目录绝对地址": 3, - "源文件文件名": 3, - "wks": 30, - "ospathspliturl": 3, - "openurl": 6, - "r": 48, - "fread": 12, - "img": 9, - "src\"\"": 3, - "alt\"": 3, - "寻找插图的标签": 3, - "resubpattern": 3, - "lambda": 3, - "embedxgroup": 3, - "覆盖写入原文件": 3, - "fwritecontent": 12, - "重命名html文件": 3, - "ospathjoinwks": 12, - "filenamehtml": 3, - "osrenameurl": 3, - "移动到桌面": 3, - "ospathexpanduser~esktopobsidianslides": 3, - "ospathexiststarget": 6, - "shutilcopyurl": 3, - "shutilcopytreewks": 3, - "shutilrmtreewks": 3, - "main": 33, - "给": 9, - "插件cmd调用的接头，参考如下：": 9, - "projectsworkingrojects软件工具obsidianobsidian自定义导出幻灯片md": 12, - "scriptpath": 12, - "ospathabspathsysargv": 9, - "这里要使用绝对路径，否则后面pandoc转的时候找资源会使用": 9, - "exportdir": 9, - "的相对路径": 9, - "libpath": 12, - "scriptfname": 12, - "ospathsplitscriptpath": 12, - "libpathsplitssets": 6, - "根目录": 9, - "再获取当前文件的": 6, - "sysargv": 21, - "ospathsplitextfp": 57, - "fname": 75, - "ospathsplitbase": 21, - "ospathjoinrootdir": 6, - "indexhtml": 9, - "assert": 27, - "ospathexistsurl": 6, - "xported": 6, - "lides": 9, - "ot": 12, - "ound!": 6, - "test": 36, - "r\"projectsworkingiary本周事务科普talk之我们要干嘛md\"": 3, - "r\"projectsworking\"": 6, - "namemain": 39, - "advancedslides": 9, - "插件可以导出": 3, - "html，但是存在一些bug，如果要实现": 3, - "portable，必须把图片嵌入到": 3, - "中。本来我以为": 3, - "的插件导出的": 3, - "可以直接替换": 3, - "标签的": 3, - "的数据。结果用": 3, - "eautifuloup": 15, - "总是找不到。后来打开": 3, - "的源代码查看，才发现是藏到": 3, - "script": 3, - "中。所以我最终直接用": 3, - "正则模块进行了处理。": 3, - "插件设置": 6, - "特别要注意：": 3, - "irectory": 3, - "就设置为根目录，在执行代码之后，会被转移到桌面的目录中。": 3, - "主题为": 3, - "black，chalkboard为黑板可以比比划划，都可以打开。": 3, - "插件添加设置": 3, - "插件中添加用户自定义函数：": 6, - "functionname": 6, - "exportslidesembedding": 3, - "command": 12, - "ssetscriptsexportslidesembeddingpy": 3, - "中添加对": 6, - "自定义函数的": 6, - "apture": 12, - "调用：": 6, - "然后针对幻灯片类型的笔记，trlhift": 3, - "可以开启预览。预览页面的三点菜单可以找到导出为": 3, - "html：": 3, - "导出后可以关闭预览，然后选中该幻灯片笔记，trl": 3, - "执行。": 3, - "导出文件": 3, - "固定导出目录的好处是所有的幻灯片": 3, - "可以": 3, - "动态展示所需的一些样式文件和插件代码。你可以把整个目录拷贝到盘上，在任何可以使用现代主流浏览器的设备上播放。": 3, - "幻灯片快捷键": 3, - "这里稍微记录一下这种": 3, - "类型幻灯片的快捷键：": 3, - "：前进或后退": 3, - "obsidian中浏览并标注文献pdf": 9, - "希望obsidian也能独立地浏览原文做批注": 3, - "目前我采用的": 3, - "的方式。但其实": 3, - "有一些": 3, - "浏览批注的插件，比如": 3, - "annotator，完全可以让我在": 3, - "中浏览pdf，而无需": 3, - "另外的": 3, - "阅读器。所以这相当于是解耦合的操作。同样我也是用": 3, - "代码来实现的。": 3, - "findpdffp": 9, - "fp为文献笔记的路径，此函数用于解析文献笔记数据，在pdfs目录中找到对应的pdf文件": 3, - "ospathsplitfp": 18, - "eadingpdfs": 9, - "一般是": 3, - "xxxmd": 3, - "xxxamd这种": 3, - "year": 12, - "fnamesplit": 3, - "printyear": 3, - "info": 66, - "freadlines": 3, - "linestartswith": 3, - "linestrip": 3, - "第一个出现的标题": 3, - "break": 6, - "printtitle": 3, - "pdfs": 18, - "file": 27, - "oslistdirwks": 6, - "fileendswithpdf": 3, - "ospathsplitextfile": 3, - "partoftitle": 3, - "前面是year，后面可能有序号，但同一篇文章的附件最好不要超过，不然这里要出错": 3, - "titlestartswithpartoftitle": 3, - "printpartoftitle": 3, - "pdfsappendfile": 3, - "printpdfs": 3, - "annotatefp": 9, - "fnamestartswith": 6, - "nly": 6, - "annotated!": 6, - "ospathsplitextfname": 6, - "lenpdfs": 6, - "find!": 3, - "printnly": 3, - "annotate": 3, - "attachments!": 3, - "idx": 90, - "enumeratepdfs": 6, - "f{name}{idx}": 6, - "fnameidx": 6, - "f{name}md": 3, - "fpidx": 3, - "ospathexistsfpidx": 3, - "nnotation": 3, - "already": 3, - "existed!": 3, - "创建": 3, - "annotation": 33, - "文件，需要": 3, - "插件配合": 3, - "fnannotationtarget": 3, - "{pdf}nnn": 3, - "openfpidx": 3, - "在原有文献笔记末尾追加pdf": 3, - "annotator行": 3, - "\"n": 21, - "f{name}": 3, - "templator调用时可以直接打印到active": 3, - "page": 9, - "printcontent": 9, - "r\"projectsworkingeadingpdfshangmd\"": 3, - "r\"projectsworkingeadingpdfstehramd\"": 3, - "代码也经历了不少迭代，所以批注很多。总体思路非常简单：": 3, - "获取当前文献笔记文件内容，得到文件名和笔记中的文献标题": 3, - "到同目录内遍历pdf文件，虽然文件名被cut过（zotfile插件rename的规则需要注意），但毕竟仍然是完整标题的一部分，所以我用了一个": 3, - "来判断是否为文献笔记对应的pdf文件": 3, - "多个附件可以分别新建pdf批注文件，在启用": 3, - "annotator": 9, - "插件的情况下，只需要在": 3, - "中写明`annotationtarget": 3, - "xxxpdf`": 3, - "zotero中zotfile插件设置说明": 3, - "format": 3, - "就是即可，这样pdf文件名就很简洁。": 3, - "主要是一个路径，这个路径指向了": 3, - "存放的目录。然后可以默认使用": 3, - "mode。": 3, - "emplater和uickdd命令": 3, - "annotatepdf": 3, - "ssetscriptsannotatepdfpy": 3, - "最终效果": 3, - "调用之后，会在当前文献笔记末尾添加指向": 3, - "标注笔记的链接：": 3, - "然后点进入可以直接阅读": 3, - "并进行标注：": 3, - "python抓取文献信息": 9, - "dnotes插件不给力，我决定自己把文献信息做成dataview可以解析的数据格式放到文献笔记中，这样方便overview。": 3, - "爬虫": 3, - "代码与说明": 3, - "导入基础模块": 3, - "bibtexparserbwriter": 6, - "ibexriter": 12, - "bibtexparserbibdatabase": 6, - "ibatabase": 15, - "requests": 12, - "bs": 3, - "quote": 3, - "datetime": 21, - "json": 9, - "刚开始就是导入各种所需要的模块，都是逐渐积累起来的，遇到问题就网上找答案，然后抄代码稍作修改。这里边简单做一些介绍吧。": 3, - "常用python模块说明": 3, - "os：主要用于处理文件路径，比如": 3, - "ospathjoin": 3, - "ospathsplit": 3, - "等等。": 3, - "用于让代码和": 3, - "进行交互，这样就支持": 3, - "emplater插件通过命令行的方式调用这段": 3, - "脚本。注意": 3, - "print": 3, - "的内容会打印到笔记中。": 3, - "pyperclip：可以跟粘贴板交互，有时候可以把字符串内容存到粘贴板上": 3, - "bibtexparser：和": 3, - "文件（与zotero实时同步更新）进行交互，读取文献条目的一些信息": 3, - "requests、urllib：这个都是发起网络连接，从网络上获取内容的": 3, - "eautifuloup：用于解析文档树": 3, - "datetime：日期字符串时间戳处理": 3, - "json：处理json数据转成python字典进行处理": 3, - "与bib文件交互的基础类": 3, - "class": 36, - "ibile": 12, - "initself": 24, - "bib文件读写基类": 6, - "selfdb": 12, - "selfwriter": 12, - "selflibrary": 12, - "selfnewlibrary": 12, - "用于装修改后的entries": 6, - "loadself": 9, - "testalse": 12, - "librarybib": 6, - "bibtexfile": 6, - "bibdatabase": 6, - "bibtexparserloadbibtexfile": 6, - "bibdatabaseentriesdict": 6, - "print{}": 6, - "entries": 6, - "loaded!formatlenselflibrary": 6, - "saveself": 9, - "db": 6, - "dbentries": 6, - "注意这里为list": 6, - "writer": 6, - "bibfile": 24, - "注意编码是": 6, - "utf，默认的": 6, - "gbk": 6, - "会出错": 6, - "bibfilewritewriterwritedb": 6, - "printave": 6, - "{}formatfp": 9, - "的数据搞成字典方便交互处理，这样就可读可写了。": 3, - "obsidian调用的主函数": 3, - "projectsworkingrojects软件工具obsidianobsidian中浏览并标注文献pdfmd`": 3, - "先获取": 3, - "文件的路径": 3, - "f\"{vault}eadingpdfsyibrarybib\"": 3, - "ckey": 9, - "fetchinfockey": 9, - "这个主函数演示了obsidian调用python脚本命令的处理流程，相当于就是在": 3, - "cmd": 9, - "中执行了一段命令。参数就只有当前页面的路径。": 3, - "不过因为脚本也是放在obsidian库中，为了使其可以利用相对路径，所以还对": 3, - "的根目录做了一下解析。这样python脚本就可以跟着": 3, - "随意移动了。注意python文件都放在目录下，所以我用了一个的办法。知道了": 3, - "根目录，接下来就可以找到存放于": 3, - "下的": 3, - "文件了。": 3, - "然后这个脚本只对文献笔记进行阅读，文献笔记是": 3, - "中用": 3, - "插件导出的，带有前缀，后面跟着": 3, - "key，所以用断言": 3, - "判断一下文件名，然后用": 3, - "函数，输入citation": 3, - "key跟文献库bib文件地址。就可以做后面的事情了。": 3, - "为了避免出现各种奇怪的错误，所以我用了`try": 3, - "的结构，这样错误信息会打印出来。": 3, - "可以说这段代码完全是不断实践迭代出来的，基本上是一个比较": 3, - "robust": 12, - "的与": 3, - "插件交互的": 3, - "示范。后续还会经常用到。其实我也考虑过进一步整合为一个内置于": 3, - "模块，多写一些类来做好封装。但可以等到后面有空了再说。": 3, - "fetchinfo": 3, - "函数": 3, - "其实就是citation": 3, - "key，如": 3, - "bib文件地址": 3, - "worker": 9, - "workerloadbibfile": 3, - "workerlibraryckey": 3, - "infodoi": 6, - "fetchfrompubmeddoi": 6, - "typeinfo": 6, - "dict": 6, - "ubed": 87, - "tatistics\"": 6, - "{infokey}": 9, - "print\"pubmed": 3, - "found!\"": 3, - "printinfo": 3, - "today": 6, - "datetimetodaystrftime\"md\"": 9, - "{citedtimes": 6, - "fetchfrombingdoi": 6, - "journaljournalnameinfo": 3, - "infodate": 3, - "queryt": 6, - "f{today}": 6, - "pyperclipcopycontent": 6, - "这个函数中，首先就是到": 3, - "文献库文件中找条目的doi，找到了doi之后我会优先到": 3, - "上查一下文献的其它信息，比如被引次数，用到了另外一个函数": 3, - "为啥是": 3, - "呢？因为它收录的内容比较齐全，整理得也比较好。然后": 3, - "oogle": 3, - "国内访问不了，「ing学术搜索」虽然也还但毕竟不专业。": 3, - "但是也会遇到": 3, - "pubmed": 6, - "没有收录该文献的情况，这个时候，条目信息就东平西凑，主要来源于": 3, - "中，但是被引次数从「ing学术搜索」": 3, - "中抓取（）。关键信息也就剩下期刊名和发表日期了。": 3, - "的名称我希望统一，如果有": 3, - "就用": 3, - "name，没有就全称，所以有个判别的小函数。": 3, - "journalnameinfo": 3, - "\"entry": 3, - "error!\"": 3, - "shortjournal": 3, - "infokeys": 6, - "infoshortjournal": 3, - "elif": 9, - "journaltitle": 3, - "infojournaltitle": 3, - "unknown": 3, - "爬取ubed网站信息": 3, - "pubmedurl": 9, - "f{pubmedurl}term{quotedoi}": 3, - "explorers": 6, - "ozilla": 6, - "ppleebit": 6, - "like": 9, - "ecko": 6, - "hrome": 9, - "afari": 6, - "dg": 6, - "headers": 6, - "{useragent": 6, - "joinexplorers}": 6, - "requestsgeturlquery": 6, - "headersheaders": 6, - "printtyperstatuscode": 3, - "rstatuscode": 9, - "如果网络不好或者断线，也提取zotero中信息": 3, - "alse": 12, - "soup": 6, - "eautifulouprcontent": 6, - "soupfindclassalteredsearchexplanation": 6, - "queryerrormessage": 6, - "\"ot": 6, - "ubed!\"": 3, - "有时候文章没有被收录到ubed，其中一些信息就还是从zotero中提取吧": 3, - "soupfindidcitedbyfindclassamounttext": 3, - "soupfindclassarticlesource": 3, - "sourcefindclassjournalactions": 3, - "dropdownblockfindbuttontextstrip": 3, - "other": 24, - "sourcefindclasscittextsplit": 3, - "issue": 6, - "othersplit": 3, - "发现有的是没有地址的": 3, - "affiliation": 9, - "soupfindclassaffiliationlinktitle": 3, - "soupfindallclassauthorslistitem": 3, - "authorsfindclassfullnametext": 6, - "authorurl": 3, - "authorsfindclassfullnamehref": 3, - "pmid": 6, - "soupfindclassidentifier": 3, - "pubmedfindclasscurrentidtext": 3, - "pmurl": 3, - "journaljournal": 3, - "issueissue": 3, - "pagepage": 3, - "fisrtauthor": 3, - "correspondingauthor": 3, - "f{author}": 3, - "address": 6, - "pubmedid": 3, - "f{pmid}": 3, - "这段代码比较长，但是一个很好的": 3, - "结合使用的例子。这一步需要在浏览器中打开调试模式，dge或者": 3, - "浏览器中用": 3, - "，然后看一下：": 3, - "的构造方式，以方便发起正确的请求": 3, - "你想抓取的网页内容的": 3, - "标签和": 3, - "之类的": 3, - "这部分需要注意的就是构造一个": 3, - "headers，然后就get方法直接访问url，注意检查状态码": 3, - "statuscode，以避免什么网络问题。headers": 3, - "我直接抄的自己浏览器的": 3, - "sergent。": 3, - "这部分就是一个": 3, - "findall": 3, - "的方法。特别要注意的就是如果要按": 3, - "来找，由于": 3, - "代码的关键词，所以加了一个下划线后缀。然后有些": 3, - "text可能包含一些格式化不显示内容（换行空格之类的），可以用字符串的": 3, - "方法去除。": 3, - "爬取ing学术网站信息": 3, - "目前bing学术算是国内能够愉快访问并替代google的选择了": 3, - "bingurl": 3, - "f{bingurl}searchq{quotedoi}": 3, - "acacontent": 3, - "soupfindclassacamain": 3, - "acalist": 3, - "acacontentfindallclassbhanel": 3, - "acalistfindclassacacontenttextstrip": 3, - "这里依然是": 3, - "联用，不过只抓取被引次数，所以还算简单。": 3, - "调用crossref接口查询doi": 3, - "fetchfromcrossrefdoi": 6, - "urlopenquery": 3, - "返回的是json二进制文件": 3, - "resgetcode": 3, - "\"nternet": 3, - "onnection": 6, - "rror": 6, - "rossef!\"": 3, - "jsonloadsresread": 3, - "entry": 6, - "datamessage": 3, - "infotitle": 3, - "entrytitle": 3, - "infofisrtauthor": 3, - "entryauthorgiven": 6, - "entryauthorfamily": 6, - "cauthor": 6, - "curl": 3, - "entryauthor": 3, - "cis": 6, - "entryauthorauthenticatedorcid": 3, - "co": 9, - "f{cauthor}": 3, - "infocorrespondingauthor": 3, - "infoaddress": 3, - "entryauthoraffiliationname": 3, - "infojournal": 3, - "entrycontainertitle": 3, - "infotype": 3, - "entrytype": 3, - "datetimefromtimestampentrycreatedtimestamp": 3, - "infopublishdate": 3, - "datestrftime\"md\"": 3, - "infovolume": 3, - "entryvolume": 3, - "infoissue": 3, - "entryissue": 3, - "infopage": 3, - "entrypage": 3, - "infocitedtimes": 3, - "entryisreferencedbycount": 3, - "infoqueryt": 3, - "虽然不及时，但是绝大部分的文献记录都有被crossref抓取，从而构建了一个非常庞大的文献引用关系网络。所以到": 3, - "crossref": 12, - "中抓取信息也是一个选择。不过": 3, - "直接返回": 3, - "数据包，所以这里处理方式不大一样，主要使用": 3, - "jsonloads": 3, - "对返回字节数据直接进行处理。": 3, - "完整的json数据包含了很多内容，我只选择了其中自己想要的，而且重新构造了一个字典。在日期时间处理上我用到了": 3, - "模块，还是有点意思。": 3, - "测试与运行": 3, - "tockhammer": 12, - "r\"projectsworkingeadingpdfsyibrarybib\"": 3, - "testcrossref": 6, - "sx": 45, - "代码写完一个函数一般我就会测试一下，所以会写一些小的测试小函数，这样在运行区就没有太多内容。我觉得这也是一个很好的习惯。": 3, - "obsidian设置": 3, - "emplater设置": 3, - "为了能够在": 3, - "中一键运行，我们还需要做一些工作：": 3, - "插件设置中开启「允许系统命令行功能」，然后添加": 3, - "user": 15, - "function。左边是名字，自己随意命名，右边是": 3, - "命令。": 3, - "fetchpaperinfo": 3, - "value": 12, - "ssetscriptsfetchpaperinfopy": 3, - "projectsworkingrojects软件工具obsidianobsidian中浏览并标注文献pdfmd": 3, - "注意使用的脚本是相对路径，根目录就是vault的根目录": 3, - "然后参数是": 3, - "templater内置函数提供的（比如当前笔记文件的路径）": 3, - "使用命令行的时候，注意检查自己的": 3, - "是否在环境变量中，而且python所用到的模块是否已经安装": 3, - "quickdd命令": 3, - "设置好了": 3, - "插件中的": 3, - "之后，然后去添加": 3, - "添加一个": 3, - "的命令，然后进入其中设置，直接是": 3, - "active": 18, - "file，这样当你": 3, - "keep": 3, - "当前的文献笔记": 3, - "的时候，调用": 3, - "命令（快捷键": 3, - "），就会激活下方填写的": 3, - "function，然后完成一系列操作。": 3, - "执行效果": 3, - "bing": 3, - "查看": 3, - "在文献笔记中有了这些内容之后，我就可以使用": 3, - "进行非常自定义的查询，": 3, - "渲染之后显示如下：": 3, - "obsidianslides测试": 6, - "debug": 6, - "使用幻灯片插件插入图片有些问题，没想到自己直接动手修改源代码成功fix掉了，有点自豪。": 3, - "这是标题": 3, - "修改插件源代码": 3, - "advanced": 6, - "slides": 6, - "版本存在图片路径解析问题": 3, - "我修改了源代码暂时解决了这个问题，之后给作者提了issue。": 3, - "debug的技巧": 3, - "obsidian这些插件的问题": 3, - "大部分可以先": 3, - "打开调试模式": 3, - "看看出问题的html代码": 3, - "确定一些关键词如tag或者class": 3, - "然后到插件的js文件中找找看": 3, - "obsidian导出库模板": 6, - "分类讨论，好的架构设计可以让后续迭代修改更加轻松。": 3, - "发现我在": 3, - "上的项目还是有不少人给了小星星，所以我觉得还是定期更新一下功能。为了方便形成一个": 3, - "模板，其实就是复制一些结构性的内容，去除自己的个人笔记，我弄了下面一段python代码。": 3, - "exportvaulttemplatewks": 6, - "此函数用于将我当下使用的": 3, - "导出为一个模板": 3, - "仅仅拷贝一些模板，query以及插件主题和配置文件，去除个人笔记内容。": 3, - "在桌面新建一个空白vault目录": 3, - "ospathexpanduser~esktopmyvaulttemplate": 3, - "totalappendtarget": 3, - "osmkdirtarget": 3, - "复制": 6, - "emplates": 6, - "目录和内部全部内容": 3, - "full": 6, - "ssetscripts": 3, - "shutilcopytreesrcwksfp": 3, - "dsttargetfp": 3, - "totalappendtargetfp": 3, - "中的重要文件": 3, - "osmakedirstargetthis": 3, - "files": 33, - "acsnanocsl": 3, - "markdowncss": 3, - "emplatemd": 3, - "templatedocx": 3, - "paperdocxpy": 3, - "getitationeyspy": 6, - "shutilcopywksthisf": 3, - "targetthisf": 3, - "totalappendtargetthisf": 3, - "复制其它空目录并填充占位文件": 3, - "space": 9, - "iary日志存档": 3, - "iary周小结": 3, - "iary月总结": 3, - "iary本周事务": 3, - "rchives": 3, - "ssetsxcalidraw": 3, - "sdir": 6, - "ospathjointarget": 3, - "osmakedirssdir": 3, - "existokrue": 3, - "opensdirkeep": 3, - "fwritethis": 3, - "created": 3, - "keeping": 3, - "totalappendsdir": 3, - "enumeratetotal": 3, - "printfopied": 3, - "{idx}": 3, - "{t}": 3, - "title版本变化": 3, - "代码到后面用着用着就会发现有一些小bug，有些小的需求需要进行修改。所以把代码记录到博客中，纯粹只能是作为一种参考。不过好的代码应当充分考虑到这种情况，在架构设计上有所体现，这样后面修改代码也不至于伤筋动骨。比如这里我新增了作为全复制目录，只需要到对应的列表中添加即可。": 3, - "推广obsidian用于试剂库存管理方案": 9, - "用obsidian整理试剂库存也有明显的优势，整理一下经验打算推而广之。": 3, - "概述": 3, - "先看效果图：": 3, - "在科研活动中，除了文献阅读知识碎片管理的需求，试剂信息管理的需求同样可以被": 3, - "很好的满足。如上图所示，每个试剂都可以新建一个小卡片，根据模板补充信息，然后汇总页面就会把这些试剂信息整合为一个表格，一目了然。而且，你还可以给每个卡片设置别名（aliases），这样在写实验记录是可以直接使用别名引用这个试剂，日后整理文章草稿什么的也很方便。": 3, - "开启「卡片」插件": 3, - "新建试剂「卡片模板」和卡片夹目录": 3, - "模板目录内新建": 3, - "文件，文件内容如下所示：": 3, - "试剂简称": 3, - "抗体核酸": 3, - "已分装将用完": 3, - "浓度或质量。。": 3, - "在根目录新建目录。": 3, - "设置「卡片」插件": 3, - "在「插件选项」侧栏中找到「卡片」，按上图填写信息即可。": 3, - "创建试剂目录": 3, - "可以在目录下新建页面，写入以下内容：": 3, - "这相当于建立了一个查询（query），dataview": 3, - "插件会自动按照脚本获取试剂卡片的信息。": 3, - "新建一个试剂卡片": 3, - "界面左侧边栏有一个": 3, - "icon": 3, - "可以直接创建新的卡片，在新建的卡片中修改信息，注意": 3, - "是特殊符号，前面是键，后面是值，": 3, - "后面要有空格。": 3, - "可以填写自己熟悉的别称，这样在引用卡片时可以通过别称在补全提示中快速搜索到这个卡片。如：羊抗兔：": 3, - "点击提示选项就可以补全双链引用。": 3, - "重要说明": 3, - "除了开启内置的卡片插件外，本方案还依赖以下插件：": 3, - "用户可根据自己的试剂情况，修改试剂卡片模板，和": 3, - "脚本。": 3, - "导出docx": 3, - "!推广obsidian用于试剂库存管理方案docx": 3, - "学习一下javascirpt": 3, - "中设置好，可以把": 3, - "复制到粘贴板，不过快捷键是": 3, - "，然后": 3, - "中的函数可以获取粘贴板内容，然后直接传递给": 3, - "函数，应该就能实现": 3, - "的转换。甚至可以直接拷贝": 3, - "文本内容到粘贴板，把": 3, - "什么的都搞定。": 3, - "不过话说回来，etter": 3, - "也可以设置": 3, - "quick": 3, - "copy": 6, - "的类型，默认是": 3, - "的，也可以是": 3, - "roam": 3, - "双链笔记这种。": 3, - "注意，quickcopy": 3, - "同样支持拖拽的，也就是说你甚至不需要": 3, - "ctrlshiftc，不过这种情况适用于你屏幕比较大的情况。": 3, - "整理看板日志工作流": 6, - "有一段时间之后，主要是用来弄文献阅读笔记，基本已经顺畅上路了。但是日志这一块，跟看板之间还是有一些割裂。后来我觉得如果把一天分成好多事情，那么逻辑上就清楚多了。": 3, - "看板就是置顶可见常见的看板，要先建立一个任务，然后执行它，然后完成了就可以写一些后感什么的。每天的日志主要是对看板的具体补充。因为我的看板内容上不会很负责，而且有些时候看板上的一句话是要直接作为看板笔记的文件名的。": 3, - "为了方便看板跟日志的连接，我修改了看板的设置，并且也修改了": 3, - "模板，使之能够直接通过快捷键新增任务并添加到看板。本来我还考虑了给看板添加所谓的优先级和复杂性，但是后来想想这个价值判断不是难事。拖延也并不是因为不知道什么事情重要，只是发动机空转，没有开始去做第一步而已。": 3, - "不过既然看板日志基本上对应具体的事物，我觉得还是可以弄一个": 3, - "，里边要对这个事情有简单的描述，然后可以被": 3, - "检索整理成表格。还能够反向链接到当日日志。所以我搞了一个看板事务。还修改了看板的设置，其实就是": 3, - "matter": 21, - "中的信息被修改了：": 3, - "kanbanplugin": 6, - "basic": 12, - "linkdatetodailynote": 3, - "timeformat": 3, - "dateformat": 3, - "showrelativedate": 3, - "prependarchivedate": 3, - "prependarchiveformat": 3, - "prependarchiveseparator": 3, - "datepickerweekstart": 3, - "hidedateintitle": 3, - "newnotetemplate": 3, - "emplates看板事务md": 3, - "newnotefolder": 3, - "nbox看板日志": 3, - "添加一个事务表": 6, - "这里主要是测试以下": 3, - "kanban": 3, - "利用模板新建模板日志的功能，结果发现似乎跟": 3, - "不兼容啊。还是创建的": 3, - "最初的草稿。可能": 3, - "要设置一下。但是也没有关系。": 3, - "利用超算中心做localize": 3, - "做采集的数据量越来越大，一个数据将近，最好是能够切割然后利用多进程做定位，否则一般的电脑吃不消。所以就上了超算，写了一些代码实现整个超大数据的超算localize流程。": 3, - "lifrawpy": 3, - "readlifreader": 9, - "ifile": 9, - "用于读取lif文件数据": 6, - "用于保存和读取": 6, - "文件": 15, - "yaml": 48, - "用于保存信息到": 6, - "time": 54, - "glob": 27, - "savedata": 12, - "保存信息到yaml文件": 6, - "row": 24, - "col": 21, - "datashape": 6, - "yte": 9, - "rder": 9, - "ata": 21, - "ype": 15, - "uint": 9, - "rames": 12, - "idth": 9, - "yamldumpinfo": 9, - "printf数据已保存至": 6, - "{fp}": 6, - "datatofilefp": 6, - "lifrawfp": 12, - "batchsize": 18, - "注意一个project对应一个lif文件，每个project中只有一个": 6, - "xyt": 6, - "的视频数据": 6, - "文件路径，返回": 6, - "nparray": 6, - "shape": 27, - "将数据保存为picasso可以处理的raw文件，并保存相应信息到yaml文件中": 6, - "ifilefp": 9, - "准备好存储空间，适合更多数据": 6, - "now": 6, - "datetimenow": 6, - "datastamp": 6, - "nowstrftime\"md\"": 6, - "cutdir": 6, - "fcut{batchsize}{datastamp}": 6, - "ospathexistscutdir": 6, - "osmakedirscutdir": 6, - "转换数据": 6, - "读取lif数据": 6, - "series": 27, - "datagetimage": 9, - "seriesinfo": 9, - "fn": 15, - "sdimst": 6, - "lif文件太大，容易出现内存分配不足问题": 6, - "batchid": 18, - "seriesgetitertc": 9, - "dataappendnparrayframe": 6, - "nparraydata": 6, - "dtypeuint": 6, - "ospathjoincutdir": 6, - "fnamef\"{batchidbatchsize}raw\"": 6, - "timetime": 21, - "globglobrxxdeicailif": 6, - "totalbatch": 12, - "printf\"ut": 6, - "{totalbatch}": 6, - "parts": 9, - "{timetimet}": 6, - "sec\"": 6, - "先在本地运行此段代码，将": 3, - "数据文件转换为": 3, - "文件，并且分割成小块保存，方便多进程处理和网络传输。上传到超算的存储空间，可以使用": 3, - "winscp": 9, - "工具。": 3, - "localizeconfigyaml": 9, - "amera": 9, - "注意修改此处": 6, - "atchumber": 3, - "总共有多少个数据块，注意修改": 3, - "fitmethod": 12, - "\"mle\"": 12, - "boxsidelength": 12, - "gradient": 12, - "baseline": 12, - "sensitivity": 18, - "gain": 12, - "qe": 15, - "drift": 60, - "使用自动漂移校正，为时禁用": 6, - "由于不同的相机和拍摄实验可能有不同的参数，在localize时做光子数转换需要修改一下配置，预设了两套参数，对应目前已有的两台相机。": 3, - "localizepy": 24, - "picassomain": 9, - "join": 18, - "argparse": 6, - "multiprocessing": 9, - "rocess": 9, - "cpucount": 9, - "signal": 21, - "ultirocessing": 3, - "ocalize": 3, - "yrocessrocess": 9, - "config": 18, - "superyrocess": 9, - "selfinit": 9, - "selffp": 12, - "selfconfig": 6, - "runself": 9, - "jobselffp": 9, - "procid": 9, - "osgetpid": 9, - "printf\"nn子进程{procid}已完成！n\"": 9, - "jobfp": 9, - "\"testsdatatestdataraw\"": 6, - "parser": 6, - "argparsergumentarser": 6, - "args": 6, - "parserparseargs": 6, - "argsfiles": 6, - "argsfitmethod": 6, - "configfitmethod": 6, - "argsboxsidelength": 6, - "configboxsidelength": 6, - "argsgradient": 6, - "configgradient": 6, - "argsbaseline": 6, - "configbaseline": 6, - "argssensitivity": 6, - "configsensitivity": 6, - "argsgain": 6, - "configgain": 6, - "argsqe": 6, - "configqe": 6, - "argsdrift": 6, - "configdrift": 6, - "mainlocalizeargs": 6, - "quitsignum": 6, - "终止while": 6, - "rue": 21, - "循环": 6, - "printntop": 6, - "ocalizationnn": 6, - "sysexit": 6, - "fetchilesrc": 6, - "获取src目录下所有文件的地址，包括子目录中的内容": 6, - "root": 9, - "dirs": 6, - "oswalksrc": 6, - "fnameendswithraw": 3, - "fpsappendospathjoinroot": 6, - "countilefps": 3, - "判断已经完成的数据块数量": 3, - "baselocshdf": 15, - "ospathexistsfp": 15, - "readheckfp": 12, - "yamlfp": 12, - "openyamlfp": 12, - "yamlloadf": 18, - "oaderyamlulloader": 18, - "movie": 36, - "npmemmapfp": 12, - "dtypeinfoata": 12, - "ypeshapeinforamesinfoeightinfoidth": 6, - "watchconfig": 6, - "batchnumber": 6, - "监控data目录文件": 6, - "print\"的核数为{}\"formatcpucount": 9, - "signalsignalsignal": 12, - "quit": 12, - "按快捷键trl终止程序运行，注意不要在运行时有复制的操作": 3, - "\"data\"": 9, - "jobs": 12, - "printf\"rocessing": 9, - "{fp}\"": 9, - "finishedappendfp": 9, - "proc": 12, - "yrocessfp": 9, - "jobsappendproc": 3, - "procstart": 9, - "lenfinished": 3, - "oin": 6, - "sortfilenamebyindexfp": 6, - "提取分块文件名的索引数值": 3, - "floatfnamesplit": 6, - "joinafterlocalizewksdata": 3, - "projs": 6, - "目录下存在若干项目，每个项目一般是": 3, - "cut{{batchsize}}{{date}}": 3, - "然后项目内又有多个子文件夹，代表是一次实验不同组别，命名随意": 3, - "注意该目录结构必须严格匹配，否则报错": 3, - "proj": 6, - "pdir": 6, - "oslistdirpdir": 3, - "jfile": 3, - "globglobospathjoinsdir": 6, - "joinhdf": 3, - "lenjfile": 3, - "locshdf": 6, - "sortedfps": 6, - "keysortfilenamebyindex": 6, - "joinfps": 6, - "keepindexalse": 6, - "printfoin": 3, - "{s}": 6, - "inished!": 6, - "printflready": 3, - "joined": 3, - "{proj}!": 3, - "openlocalizeconfigyaml": 6, - "setting": 9, - "camera": 9, - "settingamera": 6, - "settingcamera": 6, - "settingatchumber": 3, - "阻塞一下主进程": 3, - "procjoin": 3, - "printfotally": 3, - "{lenjobs}": 3, - "processes": 3, - "done": 3, - "{inttimetimet}": 3, - "joinafterlocalize": 3, - "此段代码已经存放在": 3, - "~esktopxxdapp": 3, - "目录中，在": 3, - "核": 3, - "server": 3, - "中打开": 3, - "erminal，依次输入以下命令执行：": 3, - "esktopxxdapp": 6, - "!mgpng": 3, - "注意分割数据时，如果是x每帧，建议每": 3, - "帧一份，大概": 3, - "。如果是其它的大小，可以尽量保持每份数据的传输时间在": 3, - "以内（校内网络传输速率": 3, - "s），所以切割大小范围推荐": 3, - "。如果总数据量小于": 3, - "，不推荐使用超算处理。": 3, - "一般数据上传完成，会在一两分钟内完成所有数据的localize，并自动完成": 3, - "join，可以通过": 3, - "下载子目录下带有": 3, - "后缀的单分子定位数据。": 3, - "slurm作业脚本": 3, - "也可以集中把一周内产生的大量数据上传到data目录之后，提交作业申请更多资源来完成计算。比如下方的例子就能够使用个节点，核来完成localize过程。": 3, - "`slurm": 3, - "!binbash": 6, - "jobnamepicassolocalize": 3, - "partitioncpu": 6, - "ntaskspernode": 6, - "mailtypeend": 6, - "mailusersheldonsinapcom": 6, - "outputjout": 6, - "errorjerr": 6, - "注意这里使用的": 3, - "脚本，后面依次要输入相机类型（s），数据块数量等参数。": 3, - "注意需要使用": 3, - "ssh": 6, - "命令登录超算中心的登录节点。": 3, - "loginhpcsjtueducn": 3, - "l": 6, - "ccelmqlab": 3, - "然后就会要求输入密码，详见交大超算平台使用经验。": 3, - "登录之后，直接`cd": 3, - "esktopxxdappnano": 3, - "localizeslurm`": 6, - "进入作业脚本修改参数，比如相机": 3, - "和数据块数量": 3, - "。保存后使用`sbatch": 3, - "提交作业。然后就开始排队。作业完成后，会发邮件，所以不用干等着。": 3, - "如果不会用命令行方式修改脚本，可以在本地写好一个": 3, - "slurm，通过winscp等工具上传到": 3, - "app": 15, - "cpu队列一般要独占节点，注意使用": 3, - "sinfo": 3, - "查看情况，然后修改申请节点数量，不然一直会在appending。": 3, - "提取漂移校正后的单分子荧光强度随时间变化曲线": 3, - "比如在做": 3, - "实验或者单分子荧光漂白实验的时候，往往要提取单个spot的强度随时间变化曲线进行后续分析。而实际拍摄过程中，总会发生xy方向的水平漂移，所以可以先用picasso做单分子定位跟漂移校正，然后根据校正轨迹提取想要的强度时间曲线。": 3, - "基于marker的漂移校正": 3, - "inline": 3, - "在jupyterlab中搞": 3, - "hpy": 3, - "imageio": 9, - "getriftm": 6, - "单个": 3, - "localizations": 12, - "或者多个": 3, - "的平均": 3, - "返回": 3, - "drift（dataframe~xyframe）": 3, - "mfilteritemsframexy": 3, - "driftiloc": 3, - "driftx": 15, - "ccx": 3, - "drifty": 15, - "ccy": 6, - "driftxmean": 3, - "driftymean": 3, - "undriftfp": 9, - "locs": 30, - "pdreadhdffp": 9, - "keylocs": 9, - "gp": 18, - "locsgroupbyframe": 3, - "df": 15, - "dfx": 6, - "floatdriftilocintkey": 6, - "dfy": 9, - "locsappenddf": 3, - "pdconcatlocs": 3, - "ignoreindexrue": 3, - "savefilepath": 3, - "suffixxxdundrift": 3, - "为数据帧": 3, - "suffix": 15, - "是hdf文件后缀": 3, - "ospathsplitextfilepath": 3, - "hdf": 6, - "fpyaml": 6, - "dfxvalues": 3, - "dfcolumns": 6, - "dfxdtype": 3, - "nprecarray": 3, - "dtype": 3, - "hpyilefpw": 3, - "fcreatedatasetlocs": 3, - "datag": 3, - "拷贝yaml文件记录": 3, - "shutilcopybaseyaml": 3, - "printaved": 3, - "当我们在": 3, - "picassorender": 6, - "中选取了一些质量较好的": 3, - "的轨迹之后，使用读取数据（pickedlocalizations），可以用函数绘制其轨迹，时间被编码成了颜色，选择其中最好的一条": 3, - "drift。再对原始的": 3, - "数据做": 3, - "，就可以完成漂移校正。使用范例如下：": 3, - "r\"serssheldonesktopcynlifnplocspickedhdf\"": 3, - "datagroupbygroup": 3, - "printf{idx}": 3, - "colorlineplotdfx": 3, - "dfframe": 3, - "gpgetgroup": 3, - "选择质量最好的满帧的单个": 3, - "r\"xxdeicaicynlifnplocshdf\"": 3, - "savefp": 3, - "选择想要的单分子spot并获取漂移轨迹": 3, - "用": 12, - "打开校正后的数据集，然后圈选想要的": 3, - "spots，保存为": 3, - "pickedlocalizations，然后用下边的代码提取出每个spot": 3, - "的中心坐标，然后进而得到每个spot完整的漂移轨迹：": 3, - "getickpicks": 6, - "picksgroupbygroup": 3, - "dfxmean": 3, - "dfymean": 3, - "locsappendx": 3, - "getickrajlocs": 6, - "trajs": 9, - "loc": 21, - "driftframe": 3, - "traj": 6, - "trajx": 3, - "这里和做undrift刚好是相反的": 3, - "trajy": 3, - "trajframe": 3, - "trajastype\"uint\"": 3, - "坐标是正整数（无符号）": 3, - "trajsappendtraj": 3, - "r\"serssheldonesktopcynlifnplocsxxdundriftpickedhdf\"": 3, - "picks": 3, - "是前面用到的最好的marker的漂移轨迹": 3, - "获取单分子的trace": 3, - "通过上面的步骤得到了轨迹坐标之后，就可以直接从原始数据中截取单分子小范围的movie，以及后续计算单分子的荧光强度或者光子数的变化了。": 3, - "readfp": 9, - "直接读取raw文件方便基于原始数据进行后续分析": 3, - "shapeinforames": 6, - "infoeight": 9, - "infoidth": 3, - "getracetraj": 3, - "radii": 9, - "enumeratemovie": 3, - "trajxvaluesidx": 3, - "trajyvaluesidx": 3, - "crop": 3, - "frameyradiiyradii": 3, - "xradiixradii": 3, - "的区别": 3, - "traceappendcrop": 3, - "r\"xxdeicaicynlifnpraw\"": 3, - "getracetrajs": 6, - "返回的是一个list": 3, - "nparraytrace": 3, - "转成一个": 3, - "ndarray": 3, - "tracemaxaxismeanaxis": 3, - "沿时间轴取每一帧的最大值": 3, - "pltplottrace": 3, - "最后trace的显示效果如下：": 3, - "如果要保存": 3, - "trace（其实也是一个小movie），可以用以下命令：": 3, - "imageiomimsave\"testtif\"": 3, - "若要保存为movie时，建议radii设置为，此时为x大小": 3, - "picasso软件包": 3, - "!icassoindowsbitexe": 3, - "jungmann组推出的工具，到年月日为止，发布了新的": 3, - "release，已经分享给翟婷婷和周高昂，应该是可以正常安装使用的。不过有一些错误。这种二进制安装文件比较简单，不像过去用python从源代码安装部署，虽然可以增加加速模块，然后手动修改一些bug，但是还是比较麻烦。": 3, - "的数据": 3, - "做成像实验，有时候产生的数据非常大，数据处理时需要转成格式，但是": 3, - "并没有提供对": 3, - "文件的转换接口。所以我自己写了一个": 3, - "convertor，然后后面又产生了对": 3, - "进行": 3, - "操作的需求。": 3, - "将软件产出的": 3, - "spe": 6, - "文件转成": 3, - "convertor": 3, - "将": 3, - "采集的超大视频文件转换为": 3, - "格式，方便": 3, - "picassolocalize": 3, - "模块进行处理": 3, - "print文件格式不对！": 3, - "selfwks": 3, - "selffilename": 3, - "selffilepath": 3, - "selfdata": 12, - "selffilepathendswithspe": 3, - "如果是其他文件格式，考虑其他读取方案，如": 3, - "readlif": 3, - "读取": 3, - "leica": 3, - "imageiovolreadselffilepath": 3, - "formatspe": 3, - "selffilepathendswithlif": 3, - "selfreadlif": 3, - "printata": 6, - "loaded!": 6, - "{f}": 6, - "secformattt": 6, - "readlifself": 3, - "ifileselffilepath": 3, - "npzerosshapesdimst": 3, - "sdimsy": 3, - "sdimsx": 3, - "dataidx": 3, - "selffilepathnpraw": 3, - "selfdatatofilefp": 3, - "selfdatashape": 3, - "saved!": 3, - "printo": 3, - "rangeeriesfp": 6, - "nchannels": 6, - "扩充图像分配不同通道，缺的补，上下分配": 3, - "imglist": 3, - "datagetiterimage": 3, - "lenimglist": 3, - "如果是整数倍才开搞": 3, - "framelist": 3, - "nparrayi": 3, - "imglistidxgetitertc": 3, - "npvstackframelist": 3, - "printseriesshape": 3, - "rangenchannels": 3, - "npzerosshapeseriesshape": 3, - "dtypenpuint": 3, - "seriesappends": 3, - "ch": 3, - "idxnchannels": 3, - "seriesch": 3, - "part": 3, - "nphstackseries": 3, - "printpartshape": 3, - "totalappendpart": 3, - "npvstacktotal": 3, - "printdatashape": 3, - "printhannel": 3, - "please": 3, - "check": 3, - "according": 3, - "channel": 21, - "number!": 3, - "mode": 9, - "convertorfp": 3, - "workerload": 3, - "workerdata": 3, - "workersave": 3, - "读取数据则通过": 3, - "这个函数，要格外注意，读出来的数据，如果遭到修改，那么硬盘中的原始数据也会被修改。": 3, - "剩下的对raw进行": 3, - "操作的函数，我交给了戴哲泽让他来完成，也算是一次编程教学。": 3, - "关键是要把各种数据格式转成": 3, - "raw，所以用到了": 3, - "这个包。": 3, - "后面重新写了一个更简洁的从": 3, - "笔记本：rawipynb，使用时基本上只需要输入": 3, - "文件路径即可。": 3, - "荧光相关光谱拟合": 6, - "从董朝青老师那里采集到的荧光相关光谱数据，其实还是文本文件，然后需要对相关光谱做拟合，从而得到一些参数，其中最重要的就是扩散时间。": 3, - "scipyoptimize": 3, - "curvefit": 6, - "fitfp": 6, - "initialguess": 6, - "printfp": 3, - "datasplitnn": 3, - "fetchorrelationurveparts": 3, - "aaime": 3, - "aime": 3, - "对初值非常敏感，可先参考origin的拟合结果": 3, - "dataimevalues": 3, - "dataorrelationvalues": 3, - "把拟合迭代次数尽量放大，默认是": 3, - "popt": 9, - "pcov": 3, - "curvefitfcs": 3, - "pinitialguess": 3, - "maxfev": 3, - "perr": 6, - "npsqrtnpdiagpcov": 3, - "ps": 6, - "psparams": 3, - "pserror": 3, - "pslabel": 3, - "printps": 3, - "查看方值": 3, - "fcs": 3, - "mean": 12, - "npmeany": 3, - "sstot": 6, - "npsumy": 6, - "ssres": 6, - "rsquared": 3, - "printfsquared{rsquared}": 3, - "可视化查看拟合效果": 3, - "pltplotdataime": 3, - "dataorrelation": 3, - "pltxscalelog": 3, - "pltxlime": 3, - "fetchorrelationurvepart": 3, - "lines": 6, - "partsplitn": 3, - "enumeratelines": 3, - "printname": 3, - "corr": 3, - "linesplitt": 3, - "dataappendfloattime": 3, - "floatcorr": 3, - "pdataramedata": 9, - "columnsime": 3, - "orrelation": 9, - "fcsx": 3, - "lag": 6, - "time（tau": 3, - "可能跟分子数有关（振幅）": 3, - "为荧光三线态比例": 3, - "tautrip，荧光激发的一个什么时间？": 3, - "offset常数": 3, - "taudiffusion，扩散时间": 3, - "固定值为，可能跟仪器相关": 3, - "canpexpbxxnpsqrtx": 3, - "globglobospathjoinwks": 6, - "用于收集每种imager的扩散时间": 3, - "enumeratefiles": 3, - "tau": 12, - "resparamsvalues": 3, - "单位是秒": 3, - "dataappendsample": 3, - "columnssample": 3, - "查看不同样品的tau": 3, - "snsswarmplotsample": 3, - "datadata": 3, - "保存tau数据": 3, - "datatocsvospathexpanduser~esktoptaucsv": 3, - "这段代码主要的功能就是从文本文件中提取相关光谱的数据并做预处理，然后对光谱做拟合，解析出来参数。值得一提的主要是利用": 3, - "曲线拟合": 3, - "，由于这个对初值敏感，所以迭代次数自己设置高一点。然后是拟合的结果，也就是参数的获取，参数的误差值的获取，还有评估拟合效果的方值计算，都是非常清楚的。所以这个是做": 3, - "做曲线拟合非常好的": 3, - "可以参考并自行修改程序运行部分的，以适配批量或者处理单个数据文件的需求。": 3, - "!荧光相关光谱分析html": 3, - "荧光相关光谱已经是从最原始的": 3, - "中提取分析出来的。其底层还是时序信号的自相关分析，能够发现一些周期性。其实在": 3, - "的数据分析中也有用到过这种，不仅仅是计算": 3, - "inetics，还包括漂移校正。": 3, - "虽然有": 3, - "的插件，但是不好用。而我之前有一套基于": 3, - "草稿转成带有参考文献的": 3, - "docx，所以这里稍微修改一下就可以用。这样我就能导出一份样式能够调整的": 3, - "文档分享给别人，同时也可以作为论文草稿。": 3, - "subprocess": 3, - "onvertor": 3, - "将论文草稿导出为带参考文献的docx": 3, - "template": 15, - "selfvault": 3, - "selfmd": 3, - "selfbib": 3, - "selfcls": 3, - "selftemplate": 3, - "selfname": 9, - "selfexportdir": 6, - "ospathjoinselfvault": 3, - "ospathexpanduserf~esktopxportxport{selfname}": 3, - "selfnewassetdir": 6, - "ospathjoinselfexportdir": 12, - "ospathexistsselfnewassetdir": 3, - "osmakedirsselfnewassetdir": 3, - "selfcontent": 12, - "toesktopself": 3, - "先把obsidian附件导出到桌面": 3, - "selfgetssets": 3, - "ospathsplitsrc": 3, - "dst": 9, - "ospathjoinselfnewassetdir": 3, - "shutilcopysrc": 3, - "然后修改双链语法标记为符合规范的markdown标记": 3, - "selfwikimd": 3, - "selfnamemd": 3, - "openselffp": 3, - "wikimdself": 3, - "插图标记转换：将!转化为!格式": 3, - "参考文献标记转换：将转化为格式": 3, - "figures": 6, - "refindall!": 6, - "f{fig}": 3, - "contentreplacef!{fig}": 3, - "selfcitations": 9, - "refindallaz{}az": 3, - "refindall": 3, - "item": 9, - "f{item}": 3, - "多一个空格": 3, - "contentreplacef{item}": 3, - "最后处理以下多个插入引用": 3, - "contentreplace": 3, - "getssetsself": 3, - "fnames": 6, - "filelist": 6, - "folders": 3, - "oswalkselfvault": 3, - "filelistappendospathjoinroot": 3, - "toocxself": 3, - "selfnamedocx": 3, - "printselfbib": 3, - "fpandoc": 3, - "citeproc": 3, - "markdownemoji": 3, - "bibliography\"{selfbib}\"": 3, - "csl\"{selfcls}\"": 3, - "referencedoc\"{selftemplate}\"": 3, - "\"{selffp}\"": 3, - "\"{target}\"": 3, - "openselfexportdircommandtxt": 3, - "fwritecommand": 3, - "ret": 3, - "subprocessopencommand": 3, - "shellrue": 3, - "cwdselfexportdir": 3, - "toibself": 3, - "收集文稿中的citation导出为一个独立的bib文件": 3, - "workerloadselfbib": 3, - "newlib": 6, - "newlibappendworkerlibrarykey": 3, - "workernewlibrary": 3, - "frefsbib": 3, - "workersavefp": 3, - "libpathspliteading": 3, - "f\"{libpath}yibrarybib\"": 3, - "f\"{libpath}acsnanocsl\"": 3, - "f\"{libpath}templatedocx\"": 3, - "onvertorvault": 3, - "xxdtoesktop": 3, - "xxdtoocx": 3, - "xxdtoib": 3, - "printlibpath": 3, - "这段代码比较复杂，按照完成任务的逻辑可以分成以下几个部分：": 3, - "读取obsidian文件内容，并将其中": 3, - "wiki": 9, - "双链部分转换为": 3, - "格式": 3, - "通过": 6, - "从总的文献库中提取被引用的条目形成新的子文献库": 3, - "把文本和附件以及子文献库内容都复制到用户桌面的": 3, - "目录": 3, - "通过命令行工具调用": 3, - "完成": 6, - "的格式转换": 6, - "这部分代码比较复杂，写了两个类，除此之外，一些比较重要的编程知识点如下：": 3, - "模块的使用，注意读出的是字典，而要写入的时候又是list": 3, - "基于正则": 3, - "模块的": 3, - "oswalk": 3, - "方法遍历所有文件夹和文件找到附件": 3, - "subprocessopen": 3, - "方法使用子进程调用": 3, - "工具": 3, - "这段代码同样作为": 3, - "脚本文件放到了": 3, - "目录下，同时还需要配套的其它文件如：": 3, - "yibrarybib：文献总库，由": 3, - "维持更新": 3, - "acsnanocsl：参考文献引文样式文件": 3, - "templatedocx：导出的": 3, - "的模板文件": 3, - "这些是我整合": 3, - "工作流的重要工具。使用的时候，同批量获取citationey，只需要用": 3, - "模块即可。": 3, - "正确运行没有啥提示，桌面的": 3, - "目录会出现一个子文件夹，里边放了各种文件：": 3, - "然后可以看下": 3, - "文档的效果，杠杠滴：": 3, - "利用": 9, - "还可以导出嵌入的": 3, - "文件，可以支持多媒体内容，比如音乐视频啥的。但是之前我玩": 3, - "iote": 15, - "的时候这个功能实际用的比较少，所以还是算了。": 3, - "批量获取citationey": 6, - "涉及文本文件读写的基本操作，亮点是利用内置sorted函数实现的自定义排序。": 3, - "python排序": 3, - "看文献的时候，需要批量插入": 3, - "key。但是只能先通过": 3, - "导出为一个": 3, - "txt": 9, - "文件：": 3, - "由于已经设置好了附件根目录为": 3, - "，所以这个文件直接保存过去。打开这个": 3, - "文件一看内容：": 3, - "但是我希望能够把这一堆": 3, - "citationkeys": 3, - "做成双链引用，而且还能按照年份进行排序的列表。这个时候就可以通过代码完成了。": 3, - "fetchtestalse": 3, - "在zotero中批量导出选中的多个条目的citationkey（需要better": 3, - "bibtex插件）到readingpdfs，": 3, - "注意就使用默认命名“导出的条目txt”，然后在obsidian中运行此代码实现内容抓取": 3, - "ospathexpanduser~esktop导出的条目txt": 3, - "ospathjoinlibpath": 3, - "导出的条目txt": 3, - "默认保存即可，会存放到readingpdfs目录下": 3, - "print\"用户桌面不存在文件：导出的条目txt\"": 3, - "cite{keykeykey}": 3, - "keys": 9, - "contentsplit": 3, - "printkeys": 3, - "sortedkeys": 3, - "keysorteyyear": 3, - "reverserue": 3, - "njoinf": 3, - "{kstrip}": 3, - "除了逗号之外，还有空格": 3, - "将内容复制到粘贴板": 3, - "osremovefp": 3, - "清除导出的条目临时文件": 3, - "sorteyyearcitationey": 3, - "该函数作为sorted的key被调用": 3, - "使用正则式抓取citationey中的年份": 3, - "然后返回这个年份的数值用作排序": 3, - "refindall\"{}\"": 3, - "citationey": 3, - "年份目前来讲都是四位数字": 3, - "intyear": 3, - "fetch": 3, - "此段代码主要用到了四个模块：": 3, - "os：主要是文件路径的一些处理，还包括删除文件。": 3, - "sys：因为我把": 3, - "脚本放到了": 3, - "目录中，所以可以通过这样方式自动获取相关文件的路径。如果切换了电脑或者主目录，没有必要每次来修改源代码。": 3, - "pyperclip：主要是把修改后的文本复制到粘贴板上去": 3, - "re：正则模块，方便提取": 3, - "中的年份": 3, - "这段代码里边很多都是基础操作，不过对我目前而言，值得一提的是自定义": 3, - "的内置排序函数": 3, - "sorted，所谓的自定义": 3, - "key，其实就是一个自定义函数，能够把": 3, - "iterable": 3, - "对象的每个": 3, - "返回一个数值，然后根据这个数值进行排序，默认是从小到大。另外一个是正则的使用，虽然我做的不漂亮，但是对于这个": 3, - "case": 12, - "是足够了的。": 3, - "为了方便，这段代码我在": 3, - "obsidiantemplator": 3, - "插件设置中上了钩子，所以每次使用，先从": 3, - "导出，然后插入": 3, - "getitationeys": 3, - "模板，然后按": 3, - "就粘贴为引用列表到当前文档了。": 3, - "erranohacon": 9, - "hao": 150, - "eveguk": 12, - "ia": 54, - "hi": 96, - "lba": 90, - "akahashi": 18, - "ay": 24, - "atel": 30, - "vscode": 21, - "复制代码设置": 3, - "注意，我主要使用": 3, - "进行代码编写和测试，再复制代码到": 3, - "的时候，需要确认自己的": 3, - "设置，否则会同时复制样式过来，导致": 3, - "这边的排版错乱。": 3, - "分析随机曲线": 3, - "!curledlinesbmp": 3, - "如上图所示的内容，需要：": 3, - "入门问题：统计图像中有多少条曲线": 3, - "进阶问题": 3, - "：统计每条曲线的长度": 3, - "进阶问题：统计每条曲线的收缩程度（最小外接圆直径与拉直的长度的比值）": 3, - "进阶问题：按长度或者收缩程度给线条上色": 3, - "高阶问题": 3, - "：保持曲线长度不变进行移动和形变，使每条曲线尽可能舒张，且图像各处的像素分布密度均匀（机器学习，可能无解）": 3, - "高阶问题：将问题的曲线变换过程可视化，制作一个movie": 3, - "blender编程": 3, - "lender中物体变换": 3, - "其实如果有": 3, - "编程基础，那么用这种方式控制然后制作三维动画简直不能更轻松。因为一些基础操作，比如移动旋转还有插入关键帧什么的，真的是比较繁琐的。另外一个方面，blender": 3, - "为开发者提供了非常方便的": 3, - "查询方式，基本上用户界面上每一个基础操作都有对应的函数文档，可以直接右键查询。": 3, - "另外我也到网上查了一些教程，先看中文的翻译，然后自己在": 3, - "blender": 18, - "的命令行": 3, - "nterface": 15, - "中稍微弄了一下。": 3, - "bpydataobjects": 6, - "bpydataobjectsamera": 3, - "objects对象": 3, - "支持列表索引": 3, - "bpydataobjectsube": 18, - "objects": 3, - "也支持字典索引": 3, - "obj": 18, - "访问对象的坐标和旋转角度属性": 3, - "objlocation": 15, - "ector": 6, - "objrotationeuler": 6, - "uler": 3, - "然后我尝试了一下随机变换功能，这个是制作随机运动的核心函数。注意需要选中对象，才能有效执行。可以先看下用户界面中是如何操作的。": 3, - "这个工具提示只给了函数，但是并没有给参数列表，所以可以右键单击该命令查询一下。": 3, - "的参数列表和函数文档。": 3, - "至于选择的问题，可以直接通过": 3, - "object": 12, - "方法": 3, - "来设置。": 3, - "需要注意的是，不同类型的": 3, - "可能有更多不同的属性和方法，要具体问题具体分析，不过像": 3, - "selectset": 3, - "这种应该是都有的。": 3, - "至于常规的平移旋转缩放操作，都可以参考随机变换的方式，获取其信息，非常方便。": 3, - "最后是插入关键帧。这个部分知乎上倒是给了两种简单的方式：": 3, - "两个示例都在活动对象的轴上插入关键帧。": 3, - "简单的例子：": 3, - "bpycontextobject": 6, - "objkeyframeinsertdatapath\"location\"": 6, - "index": 21, - "使用低级功能：": 3, - "objanimationdatacreate": 3, - "objanimationdataaction": 3, - "bpydataactionsnewname\"yction\"": 3, - "fcuz": 3, - "objanimationdataactionfcurvesnewdatapath\"location\"": 3, - "fcuzkeyframepointsadd": 3, - "fcuzkeyframepointsco": 6, - "我更喜欢第一个的例子，代码要少一点。另外可以发现，object": 3, - "location": 6, - "rotation": 9, - "属性估计是可以直接修改的。很赞。这样我就可以直接生成随机的路径（dx": 3, - "dy": 15, - "dz": 3, - "rx": 3, - "ry": 3, - "rz": 3, - "t），然后应用到": 3, - "上，不断插入关键帧即可。": 3, - "keyframeinsert": 3, - "方法的参数": 3, - "我都不是很确定。~~懒得仔细去翻文档了，如果不行，就直接调用": 3, - "ops": 3, - "actions。~~（此法不行，因为function没有指定帧，需要用户指定）": 3, - "好了，到此基本上使用": 3, - "完成一个动态过程的需要了解的": 3, - "api": 3, - "我都明白了，接下来就是制作一条变换路径数据。": 3, - "datapath": 6, - "property": 9, - "analogous": 6, - "fcurve’s": 3, - "int": 3, - "array": 6, - "efaults": 3, - "indices": 3, - "三维随机运动路径制作": 3, - "之前在的scheme绘制随机路径": 3, - "中已经完成了大部分工作，这里只不过需要稍微修改一下即可。": 3, - "制作颗粒随机运动动画": 3, - "但是我为了更快的验证一些东西，打算直接调用": 3, - "的随机变换功能，不用白不用。": 3, - "!blender随机运动的颗粒gif": 3, - "非常成功，本来我还以为是代码出错了，需要特定的脚本写法，比如写个类，然后注册什么的，其实没有必要，实现上述动画的代码如下：": 3, - "bpy": 6, - "objselectsetrue": 3, - "bpyopsobjectrandomizetransformrandomseedi": 3, - "rot": 3, - "objkeyframeinsertdatapathrotationeuler": 3, - "framei": 9, - "objkeyframeinsertdatapathlocation": 6, - "需要注意：": 3, - "`import": 3, - "bpy`": 3, - "然后编辑器不支持中文": 3, - "随机变换种子得不同，产生的随机数才会不同，这是假随机": 3, - "只接收": 3, - "string，且是": 3, - "的属性名": 3, - "随机变换只能选中了才能干。": 3, - "后面到网上抄了一个randomwalk的路径生成器并稍作修改，可以凑合使用：": 3, - "random": 3, - "choice": 12, - "andomalk": 6, - "numpoints": 6, - "selfnumpoints": 3, - "selfdx": 6, - "selfdy": 6, - "selfdz": 6, - "fillwalkself": 3, - "lenselfdxselfnumpoints": 3, - "xdirection": 3, - "xdistancechoice": 3, - "xstep": 9, - "xdirectionxdistance": 3, - "ydirection": 3, - "ydistancechoice": 3, - "ystep": 9, - "ydirectionydistance": 3, - "zdirection": 3, - "zdistancechoice": 3, - "zstep": 9, - "zdirectionzdistance": 3, - "continue": 6, - "nextx": 3, - "nexty": 3, - "nextz": 3, - "selfdxappendnextx": 3, - "selfdyappendnexty": 3, - "selfdzappendnextz": 3, - "\"main\"": 6, - "rw": 3, - "rwfillwalk": 3, - "enumeraterwdx": 3, - "rwdyi": 3, - "rwdzi": 3, - "癫狂的立方体blend": 3, - "补充说明": 18, - "花了将近一个半小时，折腾出来九行代码，实现了颗粒的三维随机运动，而且是的，不错不错！": 3, - "尝试一下blender的动画残影特效": 6, - "还挺好玩的，最后效果我觉得也还可以。": 3, - "!blender动画残影测试gif": 3, - "渲染出视频的时候忘记选择格式，结果导出到": 3, - "tmp": 3, - "目录的全是图片帧，后面用": 3, - "screengif": 6, - "导入这些帧，然后制作的": 3, - "gif，反倒是一个合理的工作流。": 3, - "可以重新设置帧率，还可以调整每帧图像的大小，一般来讲宽度在就很合适了。": 3, - "!动画残影测试blend": 3, - "ppt发布汇总页": 3, - "模仿": 3, - "项目的": 3, - "age，此页为ppt汇总页，不管是组会还是汇报的ppt都插入此处。注意用三级标题的日期，还要有简短的分条概述。": 3, - "!小组会谢晓冬pptx": 45, - "讲文献，溶酶体的超分辨成像示踪，大连化物所的工作。": 3, - "回顾之前的工作情况，简化信息加密设计方案，并计划订购相关物品试剂。": 3, - "小组会，继续讲文献，主要是斑马鱼中的组织迁移过程中的机械力传导模型，感觉有点因果倒置了。": 3, - "!文献大组会谢晓冬pptx": 12, - "文献大组会，分享一个简单的工作，用很简单的策略做了一个": 3, - "barcode，用变色顺序来编码多色。": 3, - "分享一些文献，主要是把折纸做成运动管道，再施加电场实现高速运动的case，另外还提到了胞间连丝。": 3, - "通过filter去除cy通道背景信号": 3, - "升级的双色通道配准（半自动）与混合样模式识别（人工）": 3, - "补充的": 3, - "xchange造成背景增加": 3, - "作图经验分享": 3, - "晁洁figure修改建议xxdpptx": 6, - "其实没有太多发挥空间，这个工作本身就非常简单，我只能说改改": 3, - "scheme，突出亮点，给人印象深刻即可。📂archieves改图晁洁李茜": 3, - "y通道的结构缺陷所致背景可通过调整入射角改善": 3, - "四种六螺旋混合样品拍摄": 3, - "细胞微管的超分辨重构": 3, - "!求职谢晓冬pptx": 6, - "lakz": 3, - "自我介绍与期望岗位薪酬": 3, - "博士后阶段的主要工作": 3, - "结构编码的纳米机器运动": 3, - "信息加密存储与读取": 3, - "博士后阶段的主要贡献": 3, - "建立荧光超分辨成像体系": 3, - "各种培训和成像数据分析支持": 3, - "未来三五年的工作计划": 3, - "细胞力学超分辨成像": 3, - "频次比例编码折纸位点存储信息位深": 3, - "后面又根据李茜的反馈意见，再修改了一般不那么中规中矩，但是亮点更加突出的ppt。": 3, - "ijog": 3, - "漂移校正新方法成功重构x点阵折纸": 3, - "漂移波动的频谱分析：需消除低频波动": 3, - "对细胞微管的标记和成像": 3, - "最强照明": 3, - "rid": 9, - "数据分析尝试": 3, - "信息加密六螺旋双色": 3, - "超分辨多色通道图像配准": 3, - "使用超算中心处理超大数据": 3, - "采取obsidian工作流之后第一次规范地发布课题数据整理的ppt。": 3, - "注意事项详见已有数据整理。": 3, - "核酸适配体的特异性验证": 3, - "细胞微管成像并查看了irycan的分辨率提升效果": 3, - "click反应连接炔基修饰与抗体": 3, - "第一次细胞微管成像": 3, - "结构光照明，偏振激光激发，cy荧光强度和作用力方向有明确定量关系": 3, - "首次实现nm空间分辨率的细胞力学方向测量lanchard": 3, - "有助于解析一些朝向依赖（orientationdependent）的细胞表面受体的作用机制": 3, - "首次尝试对细胞微管的免疫荧光成像": 3, - "单分子荧光漂白曲线采集和分析": 3, - "了解ep细胞贴附过程时间窗口期": 3, - "检验了s做单分子信号质量": 3, - "这周做的事情比较多，也有一些实质性进展。基本上我之前关于四面体能否进入细胞基底面间隙的疑虑被打消了，不过四面体在这个限域空间的扩散行为可能跟溶液中的又会不大一样。": 3, - "按照惯例，月末还需要提交实验记录本。茜姐没提就算了。": 3, - "由于会有一些新生在场，我打算介绍一些，就从最近一篇综述vanee入手吧。到了家里发现，可能明天茜姐又要找我聊一下关于信息存储加密的事情。我讲这个有点不合时宜，还是得重新做。但是明天早上又安排了实验，所以把电脑带上吧。": 3, - "结果到了年月日，我做完实验感觉时间已经非常不够用了，所以直接拿这个讲讲吧。至于本周主要的调研工作，我就不讲了。": 3, - "科普talk之我们要干嘛": 6, - "对我们目前的工作做一个简单的介绍，主要观众是一个想做大创的本科生。": 3, - "阶段性思考": 3, - "我们要干嘛？": 3, - "两大发展趋势": 3, - "信息社会：人工智能、区块链、元宇宙": 3, - "人口健康：基因编辑、智能穿戴、精准医疗": 3, - "需要更加充沛而且低成本的font": 3, - "color\"yellow\"能量font和font": 3, - "color\"yellow\"信息font。": 3, - "能耗与材料": 3, - "!astedimagepng": 3, - "在核聚变没有真正突破前，": 3, - "材料的进步是降低能耗的关键。": 3, - "信息与材料": 3, - "材料是信息的载体": 3, - "生命的信息从开始": 3, - "信息（虚拟）世界有着无限可能": 3, - "作为材料": 3, - "折纸术ey：": 3, - "将折叠成各种各样的纳米结构": 3, - "作为信息材料": 3, - "一公斤就可存储目前的全球信息总量": 3, - "读写细菌": 3, - "!vaffaddcaeccbgif": 3, - "生物学家将信息写入细菌基因组，传代多次后提取。hipman": 3, - "读写折纸": 3, - "化学家直接把把纳米结构当作写字板ickinson": 3, - "折纸加密存储": 3, - "color\"yellow\"anabfont": 3, - "折纸存储信息还可以加密。hanga": 3, - "折纸与活字印刷术": 3, - "将纳米结构的font": 3, - "color\"yellow\"超分辨成像font图案与字母对应起来。": 3, - "color\"yellow\"charfont": 3, - "color\"yellow\"stringfont": 3, - "利用特定的纳米探针（": 3, - "imager）": 3, - "去显现对应的字母并赋予索引。": 3, - "通过碱基互补配对特异性结合指定靶点": 3, - "通过四面体后缀调节结合动力学": 3, - "实现font": 3, - "color\"yellow\"基于结合频率差异的索引编码font": 3, - "准备内部述职求职": 6, - "最后还是直接在上边写边想，做了十几页，详见ppt发布页ijog": 3, - "可以先做个（注意贴到ppt发布页），然后微信上发给樊老师看，然后约个时间聊一下后面工作的事情。内容还是要尽量简洁直接，以求职为目的，展现自己的成果，能力，以及更为重要的": 3, - "taste。": 6, - "想做什么": 3, - "开门见山，就说自己想做什么，其实就是两个方向，一个是信息存储，另外一个是细胞的所谓": 3, - "tension。当然了这两个都是基于超分辨成像技术展开的。但是我并不打算采取一般的叙事方式。": 3, - "求职": 3, - "准备年度博士后面上基金申请": 3, - "从去年的情况来看，已取得的科研成果评分为": 3, - "，选题的创新性为，平台条件为，所以主要还是已取得的科研成果不大行。或者说，已有成果跟目前要研究的东西不是很匹配。然后也要充分利用平台条件特色。": 3, - "先找到去年的资料包。注意这个玩意儿只能用": 3, - "来搞。": 3, - "📂projects基金申请博士后基金博士后面上基金申请": 3, - "去年我写的是暗场成像的，这个题目不大行，所以下一步想一想写什么题目。我个人是认为纳米探针在分析化学上的应用会更好一点。毕竟这个博后是锁死在分析化学口的。而跟其它分析化学的工作相比，我的是成像，动态成像。所以我不妨从之前那个迁移体的工作延伸出去。借助纳米颗粒在细胞内的运动聚集状态分析来做事情。青基的题目也可以想一想，最好是能够跟后面的的内容有一个过渡，所以可以是多模态的成像，就是纳米金探针加上做一些成像分析的工作。": 3, - "调研胞间连丝": 3, - "migrasome属于一种新的细胞器，研究这种比较新的东西可能会有新的发现。但是通过胞内颗粒运动状态的变化去分析细胞内部环境比如粘弹性，相比较于探测具有更好的实时性。但是这个题目也太大了。从另一个角度出发，细胞间这种管道运输，如果用纳米探针作为标准物质来搞的话，可能更": 3, - "sense，毕竟之前都有一些文章说线粒体都能通过这种细胞间的丝（intercellular": 3, - "nanotubes）发生转运aha。所以我的落脚点可能还是这种胞间连丝。所以下一步了解这方面的内容。": 3, - "癌细胞存在多种免疫逃逸机制，其中一种就是通过胞间连丝窃取免疫细胞的线粒体，那么有没有其它利用胞间连丝的作用呢？": 3, - "asho": 3, - "ase": 6, - "signalling。": 3, - "可以看到，胞间连丝的作用还是很多的。那么接下来我的这个纳米探针和成像方法，可以解决什么问题？就是在这样一个通道中，一个比较普遍的运输过程的一些物理描述。接下来我就需要了解以下这方面有没有已经发表的工作，做到了什么程度。": 3, - "先快速看了三篇综述，aidyahinneryamashita": 3, - "对于胞间连丝有了一个比较宽泛的理解。这种结构非常常见，比如神经元细胞。至于普通的一些细胞，也有很多，甚至是细菌。这是细胞之间实现高效通讯的一个非常重要的方式和途径。": 3, - "查看各种对象在中的转运过程，相关文章年前就有一些，包括量子点，纳米金刚石，还有看溶酶体，线粒体，脂质体等等。bounitalepperlaeristlustomowinskiang": 3, - "但是用纳米金来看的确实比较少。": 3, - "也有一些纯粹从成像的角度去做的工作，比如和attice": 3, - "light": 18, - "sheet。alaszarker": 3, - "还有人工构建这种": 3, - "tunneling": 12, - "nanotube": 6, - "然后研究一些东西的工作。ong": 3, - "tommer。": 3, - "最近几年大量的相关工作集中于其生物学功能，比如间充质干细胞通过传递线粒体实现再生恢复能力；aliwal": 3, - "还有巨噬细胞极化能够影响和细胞器传递的过程；oodman": 3, - "还有很多综述，讨论": 3, - "跟免疫方面的关系。": 3, - "初步搜罗了篇文献，可以对这个领域做进一步的了解。下一步注意跟踪这个方面国内外做得比较好的团队的后续工作，看看有些什么具体的进展。但是更重要的是，我想解决的具体是什么问题？": 3, - "纳米金的切入点": 3, - "纳米金探针暗场成像的特点，可以间距荧光，然后暗场下可以变色，通过颜色显示大小。然后暗场追踪就有长时程的特点。因为暗场成像，不需要考虑光漂白的情况，也没有所谓的光毒性。所以某种程度上可以说是定量地研究cargo": 3, - "trafficking": 24, - "的关系。那么这个size跟trafficking之间的关系为什么要研究，是否重要？这个是我需要进一步从文献中查找的。": 3, - "直观的看，基于": 3, - "transmission，既有": 3, - "molecule，也有": 3, - "organelle，可以说": 3, - "范围是非常大。目前很多都是看一些": 3, - "organelle": 9, - "的转运，因为这个是在分辨率允许范围内的。但是对于更小的": 3, - "cargo，可能较难长时间观察。而且可能一些细的": 3, - "本身也难以通过普通的光学显微镜看到。但是我不是要去做一个超分辨的检测。": 3, - "考虑到纳米金聚集体最后一般是在晚期内吞体或者溶酶体中，而今天查的文献中刚好有一个疾病模型是": 3, - "asynuclein（突触核蛋白）": 3, - "通过溶酶体转运的。bounitictoria": 3, - "所以我从某种程度上可以从这里切入，说自己想开发一种诊疗一体的阻断工具。": 3, - "到此为止，基本上有个大致的思路了，剩下的明天再说，不然一整天搞这个事情有点腻。": 3, - "进站时间超过限制": 3, - "所以博士后面上基本上不用搞了，这个可以拿来整青基了。": 3, - "制定全局笔记日志方案": 6, - "目前我常用": 3, - "obsidian、joplin，再加上这个": 3, - "wordpress，可以说用于写日志的工具是非常丰富，而且电脑手机多端协同使用完全不成问题。不过": 3, - "侧重于工作，比如安排实验，调研文献之类的；而": 3, - "joplin可以使用坚果云同步，可以和手机端很好协同，所以我用来作为临时性草稿和生活方面的内容，这样可以方便随时随地写日志；wordpress是一个博客网站，主要特点是方便分享，可以定期（比如每周）发布一些有价值的内容。": 3, - "写日志的目的，是为了对抗遗忘，也是为了能够给后人留下些东西。从信息的角度出发，我的读者必定是亲朋好友，他们的第一站就是我的博客网站。所以不要把太多细节弄到博客中。他们关心的问题才是我需要呈现的内容。以此原则，一篇典型的周记应该包括以下内容：": 3, - "这周主要做（发生）了什么（重要的）事情？": 3, - "这周心情如何？": 3, - "这周身体怎样？": 3, - "下周有什么安排？": 3, - "写博客不难，坚持年复一年地写博客是真难。所以这也是一个依赖于习惯去实现的事情。从目前的时间安排来看，每周六周日的晚上是最合适的时间，能够给我写博客。而从内容上看，我保底要求自己先从周记做起。": 3, - "申请博士后续聘": 6, - "按照学校要求，结合咨询高延静师姐的经验，基本上就是填表，找老师签字，然后交给焦斌即可。": 3, - "给樊老师发了一封邮件，算是立了": 3, - "flag。等回复吧。": 3, - "!博士后续聘评估表谢晓冬doc": 3, - "年下半年博士后年度考核": 6, - "这个事情可以跟申请博士后续聘在本周一起干了。": 3, - "事实上本次考核名单上没有我。": 3, - "修改去年的青年基金": 6, - "先看评审意见": 3, - "谢晓冬女士先生：": 3, - "您好，您申请的国家自然科学基金项目，已经科学部初审、同行专家评议、学科评审组评审。由于科学基金实行竞争机制、择优支持，在有限的经费条件下，资助项目只能优中选优；或者因项目本身的原因，在某些方面尚有不足；今年未能给予资助。": 3, - "为了使科学基金评审工作更加客观、公正、透明，加强同行之间的交流，我们把同行评议意见全文反馈，该意见仅供您参考。": 3, - "关于你的项目的同行评议意见如下：": 3, - "具体评价意见：": 9, - "一、该申请项目的研究思想或方案是否具有新颖性和独特性？请详细阐述判断理由。": 9, - "本项目拟构建以四面体为框架的多价态、超分辨成像探针，通过荧光闪烁频率差异实现不同靶标位点的同时多色成像。项目的研究思想和实验方案有新颖性。": 3, - "二、请评述申请项目所关注问题的科学价值以及对相关前沿领域的潜在贡献。": 9, - "本项目针对活细胞单分子水平研究过程中现有的超分辨荧光显微成像技术的不足，提出拟构建以四面体为框架的新型超分辨成像探针，通过荧光闪烁频率差异解决不同靶标位点的同时多色成像的科学问题。": 3, - "三、请评述申请人的创新潜力与研究方案的可行性。": 9, - "申请者有较好的学习背景和从事科学研究的经历，也有较好的工作条件和前期研究工作基础。该项目选题具有理论和潜在的应用价值，研究内容较恰当，研究目标也比较明确，研究方案和技术路线基本可行。建议给予资助。": 3, - "四、其他建议": 9, - "本项目通过设计基于框架核酸的多价态成像探针，发展超分辨的多色成像手段。申请的项目具有一定的新颖性和独特性，但不是很突出。项目拟突破现有成像手段存在的分辨率、光损伤和成像速度上的瓶颈，但对于设计的策略为什么可以突破这些瓶颈，申请书交待的不清楚。纳米探针，尤其是四面体探针已经被广泛应用于成像研究中。对于项目提出的研究内容与目前报道的内容相比有什么突破，申请书中交待的也不清楚。": 3, - "项目拟通过发展超分辨多色成像手段，用于在活细胞单分子水平上研究多种生物组分的相互作用，但申请书中只是介绍了要发展的方法，对于方法的应用则根本没有提及。只有“当建立起成熟的技术体系后，再将该超分辨多色成像技术引入活细胞系统”这样一句话，导致申请书中研究的内容缺乏应用出口。": 3, - "项目提出的研究方案具有一定的可行性，但申请人的研究基础一般。": 3, - "申请人对申请书的撰写很不认真，申请书中竟然还有其他人提出的修改意见。如“写全名，不要全部大写”、“确认一下，染料分子具体种类”。总的来说，不建议对该申请给予资助。": 3, - "本项目拟发展超分辨光学成像的新型多色探针，在四面体上引入多个核酸杂交序列，利用不同价态的序列与目标位点结合时荧光闪烁频率的差异进行编码，实现不同靶标位点的同时多色成像。这一研究思路与常规方法有显著不同，具有较好的独特性和新颖性。": 3, - "项目关注的超分辨光学成像探针这一领域近年来发展迅速，对生物学领域相关问题研究意义重大，具有重要的科学价值。": 3, - "申请人具有很好的研究基础，对项目有一定程度的预研，提出的相关方法可望解决传统策略“越多色越耗时”的弊端，所提出的研究方案具有可行性。申请书应对这种频率编码在实际使用中可能出现的问题进行一些讨论。": 3, - "归纳问题": 3, - "提出的策略到底是要突破什么瓶颈？": 3, - "四面体探针的优势是什么？": 3, - "这种新方法新策略的应用出口是什么？": 3, - "频率编码方案可能存在哪些问题？": 3, - "文本撰写上的一些错误（注释没删掉）": 3, - "!青基草稿xxdpdf": 3, - "!青基提交版pdf": 3, - "在ppt发布页ijog的求职ppt中，我大致列了一下未来的研究兴趣和工作计划。这是一个比较现实的计划，它是从我现有的基础出发的。一个是细胞力学方面搞点工具出来，另外一个是存储方面搞点事情出来。前者偏向基础科学一点，后者更偏向应用科学一点。当然了，两者本质上都只是更进一步的延伸应用。": 3, - "过去在研究方向思考中，我结合了去侯尚国师兄实验室的具体安排，设想了一下，但是也非常不具体。在职业发展的思考中，我相当于是反悔了，最终决定留在上海，希望能够拼搏一番，追求一下卓越（评个优青什么的）。虽然也没有很具体的想法，但是这也算是有意义的。不过话说回来，还是要量力而为，不要变得追逐名利，本末倒置了。在未来发展方向中，我思考了一下微纳机器人方面的可行性，目前来讲这是一个更加基础或者说遥远的事情，不过好在我已经开始思考具体的东西了。幻想我的实验室这种事情，还是留到以后再说，至于文献阅读方向思考中说的基本也不作数，因为从历史的角度出发，我不算喜欢看文献，也没能做到每日一文。在思考一下未来的课题中，我倒是尝试归纳出来几个方向，算是自己比较感兴趣的。但现在文章发表真的是海量，我不可能非常仔细认真地去看，绝大部分可能就看个五分钟，有个大致印象。": 3, - "长远的思考多半空洞。随着时间推移，我很快忙起来，也就成了「人无远虑，必有近忧」，开始思考眼下的，一周之内的事情。比如思考任务和人员分配、思考一下师弟们的安排、思考剩下两天做什么交差。而且为了警惕自己不要在这种繁忙中迷失自我，还暗自告诫莫让他人安排了你的人生。": 3, - "从过去整个思考的变化来看，我的想法确实越来越切合实际。这就是一个很好的进步。要知道我并不是绝顶聪明，除了工作也还有生活上同样需要花费不少时间精力。我必须在通盘考虑下才能做出周全的安排。": 3, - "文献阅读方向思考": 3, - "合成生物学": 6, - "明确了将合成生物学作为自己最关心的领域，立志成为一名生命黑客。": 3, - "我的研究领域": 3, - "首先是几个关键词：荧光成像、单细胞、单颗粒（或者单分子）。": 3, - "成像是一种手段，也是我主要掌握的技术工具。单细胞单颗粒既是研究对象，也是一个尺度范围。概括起来，我就是利用成像手段，研究细胞分子生物学问题。当然我也会做一些所谓的纳米机器人。": 3, - "我不是开发新技术的（相比较于做仪器的），我只是比较好的掌握了一些高阶的自定义的玩法（相比较于做生物的）。所以对于成像，我只是一个高级用户，而非开发者。那么我的重心，还是要回归到细胞分子生物学问题上。": 3, - "细胞分子生物学": 3, - "虽然这个领域很大，热点问题也很多。但如果我要把科学研究当作一生的事业，那就必须要直视内心，不忘初心，而不是追逐潮流。": 3, - "回到高考结束填报志愿，我为何要选择人尽皆知的生物这个“天坑”专业，而不是大家都觉得不错事实上后面十年也证明的确成为大热门的计算机专业？我喜欢编程，但是我觉得所有的程序代码，都太“死”了。而自然存在的这些”活“物才是让我觉得奥妙无穷。": 3, - "从唯物主义的角度看，无论电脑还是细胞，无非都是一堆原子分子组成，到底是什么造成了这种”生死之别“，这是我关心的第一个问题。虽然到现在，基于我所见所闻，可以给出一个笼统含糊的答案：细胞（生命的基本单位）是一个复杂动态精妙的分子互作网络的具现。但是这个答案说了跟没说一样，只能提示我们从研究分子网络入手来揭示生命的奥秘。": 3, - "但是这里面的逻辑抽提出来，”当网络复杂度足够高的时候，从整体看它就是一个生命“，感觉也有点意思。量变引起质变或许是一个普遍现象，如果照着这个逻辑，现在互联网也在高速发展，那么整个互联网组织起来的人类社会整体，是否也可以看成是一个全新的生命呢？": 3, - "给生命编程": 3, - "宏大的问题（如上所提）大多没有真正的答案，穷极人的一生也无法给出什么答案，所以对于这种问题只能谈”信或不信“。我大体上还是相信，”复杂网络成就生命“这个假说的。恰好今年的诺贝尔物理学奖就颁给了研究复杂系统的。": 3, - "或许我们现在对于细胞内的分子互作网络认知还是沧海一粟，但是基于已知的网络，我们其实已经开始逐步尝试”给生命编程“。这就是合成生物学的范畴。博士期间其实我也有一些调研，但是限于实验室条件，并没有真正开展这方面的工作。我自身非常认同合成生物学的意义：就像是一个生命黑客，刚开始的阶段是学习生命的编程语言，开发一些小的生命程序。": 3, - "所以说了这么多，用早上最清醒的大脑，我得出结论，我未来的发展方向还得是合成生物学，成为一名生命黑客（姑且先叫做这个名字吧）。至于目前掌握的所有技术，以及知识背景，都只不过是预备。": 3, - "研究方向思考": 3, - "思考": 6, - "积累idea": 3, - "上一次的思考仅仅通过阅读文献这种实践就被证明不切实际（文献阅读方向思考），": 3, - "所以这里继续思考。希望能够对后面的职业发展有所帮助。": 3, - "我已经跟侯尚国师兄二次确认要过去他那边，所以结合他的技术特长，我的知识储备，以及深圳湾实验室的平台条件，可以做的方向其实是比较明确的。": 3, - "其实说到底还是问题不够具体。研究方向可以大致笼统的定，找准几个关键词即可，比如成像，单颗粒，细胞，都很好。但是现在要做的是得有一些具体的可行的": 3, - "的储备。": 3, - "的形成，自然是靠大量的文献阅读，然后综合未来的实际的实验室条件来筛选。而且，我觉得到那边去相当于要自主创业了，所以刚开始的": 3, - "一定要务实，能够保证性价比就好，不要过分追求高精尖。对我们来说，能够从": 3, - "mall、ngew": 3, - "起步发文章都是不错的。": 3, - "所以其实在这里，我就是要思考未来三五年，乃至十年期的工作计划。": 3, - "优势条件": 3, - "师兄掌握的世界一流的三维单颗粒示踪技术": 3, - "我掌握的丰富的探针设计、细胞成像以及数据分析经验": 3, - "在这样的基础上，我们能干些什么？师兄之前我跟提过一个人工智能的项目，说是跟哈工大那边的一个老师有合作，希望能够基于轨迹分析出来不同的": 3, - "pattern（of": 3, - "virus）。这个是重数据和分析的项目，如果能够在一年之内做出来也是不错的。": 3, - "既然是在师兄的实验室里，我想绝大部分课题，当然是要围绕着怎么应用这个尖端技术来开展。所以我可能要真正的独立去提出一些有意义的科学问题（可以用这个技术来解决）。": 3, - "初期阅读计划": 3, - "我觉得自己还是先从单颗粒单分子示踪成像的角度，多看看这方面的文章，做好积累，同时也获得一些启发。": 3, - "职业发展的思考": 3, - "反省": 6, - "这一波我想留": 3, - "evmx": 3, - "这一波我为啥想留在上海，详见上面的聊天记录，概括起来就是有以下几个点：": 3, - "有更大的机会实现阶层跨越": 3, - "比我预期的要多的独立自主": 3, - "但是就像老婆说的，不能一会儿一个主意，得有反复地客观地思考比较。所以我打算看看之前是怎么想的。": 3, - "回顾历史": 3, - "从有记录的日志来看，我最早是在，知悉实验室师兄师姐贷款三十年买房这件事情后，有所触动，在情绪作用下，没有太多认真的思考的情况下草率地得出了「想想都觉得可怕。所以我坚决不能留上海，要完完全全断了这个念想」的结论。": 3, - "然后在，我出于「有充分的设备上的保障来提高": 3, - "的分辨率，真正开展一些": 6, - "robot": 21, - "的工作」的考虑，觉得去侯尚国师兄在深圳湾实验室的组会更好。为了解决一个实验技术上的需求，而不是有长远的职业规划，就产生的这样的想法自然也称不上成熟，甚至可以说有点任性。": 3, - "过了几天，到，我的跳槽想法也更加成熟了点，我觉得「自己以后肯定是要单干，做独立」以及对于买房的担忧交织在一起，更加倾向于去深圳湾实验室。而本质上这两件事情是一回事，只有留在上海樊老师组，做独立才有更大的可能，而成为了优秀的人才，住房也根本不是问题。": 3, - "在，通过回顾前一段时间的思考和记录，认为自己「在学术上并没有卓越的追求，只是想通过这种方式满足生活需求。希望有更多业余时间能写写小说，开发有意思的软件」，但回想以下这几年来，我压根没有写过小说，即便是开发": 3, - "这个软件，到现在也完完全全被": 3, - "取代。所以不要对几乎没做过的事情充满幻想，成熟一点吧。": 3, - "在，我又对跳槽的事情做了一个字数比较多但是逻辑并不清楚的思考，其实一个因素，「我觉得深圳湾实验室设备条件比在上海的更好，有好的平台条件，我就更有可能做出好的工作，成为独立」，这个逻辑也是非常荒诞的。因为要成为一名独立，好的仪器设备平台条件恰恰是最不重要的因素。另外我也思考了自己的研究兴趣和家庭因素，这回总算考虑得全面点了。但是研究兴趣这个东西（详见截图）本质上也不重要，职业生涯几十年还是比较长的，完全可以立足当下，逐渐发展和靠近自己的兴趣。至于家庭因素，我必须搞清楚，我爸妈家是我的原生家庭，严格意义来讲并不算我家。我爸妈家有我爸妈对其负责，而我必须首先对我跟我老婆组成的这个小家庭负责。但是就我的感觉，我老婆明显是很希望留在上海发展的。": 3, - "再到了，我居然就已经跟刚回国的侯尚国师兄联系，敲定了去深圳的事情。其中还有一个重要的砝码是": 3, - "的深圳市人才补助，和预估": 3, - "的年薪（如果留交大做助理研究员可能只有w出头）。但是到今天看，这个人才计划已经取消了，吸引力便大大下降。其实回过头看，别人给你的终究不是你的，自己凭实力争取到的才是自己的。": 3, - "，我又再次思考了一下，博士后之后的去留问题。这次主要是茜姐push我的文章草稿的进度（其实还不是因为自己拖拉），有点恼怒，再次在情绪作用下完成了一系列思考，所以你看思考决策过程一定要保持冷静客观，拒绝情绪化。": 3, - "放完高温假之后，我觉得过去的思考都比较凌乱，干脆做了一个列表来进行打分比较，看去深圳和留上海的得失情况。其实上海跟深圳只有": 3, - "分的差距，这些差距主要来源于一些未来三五年的短期的生活需求，比如生娃、通勤、家人照料等等。而从长期发展来看，这些问题终将不是问题，所以我在做决定的时候，还是有点短视了。": 3, - "再到八月底的时候，我打算参加深圳湾的青年科学家论坛，但是到九月份开幕的时候，却没有完整听多少，因为这个本质上是招的一个面试大会。这个现在已经成为国内许多单位引才的基本操作。然后我通过侯师兄知道，以我目前的文章成果，根本无法申请到深圳湾实验室的启航学者，我到时候过去了只能是让师兄掏钱养着，所以这个也就没啥意思了。": 3, - "最后是，我听了深圳湾的青年科学家论坛，之后侯师兄打电话跟我再次确认这个事情，我当时说确定要去，「主要是家庭因素，再一个我们研究方向契合，还有就是我想去小一点的实验室」。然后师兄把另外一个求职者给拒绝了。搞得我也很不好意思。后面我也逐渐在同事间散步我想去深圳湾实验室的消息。就等着什么时候找个机会跟茜姐坦白情况。": 3, - "总结经验": 3, - "到目前为止，我人生总共完成了三次重大选择，一个是高考填志愿，一个是推免研究生，一个是跟我老婆处对象。这三次决策，做决定的时候都很快，并没有像这次历时如此之久，思考如此之多。但结果其实都还不错的。": 3, - "我觉得这样的思考也是有意义的，快速决策多半靠直觉和偏好，但成熟的人总归要学会深思熟虑，而且是有逻辑地思考。通过回顾我这段历史，也能清楚地看到我做决策时候一些可笑的地方。比如短视、以及情绪化。": 3, - "从另一个角度来说，想这么多，往往是因为还远没有到做决定的时候，在这个漫长的中间期，各种变量和影响因素也还是太多了。所以以后千万不要答应别人一年以后怎么样。甚至一周之后怎样都要慎重回复。": 3, - "接下来的应对": 3, - "既然考虑清楚了，首先是尽快跟师兄说清楚，道歉。虽然难为情，但是必须去做。然后是跟老爸老妈说清楚，免得他们空欢喜一场。当然了这个沟通的内容和方式，都需要好好想想，避免引起对方不适。": 3, - "未来发展方向": 3, - "前面已经有过研究方向思考和职业发展的思考，但是由于不打算去侯尚国师兄组了，所以要充分考虑现有的条件下能做些什么。": 3, - "在认真思考一下给本科生的大创课题，我提出目前一两年内，主要还是继续做纳米机器人，先把": 3, - "的弄好，同时也逐渐起步开始搞一些活细胞的内容。": 3, - "同时我也快速扫读了一些文献，比如分子机器专题阅读、微纳机器人的运动和应用": 3, - "等等，对于整个领域有了一个感性的认识：": 3, - "!微纳机器人的运动和应用tje": 3, - "从长远来看，我更想挑战一下集群纳米机器人，以及人工生命等题目。": 3, - "!职业发展的思考evmx": 3, - "从目前的发展来看，我的工作将具有显著的运动控制策略的特征，这个就好比当年从无到有造飞机的阶段。因为现在的各种运动控制其实做得并不算很好。而我们从size影响布朗运动入手，算是一个比较好的切入点。": 3, - "所以下一个阶段的文献阅读，我需要更加专注于运动控制这块。当然动力也是我的考量。所以又可以新开一个调研主题：微纳机器人的运动控制。": 3, - "关于运动控制": 3, - "运动控制从传统意义上讲，属于自动化领域。一个运动控制系统，包括以下组成部分：": 3, - "信号接收器，接收控制信号并转换": 3, - "执行器，执行特定的运动动作": 3, - "反馈传感器，将运动状态和信息反馈": 3, - "上述整理可能并不全面，总之传统意义上的机器还是需要和人或者人操纵的电脑进行交互来实现完全控制的。": 3, - "但事实上无论是发送信号、信号转码，还是传感器采集大量的信息反馈，都会形成大量的负荷，对于微纳机器人来讲，太难了。所以很难让单个的微纳机器人具备所有的功能，他们只能是具备部分的功能，通过集群组合来执行复杂的操作逻辑。就像细胞一样。": 3, - "在细胞中，生物大分子或者一些亚细胞结构，本质上都是只具有少数简单功能的": 3, - "machine。但是通过复杂的调控网络组织起来之后，却能够形成高度智能的细胞。当然了细胞的功能某种意义上讲也比较简单，比如一些原核单细胞生物，基本上就是不断复制分裂。如果要执行更高级的功能，比如类似人类这种思考和创造的功能，就还需要细胞形成超级复杂的大脑结构。": 3, - "我觉得这种集群的理念，是一定要贯穿微纳机器人设计始终的。那么接下来从文献调研的角度来讲，我需要知道对于单个的微纳机器人，可以具有哪些功能，或者说做到什么程度，以及有没有可能实现不同功能机器人的集群级联？": 3, - "我的实验室": 3, - "大致规划一下自己要发布的内容的类型，主要是分享搞科研的一些技术性经验。": 3, - "关于内容": 3, - "专门用于发布一些后面组建实验室，或者带学生用得着的东西。所以面向的多数情况下是我的学生。既然如此，那么就是从学生的角度出发，放一些他们真正需要，以及我需要他们知道的一些实用的方法。这里我先简单罗列一下：": 3, - "eading：基于": 3, - "的文献阅读技巧和方法": 3, - "nalysis：基于": 3, - "编程的数据分析和可视化方法": 3, - "isualization：基于": 3, - "的常规平面和三维作图": 3, - "orkflow：基于": 3, - "的工作笔记，实验记录，数据管理、工作汇报和文献汇报方法": 3, - "我感觉从逻辑上完全可以进一步对照一个研究课题的发展来概括。刚开始进入实验室，先是大量阅读文献，和学习实验室已有技术。所以这个时候得把基于": 3, - "的工作流，包括实验日志、阅读笔记这两大部分给搞起来。然后有了数据结果，要分析得到有效的结论，这个时候就涉及到": 3, - "nalysis": 27, - "isualization；最后就是要汇总思考和汇报工作，以及撰写文章草稿。": 3, - "既然是写给新生学习用的。那么针对新生而言，刚开始最重要的就是阅读文献。所以这个可以先搞起来。顺带就学会和熟悉了": 3, - "的工作笔记流程。当然了刚开始一年一般也不会有工作汇报，大多是文献汇报。所以这样是最合适的。当然了新生还是要跟着做实验，学习技术。所以整理相关的": 3, - "protocol，撰写实验记录肯定也是同步进行，如何按照模板写一个合适的实验报告，也是需要刚开始就学习的。至于数据分析和可视化作图，这个肯定是按需取用，主要是作为字典工具书存在的东西。所以你看，很容易找到了必修和选修，先修和后修的内容。": 3, - "最后，这是为建立我自己的实验室准备的，所以我也得相应的制度建设，从而保证实验室整体高效有序甚至是自动化运行。": 3, - "如果我独立建实验室": 3, - "我个人电脑技术很强，完全可以建一个实验室内部网站（局域网），然后让大家通过网站来共享相关资料内容。这个网站既可以是": 3, - "gitlab，也可以是": 3, - "bbs（物理距离这么近，没必要再在网上讨论了）。但从我的经验来看，gitlab": 3, - "是更好的选择。然后每个人都可以建立自己的课题相关的仓库。": 3, - "我推崇电子实验记录，事实上": 3, - "有": 3, - "插件，支持同步到": 3, - "gitlab": 6, - "的仓库去，而且每一次修改都会有记录，基本上不存在篡改的可能。而且我还可以通过每个人的主页轻松知道实验记录提交情况。": 3, - "当然了，原始数据很多情况下会比较大，所以这个还是要独立保存，不必上传": 3, - "gitlab。上传到": 3, - "上的主要就是基于": 3, - "语法的图片文字。": 3, - "简直太搞笑了，几个人还搞个破网站，自己维护就没有那个精力，所以根本就不现实，而且会把大家都搞得很累。不过整理一下这些搞科研的经验还是很有必要的。": 3, - "思考一下师弟们的安排": 6, - "戴哲泽后面接着信息加密的工作往下做，金仲超可以让他自己先调研下形成的初步方案，这些人大体上的安排都算是清楚的。": 3, - "周高昂的安排": 3, - "剩下的这个做毕设的周高昂师弟，虽然他是看着那个多色来的，但是我觉得做毕设，对于他而言更重要的是体验，而我跟他的关系也得是互利互惠。所以基于这样的原则，考虑到后面我的事情。我决定还是让他来做一些基础的实验，比如四面体合成，细胞培养和一些显微镜，比如": 3, - "的使用，这样就能帮我做一些基础的实验。": 3, - "但是对于他而言，后面毕业设计的论文，甚至是后面的发展，我也要稍微考虑一下。比如他论文题目，写什么呢？肯定不能是把我们未发表的数据拿去": 3, - "present，所以还得再想想一个听上去": 3, - "sense": 3, - "idea，然后在这个过程中顺手能够做的事情。": 3, - "细胞的力学超分辨成像中，做着做着肯定会有很多问题，所以具体他的论文内容，到时候都可以很容易编，所以不用急于一时。只不过我平时要注意积累和留意。当然了我也可以给他另外一个题目，就是之前我一直在提的，关于用实现漂移校正提取的事情。可以让他选择，当然了这是多选题。": 3, - "刚刚问了一下周高昂，他完全没有编程基础，对细胞成像更感兴趣。所以这个问题很完美的解决了。这周可以安排他开始把细胞培养起来了。就养ea细胞好了。": 3, - "毕设开题": 3, - "!开题报告周高昂武汉大学doc": 3, - "!任务书周高昂武汉大学doc": 3, - "既然他想做点细胞成像的东西，那就把细胞膜超分辨实时成像的这个题目给他。现在": 3, - "基本上已经不大可行了，因为": 3, - "与细胞膜的": 3, - "很难调整，所以就比较难得到好的单分子荧光信号。他的实验体系非常简单，就是膜上修饰胆固醇作为": 3, - "链，然后": 3, - "去": 3, - "。然后扔给他几篇参考文献先了解下背景。": 3, - "这篇最早用nile": 3, - "对lipid": 3, - "bilayer做的工作要看haronov，然后是e": 3, - "u的两篇工作anylchukoon，再然后是用做的膜超分辨pahn，还有那个用mer做的工作traussa。": 3, - "不过听他说，开题报告跟最后答辩的毕业论文内容可以不一致，我觉得也就无所谓了吧。": 3, - "指导学生": 9, - "思考一下未来的课题": 3, - "构思课题的基本原则": 3, - "从前面一些思考看下来并没有真正往提出一个课题的方向有效地前进。我觉得到了这个博士后期，虽然茜姐没跟我说，但是显然提出一个值得去做而且具备可行性的课题，是后面非常重要的能力，甚至胜过一切。": 3, - "实验室内流传一句话，叫做「去做最重要的事情」，这个是樊老师的博士后导师，诺奖得主给他的建议，也是他经常给我们的建议。在思考课题上来讲，这个就是一个最重要的原则。": 3, - "但是「去做最重要的事情」得有前提条件，就是你有一份能做的事情的清单。能做就是具备可行性。所以你看，构思课题的时候，可行性的优先级高于重要性。如果你想了半天只有一件能做的事情，那也就无所谓什么最重要的事情，因为你只能做这个。": 3, - "另外一个隐含的前提是，你有「寻找重要意义」的真实需求。就是说，对于我们这种刚进入科研圈的，首先要谋求的是立足和生存。而寻找重要意义，如果恰好能够碰上最好，碰不上还是务实一点，别凭空去思考，觉得自己要往哪个方向哪个领域发展。事实上你是哪个领域哪个方向，是一种历史概括，是过去式，它由你已经完成的工作决定的。我觉得对于学科交叉领域来说，就更不能被这种想法禁锢住。": 3, - "综上所述，我觉得自己还是务实一点，看看以目前的条件，能够做哪些事情，先列一个清单，然后再做挑选。": 3, - "目前能做的题目或方向": 3, - "按照目前anab的发展规划和战略方向，未来五年内主流不大涉及细胞，所以细胞方面主要是作为demo。目前已经完成的课题基本上决定了我主要还是做纳米机器。这个大的方向是可以确定的。但是大方向之下又可以做些什么，是需要思考的。": 3, - "信息加密": 6, - "这个其实已经有比较成熟的初步设想和一些预实验。参考整理信息读写加密部分的思路和数据。其核心就是用": 3, - "纳米机器来调制": 3, - "emporal": 18, - "barcode，然后用这个作为索引加密。我个人觉得意义方面还是不够，可以再好好想想。": 3, - "不过我看王飞师姐的动作（她负责计算和信息存储），后面": 3, - "超分辨成像肯定对于组内而言是非常重要的表征手段。然后从这门已经熟练掌握的技术出发，单分子单颗粒成像示踪能够干些什么（服务大家），也可以是我思考的一个角度。": 3, - "运动控制": 3, - "已完成课题主要是从运动控制上来讲故事。其实这也是一个有意思的方向，可以进一步发展。就是如何控制纳米机器的运动，我觉得这个是纳米机器领域最根本最核心的问题之一。但是毫无疑问它非常难，目前根本没有非常好的针对单个nanomachine的控制手段。": 3, - "自由扩散，布朗运动终究还是要克服的。所以细胞后面还是发展出来了沿微管运动的囊泡运输的方式。而目前我们在体外也可以复现这种": 3, - "transport，无论是基于微管和动力蛋白的方式，还是所谓的": 3, - "walker": 15, - "的方式。当然了我更有可能做": 3, - "walker，但是这个方向的难点其实很多（是真正难啃的骨头）。我觉得这个方向很难但是更有可能做出非常有意义的工作。": 3, - "智能响应": 3, - "想要控制单个纳米机器在整个世界中的运动自然是很难，但是一些自限性运动，或者说响应外部条件实现变构或者执行一些功能，这种": 3, - "dynamic": 27, - "nanomachine": 3, - "难度会小很多。而且基于此的一些": 3, - "nanocarrier": 9, - "的设计和工作也是层出不穷，相对来说是一个比较容易出文章的领域（也可以很轻松跟细胞结合）。": 3, - "人工智能": 3, - "人工智能作为近十年兴起的工具，必然会在科学研究中大放异彩。利用人工智能，最直接的一个点，就是提高效率，特别是提高数据挖掘和分析的效率，试图发现隐藏在数据背后的一些有意思的东西。所以这个方向其实只是一个附庸方向，它服务于我拿到的成像数据的分析。比如我之前提到的，有没有可能通过人工智能实现更好的漂移校正，从而提高分辨率。": 3, - "初步文献阅读的方向": 3, - "我的文库中大量关于的文献，从目前的情况来看，它们的阅读优先级已经大大降低。我认为，我目前更应该阅读一些智能响应方面的工作。因为这方面的工作比较多，也相对比较简单。当然了，很多": 3, - "computing类似的新概念，其实都是这个领域的细节分支。智能响应的微纳器件": 3, - "莫让他人安排了你的人生": 6, - "这一周说起来，周一周二疯狂看文献，周三交调研报告，周四继续修改，还有其它一堆乱七八糟的被李茜安排下来的事务。我还是忙得没空仔细思考权衡，只能是先去完成。但今天没有被安排任务了，我觉得就适合复盘和思考一下这个问题，就像标题所说，要警惕，「莫让他人安排了你的人生」。孔子说「三思而后行」，我这里也简单思考一下，归纳出一些经验。": 3, - "从重要程度出发": 3, - "周一的时候，茜姐跟我聊，未来樊老师想在细胞力学方面开展相关工作，问我能不能尝试做细胞力学的超分辨成像，因为已经有一个": 3, - "的工作rockman。这个事情说实话其实是很难的，特别是我在仔细阅读了此文之后。而且从另外一个角度来说，我就算是要去做一个验证性的实验，也差不多是建立起来了一个体系，把人家文章中的东西复现了七八成。严格来讲，如果将来不打算在这个团队留下来，这件事情对我来说毫无意义。": 3, - "而在职业发展的思考中我基本已经明确要留在上海，所以以后不管怎么说还是要仰仗樊老师。这种情况，我没有什么资格去谈，说你给我个准信让我留下来我就去做这个方向。所以只能是我自己主动去争取，去展现自己的实力和价值。一般情况下，需要发表一些高水平文章作为资本。但是由于我在团队内，都是知根知底的，所以工作能力并不一定需要以文章的形式体现。因此茜姐认为，比起发文章，这个可能更加重要。因为要尽快做出来demo，然后再拿这个去谈（也是时候了）。然后确定能留下来，有的是时间去发文章。": 3, - "从实际实践出发": 3, - "我毕竟是学生物出身，其实现在搞超分辨成像，深感自己无论是光学硬件还是物理数学的基础都很缺乏，更不用说涉及到微观纳米颗粒运动控制，以及化学过程涉及到一系列物理化学等等理论。另外一个就是说这些东西还是太精深了，我觉得适合那种喜欢在一个小方向花一辈子努力钻研的人才。我的经历和精力都决定了我自始至终是复合型学科交叉人才，所以就要充分发挥这种优势，做广度优先而非深度优先的事情。": 3, - "我在实际操作过程中，也就是这段时间在细胞力学方面的调研，就明显感觉到一种难以言喻的亲切感。广泛地了解细胞的一些神奇之处，有助于我加深对于生命的理解，满足我最初「探索生命奥秘」的需求。所以我觉得以后还是要充分利用樊老师这边框架核酸乃至其它相关的纳米探针，还有各种超分辨表征手段，去做一些细胞分子生物学的问题。这个空想是没有用的，只能是大量的阅读文献，事实上我很快就想到能否研究一下": 3, - "的力学框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案endocytosis": 3, - "force。": 6, - "从资源利用出发": 3, - "很多人都有远大的理想，都想做一些": 3, - "fancy": 6, - "的工作；还有很多人能力超群，天赋异禀。可是真正成功的还是少数。因为人要做成大事，离不开各种资源辅助。但是资源不仅有限，而且大多数集中在少数人手里。很多很多人，都在第一关就被卡住：拿不到别人的投资。而掌握资源的少数人，往往是由于历史或者制度原因上位，在大部分时候并不能产生好的具体的想法。这就是人才和资源的一种矛盾。": 3, - "做事情的第一关就是要拉赞助，如果自己是金主同样也要招兵买马，本质上就是一种人力资源和生产要素的交换。人类通过合作而不断前进，但是合作的基础是信任。说信任还太早，你起码还得认识。所以很多人会说，要结交贵人。我觉得结交是对的，但是也不要把对方想得太高人一等，诚如我知，不过是一种交换。只是因为很多历史和制度原因，交换双方的稀缺性和掌握的信息严重不对等。": 3, - "说人话，大腿还是要牢牢抱紧。": 3, - "有三种境界：": 3, - "别人说啥你做啥（听话），傻乎乎地爬上去或者被坑死": 3, - "别人说啥你任性（凭感觉），偶尔感叹一下错过机会然后逐渐碌碌无为": 3, - "别人说啥你想想（思考），挣扎与争执最后达成共识实现共赢": 3, - "我觉得自己完全没有必要因为这周没有搞什么写文章的事情惭愧或者焦虑，因为我完成了一件更为重要的事情。": 3, - "剩下两天做什么交差": 3, - "日报制度": 3, - "之前刷短视频看到一种大公司比较另类的管理方式：基层员工不用写周小结，组长要向组员提交周小结。理由也很简单：让更为重要的管理层，避免把精力花在粉饰美化工作（呈报给上级），同时也让管理层的工作更加透明，接受更多的监督。": 3, - "在实验室里边，我们同样要求提交周小结。可能老师还被要求每个月向樊老师提交月总结。我觉得周小结这个东西，其实我们从始至终都是一种透明化的。小组会上大家都要讲，也都知道自己干了什么。但是我觉得我的工作仍然没有足够的透明化。": 3, - "什么叫做透明化，就是具体到每天实际都做了什么。每周提出的任务是什么，最后又完成了什么。只有把这些弄清楚，形成一个闭环。才能让大家实事求是地发现问题，然后改进。所以我觉得我们实验室的这个流程中，其实还缺少了日报的环节。而这个东西，其实就是本周事务表截个图就完事的。": 3, - "考虑做个培训": 3, - "上面提到的日报制度，其实关键是要实现完整的信息流高度整合，而不是让信息分散存储于单个文件中。比如我数据是一个文件，日志是一个文件，然后汇总的excel表格又是一个，用于报告的又是一个。然后各个层级的信息被不同的文件割裂，不能很好地链接起来。而这个痛点，其实可以比较好地用": 3, - "软件来解决。所以下次小组会，我不妨用这个做一次演示，让大家看到这种效果。吸引大家特别是新生的兴趣，然后在实验室范围内，做一个简单的培训。": 3, - "课题方面": 3, - "其实现在一个很重要的问题，是人力资源的分配，不能让大家闲着。周高昂我已经做出了安排，但是两位普博，金仲超和谢瑶我还不知道怎么搞，或许可以跟他们聊一下。虽然茜姐说刚开始不一定每人给他们准备一个课题，但还是要帮助人家思考一下。当然前期主要还是参与到现有的课题中。": 3, - "所以金仲超还是可以让他尝试一下，毕竟他自己有一些想法，对于这样主动的学生还是要尽力培养，然后在单分子成像上金仲超可以跟戴哲泽互为备份。然后谢瑶的话，我觉得也可以让她跟着我做一些细胞方面的事情，这样谢瑶跟周高昂师弟可以在细胞成像上互为备份，谁都可以上。": 3, - "然后茜姐说，金仲超是比较心高气傲的，让戴哲泽带他肯定不行。所以还是得我来带。但是我认为对于普博而言，更重要的是思考一个课题，学习技术什么的已经不是那么重要了。当然了他们要做什么课题，大体上还是我们老师来决定的。": 3, - "所以还是回到了这个最本质的问题，我能够让他们做什么课题？本来我打算是多看文献看看有什么": 3, - "idea。但是这样很容易分散甚至迷失。茜姐建议最好是把自己的东西做精深，然后再立足于自己去发散出其它的课题。所以还是要充分地审视自己已有的工作。给大家一个比较清晰的": 3, - "blueprint。": 3, - "这个可以作为我下次小组会最重要的部分。再加上一些简单的实验设计，初步结果和分析，还有文献分享，其实内容就很丰富了。「不能让学生觉得在浪费光阴」倒逼我对全局进行思考。": 3, - "李茜发布的两个任务": 3, - "重新讲一下戴哲泽师弟讲过的两篇文献，如何把": 3, - "device": 12, - "讲清楚": 3, - "比较阅读两篇内容接近，但是档次不同的文章。": 3, - "思考任务和人员分配": 3, - "大致安排": 3, - "目前从技术层面和具体事务上看，我主要就两个方向的课题：": 3, - "单分子单颗粒成像（in": 3, - "vitro）：，": 3, - "nformatics": 3, - "细胞成像（in": 3, - "vivo）：ell": 3, - "echanics": 6, - "之前我主要在搞单分子单颗粒成像方面，现在要新开细胞成像方面。课题的设计弄得七七八八，但是后面不少实验，我未必需要自己来做。我目前是打算让谢瑶也参与到这个细胞成像中来（甚至成为主力）。这个部分我要想清楚然后做好分工。": 3, - "在单分子单颗粒成像上，金仲超师弟有一个": 3, - "的想法。这个东西或许可以做，但更重要把握的是值不值得去做。显然师弟现在还无法判断，所以只能我来判断。这个也需要额外的思考。": 3, - "最后就是关于已有方案用imager来搞信息存储的具体路线图，需要拿到什么数据，做哪些实验，这个相对来说轻松一点，后面主要让戴哲泽负责的。也要思考起来的。": 3, - "联想到之前茜姐转发我樊老师的聊天截图（框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案），里面说要尽量做自己擅长的事情，范围一下子就缩小了很多，然后做里面重要的事情，然后把这个重要的事情做到尽善尽美。基于这样的考量，其实电化学超分辨成像，目前有没有做到尽善尽美，做到极致，我们有没有这样的能力和意志去推进这个领域，才是真正需要思考的问题。": 3, - "目前做得最好的，我听金仲超的报告，一个是冯建东他们组，虽然发了ature，但其实还是有很多不足，这个文章我需要好好拜读一下。另外一个是他师兄发的一个对比较大的纳米片，然后牺牲时间换分辨率的方式做的超分辨。这些文章有机会我还是要好好阅读一下，虽然一眼看过去，成像效果就不怎么样。特别是在细胞上的表现就不行。所以不妨考虑这个跟细胞力学成像结合到一起。但是可以让金仲超先建立成像的": 3, - "体系。": 3, - "我突然想到，可以通过看他们进入实验室一段时间的文献阅读情况，来判断他们的兴趣偏好更为准确。然后就发现：金仲超对于细胞成像更有兴趣，而谢瑶对于单分子成像以及结构方面感兴趣。所以这跟我的设想是完全相反的。所以这个东西真的未必要做。而谢瑶可以成为戴哲泽的好帮手。": 3, - "小结后续": 3, - "这个东西也并不着急定下来，今天晚上我分别约谈金仲超和谢瑶，听听他们是什么想法。我这边还是要把自己手上的工作弄顺。看一下哪些部分人家可以参与。": 3, - "!学生文献阅读情况分析pptx": 3, - "认真分析了一下谢瑶的文献阅读情况，因为对她确实了解不多。看下来，她也确实对单分子成像更感兴趣，也知道去了解一点实验室其它方向的工作，以及可能更普遍的热点工作，比如as等等。": 3, - "帮整本科生刘致远的大创申请": 12, - "申请书": 3, - "申请表文件": 3, - "!附件：上海交通大学大学生创新实践计划项目申请表docx": 3, - "需要我补充的说起来是「立项依据」，但简直就是「文献综述」、「课题执行方案」等真正实打实的内容。": 3, - "项目简介": 3, - "纳米机器人是一类新兴的可编程的分子工具。通过的序列设计，能够精确控制多种属性，最终实现特定的功能。基于已有的研究基础，结合纳米机器人的可编程性，本项目提出一种全新的信息编码、加密、存储和快速读取的完整解决方案。": 6, - "研究目的": 3, - "世界正在产生太多的数据，而存储无法跟进。发展变革性的信息存储与处理方式，已成为大数据时代的迫切需求。脱氧核糖核酸（）作为亿万年自然进化选择出来的碳基生命遗传信息的存储介质，具有极高的存储密度和稳健性。基于本身所具有的可编码性和高效复制能力，理论上可以实现超低能耗、超高容量和超稳定的信息存储。": 3, - "目前已有大量研究尝试使用编码、写入、存储、加密和读取信息，为了进一步降低成本真正服务社会经济，信息处理等诸多环节仍需要很大提升。信息存储的成本将随着技术的发展逐步下降。与此同时，其市场化应用也将是渐进式发展的，一部分重要的需要长时间存档的信息将被优先利用存储起来。重要的信息在许多场景下需要被充分加密，以保证数据的所有权和安全性。的信息加密领域目前研究相对较少，其中以折纸纳米结构为代表，能够在存储信息的同时产生目前计算机无法暴力破解的密钥，充分保障了信息安全。": 3, - "国内外研究现状": 3, - "存储发展与现状": 3, - "进行数据存储的理念可以追溯到": 3, - "世纪": 3, - "年代中期，然而当时": 3, - "测序和合成技术仍在起步阶段，不足以支撑大信息量": 3, - "存储的发展。早期的尝试工作所存储的信息量往往只有几十个字节，实际应用的潜力极为有限avis": 3, - "lelland": 9, - "ancroft。": 3, - "进入到": 3, - "世纪之后，哈佛大学": 3, - "eorge": 54, - "hurch": 30, - "与欧洲生物信息学研究所": 3, - "ick": 15, - "oldman": 9, - "等人的工作将": 3, - "存储这一领域推上了一个新的台阶，并引发了": 3, - "存储研究的热潮。": 3, - "年，hurch": 6, - "等人利用新一代的合成与测序方法，成功将": 3, - "的数字化信息存储于": 3, - "中hurch。次年，oldman": 3, - "等人则用十几万条人工": 3, - "合成的": 3, - "片段实现了": 3, - "数据存储oldman。至": 3, - "年，": 6, - "存储在单次实验中的最大存储量已经超过": 3, - "，存储于": 3, - "万条": 3, - "片段中rganick。": 3, - "随着": 3, - "合成与测序技术的进步，新的": 3, - "存储方法也在不断涌现。": 3, - "团队构建出首个基于": 3, - "系统的分子记录器hipman。该记录器让细菌细胞获取按照时间顺序输入的": 3, - "编码": 3, - "信息，并在基因组的": 3, - "阵列中按时间顺序存储它们。这样，这些包含时间": 3, - "顺序的事件信息就能够被读取和重建。": 3, - "年，他们成功使用": 3, - "系统存": 3, - "取了一段骑马奔跑的视频短片hipman，所有的帧都可以按正确顺序重建。": 3, - "年哥伦比亚大学": 3, - "ang": 672, - "团队开发了一种基于电遗传学的": 3, - "存储架构，实现了数字信": 3, - "息到": 3, - "遗传信息的直接写入。响应电刺激的": 3, - "系统可以将外部电脉冲": 3, - "转换成可遗传的基因信息，为硅基碳基的信息交互探索了新的可能性im。": 3, - "据美国": 3, - "分子信息存储项目预测，至": 3, - "存储的写入成本将降低至": 3, - "美元，而数据的写入与读取速度将超越": 3, - "秒，可与现有存储技术匹敌。然而，这一预测能否实现，还有赖于一系列技术瓶颈的突破。": 3, - "折纸与信息存储": 3, - "折纸术（": 3, - "origami）是纳米技术的一个重要分支。该方法发明于年，即利用上百条短单链作为“订书钉”，辅助折叠一条长达数千碱基的噬菌体基因组单链，并自组装形成预先设计的结构othemund。近年来，折纸术迎来了快速发展，目前几乎可以定制任意形状的复杂几何结构，包括各种实心或者镂空的结构、复杂曲面结构、可以动态变构的纳米装置与纳米机器人等等ey。": 3, - "除了利用折纸术制作各种精确的纳米结构外，折纸术同样可用于信息存储。": 3, - "年上海交通大学团队发展了一套基于": 3, - "折纸技术的生物分子加密系统，": 3, - "实现了加密术与隐写术的整合。": 3, - "该": 3, - "加密系统采用一条长度为": 3, - "碱基左右的骨架链，": 3, - "实现了约": 3, - "位的理论密钥长度hanga。年，ughes团队报道了基于折纸和超分辨成像技术的数字核酸记忆（d）ickinson。其主体部分是一个折纸面板。该面板上通过延伸链的精确排布实现": 3, - "的排列组合，信息通过喷泉码rlich的编码方式写入折纸。该方案基于成像手段直接读取信息，理论上能够实现以实验室硬件达到相当于磁带（每秒数百）的读写速度，短期内具有较大的发展潜力。": 3, - "多色成像与信息存储": 3, - "目前": 3, - "技术仅在折纸面板的单个比特位上实现了": 3, - "bit": 3, - "的位深（即": 3, - "），而从成像的角度看，还可以运用多色的策略扩充折纸面板上存储信息的位深，从而进一步提升折纸的信息存储密度。alf": 3, - "等人基于发展出用于超多色成像的xchange技术ungmann": 3, - "可以通过漂洗置换序列不同的mager，实现对不同颜色的时间尺度区分，完成了": 3, - "nm分辨率下的色成像。": 3, - "通过不同颜色的荧光信号组合制作条形码（barcode）也是重要的多色成像策略。比如于": 3, - "年提出的基于六螺旋折纸的荧光": 3, - "barcodein": 3, - "。再后来基于方块折纸和三色荧光组合而成的": 3, - "metafluorophoreoehrstein。除了荧光信号颜色的差异可以制作": 3, - "barcode，荧光信号闪烁的频率同样可以制作多色条形码，": 3, - "如利用荧光短链与靶标链结合频率差异形成的emporal": 3, - "arcodeshaha。": 3, - "以及调整一个方块折纸上": 3, - "位点数量，加上三色成像的方式弄出来结合频率差异": 6, - "的方案": 3, - "ade": 27, - "在成像硬件设备上的改造同样可以扩充多色超分辨成像的能力。年就有人采用多种激光照明实现少数的同时多色成像": 3, - "omezarcia": 12, - "，后来也有针对分屏后的信号的点扩散函数进行调制实现同屏的多通道多色成像": 3, - "patovski，最近": 3, - "alf": 162, - "等人用分屏的方式实现一块传感器同时采集多种颜色的信号imber": 3, - "。这些方案都为基于成像的折纸信息存储进一步提升和突破奠定了基础。": 3, - "纳米机器人与信息检索": 3, - "成像过程中，": 3, - "与靶标序列可逆地结合解离，产生不断闪烁的单分子荧光信号，其闪烁频率与": 3, - "的序列结合长度相关，这意味着的单分子荧光闪烁动力学具有良好的可编程性ungmann，因此，不同的靶标可以通过信号闪烁频率差异加以区分，这种频率标记的新思路有望突破荧光染料种类造成的“颜色”限制。mager": 3, - "常用长度范围是到个碱基，单纯从序列和长度入手，频率调制能力十分有限，因此有必要进一步拓展mager": 3, - "设计范围。": 3, - "基于碱基互补配对原理，利用核酸分子可以精确设计和组装从一维到三维、大小形貌多样的框架核酸结构": 3, - "se，在该框架结构上进一步组装化学分子、蛋白质等其他功能单元，可以设计得到功能化的": 3, - "纳米机器人u。其中四面体": 3, - "etrahedral": 15, - "anostructure": 12, - "作为一种合成简便，大小适中、结构精确可控的纳米结构，是mager十分优秀的搭载框架in": 3, - "in。在四面体上可以直接延伸出不同数目和序列的mager链，形成频率检索加密的纳米机器人，用于折纸上所存储信息的解密和读取。": 3, - "技术路线": 3, - "这里用": 3, - "drawio": 3, - "搞个流程图就可以了。": 3, - "!刘致远大创技术路线图png": 3, - "!刘致远大创技术路线图drawio": 3, - "拟解决问题和预期成果": 3, - "拟解决问题": 3, - "实现基于纳米机器人的加密信息成像解码读取是本项目的关键科学问题。已有的": 3, - "方案存在存储位深较少，信息存储密度低，没有加密等问题。": 3, - "预期成果": 3, - "本项目拟构建可用于信息成像读取解密的纳米机器人，通过框架核酸调整mager对靶标序列的捕获概率，实现对成像过程中单分子荧光信号闪烁频率进行调制，扩充折纸上存储信息的位深，并进一步根据成像结果和信号频率统计差异实现加密信息的解码。": 3, - "研究进度安排": 3, - "年月至年月": 9, - "制备并完成新型mager探针中关于框架核酸大小、延伸链长度、荧光基团修饰方面条件的筛选优化。": 3, - "完成六螺旋靶标结构以及超分辨成像样品的制备，并进行初步的验证新型mager探针的设计。": 3, - "建立完善超分辨多色成像实验体系。": 3, - "完成多价态高阶mager探针在调制中靶标信号闪烁频率的测试，并对四色靶标样品和细胞样品进行超分辨同时多色成像。": 3, - "在国际主流杂志上发表论文篇，申请专利项。": 3, - "整理实验数据，完善相关成果和技术，撰写提交结题报告。": 3, - "已有基础": 3, - "与本项目有关的研究积累和已取得的成绩": 3, - "折纸和纳米机器人设计制造能力方面：制成执行迷宫行走任务的单分子巡航机器人": 3, - "折纸和纳米机器人设计制造能力方面：完成了精准定制的折纸及其矿化，制作了具备逻辑运算能力的单颗粒“投票机": 3, - "单分子超分辨成像技术平台：通过本平台实现了活细胞双模式单颗粒成像和单细胞水平半定量研究球形": 3, - "核酸的胞内实时聚集和定位，并开发了基于比色法的自动算法，实现了纳米机器组件在细胞内聚集状态的自动、": 3, - "快速、定量的准确分析": 3, - "信息编码、存储和加密，以及计算方面：完成了集合加密与隐写功能的信息加密系统和可实现任意功能数字运算的开关电路": 3, - "已具备的条件，尚缺少的条件及解决方法": 3, - "实验室已建立起来了基于四面体的新型mager探针合成与表征手段，并使用原子力显微镜证明了新型mager探针的立体框架结构以及良好的单分散性（下图a）。实验室建立起成熟的传统成像体系，能够使用传统的mager探针完成对点阵折纸纳米结构（下图b）和细胞微管结构的超分辨成像（下图c）。这些前期成果为本项目的顺利开展和进行奠定了坚实的基础。": 3, - "!刘致远大创已有技术积累png": 3, - "可供参考的资料": 3, - "交大本科生致远学者许晗玲申请书pdf": 3, - "合成科学战略报告第十五章信息存储和计算李茜pdf": 3, - "青年项目报告正文谢晓冬doc": 3, - "思考的信息加密应用": 3, - "先回顾一下之前的实验，在年圣诞节前后，我分别用单链imager对四种六螺旋折纸进行了（见信息加密十点六螺旋的成像实验），发现双色通道配准就是一个大问题。而后再做多色混合样品拍摄就一塌糊涂了。后来把相关数据整理到": 3, - "，留待进一步分析。": 3, - "混合样品拍摄数据的进一步分析": 3, - "cy通道的背景过滤": 3, - "对": 6, - "每种浓度为": 3, - "n）的慢拍样品（ms曝光）做分析，可以看到": 3, - "通道的背景很糟糕，但是大体上还是可以进一步区分，net": 3, - "sigmax": 3, - "是有区别的。属于单分子荧光信号的": 3, - "net更大，sigmax更小。": 3, - "可以看到通过这两个特征进行": 3, - "filter": 9, - "之后的效果还是可以的。cy通道的信号基本可用了。": 3, - "cy用s采集的单分子荧光信号特征如上图，概括如下：": 3, - "likelihood：": 3, - "net：": 3, - "sigmax：": 3, - "photons：": 3, - "bg：": 3, - "📂xxdeicai": 3, - "双色通道配准": 3, - "尝试文献报道的一些软件，如": 3, - "mixer。我只需要把数据变形一下即可。imberadeus": 3, - "mixer": 3, - "reads": 3, - "separated": 3, - "text": 3, - "containing": 3, - "lists": 3, - "但是，我们的双色信号互补的，cy有，就没有。所以还是不行，得自己来弄，我觉得最切实可行的，就是手动把数据给弄了，半自动处理，然后统计，先看看结果如何。": 3, - "rad": 3, - "circle": 3, - "pick": 9, - "选择一些我觉得能够match的结构，再根据这个做进一步精细的配准看看效果。": 3, - "可以看到效果还是可以的，说明配准到这里还是ok的。但是信号质量确实是不行。感觉有一些点还没有出来。帧慢拍都没能行，这个有点说不过去了都。": 3, - "我在想要不要手动按照相应的": 3, - "直接挑选出来。因为我们是要从概念上验证频率编码索引实现加密的可行性，而不是要一步到位把数据分析自动化也搞完。可以根据这个配准的结果，更进一步地圈选出来比较好的结构，做后面的事情。": 3, - "📂xxdeicainmerge": 3, - "cy通道的信号坐标有缩放，需要乘以": 3, - "左右以映射到": 3, - "。可能我们用不同的荧光": 3, - "的时候，就是因为存在这样的缩放，导致并没有应用真正的漂移轨迹。": 3, - "虽说，": 3, - "nm，但这种误差确实存在。或许后面可以考虑对不同通道的marker的点做完仿射变换后再漂移校正。": 3, - "模式识别": 3, - "根据完整性和长度，手动圈选出来个左右的结构之后，再根据模式进行分类圈选。这个过程还是可以手动完成，但是也可以看到数据质量确实不高。": 3, - "可以看到，cy": 3, - "通道信号质量明显比": 3, - "好，这个跟之前是不大一致的。后面如果还要做的话，我看最好还是用": 3, - "来搞好了，避免这两种可以的dye之间有什么crosstalking。": 3, - "📂多色混合六螺旋样品": 3, - "多色混合样品拍摄": 6, - "并不算成功，主要是通道的效果比较差，需仔细调整imager浓度。": 3, - "混合多种折纸样品": 3, - "fc、fc、fc": 3, - "fc": 3, - "都混合到一起拍摄。混合配方详见下表。混合液取u加入到打": 3, - "中，显微镜载物台上找到焦面后静置分钟后拍摄。": 3, - "!混合折纸样品配方表xlsx": 3, - "后来发现": 3, - "通道背景太高，所以把": 3, - "终浓度都调整为": 3, - "n，总浓度为": 3, - "n，cy标记的imager的浓度为": 3, - "n，再拍了一次。效果就好了不少。": 3, - "这次拍摄使用的confocal皿（已经静置拍摄h），我直接拿下来，用": 3, - "的移液枪把之前的": 3, - "吸除，然后换上更低浓度的": 3, - "mixture，感觉没有造成已经吸附的材料的脱离。说明打plasma还是很nice啊。": 3, - "实际拍摄参数": 3, - "xposuretime": 3, - "aser": 6, - "angle": 6, - "enetrationepth": 3, - "为了更好的单分子信号质量，还是先把激光功率调整到最大吧。注意角要仔细调整，使得背景低，然后信噪比也高。": 3, - "数据预处理": 3, - "先本地切割数据，简单看了下，": 3, - "曝光的数据可以用用": 3, - "net": 3, - "的参数做localize，无需对配置文件做额外修改。然后上传到超算中心做localize，如下图所示：": 3, - "估计要个小时左右，毕竟是将近": 3, - "的数据。可以让winscp采取后台传输方式，开多几个进程，但是ii的速度峰值也只有": 3, - "s，所以就这样吧。": 3, - "感觉超算中心虽然好用，但时间都浪费在数据传输上边了，或许还不如在本地执行": 3, - "结果很糟糕啊": 3, - "多种结构在一起，非常混乱，密度也比较大，然后": 3, - "感觉点少，而": 3, - "通道点很多。基于手动圈选的图像配准也比较粗糙，而且要做第二次配准会把本来快配准的通道弄乱。": 3, - "分析x折纸双色数据": 6, - "折纸要稳定拍出来好的效果似乎也很不容易，总之这次算是失败了。": 3, - "整理本地大数据分析工作流": 3, - "发现使用超算，在数据传输的开销还是太大了，所以某种意义上讲，还不如本地电脑处理，刚好我也有一台远程控制的主机。要用的工具我已经整理成代码和脚本。": 3, - "首先是要把": 3, - "文件切割并转成": 3, - "文件，可以在jupyterlab中执行。然后就直接在": 3, - "中运行": 3, - "bat": 3, - "脚本。注意把bat脚本放入每个子文件夹中。": 3, - "lifrawipynb": 3, - "localizebat": 3, - "localizesbat": 3, - "localizejoin": 3, - "mle": 3, - "bl": 3, - "ga": 3, - "上边是脚本的具体内容，其实就是调用": 3, - "的命令行工具，然后指定一些参数而已。": 3, - "修改picasso代码": 3, - "提供的": 3, - "工具被我做了一些修改，以支持对分块数据的批量聚合以及顺序问题。": 3, - "漂移校正效果不行": 3, - "这次就算是上了": 3, - "的漂移校正nossen，还是没能很方便地得到很好的结果。我在以下方面做了尝试：": 3, - "，选出质量较好的单分子信号": 3, - "cut，选择局部小区域，如x": 3, - "做undrift预处理，比如": 3, - "总之利用": 3, - "postprocessing": 3, - "克服漂移校正还是非常": 3, - "tricky，暂时先放一边吧。": 3, - "搞清楚cy通道背景的问题": 3, - "cy通道的背景主要是界面结构缺陷所致，最好是仔细调整角来克服这个问题。通过数据后处理来消除这种背景暂时难度较大。": 3, - "cy通道的背景": 3, - "之前做双色，用的confocal皿，没有任何清洗，背景挺高，已经严重影响了cy标记的imager做的效果。戴哲泽做了liquinox清洗的玻片，去看了一下还是有较高的背景。我怀疑这个背景不是样品上的，而是物镜上的，不妨拿个皿加点水直接去看看。": 3, - "无光照背景随时间波动": 3, - "`stability": 3, - "是用": 3, - "ean": 18, - "来计算的。均值是每帧的像素均值，并且扣除了`offset": 3, - "`。由于": 3, - "都是": 6, - "单位，通过相同公式换算为光子数。所以此处得到的稳定性指标等同于光子检测稳定性。": 3, - "加激光照射后的背景波动": 3, - "此样品仅使用了": 3, - "m）": 3, - "置于新开封的": 3, - "皿中，激光": 3, - "cy用": 3, - "强度，是的强度。可以看到，`stability": 3, - "`，背景波动还是有显著上升的。": 3, - "旋转角的影响": 3, - "在拍摄的过程中发现，cy通道的背景总体的pattern并不会因为移动视野而发生太大变化，考虑可能是玻璃表面不平整造成的某种光的效应，推测调整入射角会有改善，事实上确实如此。": 3, - "通过每度拍摄一张图像的方式，可以看到在": 3, - "`ngle": 3, - "d`时，这种界面缺陷背景被降至最低，表现出最好的信噪比，能够清晰地看到杂质点。": 3, - "对每帧的roi内（x）的背景像素的均值和进行分析发现，指标跟背景的情况有一定对应关系，但是并不是非常吻合。所以后面还是要尽量调整角找到最佳的背景。需要注意的是，每一次实验可能都会有所变化。": 3, - "同帧内像素值差异": 3, - "上图是加了激光照明的空白样品，这个值大概在": 3, - "左右。而对于没有光照，同样取": 3, - "的空白帧而言，在": 3, - "，这个东西也是符合预期的。": 3, - "创业上市与存储": 3, - "现有技术用喷泉码编码策略可以实现": 3, - "存储": 36, - "数据，但瓶颈似乎还是在合成跟测序上。而折纸不用合成太多种类的链，似乎也能存储不少数据，不严谨估计甚至能到": 3, - "b。但是读取折纸上的信息需要超分辨成像，速度较慢。不过好在可以增加显微镜来实现线性提升以及微流控实现自动化。": 3, - "一些创业公司": 3, - "目前存储领域主要还是依赖于合成与测序。国外的一些公司包括：": 3, - "atalog，美国，，": 3, - "已经使用技术存储了小说《银河系漫游指南》和诗歌《未走的路》": 3, - "vonetix，英国，，硅阵列上并行合成的技术": 3, - "olecular": 78, - "ssemblies，美国，，": 3, - "酶促合成技术": 3, - "cript，法国，，专有的无模板技术制造合成": 3, - "wist": 3, - "ioscience，美国，，提供高通量的合成和测序服务": 3, - "elixworks": 3, - "echnologies，爱尔兰，，o平台，将合成成本降至美元字节": 3, - "ilobaser，奥地利，，推出了生产引物的设备": 3, - "ridia，美国，，开发基于的数据存储解决方案": 3, - "ynthomics，美国，，低成本、高质量、缩短周转时间的寡核苷酸合成解决方案": 3, - "存储：这些公司正在开启数据存储的未来存储数据存储碱基新浪新闻": 3, - "sinacomcn": 3, - "公斤就能存储全球数据！未来人体就是行走的超级“硬盘”产经前瞻经济学人": 3, - "qianzhancom": 3, - "国内的公司：": 3, - "中科碳元，深圳先进院合成生物学大牛创办公司获千万融资": 3, - "苏州泓迅生物科技股份有限公司": 3, - "生工生物工程上海股份有限公司": 3, - "中科碳元的存储编码解码器": 3, - "一个简单的在线工具，简化用户编码和解码信息。": 3, - "可以看到，我输入的信息如此短，但是表示它的序列却那么长，确实是有点过分了。": 3, - "如果限定长度的最小值为": 3, - "（不能更小了），": 3, - "最大值为": 3, - "，它就采取了": 3, - "存储的折纸解决方案": 3, - "以方块折纸为例，一个方块折纸（x": 3, - "nm），算它个碱基，每个碱基，一个折纸以": 3, - "的分辨率存储点阵（间隔nm），可以存": 3, - "个点。": 3, - "可以存储多少个点？初步计算，g": 3, - "做成方块折纸，可以存": 3, - "的数据，相当于": 3, - "万个": 3, - "的移动硬盘。": 3, - "里面到底可以写入多少信息？": 3, - "与直接合成，通过单个碱基来编码的方案相比。折纸是一种组合方案，只需要合成有限种类的短链（延伸链）即可实现这种编码。我觉得这是一个很大的优势。但其实现有文献报道的，是": 3, - "可以用喷泉码的方式存储": 3, - "的数据hurchrlich。提到了这个喷泉码（": 3, - "fountain）是个有意思的编码策略，在ickinson中也有提到，不过这个": 3, - "每个折纸上": 3, - "点，只有": 3, - "点是真正存储信息的。": 3, - "喷泉码百度百科": 3, - "anrosentcode": 3, - "ncoderecoder": 3, - "uby": 3, - "ransform": 3, - "fountain": 3, - "code": 9, - "双色拓展折纸位点存储的机制": 3, - "对于一个docking": 3, - "strand，可以任意设计，使其与两种": 3, - "的结合频次不同（总和保证该位点能够被出来），借助两种": 3, - "的结合频次比例实现对单个位点信息的编码，而不再是传统的": 3, - "。茜姐乍一听说感觉还可以，并联想到wain": 3, - "am的文章im，通过链互补设计实现基于纳米颗粒的计算。": 3, - "做分屏的高精度坐标映射": 3, - "使用分屏器做一些单分子成像实验，特别是双色超分辨这种，需要更高精度的坐标映射关系。我先就信息加密十点六螺旋的成像实验中的样品进行了这种手动校正，但是效果还是不大好。": 3, - "手动校正": 3, - "在细胞下表面成像": 3, - "分屏后光斑位置映射关系就已经粗略的得到了像素的关系，但实际上这个并不适用于超分辨的结果。因为左右的点并不是对应地很好，几十纳米的差异足以让结构不像样子。为此我先从": 3, - "render": 9, - "中导出放到了": 3, - "倍的全图，pixelsize相当于是": 3, - "nm，然后用": 3, - "mage辅助处理，找到一一对应的映射坐标组，然后在excel中快速得出变换关系。": 3, - "`js": 3, - "在右侧cy通道框选结构，自动找对应的左侧cy通道的信号": 3, - "根据自定义高精度映射方程的校准项调整共定位": 3, - "共定位达标之后，保存最终merge图像并记录此时的log窗口打印的共定位映射坐标": 3, - "getitle": 3, - "roianager\"add\"": 3, - "getoundingectx": 3, - "printx": 3, - "run\"uplicate\"": 6, - "\"titlecy\"": 6, - "run\"bit\"": 6, - "mapcyx": 6, - "dx": 15, - "dy{": 3, - "newrrayx": 3, - "修改这里的数值，如果调整到位了，": 3, - "就从log窗口把最新的一行复制到": 3, - "绿的向右移动个单位，": 3, - "绿的向上移动个单位": 3, - "selectindowimg": 3, - "makeectanglex": 3, - "run\"erge": 3, - "hannels\"": 3, - "\"ccy": 3, - "create\"": 3, - "run\"": 3, - "olor\"": 3, - "rename\"erge\"": 3, - "selectindow\"omposite\"": 3, - "close": 9, - "print\"\"x\"\"y\"\"x\"\"y": 3, - "共定位的映射坐标可以先复制粘贴到一个txt文件中，个一组搞完后，整体把坐标拷贝到excel表格中求线性方程。": 3, - "!分屏高精度坐标映射关系计算xlsx": 3, - "!分屏坐标映射校正vzip": 3, - "后面还是得用超分辨的双标折纸来做这个事情。本来最好是点六螺旋的样品，但是现在这样也ok，两点勉勉强强应该够用。": 3, - "双标样品拍摄": 3, - "让戴哲泽师弟用信息加密十点六螺旋的成像实验剩下的六螺旋样品，和": 3, - "两种不同的荧光标记，分别是（购自英潍捷基）": 3, - "标记（购自生工，见细胞膜表面的confocal成像，已经稀释到": 3, - "u方便使用，详见细胞下表面成像实验设计）的做一次，预计在分屏的两侧能看到一一对应的两点结构（间隔": 3, - "nm），然后基于这个来做坐标映射可以方便很多。": 3, - "!分屏多色通道配准ipynb": 3, - "后面到网上查了一下，找到一个根据对应映射点坐标，精确求解仿射变换矩阵的函数，还是挺好用的。": 3, - "了解漂移校正的和其它一些算法的文章": 6, - "超分辨成像后数据处理还是非常重要的，但是我感觉自己的数学物理基础相当匮乏，基本上只能用用这些已经发表出来的工具代码。": 3, - "在picasso分析最强照明的数据之后，基本判定影响我们成像分辨率的最重要因素是漂移。而基于荧光小球的漂移校正似乎不能得到非常好的效果。而参考文章中的搞法，先做，也很难直接得出x的grid结构。": 3, - "关于通过数据后处理来实现更高的分辨率的文章我还是积累了不少，但是大多都看不大懂，这里简单罗列一下，有空再好好钻研。": 3, - "nossen，基于熵最优化的漂移校正估计，据说比的精度能提高倍，可以一试，所谓的熵，似乎是高斯混合模型参数的一个统计指标。": 3, - "u，神乎其技，对环形结构的似乎有很好的效果": 3, - "ang，自动漂移校正的原文": 3, - "lmokadem，基于贝叶斯估计的漂移校正": 3, - "文献调研": 84, - "基于熵的漂移校正尝试": 3, - "用方法nossen实现了对我们拍摄的单分子荧光质量最高的数据做漂移校正，首次得到": 3, - "结构，把的分辨率提升到一个可用的地步，同时也正向证明了确实我们环境干扰相当大。": 3, - "后续的超分辨实验方案，就得常用双色通道，然后右边是x": 3, - "的折纸（或许可以用，避免": 3, - "cy通道太脏），还有荧光小球。": 3, - "软件包的安装和修改": 3, - "到elease": 3, - "·": 12, - "qnanodriftestimation": 6, - "v": 39, - "的有预编译的": 3, - "包。": 3, - "使用conda激活": 3, - "picasso虚拟环境，python为": 3, - "版本，安装": 3, - "photonpy": 9, - "这个模块，`pip": 3, - "photonpy`，参考itub": 3, - "qnanophotonpy": 3, - "cuda": 3, - "driver，": 3, - "oolkit": 3, - "update": 9, - "eveloper": 3, - "解压": 3, - "release，用": 3, - "进入并设置虚拟环境为": 3, - "picasso，参考范例调用函数。": 3, - "exampleforpicassohdfpy": 3, - "ataset": 3, - "dmedme": 3, - "dmeestimate": 3, - "r\"dzzmsemlifnplocsundriftfilterundrifthdf\"": 3, - "ds": 3, - "atasetloadfn": 3, - "printds": 3, - "prints": 3, - "drifttrace": 3, - "dmeestimatedspos": 3, - "dsframe": 3, - "dscrlbpos": 3, - "framesperbin": 3, - "imgshapedsimgshape": 3, - "pixels": 6, - "units": 3, - "dspos": 3, - "useudarue": 3, - "maxspots": 3, - "pixelsize": 3, - "注意修改": 3, - "displayalse": 6, - "dsapplyriftdrifttrace": 3, - "注意函数说明，返回为元组，取第一个就行": 3, - "dssaveospathsplitextfn\"driftcorrectedhdf\"": 3, - "另外还要修改": 3, - "中一个代码的片段：": 3, - "这里只是初步调用代码，后续可以让戴哲泽深入学习和了解这个的使用，特别是如何定义": 3, - "entropy然后实现最优化的。如果这个能够消化吸收，可以说直接就成为大拿了。": 3, - "估计所得更精细漂移轨迹的分析": 3, - "这个数据拍摄就是": 3, - "曝光时间，相当于": 3, - "z，分析这个漂移轨迹发现漂移波动的频率刚好也是在这个范围。这说明有可能是自身拍摄采样波动，也有可能是环境中的低频波动没有被去除。因此我们调研了一下被动隔振平台和主动隔振平台的区别": 3, - "当然了可以用更短的曝光时间拍摄荧光小球看看情况，如果这个振动的频率峰值还是在": 3, - "z，就很糟糕了。": 3, - "频率分析代码": 3, - "scipyfft": 3, - "fft": 3, - "fftfreq": 9, - "fs": 12, - "采样频率，总共采样了帧": 3, - "yf": 6, - "fftdriftxvalues": 6, - "序列强度值": 3, - "lendrift": 6, - "xf": 6, - "pltplotxf": 3, - "npabsyf": 6, - "pltxlabelrequency": 6, - "pltylabelmplitude": 6, - "pltxlim": 9, - "pltgrid": 6, - "正确的频率分析": 3, - "之前频率分析并没有使用真实的时间，而是帧作为相对的时间单位。频率的单位是，所以还是要把总的时间搞进去。": 3, - "totaltime": 3, - "总的采样时间": 3, - "pltfigurefigsize": 6, - "pltplotxftotaltime": 3, - "pltylim": 6, - "结果如上图所示，所以处理掉的是小于": 3, - "的低频振动的影响。而这种低频振动，或许需要利用更大更重的光学平台才能有效避免。": 3, - "picasso分析最强照明的数据": 3, - "戴哲泽师弟之前做了一个激光功率，而且开了高功率模式做的，然后据说用hunder这个插件做了一些分析，终于能够勉强看到x的结构。不过这个数据漂移比较严重，而且他的marker没有使用分屏，所以最终分析难度很大。这也说明了漂移确实是一个大问题。": 3, - "先圈选了一部分结构虽然不是很清晰，但是可以确认是方块折纸的结构查看基本的情况：": 3, - "可以看到这个单分子荧光光斑信号质量是很高的。有了这个前提保障，接下来我尝试解决漂移校正的问题，选取了一个最好的漂移轨迹并且做filter只取其lpx小的localization，然后提取相应的帧，结果做出来的效果还是不行。相关代码如下：": 3, - "!基于单点漂移校正html": 3, - "这个marker的轨迹单步jump都差不多有": 3, - "nm，所以用它来完成漂移校正几乎是不可能的。所以似乎基于marker的漂移校正还是存在问题的，这个问题该如何避免呢？我觉得就是要比较多的": 3, - "才能解决这个问题，通过比较多的数量来规避单个颗粒的波动，所以分屏是必须的。": 3, - "原始数据的信号质量，可以看到这个信噪比还是杠杠的。": 3, - "最后还是花了很长时间让电脑算的漂移校正结果。": 3, - "相关数据地址：": 3, - "对单点漂移轨迹做平滑之后再校正": 3, - "!漂移轨迹的平滑html": 3, - "可以看到这个校正结果稍微好一点。说明单颗粒marker的波动如果被平均，应该是得到更好的漂移校正结果的。所以我们最好有比较多的marker来做这个基于marker的漂移校正。": 3, - "并行计算": 3, - "搞了一个多进程监听文件并做localize处理的工具，算是打通了任督二脉。多进程并发计算和分布式计算是充分利用超算中心资源的唯一途径。而且数据量和计算量不大的时候，其实用自己的笔记本和超算中心并没有非常吃惊的区别（做测试）。": 3, - "我的电脑cpu是核，分了个数据块进行并行的多进程计算，总共耗时用掉": 3, - "秒。如果是不搞这个多进程，耗时更快只需要": 3, - "秒。如果注意切片成个数据块，总的运算时间需要": 3, - "秒。如果是切片成个数据库，运行时间变成": 3, - "秒。如果是两个数据块，则需要": 3, - "秒。所以似乎对于这种小的数据，可能体现不出来优势啊。": 3, - "然后我用ssh登录自己的台式机来做计算，发现多核的优势就显著体现出来了。同样是个数据块，秒搞定。单如果是单个数据来处理，同样是要更快一些，只需要秒：": 3, - "总的来说，台式机的虽然是": 3, - "的，但是性能差不多是我电脑的三倍。接下来我又要登录超算平台来试一试了。先做了数据分割，就发现速度没有台式机快。同样是分割为个数据，先看单个的处理速度，为秒，还是挺快的。但是想用多进程的时候，直接报错。": 3, - "那么我接下来只能是去试一试": 3, - "这个了，这个似乎支持多进程。后来发现是文件读取出现问题，真正运行下来，只需要秒。如果搞成个进程，需要": 3, - "秒。所以这个东西真的是，玄学。": 3, - "只能说单块数据太小了体现不出来优势吧。": 3, - "最后我把代码整理了一下，做成了一个数据处理工具，把lif放到": 3, - "中，按照说明书运行，就可以了。!大数据格式转换与自动localizezip": 3, - "交大超算平台使用经验": 3, - "了解了一点皮毛，不过真的是很有用。": 3, - "超算的账户，用户名是，": 3, - "超算可视化平台网址": 3, - "tudio": 6, - "感觉超算平台，还是要充分掌握并行计算编程，不然核的性能还是浪费了。多线程并发执行": 3, - "数据传输": 3, - "windows": 6, - "系统上用": 3, - "即可，挺好用的。": 3, - "ssh登录提示": 3, - "slurm常用指令：": 6, - "sbatch": 3, - "提交作业": 3, - "scancel": 3, - "取消指定作业": 3, - "集群设置以下队列，使用限制与说明如下：": 3, - "cpu": 3, - "允许单作业核数为~，每核配比内存，节点需独占使用；单节点配置为核，内存": 3, - "huge": 3, - "允许单作业核数为~，每核配比内存，节点可共享使用；单节点配置为核，内存": 9, - "ct": 15, - "small": 39, - "dgx": 3, - "允许单作业卡数为~，每卡最高配比核，每核配比内存；单节点配置为核，内存，块显存的卡": 3, - "cpu，small和dgx队列作业运行时间最长天，huge和ct最长天。作业延长需发邮": 3, - "件申请，附上用户名和作业，延长后的作业最长运行时间不超过天。": 3, - "仅用于短时间测试，请勿批量投递作业进行完整计算。队列每节点配置为核，节点可共享使用，作业允许节点数~，每核配比内存，最长运行时间为分钟": 3, - "用户帮助文档：": 3, - "登陆节点禁止运行作业和并行编译，如需交互操作，请申请计算资源：": 3, - "srun": 3, - "pty": 3, - "binbash": 3, - "bash": 3, - "登录节点不适合进行大批量数据传输，请通过传输节点datahpcsjtueducn进行数据拷贝": 3, - "，参考": 3, - "邮件支持：hpcsjtueducn": 3, - "账户存储使用情况：": 3, - "账户存储免费使用额度为：": 3, - "ccelmq账户存储使用量为：": 3, - "ccelmqlab用户存储使用量为：": 3, - "计费容量：": 3, - "信息加密十点六螺旋的成像实验": 3, - "分辨率上还是老样子，": 3, - "只能说够呛。": 3, - "初步整理信息加密工作之后，决定先做一个实验试试：": 3, - "!整理信息读写加密部分的思路和数据试样": 3, - "用新开封的confocal皿（": 3, - "glass），直接打plasma": 3, - "加入折纸": 3, - "solution（含": 3, - "marker）混合液": 3, - "到confocal皿，封口膜封闭，找到焦面后静置分钟后拍摄": 3, - "拍摄参数，曝光时间ms，marker的通道激光功率为，其它通道为，使用s和分屏拍摄，使用x": 3, - "bin，拍摄帧，约min。": 3, - "需要": 3, - "（）、（cy）": 3, - "三种": 3, - "做混合，每种": 3, - "吧。然后再加入绿色的荧光小球": 3, - "nm，稀释倍使用。": 3, - "加密方案所需所有链汇总xlsx中「ss": 3, - "imager」这个": 3, - "sheet": 6, - "!信号质量png": 3, - "六螺旋的点还是能够拍出来的，但是由于分屏双色缺乏合并，所以还无法判断很多东西，只能先看看单分子信号的质量，感觉还是不错的。注意": 3, - "浓度实际上是": 3, - "的两倍，所以背景也确实要高一些。": 3, - "从后面处理的结果来看：": 3, - "这个索引端点看不见": 3, - "这个靠近边缘的索引端点似乎也看不见": 3, - "所以六螺旋这样的设计估计还是有点难度，或者合成上加大": 3, - "staple链的比例能够解决。由于这个设计跟eng": 3, - "in于年的": 3, - "工作中用到的": 3, - "很像in，所以可以对比参照一下设计。": 3, - "超算分析测试型折纸样品": 3, - "利用周日在家的空闲时间，充分学习和基本熟练使用了超算的计算资源，知道了三种方式来搞，比如": 3, - "可视化平台去操作，也会使用": 3, - "slurm": 6, - "作业提交。": 3, - "数据转码和分割": 3, - "戴哲泽和郝亚亚拍摄的数据，用的是s，拍摄了帧，x的大小，大概是": 3, - "。用了的激光功率，的激光。我现在本地用": 3, - "lifraw": 3, - "将数据转成": 3, - "并分割数据块，每帧一个s或者每帧一个s。具体代码如下，几经修改应该是比较鲁棒了。": 3, - "数据上传": 3, - "在家用的": 3, - "manjarolinux": 3, - "系统，可以使用rsync命令行工具传输。但是": 3, - "rsync": 9, - "compress": 6, - "archive": 6, - "partial": 6, - "progress": 9, - "runmediaxxdlementsxxdeicaicut": 6, - "ccelmqlabdatahpcsjtueducnlustrehomeacctccelmqccelmqlabesktopxxddata": 3, - "可以看到传输速度还不错（家里s），等他先传一会儿，然后再去超算中心的作业中开启": 3, - "server。": 3, - "开启作业": 3, - "本次作业使用": 3, - "代码。注意先修改": 3, - "配置文件，指定拍摄所用的相机，以及一些光子转换所需的参数。": 3, - "ccelmqlabcas": 15, - "dir": 3, - "的核数为": 3, - "rocessing": 24, - "datacutslifraw": 24, - "可以看到这个节点的核数是，而且马上就把子数据块放到不同的进程开始做localize了。": 3, - "该代码存放于目录中，需要激活": 3, - "虚拟环境才能正确运行。": 3, - "注意cut数据必须放到": 3, - "的子目录中，一般使用上边的一整套代码就不会出错。然后该代码运行后不会自动停止，而是不断监听的多个子目录执行多进程作业，用户可以在": 3, - "erminal": 3, - "中按终止作业。": 3, - "watch": 6, - "globglobospathjoinsrc": 3, - "该配置文件存放于目录中，控制": 3, - "运行前用户需注意检查修改。": 3, - "作业运行状况": 3, - "基本上超算一直在等数据上传，上传结束马上就处理结束了。总共就用了差不多半个小时。所以这种方法还是work的。": 3, - "常见报错": 3, - "lustrehomeacctccelmqccelmqlablocallibpythonsitepackagespicassolocalizepy": 6, - "untimearning": 6, - "invalid": 6, - "encountered": 6, - "sqrt": 6, - "lpy": 3, - "npsqrts": 6, - "lpx": 3, - "picasso的代码还是要继续修改一下的。": 3, - "数据下载": 3, - "还是使用": 3, - "命令行工具传输，它支持增量，所以直接对换地址即可：": 3, - "ccelmqlabdatahpcsjtueducnlustrehomeacctccelmqccelmqlabesktopxxddatacut": 3, - "runmediaxxdlementsxxdeicai": 3, - "下载做好的单分子定位只需要": 3, - "秒，爽。今天就做到这里，其实在超算平台虽然使用": 3, - "不方便，但是使用": 3, - "的命令行工具，结合jupyterlab，基本上也是可以实现全流程的数据分析的。后面的明天再搞。": 3, - "本地linux安装anaconda": 3, - "可以通过命令下载": 3, - "镜像，我只打算用一下": 3, - "picasso，所以就搞了": 3, - "miniconda。而且用的是交大的镜像源。": 3, - "下载": 3, - "sh": 3, - "inicondapyinuxxsh": 3, - "一路yes之后，需要另外的操作，才能在": 3, - "中自动激活": 3, - "环境。其实就是要修改用户目录下的文件。": 3, - "~bashrc": 6, - "使用nano到里边检查一下内容，最好添加一下，添加环境变量。其实在安装": 3, - "最后会帮你在这个文件中写入一段：": 3, - "initialize": 6, - "!!": 6, - "ontents": 3, - "within": 27, - "managed": 3, - "init": 6, - "condasetup\"homexxdminicondabinconda": 3, - "shellbash": 3, - "hook": 3, - "devnull\"": 3, - "eq": 3, - "eval": 3, - "\"condasetup\"": 3, - "\"homexxdminicondaetcprofiledcondash\"": 6, - "\"homexxdminicondabin\"": 6, - "fi": 6, - "unset": 3, - "condasetup": 3, - "然后再按打开": 3, - "erminal，就能看到和": 3, - "的标签提示。": 3, - "后来在网上查到，我用的是": 3, - "zsh": 3, - "terminal，得写入文件才行。我们先把": 3, - "加入到环境变量，然后执行": 3, - "`conda": 3, - "zsh`": 3, - "自己添加环境变量": 3, - "然后这个终端配置就完美了。": 3, - "安装picasso软件": 3, - "只是简单用用，所以就按照alf": 3, - "ungmann在github上的最新说明：": 3, - "create": 9, - "picassosr": 3, - "运行非常简单，在": 3, - "虚拟环境中，输入命令`picasso": 3, - "render`即可打开。": 3, - "lib": 12, - "failed": 12, - "iris": 6, - "homexxdminicondaenvspicassobinl": 3, - "iblibstdcso": 3, - "version": 6, - "usrlibdriirisdri": 3, - "so": 3, - "search": 6, - "paths": 6, - "usrlibdri": 6, - "dri": 6, - "driver": 6, - "swrast": 6, - "homexxdminicondaenvspicassobin": 3, - "liblibstdcso": 3, - "usrlibdriswrast": 3, - "driso": 3, - "qtqpaxcb": 3, - "cbonnection": 3, - "adindow": 3, - "resource": 3, - "id": 21, - "major": 6, - "ranslateoords": 3, - "minor": 3, - "但是终端有报错，不过并不影响": 3, - "的正常使用，只是": 3, - "的效果跟我在": 3, - "中看到的有点差异。": 3, - "vscode可视化平台": 3, - "可以看到，vscode可以选择picasso的，这方便我修改源代码：": 3, - "然后我提交了": 3, - "undrift": 24, - "的作业，其实非常简单了，先写好": 3, - "undriftbyrccpy": 9, - "代码，然后再写一个": 3, - "脚本": 3, - "undriftslurm": 3, - "jobnameundrift": 3, - "注意一个节点（node）只配备了": 3, - "核，而": 3, - "cpu队列要求独占节点，所以核数是的整数倍。": 3, - "segmentation": 15, - "fetchocilesrc": 6, - "fnameendswithlocshdf": 3, - "baseundrifthdf": 3, - "把每个子块先undriftbyrcc": 3, - "直接搞效果其实也还可以，这就相当于解决了自动漂移计算时间太长的问题，我觉得能不能这样搞，还是要好好看看算法提出的原始论文ang。": 3, - "joinpy": 3, - "分块的数据最后需要根据文件名有序的连接起来，所以又写一段代码，实现这个功能。": 3, - "locsundrifthdf": 3, - "mainwks": 6, - "undrifthdf": 3, - "printob": 3, - "超算使用小结": 3, - "个人觉得最方便的使用方式，就是在本地写好代码，准备好数据，做一个小规模测试。然后把代码和数据的目录同时上传（rsync）到超算中心，再登录节点直接提交作业即可。作业结束能够自动发邮件到邮箱，然后就再同步一下收数据，非常棒。": 3, - "想想后面的存储加密是否能引入p": 6, - "用于信息存储加密的课题设计上，目前只有频率和颜色，事实上还可以加上": 3, - "p，这样会比较丰富饱满。p响应的主要是": 3, - "imotif（p": 3, - "都有很大的变化），这个可以了解一下。可能还有一些": 3, - "结构也能响应": 3, - "p。imotif": 3, - "可以嵌入到目前": 3, - "体系不同的部位，既可以是": 3, - "strand，也可以是imager": 3, - "链或者是骨架上。茜姐只是脑洞大开地跟我说一下这个事情，但其实很有很多具体的问题。": 3, - "iotif": 99, - "引入到": 3, - "目前的": 3, - "体系中，也可以先剥离出来一个小课题，尝试一下这种结构变化对于": 3, - "的影响。当然如果时间上凑不上，可以再延伸一下。目前可以先看下相关文献：iotif": 3, - "整理信息读写加密部分的思路和数据": 6, - "信息存储必然是fanlab实验室未来几年的重点核心。所以我的工作展望也必须要突出这一点。要认真而谨慎地探讨，基于单分子成像的存储信息读取方案的可行性和创新性。": 3, - "首先用于信息读取，是完全可行的，已经有这样的工作报道ickinson。基于此的信息读取的优势，直观感受是比扫": 3, - "这类的方式要快。由张祎男师兄完成的信息加密的工作就是扫实现的信息读取hanga。": 3, - "而我们的工作思路，其实是对信息加密的一个继承。因为前期的工作可认为是让我们具备了调制荧光信号闪烁频率的能力。接下来就是要利用这种能力，或者是把频率一种key，对存储的信息进行加密。这个在我的博士后项目汇报谢晓冬pptx": 3, - "所以我大致回顾了一下，弄了一个：信息读写加密": 3, - "工作计划": 3, - "pptx，其实就是一个": 3, - "的东西hahhaha。": 3, - "十点六螺旋设计": 3, - "相关的东西其实我们都已经买齐了，接下来就是要做成功，需要拿到好的数据。首先肯定还是先用单链拍一个样品试试看，分辨率到底有没有可以改善的空间。": 3, - "!加密方案所需所有链汇总xlsx": 6, - "信息加密方案": 3, - "其实这个更多就是一个信息加密的策略，用折纸的方式提供了映射表。对这串信息进行了加密，而解密需要知道形成这个六螺旋折纸需要补充的staple序列，以及mager的序列（对信息点进行，不然无法知道），和imager及其索引编号（对索引点进行，不然无法知道信息分段索引）。": 3, - "试样": 3, - "索引点可以都用一个，信息点的和间隔排列，合成一个这样的六螺旋样品，然后同时用三种": 3, - "来做。如加密方案中所示，其实我可以选取": 3, - "组作为测试样。f的频率对应的就是，c就是，不过我们可以先用单链拍拍索引看看。": 3, - "但是这里边一个更加基础的问题，其实是用频率编码索引的空间到底有多大（可能更多靠吹嘘）。我们如何产生足够多的频率差异，使之在单个折纸结构上可以区分。之前的数据显示也就": 3, - "之间差异比较大。": 3, - "合成fc（）样品": 3, - "找到之前混合的骨架链，见加密方案所需所有链汇总xlsx中「基本staple链」这个": 3, - "sheet，有背景颜色填充的序列是无需添加的，剩下的链混合到一起（无延伸末端和biotin标记链的混合物）。": 3, - "pointextension": 3, - "fc的信息pattern为（见设计图，填充背景黄色高亮为，其余为），序列可从「point延伸链」中寻找，使用后缀为的序列，使用后缀为的序列。按照pattern选取": 3, - "point": 6, - "延伸链，fc分别为：": 3, - "注意每个位点都包含四条链。": 3, - "indexextension": 3, - "fc样品使用索引为，": 3, - "可从「四套索引链」中寻找，后缀为的序列（或者index列为）。": 3, - "!整理信息读写加密部分的思路和数据docx": 3, - "已导出文件并发送给戴哲泽，让他帮忙合成一下这个六螺旋。": 3, - "uanga": 3, - "pectral": 3, - "deep": 15, - "learning": 24, - "uthors": 1926, - "ongqian": 3, - "uang": 105, - "uichen": 3, - "uo": 99, - "iang": 150, - "aocite": 12, - "ocal": 1944, - "libraryzoteroselectitems": 1932, - "opological": 3, - "supramolecular": 3, - "network": 9, - "enabled": 3, - "highconductivity": 3, - "stretchable": 6, - "organic": 12, - "bioelectronics": 3, - "uanwen": 9, - "hitao": 6, - "hang": 357, - "iuan": 6, - "eling": 3, - "harleshéophile": 3, - "oen": 3, - "rnie": 3, - "waun": 3, - "unghin": 6, - "onglai": 6, - "hong": 15, - "imiao": 6, - "eichen": 6, - "ref": 6, - "aberi": 3, - "ianheng": 6, - "ilei": 6, - "rtem": 3, - "rotsyuk": 3, - "ong": 201, - "oh": 18, - "hienhung": 6, - "enhui": 6, - "ui": 72, - "ailiang": 3, - "ihong": 9, - "urupranav": 3, - "urusankar": 3, - "enping": 3, - "heng": 78, - "einhold": 6, - "auskardt": 6, - "eoffrey": 9, - "urtner": 3, - "effrey": 45, - "arl": 9, - "eisseroth": 3, - "van": 27, - "oltesz": 3, - "henan": 6, - "scienceabj": 3, - "ational": 3, - "esign": 9, - "cids": 9, - "ioanalytical": 3, - "pplications": 27, - "uwei": 3, - "ingyi": 6, - "ingshu": 6, - "iao": 102, - "ei": 261, - "ueli": 9, - "ao": 228, - "eicite": 18, - "cplu": 3, - "hangb": 6, - "ighbrightness": 3, - "allpolymer": 3, - "chargetrapping": 3, - "dilution": 3, - "hengyi": 6, - "ongping": 3, - "uke": 15, - "aluska": 3, - "athaniel": 3, - "rine": 3, - "aoji": 3, - "atsuhisa": 3, - "hiao": 3, - "iaodan": 3, - "othemund": 3, - "olding": 15, - "shapes": 3, - "aul": 45, - "othemundcite": 3, - "hipman": 18, - "recordings": 3, - "directed": 3, - "eth": 15, - "eff": 12, - "ivala": 6, - "acklis": 6, - "hurchcite": 12, - "scienceaaf": 3, - "rganick": 6, - "andom": 6, - "access": 3, - "largescale": 3, - "ee": 111, - "iena": 3, - "umas": 6, - "ng": 6, - "uanyue": 3, - "andolph": 6, - "opez": 12, - "ergey": 12, - "ekhanin": 3, - "onstantin": 3, - "akarychev": 3, - "iklos": 6, - "acz": 3, - "ovinda": 3, - "amath": 3, - "arikshit": 3, - "opalan": 3, - "ichlien": 3, - "guyen": 24, - "hristopher": 48, - "haron": 3, - "ewman": 3, - "singeh": 3, - "arker": 18, - "yrus": 3, - "ashtchian": 3, - "endall": 3, - "tewart": 9, - "agan": 3, - "upta": 18, - "obert": 33, - "arlson": 3, - "ohn": 75, - "ulligan": 3, - "ouglas": 12, - "armean": 3, - "eorg": 15, - "eelig": 3, - "uis": 15, - "eze": 3, - "arin": 9, - "trausscite": 3, - "nbt": 9, - "owards": 6, - "practical": 9, - "highcapacity": 3, - "lowmaintenance": 3, - "synthesized": 3, - "ertone": 3, - "iyuan": 6, - "hristophe": 18, - "essimoz": 3, - "mily": 6, - "eroust": 3, - "otond": 3, - "ipos": 3, - "wan": 12, - "irneycite": 3, - "avis": 27, - "icrovenus": 3, - "oe": 15, - "aviscite": 6, - "iding": 3, - "messages": 3, - "microdots": 3, - "atherine": 21, - "aylor": 21, - "iviana": 3, - "isca": 3, - "arter": 18, - "ancroftcite": 3, - "ancroft": 6, - "ongerm": 6, - "torage": 12, - "nformation": 6, - "imothy": 9, - "owler": 6, - "rian": 15, - "loom": 3, - "lellandcite": 3, - "sciencec": 3, - "多色成像": 18, - "omputeraided": 3, - "chain": 12, - "reaction": 18, - "multiplexed": 60, - "singlecell": 6, - "spatial": 15, - "proteomics": 3, - "iaohao": 3, - "ongsheng": 3, - "uchen": 6, - "iucun": 3, - "hu": 60, - "lbertina": 3, - "sak": 3, - "uicui": 3, - "uoli": 3, - "eng": 228, - "enyong": 3, - "un": 135, - "iaoli": 3, - "eihong": 24, - "ancite": 60, - "sciadvabk": 9, - "多轮漂洗做对靶标蛋白进行单细胞组学多色成像。": 3, - "这个思路跟另一篇文字很像，yllborg": 3, - "不过另外一篇文章是，然后看的是组织样的转录组。": 3, - "chaffter": 6, - "otranscriptionally": 3, - "encoded": 21, - "displacement": 3, - "circuits": 3, - "amuel": 24, - "lizabeth": 9, - "trychalskicite": 3, - "sciadvabl": 3, - "用做链置换反应，多级串联逻辑门还行": 3, - "zyme的使用": 3, - "让分子逻辑门可以更好地整合到基因表达流程中": 3, - "在细胞内，合成生物学": 3, - "组会分享": 9, - "alawansha": 6, - "ijacking": 3, - "ethyl": 3, - "eader": 3, - "roteins": 33, - "uclearpecific": 3, - "egradation": 21, - "hanusha": 3, - "ines": 3, - "raig": 9, - "rewscite": 3, - "jacsc": 45, - "先连接靶标蛋白和methylreader再招募实现对细胞核内蛋白的降解。": 3, - "nanobody": 6, - "ovalently": 3, - "ngineered": 12, - "anobody": 9, - "himeras": 9, - "argeted": 30, - "uanfan": 3, - "exin": 3, - "inghao": 6, - "ongxiang": 3, - "ongjun": 9, - "ian": 180, - "hencite": 21, - "把酶的底物连接到纳米抗体上以靶向降解膜蛋白。": 3, - "iue": 3, - "叶酸": 3, - "ancer": 42, - "elective": 6, - "olateaged": 3, - "ing": 174, - "udao": 3, - "anye": 3, - "ümit": 6, - "aniskan": 6, - "enyi": 6, - "将酶的底物修饰上叶酸以增强对肿瘤的靶向性减少毒副作用": 3, - "yllborg": 6, - "ybridizationbased": 3, - "sequencing": 6, - "spatially": 6, - "resolved": 6, - "transcriptomics": 3, - "human": 15, - "mouse": 12, - "brain": 6, - "tissue": 12, - "aniel": 117, - "hristoffer": 6, - "attsson": 3, - "angseth": 3, - "iaoyan": 3, - "unkyoung": 3, - "hoi": 54, - "ergio": 6, - "arco": 24, - "alas": 3, - "arkus": 18, - "ilscher": 3, - "ein": 6, - "ats": 3, - "ilssoncite": 3, - "nargkaa": 6, - "用原位杂交然后做滚环扩增方式直接测定组织样品转录组。": 3, - "iuf": 3, - "click反应": 3, - "nable": 9, - "ranscription": 3, - "actors": 3, - "把泛素酶的底物用click反应链接到上然后靶向降解转录因子。": 3, - "ickinson": 9, - "下午": 129, - "class\"highlight\"": 3, - "dataannotation\"attachmenthttpzoteroorgusersitemsannotationeycolorffdpageabelpositionpagendexrectscitationtemurishttpzoteroorgusersitemslocator\"“applications": 3, - "amount": 3, - "density": 21, - "redundancy": 3, - "number”span": 3, - "class\"citation\"": 3, - "datacitation\"citationtemsurishttpzoteroorgusersitemslocatorproperties\"span": 3, - "class\"citationitem\"ickinson": 3, - "等。": 3, - "spanspan": 3, - "uyang": 21, - "叶绿体": 3, - "相分离": 6, - "iquidiquid": 3, - "hase": 15, - "ransition": 6, - "rives": 9, - "ntrachloroplast": 3, - "argo": 6, - "orting": 9, - "iaoyi": 6, - "eiqiang": 6, - "ua": 18, - "ingxi": 3, - "echen": 3, - "iwei": 6, - "iumei": 3, - "ongming": 3, - "ianren": 3, - "ixin": 12, - "hangcite": 27, - "jcell": 39, - "叶绿体中的相分离行为有助于cargo": 3, - "sorting。": 3, - "rofymchuka": 3, - "手机显微": 3, - "ddressable": 6, - "nanoantennas": 3, - "cleared": 3, - "hotspots": 3, - "portable": 3, - "smartphone": 3, - "microscope": 18, - "ateryna": 3, - "rofymchuk": 3, - "iktorija": 6, - "lembockyte": 6, - "ennart": 3, - "rabenhorst": 3, - "lorian": 108, - "teiner": 6, - "arolin": 6, - "ietz": 9, - "indy": 3, - "lose": 3, - "artina": 9, - "feiffer": 3, - "ars": 6, - "ichter": 3, - "chütte": 3, - "elbach": 6, - "enukka": 3, - "aadav": 3, - "onas": 57, - "ähringer": 6, - "ingshan": 3, - "ydogan": 3, - "zcan": 3, - "irka": 3, - "alkens": 3, - "uillermo": 12, - "cuna": 9, - "hilip": 42, - "innefeldcite": 18, - "天线型折纸加上纳米银颗粒对靶标分子信号增强检测以至于手机就可以成像": 3, - "annotationtarget": 114, - "origamipdf": 3, - "uan": 99, - "xtracted": 162, - "nnotations": 312, - "\"single": 3, - "us": 9, - "illuminated": 3, - "obliquely": 3, - "very": 6, - "pulse": 3, - "intense": 3, - "white": 3, - "s\"": 9, - "zoteroopenpdflibraryitemspage": 936, - "脉冲光成像，": 3, - "的时间间隔，真的是天下武功唯快不破，这样能够拍摄短暂的也不奇怪。但是与此同时，对于传感器的要求也很高了。": 3, - "pzoteroopenpdflibraryitemspage": 561, - "ltrafast": 15, - "mining": 6, - "assemblies": 15, - "highdensitypdf": 3, - "uper‐resolution": 9, - "eometric": 6, - "arcoding": 6, - "ultiplexed": 69, - "mi": 9, - "rofilingpdf": 3, - "ub–nm": 6, - "metafluorophores": 18, - "digitally": 18, - "tunable": 21, - "propertiespdf": 3, - "`annotationjson": 12, - "{\"created\"\"\"\"text\"\"小分子的颜色调制能力肯定没有纳米结构这么programmable。\"\"updated\"\"\"\"document\"{\"title\"\"ub–nm": 3, - "properties": 21, - "selfassembled": 21, - "\"\"link\"{\"href\"\"urnxpdfbaeafadee\"}{\"href\"\"vaulteadingpdfsubnm": 3, - "propertiespdf\"}\"documentingerprint\"\"baeafadee\"}\"uri\"\"vaulteadingpdfsubnm": 3, - "propertiespdf\"\"target\"{\"source\"\"vaulteadingpdfsubnm": 3, - "propertiespdf\"\"selector\"{\"type\"\"extositionelector\"\"start\"\"end\"}{\"type\"\"extuoteelector\"\"exact\"\"small": 3, - "lack": 9, - "general": 6, - "framework": 9, - "toachieve": 6, - "precise": 9, - "control": 30, - "properties\"\"prefix\"\"s": 3, - "limitation": 12, - "constructing": 6, - "\"\"suffix\"\"": 6, - "color": 12, - "brightness": 6, - "\"}}}": 3, - "qxmbclcshow": 3, - "小分子的颜色调制能力肯定没有纳米结构这么programmable。": 3, - "qxmbclc": 3, - "liganddependent": 6, - "etpdf": 3, - "apid": 12, - "equential": 9, - "itu": 12, - "ultiplexing": 12, - "euronalpdf": 3, - "olor": 6, - "uperresolution": 90, - "ngineering": 48, - "linking": 18, - "ineticspdf": 3, - "fold": 6, - "speedup": 6, - "optimized": 18, - "ppreciating": 6, - "things": 6, - "lifepdf": 3, - "particles": 33, - "hours": 18, - "continuous": 21, - "mediated": 18, - "fluorophorepdf": 3, - "{\"created\"\"\"\"text\"\"调整imager的使用，使得docking位点持续被标记上，而且无惧光漂白。\"\"updated\"\"\"\"document\"{\"title\"\"racking": 3, - "exchange\"\"link\"{\"href\"\"urnxpdfabefbeebfcc\"}{\"href\"\"vaulteadingpdfsracking": 3, - "fluorophorepdf\"}\"documentingerprint\"\"abefbeebfcc\"}\"uri\"\"vaulteadingpdfsracking": 3, - "fluorophorepdf\"\"target\"{\"source\"\"vaulteadingpdfsracking": 3, - "fluorophorepdf\"\"selector\"{\"type\"\"extositionelector\"\"start\"\"end\"}{\"type\"\"extuoteelector\"\"exact\"\"continuous": 3, - "\"\"prefix\"\"me": 3, - "inherent": 6, - "\"\"suffix\"\"where": 3, - "fluorescentlylabeled": 6, - "oli\"}}}": 3, - "me": 6, - "oli": 3, - "doimefsfshow": 3, - "调整imager的使用，使得docking位点持续被标记上，而且无惧光漂白。": 3, - "doimefsf": 3, - "pahn": 54, - "stain": 3, - "oechst\"": 6, - "这种染料也是跟nile": 3, - "类似的吗？": 3, - "\"the": 24, - "exchangeable": 3, - "labels": 6, - "\"mitochondrial": 3, - "cristae": 9, - "membranes\"": 6, - "线粒体内嵴": 3, - "\"e": 18, - "spacing": 3, - "about": 9, - "−": 9, - "nm\"": 18, - "\"∼": 3, - "分辨率差不多就是": 3, - "nm？": 3, - "combined": 6, - "ifeact": 3, - "perform": 3, - "dualcolor": 3, - "toolbox": 6, - "etection": 39, - "tandard": 6, - "luorescent": 33, - "nables": 21, - "ultiargetpdf": 3, - "mith": 39, - "\"form": 3, - "entropic": 6, - "potentials": 3, - "trap": 3, - "guide": 12, - "molecules\"": 9, - "利用激光打plasmonic表面，产生热能，驱动的运动，所以是": 3, - "photothermal": 3, - "transport。": 3, - "–as": 6, - "encoding": 12, - "digital": 15, - "genomes": 6, - "population": 9, - "ofpdf": 9, - "\"collisional": 3, - "flux\"": 3, - "\"is": 6, - "essentially": 3, - "constant\"": 3, - "readily": 3, - "achieved\"": 3, - "\"diffusion": 3, - "controlled\"": 3, - "这里就已经提到过diffusion": 3, - "\"nondestructive\"": 3, - "\"locate": 3, - "emitters": 9, - "withnm": 3, - "precision\"": 3, - "所以的定位精度的理论极限是": 3, - "吗？": 3, - "\"intermittency": 3, - "signal\"": 3, - "利用diffusioncontrolled的碰撞事件产生单分子荧光信号，参考文献，所以此文还不是最早的。": 3, - "\"based": 3, - "separation": 15, - "bright": 9, - "state\"": 6, - "超分辨成像的基本原理，就是拿时间换空间，在可以光学可分辨空间内（取决于点扩散函数和显微镜，以": 3, - "物镜和": 3, - "um": 3, - "而言，就是": 3, - "x，大概": 3, - "平方微米的范围），一个时刻只有一个分子是亮的。": 3, - "超分辨成像都依赖于荧光染料或者荧光蛋白特殊的性质，从而实现时间尺度上的单分子荧光信号的分离。": 3, - "\"rely": 6, - "photophysical": 6, - "characteristics": 3, - "photoactivatable": 3, - "proteins": 63, - "photoswitchable": 6, - "dyes\"": 9, - "\"ile": 6, - "red\"": 3, - "\"lipid": 3, - "bilayer\"": 3, - "\"he": 45, - "residence": 6, - "previously": 3, - "associated": 9, - "liquidphase": 3, - "msec": 12, - "when": 15, - "vesicle": 15, - "radius": 9, - "chosen": 3, - "\"d\"": 6, - "collected": 6, - "area": 3, - "framessec\"": 3, - "这里又是": 3, - "的曝光时间？？": 3, - "average": 6, - "there": 3, - "chance": 3, - "appearing": 3, - "hus": 3, - "apparent": 9, - "collision": 6, - "somewhat": 3, - "lower": 3, - "seen": 3, - "experiments\"": 3, - "continuously": 3, - "excited": 9, - "laser": 12, - "kcm": 3, - "power": 3, - "performed": 12, - "periods": 3, - "interval": 6, - "set": 3, - "long": 3, - "enough": 6, - "photobleach": 3, - "next": 3, - "sequence\"": 3, - "样品的拍摄参数，": 3, - "的拍摄间隔。": 3, - "的曝光时间是指换一个视野？？（足够单分子尼罗红荧光染料被漂白）": 3, - "\"never": 3, - "exceeded": 3, - "m\"": 3, - "稀疏性，每平方微米平均个单分子荧光光斑的密度": 3, - "\"by": 3, - "sonication": 3, - "piranha": 3, - "solution\"": 9, - "coverslip用食人鱼溶液洗干净，超声一个小时": 3, - "\"pixel": 3, - "plane": 3, - "cutoff": 6, - "reduce": 6, - "highfrequency": 3, - "noise": 3, - "这里用到了一个": 3, - "去除的高频噪声，这一步都可以做？？我感觉应该是基于傅里叶变换实现的。但是不会造成精度损失吗？回头可以试试。": 3, - "\"fitting": 3, - "aussian": 3, - "function\"": 9, - "\"values": 3, - "ofx": 3, - "andy": 12, - "pixels\"": 3, - "\"x": 3, - "ory": 3, - "outside": 6, - "discarded\"": 3, - "\"havingxy": 3, - "xy": 3, - "这个过滤条件保证了所谓的椭圆度，在picassofilter中的倒数第二列": 3, - "certain": 3, - "exceed": 6, - "accuracy": 9, - "positioning": 3, - "一个荧光分子在被淬灭前，总共能发射大概个光子，所以理论定位精度是": 3, - "mproved": 21, - "ptical": 21, - "arcodespdf": 3, - "whole": 6, - "spinning": 6, - "diskpdf": 3, - "oy": 159, - "上午": 36, - "\"experimental": 3, - "preparation": 3, - "analysis\"": 6, - "\"answer": 3, - "fundamental": 3, - "questions\"": 3, - "\"nonradiative": 3, - "transfer\"": 3, - "\"reports": 3, - "intervening": 3, - "distance\"": 9, - "\"efficiency": 3, - "transfer": 45, - "given": 9, - "这个公式解释了效率和分子对间距的定量关系。": 3, - "\"ratiometric": 3, - "method\"": 6, - "efficiency\"": 3, - "从图示来看，sm适合观测": 3, - "的距离变化": 3, - "\"surface": 3, - "immobilized": 3, - "microscopy\"": 6, - "\"s": 9, - "must": 3, - "extinction": 3, - "coefficient": 12, - "ε": 3, - "\"an": 9, - "excellent": 3, - "pair": 6, - "should": 6, - "large": 27, - "spectral": 9, - "acceptor": 24, - "emissions": 3, - "quantum": 9, - "yields": 3, - "efficiencies\"": 3, - "做sm的donor和acceptor荧光分子对的选择，除了光谱上的，自身的稳定性，量子产率也有要求。": 3, - "\"lack": 3, - "monovalent": 3, - "conjugation": 3, - "scheme\"": 3, - "量子点大于nm，不好做单价修饰": 3, - "\"most": 3, - "popular": 6, - "一般用于sm的都是有机分子荧光染料": 3, - "\"rolox\"": 3, - "\"suppresses": 3, - "stimulates": 3, - "longlasting": 3, - "cyanine": 6, - "combination": 6, - "enzymatic": 3, - "oxygenscavenging": 3, - "system\"": 6, - "\"~": 3, - "surface\"": 3, - "suitable": 3, - "pairs": 15, - "here\"": 3, - "激发光": 3, - "即可": 3, - "\"checking": 3, - "presence": 3, - "acceptor\"": 3, - "可用于检查receptor是否存在": 3, - "\"two": 3, - "types": 6, - "prismtype": 3, - "objectivetype": 3, - "vertical": 3, - "slit\"": 3, - "dichroic": 3, - "mirror\"": 3, - "\"quartz": 3, - "slides\"": 3, - "\"a": 18, - "biotinstrepavidin": 3, - "used\"": 3, - "如果只有核酸，用biotinvidin方案封闭即可，如果涉及到蛋白质，最好用封闭界面。": 3, - "\"f": 9, - "nonspecifically": 3, - "spot": 3, - "specifically": 6, - "tethered": 3, - "typically": 6, - "specific": 6, - "spotsμm\"": 3, - "界面检验的标准，在加入avidin之前，就加入probe，非特异性结合不能超过，就还，相当于": 3, - "平方米微米大概到个荧光点。": 3, - "\"rosstalk\"": 3, - "\"ith": 3, - "donoronly": 3, - "acceptoronly": 3, - "excitation\"": 3, - "为排除crosstalk，得到更真实的效率，需要使用单独的donor和acceptor样品分别用donor的激光来激发": 3, - "\"surfacetethered": 3, - "microspheres\"": 3, - "注意使用荧光小球，在两个通道都要量（宽发射光谱）": 3, - "linear": 9, - "transformation\"": 6, - "选三到四个marker就可以完成分屏图像的对齐": 3, - "\"onor": 3, - "spots": 3, - "colocalize": 3, - "selected\"": 3, - "\"apparent": 6, - "efficiency": 12, - "做完crosstalk的校正和去除背景之后，效率才能简单的用这个公式计算。": 3, - "rule": 3, - "thumb": 3, - "anisotropy": 3, - "κ": 3, - "refs": 3, - "经验法则，如果荧光各向异性小于，k方大概为三分之二。这个对于通过效率换算距离有重要作用。": 3, - "monotonic": 3, - "这个app只能用于反应距离变化，还不是真实的效率。": 3, - "\"γ": 6, - "change": 27, - "intensity\"": 3, - "\"fluorescence": 3, - "conjugated": 3, - "increases": 6, - "binds": 3, - "nearby\"": 3, - "蛋白质结合后能够让上修饰的cy的荧光升高？？厉害了。": 3, - "\"photoinduced": 3, - "bases": 3, - "quench": 3, - "而有时候还能淬灭连着的荧光基团，这个也很厉害啊。": 3, - "\"ontinual": 3, - "changes": 24, - "may": 9, - "sign": 3, - "nonspecific": 9, - "attachment\"": 3, - "\"ascertain": 3, - "acquired": 3, - "indeed": 3, - "要通过淬灭判断确实是单分子信号，并搞清楚特定拍摄条件下荧光计数值和单分子数量关系。": 3, - "\"eversible": 3, - "off": 3, - "y\"": 3, - "cy自身就会闪烁": 3, - "movies": 3, - "areas": 3, - "unbiased": 6, - "overview": 3, - "distribution\"": 3, - "sm，等系统稳定了后，采集个视野，每次拍摄大概秒时间？这个主要是为了判断（overview）单分子在界面上分布的均匀性。": 3, - "insensitive": 3, - "distance": 12, - "interdye": 3, - "sm也能检测": 3, - "nm的距离变化，当然是在": 3, - "范围内。": 3, - "photobleaching\"": 6, - "一个荧光分子，在被淬灭前能放出w个光子。所以对于": 6, - "sm，每帧至少要有个光子数的信噪比，所以大概能够产生": 6, - "个数据点。根据这个要求可以反推拍摄参数。": 3, - "\"best": 3, - "ms\"": 3, - "曝光时间？？这可能是说那种": 3, - "都被固定在界面上的。": 3, - "manipulation": 3, - "being": 3, - "sm\"": 3, - "\"forceinduced": 3, - "unzipping": 3, - "hairpin\"": 3, - "ies": 63, - "\"uses": 3, - "microscope\"": 6, - "一般用confocal做，就检测一个局部的小区域。": 3, - "\"detect": 3, - "stream": 3, - "arrival": 3, - "primary": 3, - "原始数据就是这个被检测区域的信号强度随时间变化。": 3, - "\"raw": 3, - "undergo": 3, - "several": 9, - "processing\"": 3, - "原始数据，还需要一些分析步骤。": 3, - "\"fluctuating": 3, - "autocorrelation": 6, - "curve\"": 3, - "颗粒随机布朗运动，造成局部检测信号的周期性涨落，可以用一个自相关算法来提出一些参数。": 3, - "\"herefore": 3, - "decay": 3, - "timet": 6, - "curve": 3, - "related": 6, - "volume\"": 9, - "扩散时间可以从自相关的曲线中提取出来": 3, - "\"it": 12, - "volume": 18, - "leads": 6, - "fluctuations": 18, - "ther": 3, - "sources": 3, - "dynamics": 54, - "connected": 6, - "varying": 3, - "excitation": 15, - "probabilities": 3, - "fluctuations\"": 3, - "造成信号涨落的，不仅仅是扩散，还有荧光自身三重态的分布等内因，甚至包括仪器的稳定性": 3, - "¼": 3, - "calculate": 3, - "这里清晰地给出了从自相关参数到扩散因子的求解过程。": 3, - "cid‐regulated": 6, - "elf‐blinking": 6, - "robe": 27, - "esolving": 9, - "hole‐cellpdf": 3, - "labelfree": 9, - "volumetric": 6, - "vibrational": 42, - "imagingpdf": 6, - "\"inherently": 3, - "multidisciplinary": 3, - "expertise\"": 3, - "细胞力学成像需要较多的多学科交叉知识的专家才能开展实验和分析解释结果。": 3, - "\"external": 3, - "forces\"": 15, - "\"measure": 9, - "\"stiffness\"": 3, - "deformation\"": 9, - "\"ompaction\"": 3, - "\"in": 9, - "dimensions\"": 3, - "\"relationship": 3, - "fibrous": 3, - "proteins\"": 3, - "mechanical": 30, - "relationship": 6, - "这里给出了几种理想化的胞外基质形变跟作用力对应的数学模型。": 3, - "\"ethods": 3, - "measuring": 9, - "只是测量细胞作用力中的一种方式": 3, - "n\"": 3, - "hairpin能够测量的力的范围明显比较小啊，但是考虑到这个是单分子，它能够测量的压强又很大。": 3, - "tractions": 3, - "distributed": 6, - "throughout": 3, - "space\"": 3, - "我咋感觉，的力学测量更有前景呢？": 3, - "\"deformations": 3, - "substrates\"": 3, - "sensors\"": 3, - "\"glass": 3, - "plastic": 3, - "polymers\"": 3, - "如果细胞接触的不是平面呢？？": 3, - "\"these": 3, - "magnitude": 15, - "probe是一种阈值型的探针，探针都是对应了固定的力大小，所以只能测定强度，而无法测定方向。": 3, - "levels": 3, - "vary": 3, - "\"vinculin": 3, - "probe\"": 6, - "\"cadherin": 3, - "cadherin": 3, - "αactinin": 3, - "fibronectin\"": 3, - "这里提供了很多容易sense到tension的complex啊": 3, - "\"perturbations": 3, - "due": 18, - "insertion": 9, - "poorly": 6, - "understood\"": 3, - "测量体系对于细胞力学本身的影响也未知": 3, - "host": 3, - "cells\"": 6, - "细胞间的力的相互作用，其实更需要被研究。": 3, - "\"injectable": 3, - "liquid": 12, - "droplets": 3, - "some": 12, - "insight": 3, - "forces": 36, - "living": 48, - "embryonic": 12, - "tissue\"": 3, - "\"cellcell": 3, - "\"cyclic": 3, - "nucleotidegated": 6, - "ion": 12, - "channel\"": 3, - "一个常见的四聚体离子通道蛋白": 3, - "，用单分子成像的方法观察蛋白跟c的结合动力学过程，发现分子协同效应，前一个底物的结合会促进第二个分子倍的结合效率提高。": 3, - "hreeimensional": 18, - "ulticolor": 12, - "rackingpdf": 3, - "\"vesicle": 3, - "sizecontrolled": 3, - "collisions\"": 3, - "妈的，这里确实已经提出了": 3, - "sizecontrolled，所以一定要好好读下此文，看下我们目前的工作跟这个的区别。": 3, - "emit": 3, - "burst": 3, - "collide": 3, - "hydrophobic": 3, - "vesicle\"": 6, - "这里讲的是尼罗红染料和": 3, - "大小的疏水性颗粒碰撞的时候会发出一个荧光信号的": 3, - "burst。所以": 3, - "是指疏水性颗粒，而不是染料？？": 3, - "\"bimolecular": 3, - "bursts\"": 3, - "\"collision": 3, - "ratet": 3, - "particle": 39, - "curved": 3, - "much": 3, - "larger": 3, - "hemispherical": 3, - "po": 3, - "density\"": 3, - "这个是颗粒碰撞的，小颗粒跟一个远大于它的球形颗粒的表面碰撞，碰撞速率是跟大球的扩散系数和浓度相关的。因为小颗粒扩散很快。": 3, - "\"when": 3, - "centered": 6, - "focus": 3, - "intensitytime": 3, - "records": 3, - "shown": 6, - "ig": 6, - "observed\"": 3, - "weaker": 3, - "peak": 6, - "counts": 9, - "arises": 3, - "bursts": 9, - "higher": 12, - "concentration": 6, - "appears": 3, - "near": 6, - "corresponding": 72, - "每个尼罗红染料分子在疏水界面上停留的时间和能够发射出来的光子数是有限的。": 3, - "achiyama": 24, - "\"activated": 3, - "rc": 9, - "localized": 6, - "adhesions\"": 6, - "\"translocation": 3, - "membranes": 27, - "considered": 3, - "its": 21, - "recruitment": 9, - "rc蛋白会从细胞膜富集到focal": 3, - "adhesion结构上，这个translocation动态观察估计是一个较好的模型。": 3, - "\"were": 3, - "viewed": 3, - "用看ea细胞的样子，确实挺丑的": 3, - "expressing": 6, - "enustagged": 3, - "variants\"": 3, - "用荧光漂白恢复的办法看rc蛋白分子的translocation，这说明对于分辨率还是有需求，不然就能直接看到了。": 3, - "ersatile": 6, - "bypdf": 3, - "\"gold": 3, - "nanoparticle": 36, - "sensor": 6, - "tensionbasedfluorescence": 3, - "\"range": 3, - "drive": 12, - "conformational": 30, - "macromolecules\"": 3, - "这么大的力已经可以引起构象变化了": 3, - "\"distancedependent": 3, - "quenching": 3, - "follows": 3, - "relationship\"": 3, - "纳米金具有淬灭荧光基团的效果": 3, - "\"uased": 3, - "ension": 42, - "luorescence": 78, - "icroscopy\"": 3, - "所以受到拉力作用的时候，探针中的荧光基团远离纳米级，恢复荧光": 3, - "\"ata": 3, - "werefitted": 3, - "±": 6, - "测定了力学响应范围，同时也可以看到如果离纳米金只有个纳米时，淬灭效果还是很厉害的。": 3, - "\"fter": 3, - "cultur\"": 3, - "细胞在界面上趴一个小时就可以了，估计这样的细胞得好好挑选吧。": 3, - "\"d": 3, - "bc\"": 3, - "这也是看到细胞跟基底面的图啊，只不过是被拉扯的纳米金": 3, - "\"reflection": 3, - "interference": 9, - "contrast": 6, - "igure": 3, - "c\"": 6, - "干涉相差显微镜": 3, - "\"μ": 3, - "latrunculin": 3, - "inhibits": 3, - "polymerization": 15, - "prevents": 3, - "generation\"": 3, - "又一个可以阻止actin，减小force的小分子抑制剂at": 3, - "\"force": 3, - "adhesions": 6, - "of∼": 3, - "p\"": 12, - "ubmicrometre": 9, - "geometrically": 9, - "rogramming": 33, - "“tomic": 6, - "ubstitution”": 6, - "lloy": 6, - "olloidal": 21, - "rystals": 6, - "utomated": 15, - "highly": 33, - "proteinpdf": 3, - "{\"created\"\"\"\"updated\"\"\"\"document\"{\"title\"\"utomated": 3, - "nanoarchitecture": 6, - "tissues\"\"link\"{\"href\"\"urnxpdfcffafcdbadaaae\"}{\"href\"\"vaulteadingpdfsutomated": 3, - "proteinpdf\"}\"documentingerprint\"\"cffafcdbadaaae\"}\"uri\"\"vaulteadingpdfsutomated": 3, - "proteinpdf\"\"target\"{\"source\"\"vaulteadingpdfsutomated": 3, - "proteinpdf\"\"selector\"{\"type\"\"extositionelector\"\"start\"\"end\"}{\"type\"\"extuoteelector\"\"exact\"\"ithin": 3, - "rounds": 6, - "andextracted": 6, - "highquality": 6, - "sets": 6, - "ig\"\"prefix\"\"": 3, - "seeupplementary": 6, - "able": 6, - "f\"}}}": 3, - "ithin": 3, - "ljnhkdkshow": 3, - "ljnhkdk": 3, - "ellular": 27, - "barcodingpdf": 3, - "aneko": 99, - "\"ixty": 3, - "years": 3, - "since": 3, - "publication": 6, - "hat": 12, - "ife": 15, - "chr": 3, - "̈dinger\"": 3, - "\"driven": 3, - "write": 3, - "present": 3, - "book\"": 3, - "\"ndeed": 3, - "researchers": 6, - "embarked": 3, - "study": 12, - "\"complex": 3, - "systems\"": 6, - "decades": 3, - "ago": 3, - "motivation": 3, - "seek": 3, - "theory": 6, - "understand": 3, - "\"\"complex": 3, - "biology\"\"": 3, - "hap": 3, - "background": 18, - "dynamical": 3, - "statistical": 3, - "physics": 9, - "described\"": 3, - "\"heredity\"": 3, - "\"ynamical": 3, - "system": 24, - "consists": 3, - "time\"": 3, - "\"his": 3, - "\"degrees": 3, - "freedom\"\"": 3, - "使用向量来描述每个时刻生命系统的状态": 3, - "how": 6, - "degrees": 6, - "freedom": 6, - "necessary\"": 3, - "所以要主成分分析": 3, - "\"state": 3, - "represented": 6, - "flow\"": 3, - "某个时刻的变化，其实就是向量的梯度，梯度用箭头表示。": 3, - "\"dissipative\"": 3, - "耗散，消耗": 3, - "region": 12, - "orbit": 6, - "recurrently": 3, - "returns": 3, - "neighborhood": 3, - "called": 3, - "attractor\"": 3, - "attractor是一个轨道富集区域": 3, - "\"haos": 3, - "trange": 3, - "ttractors\"": 3, - "\"and": 3, - "neither": 3, - "periodic": 3, - "nor": 3, - "quasiperiodic": 3, - "case\"": 3, - "chaotic": 3, - "attractor": 3, - "characterized": 3, - "orbital": 3, - "instability\"": 3, - "described": 3, - "introducing": 3, - "probability\"": 3, - "\"ome": 3, - "attractors": 3, - "basin": 6, - "others": 3, - "not\"": 3, - "occurrence": 3, - "avoided\"": 3, - "circumstances": 3, - "they\"": 3, - "任何情况下都不会": 3, - "\"while": 3, - "stable": 9, - "large\"": 3, - "如果系统本身波动就比较大（不稳定），你再施加微小的干扰，产生的变化也只会更大。这提示我们无论是使用精密仪器还是做细胞实验，都要尽量保证系统稳定。": 3, - "\"luctuation": 3, - "issipation": 3, - "heorem": 3, - "ubo": 6, - "\"we": 3, - "believe": 3, - "seeking": 3, - "fluctuationresponse": 3, - "relations": 3, - "become": 6, - "influential": 3, - "experimental": 6, - "methodology": 3, - "future": 3, - "biology\"": 3, - "ntirely": 3, - "oise": 3, - "nvironment": 3, - "ut": 6, - "esult": 3, - "nternal": 24, - "ynamics\"": 3, - "hatelier": 6, - "thermodynamics\"": 3, - "\"this": 3, - "behavior": 6, - "equilibrium": 9, - "perturbed": 3, - "relax": 3, - "back": 3, - "toward": 3, - "平衡稳态，当施加外力影响，系统会试图重新回来。但是这个外力不能超过一定范围，否则就打破稳态了。这就是稳态系统的": 3, - "plasticity。": 3, - "principle\"": 3, - "boundary": 6, - "attraction\"": 3, - "系统稳态的范围，就是basin的boundary": 3, - "\"\"flexibility\"": 3, - "regard": 3, - "variety": 3, - "responses": 3, - "externally": 3, - "applied": 6, - "operations\"": 3, - "与plasticity不同（稳态范围，ean），灵活性主要是衡量能够响应的作用的多变（）。": 3, - "\"cells": 3, - "differentiate": 3, - "eg": 6, - "stem": 6, - "possess": 3, - "flexibility": 6, - "committed": 3, - "produce": 6, - "own": 6, - "flexibility\"": 3, - "flexibility这里跟细胞的干性对应上了。": 3, - "\"such": 6, - "regained\"": 3, - "apidly": 9, - "evolving": 6, - "homing": 6, - "barcodespdf": 3, - "andpdf": 9, - "assler": 39, - "adapted": 3, - "这里是用做的，但不知道做了何种adaptation": 3, - "\"for": 3, - "classical": 6, - "comparably": 3, - "low\"": 3, - "如果是简单用，光信号采集效率比较低": 3, - "\"with": 3, - "respect": 3, - "cpm\"": 3, - "此法可以显著提高信噪比，以及每个分子的光子计数值": 3, - "×\"": 3, - "\"determine": 3, - "estimate": 3, - "分子还需要浓度、观测体积等参数，所以不是随便就可以搞的。": 3, - "correct": 3, - "mathematical": 3, - "representation": 6, - "居然把作为一种detection": 3, - "的表示，也还行吧": 3, - "\"or": 9, - "broader": 3, - "binning": 3, - "μs": 3, - "compared": 3, - "lasting": 3, - "sometimes": 3, - "milliseconds\"": 3, - "感觉我们现在的达不到这么快的成像速度啊": 3, - "\"diffusing": 3, - "rhodamine": 3, - "upper": 3, - "left\"": 3, - "成像速度要到us每帧，一般的肯定不行啊": 3, - "{\"created\"\"\"\"text\"\"这是一个pdf标注演示\"\"updated\"\"\"\"document\"{\"title\"\"ultiplexed": 3, - "xchange\"\"link\"{\"href\"\"urnxpdfffaefdeabfed\"}{\"href\"\"vaulteadingpdfsultiplexed": 3, - "andpdf\"}\"documentingerprint\"\"ffaefdeabfed\"}\"uri\"\"vaulteadingpdfsultiplexed": 3, - "andpdf\"}": 3, - "iiraxwcishow": 3, - "这是一个pdf标注演示": 3, - "iiraxwci": 3, - "highthroughput": 6, - "neuronal": 6, - "diffusiblepdf": 3, - "unasekara": 30, - "\"few": 3, - "kinetics\"": 3, - "假如抗体和靶标不能稳定结合，可逆结合也是可以的啊，这篇文章就从这个角度出发，搞了一种，其实可以理解为": 3, - "peptide": 24, - "\"chaotropic": 3, - "potassium": 3, - "thiocyanate": 3, - "promoted": 3, - "dissociation": 6, - "fragment": 3, - "ab\"": 3, - "还要添加一些破坏抗体结合的试剂氰化钾，使得其dissociation频率增加。": 3, - "\"b": 6, - "epresentative": 3, - "singlemolecule\"": 3, - "拍摄的时间好长，这个可能做得不是特别好": 3, - "\"aussianfitted": 3, - "crosssectional": 3, - "profiles": 3, - "microtubulefibers\"": 3, - "对微管的成像分辨率能够到": 3, - "nm，似乎也非常不错了，毕竟微管本身也是有点粗的。": 3, - "\"i": 3, - "ighmagnification": 3, - "representative": 6, - "frames\"": 3, - "看上去背景提高了不少": 3, - "\"uperresolution": 3, - "reconstructed": 3, - "pixel": 6, - "跟相比还是有点优势啊": 3, - "xcitationmultiplexed": 6, - "multicolor": 21, - "fm": 9, - "imultaneous": 9, - "sequential": 15, - "fluid": 9, - "usingpdf": 3, - "normalized": 6, - "correlation": 42, - "ofa": 3, - "t\"": 3, - "荧光自相关函数，描述很清楚，感觉我自己都可以写个代码来实现了。": 3, - "\"llustration": 3, - "showing": 6, - "generalized": 3, - "trace\"": 3, - "这个关于荧光自相关函数的图示说明真的太清楚了。": 3, - "timecorrelation": 3, - "analysis": 39, - "offluctuations": 3, - "thefluorescence": 3, - "emanating": 3, - "observation": 3, - "defined": 9, - "tightly": 3, - "focused": 3, - "beam": 3, - "made": 9, - "smaller": 3, - "than∼fl": 3, - "diffraction\"": 3, - "他这个二次激发的技术本身分辨率就能进一步提高，然后跟荧光相关光谱结合起来，可以进一步缩小观测的volume。": 3, - "erreira": 21, - "selected": 6, - "aptamers": 12, - "peptides": 3, - "presented": 6, - "association": 6, - "constants": 3, - "order": 9, - "those": 6, - "antibody\"": 6, - "aptamer的亲和力居然比单克隆抗体还高": 3, - "immunohistochemistry": 3, - "studies\"": 3, - "breast": 15, - "cancer": 42, - "rhodaminelabelled": 3, - "aptamer\"": 3, - "这个用aptamer做荧光成像的效果还行": 3, - "eshpande": 33, - "\"both": 3, - "pure": 3, - "phospholipid": 3, - "liposomes": 9, - "vesicles": 9, - "phospholipids": 3, - "fatty": 6, - "acids\"": 6, - "\"lateral": 3, - "tension\"": 9, - "侧向膜张力": 3, - "approach": 15, - "produced": 3, - "lipids": 9, - "看上去就是使用不同lipid来产生不同的membrane": 3, - "tension，这个说法感觉有点奇怪。": 3, - "\"dextran": 3, - "weight": 7, - "所以是dextran这种类似的分子，在liposome内部，形成了渗透压，导致了膜表面的张力。这个张力跟曲率似乎没有很大的关系。不过piezo蛋白其实似乎跟曲率有关，毕竟是一个结构变化引起的离子通道闭合。": 3, - "\"t": 3, - "acted": 3, - "osmolyte": 3, - "induce": 12, - "渗透压导致膜张力": 3, - "≈": 3, - "m−\"": 3, - "膜张力的单位有点意思": 3, - "lysis": 3, - "rather": 3, - "worsened": 3, - "growth\"": 3, - "如果膜张力接近破裂所需的张力，不仅没有促进融合生长脂质体，反而是阻碍了这种效率。": 3, - "witchable": 9, - "olvatochromic": 15, - "robes": 27, - "iveell": 12, - "ast": 15, - "mechanism": 21, - "pinduced": 3, - "imotif": 204, - "iotif的构象变化也可以用和等荧光方法来看": 3, - "\"y": 6, - "curves": 3, - "gradual": 3, - "decrease": 3, - "increasing": 3, - "升高p，构象被破坏，扩散系数下降，扩散时间延长。": 3, - "faster": 12, - "form\"": 6, - "完整稳定的imotif比解开的单链形式的扩散要快倍！": 3, - "\"conformational": 3, - "spectra\"": 3, - "圆二色谱为啥可以看这种构象变化？主要还是一个圆偏振光的吸收光谱。": 3, - "光学活性物质对组成平面偏振光的左旋和右旋圆偏振光的吸收系数ε是不相等的，ε≠ε，即具有圆二色性。": 3, - "relates": 3, - "lifetime": 3, - "indicator": 3, - "效率跟onorcceptor之间间距的关系": 3, - "的相关光谱多个样品的比较可以这样搞，注意归一化，然后调整xlim。": 3, - "\"intrachain": 3, - "contact": 9, - "formation\"": 3, - "总体看上去，形成imotif的速度还是要比open的速度慢": 3, - "intrachain": 3, - "ho": 51, - "\"yanine": 3, - "yanine": 15, - "hotoconversion\"": 3, - "常用的y荧光染料在一定条件下会变成y，但转换比例不高。": 3, - "\"undergo": 3, - "carbon−carbon": 3, - "bondbreaking": 3, - "forming": 3, - "bring": 3, - "dyetodye": 3, - "\"without": 3, - "illumination\"": 3, - "unheralded": 3, - "photoinduced": 3, - "farred": 3, - "generates": 3, - "blueshifted": 3, - "derivatives\"": 3, - "highdensity": 6, - "singleparticle": 30, - "tracking": 93, - "cell\"": 3, - "的object密度也是一个很重要的参数，如果太密集了，做tracking显然是更加困难的。": 3, - "\"urrent": 3, - "photoactivation": 3, - "constrained": 3, - "requirement": 3, - "potentially": 6, - "celltoxic": 3, - "reducing": 3, - "agents": 3, - "原来是这种photoactivation的方法需要和一些细胞毒性的还原剂。": 3, - "epidermal": 3, - "growth": 6, - "factor": 6, - "对膜上受体蛋白的tracking估计十分常见。": 3, - "\"photoactivated": 3, - "spt\"": 6, - "居然比spt还要好，那确实不错。ayle": 3, - "\"carcinoembryonic": 3, - "antigen": 3, - "over": 6, - "adopting": 3, - "pulsed": 3, - "irradiation": 3, - "flashlamp": 12, - "darkfield": 6, - "scattering": 9, - "homogenous": 3, - "还有这么牛逼的暗场显微镜，可以看自由移动的纳米金颗粒的瞬时散射光信号。": 3, - "rockman": 162, - "\"rigami": 3, - "attached": 3, - "biotinstreptavidin\"": 3, - "anchor链有biotin，所以这个界面还是iotinvidin？？": 3, - "\"lkyneazide": 3, - "cycloaddition": 3, - "conjugate": 3, - "带有c，这个是给细胞integrin抓取的一端。": 3, - "\"nalysis": 3, - "platelet": 12, - "lamellipodial": 9, - "dynamics\"": 3, - "这个细胞形态学分析很精彩！": 3, - "\"ccumulatedt": 6, - "anchor\"": 3, - "从这个看，还是用到了biotin修饰的链，利用biotinavidin的相互作用实现link": 3, - "substrate。": 3, - "\"m": 3, - "amine": 3, - "linked\"": 3, - "effects": 6, - "directly": 3, - "alter": 3, - "v": 3, - "conformation\"": 3, - "\"map": 6, - "piconewton": 12, - "已经有一些良好的细胞力学成像的基础，相关文献可以考古一下。": 3, - "\"live": 3, - "platelets": 6, - "fibroblasts\"": 3, - "或者超分辨成像，荧光基团固定在靶标上，长时间看肯定漂白完了，所以看细胞的动态，它们都尝试降低功率。而是不怕光漂白的。": 3, - "\"are": 3, - "favorable": 3, - "livecell": 18, - "imaging\"": 3, - "compatible": 3, - "probes\"": 3, - "~nm": 6, - "resolution\"": 6, - "的分辨率对": 3, - "级别的": 3, - "做mapping。）这个分辨率是不是做得太好？）时间上连续程度如何？）是否存在一些更大的力？）一些力学敏感的比如piezo蛋白能够响应的力大概是什么范围？）我们人体时刻都受到力的作用，这种更大尺度的力学作用呢？": 3, - "cryptic": 6, - "docking\"": 3, - "stemloop": 3, - "\"mechanical": 3, - "strain": 3, - "creates": 3, - "barrier": 3, - "hybridization\"": 3, - "链的机械应变居然会阻止杂交，这个细节值得注意。": 3, - "exceeds": 3, - "produces": 6, - "probability": 3, - "unfolding\"": 3, - "所以力学阈值就是取一半unfolded的时候的力数值？": 3, - "\"clotting": 3, - "functions\"": 3, - "血小板细胞还是很容易联结": 3, - "\"at": 3, - "min\"": 6, - "拍摄分钟，也得有帧": 3, - "\"ntegrinligand": 3, - "bond": 6, - "lifetimes": 6, - "ntegrin对ligand的结合时间真短": 3, - "\"signaltobackground": 3, - "信噪比居然能够到，神奇了。": 3, - "ring": 21, - "translocating": 3, - "细胞的移动还挺快的，对于纳米尺度来讲，分钟就能移动大概": 3, - "\"mouse": 3, - "fibroblasts": 3, - "用到小鼠胚胎纤维细胞作为模型。可能迁移能力较强吧。": 3, - "\"vinculin\"": 3, - "黏着斑蛋白vinculin": 3, - "\"focal": 3, - "stresses": 3, - "μm": 9, - "centroid": 3, - "itself\"": 3, - "\"no": 3, - "currently": 3, - "capable": 3, - "subnm": 18, - "mapping": 24, - "generating": 3, - "的超分辨": 3, - "\"olorcoded": 3, - "timeseries": 3, - "spreading\"": 3, - "不知道细胞和基质之间的间隙有多大，如果小于": 3, - "nm，那么没有结合上的": 3, - "岂不是也会亮，这种背景怎么搞定的呢？": 3, - "\"tension": 3, - "actin\"": 3, - "\"rp": 6, - "inhibitor": 6, - "\"cr\"": 3, - "rpmediated": 3, - "branching": 3, - "polymerization\"": 3, - "目前普遍认为细胞边缘的张力，是由rp介导的分枝状actin": 3, - "的聚合引起的。": 3, - "rp": 9, - "inhibitor\"": 3, - "是rp的小分子抑制剂": 3, - "\"removes": 3, - "selective": 3, - "action": 6, - "inhibition": 3, - "tensionring": 3, - "wide": 3, - "detectable": 3, - "为什么force": 3, - "需要超分辨，因为rp": 3, - "的inhibition，即便是目前最好的": 3, - "raction": 27, - "也看不出来。": 3, - "\"reating": 3, - "myosin": 3, - "kinase": 3, - "是轻链动力蛋白的inhibitor，也会造成force的下调。": 3, - "\"actin\"": 3, - "\"integrinligand": 3, - "integrin和底物的结合时间很短，到秒": 3, - "\"rupture": 3, - "irreversibly": 6, - "这里的": 3, - "probe，在力的作用下是不可逆的脱离。然后暴露出来的链可以作为的docking链。": 3, - "composed": 3, - "duplex": 9, - "直接连接到": 6, - "substrate，所以这里的": 3, - "substrate究竟是什么，细胞跟": 3, - "substrate之间的间隙有多大，diffusive": 3, - "能够顺利地扩散进去？？": 3, - "\"~nm": 3, - "之前的空间分辨率只有nm，现在到": 3, - "nm，还是很厉害了。": 3, - "change\"": 3, - "对于血小板细胞是一个很好的模型": 3, - "\"treptavidin": 3, - "ocklandnc": 3, - "μlide": 3, - "sixchannel": 3, - "coverslips": 6, - "purchased": 9, - "bidi": 3, - "hydroxyl": 6, - "succinimide": 3, - "iochempeg": 3, - "succinimideka": 3, - "anocs\"": 3, - "从这个配方表来看，界面是用的方案，也对，但凡是涉及细胞和蛋白的，的方案终究是不行的。": 3, - "\"urface": 3, - "preparation\"": 3, - "userdefined": 3, - "cellfree": 3, - "substrate\"": 3, - "ourzac": 42, - "\"take": 3, - "drugs": 12, - "places\"": 3, - "nanomedicine，减轻副作用，延长半衰期，生物相容性，减少用量还提高药效": 3, - "\"control": 3, - "freaks\"": 3, - "控制狂": 3, - "\"fully": 3, - "chemistry": 6, - "charge": 15, - "properties\"": 3, - "\"how": 3, - "get": 3, - "place": 3, - "causing": 3, - "side": 3, - "inducing": 3, - "resistance\"": 3, - "癌症治疗，让适量药物准确到达病灶，实现靶向杀伤，副作用最小。": 3, - "\"keeping": 3, - "toxic": 3, - "out": 3, - "healthy": 3, - "tissues": 9, - "says": 3, - "akesh": 6, - "ain\"": 3, - "纳米载体载带毒药，实现副作用减轻，是目前比较有前景的方向。": 3, - "\"anotechnology": 3, - "companies": 3, - "\"hurch": 3, - "calls": 3, - "carrier": 6, - "nanobot": 3, - "performs": 3, - "computational": 6, - "logic": 15, - "什么情况下，nanocarrier": 3, - "可以被称作": 3, - "nanorobot？大佬认为得有": 3, - "\"inety": 3, - "percent": 3, - "deaths": 3, - "caused": 3, - "metastases\"": 3, - "的癌症死亡是癌扩散了。": 3, - "\"hatia\"": 3, - "\"design": 3, - "tricks": 3, - "robotics": 3, - "ike": 60, - "ants": 3, - "whose": 3, - "actions": 3, - "simple": 6, - "who": 3, - "en": 30, - "masse": 3, - "build": 3, - "anthill\"": 3, - "nanorobot就适合像蚂蚁一样，做成集群的，虽然单个的robot功能简单，但是通过集群可以实现复杂的事情。这个想法很有启发性。": 3, - "ayle": 57, - "\"plants": 3, - "rich": 6, - "autofluorescent": 3, - "wall": 9, - "chlorophyll": 3, - "phenolsflavonoids": 3, - "tannins": 3, - "anthocyanins": 3, - "lignin": 3, - "suberin\"": 3, - "植物细胞的自发荧光也比较多": 3, - "diffusion\"": 6, - "测量膜上的分子扩散行为，主流的三种方法，、": 3, - "\"chematic": 3, - "这个技术还是一个二维的tracking，而且要求成像速度很快（相对于移动的物体），这对于信号的质量要求也很高。": 3, - "\"pplications": 3, - "涉及到不少具体的膜蛋白，这个是值得注意和收藏的内容。": 3, - "\"clathrin": 3, - "shows": 3, - "static": 3, - "punctuated": 3, - "little": 3, - "lateral": 15, - "使用常规的荧光成像racking方法，clathrin的轻链居然在膜上不怎么动，这个点很重要的，估计是一个很常用的对照。但是如果用超分辨看就不是这样的了。": 3, - "largely": 6, - "mobile": 6, - "μm²s\"": 3, - "扩散性很强的蛋白也只有": 3, - "，所以在平面上的扩散运动还是相当受限的": 3, - "example": 3, - "absence": 3, - "treatment": 18, - "immobile": 3, - "rapidly": 3, - "plant": 18, - "hormone": 3, - "auxin": 3, - "osmotic": 3, - "stress\"": 3, - "在植物细胞中，这个蛋白分子能够响应植物生长素auxin以及渗透压从而发生运动模式的改变，这种动态模型也是我需要收集的。": 3, - "tonoplast": 3, - "intrinsic": 3, - "vacuolar": 3, - "membrane\"": 3, - "labeling": 27, - "afluorescent": 3, - "aloag": 3, - "technology": 3, - "dots\"": 3, - "对于而言，合适的荧光标记手段也非常重要。": 3, - "\"covalent": 3, - "tag": 6, - "exogenous": 3, - "application\"": 3, - "\"omparison": 3, - "typical": 3, - "spt": 6, - "以扩散系数而言，不同的蛋白或分子有不同的扩散系数，而且不同的显微镜技术也有各自的适用范围，这个图总结的很到位。": 3, - "response": 12, - "auxin\"": 3, - "competent": 3, - "graduate": 3, - "student": 3, - "postdoctoral": 3, - "researcher": 3, - "trained": 3, - "epifluorescence": 3, - "需要welltrained专家才能做这种实验": 3, - "\"fusion": 3, - "mos": 6, - "photoconvertible": 3, - "原来中常用的融合荧光蛋白是mos": 3, - "anometerscale": 6, - "uperesolution": 93, - "conomicpdf": 3, - "orrelating": 6, - "icroscopy": 171, - "ransmission": 6, - "lectron": 6, - "icroscopypdf": 3, - "utomating": 6, - "multimodal": 6, - "anoluidicspdf": 3, - "\"its": 3, - "sharp": 3, - "fast": 18, - "pdriven": 9, - "\"onoff\"": 3, - "switch": 21, - "level\"": 3, - "mato": 3, - "endrick": 6, - "cytosinerich": 6, - "telomeres": 3, - "eroy": 6, - "centromeres": 3, - "allego": 3, - "promoter": 6, - "oncogenes": 3, - "bcl": 3, - "han": 42, - "cmyc": 3, - "imonsson": 3, - "ckit": 3, - "razier": 3, - "ucek": 3, - "iotif真是无处不在啊！": 3, - "\"deprotonated": 3, - "hindering": 3, - "pairs\"": 3, - "slightly": 3, - "values\"": 6, - "\"circular": 3, - "dichroism": 3, - "nuclear": 3, - "magnetic": 6, - "resonance": 48, - "测定表征手段主要是和": 3, - "\"shows": 3, - "positive": 3, - "negative": 3, - "signals": 12, - "~nm\"": 3, - "\"characteristic": 3, - "ppm": 3, - "imino": 3, - "protons\"": 3, - "\"ionization": 3, - "mass": 3, - "spectrometry": 3, - "质谱也可以看iotif": 3, - "\"molecular": 3, - "spectroscopy\"": 3, - "\"exciplex": 3, - "states\"": 3, - "激发态？？": 3, - "partially": 3, - "folded": 6, - "structures\"": 6, - "\"thiazole": 3, - "orange": 3, - "\"enhancing": 3, - "free": 3, - "upon": 3, - "interaction": 3, - "acid\"": 3, - "\"crystal": 3, - "violet": 3, - "thioflavin\"": 3, - "\"imotif": 6, - "polymer": 3, - "conversion\"": 3, - "\"fluorescencebased": 3, - "anisotropy\"": 3, - "感觉是偏振荧光成像，此时荧光基团被偏振激光激发，产生信号跟结构变化有很大关系。": 3, - "\"sizeexclusion": 3, - "chromatography": 6, - "直接用体积排阻色谱来检测imotif": 3, - "\"harma": 3, - "闫颢他们组十几年前就玩过纳米金的可逆聚集解离，有点意思。": 3, - "guaninerich": 3, - "formed": 15, - "atsonrick": 6, - "favoring": 3, - "aggregates": 6, - "colored": 3, - "purple": 3, - "p~": 3, - "preventing": 3, - "leading": 3, - "color\"": 3, - "\"stiff": 3, - "wrap": 3, - "around": 3, - "stabilize": 9, - "us\"": 3, - "sensitive": 9, - "variation": 3, - "folding": 9, - "needed": 3, - "longer": 3, - "equilibration": 3, - "comparing": 3, - "unfolding": 3, - "occurred": 3, - "imotif的构象变换是一个缓慢的过程。": 3, - "currents": 3, - "电化学方式可以线性地控制p，或许这个可以成为所谓的电化学发光？": 3, - "barcoded": 6, - "boussi": 12, - "\"intercalated": 3, - "cytosine": 3, - "bou": 48, - "ssi": 48, - "iotif的核心关键，和质子化的作为配对": 3, - "existence\"": 3, - "和iotif结构都是细胞内自然存在的结构，具有一定的生物学功能。": 3, - "\"hexamer": 3, - "forming\"": 3, - "这是iotif的基础序列？": 3, - "hemiprotonated": 3, - "stability\"": 3, - "kmol": 6, - "canonical": 3, - "neutral": 3, - "kmol\"": 3, - "\"p": 3, - "mid": 3, - "transition": 6, - "所谓的p响应，其实给出的是一个均值，类似": 3, - "的概念。所以对于特定的": 3, - "p，iotif": 3, - "的构象是存在一个分布的，只是这个分布的宽窄目前我还不清楚。如果太宽了可能就不适合作为控制": 3, - "形变的方式。": 3, - "\"telomeric": 3, - "cytosines": 9, - "tract": 3, - "increases\"": 3, - "对越多，转变p也逐步升高，而且": 3, - "都是零点几的变化。": 3, - "\"◦\"": 3, - "需要注意，iotif的稳定性同样受温度影响。": 3, - "exhibits": 3, - "如果tract长度是，半变构p都到了": 3, - "\"everal": 3, - "的序列可以非常多样，主要是这种四链堆积。": 3, - "recognized": 3, - "iab": 3, - "iotif还有特定的抗体，厉害了，看来这个领域其实研究的也比较成熟了。": 3, - "adopt": 3, - "pdependent": 3, - "equilibrium\"": 3, - "卧槽，启动子都能有iotif这种二级结构，难怪认为这种二级结构能够影响基因表达。": 3, - "\"rich": 3, - "contain": 3, - "box": 3, - "black": 3, - "类似iotif的四链的二级结构，也不一定需要很多。": 3, - "\"right\"": 3, - "urzolo": 6, - "unneling": 36, - "nanotubes": 27, - "eshaping": 3, - "connectivity": 3, - "hiara": 9, - "urzolocite": 9, - "jceb": 3, - "泛读笔记": 489, - "大佬对于领域发展的评论。": 3, - "obiak": 6, - "celladhesion": 3, - "isualizing": 18, - "ormation": 15, - "ells": 108, - "eans": 3, - "dvanced": 9, - "pinning": 3, - "iskotal": 3, - "eflection": 18, - "ernd": 15, - "ntonio": 6, - "irgilio": 3, - "aillacite": 3, - "用观察了细胞的初期界面黏附过程，有视频，可以再好好看看。": 3, - "免疫": 9, - "mmune": 6, - "anotubes": 36, - "mpact": 3, - "ntercellular": 33, - "rossalk": 3, - "esponse": 15, - "ts": 21, - "herapeutic": 15, - "hunqi": 3, - "ingying": 3, - "oucite": 3, - "acsmolpharmaceutc": 6, - "介绍了免疫细胞中的作用。": 3, - "owoise": 3, - "anopore": 3, - "nitu": 3, - "abelree": 12, - "riggernduced": 3, - "achine": 9, - "ingleolecular": 3, - "evel": 3, - "hentong": 3, - "iaozheng": 3, - "uiping": 3, - "esheng": 3, - "ingling": 3, - "icite": 24, - "hovmer": 6, - "微管": 3, - "echanical": 6, - "ounterbalance": 3, - "inesin": 3, - "ynein": 3, - "otors": 12, - "icrotubular": 3, - "etwork": 6, - "egulates": 3, - "rchitecture": 3, - "echanosensing": 3, - "lexander": 84, - "lexis": 6, - "anning": 3, - "hynna": 3, - "ames": 60, - "ayes": 3, - "ylan": 6, - "urnette": 3, - "artagenaivera": 3, - "ikolay": 3, - "okholyan": 3, - "ingh": 18, - "rdem": 15, - "abdanovcite": 3, - "acsnanoc": 66, - "这个调整细胞微管骨架，形成一个巨大的环的模型还有点意思，有用到多种小分子。": 3, - "hou": 84, - "结构组装": 3, - "inite": 3, - "ssembly": 9, - "hree‐imensional": 3, - "ierarchical": 3, - "anoarchitectures": 3, - "rthogonal": 3, - "irectional": 3, - "onding": 3, - "ihao": 6, - "inyi": 3, - "iangbin": 3, - "angcite": 45, - "anie": 102, - "类似乐高的基于特定单元的纳米结构组装，很早就有这样的工作了。": 3, - "henazineased": 6, - "atiometric": 18, - "supsup": 12, - "ellesolved": 6, - "ual": 6, - "missions": 3, - "ensing": 15, - "echanism": 12, - "ibrationnduced": 3, - "mission": 12, - "aitao": 3, - "hiin": 6, - "hiyun": 6, - "ianhua": 6, - "iai": 9, - "iancite": 9, - "smll": 45, - "ttachments": 951, - "ualpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "hirnov": 6, - "memory": 12, - "ictor": 15, - "eza": 15, - "adegan": 6, - "urtej": 3, - "andhu": 3, - "illiam": 54, - "ughescite": 6, - "nmat": 3, - "大佬们联袂提出核酸信息存储的概念。": 3, - "hreedimensional": 21, - "live": 24, - "polarized": 3, - "multiangle": 12, - "uangyuan": 3, - "enjie": 9, - "ouhua": 3, - "himin": 3, - "uhong": 6, - "ingke": 9, - "uifang": 12, - "iucite": 30, - "polarizedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "调控入射角改变照明高度，可能还加了偏振，获取z轴信息。": 3, - "parse": 12, - "deconvolution": 6, - "improves": 6, - "eisong": 3, - "hiqun": 3, - "iuju": 3, - "iaoshuai": 3, - "hijia": 3, - "ulin": 6, - "uohua": 3, - "henqian": 3, - "ingxu": 9, - "een": 3, - "hunyan": 9, - "unlong": 6, - "usheng": 3, - "huwen": 3, - "iwang": 3, - "anquan": 12, - "ianyong": 3, - "aoquan": 27, - "anmei": 3, - "aoiang": 3, - "iubin": 3, - "aoyu": 3, - "iangyi": 3, - "superresolutionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "nalytes": 6, - "riggered": 9, - "onformational": 6, - "oldecorated": 3, - "olidtate": 3, - "anopores": 3, - "andan": 6, - "aoran": 9, - "ongxin": 3, - "acssensorsc": 3, - "oldecoratedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "hanghao": 6, - "细胞膜": 18, - "ighdimensional": 3, - "heterogeneity": 3, - "subcellular": 9, - "eiqi": 3, - "ihan": 3, - "ingye": 3, - "aoqian": 3, - "iaowei": 12, - "ionghai": 3, - "ayong": 15, - "incite": 48, - "金大勇ayong": 3, - "in的相关工作，能够利用lipid的极性来看membrane的异质性分布和动态，跟许珂e": 3, - "u的一些工作anylchuk是类似的。": 3, - "hanga": 18, - "荧光偏振": 6, - "otational": 3, - "ranslational": 3, - "ynamics": 24, - "ingle": 66, - "olecules": 18, - "adially": 3, - "zimuthally": 3, - "olarized": 6, - "umeng": 6, - "eiyan": 3, - "ingting": 6, - "atthew": 51, - "ewcite": 3, - "acsnanolettc": 48, - "通过荧光偏振解析单分子的平动和转动，让我联想到一篇测定细胞力学方向的文章。lanchard": 3, - "纳米金刚石": 6, - "iocompatible": 9, - "anotomography": 6, - "ightly": 6, - "ocused": 6, - "ight": 15, - "anyou": 3, - "ingan": 6, - "iheng": 3, - "azhan": 3, - "iangfeng": 3, - "ucite": 36, - "大概是利用纳米金刚石实现了某种激光定位，用到了线虫。": 3, - "anoparticle": 21, - "internalization": 9, - "mature": 3, - "leaves": 3, - "atalie": 9, - "ebecca": 15, - "inals": 3, - "duardo": 3, - "onzálezrandío": 3, - "ozde": 3, - "emirer": 3, - "alwan": 3, - "utrus": 3, - "irine": 3, - "akra": 3, - "el": 9, - "lores": 3, - "hai": 9, - "oung": 9, - "ark": 102, - "arkita": 3, - "andrycite": 3, - "张欢师姐大作，探究了纳米颗粒大小形貌对于植物细胞摄取效率的影响，虽然纳米金棒摄取效果好，但是": 3, - "的球形核酸的转染效率更高。为啥看这个呢，其实是茜姐说让我们跟张继超师兄之前一篇类似的工作比较一下hanga。其实比较高下，主要就三点：": 3, - "选题的重要性：前者是纳米材料的植物毒理学（negative": 3, - "expect）；后者是植物的纳米载体（positive": 3, - "expect）。": 3, - "工作的完成度：前者只做了一种材料，而且只看了个现象；后者比较充分地探究了尺寸形貌对载带效率的影响，并完成了si的递送。": 3, - "描述的准确性：前者摘要非常boring，直接泛泛而谈no": 3, - "effect就概括了，no": 3, - "surprise": 3, - "impressive；后者直接指出": 3, - "球形纳米金是": 3, - "nanocarrier，打开了": 3, - "的局面。": 3, - "选题的意义无所谓高下，因为想做什么题目和能做什么题目是多方面因素决定的。但是前一个工作确实没有在有限条件下做到最好，用一个纳米金就想以偏概全，然后又提出potential": 3, - "但是却不能更进一步。": 3, - "uperresolved": 9, - "apping": 18, - "eactive": 6, - "ulfuracancies": 6, - "woimensional": 15, - "etal": 3, - "ichalcogenides": 3, - "ihter": 3, - "zueng": 3, - "ichal": 3, - "acha": 3, - "rchith": 3, - "ayabharam": 3, - "arla": 3, - "anjac": 3, - "anfei": 3, - "henyu": 6, - "omtet": 3, - "arayana": 3, - "luru": 3, - "agalí": 3, - "ingenfelder": 3, - "ndras": 3, - "leksandra": 21, - "adenoviccite": 6, - "woimensionalpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "蛋白分选": 3, - "ranslocation": 3, - "athway": 3, - "esicleediated": 3, - "nconventional": 3, - "ecretion": 3, - "hulin": 3, - "uxin": 18, - "iachen": 3, - "ecite": 12, - "对于一些没有信号肽的胞浆蛋白，它们是怎么被分选和分泌的呢？这里发现一种方式，如上图所示，先跟这种蛋白结合，导致其解构，然后跟内质网上的蛋白单体结合，引起": 3, - "的聚集，形成通道，然后进入到腔内。注意好像还能拉扯。再腔内蛋白重新形成三级结构。": 3, - "tetrahedral": 6, - "nanostructurebased": 9, - "multifunctional": 3, - "onghui": 3, - "onghang": 3, - "enjuan": 12, - "anxin": 3, - "irong": 6, - "ianshun": 3, - "ueping": 6, - "ichen": 3, - "engting": 3, - "hiyu": 3, - "iaoxiao": 9, - "unfeng": 12, - "cryptography": 6, - "secure": 6, - "communication": 3, - "inan": 6, - "uajie": 6, - "nzo": 12, - "opperger": 12, - "iaoguo": 24, - "iye": 33, - "ihua": 33, - "ianhui": 6, - "riedrich": 24, - "immel": 18, - "hunhai": 81, - "communicationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ynamic": 57, - "tructures": 24, - "ingwei": 6, - "ue": 9, - "ueqin": 3, - "aofei": 3, - "engfei": 12, - "onggang": 24, - "tructurespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ransportation": 9, - "fate": 3, - "gold": 9, - "nanoparticles": 24, - "oilseed": 3, - "rape": 3, - "ichao": 3, - "li": 24, - "ldalbahi": 6, - "iguo": 6, - "enzhong": 3, - "hucite": 3, - "本组工作，用同步辐射看了一下纳米金对于植物的毒理学，结论是没什么影响。": 3, - "xcitedtate": 6, - "onformationallectronic": 6, - "esponses": 6, - "addlehaped": 6, - "′isubstitutedihydrodibenzo": 3, - "ici": 3, - "phenazines": 3, - "ideuning": 3, - "hite": 6, - "ombination": 3, - "uin": 3, - "uohun": 3, - "rei": 3, - "houcite": 15, - "jacsb": 24, - "pdfzoteroopenpdflibraryitems": 60, - "henghao": 3, - "halid": 30, - "alaitacite": 24, - "ncomms": 24, - "cellpdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "stranddisplacement": 3, - "reactions": 9, - "avid": 84, - "eeligcite": 3, - "nchem": 15, - "eraati": 9, - "motif": 12, - "nuclei": 6, - "ahdi": 3, - "angley": 3, - "eter": 54, - "chofield": 6, - "aron": 33, - "oye": 6, - "omain": 12, - "ouet": 3, - "ughes": 15, - "racy": 6, - "ryan": 6, - "arcel": 15, - "inger": 6, - "hristcite": 3, - "cellspdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "usko": 6, - "ealtime": 36, - "approximation": 6, - 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"隐含假设：不同的微生物生成的纳米金颗粒的特征存在差异。这种差异可以通过综合纳米金的各种表征结果（、ize、eta电势、吸收波长）等体现出来。": 3, - "iosynthetic": 3, - "这个领域，还是有一些丰富的研究。虽然这种": 3, - "的形貌没有那么均一和完美。但是其复杂的特征，更容易应用机器学习的方式去寻找区别。": 3, - "感觉表征的contribution更大一些。": 3, - "作者试图从分子的角度去解释一下，认为一些bioactive": 3, - "在发挥作用。差异性是这些": 3, - "的丰度带来的。": 3, - "：主成分分析，无监督，找最重要的特征，实现数据降维（方差最大化）和聚类": 3, - "：线性判别降维，同一类数据尽可能的紧凑，不同类的数据尽可能分散": 3, - "orest：随机森林指的是利用多棵树对样本进行训练并预测的一种分类器（决策树）": 3, - "inglemolecule": 45, - "nonlinear": 6, - "inverse": 6, - "problem": 6, - "hmed": 6, - "lmokademcite": 3, - "pnas": 39, - "problempdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "oun": 6, - "icroatterned": 3, - "overslips": 3, - "anoimprint": 3, - "ithography": 3, - "rift": 18, - "orrection": 9, - "eoan": 3, - "uji": 3, - "shitsuka": 3, - "haoyi": 3, - "elvincite": 6, - "jbpj": 57, - "otapan": 6, - "ynthesis": 12, - "pyrrolidinyl": 6, - "carrying": 3, - "clicked": 3, - "label": 6, - "attawut": 3, - "hayan": 6, - "haroenpakdee": 3, - "awinee": 3, - "athanathavorn": 3, - "oonsong": 3, - "itmangklo": 3, - 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"halil": 6, - "bnouscite": 6, - "jijbiomac": 3, - "reviewpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "valence": 6, - "bonds": 6, - "singlestranded": 6, - "encoders": 3, - "uangbao": 3, - "iaoliang": 3, - "hibei": 6, - "hilei": 30, - "aghu": 3, - "radeep": 3, - "arayanan": 3, - "ewight": 3, - "illiams": 6, - "iaolei": 24, - "eringa": 3, - "encoderspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "angc": 9, - "细胞": 21, - "eciphering": 3, - "signaling": 15, - "networks": 6, - "massively": 9, - "biosensor": 9, - "barcoding": 6, - "eiu": 6, - "essica": 12, - "aki": 3, - "akayanagi": 3, - "ablo": 15, - "glesias": 3, - "huansiang": 3, - "uangcite": 12, - "用细胞表达的蛋白做barcode，很有意思。": 3, - "angb": 21, - "sizes": 6, - "brickassisted": 3, - "centrifugation": 3, - "henyong": 3, - "aurie": 6, - "aifeng": 6, - "iancheng": 6, - "iong": 21, - "ongfei": 6, - "dwin": 3, - "hapman": 3, - "homas": 99, - "elia": 3, - "aratekin": 3, - "ongzhou": 9, - "henxiang": 21, - "brickassistedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "anga": 12, - "细胞间隙": 3, - "anoscopic": 3, - "rganization": 15, - "ynapse": 3, - "ommon": 3, - "asis": 3, - "ommunication": 15, - "iaojuan": 3, - "nnaertcite": 3, - "主要是对神经以及免疫细胞相互之间的一些连接结构的综述，比如突触结构，细胞间隙也就": 3, - "ntelligent": 15, - "anorobot": 30, - "utonomous": 9, - "nticoagulation": 3, - "inlin": 6, - "uemei": 6, - "angli": 3, - "ingzhi": 9, - "uaizhi": 3, - "siao‐chu": 3, - "nticoagulationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ileedased": 3, - "fficient": 9, - "air": 3, - "ssay": 6, - "ndoplasmic": 3, - "eticulum": 3, - "luidity": 3, - "higang": 3, - "oungjin": 3, - "oungin": 3, - "oon": 33, - "erwilst": 3, - "oo": 36, - "ae": 15, - "hulhun": 3, - "eung": 12, - "imcite": 12, - "asia": 3, - "robing": 15, - "anoscale": 36, - "iffusional": 3, - "eterogeneities": 3, - "embranes": 27, - "ultidimensional": 9, - "ingleolecule": 48, - "fieldaccessionnum": 69, - "imes": 69, - "ited": 69, - "amashita": 9, - "胞间连丝": 15, - "pecialized": 3, - "ytonemes": 3, - "ukiko": 3, - "ayu": 3, - "naba": 3, - "uszczakcite": 3, - "annurevcellbio": 3, - "细胞伸出的这种细丝，也可以进一步细分为多种方式，只有": 3, - "是真正联通的。": 3, - "amaguchi": 9, - "斑马鱼": 3, - "集群运动": 3, - "ear": 3, - "adherent": 3, - "aoya": 3, - "iyi": 6, - "eseo": 6, - "chneider": 15, - "iran": 12, - "aniele": 9, - "anozzo": 3, - "olger": 3, - "nautcite": 3, - "斑马鱼中的组织迁移过程中的机械力传导模型，感觉有点因果倒置了。": 3, - "细胞的这种迁移运动还是很缓慢的，最后还是得靠血液循环系统。所以血管才是高速通道啊！": 3, - "在胚胎发育中，心脏和原始血管算是最早开始的，可以说印证了那句老话，要想富，先修路。": 3, - "ub": 3, - "lectrochemical": 9, - "synthesis": 9, - "electrode": 3, - "scalability": 3, - "integrated": 3, - "hengtao": 3, - "hongli": 3, - "电化学方法直接合成与测序，用集成的方案解决存储两大难题。": 3, - "membraneanchored": 3, - "monitoring": 3, - "carbon": 3, - "monoxide": 3, - "huai": 12, - "ongen": 3, - "huangan": 3, - "iaoing": 12, - "rofiling": 15, - "eidong": 6, - "ingjie": 24, - "aicite": 15, - "创新点到底是什么": 63, - "把docking链变成anchor，让mi提供imager的结合位点": 3, - "有什么意义？": 63, - "将做成了一个mi的检测工具，可多色可计数。": 3, - "有什么潜力": 60, - "很好的一个单分子检测平台": 3, - "什么要素，技术，体系，研究对象？": 60, - "方块折纸，，mi": 3, - "主要目标和结论，以及优缺点分析？": 60, - "非常短小精悍的一篇文章，单分子检测的灵敏度基本在": 3, - "摘记": 9, - "变": 3, - "anchor，被检测的": 3, - "ligand": 6, - "提供": 3, - "结合位点，nice。另外": 3, - "marker也很好，有方向性。": 3, - "ngew": 3, - "hem": 12, - "ngl": 3, - "yss": 15, - "nstitute": 45, - "iologically": 15, - "nspired": 15, - "arvard": 27, - "oston": 27, - "orrelated": 6, - "semiconductor": 3, - "heterostructures": 3, - "eigao": 3, - "eiwei": 6, - "chmidt": 12, - "eijie": 3, - "imo": 3, - "aab": 24, - "arole": 3, - "iederichs": 3, - "eibo": 9, - "enis": 12, - "eletskiy": 3, - "iongcite": 3, - "semiconductorpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ationally": 3, - "rchitectures": 3, - "iosensing": 6, - "iantian": 9, - "inbin": 3, - "run": 6, - "ichard": 21, - "handrasekaran": 9, - "acschemrevb": 24, - "nanoscopy": 33, - "microbiology": 3, - "ves": 9, - "ufrenecite": 3, - "nmicrobiol": 3, - "ufrene": 3, - "ultiview": 3, - "icong": 3, - "iaofei": 3, - "ijun": 3, - "elissa": 3, - "lidewell": 3, - "onathan": 48, - "aniels": 3, - "iamin": 3, - "itas": 6, - "engupta": 6, - "eyuarez": 3, - "ischer": 15, - "kshay": 3, - "hristian": 63, - "ombs": 6, - "unhui": 3, - "ufeng": 6, - "hristensen": 3, - "orey": 15, - "ingyu": 3, - "ilun": 3, - "eighton": 3, - "uncan": 9, - "iji": 3, - "ommier": 3, - "uno": 6, - "urphy": 6, - "ougata": 3, - "rpita": 6, - "padhyaya": 3, - "olónamos": 3, - "atrick": 9, - "iviere": 3, - "ari": 15, - "hroffcite": 3, - "做了一个三目的confocal，也搞成了超分辨成像显微镜，也算是独树一帜了吧。注意这里用的": 3, - "holder，看上去就很厚实的样子。": 3, - "pigenetic": 6, - "fine": 6, - "tunes": 6, - "lisé": 3, - "ahmoud": 3, - "bdelhamid": 3, - "ichelle": 15, - "hiabor": 3, - "elanie": 3, - "rigg": 3, - "elly": 18, - "rving": 9, - "icole": 6, - "oë": 9, - "allercite": 6, - "nargkz": 9, - "ongsirojkul": 6, - "smoticensionnduced": 6, - "ateral": 21, - "ichaporn": 3, - "aofumi": 3, - "himokawa": 3, - "akorn": 3, - "paprakasit": 3, - "asahiro": 3, - "akagi": 6, - "sutomu": 6, - "amadacite": 6, - "acslangmuirb": 6, - "rganizationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ojcik": 3, - "ermi": 66, - "dimers": 6, - "arek": 3, - "ójcikcite": 3, - "dimerspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "oehrstein": 42, - "ohannes": 57, - "aximilian": 60, - "uvena": 3, - "sciadv": 3, - "利用方块折纸排布荧光分子构成了小于nm的metafluorophore": 3, - "可以精确调控「meta荧光团」颜色和亮度。": 3, - "作为标记还是太大，得选合适的对象。如果跟信息存储可能找到切合点。": 3, - "方块折纸": 3, - "就在方块折纸上排列组合荧光基团，甚至都不用超分辨，能够调制出来亮度颜色可区分的种颜色。": 3, - "dv": 3, - "inckler": 12, - "ligandactivated": 3, - "ascale": 6, - "ydia": 6, - "artigue": 3, - "regory": 48, - "iannone": 18, - "rancesca": 15, - "iorgi": 3, - "rancois": 6, - "chas": 6, - "eanaptiste": 15, - "ibarita": 9, - "rahim": 6, - "ounis": 6, - "aurent": 12, - "ognetcite": 6, - "srep": 9, - "lartigue": 3, - "lydia": 3, - "ognet": 3, - "ickham": 15, - "omplex": 24, - "multicomponent": 3, - "rendered": 3, - "barrel": 3, - "pegboard": 3, - "helley": 3, - "uer": 42, - "ianghong": 6, - "andhini": 3, - "onnuswamy": 3, - "chueder": 93, - "örg": 12, - "chnitzbauer": 24, - "havik": 6, - "athwani": 6, - "teven": 42, - "errault": 3, - "aeseung": 3, - "ahn": 3, - "eungwoo": 3, - "aartje": 6, - "astings": 3, - "arah": 30, - "elmig": 3, - "nne": 9, - "ouise": 6, - "odal": 6, - "hihcite": 3, - "用对筒状折纸进行成像。": 3, - "erbin": 15, - "aier": 12, - "vendaño": 12, - "erena": 3, - "ecker": 9, - "audenz": 9, - "anuser": 6, - "orgercite": 3, - "sy": 30, - "用xchange看多种受体酪氨酸激酶assembly": 3, - "对了解乳腺癌细胞的抗药性的分子机制有一定帮助": 3, - "一些受体分子在细胞表面的聚集和分布值得研究": 3, - "乳腺癌，受体酪氨酸激酶（），聚类分析，": 3, - "随机森林": 3, - "发现的异质性，和一些新的分子相互作用。不过感觉数据质量一般，分析难度较大。": 3, - "orger": 3, - "enter": 21, - "aboratory": 12, - "ystems": 21, - "edical": 21, - "eidemann": 9, - "diversified": 3, - "arsenal": 3, - "ücksch": 12, - "etra": 42, - "chwillecite": 18, - "jsbi": 3, - "microscopypdfzoteroopenpdflibraryitems": 21, - "patially": 3, - "esolved": 9, - "rror‐obust": 3, - "icro": 3, - "iving": 27, - "enhao": 9, - "uiting": 3, - "iangdan": 3, - "iping": 9, - "iqi": 6, - "aru": 3, - "ongcite": 15, - "又一种多色成像用于测定细胞中的工作。": 3, - "behaviour": 9, - "disordered": 6, - "underlying": 6, - "low": 12, - "permeability": 3, - "organelles": 6, - "ingzo": 3, - "hana": 3, - "lbaumarfinkle": 3, - "lex": 12, - "olehouse": 3, - "arlos": 15, - "hihsiung": 3, - "arina": 6, - "eric": 3, - "rnold": 3, - "odney": 3, - "riestley": 3, - "ohit": 6, - "appu": 3, - "lifford": 6, - "rangwynnecite": 3, - "highpdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "atson": 18, - "诺贝尔奖": 3, - "tructure": 30, - "eoxyribose": 3, - "rickcite": 3, - "双螺旋结构首次被提出，打开分子生物学大门。": 3, - "asim": 9, - "inglearticle": 18, - "urface": 24, - "aabiah": 3, - "ebhinn": 3, - "reanorcite": 3, - "稀土": 3, - "生物膜": 6, - "acterial": 15, - "iofilm": 3, - "nfections": 3, - "achineearningided": 3, - "anthanide": 3, - "huoran": 3, - "urong": 3, - "ubing": 6, - "anbing": 6, - "uancite": 6, - "用到了稀土材料，对细菌产生的生物膜做多色成像，还结合了机器学习来做数据分析。": 3, - "micro": 3, - "ncogenic": 6, - "icro‐dependent": 3, - "ctivities": 6, - "anipulate": 3, - "umorigenic": 3, - "nvironments": 3, - "ynergistic": 6, - "umor": 15, - "herapy": 27, - "iangdong": 3, - "ianfeng": 3, - "onghua": 3, - "ongkang": 3, - "ustin": 15, - "ooding": 12, - "anmin": 3, - "纳米金响应一些micro然后改变肿瘤微环境，实现癌症治疗。": 3, - "单分子": 15, - "转录": 3, - "transcription": 3, - "regulation": 9, - "uhui": 3, - "ulan": 3, - "engcite": 3, - "jydbio": 3, - "单分子水平看细胞转录调控的综述。": 3, - "angd": 6, - "construction": 3, - "ongia": 3, - "ihen": 3, - "na": 15, - "uni": 3, - "eing": 3, - "dsca": 3, - "ourney": 3, - "anomotors": 3, - "rinciples": 12, - "hallenges": 9, - "ritical": 3, - "eview": 3, - "tateofthert": 3, - "adhm": 3, - "ubular": 6, - "anodevice": 6, - "sihemorug": 3, - "odelivery": 3, - "ehicle": 3, - "ombined": 6, - "haoran": 3, - "engsong": 3, - "haoli": 12, - "iashu": 3, - "ingcite": 12, - "esearch": 12, - "uejing": 3, - "eili": 3, - "iaojun": 3, - "onviolent": 3, - "elfatabolic": 3, - "zyme": 12, - "anosponges": 3, - "mart": 6, - "nticancer": 3, - "rug": 15, - "elivery": 36, - "uimin": 6, - "hizhen": 6, - "uomeng": 3, - "iaoqing": 6, - "acsnanob": 21, - "otions": 6, - "rigami": 42, - "anomachines": 3, - "ptasensor": 6, - "xpanded": 6, - "ucleotide": 6, - "anotetrahedra": 6, - "ancerous": 3, - "xosomes": 3, - "iqin": 6, - "huo": 9, - "ena": 3, - "ansiz": 3, - "uling": 3, - "iyang": 3, - "forpdfzoteroopenpdflibraryitems": 18, - "euronal": 12, - "issues": 3, - "oah": 9, - "onoghue": 3, - "chackmann": 3, - "ason": 15, - "oeller": 3, - "illberg": 6, - "emian": 6, - "ylvain": 3, - "apan": 3, - "oyden": 6, - "oan": 6, - "rugge": 3, - "ascal": 3, - "aeser": 3, - "arit": 12, - "gasti": 24, - "acsnanolettb": 54, - "用的置换代替抗体的多轮标记": 3, - "只需一轮免疫标记，后续都是置换链，加速了经典的基于抗体免疫的sequential多色荧光成像": 3, - "适用于复杂细胞和组织样本的多色成像": 3, - "抗体，免疫，细胞，神经组织": 3, - "这篇文章本质上就是把xchange换了一个说法，或者说找了传统的": 3, - "成像方法作为对手，向生物学家们突出了该技术“快”的优势。这种包装的思路让人叹服。": 3, - "ano": 15, - "ett": 12, - "arren": 12, - "lpert": 3, - "rown": 15, - "rovidence": 3, - "hode": 3, - "sland": 3, - "nited": 6, - "tates": 6, - "ocalization": 42, - "eventsbased": 6, - "correction": 27, - "redundant": 3, - "crosscorrelation": 6, - "algorithm": 3, - "ina": 21, - "oerg": 21, - "ueming": 6, - "ifan": 6, - "heni": 3, - "量子点": 12, - "uantum": 18, - "ots": 9, - "ilbert": 6, - "ruhwirth": 3, - "ony": 6, - "nl": 6, - "otspdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "利用量子点自身闪烁特性还有像散的方法做的一个三维成像": 3, - "yosinriven": 3, - "heat": 3, - "erm": 3, - "gglutinin": 3, - "uman": 12, - "hiang": 9, - "huin": 6, - "hiuan": 3, - "hiing": 3, - "ongu": 3, - "aien": 6, - "nnr": 3, - "量子点上修饰了麦芽凝集素，然后在细胞间通过来实现转运并观察。": 3, - "olorimetric": 3, - "ead": 3, - "ons": 9, - "anomolar": 3, - "imit": 3, - "unable": 9, - "ange": 9, - "idong": 3, - "eon": 18, - "zyme在有": 3, - "离子的条件下，切割": 3, - "释放了": 3, - "mer": 3, - "的ss": 3, - "能够阻止": 3, - "在高盐条件下的聚集，用这种方式做某种": 3, - "detection？": 3, - "频率编码": 3, - "inetics": 9, - "rsolya": 9, - "hilipp": 36, - "ickels": 18, - "ebastian": 27, - "tehr": 27, - "tein": 27, - "ahipal": 12, - "anji": 12, - "einrich": 15, - "rabmayr": 9, - "chwille": 15, - "ungmanncite": 51, - "对中的结合频次做barcoding": 3, - "证明了频率编码的可行性并实现了种靶标的同时检测": 3, - "在超多分子靶标检测上可能有用，另外这么强的编码空间或许可以考虑应用到存储上": 3, - "方块折纸，docking链数量": 3, - "从文中得知两倍以上的docking位点数目才能造成清晰的结合频率分布差异，这个对于我们后续设计频率索引有重要参考作用。": 3, - "pr": 9, - "hysics": 18, - "anoscience": 12, - "udwig": 9, - "unich": 21, - "ermany": 30, - "从docking链和imager链长短数量上设计实现频率编码。": 3, - "orselen": 9, - "icroparticle": 3, - "exertion": 3, - "immune": 9, - "cell–target": 3, - "aan": 6, - "iguel": 6, - "de": 39, - "esus": 3, - "avak": 3, - "hah": 15, - "ooter": 3, - "organ": 3, - "ulie": 15, - "heriotcite": 3, - "voniezmanna": 3, - "von": 15, - "iezmann": 6, - "oav": 15, - "hechtman": 12, - "oernercite": 15, - "voniezmann": 6, - "exy": 3, - "vonhamiera": 3, - "emocratising": 6, - "eroostic": 3, - "ucas": 6, - "hamier": 3, - "aine": 9, - "ohanna": 9, - "ukkala": 3, - "hristoph": 33, - "rentzel": 3, - "lias": 6, - "ehme": 3, - "erche": 3, - "ara": 3, - "ernándezérez": 3, - "ieta": 3, - "attila": 3, - "leni": 3, - "arinou": 3, - "éamus": 3, - "olden": 3, - "hmet": 3, - "olak": 3, - "rull": 3, - "imliver": 3, - "uchholz": 3, - "artin": 36, - "oïc": 3, - "oyer": 3, - "eterrier": 6, - "ug": 12, - "eilemann": 21, - "uillaume": 9, - "acquemet": 6, - "icardo": 12, - "enriquescite": 6, - "eroosticpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "vonulow": 3, - "cluster": 6, - "determines": 6, - "viscosity": 9, - "dense": 18, - "solutions": 6, - "ören": 3, - "ülow": 3, - "arc": 12, - "iggel": 3, - "inke": 6, - "erhard": 6, - "ummercite": 3, - "proteinpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ignais": 9, - "onnections": 3, - "ffects": 6, - "itochondrial": 6, - "rafficking": 3, - "etabolism": 3, - "omeostasis": 3, - "arieuce": 3, - "ndrés": 6, - "aicedo": 3, - "eanarc": 3, - "rondello": 3, - "orgensencite": 3, - "示意图不错，专门介绍这个概念。": 3, - "ictoria": 9, - "lysosome": 6, - "spread": 6, - "prionlike": 3, - "lysosomes": 6, - "mplications": 6, - "neurodegenerative": 3, - "diseases": 3, - "uiliana": 3, - "oraya": 3, - "jcb": 15, - "ergauwe": 6, - "odification": 6, - "nzyme": 12, - "ctivity": 18, - "ibrational": 45, - "trong": 9, - "oupling": 18, - "ater": 3, - "obrecht": 3, - "noop": 3, - "alaivanan": 3, - "agarajan": 3, - "tef": 3, - "halabney": 3, - "ino": 9, - "hibault": 3, - "hervy": 3, - "arcus": 3, - "eidel": 3, - "loïse": 3, - "evaux": 3, - "ladimir": 21, - "orbeev": 3, - "bbesencite": 3, - "aterpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "atan": 6, - "olumetric": 6, - "serial": 3, - "ultrasectioning": 3, - "reconstruction": 6, - "neural": 6, - "arlan": 3, - "acqueline": 3, - "inehart": 3, - "henghang": 3, - "atsal": 3, - "garwal": 3, - "erry": 9, - "olenso": 6, - "peercite": 3, - "jxpro": 3, - "脑组织超分辨成像的protocol，作图不错。": 3, - "vanee": 6, - "ompleting": 6, - "canvas": 3, - "advances": 3, - "aman": 15, - "ilius": 24, - "hirlmin": 15, - "oocite": 9, - "jtibs": 6, - "canvaspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "andenberg": 6, - "ffect": 18, - "edeckercite": 3, - "accuracypdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "超分辨与探针扩散性": 3, - "这种超分辨成像的原理我不是很清楚，但似乎比较适合细胞成像，然后probe的扩散性是好的feature，从上图来看。": 3, - "hlig": 6, - "onitoring": 6, - "detachment": 6, - "thermoresponsive": 3, - "surfaces": 6, - "atja": 3, - "ischerhoff": 3, - "eanrancois": 3, - "utz": 27, - "ndre": 6, - "aschewsky": 3, - "agnus": 6, - "aeger": 3, - "ndreas": 18, - "ankenau": 3, - "laus": 21, - "uschlcite": 3, - "csmh": 3, - "用看了一下细胞在共聚物修饰的基底面上的": 3, - "过程。": 3, - "uriv": 6, - "ollective": 6, - "eorientations": 6, - "olloids": 6, - "ematic": 3, - "iquid": 3, - "rystal": 3, - "azo": 3, - "rodin": 3, - "ev": 12, - "eiffenrath": 3, - "azarenko": 3, - "avrentovichcite": 3, - "inpdfzoteroopenpdflibraryitems": 9, - "ournier": 12, - "iffusion": 48, - "tensor": 6, - "beyond": 6, - "ensor": 6, - "eyond": 3, - "acquesonald": 3, - "usumu": 3, - "ori": 3, - "eemanscite": 3, - "mrm": 3, - "beyondpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "orelli": 6, - "ontrolled": 12, - "ybridization": 12, - "manuela": 6, - "onica": 3, - "arini": 6, - "abrina": 6, - "almano": 3, - "uca": 9, - "iantanida": 6, - "esare": 3, - "olano": 3, - "lice": 9, - "carpellini": 3, - "azzarino": 3, - "iuseppe": 9, - "irraocite": 3, - "iwari": 9, - "ole": 3, - "iral": 9, - "nfection": 3, - "eurodegenerative": 3, - "isease": 6, - "aibhav": 3, - "aghuram": 3, - "oganti": 3, - "reer": 3, - "ussell": 6, - "nanya": 3, - "harma": 12, - "eepak": 3, - "huklacite": 3, - "fimmu": 3, - "综述了细胞在疾病感染，神经退行性疾病和癌症方面的作用。": 3, - "inevez": 12, - "rackate": 3, - "extensible": 6, - "platform": 27, - "eanves": 6, - "chindelin": 3, - "enevieve": 3, - "oopes": 3, - "eynolds": 3, - "mmanuel": 9, - "aplantine": 3, - "ednarek": 3, - "pencer": 9, - "horte": 6, - "evin": 48, - "liceiricite": 3, - "jymeth": 21, - "iana": 15, - "obotic": 3, - "anobee": 3, - "ctive": 15, - "argeting": 18, - "exuan": 3, - "anjing": 3, - "enyu": 3, - "adfm": 3, - "hubagere": 6, - "cargosorting": 9, - "nupama": 3, - "ohnson": 6, - "ibo": 3, - "oroudi": 3, - "zatt": 3, - "ittman": 3, - "iranjan": 3, - "rinivas": 6, - "amien": 6, - "oods": 3, - "infree": 3, - "ulu": 3, - "scienceaan": 6, - "robotpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "hornburg": 6, - "单细胞模拟": 3, - "undamental": 3, - "behaviors": 3, - "emerge": 3, - "simulations": 3, - "minimal": 6, - "ane": 3, - "ianchi": 3, - "roy": 3, - "rier": 3, - "enjamin": 27, - "yler": 3, - "arnest": 3, - "arcelo": 6, - "elo": 3, - "ataliya": 3, - "afronova": 3, - "áenz": 3, - "ndrás": 3, - "ook": 3, - "ise": 3, - "lyde": 3, - "utchison": 3, - "amilton": 3, - "aida": 3, - "utheychultencite": 3, - "好家伙直接模拟最小的单细胞里边的分子。涉及到非常多的数学，还有生化反应。": 3, - "hiele": 9, - "onfocal": 9, - "luorescenceifetime": 6, - "ominic": 9, - "elmerich": 3, - "azar": 6, - "leksiievets": 6, - "oman": 9, - "sukanov": 6, - "ugenia": 3, - "utkevich": 3, - "auer": 42, - "leksii": 6, - "evskyi": 3, - "nderleincite": 12, - "icroscopypdfzoteroopenpdflibraryitems": 24, - "hal": 9, - "abeling": 18, - "leg": 3, - "ovtun": 3, - "andra": 6, - "osenthalcite": 3, - "llptical": 6, - "eometry": 6, - "ené": 3, - "erhoef": 3, - "euwer": 3, - "ijlstracite": 3, - "acsjpccb": 3, - "uperesolutionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "avakoli": 9, - "orona": 3, - "ipidased": 3, - "itreous": 3, - "harmacokinetic": 3, - "onsiderations": 3, - "hirin": 3, - "tto": 3, - "alevi": 3, - "iina": 3, - "urunen": 3, - "atu": 3, - "ajunen": 3, - "echthild": 3, - "chmitt": 3, - "ehtinen": 3, - "umitaka": 3, - "asaka": 3, - "etteri": 3, - "arkkila": 3, - "oseph": 27, - "dika": 3, - "apani": 3, - "iitala": 3, - "arri": 3, - "lenius": 3, - "rto": 3, - "rtti": 3, - "strid": 6, - "ubrizicite": 3, - "asso": 15, - "anoaint": 3, - "ool": 6, - "tructural": 12, - "lasticity": 6, - "ariana": 12, - "icolas": 18, - "equeux": 3, - "solt": 9, - "enkei": 6, - "alacite": 3, - "ala": 6, - "uper‐oft": 3, - "uper‐lastic": 3, - "obot": 6, - "agnetically": 3, - "riven": 3, - "avigational": 3, - "ocomotion": 3, - "onfined": 6, - "pace": 3, - "ianpu": 3, - "unghwan": 3, - "ubnanometer": 6, - "imagingpdfzoteroopenpdflibraryitems": 18, - "akao": 12, - "结构色": 6, - "olour": 3, - "ontrol": 21, - "erylene‐abeled": 3, - "olymer": 3, - "hains": 6, - "rapped": 3, - "anotextured": 3, - "ilicon": 3, - "yota": 3, - "enta": 3, - "shiro": 3, - "azuki": 6, - "usano": 3, - "en‐ichi": 3, - "uyama": 3, - "atsuya": 3, - "hoji": 3, - "enver": 3, - "inklater": 3, - "lena": 6, - "vanova": 3, - "aulius": 3, - "uodkazis": 3, - "asuyuki": 3, - "suboicite": 3, - "一个表界面结构针对不同底物产生不同颜色的工作。": 3, - "ressuredependent": 6, - "quadruplex": 6, - "ugimotocite": 3, - "structurespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "adeus": 6, - "配准": 3, - "软件": 3, - "imixeri": 3, - "—a": 3, - "versatile": 3, - "tool": 3, - "demixing": 6, - "eorgi": 3, - "ndré": 3, - "ampe": 9, - "chmoranzercite": 6, - "一个软件，可以解决多色分屏同时成像时的通道配准问题": 3, - "winehart": 6, - "eerambert": 3, - "aw": 6, - "winehartcite": 3, - "edp": 3, - "wiatlowska": 9, - "ools": 3, - "studying": 9, - "modulating": 3, - "cardiac": 3, - "muscle": 3, - "mechanics": 3, - "mechanosensing": 3, - "across": 18, - "scales": 3, - "amela": 3, - "skratschcite": 3, - "undah": 6, - "arcoded": 3, - "profiling": 3, - "icholas": 12, - "eok": 3, - "uginia": 3, - "atalia": 6, - "ianguang": 3, - "eet": 3, - "hing": 3, - "ze": 3, - "uilin": 3, - "haocite": 15, - "unbul": 9, - "rhodaminebinding": 6, - "urat": 3, - "ens": 15, - "ackner": 3, - "nnabell": 3, - "nglert": 3, - "acene": 3, - "ranziska": 3, - "rün": 3, - "ienhaus": 9, - "lrich": 12, - "ndres": 6, - "äschkecite": 6, - "fastpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ctivated": 15, - "modes": 9, - "tipenhanced": 6, - "spectroscopy": 54, - "engtao": 3, - "urui": 3, - "ongxing": 3, - "hysev": 3, - "amanpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "tubb": 9, - "luctuationased": 3, - "orce": 33, - "ki": 3, - "itro": 6, - "iihkinen": 3, - "ellyeh": 3, - "amidi": 3, - "amilo": 3, - "uzmán": 3, - "enriques": 6, - "vaskacite": 3, - "trom": 6, - "扩散系数": 3, - "drives": 9, - "heterochromatin": 6, - "domain": 6, - "my": 12, - "melyanov": 3, - "ustafa": 15, - "ir": 6, - "mitry": 3, - "yodorov": 3, - "avier": 12, - "arzacq": 3, - "ary": 6, - "arpencite": 3, - "formationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "蛋白质扩散系数改变，影响相分离过程。": 3, - "tride": 6, - "ntermolecular": 21, - "allin": 3, - "pali": 3, - "ayasooriyacite": 3, - "resonancepdfzoteroopenpdflibraryitems": 9, - "更短的imager和简并设计的靶标序列实现百倍加速的": 3, - "使更加成熟和被广泛应用": 3, - "可以更快地对复杂生物样品进行成像或许可以减少过长时间激光照射造成的样品损伤": 3, - "er": 6, - "cet": 3, - "一轮成像分钟已经很不错了，但是一般实验室很难复现。": 3, - "通过序列简并设计，一个": 3, - "sequence上存在个": 3, - "的结合位点，从而实现，结合各种其它优化累积，比最原始的要百倍快。。": 3, - "ethods": 12, - "aculty": 6, - "traussa": 9, - "odified": 12, - "enable": 12, - "quantitative": 15, - "ilma": 6, - "imenez": 18, - "abinina": 6, - "llenberg": 12, - "hashi": 9, - "ebojsa": 9, - "anjic": 9, - "uantifying": 21, - "absolute": 6, - "aas": 18, - "resolutionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "trahl": 6, - "homologue": 6, - "organizes": 6, - "bacterial": 18, - "enrik": 9, - "rank": 15, - "ürmann": 3, - "eendert": 3, - "amoencite": 3, - "membranepdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "tone": 12, - "hedding": 3, - "lasma": 9, - "helby": 9, - "eatchcite": 3, - "eatch": 3, - "araheatch": 3, - "tommer": 6, - "tubular": 6, - "transport": 9, - "ierre": 6, - "tömmer": 3, - "iefer": 3, - "onemann": 3, - "assimo": 3, - "ube": 3, - "oland": 3, - "etz": 3, - "endrik": 15, - "ietzcite": 9, - "用折纸辅助制造了膜管道结构模型，是个不错的选择。": 3, - "综述": 3, - "life": 3, - "ottanellicite": 3, - "abac": 3, - "简单综述了一下的活细胞和多色成像方面的进展": 3, - "ournal": 3, - "pplied": 3, - "oward": 6, - "bsolute": 6, - "umbers": 6, - "chueler": 3, - "lumhardt": 15, - "tehra": 6, - "单颗粒示踪": 6, - "ulian": 12, - "iederauer": 3, - "ristina": 6, - "anzinger": 3, - "ungmann等发展用于单颗粒示踪。": 3, - "lattop": 6, - "boosts": 9, - "quantification": 3, - "quantificationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "receptors": 9, - "arol": 3, - "urchenko": 3, - "tephen": 9, - "arshall": 3, - "fluorescentpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "peiser": 9, - "rtur": 3, - "ucasaphael": 3, - "üller": 3, - "oess": 6, - "lf": 12, - "atti": 9, - "bara": 3, - "esley": 9, - "egant": 3, - "nna": 30, - "reshuk": 3, - "akob": 6, - "acke": 3, - "uragacite": 3, - "holeell": 6, - "xchangeable": 6, - "luorophores": 3, - "rimm": 6, - "arko": 6, - "eilemanncite": 12, - "luorophorespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "coli": 12, - "nucleoid": 3, - "athilda": 3, - "laesmann": 3, - "nthony": 15, - "yala": 3, - "使用ileed和oechst染料对大肠杆菌做超分辨成像": 3, - "有助于以更高的分辨率了解细菌和核区的相互作用": 3, - "解析细菌耐药性的分子机制": 3, - "大肠杆菌，聚合酶，ileed，oechst": 3, - "别人都看哺乳动物细胞，此文看细菌，虽然也没有多少细节，但是用到的染料和技术体系都非常简单（最原始的，染料结合上特定结构才发光），而且也得到了一些视觉效果还不错的结果。": 3, - "hysical": 6, - "heoretical": 6, - "oetheniversity": 6, - "rankfurt": 6, - "axvonauetr": 3, - "owinski": 9, - "ptimized": 9, - "tefanie": 3, - "uhaatti": 3, - "lakoskela": 3, - "lare": 9, - "olly": 6, - "成像方法的改进。": 3, - "oundaraajan": 6, - "间充质干细胞": 6, - "anotubesediated": 3, - "rotection": 3, - "esenchymal": 6, - "tem": 6, - "pdate": 3, - "reclinical": 3, - "tudies": 9, - "hangavelu": 3, - "oundara": 3, - "ajan": 3, - "gnese": 3, - "ugliandolo": 3, - "lacido": 3, - "ramanti": 3, - "azzoncite": 3, - "ijms": 9, - "间充质干细胞的研究很多啊。": 3, - "oundararajan": 6, - "核酸适配体": 9, - "ucleolin": 3, - "estabilizes": 3, - "icli": 3, - "essenger": 3, - "reast": 6, - "ridharan": 3, - "leanor": 3, - "picer": 3, - "igel": 6, - "ourtenayuck": 3, - "ernandescite": 3, - "不仅能靶向": 3, - "nucleolin": 12, - "蛋白，还能感染乳腺癌细胞中": 3, - "cl": 3, - "基因的m，影响其翻译。": 3, - "ontakke": 6, - "水凝胶": 3, - "rogrammable": 12, - "acroscopic": 3, - "elfssembly": 3, - "ecorated": 3, - "ydrogels": 3, - "yankat": 3, - "ohei": 6, - "okobayashicite": 3, - "在水凝胶表面修饰一层当作特异性的胶水实现所谓的组装，其实挺无聊的。": 3, - "淀粉样蛋白": 3, - "uperiffusion": 3, - "ligomerization": 3, - "ibrillation": 3, - "myloidβ": 3, - "eptide": 9, - "along": 9, - "uhang": 6, - "acsmacrolettc": 3, - "人造的一个": 3, - "的膜管道，看造成老年痴呆的多肽分子在其中的运动。": 3, - "bulk": 9, - "enzyme": 6, - "heterojunctions": 6, - "uwen": 3, - "ekai": 3, - "aijun": 6, - "ianbang": 12, - "withpdfzoteroopenpdflibraryitems": 18, - "ommi": 6, - "微绒毛": 3, - "细胞摄取": 3, - "icrovilli": 3, - "lternative": 3, - "oute": 9, - "nternalization": 3, - "atrizia": 3, - "gostina": 3, - "itali": 3, - "tefania": 3, - "oniglio": 3, - "allegari": 3, - "ofia": 9, - "arbieri": 12, - "lberto": 15, - "asu": 9, - "ndrea": 12, - "alqui": 3, - "orenzo": 33, - "igano’": 3, - "arbara": 6, - "igani": 3, - "ranca": 3, - "errari": 6, - "mberto": 3, - "nselmiamburinicite": 3, - "细胞中很常见的微绒毛也能摄取一些纳米颗粒，这里提出了这样一种基质。注意并不是直接从微绒毛部位，微绒毛的作用看上去更像是捕获，最终还是一个内吞。微绒毛的作用感觉是sensing和摄取一些营养小分子之类的，对微绒毛的研究有时间可以进一步了解一下。": 3, - "ogratedrissi": 15, - "ultiarget": 3, - "igh": 12, - "esolution": 15, - "inimal": 3, - "isplacement": 6, - "rrors": 3, - "hama": 6, - "sbaner": 3, - "ggertartinez": 3, - "nderlein": 3, - "elipe": 9, - "pazocite": 3, - "用nanobody和靶标链偶联对目标分子进行标记": 3, - "减少了普通抗体造成的位阻效应（从nm变成nm）": 3, - "适合对更精细的细胞内分子结构进行成像": 3, - "线粒体，nanobody，高尔基体，染色质，微流控": 3, - "这里也用到了自动化的xchange，看来是一种趋势。另外": 3, - "可能制备上可能有难度且特异性也未必有保障。": 3, - "pazo": 3, - "euro": 3, - "ensory": 3, - "hysiology": 3, - "öttingen": 6, - "shamasograteidrissimedunigoettingende": 3, - "oete": 6, - "数据存储": 3, - "ewritable": 3, - "acromolecular": 3, - "ead‐out": 3, - "atthieu": 18, - "ruycker": 3, - "ilip": 6, - "rezcite": 3, - "用高分子和质谱的方式做存储。": 3, - "hotothermal": 6, - "ransport": 18, - "ntropyandscape": 6, - "lasmonic": 9, - "aveguides": 3, - "ameron": 9, - "nil": 3, - "hilsted": 3, - "edersen": 3, - "omas": 6, - "oungman": 3, - "yrnum": 3, - "icolai": 3, - "ichaelsen": 3, - "odolphe": 15, - "arie": 12, - "nders": 6, - "ristensencite": 3, - "aveguidespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "achineearningased": 6, - "pproach": 12, - "ecode": 6, - "nfluence": 9, - "anomaterial": 3, - "roperties": 3, - "heir": 3, - "nteraction": 6, - "jay": 3, - "ikram": 3, - "omiingh": 3, - "aharjan": 3, - "nurag": 6, - "anase": 3, - "atherina": 3, - "iewert": 3, - "osenkranz": 3, - "ishabh": 3, - "aux": 6, - "uchcite": 3, - "acsamic": 3, - "anomaterialpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "prises": 3, - "immelcite": 6, - "jmolmed": 3, - "imunovic": 6, - "controls": 3, - "curvaturegenerating": 3, - "ijo": 3, - "othcite": 3, - "impson": 3, - "etermining": 9, - "aggregation": 3, - "ordered": 12, - "ndr�": 3, - "impsoncite": 3, - "mrc": 3, - "imeth": 3, - "界面吸附": 6, - "ump": 6, - "acilitates": 3, - "dsorption": 12, - "quilibrium": 6, - "adja": 3, - "imethcite": 3, - "在表面搞了一个所谓的分子pump，可以吸附分子，该过程不可逆。参考文献enga。": 3, - "fish": 3, - "mechanically": 12, - "lock": 6, - "surface。": 3, - "igal": 9, - "超分辨成像": 18, - "突触": 3, - "ynaptic": 6, - "ields": 3, - "eurons": 3, - "peer": 3, - "azen": 3, - "abcock": 3, - "huangcite": 6, - "庄小威对神经元突触的超分辨成像。": 3, - "hrestha": 9, - "tensionprobe": 3, - "nanoswitch": 3, - "calipers": 3, - "rakash": 6, - "oma": 9, - "omov": 6, - "aconald": 3, - "ard": 6, - "ans": 6, - "ergal": 3, - "lisha": 3, - "rieg": 3, - "erkan": 3, - "abi": 3, - "ohnsonuck": 6, - "力学探针": 3, - "hkirman": 6, - "ermitype": 6, - "quasilinear": 6, - "spectra": 6, - "triazatetrabenzoporphine": 3, - "olovyovcite": 3, - "ofpdfzoteroopenpdflibraryitems": 24, - "bacteria": 6, - "用基因编辑的办法把信息存入大肠杆菌中。": 3, - "ul": 6, - "enetics": 6, - "venue": 3, - "ouis": 3, - "asteur": 3, - "assachusetts": 18, - "hin": 21, - "ecrease": 9, - "fluidity": 9, - "induced": 12, - "silicacoated": 3, - "bdurazak": 3, - "man": 3, - "etebo": 3, - "eungah": 3, - "eong": 21, - "haherin": 3, - "asith": 3, - "alachandran": 3, - "anavalan": 3, - "yeon": 9, - "won": 9, - "ungsu": 3, - "wang": 3, - "eecite": 15, - "silicacoatedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "用上图所示的微柱测量细胞的traction": 3, - "变化，发现磁性纳米颗粒能够导致细胞运动能力下降。": 3, - "uantification": 12, - "purified": 6, - "endogenous": 6, - "mis": 6, - "oochul": 3, - "oonseok": 6, - "eesoo": 3, - "hm": 3, - "inseok": 3, - "oomin": 3, - "iyoung": 3, - "herlhyun": 3, - "ioon": 3, - "arry": 6, - "ungchul": 9, - "ohngcite": 6, - "andpdfzoteroopenpdflibraryitems": 33, - "higyou": 6, - "ensionnduced": 3, - "enetration": 3, - "articles": 9, - "iposome": 3, - "agai": 3, - "ma": 3, - "topology": 6, - "pswitched": 6, - "sensing": 6, - "ili": 3, - "nargkx": 6, - "reversiblepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "hepherd": 6, - "rcking": 3, - "stoiiometry": 3, - "simulatin": 3, - "flexible": 3, - "beginnerfriendly": 3, - "program": 3, - "ack": 6, - "iggins": 3, - "ollman": 3, - "eakecite": 3, - "一个单分子racking的基于python的软件包，据称是目前最好的算法，能够在富有挑战性的数据集上取得良好的效果。": 3, - "rom": 18, - "heory": 3, - "iophysical": 6, - "awrence": 6, - "auzin": 3, - "ashad": 3, - "aiyasi": 3, - "enxiao": 3, - "oringo": 3, - "huang": 18, - "hristy": 6, - "andescite": 6, - "heetz": 6, - "membrane–cytoskeleton": 3, - "heetzcite": 3, - "cellpenetrating": 3, - "lexey": 18, - "obin": 9, - "ochstrassercite": 9, - "bih": 3, - "idefield": 6, - "probespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "“imotif”": 6, - "aswinder": 3, - "ahul": 6, - "hhabra": 3, - "hanmughapriya": 9, - "线粒体": 18, - "nter": 3, - "ntracellular": 12, - "mitochondrial": 9, - "health": 3, - "disease": 3, - "anthanam": 3, - "ianne": 3, - "angford": 3, - "alimuthusamy": 3, - "atarajaseenivasancite": 3, - "jarr": 3, - "线粒体是能源供应者，哪里需要去哪里。他的转运和定位还是很重要的。": 3, - "haracterization": 12, - "onto": 6, - "pectroscopy": 24, - "ienhauscite": 6, - "acsaccountsb": 6, - "bypdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "haha": 6, - "arcodes": 15, - "halin": 9, - "bhishek": 6, - "ubey": 9, - "eifcite": 6, - "acssynbiob": 3, - "利用信号闪烁频率差异作为多色条形码": 3, - "给基于单分子定位的超分辨多色成像开辟了一个新的颜色编码维度": 3, - "进一步扩充类超分辨多色成像能力": 3, - "，六螺旋折纸，支持向量机": 3, - "仅利用了短单链": 3, - "imager与靶标链结合动力学差异，频率调制范围有限，而且调制精度较差。不过这个想法别出心裁可以借鉴。": 3, - "ynth": 3, - "iol": 3, - "eif": 3, - "lectrical": 3, - "omputer": 3, - "urham": 3, - "orth": 3, - "arolina": 6, - "ingerprinting": 3, - "ingerprintingpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ezgin": 9, - "easuring": 24, - "rdinc": 3, - "alk": 3, - "ilvia": 12, - "aliani": 3, - "ztok": 3, - "rbančič": 3, - "aithe": 6, - "agerholm": 3, - "ggelingcite": 3, - "iotifuplex": 6, - "unctions": 6, - "eutral": 6, - "srael": 9, - "erranohacón": 3, - "artomeu": 3, - "úria": 3, - "scaja": 3, - "onzálezcite": 3, - "ppdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "egel": 6, - "纳米载体": 3, - "ammalian": 12, - "retroviruslike": 3, - "pseudotyped": 3, - "lake": 9, - "lim": 3, - "adha": 3, - "ergei": 6, - "ekhedov": 3, - "hiannon": 3, - "acrae": 3, - "ugene": 9, - "oonin": 3, - "scienceabg": 3, - "张锋团队之前整出来的一个哺乳动物细胞m递送的纯生物表达的载体。": 3, - "egal": 9, - "ighthroughput": 6, - "aya": 6, - "ntonino": 3, - "ngargiola": 3, - "itan": 3, - "erner": 6, - "angoon": 3, - "hung": 18, - "treets": 3, - "eiss": 12, - "ichaletcite": 3, - "genes": 6, - "machines": 9, - "nanomechanical": 6, - "devices": 18, - "adrian": 3, - "eemancite": 3, - "machinespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "uper‐esolution": 9, - "patial": 18, - "roximity": 9, - "roximity‐": 3, - "uanita": 6, - "ara‐utiérrez": 3, - "andvold": 3, - "eckwith": 3, - "roximity‐pdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "‐arcoded": 6, - "mics": 3, - "duard": 6, - "nterauer": 3, - "pmic": 3, - "micspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "conditions": 3, - "ianca": 6, - "perl": 3, - "arautiérrez": 3, - "eliveau": 3, - "inem": 6, - "aka": 6, - "iroshi": 15, - "asaki": 3, - "结合转盘共聚焦和实现厚样品成像": 3, - "将的成像深度提高到um": 3, - "基本上已经可以对全细胞做超分辨成像了。": 3, - "confocal，，": 3, - "最基础的只能对界面附件的薄薄一层进行成像，使用转盘共聚焦后可以对任意位置进行照明。或许其它照明方式比如光片也是ok的。": 3, - "ec": 6, - "chroeder": 6, - "膜蛋白": 3, - "fibroblast": 3, - "assisted": 3, - "arieena": 3, - "arwardt": 3, - "ahm": 3, - "unqing": 3, - "reund": 3, - "用看细胞表面几种生长因子受体膜蛋白亚型的分布，纯粹是一个方法学的demo。对于我们后面细胞成像实验上更具有参考价值。": 3, - "chroder": 3, - "荧光基团": 3, - "闪烁": 3, - "ow": 3, - "orrelations": 3, - "ultichromophoric": 3, - "chröder": 3, - "chedlbauer": 3, - "upton": 3, - "innefeld": 18, - "ogelsangcite": 3, - "荧光分子会闪烁，如果因为靠得太近发生collective": 3, - "blinking，那么根据光子数来推断分子数目就会出错。此文用": 3, - "来精确控制距离，调控": 3, - "collective": 3, - "blinking，搞清楚了这种影响，并明确了能量的转移效率。": 3, - "chramm": 6, - "romoting": 15, - "ibrations": 18, - "unction": 12, - "nzymes": 6, - "merging": 3, - "xperimental": 9, - "onvergence": 3, - "ern": 3, - "chwartzcite": 15, - "acsbiochemb": 3, - "nzymespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "chlichthaerle": 54, - "nprot": 9, - "chnedermann": 6, - "vidence": 6, - "phasedependent": 6, - "isotope": 6, - "effect": 9, - "photochemistry": 3, - "vision": 3, - "iebel": 9, - "pillane": 3, - "ugtenburg": 3, - "ernández": 3, - "alentini": 3, - "chapiro": 3, - "livucci": 3, - "ukura": 3, - "athiescite": 3, - "photochemistrypdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "nanometerscale": 3, - "microsecondrange": 3, - "common": 3, - "obias": 18, - "eihs": 3, - "urm": 3, - "sabelle": 6, - "ansen": 6, - "asmin": 6, - "ehman": 3, - "teffen": 9, - "ahl": 12, - "tefan": 39, - "ellcite": 9, - "把做的更简单，这个": 3, - "的分辨率确实是厉害，然后还用到了这些组件，能够主动调整xyz实时追踪单颗粒，感觉这个器件以后都要成为标配了。": 3, - "细胞力学": 24, - "sensors": 6, - "aroline": 6, - "indner": 3, - "非常简单的发夹形cell": 3, - "probe，用超分辨的方式测量作用力。": 3, - "chlichthaerlea": 6, - "acterially": 6, - "erived": 6, - "ntibody": 12, - "inders": 6, - "mall": 9, - "dapters": 6, - "‐": 18, - "imbu": 3, - "cbic": 12, - "uclear": 6, - "enetically‐ncoded": 3, - "ijmeijer": 3, - "oritz": 3, - "ueblbeck": 3, - "ervis": 3, - "hevathasan": 3, - "singpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "itepecific": 6, - "ffimers": 6, - "lexandra": 9, - "iede": 6, - "listair": 6, - "urd": 15, - "eckham": 3, - "omlinson": 3, - "chermelleh": 9, - "demystified": 3, - "othar": 3, - "lexia": 3, - "errand": 3, - "ggeling": 6, - "liver": 12, - "iehlmaier": 3, - "regor": 6, - "rummencite": 3, - "demystifiedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "checkenbach": 18, - "elf‐egeneration": 6, - "elf‐ealing": 6, - "om": 18, - "chubert": 3, - "arsten": 12, - "orthmann": 6, - "anostructurespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "nanorulers": 3, - "reference": 6, - "axton": 6, - "ingleparticle": 9, - "coefficients": 6, - "axtoncite": 3, - "axena": 12, - "agnesium": 6, - "crowding": 6, - "cosolutes": 6, - "physiological": 3, - "arika": 3, - "avita": 3, - "oshi": 6, - "hankaraswamy": 3, - "hikhar": 3, - "yagi": 3, - "hrikant": 3, - "ukreticite": 3, - "bip": 6, - "imotifpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ukaryotes": 3, - "ukaryotespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "andbook": 15, - "ensembles": 3, - "ohan": 15, - "ofkens": 3, - "aotome": 6, - "activated": 9, - "iezo": 21, - "wetha": 3, - "urthy": 3, - "efauver": 3, - "ess": 9, - "hitwam": 3, - "atapoutian": 6, - "ardcite": 3, - "iezopdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "细胞成像": 6, - "akobscite": 3, - "nrm": 9, - "biologypdfzoteroopenpdflibraryitems": 9, - "细胞超分辨成像领域综述": 3, - "非常重要且全面的综述，可以说年以前的主要工作看这个就行了ahl，推荐给师弟，让他们逐字逐句地精读。⭐": 3, - "aha": 18, - "mediate": 3, - "anmoy": 3, - "hinmayee": 3, - "uparoshni": 3, - "ayabalan": 3, - "achin": 3, - "histe": 3, - "ulkarni": 6, - "urmi": 3, - "ayanta": 3, - "ondal": 3, - "radip": 3, - "ajumder": 3, - "ditya": 6, - "ardia": 3, - "hiladitya": 3, - "enguptacite": 3, - "癌细胞通过纳米管通道窃取免疫细胞的线粒体。": 3, - "癌细胞能够从免疫细胞中窃取线粒体，通过胞间连丝这种通道。这可能是一种重要的免疫逃逸的方式。": 3, - "egatively": 3, - "harged": 3, - "ipid": 9, - "ilayers": 3, - "uffer": 3, - "smotic": 3, - "ressure": 6, - "amiron": 6, - "umar": 12, - "ayed": 3, - "lam": 3, - "hibly": 3, - "asahito": 6, - "amazakicite": 6, - "acsjpcbc": 3, - "abass": 9, - "omputational": 12, - "dvances": 9, - "enedikt": 12, - "argaret": 3, - "ardel": 3, - "aterman": 3, - "chwarzcite": 3, - "biophysj": 6, - "ustom": 9, - "anotubular": 3, - "ighways": 3, - "rganelle": 3, - "ainer": 6, - "affrich": 3, - "vanka": 3, - "arkovic": 3, - "alther": 6, - "ansermann": 3, - "erdescite": 3, - "最早提出概念的文章。": 3, - "udyak": 12, - "ependence": 6, - "nanofluids": 3, - "rasnolutskiicite": 3, - "jphysleta": 3, - "simulation": 6, - "fluids": 9, - "alery": 3, - "rasnolutskii": 3, - "vanovcite": 3, - "xploring": 6, - "urface–anopillar": 6, - "nteractions": 30, - "nish": 3, - "einab": 3, - "ahed": 3, - "hinging": 3, - "sai": 6, - "ianxiao": 3, - "纳米柱看细胞内吞的超分辨成像": 3, - "这也是一种": 3, - "成像方式，但是超分辨的引入带来了什么，似乎说能够对蛋白的clathrin内吞过程有了新的了解。": 3, - "ohng": 3, - "aekjip": 6, - "acite": 6, - "ogers": 12, - "nusual": 6, - "sothermal": 6, - "ysteresis": 6, - "ransitions": 3, - "tudy": 15, - "romoter": 3, - "equence": 3, - "leming": 3, - "ynthia": 3, - "urrowscite": 3, - "ransitionspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "odgers": 6, - "means": 6, - "hydrogenbonding": 6, - "infrared": 3, - "achel": 15, - "baskharon": 3, - "ianxin": 6, - "enkai": 3, - "twopdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "igler": 15, - "udolf": 6, - "lliot": 12, - "lsoncite": 6, - "spectroscopypdfzoteroopenpdflibraryitems": 12, - "modular": 3, - "iescite": 9, - "大佬开源的一个基于matlab的超分辨成像数据分析工具包。": 3, - "自相关": 3, - "bies": 3, - "iera": 12, - "glycan–lectin": 3, - "lyco": 3, - "oger": 6, - "ogervorst": 3, - "oelman": 3, - "ujals": 9, - "vangelia": 3, - "olli": 3, - "eroen": 3, - "odée": 3, - "ander": 3, - "asteren": 3, - "lbertazzicite": 9, - "xciton": 6, - "bsorption": 6, - "uminescence": 6, - "akhar": 3, - "vgeny": 3, - "horoshilov": 3, - "ndrey": 18, - "harkov": 3, - "omogaev": 3, - "uglak": 3, - "arnovsky": 3, - "lexei": 6, - "ononovcite": 3, - "einkemeier": 6, - "人工细胞器": 3, - "filmlike": 3, - "eukaryotic": 3, - "translation": 3, - "emkecite": 6, - "不同于以往简单的弄几个基因去表达翻译，这里设计了一个基于膜的翻译系统，可以理解为人工细胞器整体弄到细胞里面实现功能。": 3, - "angamani": 6, - "roteinnduced": 3, - "urvature": 3, - "lters": 3, - "admini": 3, - "ranthi": 3, - "andadap": 3, - "stercite": 3, - "uilding": 6, - "amid": 3, - "moleculespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "大佬给": 3, - "achine写的综述，介绍了年以前主要的进展": 3, - "ajwar": 6, - "anodevices": 6, - "rogram": 6, - "njali": 3, - "inod": 3, - "orya": 3, - "umit": 3, - "harbanda": 3, - "hiraj": 3, - "hatiacite": 3, - "一篇综述介绍纳米技术在细胞膜上的应用和进展，不错，跟我研究领域算是高度契合的。": 3, - "afiq": 6, - "initrogen": 6, - "erpyridineolybdenum": 6, - "hromophore": 6, - "witched": 6, - "esonance": 15, - "hahnawaz": 3, - "áté": 3, - "ezdek": 3, - "hirik": 3, - "cholescite": 3, - "jchempr": 9, - "hifting": 3, - "plasmonic": 18, - "coupling": 9, - "mirage": 3, - "ario": 12, - "ernando": 12, - "tefani": 12, - "edro": 12, - "纳米金会对荧光造成一些影响。": 3, - "ürgen": 3, - "chmied": 3, - "ja": 6, - "usuk": 3, - "cphc": 6, - "uinodoz": 6, - "染色质": 3, - "promotes": 3, - "compartments": 3, - "nucleus": 6, - "oanna": 9, - "achowicz": 3, - "rashant": 6, - "llikainen": 3, - "bhik": 3, - "anerjee": 6, - "sabel": 9, - "oronzy": 3, - "lanco": 3, - "hovanec": 3, - "olanda": 6, - "arkaki": 3, - "asmine": 3, - "athrin": 6, - "lath": 3, - "itchell": 3, - "uttmancite": 3, - "非常基础的研究，促进了细胞核内的空间区域分区形成。": 3, - "ramework‐ngineered": 3, - "ong‐ange": 3, - "lectrostatic": 6, - "eactions": 6, - "heze": 3, - "ichi": 3, - "ianlei": 6, - "荧光探针": 3, - "hole‐cell": 3, - "ysosomes": 6, - "ong‐term": 3, - "anoscopy": 6, - "inglong": 3, - "iangning": 3, - "haowei": 3, - "enting": 6, - "iaogang": 3, - "haochao": 3, - "响应p的荧光分子探针可以用于溶酶体的超分辨示踪，ms每帧连续拍分钟没问题。": 3, - "拉曼成像": 3, - "膨胀显微": 3, - "henxi": 6, - "inhong": 3, - "iajun": 3, - "无标记膨胀成像": 3, - "解决较厚组织成像中荧光淬灭和探针扩散难的问题，分辨率可达nm": 3, - "在血管组织脑组织成像中有用": 3, - "膨胀显微，无标记成像，人工智能": 3, - "现在不少无标记成像的工作会跟深度学习结合起来，因为原位的荧光标记就是天然的标签，无标记成像的结果就是数据": 3, - "用到了": 3, - "expansion，以及": 3, - "imaging（拉曼成像），使得在比较大的组织样品中的成像进入超分辨领域。": 3, - "ivision": 3, - "hemical": 12, - "alifornia": 3, - "echnology": 21, - "asadena": 3, - "acile": 18, - "neot": 6, - "uminescent": 6, - "ateroluble": 6, - "lutathioneoated": 3, - "anocrystals": 6, - "uifeng": 3, - "haoqing": 3, - "ifang": 3, - "icun": 3, - "encite": 3, - "iocompatiblepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "rokhorenko": 6, - "ligonucleotide": 6, - "onjugates": 9, - "gor": 6, - "ioubankova": 3, - "orshuncite": 3, - "edpdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - 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"实现同屏同时多色成像": 3, - "可以支持更大的成像视野": 3, - "点扩散函数，分屏器，phase": 3, - "mask": 6, - "通过增加phase": 3, - "mask对不同通道的发射荧光的进行变形，与imber工作相比虽然硬件复杂了一点，但是所有信号可以打在同一个屏幕，视野更大，而且没有多通道配准的后续数据分析难题。": 3, - "ussel": 3, - "errie": 3, - "anotechnology": 3, - "iomedical": 3, - "echnion": 3, - "aifa": 3, - "inonen": 6, - "神经网络": 3, - "原子力显微镜": 3, - "iscovery": 6, - "tomic": 6, - "iko": 3, - "lldritt": 3, - "ilippo": 6, - "ederici": 3, - "anova": 3, - "edor": 3, - "rtev": 3, - "huning": 3, - "ndřej": 3, - "rejčí": 3, - "uho": 3, - "annala": 3, - "iljeroth": 3, - "ostercite": 3, - "借助卷积神经网络从图像中解析出电场信息。": 3, - "peptideprotein": 3, - "urran": 6, - "idden": 3, - "olyoake": 3, - "wen": 3, - "antelberg": 3, - "imon": 27, - "ochrie": 6, - "athew": 9, - "orrocks": 9, - "ynne": 6, - "egancite": 6, - "usingpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "brush": 3, - "super‐resolution": 3, - "artists": 3, - "pro": 3, - "proteinspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "uti": 6, - "抗菌肽": 3, - "ell‐ree": 3, - "creen": 3, - "ntimicrobial": 3, - 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"在xchange置换mager时引入uencher": 3, - "直接淬灭掉游离mager以实现对于较厚样品（不利于imager稀释扩散）比如细胞内的快速的exchange": 3, - "过程会更有效率，特别是较厚且不通透的样品适用": 3, - "quencher，细胞，组织": 3, - "quencher的用量、淬灭效率和成本也是值得考虑的。": 3, - "ssociating": 6, - "envelope": 6, - "glycoprotein": 6, - "states": 12, - "virus": 6, - "aolin": 3, - "iaochu": 3, - "astilloenendez": 3, - "orman": 3, - "irmin": 3, - "lsahafi": 3, - "tz": 3, - "rmel": 3, - "hambers": 3, - "aoshan": 3, - "ongqing": 3, - "eichard": 3, - "rover": 12, - "rennan": 3, - "arman": 3, - "ardner": 3, - "ikićpiegel": 3, - "kihiro": 3, - "ugawara": 3, - "rthos": 3, - "emke": 6, - "arzan": 3, - "brams": 3, - "unro": 3, - "drian": 12, - "cermott": 3, - "inzi": 3, - "wong": 3, - "lanchard": 15, - "odroski": 3, - "othescite": 3, - "viruspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "癌细胞": 6, - "ubes": 3, - "lucidates": 3, - "umors": 3, - "mil": 3, - "epideh": 3, - "holami": 3, - "evgeniy": 3, - "omin": 3, - "enugopal": 3, - "hayanithy": 3, - "ujisawa": 3, - "nider": 3, - "esir": 3, - "teer": 3, - "ubbaya": 3, - "ubramanian": 3, - "atia": 3, - "anovaodorova": 3, - "alcolm": 3, - "oorecite": 3, - "jtrecan": 3, - "癌细胞伸出的这些": 3, - "tube，很丰富啊。注意": 3, - "的区别。": 3, - "luoresceintabilized": 6, - "nfolding": 6, - "eading": 9, - "tronger": 3, - "ffinity": 3, - "nand": 3, - "iwu": 3, - "hicheng": 3, - "uewen": 3, - "trongerpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "微阵列": 3, - "药物递送": 6, - "olypyrroleilicon": 3, - "anowire": 3, - "ava": 3, - "oceracite": 3, - "微阵列或许也是不错的delivery？但有些细胞可能不喜欢这种表面。": 3, - "iud": 6, - "nanodevicebased": 3, - "vaccine": 3, - "immunotherapy": 3, - "uanning": 6, - "ianbing": 6, - "inlong": 6, - "uangjun": 12, - "iub": 12, - "neuroanatomical": 6, - "basis": 6, - "electroacupuncture": 6, - "vagal–adrenal": 6, - "henbin": 3, - "hifu": 3, - "angshuai": 3, - "ingzhou": 3, - "anqing": 3, - "iufu": 3, - "axispdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "iua": 6, - "integrity": 6, - "affects": 6, - "biomimetic": 3, - "izhi": 6, - "ariaiola": 3, - "artikainen": 3, - "årlund": 3, - "arjut": 3, - 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"eifer": 3, - "evner": 3, - "纳米尺度的六螺旋条形码": 3, - "提升了荧光条形码的多色成像编码能力": 3, - "多色荧光标记探针？信息编码可能更有前途。": 3, - "六螺旋折纸，酵母": 3, - "在整根六螺旋上设计纳米尺度排布的靶点，利用其排列组合制作荧光条形码，得用才能读取。优点还是位点容易设计，缺点是这整个六螺旋作为标记可能太大了。": 3, - "尹鹏组早期用六螺旋做的barcode工作。博后阶段相关工作高度借鉴。": 3, - "文献精读": 3, - "主要侧重于实验设计和方法方面的学习，这篇文章的亮点什么的其实很简单。": 3, - "nm的六螺旋": 3, - "感觉提升分辨率没有延长六螺旋来得简单，所以我想试一下能否做一个": 3, - "nm的六螺旋。": 3, - "其实就是两个": 3, - "的六螺旋连接到一块的": 3, - "总共用了个biotin修饰延伸链，而且两端都有": 3, - "一个位点伸出": 3, - "条延伸链，占据xbp长度，大概nm": 3, - "这种六螺旋的柔性会更加明显，存在所谓的random": 3, - "thermal": 9, - "bending": 3, - "弯曲角度大于度的结构超过": 3, - "这个设计可以找人帮忙，但前提是我们这个工作确实值得做，而且能发大文章。但是为啥此文并不用这个来做超分辨的样品，也是耐人寻味的。通读了一下发现，人家可能是要发到别的文章中去，比如": 3, - "metafluorophore，详见oehrstein。": 3, - "我在想所谓的技术编码的多色工作oehrstein，这三个颜色的通道的强度调节，其实本质上就是频率调节。我一直认为频率编码是具有": 3, - "novelty，其实也未必。不过话说回来，频率编码作为索引，也许真的可以把这么多barcode": 3, - "存储的信息给编码出来。": 3, - "ynamism": 6, - "upramolecular": 9, - "anoarchitectonics": 3, - "nterlocked": 3, - "achines": 6, - "ingguo": 3, - "iaxuan": 3, - "akoto": 3, - "omiyama": 3, - "atsuhiko": 3, - "rigacite": 3, - "bcsj": 3, - "anoarchitectonicspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "odulation": 6, - "ntry": 3, - "athways": 3, - "ib": 15, - "四面体": 12, - "nterference": 3, - "ujie": 3, - "iwen": 3, - "achuan": 3, - "这个是在细胞里边动态组装纳米结构实现对线粒体的作用。": 3, - "酶级联": 3, - "ated": 3, - "ransient": 15, - "issipative": 3, - "imerization": 3, - "etrahedra": 3, - "rogrammed": 3, - "zymes": 3, - "hixin": 3, - "’agan": 3, - "tamar": 3, - "illnercite": 3, - "王建榜师兄参与的酶级联的工作。": 3, - "stigmatic": 3, - "uw": 9, - "olinork": 24, - "iliana": 9, - "ousef": 6, - "avanmardi": 6, - "uting": 6, - "seniya": 6, - "orobchevskaya": 6, - "mad": 9, - "oeendarbary": 9, - "ritzschecite": 9, - "nanodevice": 12, - "tumour": 3, - "immunity": 3, - "对ui工作的评论文章。": 3, - "ic": 9, - "shearing": 3, - "visualizing": 3, - "strong": 3, - "ongyun": 3, - "uru": 3, - "engxiang": 3, - "inghua": 3, - "enxu": 3, - "iyu": 3, - "非常丰富的": 3, - "设计。": 3, - "暗场成像": 6, - "fullcolor": 6, - "printing": 6, - "transparent": 6, - "ink": 3, - "aixuan": 3, - "ongyu": 3, - "ailong": 3, - "uizeng": 3, - "intao": 3, - "iaoyu": 3, - "ingzhu": 3, - "anlin": 3, - "sciadvabh": 3, - "inkpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "利用结构光来呈现不同的颜色，但是要用暗场显微镜看。": 3, - "半个小时把小组会搞好（小组会谢晓冬pptx）": 3, - "alking": 3, - "rive": 3, - "iahui": 3, - "ongda": 3, - "ongui": 3, - "iecite": 6, - "ensors": 6, - "rameworkridged": 3, - "engqin": 3, - "anotherapeutic": 3, - "asculature": 3, - "ifu": 3, - "hunzhi": 3, - "uping": 9, - "iangliang": 6, - "utomatic": 6, - "classification": 6, - "traces": 3, - "ieming": 3, - "eyou": 3, - "ils": 6, - "altercite": 3, - "timepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ellembranenchored": 3, - "anoplatform": 3, - "anyu": 3, - "iaojing": 3, - "ueyu": 3, - "responsive": 6, - "ishun": 3, - "hiyao": 3, - "himing": 3, - "uanjun": 3, - "eilei": 3, - "nanorobot": 3, - "trigger": 3, - "anhua": 3, - "nderson": 3, - "uangbiao": 3, - "uliang": 21, - "icronanorobots": 3, - "biomedicine": 3, - "surgery": 6, - "detoxification": 3, - "inxing": 3, - 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"ruun": 3, - "ayere": 3, - "aebnia": 3, - "lireza": 3, - "olatshahiirouz": 3, - "ebitz": 3, - "riksen": 3, - "laudia": 3, - "jorringgaard": 3, - "asper": 6, - "ristensen": 6, - "anna": 6, - "ichmann": 3, - "iels": 3, - "ent": 3, - "nnathrin": 3, - "undler": 3, - "adan": 3, - "arhamifar": 3, - "rquhart": 3, - "rjen": 3, - "eller": 6, - "ortensen": 6, - "lyvbjerg": 3, - "ndresencite": 3, - "dcba": 3, - "anzano": 6, - "easurement": 6, - "interior": 6, - "anzanò": 3, - "cipioni": 3, - "elody": 3, - "ona": 6, - "aolo": 6, - "ianchini": 3, - "anieri": 3, - "izzarri": 3, - "rancesco": 12, - "ardarelli": 3, - "iaspro": 9, - "icidominicite": 6, - "livingpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "annes": 9, - "uning": 6, - "ligonucleotides": 3, - "aheli": 3, - "alder": 3, - "amuna": 18, - "rishnan": 12, - "arald": 6, - "chwalbecite": 3, - "ligonucleotidespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "组装": 3, - "ibson": 3, - "achary": 6, - "rbach": 3, - "ric": 18, - "oth": 3, - "eigand": 3, - "had": 6, - "irkincite": 3, - "利用组装不同的金属纳米颗粒，最近两年irkin这样的工作不少。": 3, - "akowicz": 6, - "akowiczcite": 3, - "acroix": 15, - "pportunities": 3, - "urélie": 3, - "anadi": 3, - "leimancite": 3, - "achuer": 6, - "exocytosis": 3, - "patiotemporal": 6, - "arameters": 3, - "icropatterned": 3, - "ugo": 3, - "allavi": 3, - "athur": 6, - "leakley": 3, - "ristine": 3, - "chauercite": 3, - "用研究细胞的外分泌过程。": 3, - "uzyk": 18, - "anophotonics": 3, - "nton": 15, - "acsphotonicsb": 3, - "anophotonicspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "lightdriven": 6, - "nanosystem": 6, - "translates": 6, - "chiroptical": 3, - "angyang": 3, - "iaoyang": 3, - "toll": 3, - "ovorov": 3, - "ugiyama": 3, - "molecularpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "uzmenko": 6, - "targeting": 9, - "rgonaute": 6, - "nuclease": 3, - "nastasiya": 3, - "guienko": 3, - "syunina": 3, - "udin": 3, - "ayya": 3, - "etrova": 3, - "lina": 3, - "udinova": 3, - "lga": 3, - "aslova": 3, - "inova": 3, - "yazansky": 3, - "ravin": 3, - "ulbachinskiycite": 3, - "nucleasepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - 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"有助于解析更为精细复杂的亚细胞结构": 3, - "，神经元，突触": 3, - "个小时拍完色的细胞多色超分辨，虽然是自动的但也还是有点慢。": 3, - "ar": 15, - "uner": 3, - "euroanatomy": 3, - "natomy": 3, - "eidelberg": 9, - "euenheimer": 3, - "uadruplex": 6, - "nterdependent": 6, - "upesh": 3, - "hikhale": 3, - "ouven": 3, - "ristian": 3, - "eña": 3, - "hrist": 3, - "urley": 3, - "aller": 3, - "waminathan": 3, - "yer": 3, - "umanpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ima": 3, - "飞行器": 3, - "electronic": 6, - "microfliers": 6, - "winddispersed": 6, - "seeds": 3, - "inae": 3, - "okyung": 3, - "ueju": 3, - "haoqian": 3, - "ongoon": 3, - "eumbee": 3, - "yuck": 3, - "eo": 6, - "echan": 3, - "uyun": 3, - "eonha": 3, - "oom": 3, - "rasopsukh": 3, - "ongjoon": 3, - "inge": 3, - "audel": 3, - "aiwen": 6, - "onglie": 3, - "iwoong": 3, - "oong": 3, - "eonardo": 3, - "hamorro": 3, - "ihui": 3, - "ogerscite": 3, - "seedspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "通过结构设计优化实现的目前最小的无动力飞行器，之前小组会上分享过，而且自己重新构思论文框架的时候也是重点借鉴的文章。⭐": 3, - "ultiple": 12, - "irtual": 6, - "ignals": 6, - "yunwoo": 3, - "awoong": 3, - "aeoung": 3, - "计算": 3, - "anoparticlebased": 3, - "ungi": 3, - "amjun": 3, - "inyoung": 3, - "eongun": 3, - "eungsang": 3, - "ha": 3, - "wain": 6, - "amcite": 3, - "sciadvabb": 3, - "!戴哲泽周小结pptx": 3, - "hezria": 6, - "etalrganic": 3, - "anoicroillimeterized": 3, - "elfropelled": 3, - "ahareh": 3, - "hezri": 3, - "umeracite": 3, - "harazmi": 6, - "explicit": 6, - "solvent": 6, - "ikolai": 3, - "riezjevcite": 3, - "solventpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "hara": 6, - "bipedal": 9, - "motor": 12, - "walking": 6, - "theoretical": 3, - "dependency": 3, - "inesh": 3, - "chreck": 3, - "erger": 3, - "uldridge": 3, - "yal": 3, - "ircite": 3, - "dynamicspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "erkhoff": 9, - "refinement": 3, - "annic": 3, - "tephan": 15, - "lockcite": 3, - "empter": 9, - "embranessisted": 3, - "topando": 3, - "hmelinskaia": 3, - "iedl": 6, - "aecite": 3, - "ebschull": 9, - "lineage": 3, - "tracing": 3, - "screening": 6, - "ustus": 3, - "adorcite": 3, - "介绍细胞条形码技术的综述，主要是把特定序列整合到基因组中。": 3, - "ato": 9, - "akayuki": 3, - "oodman": 12, - "rben": 3, - "ambacite": 3, - "nln": 3, - "unihiko": 3, - "anekocite": 3, - "ifepdf": 3, - "amber": 6, - "screens": 3, - "regulators": 3, - "phagocytosis": 3, - "oarke": 3, - "oko": 3, - "ishiga": 3, - "hek": 3, - "orton": 3, - "llison": 9, - "anuelos": 3, - "mira": 3, - "arkal": 3, - "encesatalán": 3, - "ingxin": 3, - "ernandez": 6, - "ose": 15, - "eoane": 3, - "ijie": 3, - "aitlyn": 3, - "pees": 3, - "urtis": 3, - "ivnat": 3, - "erbyrnon": 3, - "eissman": 3, - "age": 6, - "assikcite": 3, - "alhor": 12, - "ali": 3, - "介绍了如何使用技术给细胞做barcode。这种细胞条形码在生物学研究还是很有用的。ebschull": 3, - "eb": 3, - "aksonen": 6, - "echanisms": 6, - "urélien": 6, - "ouxcite": 6, - "endocytosispdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "abbani": 15, - "ending": 3, - "bir": 9, - "ellycite": 3, - "hristopherabbani": 3, - "uantitative": 18, - "q": 3, - "eiger": 3, - "vital": 3, - "qpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "在基础上原位漂洗置换实现多色成像": 3, - "释放了的超分辨多色成像能力": 3, - "有什么潜力和启发": 3, - "呈现丰富多彩的亚细胞超微结构，或者体外用于信息读取？": 3, - "什么要素，技术，体系？": 3, - "折纸，，单分子荧光，线粒体，微管，抗体标记": 3, - "主要目标和结论": 3, - "如何做多色成像？需要多轮漂洗置换，一轮只能成一种颜色。优点是可以成像颜色很多（种以上），缺点是成像速度太慢。": 3, - "对细胞内的一些分子做多轮的成像，从而实现多色。或者都可以，但是感觉的成像质量更高。毕竟照明厚度也得有": 3, - "nm，一些非特异性结合的点如果能够在z轴上加以区分，或许会更好。": 3, - "teinhauer": 3, - "cheible": 3, - "nlw": 3, - "traverses": 6, - "microparticle": 6, - "llingtoncite": 3, - "surfacepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "enzophenoxazinebased": 6, - "iney": 3, - "urgesscite": 3, - "jtet": 3, - "biomoleculespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "oaquioaqui": 6, - "etallointercalators": 3, - "etrahedron": 3, - "elfssemblies": 3, - "ncreased": 3, - "erum": 3, - "tability": 3, - "axwell": 3, - "andapati": 3, - "amakrishnam": 3, - "aju": 3, - "riti": 3, - "rivastava": 3, - "angwei": 6, - "dgar": 6, - "rriaga": 3, - "alérie": 3, - "ierrecite": 3, - "四面体螯合了金属离子增加了在血清中的稳定性。": 3, - "etina‐nspired": 3, - "olor‐ognitive": 3, - "hromatically": 3, - "ontrollable": 3, - "ixed": 3, - "ransistor": 3, - 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"heri": 6, - "ilcox": 6, - "elinas": 3, - "airdcite": 3, - "bec": 3, - "生物矿化": 3, - "细胞储存": 3, - "nzymatic": 3, - "reservation": 3, - "iomineralized": 3, - "hahrouz": 3, - "mini": 3, - "acob": 3, - "ngudi": 3, - "gola": 3, - "iangfan": 3, - "ranco": 3, - "chraf": 3, - "oureddine": 3, - "iserez": 3, - "rinkercite": 3, - "用无定形硅方法对整个细胞进行矿化以实现长期储存功能。这个小领域有点另类，但相关工作也逐渐多起来了。": 3, - "神经元突触": 3, - "diffusible": 3, - "yuaning": 6, - "emi": 6, - "eneziano": 3, - "ordonov": 3, - "anielson": 3, - "erez": 3, - "rce": 3, - "ulesa": 3, - "ikehristian": 3, - "amhoff": 3, - "lainey": 3, - "ottrell": 3, - "athecite": 3, - "用xchange新技术对神经元突触进行成像分析": 3, - "能同时分析大量突触亚型结构和不同种类的蛋白分子标记": 3, - "增加对蛋白分子分布与突触功能之间关联的了解": 3, - "神经元突触，抗体偶联": 3, - "研究了大量神经元突触上的蛋白分子，在抗体偶联上以及xchange有非常丰富的经验可借鉴。": 3, - "athe": 3, - "iological": 9, - "ambridge": 3, - "分子扩散": 3, - "elman": 3, - "ruebelecite": 3, - "蛋白质的扩散系数会受到细胞内很多条件影响，比如分子伴侣。这个参数跟相分离过程也有很大关系uotrom。": 3, - "haotropic": 6, - "erturbation": 6, - "oncovalent": 6, - "emagglutinin": 6, - "ag": 6, - "onoclonal": 3, - "ragment": 3, - "ensus": 3, - "irushi": 3, - "angika": 3, - "unaweera": 3, - "agpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "用氰化钾处理，导致抗体跟细胞靶蛋白的dissociation": 3, - "上升，从而造成的效果，这个想法不错，但是手法太过于粗暴，然后效果我觉得也一般": 3, - "roves": 3, - "complement": 6, - "exclusion": 6, - "oligosaccharide": 3, - "rovescite": 3, - "glycobcwh": 3, - "chromatographypdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "inni": 3, - "ohrman": 3, - "afael": 6, - "iestuncite": 3, - "ddressability": 3, - "efects": 3, - "lton": 6, - "raugnard": 6, - "用和连用，拍得很好看，但是最后只是统计了一下，发现所谓的docking位点的可及性，是staple依然incorporated，但是就是": 3, - "inactive。他们通过": 3, - "照射的方式，分别增加和减少了这种可及性。这是一个小工作该有的样子。是写作值得学习的": 3, - "注意illiam": 3, - "ughes也是": 3, - "d（和信息存储）工作ickinson的通讯。": 3, - "rashoff": 12, - "vinculin": 6, - "renton": 3, - "offman": 6, - "renner": 3, - "uobo": 3, - "cean": 3, - "ligar": 3, - "focalpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ouda": 9, - "anthraquinone": 6, - "monomers": 3, - "laa": 3, - "ahasen": 3, - "mine": 3, - "edersencite": 3, - "monomerspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "巨噬细胞": 3, - "acrophage": 3, - "polarization": 3, - "impacts": 3, - "aphade": 3, - "eisha": 3, - "herquicite": 3, - "巨噬细胞纳米管的形成还受到极化状态影响": 3, - "repare": 3, - "ligonucleotideonjugated": 3, - "ultiplex": 3, - "aibiao": 3, - "lona": 3, - "olcomb": 3, - "oi": 3, - "ajonis": 3, - "nger": 3, - "amesh": 3, - "amakrishnancite": 3, - "acsbioconjchemb": 9, - "做连接抗体的工作，可作为目前实验的参考。": 3, - "ómezarcía": 6, - "arbacik": 3, - "tterstrom": 3, - "arciaarajo": 3, - "akadamyalicite": 3, - "调制激光波长实现多色": 3, - "可以同时超分辨多色成像": 3, - "可以实时观测多个靶标的动态相互作用": 3, - "激光频率编码，notch": 3, - "filter，machine": 3, - "learning，fft": 3, - "这种策略适用于所有，但是硬件和数据分析上难度很高，可能需要非常好的状态才能做出实验结果。": 3, - "nstitut": 3, - "iencies": 3, - "otoniques": 3, - "arcelona": 12, - "astelldefels": 3, - "pain": 6, - "ptamerased": 3, - "roteomic": 3, - "iomarker": 3, - "eborah": 3, - "yers": 3, - "ertino": 3, - "ock": 6, - "shley": 9, - "rody": 3, - "alby": 3, - "aton": 3, - "itzwater": 3, - "lather": 3, - "orbes": 3, - "rudi": 3, - "oreman": 3, - "harat": 3, - "awande": 3, - "eredith": 3, - "agda": 3, - "unn": 3, - "ennis": 6, - "alladay": 3, - "eil": 6, - "eilig": 3, - "icke": 3, - "usar": 3, - "ennings": 3, - "valdas": 3, - "atilius": 3, - "eeney": 3, - "ancy": 3, - "ad": 3, - "raemer": 3, - "roiss": 3, - "gan": 3, - "evine": 3, - "indsey": 3, - "ridget": 3, - "ollo": 3, - "ayfield": 3, - "ehan": 3, - "ehler": 3, - "ally": 6, - "elson": 12, - "ieuwlandt": 3, - "alti": 3, - "ikrad": 3, - "rs": 3, - "chsner": 3, - "stroff": 3, - "att": 6, - "tis": 3, - "ietrasiewicz": 3, - "esnicow": 3, - "ohloff": 3, - "lenn": 9, - "anders": 3, - "attin": 3, - "ritta": 6, - "tanton": 3, - "lana": 3, - "terkel": 3, - "uzanne": 3, - "tratford": 3, - "aught": 3, - "rkljan": 3, - "alker": 3, - "atrobka": 3, - "heela": 3, - "augh": 3, - "olfson": 3, - "olk": 3, - "ichicite": 3, - "imber": 9, - "分屏": 3, - "iclas": 3, - "分屏采集多种颜色的荧光": 3, - "实现同时多色超分辨成像": 3, - "加速多色成像": 3, - "分屏器，tubulin，clathrin，方块折纸，": 3, - "加速效果非常有限，但是同时采集多种荧光信号或许在研究多个分子在靶标处的竞争结合可能有点意思。": 3, - "通过分屏的方式实现多色同时超分辨成像。我们的工作部分被scoop了。": 3, - "ioxiv": 3, - "ellubstrate": 6, - "lasmon": 3, - "echinger": 3, - "erminghaus": 3, - "iedel": 3, - "eiderer": 3, - "eiland": 3, - "astmeyercite": 3, - "lasmonpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ndogenous": 6, - "ltraigh": 3, - "ensity": 3, - "osy": 3, - "evet": 6, - "onstals": 3, - "atrin": 3, - "chulze": 3, - "obolevsky": 3, - "osconi": 3, - "ouaux": 3, - "hoquet": 12, - "atpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "的方式，只对": 3, - "成像，说自己是": 3, - "，定位精度在": 3, - "nm，测试了和神经元细胞等三个模型。探针似乎就是肽段或者抗体。": 3, - "hosh": 15, - "基底面": 3, - "raphene": 3, - "metalinduced": 3, - "subnanometer": 3, - "axial": 3, - "rindam": 3, - "hizhik": 9, - "arain": 3, - "aredla": 3, - "基于能量转移来测定细胞基底面间隙厚度，厉害了，这不就是我之前想做的事情吗？他们用界面铺i的方式先做的一个标曲参照，确定测量结果和厚度的关系，然后再来测量细胞跟界面的间隙厚度，结果还是比较可信的。": 3, - "ester": 12, - "hydrogenbondinduced": 3, - "resonances": 3, - "nup": 3, - "mit": 9, - "rasad": 3, - "huntonovcite": 3, - "erling": 6, - "shapecomplementary": 3, - "non–base": 3, - "pairing": 6, - "components": 3, - "agenbauer": 3, - "euner": 3, - "scienceaaa": 3, - "ptamerassisted": 3, - "enhanced": 3, - "biotherapy": 3, - "hongmin": 3, - "henping": 3, - "inyao": 3, - "在细菌上共价修饰上": 3, - "核酸适配体，然后靶向杀伤肿瘤。": 3, - "hris": 3, - "rockwell": 3, - "lastair": 3, - "ehring": 6, - "tetrameric": 6, - "protonated": 6, - "cytosinecytosine": 6, - "alle": 3, - "eanouis": 3, - "aurice": 6, - "uéroncite": 3, - "pairspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "eertsema": 12, - "efthanded": 6, - "improved": 6, - "imola": 3, - "abricius": 3, - "uerste": 3, - "aufer": 3, - "werscite": 3, - "nucleuspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "rigaminabled": 3, - "igandrug": 3, - "injie": 3, - "uangqi": 3, - "ingqin": 3, - "hiping": 3, - "oncept": 3, - "arciaalvo": 6, - "膜张力": 3, - "flipper": 3, - "ombining": 6, - "echanosensitive": 3, - "ascade": 3, - "witching": 3, - "ynamicovalent": 3, - "etone": 3, - "immy": 3, - "aillard": 3, - "ureraj": 3, - "trakova": 3, - "dai": 6, - "olom": 9, - "ercier": 3, - "urelien": 3, - "oux": 6, - "authey": 3, - "aomi": 6, - "akai": 6, - "uerstenberg": 3, - "atilecite": 3, - "嵌入膜中的小分子膜张力探针": 3, - "并没有做到细胞膜上，这个flipper探针会闪烁，相应膜张力的可能是荧光寿命，这类文章非常化学arciaalvo，类似的工作还有": 3, - "olom。": 3, - "ackground": 6, - "suppression": 6, - "stimulated": 12, - "double": 3, - "depletion": 3, - "runsche": 3, - "nphoton": 6, - "emissionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "recompiling": 3, - "building": 3, - "decision": 3, - "support": 3, - "ohansson": 3, - "hahsavar": 3, - "rkad": 3, - "åhlfeldt": 3, - "igertzcite": 3, - "alior": 12, - "itinased": 3, - "ighagnitude": 3, - "orces": 6, - "kanda": 3, - "ivek": 3, - "ujisaki": 6, - "relaxation": 9, - "traubcite": 3, - "ptamerunctionalized": 6, - "angqi": 3, - "ungyeon": 3, - "ezhi": 3, - "ongmin": 3, - "uoliang": 3, - "pplicationspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "xial": 6, - "inter": 6, - "ojas": 3, - "culiffe": 3, - "attersoncite": 3, - "只用也可以做一点成像，不过靠的是一种逐层淬灭的方式，还是比较巧妙的u，这种通过控制入射角微调穿透深度的方式也被叫做": 3, - "，后来还有改进的工作能够以s的时间分辨率看活细胞heng。": 3, - "roehlich": 6, - "adiorequency": 6, - "trongly": 6, - "nteracting": 6, - "nrico": 6, - "ogt": 3, - "oschorreck": 3, - "ilhelm": 3, - "werger": 3, - "oehlcite": 3, - "aspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "rey": 6, - "paradigm": 3, - "soft": 3, - "roycite": 3, - "andp": 3, - "motionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "alculation": 3, - "tress": 3, - "luctuating": 3, - "luid": 3, - "arbettacite": 3, - "environmental": 3, - "stress": 3, - "wee": 6, - "ongfang": 3, - "inda": 3, - "enneycite": 3, - "cibg": 3, - "loch": 6, - "nanoimaging": 6, - "autoblinking": 6, - "rancoise": 3, - "ervant": 3, - "alland": 6, - "utler": 15, - "ominique": 3, - "ourgeois": 3, - "imminscite": 3, - "荧光分子可逆地与一种脱球菌的细胞表面结合造成荧光闪烁，从而可以做的工作，cientifc": 3, - "eports上的文章确实比较low，只停留在现象描述上。不过这个现象还是有一些东西可以挖掘的": 3, - "ish": 6, - "enneth": 3, - "ishcite": 3, - "cys": 3, - "talin": 3, - "kindlin": 3, - "isa": 3, - "lingner": 3, - "alph": 6, - "öttcher": 6, - "einhard": 6, - "ässler": 3, - "rashoffcite": 3, - "echange": 6, - "vo": 6, - "everins": 3, - "ighpeed": 6, - "roteinssisted": 6, - "dithya": 3, - "nanth": 3, - "argreet": 3, - "octer": 3, - "orrit": 3, - "egge": 3, - "der": 3, - "umour": 6, - "ingletranded": 3, - "atthews": 3, - "issailidiscite": 3, - "arkerpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ernandezuarez": 6, - "荧光标记": 3, - "arta": 9, - "早期的综述，介绍了各种用于生物样本的成像技术，发展，以及超分辨荧光探针的情况，其中对我们而言值得注意的是量子点。": 3, - "mechanisorption": 3, - "pumping": 3, - "cassettes": 3, - "unyan": 3, - "ingui": 3, - "hijie": 3, - "eale": 3, - "mar": 3, - "arha": 3, - "stumian": 3, - "raser": 3, - "toddartcite": 3, - "scienceabk": 3, - "非常特殊的体系，但是实现了一个全新的主动吸附概念。": 3, - "ssociation": 3, - "anodiamond": 3, - "otation": 3, - "ranslationotation": 3, - "engang": 3, - "hueng": 3, - "angin": 3, - "orsten": 3, - "endler": 3, - "rachtrup": 3, - "enao": 3, - "uncite": 3, - "hree": 3, - "ensch": 3, - "üldt": 3, - "uanheng": 6, - "ulipali": 3, - "usha": 3, - "enyuan": 3, - "enza": 3, - "oncarati": 3, - "暂时无法查看和下载原文。": 3, - "喷泉码": 3, - "ountain": 3, - "ielinskicite": 3, - "scienceaaj": 3, - "介绍了喷泉码的编码方式，把一整段信息分割成n份，每份平均发送e个拷贝，接收端就可以完整解码。": 3, - "pperla": 9, - "anodiamondediated": 3, - "handra": 3, - "itin": 3, - "heei": 3, - "hiahun": 3, - "看纳米金刚石在中的转运，之前我在读博的时候应该听说过这篇文章。": 3, - "lmokadem": 6, - "ptimal": 3, - "ayesian": 3, - "nference": 3, - "就是nossen中提到的基于贝叶斯估计的办法？似乎很慢，算了。": 3, - "ccessibility": 6, - "iostable": 6, - "ingletaple": 3, - "omberlato": 3, - "arish": 3, - "astingscite": 3, - "oiled": 6, - "oil": 6, - "eorgina": 3, - "avins": 3, - "eitz": 3, - "nteractionspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "beling": 6, - "—": 3, - "argovsky": 3, - "etrebko": 3, - "uri": 6, - "omanovskycite": 3, - "ubois": 9, - "nvestigating": 6, - "uidelines": 3, - "atéméh": 3, - "agalie": 3, - "énard": 3, - "astien": 3, - "eanacques": 3, - "chapman": 3, - "élène": 3, - "oberge": 3, - "ebon": 3, - "idier": 3, - "aptiste": 3, - "onterroso": 3, - "lie": 3, - "itoshi": 3, - "omuro": 3, - "éline": 3, - "azille": 3, - "evallet": 6, - "ergot": 3, - "uénaëlle": 3, - "udovic": 6, - "alascite": 3, - "癌细胞的的一些结构和功能的成像研究。": 3, - "uangrat": 6, - "bioimaging": 6, - "platforms": 6, - "therapy": 9, - "atchanee": 3, - "nuttara": 3, - "domprasert": 3, - "haned": 3, - "angsamaksincite": 3, - "cas": 3, - "echanically": 9, - "hain": 3, - "oxanne": 9, - "lazier": 9, - "lisina": 12, - "azrafshan": 18, - "uesong": 3, - "ysha": 3, - "ashid": 3, - "etrich": 6, - "细胞机械力作用出发的等温杂交链式扩增。": 3, - "ogicated": 6, - "ayloads": 3, - "hawn": 3, - "do": 3, - "achelet": 3, - "ayloadspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "osantosa": 3, - "arcelina": 3, - "ardoso": 6, - "yrille": 6, - "ezy": 6, - "affiolcite": 6, - "jbbamem": 6, - "都是一个人做的osantos，估计是体外的验证。": 3, - "osantos": 3, - "opography": 3, - "ariablengle": 3, - "arceline": 3, - "egis": 3, - "eturche": 3, - "用看细胞基底面高度，似乎超分辨都没用到，当然也不是": 3, - "realtime": 3, - "的。另外这个多种角度的测量高度的，之前也看到一些文章uhengosantosa。": 3, - "iienzo": 9, - "luctuation": 3, - "owerful": 3, - "rocesses": 3, - "armine": 3, - "ienzo": 3, - "abio": 12, - "eltram": 9, - "ardarellicite": 3, - "nricoeltram": 3, - "iiori": 6, - "measurements": 12, - "surfaceimmobilized": 3, - "iori": 3, - "ellercite": 6, - "iekmann": 9, - "ptimizing": 6, - "ahnwald": 3, - "eschamps": 6, - "singlemoleculepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "alternative": 9, - "ortuza": 3, - "lay": 3, - "ayden": 3, - "ndersen": 3, - "memorypdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "orthogonally": 6, - "regulatable": 6, - "spatiotemporally": 6, - "biorecognition": 3, - "henghan": 3, - "hanjun": 6, - "ele": 3, - "sciadvaba": 3, - "controlledpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "折纸": 3, - "warup": 3, - "urt": 6, - "othelf": 3, - "ijenhuis": 3, - "accà": 3, - "hancite": 3, - "大佬联袂撰写的关于折纸术的综述。": 3, - "rimers": 3, - "ensionediated": 6, - "rowth": 6, - "iposomes": 3, - "iddharth": 3, - "reekar": 3, - "unnava": 3, - "ueting": 3, - "ekkercite": 3, - "iposomespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "evany": 6, - "anorheology": 6, - "iscosity": 6, - "iseases": 3, - "asturi": 6, - "hakraborty": 6, - "rishnancite": 3, - "eschout": 21, - 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"cellsubstrate": 6, - "gap": 6, - "evolution": 3, - "plasmon": 3, - "holographic": 3, - "iqing": 3, - "ongyao": 3, - "iazhen": 3, - "ianglei": 3, - "ianlin": 3, - "jbios": 3, - "itspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "大佬写的一本书，包含了各种纳米结构和表征。": 3, - "aia": 6, - "ptamerguided": 6, - "targeted": 6, - "vitroi": 3, - "indong": 3, - "inong": 3, - "oncotarget": 3, - "urthoysa": 3, - "ances": 9, - "reakthroughs": 6, - "ikki": 6, - "urthoys": 15, - "arent": 6, - "ilieholm": 6, - "alles": 6, - "esscite": 6, - "embranespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "超分辨成像在细胞膜研究上的一些进展综述，年以前相关的文献大部分都有介绍。": 3, - "attern": 6, - "xtraction": 6, - "elative": 6, - "ositions": 6, - "ocalizations": 3, - "uth": 3, - "leasby": 3, - "rendan": 3, - "rinh": 3, - "aird": 3, - "asuharu": 3, - "ieben": 6, - "hroff": 3, - "eckhamcite": 3, - "ocalizationspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "lysosometargeted": 3, - "selectively": 3, - "macrophages": 3, - "attenuate": 3, - "tumours": 3, - "choenfelt": 3, - "lexandria": 3, - "ceth": 3, - "ulliam": 3, - "eardon": 3, - "aisar": 3, - "allabio": 3, - "eckercite": 3, - "rishnan大作，现在换了策略，用器件去作用巨噬细胞，然后免疫治疗肿瘤？？而且我们组还帮忙写了ewsie。": 3, - "ronin": 18, - "ucky": 3, - "ccuracy": 3, - "allacecite": 3, - "allace": 3, - "ridallace": 3, - "remers": 9, - "抗体偶联": 3, - "mallcale": 3, - "rimary": 3, - "osier": 3, - "rillas": 3, - "lbertazzi": 6, - "reefcite": 3, - "这个小组在和蛋白偶联或者连用体系方面很有经验，值得学习。": 3, - "ioconjug": 3, - "reef": 6, - "indhoven": 6, - "etherlands": 3, - "oste": 6, - "ssential": 6, - "omponents": 6, - "istinct": 6, - "ation": 3, - "hannels": 3, - "ertrand": 3, - "ayanti": 3, - "anuela": 3, - "aryn": 3, - "arley": 3, - "anjeev": 3, - "anade": 3, - "etrus": 3, - "drienne": 3, - "ubin": 3, - "atapoutiancite": 3, - "ctivatedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "erivery": 3, - "aeideh": 3, - "oleimanpour": 3, - "aterina": 3, - "omba": 3, - "olin": 6, - "arcos": 3, - "onzálezaitán": 3, - "atile": 3, - "patiotemporally": 3, - "uperesolved": 6, - "hloe": 3, - "atya": 3, - "huon": 3, - "raham": 6, - 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"etecting": 3, - "istribution": 9, - "airs": 3, - "roximityependent": 3, - "利用split的策略来搞，只有靠近的时候才能有docking": 3, - "暴露被imager结合从而成像。": 3, - "larke": 15, - "imulation": 9, - "coherent": 15, - "alphahelical": 6, - "ollinscite": 9, - "ermipdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "larkea": 3, - "hydrogen": 6, - "bonded": 3, - "amide": 3, - "ivitci": 12, - "ehmi": 6, - "hangguan": 3, - "enison": 3, - "arey": 3, - "helps": 3, - "adik": 3, - "sener": 3, - "iaolin": 6, - "同时使用碳酸亚乙酯、重复序列和spacer设计加速": 3, - "同时加快了和的速率并保证了可及性实现加速": 3, - "拍得更快，条件更温和，适用于更多的靶标的超分辨多色成像": 3, - "碳酸亚乙酯，，，caveolae，clathrin，tubulin": 3, - "针对xchange速度慢的问题，ungmann": 3, - "通过外加试剂来加速结合动力学，不依赖很强的激光以及除氧保护剂，成像视野又大，基本上s就能拍完一种颜色。": 3, - "使用一些试剂加速，s（ms曝光）左右拍完，效果还不错。": 3, - "night": 3, - "regon": 3, - "ealth": 6, - "oody": 3, - "ve": 3, - "ortland": 3, - "exteneration": 3, - "igital": 3, - "riram": 3, - "osuricite": 3, - "这个church无疑是存储领域的大佬。": 3, - "luorogenic": 6, - "wholecell": 6, - "hylicia": 3, - "idd": 3, - "ongdeng": 3, - "ollins": 3, - 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"liveira": 3, - "locco": 3, - "art": 3, - "oogenboom": 3, - "olloycite": 3, - "sciadvabf": 3, - "在单分子水平研究了蛋白和的相互作用，给出了一些力学描述": 3, - "eghin": 12, - "ocalizationbased": 6, - "meets": 6, - "highcontent": 6, - "del": 3, - "echkar": 3, - "arine": 3, - "abillic": 3, - "émi": 3, - "ibaritacite": 3, - "screeningpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ranslocate": 6, - "allistically": 6, - "ver": 6, - "istances": 6, - "nms": 3, - "peeds": 3, - "elma": 3, - "iranej": 3, - "nmspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "photoactivated": 9, - "eanernard": 3, - "iche": 3, - "laire": 3, - "urny": 3, - "latre": 3, - "ollmann": 3, - "artinière": 3, - "aillaiscite": 3, - "ayguinov": 6, - "odern": 3, - "akley": 3, - "eanon": 3, - "oens": 3, - "itzpatrickcite": 3, - "cpcy": 3, - "介绍了一些共聚焦显微镜的基础知识。": 3, - "结构": 9, - "ohesin": 3, - "mediates": 3, - "extrusion": 3, - "“swing": 3, - "clamp”": 3, - "avidson": 3, - "anena": 3, - "ordana": 3, - "abriele": 3, - "itos": 3, - "interdorfer": 3, - "anichael": 3, - "eterscite": 3, - "机理研究，cohesin蛋白负责茎环结构的形成。": 3, - "atool": 9, - "ntibacterial": 6, - "anorobotic": 6, - "pecific": 6, - "emoval": 6, - "rugesistant": 3, - "taphylococcus": 3, - "aureus": 3, - "ayab": 3, - "eokyoung": 3, - "aba": 3, - "mdad": 3, - "insuk": 3, - "angryeol": 3, - "khilesh": 3, - "haurasia": 3, - "arandaellejero": 3, - "正交反应": 3, - "templated": 3, - "chemical": 6, - "orena": 3, - "aranda": 3, - "ellejero": 3, - "alihe": 3, - "ahdifar": 3, - "ianfranco": 3, - "rcolani": 3, - "用抗体，无非是增加了一个靶向的功能，可以在指定分子附近发生反应，执行功能。这篇文章主要还是靠讲故事。": 3, - "umerical": 6, - "eposition": 6, - "aseous": 6, - "icrochannel": 6, - "arious": 3, - "anbo": 3, - "haoqin": 3, - "hengxu": 3, - "thepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "anterle": 9, - "criterion": 6, - "iccolò": 3, - "hanh": 3, - "eckcite": 3, - "jjsb": 3, - "anskota": 6, - "viruslike": 3, - "amagya": 3, - "aguram": 3, - "essie": 3, - "ielsen": 3, - "ewby": 3, - "sborn": 3, - "usunuru": 3, - "rzysztof": 3, - "alczewski": 3, - "利用翻译表达的方式获取的类似病毒的载体用于运载一些蛋白，跟之前张锋的一个工作egel有点像。": 3, - "fluxes": 3, - "ilers": 3, - "rvid": 3, - "ynnå": 3, - "olker": 3, - "estphal": 3, - "scienceaak": 3, - "minimalpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "alinovic": 9, - "redshifted": 12, - "markers": 6, - "optimal": 6, - "lbrecht": 3, - "lrike": 3, - "ndesfeldercite": 3, - "driftpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "aldwin": 6, - "primer": 3, - "albo": 6, - "rowders": 6, - "ajor": 6, - "eterminant": 6, - "ereghetti": 3, - "adecite": 3, - "iffusionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "akshi": 12, - "ribosomes": 6, - "polymerase": 6, - "scherichia": 6, - "ribosome": 3, - "omenath": 6, - "lbert": 3, - "iryaporn": 3, - "oulian": 3, - "jx": 3, - "scherichiapdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ubdiffractionimit": 6, - "aede": 6, - "ivepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "aiz": 6, - "artosz": 3, - "łasiak": 3, - "inhaeng": 3, - "orcelli": 3, - "rend": 3, - "ijkstra": 3, - "hiui": 3, - "arrettoe": 3, - "ienui": 3, - "ansoneine": 3, - "ijeong": 3, - "wac": 3, - "ubarych": 3, - "asey": 3, - "ondergan": 3, - "aekawa": 3, - "eppert": 3, - "hinji": 3, - "aito": 3, - "antanu": 3, - "kinner": 3, - "tock": 3, - "traub": 3, - "egan": 3, - "hielges": 3, - "ominaga": 3, - "ndrei": 3, - "okmakoff": 3, - "ajime": 3, - "orii": 3, - "ebb": 3, - "annicite": 3, - "ntermolecularpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "aidya": 9, - "conduit": 3, - "trade": 3, - "aurabh": 3, - "hattacharya": 3, - "yanendra": 3, - "ideon": 3, - "amou": 3, - "enehudacite": 3, - "jmib": 3, - "细菌之间也存在这种纳米管，被视作是分子转运的特殊通道。": 3, - "conomic": 3, - "icroscope": 3, - "把的仪器小型化": 3, - "有利于推出集成的商业化产品": 3, - "简化操作使用门槛": 3, - "lite，z轴校准，": 3, - "证实了对于设备的低依赖性，但是为啥我们却很难拍出分辨率nm的数据？": 3, - "hemphyschem": 3, - "eschwistercholllatz": 3, - "ackgroundree": 6, - "robespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "rjona": 6, - "cycle": 3, - "altering": 3, - "death": 3, - "aría": 3, - "uch": 3, - "ernández‐into": 3, - "ázquez": 3, - "gusil": 3, - "odrigo": 3, - "ómez‐artínez": 3, - "ariano": 3, - "edondo‐orcajo": 3, - "zhil": 3, - "mirthalingam": 3, - "luïsa": 3, - "érez‐arcía": 3, - "eresa": 3, - "uárez": 3, - "lazacite": 3, - "做了一些较大的纳米材料（硅）用于改变细胞内的力学性质。": 3, - "ristaomero": 6, - "ecombinant": 3, - "irusike": 3, - "elcanale": 9, - "acsphotonicsc": 3, - "用去表征病毒重组蛋白形成的纳米载体。": 3, - "rchetti": 9, - "aveguide": 6, - "offers": 6, - "fieldofview": 3, - "vgenii": 3, - "lushkov": 3, - "troganov": 3, - "anleycite": 3, - "fieldofviewpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ntoniou": 6, - "ource": 3, - "atalytic": 3, - "ateromoting": 3, - "imitri": 3, - "jpb": 3, - "ndrian": 12, - "ultiparametric": 3, - "eodora": 6, - "将和联用，获取纳米颗粒表面的基团修饰情况。": 3, - "ioengineering": 3, - "atalonia": 3, - "aldiri": 3, - "eixac": 3, - "nnm": 6, - "nls": 3, - "natrevmats": 3, - "annurevpharmtox": 3, - "nrclinonc": 3, - "jsmim": 3, - "jjconrel": 12, - "ejh": 3, - "jcolsurfa": 3, - "jcap": 3, - "jdib": 3, - "aad": 3, - "acc": 3, - "fphar": 3, - "polym": 3, - "jxphs": 3, - "jps": 3, - "jbma": 3, - "chem": 3, - "acsamib": 3, - "histone": 6, - "ighspatial": 3, - "colourimetric": 3, - "modifications": 3, - "senescent": 3, - "nanoprobes": 3, - "oojeong": 3, - "akchun": 3, - "yunsung": 3, - "nhee": 3, - "细胞核区域这种大聚集体，其实我之前拍暗场的时候也经常看到的，但我一直以为是在细胞的顶部细胞质而非核内。我宁愿相信这篇文章是基于这个现象去做了一些深度挖掘的探索，然后说成是一个探针。用纳米贵金属颗粒探针去看组蛋白修饰的mapping。": 3, - "mbrose": 9, - "smfox": 6, - "opensource": 6, - "axter": 3, - "ully": 3, - "illmott": 3, - "teele": 3, - "enji": 3, - "ateman": 3, - "arisa": 3, - "artinernandez": 3, - "adby": 3, - "hewring": 3, - "arleen": 3, - "aldering": 3, - "raggscite": 3, - "lmada": 12, - "anoluidics": 3, - "ereira": 3, - "iân": 3, - "ulley": 3, - "hislaine": 3, - "aillol": 3, - "anny": 3, - "oroniueda": 3, - "ix": 3, - "harras": 3, - "uzz": 3, - "aum": 3, - "自动控制的乐高模块化微流控系统完成xchange": 3, - "大幅简化xchange成像操作步骤": 3, - "自动化的超分辨大数据采集": 3, - "微流控，mage，imentin，actin": 3, - "xchange成像需要一轮轮的漂洗置换，这里提供的低成本的自动化方案可以说是解放了做实验的双手。但是该套方案需要一定的动手能力和编程知识。": 3, - "ollege": 3, - "ondon": 6, - "iii": 6, - "nalytical": 6, - "osep": 3, - "adurní": 3, - "aimundo": 3, - "argallocite": 3, - "hemistrypdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "kiyama": 6, - "细胞迁移": 3, - "phosphatase": 6, - "interacting": 3, - "inka": 3, - "iroki": 3, - "umi": 3, - "wasaki": 3, - "eiya": 3, - "amada": 3, - "amiguchi": 3, - "hinichi": 3, - "akakibaracite": 3, - "interactingpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "研究了nka基因对于细胞迁移的影响，细胞模型选择的是，上面有一个划痕实验。主要通过影响": 3, - "adhesion，所以还有成像的实验。": 3, - "ukumar": 3, - "将docking序列修饰到抗体上以减弱位阻影响": 3, - "相比较于初代xchange用bbiotinavidinbiotin在细胞内标记方案，这种方案能够获得更好的成像分辨率": 3, - "在固定细胞样品中能够取得更好的多色超分辨成像效果": 3, - "抗体、细胞、正交mager": 3, - "此文设计并尝试了中正交的imager序列，最后实现了细胞内色成像，说明imager在细胞内造成的cross": 3, - "talking": 3, - "可能也是比较严重的。imager序列设计也大有讲究。": 3, - "mail": 6, - "pyhmsharvardedu": 6, - "jungmannbiochemmpgde": 3, - "dhikari": 9, - "antosh": 3, - "oscatelli": 3, - "hiranjib": 3, - "uchnercite": 3, - "bounit": 6, - "fibrillar": 3, - "α‐synuclein": 3, - "aïda": 3, - "uc": 3, - "ousset": 3, - "rida": 3, - "oria": 3, - "ieri": 3, - "ean‐hristophe": 3, - "livo‐arin": 3, - "onald": 3, - "elki": 3, - "突触核蛋白（in": 3, - "lysosome）通过转运的途径被阻断": 3, - "features": 3, - "aravís": 3, - "onzález": 3, - "asad": 3, - "amhacite": 3, - "nargky": 3, - "phingomyelin": 3, - "holesterolnriched": 3, - "omains": 3, - "ovel": 3, - "itsuhiro": 6, - "oshihide": 3, - "obayashicite": 3, - "ightpdf": 3, - "透明墨水结构色印刷": 3, - "!ekakb": 3, - "电子显微镜细胞器分割": 3, - "文献汇报谢晓冬pptx": 3, - "（霍华德休斯医学研究所）又搞大事情了。但是网站在中国境内基本上很难打开和直接使用。只能参考一下": 3, - "教程": 3, - "翻人家实验室一看，果然是大佬。": 3, - "他妈的各种资源都要翻墙才能查看，这是逼着我有空去搞个自己搭建服务器么。。然后发现如果是": 3, - "vimeo上的视频，可以使用另外一个网站下载。": 3, - "文章的通讯之一，是大佬。": 3, - "另一个通讯是电镜大佬。": 3, - "电镜技术（for": 3, - "largevolume": 3, - "imaging）的一作兼通讯。": 3, - "最近在招募": 3, - "细胞生理学": 3, - "这个研究方向真的是大佬云集，很多都是搞硬核技术，特别是成像数据分析方面。比如之前我看到的": 3, - "cellpose": 3, - "carsen": 3, - "stringer。": 3, - "聚焦离子束扫描电子显微镜（）与三维超分辨成像技术（）联用来实现细胞多模态成像": 3, - "训练所需的数据，估计需要利用前面的连用技术的前置，通过三维超分辨成像技术给不同的亚细胞器打上标签，而不是真的靠专家的眼力去实现分割。no，no。": 3, - "!细胞器mp": 3, - "文献阅读建议与主题阅读": 3, - "借机打磨自己的文献阅读工作流，稳固文献阅读习惯": 3, - "文献阅读": 6, - "近期受疫情影响，学校封闭，实验室切换为居家学习办公模式。樊老师继续倡议大家抓住机会，每日阅读十篇文献，争取在一个小领域提高自己的认知。我觉得这亦是自己整理文献库，真正凝练自己感兴趣的若干方向的机会。": 3, - "每日十文一月突破": 3, - "活动建议pdf": 3, - "文献泛读建议anabpdf": 3, - "文献泛读参考模板pdf": 3, - "根据这些建议和参考，我拟结合自己的基于": 3, - "的文献阅读流程，对已有库存进行梳理，期望实现以下目的：": 3, - "按照新的模板对所有文献笔记进行查漏补缺（收集）": 3, - "归纳总结若干感兴趣的方向（整理）": 3, - "对最感兴趣以及最有可能发展的小领域进行综述（发表）": 3, - "zotero文库整理": 3, - "非常轻松地根据自己对于所看文献的印象把文献库弄出了四个主题，分别是：": 3, - "：涉及到各种显微成像技术，但以荧光成像为主，也包括、、、等等。": 3, - "：这里主要是各种分子探针，纳米探针甚至是纳米结构方面的内容，不局限于荧光探针，纳米结构等等。主要是作为某种工具积累。": 3, - "：主要是对细胞以及细胞各种结构现象功能方面的研究，也可以理解为是偏生物学主题的内容，内容十分丰富。": 3, - "：各种智能的设计，比如智能响应的纳米机器，或者是计算存储等等，还包括人工智能，机器学习等算法的一些应用。": 3, - "然后借鉴": 3, - "的经验，同时我还设置了": 3, - "三个根目录。比如目前在博士后阶段开展的课题相关的文献，肯定是放到项目中；然后平时组会分享的文献内容就放到分享中，已经发表的文章其实就相当于存档了，就放到发表目录内。这样就非常清晰。所以对于任意一篇文献，它应该是要同时存在于多个目录，而且是先存在于四大主题和项目中。": 3, - "分类是一件需要做好顶层设计的事情。但是刚开始的时候很难做这样的顶层设计，所以只能是渐进式地调整。目前出于兴趣，前沿和能干等因素，我想集中精力研读的主题，主要是【超分辨多色成像】，所以我打算把这个放入到中。": 3, - "主题阅读示例": 3, - "!超分辨多色成像": 3, - "先搜索了一堆文献放着。bounit": 3, - "蛋白分子振动": 3, - "分子共振荧光增强中提到，分子间振动对于能量的转移是很有帮助的，chnedermann，那么在生命体系中，我想这个应该是被蛋白质广泛利用起来的一个机制。所以特地查一下蛋白质分子振动相关的文献。分子振动既可以是分子内不同基团的振动耦合，也可以是分子间的（比如在蛋白复合体中）。": 3, - "ntoniou：作为催化活性来源的内部酶运动：速率促进振动和氢隧穿": 3, - "larke：用费米共振模拟α螺旋肽的相干能量转移": 3, - "larkelarkea：": 3, - "describe": 3, - "quanta": 3, - "transferred": 3, - "coherently": 3, - "bonding": 3, - "network，⭐": 3, - "beling，investigate": 3, - "fading": 3, - "oscillations": 3, - "ujisaki，ibrational": 3, - "pulses": 3, - "occurs": 3, - "initially": 3, - "“injected”": 3, - "flows": 3, - "rest": 3, - "surrounding": 3, - "including": 3, - "ay，分子共振助力酶催化。fast": 3, - "motion（飞秒到皮秒尺度的振动）": 3, - "coordinate": 3, - "andor": 3, - "nucleartransfer": 3, - "eea，费米共振会造成一些拉曼的特征峰，基于这个特点可以设计方法实现对神经元膜电位的无标记成像。": 3, - "eitner，hem一篇perspective，介绍ermi": 3, - "olecule。提醒我如何控制这种分子振动实现更好的能量传递，这是个好问题啊，距离肯定是一个好的切入点。": 3, - "cale，早期工作，一些氨基酸分子的费米共振。": 3, - "incerincera，": 3, - "nzymes。事实上酶所谓的催化效率，肯定有很多变构作用，也就是所谓的vibration来降低能量壁垒。": 3, - "oritsugu，ibrational": 3, - "olecule，分子模拟研究（接近绝对零度的条件）": 3, - "oritsugu，研究温度对蛋白质分子共振的影响": 3, - "chramm，酶催化和分子共振的关系，这里换了一个说法叫做romoting": 3, - "vibration": 3, - "膜张力的情况": 3, - "piezo蛋白能够作为一种机械力响应的离子通道蛋白osteaselwandter，本质上是因为膜表面张力变化（形变），引起蛋白构象变化。aotomeiniang": 3, - "膜表面张力，更具体讲，是": 3, - "tension，到底是怎样一种力？如何产生这种力，以及这种力和膜曲率的因果关系，都是要搞清楚的。": 3, - "膜张力能够促进小liposome融合成大的，而且这里的膜张力主要靠渗透压来实现，就是在liposome中添加": 3, - "dextran。eshpande": 3, - "首先要尽量搞清楚这个概念。": 3, - "ine": 3, - "ention": 3, - "这个张力跟": 3, - "是相对的，感觉是指磷脂分子被抽出来的力。": 3, - "膜张力跟细胞运动的关系。": 3, - "可以看到这个侧向压力，肯定是磷脂分子在膜里边，侧向运动和相互作用造成的。结合渗透压升高，膜张力变大的现象，可以这样理解：疏水部分会在磷脂分子间距变大的时候形成一个拉力来对抗这种间距变化（e": 3, - "hateliers": 3, - "tension。": 3, - "知道了这种力的本质，也就是疏水相互作用，膜曲率可能造成张力差异，但似乎还是没有使用": 3, - "dextran": 3, - "这种制造渗透压的方式来得更科学合理。所以梁承品的工作分子共振荧光增强中提供的证据，即不同大小脂质体产生的变化，可能不能证明这是一种测量膜表面张力的工具。": 3, - "另外一部分实验，就是使用不同比例的磷脂分子来影响流动性的实验，则说明了这个四面体加几个的探针，其荧光强度更容易受到流动性影响，结合不同距离的显著信号下降，说明这个探针更可能是基于分子间的共振（有距离，有阻尼），产生的荧光信号增强的效果。": 3, - "但是这个olecular": 3, - "esonance距离衰减得比较厉害，能够支持的距离也就": 3, - "nm多一点。这个作用距离跟": 3, - "的很像，所以也不排除是类似": 3, - "的效应（光波耦合，而非机械振动耦合），比如一个": 3, - "分子的发射荧光再次影响了临近的": 3, - "，但是这个可能性比较小，排除实验也很简单，做一个用": 3, - "波长激发的实验即可。": 3, - "细胞膜张力的相关工作速览": 3, - "carthy，liposome上出现由不同磷脂分子形成的相分离，有一些microdomain，类似lipid": 3, - "ongsirojkul，渗透压控制liposome膜表面相分离": 3, - "iswas，β降低胆固醇可增强细胞膜张力及其变化，从而降低细胞的完整性": 3, - "ottcher，膜张力变化还能激活": 3, - "integrin信号通路": 3, - "antor，认为细胞膜的侧向压力，可能是一种重要的调控蛋白受体功能的机制": 3, - "olom，一种膜张力荧光探针": 3, - "lipt": 3, - "reporter，如下图所示：": 3, - "ournier，通过模型直接计算": 3, - "tension，物理学期刊大作": 3, - "asan，探讨了膜张力对脂质跨双层运动的影响": 3, - "scla，报道了一种膜张力响应蛋白acterial": 3, - "anmey，介绍了磷脂分子和膜的一些动态特性": 3, - "ieber，讨论了细胞运动过程中，头部和尾部的膜张力": 3, - "angamani，蛋白质可以改变局部膜的曲率和张力": 3, - "aha，似乎测量了在特定渗透压下脂质体膜的张力": 3, - "heetz，介绍细胞膜骨架和膜的一些关系": 3, - "higyou，膜侧向张力还能让一些颗粒进入liposome中": 3, - "imunovic，膜张力反过来也能影响和组织一些产生曲率的蛋白。": 3, - "细胞分子力学专题": 3, - "关于细胞的机械力作用，其实博士阶段我也经常看到相关的文献。我大致知道：": 3, - "机械力作用能够影响一些干细胞的分化（比如特定形貌的表面培养它们）": 3, - "测量分子机械力常用的光镊、磁镊等技术，但是门槛都很高；也有毛细管悬滴法": 3, - "我最近从头开始搭建自己的文献库，之前的一些文献和阅读记录并没有整合进来，所以这里干脆从零开始来了解这个领域。目前文库里边，有用来测量": 3, - "forces的rockman，还有用折纸测量微观分子拉力的拉力计ickels。还有piezo蛋白的。osteaselwandter": 3, - "值得注意的是，中医针灸也是一种细胞力学刺激，最近也有相关文献报道。iub": 3, - "先精读一篇文章": 3, - "第一遍速览，rockman": 3, - "这里边主要用到了两种细胞，还介绍了一些蛋白抑制剂，可以用于控制调整": 3, - "force。我觉得这个体系应该是比较成熟的，关键是我们要去做的话，能解决什么问题？它其实是突破了的控制分辨率限制，我们能突破什么？这个就需要精读了。不过作为刚开始的一个demo，我完全可以用单链复现一下这个体系，验证体系的成熟程度。": 3, - "再仔细看了一下全文和，此文还是存在一些问题，比如": 3, - "扩散到细胞和基质之间，这个厚度是否跟的倏逝波场配合？如果间隙就是": 3, - "左右，那么只要探针进入就是会亮成一片（背景很高）。但是实验的结果又是可以做，说明间隙不是很大的影响。但是文章提到信噪比为，所以我就不懂了。其实还是跟倏逝波有关，距离界面": 3, - "nm，这个激光的强度是指数下降的。不过间隙厚度的变化，是否能够作为另外一种测定细胞": 3, - "force的方式（用结果推测原因），也可以考虑。事实上电致化学发光（）也做一些这种细胞黏附的实验，其实就是利用的这种leaky吧。": 3, - "各种细节的问题": 3, - "新的": 3, - "probe能解决什么问题？首先是确定要看什么力？如果是用来做，只能看细胞跟基底面的间隙以及细胞边缘很浅的一层的蛋白。如果也看": 3, - "force，那么就是选定一些黏着斑蛋白之类的。接下来是这个框架核酸的probe能够提供超越hairpin的什么东西，有助于提供更多的力学信息。有没有可能把": 3, - "对应成它们的碱基对设计。不同大小的四面体，一端连细胞，一端连界面上的靶点。": 3, - "我本质上还是一个测量间隙厚度的想法：细胞表面和基质上都有四面体的": 3, - "链。细胞上的用的方式与integrin连接，细胞变形产生力的作用的时候，由于两条": 3, - "链离得太远，imager不能稳定停留在界面上。但是如果厚度较小，限域空间里，imager的结合频次到底会如何响应这个厚度？细胞表面和基底面如何竞争结合这个": 3, - "链？另外如何是测量这个间隙的厚度，有没有其它方法可以做，以及做的效果如何，以及我是不是非得用": 3, - "imager来做？": 3, - "我很快查到今年就有这样的工作，用的方式测量细胞跟基底面之间的空隙的厚度，大概在": 3, - "这个事实早在年就已经用研究过了。iebel": 3, - "总的来说，细胞跟基质的高度早就可以用测量了，然后最近也实现了实时的测量，但是还没有做到超分辨。如果可以把空间分辨率也提升上去，实时地观察细胞膜跟基质的距离变化，本身也是一个很有意思的事情。而且根据时空变化还可以反推力学作用，不管是大小还是方向。": 3, - "要做这个事情，我首先想到了是最早的，用": 3, - "染料对细胞膜成像。haronov": 3, - "然后我震惊地发现此文并没有涉及到细胞膜。难道是": 3, - "染料有细胞毒性？可是他在文章中也说了可以做一些这样的成像啊。然后我看了一下这个工作的后续，主要是许珂再搞一些事情，anylchukoon。我主要看到他们能够看细胞膜的上表面，而且还是的，但是细胞膜跟基质的底面似乎并没有。然后成像速度还挺快的，": 3, - "就能拍完超分辨。": 3, - "其实用": 3, - "做超分辨的细胞膜成像的工作已经很多了，可以另外调研一下。确认一下有没有直接用": 3, - "看细胞膜和基底面距离变化的（用）。我个人认为这个肯定有人做过。尼罗红与细胞膜超分辨成像": 3, - "另外一个是之前看到一个核酸适配体和染料快速可逆结合的，或许这里也可以用上。unbul": 3, - "但是这个": 3, - "，估计容易被降解，而且对应的底物也比较特殊，估计比较难以买到。": 3, - "我只是觉得这种基于aptamer的策略也许是可行的，就是一个变构。让细胞的作用力导致": 3, - "构象变化，产生荧光信号响应。": 3, - "另外还有的想法，就是利用结构，问了下实验室的刘江波和陈杰林，得知被打开大概就是几个": 3, - "的力。然后在细胞培养基中估计是动态稳定的，现在能够设计的是": 3, - "的串联序列，但实际真实能够存在的估计小于个。一般研究的力学的都是用磁镊或者光镊在搞。": 3, - "最终我似乎是想用": 3, - "结合": 3, - "动态地观察细胞膜与基底面之间的距离变化。这个如果能够做成，那就真的是吊打在cell": 3, - "adhesion方面的研究。": 3, - "直接使用": 3, - "观测gap": 3, - "变化存在z轴分辨率和时间分辨率的问题。不过我觉得如果是大尺度的": 3, - "变化，": 3, - "轴分辨率和": 3, - "的成像时间也还不错。": 3, - "基于框架核酸的ension": 3, - "先看一个典型的四面体（，oxzip，可以用": 3, - "oxiew在线工具": 3, - "打开和编辑）的结构。思考一个问题，如果从一条": 3, - "施加作用力拉伸，会不会暴露出来单链的": 3, - "位点？但是我直观地从这个结构来看，很难有解旋的作用。但如果是": 3, - "，中间三条棱插入，搞成": 3, - "的状态，一个四面体就可以搞三个，然后顶部一拉，就暴露位点。": 3, - "如上图所示的设计，由于四面体上有三条棱，其实就可以搞三种不同的颜色。如果能够成像，就有可能实现对作用力的方向的解析。如果是可以控制这个四面体能够搞得更大一点，或许空间上就可以区分，但是现有的，差不多": 3, - "nm的外接球直径，所以很难区分这三条棱，哪一条先被拉开。": 3, - "从另外一个角度来看，如果是作用力比较大，按照s的的最长": 3, - "作用时间算，可能一下子把三个棱都拉开了。就算是有方向的缓慢作用力，力的空间朝向也很难判断啊。我估计只能是判断三种状态差异：": 3, - "所以这里本身就需要一些模拟的工作，来判断一个半球的空间内作用力方向跟棱的打开的关系。至于作用力的大小，我觉得这个同样是阈值型的，只能知道它大概用超过了多少的力作用了这个probe。": 3, - "或者我可以换一个角度来思考，细胞就是施加一个作用力，拉扯一下探针，然后突破阈值之后，细胞走掉，跟这个探针不再接触。而探针在细胞力的作用下发生不可逆的变构（split），暴露出不同数量的位点。这样的话就足够后面的成像。": 3, - "至于力的方向正不正确，其实都有现成的模型，比如那个血小板细胞的收缩环，大致就能判断其作用力的方向。另外还有一些细胞脱壁直接变成悬浮细胞模型，则可以用于验证竖直向上的作用力。": 3, - "这个想法显然更加一点，也要高级一点（操作起来也更难），但是还是需要看一下关于细胞力学成像的方向解析方面的研究。": 3, - "能否直接用现成的": 3, - "确认能否直接拍": 9, - "尼罗红与细胞膜超分辨成像": 6, - "上面提到的两个课题思路，本质上都能解决作用力方向的问题，但实验体系什么的都不是现成的，可能要费老大功夫。所以在调研了这么多文献之后，我也在考虑能否用现成的体系，稍微多个细胞，就做点细胞力学方面的事情。": 3, - "直接拿去用的话，还是一个频率差异，但是也会遭遇到无法扩散到细胞跟基底面的gap中去的问题。然后要验证这一点，我做片子，铺细胞，可能还要对靶蛋白做标记，就是一整套新的实验体系差不多就": 3, - "还有一个问题，修饰在界面上的探针，如何确保它们不被内吞了呢？虽然人家工作已经做出来了，但是这里也可能有": 3, - "trick": 6, - "啊。另外细胞跟基底面之间的胞外基质成分其实也是比较复杂的，我非常怀疑": 3, - "imager在其中的扩散行为。": 3, - "最后，就算第一个问题解决了，imager也能对基底面成像，那么怎么把频率映射为作用力，这也是一个很大的问题。暴露不同的": 3, - "strand，然后同时多色成像（基于频率？）这个只是多色同时成像的可能性。哪怕只能搞两种似乎也行啊。但事实上如果用分屏的方式，也能很轻松做到两种颜色同时成像。": 3, - "我觉得现在是从一个做工具做技术的角度去思考问题，而不是从需求出发去解决实际问题，所以还是要先找到有意义的关于细胞力学方面的重要问题，不然的话就以最简单粗暴的方式弄一个技术，免得别人用起来也不方便。": 3, - "总而言之，直接移植": 3, - "到细胞力学的体系，我认为是一个非常远的目标了，至少得一年的时间（按照我搞的经验）。": 3, - "probe的drawback": 3, - "看多了我也产生一个疑问，既然的作用力是波动的lotnikov，会不会只要细胞接触到了表面就会触发这些信号？iu此文和用做的工作rockman都存在这样的问题。界面做好了之后，可能一个小时就铺细胞，此时细胞正好是要贴壁的过程，只要碰到了界面，就要用sensor去试探基质。所以这也算是一个": 3, - "吧。": 3, - "核酸适配体调研": 6, - "比较新的一篇综述u，介绍了几种常用的靶向细胞某些蛋白的": 3, - "aptamer，其中最著名的就是": 3, - "azdianobati，只有": 3, - "长度，靶向大名鼎鼎的": 3, - "蛋白。另外也还有靶向": 3, - "蛋白aa，以及二元适配体同时靶向lysosomeshuttling": 3, - "和感兴趣膜蛋白受体的工作iao。甚至还可以用er适配体靶向实现超分辨成像的traussa。": 3, - "我基本判断想用靶向nucleoin做点事情，所以进一步了解了下这个蛋白，结果发现功能太多了，ligand，或者各种靶向它的策略方法工具都很多。但是似乎只提到了": 3, - "nucleoin": 3, - "会在癌细胞中增高表达，膜表面也有这个蛋白存在，但是细胞膜下表面是否存在，以及nucleoin被内吞回收产生的作用力如何，这个又是值得探讨的。": 3, - "的序列：": 3, - "′′": 3, - "怎么连接到其它纳米结构上（spacer），可以参考山东大学姜威ei": 3, - "iang的工作iua。": 3, - "不过这篇工作用到的是": 3, - "（膜蛋白）的": 3, - "aptamerabavinia，细胞是，然后最终到细胞核里跟": 3, - "搞起来。注意": 3, - "能够让": 3, - "变构，然后让": 3, - "quencher链掉下来，恢复荧光。": 3, - "这个适配体的序列也不是很长（序列似乎是错的？），用spacer连接到四面体上。": 3, - "这篇文章也提供了一些荧光成像的证据，看起来这个": 3, - "还是很强的啊：": 3, - "通过溯源erreiraaia，我发现": 3, - "被使用的序列：": 3, - "然后加": 3, - "tail": 6, - "也还好，居然加了个，说明有": 3, - "不大影响这个的构象：": 3, - "′": 6, - "questions": 3, - "难搞的地方在于，如果蛋白拉扯，这边的拉链": 3, - "没打开，aptamer": 3, - "构象已经被改变，导致docking链始终被封闭，就存在这种可能性。": 3, - "据文中所称，这个的": 3, - "对蛋白的亲和力，比抗体还高erreira。": 3, - "看一下细胞被罗丹明标记的": 3, - "apt": 3, - "做的成像效果，感觉满满的都是。": 3, - "智能响应的微纳器件": 3, - "问题与关键词": 9, - "一定要把问题描述清楚，提取其中的关键词，用关键词去搜索相关资料。": 6, - "这个专题是我根据未来大致发展方向选定的第一个比较大的调研主题，在": 3, - "中先新建了一个": 3, - "folder，然后先看看已有文库中有哪些工作算得上。先输入": 3, - "这个关键词，就能找到几篇。": 3, - "在这个专题中，其实就两个关键词，最重要的就是智能响应，到底响应了什么，为什么能够响应，需要什么条件等等。然后就是微纳器件。": 3, - "相关文献": 9, - "针对一个问题，可以在": 9, - "中建一个文件夹，把搜索到的文献都放进去。": 9, - "相关的小综述。响应的自然也是链，然后基于链置换反应实现": 3, - "gates": 3, - "circuits。这个算是基本操作了，也是目前我所在实验室最有可能做的方向。": 3, - "上转换纳米颗粒响应具有良好穿透组织能力的近红外光（两种），能够分别产生光和绿光，然后激活光敏剂（photosensitizer）和核酸适配体（aptamer，靶向nucleolin蛋白，多种癌细胞膜表面过表达）。": 3, - "汇总小结": 9, - "尝试根据搜索到的资料对问题做出回答，并概括相关研究的情况。": 9, - "折纸的文章": 3, - "微流控系统调研": 3, - "自动化": 3, - "ulux": 3, - "rochurepdf": 3, - "lyerlow": 3, - "latformpdf": 3, - "我让师弟去查找一些相关的文献，看看有没有什么比较好的能符合需求的系统。今天能给飞姐回复就行。": 3, - "查看文献库时看到的用于超分辨多色自动化成像的微流控系统，levanski": 3, - "看上去更像是一个机械臂（pipetting": 3, - "robot），可以移动吸取和注射。商品官网。": 3, - "另外还有一个就很微流控的，lmada": 3, - "但是看上去是一个比较": 3, - "cheap": 3, - "的解决方案，依赖于": 3, - "lowcost": 3, - "ego": 3, - "hardware": 3, - "magebased": 3, - "software，估计setup之后还有大量的工作量，并不推荐。": 3, - "微流控系统调研docx": 3, - "北京燕京电子微流控上交通大学进样报价单pdf": 3, - "分子机器专题阅读": 3, - "为了综述的整体重构，突出我们是做了一个分子机器的设计和应用，特此研读。": 3, - "我们认为，通过size的精确设计控制，能够影响分子机器的微观运动行为，并进一步应用到，观察到了成像性能的改变。": 3, - "hapecomplementary": 3, - "文献erling中主要是搞了一种基于形状互补的动态纳米器件，而非是碱基互补配对。此文需要好好研读，理解行文逻辑。": 3, - "看了摘要和ntro部分，文章从蛋白质的相互作用，很多": 3, - "complementarity开始介绍（而不是乐高积木），然后说核酸也可以，并具体地距离说明": 3, - "体系，然后尝试模仿这个体系，构建基于形状互补原理的": 3, - "devices。并且鲜明地指出，此后只需要基于基本模块进行": 3, - "evice设计，而无需考虑复杂精细的基于碱基互补配对的结构设计。充分回应了": 3, - "nonbase": 3, - "的标题。": 3, - "总体框架上，确实与我们的工作有较好的对应，但是从解决的问题上讲，significance，还是这篇": 3, - "要强很多，它就好比从": 3, - "语言到": 3, - "python，是让整个": 3, - "器件制备": 3, - "领域发生变革的工作。我们只不过是改变size影响nanomachine的布朗运动。": 3, - "所以我认为，更需要找到已有哪些方法去影响motion。然后才知道我们这种方式是否是创新的。": 3, - "shortranged": 3, - "nucleobase": 3, - "stacking": 3, - "electrostatic": 3, - "repulsion": 3, - "repulsions": 3, - "negatively": 3, - "charged": 3, - "shapecomplementarity": 3, - "dwell": 3, - "counterioninduced": 3, - "condensation": 3, - "observations": 3, - "ensemble": 3, - "elastic": 3, - "allosterically：别构作用影响构象": 3, - "vicinity": 3, - "of：在临近": 3, - "to：与连用": 3, - "arbitrary": 3, - "shapes：任意形状": 3, - "analogy：类似的": 3, - "tochastic": 3, - "ung这篇工作设计了在微颗粒表面上随机行走的": 3, - "walker。要学习的就是对": 3, - "的描述，分阶段分步骤阐述，并且有对应的动力学参数。": 3, - "proceed": 3, - "thermodynamically": 3, - "favourable": 3, - "configuration": 3, - "traverse": 3, - "feasibility": 3, - "ickels文章中认为ss的弹性行为，使之特定长度（在": 3, - "clamp）就对应着特定大小的力，从而可以直接设计合成出来力大小的": 3, - "clamp。然后对": 3, - "holiday": 3, - "junction（可）施加不同大小的力，看下": 3, - "信号的变化，得到一个标曲。再换其它的结合蛋白，测定其信号，从而得到其力学参数。测量力的范围最好能到": 3, - "p。这里面同样有一些状态的对应关系值得学习。": 3, - "suffer": 3, - "operate": 3, - "autonomously": 3, - "massive": 3, - "parallelization": 3, - "benchmark": 3, - "spring": 3, - "imparted": 3, - "contour": 3, - "length": 3, - "envision": 3, - "rockman这个就是用": 3, - "来测量细胞的收缩力。测量范围大概在": 3, - "p。相当于docking": 3, - "有特殊设计，只有力大于这个范围时候，才会暴露出来位点，被的imager结合上。": 3, - "guage": 3, - "rupture": 3, - "abolish": 3, - "posited": 3, - "arrowhead": 3, - "behind": 3, - "eeman的综述，学一点话作为": 3, - "的开头。文中认为，能够不改变实验条件，比如温度，离子浓度，甚至添加": 3, - "fuel": 6, - "strand，就让machine自己自动执行功能的这种": 3, - "是更好的。": 3, - "suspect": 3, - "assemble": 3, - "hara展示了一个两足行走的机器人，当然只能在折纸上搞，不过行走过程描述得比较清楚，而且对于这个motion的概括比较到位，同样还是一个": 3, - "速率描述的。": 3, - "uel": 3, - "urke应该是相当早的分子机器的工作了，主要是提出了分子机器驱动的": 3, - "链的概念。但是": 3, - "cylce": 3, - "waste": 3, - "product": 3, - "我记得似乎还有一篇搞了个": 3, - "wastefree": 3, - "的工作uzyk。": 3, - "azrafshan：在地毯上走直线的折纸机器人，速度": 3, - "nmmin，还可以": 3, - "angialosi：百倍膨胀变形机器人": 3, - "hao：给定迷宫路径，向导机器人自主导航。": 3, - "ouglas：这个机器人主要是把分子转运到细胞里边。": 3, - "i：修饰了thrombin的桶装折纸，起到一个filter的作用。": 3, - "i：在细胞膜表面自主行走的分子机器": 3, - "iang：锁链和一些常见类型的": 3, - "circuit": 3, - "ingh：介绍了一些抗癌的分子机器": 3, - "ang：超软超弹的水凝胶，在磁场作用下发生形变运动穿越障碍。": 3, - "hubagere：钱璐璐的": 3, - "robot，写作可学习": 3, - "orelli：圆筒状折纸上有一个switchable": 3, - "flap，可以通过链杂交实现功能": 3, - "ang：自家综述，简单介绍了": 3, - "的驱动力，运动模式等。": 3, - "ang：韩达工作，": 3, - "具有": 3, - "anticoagulation": 3, - "功能": 3, - "hang：详细介绍": 3, - "链置换反应的综述": 3, - "hang：e": 3, - "介绍": 3, - "的综述。": 3, - "hu：纳米孔检测啊，这里的分子机器，可以响应紫外线，然后掉下来，然后自组装。": 3, - "ang：圆筒状折纸，接收thrombin作为input，通过一系列链置换，控制凝血行为。": 3, - "mith：利用激光打plasmonic表面，产生热能，驱动的运动。": 3, - "框架核酸四面体之类的": 3, - "主要是关于四面体、": 3, - "的一些基础，详见框架核酸及其应用": 3, - "纳米机器人的好应用和驱动方式": 3, - "要找到一些智能高效的纳米机器人的应用例子。详见微纳机器人的运动和应用": 3, - "框架核酸及其应用": 3, - "既可以说是框架核酸，也可以说是分子机器的组成部分。": 3, - "e：自家出品的关于框架核酸的概念的奠基性综述文章。": 3, - "hang：川大linyunfeng，四面体载药治疗": 3, - "acroix：纳米结构载药的一些挑战，综述。": 3, - "anga：四面体检测外泌体的工作": 3, - "iang：梁乐师兄的四面体进细胞": 3, - "in：林美华师姐的四面体做超灵敏检测": 3, - "in：林美华师姐的ature": 3, - "rotocol，涉及各种大小四面体的合成方法": 3, - "iu：赵彦师姐关于六螺旋折纸变构的工作，变构基于电荷中和作用，发在angew上了": 3, - "ao：毛秀海师兄早期关于四面体催化的工作": 3, - "ao：毛秀海师兄近期关于四面体里外环境差异引起aptamer亲和力将近三倍变化的工作": 3, - "ong：用四面体把不同的酶在bulk溶液中链接起来后，提高他们的级联反应效率，然后基于这种策略涉及了一个sarcosine的sensor，用于早期前列腺癌的诊断检测。": 3, - "anga：tanweihong组四面体再加上aptamer对exosome进行检测。": 3, - "iao：裴昊师兄组关于纳米结构设计和应用的综述。": 3, - "u：渠志倍师兄长程静电作用促进四面体侧链杂交反应（模拟居多）。": 3, - "undah：有证据表面在细胞里边四面体测链能促进互补杂交和连接": 3, - "ia：李凤琴师姐四面体搭桥，得到一个ultrafast": 3, - "uzmenko：guided": 3, - "go": 3, - "蛋白，这类结合蛋白都可以促进与target的结合，跟go相关。ilius": 3, - "纳米颗粒布朗运动专题阅读": 3, - "我们在综述提到，四面体是一种": 3, - "machine分子机器专题阅读，然后通过设计大小来影响其运动，运动主要就是": 3, - "diffusing，所以这里深入了解并确认了": 3, - "对于颗粒的": 3, - "的影响，基本在几百": 3, - "范围都是有一个指数下降的趋势。这意味着我之前的判断”四面体越大扩散性越差“的观点是站得住脚的。": 3, - "值得注意的是，借鉴蛋白颗粒有平动还有转动，而且size增加后似乎转动受到的影响还要大于平动，所以对于": 3, - "而言，它需要寻找到合适的空间取向，也成为了一个限速步骤。那么它的": 3, - "dark": 3, - "理论上讲会更长。很有参考价值的文献都放了截图。": 3, - "最后说一下意义，扩散是微观世界中分子运动的主要形式，但可惜的是扩散本身是随机的。而生命的神奇之处就在于，通过各种各样的方式调控，使得分子运动有序化，从而在某种意义上驾驭了随机的分子扩散，使之产生确定的生物功能。": 3, - "布朗运动": 3, - "布朗运动是指悬浮在液体或气体中的微粒所做的永不停息的无规则运动。": 3, - "其因由英国植物学家布朗所发现而得名。作布朗运动的微粒的直径一般为": 3, - "厘米，这些小的微粒处于液体或气体中时，由于液体分子的热运动，微粒受到来自各个方向液体分子的碰撞，当受到不平衡的冲撞时而运动，由于这种不平衡的冲撞，微粒的运动不断地改变方向而使微粒出现不规则的运动。": 3, - "`rownian": 3, - "otioncolloidal": 3, - "particle`（溶液中的悬浮的纳米颗粒？？）": 3, - "阅读文献anoharan": 3, - "阅读文献hakrabarty": 3, - "阅读文献uriv": 3, - "几篇文章快速看下来，发现可以直接用的理论。毕竟四面体是纳米颗粒。打算先了解下的基础知识，然后看下侯尚国师兄的": 3, - "tracking。": 3, - "与扩散系数": 3, - "是`ean": 3, - "quare": 3, - "isplacement`缩写，指的是均方位移。其定义为液体和气体分子不会待在一个固定位置，而是不停移动的。": 3, - "均方位移的量与原子的扩散系数存在对应关系。": 3, - "所以很多东西被浓缩到一个扩散系数里边去了。显然这是一个由粒子和环境共同决定的因素。比如流体环境黏度增大，这个扩散系数显然就会改变。": 3, - "`diffusion": 3, - "coefficient`": 3, - "阅读文献udyak：收获蛮大！😊": 3, - "differs": 3, - "significantly": 3, - "纳米颗粒的扩散系数受到本征的严重影响，这里给出了一个模拟的结果，即扩散系数与size": 3, - "存在指数关系，但是k值由材料本身决定。不过这个基本符合我的感受：即size越大，扩散系数越小，扩散能力越弱。": 3, - "阅读文献udyak，引用了文献udyak，但是探讨的纳米颗粒的size和溶液整体的黏度的关系。": 3, - "阅读文献harazmi：降低anus纳米颗粒的表面能（疏水部分），能够增加平动和转动的扩散系数。也是一个模拟为主的工作。": 3, - "阅读文献ournier：在有机组织中的扩散很不一样，基于这种方式联合可以对脑部成像有更好的效果。": 3, - "阅读文献usko：通过纳米孔测量蛋白质的转动的扩散系数，有不同大小的，还有蛋白复合体的，基本上也是越大，扩散系数越小。这个文章很有用。⭐": 3, - "蛋白质和小分子颗粒扩散": 3, - "阅读文献akshi，定量研究了大肠杆菌中的扩散转运": 3, - "阅读文献albo，认为一些分子的拥挤程度影响了扩散系数。。比如γlobulin，这不是跟差不多么": 3, - "阅读文献vonulow：蛋白浓度提高后，转动衰减比平动更严重": 3, - "阅读文献roves：技术测定多糖分子的扩散系数跟分子量的指数关系": 3, - "阅读文献onopka：测定在两种不同状态下细菌中的扩散系数。": 3, - "阅读文献esmelova：体系中球蛋白浓度越高，扩散系数越差": 3, - "阅读文献impson：iffusion": 3, - "的详细介绍。": 3, - "阅读文献ingh：认为纳米材料会影响细胞形状，没啥乱用。": 3, - "阅读文献akshi：光激活aede蛋白为例的diffusing": 3, - "微纳机器人的运动和应用": 3, - "微纳机器人能用来做什么，有什么用途？这是我第一个需要回答的问题，得先从已有的文献中先做一下简单的分类和思考：": 3, - "测量分子作用力，ickelsrockman": 3, - "检测或者过滤抗原，iang": 3, - "调控细胞功能，i": 3, - "运载货物，ouglashubagere": 3, - "微纳机器人的运动控制或驱动，不少可以参考自家综述ang：": 3, - "链置换行走，ungharaazrafshanhao": 3, - "物理场作用驱动，mith": 3, - "还是有不少内容有残缺，需要大量的文献阅读，去搜吧": 3, - "相关文献速览": 3, - "用包硅的四氧化三铁作为致动器（actuator），电磁场驱动，然后表面修饰能够结合细菌细胞壁的endolysin作为sensor，最终实现对多重耐药的金黄色葡萄球菌的杀灭。": 3, - "多位nanomedicine或者nanorobot领域的大佬畅谈该领域的发展，什么可以称作nanorobot，以及集群机器人作为一种手段对我有所启发。⭐": 3, - "用纳米技术合成四价流感疫苗，非常精确的组成。": 3, - "hao等人的综述，主要是关于纳米技术应用于nanomedicine，提出了所谓的": 3, - "的概念。": 3, - "自家用折纸治疗急性肾损伤的文章，陈倩师妹的工作。": 3, - "能够有较大穿透深度的近红外，加上上转换纳米颗粒，还有aptamer，从而实现了所谓的": 3, - "spatialtemporal": 3, - "selectivity": 3, - "controllable": 3, - "devices，说法都很有讲究。⭐": 3, - "hurch大佬eorge": 3, - "hurch的工作，什么autonomous": 3, - "robot、aptamer": 3, - "gate": 3, - "等概念，人家十年前就提出了。ourzac": 3, - "的采访中也有": 3, - "church": 3, - "的描述。⭐": 3, - "茜姐ian": 3, - "i通讯，葛志磊师兄一作的small文章，六螺旋折纸载药（ox）杀癌细胞，特点主要是载药数量精确？？": 3, - "黑磷纳米片治疗急性肾损伤，侯军军师弟的工作。": 3, - "关于微纳机器人的小综述。": 3, - "姜大卫师兄更早的关于用折纸治疗急性肾损伤的工作，算是搞起了一个模型。": 3, - "非常好的关于纳米技术和纳米结构材料用作nanomedicine的综述工作，作图简洁清新舒服。⭐": 3, - "做了一个多功能的nanorobot，典型的费力不讨好的工作，又是磁场控制、又是载药、可控释放、光热治疗等等。": 3, - "基于材料的一些motor的相关综述。": 3, - "果蝇的眼角膜上有纳米覆盖层，由于一种扩散反应的机制，形成了所谓的图灵样斑（uring": 3, - "patterns），此文进一步搞清楚了这种形貌结构跟生物学功能的关系。主要是对光线信号有更好的反射效果。": 3, - "生物医药领域，微纳机器人在": 3, - "diagnosis": 3, - "detoxification等方面的应用和进展。": 3, - "hao大佬的高引论文，其实就是模仿church做的一个": 3, - "trigger，能够响应凝血，在肿瘤微环境造成杀伤效果。": 3, - "一方面把肿瘤部位的血小板弄死，使得肿瘤组织更具更好的permeability，提高纳米材料的效应，另外一方面又让纳米材料载带凝血酶来阻断肿瘤组织的血运，饿死它们。": 3, - "基于zyme，以及烧桥原理，实现的分子机器在细胞膜表面的随机自主行走，行走过的路径会引起受体二聚，产生": 3, - "cytoskeleton": 3, - "remodeling": 3, - "enhance": 3, - "migration。概念上是个不错的工作。⭐": 3, - "ing等人的工作，ranched": 3, - "用于载带": 3, - "si、as": 3, - "等等进入细胞实现基因编辑。": 3, - "还是国家纳米科学中心这帮人，特别喜欢做滚筒折纸来载带一些，东西，这个是弄了一个肿瘤抗原，作为一个vaccine来发挥作用。事实上从健康理念上讲，确实是先疫苗预防，然后及早诊断。而等到病入膏肓，再治疗难度就很大。": 3, - "川大unfeng": 6, - "in的工作，四面体上伸出了一个": 3, - "aptamer，可以靶向肿瘤，导致蛋白进入到溶酶体降解途径，跟技术有点类似，还有一个韩达a": 3, - "an的工作，也是类似的比较有意思的策略（靶向降解蛋白）。⭐": 3, - "bphmkn": 3, - "一篇评论文章，讲微纳机器人需要更好的成像和控制，里边图比较漂亮，总结了三种典型的": 3, - "micromotor": 3, - "prototype。⭐": 3, - "介绍纳米结构，特别是": 3, - "作为": 9, - "cellualr": 3, - "的相关小综述。": 3, - "用蛋白质和做了个纳米线，所以不管是纯纳米结构，纳米结构，还是蛋白质组装的结构，以及这种": 3, - "nanomaterials，都有人做过了。": 3, - "微纳马达在生物医学上的研究进展综述，感觉还没有特别重量级的工作。": 3, - "in的工作，所谓的nanobee，我似乎还帮忙审过。": 3, - "可编程的药物释放，不能依赖于细胞内环境的降解作用，这样降解也得是自发可控，所以引入了zyme。产物包裹了氧化锌纳米颗粒。这个锌离子（进入酸性溶酶体中产生），既是酶的辅酶，也是的产生源。": 3, - "还是丁宝全aoquan": 3, - "ing他们滚筒折纸载带和靶向治疗肿瘤的工作，感觉换汤不换药。。": 3, - "一篇短小精悍的综述，提出了nanomotor要应用于invivo": 3, - "application面临的一些挑战。": 3, - "基于纳米结构的probe的一些进展的综述，内容较多。": 3, - "韩达a": 3, - "an模仿丁宝全他们体系，利用滚筒折纸执行抗凝血功能的工作，但是亮点主要在": 3, - "computing。": 3, - "快速粗略的读完一遍文库中微纳机器人相关的内容后，我感觉这个领域还非常初步。而且这个概念之前我其实是跟": 3, - "搞混淆了的。有一小部分nanorobot可以算是medicine，但大部分都不算。另外nanorobot也容易跟": 3, - "混淆。所以定义不是特别清楚，应用不是很多，是目前这个领域给我的感受。文章发得好的，一方面是搞纳米智能机器人的，另外一方面可能就张良方的一些工作还。": 3, - "tje": 3, - "图片来源：ineffableislandcom": 3, - "fourstranded": 3, - "knot": 6, - "letters": 3, - "bind": 3, - "最早在年，imotif": 3, - "被发现鉴定ehringatel，代表的是，翻译过来就是。": 3, - "很好的综述，imotif": 3, - "确实是": 3, - "响应，但是却存在一个类似": 3, - "值的半转换": 3, - "值。然后": 3, - "的稳定性主要是半质子化的": 3, - "对，也有很多其它因素能够影响。此外": 3, - "的序列也存在多样性，甚至有些细胞里边的启动子都能形成": 3, - "imotif。⭐": 3, - "从分析化学角度看": 3, - "的文章，这个东西结合电化学还挺有意思的，或许是新型的": 3, - "成像手段？另外还发现了用": 3, - "实现纳米金可逆聚集的工作": 3, - "harma，感觉": 3, - "针对": 6, - "的这种": 3, - "功能真的是非常好用⭐": 3, - "不少癌症相关的基因的表达调控元件都有": 3, - "imotif，所以这个玩意现在也是热门的靶点，事实上已经有抗体开发出来了。至少做细胞核成像是没有问题的。": 3, - "更细致的研究": 3, - "的稳定性受到": 3, - "和稳定影响的工作。": 3, - "、": 3, - "（荧光相关光谱）等方法测定": 3, - "的结构动态变化，得出结论是解构的速度比形成要快": 3, - "倍。⭐": 3, - "结构解析，两头": 3, - "imotif，中间": 3, - "综述，除了介绍": 3, - "的结构，还有细胞中存在的一些基因元件，还介绍了": 3, - "的作用底物，比较有意思的是碳纳米管可以促进端粒部位的": 3, - "形成。": 3, - "综述，特点是介绍了不少基于": 3, - "nanostructure，以及靶向": 3, - "的化学小分子。": 3, - "添加蒽醌化学修饰来提高": 3, - "的热稳定性。": 3, - "早期工作通过": 3, - "ray": 3, - "小角散射得到了": 3, - "在不同": 3, - "条件下的构象，尺寸参数给的非常明确。": 3, - "通过小分子稳定": 3, - "会导致": 3, - "不稳定，反之亦然，所以这就证明了细胞采取了不同的机制来利用": 3, - "这两种": 3, - "二级结构？？": 3, - "有参与的工作，清楚地显示了多种序列不同的": 3, - "的响应敏感性，": 3, - "波动就能造成这种形成和结构。": 3, - "做的一个纳米载体载药（）杀死癌细胞的小应用。": 3, - "链，还修饰了": 3, - "quencher，封闭修饰有荧光基团的": 3, - "aptamer（靶向肿瘤部位蛋白），然后这个": 3, - "序列的": 3, - "响应范围是": 3, - "。这个（荧光探针）思路很简单。": 3, - "分子加上": 3, - "之后也能响应": 3, - "发光了（刚性限制分子的作用）。这个感觉有点意思，但是似乎不太靠谱（解释得不是很清楚）。": 3, - "很神奇，imotif可以被荧光基团搞得更稳定，但此时荧光被淬灭掉了。通过升温解构之后的产物不可恢复，而且具有更强的表面吸附（到氧化石墨烯）能力。所以这种荧光染料还是要慎用。另外": 3, - "poly": 6, - "的表面吸附，也让我想起来姚广保师兄的": 3, - "吸附到金球表面的工作ao。⭐": 3, - "这篇分析化学的文章弄了一个基于": 3, - "的双色比例型荧光探针，对": 3, - "的响应非常精细，响应范围从": 3, - "，线性良好。⭐": 3, - "同样是利用": 3, - "效应，实现对两个荧光": 3, - "对的距离控制，造成效率差异。还搞了纳米孔，注意这里用的": 3, - "给出了尺寸参数是": 3, - "纳米金花结合": 3, - "载药（）做的": 3, - "nanomedicine。": 3, - "钾离子也能够影响": 3, - "的稳定性。": 3, - "被短波长激光激发产生磷光，还可能发生损伤？？": 3, - "研究这个启动子中的": 3, - "体外模拟细胞内环境，提供拥挤环境和g离子，证明也能提高": 3, - "稳定性": 3, - "解析了": 3, - "imotif和常规的双螺旋共存的结构，指出在很宽的实验条件下二者是可以共存的。这有利于更加丰富的设计。": 3, - "i老师的相关工作，利用": 3, - "和其它一些元件如": 3, - "结构弄了一个响应": 3, - "变化的": 3, - "荧光传感器件。": 3, - "研究了压力对于": 3, - "结构稳定性的影响，压强升高，前者更稳定，后者更不稳定，有点意思。": 3, - "研究了表观遗传修饰对于": 3, - "的稳定性的影响。": 3, - "证明人细胞核中存在": 3, - "固态纳米孔上喷金再修饰": 3, - "imotif，然后调节p搞银离子跟": 3, - "结合，然后放谷胱甘肽啥的。。。": 3, - "粗略看下来，目前关于": 3, - "的研究主要就是两大类，一类是研究各种影响它稳定性的因素，另一类是利用imotif作为": 3, - "psensitive": 3, - "的功能做一些传感探针设计。但是如果我想在": 3, - "中引入": 3, - "的话，单分子水平的": 3, - "变构的速度，以及不完整的开链结构会产生什么样的影响，都是未知的。因为目前都是给出的": 3, - "构象比例跟": 3, - "不同": 3, - "的响应曲线。这是个宏观的东西。": 3, - "微纳机器人的运动控制": 3, - "没有实际真实的目标去阅读文献或者调研一个东西是低效的。那么在开始做这件事情之前，我需要问一下自己，后面是要开展这方面的课题吗？还想着如何去控制纳米机器人的运动吗？我会去使用化学催化反应或者物理手段控制吗？": 3, - "其实我第一时间的反应都是": 3, - "o，因为我们提运动控制，纯粹是从答案找问题，觉得是一种新的运动控制策略。但是毫无疑问我们在这个方面的积累是严重不足的。不过后面不做这个方面的更重要的因素是，实在是": 3, - "不住。": 3, - "观察单颗粒的运动当然是可行的，甚至我们还有侯尚国师兄超强的三维单颗粒实时示踪手段。但是控制单颗粒运动这个事情，过于细节，我还没有形成一个": 3, - "big": 6, - "view，就很难产生较强的意义感。": 3, - "而且从理论上来讲，不管怎么做结构设计优化，都无法实现真正的主动靶向运输，物法实现真正意义上的纳米机器人：能够接收并执行人类发出的指令，以及自主地处理一些微观世界地任务。": 3, - "我心中其实是有一个": 3, - "view，如职业发展的思考中所说，我更想搞一点探索生命奥秘的题目，比如研究分子反应网络，或者是集群行为什么的，做个人工细胞什么的。但显然这个目前跟我的研究领域相去甚远，而且也过于理想化。": 3, - "所谓，听其言，观其行。我嘴上讲着总想研究一点生命的奥秘，但事实上我真正欣赏的文章，多是偏向技术突破（比如成像技术，分析手段，方面的），或者是好的技术应用，而不是概念上的某种突破。这种情况可能是我目前的境界还没有到，没有体会到从无到有，突破认知边界的那种意义感。": 3, - "全世界最前沿的个科学问题": 3, - "cience杂志在创刊周年发布了个问题，这些问题其实是一些非常大的问题。而从某种意义上讲，我的研究最好是从属于其中之一。": 3, - "化学自组织的发展程度如何": 3, - "自然界中手性原则的起源是什么": 3, - "蛋白质如何发现其作用对象": 3, - "是什么保持了细胞内的通行顺畅": 3, - "我留下了可能跟我兴趣点相关的问题。其中": 3, - "都是跟物质的运动有关。": 3, - "此后，上海交通大学在其建校周年时，跟cience联合发布了新版的个问题。": 3, - "其中人工智能部分第一个问题就是：可注射的抗病纳米机器人会成为现实吗？所以你看，其实我搞来搞去，都是在搞人工智能。我觉得这个是我要抓住的一个点。因为曾经我踏上码农的道路，就是体会到了自动化的魅力。效率的提高是对生产力的解放，这对于整个人类社会来讲都是进步的。": 3, - "所以脑子里始终记住四个字，“提高效率”，要做提高效率的研究，因为提高效率让我真正快乐。人工智能如果不能提高效率，那就是人工智障。": 3, - "在多色成像上就有好多工作，比如比较经典的": 3, - "xchange。ungmann": 3, - "其实比它更早的多色成像工作应该是基于六螺旋的": 3, - "barcode。in": 3, - "后来": 3, - "又发展出来了所谓的": 3, - "metafluorophore。oehrstein": 3, - "此外也有利用与靶标链结合频率差异弄的emporal": 3, - "arcodes。haha": 3, - "还有通过调整一个方块折纸上": 3, - "可以说": 3, - "在超分辨多色成像领域确实有优势。但是它的劣势也非常明显，就是速度太慢了，最近": 3, - "等人用分屏的方式稍稍缓解了这个问题。imber": 3, - "当然了早年就有人采用多种激光照明实现少数的同时多色成像。omezarcia": 3, - "最近也有针对分屏后的信号的点扩散函数进行调制实现同屏的多通道多色成像。": 3, - "针对超分辨多色成像的优化有很多策略比如同时使用碳酸亚乙酯、重复序列和spacer设计加速；ivitci": 3, - "更短的imager和简并设计的靶标序列实现百倍加速的；": 3, - "甚至包括自动化方面的工作。lmada": 3, - "需要注意的是自动化exchange": 3, - "是被普遍采用的策略，多色成像也这样搞。levanski": 3, - "这些本质上都是解决成像速度慢的问题，另外还有降低设备成本和操作难度的小型化ite；uer": 3, - "或者是与转盘共聚焦连用增加成像深度，chueder": 3, - "以及使用": 3, - "nanobody减少分子标记的位阻效应，ogratedrissi": 3, - "所以这些优化除了自动化之外，其它更多是对成像技术本身缺陷的优化（而不是新的多色策略）。某种程度上讲，exchange": 3, - "仍然是超分辨多色成像领域的主流。": 3, - "除了上述我直接通过回忆记起来的代表性工作，xchange本身就有了很多应用以及其它变形。比如jungmann对exchange的进一步优化，也是把docking链直接修饰到抗体上，减少位阻，适用于细胞内多靶标的成像，gasti": 3, - "但是这个工作跟前面提到的nanobody的其实有点类似的，ogratedrissi": 3, - "所以有时候你不比较阅读都不知道其中的细微差异。此外，对xchange的优化还包括使用": 3, - "quencher链，这样有助于克服厚组织样品多色成像时": 3, - "在漂洗过程中难以快速扩散的问题；utz": 3, - "可以很明显的发现除了": 3, - "xchange技术提出者，其它人做的针对这个技术修修补补的工作杂志发的都不是很好。": 3, - "但如果是使用": 3, - "xchange去做一些别的事情，哪怕是换一种说法，比如对标sequential免疫荧光染色，可以说xchange只需要一轮免疫染色，后面都是置换，速度很快；ang": 3, - "甚至简单的用该技术看下细胞膜上受体蛋白分布也还可以；erbin": 3, - "或者不做细胞成像，做成mi的体外检测也很好；u": 3, - "当然一些生物学领域深耕细作基础深厚的团队运用起成像技术更能够做出漂亮的工作，比如对神经元突触的成像。uo": 3, - "使用超分辨成像是为": 3, - "narrow": 3, - "范围，因为多色成像工作更是数不胜数。所以除了，我只需要想想其它的超分辨成像手段，比如": 3, - "、、": 3, - "甚至": 3, - "在多色成像上的一些进展如何即可。tockhammer此外，也只是": 3, - "这类依赖于": 3, - "diffusive": 6, - "的超分辨成像手段的分支，所以还可以看到有些直接用一些染料小分子做的多色超分辨。比如用": 3, - "对细菌的多色超分辨成像。pahn": 3, - "比较偏门的就是拉曼成像，不过这个信号弱是硬伤，而且它的超分辨是超它自己的分辨率极限。ian": 3, - "另外针对多色超分辨成像数据的分析也是难题。in": 3, - "文献阅读列表": 3, - "`dvpages\"eadingmdnotes\"": 3, - "\"综述\"": 3, - "成像": 9, - "确认一下有没有直接用": 3, - "看细胞膜和基底面距离变化的（用）。": 3, - "最早提出的文献用到了nile": 3, - "染料对脂质体和磷脂双分子层做了一个超分辨成像，eiharonov": 3, - "后续也有工作跟进，nile": 3, - "逐渐成为一个细胞膜超分辨成像常用的染料。anylchukoon": 3, - "但是却看的不是细胞的下表面（跟基底面接触的部分）。": 3, - "唐本忠参与的工作，用长时间观察了下纳米颗粒被细胞摄取。heng": 3, - "利用尼罗红的特性做超分辨，拿到空间信息同时还能拿到谱学信息（棱镜分光），因为尼罗红发出的光谱跟环境状态有关。但是这个工作没有做到活细胞。⭐ongiovanni": 3, - "大佬hilip": 3, - "innefeld的综述，认为这一类都属于superresolution": 3, - "。olle": 3, - "把和ile": 3, - "搞成了一个": 3, - "分子对，用于测量内质网的膜流动性。ang": 3, - "湖南大学张晓兵的工作，对nile": 3, - "red做化学修饰而成一个探针，还能检测活细胞释放的一氧化碳，感觉有点神奇。u": 3, - "对分子极性也是敏感的，在气液界面也能发出荧光来，此处利用看了一下纳米气泡（用玻片制作的，估计是电解水产生气泡）。eng": 3, - "非常好的同时看光谱和超分辨成像的技术，但是是基于的，可能是发表晚了，只发了个。⭐oon": 3, - "目前我基本确定，很少甚至几乎没有人用": 3, - "研究过细胞下表面跟及基底面的距离变化。接下来就是要根据掌握的信息看看这个事情的可行性如何？事实上：": 3, - "ed这个太容易受到周围环境影响了，所以用背景不见得低": 3, - "而且ile": 3, - "ed还会在细胞膜里边扩散，很容易就把细胞整体染得很红": 3, - "另外我对于": 3, - "的成像，以及基于": 3, - "之间的一些区别超分辨成像，还不是特别清楚，这个要真正搞清楚。因为有一些": 3, - "也能看细胞骨架和线粒体这些细胞内部的结构。（需要额外的光学硬件inuma）。": 3, - "最后还有一点，就算这个可以做，但是似乎跟没有多少关系啊。。。或许把": 3, - "修饰在上rokhorenkootapan，用四面体影响它的扩散？？": 3, - "英潍捷基修饰清单xls": 3, - "中并没有直接卖的。所以要想跟联系到一起还真不容易，估计得自己掌握一下click反应。": 3, - "rccvn": 3, - "前面已经确认过，ungmann提供的三维的": 3, - "需要额外的硬件，一个什么": 3, - "cylinder": 3, - "lens，通过光学像散的方式实现。inuma": 3, - "但另外一篇文章又说不需要什么光学切片，但仔细看了一下还是要用像散获取z轴信息，只是因为diffusive": 3, - "probe没有结合的时候是被淬灭完全没有荧光的（这种结合到靶标才会亮的性质就叫做），所以无需考虑背景问题。hung": 3, - "如果我想获取细胞膜跟基底面的高度变化，那么不可避免地我需要获取z轴信息啊。其实这个cylindrical": 3, - "huang的工作中uang早有提到：": 3, - "所以到时候可以让高兆帅师兄帮忙买一个安装好就行，感觉把分光镜改改就行。然后这个东西的原理，一些卖光学器件的公司说明书都很清楚。": 3, - "总之用拍三维的肯定要有一个简单的改造，不算复杂，加两块玻璃然后调整好光路的事情。但是能做三维成像又能够怎样呢？人家还拿尼罗红做超分辨看光谱呢。oon": 3, - "简单的用nile": 3, - "red是否能够实现动态变化的检测，这个才是最关键的问题。基底面细胞膜结构的动态变化，跟细胞力学作用肯定是相关的，而且可以说是存在比较直观的因果关系。但是要观察到这种动态变化，时间分辨率上够不够，文章中提到integrin跟c的相互作用时间是srockman，算是比较快的。然后": 3, - "最快实现超分辨成像是": 3, - "min，anylchuk感觉这里可能是非常勉强够用的。至于": 3, - "做超分辨的空间分辨率，无论是xy还是z，基本上还是有保障。而细胞膜跟基底面的空隙一般也就在": 3, - "左右iebelai。说实话这个厚度，估计四面体大了是很难扩散进去的。": 3, - "这是从eica公司关于显微镜产品的技术说明，左侧是普通，右侧是。确实看的就是": 3, - "基底面，细胞（breast": 3, - "carcinoma": 3, - "cell）黏附蛋白直接就是一片绿。当然了这里不是单分子成像，也没有，所以看着就是一片绿。": 3, - "看e": 3, - "拍的细胞膜anylchuk，其实也是绿油油的一片。但是这里拍的z轴估计比较厚，然后拍的是上表面。特别需要注意这里用的": 3, - "添加了比较短的烷基链修饰。不过我不用对z轴分辨率担心，毕竟人家cience中都能看几十个纳米的折纸。inuma": 3, - "另外又查到另外一篇用对微米的表面修饰的微球做的表征，也是用到像散的方法做": 3, - "，我干脆问了一下高兆帅，像散方法拿到z轴分辨率大概就是": 3, - "nm。所以这个分辨率，其实我是很难判断这种高度的变化的。所以这大概就是为什么大家都不去做的原因。": 3, - "至于细胞表面形貌成像，无论是，还是一些电阻抗的扫描显微镜，都可以做得很好，而且现在来讲速度也上来了。eitao": 3, - "sm的实验与数据分析方法": 3, - "我自己包括实验室其它人对于": 3, - "都有很大的需求，希望能够从单分子角度观察距离变换，等价于效率变化。": 3, - "goilius原班人马的新作品，利用xchange的方式提高了": 3, - "的分辨率。": 3, - "实现多色成像，感觉有点神奇，后面再细看。⭐": 3, - "用的方式测定端粒中重复序列长度跟稳定性的关系，非常smart的一个关于的应用，我小组会上跟人分享过。小组会谢晓冬pptx": 3, - "基于神经网络的sm数据分析，很大程度上自动化了整个流程": 3, - "ungmann做的，注意": 3, - "荧光基团被修饰在docking链上了，只有": 3, - "donorimager": 3, - "结合上来才会有信号。": 3, - "通过的方式加速，注意donor": 3, - "都在不同的两条": 3, - "上，同时结合到": 3, - "链上": 3, - "，才会发生": 3, - "。⭐": 3, - "用单分子和荧光相关光谱测定imotif的动态变化，结构比形成的速度要高一个数量级。": 3, - "单分子成像自动化的视频教程，涉及到一些微流控系统调研的东西。": 3, - "sm早期比较通俗易懂的综述，了解了很多基础知识，特别是很多实验细节，但是看了一个小时也是有点慢的。⭐": 3, - "smf，一个开源的sm数据分析工具。": 3, - "此文介绍了一种在蛋白复合体上精准修饰荧光分子的方法，先通过引入人工氨基酸（带有类似click生物正交反应的基团），跟靶标蛋白复合物一起表达出来之后，就可以再定点定量地修饰上荧光分子。⭐": 3, - "把有机荧光染料修饰到病毒上的三聚体蛋白上，如何精确控制数量和位置有点意思，然后用sm可以搞清楚病毒侵染过程的构象变化。⭐": 3, - "高通量的sm成像仪器设计，有一个x的结构光照明": 3, - "sm数据分析，可能在寻找race上有帮助": 3, - "一个比较成熟的用于": 3, - "sm数据分析的软件，有。": 3, - "读完oy，从": 3, - "实验设计、样品制备、成像采集和数据分析等方面看，我觉得有以下地方需要额外注意：": 3, - "sm能够检测": 3, - "的距离变化，而且检测的精度能够到": 3, - "sm常用的荧光染料需要注意，除了光谱上能够，最好是亮度高，稳定性好": 3, - "sm的样品需要固定到玻璃界面上，如果只有核酸，一般用vidin方案；如果有蛋白质，就用封闭界面": 3, - "sm界面封闭的效果，可以在添加": 3, - "之前，加入": 3, - "的荧光材料进去看看，每平方微米在到个点就合格了": 3, - "为排除crosstalk，得到更真实的效率，需要使用单独的donor和acceptor样品分别用donor的激光来激发。": 3, - "sm成像需要使用分屏器，为方便后续做不同通道的共定位，还需要界面固定的marker，一般是发射光谱较宽的荧光小球（但我们可以固定好仪器，一次性把坐标变换关系确定下来）": 3, - "通过简单的荧光淬灭来检验是否是单分子荧光，通过短视频（s）和多个视野（个）overview整个界面判断样品分布是否均匀，通过": 3, - "通道激发判断": 3, - "acceptor是否存在（donor": 3, - "同）等系统稳定平衡后开始长视频拍摄": 3, - "个数据点。根据这个要求可以反推拍摄参数。如果donor": 3, - "都被固定在界面上的，曝光时间可能得": 3, - "做完了": 3, - "校正，以及扣除背景之后（x": 3, - "area），才可以计算真正的": 3, - "fficiency，公式非常简单，就是": 3, - "{apparent}": 3, - "frac{{cceptor}}{{cceptor}": 3, - "{onor}}。": 3, - "fficiency": 3, - "和荧光分子对间距有着直接的线性关系。": 3, - "目前对于我做界面瞬时杂交的": 3, - "实验，在实验细节上确实有很多补充。我觉得真的是有必要再好好做一次。后面可以根据文献和经验，整理出来一份可以实际操作的完整的": 3, - "其它启示": 3, - "的数据分析还是有点难度，目前虽然有不少工具出来了，但是我估计也还没有到很傻瓜的地步。": 3, - "sm在蛋白质相互作用动态上还是能够大放异彩，但是蛋白质的精准荧光标记，虽然有人工氨基酸共表达嵌入的办法，但可能还是不大容易操作。": 3, - "单分子成像": 6, - "单分子成像是": 3, - "超分辨成像的大背景，这个领域目前发展到什么样的阶段，可以简单看看。": 3, - "工作的后续啊，这个主动式的三维漂移校正平台，发完cience": 3, - "再发": 3, - "protocol，其实也挺好的。": 3, - "提出了一种算法能够完成对圆环形的": 3, - "（点累积结果）的识别。": 3, - "基于超分辨成像，发展了一种定量化的单分子共定位分析手段，能够解析蛋白复合体。⭐": 3, - "利用深度学习算法，实现对稠密的成像数据的单分子定位分析（一般的要求稀疏的单分子荧光信号），从而提高成像速度。": 3, - "搞了一种": 3, - "aptamer（核酸适配体），可以对罗丹明染料有非常快结合解离速度，然后就造成快速的": 3, - "blinking，非常好的思路。这个": 3, - "可以共价表达到": 3, - "上，cool。⭐": 3, - "使用主动式的三维漂移校正平台，实现对细胞内分子距离的测定，这样就可以解决": 3, - "的漂移校正的问题。": 3, - "成像速度和成像质量很难兼得，此文给出了一个比较好的成像方案，关于激光功率等各项参数调优。⭐": 3, - "实现在细胞里边的三维多色成像。": 3, - "侯尚国hangguo": 3, - "ou师兄的大作，目前最好的单分子三维实时示踪成像技术。": 3, - "详细介绍了的成像样品制备。⭐": 3, - "兼容": 3, - "的自动化多色成像方案。可想而知目前超分辨多色成像存在费时费力的情况。": 3, - "使用深度学习来实现": 3, - "数据的自动分类分析。也跟人讲过。": 3, - "ao的相关特色工作，加电场控制，可以测定单个蛋白质分子的一些属性，不过涉及到比较复杂的数据分析过程。我之前跟人组会上分享过。": 3, - "单分子超分辨成像的综述，面向应用提出了一些challenge。⭐": 3, - "用单分子成像的方法定量检测内源提取纯化的micro，发就有点意思了。⭐": 3, - "荧光寿命成像与": 3, - "的结合，能搞出来多色成像的花样。不同的荧光染料分子，可能光谱性质很接近，但是荧光寿命可能差异很大。": 3, - "利用这个染料分子瞬时二聚化红移的特点做，实现了对真核细胞内脂滴的超分辨成像，分辨率可达nm。": 3, - "面向生物学家和用户的关于各种超分辨荧光成像的综述介绍。示意图很漂亮。⭐": 3, - "数据分析方法，可以从稠密的数据中发现特定的": 3, - "pattern，实现自动化的圈选。": 3, - "利用统计学的一些方法，硬是把数据后处理最终得到分辨率给提高了很多，神乎其技！有空一定要尝试一下。⭐": 3, - "用深度学习的方式，可以利用最多少两个数量级的采集帧数（单分子定位成像，），重构出结构。需要wildfield的reference，重构出来的结构又要进行卷积生成图像跟": 3, - "做差值，作为": 3, - "loss": 3, - "function。这个思路其实听上去是可行的，而且在一些常见的结构，如微管和线粒体上取得了较好的结果。⭐": 3, - "用对纳米金棒成像，用到了一种特殊的荧光染料，避免plasmon": 3, - "resonance对于荧光单分子定位的影响aab。": 3, - "诺奖得主在的基础上进一步发展出了": 3, - "，分辨率到": 3, - "当高内涵加上超分辨（主要是d），实现对细胞的高通量成像和自动化数据预处理分析，cool。⭐": 3, - "介绍超分辨成像的综述，有空可以简单看看。": 3, - "效应能够导致单分子定位的位置发生偏移。所以纳米金附近有荧光，会对荧光单分子定位产生影响，这个很神奇。⭐": 3, - "单分子定位成像技术在真核细胞成像中的应用介绍，大综述，先说了不少有机荧光染料的内容。⭐": 3, - "介绍了一下全内反射显微镜的基础知识，以及用于细胞膜表面的一些研究。": 3, - "概念最早出现的文章，用的是尼罗红（ile": 3, - "ed）染料去染": 3, - "liposome，分辨率还可以，是超分辨。速度很快，因为染料在膜上的停留时间只有": 3, - "ms。⭐": 3, - "单分子超分辨成像是目前成像领域的最前沿，追求的就是更高的时空分辨率，还有更多的颜色。但事实上很多时候都是": 3, - "tradeoff，在实际使用中也有很多地方需要": 3, - "optimization。总的来说，可以优化的，既有光学硬件的设计，也有样品制备的优化，还有数据采集和分析高通量自动化方面的各种努力。所以单分子成像领域目前的主要问题，其实就是让它变得好用起来，以及有更多有意义的用途，真正助力生物医学研究。要让「旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家」。": 3, - "分子共振荧光增强": 3, - "分子共振": 3, - "resonance，分子共振，比如，就是通过这种方式实现了能量从": 3, - "的转移。现如今我们手上有一种": 3, - "分子，似乎也存在这种共振，但的共振似乎是自身或者是跟胆固醇。": 3, - "共振结构是年鲍林": 3, - "auling创立的一种分子结构理论。": 3, - "分子hou具有效应，这种分子存在振动，如果把它卡住在一种构象，会有荧光峰出现。这种分子振动在多个分子间可能出现分子共振。": 3, - "费米共振": 3, - "费米共振的理论是在年由ermi提出的。他在研究了的振动光谱后发现，的弯曲振动谱的倍频×cmcm本应该在拉曼谱中比在红外谱中弱，但是在拉曼光谱中却出现了两个强峰cm和cm，同时本应该出现的对称伸缩振动的强峰消失。ermi把这一现象称为费米共振（ermi": 3, - "esonance），是两个具有相同对称性的能量相近的振动能级互相耦合的结果。": 3, - "费米共振是一种广泛存在于分子内和分子间的分子振动耦合（mechanically）和能量转移现象。分子内的费米共振现象由某个基团的基频和另一个基团的组频或某两个基团的和频发生耦合而产生。": 3, - "所以我觉得这应该是一种费米共振现象。但是具体的现象我是不大清楚的。": 3, - "法诺共振": 3, - "在物理学中，": 3, - "法诺共振（ano": 3, - "resonance）是一种会产生非对称线形的散射共振现象。背景和共振散射之间的干涉产生一种非对称的线形。": 3, - "感觉这是一个光学现象，可以问高兆帅。但估计不是这里的机制。": 3, - "费米共振的一些研究": 3, - "分子间的费米共振tride。": 3, - "注意这种措辞，vibrational": 3, - "effectaiz。不过还有一个需要厘清的，是": 3, - "mechanism，因为如果是发射的光波产生的后继影响。": 3, - "这似乎也是一个分子间的费米共振的例子。ui": 3, - "其它文献": 3, - "aselwandter，讲": 3, - "peizo": 3, - "蛋白的，跟": 3, - "有关，今年拿了诺贝尔生理与医学奖好像。": 3, - "iang，似乎是从模拟的角度研究三聚体蛋白（": 3, - "peizo）的动态。": 3, - "hang，田禾院士团队弄的": 3, - "分子，跟蝴蝶一样的形态，可机械振动，伸展态有红色荧光。": 3, - "redenbeck，综述，通过拉曼光谱来研究分子振动，这个是基本操作了。": 3, - "ang，费米共振用于受激拉曼。": 3, - "roehlich，研究有费米共振的气体分子": 3, - "hosh，氢键诱发的分子内不同基团的费米共振": 3, - "an，检测两个分子间的费米共振，，算是物理学的顶刊把，湖南大学有个老师参与。": 3, - "atakeyama，做的，利用硼和氮的相反的共振效应，基于策略（hermally": 3, - "delayed": 3, - "fluorescence）设计的新型发光材料，可以有很窄的蓝光光谱。有点意思。": 3, - "acaluso，这篇文章把概念分得很清楚，分子内的叫做structural": 3, - "fluctuations，": 3, - "分子间的叫做": 3, - "interactions。": 3, - "afiq，这个发表在hem上的文章是一个典型的分子内的费米共振的应用。⭐": 3, - "odgers，用费米共振效应测量两个近红外探针的氢键结合状态。": 3, - "chnedermann，指出vibronic": 3, - "couplingwwwnaturecomarticlessz": 3, - "的重要性，对于分子系统的": 3, - "，ature": 3, - "的大作。不过这个是原子核跟电子的振动耦合⭐elor": 3, - "hkirman，感觉荧光激发过程也容易受到费米共振的影响": 3, - "un，针尖增强拉曼光谱中的激活振动模式和费米共振": 3, - "ergauwe，水的振动强耦合对酶活性的影响": 3, - "ojcik，二聚体中的费米共振的模拟模型研究": 3, - "ianga，该工作在三甲胺水团簇中，氢键结合的伸缩振动与水分子的多种运动模式（平动、摇摆和弯曲）发生了强烈的费米共振，从而产生了异常复杂的多组伸缩振动谱峰。": 3, - "其它相关内容": 3, - "!膜张力的情况": 3, - "!蛋白分子振动": 3, - "现有的工作基础可能跟膜张力无关，而跟分子间共振相关，距离费米共振这种很物理化学的领域（而且感觉主要是一些做能源化学机理研究的人在搞，相对比较冷门）还有较大的距离，建议如下：": 3, - "核心问题是如何驾驭分子间共振从而影响能量传递效率？": 3, - "解决方案是利用框架核酸的精确调控控制距离（分子排布）": 3, - "荧光相关光谱成像": 3, - "我们的文章还需要": 3, - "影响了": 3, - "difussion": 3, - "的证据，目前比较好的选择是分析。这种荧光闪烁的自相关分析其实在": 3, - "的部分文章中我也看到过的。不过在具体的实现上，更多": 3, - "对一个非常小的局部空间进行监测，获取荧光信号强度变化。": 3, - "我们实验室当然是配备confocal": 3, - "的，但是如何把扫描成像区域锁定到一个位置，而且还要使用较高的灵敏度来记录信号，我还不清楚怎么弄。另外我在一些中文期刊上似乎看到也可以用，这个不知道又是怎么个搞法，可以搜搜看，见assler。": 3, - "事实上，李茜找了董朝青，他们是可以做的，所以最简单快捷的方式就是我们提供一下材料，让人家测试一下就可以了。": 3, - "把超分辨成像和结合起来的工作。": 3, - "做单分子荧光成像的handbook，不仅有也有。": 3, - "同上，也是一个荧光程序的大部头书，侧重于原理介绍。": 3, - "荧光寿命成像、": 3, - "结合起来，实现对膜蛋白": 3, - "diffusion的高精度测量。⭐️": 3, - "用来分析结合蛋白跟的相互作用⭐️": 3, - "有非常详细的从荧光信号trace到扩散系数求解的计算公式": 3, - "pringer出版社关于专门的指导书，更为详细。": 3, - "同样时方面的指导书": 3, - "使用测量膜蛋白diffusion的protocol": 3, - "使用查看纳米颗粒吸附的蛋白冠": 3, - "使用查看disorderd": 3, - "的相分离": 3, - "一种过渡金属组成的二维纳米材料，具有相关闪烁特性，可以用技术分析。": 3, - "用来做，有提高信噪比和光子监测速度的作用，但要求很高的成像速度，差不多": 3, - "us。": 3, - "交大化院董朝青老师技术的一个实际使用，也是我们最后获得数据的设备方法，一定要研读和引用。⭐️": 3, - "还是一个非常有用的技术，其核心还是在于自相关分析，以及背后的统计学原理（泊森分布），有空的话完全可以拿的数据尝试做这样的分析。": 3, - "简述了技术用于研究细胞内的分子运动。不仅仅是自由扩散，还有好多种复杂形式，比如拥挤环境，网状组织中的分子扩散运动都具有显著不同的": 3, - "pattern。": 3, - "参与的用": 3, - "研究界面结合解离事件的工作。": 3, - "超分辨成像可以说是我博士后期间了解最多的领域，这部分的内容非常丰富，但由于我中间切换了好几次文献管理库。所以目前的分类状态比较混乱。这里只是作为一个目录性质的存在。": 3, - "主要概念": 3, - "用对折纸结构进行立体成像，z轴分辨率也相当不错，cience大作。": 3, - "的开山之作。⭐️": 3, - "用尼罗红染料和liposome体系第一次提出了超分辨成像的概念，值得注意的是他们处理数据的时候，先对数据基于傅里叶变换做了降噪处理，但是我之前做降噪处理似乎是有问题的。另外一篇更早的文章中ei，已经想到了": 3, - "产生这种单分子荧光": 3, - "burst。注意此文还给出了一个碰撞速率跟浓度以及扩散系数的公式。⭐️": 3, - "技术优化": 3, - "我认为最大的优点就是能超多色成像（见的多色成像），但是也存在很多问题，首当其冲就是速度慢，自动化程度（见微流控系统调研）也亟待提高。此外对我这种入门的，漂移校正也很重要，不然分辨率根本上不去（单分子成像的漂移校正）。当然了，成像的背景以及成像的视野大小等等，都需要不断改进。所以在这项技术的优化上也有很多改进。不过我觉得这项技术如果是瞄准细胞成像，还是有它致命的缺陷，跟、": 3, - "有很大的差距。": 3, - "相关应用": 3, - "通过硬件主动克服漂移校正，好像还有一个不错的应用oelho，因为从源头上克服了漂移之后，产生高质量单分子信号的效率就从根本上改善了。": 3, - "另一种超分辨成像图案模式识别和重构的方法。": 3, - "详细介绍了做细胞的超分辨成像时候样品制备和一些实验方法细节上的内容。⭐": 3, - "使用红色的荧光小球，": 3, - "大小的能够取得相对较好的漂移校正效果。": 3, - "解决超分辨图像中的模式识别问题。": 3, - "用经典的统计学方法完成数据后续分析提升分辨率。": 3, - "做和picasso数据分析软件的protocol": 3, - "通过硬件实时主动调整，克服漂移": 3, - "用同时采集的明场通道作为marker用于漂移校正": 3, - "主要是用于自动漂移校正的方法。": 3, - "介绍了": 3, - "作为超分辨成像的分辨率方法，给出了比较容易明白的": 3, - "分析过程。还可以通过滤波": 3, - "实现更好的成像效果。": 3, - "提供了基于python的软件工具包，包括": 3, - "的分析和去卷积。": 3, - "主要是用": 3, - "来测定图像的分辨率，基本原理还是要单个解构分成两张图，然后做傅里叶变换，然后计算相关。注意对于低空间频率，曲线接近统一对于高空间频率，噪声占主导，衰减到。图像分辨率被定义为曲线低于给定阈值的空间频率的倒数，阈值等于≈最适合于定位显微镜图像。图像傅里叶变换结果如下图所示：": 3, - "这篇文章提出了稀疏去卷积（parse": 3, - "deconvolution）方法，结合i系统可实现目前活细胞光学成像中最高空间分辨率（nm）下，速度最快（z）、成像时间最长（小时以上）的超分辨成像。⭐": 3, - "首推侯尚国师兄的这篇文章ou。但出于高效的考虑，我还是要思考一下做这个方面的调研的真正目的。": 3, - "首先，我并不是要去掌握各种技术细节，特别是硬件上如何调优这种。然后我主要是了解一下目前": 3, - "有什么样的进展，大家都用这个技术做了一些什么？特别是看细胞看生物学体系方面的应用。通过这样的调研，我需要搞清楚": 3, - "能做什么，不能做什么。然后再进行下一步的调研。": 3, - "根据关键词`single": 3, - "tracking`先找一点文献快速看看：": 3, - "研究拟南芥植物细胞膜上的蛋白的，不仅是单分子示踪，同样是超分辨成像。singleparticle": 3, - "这里是": 3, - "的结合。⭐": 3, - "暗场显微镜，纳米金然后偶联能够结合癌胚抗原的抗体，如果有抗原就聚集，然后运动变慢，通过测定这种扩散系数来实现抗原检测。用到了一种": 3, - "的暗场成像技术uan，说是能够检测纳米金颗粒的自由运动，神奇。其实就是要超快拍摄。": 3, - "这个是多种数据分析处理方法的比较。": 3, - "利用cy转换为cy的机制，开发了一套可以用于密集对象的的技术，对蛋白进行了追踪成像。": 3, - "单分子定位的基本概念讲的很清楚，有助于硬件优化和数据分析。": 3, - "一个对纳米金刚石在细胞里边的，不仅看位置变化，还能同时获取旋转变化信息。里边有不少关于": 3, - "的引文，可以收藏。⭐": 3, - "似乎是有一块特殊的透镜，然后就能用实现的多个颗粒的追踪（两个点变六个）。最重要的是这个范围还挺大的。": 3, - "侯师兄": 3, - "protocol，比较详细，从光路到软件设置": 3, - "侯师兄用": 3, - "看了一个病毒颗粒": 3, - "landing": 3, - "的过程，可惜这个技术通量太低，没有观察病毒进入细胞的过程": 3, - "侯师兄关于": 3, - "的小综述，对于细胞和分子体系的运动的时空尺度总结得不错。": 3, - "侯师兄代表作，详细展示了": 3, - "早期介绍活细胞单颗粒二维示踪数据分析方法的文章": 3, - "提出了一个fanshaped": 3, - "算法用于分析亚细胞囊泡运动轨迹。其实就是一个扇形区域搜索，然后计算是下一个连续轨迹上的点的可能性。这种算法主要是解决漏帧问题。missing": 3, - "trajectory。": 3, - "关于二维": 3, - "数据分析方面的综述文章": 3, - "ouoang": 3, - "离心力显微镜（），看上去主要是检测结合力的。样品预先结合在界面上，转起来后如果离开界面，会出现离焦的图像变化。有点新奇。⭐": 3, - "用神经网络对二维的的trajectory数据进行特征分类。具有很高的借鉴意义，不过如果我们提供三维轨迹是否更有优势，这个可能在具体场景上（比如竖直穿膜过程，平面缺乏z轴信息）会有很大差异。⭐": 3, - "urzthalererbinoartinez": 3, - "提到了一个概念：ifferential": 3, - "icroscopy（），感觉就是基于成像对运动轨迹分析得到什么，后面再具体了解。⭐": 3, - "使用隐马尔可夫算法对": 3, - "轨迹数据进行分析": 3, - "关于方方面面比较全面的综述，年以前的文章暂时不用细看，就看这篇综述即可。⭐name": 3, - "的多色成像，有点意思。⭐": 3, - "早期关于二维的综述文章吧。": 3, - "扩散系数分布相关的早期工作": 3, - "的大综述，非常全面。⭐": 3, - "相当于是用追踪一个载药的lipid": 3, - "droplet，发现其运动与表面带电相关。": 3, - "量子点标记神经元上的蛋白分子": 3, - "rackate这个mage插件，可以用于的数据分析，我已经使用过。⭐": 3, - "三维单分子定位超分辨成像和单分子示踪方面的综述": 3, - "技术在细胞研究方面的综述": 3, - "关于细胞膜蛋白的的综述": 3, - "粗略浏览了一些文献之后，有以下体会：": 3, - "查一个关键词，最好是五年以内的文献，更早之前的除非是高引，否则可以等到后面溯源的时候再看。": 3, - "如果是比较陌生的，希望有比较系统全面的认知，优先看综述。": 3, - "作为一个技术，目前的应用似乎还不是很多。": 3, - "侯尚国师兄的": 3, - "技术存在低通量的硬伤（采集数据比较费劲），但是优势也是非常大的。": 3, - "注意收集一些": 3, - "响应的分子相互作用模型体系。": 3, - "electedorks": 3, - "bepresscom": 3, - "这位大佬在用": 3, - "结合做信息存储方面的工作（d）我们在深度借鉴学习。": 3, - "一套磷脂膜上搞球形核酸（纳米金纳米银修饰）的体系做暗场成像玩得贼溜。": 3, - "基于熵的漂移校正轨迹估计的工作对我们帮助很大": 3, - "esearchate上已关注，其基于熵的漂移校正轨迹估计的工作对我们帮助很大。": 3, - "researchgatenet": 3, - "漂移校正": 3, - "elft": 3, - "荷兰": 3, - "aus": 3, - "outh": 3, - "ales": 3, - "澳大利亚": 3, - "环境界面化学": 3, - "山东大学": 3, - "山东": 3, - "jiangwsdueducn": 3, - "alaita": 6, - "emory大学": 3, - "美国": 33, - "ksalaitaemoryedu": 3, - "哈佛大学": 9, - "zhuangchemistryharvardedu": 3, - "纳米技术，zyme": 3, - "复旦大学": 3, - "上海": 3, - "hongzhougufudaneducn": 3, - "selfassembly": 3, - "emory": 3, - "univ": 3, - "yonggangkeemoryedu": 3, - "伯克利": 3, - "xukberkeleyedu": 3, - "湖南大学": 3, - "谭蔚泓院士，早期是湖南大学的，主要做核酸适配体（aptamer）。": 3, - "马普生物物理化学研究所": 3, - "德国": 6, - "诺奖得主，超分辨技术的发明人": 3, - "单分子检测，": 3, - "rizona": 3, - "tate": 3, - "也是单分子成像分析检测领域的一方大佬，可惜去世得早。": 3, - "中科大化学系": 3, - "安徽合肥": 3, - "tlitaoustceducn": 3, - "李涛，中科大老师，上过他的课，也搞纳米技术。": 3, - "acidbased": 3, - "evices": 3, - "芝加哥大学化学系": 3, - "yamunauchicagoedu": 3, - "纳米技术，plasmonic": 3, - "timliedlphysiklmude": 3, - "纳米技术，计算": 3, - "上海交通大学分子医学研究院": 3, - "上海浦东仁济医院号楼室": 3, - "dahansjtueducn": 3, - "交大仁济分子医学研究院的老师，学计算机出身，现在各种搞": 3, - "nanotechnology，课题组网站搞得不错。": 3, - "核酸纳米材料、再生医学": 3, - "四川大学生物医学工程学院": 3, - "四川省成都市一环路南一段号": 3, - "yunfenglinscueducn": 3, - "technologies": 3, - "measurement": 3, - "可控自组装及功能化": 3, - "国家纳米科学中心": 6, - "北京市海淀区中关村北一条号": 6, - "dingbqnanoctrcn": 3, - "丁宝全，耳熟能详了": 3, - "纳米生物效应与安全": 3, - "zhaoylnanoctrcn": 3, - "中科院院士，国家纳米科学中心的主任？": 3, - "超分辨荧光成像": 3, - "（欧洲分子生物学实验室）": 3, - "德国一个做成像的，跟alf": 3, - "ungmann有合作，对于": 3, - "也比较熟悉荧光相关光谱成像。": 3, - "膜受体蛋白，神经生物学": 3, - "年诺奖得主。搞了各种细胞的表面受体的研究，偏向于神经电生理。": 3, - "纳米光子学，器件": 3, - "自组装": 3, - "的博士后导师，领域内的传奇大佬。": 3, - "超分辨成像，dynamic": 3, - "耶鲁大学": 6, - "耶鲁大学的，也是做": 3, - "超分辨成像方面，近期有一篇": 3, - "的工作就是他参与的。": 3, - "领域大佬，的高水平文章都是他的工作。": 3, - "应该是": 3, - "的发明人。": 3, - "框架核酸": 3, - "上海交通大学": 3, - "上海市闵行区东川路号": 3, - "本实验室大佬，深耕纳米技术，提出“框架核酸”概念，致力于学科交叉，未来主要是“原子制造”，“纳米机器人”和“信息存储与计算”几个大的发展方向。": 3, - "听说是个电镜做得特别好的家伙。": 3, - "作息时间表": 3, - "时间段": 3, - "事务": 3, - "起床，早餐，上班": 3, - "八段锦搞起来": 3, - "上午工作时": 3, - "多喝水别久坐": 9, - "午饭午休": 3, - "最好在办公室伏案午休": 3, - "下午工作时": 3, - "晚饭晚休": 3, - "注意饭后散步": 3, - "晚上工作时": 3, - "晚上锻炼时": 3, - "健步走也行啊": 3, - "下班，睡觉": 3, - "睡前不要太兴奋": 3, - "日常作息时间表，从周一到周五，保证每天工作小时（）。": 3, - "以后还是定期发布吧！有bug可以着急修改，改了就到中去记录一下。但是不要着急去git同步甚至发布": 3, - "release。导出了模板库之后，记得打开检查一下。避免出现什么未知的问题。": 3, - "下午又费了不少功夫修整obsidian教程，哎。我觉得这回应该是差不多了。后面真的真的不能花费太多时间在这个上边了。周小结": 3, - "上午完成了一个帮忙整大创申请书的任务，算是对信息加密存储这来龙去脉的文献做了一下梳理吧。": 3, - "有人在知乎问我怎么没有": 3, - "目录，才发现自己打包漏掉了，干脆下个月再补发一个包，并建议大家": 3, - "clone": 3, - "而不是下载最新的": 3, - "release。我这个": 3, - "得删除。": 3, - "遵守作息时间表": 60, - "晚上对": 3, - "autotransfer": 3, - "功能进行了优化。后面在": 3, - "中不需要写那么长的完整的相对路径了，只需要输入编号就行。比如": 3, - "就能够自动解析为": 3, - "。不过这种文件目录名的数字前缀，不能超过位，而且同级目录中必须是唯一的。": 3, - "晚上看完文献之后，李茜来问我整大创申请的进度，我。。。终于是开始看了下。按道理来讲这种本科生的大创申请书本不该我来写。但是现在都是这么玩的，不然怎么吸引人来打工呢。。。": 3, - "晚上老婆要学习java，我又弄了一天obsidian而没有搞科研，总归还是看下文献，然后再思考一下未来吧。": 3, - "新增了一个功能，利用python将相册中比较大的": 3, - "图片压缩为": 3, - "图片。但是并不完整（因为": 3, - "是锁定状态不可被外部修改），需要手动将双链中的": 3, - "字符串替换为": 3, - "jpg。不过有快捷键": 3, - "可以使用，所以还好。注意原先的": 3, - "图片并没有被删除。": 3, - "关闭了与新版obsidian不是很兼容的两个插件，一个是sliding窗口的，另外一个图片预览的。然后又弄了另外两个插件，一个可以通过front": 3, - "来": 3, - "笔记打开时以什么模式呈现。另外一个是增强搜索功能，以卡片形式呈现检索结果，但是可能比较吃电脑性能。": 3, - "干脆弄了一个相册模板，以后如果是搞相册，就不走日志草稿流程，直接到相册文件夹中创建。": 3, - "老婆公司远程开民主生活会，说是要分享疫情期间在家做的美食，要我提供素材，还好我会拍照记录一下。也顺带整理到相册中吧。春疫情在家的美食集锦": 3, - "昨天让老妈发送了不少我小时候的照片，我觉得这些照片还是整理一下吧。谢晓冬小时候的照片": 3, - "休息了一下，收拾房间，活动伸展身体，然后在微信群里跟老妈交流教育问题，提起记单词比较难，顺手推荐了词根词缀记忆法。词根词缀记忆大全pdf": 3, - "虽然还有很多事务，但是我打算就近期写obsidian教程这个事情做一个回顾小结。第一次写书的体验": 3, - "昨天给黑曜石玩家指南收尾了，然后同步到github上，并且在知乎上发布了一个非常简短的介绍，结果昨天就有将近两百次访问和次下载。说明这个东西确实还是有人有需求的。": 3, - "再写一两节obsidian教程，争取完成第三章": 3, - "早上起来之后，把任务归档自动制作甘特图的功能给完善了，还挺酷的。周小结": 3, - "写一两节obsidian教程": 6, - "收到通知，上海的疫情封控要持续到月日。据说昨晚超市排队买菜都疯了。现在的情况感觉不妙，不过对我而言影响还不算大，因为工资照常发，工作也能够继续。网上各种怨言还是很多，我只能说经此一役，政府的公信力不可避免地下降了。就本轮omicron的疫情来看，超强的传播力和大量的无症状感染，如果采取针对之前刚开始新冠病毒的经验实时所谓的精准防控，必然是行不通的。这是一个很明显的事情。我觉得专家们都能意识到这一点，但是采取更严格的措施的代价是很大的，再加上某种侥幸心理（轻症多），希望疫情防控能够软着陆。其实不少专家包括我这个稍微懂一点的却明白，「人定胜天」的情况还是少见。疫情一波未平一波又起，本就是人类种群自然调节的力量。中国政府现在这样做，（让人民）付出巨大的代价，是在真正贯彻「人民至上，生命至上」的理念，作为中国人我其实感受到一种安全感。但如果这个代价我自己承担太多，假如我是一个开店的，那么现在我肯定也是骂领导骂得很凶的，因为没有生意没有收入甚至都会有生存焦虑。有人赞美，有人讽刺，有人歌颂，有人咒骂，不过是各自利益的代表罢了。从进化的角度看，人类社会因为团结协作而发展至今，也必将继续深化紧密这种团结而继续向前。团结协作让单细胞组成了多细胞生物，让人类形成了人类社会，带来的是秩序和繁荣。而病毒细菌等微生物某种程度上可以理解为是自私自利的，凭借着本能寻求不断复制繁殖，带来的更多是破坏和混乱。再回过头来比较共产主义和资本主义，该如何选择是非常清楚的。而从这种大的趋势来看，人类必须学会进一步深化合作，才能避免亡族灭种。具体到现实生活上，我觉得以后人们自由活动的机会会逐渐减少，而居家网络办公的情形会越来越多，而且个体的其它活动自由也会从现实世界转移到虚拟的元宇宙当中。": 3, - "预言": 3, - "早上解决了昨天写导出项目功能代码遇到的关于双链字符串正则解析的问题，终于得到了比较robust的代码，完善了这个功能，以后可以轻松地从": 3, - "库中直接导出某个项目了。": 3, - "继续写一两节obsidian教程": 6, - "接着完成了大牛追踪相关的教程。感觉自己写得越来越慢。不过本来就该是这样的吧。这个事情真的优先级不高，我已经算是开了很好的一个头了，后面就是能够保持稳定的输出，就可以完成这个作品。周小结": 3, - "又完成了主题阅读和比较阅读相关的教程，obsidian教程的第二章大体上已经快完成了，打算今天再一鼓作气，彻底搞完文献阅读部分的说明吧。": 3, - "完成了文献阅读阶段性小结的教程说明，这里可以测试一下。": 3, - "相关文献，其实就是": 3, - "list": 6, - "的功能已经搞完。今天打算再接再厉，写两小节obsidina教程的内容。": 3, - "打算今天有空开发一个搜索相关文献的代码，可以自动到网上找当前文献的相关文章，主要是利用": 3, - "crossref。搜索到之后，可以跟本地文献库进行比对，如果存在的话，直接就在文献笔记中建立双链。": 3, - "起床到现在，过早洗漱，然后就开始折腾obsidian，结果现在才学会buttons这个插件，感觉也确实蛮好的一个功能，所以收纳了。": 3, - "准备小组会汇报内容（就讲文献）": 3, - "又增加了一个": 3, - "authorcount": 6, - "的功能，可以从文献库中提取作者并统计，看看我看谁的文章最多。毫无疑问是": 3, - "jungmann。": 3, - "开完了小组会，好像给自己定了一个目标，下周争取把文章框架整理好。然后实现回学校就补数据就ok了的状态。": 3, - "老婆发烧到，本来都躺到床上了，还得起来继续工作。病因推测是上次骑电瓶车去五院，路上可能吹风导致受寒了。": 3, - "又到了一周小组会，总不能说自己从头到尾都在忙活自己的兴趣爱好，疯狂撰写obsidian教程吧。算了，算了，讲点文献。小组会": 3, - "补充记录，今天上海发布报告我们小区有确诊病例，所以疫情封控还在继续，中午又再次去做了核酸。": 3, - "补充记录以下，帮李茜p了一张他们线上存储会议的合照。": 3, - "今天到目前为止，又写了两小节obsidian教程的内容。写作速度明显变慢。": 3, - "早上七点半起床，洗漱，早餐，出恭，八段锦，这一套下来很快就一个小时过去了。不得不说八段锦还是很有舒展身体的效果，做完精气神好像都被激活了。": 3, - "今天过得非常充实，希望以后每天都能这样。": 3, - "继续写一点obsidian教程": 3, - "完成综述修改建议": 3, - "把审稿的任务完成。": 3, - "再次测试一下，好的，在前面加换行符就好。": 3, - "感觉tracking的格式有点问题，多增加一些换行把！": 3, - "发现昨天对代码整理之后，paperdocxpy": 3, - "存在了bug，今天给改回来了，而且进一步对代码做了优化。": 3, - "原定年月在深圳的分析化学年会因为疫情又延后了，我直接申请退费。": 3, - "又写了一节obsidian教程，主要就讲了怎么搞pdf，做标注。进一步阅读原文": 3, - "审一篇稿子，讲一个什么糖修饰的，具有良好的稳定性，在血清中不容易降解。然后用非常老套的套路看了下这个材料的细胞摄取，生物分布代谢什么的。审稿": 3, - "在obsidian教程关于草稿撰写的部分，增加了如何创建表格。": 3, - "花了点时间完成实验室安全教育和考试的任务。": 3, - "!实验室安全培训内容docx": 3, - "!实验室安全答题docx": 3, - "帮老婆弄一下六级英语的成绩单，弄成pdf，她在华为转正要走一些必要的流程。": 3, - "完成昨天综述修改建议剩下的一点尾巴，补全了后面的修改建议。": 3, - "!combinedv": 6, - "dzz": 6, - "rdocx": 3, - "又完成了obsidian教程一小节，花费一个小时。本来还想接着再写一节。但是今天的事情比较多，周五晚上又要开组会，不能这么任性了。": 3, - "早上起床洗碗做早餐然后出门扔垃圾做核酸检测，时间很快就过去了。": 3, - "提供综述修改建议": 3, - "跟新入职的赵磊老师请教一下人工智能在成像数据分析上可能的应用": 3, - "整了一张很简单的，问一下赵磊能不能帮忙搞定数据漂移校正的事情。毕竟他在人工智能，算法，数据分析上的知识经验储备还是比我强很多的。": 3, - "!超分辨成像数据分析方面的咨询谢晓冬pptx": 3, - "晚上简单聊了一下，感觉他人还是很nice的，愿意提供帮助，但是因为很忙，只能说是就具体的算法问题上提供建议，写代码处理数据什么的还是得自己来的。另外可能是专业跨度太大，他并没有正确理解我所描述的场景。不过从一些细节上看，他的理解能力也确实不是很强。所以不要对他人抱太大希望。": 3, - "下午回来，加上晚上的时间，对戴哲泽的综述草稿做了修改建议。还没看完，": 3, - "剩下的明天再搞。": 3, - "rcdocx": 3, - "!fig修改建议xxdpptx": 3, - "下午陪老婆做完产检。": 3, - "这次大排畸产检结果显示胎儿发育正常，上图中只有一个是谢合吾。虽然还在娘胎里，但是相貌已然不凡了。": 3, - "在obsidian中绘制了两个示意图放到obsidian教程第一章的小结中，不然都是文字太干巴巴的了。不过我应当克制这种美化的冲动，先力求快速完整地完成该教程的撰写计划。": 3, - "刚刚陪老婆去小区物业领取临时出入证，发现还是有不少人出入的，但都是特殊需求，比如看病就医，或者是去医院上班的。": 3, - "昨晚对目录结构做了调整，把存放了大量pdf文件的": 3, - "目录从": 3, - "移动到了": 3, - "ssets。然后导出": 3, - "的相关文件转移到": 3, - "cripts，而mdnotes则统一放置到": 3, - "eadingmdnotes。这样的安排可以使整个": 3, - "库「轻重分离」，日志、阅读笔记和其它事务记录作为纯文本文件分别存储于": 3, - "iary、eading、rojects。这三个目录轻量化之后，可以方便免费使用云同步工具，做到重要地个人信息的实时备份。": 3, - "据说疫情封控还要继续，不过好在现在封控顾及了民生，社区可以flexible放行特殊需求的人，比如今天要去做产检大排畸的老婆大人。": 3, - "今天继续搞obsidian教程，争取完成大半。": 3, - "刚刚出现了一个同时显示两个panel的情况，还不好关闭": 3, - "基本已经调整测试完毕": 3, - "草稿模板没啥问题，可以正常运行，说明templater插件也是运行的": 3, - "输入内容主要还是下拉召唤quickdd命令面板，也很丝滑。": 3, - "dataview用起来也很丝滑": 3, - "作图插件也没有必要，也没法用，删掉": 3, - "发现项目归档是没有意义的，删掉": 3, - "看板插件也可以添加任务，没啥问题": 3, - "quickdd：tracking命令经过了测试": 3, - "今天可以解决用手机写日志然后汇总同步到电脑的工作机制。": 3, - "完成obsidian教程的部分内容": 3, - "刚刚写了不少": 3, - "教程相关的内容，也算是有个交代。💯": 3, - "搞完了序言，大致说了下为啥要做这个事情，书大致是什么内容，以及自己撰写计划。接下来先把目录搞定。obsidian目录": 3, - "打算开始逐步撰写《黑曜石玩家指南》，先写个序言吧。想想自己打算在这本书中写什么内容，有个什么大纲安排，然后按部就班的一章节一章节的安排。决定写obsidan教程": 3, - "刚刚去做了一次八段锦，打了好几个嗝，早餐吃的面条的味道都涌上来了。这是好事，说明这样子的运动对于胃肠道蠕动有好处，助消化。还是要多动，否则久坐会容易积食不消化。": 3, - "完成了最近一段时间的周小结，还顺带完善了本周事务归档到相对应的project": 3, - "的工具脚本。后面希望能够形成良好的工作流。": 3, - "刚刚去拖了个地，稍微运动了一下感觉也好不少，待会儿下一个break可以做一个八段锦的体操。": 3, - "疫情封控在家，两天两天又两天。今天干嘛呢？今天好好反省一下这段时间的所作所为吧。周小结": 3, - "帮李茜下载视频转gif和mp，用到screengif，bilibili下载助手，迅雷影音。视频是清华大学李赛团队制作的新冠病毒的科普：": 3, - "!“恶魔”曝光！清华联合发布新冠病毒真实图像mp": 3, - "制作这样的视频，一方面需要有超高质量的电镜成像数据，另外一方面三维制作渲染技术也要求很好，所以这个视频值得收藏。": 3, - "各种小工具不断迭代升级，所以我现在不大想记录下该怎么操作这些软件。因为并不复杂，点两下鼠标，或者网上搜搜都能找到。而我现在记录下来的方法，将来也可能失效。所以我觉得最重要的还是不怕麻烦，然后善于搜索。": 3, - "文献阅读半小时": 33, - "整理最近优化obsidian的相关代码": 3, - "今天周六，先整理下这周为obsidian写的不少代码，然后反省反省。": 3, - "发现还可以从": 3, - "上检索doi的meta信息，获取更加准确的被引次数。但是比较新的文献是没有被收录的。": 3, - "准备小组会": 6, - "又到了一周周末了，自己也可以总结一下疫情封控在家的心得体会。": 3, - "昨天就忘记上传文献阅读笔记了，糟，今天还是要补上进度才行。": 3, - "今天又要晚上八点开小组会，还是得准备一点可以讲的东西吧。小组会": 3, - "查看了现有文献库的杂志情况，这样就知道自己这个领域经常发表的一些期刊是哪些了。": 3, - "修改了草稿模板的": 3, - "和本周事务表的": 3, - "以适应目前的工作流。": 3, - "这个插件确实挺好，但是插图需要转": 3, - "格式而且得使用完整地址这个事情就不能忍，我都想去改源代码了。obsidianslides测试，": 3, - "昨晚茜姐反馈说我和戴哲泽文献阅读打卡没有必要，我觉得这个东西还是很有帮助，所以还是得干。": 3, - "晚上又要开会，主题就是跟一个想加入team的本科生聊天，我被要求做一个比较科普的ppt聊一下。科普talk之我们要干嘛": 3, - "打算整一个制作模板和流程，还弄了一个插件增强obsidian的幻灯片功能，先试试吧。模板": 3, - "发现obsidian可以像写代码一样的快捷键实现注释，也就是，然后会生成，以后我再也不用丑陋的": 3, - "标记了。或许这个也跟主题设置有关。天知道这些极客弄进去了什么小功能。": 3, - "完成了今日份的文献阅读并上传到企业微信，也大致理顺了文献泛读的基本流程。": 3, - "今天继续清空文献阅读清单，然后回过头想想自己这段空闲时间可以系统性地阅读什么方面的内容。文献阅读建议与主题阅读": 3, - "昨天晚上写了一个可以根据doi到pubmed上查询一些信息的小脚本，又做成了一个新的quickdd命令：，可以联网抓取文献的被引用次数。": 3, - "实验室发布了「一日十文，一月突破」的号召，就是在疫情封控期间多阅读文献。其实挺好的，我也借机好好整合一下自己的这个资料库。毕竟是打算传代给后人的。": 3, - "打算弄一个文献引用次数统计，学习一下": 3, - "的高阶使用方法。结果发现还是简单的": 3, - "就足以完成我的需求了，而且生成的表格渲染效果更好。": 3, - "启动": 3, - "插件，并新增一个配套的脚本加上": 3, - "命令，可以在文献阅读笔记直接创建指向": 3, - "的标记。好使💯": 3, - "今天还是先继续清理文献阅读清单。": 3, - "感觉可以发布为卡片一样的东西，每个ppt就是一个页面，这个比周小结更有作用一点。最后决定还是保留这个，但是把ppt发布页转移到目录下。然后后面针对周小结这个事情做一些优化。": 3, - "感觉需要给自己的obsidian弄一个打包升级工具，可以把我的vault直接复制指定的一些文件形成一个模板，然后可以用这个模板去覆盖别人的已有的vault，实现「一键式」升级。obsidian导出库模板": 3, - "给to增加一个导出的功能，也算是继承一部分": 3, - "的遗产。": 3, - "今天先清理一下自己的阅读清单吧": 3, - "今天晚上要开小组会，准备一下讲文献吧。然后今天剩下的时间，把vault清理一下，然后开始阅读文献。": 3, - "学校封了，居家办公第二天，要开始干活了。先整理一下之前的内容吧。": 3, - "周高昂做抗体标记又失败，打算让他更换试剂盒（见click试剂盒）。": 3, - "其实今天就可以开始准备小组会的了。以小组会要汇报的内容为纲，科研不迷路。": 3, - "整理项目相关资料，思考文章和后面要怎么搞。": 3, - "晚上抽空把机房的电脑弄一下。": 3, - "修改作息时间表，更加合理。": 3, - "修改日志模板，增加每日模块。": 3, - "先完成上周的小结吧，规矩不能乱周小结。": 3, - "小组会准备讲个文献算了。": 3, - "发现这次博士后考核名单中没有我。那么接下来先搞定续聘的事情吧。": 3, - "李茜叫我给大家解读下一篇文章amaguchi，我答应了，但是没给具体时间，先存着，等有空再讲吧。": 3, - "博士后面上基金申请不了，因为我的入站时间已经超限了。准备年度博士后面上基金申请，看上去后面还是准备青基吧。但是如果是胞间连丝的题目，我把握不是很大，因为时间太仓促了，为啥要用纳米金来看就很不好自圆其说。如果是之前的题目修改修改，感觉也不大容易中。": 3, - "感觉joplin是iote的最佳代替方案，尝试数据迁移，注意选择：": 3, - "修改了之前的iote，删除了对typora的依赖，改用vscode作为markdown编辑器，也算是有始有终。不过我后面基本不大会用了。": 3, - "初步整理博士后面上基金的思路之后，看看申请博后续聘怎么搞。": 3, - "清理obsidian工作空间。": 3, - "先制定全局的笔记日志方案。": 3, - "跟李茜聊了一下：": 3, - "春节假期过得如何？": 3, - "有没有兴趣长长见识，帮她搞一下大佬们的会议，回答是可以": 3, - "今年的各种安排，生娃，博后延期（要请示樊老师），文章发表，保底是两篇": 3, - "其它的工作或者兴趣，人工细胞": 3, - "了解一下基金申请的情况。": 3, - "博士后面上资助，申报开始时间为月日，截止日期是月日。这个基金还是要争取拿到。准备年度博士后面上基金申请": 3, - "另外还看了下国自然的，截止日期是月日，学校这边我还没有打听到，但估计会比较早。": 3, - "早上一来一直在搞制定公用电脑管理方案，然后整了一个盘，在这个方面的技术又有所精进，主要是各种好用的工具又变多了。": 3, - "到处乱逛发现了内网穿透的很好的一个解决方案，叫做虚拟局域网eroier": 3, - "entral": 3, - "自动生成了密码。免费账户可以创建一个虚拟局域网，然后最多可以连接台设备。": 3, - "注意我伺服主机的用户名是，": 3, - "是uaint": 3, - "成功实验，确实可以用这种方式搞定远程连接。": 3, - "工作站主机用户名": 3, - "发现连接工作站主机的网速就太慢了，可能是因为pp拓扑结构没有优化好。": 3, - "下午主要是制定公用电脑管理方案，后来又发现": 3, - "ypora": 3, - "做得太绝，之前": 3, - "beta": 3, - "测试版都不让用了，就算静止更新都不行。看来以后还是老老实实用": 3, - "吧，配合坚果云的": 3, - "使用未尝不爽。": 3, - "坚果云账户：sheldonxxdcom": 3, - "eboplin：": 3, - "应用": 3, - "：assgassevhpn": 3, - "oplin版本：桌面，手机": 3, - "上午主要是帮忙（李茜和晁洁）修改figure，删繁就简，又是这个套路。晁洁figure修改建议xxdpptx": 3, - "刚刚添加了一个【uickdd📂插入路径】，可以方便指向电脑硬盘其它位置的资源，比如数据，而无需将这些很大的数据弄到vault中来。": 3, - "又到了周小结的时候了。周小结": 3, - "我的steam账户是跟qq邮箱绑定的（xxdqqcom。然后账户名则为sheldonxxd，": 3, - "game。注意更换设备登录需邮箱验证，但是我早已忘记密码，幸好已经跟手机绑定。我还是成功在僚机上安装了steam，所以之前安装失败可能还是网络拥堵的问题。": 3, - "决定在僚机上安装下steam，发现网站都登不上去，或者学校校园网出于好意帮我们屏蔽掉了。最终我在超算平台自己的账户里部署了": 3, - "julia。": 3, - "摸了一下自己的肚子，真的是好几层肥肉，真的要加强锻炼减减肥了。今天下午天气不错，去锻炼一下，算是开个头。": 3, - "刚罗小骞师妹过来问我要corelraw的安装包，我顺带整理了手上有的最新版本的corelraw，搞成压缩包（存放到机械硬盘中了，并上传了实验室的企业微盘）。虽然我已经很久不用这个软件了。因为破解版有反破解的风险，需要设置防火墙和修改host屏蔽。": 3, - "修改了本周事务表的dataview查询语句，适配新的草稿模板，使用status属性，inprogress": 3, - "两个标签可以省下来了，可以让标签更加有信息。": 3, - "又要重蹈覆辙吗？今天上午差不多折腾了一个上午的trilium，就跟之前搞iote，搞obsidian一样。如果时间精力总是这样浪费掉，很难有所成就啊。就好好用": 3, - "不行吗？": 3, - "今天戴哲泽要一口气合成和纯化从、、、、、、七个样品，干脆晚上直接所有的都做一个。": 3, - "明天上午要陪老婆去产检，实验只能让戴哲泽自己去化学楼了。": 3, - "昨天晚上让戴哲泽去做一下和的sm，发现cy通道背景很高，而通道看不到什么信号，很奇怪。最好是再订购一条docking": 3, - "strand。": 3, - "上午来了之后，决定还是把生活方面的内容，转移到trilium上面去，跟工作内容分开。": 3, - "分析结果感觉温度影响比较大，预约了周五上午九点再完整地做一次。": 3, - "上午来了之后先快速看了一部分文献，然后和戴哲泽去找董朝青老师测。": 3, - "晚上花了一个半小时教郑浩然师弟如何处理他的脂质体图像，两个通道的数值要求比值，首先要做漂移校正共定位，然后做除法计算，本来以为颇简单的事情，还是花费了一个半小时。最后把这个代码部署到交大超算jupyter平台上了。!asted": 3, - "感觉下午什么都不想做，不知道为啥？可能是稍微有空了一些？其实又进入了一个人生中的转折点，该停下来好好思考一番了。把之前的思考归纳到中，用的": 3, - "olderote插件直接归纳总结。": 3, - "刚刚看了一下股市，感觉新年以来一直在跌，我今天入手小部分增持了一些股票，算是试探性地操作。我感觉炒股这东西，每个月一两次的交易频率是ok的。": 3, - "理财": 6, - "刚刚跟郑浩然去了解了下目前confocal的情况，倍物镜存在一定的照明不均问题，但估计可以通过后处理消除。其他人拍细胞的倍油镜的还是比较均匀的。": 3, - "调整了看板的设置，任务中增加标签会被隐藏，但是会显示到卡片下方，这样可以方便从卡片新建笔记时不带上标签了。": 3, - "昨天感觉主要是去搞求职了，没能计划安排这周的事务，今天务必搞定。周小结": 3, - "下午睡醒后费了点时间完成求职。详见ppt发布页lakz": 3, - "周一例行整理上周的工作，然后完成一下周小结。周小结": 3, - "早上一来就开始尝试分析上周周六下午采集的数据，结果不大行啊。": 3, - "身体出问题了，半夜腹痛，起来拉屎（先软便后拉稀），黄中带红。今早又是拉稀，偏黑且黏。拉完屎起来马上流鼻血。看来最近一段时间生活作息上是有问题的。": 3, - "把localize跟提取trace的两个工具代码发给了戴哲泽，让他消化吸收一下，以后这种事情可以交给他处理。另外跟他说可以考虑重构代码，做成一个本地工作站一键localize的工具。": 3, - "丁龙江的实验已经做完，感觉点很少，估计是纯化得太厉害，导致延伸链丢失。也有可能确实是纳米金的作用导致imager更难结合到桶上。确实纳米金会导致桶内伸出链的可及性下降。数据还是像上次一样分割上传到超算中心完成localize。顺便整理下代码：利用超算中心做localize": 3, - "李茜昨天跟我说要尽快找樊老师聊一下，表明自己是值得被留下来的。然后岗位估计是助理研究员，年薪税前大概是w，反正没有我现在收入高。跟老樊聊，主要讲三个方面，自己做了什么，能做什么，后面想做什么，要体现自己的": 3, - "西安这波": 3, - "疫情": 3, - "充分暴露了当地政府城市治理能力的诸多问题，比如一码通故障体现了信息技术能力不够，再比如足八月孕妇在医院门口等到流产，体现了领导干部处事僵硬呆板甚至可以说毫无人性。而上海、成都甚至东莞，都出现过疫情的紧急情况，都得到了及时处理而没有到这种地步。": 3, - "今天上午要帮丁龙江做下实验，可以先看看之前的一些资料。": 3, - "发现工作流还是得用任务看板，新建任务，然后有必要就从看板新建页面，此时": 3, - "会自动反向链接到当天日志。而且也方便周小结转移内容。以及兼容关系图谱，虽然很久没有查看了。": 3, - "看了一下两位新生的期末小结，金仲超对于想做的东西还是比较清晰的，谢瑶还是踏踏实实学到了些东西。前者想做，和细胞表面的。后者想做细胞内的。谢瑶docx，金仲超docx": 3, - "去东窗台望远休息一下眼睛，顺带神游思考了一些关于存储方面的事情，详见创业上市与存储": 3, - "京东买电脑的发票终于搞齐了，财务报销这种事情就是有点烦。。": 3, - "给戴哲泽师弟说了一下，计划周五早上拍一个四种六螺旋的混合样品，需要合成几种折纸。另外他反馈新买的链（详见补充订购其它大小的imager）也到了，另外还加上": 3, - "lexaluor修饰的": 3, - "imager。但是我打算下周再搞。并建议戴哲泽管理好这些": 3, - "imager，溶解分装妥善保存于度。": 3, - "思考了下春节假期写基金本子的事情，博后面上打算写去年的同时成像工作，青基打算写要做的endocytosis内吞作用力tension测量，顺带搞清楚了目前的工作重点，就是要拿到好的微管超分辨成像图证明自己在上的能力。（见微管超分辨成像的优化）。": 3, - "午饭后尝试了一下": 3, - "trilium": 3, - "这个笔记软件，据说是高度自定义的，可以自己到服务器上架设，然后随时通过浏览器访问（感觉还是不够安全的样子）👀zadamtrilium": 3, - "uild": 3, - "personal": 3, - "knowledge": 3, - "rilium": 3, - "otes": 3, - "上午来了之后想搞清楚cy通道背景的问题，拿了个空白皿加纯buffer去拍然后回来分析数据就是一上午过去了。": 3, - "老婆今天又要加班到很晚，我可以先回家，也可以先下班，然后了解下股票的一些知识，主要是得会看线图。": 3, - "晚上跟周高昂师弟去细胞房值日，先就插了下枪头，灭了个菌。算是意思意思吧。": 3, - "今天都要过去了，还没有完成最重要的事情，思考这周要做些什么。": 3, - "让周高昂去磕细胞微管超分辨成像的优化，让戴哲泽去磕的分辨率提升，路线方针都是很清楚的，就是需要实践了。": 3, - "准备补相关的实验，要求先整理好数据和文章大致内容，然后、sm、可能都要做一遍。但是像样品准备什么的，可以交给剩下的谢瑶和金仲超。": 3, - "准备拿信息加密方面的数据，要用上四面体和几种六螺旋混合到一起（也可能下周做）。": 3, - "总的来说，未来三周就是多做实验，尽量把数据都拿到手，放假了就写文章搞基金什么的。": 3, - "一个半年前的发票说我没报销，一看公共邮箱里边根本没有这个号的发票，真是见了鬼了。现在抓紧报掉，免得hermo又锁我们账号。顺带找京东客服催了一下电子发票的开具，": 3, - "这个事情就是麻烦。": 3, - "是时候给obsidian的用户分享怎么把实验记录导出为": 3, - "了。从obsidian导出docx": 3, - "中午午饭后回家一趟，安装房东给买的洗衣机，还是有一些操作彰显了我的智慧。我先用天然气灶台烧刀片，切割下水道接头管，然后把挂钩钉上去，再搞了个回形针把洗衣机的出水管跟下水道口拉住。经过测试现在洗衣服已经不会漏水弄得卫生间总是湿湿的了。!asted": 3, - "决定从年开始，生活方面的记录和工作日志开始合并。生活记录主要是在日志中，而工作方面的内容则以新增页面为主。多使用标签加以区别。": 3, - "房东在京东上给我们换了一个洗衣机，说今天送货到家，预约时间是个机器人电话，说要按键回复是否有空，结果我的电话刚好欠费停机，按也没用。。。所以千万不要迷信所谓人工智能，总有一些情况是难以预料的，而这些不具备推理思考能力的就没办法搞定。": 3, - "周高昂师弟过来问我这周什么安排，我说他后面就是养hela细胞，把细胞微管的超分辨成像做好就行，一月底就是春节，所以也就剩下三周时间，他能把这个搞定就不错了。": 3, - "然后就开始整理和打印": 3, - "，发现打印机的墨盒跟纸张都没有了，打印机处的东西是乱七八糟的。另外我直接从obsidian导出pdf然后打印出来的操作也是有点迷的，以后最好每周打印一次实验记录，而且最好是导出为docx后调整图片大小再打印，搞完了再分类存档。": 3, - "上午来了之后，先弄了一下细胞微管超分辨成像的结果的展示图（详见完成细胞的微管超分辨成像），把工作做完整。": 3, - "晨练": 3, - "元旦假期过后，早上起不来床，来了实验室就犯困，打了一套八段锦就很有提神的效果。": 3, - "感觉日志又逐渐混乱了起来，先周小结一下。周小结": 3, - "跟戴哲泽说了一下让他调研一下购买一个主动隔振平台，顺带了解下被动跟主动隔振的区别。": 3, - "被动隔振是我们目前用的光学平台，为简单的结构即可获得最大的隔振效果，但其缺点为在低频段的共振及隔振性能极低。": 3, - "主动隔振的有点就是在低频区段共振很弱。": 3, - "电脑的各种零配件都到齐了，但是京东预约的上门装机服务完全没有下文，干脆让师弟自行组装起来。": 3, - "晚上成功使用别人发布的基于熵最小化的漂移校正数据后处理方法nossen，对x折纸（见picasso分析最强照明的数据）完成了漂移校正，效果跟文献中报道的接近。注意目前最好还是在windows平台上使用预编译好的dll，而且cuda": 3, - "driver要安装上。另外我还顺藤摸瓜，发现了qnanophotonpy": 3, - "今天周二，我都干了啥啊，上午来了之后先跟陈晓亮聊了会儿天，吐槽了一阵子。": 3, - "上午一来就各种做实验，到这会儿才有空坐下来，休息然后写点东西。周小结": 3, - "而且昨晚严重睡眠不足，现在脑子都是不好使的。感觉很多事情要做，又乱成一团了。这个时候我应该先休息，恢复一下精神。然后思考一些手头上有什么事情，按照重要性和紧迫性排列一下。超算分析测试型折纸样品": 3, - "晚上回到家里，真的是下午太久坐，整个人都是不舒服的，胸闷。": 3, - "上午来先处理了数据，周小结小组会的都没有弄。": 3, - "戴哲泽反馈数据处理第一步localize就很慢，我现在考虑有没有可能做并行计算。": 3, - "奇怪的知识又增加了，给自己的台式机开启了ssh服务器，然后笔记本连接它，发现ssh登录输入局域网ip是不行的，得是。然后发现台式机开启的jupyter": 3, - "server，我用笔记本正确的访问方式是输入到浏览器地址栏，nice。": 3, - "下午深度尝试使用交大的": 3, - "平台，jupyter算是部署完毕并且走通了。接下来了解更具体地内容，比如申请相应的资源，然后进行计算。交大超算平台使用经验": 3, - "戴哲泽反馈lif文件转raw时报错闪退，经查发现是数据有问题，当数据大于内存余量时才出错。为此我修改了代码，采取分割的方式将大的lif保存为若干个小的raw。详见将lif文件转换为raw格式ipynb，效果还不错：!asted": 3, - "年纪真的大了，连续写代码分析数据，盯着电脑屏幕看久了眼睛贼疼。肩膀也酸，还胸闷。": 3, - "全程在台式机上处理的数据，所以没有及时记录到": 3, - "中，而是用的": 3, - "工具来搞的，不过我觉得这样也好，不然": 3, - "拷贝来拷贝去似乎也不大好。": 3, - "昨天一天加上今天半天算是all": 3, - "数据分析了，终于实现了超分辨双色通道的高精度配准。详见iotezip": 3, - "obsidian悄咪咪跟我后台更新了，有了一个live": 3, - "preview模式，还挺好的，感觉就是ozan那个插件的升级版本。但是发现有bug，还是legacy的editor更好。暂时不建议升级。": 3, - "中午教了一下戴琨师弟如何用mage分析他的免疫组化的成像数据，他是分析实体瘤切片，有两种巨噬细胞，似乎是什么和型，有些是肿瘤的帮凶。教了他之后让他自己整理好一个protocol，到时候发给我一份。": 3, - "通过ssh登录超算中心的存储盘发现，免费容量只有个。!asted": 3, - "按照说明下载了一个in工具inetupexe，方便把数据传输到超算中心的账户中去，结果发现速度挺慢的。!asted": 3, - "最终找李子慕要了一个": 3, - "的账户，用户名是，": 3, - "是，登录进去之后要提交作业申请，排队大概要个十分钟左右，然后才可以开始使用。然后登录了远程桌面，在网页上操作真的是有三秒的延迟。图形交互太糟糕，还是得买电脑。": 3, - "早上来先把申购工作站电脑的事情搞定了，败家之眼全家桶方案，总价约为三万五。详见高性能电脑需求及配置单xxddocx，后面让戴哲泽师弟负责组装电脑，然后安装一个linux系统。后来秘书推荐我找李明强老师问一下交大超算中心能不能用，看了一下果然还是能用的，用": 3, - "刚刚碰到徐丽凤师姐说移动硬盘的事情，我觉得可以搞一个无人值守的工作站主机，再配个ip，安装linux系统，大家都可以使用web服务来分析处理数据和拷贝数据。最简单的方案就是把之前的电脑再弄过来，重新布置一下。": 3, - "打算精读一下eng": 3, - "in关于": 3, - "的文献in，感觉对于六螺旋目前的体系很有帮助。": 3, - "跟戴哲泽师弟说了一下，让他来做两点的，imager只使用的，只不过一种是标记，一种是cy标记。然后通过这个双标样品，实现空间坐标映射。做分屏的高精度坐标映射双标样品拍摄": 3, - "昨晚花了很大的力气做分屏的高精度坐标映射，希望实现双色通道在纳米尺度上的共定位，结果发现还是相当困难，我们手动采集了将近三十个成对的映射点，但是得到的线性映射函数还是不好用。": 3, - "下午要开始做，如果周高昂师弟的不行，就做六螺旋的，需要把": 3, - "链跟": 6, - "什么的准备好了。": 3, - "昨晚跟今天早上一点时间，都用在了的数据分析上了，想尽办法也没能用picasso搞出来x折纸结构，尽快其单分子信号质量已经是最佳的了。picasso分析最强照明的数据": 3, - "妈的开一天组会都要讲，累死。": 3, - "上午小组会讲工作，下午大组会讲文献。": 3, - "感觉今天的事情基本都做得差不多了，该安排下去的活都安排下去了，接下来我可以看点文献，处理下数据，写写文章什么的。细胞力学成像专题阅读": 3, - "刚看了一下仪器预约的情况，只有周二有空，所以让周高昂师弟准备好今天就开始把biotin修饰的一抗（见整理细胞微管成像方法已有抗体）就给孵育上，的抗体会好一些，但是浓度低，不过还是可以稀释到抗体稀释液中使用。周计划周高昂pdf，细胞冻存（初版）周高昂pdf，细胞微管超分辨成像实验": 3, - "的成像改造工程正式启动，其实就是买个像散的柱透镜给塞进光路中。主要是给高兆帅他们提供一些需求说明。": 3, - "给戴哲泽安排了一下合成六螺旋与设计四面体的任务。参见同时查看尺寸和扩散结合频次的关系，信息加密十点六螺旋的成像实验": 3, - "修改周小结ppt为ppt发布页，以后但凡是制作了ppt给别人看的都发布到这里来。": 3, - "任务看板有一些事情放着碍眼。任务看板gaxsp": 3, - "其实就是整理代码，尽快搞定把。提取漂移校正后的单分子荧光强度随时间变化曲线，花了分钟才整理完。": 3, - "先想想这周都要干什么吧!不一定非要把本周安排满，能把今天做什么安排清楚都行。": 3, - "把已有的数据贴个任务看板zkfc，已有数据整理": 3, - "做相关的实验计划并分配任务": 3, - "做信息加密方面的实验计划并分配任务任务看板qusre，整理信息读写加密部分的思路和数据": 3, - "今天是周一，例行完成周小结。周小结": 3, - "上周的日志写得更少了，这不是一件好的事情，其实是因为生活方面一些坏习惯死灰复燃，导致工作生活节奏紊乱。": 3, - "报销了一下最近手头上的发票": 3, - "报销了一下最近手头上的发票，已经到这一步了还是花费了半个小时。所以你看试剂耗材调研采购报销什么的，其实要花的时间并不比真正做实验少。": 3, - "明天刘蒙蒙师姐要派她的学生黄鹿鹿过来取一点lipo细胞转染试剂，下午三点左右，应该还好。": 3, - "今天一来实验室就是在查各种资料，为修饰抗体做准备。原理很简单，但实际操作还是有很多细节需要注意，我最后就是尽可能靠近试剂盒提供的实验方案来执行。": 3, - "第一次月度总结": 3, - "下午两点回学校开始搞报销材料就搞了一个小时。anab发票报销年月日": 3, - "设置了sliding": 3, - "panes插件，现在被选中的pane能够自动以最大宽度显示了": 3, - "现在应该好了吧": 3, - "测试了一下，似乎空格有些问题。": 3, - "修改了随手记记的方式，以后时间是倒序的。": 3, - "完成第一次月度总结，很有意思。月总结，然后添加了命令，方便以后写月总结。": 3, - "搞了一个上午的电脑": 3, - "今天上午过来搞了一个上午的电脑，本来是想把另一台笔记本作为server，可以尝试远程连接这种，结果win家庭版不支持远程连接。这就扯淡了。然后我又想着用jupyterlab也行啊，结果搞半天也还是无法实现远程登陆，这些在之前我都玩过的。我觉得一个是系统的原因，另外一个就是局域网的拓扑结构很奇怪。除非我两台电脑都不上网，组一个独立的局域网。但是这就违背了我的初衷了。总之搞真的是太费时间了。但是那台电脑确实不错啊，不拿来做点什么，就放在家里积灰，实在是说不过去。要不干脆就回归它游戏笔记本电脑的本质，专门用于玩游戏吧。": 3, - "⭐️⭐️": 48, - "本周的实验安排": 3, - "今天一大早来就传细胞冻存铺板啥的，搞到九点钟。交大实验室细胞库建设年月日": 3, - "在系统楼听到实验室一些不道德的行为，比如左小磊指使学生过来偷师，还有一些人经常翻看人周小结窃取idea。共享周小结本来是一件很好的事情，但是也不得不堤防别人有什么坏心思，所以我跟戴哲泽师弟讲后面周小结就交txt。": 3, - "老规矩整理一下上周的情况，然后再决定这周干什么。周小结": 3, - "整理就花了将近一个小时，主要是给周高昂师弟仔细思考了一个本周的实验安排，也算是打了个样，后续要求大家这样搞，周日的时候就发送过来看看。当然这个也可以进一步优化，就是甘特图什么的。": 3, - "下午来了尝试报销一下最近买的东西anab发票报销，结果发现有的发票还没有到手。": 3, - "徐丽凤给了我一个测试报告（见irf测试报告docx），估计是仪器管理相关的需求，现在要凑够个小时的使用机时，我让戴哲泽师弟去弄了，让他周三晚上六点前给我一下。后面徐丽凤说越快越好不要等到周三，我让师弟今晚弄好给我（见irf测试报告docx）": 3, - "免疫荧光染色": 3, - "今天看看有没有可能做一个免疫荧光染色，但是会有很多东西要准备，可能不是很来得及。不过这个后面也是要做的，可以试着安排一下。第一次细胞微管超分辨成像实验": 3, - "昨天做的细胞黏附实验的数据，虽然没有很成功，但是结果还是可以拿上来分析分析，毕竟也还是有的。细胞分时黏附成像": 3, - "明天请假，这周基本就剩下今天下午了。周高昂师弟现在在养两种细胞，一个是": 3, - "，一个是": 3, - "ep。我差点今天再复苏一个": 3, - "细胞。但光养着细胞拿来用，也是没啥意义的。所以我还得继续思考，后面要做的实验。主要有三个方面：": 3, - "细胞力学成像，或许可以直接上": 3, - "细胞微管的超分辨成像": 3, - "普通免疫荧光confocal成像": 3, - "细胞传代冻存保种方面的安排": 3, - "分时的细胞黏附变化": 3, - "上午一到实验室，想了一下，可以做一个分时的细胞黏附变化，最后可以出来的图其实跟ungmann的t是类似的。然后就赶紧去传细胞铺板，用的就是": 3, - "tcjs": 3, - "因材施教，示范一遍即可。": 3, - "早上茜姐跟我聊了一下，后面可能有继续跟医院的合作，希望看下染色质中的某些特定蛋白的距离，通过的方式，还跟我推荐了一下之前的一篇的文章。": 3, - "后面的事务更多的是思考和分配任务，不过按照昨天金仲超的经验，以后还是不要高估别人举一反三的能力，还是要先仔细教过一遍怎么做，然后测试一遍，然后再真正安排任务去做。": 3, - "技术支持申请需规范": 3, - "新的一周开始了，从周小结开始。周小结": 3, - "补交周小结到企业微信，这个最好还是遵守实验室的规章制度，按时提交吧。": 3, - "学校工会刚发完福利苹果，就开始号召大家捐款。这次我捐了": 3, - "元，算是积德行善，给尚在娘胎的娃修点福报吧。!asted": 3, - "今天下午潘莉跟我约明天帮忙拍一个淬灭曲线，来来回回我问了十五分钟，才搞清楚大致情况。为了避免以后类似的事情发生，我决定搞一个技术支持申请单。以后先把单子填好再找我。本来是让金仲超搞了一下（见单分子成像技术协助申请表金仲超docx），但是他还没有十分准确地理解，也很正常，让他们去做主要就是学习一下。最后还是我自己写了个单分子成像实验技术支持申请单docx": 3, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 48, - "细胞界面的mager吸附": 6, - "今天下午做细胞的成像，基本上就只能拍一下，看看mager能否进入细胞下边了。细胞界面的mager吸附": 3, - "上午去拍了一下confocal，感觉现在也不是那么喜欢做实验了，两个小时关在黑屋子里，做细胞成像，也不大舒服，主要是温度有点高。": 3, - "上午整理了下confocal细胞成像的数据，然后跟着高兆帅继续安装新的，但是进度很慢。细胞膜表面的confocal成像": 3, - "下午打算做一下细胞样品的成像，看下细胞的下表面。细胞下表面成像": 3, - "下午终于搞定了新的s相机的安装，已经分屏器的调整，然后还拍了细胞的样品，但是结果并不怎么样。": 3, - "晚上先是指导了一下戴哲泽用新的相机做，但是他的样品有点脏。我感觉单分子成像的难度还是太大了，所以后面并不打算仔细教做毕设的周高昂师弟，他负责好细胞培养跟confocal成像，活细胞成像就非常好了。": 3, - "晚上还指导了周高昂师弟去做细胞传代铺板，看上去他还不大熟练，所以后面接着让他养细胞吧。下周一带他把冻存的ea细胞复苏起来。明后天可以告诉他需要准备些什么东西。": 3, - "具体计划安排细胞膜的confocal成像验证一些问题。": 3, - "昨天跟戴琨约了今天上午传细胞，叫上我，争取把他剩下的细胞都薅过来。周高昂师弟能赶上就跟着，赶不上我也不等他了。注意使用well为mm直径的confocal皿，可以多搞点样品。细胞膜表面的confocal成像": 3, - "回顾了下细胞免疫荧光成像的一些步骤，再次采购一些常规试剂，让周高昂师弟去买，也算是学习锻炼了。整理细胞微管成像方法": 3, - "下午教翟婷婷用picasso处理她的单分子荧光数据。她需要统计发射的总光子数，用的激光功率才，就为了说明抗漂白。后续的处理为了简单，让她用originab打开hdf文件。": 3, - "和李茜聊了一下，她把目前的工作分为了三个部分，都是围绕，第一个是之前的工作在重构，第二个是在信息存储上的课题要开展，继续带着戴哲泽开始做；第三个是细胞成像的，带着师弟周高昂开始搞。另外还聊起来看看元旦有没有可能搞一个什么培训。我说细胞房培训至少也要两周之后。": 3, - "跟高兆帅尝试给安装新的s，结果没有成功，eica的软件似乎重装了，无法识别硬件，只能再约工程师来搞。另外关于像散成像，镜子似乎也没有合适的地方放置。": 3, - "完成了周小结并制定了本周实验计划": 3, - "新的一周又开始了，周日在家懒得动，以后周小结就放到周一或者周五吧。周小结": 3, - "给大家安排了任务，新生主要是学习。普博就是周五的时候跟我学一下，毕设的小周跟我和戴哲泽学习的比较多。": 3, - "「读任何一篇文章的时候，我会先扫一眼题目和主图，脑补作者会如何论证他的论点，然后再看摘要和结论，与我的脑补进行对照。」这个就是看文献泛读的基本方法，参考陈虹宇的blog。": 3, - "终于掌握了foldernote这个插件的搞法，可以在一个页面中用card的方式来显示其它目录下内容的标题，摘要和图。": 3, - "修改草稿模板以适配新的olderote和本周事务表，主要是把内容和小结分开，然后frontmatter中增加deadline，默认每个事务的deadline是天。": 3, - "百度网盘最近在集中清理，其实我有很多账户，趁此机会把": 3, - "统一管理起来。": 3, - "x厦铺天王：xxdxia，绑定了的手机": 3, - "我摆渡：最常用的": 3, - "又黑又红的冬哥：似乎是在中科大的时候注册的，绑定了中科大学生邮箱，已不能使用": 3, - "i慢摇：密码xxd，绑定qq邮箱，空间已收回，存放了大量照片": 3, - "各种开组会，然后给小组内的师弟师妹培训了一下zoteroobsidian，让他们熟悉这种工作流。": 3, - "给大家演示obsidian，这里插入一个参考文献egg；hen；omezarcia": 3, - "跟两位普博说了一下安排，超分辨成像分辨率有所提高。": 3, - "今天一天都没有写工作日志，可想而知工作效率如何。其实大部分时间都在看文献，另外还指导了一下戴哲泽，跟他一起分析实验结果。": 3, - "带周师弟做细胞实验，思考人员分配。": 3, - "实验安排": 3, - "今天晚上老婆估计会七点到家，我可以下午带师弟传ea细胞。这样周六下午可以再让他来传细胞，我在旁边看着。后面养细胞的事情就基本交给他了。然后刚开始可以教他做一些固定样品，使用显微镜拍摄好看的图片。": 3, - "事务安排": 3, - "今天又到星期四了，这周小组会我总得讲点什么，除了文献之外。所以我得好好想想。思考剩下两天做什么交差": 3, - "整理和改进阅读清单，对于dataview的query语句语法了解又更进一步，对于文献阅读工作流也更加顺畅。": 3, - "思考了一下，觉得统筹全局，做好设计，安排人员是目前一个比较重要的工作。我需要把自己手上的事情整理好，然后细分一下。晚上还约了两位普博面谈。思考任务和人员分配": 3, - "看了一下戴哲泽昨晚挑战分辨率的结果调研photon": 3, - "rate，有一个条件似乎还行，但最好是低浓度，长曝光，高功率地拍摄才有可能提高分辨率。顺带我让他尝试对原始数据做一个时间轴上的bin处理，需要掌握对raw文件的。的数据": 3, - "整理出来一份细胞传代和铺板的实验方法，打印出来交给周高昂师弟，让他边看我做实验边有个对照，争取尽快上手。": 3, - "似乎各种看文献，然后进一步优化了zoteroobsidian的工作流。": 3, - "先把周小结都交到企业微信的共享云盘中吧，以后要养成习惯。": 3, - "昨天晚上跟李茜聊了一下，有一些重要信息：": 3, - "她认为之前的工作虽然重要但是急不来，需要自我不断思考和突破": 3, - "细胞成像的事情需有更高的优先级做出来": 3, - "谢瑶也会加入我们，这么多人力资源如何高效利用起来也需要思考": 3, - "细胞房需要重新管理起来": 3, - "昨天戴琨师弟帮我传了一盘ea细胞，但是他说状态不是很好，可能有黑胶虫，他已经买了药，三天到货后除一下。另外细胞房昨晚已经整体紫外过夜灭菌了。细胞房这一块我还是要继续抓起来。但还是要先充分了解实际情况。": 3, - "早上还有一点时间，可以继续看看文献，需要扫读的还有很多呢！": 3, - "刚刚陈杰林找我要了一个比较好用的录屏软件，我向他推荐了aptura，虽然停止开发了但是确实好用。不过各种软件设置还是需要注意一下。": 3, - "文献阅读流程还是要进一步优化，当条目入库之后，不必放到任何分类目录中，此时默认为": 3, - "状态。然后统一创建": 3, - "mdnotes，后面不管是新增附件还是pdf标注，都不必再更新mdnotes。然后mdnotes的模板做一定的修改，文章的泛读和精读笔记都放到这个文件中。所以我修改了dnotes": 3, - "emplate，然后增加了一个新增文献的阅读清单，这样就很方便了。泛读完成之后，注意修改unread标签和评级，然后在zotero中完成分类。": 3, - "对应地又修改了一下quickdd命令，以后文献调研是文献调研，放到每周事务里边。": 3, - "📅日志": 141, - "做完了尼罗红细胞膜超分辨成像实验但结果不好，更多的时间似乎放到了优化obsidian上。": 3, - "终于把尼罗红的细胞膜成像预实验给做完了，初步分析的结果感觉这个玩意儿超分辨不大现实，不过用作一种可以抗漂白的diffusive": 3, - "还是不错的。接下来要考虑怎么把现有的人力资源用起来。": 3, - "晚上又去看了一下，ss基本对于细胞界面没有非特异性吸附。": 3, - "修改了本周事务表，注意可以在每个事务文件文末新增一行，用标签的方式表示此事务的分类和状态。": 3, - "修改了日志部分的目录结构，以后都放到本周事务中。感觉这样我似乎都不怎么需要任务看板了，因为我可以很清楚现在有哪些事情，处于什么状态。然后每周小结只需要把本周事务表弄过去，设置一下期限即可。另外其它类型的事务，包括文献调研，代码整理，都可以用草稿的方式新建。": 3, - "我倒是觉得，看板可以是某种日志的形式。随手记记就是从新建任务开始。但是从实际情况来看，看板三个比较合适，可以放置一些长期的任务，所以还是有其存在的必要的。": 3, - "感觉每篇笔记的标签不要超过五个，慎重使用标签。": 3, - "调整了quickdd，在实际使用过程中，其实随手记记更加频繁，优先级比新建任务高。": 3, - "删除了quickdd中的添加人物，因为比使用": 3, - "便捷不了多少。另外注意文献调研，代码整理和每周小结，都是从当天的日志创建的，会留下link。": 3, - "以后所有的非日志页面统一从日志出发，实现入口的统一。新建任务只适用于比较大的复杂任务，一旦创建就会产生页面。结果发现跟我想的还是很不一样。所以这个任务看板还是像原来那样吧。": 3, - "想到看板还可以用于日常文献阅读的不同阶段，这样就能知道哪些阅读到了什么样的深度。后来想想，一个个去添加到看板，会把自己逼疯的。算了算了。周小结": 3, - "针对初步的实验安排采购了一些试剂，还听了金融大佬的报告": 3, - "今天主要是得把该买的东西都买了，然后这周剩下的时间，赶紧把我之前的文章写好，下周东西到齐了之后开始做新的实验。购买抗体和适配体": 3, - "下午听了两个多小时的报告，主要是转化医学的案例，既有技术研发做三特异性抗体药物产品的，也有从投资的角度看产业化历程的。有所启发，或许折纸也可以作为": 3, - "连上好几个抗体，做一个的疗法。跟之前": 3, - "也有点像，linker": 3, - "的角色很重要。估计组内已经有人在开展这样的工作吧，因为并不难想到。报告药物转化与投资": 3, - "发现手机日志跟电脑有两种交互场景：）把手机内容增量备份到电脑，）把手机某篇笔记发送给working": 3, - "vault。对于前者，使用数据线或者电脑上自建热点贡献文件夹是可以轻松实现。对于后者的需求，最直接的就是通过微信发送笔记内容文本，然后再发送附件即可。并不是什么事情都需要写代码": 3, - "发现日历是结合日志功能的，只能跟踪一个folder，所以我干脆把日志从一开始就放到日志存档目录而不是本周事务中。": 3, - "到上刷了一下，结果发现已经有两个月没有跟踪最新文献了，夸张。这个还是很有必要的，知道当下都有什么最新的进展。怎么说的，这个事情从现在开始抓吧。": 3, - "微信群里有人推荐了一个国内大佬开发的在线文献阅读的网站，试用了一下，还是有很多问题的。不过里边的很多理念可以学习一下，方便我组织优化自己的文献阅读工作流。": 3, - "分析一下制约分辨率的可能因素：调研photon": 3, - "记录下自己看过的小说": 3, - "昨天上午修改基金正文还有其他一些东西，硬是把我搞烦搞累了，中午伏案午睡也不成，所以下午直接回家，说是躺床上好好休息，然后在家办公，晚上再回学校打卡。结果却是，我躺在客厅沙发，开始看小说，疯狂看。一本是《洪荒降临之最强玩家》，大致就是主角重生，知道世界要发生异变，智脑接管地球，所有人都可以玩一个叫做洪荒的游戏，而游戏世界跟现实世界差别不是很大。然后主角先知先觉，各种抢机缘。刚开始我快速看了一两百章，爽过之后就刷到最后一章看，逐渐就索然无味了。另外一本书是《洪荒之人族崛起》，也是类似的套路，讲主角从现代穿越到了洪荒世界一个人族身上，茹毛饮血，然后开始修仙，各种先知，各种气运，直到最后成为媲美盘古大神的级别。这都是爽文，虽然没啥营养，但是确实能够让人在比较短暂的时间里爽一爽，当然也就一两个小时，看多了就是索然无味。不过也有稍微比较好点的耐看的爽文，比如起点中文网的《大奉打更人》，虽然大致上是抄袭明朝万历年间的历史，但明显作者写作功力要强上一些。": 3, - "关于在上海买房": 3, - "我已经知道实验室好几个博士后在上海买房了。比如丁飞、渠志倍、甚至是高延静。基本上买的都是二手房，总价万，首付（w），然后贷款分期年还，一个月还房贷一万三四千。说实话我听起来都是瞠目结舌的。房子首付就要万，我上哪里凑这么多钱（就算我爸没搞也弄不来这么多钱），而且二手房还得交税，现金。所以差不多要准备w才能考虑在上海买房。买了之后，再考虑还贷年。想想都觉得可怕。所以我坚决不能留上海，要完完全全断了这个念想。所以博士后之后，赶紧找一个南方的坑入了。粤港澳交通发达，即便是深圳我也可以考虑，房子买在东莞，工作在深圳，我可以短期租住的嘛。既然是这样，就要多找那边的朋友帮忙留意位置了。": 3, - "再次失眠": 3, - "昨天没有午睡，所以到了晚饭后感觉很困，就回家了。回家之后也没啥性质休闲娱乐，就说先睡半个小时再起来干点活。结果定了闹钟根本没用，我一觉睡到晚上十点多老婆下班回家。所以，我再次失眠了。这个事情告诉我：真的困得不行的时候，定闹钟是没用的。以后必须要避免这种情况发生，我得：": 3, - "必须午睡，而且是有质量的午睡，甚至骑车回家午睡都行": 3, - "晚上要是提前回家了，感觉到困乏也不用睡觉，坚持休闲娱乐甚至锻炼一下都行（毕竟困乏多数是因为脑力劳动过度所致，身体还是不疲惫的）": 3, - "思考课题与人生": 3, - "既然睡不着，干脆起来写写东西，比如思考课题，甚至是思考人生。": 3, - "我博士后就剩下不到一年的时间，不出意外到了今年底我就要开始找教职了。而按照现在“水涨船高”的行情，我估计还得再发表两篇": 3, - "以上的文章，才能有把握找到一般的教职。而如果想成为好地方的特聘教授做独立的": 3, - "，这年头没有几篇子刊或者正刊是行不通的。": 3, - "就我目前的": 3, - "课题来看，短期内也就是几篇": 3, - "的预期产出，可能博士后延期一年，能勉强做出个子刊（但未必能见刊）。而": 3, - "课题延伸出去，最": 3, - "的方向就是跟": 3, - "相结合，而不是在“用成像方法探索生物学问题”上。": 3, - "基于这种预期和现状，我还是倾向于短期积累一些“差不多”的文章，而不是冲刺子刊或者顶刊，因为后者不是一两年就能搞定的。另外我如果想做独立": 3, - "，就应该尽早脱离樊春海老师的课题组。因为在组里虽然是平台资源各种好，但这个也是相互利用的事情，如果继续待下去，我很难保证自己的一些想法被组内一些人付诸实践。": 3, - "最近侯尚国师兄回国，到了深圳湾实验室建组，他在搭建显微镜平台上有丰富的经验，我觉得这也是我的机会。我可以明年出站后加入他的实验室，这样我们就有充分的设备上的保障来提高": 3, - "的工作。虽然刚开始可能待遇不会很好，但至少这样是更": 3, - "的。好吧，最近我可以跟侯师兄联系一下。": 3, - "这个想法我暂时还是要保密，比如茜姐。她是非常希望我能留在交大，大家后面一起做一些有意思的工作。如果事后要问起来，我就说去南方离爸妈近，好照顾一家老小。": 3, - "不过我又想到，自己青基的项目如果中了，那么现在项目不能跟着人走，我就不得不博士后延期来完成这个项目了。如果没中，那就是老天爷都要让我走这条路。": 3, - "小结与反思": 3, - "关于博客": 3, - "我在日志（）中写道：“用一种": 3, - "easy": 3, - "的方式帮助自己留下很多有价值的记忆，免得自己老了之后都没有跟子孙后代吹牛逼的资本”。这是我对于在": 3, - "pages": 3, - "上写博客的基本看法。所以上边尽量还是要放一些能够吹牛逼的东西。比如：": 3, - "有用的代码": 3, - "做人做事的经验总结": 3, - "预测和猜想": 3, - "达成的目标和取得的成就": 3, - "本来还想加一个重大事件的看法和分析，但是这个部分很容易涉及到时政，当局并不愿意我们在毫无根据以及缺少真凭实据的情况下胡乱发言，所以还是算了。再一个我自己也确实不擅长，也不大可能对很多问题有独到的见解。": 3, - "关于课题": 3, - "目前做的这个": 3, - "肯定是没跑的。但是这个东西，我还没有看到能够发表": 3, - "aturecience": 3, - "的潜力。继续做框架核酸，": 3, - "纳米结构的": 3, - "，其实很难解决": 3, - "在生物成像上的痛点。所以我总是想着，这个技术能不能用于": 3, - "的一些行为表征，但是目前最好": 3, - "的分辨率，其实很难。而且就算是你要做": 3, - "robot，最后也要找生物学应用出口（如果不是工作特别": 3, - "astonishing": 3, - "的话）。": 3, - "目前我的特长，最厉害的就是成像数据分析，而后是成像探针设计，最后才是所谓的生物学背景。如果我能够就某一个生物学问题，利用成像方法，基于统计学的大数据分析，得到一些有意思的结果，我觉得自己就可以成为独立的": 3, - "，领导一个实验室，或者说直白点就是自己处去单干。": 3, - "细胞也是“千人千面”，现在各种单细胞分析也是非常热门的方向，但是也仅仅做到了一个“单”字，在系统研究细胞群体动态行为方面，还是非常少见。我觉得这个方面，并不是大家没有想到，而是难度非常大。但我觉得可以尝试。": 3, - "哈佛大学威斯研究院研究员李曙光博士": 3, - "揭开集群运动行为的面纱": 3, - "当然了，既然我对现在的研究方向还不是很满意，现在凭空凭感觉说换一个也不切实际，还是要多思考多看文献再做决定，而且注意以下几点：": 3, - "我已有的（或者未来能有）条件能不能做": 3, - "这个领域或者问题有没有潜力值得持续投入精力": 3, - "关于未来": 3, - "最近我闲的时候刷微信上的视频号，开始对室内装修设计感兴趣，其实潜意识里是希望自己能够买房安居。所以比较短期的未来，其实无非就是要到哪里的城市定居工作的问题。然而国内所谓的北上广深的房价，都是动辄要贷款三十年才能搞得定的。我也知道这极高的房价背后是各种社会不公平的现象，但是至少我目前无力改变它，而且我预期在大城市的房价基本上还会一直慢慢上涨，所以真的是越早买房越好。然后北方我不想去，就剩下东部和南方。南方有我爸妈在，他们年纪渐长，我过去有个照应。所以我会优先选择南方的城市。然后大学和研究所，我会优先选择给钱多的。": 3, - "目前来看，我觉得【深圳湾实验室】是一个比较合适的选择。如果是以我可预见的产出去应聘的话，很难拿到独立": 3, - "的位置，但是当一个助理研究员或者副研究员也是不错的。我的想法是在交大延期一年的博士后，尽量把文章都攒够，然后再到南方去。": 3, - "关于生活": 3, - "锻炼身体这个事情，说了一万年了。一定要搞起来。": 3, - "实验筹备": 3, - "microtubules": 3, - "plated": 3, - "round": 3, - "grown": 3, - "ech`": 3, - "supplemented": 9, - "fetal": 3, - "calf": 3, - "serum`": 6, - "ibco": 3, - "isher": 6, - "cientific": 6, - "°": 6, - "humidified": 3, - "incubator": 3, - "efore": 3, - "washed": 3, - "buffer`": 6, - "permeabilized": 6, - "`paraformaldehyde": 3, - "ubsequently": 6, - "quenched": 3, - "ml–": 6, - "`a": 3, - "blocked": 3, - "goat": 3, - "`riton": 6, - "subsequently": 6, - "catalog": 9, - "stained": 3, - "`monoclonal": 3, - "antialphatubulin": 3, - "antibody`": 6, - "igma": 3, - "`goat": 3, - "antimouse": 3, - "polyclonal": 3, - "harmingen": 3, - "followed": 3, - "igmaldrich": 3, - "assay": 6, - "inally": 3, - "摘自文献eertsema，感觉不少组分都没用过，再看看其他的。": 3, - "µl": 12, - "mgml`": 3, - "immunostaining": 3, - "较早的": 6, - "多色": 6, - "的文章ungmann中，是先把": 3, - "avidin、以及带": 3, - "biotin修饰的二抗连接好，超滤，再去对细胞结构进行标记。而细胞免疫标记这个部分看上去更为简单合理，还有": 3, - "postfixation。": 3, - "glutaraldehyde：戊二醛，细胞固定用。我们常用的是": 3, - "的，没有其他添加。": 3, - "a：硼氢化钠，还原剂，有毒。": 3, - "：表面活性剂，我们常用的是": 3, - "简单查了一下资料，各种试剂最好跟人家的一模一样。": 3, - "📝": 18, - "抗体的选择": 3, - "tubulin，有": 3, - "α": 3, - "两种": 3, - "单克隆抗体（一抗，鼠源），都有使用。": 3, - "简单查资料就知道，两者二选一即可。至于二抗，就是biotin": 3, - "修饰的羊抗鼠。但是": 3, - "jungmann": 3, - "他们ungmann直接用的": 3, - "iotinylated": 3, - "。这个抗体": 3, - "有卖的，我还是比较放心。": 3, - "注意用量是": 3, - "的浓度，取用": 3, - "最后我找的": 3, - "优宁维的李青林": 3, - "代购这个抗体，价格是": 3, - "，货期三周。": 3, - "的抗体保存液比较特殊，不要分装，里面成分有甘油，在度也不会凝固。": 3, - "除此之外，我也订购了": 3, - "的普通一抗（可以直接连），这个有现货，所以到时候可以": 3, - "直接连一抗的先做。": 3, - "报价：absug": 3, - "¥": 3, - "这个部分主要参考茜姐的": 3, - "需要使用炔基修饰的ocking链，为了方便，最好还带上": 3, - "的修饰，方便知道连接抗体的情况。": 3, - "抗体要使用叠氮化试剂进行处理，认为": 3, - "倍浓度的叠氮化试剂就可以了，浓度不用太高。": 3, - "叠氮化的抗体与": 3, - "炔基链的连接，后者只需要": 3, - "倍浓度即可。": 3, - "偶联产物（g抗体本身大于": 3, - "ka），可以使用": 3, - "超滤管": 3, - "完成纯化。": 3, - "一次反应后，每个抗体分子表面连接的": 3, - "数目大约为": 3, - "重要试剂": 3, - "叠氮化试剂": 9, - "zido": 6, - "propionic": 6, - "uccinimidyl": 6, - "反应试剂盒": 6, - "lickit": 6, - "kit": 6, - "抗体叠氮化反应": 3, - "µg": 3, - "µgµ": 3, - "抗体，": 3, - "混匀，室温避光": 3, - "叠氮化抗体纯化": 3, - "反应": 6, - "纯化仅使用": 3, - "超滤管即可，详见下方。": 3, - "反应产物纯化": 3, - "一些": 3, - "链的订购": 3, - "根据试剂情况而定，最好从": 3, - "takara": 6, - "买。": 3, - "表面活性剂": 3, - "的差别": 3, - "是一个非离子表面活性剂的重要代表，并应用于大多免疫沉淀实验中。这个家族的所有成员riton": 3, - "onidet": 3, - "gepal": 3, - "非常相似，仅仅在每个胶束分别为": 3, - "）的平均单体数量和基于的头端基团的大小分布上有区别。riton": 3, - "来源于聚氧乙烯，并含有一个烷苯基疏水基团。riton": 3, - "临界胶束浓度较低，因此不易通过透析法去除。其浊点是摄氏度，在此温度下，可以观察到两相分离。": 3, - "是具有脂肪酸的酯基团和长聚氧乙烯链的聚山梨酯表面活性剂。它们临界胶束浓度很低，一般都是温和的表面活性剂，不仅不影响蛋白质活性，而且溶解蛋白的能力也高。它们不是细胞裂解液的常见组分，但是通常见于免疫印迹和酶联免疫吸附实验中的洗涤缓冲液，因为它们可以最大程度地减少非特异性结合的抗体以及去除不结合的部分。": 3, - "所以": 3, - "用于": 3, - "细胞裂解可能更好，而": 3, - "主要是漂洗缓冲液中常用。": 3, - "去污剂": 3, - "ween等": 3, - "labomecn": 3, - "细胞固定试剂": 3, - "戊二醛：": 3, - "穿透性强，微细结构保存好，但对抗原有一定影响，常与其他固定剂联合用作免疫电镜固定液。": 3, - "多聚甲醛常用：": 3, - "可用于免疫电镜；也可用于免疫荧光染色。": 3, - "主要检测组织内一些性能娇弱的抗原特别是细胞表面抗原，例如各类淋巴细胸分化决定簇、主要组织相容性抗原等。": 3, - "戊二醛、多聚甲醛与福尔马林固定原理及用途的区别": 3, - "生物科学": 3, - "小木虫论坛学术科研互动平台": 3, - "muchongcom": 3, - "标记方案": 3, - "细胞培养": 3, - "细胞，培养基，": 3, - "的胎牛血清，加双抗，正常培养即可。细胞漂洗": 3, - "足矣。细胞固定液参考ungmann": 3, - "的文章ungmann。需要物品如下：": 3, - "细胞，有的": 3, - "培养基及血清之类的，需询问": 3, - "，实验室库存未知，可能需要购买": 3, - "a，硼氢化钠，库存未知，可能需要购买": 3, - "戊二醛，库存为止，可能需要购买": 3, - "多聚甲醛，有的": 3, - "，有的": 3, - "蛋白（用于封闭非特异性抗原），库存未知，可能需要购买": 3, - "生物素亲和素标记": 3, - "此方案中，使用带": 3, - "一抗，然后预先和": 3, - "结合好，再结合带": 3, - "链。所需物品清单如下：": 3, - "βtubulin（biotin），已下单，三周货期": 3, - "avidin，实验室还有库存": 3, - "链（还带": 6, - "修饰），需订购": 6, - "超滤管，需查询库存": 6, - "直连抗体标记": 3, - "此方案中，直接通过": 3, - "链": 3, - "一抗上chnitzbauer，避免使用": 3, - "avidin。所需物品清单如下：": 3, - "普通抗体": 3, - "βtubulin，已下单，五一假期后到": 3, - "，需订购": 6, - "炔基修饰的": 3, - "通过一些关键词搜索自己的文库，先看下之前都是怎么想的：": 3, - "自己这一辈子，要是能有一部这样的超长小说，也算是非常了不起了。": 3, - "🔗html《》": 33, - "未来还是要继续做细胞与分子成像，理想的就是用成像方法研究细胞行为学。": 3, - "疯狂在搞": 3, - "xidebar": 6, - "软件开发，这是典型的不务正业。": 3, - "要记住，现在我的职业是做科研，做不好就没饭吃。": 3, - "robot，恕我直言，更容易发好文章。": 3, - "留下很多有价值的记忆，免得自己老了之后都没有跟子孙后代吹牛逼的资本。": 3, - "🔗thinkboutloghtml《关于博客的思考》": 3, - "吐露了希望尽量留在交大的想法。": 3, - "还是要尽快买属于自己的房子。": 3, - "要以一个开放积极进去的心态去迎接未来。": 3, - "🔗keepalancehtml《博士毕业之后》": 3, - "事业上做好力所能及的事情，平日里拥有健康的生活方式，每一天都尽量充实一点，人生的幸福感与成就感并不会比做大事的弄潮儿差。": 3, - "🔗hinaillinhtml《大变局之我见》": 3, - "更多的智能器件，才应该是发力的方向。": 3, - "🔗thinkboutorldhtml《吃饱喝足想歪歪》": 3, - "概括一下，就是要职业上继续做科研，业余还能有时间写小说，或者写代码开发有意思的软件。": 3, - "然后在学术上，并没有卓越的追求，只有满足自己满足社会的务实的需求。还会继续做分子细胞成像相关，如果能涉及到智能化小器件的开发就更好。": 3, - "留在交大和尽快买房子的愿望是冲突的，综合我前面的想法，那只能舍弃交大，去一个一般的城市一般的学校。": 3, - "上一次思考，基本上确定，“去个一般点的地方和学校继续做分子细胞成像相关的研究”。而目前我的现状是，": 3, - "超分辨需要的": 3, - "显微镜一般的实验室就搞不起。至于做别的成像，如果希望效果好，那肯定离不开高端仪器。然后养细胞其实也很贵。如果我不考虑好这些因素，贸然去了一个地方，很可能什么都干不了。所以说要想独立做": 3, - "，得有一些容易的课题作为预备和启动。这个是我需要筹划的。": 3, - "然后既然决定要离开，博后延期就不要考虑了，而且现在就要开始找下家，我的范围还比较好划，东莞及其附近都行。之前我最想去的是深圳湾实验室，平台还是很重要的。": 3, - "既然重视平台，为何不选择留在交大？主要还是我对于这边的战略方向，还是不大感兴趣。无论是纳米机器人还是信息存储与计算。而对于超分辨成像，其实也就是那样，就算我能够发一点文章，但它也不是我非常感兴趣的方向。": 3, - "我感兴趣的方向，还是分子层面或者细胞层面的相互作用。但是在这个方面我的积累实在是太少了。之前我或许还了解了一点": 3, - "entosis（细胞吞噬），": 3, - "migracytosis（迁移性胞吐），但是最近几年了解的就越发少了。所以我即不知道研究进展如何，更不知道国内谁做得比较好。最近": 3, - "migracytosis": 3, - "都已经发": 3, - "了，我之前还拿相关工作发了中国分析化学。其实我觉得自己就“癌细胞自己吃自己”的这个事情好好研究一下。这个要结合肿瘤微环境，以及放疗化疗的实际情况考虑。": 3, - "房价什么的影响因素真的无所谓，真正重要的是有没有一个自己真正感兴趣的问题。因为是自己真正感兴趣的问题，就会像之前写": 3, - "的项目代码一样，非常主动自觉地去做这个事情。我觉得如果我能够在交大站稳脚跟，或许可以自己独立做一做这个方面的研究。先找到一个好的简单的突破口，然后利用好这边的仪器。当初樊老师招我来，未必不是存了补足这边细胞生物学方面短板的意思。所以在": 3, - "这边的工作差不多了，我就会逐步转移工作重心到细胞成像上来。": 3, - "但是家人的比重也很重，至少要跟我个人的兴趣持平。我不希望自己变成一个工作狂，所有的时间精力都投入到工作中。我不希望每周累死累活，一到周日完全只想宅在家里补觉，甚至还会因为周日没有加班，拖延了课题进度而自责。": 3, - "所以还是下决心博后之后去广东。至少我可以买房买车搞起来。": 3, - "终于跟侯师兄打电话表达了一下意向，幸好人家还没有招满，可以给我助理研究员的位置和待遇，三年后可以成为副研究员（侯哥是五年的考核期）。其实这种编制随着国家发展，越到后面意义越小，还是要做出有代表性的工作。": 3, - "未来三年的计划安排": 3, - "前几天我已经和侯尚国师兄说好了，博后出站去跟他在深圳湾实验室混。既然这样，我就势必要做出一些安排和调整。": 3, - "首先最重要的事情，就是未来三年的科研计划，要结合师兄实验室以及深圳湾实验室平台资源，做仔细地思考，然后做出一些有意义的工作。现在就要调研起来。": 3, - "其次是安家的事情。买房暂时还是买不起，估计到时候还是得在深圳先租房度过头几年。然后生娃，未来三年肯定是要生娃的，到时候让我爸妈在东莞带着，周末或节假日可以经常家人团聚。就这一点我是非常满意的。": 3, - "接着是上海这边的善后交接。我博士后期间主要搞": 3, - "，文章势必是要出来一篇的。然后把戴哲泽带出来，基本上就功德圆满了。此外是跟陈楠老师那边，纳米银的文章也要有一个交代，最好能在我还在上海的时候发出去。另外是申请的基金，目前博士后面上已经没戏了，后面就看青年基金（我估计中的希望也不大），所以大体上看，明年出站能够比较洒脱。当然了，人走了，心还在，以后还是可以有很多合作的。": 3, - "😟": 3, - "怕是搞不下去": 3, - "今天让师弟看了一下加入过氧化氢对经典的单链": 3, - "的影响情况，结果发现浓度高了肯定不行，浓度低也说不清楚，因为是同一张片子换液了多次。虽然我之前的预实验结论不受影响，即带引擎数量越多，robot的运动更快。但是这种情况下，robot": 3, - "恐怕不能拿来做": 3, - "了。至于能拿来做什么，这个就不是我要操心的了。因为按照我的规划，我在交大发一篇文章，就算是给了足够的交代了。": 3, - "工作啥时候结束": 3, - "现在想到一个非常简单的加密的事情，基本上能够囫囵，然后发个": 3, - "之类的。但是要想得更有趣点，发个子刊，还是很有难度。": 3, - "按照飞姐的建议，我前两天看了一下张祎男师兄的，他采用了折纸加密，形状加密等多种方式。但是我这个": 3, - "中，折纸只能搞六螺旋一种，而": 3, - "也只不过是一排点。所以真的只能说是启发参考，而完全不能照搬。": 3, - "目前我的加密设计，只能说从概念上实现了加密和解密的功能，但是加密的优势（不可破解）还不是特别突出，甚至于加密的信息的容量也不够突出。只能说相比较于之前的多色（其实是两种颜色）成像，从概念上讲更加有趣点。": 3, - "如果说折纸本身就是一种加密手段，那么就是选择": 3, - "链组合，这个组合就是一个": 3, - "key，但如果确定为": 3, - "结构，那么其实": 3, - "大体是固定的一个组合，如果从其中随机抽样，比如": 3, - "个位点（staple）作为": 3, - "extension，剩下的能够有多少种组合呢？就是说，我作为": 3, - "message": 3, - "sender，只提供了几条": 3, - "链，而我需要告诉对方（reciever）的是剩下的": 3, - "staple，如果对方不知道这种组合，就无法合成出来有固定": 3, - "，解析得到我的信息，这就是所谓的折纸加密。这个在我的体系中也是成立的。而且这是天然的一级加密。": 3, - "另外，要合成": 3, - "pattern，我们的": 3, - "不是一个": 3, - "origami上的，而是多个": 3, - "的组合，所以理论上我们的": 3, - "链组合还要大一点。因为你得合成三种或者更多种": 3, - "折纸。合成了之后，虽然你知道我的": 3, - "extension": 6, - "链序列是什么，而且基本上也能知道这些序列在单个折纸上的": 3, - "pattern，但是你还不知道它们应该怎么才能组合成一个正确的排列。所以这个就是一个二级的加密，就是单pattern的组合。这种排列组合的数量就不会太丰富，因为": 3, - "能够容纳的信息量有限，目前我们实验条件制约下，我设计的是只有种": 3, - "pattern，但是如果你要搞色成像，那这个排列组合的空间就非常大了。当然我们不排除使用": 3, - "exchange，如果到时候": 3, - "不是很好用的情况下。或许我们可以先用": 3, - "来验证一下概念，得到一个时间，肯定比较长，然后作为对照，而": 3, - "就一锅丢进去，基于频率区分，可以更快地读出来。": 3, - "六螺旋如果按照常规理想的": 3, - "的分辨率来看，以": 3, - "为准，一条六螺旋上可以容纳": 3, - "bit，其中用于确定结构和方向的端点（个）去除，还剩下": 3, - "bit。然后": 3, - "链我们按照": 3, - "计算，的次方也有很大的编码空间，就相当于我们可以编码的信息，至少是": 3, - "思考这些东西没啥意义。": 3, - "师兄师姐都是好人": 3, - "突然决定提前休高温假回老家，最重要的事情就是思考博士后之后的去留。但其实我在家里并没有做太多这个方面的思考，也没有坚持写论文。我就是顺其自然地过休假生活。": 3, - "回到上海之后，茜姐来问我写作的进度。我说假期就没写。然后她稍微批评了一下，这个是她的性格。我虽稍有恼怒但也能理解。": 3, - "思考去留无非是有选择，一个是留下跟着茜姐在上海交大接着混，另外一个是南下深圳跟着侯尚国师兄混。其实有这么一个假期让我解脱出来，我觉得还可以有第三个选择：转行。": 3, - "为何转行": 3, - "做研究包含很多事情，但大体上是要围绕一个具体课题去开展各项工作，比如：": 3, - "做实验（一般）": 3, - "看文献（不爱看）": 3, - "带学生（没耐心）": 3, - "谈合作与社交（不喜欢）": 3, - "分析数据（一般）": 3, - "写文章投稿（不喜欢）": 3, - "做报告（一般）": 3, - "从上面来看，很多科研相关的活动，其实我不是很感兴趣。如果课题不能让我真正喜欢（然而这一点非常困难），仅仅是为了发文章糊口，我宁愿干点别的事情。": 3, - "我坚持写日志也快一年了。不难看出，我并没有什么聪明才智，或者远见卓识，更缺乏规划，自律和强大的执行力。简单的说，我就是一个普通人。与其在学术前沿阵地上成为炮灰，为人类增加一些根本微不足道的知识，不如真正投身业界生产对人们真正有用的产品。": 3, - "转行利弊": 3, - "学术研究作为一项职业，「性价比」可以说是非常低的，课题失败的风险很高，要做的杂事很多，加班加点是义务，最后到手的收益，名多利少，而且还是一个超长期的过程。而且这个领域内卷一天比一天严重。": 3, - "我在这个方面的累积优势，只能说中等水平：": 3, - "有一些文章成果": 3, - "有院士大佬背后罩着": 3, - "自己的科研技能点满满": 3, - "所在的研究领域还算热门": 3, - "如果要转行，以上所有累积优势荡然无存，我只能倚仗自己的博士学历，以及一些基本的学习能力，沟通能力，办事能力以及编程能力。以我的情况，如果不是有特别好的工作，就只有自己创业，才值得转行。": 3, - "核心诉求": 3, - "转行自然也是可以，但前提要想好自己的核心诉求是什么，再想能干什么。": 3, - "既然是用“搞科研挣钱少还劳心费神伤身，现在身体吃不消”的核心理由，那么换一份工作，就得是「轻松」的。显然这个不大现实。特别是转行，刚开始几年不可能比继续做科研更轻松。": 3, - "所以当我说想转行的时候，本质上是价值观的问题。搞科研纵然有千万条不好，但让我做出转行决定，不是心累，也不是憋屈，更不是不感兴趣，而是无用。我确实觉得": 3, - "paint": 3, - "无用，robot": 3, - "无用，": 3, - "更是无用。": 3, - "不仅是我觉得没用，很多低年级的师弟师妹也觉得无用，至于到了樊老师那个层次，就是找了个「有之以为利，无之以为用」的说法麻醉自己。中层的青年老师眼里，就不会考虑这个问题，只有文章文章文章，能发文章，让自己升职加薪比什么都强。所以起码对自己有用，至于对别人对社会有没有用，全靠瞎几把吹（文章粉饰）的水平。": 3, - "以人为本": 3, - "我觉得做职业选择，还是得以人为本，从自身最基本的地方出发。": 3, - "第一个就是身体条件。我现在是绝对的亚健康，胃病肝炎还有阿尔法型超重。照顾好自己的身体，就必须要平衡好生活和工作（不管是什么职业），合理分配时间精力，别让自己落入拖延的怪圈，导致身体和精神上的巨大压力。": 3, - "第二个就是基本诉求。人活着基本诉求无非就是衣食住行，教育医疗等等得到满足。眼下来看，除了买房难，其它的都还好。如果在上海或深圳，基本只能租房。其实我如果留在交大慢慢发展人脉，教育医疗也能有好的保障。": 3, - "第三个就是精神追求。这个涉及到个人深层次的价值观，也就是我会认为度过怎样的一生才有意义。目前我至少可以用排除法：我不求大富大贵，也不追求卓越的名声。我就想普普通通的，跟自己老婆长相厮守，生娃然后扶养ta长大，然后比较健康地终老，就非常不错了。如果说有什么牛逼的事情，做了教授的较高的社会地位值得一吹，发表的论文也值得一吹，甚至业余搞点把软件或者电子制作的作品，又或者写一部自己满意的超长篇小说，都是非常值得骄傲的事情。当然，还有坚持写日记，坚持锻炼……其实这些事情都有两个共同的特点：": 3, - "常人不能完成": 3, - "需要付出持久的努力": 3, - "所以，其实我觉得的牛逼，并不是所谓的「有没有用」或者说对别人做了多少贡献。牛逼非常简单，就是别人做不到，你能。如果要再升华一下这一点，他就叫做「创新」。不过创新总是难得（得蝎子拉屎），能够胜过大部分人就很不错了。": 3, - "我博士后在交大干了满一年，接下来又要决定未来了，这是艰难的，所以当初我就开玩笑说，做博士后就是个「死缓」。其实到现在，我的选择可以有很多，但是比较占优的，也就是两种：一个是争取留在交大继续，二是去深圳湾实验室跟侯尚国师兄合作。": 3, - "比较两种选择": 3, - "工作上的选择必然也会对生活造成巨大的影响。因为这个事情直接决定了我将来到底要在哪里安居乐业。生娃，买房，这些人生中非常大事，在未来三到五年都会陆陆续续解决。所以我不得不做好选择和计划。": 3, - "通过各方面的比较公平实在的评价比较，可以看到去深圳湾实验室，还是占有一定优势的。所以我最终还是要选择去深圳湾实验室。": 3, - "⭐基于选择制定计划": 3, - "既然要去深圳，那么最好是成为「深圳湾启航学者」，这样就不用挤占自己课题组的经费（不然我助理研究员的工资是侯师兄从课题组发的钱），有利于我跟侯师兄进一步的发展。为了做这件事，我最好要参加「青年科学家云论坛」，这个截止报名时间比较紧迫，我得抓紧了。": 3, - "我做出的这个决定，其实对于李茜师姐来说并不是一个好消息。所以我得找个时机跟她讲清楚，不要到时候再突然变卦，让人家猝不及防。": 3, - "参加论坛暂时没有什么太多要求，就是填写一个报名表就可以了。所以这个可先搞着，看那边的通知，如果可以做报告，后面就准备。然后至于申请启航学者的事情，肯定得我跟李茜说明白之后，再找樊老师要推荐信，这样就十拿九稳了。等到这个事情差不多了，我才能继续后面的事情，比如思考未来的课题和发展方向，甚至买房买车等等。": 3, - "青年基金如果能中最好，~~这样我就能再申请一个深圳后备级人才计划资助，五年下来似乎有": 3, - "w，也是一笔大钱。如果申请不中，那么我就转而发力博士后面上，好好改改，争取能拿到~~。": 3, - "深圳湾实验室相关": 3, - "“深”爱人才、“圳”等你来、“湾”里相会": 3, - "——深圳湾实验室年青年科学家云论坛通知": 3, - "qqcom": 12, - "年月日举行青年科学家云论坛，论坛将采取线上方式进行。": 3, - "具有海内外知名大学或科研院所博士学位，原则上年龄不超过周岁": 3, - "海内外青年学者请通过邮件（lippszblaccn）提交个人简历和论坛报名表（详见附件），报名截止日期：年月日": 3, - "参会者将有机会优先入选深圳湾实验室特聘研究员或者深圳湾实验室启航学者👇": 3, - "深圳湾学者全球招聘通知": 3, - "“深圳湾学者”实行聘期制，聘期为年。“深圳湾港湾学者”可续聘一个周期，“深圳湾启航学者”表现优异者，可申请特聘研究员（unior": 3, - "rincipal": 3, - "nvestigator）岗位。": 3, - "深圳湾启航学者应具有博士学位，原则上获得博士学位不超过年。有良好学术训练基础，在科学研究方面有出色的成就和创新性研究思路。聘期内全职在实验室工作。": 3, - "“深圳湾启航学者”的岗位职责和支持条件：根据实验室以及研究所中心的学科规划，在现有课题组内开展合作研究工作或独立领导团队开展科学研究工作；": 3, - "实验室提供世界先进的技术支撑平台，提供科研经费。": 3, - "作为全职岗位，深圳湾启航学者享有全职员工的所有福利待遇，包括五险一金、补充医疗保险、年度健康体检、带薪年假、人才住房；接收户口档案；协助子女入学等。": 3, - "应聘材料：": 3, - "自荐信；": 3, - "简历；": 3, - "研究总结和预计在实验室开展的研究工作计划；": 3, - "至少三名推荐人的姓名、机构、联系方式等信息。港湾学者候选人的其中一名推荐人为实验室现有，该为候选人获得港湾学者后在实验室的合作研究者。": 3, - "请将上述材料合并为一个文档后发送给实验室人事部李老师，邮箱：hrfellowszblaccn。申请人需在申请材料或申请邮件中明确其意向研究所中心和申请岗位。": 3, - "学者岗位申请持续开放，每份申请材料一经收到即会进入评估程序。只有初审合格的申请人会被联系和邀请参加面试。": 3, - "关于青年基金": 3, - "国自然放榜时间表！": 3, - "前（本周四）": 3, - "月日": 3, - "信息中心开通依托单位和申请人项目审批结果查询功能。": 3, - "关于深圳人才计划": 3, - "关于后备人才政策废止": 3, - "深圳市委书记王伟中": 3, - "深圳市": 3, - "广东省": 3, - "领导留言板": 3, - "人民网": 3, - "peoplecomcn": 3, - "深圳市政府给出的解释中，主要是突出市场化机制支持人才，支持重点用人单位设置特聘岗位，根据不同专业、不同学科特点和人才成长规律，自主评价聘用高精尖缺人才。所以“深圳湾学者”就是在这种背景下提出的。": 3, - "深圳市人力资源和社会保障局关于高层次人才业务、新引进人才租房和生活补贴业务相关安排的公告深圳市人力资源和社会保障局网站": 3, - "szgovcn": 6, - "深圳人才补贴": 3, - "年深圳人才补贴政策讲解（必读干货）": 3, - "入职落户后缴纳了三个月社保，可以领几万块市里的补贴，再过半年可以领光明区的补贴。": 3, - "关于生娃定居买房": 3, - "老婆已经吃起了叶酸，还跟我算起了家庭小账本，踌躇满志地要搞定几件人生大事。": 3, - "深圳将不断加大人才安居保障力度，加快完善“”住房供应与保障体系。所以买房这个事情其实也不用着急。如果合适，深圳市区的房子也可以买。": 3, - "深圳市人民政府关于深化住房制度改革加快建立多主体供给多渠道保障租购并举的住房供应与保障体系的意见市政府文件": 3, - "年深圳人才房申请指南（公租房安居房）": 3, - "补充：关于户口": 3, - "深圳户口有什么好处？": 3, - "年了，上海户口为什么依然价值百万？": 3, - "看完最后👆这篇关于上海户口的说明，虽然大部分说法感觉不靠谱，但是确实还是很有吸引力，就像老婆时不时念叨浪费了上海户口。": 3, - "但是仔细想想，上海户口最大利好的是子孙后代。比如有上海户口，上学，就业乃至婚恋都是很大加分。然后对我们自己好的地方可能在于医疗和养老，然后公共交通出行也比较方便。": 3, - "以上海为例，户口最大的价值在于两点，一个是购房资格，一个是教育。但是要实现这两个价值，说白了都是以经济基础为前提的。": 3, - "上海户口真的那么好吗？": 3, - "户口所附带的一些东西，比如医疗、教育，其实我在前面的表格中也有体现，所以也没啥好说的。深圳户口和上海户口相比，不会差到哪里去。": 3, - "!深圳湾实验室青年科学家云论坛报名表docx": 3, - "!谢晓冬简历找工作版docx": 3, - "!谢晓冬学术简历docx": 3, - "!附件：青年科学家云论坛参会约定pdf": 3, - "!附件：青年科学家云论坛议程pdf": 3, - "eptember": 3, - "temporary": 3, - "meeting": 3, - "eijing": 3, - "ime": 3, - "由于周六上午小组会，所以我打算采取录制屏幕的方式。在网上找了个免费开源的工具": 3, - "apture。（注意要使用": 3, - "ffmpeg）": 3, - "最后我只录到一个用": 3, - "技术对": 3, - "数据做分析处理的工作。作者是真做得好。i": 3, - "而且我还在小组会": 3, - "上分享了这个工作。": 3, - "乍一看大部分精力还是在折腾obsidian。": 3, - "把文献阅读库给迁移出来了": 3, - "还是决定使用无自定义代码的": 3, - "zoteroobsidiancitation": 3, - "文献阅读流测试zotero文献阅读工作流": 3, - "即日起，工作流从": 3, - "sheldonxxdworkspace": 3, - "迁移到": 3, - "zoterotest。": 3, - "完善每周任务看板使用规范，如任务看板": 3, - "进一步完善": 3, - "设置，使之能够使用相对路径链接附件，实现各种可切换。测试zotero文献阅读工作流otero": 3, - "修改了日志模板，不再有": 3, - "schedule": 3, - "模块，这个功能弄给看板。": 3, - "删除各种自定义的功能，保持现有工作流的轻量化，并且精简了相关模板。如论文草稿模板、emplates每周看板、实验记录模板、草稿模板。": 3, - "根据路径自定义了关系图谱中节点的颜色，还挺方便的。": 3, - "切换建立并完善zoteroobsidian的文献阅读工作流": 3, - "开始干活，先忏悔反思一下吧，任务看板中重要的事情一件没干": 3, - "将工作库搬迁到了固态移动硬盘上，还是这样方便一点。": 3, - "工作库的内容主要是科研工作方面的，大头是文献阅读，这里使用的zotero的工作流，使用": 3, - "scuxxdhotmailcom": 3, - "账户，": 3, - "xxd，注意": 3, - "zotero以及插件的设置。": 3, - "尝试了一下": 3, - "logseq": 3, - "配合zotero，设置啥的都挺简单的，但是插入文献的时候不够流畅，至于关系图谱就更是垃圾了。还是obsidian老牌，做了大量的优化。": 3, - "感觉就融合到一起，all": 3, - "也没什么，都是草稿，不过是多建几个文件夹的事情。": 3, - "在家里的电脑的manjaro系统上折腾zoteroobsidian，还不错，跨平台跨设备的使用还是很丝滑的。测试zotero文献阅读工作流": 3, - "终于完善了多级文献阅读的笔记体系，就看自己能够阅读多少文献了。": 3, - "算是初步搞定了文章草稿新版的scheme": 3, - "先看看这周还有什么任务要做，任务看板，先搞逻辑框架图吧。文章新的逻辑框架": 3, - "尝试": 3, - "nhancingindmap": 3, - "indmap，注意这个查看脑图得执行命令（），而不是在": 3, - "中写东西。": 3, - "一图胜千言，outline虽然有条理但是却不够直观。我得尽快弄个图出来。的scheme": 3, - "回到家里，洗完澡，本来还想看看文献思考下未来的。结果又接着尝试了一堆": 3, - "的插件，各种捣腾，最后决定使用大神的": 3, - "snippets": 3, - "就意味着图片往左侧对齐放置，然后还可以设置宽和高。": 3, - "整理文献库和看文献，顺带做了一点小组会的内容。": 3, - "先尝试学习使用dataview插件，感觉在自动聚合一些内容上有不错的效果。": 3, - "这周的任务还剩下两个，而且还是最难的两个，而且这周只剩下两天了。我还是先修改文章的igure吧，不然小组会都不知道讲什么。然后改图改累了就穿插着写ntroduction和文章。": 3, - "我发了outline和scheme的截图给茜姐，她回复我跑远了先停下来，不明觉厉，那就先弄小组会吧。小组会，然后在准备小组会报告，要分享文献，索性把之前弄的两个专题阅读的内容给搞过来。分子机器专题阅读，纳米颗粒布朗运动专题阅读": 3, - "整理了最近三个主题阅读的内容（另外还包括分子共振荧光增强）。": 3, - "继续扫读文献库，把分子机器专题的搞完。": 3, - "发现分子机器里边有不少框架核酸的内容，其实应当另外析出。框架核酸及其应用": 3, - "查看微信公众号上的推送，发现关于力学在组织发育和肿瘤形成发展中扮演的角色还挺重要的，可以找": 3, - "方面的文献读一下。细胞分子力学专题": 3, - "差不多把小组会文献汇报部分的内容搞完了，打算下班回家。": 3, - "还是看文献的一天，还不错啦！": 3, - "昨天整理了文献库，也看了不少文献，还剩下很多文献没有整理。我觉得这样也不是办法，我得停下来思考一下，凝练出我应当发力的主要方向，以及另外三到五个感兴趣的方向。文献阅读方向思考": 3, - "决定了合成生物学的方向之后，我打算先找一些电子书看看，可以用": 3, - "iology》aneko": 3, - "简单看了下《ife": 3, - "system》这本书的前言和某章，学到了一些术语吧，对于一个复杂系统的基本概念有了了解。": 3, - "注册了zibrary的会员，用户名是": 3, - "sheldonsinapcom，密码是": 3, - "zbook，edge浏览器记住了": 3, - "。注册用户每天可以下载本书，不然就只能下载本。然后我接着下载了四本关于合成生物学的书籍。": 3, - "沈建磊师兄跟我约了周六下午大组会之后聊一聊，我可以再了解一下膜张力的情况。膜张力的情况": 3, - "掐灭了关于合成生物学方面的想法。": 3, - "今天主要是两个阅读任务，一个是继续看一点蛋白分子振动的文献，另外一个是快速地整理有关的文献。": 3, - "其实之前已经看过不少了，再做这样的整理，形式大于意义，我觉得还是可以看下合成生物学方面的文章，或者看看微信收藏的一些文章。": 3, - "文献大组会，稍微听一听。文献大组会": 3, - "快速扫读了合成生物学的一些书籍，发现这个确实是适合给学生玩的i的选题。有一套成熟的工具箱和表达体系。但如果我要去切入做研究的话，肯定要深入底层，如扩充工具箱，但是这样一来很难，二来跟我目前的基础相距甚远。aldwin": 3, - "在家休息几乎不大可能做工作上的事情，除非是十万火急。": 3, - "周日早起了，打开电脑打算做点什么，但其实很多事情并没有必要去做，不如看看这周的日记，好好反省一下。": 3, - "昨天临下班的时候，沈建磊师兄找我谈接手课题的事情，我当然是拒绝了。分子共振荧光增强": 3, - "还是做了不少事情，但却是并不重要的急事杂事。": 3, - "今天是分析化学年会（，深圳）提交摘要的deadline，先把这个事情搞定（深圳分析化学年会展报）。我注册了中国化学会的会员，登录邮箱是": 3, - "xxd。": 6, - "寻找报名参加学术会议的实验室相关制度要求，发现企业微信（规章制度）和钉钉（试剂耗材采购，请假考勤等）都很久没有登录了。钉钉的登录手机号是": 3, - "王飞师姐计划买一个微流控系统，让我帮忙调研一下。微流控系统调研": 3, - "我真心觉得，看板这个东西有一个就可以了。": 3, - "给任务看板好好地整理了一下，以后就用这一个看板就行，足以支持我做计划安排。我在计划安排这一块，思想和行动非常割裂，但还是要实事求是，先从简单的搞起。所以看板也非常简单。": 3, - "现在基本上搞会了anban插件，接下来要结合": 3, - "弄一个快速添加任务的东西。但这个如何跟我现有的日志体系结合到一起，值得思考。": 3, - "我把quickdd的快捷键都整理了一遍，就可以召唤": 3, - "quickdd，然后进一步选择各种命令。关于": 3, - "的用法，我觉得这篇博客非常好。": 3, - "上周通过形而上的思考文献阅读方向思考，觉得自己后面想搞合成生物学的东西，但是简单了解了一下，这个想法也是有点不切实际。所以还是要必须联系实际情况来做一些思考。研究方向思考": 3, - "做了一点正事，但也就一点点。": 3, - "昨晚提早下班放浪形骸了，今天开始改变，先从前期的小结开始。周小结": 3, - "做事还是要讲究循序渐进，其实并不是我拖延，而是要干的事情大多比较陌生而且复杂，而且我想做出的改变太多。所以我不妨先从一些简单的事情干起。比如阅读文献，先每天阅读十篇单颗粒成像方面的文章。成像": 3, - "不过这个事情可以安排到晚上来搞，因为它并不算难，我现在更应该搞，不然即便我看了十篇文献，内心也不会舒坦，这就是真实。文章新的逻辑框架": 3, - "刚刚跟戴哲泽看了一下他的大组会，完成度比较低，因为他调入了一个误区。他试图把这个大组会工作汇报当作是文章的来搞，然后根据得到结果来推前面的背景。这样对于他必然是吃力的，尤其是他对于这个工作的创新性把握还不到位，到底这个工作提出了一个什么新的概念，我已经明确跟他指出是一种新型的": 3, - "左小磊老师名下的博士生郭瑞妍找我咨询超分辨成像样品制备的事情，我建议她搞合作，她说后面经常用想自己学，。": 3, - "再次查看戴哲泽师弟的工作汇报，感觉他的逻辑还是有点混乱的，似乎一个下午也没有多少更新。要求他先把一个大纲弄出来。": 3, - "晚上又跟茜姐一起看戴哲泽的工作汇报，果然不出我所料地挨批。": 3, - "阅读了不少文献，还修改了些代码练手，充实。": 3, - "发现目前还无法在晚上意志薄弱的时候去阅读文献，所以只能先放到早上来培育一下习惯。": 3, - "先用eb": 3, - "cience、ubed、oogle": 3, - "cholar": 3, - "等工具搜索了": 3, - "`single": 3, - "tracking`": 3, - "这个关键词，找到高度相关的，高引用的和近期发表的文章收集起来，大概三十篇的样子，先看一看。成像": 3, - "晚上又跟茜姐一起帮忙看戴哲泽师弟的工作汇报，感觉我们都有些揠苗助长。以后自己带学生的时候注意，从课题一开始就让他准备这个完整版的，然后根据不同需求和场合导出不同版本和长度的。而不是提前一周准备，这样双方都太吃力了。对我自己而言也是一个教训。": 3, - "给了我启发uan，如果后面非要测定不同大小的": 3, - "coefficient，或许可以采取增加溶液粘稠度，然后快速成像的方式。": 3, - "tuhjg": 3, - "完成了": 3, - "命令的升级，可以同时导出包含的引文的": 3, - "记录文件。": 3, - "前期的拖延导致了现在的压力。": 3, - "win的升级不慢，但由于未知网络因素，下载到特定的进度居然卡死，无语，浪费我早上宝贵时间，本来打算看看文献开工的。": 3, - "早上茜姐过来问我今天能不能搞完，我说可以。其实如果昨天静下心来搞，昨天就能搞完一个初稿。所以还是有点": 3, - "拖延": 6, - "中午搜索了一些关于nanorobot的生物医学应用的文献微纳机器人的运动和应用，找了篇左右，差不多了，接下来要快速的看，主要的目的还是要完成的素材积累文章新的逻辑框架。": 3, - "饭后无聊，想到一个图像分析的编程题目，编程题目分析随机曲线。": 3, - "事业上有种拨开云雾的感觉。": 3, - "昨天晚上跟茜姐聊了一下，让我又动摇了后面去深圳的想法。职业发展的思考": 3, - "调研了一下荧光相关光谱技术，感觉在测定分子或纳米颗粒的布朗运动扩散系数上很有用。荧光相关光谱成像": 3, - "但是这个似乎要用": 3, - "去做，而且后续的数据分析也需要一些功夫。": 3, - "千里之行始于足下，我觉得做一个obsidian搞学术研究的教程还蛮有意义的。不妨现在就开始做起来，每天一点点。利用obsidian搞科研": 3, - "戴哲泽师弟工作汇报终于结束，跟侯尚国师兄说明情况并获得理解。": 3, - "电脑": 12, - "带了拯救者p电脑到学校来安装一些软件和系统升级。结果还是会遇到一些问题，manjaro中通过软件包管理器安装blender失败，因为cuda总是装不上，尝试直接通过命令行`yay": 3, - "`，发现是镜像源的问题，切换到上海交大的镜像源，就舒服多了。": 3, - "联想拯救者p电脑上的zotero储存了前期大量的文献积累，暂时还不能用，所以我在家里主要还是得用manjaro系统来同步办公。": 3, - "又到了周末，到了需要写周小结的时候了，试试？周小结": 3, - "发现周小结模板中": 3, - "语句存在问题，查询资料后修改成功，后面根据日志文件名日期来进行更为准确的query。每周小结": 3, - "bjvam": 3, - "尝试了workbench这个插件，简直就是一个垃圾。所以很快试用结束后就删除掉了。下一步我打算看看文献。": 3, - "在家还是没有认真完成重要工作的习惯，不过好歹迈出了第一步，看了一点文献。": 3, - "感觉临时任务没有必要添加到看板中，这样就失去了计划执行完成的意义。": 3, - "感觉文献阅读工作流还是需要进一步完善，感觉没有必要依赖于annotator插件了。所以完全切换成了": 3, - "zoterocitations": 3, - "的工作流。看文献的标注还是依赖于": 3, - "reader": 3, - "直接在": 3, - "上做高亮标注即可。": 3, - "每天提前一个小时上班，不妨好好利用这段时间，多看文献，真正养成看文献的习惯。": 3, - "发现标签值得好好利用，使用日志racking的时候可以先想好标签。然后标签加上反斜杠还能作为子标签呢。": 3, - "继续整理标签，只要在标签面板rename即可，非常方便。感觉文件夹就是分类，标签就是另外一种组织方式。太棒了，终于把": 3, - "rangler": 3, - "这个插件用起来了。": 3, - "花了点时间，调整了自己笔记本上manjaro的显示缩放（英寸屏幕，缩放比较合适），其实在显示器设置的部分。": 3, - "修改了paperdocxpy": 3, - "的代码，采用相对路径。此后随便移动": 3, - "也不用修改代码了。另外注意从": 3, - "中导出": 3, - "时，要导出到": 3, - "目录下的文件。": 3, - "发现在linux上运行，paperdocxpy": 3, - "脚本还是存在很多问题，一一解决，现在才称得上是能够完美了。": 3, - "还不错，终于搞了第一版的，也理清了一些东西。": 3, - "来了实验室打开电脑的第一件事情，就是发布vault模板的第一个release，后面还有没有新的版本，就随缘了，但这个事情我必须要切割，不然会分散我的时间精力。": 3, - "今天是周一，肯定是要进行一下周小结周小结，然后思考一下这周的安排，对任务看板做修改。一定要养成这样的": 3, - "习惯": 3, - "总算给茜姐提交了的初稿，并获得了一些建议文章新的逻辑框架。下一步搞新的scheme。": 3, - "深入了解了一下stokesinstein方程，公式简洁明了，扩散系数就是跟液体剪切力（黏度相关）和大小成反比。": 3, - "修改了第二版，方向是对的，另外还看了不少文献，以及了解了python控制blender制作动画。": 3, - "早上来先看个十篇微纳机器人的运动和应用中还没看的文献，平均六分钟一篇，也还行吧，其实看的内容很少。": 3, - "在笔记本hinkpad上开启了共享文件夹以及服务，然后开启个人热点，手机连上这个热点就可以实现无线文件传输了，速度大概在s的样子。": 3, - "打算用": 3, - "编程的方式控制": 3, - "制作三维动画，主要是涉及到物体的选择、移动变换以及插入关键帧。blender编程": 3, - "文献阅读逐步进入一个新的阶段，要开始思考后面的可执行课题了。": 3, - "上午跟新生金仲超聊了一下，他提出了（电化学发光）做的超分辨的想法，给我介绍了一下。我提出了一些实际的疑问，还有关于": 3, - "的设计建议，以及建议尽快验证这边的设备能否测定单光子信号。这个学生还是很积极的。": 3, - "把微纳机器人的运动和应用剩下的一点文献快速扫读完了，后面可以就应用于细胞和医学诊疗的微纳机器人以及集群机器人这个方向做更加深入的调研和思考。": 3, - "课题思考": 3, - "最近不仅要整自己目前的课题的工作成（文章新的逻辑框架），还要想一下后面的事情（想想后面的存储加密是否能引入p，认真思考一下给本科生的大创课题），牛逼格拉斯了要。": 3, - "新搞了一个每日相关的模板，可以在当天的日志中快速插入一个dataview的query，显示今天新建的笔记内容。这是可选项，并不一定每个日志都插入，所以我并没有修改日志的模板。": 3, - "今天下午下班还剩下一点时间，看一下文献，制作文献汇报的。电子显微镜细胞器分割": 3, - "真的忙的时候哪有时间写日志啊。": 3, - "今天到现在才写工作日志，其实做了不少事情。早上跟着去做荧光相关光谱": 3, - "荧光相关光谱成像，下午分析数据（荧光相关光谱分析html），然后还帮忙给茜姐的一篇文章改图（anuscriptdocx，帮忙改图李茜ai，改图建议pptx）": 3, - "晚上打算下班回家，除了干家务之外，可以整理一下代码，这个东西复用性很高。然后作图的经验和思考也是可以整理总结的。然后再看下文献，感觉时间都不够用了。（事实上啥都没干，回家太累，不一会儿就睡了）": 3, - "有一次展现了作图的能力，另今天实验室举办了第四季度的生日会。": 3, - "早上来趁着脑子清醒，有目的性地看下文献，思考切实可行的未来发展方向。": 3, - "午饭前搜罗了一下iotif的文献，可以好好看看。": 3, - "计划今天再整理一下超分辨成像的文献，争取周末的时候能够系统地再回顾阅读一下。": 3, - "昨天帮忙修改的图对方很满意，还需要再帮忙修改一处（anuscriptdocx，帮忙改图李茜ai，改图建议pptx）。我先用草图说明了大致的修改方向，如果对方要让我全权修改的话，就需要对方提供矢量图元素了。": 3, - "在文献阅读的时候遇到一个新的问题。就是针对一个": 3, - "topic，其实它的内容是需要不断更新的。但是一篇笔记的内容如果太多，就会出现阅读困难。不过在": 3, - "中的还可以保留为同一个文件夹内，这个倒也无妨，总之做好链接就行。": 3, - "帮戴琨同学安装了一下cadnano，非常简单的事情，再一次树立了实验室老码农形象。": 3, - "上午小组会，下午大组会，周六的组会开不停。": 3, - "今天留给我的时间不多了，半个小时把小组会搞好（小组会谢晓冬pptx）。": 3, - "为了更好的展示效果，制作一个blender四面随机运动的三维动画。andomsblend": 3, - "下午听组会的时候重新做了一个文献汇报的（文献汇报谢晓冬pptx），讲的是结构色方面的工作ib，用于绿色印刷，通过结构控制颜色的策略还是很不错的，真刺激。这个工作降低了结构色印刷工艺的难度，但即便这样还是很难。话说结构本身很大程度上决定功能，手性光学材料就是如此。": 3, - "ekakb": 3, - "周日在家不要求工作什么，不过好歹可以写下周小结，毕竟自动化程度很高了。": 3, - "周日在家，老婆却要去上班，所以自己好自为之，最好是能够补补课，把之前因为拖延的进度赶回来吧。不过可以先对这周做一个小结。周小结": 3, - "发现在": 3, - "上，我的每日相关的dataview": 3, - "模版似乎失效了。所以这个东西慎用吧。": 3, - "看了不少文献，进一步完善obsidian个人文库建设。": 3, - "早上来先补充了一下荧光相关光谱成像的新文献，然后看了一会儿": 3, - "的综述，有点意思。": 3, - "整理了一下": 3, - "的目录结构，在": 3, - "目录中新增「课题思考」、「软件工具」、「组会汇报」等常规项目。": 3, - "在网上本来想找一下关于": 3, - "附件管理的插件，结果发现了点别的，比如这个": 3, - "asyyping": 3, - "插入内容的话），可以按": 3, - "format。": 3, - "刚处理完一些四面体结构形态参数的几何学统计，并同时查看尺寸和扩散结合频次的关系，但这个部分的数据，相关的示意图，比如把四面体粗粒化的圆柱体。到时候可能要用": 3, - "导入": 3, - "pdb，然后绘制一下圆柱体，直接从这个": 3, - "的模型上测量更具体的参数。": 3, - "修改了getitationeyspy": 3, - "代码，支持按照文献年份排序。": 3, - "新增了": 3, - "目录，这个是按照以后自己独立建组，成立实验室准备的内容发布平台（面向学生和公众），后面可以直接全平台搞起来，什么微信公众号，知乎专栏，一个都不放过。但是平台只是平台，内容还是要靠日常的积累。": 3, - "晚上从搞": 3, - "post": 3, - "开始，然后切换到": 3, - "manjaro": 3, - "系统，说弄一下": 3, - "gitlab，结果没搞成，还为了腾出硬盘空间，把之前安装的": 3, - "anaconda、blender、inkscape、cuda": 3, - "等全部都删掉了。折腾了一圈回到": 3, - "系统，又发现连不上网。然后也觉得自己的想法（我的实验室）真可笑。我没有必要专门搞一个": 3, - "post，本来就是个人的文库。": 3, - "打算整理一下最近的代码，这个是个细水长流的工作，不急于一时，尽量把代码都整理好。能封装程函数的搞成函数。今天就搞批量获取citationey": 3, - "这一个，弄好了一个模板，后面只要是代码就照着这个来，会比较清楚。": 3, - "创建了代码整理模板模版，然后把实验记录模板，论文草稿模板的front": 3, - "都删掉了。因为我认为它们是我在": 3, - "的时候先创建草稿，再添加内容的。": 3, - "感觉以后尽量使用脚注的方式插入网页链接，或者附件会比较好，注意一下。": 3, - "又找了一堆插件，感觉还不错，主要是图表绘制和": 3, - "racker。": 3, - "oday": 3, - "\"nbox\"": 6, - "\"rojects\"": 9, - "\"rchives\"": 9, - "\"eading\"": 6, - "filemtimedate\"\"": 18, - "又是接人，又是搞工作汇报，其实做的事情蛮多了。": 3, - "刚接到侯尚国师兄，他从深圳过来上海，找樊老师聊一下。": 3, - "茜姐说周三小老板们要聊一下，希望把我手头上这个东西整理出来一份形式上达标的工作汇报，到时候她去讲一讲。今天先快速地给她搞出来一版。搞一下工作简报": 3, - "下午又做了一个框架核酸分子机器的补充，给茜姐整理信息读写加密部分的思路和数据；接着她就跟我细化布置了另外一个任务统计汇总框架核酸分子机器的结构参数。": 3, - "感觉有点累，似乎什么都不想干了，而且也快到饭点了，干脆看一会儿文献吧微纳机器人的运动控制。": 3, - "初步了解了imotif的情况，又是看文献的一天。": 3, - "继续看了一下": 3, - "iotif，又有一些新收获，对它的了解也更多了，也包括荧光相关光谱成像。": 3, - "关闭了": 3, - "asy": 3, - "yping": 3, - "插件，因为它有太多设置，如果默认的话会出现一些我不希望它增加或删除空格的情况。": 3, - "花了将近一个小时整理文献库中关于": 3, - "的内容，然后调整合并": 3, - "中关于": 3, - "topic。然后根据实际情况，把": 3, - "topic": 3, - "分为三类，分别为：「成像」、「细胞」和「纳米」。": 3, - "完成了iotif的初步阅读，有一些收获和启发，但是一些关键问题还没想清楚。": 3, - "刚刚茜姐把左小磊老师的工作汇报发给我看了下，有草稿和最终的报告两版，方便比较学习。学习整理和汇报工作": 3, - "郝亚亚找我要之前实验室祖传方块折纸的biotin修饰链序列设计，我考古一阵子终于找到了当时的笔记文件。": 3, - "又快到吃饭时间了，打算利用剩下的半个小时，继续整理一下代码，就上次光谱分析的内容。荧光相关光谱拟合": 3, - "晚上不想干活，拖延症犯了。这里的干活就是那种积压已久的事情，我会下意识觉得它很困难，事实上确实如此，我只能用清晨的劲头去冲击，然后一鼓作气，白天还能推进不少。现在已经晚上了，适合思考一下未来的课题。": 3, - "跟人分享了obsidian，并进一步完善obsidian工具链。": 3, - "今天继续从看文献开始，看一个小时，到九点钟正式开工。看下单分子成像吧。": 3, - "演示一下obsidian和zotero连用，看一下折纸的文章。": 3, - "跟陈杰林和翟婷婷推荐了": 3, - "笔记工具，大受好评。有了我这个模板自然是好的，但我还是推荐他们慢慢使用，从日志开始。": 3, - "在github上的vault模板有人提了issue，询问的确实是一个存在的问题，这算是我第一次被人提issue，值得纪念。另外我还发现这个项目已经被标了三颗星。无论是线下还是线上，都有人用，说明我这个项目确实做的是好东西。或许后面有空，可以现在实验室内部宣传推广一下。但就是准备一份详细的教程会比较费时间。": 3, - "把软件工具给细化了一下，后面慢慢地填充内容。其实我个人值得分享的一些经验技巧，大部分都是一些软件工具的使用。我觉得这个也是宝贵的，如果一个新生能够尽快地掌握这些工具技术，或许能够更快地实现「思考自由」，从而加速科研的效率。": 3, - "又只剩一个小时就到晚上的饭点了，干脆一鼓作气把单分子成像剩下的部分看完了。": 3, - "根据实际情况，增加了文献调研模板，规范了速览阅读笔记的主要内容，其实非常简单，就是一个page就是针对一个特定问题的回答，文献就是其中的素材。另外还新增了大牛页面模板模板，感觉又可以搞一波": 3, - "了。!": 3, - "添加一段注释内容到当前光标，预览时并不会出现这段内容": 3, - "弄了一个笔记注释的": 3, - "quickdd，这样以后就可以轻松插入不被渲染和打印出来的注释内容了。": 3, - "终于把需要用到的": 3, - "quickdd命令给弄好了。忽然想起来思考课题最好也搞一个模板，帮助自己理顺逻辑，避免一堆废话。": 3, - "打算规范化弄一下people，并且建立一个人物汇总页。终于把uthoranking搞好了，弄这个的时候发现": 3, - "esearchate": 3, - "更加好用。": 3, - "陈杰林分享了将endnote里的文献信息还有一起导入zotero": 3, - "看文献关于sm部分，进一步晚上了obsidian工作流。": 3, - "今天可以先看下sm方面的文献，对自己做实验和数据分析有所帮助。sm的实验与数据分析方法": 3, - "工作日志中，我感觉应当是先新增任务，然后如果有需求就新建看板笔记，然后做完了这个事情，到": 3, - "中写一下后感，这样是一个比较顺畅的逻辑。": 3, - "花了一个小时的时间把任务看板工作流搞顺，我觉得这个时间还是花得很值的。另外每日日志的内容其实也可以更加丰富了。可以增加一个草稿区，随意发挥，不管格式。再次修改日志模板": 3, - "将任务看板和本周事务表锁定，这样以后从它们点到别的页面，这两个页面还能被保留。": 3, - "周六开一天的组会，上午临时急忙做了一个文献分享。": 3, - "听大组会": 3, - "梁承品，特殊的线粒体染料分子，可以用作超分辨成像，而且拍摄时间似乎能到一个小时": 3, - "把sm的专题调研部分大致看完了": 3, - "丁飞讲了一篇直接用低温薄层包裹自体癌细胞制备肿瘤疫苗，激活患者的免疫细胞的工作，这个方向感觉又会成为包膜类似的领域，比较混乱。": 3, - "郝亚亚讲了一个利用上转换颗粒结合低功耗的实现信息存储的工作，": 3, - "分辨率。感觉现在很多工作会想着把激光功率降下来。另外这里边还有氧化石墨烯。有点像蓝光（单层可达": 3, - "的存储容量）。这个如果做成光盘，估计得有倍的容量提升。": 3, - "thers": 12, - "看完文献之后，本来想思考一下新课题，但似乎也没有什么好的想法。或许可以先整理下已有的实验技术和条件，以及观察的一些实验现象和实验困难，从实际情况出发提出一些问题。": 3, - "光刻机是目前国家最被卡脖子的东西。其实就是高精度加工电子芯片。有没有可能利用": 3, - "bottomup": 3, - "的方式制备可用的芯片，其实尹朋eng": 3, - "in尝试过用折纸作为限域模板来生长一些金属，瞄准着芯片制备。从短期来看，": 3, - "制程的芯片以及背后的庞大工业链决定了，基于晶体管的电子芯片的基本结构和工作原理是不会改变的。所以问题就是如何生长这种晶体管，然后按照人类意愿（芯片设计图）实现空间排布。如果能够有纳米机器人来执行这个原子尺度的合成制造就好了。": 3, - "折纸确实是可以搞的，每个位点都可以伸出延伸链，作为寻址位点。所以就有可能实现定点的生长。双螺旋是": 3, - "nm，伸出位点间距一般是": 3, - "今天在家休息，时间过去大半才打开自己的工作笔记，可以小结一下。周小结": 3, - "在家也能看文献，而且可以仔细全文阅读，不追求数量，更追求质量，收获更大，我那么多星标文章，都可以这样。": 3, - "考虑过要不要学习一下javascirpt，这样就可以写一段": 3, - "js": 3, - "代替一些": 3, - "脚本，放到": 3, - "vault里边，真的就非常": 3, - "elegant。但是这个事情虽然有一定意义，但并不重要也不紧急，因为我目前已经有解决方案了。": 3, - "还想着要不要利用放假的时间，看一看的": 3, - "文章，系统回顾一下。我觉得如果不是要写综述，或者寻找新的灵感，这个事情也不是很重要。但是对于建立每天阅读文献打卡的习惯，确实是必要的。所以我给自己限定时间，一个小时阅读一下。": 3, - "看文献想课题，细胞力学成像": 3, - "与其早上来看的文献，试图补充完整自己的文献库阅读笔记，不如好好思考一下自己将来要发展的方向，有针对性地看一个方向领域的文献。": 3, - "刚刚茜姐跟我说了，后面或许可以开展关于细胞力学成像的工作，这个也是符合实验室的大方向（樊老师最近决定要做），所以我要更多的这个方面的调研，相比较于智能响应的微纳器件，确实让我更加兴奋一点。细胞分子力学专题": 3, - "今天真的是看了一天的文献，思考课题能怎么做，还是有一些收获尼罗红与细胞膜超分辨成像，但是还远远不够。主要是nile": 3, - "red单分子荧光信号的强度如何与高度对应。感觉haronov对于": 3, - "nm的liposome，~~拍出来的单分子荧光信号估计没有特别大的差异啊~~（还是有precision的差异，说明确实离得远了产生的光子数少，信噪比差，定位精度就差）。或许我可以先利用顾宏周老师他们的技术ianangb先在体外建立nile": 3, - "red单分子荧光强度和高度的关系，搞一个origami": 3, - "liposome即可。": 3, - "\"nbox看板日志\"": 3, - "\"eadingtopics\"": 3, - "继续看文献想课题": 3, - "今天又看了一天的文献，但是并没有像昨天一样开心，昨天是刚开始调研，不断地产生希望，今天就是不断破灭希望的一天。": 3, - "重新制定初步的细胞力学课题的实验，更换obsidian主题": 3, - "今天周三，这周已经有两天的忘我地文献调研和课题思考，如果再这样就会拖慢现有文章工作的进度了。所以今天简单草拟一下关于细胞力学成像比较快的实验计划，算是对前两天工作的总结。": 3, - "发现目前的事务表中关于重要程度，紧急程度，成就感的信息都没有太多必要，徒增累赘，也不客观。我感觉每天做的事情，就让他待在inbox里好了，等到周小结的时候直接看事务表就一目了然自己到底做了些什么。那么我关心的可能就是一个timeline": 3, - "occupied的情况，所以只需要starttime和duration即可。": 3, - "将看板事务修改为本周事务，并且将": 3, - "转移至": 3, - "iary目录下。": 3, - "修改日志模板，感觉没有必要搞一个每日相关，因为看板事务已经很好地自动建立了对当天日志的链接。": 3, - "修改默认新建文件的目录直接为": 3, - "iary本周事务，然后修改": 3, - "nbox": 3, - "，作为存放各种使用": 3, - "实现的": 3, - "map，调整了本周事务表，并且删除了之前的看板任务的模板。": 3, - "更换了一个lueopaz主题，避免审美疲劳。": 3, - "的一些高级用法（bjvam），表达式如果用了加减乘除运算符，一定要有空格，不然就是无效的。然后时间相减默认得到一个duration的数据类型。如“今天到此为止工作了": 3, - "`thisfilemtime": 3, - "thisfilectimehours`": 3, - "个小时”。": 3, - "到网上找lueopaz主题推荐的霞鹜文楷字体下载要老大一会儿了，这里干脆添加上附件：enai霞鹜文楷字体包zip，然后就发现自己屏幕的分辨率不够，无法直观感受到这字体的妙处。": 3, - "还是看文献调研了下核酸适配体": 3, - "根据上级最新指示精神，重新制定了细胞力学成像的方案，收集分析思考甄选了大量信息，最后得到的方案其实看上去如果偷懒的话，只看一篇文献就足够了。所以有些时候真的是要给自己设置一个": 3, - "deadline，比如要求自己一个小时内必须解决这个事情，就不会去花费两天的时间看两百多篇论文。当然了这个过程本身还是带来了很多收获，都是有用的知识积累。": 3, - "忽然觉得，其实阅读文献的时候，只要建立了zotero跟obsidian的连接就可以了，无需频繁更新": 3, - "mdnotes文件。至于pdf备注，说实话目前还没有感受到它的强大威力，可能是搞得不多。不过我现在有在考虑做一个基于dataview的map，能够直接看我文库中高引作者和高引论文。但关系图谱已经就此做了图形化展示。": 3, - "我必须修改下关系图谱中的未创建页面的节点颜色，打开主题样式css文件，搜索这个属性即可`": 3, - "graphunresolved`。": 3, - "另外样式文件中有非常多的注释，介绍了一些独特的用法，比如特殊标签有不同颜色，给字体或者背景加颜色，控制图片位置大小甚至添加图注等。但只有标签比较好看，图片的比较实用。": 3, - "下午调研了好久核酸适配体的东西，感觉这个会更加简单方便。": 3, - "给大家演示一下": 3, - "obsidian，这是个链接帮李茜刷一下文章angew的格式，这里演示文献引用erreira，然后我自己又折腾主题，到论坛上发现": 3, - "插件配套": 3, - "opaz主题使用": 3, - "搞了一个icon插件，让自己的笔记更加丰富有趣一点把，快捷键是，我觉得也没多少有意思的icon，所以关闭了。不过文件夹的icon倒是可以搞一个。": 3, - "了解傅里叶环相关，还弄了一点细胞样品": 3, - "早上稍微整理下有关超分辨成像数据分析方面的，我感觉这个领域目前就是各种optimization，特别是data": 3, - "analysis方面的。": 3, - "关于细胞力学成像的调研工作已经七七八八，其它杂活儿也没有了，然后已经周五了，要准备周小结。但是我感觉对我自己而言最重要的事情，当然是把工作整理好发表文章，却一点都没做。这种情况我觉得要好好反思一下。": 3, - "尼罗红染料已经到位，可以先尽快做一波细胞成像的实验了。": 3, - "发现obsidian目前还不支持直接从excel复制表格过来，不过": 3, - "typora": 6, - "可以，所以": 3, - "还是有它的存在价值的。": 3, - "swjxl": 3, - "上午下午都是组会": 3, - "今天下午听一下大组会，文献大组会": 3, - "周日在家总是什么都不想干。": 3, - "今天小结一下，以后周日就是默认的小结之日。周小结": 3, - "📅月总结": 3, - "工作上有很大进步，切记不要拖延，要明白志存高远，活在当下的道理。": 3, - "其实是过去两个月了，说起来现在能够不看日志，回想起来的几件事情：": 3, - "已经能够非常熟练地使用obsidian": 3, - "明确了后面留在上海发展": 3, - "工作有了新的架构": 3, - "又带了一波新生做实验": 3, - "要说有什么心得体会，这个阶段无疑是进步了很多，而且也有点拨开迷雾的感觉。就是要踏踏实实好好干活。保持好一个稳定输出的节奏，千万别说我已经做了这么多事情，给自己放两天假好好放松一下。按照过往的经历，这样做经常导致重新开机的巨大心理挑战。所以就跟我的工作电脑一样，可以休息，但是不要关机。否则打开了那么多的软件界面，千头万绪再重新开机找回来是非常困难的。": 3, - "另外对于一些课题思考整理这种事情，目前潜意识里还是有点畏难的，这就导致了拖延的情况时长发生。但是没有办法，一定多少要每天干一点，不然越拖越难受，自己整个人心理也不健康。这里我是对整理思考工作新架构有感。": 3, - "然后思考未来发展这种，过去一段时间让我心思反复，难以静下心来好好做事。再加上车祸赔偿，以及老婆怀孕种种大事交织在一起，我已经进入到一个不能想太多想太远的境地。我也逐渐意识到，作为一个普通人，也未必需要考虑长远，徒增烦恼。": 3, - "当然了，所谓的志存高远还是可以的，比如给自己定一个五年之后的目标，做出成果，弄个优青的头衔，这个是可以的。但如果是去哪个城市哪个单位，买房买车诸如此类过于现实的事务，都只是未来可能存在选择而不是志向。考虑这种还远没有到做决定的选择，就很难给自己带来正面的情绪。我觉得这里还是要各种学会区分，区分志向和选择。再自己咬文嚼字一下，「志存高远」，就是把比较高的不大可能完成的志向存放到比较远的地方，才能产生吸引力和美感。另外一个相对应的就是「活在当下」，像买房买车定居什么城市这种，都是具体生活事务，而且还是未来而非当下的生活。所以千万不要活在未来。": 3, - "🥑周小结": 39, - "混沌终将过去。": 3, - "最近可以说搞得非常混乱。": 3, - "撰写一两节obsidian教程": 6, - "帮忙": 6, - "但是从下周开始，要正式按照自己整理好的obsidian教程开始操作了。": 3, - "obsidian目录": 3, - "`uickdd": 3, - "📒项目归档`": 3, - "一时兴起开始写书，很好！": 3, - "还是要收收心，把时间精力放在主业上。": 3, - "健康最重要，人生短暂，有空就做自己真正想做的事情。": 3, - "本周事务": 33, - "的sm新方案设计": 6, - "的信息加密新方案设计": 6, - "是时候清空一下自己的未读文献列表了": 3, - "开足马力搞起来": 6, - "项目归档": 3, - "工作小结": 9, - "过去一段时间因为疫情被封控在家，可以看到工作效率是很低的。清空了之前累积的文献阅读清单，后面还跟风每日十文说好好看看超分辨多色成像方面的文章，但基本上泛读完就算了。再到后面就是给obsidian写了不少python脚本，以方便我的文献阅读需求。这一幕似曾相识，之前我不就是非常热衷于搞": 3, - "么，结果现在使用更多的是": 3, - "obsidian。": 3, - "从高中到现在，我无论是在纸质笔记本上还是电脑上写过很多日志随笔了，但是都没能很好的整理到一起。等到以后我退休了，或许可以尝试收集一下这些资料，然后整理起来，写成一本「我的自传」之类的书籍，方便后人阅读。现在使用": 3, - "写日志笔记，我觉得不要妄想后人会直接来阅读这个最原始的资料库。": 3, - "秉承新的理念，即「收集（草稿）→整理（小结）→输出（发布）」，我还是得有一个计划。比如每周一篇博客或者每年一部书籍的出版计划。我觉得可以用gitbook，事实上我之前已经有了一个模板文件夹，部署好了相关的脚本。📂archievesfirebooksacademicwriting": 3, - "不过我觉得，草稿也完全可以在": 3, - "project": 3, - "中完成。": 3, - "工作上的事情我不想也不敢想太长远，因为未来很多事情可能会让我很焦虑，甚至到睡不着觉的地步。而我非常明白自己最需要的是改善自己的身体健康，加强锻炼，另外可能更重要的是养成一些好习惯。最后，我也明白人生短暂，得花时间做一些自己真正想做的事情，比如写一本小说，出几本书什么的。": 3, - "开学两周过去，主要是逐渐找回工作状态，然后完成了博后续聘和青基修改两件事情，也还行吧。": 3, - "接下来就是要努力搞文章，争取把文章给发表了。由于时间过去很久，我不得不开始各种找之前的线头。第一步就是先整理一下自己这个": 3, - "的仓库。opaz又有很多更新，还提供了一个很": 3, - "模板，但是我觉得自己还是走自己的路，慢慢学习消化吸收并用于己身，而不是又把自己的资料转移到新的": 3, - "{}br实验安排": 3, - "工作上，实验主要是安排给师弟师妹们来做，做得还是可以的。": 3, - "完整的系列imager的": 3, - "系列": 3, - "sm（背景太高）": 3, - "分享了一篇机器学习分析微生物合成纳米金产物实现分类鉴定的工作u": 3, - "小组会没有做，直接投屏在自己电脑上讲了一下文献。": 3, - "清空未读文献列表": 3, - "再做实验": 3, - "再做多色样品的实验": 3, - "注意把本周事务表中已完成的项目整理到其它对应的目录中，实现清空。": 3, - "看看上次的周小结，提到obsidian工作流要进一步改。具体而言，就是要把写周小结的时间提前到周六上午甚至是周五。自己先小结一遍，然后根据周小结的内容写小组会的。": 3, - "戴哲泽周一已经帮我合成了和（详见补充订购其它大小的imager），并且做完了，暂存于度。预约了周三和周四晚上的，可以先拍": 3, - "sm，再拍": 3, - "。我需要提供一下之前用的条件参数，并指定具体的实验方案细节，让他们（还有谢瑶、金仲超）去动手操作。周高昂这边，让他继续把细胞养着，继续尝试给细胞微管修饰上，先用confocal看就行。": 3, - "昨天茜姐找我聊了一下关于信息存储加密这个事情，年底能不能搞完，我说不行，存在技术难点，可能不是一次两次实验就能搞定的。但是这个事情可能是更加重要的。因为她还是觉得作为一个新方法的应用落脚点得是这个事情，这样才有子刊的味道。所以我还得花点时间想想怎么拿到这方面的数据。": 3, - "感觉现在的日志工作流似乎又可以有新的变化调整了，主要就是任务看板利用率太低，我打算是搞成一个长期的项目清单。但事实上它的功能完全被本周事务表取代了，而且每周结束后我可以直接截图就对本周所完成的事务完成概括。": 3, - "不过我暂时还不想删除任务看板，毕竟也是费了老大功夫，而且卡片式的显示方式也确实更高级。当然了其实这些都不是很重要，最重要的还是ppt发布页，其实它包含了我的周小结，甚至是工作熵的月度总结，年度汇报总结等等。": 3, - "不过终究只是一个比较概括的内容的展示，更具体或者说更罗嗦的内容，还是需要用这种文本记录的方式留下来。按照严格的办法，本来就应该是先在周小结中写好详细内容，然后再选取其中需要展示的部分弄到中的。只是我之前的习惯，都是要开小组会了才来做这件事情，所以就比较仓促。但事实上这样才是更加合理的，后面要逐步转变过来。而且这个小结，其实跟草稿模板是深度兼容的。": 3, - "新的一年要有新的气象，好好干吧。": 3, - "整理漂移校正后强度时间曲线提取代码": 3, - "gaxsp": 3, - "整理信息加密存储课题资料": 3, - "qusre": 3, - "接着之前的继续汇总工作": 3, - "zkfc": 3, - "上周干的事情很多啊，比较有自豪感的事情，就是用上了交大超算中心，感觉很爽。": 3, - "按照上周周小结的情况来看，这周：": 3, - "有机会还是要完成细胞的微管超分辨成像": 3, - "思考下一步信息加密的实验计划": 3, - "iotin修饰和炔基修饰的docking链": 3, - "关于obsidian工作流": 3, - "在实际的obsidian使用过程中，我发现工作日志跟生活日志有非常显著的区别，前者以具体事务为基本单元，而后者以每天的journey为主。所以两个obsidian": 3, - "vault的差异也越来越大。不过具体而言，我觉得工作日志还是要以日志为主，类似“一元笔记法”，每天的日志是第一个入口。一般的事务如果能够在日志中一两句话说完就这样就好，如果复杂一点的，可以新建一个草稿；如果是更复杂的，还可以添加到长期的任务看板中。我觉得这种工作流是更为合适的。因为日志中": 3, - "自带时间戳，一天结束之后你可以很清楚自己都干了什么。": 3, - "关于课题安排": 3, - "过去半个月，我主要是带周高昂师弟做一些细胞成像实验。目前来看基本上可以让他负责这一块儿了，后面就剩下一个对细胞微管做成像的实验了。所以从这周开始，我可以逐步把精力放到单分子成像这一块儿来。但是吸取上周的经验教训，我没有必要在这里想得太细，也很浪费时间。比如周高昂师弟让他列一个本周的计划过来。": 3, - "实验教学、数据分析、做计划，非常高产的一周。": 3, - "上周确实是做了不少实验，过得比较充实（见小组会谢晓冬pptx）。但是文献看得很少，思考也比较少。后面要想办法解放自己的生产力，把周高昂师弟真正带出来。少做实验，多思考。": 3, - "在小组会谢晓冬pptx中已经有所提及：": 3, - "复苏培养ea（xxd冻存）": 3, - "完成微管的免疫荧光和超分辨成像": 3, - "培养皿基底面封闭修饰准备": 6, - "拉链式": 6, - "probe设计订购": 6, - "整理信息加密存储相关资料并制定实验方案": 6, - "增加若干不同大小四面体imager并完成相关补充实验": 3, - "事实上ea细胞已经在上周六复苏了，今天来看的话，细胞比较稀，可以考虑再长一天然后消化全部传代。其实我的ea之前似乎是梁承品给的。复苏活率这么低的原因，可能正如尹芳菲师妹所说，液氮罐曾经无人管理出现了液氮挥发完的情况吧。": 3, - "这周五上午又要请假去江川路社区医院拿孕妇的小卡。所以时间也比较紧张。另外还有周二和周三下午的": 3, - "教学。周二的话，ea细胞来不及，所以只能是看下": 3, - "两个细胞的特异性差异了。周一晚上": 3, - "细胞可以传代然后稍微铺个板，长到周二下午固定，走免疫荧光的那一套，就可以周三看看细胞微管。这些事情都可以让周高昂师弟去做了。": 3, - "后面其实也不知道有什么用，或许可以作为一个对照？？按文献iua中的说法，四面体连接是作为膜蛋白靶向的，然后还能被细胞摄取。如果后面要尝试分析这个过程的力学成像也是可以的。所以这个模型有进一步验证的价值。": 3, - "这样的话，这周细胞微管的超分辨成像，其实也可以让周高昂师弟准备样品，如果他的细胞微管普通的免疫荧光成像能够搞成功的话。然后我就可以专注于一些思考设计方面的工作。比如不同大小四面体imager这个工作，真的不能再搁置了。": 3, - "对周高昂本周的实验安排": 3, - "主要是三个细胞成像实验：": 3, - "核酸适配体靶向成像体系的验证": 3, - "ea细胞微管结构的普通免疫荧光成像": 3, - "ea细胞微管的超分辨成像": 3, - "周一": 3, - "下午两点查看细胞铺板状态（ep，": 3, - "下午给ea细胞（梁承品给的，标记，三盘中有一盘可传代）传代（标记ea），铺两个": 3, - "皿，使用": 6, - "dish。": 3, - "给我们自己复苏的ea细胞传代，由于细胞数量较少，全部转移到下一个中皿，（标记ea）": 3, - "周二": 3, - "上午完成ep，": 3, - "总共个confocal皿的固定和染色（）": 3, - "上午完成": 3, - "细胞的固定（铺板要超过h）": 3, - "下午完成ep": 3, - "细胞的成像（confocal": 3, - "教学）": 3, - "下午和晚上进入": 3, - "细胞的免疫荧光染色（新配一抗二抗）": 3, - "周三": 3, - "上午完成ea的免疫荧光染色": 3, - "上午完成细胞的冻存": 3, - "上午完成ep": 3, - "细胞的传代培养": 3, - "上午在普通显微镜下比较两种ea细胞的形态": 3, - "下午完成ea细胞的免疫荧光成像（confocal教学）": 3, - "晚上将ea进行传代扩大培养（全部转移到大皿中）": 3, - "晚上ea铺四个": 3, - "周四": 3, - "上午准备biotin修饰的抗体通过": 3, - "（docking": 3, - "strand）": 3, - "下午把ea固定，类似的方法做免疫荧光染色，但不使用二抗，修饰上一抗即可（注意仔细参考相关文献ungmann，整理细胞微管成像方法连接生物素化抗体）": 3, - "周五": 3, - "链上已经修饰了": 3, - "分子，上午可先用": 3, - "成像检验一下ea微管标记。": 3, - "下午超分辨成像。": 3, - "ea细胞冻存。": 3, - "我觉得这是一个很好的本周实验计划的": 3, - "，后面有机会推广一下。本周实验安排docx": 3, - "又开始带新人做实验，各种预实验搞起来。": 3, - "上周其实任务完成度非常好，详见ppt发布页年月日，但是我周一来写这份周小结的时候，还是明显感觉到了整个工作流的某种割裂。": 3, - "情况汇总的是每天的日志，但是上周的日志其实非常不完整，甚至可以说是断断续续的。因为很多时候我是从看板直接创建任务，这个时候日志中的内容其实根本就不重要了。日志随笔和看板任务的这种割裂，我觉得是有必要斟酌的。": 3, - "任务就是任务，是对具体事务的客观记录。而日志随笔，可以是其它的东西，比如做某件事情之前的某种情绪思考，做完某件事情之后的感受获得。所以两者是可以相辅相成的。但是在周小结中，我觉得情绪思考可以被折叠。事实上看板归档中已经自动添加好了很多时间戳（注意及时归档），方便与日志随笔链接起来。": 3, - "然后我还整了一个近期阅读（已放到记录下obsidian中常用的query查询最近一周读了什么文献），其实这个也没有必要，把周小结搞得太过于复杂。": 3, - "如我在ppt发布页年月日中所说：": 3, - "活细胞": 3, - "筹备": 3, - "ucleolin高表达癌细胞培养准备": 3, - "其实这个工作量还是稍微偏大了一点。我觉得我在安排事情上要更加地科学合理。所以我学习了一下甘特图（见了解一下mermaid做甘特图）。": 3, - "如果上一周是成功的理想的一周（见周小结后续安排），那么其实我也可以参考上周在周小结中的做法，先从做实验的角度去安排。": 3, - "要让周师弟把细胞养起来，但是养什么细胞要尽快确定": 3, - "要准备一些样品做confocal教学，这样以后就不用我亲自到细胞房去了": 3, - "思考新的实验设计，关于": 3, - "probe。": 3, - "信息加密存储，也需要重新整理下资料，这个主要是带金仲超和谢瑶去做。他俩的分工我还需要注意一下。": 3, - "然后我就在任务看板中新增了一堆任务，先完成吧，因为基本上都是更具体的事务安排。": 3, - "完善并推广obsidian工作流，有初步的细胞力学方面的实验计划。": 3, - "obsidian工作流进一步完善，而且已经完成了输出，这个非常好。后面就是真正让它成为我的利器，发挥作用，而不是成为一个收藏品。": 3, - "工作上，上周有所推进，主要是明确了细胞力学成像的初步实验计划，然后也采购了相关的试剂，做好了准备。另外也跟新进入的三位同志安排了一下工作。虽然在写文章上没有什么进展，但是我必须明白，眼下在细胞力学成像上做出结果出来，比写文章更加重要。": 3, - "是时候准备一下周小结了，专门搞一个page放ppt发布页": 3, - "近期已阅": 6, - "下方使用": 3, - "查询了最近一周看过的文献，其中标了三星的可以综合深入阅读了解一下。总的来说，我发现看细胞膜下表面空间这个事情，真的也有大量工作，但似乎还没有实时动态的。": 3, - "周小结中怎么能够少了后续安排。新的一周要干些什么？毫无疑问，我要大力推进细胞力学成像的工作。然后周三和周五，可以安排一些事情给两位普博干，其余时间主要是带着周师弟。另外我还兼有指导管理学生的职责，自己也有各方面的工作要统筹，所以我先以实验安排为主线吧。": 3, - "这周主要还是培养细胞，一定要把周高昂师弟带出来。周二跟戴琨约好了，他传代，搞点ea细胞接着养。然后最好细胞能够直接铺多几个板，养过夜周三就可以固定，然后后面各种做细胞染色成像实验。": 3, - "周一：准备好细胞培养和后续成像的各种试剂物品，确认放置位置": 3, - "周二：获取ea细胞，传代铺板": 3, - "周三：铺板的细胞固定处理，染色，confocal看膜上nucleolin蛋白（教学）": 3, - "周四：细胞传代，扩大培养，看膜上的": 3, - "蛋白，": 3, - "的方式": 3, - "周五：处理实验数据，整理结果": 3, - "周六：细胞传代，细胞冻存（教学）": 3, - "主要是看文献和学习使用obsidian": 3, - "从某种意义上讲，真正熟练掌握了": 3, - "这个工具。我真正建立了一套丝滑的工作流，并且开始用它做了一些实在的事情。初步整理了自己现有的文献库，也思考了后面要阅读的文献方向，总体来说是一个好的开端。": 3, - "完成事项": 15, - "帮李聪装picasso软件": 3, - "周五下午一点去学院开会": 3, - "文章要素和逻辑框架图br": 3, - "文章新的逻辑框架br": 3, - "工作间歇活动，避免久坐不动": 3, - "切换obsidian文献阅读工作流br测试zotero文献阅读工作流": 3, - "整理文献库：br": 3, - "ibrationbr": 3, - "br": 9, - "kanban插件用于周计划和小结br": 3, - "emplates每周看板br": 3, - "思考一下未来发展方向br文献阅读方向思考": 3, - "了解一下分子振动br分子共振荧光增强": 3, - "学习": 3, - "kanban插件的使用": 3, - "确定后面留在交大好好干，工作也有了新的架构。": 3, - "最重要的进展，是确定争取后面尽量留在交大发展，早日上优青，这样很多问题就迎刃而解。当然在取得这个进展的过程中，我也算进一步熟练目前更加先进的工作流，并且初步建立起来了文献阅读的好习惯。": 3, - "下周主要就是两件重要的事情：": 3, - "把搞完": 3, - "让dzz师弟合成并纯化好": 3, - "到，用于": 3, - "新的文章scheme": 3, - "当然了，既然我已经要留在交大发展，这一系列事情自然是越快越好，最好是新的文章草稿都能够出来。充分地发挥自己的主观能动性吧。": 3, - "思考未来发展方向": 3, - "{}br研究方向思考": 3, - "指导一下戴哲泽的工作汇报": 3, - "搞一段代码实现自动化批量提取citation": 3, - "key并复制到粘贴板，方便做文献阅读笔记": 3, - "学习使用dmonition插件": 3, - "{}br文章新的逻辑框架": 3, - "创建一个quickdd实现快捷添加任务": 3, - "专题文献阅读（每日十文）成像": 3, - "可以改进自定义的": 3, - "函数，支持同时导出参考文献为": 3, - "使用olderote插件，对文件夹做标注": 3, - "打磨zoteroobsidian的工作流": 3, - "系统升级到win": 3, - "增加一个完成临时任务的quickdd": 3, - "被抓差去应付ell": 3, - "iscover": 3, - "仪器检查，因为整个实验室来讲目前只有我会。": 3, - "帮李茜搞工作汇报，另外继续大量阅读文献，学习obsidian。": 3, - "这一周关于文章的工作并没有多少推进，主要是帮李茜搞了一下工作汇报的，然后自己这边阅读了大量库存的文献，同时进一步完善了": 3, - "的工作流，思考了一下后面可能进行的课题，也还算比较充实吧。": 3, - "从每周看板的归档部分转移过来": 6, - "根据要素绘制新的文章scheme": 3, - "br的schemeersionbr{}": 3, - "给思考课题搞一个模板": 3, - "跟侯尚国师兄说明了情况，然后整了新架构工作的。": 3, - "这一周应该是我决定继续留在上海发展，搏一搏上优青的第一周。从每天日志的自我评价来看，还算是不错的。": 3, - "把p电脑带到学校，利用网络安装一些软件，包括升级win": 3, - "考虑制作一个用obsidian搞科研的教程，这是个长期的我觉得挺有意义的但是并不紧急的项目。": 3, - "跟戴哲泽师弟安排合成并纯化imager的任务br!asted": 3, - "pngbr": 3, - "整理文章的出来🔥": 3, - "br文章新的逻辑框架": 3, - "再次迭代修改工作": 3, - "抽空学习一下blender的编程": 3, - "这周六的文献大组会报告准备一下": 3, - "br电子显微镜细胞器分割br{}": 3, - "明天上午八点二十到化院化学楼测": 3, - "大量阅读文献并深入思考细胞力学成像方面课题": 3, - "这一周其实完成了一些重要的事情，就是真正思考了后面要开展什么方向的研究工作。这个思考是离不开大量的文献调研的。我也真正体会到了「idea来自于文献」的感觉。详见莫让他人安排了你的人生。": 3, - "回顾下的相关文献超分辨成像": 3, - "快速阅读和整理相关文献": 3, - "简化了方案设计，只作为字母映射。": 3, - "从之前的一些预实验结果看，我们目前能够做到的分辨率有限，所以一个": 3, - "的六螺旋上能够做的点的数量只有个左右。（见信息加密十点六螺旋的成像实验）为了降低难度，现在就以点出发，设计在信息加密方面的应用。": 3, - "由于前面的": 3, - "用到的是「三点六螺旋」，并给出不同": 3, - "的结合频率分布。所以后面可以让七点中固定有三点是imager结合位点，作为索引（），剩下的个点是": 3, - "的结合位点（）。然后七点总是全亮，只是顺序不同。这样难度就会大大降低。索引的有效性可以得到充分保障，然后双色通道配准难度也会下降。但是这样做，信息加密中的“信息”和“加密”都如何体现？": 3, - "如果就": 3, - "来看的话，": 3, - "不考虑索引点，剩下个信息点，在个结合位上的组合只有": 3, - "种。种如果是映射英文字母（az）加上阿拉伯数字（），还是差一点。所以还是搞一点冗余吧，至于存储的信息我觉得就是「peace」，每种六螺旋就是一个字母。索引决定了字符的顺序。然后一个混合样品就是一个单词，每读取一个单词就是成像一次。虽然有点傻。但我们主要是得体现用频率作为索引的概念。": 3, - "然后对于": 3, - "peace": 6, - "而言，刚好切合最近的俄罗斯跟乌克兰的战争，世界越来越动荡，用这种方式去呼唤和平，我觉得是不错的。另外在技术上，要弄出": 3, - "来，我们得首先有一个六螺旋": 3, - "的映射表，然后是确保有种频率差异。或者说基于频率分析能够识别出来种imager（我们总共设计了种）。": 3, - "可行性上是没有问题的。严格来讲，结构的差异必然导致结合频率的差异，只是在实验上单分子水平的随机性让方差变大而弄得难以区分。所以我们还可以通过算法进一步优化，因为一个字母也拥有固定的pattern，根据字母进行分组（一个字母就是一种结构），然后用更大的数量来统计以减小单分子水平的波动，就可以判定这个字母的索引顺序了。": 3, - "均值与方差": 3, - "可以看到，抽样多次取均值重新组成的样本，是可以缩小样本统计方差的。这算是一个常识了。另外一点，对于一个正态分布，如果值很大，那么它的均值的置信区间就会很窄。这意味着，我通过先可以通过一个宽分布找到均值的置信区间，然后做某一类结构的时候多找一点求均值，这个值如果在置信区间内就可以判定它的类别。": 3, - "映射编码方案设计与理论性验证": 3, - "总的来说，得用八选四的方案，才能支持对个字母的映射。": 3, - "无序组合方案计算": 3, - "comblength": 3, - "combinationsrangelength": 3, - "vs": 6, - "vsappendi": 3, - "hbs": 6, - "hb": 3, - "nponeslength": 3, - "hbidx": 3, - "hbsappendhb": 3, - "nparrayhbs": 3, - "ids": 9, - "vvs": 3, - "rowi": 3, - "enumeratehbs": 6, - "rowj": 3, - "rowx": 3, - "rangelength": 3, - "rowii": 3, - "rowxi": 3, - "clength": 3, - "vvsappendrowi": 3, - "idsappendid": 6, - "nparrayvvs": 3, - "差异度计算": 3, - "diffa": 3, - "acopy": 3, - "enumeratea": 6, - "enumerateb": 3, - "npabsolutec": 3, - "dsum": 3, - "infoappendidx": 3, - "pdatarameinfo": 3, - "columnsx": 3, - "infopivotindexx": 3, - "columnsy": 3, - "valuess": 3, - "npzeroslikeinfo": 3, - "masknptriuindicesfrommask": 3, - "snsaxesstyle\"white\"": 3, - "snsheatmapinfo": 3, - "maskmask": 3, - "vmin": 3, - "vmax": 3, - "cmap\"lues\"": 3, - "squarerue": 3, - "我决定做得精细一点：": 3, - "参考": 3, - "diff中的变量，通过": 3, - "pivot": 3, - "得到": 3, - "diffvalue": 3, - "infodescribelocmean": 3, - "diff": 9, - "diffvaluesortvalues": 3, - "dlist": 3, - "dellist": 6, - "dlistindex": 3, - "finalpattern": 3, - "finalpatternappendrow": 3, - "nparrayfinalpattern": 3, - "difffinal": 3, - "可以看到差异度的排序情况，那么差异度越大的我们尽可能安排上后面要成像的字符，peace。": 3, - "到这一步，基本上差不多了，就算按字母顺序直接安排上问题也不大。": 3, - "映射字典保存可视化": 3, - "对于前面挑选好的pattern组合，可以直接按顺序安排上字母键，然后保存这个映射字典。": 3, - "stringasciilowercase": 3, - "cs": 12, - "csappendc": 3, - "nparraycs": 3, - "npnewaxis": 3, - "nphstackcs": 3, - "npsavepatterntochardictnpy": 3, - "这个字典可用于后续半自动的数据分析，重新将实际成像得到的": 3, - "翻译为字母。": 3, - "读取映射字典": 3, - "nploadpatterntochardictnpy": 3, - "allowpicklerue": 3, - "columnslist\"s\"": 3, - "datasetindexs": 3, - "pltsubplotsfigsize": 3, - "axsetaspect": 3, - "char": 6, - "enumeratebase": 3, - "idy": 9, - "f{idy}": 3, - "datalocindex": 3, - "floatvalue": 3, - "irclexyidx": 3, - "edgecolorff": 3, - "facecolorff": 3, - "ectanglexyidx": 3, - "edgecolorbb": 3, - "facecolorbb": 3, - "axaddpatcha": 3, - "axtexty": 3, - "xidx": 3, - "schar": 3, - "fontconsolasfontsize": 3, - "遭遇疫情，虽然设计好了，但还没有订购下单。": 3, - "这次做": 3, - "主要参考": 3, - "这篇文章ee，注意我们现有的": 3, - "都是从端伸出的荧光基团。所以我们的方案中：": 3, - "ocking链端修饰biotin": 3, - "onor": 6, - "trand：ss": 3, - "mager，cy修饰于序列端": 3, - "ccpetor：mager，lexa修饰于延伸链端": 3, - "近界面区域结合onor": 3, - "远端结合cceptor": 3, - "然后是确定序列，cceptor其实已经是确定的，但是作为一整套体系，我觉得最好这个onor的序列以后也能用于其它实验，所以得跟数据库中的不冲突或者怎么样。": 3, - "这个序列后面还买了": 3, - "cyb": 3, - "修饰的，": 3, - "可以用作全新的信息加密方案的index，内嵌在点之中。但是选择什么": 3, - "暂时还无法确定。": 3, - "是我们这个": 3, - "方案中统一使用的": 3, - "mager，再看ee文章中的设计，序列基本上跟这个不冲突，所以我们的": 3, - "就是：。那么对应的": 3, - "是：。": 3, - "onor：cy": 3, - "trand：iotin": 3, - "没有文章是不行的。到如今，工作上任何事情的优先级都没有把这篇文章发表出来重要。一鼓作气，再而衰，三而竭，持续输出，警惕中断！": 3, - "现状": 3, - "的第一篇文章，是以结构设计控制运动，然后造成频率差异，最后应用于信息加密方面的整体思路。目前而言思路是清楚的，但是实验数据方面七零八落，需要重新弄一下。": 3, - "我们主要是控制四面体的大小，所以有": 3, - "、、、、、、总共七种": 3, - "mager。基础表征包括胶图和的图，补充数据可以有一些的纯化数据，紫外定量数据等等。这个部分大体上是齐全的，但是质量如何还需要进一步查看。": 3, - "去年已经用荧光相关光谱完整地测定了一下各种mager的扩散情况（详见和的实验再做一次）。但是线性关系似乎不佳。看上去是一些较大的数值比较低，所以这个最好是再做一次，注意每个样品多测量一些数据。能够提供关于": 3, - "在溶液中做随机布朗运动的均值描述，是一个很好的方法。": 3, - "接下来我们在": 3, - "上的数据，其实是缺少": 3, - "的。而且颗粒运动受到温度影响比较显著，所以最好是同批次来做。这意味着以前的数据还是不能用。那么最好是重新再做一遍。可以用": 3, - "的方式在同一张片子上来测试。另外注意sm的话，使用较低的激光功率（，ms）拍摄分钟就差不多了。还有一个，这个的设计也要重新修改一下，不然": 3, - "固定在界面上很快就会被淬灭掉的。sm能够提供": 3, - "结合事件的一些": 3, - "的描述，这个也是必须的数据。": 3, - "然后是六螺旋体系上的，这里其实是分为两个部分，一个是验证": 3, - "用于超分辨成像的": 3, - "performance，所以要有简单的图案被拍摄出来，我们选择的就是三点。还要有分辨率和结合的频率的展示。这个部分的数据年前也让戴哲泽所有mager一起做了一遍，结果因为一些原因似乎一些原因没有拿到好的结果，所以还是要重做的。第二个部分是利用": 3, - "改变结合频率的能力，结合多色来做一些信息加密和解密读取的事情。这个部分目前进行了一些预实验但是并不成功，还得修改设计降低难度。": 3, - "总的来说，除了": 3, - "的合成表征，其它部分的数据都需要重新做一下实验，所以剩下的工作量还是很大的。但由于前面已经有了很多经验积累，这也可以作为是一次重复性检验的实验，从头做到尾，可以连续搞，所以估计不会超过一周（更何况现在能够调动的人力资源很多）。只是最后的信息加密的应用，可能要多花一些时间摸索。": 3, - "接下来要做的事情": 3, - "设计sm的新方案，并购买链（见的sm新方案设计）": 3, - "设计信息加密的新方案，并购买链": 3, - "整理实验数据可用部分，也就是的合成表征（见已有数据整理）": 3, - "重新开始写论文草稿，争取实验结果出来之后文章也能快速搞完（见综述）": 3, - "细胞力学成像专题阅读": 3, - "文献库作者排序": 3, - "topn": 6, - "点击下方按钮即可对文献库中作者出现的次数进行统计并排序。": 3, - "如果要修改显示的数量，请修改": 3, - "的数值，不要超过。": 3, - "注意此按钮所执行的templater自定义函数仅对此页面生效，所以不可引用。": 3, - "button如果使用模板，则模板应存放于": 3, - "emplates的根目录，不能为其子目录": 3, - "`button": 3, - "🐼作者统计": 3, - "append": 3, - "replace": 3, - "buttonxp": 3, - "试剂库存卡片": 3, - "存放": 3, - "\"ards\"": 3, - "文献阅读清单": 3, - "recentlimit": 3, - "有`": 3, - "dvpages\"eadingmdnotes\"": 3, - "unreadwhereppfilenamefilelength`篇未读文献": 3, - "显示所有带": 3, - "标签的新增文献条目，泛读后注意删去该标签并使用其它标签。": 3, - "评分维度说明": 3, - "相关性：指文章与当前研究课题或者拟开展的课题的相关程度": 3, - "信息量：指文章内容能够学习参考的东西（作图、行文、数据分析）多寡": 3, - "创新性：指文章的研究思路是否真正别出心裁让人有所启发": 3, - "显示最近阅读过的篇文献。": 3, - "标签": 3, - "评分": 3, - "初步印象": 3, - "thisrecentlimit": 3, - "组会已分享`": 3, - "dvpages\"eadingmdnotes\"whereppsharefilelength`篇": 3, - "事务表": 3, - "tart": 3, - "\"iary本周事务\"": 6, - "\"inprogress\"": 3, - "ompleted": 3, - "\"complete\"": 3, - "上表仅列出存放于的事务记录文件，建议每周小结时清理一次，根据内容分类到其它目录中去。每周结束后该表可截图粘贴至周小结中，方便汇总分析。若事务持续超过一年则自动排除。": 3, - "odo": 3, - "细胞力学的专题阅读": 3, - "细胞张力探针设计": 3, - "细胞力学成像具体实验方案": 3, - "修改完文章的igure": 3, - "处理一下sm和的数据": 3, - "完成文章introduction": 3, - "归档": 3, - "kanbansettings": 3, - "{\"kanbanplugin\"\"basic\"\"linkdatetodailynote\"true\"timeformat\"\"mmss\"\"dateformat\"\"\"\"showrelativedate\"true\"prependarchivedate\"true\"prependarchiveformat\"\"": 3, - "mmss\"\"prependarchiveseparator\"\"\"\"datepickerweekstart\"\"hidedateintitle\"true\"newnotefolder\"\"iary本周事务\"\"hidetagsdisplay\"false\"hidetagsintitle\"true\"lanewidth\"}": 3, - "文献标签云": 2, - "`tagcloud": 2, - "minontize": 1 - }, - "withoutStopwords": { - "title": 1320, - "obsidian安装和使用说明": 3, - "date": 1221, - "obsidianvaulttemplateforresearcher": 3, - "写在前面": 6, - "从接触到使用": 3, - "obsidian": 486, - "已经有一段时间了，感觉这个工具用好了应该对搞科研有较大帮助。软件界面如下：": 3, - "obsidian界面概览": 3, - "年月日：使用了obsidian大半年之后，还是觉得很好用。但这并不是因为它的花里胡哨的「关系图谱」或者其它非常fancy的一些插件和主题效果，而是因为自己一直在写养成了习惯。目前使用频率最高的仍然是结合": 3, - "zotero": 180, - "写「文献阅读笔记」和「写日志」。在使用过程中，发现各种碎片信息需要定期整合并输出，然后分享有用的东西给别人。只有这样积累资料和笔记才不至于陷入「囤积症」的窘境。为了完善「收集（草稿）→整理（小结）→输出（发布）」的闭环，我完善了更为丰富的自定义笔记导出功能。": 3, - "下载并打开vault模板库并查看说明书": 3, - "下载安装软件：目前": 3, - "是开源免费的跨平台软件，可以直接到官网下载安装包后安装。": 3, - "下载了vault模板之后，解压到一个指定位置，可以是电脑上的硬盘，也可以是移动硬盘甚至盘，然后重命名vault。比如我把": 3, - "vault": 114, - "命名为": 3, - "working，然后放到了移动硬盘的": 3, - "projects": 6, - "目录下：。": 3, - "打开该模板库，注意关闭「安全模式」，关闭obsidian最新版提供的「实时预览」功能，进入到模板库中可查看": 3, - "中的「黑曜石玩家指南」project，里边有非常完整的关于": 3, - "，和的工作流程操作说明。": 3, - "更新日志": 3, - "年月日（v）": 12, - "解决quickdd：草稿归档功能失效问题": 3, - "阅读清单的frontmatter增加recentlimit项，以控制近期已阅文献表格显示长度": 3, - "每周小结模板更新": 3, - "通过新版obsidian实时阅览模式兼容性测试，增加和删除了部分插件。": 3, - "增加": 3, - "frontmatter": 69, - "中": 18, - "destination": 135, - "对于": 9, - "shortlink": 3, - "的支持，参考obsidian撰写草稿frontmatter。": 3, - "增加相册模板，可用于个人收藏重要的照片于目录下，具体操作可参考obsidian新建个人相片集。": 3, - "按照，和的三大": 3, - "workflow对quickdd命令进行了分组。": 3, - "修改了导出项目未包含eading目录的bug。": 3, - "大致回顾梳理了《黑曜石玩家指南》并作小幅度的修改。": 3, - "重要提示：此版本对文件目录做出了重大调整，使用之前版本的用户不能直接通过复制粘贴到现有库的方式实现升级，建议先了解模板库中的教程再进行操作。": 3, - "完善了，和的三大": 3, - "workflow所需的相关功能": 3, - "撰写了详细的使用教程《黑曜石玩家指南》并内置库中。": 3, - "增加笔记自定义导出为word和html的功能（带参考文献，以及嵌入多媒体），方便分享": 3, - "修改更新": 3, - "readme": 6, - "文档关于【自定义导出】和【升级】的内容": 3, - "调整了阅读清单的说明和query和文献阅读笔记模板dnotes": 3, - "efault": 24, - "emplate": 6, - "注意事项": 3, - "由于对部分插件主题做了源代码级别的修改，请不要自行升级此模板库内的插件和主题，以免相关配置丢失（此类情况在更新": 3, - "templater、dataview": 3, - "等插件时容易遇见）。": 3, - "黑曜石玩家指南书籍目录": 3, - "序言": 3, - "决定写obsidan教程": 6, - "一鼓作气之后": 9, - "结束这场战斗吧": 9, - "第一章obsidian入门": 3, - "软件下载安装": 9, - "zoteroobsidian联动配置": 9, - "开箱写日志": 9, - "obsidian撰写草稿": 9, - "使用手机撰写日志": 9, - "每周定期汇总小结": 9, - "在obsidian中写幻灯片": 12, - "本章小结恭喜入门obsidian": 6, - "第二章obsidian读文献": 3, - "当期文献速览": 9, - "入库文献泛读": 9, - "进一步阅读原文": 9, - "解析文章骨架": 9, - "重要综述如何阅读": 12, - "阶段性文献阅读小结": 9, - "主题阅读与比较阅读": 9, - "跟踪领域内大牛": 9, - "本章小结恭喜习得内功": 9, - "第三章obsidian做课题": 3, - "新建课题项目": 9, - "规范的实验记录": 9, - "整理实验方法": 9, - "试剂耗材仪器建卡管理": 9, - "工作小结与周汇报": 9, - "撰写论文草稿": 9, - "完整导出项目": 9, - "本章小结祝您科研精进": 9, - "附录": 3, - "obsidian快捷键": 6, - "obsidian第三方插件列表": 6, - "obsidian主题界面布局说明": 9, - "obsidian新建个人相片集": 6, - "胡文娟六级成绩单": 6, - "excerpt": 627, - "把图片搞成pdf存档": 3, - "tags": 1470, - "重要文件": 3, - "rating": 1524, - "⭐": 531, - "status": 228, - "complete": 315, - "share": 303, - "false": 1068, - "!微信图片jpg": 3, - "obsidianode": 42, - "preview": 30, - "cssclass": 15, - "imggrid": 21, - "照片": 12, - "!asted": 2034, - "image": 2103, - "jpg": 99, - "上面是之前几次超检查的报告单，从最初周左右到周的结果，看着从小胚芽长成了人形，挺有意思的。": 3, - "这是老婆在周大排畸四维彩超的时候用手机记录的样子，鼻梁高挺，五官周正，感觉是个男孩，而且比较像我。": 3, - "jpgctr": 3, - "这是当天孕妇微信群中其它妈妈分享的彩超结果，相比较之下谢合吾还是的。": 3, - "春疫情在家的美食集锦": 3, - "其实自己动手做啥都好吃。": 3, - "ife相册私房菜": 3, - "谢晓冬小时候的照片": 3, - "想比较下谢合吾到底跟我小时候有多像。": 3, - "inprogress": 27, - "ife相册谢晓冬": 3, - "png": 1971, - "第一次写书的体验": 6, - "做成了自己一直想做的事情，写了一本《黑曜石玩家指南》。": 3, - "感悟": 3, - "挺自豪的一件事情": 3, - "写一本书的人生成就已经达成！": 3, - "这部作品叫做《黑曜石玩家指南》。": 3, - "它介绍了如何利用obsidian和zotero两大工具搞科研。": 3, - "我结合实践的经验体会提炼出，和三大工作流。": 3, - "这是一本有用的工具书而且我希望它能够广泛传播并发挥更大作用。": 3, - "所以我昨天就开源发布到": 3, - "github": 18, - "上与全世界网友共享。": 3, - "此外我还到知乎上写了一个非常简短的关于此书的介绍。": 3, - "没想到当天就有不少人前来查看，下载和给我的项目加星。": 3, - "知乎文章上也有人点赞和回复「谢谢分享」。": 3, - "还是有点激动和自豪的。": 3, - "测试出热情保质期": 3, - "毕竟是一本书，有三大章二十多节。": 3, - "这个篇幅对应着相当大的工作量。": 3, - "我总共用了八天的时间来完成。": 3, - "草稿中的时间记录真实地反映了我的输出频率。": 3, - "在这八天了我主要就是在干这个。": 3, - "全凭着一股冲动而不是按部就班。": 3, - "我摸清楚了自己的「热情保质期」，": 3, - "短则一天长也不过一周。": 3, - "大纲的真正作用": 3, - "计划总是赶不上变化。": 3, - "在我写书这个事情上充分体现。": 3, - "最初的大纲和时间安排，": 3, - "最后回头看是又粗糙又一厢情愿。": 3, - "所以这真是一个一拍脑门写就的东西。": 3, - "但都是草稿有总比没有好，": 3, - "总归能够指引一个大概的方向，": 3, - "那么最初版本的大纲也就完成了使命。": 3, - "积累了大量的内容之后，": 3, - "再来根据实际情况做出进一步修改，": 3, - "这才不致于空中楼阁的境地：": 3, - "花费大量时间去做什么顶层设计。": 3, - "有真材实料才行": 3, - "回想我为什么能写成这本书？": 3, - "一方面是有自由支配的时间，": 3, - "另外一方面是认可这个作品的意义，": 3, - "所以我会有激情和较强的初始动力。": 3, - "再还有的客观条件是我确实有料。": 3, - "很多因素可能都是必要条件，": 3, - "但是有真材实料才是最根本的首要条件。": 3, - "所以反观研究论文同样也是如此。": 3, - "所以请看重那些在一线踏实做实验的年轻人。": 3, - "我适合一鼓作气": 3, - "虽然我提前很多完成了这本书，": 3, - "但严格来说我本来可以做得更好更轻松。": 3, - "虽然初始大纲内容并不合理，": 3, - "但我给了自己三个月的时间完成，": 3, - "每天写一点无疑会很轻松且不耽搁本职工作。": 3, - "但实际上我仍然选择了一鼓作气，": 3, - "趁着热情高涨去尽快完成它。": 3, - "或许很多大佬可以细水长流并行处理，": 3, - "但是我必须承认我就适合一鼓作气。": 3, - "不过好歹这次也证明我多少是可以做成自己想做的事，": 3, - "后面可以把任务分割为我「热情保质期」的时间长度，": 3, - "然后努力激发自己的热情去一小份一小份地弄。": 3, - "之前都记录了什么": 3, - "⭐⭐⭐": 252, - "过去最多的可能就是健康方面的记录，无需仔细统计，我以下情况算是频繁的：": 3, - "胃痛、拉肚子": 3, - "流鼻血": 3, - "阴囊瘙痒，皮肤瘙痒": 3, - "眼睛干涩": 3, - "解决这些身体上的问题我也非常清楚怎么办：": 3, - "少食多餐，细嚼慢咽，绝对只吃分饱": 3, - "多喝水，多起身活动，不要久坐": 3, - "注意使用电子屏幕的时间": 3, - "然后在休闲娱乐方面，我反反复复的卸载安装王者荣耀，还有看网络小说，这些方式确实能吸引转移分散我的注意力，但是也非常容易上瘾。综合考虑，还是戒掉。可以培养一些其它的兴趣爱好。玩游戏看小说可真的太肥宅了，其实并不健康。后面可以尝试：": 3, - "王者荣耀的排位上分还不如自己一步一个脚印的跑步里程累积（跑步）": 3, - "网络小说中的幻想师姐还不如自己拿起相机去拍摄身边的风景和故事（摄影录像）": 3, - "边听着歌，边写一些东西，留下一些文字给后人，也是蛮好的（日志博客）": 3, - "之前的obsidian日志vault地址：": 3, - "projectsobsidianmobilelifesheldon": 3, - "反思一下最近玩游戏": 6, - "⭐⭐⭐⭐": 24, - "deadline": 171, - "小结": 156, - "握手言和，玩玩游戏没什么。找准定位，轻松打上王者。": 3, - "内容": 159, - "王者荣耀这个游戏我是反复卸载安装，到现在我觉得还是跟自己握手言和吧。": 3, - "玩这个游戏，总归是有收获的，比如最近我发现自己确实更加适合辅助的位置，而打野根本不行。射手和中单猥琐一下也还ok，上单的话我的操作什么的还是不行。你看，王者是五个人的游戏，你需要了解自己最擅长的位置，然后发挥作用。所以当我明确自己是辅助位之后，上分似乎变得更加容易了。虽然辅助不能carry，但是因为擅长，总的胜率还是会高一些。": 3, - "!牛魔蹲草mp": 3, - "另外一个方面，玩这个游戏还是需要了解不少东西，比如英雄的克制关系以及各种装备的作用。当然自己也需要比较熟练的操作，比如放技能要放准，然后补兵要高效。但是更重要的还是操作意识。比如蹲草。": 3, - "游戏毕竟还是娱乐，过度游戏毫无疑问是伤身体的。合理安排时间就好。不要让自己潜意识觉得玩完今天，后面就永远不能玩了，这种潜意识就会让自己产生又想减肥，又想暴饮暴食的矛盾心理，非常难受。所以还是握手言和吧。": 3, - "年月日：还是不行啊，玩这个游戏十连跪，心态都崩了，直接卸载。": 3, - "试剂库存": 48, - "抗体": 45, - "click": 33, - "alias": 1974, - "click试剂盒": 3, - "itelick抗体叠氮标记试剂盒": 3, - "hemo": 3, - "周高昂": 3, - "试剂盒": 3, - "申购": 3, - "适用于ug级别的抗体叠氮化标记修饰": 3, - "一般的叠氮化修饰容易破坏抗体的特异性识别区域，这里是对重链上的糖基化位点用酶催化的方式做标记，更加安全。该试剂盒货期较长，差不多三周的样子。": 3, - "说明书": 3, - "!itelickzidoodifctnitpdf": 3, - "!itelickzidoodificationitpdf": 3, - 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"otfile：自动": 6, - "rename": 9, - "附件，然后复制到制定目录，还能从": 6, - "pdf": 129, - "中提取高亮注释": 3, - "dnotes：将文献记录按照模板生成": 6, - "笔记": 3, - "etter": 15, - "ibtex": 9, - "citation": 69, - "key，导出为更好的": 6, - "记录，也可以是": 6, - "json，配合": 6, - "的": 300, - "citations": 9, - "插件使用。": 3, - "注意如果是新安装的": 3, - "zotero，先安装插件，弄好设置之后，再登录同步。": 3, - "zotero插件安装包": 3, - "zotfilefxxpi": 6, - "mdnotesxpi": 3, - "zoterobetterbibtexxpi": 6, - "设置": 18, - "otile": 3, - "dnotes": 99, - "ibex": 6, - "相关设置": 3, - "目录结构": 3, - "itation": 3, - "插件": 12, - "模板": 21, - "!dnotes": 3, - "实战": 3, - "阅读文献pdf并直接做标注": 3, - "建议使用": 3, - "foxit": 6, - "reader，稳定性兼容性较好。": 3, - "提取": 3, - "中的标注": 3, - "做好标注之后，可以用": 3, - "插件提取": 3, - "annotations，如上图所示。然后就会自动生成一个文件：": 3, - "导出markdown笔记": 3, - "然后再用": 3, - "插件导出到": 3, - "obsidian的笔记库中。": 3, - "先生成或者更新": 3, - "文件，然后": 3, - "export": 12, - "markdown（搞两下），就可以到": 3, - "中看到如下结果：": 3, - "文献markdown笔记效果": 3, - "在markdown草稿中插入参考文献": 3, - "基于": 3, - "插件完成，快捷键是。": 3, - "高阶": 3, - "关系图谱": 3, - "每篇文献可以通过作者自动关联起来，这个有助于发现高产作者。": 3, - "导出为带参考文献的docx": 3, - "这个需要基于自定义的python工具包，pandoc，以及一些模板文件，样式文件和": 3, - "bib": 36, - "文件。然后还需要使用": 3, - "emplater": 30, - "插件实现调用，颇为复杂，不如用": 3, - "obsidian直接导出为": 3, - "pdf。但是草稿主要目的是尽快完成内容，而不在乎格式。所以建议完成注意内容后，转为": 3, - "zoterooffice": 3, - "的工作流，结合杂志社的模板和要求，进一步完成文章，方便投稿。": 3, - "注释": 9, - "这就是一段符合": 3, - "语法的注释，导出为": 3, - "时（推荐纸张，避免单页有大段空白），这段内容不会显示，而且": 3, - "的一些双链或者其它特殊标记在此注释范围内也不会正常发挥作用。": 3, - "你猜猜我在注释里说了什么？": 3, - "主题样式": 3, - "草稿的样式由": 3, - "的主题决定，其实一般都比较朴素。这里推荐使用": 3, - "nd": 3, - "ang，或者": 3, - "racula（如果你喜欢暗色和五彩斑斓的标题）。": 3, - "安装obsidian": 6, - "pngctr": 21, - "首先肯定是下载安装obsidian，主流的三大桌面操作系统，windows、linux": 3, - "和": 306, - "mac": 3, - "都是支持的，直接官网下载安装最新版本即可。": 3, - "obsidianvault学术模板": 6, - "可以直接到我放到": 3, - "上托管的仓库": 3, - "文档。": 6, - "obsidian的学习难度": 6, - "关于": 9, - "obsidian，网上的教程可以说铺天盖地。如果从零开始学习，可以说没有一个月是搞不定的。但如果使用此教程，特别是使用我提供的开箱即用的模板，基本上一天就会。这也是我写这个教程的主要原因。": 3, - "为什么要用obsidian": 6, - "做科学研究是一个典型的需要对大量信息进行收集整合，然后思考凝练的过程。无论是阅读文献、听报告，还是做实验记录，写周小结甚至起草科技论文发表，都离不开对各种素材的高效组织。而": 3, - "可以将笔记、数据和文献之间复杂的关联自动生成漂亮的关系图谱（如上图所示，每个点代表一个笔记文件），让你在自己的文库中，能够随时随地轻松地": 3, - "recall": 3, - "相关的内容，科研效率嗖嗖提升。": 3, - "什么是obsidian": 6, - "官网slogan如上，obsidian": 3, - "是一款功能丰富强大无比的笔记软件（绝大部分功能免费），简洁实用同时又稳定安全，确实可以作为“第二大脑”。": 3, - "利用obsidian搞科研": 6, - "大纲": 6, - "前言": 3, - "!notitle": 15, - "安装部署软件环境": 3, - "布置python环境": 3, - "安装设置zotero": 3, - "掌握基础编辑语法": 3, - "markdown语法": 3, - "obsidian特性": 3, - "使用规范和工作流": 3, - "撰写一些笔记": 3, - "常规日记": 3, - "实验记录": 18, - "pdf标注": 3, - "专题调研": 3, - "大牛简历": 3, - "工作总结": 3, - "论文草稿": 3, - "自定义高阶玩法": 3, - "emplator": 6, - "anban": 3, - "uickdd": 24, - "ataview": 6, - "ython": 6, - "其它小技巧": 3, - "obsidian使用规范": 3, - "obsidian规范": 3, - "每周一手动从emplates每周看板模板创建": 3, - "刚开始不要搞得太复杂，就是简单用用，不必学习网上的各种教程，因为我未必存在他们的需求。": 3, - "文献阅读时，先做zoteropdf阅读好原文，然后再生成阅读笔记。": 3, - "关键人物可以进行额外的一些调研。如hunhai": 3, - "an": 474, - "第一遍的阅读笔记从": 3, - "来，第二遍可以使用": 3, - "annotater": 6, - "插件。": 3, - "进入到mdnotes之后，复制": 3, - "文件名，然后到下方": 3, - "notes": 3, - "区域，新建": 3, - "item，按快捷键粘贴，": 3, - "调用quickdd": 3, - "自动生成annotation笔记。": 3, - "凡是在笔记里边": 3, - "cite": 1929, - "了的": 3, - "reference，注意在": 3, - "pin": 3, - "掉它的": 3, - "key。": 6, - "每周可以有一个周小结，使用": 3, - "显示": 3, - "frontmatter，然后从看板中把完成并且": 3, - "achieve": 6, - "的内容拷贝过来。": 3, - "插入附件": 3, - "打开quickdd": 3, - "obsidian入门": 27, - "新建相册页": 3, - "如上图所示，已经设置了针对单个目录应用单独的模板，所以你可以直接在子目录中新建页面，会自动根据相册模板生成未命名的相册页。": 3, - "切换为编辑模式并插入图片": 3, - "由于相册模板设置了": 3, - "为": 33, - "preview，所以新建的页面一篇空白，你需要按": 3, - "trl": 33, - "切换为可编辑模式。": 3, - "由于": 6, - "lue": 18, - "opaz": 9, - "主题内置了": 3, - "css": 3, - "样式，而且我们相册模板中已经启用了这个样式，`cssclass": 3, - "imggrid`，所以你可以直接在页面中连续插入图片而不用换行，css样式会自动调整图片的布局。": 3, - "但是需要注意，一行插入的图片不要超过张，否则缩放得太小就不好看了。另外多张图片最好可以用空格隔开。": 3, - "页面容量限制与图片压缩": 3, - "预览时obsidian加载显示图片的速度会受到整个页面的图片数据大小。经测试不建议在一个页面中存入超过": 3, - "的图片。": 3, - "由于我们的操作中主要使用复制粘贴的方式，直接将图片粘贴到页面中，一般是会保存为": 3, - "格式，所以可以使用": 3, - "命令实现对图片的压缩，将": 3, - "文件转换为": 3, - "格式。": 6, - "此命令依赖于": 3, - "代码，使用到了": 3, - "模块对图像进行处理。处理完毕后你需要使用": 3, - "将相册页面中的": 3, - "全部转换为": 3, - "，实现替换。然后再重新预览相册页面时，打开速度会流畅很多。": 3, - "注意之前的原始png图像并没有被删除，如果你觉得后期太占用存储空间，可以打开obsidian全局命令面板，执行": 3, - "clear": 12, - "unused": 6, - "images": 39, - "命令：": 6, - "当然了，按照我们的设定，这个": 3, - "的操作只是把没有": 3, - "link": 18, - "的单独的图片文件给转移到": 3, - "，而不是完全从": 3, - "中删除了。这是一种防误删的操作。": 3, - "好像都没完整说一下软件界面。。": 3, - "obsidian附录": 9, - "rojects黑曜石玩家指南": 93, - "本模板库使用": 3, - "作为默认主题，界面布局基本如下：": 3, - "在": 75, - "中查询和自定义快捷键非常方便。有了快捷键，能够提高一些我们日常操作的效率。下方列举了我常用的快捷键：": 3, - "：页面预览": 3, - "：幻灯片预览": 3, - "：思维导图预览": 3, - "：quickdd命令面板": 3, - "：emplater插入模板面板": 3, - "：锁定页面": 3, - "：对选定文字背景橙色高亮": 3, - "：对选定文字插入超链接": 3, - "：寻找并替换文字": 3, - "：注释掉选中的文字": 3, - "：创建或完成清单": 3, - "：跳转到今日日志页面": 3, - "激情澎拜地一直写啊写，感觉主题内容都写得差不多了。": 3, - "obsidian教程": 9, - "一周时间一鼓作气，我完成了这本obsidian教程的前面两个大章，分有个小节，估计得有将近万字。": 3, - "从刚开始动笔时写的序言来看（见决定写obsidan教程），情况已经发生了很多变化。": 3, - "首先是大纲。我本来只想写本小书，仅打算讲三部分内容，估计总共也就是四五万字的样子。结果原计划中第一个部分": 3, - "「obsidian入门」变成了三个大章，分别对应「写日志」、「读文献」和「做课题」三个基础工作流。而且「做课题」这部分我还没动笔。": 3, - "其次是进度。我本来是想用三个月的时间写四五万字的内容，这样一周写个两节内容都是ok的。但是真正动笔写下来，内心总劝自己：打铁要趁热。又赶上疫情封控在家，相对轻松的环境下我简直停不下来，一天的功夫就完成了第一章的内容。而后感到有点疲惫，需要收敛，不能耽误了正经工作，但是在这种一鼓作气的势头下，基本每天还是能够写个两小节。所以一周之内，我就完成了差不多一半的内容。": 3, - "疫情封控似乎还看不到头。我借助写书排遣了情绪，逐渐地适应居家办公生活的节奏之后（其实就是养成到点坐在电脑前的习惯），后面希望把更多时间精力放在写": 3, - "paper": 3, - "而不是写": 3, - "obsidian教程上。": 3, - "「一鼓作气，再而衰，三而竭」，前期我已经完成了大部分琐碎的内容，所以是开了一个好头。就算现在势头衰弱，我也丝毫不担心这本书会烂尾。或许真正做事情就是这样，很少有那么好的未雨绸缪精心策划，都是趁着势起先大干一场后再说。": 3, - "当然了，能够在一周的时间内持续投入时间精力而精神振奋，效率不减。我也相当于是测试了一下我的耐力，也就是一周。所以以后分割任务最大的长度就是一周时间。": 3, - "决定写obsidian教程": 3, - "打算写一本研究人员如何使用obsidian作为笔记工具辅助科研工作与学习的小书。": 3, - "为啥要写这本书？": 3, - "「要不，写本书吧？」": 3, - "这个念头从脑海中升起后，我便越来越觉得这件事情意义重大。": 3, - "把": 18, - "（黑曜石）这个好用的工具介绍给大家，让更多研究者能够高效地组织自己的电子笔记资料，我相信是有利于整体的科技创新的。": 3, - "从这个角度讲，它的意义因为受众面之广，甚至超过我自己从事的相关研究。": 3, - "所以即便我很懒，也愿意拿出一点时间，整理下自己使用": 3, - "的心得体会，汇集成书。": 3, - "我的文笔也差，了解的东西估计也不多，不过都不要紧，这算是抛砖引玉吧。": 3, - "通过此书，我希望越来越多的研究者能够享受到新技术带来的便利。": 3, - "如果您看到这本小书觉得赞同我的想法，非常欢迎您传播分享。": 3, - "本书内容如何安排？": 3, - "是一个自定义程度很高的笔记工具，这意味着有大量的设置和使用技巧，所以很多人在入门阶段就放弃了。": 3, - "但事实上，笔记这个东西，先用起来比什么都重要，哪怕只是每天一两行的简单日记。所以我打算把本书内容分为三个部分：": 3, - "快速入门使用：基于模板库开始逐步丰富您的个人资料库": 3, - "主题插件配置：了解一些常用主题插件的设置和使用技巧": 3, - "自定义功能代码：了解obsidian调用python代码实现的一些高阶功能": 3, - "在「快速入门使用」中，我主要是介绍一些使用方法，目标就是先会用起来。比如怎么写一篇图文并茂的笔记，然后还能够原汁原味地分享给别人。我相信对于研究者来说，模板库中预设的「写日志」和「文献阅读」是最通用的的两条工作流，所以侧重于这两种工作流的描述。": 3, - "在「主题插件配置」中，我会详细介绍模板库用到的主题插件和响应的配置，让大家能够「知其所以然」。这也是很必要的，因为随着笔记的积累，每个人都会产生非常个性化的需求，就需要您会调整一些配置了。": 3, - "在「自定义功能代码」中，我主要介绍模板库中一些功能是如何一键调用python代码实现。由于我擅长": 3, - "而对": 3, - "javascript": 6, - "了解不多，所以我写了一些": 3, - "脚本来": 3, - "smooth": 3, - "「写日志」和「文献阅读」两个工作流。如果有同样情况的大佬或者是想顺带学习": 3, - "的童鞋，这个部分算是更加高阶的内容。": 3, - "接下来就是完成": 3, - "对于任何一个作品而言，确定了大纲之后，所有的激情便会逐渐消退。": 3, - "接下来就是分割任务，一个章节一个章节的完成。": 3, - "不设置": 3, - "的多数情况会烂尾，": 3, - "所以我还是给自己设置一个合理的期限，": 3, - "在三个月内（before": 3, - "）完成这个教程吧。": 3, - "写在本书完成之后，不是烂尾，而是没有必要再继续写了。": 3, - "又过去两天，没想到第三章的内容我直接就给完成了。": 3, - "我估计是前面两大章": 3, - "workflow": 12, - "中已经介绍了各种操作，": 3, - "到了第三章很多都是「参考巴拉巴拉」之类的描述。": 3, - "本来按照原计划，还有关于插件和python代码的详细介绍说明。": 3, - "可是后来考虑到很多因素，觉得没要必要再多说。": 3, - "因为推出这个": 3, - "模板库的目的就是希望大家少折腾。": 3, - "接着到后面又鼓励去用户去折腾，这就很奇怪。": 3, - "需要折腾的事情让爱折腾的人去干吧。": 3, - "插件怎么搞代码怎么改网上一堆资料。": 3, - "一鼓作气，再而衰，三而竭。": 3, - "结束这场战斗吧，我满足了，也累了。": 3, - "整理好的实验方法是一种宝贵的积累。": 3, - "obsidian做课题": 24, - "protocol": 15, - "`adinfo": 150, - "友情提示": 63, - "整理实验方法其实非常简单，主要是借此谈一谈obsidian的嵌入引用功能": 3, - "obsidian嵌入引用": 3, - "相信前边已经注意到大量的双链引用，如": 3, - "，还有插图如": 3, - "。前者通常指向某个页面或者附件文件，后者多了一个感叹号之后就实现了嵌入，即在当前页面显示链接文件的内容。这就叫嵌入引用了。": 3, - "当然了，嵌入引用能够显示其内容的文件类型非常有限，仅包括图片文件，如": 3, - "png、jpg、gif": 3, - "格式的。而音频文件我只测试过": 3, - "mp，视频文件仅测试过": 3, - "mp，这些多媒体文件也可以正常显示。另外还可以嵌入显示": 3, - "文件。这么多文件可以嵌入显示，显示其它笔记页面的内容自然不在话下。比如：": 3, - "!规范的实验记录分享嵌入视频的实验记录": 3, - "上边的嵌入引用就可以在预览模式中显示存在于规范的实验记录中的内容。由于创建双链是obsidian最基础的功能之一，所以在输入的时候有很多补全提示，如下图所示：": 3, - "嵌入引用别的笔记中的内容，可以尽可能地复用一些东西，减少重复性的工作，同时也可以通过这种方式建立多个笔记之间的相互链接引用关系，是一举多得。关于双链引用还有很多种玩法。但是我建议初学者仅在整理实验方法或者整理主要的实验结果上使用。": 3, - "创建和撰写protocol整理页面": 3, - "同规范的实验记录从看板创建实验记录草稿，建议你也从看板创建": 3, - "protocol整理页面。": 3, - "在protocol整理页面中，注意在": 3, - "中添加": 3, - "专属标签。这样你以后就可以通过标签搜索快速找到文库中所有的整理好的实验方法。": 3, - "如上图所示，借鉴了": 3, - "git": 15, - "做版本控制的思路，其实主体内容仅包括两大部分：": 3, - "aster，也就是最新修订版本，建议使用列表完整地撰写。你可以在下次做实验直接将此部分文字复制到新实验记录中。": 3, - "istory，也就是历史版本，当实验不顺利需要对具体方法步骤做调整（在实验记录中），可以通过嵌入引用的方式指向被修改的地方，并作必要说明。": 3, - "不仅仅可以嵌入引用整段标题作用范围内的内容，也可以具体引用某一行的文字。": 3, - "你只需要右键单击此行，会出现一个右键菜单，你再点击`copy": 3, - "block": 12, - "embeded!somepageeifi`的内容复制到粘贴板，然后在其它页面粘贴一下，就使用了对这一行文本的嵌入引用。": 3, - "实验结果和实验方法类似，都不是一次就能搞定的。所以都可以采取这种「版本控制」方式进行整理，就不再复述了。不过作为实验结果整理页面，你同样可以加上专属标签如": 3, - "。如果实验结果涉及比较繁重的数据分析过程和方法，比如要写代码，你可以考虑使用本教程提供的代码整理模板。": 3, - "导出和分享protocol": 3, - "一份稳定了好用的": 3, - "当然是值得打印出来的（随时随地可以查看）。你可以直接使用": 3, - "的导出": 3, - "功能，它会根据你使用的主题样式生成排版好的": 3, - "文件，然后打印出来。值得注意的是，嵌入引用的内容同样会被打印出来，其它各种插件和代码块（如admonition、mermaid、excalidraw）的样式效果都会被正确渲染。": 3, - "如果你希望导出": 3, - "word": 36, - "版本做更简洁更正式的终版编辑，可以参考规范的实验记录导出已完成实验记录为word文档，此时嵌入引用的": 3, - "istory": 3, - "内容将不会显示。": 3, - "下节预告": 63, - "做实验不仅仅是记录和方法，还需要跟很多具体的实物打交道，比如试剂、耗材、仪器等等。这些实物的信息同样是我们需要记录和在写论文的时候的提供的。所以我们也可以在obsidian中对这些实物的信息进行建卡管理。": 3, - "⭐⭐": 222, - "与写日志、读文献不同，用obsidian做课题项目将会使用另外一套流程，主要涉及到任务看板的使用。": 3, - "项目文件目录说明": 3, - "对于任意一个项目，你可以在目录下新建一个文件夹，并使用项目名称或者关键词命名。": 3, - "此处为基础研究课题项目为例，一般一个课题项目会以论文发表为阶段性终点。而一篇论文背后主要包括：": 3, - "实验记录：主要是实验操作，试剂耗材仪器设备使用和原始结果的记录": 3, - "结果汇总：主要是有效原始数据处理和讨论分析此类内容的整理汇总": 3, - "论文草稿：根据课题立项依据、有效实验结果进一步组织的论文草稿相关内容": 3, - "经验汇总：项目进行中结合实践经验和参考资料整理形成的protocol，包括做实验也包括数据分析处理和可视化作图": 3, - "所以可以在项目文件夹内再新建上述四个": 3, - "folder。如果是其它类型的项目，你可以根据自己的需求做好顶层设计，方便后续项目资料记录的分类整理。": 3, - "项目概览": 3, - "如上图所示，本教程提供的模板库内置了": 3, - "older": 6, - "ote": 9, - "插件，你可以按住": 3, - "点击左侧的项目文件夹打开概览页面。在预览模式下可以卡片形式显示。同理，你也可以对诸如": 3, - "这类子文件夹，使用": 3, - "lick": 24, - "的方式查看概览页面。（具体参见older": 3, - "目录内容概览）": 3, - "文件夹笔记概览用到的代码如上，注意默认新建的文件夹概览页面": 3, - "notenly选项为": 3, - "true，是不会显示子目录": 3, - "folder的。然后": 3, - "也还有另外一个选择为": 3, - "strip。": 3, - "注意文件夹都只是用于分类收纳的。所以我们新建的草稿，先是自动存储在中，草稿完成后按照": 3, - "的相对路径，被转移到指定的目录内。": 3, - "利用看板管理任务": 3, - "一个项目比如是分割成许多任务逐步完成的。对于课题项目中的任务，我建议你使用任务看板进行管理。你可以`": 3, - "trl`": 6, - "打开": 9, - "面板`，点击": 3, - "。": 63, - "ew": 42, - "ask": 6, - "的弹出输入框中，建议你先输入一个或若干个专属标签，如，然后空格，再输入具体的任务名称，注意尽量简短。回车确认后，你就可以在": 3, - "目录下的": 6, - "任务看板": 3, - "页面中看到该任务卡。如果已经开始执行，你可以把它拖拽到": 3, - "oing": 9, - "面板中。": 3, - "如果任务已经完成，再将该任务卡拖拽到": 3, - "面板中，并及时点击": 3, - "rchive": 6, - "card，给该任务添加上完成时间戳。": 3, - "将任务看板打开为": 3, - "文件你可以看到，在归档下边，已经完成的任务包含了完整的起始时间戳。这个时间戳很重要，后面我们进行周小结的时候可以利用归档信息绘制甘特图（参考工作小结与周汇报从看板的归档任务创建甘特图），那么就可以一目了然地看到一周内项目的具体进展。": 3, - "在一个课题项目的执行中，首当其冲就是做实验，而写好一份实验记录就非常重要了。": 3, - "利用python脚本一键导出所有项目相关资料。": 3, - "要导出一个项目所有零碎的文件不是件容易的事儿，但是在本模板库中它就是一个按键的事儿。": 3, - "相信你对obsidian了解加深后，很快就会发现这种基于本地文件的数据管理方式有一个弊端，就是太碎片化了。虽然我们在笔记中各种双链引用，玩得不亦乐乎。但是当你导师要求你移交所有项目相关资料给他时，你绝对会傻眼的。": 3, - "为了方便，我们希望能够在一个": 3, - "库中放所有的内容。生活日记和工作日志，文献笔记和实验记录各种混淆在一起。你不可能把整个": 3, - "压缩了发送给别人。这不仅过于笨重，而且还会泄露隐私。": 3, - "不过好在，本教程中模板库将项目统一放到": 3, - "rojects": 6, - "的子目录中，在一定程度上实现了「写日志」、「读文献」和做其它课题项目的物理分隔。在此基础上，你可以打开想要导出的项目文件夹中任意一个页面，然后执行": 3, - "📦导出项目`": 3, - "命令，即可导出项目的笔记和附件，还有被直接双链引用的页面到用户桌面。": 3, - "所以千万不要在草稿事务中引用你的每日日志，否则这些涉及隐私的日志文件也会被导出。": 3, - "为了方便，与项目一起被导出的还有本模板库所必需的一些文件。你可以把这个当作是一个新的": 3, - "vault给人使用。当然了，你可以先打开这个新的库check一下内容是否正确显示，附件文件是否遗失，以及涉及隐私的内容被错误导出等等。": 3, - "而对于项目涉及的原始数据部分，在规范的实验记录yapxwe中我们已经提到，由于数据量大，一般不作为附件存入库中，只是会插入其文件路径。所以你可以把移动硬盘移交并提示导师修改硬盘盘符为你自定义的，以支持从": 3, - "笔记到原始数据的正确跳转。": 3, - "到这里，obsidianvaulttemplateforresearcher": 3, - "提供的三种": 3, - "基本介绍完毕。": 3, - "你以为的论文初稿在我这都算是终稿了。": 3, - "这一节内容涉及到的操作很多前面都提到过，主要是复习下「版本控制」的思路和操作。": 3, - "复制粘贴完成初稿撰写": 3, - "当实验记录和有效实验结果积累到一定程度，课题的核心目标或者猜想得到验证后，便可形成一个初步的草稿。": 3, - "撰写论文草稿与撰写实验记录一样，走「看板流程」，然后归档到课题项目的子目录中。": 3, - "不过撰写论文草稿可以使用论文草稿模板，已经按照论文主题划分好了": 3, - "itle，bstract，ntroduction，esults": 3, - "iscussion，onclusion": 3, - "几个部分。": 3, - "一般大家可能认为初稿起码要达到段落语句通顺，图表大体完成。": 3, - "事实上在我提供的流程中，这还远着呢！": 3, - "最原始的初稿就是实验记录和实验结果以及更前期文献调研报告的拼凑。": 3, - "所以形成第一步初稿只是一个资料整理的工作。你也不要着急换成英文写。": 3, - "在前期文献调研的时候，就可以填充": 3, - "部分。": 6, - "而有效的实验结果整理好后，可以把文本内容直接复制过来。": 3, - "所以你看，前期做好了整理，到形成文章初稿主要是复制粘贴的工作。": 3, - "这个初稿可以说是非常粗糙的东西，但是包含了基本的信息，但这就已经足够了。": 3, - "另外为了跟导师沟通交流方便，你也可以另外制作幻灯片。不过幻灯片就没有那么多细节和废话了。": 3, - "初稿迭代与版本控制": 3, - "得到了我上面所述的第一版初稿，第二版初稿再往后就是要不断迭代。": 3, - "类似于整理实验方法中提到的版本控制策略，你可以使用「嵌入引用」的方式在第二版初稿中插入第一版的内容，作为": 3, - "istory。": 3, - "!整理实验方法创建和撰写protocol整理页面": 3, - "为了编辑和预览同步，你可以点击第二版草稿页面的「更多选项」，选择「上下拆分」或者「左右拆分」。再对新拆分出来的相同的panel开启预览，然后再点击原页面的「更多选项」，进一步点击「与其它面板关联」，最后选中开启预览的面板。": 3, - "这样做的好处，就是你可以一直看着之前版本的内容，在新版本中进行内容修改迭代。然后使用": 3, - "quickdd": 42, - "命令导出为": 3, - "文档的时候并不会插入这些被嵌入引用的历史版本的内容。": 3, - "论文中插入参考文献": 3, - "参考阶段性文献阅读小结如何插入参考文献。注意如果是一句话引用多篇文献，citation": 3, - "key": 90, - "的双链引用直接用空格隔开即可。": 3, - "论文草稿导出为word": 3, - "参考规范的实验记录导出已完成实验记录为word文档，注意导出的": 3, - "文档中": 3, - "bibliography": 9, - "默认是": 3, - "acsnano": 3, - "的格式。作为论文草稿它其实足够用了，自带链接，可以随时查看原文链接。": 3, - "现在很多杂志还是接收": 3, - "版本的投稿，所以很多老师也习惯于用": 3, - "word。然后你希望你的老师帮你改文章的话，最好提供给他们这个": 3, - "另外自定义导出功能还会把引用了的文献打包导出为": 3, - "refsbib": 3, - "文件，会用": 3, - "latex": 6, - "的童鞋也可以方便地使用这个子文献库文件，进行后续的论文写作排版。": 3, - "不过话说回来，写论文从来都是先把内容搞定，最后再调整格式排版。当论文内容上已经完成不再做修改的时候，我们这个初稿才算是迭代完成。": 3, - "一般说来，论文发完，整个课题项目的所有资料就可以进行导出存档操作了。": 3, - "没想到obsidian也可以用于管理试剂库存。": 3, - "此节内容主要涉及": 3, - "obsidian制作卡片相关的流程，又稍有不同。": 3, - "创建卡片": 3, - "在obsidian界面左侧边栏中，你可以找到「创建新的": 3, - "卡片」的按键，点击后会自动在": 3, - "目录中生成卡片，并跳转到新建卡片页面。": 3, - "在编辑模式可以看到，卡片的文件名是自动按照时间戳进行编码的。然后根据卡片模板生成的": 3, - "信息也非常简单：": 3, - "alias：这里你可以填写试剂耗材的简短别名，比如用": 3, - "代替二甲基亚砜。这样你后面在实验记录中如果要使用双链引用这个试剂，可以通过别称从文本补全列表中快速找到此试剂。否则通过记住这个时间戳文件名就太难为人了。": 3, - "tags：卡片标签，多个标签用空格隔开。有了标签，我们可以比较轻松地实现卡片信息地分类检索。所以你可以在这里把标签当作分类来用。比如是试剂就用试剂库存作为标签。是仪器设备类的卡片就用仪器设备做标签。": 3, - "插入试剂模板": 3, - "如果这是一张试剂卡片，你可以用": 3, - "插入本模板库中已经提供的": 3, - "试剂卡片": 3, - "模板。进一步快速填写卡片内容。": 3, - "如上图所示，我采取了": 3, - "所能识别的": 3, - "value`": 6, - "的方式来组织卡片信息，其好处就是后面可以在": 3, - "中使用一个页面": 3, - "试剂库存管理": 6, - "直接对所有的试剂卡片做": 3, - "query。": 3, - "对于一个试剂类的卡片而言，比较重要的信息不外乎：": 3, - "名称": 6, - "存放位置": 6, - "类别": 3, - "余量": 3, - "规格": 3, - "你当然可以根据自己的情况和喜好进行增减。除了补全上述信息方便": 3, - "query之外。为了方便，建议可以从购买的网址链接直接截图贴在卡片中（附件区域）。": 3, - "此外，试剂的购买报销也是有一套流程要走，多弄几次也可以整理成一个": 3, - "protocol（参考整理实验方法）。然后这个流程中产生的一些重要的文件，比如什么表格文件，什么订单截图，发票，试剂盒说明书等等附件，你都可以直接用拖拽的方式插入到这个卡片中。它们会被自动转存到": 3, - "目录下。": 6, - "仪器设备的话，不仅要记录名称型号，可能还有使用培训的一些笔记。你可以参考试剂卡片，自行涉及仪器卡片的模板。": 3, - "试剂库存的查询管理": 3, - "请直接到": 3, - "目录中，打开页面": 3, - "并预览，便能查看": 3, - "中试剂类卡片的信息。这段": 3, - "query": 46, - "代码如下：": 3, - "当你修改了卡片模板之后，可以在这段": 3, - "中修改对应的键。": 3, - "如果列表太长，你可以直接在预览模式下按快捷键，trl，输入关键词搜索，入上图所示，结果会被框选。": 3, - "总而言之，这并不是一个成熟的试剂库存管理方案，但对于个人来说其实足够用了。最重要的是这些资料就以卡片的形式存放于你的库中，你无论是写实验记录还是写论文草稿，都可以快速地引用它。如vidin": 3, - "而这个时候你也应该知道，在obsidian中被双链引用的内容，如果不是嵌入引用，按住": 3, - "trl，用鼠标悬停于引用上方是可以预览的。": 3, - "hats": 3, - "pretty": 3, - "good!": 3, - "一周之内，看看文献，做做实验，买买试剂，学学仪器，科研工作大体就是这样。很快就到小组会时间了，你该写一下工作总结了，这该如何是好？": 3, - "撰写实验记录可以说是基本功了。": 3, - "本节内容主要涉及实验记录的创建，撰写和自定义导出为word文稿并打印等内容。": 3, - "从看板创建实验记录草稿": 3, - "在obsidian做课题的工作流程中，有些任务相对比较复杂，不是任务看板中一句话就能说清楚的。比如做某某实验，这个时候我们可以右键点击该任务卡片，选择从卡片新建笔记。": 3, - "该动作会以草稿模板自动在": 3, - "中生成以该任务名为文件名的草稿。": 3, - "请务必采取上述看板流程创建实验记录（而不是从日志的racking中直接新建任务类草稿），其它任务相关的笔记草稿都是如此。": 3, - "插入实验记录模板": 3, - "创建好的草稿你需要补充完成": 3, - "的信息，具体参考obsidian撰写草稿frontmatter。然后你可以使用": 3, - "插入实验记录模板，操作方法可参考解析文章骨架插入文章骨架模板。": 3, - "实验记录结构说明": 3, - "如上图所示，实验记录一般可以分为五个部分：": 3, - "目的和预期：为什么要做这个实验，要解决什么问题，有什么预期（假设）？": 3, - "方案设计：实验组和对照组，控制的变量是什么，观察什么指标，如何验证假设预期？": 3, - "材料仪器准备：根据实验方案和实验步骤确定，提前准备和预约。": 3, - "实验步骤：具体的实验步骤，按顺序一条一条写，或者使用表格。": 3, - "结果和分析：简单比较实验组和对照的初步原始结果，理解所控制的变量和实验观测指标的关系，检验前面的实验预期，得出有效结论。": 3, - "其中前四个部分都可以在真正做实验之前撰写完毕，然后导出为": 3, - "并打印出来（可参考阶段性文献阅读小结导出文献阅读小结为pdf）。拿着这个去做实验，如果有什么临时变化可以标记修改。做完实验拿到数据之后再填充第五部分。": 3, - "`adtip": 36, - "在材料仪器准备方面，你完全实现对每一种材料试剂，仪器设备单独建立信息页面，然后在实验记录中直接创建双链引用即可。详细内容可参考后面章节👉试剂耗材仪器信息管理": 3, - "插入路径": 3, - "虽然obsidian可以通过拖拽的方式把任意类型的文件转存到": 3, - "ssets": 27, - "目录，并将双链引用插入到笔记中，但是我并不建议你把原始数据（通常比较庞大）直接弄到文库里，这样会变得非常": 3, - "heavy。这种情况下你可以用一个大容量硬盘，设置其盘符为不常用的": 3, - "之类的。然后通过": 3, - "📂插入路径`": 3, - "的方式，然后将数据所在路径拷贝到nter": 3, - "value输入框中，创建指向实验数据所在文件夹的超链接。": 3, - "yapxwe": 3, - "注意不要在dmonition中插入图片，否则使用": 3, - "将会清除此类图片": 3, - "导出已完成实验记录为word文档": 3, - "实验记录是科研项目中重要的存档资料，过去很多情况是直接在纸质实验记录本上誊写的。但显然电子实验记录比纸质记录有着太多优势：": 3, - "书写速度快，打字速度一般能到字分钟，更不用说可以复制粘贴": 3, - "容易搜索相关信息，如果要查阅过去的电子实验记录内容非常简单，而纸质记录要翻找半天": 3, - "简洁高效的排版，使用本教程书写实验记录只需专注于内容，无需在意格式排版也能得到整洁美观的打印版本": 3, - "也有人担心电子记录容易被篡改。事实上你可以将课题项目的整个": 3, - "folder": 18, - "单独使用": 3, - "进行管理。每一处文本修改都会自动生成记录。": 3, - "当然现在仍然有很多老一辈的科研人并不懂也不愿意接受这些新鲜事物，所以请你务必征求导师同意后，每周定期将电子实验记录导出并打印为纸质版，装订好让导师签名并附上日期。": 3, - "并没有提供直接导出": 3, - "文档的功能。但是在本教程提供的工作流中，pandoc": 3, - "工具可以完成该功能（详见软件下载安装pandoc": 3, - "安装与配置）。具体操作上，你只需要执行": 3, - "👑导出笔记`": 9, - "命令即可。": 3, - "执行该命令后，会将笔记导出到用户桌面的": 3, - "目录。笔记机器相关文件将存放于同文件名目录下。在此目录下生产的文件如上图所示。": 3, - "可以看到，word": 3, - "文档中的提供了实验的标题和实验记录的创建日期。但是图片都是全宽显示，可能导致页面存在大量空白，所以你可以进一步对": 3, - "文档中的图片大小进行调整（按住shift使用鼠标进行拖拽实现等比例缩放），最后双面打印出来。": 3, - "分享嵌入视频的实验记录": 3, - "中撰写笔记，你可以随意地插入多种多媒体资源，比如音频、视频、动图。在": 3, - "预览页面中它们都可以正常的显示和播放。但是导出为": 3, - "文档后多半是无法正常显示的。": 3, - "可是有些时候，我们希望给导师看视频结果（且包含详细上下文描述）。为了满足这个需求，`quickdd": 3, - "命令还可以生成可断网独立访问的": 3, - "html": 33, - "文件，将多媒体文件数据嵌入到页面中。所以你可以将上一步导出实验记录产生的后缀为": 3, - "的网页文件发送给他。经过测试，手机（微信）上是可以直接打开": 3, - "的。但是千万不要嵌入过大的视频文件（建议小于）。": 3, - "使用自定义导出笔记功能的重要说明": 3, - "可以使用双链内的声明，如，实现图像显示大小的调整。由于代码开发暂不完善，自定义导出笔记功能暂时不支持对此类情况的解析。所以对于需要导出为word的笔记，请不要在obsidian中调整图片的大小。": 3, - "笔记中插入了参考文献时（参考阶段性文献阅读小结如何插入参考文献），自定义导出笔记时会生成": 3, - "需要联网，否则会报错导致无法实现格式转换。": 3, - "自定义的": 3, - "功能尚不完善，且涉及诸多文件和路径，还依赖于": 3, - "实现从markdown": 3, - "格式到": 3, - "docx": 21, - "的转换。所以如果这两种格式的文件并未生成，请从": 3, - "commanddocxtxt": 3, - "commandhtmltxt": 3, - "拷贝对应的命令，在导出目录下新建": 3, - "terminal（cmd）运行查看报错信息。": 3, - "刚开始做实验，我们会自然地希望尽快掌握实验方法技巧。一个好的实验室一般都会流传着好用实用的protocol。这个在某种意义上是实验室真正的积累，因为篇幅有限，发表论文上的methods大多省略了太多细节。而决定成败的往往就是细节。所以下节内容将详细讨论如何形成protocol积累。": 3, - "梳理和总结工作有助于提高效率。": 3, - "这部分内容很多前面已经提过，所以主要是增加对制作任务甘特图的说明。": 3, - "在幻灯片中总结工作": 3, - "虽然文献阅读周小结我建议单独新建页面进行撰写（详见阶段性文献阅读小结），但是工作小结方面的内容还是推荐并入每周定期汇总小结中。": 3, - "由于周小结往往需要进行幻灯片展示给他人，所以可以从周小结页面通过双链再新建一个幻灯片页面来进一步汇总整理本周完成的课题相关的事务。如何制作": 3, - "的幻灯片其实也在第一章就介绍过了（详见在obsidian中写幻灯片）。": 3, - "从看板的归档任务创建甘特图": 3, - "你可以在周小结页面，通过": 3, - "🐸任务存档`": 3, - "来一键完成本周项目任务的看板流程。": 3, - "它会根据任务看板中已经归档的内容（参考新建课题项目利用看板管理任务），生成一个甘特图，从而直观显示本周你在课题项目中的事务进展。示例如下方。": 3, - "`mermaid": 9, - "gantt": 9, - "本周项目事务甘特图": 6, - "dateormat": 9, - "mmss": 12, - "axisormat": 9, - "md": 6, - "section": 18, - "这是一个测试": 3, - "t": 81, - "d": 60, - "min": 126, - "测试": 3, - "做饭": 3, - "洗碗": 3, - "你当然可以把这段甘特图代码拷贝到工作汇报的obsidian幻灯片中，它在幻灯片中也是能够正常显示的。": 3, - "注意此命令并不会帮你删除看板中已归档的内容。因此会逐渐累积过去所有已归档的内容制作甘特图。如果你只想显示一周内的。你可以定期每周制作完甘特图之后，删除已归档卡片内容。": 3, - "归档记录并查看概览": 3, - "前面我们已经再三提醒，草稿的": 3, - "部分的": 3, - "相对路径信息要填写正确。这样才可以对所有": 3, - "中的草稿使用`uickdd": 3, - "命令以自动归档。": 3, - "正确归档后，你可以按住": 3, - "trl，click该项目的子文件夹查看其overview（参考新建课题项目项目概览），如上图所示，你可以很直观地以卡片的方式（卡片会抓取笔记中图片和文字作为内容摘要）查看每一次的实验记录。": 3, - "关键性的实验结果拿到以后，一般这个课题就可以开始动手撰写论文草稿了。": 3, - "教你技术不是让你内卷的。": 3, - "本来我是想给这章的小结起一个轻松的名字，比如「祝您文章大发」。但又觉得土里土气的，毕竟文章嘛，只是身外之物。所以我就给改了下，换成了「科研」。这科研就包罗了更多东西，比如思辨能力和学术品味的提升。": 3, - "搞研究，说实话，成果多少是可以做出来的，所以文章无论怎样也是可以发的，这是一个确定性的事情。但是要做真正创新的突破性的成果，发好的文章，多少有些运气在里边，这是一个不确定性的事情。所以我只能用「祝」这个动词，表示「祝你好运」。": 3, - "因为即便你很好地利用了": 3, - "这个工具，采纳了我提及的": 3, - "workflow，能否真正在学术道路上取得较大的成就，这也是无法保证的。就像坚持跑步能增加耐力，参考本教程能带给你的确定性，只是信息高效管理这种技能的进步和提升，仅此而已。": 3, - "我留意到近些年选择读研的同学越来越多。即便知乎上劝退文再多也无法阻挡这种趋势。生化环材都说是天坑但是入坑的同学同样络绎不绝。或许，很多人可能觉得没得选择吧。虽然读研没钱，但好歹还能弄个学位，如果用功一点还能学点真本事。每个人心中都有自己的小账本。": 3, - "我也留意到大家越来越感叹学术圈之内卷。学历贬值是一日快过一日，更不用说被称之为「硬通货」的发表文章成果。早几年一篇顶刊能直接给副教授的年代早已一去不复返，多少青年才俊过去是望「洋」兴叹，现在是望「家」兴叹。": 3, - "我还注意到一些诸如「图片误用」或「符合当年标准」的学术圈丑怪现象。这些情况或许可以归咎于当时的条件限制，比如没有像我提供的这类科研工作规范流程与工具链。但归根揭底还是因为知识壁垒太高，没有足够多的局外人去关注这个群体，然后正确客观地评价科学家们的工作。缺少实质意义的阳光和透明，所以同行评议慢慢演变成了圈子文化，固步自封而已。": 3, - "虽然当前情况不妙，但总的来说，我觉得对于个人而言，研究生还是值得一读的。因为研究生更像是职场，但与职场不同的是，你是可以在科学探索中犯错而不用承担特别大的代价（除了安全事故和违反学术道德之类严重的情况），相对宽松的环境会给你足够的成长空间和思考未来的空间。": 3, - "我想强调的是，即便读研到博士毕业，也不要轻易觉得自己应该或者适合继续去做学术研究。博士之后的学术研究是职业范畴，跟做其它项目是类似的。你应该认真考虑自己真正想从事的事业，那种到临终之时不会后悔的事情。而且经过了研究生阶段的训练，你也应当有这个自信——干什么都不会混得太差。": 3, - "所以我觉得还是应该将自己的体会和经验分享出去，让新加入的研究生大军，能够相对规范且高效地成长起来，哪怕以后不能成为教授学者，凭借多年的科研训练和形成的缜密思维和学术鉴赏力，也能够作为一个合格的旁观者，关注和评议科学成果，帮助学术圈在阳光下健康成长。这样形成的真正的科技繁荣的局面，于你于我，于全世界普通人都是一件幸事。": 3, - "扯远了。回到本教程来说，前期我只是疯狂描述该怎么操作工具以完成三种基础的": 3, - "workflow。这是为了降低": 3, - "的使用难度，让普通用户能够以尽可能低的学习成本去完成足够多的事情。": 3, - "但是作为笔记软件，一千个用户就有有一千种": 3, - "obsidian。用户越发熟悉使用之后（比如用上半年之后？），总归要根据自己的实际情况做出调整，这就不可避免地需要进一步了解实现各种便捷功能的插件和底层代码。": 3, - "本来我还想就此做一些说明，但其实相关插件教程网上导出可以轻松找到，而python代码对于会的同学来说也很简单，可以直接看代码而无需我做太多解释。再加上对于绝大部分普通用户，三大": 3, - "其实是足够用的。最重要的是自己做了修改之后，就不能应用我最新的模板库升级了。": 3, - "所以本模板库教程，就到此为止了，最后再次祝您，科研精进！": 3, - "这是一件需要充分发挥主观能动性的活动，简单的说就是费脑。": 3, - "obsidian读文献": 27, - "在初步阅读了一些文献，以及完成了定期每周的文献周小结之后，你可能对若干个主题或者领域产生了进一步了解的兴趣，也积累了一下术语或者关键词。接下来就可以进入到下一个环节，进行比较系统的主题阅读和比较阅读了。": 3, - "重要文献的溯源": 3, - "首先，由于论文一般对参考文献引用是非常严格的，所以你完全可以根据若干非常重要的相关的文献，实施溯源搜索，也就是根据内容去找被引文献，甚至被引的被引。": 3, - "的双链功能为我们在自己的文库内构建文献的相互引用网络实现了可能。所以我建议你通过使用": 3, - "🔎引文列表`": 6, - "命令，在文献笔记（mdnotes）": 3, - "中先插入此文所引用的文献列表。如果它引用的文献已经存在于你的": 3, - "文库中，那么将自动转变为双链模式，如果还没有收录到你自己的文库，则保留链接。你可以通过链接跳转到原文网址进一步查看。": 3, - "过了一段时间之后，你可以删除文献笔记中这个": 3, - "eferences部分，重新执行": 3, - "命令以刷新引文列表，从而给更多已经入库的文献更新链接为双链。": 3, - "此外，由于某些看破不说破的原因，溯源很可能会封闭于某些学术团体（一直是这伙人引来引去的）。所以在溯源的同时，你要根据已有的信息，通过各种途径进行搜索，找寻相关的具有参考价值的资料。这些途径包括各种学术搜索引擎的使用，这里我就不多说了。": 3, - "zotero中建立专题分类": 3, - "为了方便主题阅读和比较阅读，建议先在": 3, - "中建立专题分类，将此专题的文献都收录到分类中。建议新找到的文献资料，都通过": 3, - "doi": 12, - "的方式添加到": 3, - "的文库中（详见当期文献速览通过doi将收藏文献入库）。一般来说，对于初级层次的主题阅读，刚开始收录篇左右的文献就差不多了，不必求全而把时间浪费在搜寻资料上。": 3, - "创建主题阅读笔记": 3, - "同创建草稿的方式（参见obsidian撰写草稿）创建主题阅读笔记。": 3, - "然后将搜索收录到专题分类中的文献条目全部选中，拷贝": 3, - "key，粘贴到主题阅读笔记中。": 3, - "注意这里相当于是引用了多篇文献。所以引用多篇文献仅仅是把双链用空格隔开即可。然后": 3, - "是按照": 3, - "的首字母进行排序的。所以为了后面方便填充笔记内容，zotero中建议按照": 3, - "对文献条目进行排序。": 3, - "边读边写填充内容": 3, - "在主题阅读笔记中插入了大量的参考文献之后，接下来就是填充具体内容。我建议你按照": 3, - "逐个逐个填充。甚至把它们制作成列表都可以。": 3, - "需要注意，可能并不是每一个": 3, - "都已经创建了": 3, - "mdnotes，所以请按住": 3, - "trl，鼠标移动到双链上查看是否能够预览。如果预览为空白，则需要在": 3, - "中对此条目新建一个": 3, - "文献笔记（详见当期文献速览创建文献笔记）。如果预览不为空，千万不要再重复创建": 3, - "mdnotes，否则之前填写的一些内容（如文章骨架）会丢失。": 3, - "所以按照这样的操作，一个主题阅读笔记，本质上就对应了": 3, - "中的分类。": 3, - "比较文献关键内容": 3, - "在比较阅读中，最直观的莫过于使用表格了。所以在主题阅读进行到一定阶段，你需要确定这个主题内的文献包含一些常见的重要的实验、方法或者其它指标，以此建立": 3, - "vaule`，填写于": 3, - "mdnote": 9, - "文献笔记中。注意每个": 3, - "必须独占一行，而且": 3, - "之前不能有任何内容。这些都是": 3, - "插件的具体使用方法，参见ataview": 3, - "数据查询增强，这里仅提供必要操作说明而不做原理性解释。": 3, - "由于按照本教程的流程，完成初步阅读的研究性文献笔记必定包含以下键值对：": 3, - "novelty：创新性": 3, - "significance：意义": 3, - "potential：潜力": 3, - "所以这里仅提供": 3, - "对这四个": 3, - "attribute（属性）": 3, - "默认模板：": 3, - "如果你需要查询自定义属性，可以将自定义的": 3, - "跟上面代码中第一行的": 3, - "novelty、significance": 12, - "进行替换，然后修改对应的": 3, - "column名方便查看。另外一个需要注意修改的是显示为绿色的主题标签。这里补充强调下：在进行主题阅读时，请务必在文献笔记中的frontmatter": 3, - "中添加主题标签。": 3, - "你可以通过": 3, - "插入": 6, - "主题文献比较查询表": 3, - "插入该": 3, - "template，插入方法参考解析文章骨架插入文章骨架模板。": 3, - "导出调研报告": 3, - "理论上做得好的话，主题阅读的笔记，再稍加修改润色，已经基本可以成为一份调研报告了，你同样可以导出为": 3, - "发送给导师瞅瞅。导出方法参考阶段性文献阅读小结导出文献阅读小结为pdf": 3, - "。但是你会发现导出后插入的参考文献是没有引文列表的，所以你可以再针对此草稿页面使用": 3, - "命令，它会生成基本符合要求的": 3, - "ibliography。导出pdf后效果如下图所示：": 3, - "注意标题已经自动创建了指向网页的超链接，可以在pdf直接打开网页。": 3, - "文献阅读积累不是一日之功，所以贵在坚持。而当你的文献库愈发庞大，读得文献也更多的时候，常常会发现有些作者总是眼熟。没错，他们可能就是这个领域中的佼佼者。所以有必要进行follow。": 3, - "所谓的提高效率不过是从实际情况出发有所权衡和取舍。对于重要的文献和综述，再别无他法，只能是老老实实下苦功夫读懂读透。": 3, - "综述类文献的阅读与之前非常相似，在此部分内容中你将了解如何在obsidian中制作思维导图。": 3, - "综述阅读的一般流程": 3, - "一般新加入团队的小朋友，导师或者师兄师姐会推荐一两篇文献。主要是目前课题高度相关的文献或者重要的综述。啥都不懂，你该怎么去阅读它们呢？通篇从头读到尾吗？": 3, - "对于这种「敲门砖」级别的文献。如果有时间肯定是要通读多读，读透读懂的。对于研究论文我前面已经仔细介绍了阅读的诸多环节。其实对于综述，首次见面还是一样的流程：": 3, - "第一轮筛选就不需要了，可以直接入库，然后阅读综述标题摘要，快速看看插图，获取对于该综述的大体印象。相当于你要完成": 3, - "comment，还有补充": 3, - "tag，rating": 3, - "之类的。这个步骤要争取在分钟内完成。": 3, - "第二轮也同样是「解析文章骨架」，但是却并不是去概括前面所提到的三要素，而是根据综述的": 3, - "introduction": 15, - "和后面的小标题，绘制一个简单的思维导图（对应了综述的大纲）。": 3, - "第三轮也还是「按需搜索」，就是基于思维导图，思考判断你实验室或者课题目前处于这张思维导图的什么位置（或者离得最近的）。读完了": 3, - "之后直接跳到这个部分仔细阅读。": 3, - "修改文献阅读笔记类型": 3, - "虽然流程大体相似，但在": 3, - "的笔记撰写操作上略有不同。": 3, - "由于创建文献笔记时默认的": 3, - "是": 54, - "article（如上图所示），所以对于综述类，你需要手动修改": 3, - "中此项值为": 3, - "review。完善": 3, - "信息有助于你后续的文献管理和信息聚合。": 3, - "制作思维导图": 3, - "研究论文通常都是": 3, - "「narrow": 3, - "down」的逻辑结构：先说一个大的研究领域，然后圈出其中一部分指出问题，逐步聚焦到一个非常具体的小问题上。而综述可能刚好相反：就一个比较大的概念，不断延伸扩充各个子领域的研究进展。": 3, - "上方是使用": 3, - "xcalidraw": 3, - "插件制作的手绘插图": 3, - "所以在解析综述的骨架上，你完全可以采取你熟悉的工具去绘制美观的思维导图再截图贴过来。但这里我推荐obsidian直接做思维导图，以保持整个工作流的连贯性。": 3, - "obsidian中搞思维导图，利用了": 3, - "ind": 9, - "ap": 12, - "插件，你只需要正常写内容就可以了。": 3, - "在综述文献笔记中，你可以按，在": 3, - "命令面板中选择": 3, - "，根据模板创建新的页面。完成后按": 3, - "就可以看到自动解析出来的思维导图。然后直接截图贴到文献笔记即可。": 3, - "当介绍完如何阅读综述类文献之后，怎么读文献这个事情就差不多了。与写日志类似，这都是在生产一些知识碎片，接下来一定要定期的整理，然后有所总结。所以下一节内容对阶段性文献阅读小结作一定说明。": 3, - "非常简单，获取对文献的初步印象就行。": 3, - "入库之后的文献要尽快全部完成泛读，不然你的未读清单会爆炸的。在我推荐的流程中，文献泛读与别处不一样，可以说简单到一篇文献最多只用分钟即可。": 3, - "打开文献工作区布局": 3, - "在上一节（当期文献速览）中，我们已经完成文献的入库，并创建了文献阅读笔记。": 3, - "下一个阶段就是对这些新入库的文献进行泛读。如上图所示，你可以点击": 3, - "左侧边栏的「管理工作区布局」，然后选择加载「文献阅读」。obsidian": 3, - "就会切换到已经设定好的界面布局，首当其冲显示的就是阅读清单。": 3, - "阅读清单结构说明": 3, - "阅读清单主要包含三个表格：": 3, - "未读文献表格：表格只有两列，分别为文献笔记文件名和创建日期，并按照文件创建日期倒序排列。": 3, - "近期已经阅读文献清单，这里展示的是近期文献阅读笔记存在过更新的情况，按照文件修改时间倒序排列。表格包括了标签、评分和comment，有助于概览文献情况。": 3, - "组会上已分享展示的文献，展示已经制作ppt在实验室定期组会上分享的高价值文献。（费曼学习法，给人讲过的才印象更加深刻）": 3, - "泛读的目标": 3, - "`所在行，直接输入即可。注意两个冒号后边是有一个空格的，不要删掉，否则": 3, - "插件不能解析这个信息。": 3, - "在写完了": 3, - "之后，你完全可以换行换行再在后面贴一张文章中给你印象深刻的图。因为插图比文字更能够唤起印象。": 3, - "泛读的第二个目标是，根据你的初读印象，在文献笔记的": 3, - "中删除原来占位置的标签，输入你自定义的标签，多个标签之间使用空格。然后再给这个文献弄一个简单的星标评分，你可以直接复制默认的一星（⭐）。": 3, - "完成上述目标之后，你就能在阅读清单近期已阅中看到关于这篇文献阅读的记录：": 3, - "初读印象该写什么": 3, - "我认为文献泛读的目的就是为了获取一个大概的印象。": 3, - "由于这种关于印象的描述和记录最终还是给你自己看，方便review的，所以尽量不要写自己都讨厌的套话废话。有时候只言片语只要你自己觉得日后看到还能唤醒这个印象就行。": 3, - "我个人认为首先只能是一句话概括。有时候你会发现大概就是把标题用自己的话翻译补充一下就ok。": 3, - "所以在我所提及的文献泛读的具体操作是一个递进的过程：": 3, - "读标题，标题读懂了如果能够理解，就直接写初读印象": 3, - "如果标题不是很明白，再读摘要，利用摘要中提供的信息对标题进行补充，完善初读印象": 3, - "如果读完摘要还是不懂（常见于非资深研究生），则考虑是否值得花更多时间阅读原文。由于已经入库的文档是「感兴趣」、「有点相关」、「有美感」三者必占其一的（参见当期文献速览收藏还是要有一定标准），所以阅读原文总归要读，但可以根据你当前具体事务安排罗列优先级。": 3, - "比如你正在进行的课题实验，需要你对这篇文献的方法有深入的了解，那肯定要优先安排进一步阅读原文。再比如你觉得这篇文献数据分析方法和展示方法对你有帮助，同样是尽快安排上。总之记住一句话：文献无穷无尽，你必须根据自己实际情况有所取舍地阅读。": 3, - "所以你看，在我这个流程中，完成文献泛读根本是不用下载原文的，大致看下标题摘要和插图即可。通过标签和": 3, - "对这篇文献建立一个初步的印象，然后使用": 3, - "标清楚它的进一步阅读的优先级。这样就能节约大量力气，把有限的时间分配给于你而言真正重要的文献上进行下一步更仔细地阅读。": 3, - "快捷查看标题摘要": 3, - "可以看到，自动生成地文献笔记已经有标题作者的信息。所以标题查看是没问题的。如果想进一步阅读摘要，可以按住": 3, - "trl，鼠标点击": 3, - "后面的超链接实现跳转。一般而言会跳转到出版商的在线论文页面，即便需要付费也是会提供一个摘要的。": 3, - "该如何打标签": 3, - "标签一定是在文献泛读完成后，初步印象撰写完毕后，从你的印象中高度提炼出来的一些关键词，当然一般都是很实在的词。比如研究领域，研究对象，研究方法啥的。但这个实际上想做好很难，所以还是以自己的感受为主，目的是帮助自己，快速唤起对于这篇文献的印象和记忆。": 3, - "完成泛读的入库文献可以根据情况罗列「进一步阅读原文」的优先级，所以下一节就讲这个内容。": 3, - "感觉更多是对": 3, - "的介绍了。": 3, - "好记性不如烂笔头，不管用什么策略去阅读原文，没有什么比直接在pdf上做批注更爽快了。": 3, - "下载原文并入库": 3, - "你可以在": 6, - "库中，右键单击你想要查看原文的文献条目，先选择「在线查看」，然后会自动打开浏览器并跳转到文献的网页。": 3, - "下载原文的方式很多，无论是": 3, - "access，抑或你单位购买了期刊，还是自己用": 3, - "「诶思西哎哈博」，总之从浏览器下载": 3, - "时务必记得保存到桌面。": 3, - "pdf下载完成后，不用管它，再在": 3, - "中右键点击这个文献，选择": 3, - "ttach": 3, - "ile。这个时候，zotfile": 3, - "插件会自动将刚刚下载到桌面的": 3, - "重命名，然后移动到": 3, - "目录下，并在该文献条目记录下生成相对链接。": 3, - "阅读原文并批注": 3, - "版本已经内嵌了一个非常好用的": 3, - "阅览批注功能。当你附加了": 3, - "到文献条目后，双击就可以在": 3, - "中浏览原文。如上图所示，界面非常简洁，包含必要的标注工具。": 3, - "如果你无法打开": 3, - "pdf，可能是插件配置有误（详见zoteroobsidian联动配置zotfile插件安装和设置）。": 3, - "保存批注到pdf文件": 3, - "默认把批注内容存储于自身的数据库（可以云同步），但是这样容易造成丢失，而且当你给别人": 3, - "这篇原文时，pdf中的标注对方是看不到的。": 3, - "为了解决这个问题，我建议你养成习惯，把批注保存到": 3, - "文件中。由于": 3, - "采取的标准很好，所以别的": 3, - "阅读器都可以正常查看这种批注。": 3, - "具体而言，你只需要点击「文件」，然后选择「store": 3, - "annotations": 3, - "file」，就可以把批注保存到": 3, - "文件中。": 3, - "从批注创建笔记": 3, - "当你在": 3, - "中做了一些批注之后，你可以直接把所有的批注收集起来新建一个笔记。如上图所示，右键点击此文献条目后再点「dd": 3, - "anotations」，选择做了批注的附件pdf，zotero": 3, - "就会自动生成一个笔记。你可以在右侧边栏中看到其中内容，如下图所示。": 3, - "将注释笔记存储到vault中": 3, - "上一步生成的注释，同样是存储于": 3, - "内部的，我们可以把它整合到自己的": 3, - "库中。具体操作就是右键单击这个新生成的注释文件，选择「dnotes": 3, - "xport": 24, - "markdown」。": 3, - "库中看到这个新生成的注释文件，mdnotes": 3, - "已经按照模板自动帮你建立好了指向该条目主文件的反向链接。": 3, - "值得说明的是，将标注内容存储于": 3, - "中的作用主要是你可以全库搜索文献内的标注，这有利于你直接发现文献的相互联系，适用于系统性主题阅读和比较阅读时快速抓取关键信息。": 3, - "不过被魔改以适配": 3, - "插件似乎丢失了指向": 3, - "的链接。所以从": 3, - "库中的这个文件里边，你无法再直接跳转回": 3, - "中指定": 3, - "内容的具体的被标注内容了。": 3, - "但是在": 3, - "中存储的注释，其链接仍然是有效的，你点击某条注释，选择「在页面显示」，就能够直接跳转到": 3, - "中被注释的区域，这个功能可以说非常方便。": 3, - "特别注意，在": 3, - "zotero中可以直接搜索注释中的内容。所以在使用一段时间后，我更多地把「将注释笔记存储到vault中」这种手段作为信息备份。": 3, - "关于pdf注释的建议": 3, - "由于pdf注释的特点，我并不建议在注释中插入图片什么的（虽然是可以的）。因为这样会让注释变得": 3, - "heavy。相反，我更推荐使用一句话，加上若干标签的方式来完成注释。为了让": 3, - "能够自动抓取便签，你可以遵循简单的标签语法规则，就是在关键词前面加，比如。为了清楚，标签应当在一句话描述之后独占一行，如果有多个标签用空格隔开，如：": 3, - "这是一段批注，用于演示被推荐的批注格式。": 3, - "obsidian搞科研": 3, - "本节内容主要讲的是原文阅读在软件使用层面的东西，掌握这套阅读注释的流程虽然能够比较轻松自然地把文献批注组织起来。但是真正能够提高原文阅读的效率，还需要有一定策略。": 3, - "可以说，不同轮次阅读原文都应当有不同的目标，就像我们在「文献速览」时解决的是判断某篇文献是否要「入库」，而在「文献泛读」时力求快速获取印象和标签。": 3, - "同样的，在第一次阅读原文时，我们千万不要去通读全文，而是根据一个具体的目标——「解析文章骨架」，去搜读原文。": 3, - "感觉更多在讲怎么读文献，obsidian的操作就是插入模板而已。": 3, - "此节内容主要涉及使用模板，方便在文献笔记中填充格式化内容。": 3, - "文章三要素": 3, - "第一次阅读原文时，应当尽快明了文章的骨架。那么什么是文章的骨架呢？": 3, - "对于一篇创新性研究论文，按照我老师的说法，其骨架就是三个要素：「novelty」，「significance」和「potential」。": 3, - "所以刚开始看一篇文章，一定要带着如下三个问题去搜寻答案，而不是通读全文：": 3, - "创新点（novelty）究竟是什么？注意论文必然有创新之处，否则无法发表。": 3, - "有什么研究意义（significance）？研究意义通常是文章工作要解决的具体的问题所带来的。": 3, - "发展和应用潜力（potential）如何？牵一发而动全身，这个工作能促进哪些领域的发展？": 3, - "值得一提的是，novelty（因为对于发表文章是必要的）所以多少比较清晰，但是": 3, - "potential，很多工作就是在说一些套话或者泛泛而谈。": 3, - "所以在阅读原文时也不要过分依赖于文中怎么说，有时候也要自己结合已有知识储备主动去思考。说不定就能发现作者「丢了西瓜，捡了芝麻」。": 3, - "插入文章骨架模板": 3, - "简单介绍了「文章三要素」之后，那么对于我们这一个环节的阅读，最主要的目标就是在文献笔记中填写「文章骨架」的内容。": 3, - "你可以打开某篇文献的笔记，如果按照流程，它应当显示在你的阅读清单近期已阅的表格中了：": 3, - "光标移动到笔记末尾后，可以快速插入「概括文章骨架」模板：": 3, - "具体操作如上图，在左侧边栏最上边的按钮，也就是「emplater」插件按钮，点它（或者按快捷键）。然后弹出一个对话框列表，里面有很多模板，点击「概括文章骨架」，即可在文献笔记光标所在位置插入已经做好格式的内容。": 3, - "这就是": 3, - "插件的基本使用方法，后面插入任何模板都可以这样做。": 3, - "如果你还有印象的话（详见入库文献泛读），就会按照模板生成的内容中，": 3, - "后面都带有两个冒号，是给": 3, - "插件聚合信息用的。": 3, - "填写的方式如同前面的": 3, - "`，在双冒号之后输入空格之后，再写具体的内容。": 3, - "文章骨架怎么写？": 3, - "本质上，文章骨架是对初读印象的进一步补充。前面提到，初读印象可作为文献标题的对应。所以文章骨架也可以作为文献摘要的对应。": 3, - "一篇好的文章，其实已经在摘要中把": 3, - "进行了概括性描述。": 3, - "还是那句老话，如果这篇文章属于你小领域的，那么你就会更容易理解它的这个三要素。这个时候提炼文章骨架更多实对摘要的翻译。当然，这个东西是写给自己看，巩固印象的。所以重要的事情再说一遍，不要写套话废话，照抄照搬。": 3, - "如果摘要不是看得很懂，那么你就需要进一步阅读": 3, - "introduction，里边会对文章具体要解决什么问题和瓶颈，采用了什么方法策略，得到了什么结果，具有什么意义和潜力等有更详细的说明。": 3, - "如果": 3, - "看了还是读不懂": 3, - "是什么，我建议你可以采取以下方式（已按优先级排序）进行操作：": 3, - "根据": 3, - "中的引用文献进行溯源搜索，因为一些概念方法，会在被引用的原文中有更详细的说明。但是溯源需要时间，请结合实际情况合理操作，适可而止。": 3, - "找你的师兄师姐甚至导师询问，注意问题要具体。比如针对创新性方面的疑问，「师兄，你看这篇文献要攻克巴拉巴拉的问题，这个问题有其它的解决方案吗？这篇文章这种解决方案有啥优势劣势呢？」": 3, - "说了这么一大堆，直接上例子。基本上填写这三要素的内容，都可以在文章摘要中找到。然后一定要注意，这不是做什么题目，没有所谓的对错，就按照你自己的理解来。比如这篇文章，我就觉得它新奇的地方，是把兔子打印所需的信息存储到中制作材料，然后打印成一只兔子，然后从兔子上扣一点下来读取信息，又可以打印一只一模一样的兔子。": 3, - "当然了，这里我只是给读者解释，所以对创新点描述得啰里啰唆的。事实上在填写三要素时，请尽可能简洁明了，哪怕只是关键词就行。因为这是给你自己看的，只要你能根据这些关键词重新唤醒对于这篇文章的记忆就行。": 3, - "无论因为什么原因而阅读原文，解析文章骨架都是必要的（abstractintroduction），要不然就不读。做完了这一步之后，就是按照读者各自需求进一步阅读了。比如了解和评价更为具体的结果（读": 3, - "results），或者学习实验方法和数据处理方法（读": 3, - "methods），甚至欣赏学习作者的思辨过程（读": 3, - "discussion），其实都可以在批注中搞定（参见进一步阅读原文阅读原文并批注）。": 3, - "对于单篇研究性原创论文的阅读就介绍到这里。但实际上我们还会看一些综述。综述的读法跟论文又不大一样，目的更不一样，所以我们的操作也有不一样的地方。": 3, - "写文献阅读的小结其实跟日志小结的思路是一样的。": 3, - "按照平均每天阅读一篇文献的最低标准，基本上一周就会积累不少零碎的阅读笔记了。这个时候一定要找个时间，定期撰写阅读小结。这是最浅层次地对已完成泛读（即完成解析文章骨架）的文献进行的整理回顾和思考。": 3, - "创建文献阅读周小结": 3, - "你可以从每天的日志出发，在某一条": 3, - "track，按": 3, - "命令面板，选择「🍭阅读小结」快速按照指定模板（见每周文献小结）创建文献阅读小结。": 3, - "文献小结大纲与说明": 3, - "文献阅读小结使用模板继承自日志周小结，所以": 3, - "基本是一样的：": 3, - "撰写完毕后注意对": 3, - "中的信息进行补充。": 3, - "正文部分主要又三块，首先是近期阅读文献清单，也是继承自阅读清单，但是时间段已经固化，会显示文献小结创建时间倒推一周内的已读文献。": 3, - "基于前面一目了然的已读文献列表，我建议你可以写一下阅读这些文献之后，自己对于课题，对于所处领域以及各方各面的印象还比较深刻的收获。": 3, - "最后一部分，你可以思考下自己还有什么疑问需要继续阅读什么方面的文献。也可以思考基于已读文献，可能有什么新的idea。": 3, - "如何插入参考文献": 3, - "撰写文献小结的时候，不可避免地要插入参考文献。在": 3, - "中，你可以使用双链指向文献的": 3, - "文件。一般都是": 3, - "但实际操作过程中，我建议你再次进入到": 3, - "mdnotes，查看具体的文献笔记内容，并且跳转到": 3, - "中查看原文以及内部批注（相当于复习）。如上图所示，文献笔记中`ocal": 3, - "library`后面的地址，可以按住": 3, - "后鼠标左键点击，跳转到": 3, - "中并预选中该条文献条目。": 3, - "中选中要引用的条目，按，就会生成该条文献的": 3, - "并复制粘贴板中，接下来直接到小结正文中粘贴即可。": 3, - "导出文献阅读小结为pdf": 3, - "如果你导师或者实验室有要求定期提交文献阅读小结，可以直接点击该小结页面的「选项」，然后选择导出为即可。": 3, - "已阅而未精读的文献会随着时间推移而越来越多。但不要慌，首先从没有必须精读每一篇文献的规定和必要，其次读文献的更重要的目的是解决困惑和产生idea。所以当有一定文献积累之后，就是时候进行更高级的主题和比较阅读了。": 3, - "花了天时间完成了第二章的内容，一共节，感觉还是有点费劲的。": 3, - "若将学术圈类比于武侠小说中的江湖，那么读文献这个事情就像是修习内功。与来往的学术大佬交流也不难得知，他们的文献阅读量都是破万的水平。所以课题组素有「每日一文」的提倡，这样即便资质一般，凭着日积月累的功夫也能达到「内功深厚」的地步。": 3, - "所谓「读书破万卷，下笔如有神」。论文读得多，自然见多识广，对于目前研究的边界有比较清楚的认知，比如哪些问题是重要的，哪些问题已经被解决了，哪些问题还没搞定存在瓶颈。而且你会发现，越是前沿的越是学科交叉的研究，问题越多。这问题越多，idea": 3, - "也就更多。有": 3, - "idea": 15, - "才能有课题。这个道理是如此简单，但是能坚持读文献的不多。": 3, - "一下子读一万篇文献显然是不可能的。我们只可能化整为零，每天读一点，争取十年读一万篇。": 3, - "为啥是十年呢？大家可以简单算一笔账。十年时间，五到六年硕博，再加上博后和青椒阶段，基本上你就成为了人类探索知识边界的先锋骨干，也就是真正的专家。真正的专家没能「破万卷」那只能称之为「砖家」了。": 3, - "十年大概三千六百五十天，平均每天三篇左右的阅读量，就能够实现这个目标。但如果你每一篇文献都画上一个小时去通读，一天三个小时也是非常难的事情。想想锻炼身体这个事情，每天能跑步半小时都是痴人说梦。": 3, - "所以在本教程提及的「读文献」流程中，其实把读文献这个事情划分了三个阶段：": 3, - "入库文献泛读：也就是看看标题、摘要和插图，有个初步印象": 3, - "解析文章骨架：进一步看看标题和": 3, - "introduction，争取提炼文章骨架": 3, - "主题阅读与比较阅读：同类主题一起读，比较": 3, - "results": 9, - "methods等诸多血肉": 3, - "事实上对于一个「破万卷」的专家而言，一万篇的数量只是他收入库中的总文献数量。他真正精读过的文献可能就百来篇，解析过文章骨架的可能有数千篇，剩下的大部分都只停留在一个初步印象的阶段。": 3, - "但这并不是意味着「破万卷」的说法作不得数。因为一个具体的研究领域中，真正有东西的好文章并不多。读懂读透了这些精品文章，剩下的很多文章你只需要泛读一下，也可以有很高的理解度。而从理解程度这个角度来说，「破万卷」是毫不夸张的。": 3, - "那何直接问导师或者大牛讨要这些精品文章进行研读？但我估计你得到的会是一篇重量级的综述。就像我在重要综述如何阅读中所说，即便是这样的综述，也不是需要通读所有内容的。因为时过境迁，你的研究领域和重心都会与旁人不同。": 3, - "而且根据自己实际情况而广泛阅读并加以甄选，才是真正的「授之以渔」，让你的学术判断力和学术品位得到真正的提升，从而完善自己独特的研究领域下的文献积累。": 3, - "对于国内绝大部分按部就班从大学毕业然后读研究生的同学，实际情况可能是一进实验室就被当民工使，各种学习实验操作技能，然后把实验做起来，给已经在做的课题打下手。根本没有你自己按部就班从看文献出发不断思考提炼，做自己提出的课题的机会。其实这并不要紧，时机到了自然水到渠成。所以这不能成为你不读文献，思考自己后面要研究什么的理由。": 3, - "而且「纸上得来终觉浅」，尽早动手，参与到课题当中，积累实践经验体会，更能够激发你阅读文献的动力。": 3, - "比如某个实验做不出来，做不好，折磨了你一两周，你自然对于能够提供帮你解决问题的文献趋之若鹜，都不用导师三令五申你去读文献。": 3, - "除了激发阅读动力，同时也能提供具体的限制条件帮助你筛选近期要精读的文献，因为你阅读文献就是要解决眼前的问题。我相信已经开始做实验的同学应该有所体会。": 3, - "「尽信书则不如不读书」，参考文献上说的也不一定都对，你如果不做实验，仅仅凭着作者精心编织的逻辑来判断，多多少少会被带到沟里去。另外文献终究只有几句话，你如果不做实验，没有在一线战斗的切身体会，也很难把握其中的艰辛，判断文献的难度或者重量。": 3, - "所以要成为一流高手，终究是要内外双修的。在接下来一章中，我就具体介绍如何使用": 3, - "做课题，实现对「实验记录」、「试剂耗材」、「数据分析」甚至「论文草稿撰写」等具体环节的信息整合管理。": 3, - "这部分内容写起来比较轻松。": 3, - "这一节的内容主要是展示作者排序和展示双链笔记主打的关系图谱。": 3, - "作者统计排序": 3, - "为了方便本教程用户轻松": 3, - "follow": 3, - "大牛，我在": 3, - "中放了一个": 3, - "uthoranking": 6, - "的页面，如上图所示，你可以在预览模式下点击": 3, - "的按钮，然后会在按钮下方基于你个人文献库的统计结果自动生成或更新作者排序列表。": 3, - "创建大牛页面": 3, - "页面切换到编辑模式，你会发现作者名其实就是双链。如果局部预览没有显示，那么你可以按住": 3, - "value`格式填写方便": 3, - "解析）。比如大牛的照片，代表作，单位，诸如此类。": 3, - "然了，你完全可以每隔一段时间点一下按钮，对这个作者排序页面进行更新。而这种更新完全不会影响你已经创建的大牛页面的内容。": 3, - "查看大牛的相关文献": 3, - "你可以点击新建的大牛页面的选项，然后选择「打开局部关系图」，就可以看到大牛发表的被你收录的所有文献的文献笔记。如上图所示，就是一个典型的所谓双链笔记的局部关系图谱。": 3, - "注意，这个是自动生成的。因为每一个mdnote": 3, - "文献笔记，都包含了": 3, - "authors": 9, - "字段（如上图所示）。如果": 3, - "author": 15, - "的页面一旦被建立，就会生成这种网络链接。你可以点击关系图中任意一个节点，直接跳转到指向的文献笔记中。": 3, - "将大牛页面归档": 3, - "由于是从草稿创建，会默认保存至，你需要将其转移至": 3, - "目录下，可以修改": 3, - "中的": 12, - "的值为": 3, - "，等到后面周小结时统一批量自动归档，具体可参考obsidian撰写草稿frontmatter": 3, - "和每周定期汇总小结zscr。": 3, - "查看全局关系图谱": 3, - "通过「创建大牛页面」和前面提到的「引文列表」（详见主题阅读与比较阅读），会基于作者和文献自身的引用关系，生成高质量的个人文库的关系图谱。现在我们可以点击obsidian左侧边栏的「全局图谱」按钮，查看一下成果了：": 3, - "存在于": 3, - "目录下的大牛页面在关系图谱中会被渲染成黄色的节点。而普通的": 3, - "文献笔记是浅绿色。至于主题阅读笔记（topics）则成为深绿色。此外我还设置了日志、周小结的渲染样式。通过这个关系图谱可以对整个": 3, - "文库有一个直观的了解。": 3, - "值得一提的是，这个关系图谱可以按照时间顺序生成动画，起初我就是不知道在哪里看到这种酷炫的效果被吸引而来。但是后来在实际的使用过程中，发现查看全局图谱的频率低得令人发指。所以我就不再制作这样的动图来哄骗小朋友了。": 3, - "文献阅读方面的介绍到此基本结束。文献阅读的目的归根结底还是要「触及知识边界」，找寻到别人还未解决的问题，提出你自己创新的方案。所以我们一开始就是为「开题」准备的。开题了，就是要做具体的课题项目了。这个就包括实验报告、物资管理等项目相关的工作流程，我会在下一章进行说明。": 3, - "又是一个小时过去了，还不错，今天就写这一节。": 3, - "在「obsidian搞科研」这第二章的第一小节，我刚开始就谈当期文献速览，马上就感觉到不妥。因为对于真正刚进入实验室的科研小白，他们早期的文献大多是导师或者师兄师姐推荐的，需要精读的文献。其中又以综述最为重要。所以对于这部分童鞋，我建议你优先参考后面": 3, - "这一小节。": 3, - "扫阅最新发表的文章": 3, - "对于经验丰富的科研老鸟，在对自己研究领域内的工作有比较系统和全面的了解之后，平时应当注意跟踪所属和感兴趣的领域内最新进展，所以你需要知道一些你感兴趣的工作经常发表的杂志，定期扫阅": 3, - "current": 3, - "issue。": 3, - "比如上图是我对最近一年入库文献所属期刊的统计情况，知道了这些就可以到": 3, - "网站": 3, - "关注之后，你可以看到，当期杂志文章会以卡片的形式呈现出来，一般会有标题和示意图，你可以快速根据这些信息判断文章是否值得收藏入库做进一步阅读。值得一提的是，还有手机，所以完全可以利用碎片时间完成这个「扫阅」的工作。": 3, - "收藏还是要有一定标准": 3, - "这第一步仅看标题和图片，说实话只是留下个印象。跟你研究领域接近，印象深刻；跟你兴趣爱好接近，印象深刻；跟你审美偏好接近，印象深刻。": 3, - "所以于我而言，凭借一张文献卡片决定是否收藏就三个标准：研究领域相关程度、感兴趣程度和对插图的主观感觉。": 3, - "需要注意的是，这三个标准是递进的关系而非并列。因为刚开始一无所知的时候，肯定是跟实验室研究领域越相关的你越兴奋。到了一定程度之后，你了解了不少概念，知道了一些关键词，就会有感兴趣这个维度的偏好。再到后面，或许凭借一张图你就能大致判断这个工作的价值和作者的研究水平。": 3, - "根据这三个标准，你可以不": 3, - "miss": 3, - "对你而言有价值的工作的前提下，大幅度降低第一阶段的文献数量（没错，很多文献你没有必要去阅读，能看一眼它的标题和图已经很给面子了）。": 3, - "通过doi将收藏文献入库": 3, - "通过上述的「扫阅」方式和判断标准，基本上五秒的时间就过完一篇当期文献。收藏了之后，就可以进入到下一个环节。": 3, - "平时「扫阅」收藏的文献，包括其它途径获取的文献，比如微信公众号推送，小组成员在微信群里分享的等等文献。我都会找到": 3, - "号然后添加到": 3, - "文献库中。我管这个操作叫做「入库」。": 3, - "如上图所示，打开zotero，": 3, - "点击界面中箭头所指图标，输入doi号之后，zotero会联网自动抓取该文献准确的条目信息，包括标题、作者、杂志、卷和页码等等。总之非常方便。": 3, - "需要注意的是，这样添加的文献条目属于「未分类条目」。如果你想把这篇文献添加到某一个你创建好的分类中，需要在添加之前选中分类文件夹。": 3, - "创建文献笔记": 3, - "「入库」后的文献，需要及时创建文献笔记。如上图所示，右键点击文献条目，选择": 3, - "dnotes，然后": 3, - "reate": 3, - "file。这是，zotero": 3, - "就会在你": 3, - "库的": 3, - "目录下新建一条文献笔记。你可以点击": 3, - "目录下的阅读清单查看未读文献表格。": 3, - "这同样是通过": 3, - "插件聚合笔记信息形成的表格。你可以点击": 3, - "ile": 144, - "列中的文件名跳转到刚刚新建的文献笔记。": 3, - "可以看到，这是按照一定模板生成的文献笔记。我不建议你马上对该文献进行阅读。什么事情都可以歇一歇才好。只要你不修改": 3, - "标签，它会一直停留在上面提及的未读文献表格中。": 3, - "锁定citekey": 3, - "接下来比阅读文献更加重要的事情，是锁定这篇文献的": 3, - "在创建了": 3, - "之后，我建议你立即锁定这篇文献的": 3, - "key，不然它后面随着文献库的增长会发生变化。这个情况会导致你在笔记中基于": 3, - "的文献引用失效。": 3, - "可以发现，锁定了citekey": 3, - "之后，会多一个📌的标记。如果你没有看到这一列。可以右键点击标题，然后把": 3, - "打勾。": 3, - "如果看不到这个选项，请确认": 3, - "插件已经正确安装（参考zoteroobsidian联动配置）。": 3, - "`adwarning": 9, - "请务必关联创建": 3, - "和锁定": 3, - "这两个操作，这样文献条目📌的标记还有助于你判断": 3, - "是否创建。如果已经创建": 3, - "mdnotes，后面就不要再创建了，否则会覆盖已有的文献阅读笔记，那就惨了。": 3, - "一篇科技论文往往需要经过很多轮的阅读，恭喜你已经完成了最初的最简单的一轮，即「收藏入库」。请一定要把好这第一关，否则你的「未读文献清单」会爆炸的。而下一节的内容，则是讲解处理这些「未读文献清单」并进入到「文献泛读」阶段。": 3, - "越来越进入正题了，从初学者的角度，尽可能克制地讲一点必要的东西，比如写一个草稿，标题段落列表插图超链接什么的，应该是足够了。": 3, - "当您已经知晓如何使用格式化日志tracking事务之后，我强烈建议您从任一条": 3, - "track": 15, - "出发，创建相关的草稿以记录更多内容。此部分预估耗时分钟。": 3, - "从日志出发撰写草稿": 3, - "当您在写日志时，有些事情一句话就讲完了，有些事情却难以在": 3, - "部分描述清楚。": 3, - "!列表缩进gif": 3, - "为了解决这个问题，您可以使用「列表缩进」，用来分条陈述更多细节。如上图所示，在某一行直接回车，然后按键即可缩进。": 3, - "如果内容实在太多，您希望用单独的一个页面来详细记录，那么可以直接输入两次": 3, - "即可自动转换为": 3, - "，然后再输入新页面的名称并补全两个中括号，比如": 3, - "这就创建了一个页面链接。您可以按住": 3, - "点击该链接，直接按照设定好的草稿模板新建一个页面，并跳转到该草稿页面。": 3, - "草稿是正在进行时，为了方便后续的一些信息聚合和自动化操作，所以": 3, - "内容稍多。草稿是根据草稿模板自动创建的，从草稿模板中可以看到": 3, - "的信息：": 3, - "title，标题，在创建草稿页面时根据文件名自动生成": 3, - "date，日期，自动填充的草稿创建日期。": 3, - "excerpt，摘要，一般是对草稿内容做一句话概括，可以完成后填写。": 3, - "tags，标签，多个标签用空格隔开。": 3, - "rating，评分，使用⭐表情": 3, - "status（草稿状态）默认为": 3, - "inprogress，完成了请修改为": 3, - "complete，草稿临时存放于": 3, - "destination，使用相对vault根目录的相对路径，比如该草稿属于项目，你应当填写，后续可以使用": 3, - "命令对": 3, - "目录下的草稿实现自动归档。": 3, - "（是否分享），所有草稿默认是不公开分享的，如果有需要手动修改为": 3, - "true。": 3, - "obsidianode，有": 3, - "两个选项，如果你希望此页面每次打开优先是预览模式，可修改为": 3, - "preview。": 3, - "之后，草稿一片空白，可供您自由发挥。": 3, - "short": 24, - "使用方法": 6, - "的路径可以使用": 3, - "link，比如": 3, - "可以基于文件夹数字前缀简写为": 3, - "，此时使用`quickdd": 3, - "命令，也能够实现正确的归档。因此你可以采取统一的的方式创建新文件夹。注意数字前缀不要超过个字符，从到，以及到都是允许的。": 3, - "markdown基本语法": 3, - "编辑使用": 3, - "语法，其实非常简单，通过一些符号标记就可以完成样式的声明，然后让浏览器按照主题样式渲染出漂亮美观的效果。": 3, - "首先是标题。在草稿中，我建议您使用「三级标题」作为每个小片段的标题，因为它的大小比较合适。而语法标记就是行首输入，空格之后输入标题内容。": 3, - "然后是段落。obsidian中就会生成新的段落。一个段落只包含一个事情，一个说明即可。所以完全可以一句话就是一段，像写诗一样也是好的。电子笔记不费纸，多点空白不要紧。": 3, - "接着是列表。没有什么能比「分条缕析」更加清楚，所以尽可能地使用列表。如果是无序列表，行首使用再空一格；如果是有序列表则是再空一格开始写。退出列表只需要回车两次即可。": 3, - "有时候要强调某些关键词，您可以先鼠标选中内容，然后按快捷键": 3, - "就是加粗，按": 3, - "就是倾斜，如果要就输入「`」号。": 3, - "还有时候要插入网络链接，这个其实跟": 3, - "文档中很像，选中要插入超链接的内容，按快捷键": 3, - "trl，然后会自动添加符号如，光标会进入括号中，您直接粘贴url地址即可。": 3, - "标题的作用": 3, - "细心的你会发现，标题是可以折叠的。这一点当你的草稿很长的时候非常有用。写完一小节就可以折叠起来。": 3, - "插入图片": 3, - "这里推荐配合": 3, - "nipaste": 3, - "截屏工具使用（详见后续章节：nipaste": 3, - "超好用的截图工具），当使用该工具截取屏幕之后，图片被复制到粘贴板，您只需要在草稿中按下`": 3, - "即可完成图片的插入，obsidian": 3, - "会将粘贴板中的图片拷贝到附件目录（），并且自动生成指向该附件的链接，如下所示：": 3, - "注意插入的图片最好独占一行，而且前后均有空行。": 3, - "插入表格": 3, - "中输入表格一直都不大方便，不过在": 3, - "中情况还不是那么糟糕。具体而言，你只要会输入": 3, - "符号就可以了。": 3, - "!输入表格gif": 3, - "换行就": 3, - "nter，自动帮你创建与": 3, - "column": 6, - "name": 48, - "对齐的竖线，然后在后续行输入数据的时候，切换列只需要按": 3, - "ab": 6, - "键就可以了。具体实现效果如下：": 3, - "b": 27, - "c": 33, - "事实上得益于插件，你还可以直接在": 3, - "中对表格进行计算，下载表格中的数据另存为": 3, - "csv文件。但是这里限于篇幅不做过多讲述，感兴趣的朋友可自行查看插件列表。": 3, - "插入其它附件": 3, - "除了可以在草稿中插入图片，您还可以插入视频，音频等多媒体文件。您可以通过快捷键": 3, - "进行「全局预览」并播放。当然也可以按住": 3, - "键，将鼠标悬停于这些附件链接上方实现「局部预览」。": 3, - "《原神·晨曦酒庄陈致逸》": 3, - "!陈致逸i": 3, - "awn": 3, - "inery": 3, - "heme": 3, - "晨曦酒庄mp": 3, - "仅支持": 6, - "mp": 12, - "音频文件在预览模式下播放": 3, - "《原神·游戏片段截取》": 3, - "!mp": 6, - "格式视频文件在预览模式下播放": 3, - "事实上，其它任何类型的文件都可以插入。而且方式非常简单，都是直接把文件拖入草稿编辑区域。然后附件都会保存到": 3, - "附件目录中。如果您是从该附件目录中拖入的文件，则会自动复制一个附件副本，所以需要格外注意。": 3, - "修改默认编辑模式": 3, - "我习惯于传统的纯文本的编辑模式，这对于内容编辑有着精准的控制，而且不会因为实时渲染而产生比较大的计算开销，使用起来会很流畅。": 3, - "但是在一些特殊场景中，比如撰写论文草稿时，需要看着": 3, - "figure": 9, - "进行具体的描述，这个时候就需要实时预览了。": 3, - "如上图所示，你可以随时修改默认编辑模式。": 3, - "其实也可以使用split面板的方式，并将新面板设置为预览模式，这样实现编辑和预览的分离。这个是经典的": 3, - "编辑器的做法。": 3, - "多使用分节小标题": 3, - "当草稿内容比较多的时候，建议对于表达一个意思的段落内容直接使用分节小标题，这样有利于信息的快速提取，方便后期review时高效定位。而且本模板库继承了": 3, - "主题的": 3, - "floatingtoc": 3, - "插件，在编辑模式下可以在页面左侧显示悬浮目录。": 3, - "!floatingtocgif": 3, - "完善frontmatter": 3, - "与日志类似（详见开箱写日志完善日志信息），当您完成了草稿的主体内容之后，请完善": 3, - "中的信息。这个步骤略有繁琐，但是却是非常必要的步骤，因为这是第一次对最原始的文本草稿数据进行汇总整理，有利于后续自动化的信息聚合（参见每周定期汇总小结）。": 3, - "根据实际场景，大家不大可能一天二十四小时对着电脑工作。所以日志的撰写，还有移动端的需求。下一部分内容将介绍如何使用obsidian移动客户端辅助日志草稿。": 3, - "这篇就直接就按照幻灯片的方式来写吧": 3, - "ppt": 12, - "sheldonxxd": 3, - "年月日": 126, - "简洁明了最重要": 3, - "一张": 3, - "slide": 3, - "一张图，一句话足矣。": 3, - "幻灯片规则": 3, - "使用三级标题": 3, - "每张幻灯片用": 3, - "隔开": 3, - "就这么简单。": 3, - "幻灯片预览": 3, - "按快捷键": 3, - "可以调用插件开启预览。": 3, - "调整插图大小": 3, - "上一页slide的插图就有点大": 3, - "可以在插图链接后添加实现。": 3, - "字体高亮": 3, - "有时候需要对关键词做高亮处理。": 3, - "「编辑增强插件」提供了快捷键。": 3, - "选中文本按": 3, - "style\"backgroundcolorff\"trllt数字span": 3, - "即可。": 9, - "在浏览器中查看": 3, - "幻灯片预览面板可以选择在浏览器中打开。": 3, - "切换幻灯片": 3, - "!幻灯片播放gif": 3, - "键盘上的方向键就可以实现幻灯片的切换。": 3, - "幻灯片播放的其它快捷键": 3, - "：focus，全屏展示": 6, - "：打开画笔，可以标注": 6, - "：可以下载画笔标记数据": 6, - "：peaker，演讲者模式": 6, - "：暂停播放": 6, - "：enu": 6, - "：verview": 6, - "：放大": 3, - "导出独立幻灯片文件": 3, - "如上图所示，操作步骤如下：": 3, - "点击幻灯片预览面板的选项": 3, - "点击": 3, - "as": 387, - "html后关闭预览，切换到幻灯片编辑草稿面板": 3, - "可以看到在": 3, - "根目录生成了一个": 3, - "运行": 6, - "导出": 3, - "命令": 3, - "在桌面的": 3, - "obsidianslides": 6, - "目录中可以看到被导出的html": 3, - "您可以把整个": 3, - "文件夹拷贝到盘": 3, - "然后到其它设备使用网络浏览器播放": 3, - "导出为pdf": 3, - "同上张片子，但选择": 3, - "style\"backgroundcolorff\"rint": 3, - "resentationspan，": 3, - "会自动跳转到浏览器去打印，注意配置，打印到桌面即可。": 3, - "obsidian幻灯片的优势": 3, - "幻灯片仍然是文本，易于内容搜索和管理": 3, - "减少使用其它软件按编辑体验的割裂感": 3, - "导出独立只要有浏览器就能播放": 3, - "专注于内容，无需担心排版错误": 3, - "有助于养成简洁风格「一图一句一张片」": 3, - "轻松撰写公式，如": 3, - "x{}timesfrac{pi}{lambda}": 3, - "果然完成这个内容又花费了一个小时，所以以后可以按照一小时一节的效率来安排时间。": 3, - "在软件下载安装完成后，我们需要完成一些配置以实现zotero和obsidian的联动，估计耗时分钟。": 3, - "模板库目录结构说明": 3, - "：内容地图，主要存放dataview查询表": 3, - "iary：存放模板化的每日日志，其中每周事务是看板笔记默认存放地": 3, - "eading：存放文献库和文献阅读笔记": 3, - "rojects：按各种实际的项目分类存储相关笔记": 3, - "ards": 6, - "主要存放一些卡片": 3, - "rchives：时间久远而且已经结束的project可以进行存档": 3, - "ssets：存放附件，包括插图、视频、以及各种其它文件": 3, - "emplates：": 3, - "存放笔记模板": 3, - "之后，点击菜单栏的": 3, - "「编辑」，然后选择「首选项」，进入到": 3, - "的设置当中。如上图所示，需要对箭头所示的地方做修改。": 3, - "特别需要注意的是「高级」中的": 3, - "的路径设置。前者必须是": 3, - "库中存放": 3, - "的子目录。": 3, - "本教程": 3, - "根目录为": 3, - "，而是存在于该": 3, - "中的子目录，专门保存文献条目的": 3, - "附件。设置正确的路径后我们在选择使用，这对于后面调用": 3, - "插件很关键。": 3, - "数据存储位置您可以选择默认（如果盘够大）或者指定一个其它不在": 3, - "中的目录。": 3, - "zotfile插件安装和设置": 3, - "中最强大的插件，点击": 3, - "菜单栏的「工具」": 3, - "「插件」，可以进入插件管理器，然后点开齿轮，选择从文件安装插件。插件为后缀的文件，在软件下载安装中已经提及。后面的": 3, - "插件的安装同此操作。": 3, - "然后对": 6, - "插件进行设置。点击": 3, - "菜单栏的「工具」就能看到": 3, - "的插件设置选项。如上图所示，对箭头所指内容进行修改。": 3, - "注意将": 3, - "pdf下载的临时目录设置为桌面，以后可以从网上直接下载": 3, - "到桌面，再选择pdf对应的文献条目，右键单击后选择`ttach": 3, - "ile`，调用该插件可以自动把": 3, - "重命名并转移到指定目录（去，并且创建指向": 3, - "的链接。": 3, - "插件安装与设置": 6, - "同": 3, - "的安装方式，其设置选项也在zotero": 3, - "菜单栏的「工具」中可见，点开后如上图所示做修改，尤其要注意路径的设置。注意": 3, - "导出目录为": 3, - "，而": 3, - "的模板存放于": 3, - "中。": 6, - "插件安装同": 3, - "zotfile，但是其设置选项已经被整合到": 3, - "首选项中了（说明是个更加高级的大插件）。在这个地方，我们需要修改": 3, - "的格式，如上图所示：就作者加年份即可。": 3, - "此外，还需要修改": 3, - "uickopy": 3, - "中的格式为": 3, - "oam": 15, - "ite": 18, - "ey。这样当你使用快捷键": 3, - "从": 6, - "中拷贝文献，就会拷贝一个": 3, - "ey": 21, - "格式的内容出来。": 3, - "然后再到「导出」选项中修改": 3, - "的便捷复制，选择": 3, - "uick": 6, - "opy": 3, - "ey，就大功告成了。": 3, - "如某篇文献的": 3, - "，那么对应的": 3, - "就是": 12, - "，然后你把这个": 3, - "直接粘贴到": 3, - "中就完成了引文的插入，非常便捷。": 3, - "导出「我的文库」到": 3, - "ault": 3, - "如上图所示，在完成了上述提及的三个插件的设置之后，我们可以右键点击「我的文库」，然后选择「导出文献库」，并且选择": 3, - "ibae": 3, - "的格式并": 3, - "eep": 18, - "updated。导出到": 3, - "指定目录（）去，注意文件名修改为英文。": 3, - "bib文件检查": 3, - "完成了上述配置和操作后，请注意检查，在目录下应当存在以下文件：": 3, - "yibrarybib：与": 3, - "文献库同步的": 3, - "文件，由": 3, - "插件导出并维持更新": 3, - "acsnanocsl：引文格式文件，用于生成": 3, - "acs": 3, - "nano": 12, - "markdowncss：html样式文件，用于将笔记导出为": 3, - "emplatemd：mdnotes笔记模板文件": 3, - "templatedocx：用于将笔记导出word文档的模板": 3, - "paperdocxpy：导出笔记为docx和html": 3, - "的python代码": 3, - "到这里，基本上所有的安装和配置已经弄完了，接下来我们就可以愉快地开始使用": 3, - "了。详见下一节开箱写日志。": 3, - "这个部分只是作为补充，但又有必要说，因为移动输入也是刚需。": 3, - "同时有": 3, - "ndroid": 3, - "版本的": 6, - "app。所以如果电脑不在身边，您完全可以使用手机撰写日志。此部分内容预估分钟。": 3, - "下载安装移动版obsidian": 3, - "苹果的应用商店可以直接搜索到": 3, - "obsidian，可以直接安装。对于普通安卓手机用户，或许也可以从应用商店下载，但是我使用的华为手机鸿蒙系统的应用商店没有，所以自己在网上找的": 3, - "apk": 3, - "手动安装。": 3, - "安卓版obsidian：bsidianapk": 3, - "下载移动版obsidian模板库": 3, - "由于手机app与部分插件不兼容，而且手机app中一般仅作为随手日志的用途，所以在此教程前面所提及的模板库上进行了精简，仅保留了您已经掌握的「写日志」和「写草稿」的工作流程。您可以在": 3, - "elease": 6, - "页面中搜索「mobilevaulttemplate」找到压缩包下载解压即可。如果您查看的是本教程的草稿版本，那么下方的文件链接是有效的：": 3, - "obsidian移动客户端轻量模板库：mobilevaulttemplatezip": 3, - "因为有着相同的「写日志」工作流程，使用此页体积的轻量级模板库之后，能够与电脑上的": 3, - "库在操作上和内容格式上尽可能保持一致。": 3, - "连接手机并传输文件": 3, - "手机安装好": 3, - "之后，您可以把「轻量模板库」中的内容复制到手机内部存储中，比如我放在": 3, - "目录中并重命名为": 3, - "sheldon。": 3, - "打开ault并完成初始化设置": 3, - "打开手机上的": 3, - "obsidian，第一次使用需要一些同意协议和权限，修改界面语言。同样地需要关闭安全模式以启用第三方插件。": 3, - "如上图左所示，为了丝滑地使用": 3, - "命令（在任意区域下拉即可唤起），您还需要设置快捷命令。手机操作界面仍然分为三个部分，虽然竖屏只能显示一部分，但是左右滑动可以切换。": 3, - "手机客户端的内容编辑": 3, - "与之前介绍的「写日志」流程一样，您可以使用": 3, - "命令快速记录下闪念笔记。也可以从日志中创建其它草稿。": 3, - "与电脑客户端不同，手机客户端提供了快捷输入栏，方便您创建双链、插入图片以及设置文本样式等等。另外您也可以通过手机输入法提供的「语音转文字」输入功能快速写入文本。": 3, - "手机内容同步至电脑": 3, - "移动客户端仍然把所有资料存储于手机本地，而云同步是付费服务。但是考虑到桌面客户端使用的完整模板库内容更加庞大复杂，我并不推荐您使用云同步的方式解决此问题。": 3, - "正确的做法是手动定期同步。我建议您只把": 3, - "作为补充性质的临时记录工具，仅在不得不需要记录而电脑不在身边的情况下使用。": 3, - "我个人的做法是，一般当天写": 3, - "摘要之前，就会直接把手机日志或草稿中的内容复制粘贴，通过微信发送到电脑，然后粘贴到桌面": 3, - "库中。": 6, - "有些童鞋可能会采取": 3, - "split": 18, - "的方案，日志什么的统一放到手机上写，而其它部分放到电脑中。这种方案我也曾尝试过一段时间，感觉非常割裂。它使得「一切从日志出发」的理念无法丝滑地实现。所以我也不建议。": 3, - "当日志和草稿积累起来之后，我强烈建议您每周定期整理小结一次。所以这就是我们下一章节的主要内容了。": 3, - "花了一个多小时来写这个玩意，但是作为第一节，可以作为后面章节的模板，": 3, - "所以构思了一下内容逻辑和内容布局样式，不过总的来说还是值得花点时间的。": 3, - "此部分内容主要是下载所需的软件、插件和模板，估计耗时分钟。": 3, - "安装": 9, - "截至目前（年月日）仍然是开源免费的笔记软件。": 3, - "它可以在": 3, - "indows、inux、mac多种系统平台上使用。虽然它也有移动设备版本，但是考虑到个人知识库的": 3, - "heavy": 3, - "的特点，我仍然建议您以使用桌面客户端为主。本教程以": 3, - "indows": 9, - "操作系统为例展开，其它操作系统大同小异。": 3, - "另外": 9, - "也有一些付费功能，如果您有发布和云同步的需求，可以购买使用。": 3, - "请您先不要理会网上一大堆关于「双链笔记」的说明，「双链」这个概念现在咱们还用不着理会。": 3, - "官网": 3, - "盘，而无需担心长时间使用之后": 3, - "盘空间不足的情况。": 3, - "obsidian模板库下载": 3, - "本教程以": 3, - "「obsidianvaulttemplateforresearcher」为模板库展开，此模板库目前由本人维护，它整合了「写日志」和「文献阅读」工作流所需的一些插件和功能，并完善了相应的配置，最大程度降低了初学者的使用门槛，力求达到「开箱即用」的地步。": 3, - "您可以到": 3, - "仓库下载最新的": 3, - "release": 15, - "本人将资料库存放于移动固态硬盘中，并将硬盘盘符自定义为，然后将资料库解压存放于目录下，并把该": 3, - "重命名为": 3, - "。您可以按照个人喜好选择存储方案和仓库命名。后续模板库路径均以为例。": 3, - "更新请注意": 3, - "对于已经使用该模板库早期版本的用户，一般而言，由于涉及修改的文件主要是插件配置代码等与个人资料无关的内容。您可以直接下载最新的": 3, - "覆盖之前的库进行更新。但是请注意": 3, - "文档中的说明，如果您自己有自定义的流程或插件配置方面的修改，则不建议更新。": 3, - "是老牌的文献信息管理软件，同样是开源免费，而且多平台可以使用的一个工具，它的功能与": 3, - "endnote": 3, - "mendeley": 3, - "等软件类似，都可以在写论文时插入参考文献，但是更加强大。截至目前（年月日），zotero": 3, - "版本号已经到": 3, - "，与之前最大的区别在于提供了内嵌的": 3, - "阅读器。": 3, - "官网下载软件包后同样默认安装即可，因为占大头的": 3, - "附件我们后面会指定存储到": 3, - "zotero插件下载": 3, - "中提取高亮注释。请下载最新的": 3, - "中提供的后缀为": 6, - "的文件。": 6, - "笔记。目前原作者已停止开发支持，但「青柠学术」（微信公众号：qnscholar）提供了兼容": 3, - "版本的插件": 3, - "百度网盘": 3, - "eiy（如失效请联系我获取）。": 3, - "插件使用。请下载最新的": 3, - "如果您是在": 3, - "obsdian": 3, - "中查看本书的草稿，那么下边的附件链接可以右键点击，然后选择找到这三个插件的本地备份文件。我目前使用的就是这些版本的插件，暂时还没有什么问题。": 3, - "mdnotesalphaxpi": 3, - "anaconda安装与配置": 3, - "一些自定义功能依赖于": 3, - "脚本代码实现，建议下载安装": 3, - "anaconda": 15, - "（清华镜像源）并将其添加到环境变量（安装时全打勾）。": 3, - "使用cmd命令行工具安装以下": 3, - "模块：": 3, - "`bash": 27, - "conda": 27, - "activate": 24, - "base": 144, - "pip": 6, - "install": 12, - "pyperclip": 12, - "bibtexparser": 24, - "虽然包含了大量所需的模块，但本模板库内使用的代码还需": 3, - "以支持粘贴板交互和读写": 3, - "文件。": 9, - "安装与配置": 3, - "也是一个免费开源的工具，主要功能就是提供文件格式转换。比如我们可以把": 3, - "格式的文件，通过pandoc导出为": 3, - "文档或者可以断网独立访问的": 3, - "页面。您可以到pandoc官网下载适合自己操作系统的安装包。一路默认安装，并注意添加到系统环境变量。": 3, - "安装结束后，可以": 3, - "cmd，输入命令`pandoc": 3, - "version`": 3, - "查看安装信息。本教程用到的": 3, - "版本信息如上图所示。": 3, - "当你已经完成了": 3, - "的安装，下载了指定的模板库并解压到您喜欢的存储介质和地址，如，接下来，在使用之前，您还需要一些简单的设置建立": 3, - "之间的联动。详见zoteroobsidian联动配置。": 3, - "周小结可以说是写日志做笔记中最重要的一件事情了。": 3, - "对于写日志做笔记这件事情，如果不定期整理，提取概括关键有效的信息，过了一周就会乱成一团。": 3, - "本周事务表": 3, - "您可能会注意到在": 3, - "左侧目录文档树中，内存在一个": 3, - "本周事务表，里面仅仅填写了一些看不懂的代码，但是如果使用预览模式却能看到对本周创建的草稿内容的一个汇总。这样可以对本周做了哪些「大事」，还有哪些事情没有完成，能做到一目了然的效果。": 3, - "如上图所示，由于草稿创建后自动在": 3, - "目录下生成文件，然后草稿的很多": 3, - "可以作为元数据被": 3, - "dataview插件": 3, - "抓取。这里我通过一个": 3, - "提取了草稿的文件名、标签、摘要和最后修改日期。在预览模式下，当鼠标悬停于文件名时，还能够激活局部预览。": 3, - "这里涉及到使用": 3, - "插件对相关内容进行整合和显示。由于": 3, - "插件使用较为复杂，我不推荐大家入门阶段就去了解和掌握。有基础的童鞋可以直接跳转后边的内容👉ataview": 3, - "数据查询增强。": 3, - "创建周小结": 3, - "还记得我们「一切从日志出发」的宗旨吗？（参见obsidian撰写草稿从日志出发撰写草稿）": 3, - "创建周小结同样是从某一天的日志出发。我个人喜欢在周五进行小结，因为周六要开组会，需要提前梳理一下各方各面的事情。大家可以根据自己的事情情况，固定一周的某一天用于创建周小结。": 3, - "您可以在当天日志的某条": 3, - "之后，按召唤": 3, - "命令面板，并点击": 3, - "，就会在这条track之后插入周小结的链接，并自动按照每周小结模板创建新的页面，存放到": 3, - "目录中，最后帮你跳转到这个新建的周小结页面。": 3, - "周小结内容结构说明": 3, - "上图截取了每周小结模板内容。周小结分为五个部分：": 3, - "frontmatter，": 3, - "中的内容请在周小结完成后填写补充。（参考obsidian撰写草稿frontmatter）": 3, - "日志汇总，是对最近一周日志内容的聚合展示，在预览模式下可查看信息表格。": 3, - "需要您对本周事务表中已完成部分表格进行截图并粘贴，然后在自此执行`uickdd": 3, - "命令以自动归档。这个操作会清空中状态为": 3, - "的草稿，并将它们按照草稿": 3, - "frontmatter中": 3, - "的值转移到指定目录。": 3, - "zscr": 3, - "本周小结，": 3, - "可以从工作生活学习多个方面，分条概述情况。如果有小组会报告的需求，可以从此处创建一个新的草稿，就命名为，然后在新的草稿内以": 3, - "的方式撰写幻灯片用于小组会展示（参见后续内容在obsidian中写幻灯片）。": 3, - "后续安排，一个小结主要是回顾和展望，所以简单罗列下后面一周的安排吧。": 3, - "周小结是对日志的总结，以此类推，每月总结是类似的操作，这里不再赘述，您只需要在": 3, - "命令面板中找到": 3, - "，然后在约定好的每个月的某一天的日志": 3, - "中插入即可。": 3, - "自己每周的小结可能包含很多个人隐私的内容，而关于工作部分的周小结通常是需要分享汇报的。所以我们有着做幻灯片展示的刚需。下一个部分的内容就详细介绍如何制作": 3, - "幻灯片。": 3, - "写日志可以非常简单，就是一个按键的事情。": 3, - "在安装配置完成后，您可以打开模板库开始撰写第一批日志了。": 3, - "用obsidian打开模板库": 3, - "当你第一次打开": 3, - "obsidian，务必打开自己已经解压并重命名好的模板库，如": 3, - "就这一次，obsidian": 3, - "会记录位置。下次就会自动打开这个库。": 3, - "关闭安全模式": 3, - "如果你是第一次打开带有大量第三方插件的模板库，obsidian": 3, - "会弹出提示，询问你是否要关闭安全模式，请务必关闭，否则插件不能使用。": 3, - "修改界面语言": 3, - "第一次使用": 3, - "默认界面是英语，你可以在首选项（左侧边栏最底下的小齿轮）中，进入到关于": 3, - "进行修改，如上图所示。我相信由于我使用中文撰写的教程，应该用户估计以汉语为母语的为多数，改过来还是方便一点。": 3, - "用户界面概览": 3, - "然后你会看到如上图所示的总体软件界面，看上去有点复杂，很多按钮面板什么的。我们暂时都不用理会，这里只是放上来让大家有个整体印象。": 3, - "创建日记": 3, - "一个快捷键就够了，请按，它会唤起": 3, - "的下拉菜单面板。直接点击进行当天的日志记录。": 3, - "此时会弹出一个多行输入的窗口，你可以写上一段话。作为某种闪念笔记。或者记录当下的任何内容。点击「」之后，日志流程被启动，今天的日志页面会被自动按照设定好的模板（日志模板）创建出来。而刚刚输入的内容会被添加到日志页面的": 3, - "你可以使用快捷键": 3, - "跳转到今日的日志页面，也可以直接点击日历进入。可以看到，这种闪念记录，以时序列表的方式被记录下来，还带有时间戳。": 3, - "日志结构介绍": 3, - "日志页面结构上主要分为三大部分，从上到下分别是：": 3, - "front": 9, - "matter（前言）：记录了这个日志的一些": 3, - "metainfo，比如自动填充的日期（date），标签（tags），摘要（excerpt）以及评分（rating）。": 3, - "：主要是今天要做的事情。将光标至于末尾直接回车会新建一个今天的小任务。如果任务已经完成，光标至于该任务item所在行，按快捷键": 3, - "即可自动打。": 3, - "!新建todogif": 3, - "racking：用于记录闪念笔记吧，随便写，按照时间顺序排列。": 3, - "完善日志信息": 3, - "在一天结束之前，我强烈建议您花五分钟回顾一下今日日志记载内容，并在": 3, - "中完善相关信息，比如标签（tags），摘要（excerpt）以及评分（rating）。这样做有利于后续的信息聚合整理流程（参见每周定期汇总小结）。": 3, - "把日志当朋友": 3, - "当一天结束，您可以清楚地看到自己今天完成的事情以及分时记录的各种内容，看一看回顾一下，是否会产生某种充实感呢？": 3, - "当然了，即便今天很多时候在摸鱼，在不受控制地放纵自我，只要你如实地定时地记录了下来，这种反思与回顾也能够帮助你尽快走出困境。": 3, - "此外也要注意「过犹不及」的情况：如果你啰里啰唆整天正事不干，总是在日志里输入一些没有营养的内容，而不去解决真正实际的问题，日志如果会说话恐怕就要嘲笑你了。根据我的经验，每天不超过条": 3, - "，每条": 3, - "不超过": 3, - "字是比较合适的（平均一小时一条）。": 3, - "总之，您完全可以把这个": 3, - "当作是最值得信赖的朋友，请畅所欲言，不要有丝毫顾忌。因为所有的数据都存储于本地，您拥有对它的绝对控制权。": 3, - "写日志就是这么简单，日积月累，积少成多，当日志变多了之后就可以写周小结。周小结再次进行汇总又可以是月总结。不过接下来，您需要掌握一些基础的markdown语法和编辑技巧，以便撰写出图文并茂的笔记。": 3, - "恭喜入门obsidian": 3, - "一天时间写完第一章，主要还是靠整理之前的笔记吧。": 3, - "从我昨天下午决定开始写一本关于": 3, - "使用的书，打算用三个月的时间。结果到今天中午就完成了第一章「obsidian入门」的主要内容，也就是一天的功夫。所以说很多事情真的是要趁热打铁才效率高。（写论文要是有这个效率早就起飞了😂）": 3, - "这第一章本来按照我的规划，只有三部分内容：先谈谈安装配置，然后讲一下写日志，读文献。但实际写起来了，我基本才写完「写日志」这部分的内容，就已经用掉七节了。所以说大纲也不要太当真，更重要的是内容安排是否合乎实际。": 3, - "没错，我基本是从初学者的角度，边用边写（所以span": 3, - "style\"backgroundcoloryellow\"读者请跟着一步步操作即可span）。要说比较繁琐的地方，就是这一套下来的各种安装配置。我估计一般对电脑不大了解的童鞋，在第一节第二节就会被一个接着一个的下载安装配置给劝退。": 3, - "没办法，免费开源又好用（会才好用🙄）的软件工具最大的缺点就是不够傻瓜。而且在本教程中利用到的不仅仅是一个": 3, - "obsidian，而是": 3, - "等一群开源软件和插件组成的工具链。（详见软件下载安装）": 3, - "这个工具链中任一单独的软件都无法提供独立而完整的高效方案，以解决科研工作者在学术研究活动中对电子资料进行统一便捷管理的需求。所以我以": 3, - "为核心，有机地整合这套工具链，服务于span": 3, - "style\"backgroundcoloraabb\"「写日志」和「读文献」两大基础工作流span。": 3, - "工具链的整合是有相当高的门槛的，不仅需要你有丰富的计算机使用经验（包括编程），还需要对日常工作流程和信息管理有深入的理解。你可以理解为：原始的": 3, - "是一把用料扎实的粗胚大剑，而在本教程中经过工具链的加持，它或许已经开锋，成为一把解决科研工作者电子资料管理的利剑。": 3, - "所以，请耐心和细心阅读，一步步地完成第一节（软件下载安装）和第二节内容（zoteroobsidian联动配置），这个无聊、繁琐的阶段一旦迈过，接下来的内容将变得极其简单。": 3, - "你将会看到，写日志（开箱写日志））也就是一个按键的事情，你可以完全专注于内容，而无需理会日志的格式要求。你也会感受到以每日日志为核心出发创建草稿（obsidian撰写草稿）的流程便捷。至于周小结（每周定期汇总小结）、幻灯片（在obsidian中写幻灯片），都是非常简单的事情。说白了，会打字就行。": 3, - "另外，考虑到移动输入的刚需，我还准备了手机客户端obsidian如何使用的补充内容（使用手机撰写日志），可以方便用户临时以及随时记录日志。当然了这里我再次建议，移动端obsidian仅仅是作为一种补充手段，主要还是以桌面客户端": 3, - "对个人": 3, - "库进行操作。": 3, - "一章七节，再加上这段凑字数任意发挥的「本章小结」，我觉得字数篇幅上已然足够了。而且内容上也已经相对完整。当你会写日志、写草稿、写周小结和搞幻灯片之后，可以先坚持用它一两个星期，跟": 3, - "培养培养感情。再进入到下一个阶段。": 3, - "拥有了第一章的写书经验，下一章我打算专注于介绍": 3, - "如何具体服务于科研活动。比如实验记录、文献阅读笔记、试剂清单管理甚至论文草稿撰写等等。相信了有了": 3, - "入门基础。进阶到具体业务层也会更加轻松。": 3, - "对于非科研工作者，第二章或许对您仅有借鉴意义。您可以结合第三章（插件篇）和第四章（自定义代码）内容了解如何针对一个": 3, - "specified": 3, - "配置相关插件甚至自己写代码脚本实现所需功能。": 3, - "黑曜石玩家指南": 3, - "verview": 27, - "!黑曜石玩家指南书籍目录": 3, - "尝试对光漂白的台阶曲线做分析": 6, - "网友提供的": 3, - "stepfinder": 9, - "我觉得是分析这个": 3, - "intensity": 21, - "trace": 33, - "台阶曲线的非常好的工具。不过参数上有一些需要注意的地方，然后分析结果除了数出台阶数目来，其它的一些信息不是那么好懂。": 3, - "另外从这个结果来看，也只能从台阶的高度，台阶的长度，大致地计算这个荧光分子的一些参数性质，这个就只能等以后有时间有需求再研究了。": 3, - "数据说明": 3, - "今天帮潘莉做了一个cy荧光分子的单分子荧光漂白曲线。拍摄参数是": 3, - "通道激光，曝光时间是": 3, - "ms。在这个条件下似乎得到的漂白台阶曲线比较合理。她的样品是六个": 3, - "连接到一起的，每个上都有一个cy荧光分子。样品制备也比较简单，取出干净的confocal皿，打一下plasma，然后直接把样品溶液滴加上去，很快就能够吸附了。用成像采集单分子数据。": 3, - "数据读取": 3, - "我使用": 3, - "mage": 12, - "将原始数据": 3, - "lif": 33, - "文件读取出来，然后设置": 3, - "x": 717, - "的矩形": 3, - "圈选中合适的": 3, - "spot，然后": 3, - "lot": 6, - "xis": 3, - "rofile，这个时候会得到一个丑陋的图，可以保存数据到": 3, - "csv": 3, - "然后到": 3, - "jupyter": 18, - "lab": 6, - "中直接打开大佬提供的": 3, - "笔记本，用": 3, - "函数读取我们自己的数据。接下来就是几个重要的参数的说明了：": 3, - "data：一维数组，也就是intensity的值": 3, - "resolution：采样频率，为": 3, - "dt，其中dt为每帧实际时间": 3, - "filtermint：过滤台阶的持续最短时间，可以设置为一帧的时间": 3, - "dt": 3, - "filtermaxt：建议是倍的dt，过滤用": 3, - "expectedminstepsize：最小的台阶高度，intensity的落差": 3, - "基本上我修改以上参数，就可以得到正确的分析结果。": 3, - "代码整理": 3, - "`python": 138, - "mport": 6, - "necessary": 9, - "modules": 6, - "functions": 6, - "import": 288, - "matplotlib": 9, - "matplotlibusemoduleipymplbackendnbagg": 3, - "numpy": 30, - "np": 30, - "os": 54, - "pyplot": 3, - "plt": 12, - "software": 9, - "sys": 27, - "syspathappend": 3, - "sf": 3, - "ythoncoredisplay": 3, - "display": 3, - "display\"stylecontainer": 3, - "width": 18, - "!important": 3, - "}style\"": 3, - "oad": 3, - "your": 6, - "data": 189, - "pandas": 15, - "pd": 15, - "pdreadcsvcsv": 3, - "resolution": 66, - "lendatadatasecmax": 3, - "dataeanvalues": 3, - "parameters": 9, - "for": 1083, - "filtering": 12, - "finding": 6, - "steps": 18, - "filtermint": 6, - "filtermaxt": 6, - "expectedminstepsize": 6, - "values": 84, - "additional": 12, - "filtertime": 6, - "filternumber": 6, - "number": 30, - "edginess": 6, - "float": 3, - "expectedmindwellt": 6, - "stepsizethreshold": 6, - "equal": 3, - "adapt": 3, - "constant": 6, - "stepfinderresult": 3, - "fig": 21, - "sffilterfindanalysestepsdata": 3, - "paddatarue": 3, - "verboserue": 3, - "plotrue": 3, - "step": 33, - "finder": 3, - "result": 6, - "sfplotresultstepfinderresult": 3, - "simulatedsteps": 3, - "figshow": 9, - "这个stepfinder的工具代码非常简短，这里直接附上。!stepfindermasterzip": 3, - "后记": 3, - "把这个工具分享给了戴哲泽师弟，毕竟他是我后面单分子成像的第一接班人，还是要用力培养。但是这小子显然已经有些依赖了，什么不懂就来问题，不知道自己先搜索一下。详见下图。": 3, - "无非就是一个": 3, - "“nable": 3, - "find": 6, - "vcvarsallbat”": 3, - "的问题，网上到处都是答案。": 3, - "计划帮丁龙江做个单分子成像": 6, - "他们有一个材料，是滚筒折纸，直径大概": 3, - "nm，里边套着一个nm的纳米金，纳米金其实是参考邓兆祥他们的方法做的密修饰的球形核酸，上面除了的spacer，还有个的linker，可以跟折纸桶内延伸链杂交。据说这个东西产率较高，但是如果想继续往上面连接小金球就比较困难。他们推测除了位阻效应，也还有静电排斥，因为折纸和纳米金表面都是带负电的。他们希望通过这种单分子成像的手段判断金球对筒状折纸内部位点的影响。后面再通过一个什么，多巴胺聚合生长的方法验证空间位阻效应（因为小分子不同于小金球）。": 3, - "我听完表示实验可以做，但是意义和价值（值不值得去做）依然是需要进一步思考的。另外我限定了初步实验的边界，建议刚开始就做三组实验，两个空桶，一个桶装纳米金。然后延伸链位点一个是在空桶边缘（对称），一个是在空桶中间。装了纳米金的放到中间去。": 3, - "!ssetsxcalidrawrawing": 9, - "excalidrawmd": 9, - "做这个实验，我还想到了之前看的两篇文献，一个是纳米金对于荧光的影响aab，另外一个就是对这种桶装折纸做ickham。": 3, - "可以给对方推荐跟细胞微管一样的docking": 3, - "sequence：": 3, - "origami": 96, - "参考第一次细胞微管超分辨成像实验vmjs，其实跟trauss文献中是一致的。": 3, - "计划周五做两个空桶折纸的，比较频率差异，注意使用的": 3, - "nt": 24, - "的，lexaluor标记，搞个marker，就用": 3, - "nm": 198, - "的荧光小球": 3, - "marker放到，浓度可以搞大点。注意跟丁龙江确认下折纸的伸出位点。然后拍摄的时候用": 3, - "ms": 75, - "曝光时间，的激光功率。制备样品就用confocal皿打plasma的方案。": 3, - "周五的实验取消了，因为丁龙江只在桶上伸出了一根链，这种拍起来会很慢，而且不一定能拍出来。他按照我说的均匀分布伸出了六条链，计划下周一拍一下，我预约了白天点到点，还可以拍点别的样品。": 3, - "今天正式开始做实验，先拍两个样品。": 3, - "滚筒折纸样品，伸出六条docking链，anorop定量": 3, - "n。": 6, - "：延伸链在桶内部中间": 3, - "：延伸链在桶的边缘": 3, - "imager，戴哲泽购买的。已分装，浓度定量原液是": 3, - "u，稀释倍后使用。": 3, - "的荧光小球（），稀释": 3, - "倍使用。": 3, - "所以最终": 3, - "的体系中，折纸样品，imager": 3, - "和荧光小球的用量，buffer": 3, - "·g（": 9, - "m）如上图所示。最终折纸样品": 3, - "p，imager": 3, - "使用的": 3, - "confocal": 120, - "皿为新开的（），打": 3, - "plasma": 18, - "一分钟。加入样品后估计要静置半个小时后才能拍摄。": 3, - "拍摄参数：": 6, - "激光用于": 12, - "marker，": 9, - "imager，曝光时间为": 6, - "ms，使用的右侧": 6, - "s，xx，拍摄一次需要": 3, - "分钟，产生数据": 3, - "结果": 12, - "这组条件下拍摄的信号质量还不错。": 3, - "结合频次经过手动圈选个左右近似滚筒的来看，在分钟内差不多都是": 3, - "次多一点。也跟一般的结合动力学接近。说明筒状折纸本身的静电场作用并不影响": 3, - "mager": 60, - "与其内部延伸链的结合。另外，滚筒状结构还是没能拍出来，说明": 3, - "nm直径的圆环也很难搞出来。": 3, - "后面丁龙江打算放一个金球进去再拍拍看。预约了": 3, - "上午的": 3, - "这次只拍摄一个样品，是筒状折纸中间连接了纳米金球。参考上次的实验，但是混合样品的时候使用的buffer的g离子浓度是需要调整的。因为": 3, - "g离子可能导致材料在混合的过程中就发生了聚集。所以得先铺板，然后置换为含有高镁离子浓度的": 3, - "imaging": 387, - "solution。这样就保证了跟前面实验的条件基本一致了。": 3, - "取新confocal": 3, - "皿（）打": 3, - "分钟。": 6, - "将折纸纳米金（割胶回收纯化后nanodrop根据纳米金吸收测定浓度为": 3, - "n）用低盐": 3, - "buffer": 69, - "稀释到": 3, - "p，取": 3, - "u": 738, - "加入到": 6, - "皿中，室温静置分钟。（此处可以多准备一个，做个孵育时长备份，比如": 3, - "min，": 3, - "hr）。": 3, - "使用微流控装置缓慢吸除": 3, - "buffer，然后直接添加": 3, - "solution（": 9, - "n，绿色": 3, - "的荧光小球做": 3, - "镁离子），流速": 3, - "umin。": 3, - "将样品放到显微镜载物台上，找到焦面，查看情况，若有必要则静置分钟后再拍摄。": 3, - "s，xx，拍摄两次。": 3, - "拍摄顺序：先拍摄的": 3, - "号样品（加了金球，延伸链在桶边缘），再拍的号样品。": 3, - "需要准备的试剂材料": 3, - "confocal皿两个": 3, - "低盐buffer，丁龙江提供": 3, - "新鲜水，用于清洗微流控装置": 3, - "m），成像": 3, - "solution": 57, - "imager（用之前已经稀释好的，": 3, - "n，）": 3, - "ellowreen": 3, - "luophere": 3, - "微流控漂洗方案": 3, - "使用不含材料的buffer进行漂洗，": 3, - "umin": 3, - "的流速，一边灌注，一边抽取，搞次即可完成未吸附材料的去除。": 3, - "实验结果": 15, - "可以看到": 3, - "样品整体上能够被": 3, - "出来的结构就多。这个可能是因为它的延伸链在边缘更容易被结合所致。进一步分析若干单点的结合频次即可看到显著差异。": 3, - "这个结果说明连接金球之后，确实影响了内部的位点的「活性」。后续可以尝试直接提取代表性的": 3, - "intensitytrace。这个事情就算是做完整了。": 3, - "实验": 57, - "`ccard": 24, - "type": 33, - "folderbrieflive": 24, - "imagerefix": 24, - "notenly": 24, - "card": 24, - "用于纳米结构表征": 3, - "文章写作": 3, - "此文主要由戴哲泽负责素材（包括文字和图片）收集整理，李茜负责文字修改润色，我负责插图制作的指导和其它文字细节部分的把关。": 3, - "为了方便，把草稿从": 3, - "转录至": 3, - "obsidian，并将相关参考文献转换为双链，也算是对相关文献的一个综合，后续通过这篇文献就能够很快追溯回去。另外也可以对整个文章做一个检查。": 3, - "n": 243, - "many": 12, - "biological": 18, - "systems": 18, - "genetic": 3, - "information": 21, - "stored": 3, - "nucleic": 108, - "acids": 27, - "hese": 3, - "biomolecules": 9, - "have": 108, - "most": 9, - "predictable": 3, - "programmable": 15, - "interactions": 24, - "among": 3, - "molecules": 81, - "either": 6, - "natural": 6, - "synthetic": 12, - "ones": 6, - "wning": 3, - "their": 24, - "unique": 9, - "binding": 90, - "specificity": 12, - "remarkable": 3, - "thermodynamic": 3, - "stability": 24, - "been": 33, - "utilized": 6, - "powerful": 3, - "material": 6, - "construct": 3, - "functional": 6, - "nanocomposites": 3, - "ith": 6, - "nanotechnology": 9, - "pioneered": 3, - "by": 333, - "eeman": 9, - "on": 828, - "’s": 3, - "numerous": 3, - "acid": 90, - "nanostructures": 93, - "designed": 15, - "assembled": 9, - 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"电脑作图i": 6, - "ersion": 6, - "作图文件：": 6, - "cheme": 6, - "ai": 129, - "先把要素搞上：热涨落驱动（波浪线），不同大小的四面体，随机运动（箭头方向），扩散系数差异（箭头长短），界面结合。。接下来就是怎么弄得更加清楚，更加好看，我想着能否做成": 3, - "的，能够与众不同也是可以的。": 3, - "作图记录": 3, - "先整个基本要素出来（赛道图），剩下的就好说了。": 3, - "这里主要是进一步完善和美化作图，前面提到的thermal": 3, - "fluctuation": 18, - "driven，autonomous、binding": 3, - "cycle等关键词（escription": 3, - "otion），我都高度浓缩到一个圈圈里边了。然后右侧展示了我们的": 3, - "readout，也就是检测到的": 3, - "event": 3, - "是怎样的。注意，我们并不能观测到颗粒的运动轨迹。": 3, - "体现运动的随机性": 3, - "茜姐给了我一些回复，我部分采纳。她叫我从赛道的概念中跳出来，其实这只是一种形象的说法，只是用于比较。至于同起点，同时间的误解，我也尽量避免。因为我的想法是“居中对齐”的，也就是把各自结合事件按照结合的状态时刻进行对齐。而这种对齐其实是没有问题的（类似于归一化，相对时间）。": 3, - "其实这里绘制轨迹，才是真的容易误导别人，意味我们能够看到单颗粒运动轨迹。": 3, - "相关i软件技巧": 3, - "，快捷键，按住lt放置旋转中心，trl可重复操作": 3, - "，快捷键，按住lt放置缩放中心": 3, - "ntensity": 9, - "race": 9, - "可以先画一个，复制五个，然后依次横向拉伸不同比例，然后使用": 3, - "绘制随机路径": 3, - "这个得用": 3, - "来完成，而且可以根据": 3, - "的情况来挑选合适的轨迹。": 3, - "随机路径生成": 3, - "def": 237, - "andomwalkn": 9, - "here": 6, - "require": 6, - "xposition": 3, - "starting": 3, - "origin": 9, - "yposition": 3, - "range": 27, - "nprandomuniform": 3, - "if": 222, - "less": 9, - "move": 6, - "up": 9, - "nprandomrandint": 12, - "moving": 12, - "direction": 9, - "greater": 3, - "down": 6, - "xpositionappendx": 3, - "ypositionappendy": 3, - "return": 120, - "xpositionyposition": 3, - "绘制渐变色折线": 3, - "matplotlibcollections": 6, - "ineollection": 6, - "matplotlibcolors": 6, - "istedolormap": 6, - "oundaryorm": 6, - "matplotlibpyplot": 9, - "colorlineplotx": 6, - "frame": 39, - "cmapviridis": 6, - "figsize": 6, - "对单条曲线上渐变色": 6, - "nparrayx": 12, - "nparrayy": 6, - "dydx": 6, - "nparrayframe": 6, - "yreshape": 6, - "segments": 6, - "npconcatenatepoints": 6, - "axis": 9, - "axs": 6, - "pltsubplotsfigsizefigsize": 6, - "lc": 6, - "ineollectionsegments": 6, - "cmapcmap": 6, - "used": 33, - "colormapping": 6, - "lcsetarraydydx": 6, - "lcsetlinewidth": 6, - "line": 18, - "axsaddcollectionlc": 6, - "figcolorbarline": 6, - "axaxs": 6, - "axssetxlimxmin": 6, - "xmax": 6, - "axssetylimymax": 6, - 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"挑战：纳米机器人的运动受到随机布朗运动的严重制约，现有方案包括添加化学反应引擎或施加物理场作用，均难以实现自主持续的可控运动。": 3, - "创新点：反其道行之，利用布朗运动的尺寸效应（by": 3, - "）实现对自主结合运动的调控。": 3, - "展望：有望呈现智能调控纳米机器人运动调控的新策略。": 3, - "adinfo": 3, - "备注": 9, - "标题中要突出一些关键词，比如框架核酸，纳米机器人，然后自主结合运动等等。不过": 3, - "这个词似乎用得有点弱。": 3, - "重要性，不可无限延伸，先默认开发智能高效的纳米机器人是很重要的，但是这个机器人有什么用不必讨论。那么对于这个问题里面，子问题是如何调控微观运动，注意调控和": 3, - "modulate": 3, - "对应上了。": 3, - "挑战，跟其它已有的方法相比，我们的特点还是这三点：自主、持续、可控。可控是框架核酸编码带来的，自主和持续是跟物理化学方法相比的。": 3, - "创新点，从策略上讲，大量的工作在对抗随机布朗运动，而我们的工作，包括生命体系本身，其实都是在利用布朗运动来实现高度有序的分子相互作用网络。": 3, - "背景介绍": 3, - "这个就是对前面提出的重要性，挑战和创新性的一个扩充。哪些文献证明了重要，哪些文献可以看出依然存在所谓的挑战，然后又是基于哪些文献你创新性地提出了一个想法。总之这里就是文献关，一定要找高水平的文章。": 3, - "存在的gap": 3, - "ize": 3, - "是否真的影响了扩散系数？？虽然有文献，但是有数据更好！tuhjg": 3, - "后面我们还是决定用荧光相关光谱成像来测定这个。": 3, - "新的想法": 3, - "对标文章erling主要是模仿计算机领域，用高级编程语言封装底层的汇编代码，从而简化器件设计，降低门槛。我们也可以说是模仿预编译过程，实现对纳米机器人的运动模式的静态控制（有点像静态的编程语言，如），而无需实时地去控制robot在体系中运动（有点像动态编程语言，如python）。好处就是简单和节能，缺点就是不能实时控制。所以我把目前的调控方式，形容为预编译控制nanorobot的运动，precompilingao。总体整下来我觉得这个文章估计能发": 3, - "cience": 21, - "obotics，或者": 3, - "ature": 15, - "ommunications": 6, - "的样子。": 3, - "理论基础": 3, - "基于扩散系数的方程（tokesinstein": 3, - "elation），扩散系数跟液体剪切力，以及颗粒半径成反比。所以理论基础非常扎实，而无需": 3, - "inspired": 9, - "phenomena": 3, - "inside": 27, - "cells（见": 3, - "pptx）。evanyiesrey": 3, - "rownian": 24, - "otion": 21, - "utonomously": 6, - "hermal": 12, - "driven": 9, - "size": 60, - "machine": 12, - "programmably": 3, - "perfect": 3, - "monodispersity": 3, - "precisely": 3, - "controlled": 24, - "reversible": 33, - "calculated": 12, - "molecule": 54, - "level": 6, - "zeta": 3, - "iffusive": 3, - "inding": 27, - "distribution": 21, - "pplication": 12, - "performance": 12, - "继续修改工作项目": 3, - "!李茜工作汇报pptx": 3, - "主要是得参考学习整理和汇报工作中左小磊老师的样子，弄一个五分钟内让人非常明白的，能够留下深刻印象的": 3, - "powerpoint。其中最大的值得改进的地方在于数字化的描述和简单直白的比较，以及比较酷炫抓人眼球的图片。": 3, - "前两天李茜又重新提了一下这个，希望我能把相关实验数据填充完整，我拖了她几天，天天晚上九点就发消息来催，其实我压根没干。这种感觉很不好。但事情总归是要做的。而让我觉得棘手的根本原因，就是平时没有把数据整理好。": 3, - "而没整理好又是因为自己整个博后器件，先是ypora，后来是iote，到现在obsidian，换了三种工作流程了。虽然软件搞了很多，但是资料却越来越分散，无端增加了我整理数据的难度。后面在obsidian中，重要的实验结果，还是要单独整合到一个文件夹或者给一个独特的标签或者干脆一个页面中去。": 3, - "其实完全可以参考一篇文章的架构。一篇文章对应一个project，也就是一个文件夹；然后这个project中会有一些文献调研或者课题思考的东西，就是子目录": 3, - "introduction；至于实验记录就可以放到": 3, - "中，包括各种买试剂耗材之类的；然后实验结果和数据分析都放到": 3, - "results。": 3, - "从现在就开始这样干。一个工作一个工作地整理。": 3, - "内容就是整理结果数据，然后分为已完成课题和正在进行中课题emporal": 3, - "barcode，已搞到已有数据整理中，此处closed。": 3, - "安排和的sm和补充实验": 6, - "sm实验方案": 3, - "准备两个片子，采用": 3, - "exchange": 30, - "的方式先ss，再。建议在载物台上连续操作，减少平衡所需时间。": 3, - "实验组：、": 3, - "对照组：ss": 3, - "浓度均为": 3, - "界面封闭": 3, - "微流控、flow": 3, - "chamber、biotinvidin、流速umin": 3, - "组分": 3, - "浓度体积": 3, - "处理": 3, - "时间min": 3, - "mgm，": 6, - "incubate": 9, - "wash": 21, - "p，": 3, - "ss": 42, - "n，": 6, - "成像条件": 3, - "s、ms、、": 3, - "frames": 12, - "一个样品拍摄两个视野": 3, - "ashing": 3, - "buffer：x": 6, - "ween": 24, - "maging": 153, - "·g": 15, - "绿色荧光小球（nm，稀释倍）": 3, - "实验方案": 3, - "今天制备纯化（）了所有的imager，趁热打铁把做了。": 3, - "基本同": 3, - "操作，注意": 3, - "点": 3, - "p": 192, - "孵育": 9, - "min（添加了绿色荧光小球，g离子浓度": 3, - "m）。然后成像时使用": 3, - "激光，": 6, - "帧拍摄。": 3, - "然后": 6, - "ss、、、、、、、": 3, - "通过xchange的方式连续在一个片子中拍摄。每次换一个视野。wash使用": 3, - "的buffer": 3, - "冲两遍。flow": 3, - "容积大概就": 3, - "u。因为数量太多，每个样品只拍摄一个视野。": 3, - "拍完一个系列之后，再换上": 3, - "ss，可以静置等到次日早上再来拍摄，看看样品的稳定性如何。": 3, - "开组会的时候直接用超算平台，命令行的方式处理戴哲泽已经上传上去的数据，简单看了一下结果：": 3, - "是第一个拍摄的，信号质量还不错，样品比较密。最后一个也拍的": 3, - "ss，两者对比可以发现，多轮": 3, - "之后（时间也很长），背景似乎升高了。可能是imager非特异性吸附和折纸结构破坏。": 3, - "contrastinfo": 3, - "zoom": 3, - "max": 3, - "onepixelblur": 3, - "后面拍摄的、、、、": 3, - "都还能看到一些结构，但是很弱。到了": 3, - "效果更差一点但还是有。": 3, - "注意平衡时间（分钟）": 3, - "注意吹打样品，减少在管中的吸附（后续可以使用ppendorf的": 3, - "oind的离心管）": 3, - "可以稍微再调低一点折纸铺板的密度": 3, - "戴哲泽他们又做了一遍，折纸铺板密度是": 3, - "p，但是第一次": 3, - "离子浓度忘记调整，还是原来的，总之就是没拍出来四面体的。后来是把": 3, - "调整到": 3, - "左右，激光功率从": 3, - "下降到": 3, - "注意这里是两个样品一组": 3, - "一个": 3, - "flow": 12, - "来做的。总共用了": 3, - "个片子。": 3, - "和的实验": 6, - "这次测试了个样品，董老师那边的": 3, - "lexaluor（": 3, - "n）作为基准，然后我们提供的": 3, - "以及": 12, - "（均稀释到": 3, - "n）。拿数据很快，接下来可以照着之前的方式（详见荧光相关光谱拟合）处理一下。": 3, - "扩散时间": 3, - "!png": 3, - "可以看到这次测试的，染料和ss对照跟上次的数值相比都比较接近，但是四面体却不在区间内。": 3, - "四面体合成表征情况": 3, - "!合成表征png": 3, - "从胶图和成像的结果来看，四面体合成的问题不大。": 3, - "相关曲线比较": 3, - "!correlationurvepng": 3, - "把前后两次的的荧光相关光谱都放到一起，然后看扩散系数，这次补的和确实要比和小。": 3, - "结果分析": 6, - "一方面可能是不同材料批次造成的，另外一方面也有可能是季节环境温度变化所致（温度低分子扩散速度减慢）。考虑再同时做一批。": 3, - "再做一次": 3, - "发现趋势还是有，而且": 3, - "纯染料跟": 3, - "的测量数值都比较稳定，但是": 3, - "就不大稳定了。另外从另一个单颗粒亮度的统计来看，加了之后，颗粒的亮度也是下降了的（详见戴哲泽小组会分享）。": 3, - "补充订购其它大小的imager": 6, - "让戴哲泽补充设计订购了": 3, - "，后者类似于采取了split": 3, - "的方案。": 9, - "想补足同时查看尺寸和扩散结合频次的关系双": 3, - "轴作图中的数据点，之前让戴哲泽师弟设计一下，他给忘了，昨天提醒他才把这个事情搞定：": 3, - "!imager序列大全xlsx": 3, - "昨天下单订购，估计要元旦后才到货。": 3, - "photon": 12, - "rate": 18, - "上图是": 3, - "picassosimulate": 3, - "模拟出来的两个数据，左侧": 3, - "，右侧是，在相同contrast下，明显可以看到右侧似乎出现了更糊的状态，而且有“减速”的效果。": 3, - "然后再比较一下光子数，可以看到最后产生的光子，也呈现这种倍比关系：": 3, - "说明这个本质上还是说明我们采集到的光子数太少了。然后在相同的threshold下，每帧localize出来的spot": 3, - "也会变少。激光功率是可以调整的，但是直接测量实际功率然后跟人家文献里的比较一下也可以。": 3, - "我搜索了一下激光功率测量仪，国内有公司代购而且有现货": 3, - "我感觉测量激光功率也是治标不治本。我后面有空可以尝试分析以前的一些数据，各种不同功率的，包括界面吸附lexa的，都有。看看到底是个什么情况。": 3, - "实验方面，我让戴哲泽师弟可以去尝试一下调节激光功率：": 3, - "然后得到的结果其实没有太大变化，不过好在他做了好几组条件（终于上道了），通过分析，我觉得": 3, - "浓度还要放低，然后曝光时间要拉长。": 3, - "但是再去做实验也比较费时费力。所以我建议他尝试对原始数据做时间轴上的": 3, - "bin处理，因为他最后一个": 3, - "曝光的其实成像效果是最佳的。这个原始数据是": 3, - "raw": 36, - "格式，所以我是时候把": 3, - "文件的": 3, - "模块交给他了。": 3, - "分析": 6, - "同时查看尺寸和扩散结合频次的关系": 6, - "边长使用理论计算值，扩散时间、结合频次使用实验测定结果。结合频次其实有两个来源，一个是": 3, - "sm，一个是": 3, - "，都搞一搞。": 3, - "的理论计算": 3, - "搜了": 3, - "aston": 3, - "拿诺奖的关于": 3, - "双螺旋结构的": 3, - "文章，得知一个碱基步长是": 3, - "埃（": 3, - "nm），旋转角度是": 3, - "度，认为": 3, - "个": 9, - "bp": 12, - "就是一周。": 3, - "所以当不考虑顶点处，理论上四面体的边长应该为：": 3, - "ample": 9, - "ength": 3, - "olumn": 3, - "adii": 3, - "ol": 3, - "四面体的体积公式": 3, - "frac{": 3, - "times": 21, - "h}{}，参考百度知道。": 3, - "至于棱长为": 3, - "的正四面体的外接球的半径，其实为": 3, - "frac{sqrt{}": 3, - "a}{}。参考知乎装逼大佬推导。": 3, - "的分子量信息可以把具体的序列输入到": 3, - "补充材料中了，以此为准。upportingnformationdoc": 3, - "`dvanced": 3, - "ables`": 3, - "插件支持简单的公式计算，具体教程参考。": 3, - "双": 3, - "轴作图": 3, - "从这个图来看，如果扩散时间越长，那么碰撞结合的概率应该越低才对，但实际上看到的反而是这种越大的颗粒具有越高的界面结合频次。我估计这个数据要重做，最好是用": 3, - "纯化之后的": 3, - "来搞。🔥": 3, - "横坐标是棱长，纵坐标分别是扩散时间和结合频次。这个在": 3, - "中作图非常方便，但是添加": 3, - "error": 21, - "bar": 6, - "的时候遭遇了一些困难，后来查资料，总算让我把": 3, - "的作图的操作逻辑给捋顺了。": 3, - "另外我的": 3, - "电脑originab": 3, - "是盗版的，所以偶尔会出现防伪水印。但还是把这个数据分析工程文件放进来，算是一个很好的教程。": 3, - "作图": 12, - "尺寸扩散结合的关系opju": 3, - "不同大小的颗粒的扩散时间xlsx": 3, - "不同大小的四面体的分子量xlsx": 3, - "戴哲泽的贡献": 3, - "!libxlsx": 3, - "计算了不同大小的imager的扩散速度。": 3, - "帮忙设计和、和。": 3, - "统计汇总框架核酸分子机器的结构参数": 6, - "这个事情可以让郝亚亚帮忙，但主要还是我来完成。": 3, - "祖传方块折纸的biotin修饰链序列设计": 3, - "!origami上做biotin修饰docx": 3, - "郝亚亚又来找我问": 3, - "picasso": 69, - "系列的方块折纸的序列情况，那个是中间挖了八个孔，每个孔附近有": 3, - "修饰的伸出链。然后有一个": 3, - "的伸出位点，我都已经设计好了的。": 3, - "链伸出有两个": 3, - "spacer，序列是：": 3, - "我当初买这套链就是当作标准样品来搞的，所以混链全部混进去就行。骨架链选择。": 3, - "小组会": 24, - "小组会讲篇别的非成像类的文献，比如链置换。": 3, - "loop": 12, - "链置换": 9, - "先转录再链置换": 3, - "nput": 6, - "链和": 3, - "eporter": 9, - "链（封闭态）都是需要转录出来": 3, - "预封闭的": 3, - "reporter": 6, - "包含自切割的ibozyme序列": 3, - "不同配比链置换反应效果": 3, - "共转录情况下nput到倍过量就完全置换": 3, - "output读取": 3, - "链置换产物r可以进一步用链置换读取": 3, - "逻辑门构建": 3, - "如门，就是体系中同时转录两种预封闭的reporter": 3, - "放大器构建": 3, - "和逻辑门一样的套路，放大效果显著": 3, - "逻辑门串联无压力": 3, - "leaky的情况不算严重，且与模拟结果吻合良好": 3, - "ibozyme序列": 3, - "多余的部分会影响链置换吗？": 3, - "读后感": 3, - "似乎多一点尾巴不影响链置换": 3, - "二级结构的选择感觉很有技巧": 3, - "这周还是稍微讲下文献吧！": 3, - "文献汇报": 9, - "projectfolder": 27, - "组会汇报": 3, - "控制": 3, - "的数量和": 3, - "的长短来调节闪烁频次制作": 3, - "font": 15, - "color\"yellow\"kinetic": 3, - "barcodefont。ade": 3, - "跟我们想实现的效果可以说是一模一样。": 3, - "频率编码的好处就是": 3, - "color\"yellow\"simultaneous": 3, - "detectionfont。": 3, - "此文能够同时做成色成像。": 3, - "三倍的结合位点数量差异": 3, - "→": 6, - "闪烁频次分布显著差异": 3, - "长度差异": 3, - "结合时间分布显著差异": 3, - "三种染料颜色，": 3, - "五档": 3, - "产生": 3, - "种": 3, - "kinetic": 3, - "barcode": 42, - "原始数据看上去背景同样很脏。": 3, - "由于整个方块都成了单一颜色的barcode，不涉及样式图案，直接聚类鉴别。": 3, - "的四种可频率区分的组合": 3, - "用「结合时间」对「闪烁频次」作图进行聚类分析": 3, - "requency": 3, - "ncoding": 12, - "一点也不新鲜": 3, - "对做任何技术优化都不讨好": 3, - "的频率控制仍有新意": 3, - "频次聚类数据分析可借鉴": 3, - "药物转化与投资": 3, - "方法学发不了好文章，但可以做好应用。cart疗法（细胞疗法），cd，治愈肿瘤。此疗法是经验化的方案而非药物。没有用量，没有代谢半衰期，没有传统一个商品的概念。cart是个人化的治疗方案，一个人一次生产线，效率低下。": 3, - "用抗体模拟cart的功能，cd，直接用这个抗体，副反应非常强，器官衰竭。医药领域曾经灾难，年。细胞因子风暴，如何控制？免疫学认知进步，计量控制。": 3, - "用了三个抗体连到一块，cc，年专利，单抗，一块多钱一针的成本。细胞和细胞的相互作用，多个位点的相互作用。个纳米的细胞间距。突触间隙nm，让抗体把t细胞跟肿瘤细胞拉得足够近。": 3, - "!jpg": 6, - "在人体上的实验效果也很显著，cd，cd，taa三种抗体。": 3, - "科学研究水平国内外差别不大，但是做事情做工程做转化的能力差了二三十年。t细胞干掉肿瘤细胞的模型。目前双特异性抗体通常是靶向癌细胞表面抗原和细胞表面蛋白质复合物。": 3, - "这种三特异性抗体增设了靶向细胞表面蛋白的靶点。是一种共刺激受体，可以正向调节细胞活化。当抗体与结合后会驱动蛋白clx的表达。抗体连接改造是个技术活（或许可以用折纸作为这种linker？": 3, - "ideas": 12, - "）。分子量较大，主要靠细胞内吞和蛋白酶降解，而非肝肾途径。血液半衰期h。": 3, - "!apriljpg": 3, - "元和原点，总部在苏州，国内较早的生物医药创投基金，规模亿。专利评估和技术转移（转行第一站）新技术距离应用太过要选，去高新技术园区看看大家干了什么，去调研基金风投都投了什么项目，了解得知什么项目能获得投资。根据调研，得识贵人，天士力资本。": 3, - "听下来，创业做公司还是有很多事情。投资当然也有很多风险。技术型人才创业，一定最好有好的商业伙伴。": 3, - "听报告": 6, - "文献大组会": 6, - "新生自我介绍，周高昂，湖北襄阳，": 3, - "武汉大学。做毕设到明年四月份。程嘉宁，武汉大学，黑龙江牡丹江。": 3, - "曹晓婕讲了一篇单分子成像观测单个离子通道的工作atel。": 3, - "给戴哲泽演示": 3, - "冯灵玉，si，drug": 3, - "delivery，nanocarrier": 3, - "段沐林，治疗性寡核苷酸。": 3, - "李子慕，多肽与信息存储，质谱读取信息，香港理工。": 3, - "陈倩，核酸适配体修饰了氨基，可以与羧基反应，结合到沙门氏菌上，靶向肿瘤细胞表面受体，然后去杀肿瘤，谭蔚泓大作。eihong": 3, - "潘改芳，cience": 3, - "，，，小螃蟹，序列编程改变宏观水凝胶形状，软体机器人。": 3, - "学习整理和汇报工作": 3, - "左老师这个ppt报告的特征，首先就是有明确的数字信息，基于数字的这种比较（而不是基于语言文字的描述）。虽然这些数字怎么来的我看不懂。另外一个显著的特点是会有一些抓人眼球的图片，虽然这些图片很多时候让人不明就里。总之这个就是只涉及到小学数学的逻辑判断（简单）和只管贴图和标题（粗暴）。": 3, - "这种报告显然是跟樊老师或者说组里的风格高度适配的，非常适用于浅层的，或者说大局上宏观上的工作价值和逻辑判断。他把所有的细节尽可能地折叠了，留待后续更为细致的交流（可能）。这个是值得学习也是我一直在努力的方向，只是我没想到可以粗暴和不严谨（但因为有数字你也不能说人家不严谨）到这种程度（有点报喜不报忧甚至是隐藏致命缺陷）。": 3, - "因为我对于多色成像和条形码多少也了解一点，尹鹏的": 3, - "metafluorophore": 3, - "还余音绕梁呢oehrstein。但是他却跟人家年的工作相比in，我再想他这个无非就是一个所谓的不对称连接，把四面体当作碳原子一样可以连接成任意想要的拓扑结构（理论上）。事实上折纸做": 3, - "tile": 3, - "反而是更成熟的，而且未来说不定还可以搞三维的。至于所谓的控制精度到": 3, - "nm，这个你也拍不出来啊。人家一个折纸就可以是色，如果是再做成任意的": 3, - "tile，就更不得了。如果你是": 3, - "metafluorophore，或许人家搞不过你，但是这个时候你也就不存在所谓不对称连接了，因为你多连接几个就突破了这个大小。": 3, - "不过考虑到这次是联合实验室很多小老板齐聚一堂的工作汇报，时间上应该很紧张，大家的知识背景或多或少是不一样的，所以这个简单粗暴的其实是最为观众考虑的。": 3, - "!左小磊ub": 6, - "nanometer": 15, - "asymmetrically": 6, - "draftpptx": 3, - "reportpptx": 3, - "深圳分析化学年会展报": 3, - "学术会议": 3, - "年月日到日，在深圳大学丽湖校区举办分析化学年会。": 3, - "按照组里的要求，一般就是得做一个展报。我打算用之前那个膜包纳米金的迁移性胞吐工作来搞（注意跟陈楠老师沟通一下）。这样会省掉很多事情。眼下已知的就是要干两件事情：": 3, - "提交论文摘要，注意参考相关要求使用模板。": 3, - "论文摘要撰写说明doc": 3, - "论文摘要模板docx": 3, - "制作展报，同样也有要求。": 3, - "除了上面两样事情，还有一些杂务：": 3, - "在组内填写参加学术会议申请表，发送给李明强老师，可能还有钉钉？": 3, - "附表": 3, - "参会申请表汇总docx": 3, - "订购往返机票以及住宿": 3, - "注意查看组内相关要求，保留报销凭证，方便后面报销。": 3, - "另外也可以借此机会，到深圳湾实验室侯尚国师兄那里看看什么情况。⭐": 3, - "膜包金的迁移性胞吐": 3, - "那就快速地搞起来，~~然后": 3, - "poster": 3, - "啥的可以发陈老师一份。~~（估计也没有这个必要），人家会觉得我过分小心了。": 3, - "ell": 141, - "igration": 6, - "ediated": 9, - "xocytosis": 6, - "old": 36, - "anoprobespdf": 3, - "论文摘要深圳分析化学年会纳米金迁移性胞吐doc": 3, - "在会议提交论文的时候还需要作者的比较详细的信息，单位、邮箱、电话什么的。后面注意保存这些信息。": 3, - "搞一下工作简报": 6, - "实验室内部，博士后和小老板汇报工作有一个模板：": 3, - "然后我需要把之前文章新的逻辑框架oijuyd的内容稍作修改，制作一版新的，还可以参考之前的博士后工作汇报（博士后项目汇报谢晓冬pptx）。": 3, - "我干脆制作了一个内部工作汇报模板pptx，如果后面要继续做这类工作汇报，就可以直接使用了。": 3, - "初步的成品如下，可以睡好午觉之后让茜姐看下并做修改：": 3, - "工作汇报": 3, - "她认为关于展望部分中，包括「变形金刚」和「集群纳米机器人」的部分都是粗提，纯粹是一种可能性。而「信息读写加密」是一个需要进一步讲清楚的部分。所以这个部分再单独说说。快速搞几张。这对我来说就是一个考古过程，因为弄这部分内容距离现在已经比较久远了。整理信息读写加密部分的思路和数据": 3, - "谢晓冬": 6, - "ccsclass": 3, - "文献分享": 3, - "class\"asidehide\"斑马鱼胚胎s": 3, - "微观尺度机械力作用在胚胎发育和疾病发展中的重要作用逐渐被发现。": 3, - "基底膜较厚时，癌细胞无法穿透，": 3, - "发展成良性肿瘤。": 3, - "洛克菲勒大学的发育生物学家lan": 6, - "odrigues说，力和基因的关系是个关键问题。这不仅是皮肤癌的问题。他说：“力学中的深层问题其实是力与分子有什么关系的问题。”": 6, - "eizo触觉受体发现者，诺奖得主。": 3, - "年cienceoste，首次发现iezo蛋白和功能。": 3, - "发现细胞能够响应不同大小的压力产生电信号。": 3, - "对个基因筛查找到高表达的跨膜通道蛋白。": 3, - "piezo": 9, - "基因（红色）脱颖而出，": 3, - "且多种敲除也验证成功。": 3, - "很多物种都有这个piezo基因表达，": 3, - "器官组织中，膀胱、肺和背部神经节都高表达。": 3, - "蛋白的结构示意图aotome：": 3, - "当细胞膜形变过大时，开口打开，阳离子可通过。": 3, - "郑浩然，自限自组装（胶体金）kinetically": 3, - "controlled，两种类型的纳米晶，对纳米金颗粒的有序组装做出了贡献？不同尺寸的瓜环。ature": 3, - "hemistry": 21, - "谢瑶，eftanded": 3, - "，是什么因素导致形成左旋构象的？左旋机制。因": 3, - "的糖苷键呈顺式，不仅使旋转方向发生改变。而且使": 3, - "残基位于分子表面。左手螺旋如何克服染色质的螺旋扭转力。": 3, - "李宇，相分离，染色质，加盐可以使染色质在体外发生相分离，形成球形液滴。另外两个核小体之间的spacer长度也可以影响。高等整合生物的这个spacer更长。可以阻止乙酰化。乙酰化难以相分离。先分别表达跟核小体，然后混合到一起。": 3, - "罗小骞，离子晶体限域（a，，离子晶体，乙醇挥发析出的颗粒，可能存在各向异性，有aptamer吗？），限制发色团，抑制其非辐射跃迁，从而产生高产率高窄度的蓝色磷光，在材料中可能有用吧。": 3, - "吕慧，模板在生物学合成很重要，这里搞了一个handle策略，模板会脱落，起到催化作用。andholdediated": 3, - "isplacement。似乎是什么效率或者duration提高了十倍？far": 3, - "equilibrium。链置换在ynamic": 3, - "anotechnology中非常重要，感觉最后有可能引入蛋白，就像核糖体和": 3, - "t那样。感觉跟有点关系。handhold": 3, - "nt。⭐分钟整个体系反应完毕": 3, - "文章主体大纲解析": 6, - "为了高效地与人讨论文章的脉络，需要整理出来一个的。尤其要注意，这个不是拿去做演讲的，而是用于讨论的。所以逻辑上和内容上要足够完整。": 3, - "第一页放标题，以及重要性、挑战、创新点和展望。开门见山，提纲挈领，后面就是围绕这个展开。": 3, - "接着用三到四页做背景介绍，讲清楚关键问题中的一些概念，以及现有的一些方法之类的。": 3, - "然后是对标的文章，这个一定要找准。因为这个既是比较的对象，但更是模仿的对象。特别是文章的逻辑脉络。然后就是照着这个脉络，在概念上逐一对应地呈现自己已经拿到的实验数据。": 3, - "可以看到，这里主要就是": 3, - "legend，然后还有简单的小标题说明事情。基本上就是": 3, - "的图示版本。": 3, - "审稿": 9, - "帮樊老师审稿，了解了一堆衍生物，具有更好的稳定性。": 3, - "首先放上pdf稿件：": 3, - "然后开始撰写审稿意见，由于看下来是个很基础也比较扎实的工作，没啥巧功夫，所以直接放行接收。：": 3, - "manuscript": 3, - "cellular": 69, - "uptake": 12, - "biodistribution": 6, - "metabolism": 3, - "excretion": 3, - "threose": 3, - "novel": 30, - "kind": 3, - "derivatives": 3, - "inherited": 3, - "baseparing": 3, - "feature": 3, - "good": 6, - "resistance": 9, - "blood": 9, - "serum": 3, - "degradation": 3, - "owing": 3, - "alphathreose": 3, - "oreover": 3, - "maintained": 3, - "efficient": 15, - "make": 9, - "therapeutic": 18, - "agent": 9, - "etailed": 3, - "supplied": 3, - "measure": 6, - "penetration": 6, - "ability": 3, - "multicellular": 6, - "spheroids": 3, - "similar": 9, - "tumor": 15, - "microenvironment": 6, - "unveiling": 3, - "micrometer": 3, - "depth": 3, - "came": 3, - "albc": 3, - "mice": 3, - "animal": 3, - "model": 33, - "both": 12, - "biosafety": 3, - "promising": 9, - "attractive": 6, - "work": 6, - "provided": 6, - "solid": 6, - "vitro": 18, - "vivo": 21, - "materials": 9, - "paving": 3, - "way": 6, - "biomedical": 6, - "application": 6, - "suggest": 3, - "accept": 3, - "publish": 3, - "soon": 3, - "制定公用电脑管理方案": 6, - "软件计算机表格": 3, - "!机房计算机与软件清单xlsx": 3, - "公共电脑情况": 3, - "已有公用电脑": 3, - "台，其中": 3, - "台卓越性能工作站，": 3, - "台高性能台式机。": 3, - "公共电脑管理和使用计划": 3, - "拟成立【计算机管理小组】，对公共电脑进行：": 3, - "统一重装": 3, - "win": 6, - "工作站版本系统或": 3, - "ininux双系统": 3, - "设立统一管理员账户，锁定系统配置修改和软件安装权限": 3, - "根据用户需求和电脑性能合理配置安装软件并维持公布软件说明文档（如下方表格）": 3, - "安装软件": 3, - "软件版本": 3, - "软件功能": 3, - "安装人员": 3, - "安装日期": 3, - "计算机名": 3, - "使用人员": 3, - "lender": 9, - "三维建模动画渲染": 6, - "陈二": 6, - "张三，李四": 3, - "王五，钱六": 3, - "之后，对于普通用户：": 3, - "用户需申请注册（原则上不超过台电脑），使用自己的用户名密码登录系统": 3, - "用户安装软件，需向【计算机管理小组】提交申请": 3, - "用户使用【卓越性能工作站电脑】需提前预约（看使用情况而定）": 3, - "计算机管理小组与分工": 3, - "计算机管理小组主要负责机房运行维护，主要内容如下：": 3, - "谢晓冬，负责机房初期总体建设安排与管理。": 3, - "段沐林，负责后期系统软件安装维护和权限管理。": 3, - "软件使用文档建设": 3, - "为实现软件使用方法技巧的有效积累和传承，拟使用": 3, - "oplin": 6, - "工具建设共享的软件使用文档，（不强制）要求软件使用用户提交相关作业的": 3, - "protocol。": 6, - "工作安排": 3, - "：查看机房电脑情况并汇总统计，重装系统和部署设置教学": 3, - "通知大家转移重要文件，征集软件需求，全面重装系统与用户注册": 3, - "后期：按需逐步安装软件，维护文档，按需更换或升级计算机软硬件": 3, - "摸清家底": 3, - "!机房电脑信息汇总xlsx": 3, - "因为已经到年底了，所以我们无法全面重装系统，这个只能是先跟大家通知一下，到月号之前，请大家跟网管联系，逐步转移走重要的资料。年底之前，可以进一步摸清电脑的情况。": 3, - "预装系统和软件": 3, - "可以使用ventoyentoy": 3, - "new": 15, - "bootable": 3, - "githubcom": 21, - "新一代多合一系统启动盘工具丨简而易网": 3, - "jianeryicom": 3, - "ine系统盘": 3, - "知乎": 24, - "zhihucom": 24, - "盘可以申购一个作为专用，": 3, - "高速固态盘金属闪存手机移动硬盘优盘": 3, - "中国红": 3, - "【图片": 3, - "价格": 3, - "品牌": 3, - "报价】京东": 3, - "jdcom": 3, - "注意盘的颗粒有三种，，就是特别经久耐用，但是容量不高。不过对于装机的盘来讲，就是要读的速度快，不会反复擦写。": 3, - "机房电脑管理盘说明": 3, - "可使用此盘安装（重装）系统和必要软件。强烈建议备份此盘中所有内容。": 3, - "系统镜像": 3, - "上海交大in中文版：建议安装工作站版本": 3, - "e：工具箱，方便故障修复": 3, - "anjarolinux：最受欢迎的linux桌面系统之一": 3, - "装机软件": 3, - "驱动精灵（网卡版）：方便安装完系统后装驱动": 3, - "z压缩工具：小巧精悍的压缩工具": 3, - "nipaste：方便使用的截图工具": 3, - "oplin：开源免费可同步的笔记工具": 3, - "eroier：虚拟局域网客户端": 3, - "entoy：制作本类机房管理盘启动盘所需": 3, - "应用软件（ptional）": 3, - "riginab破解版：常规数据分析处理所需": 3, - "：徕卡显微镜成像数据分析": 3, - "iji（mage）：开源图像数据分析工具": 3, - "dobe": 6, - "llustrator": 6, - "破解版：二维矢量绘图软件": 3, - "anab发票报销": 3, - "一般采购报销流程说明": 3, - "调研要买啥": 3, - "网站或销售询价报价": 3, - "钉钉申购": 3, - "下单购买，注意发票抬头、货期和收货人信息": 3, - "收货，做好存放记录": 3, - "收发票，化学品平台添加自购（如果是试剂）": 3, - "按实验室要求提交所有报销材料": 3, - "待报销内容": 3, - "报销归档": 3, - "年月中旬英潍捷基的订单：": 3, - "报销材料谢晓冬xlsx": 3, - "到化学品平台申购：asted": 3, - "发票清单pdf": 3, - "化学品平台的付款单，hermo荧光标记订单补pdf": 3, - "销售发送过来的电子发票，hermo荧光发票pdf": 3, - "高性能电脑需求及配置单xxddocx，在京东上买的，元，秘书徐丽凤当场就通过微信转账给我了，后面就是把发票发给她就行。注意发票抬头为上海交通大学，单张发票不超过，然后发票不要连号。": 3, - "内存条发票pdf": 3, - "电子发票pdf": 3, - "机械硬盘发票pdf": 3, - "申请上门安装主机docx，这样就省得浪费大家的时间，因为我确实有热情但是没时间，而戴哲泽师弟感觉他没有这个热情去组装一台电脑。记得工程师联系（最后不了了之，自己一个晚上搞定）": 3, - "固态硬盘发票pdf": 3, - "水冷发票pdf": 3, - "机箱电源显示器发票pdf": 3, - "显卡主板发票pdf": 3, - "钱，徐丽凤早就通过微信转给我，让我在京东上买了，所以就是要把这些发票都给她。后面她又要我提供了以下东西，说明报销起来还是有些麻烦的。": 3, - "电脑性能参数说明docx": 3, - "京东订单截图pdf": 3, - "报销购买一个移动保温箱": 3, - "报销nile": 3, - "red染料购买尼罗红染料，尼罗红电子发票pdf": 3, - "报销抗体，参考购买抗体和适配体，": 3, - "报销小型手提液氮罐，参考安排有用的confocal成像实验和教学计划去所里拿细胞": 3, - "报销生工订购的（核酸适配体及其它）": 3, - "小型液氮罐在京东上购买的，需要联系客服开电子发票，一般会发送到电子邮箱。其它发票基本到位了。": 3, - "抗体发票：asted": 6, - "便携式保温箱发票pdf": 3, - "尼罗红电子发票pdf": 3, - "液氮罐京东发票pdf": 3, - "生工月结发票：asted": 3, - "!报销材料谢晓冬xlsx": 3, - "然后四个试剂要到交大化学品平台去搞结算单，所以申购什么的，又要走一波。一般要到次日才能走完审批。另外我还发现之前一些报销我自己垫付的款项还没有到账。需要注意一下。": 3, - "然后跟秘书陈祚沟通了一下，发现是我自己没有看仔细，因为学校给打钱不会有备注，然后这个数额比较小。": 3, - "有四个试剂，这个是需要化学品平台的付款单，果然过了一天之后才能成功弄到手。注意得一个一个地点确认收货，然后加入付款夹，然后付款，然后打印付款单，真操蛋。": 3, - "付款单年月日pdf": 12, - "注意陈祚提示，付款单中供应商的名称最好是写全，不然财务处可能会打回。": 3, - "交大实验室细胞库建设": 6, - "主要是让周高昂师弟养一些细胞，知道细胞传代、铺板、培养、冻存和复苏等等操作。另外还发现细胞支原体污染严重（见核酸适配体验证实验支原体污染。这个事情慢慢来吧。": 3, - "之前在确定要培养的细胞检查细胞种类中已经大概知道了交大实验室这边有的细胞种类，而且在细胞微信群中建立了一个共享电子表格。后面可以逐步把这个事情搞起来，从头做好细胞库的建设。": 3, - "从赵海培处获得": 3, - "，状态尚可，目前培养在中皿，预计明天传代，可接种一个大皿，长到下周一，冻存一批。": 3, - "从潘改芳处获得": 3, - "，状态尚可，目前培养在大皿，预计明天传代，可接种三个大皿，长到下周一，留一盘给改芳，冻存一批。": 3, - "自己还冻存了两管": 3, - "，择期复苏。": 3, - "购买了便携式小液氮罐（见安排有用的confocal成像实验和教学计划去所里拿细胞），后面跟工程师还有所里的秘书预约，把还回去，然后顺带从所里拿一批细胞过来。": 3, - "将ep": 3, - "冻存了。每个冻存罐都只放了": 3, - "u。用的冻存液就是添加了": 3, - "的完全培养基（）。ep形态尚可，冻存了管；形态不佳，冻存了管。": 3, - "细胞消化后，离心，": 3, - "rpm": 6, - "min，然后用冻存液重悬，转移至冻存管（提前写好标记），然后放到碧云天的程序性降温细胞冻存盒中。把整个放到度冰箱暂存。离开细胞房带上，放到度过夜，次日转移到液氮罐中。": 3, - "冻存细胞遵循的是\"慢冻\"原则，主要是防止细胞在冻存过程中形成冰晶而对细胞造成损害。通常冻存液中加入二甲基亚砜也是为了使细胞内的水降低冰点以防止晶体形成。通常的\"慢冻\"是逐渐降低温度，如细胞在℃冰箱放置小时后转移到℃冰箱过夜，然后再转移到液氮罐中。更简单并且更优的选择是放入可逐步降低温度的装置如程序性细胞冻存盒内并放置在℃冰箱内，并且最好能确保冷却速度约为℃min。": 3, - "拍的时候用oechst染色，发现细胞可能存在严重的支原体污染，详见核酸适配体验证实验支原体污染，所以后面还是要严格注意细胞房的洁净制度。最好能戴口罩。消杀值日要做到位。无关人员尽量不要进入细胞房。": 3, - "直接加含有双抗跟支原体试剂之后，细胞直接死掉了，只能后面再复苏了。然后我跟周高昂师弟说后面ep和都暂时不养了，把ea养好，保种，然后染hoechst检查一下，然后看情况用支原体试剂。": 3, - "认真思考一下给本科生的大创课题": 6, - "要想解放生产力，做更多事情，人才是根本。所以我要尽可能利用机会，招募到靠谱的小伙伴。人招来了，当然也得对人家负责，而不是坑别人。所以我这边自己得有好的课题项目准备着。": 3, - "当然，所有给别人做的东西，都要服从我的整体布局。那么问题来了，我的总体布局是什么呢？这个又要结合整个anab实验室的大背景谈。三大方向，原子制造，计算我肯定都不行，所以我最终还是要落脚到智能化纳米机器人。当然我做的又跟葛志磊师兄有所区别，我其实是补全从分子到细胞这个区间。": 3, - "单分子成像和一些简单的纳米结构设计合成表征什么的，目前有戴哲泽师弟可用，所以也还好。接下来其实我需要有人帮忙养细胞，做一些细胞成像的实验。但是这个需要相关的靠谱的课题才行。这样的话，在分子细胞生物学上，至少做实验这块儿我是真正不用自己动手了。": 3, - "今年招的新生中，金仲超和谢瑶都来找过我，其它两位可能在等分配把。当然了，不管最后上头分谁到我这里来，我都是打算让ta做细胞。因为后续细胞实验我计划一定是要开展起来的。所以本科生大创也可以跟着参与进去。": 3, - "细胞实验，我们有的仪器就是": 3, - "confocal、还有一台活细胞长时程成像仪。特别是后者，我觉得需要真正利用起来，它是产生大数据的利器。所以最近一段时间，我可能要多看一下这方面的文章，活细胞长时程成像。然后寻找和纳米机器人相关的契合点，提出一个简单的方案来。当然了这个并不强求一定要上。": 3, - "因为相比较于开展细胞实验方面的课题，另外一个短期后就要开展的项目，比如用来做存储加密的事情，其实是更为成熟的。如果能够再来一两个帮手，我觉得就是很好的。可以给他们独立的小课题，然后刚开始的时候跟着参与到主课题上学习操作和技术，完成培训过程。茜姐建议我两件事情并成一件来做，大概就是这个意思。": 3, - "跟着我的研究生，可能我培养上更侧重实验方面，因为ta肯定是没有那么多课程压力，也确实存在学习实验技能的需求，有一定的时间保障来实验室。而对于本科生做大创，我更希望ta在调研文献、数据分析和作图上有更多的锻炼，作为一个长期的种子来培养。": 3, - "大创课题是面向本科生，那么就需要一些抓人眼球的，偏向概念性的题目。茜姐给我提供的选择是「计算存储」、「纳米机器人」。显然前者我目前还": 3, - "hold": 6, - "不住，所以还是得从": 3, - "纳米机器人来入手。": 3, - "当然了，也并非只能是纳米机器人，如果把细胞作为": 3, - "biohybrid": 3, - "micromotor也是可以的，相关的工作也不少，而且我们长时程活细胞成像在这个方面是有优势的。但是我基本确定这个等到后面再说了。": 3, - "整理一下本科生大创项目计划书": 6, - "课题名称": 3, - "纳米机器人在信息存储加密中的应用": 3, - "研究背景": 3, - "作为一种变革性分子材料，有潜力满足未来指数增长的信息存储需求，理论上可实现超低能耗、超高容量和超稳定的信息存储。目前已有大量研究尝试使用编码、写入、存储、加密和读取信息，为了进一步降低成本真正服务社会经济，信息处理等诸多环节仍需要很大提升。": 3, - "信息存储的成本将随着技术的发展逐步下降。与此同时，其市场化应用也将是渐进式发展的，一部分重要的需要长时间存档的信息将被优先利用存储起来。重要的信息在许多场景下需要被充分加密，以保证数据的所有权和安全性。": 3, - "的信息加密领域目前研究相对较少，其中以折纸纳米结构为代表，能够在存储信息的同时产生目前计算机无法暴力破解的密钥，充分保障了信息安全hanga。但是这类在纳米尺度的折纸存储的信息读取过程依赖于原子力扫描显微镜，因此速度缓慢且难以实现自动化。近期有工作提出将": 3, - "超分辨荧光成像作为一种新的折纸的信息读取方案，展现了良好的前景ickinson。": 3, - "主要内容与创新点": 3, - "纳米机器人是一类新兴的可编程的分子工具hubagere。通过的序列设计，能够精确控制多种属性，最终实现特定的功能。基于已有的研究基础，结合纳米机器人的可编程性，本项目拟提出一种全新的信息编码、加密、存储和快速读取的完整解决方案。主要包括以下内容：": 3, - "设计信息编码和加密方案": 3, - "合成加密折纸与加密纳米机器人": 3, - "利用纳米机器人读取折纸上存储的加密信息": 3, - "!schemerobotor大创jpg": 3, - "本项目的创新点在于：引入可编程的纳米机器人，实现从信息编码到读取多个环节上的信息加密。": 3, - "可行性": 3, - "樊春海老师课题组具有以下条件，使得本课题具有良好的可行性：": 3, - "强大的折纸和纳米机器人设计制造能力": 3, - "成熟的相关单分子超分辨成像技术平台": 3, - "丰富的信息编码、存储和加密方面的工作积累": 3, - "参考文献": 6, - "!本科生大创项目计划书docx": 3, - "制作一张图用作大创项目宣传": 6, - "接着认真思考一下给本科生的大创课题来弄，不过现在已经确定就是找帮手来弄纳米机器和信息存储加密的题目，就都还好说。": 3, - "在之前帮刘秉仪弄的致远计划的素材可以再改改就继续用好了。": 3, - "但是": 6, - "纳米机器，信息存储，加密，这些概念都要进一步体现和强化。": 3, - "!schemerobotorai": 3, - "时间不够了，本来我还想做个": 3, - "的，但是我想在下午下班之前弄好，所以最快的方式只能是在": 3, - "上修改了。": 3, - "我想画一个如上图所示的具有透视感的网格，可以到网上搜索一下。": 3, - "发现这个也难搞，然后时间只剩下半个小时，我无论如何要完成任务。": 3, - "!schemerobotor大创大创jpg": 3, - "注意要修改网格里边的颜色，得使用。": 3, - "茜姐说再找一些文献里的关于信息读写，加密，以及成像的好看图，重点是好看抓眼球即可，贴到下边，注明出处即可。": 3, - "找一点图贴上去吧": 3, - "交大的学生太幸福了，大创的项目计划书特么还是实验室提供的。我不知道，我这样做是否是值得的，就看后面会有怎样的回报吧。": 3, - "最后就找了最主要的两篇工作弄上去：": 3, - "报销抗体和适配体": 6, - "所有的报销内容直接转移到anab发票报销。": 3, - "上周购买抗体和适配体已经到货，抗体我已经放到度临时存放，再加上之前的尼罗红购买尼罗红染料，最近可以": 3, - "报销": 9, - "一波了。": 3, - "注意生工月结的发票还得等着。": 3, - "购买抗体和适配体": 6, - "⭐️⭐️⭐️": 87, - "参考计划imager基底面成像实验和框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案预实验方案小结，我感觉可以一起把东西都": 3, - "采购": 12, - "。除了抗体和核酸适配体序列之外，其它东西都考虑齐全，比如购买一个移动保温箱。": 3, - "比移动保温箱更重要的是": 3, - "培养基": 3, - "的情况下还能勉强活着。这个培养基可以问": 3, - "hermo": 24, - "的销售或者系统楼那边的同学看有没有，交大供货速度非常快。": 3, - "还有": 3, - "actin": 33, - "tubulin": 33, - "的抗体都可以买一下。不过活细胞实验我感觉短时间内做不成，首先得把这些的细胞超分辨给做出来吧。": 3, - "搜下大厂的抗体": 3, - "其实我知道的就三家，abcam，cst": 3, - "还有一家": 3, - "santa": 3, - "cruze。cst": 3, - "的用的比较多，国内都是优宁维代理的。": 3, - "这个抗体好贵啊": 3, - "要将近": 3, - "的购物地址。": 3, - "αubulin": 3, - "的购物地址": 3, - "总体感觉，我都可以买": 3, - "的蛋白，但是不知道能够做多少次实验。": 3, - "荧光标记的tubulin": 3, - "上还有一些荧光标记的tubulin，但都显示无货状态，所以自己弄下来搞": 3, - "反应似乎是势在必行的。": 3, - "我之前似乎已经购买过": 3, - "bsin": 6, - "的βubulin": 3, - "详见之前的日志。": 3, - "最终抗体购买方案": 3, - "叠氮化试剂和": 3, - "反应试剂盒还有": 3, - "biotin修饰的": 9, - "之前五月份的时候都已经买过了。就算我是要对": 3, - "做超分辨成像也还需要": 3, - "cylindrical": 3, - "lens。所以这些细胞内的蛋白包括": 3, - "actin，可以不着急做。但是这些东西我要归置好（度和度的冰箱空间，最好整个盒子），自己心里有数。": 3, - "我还是想着先用": 3, - "aptamer": 66, - "试一把细胞膜和膜蛋白的成像。抗体蛋白什么的先都可以买回来放着，但并不着急做。": 3, - "发现我已经有优宁维的网站账户，用户名是": 3, - "sheldonsinapcom，": 6, - "密码": 48, - "是xxd": 3, - "。这样下单购买就很方便了，不必微信找销售。": 3, - "再设计aptamer序列": 3, - "这些序列就直接找生工合成好了。账户是": 3, - "的手机号，": 3, - "edge": 15, - "浏览器已经记住了的。": 3, - "!生工引物合成订购表ptamerxlsx": 3, - "干脆买了生工的": 3, - "链，而且": 3, - "上的": 6, - "cy，和": 3, - "凑成一对，到时候还能看看": 3, - "。另外需要注意的是，生工推荐": 3, - "的序列使用": 3, - "纯化，所以我给ss": 3, - "加了一个": 3, - "注意这还只是预实验的东西，那个": 3, - "tension": 129, - "的其实就是一个界面上锚定的链，这个好说的，主要是界面封闭固定修饰这一套最好放到一块儿去弄。": 3, - "申购和订购": 3, - "生工直接网上下单了，优宁维的最后还是找的销售，等待回复吧。": 3, - "优宁维又给我找了个新的销售对接，说有现货，然后给我推荐了以下其它试剂，说是五件八折优惠。结果算下来价格严重超了，还给我搞错了一个。我就感觉这种促销的真的是，还好我不算太着急。最后又换成了一堆的试剂缓冲液，以及一只羊抗鼠g（bsin，absss），或许可以对鼠抗的做一下。": 3, - "帮李茜刷一下文章angew的格式": 6, - "!manuscript": 6, - "刷格式docx": 3, - "据李茜所说，是觉得插图问题最大，都是占双": 3, - "column，跟": 3, - "angew": 15, - "的风格不搭。其实这个可以参考": 3, - "的官方指导": 3, - "插图的时候注意，如果是在word中选择嵌入式插图，可能出现图片显示不全的问题。这个时候要设置段落为单倍行距，即可搞定。": 3, - "快速搞完，主要就是看图，绝大部分可以调整为单个column，最大宽度": 3, - "cm，图中字体使用": 3, - "arial，字号pt。另外是只能x，外加一句话描述，不超过个词。": 3, - "后面对面反馈只是审美差异，不想改。我尝试了一下，其实是word中排版很难搞，会造成大量的空白还无法调整。估计得找个模板重头开始写，然后在合适的位置插图。所以最后让他们修改了最后一个图，因为比较简单，做成单个": 3, - "column。": 3, - "刷格式": 3, - "replydocx": 3, - "所以这个事情的重要教训就是，作图的时候一定要注意这个尺寸，想好做成单": 3, - "还是双": 3, - "column，再调整布局和字号等等。": 3, - "important": 6, - "购买一个移动保温箱": 6, - "选购": 3, - "移动保温箱": 3, - "京东就有这样的移动保温箱，还要有温度计显示，送冰袋可以买一个。另外还可以搞一个热源来维持，或者自己搞一个袋子装热水。": 3, - "按照商家的说明测试，这个装满的热源，可以保温个小时，应该是足够的。": 3, - "内置物架": 3, - "保温箱选择": 3, - "的，外部尺寸是，所以还可以再买个小架子跟盒子，这样就可以放细胞培养皿了。": 3, - "搞一个这样的离心管架子可能就行了，主要是尺寸，基本上是可以完美地放进去的。高度可能不是很够。注意这种架子实验室可能比较多，甚至都未必需要自己购买。": 3, - "细胞托盘": 3, - "我感觉这个托盘的尺寸是比较合适的。": 3, - "但是想来想去，移动保温箱购买是送托盘和冰袋的，所以还好。": 3, - "最终购买": 3, - "注意修改电子发票的抬头为上海交通大学即可。": 3, - "申购报销": 3, - "!便携式保温箱发票pdf": 3, - "货物跟发票都已经到手，后面再一起报销。我感觉这个报销的事情，也可以跟ppt发布页一样专门搞一个页面来弄。具体采购什么就可以分开。就anab发票报销吧。": 3, - "购买尼罗红染料": 6, - "先看文献": 3, - "nile": 87, - "red，就是一种小分子，先看下文献中的情况，特别是做超分辨的。haronov": 3, - "文献是从": 3, - "nvitrogen": 15, - "购买的，买来无需纯化直接使用。所以这个方面还是得相信大厂啊。年许珂的工作anylchuk则是从": 3, - "sigma": 9, - "买的，也是买来就直接用。": 3, - "货比三家": 3, - "所以我在这个方面也别想着给实验室省钱什么的了，因为": 3, - "thermo": 3, - "跟其它国内厂商的价格真的是天差地别。": 3, - "最终我还是决定买": 3, - "red，因为它直接标明": 3, - "microscopy：": 3, - "申购下单": 3, - "发现": 6, - "的组内公共订购账户已经发生变更，": 3, - "，账户是": 3, - "lifengsjtueducn": 3, - "（已添加浏览器记忆）。使用这个账户购买能够便宜一点：": 3, - "到钉钉上申购之后，马上下单购买。": 3, - "sigma尼罗红购买确认单pdf": 3, - "配置": 6, - "ed": 51, - "染液": 12, - "red": 108, - "（sigma，）的分子量是": 3, - "，要配置到": 3, - "的水溶液（imaging": 3, - "buffer），储存液可以用": 3, - "溶解，一般储存液浓度是": 3, - "m，那么我买了": 3, - "mg，就要加": 3, - "的无水": 3, - "（sigma，），然后倍比稀释到": 3, - "μ（此为x，可稀释倍到缓冲液或培养基中，一般细胞培养基中浓度不超过）。所以买了": 3, - "mg": 15, - "还是很耐用的。": 3, - "arget": 12, - "onc": 3, - "mmol": 3, - "dd": 3, - "olume": 3, - "w": 48, - "gmol": 3, - "mole": 3, - "配制完毕后放到度避光保存。": 3, - "收到货之后登录sjtufanlabcom下载电子发票，": 3, - "fanlab。弄好了再到化学品平台添加自购。": 3, - "!尼罗红电子发票pdf": 3, - "疑似未报销发票": 6, - "师妹群里发了一个对账单，樊春海组": 3, - "对账单xlsx，我发现里边有我的名字，吓我一跳，感觉最近很久都没有买东西。然后赶紧到公共邮箱里边看看。结果发现最新一期的对账单根本没有我：": 3, - "然后我又到": 3, - "上看我的历史订单（dge浏览器都记住用户名密码了）": 3, - "发现也没我什么事情，所以这个估计跟我没有关系了。": 3, - "细胞传代和铺板": 6, - "穿实验服，戴手套，条件允许还需要戴口罩，带上晾干的小垃圾桶": 3, - "进入细胞房前，脱鞋，穿鞋套，穿防尘外套": 3, - "进入细胞房后，乙醇做手消": 3, - "检查超净台耗材情况并按需补充，放入垃圾桶，紫外灭菌min": 3, - "从度冰箱取出分装好的细胞培养基和缓冲液摄氏度水浴": 3, - "超净台灭菌结束，关闭紫外，开风扇吹散臭氧，注意远离避免氧化损伤": 3, - "取出预热的培养基和缓冲液，以及冰箱内的胰酶消化液，乙醇擦拭做表面消毒，再放入超净台": 3, - "从培养箱中取出细胞（以中皿ea为例），放入超净台，吸除旧培养基": 3, - "吸取": 6, - "缓冲液，轻轻漂洗细胞表面": 3, - "加入": 27, - "胰酶溶液消化细胞，一般": 3, - "分钟，新手注意显微镜观察细胞边缘，若变亮收缩即可": 3, - "新鲜培养基终止消化过程，": 3, - "离心去上上清，注意配平": 3, - "新鲜培养基重悬细胞，注意轻柔吹打": 3, - "细胞悬液到细胞计数板，进行细胞计数": 3, - "取出新的细胞培养皿（中号），加入": 3, - "新鲜培养基，再根据细胞计数结果，吸取细胞悬液，接种": 3, - "万细胞到新的中皿内": 3, - "轻微晃动中皿（次），使细胞均匀分散": 3, - "将传代完毕的中皿轻轻放入细胞培养箱，注意放置位置靠里靠边，避免被别人碰到甚至打翻": 3, - "细胞铺板（以confocal皿为例），按需求取用": 3, - "皿（玻璃基底）若干": 3, - "以": 3, - "mm": 30, - "型号的": 3, - "皿为例，需加入体积不超过": 3, - "的细胞悬液，以": 3, - "ea": 48, - "细胞为例，数量在": 3, - "万为宜，注意调整好浓度后再一次性加入皿中": 3, - "铺板结束后轻轻放入细胞培养箱": 3, - "细胞传代后一般放到培养箱中连续培养": 3, - "天；注意避免细胞密度超过": 3, - "新手养细胞建议每次都做细胞计数，对细胞的增殖能力有所了解；细胞培养箱要确保二氧化碳供应稳定，箱内水足够（不然细胞培养基很容易干掉）。": 3, - "实验结束后整理超净台，并用乙醇擦拭台面消毒；将取用培养基、缓冲液和其它试剂放回原处；将垃圾带走，固液分离，若存在生物污染风险，必须进行高温高压灭菌处理": 3, - "常规细胞实验方法整理": 6, - "细胞固定": 6, - "对于一般贴壁细胞的固定，常规使用多聚甲醛固定，操作非常简单。": 3, - "从恒温培养箱中取出细胞后，去除培养基，使用℃水浴锅预热的漂洗一到两次，注意动作轻柔避免细胞脱落。": 3, - "的多聚甲醛（），静置固定": 3, - "去除，加入缓冲液漂洗一到两次。": 3, - "如果是想微管结构保存更好，可以使用": 3, - "（体积比）的戊二醛（in": 3, - "）。": 3, - "ea细胞培养基": 3, - "培养基：实验室购买的这一款一般已经添加了": 3, - "谷氨酰胺": 3, - "的胎牛血清：实验室自购的，注意用滤头过滤添加到培养基中": 3, - "双抗：链霉素和青霉素，防止微生物污染，细胞房目前似乎没有": 3, - "微管超分辨成像的优化": 3, - "这部分工作主要安排给周高昂师弟。让他尽可能做出漂亮的细胞微管超分辨成像的样品。更重要的是掌握利用click反应连接和蛋白质这个技术。从目前的情况来看，他最好是拿标记的二抗来练手。": 3, - "先看看bintegrinbeta貌似快要用完了。可能要再买。然后抗体稀释液，还是买碧云天的吧，免得自己配置的": 3, - "非常容易长菌。然后做": 3, - "click反应的反应体系，要让师弟自己好好琢磨，别一次性就把抗体全嚯嚯干净了。": 3, - "需购试剂": 3, - "免疫染色一抗稀释液": 3, - "beyotimecom": 9, - "免疫荧光染色二抗稀释液": 3, - "多克隆抗体": 6, - "北京博尔西科技有限公司": 6, - "berseetechcom": 6, - "ubulin抗体小鼠单抗": 3, - "买的二抗是羊抗兔，一抗可以用之前剩下且分装好的bbetatubulinbiotin。": 3, - "鼠抗和兔抗": 3, - "目前，大多数用于实验应用的还是鼠单抗。然而，鼠单抗体系的发展严重受限于鼠的脾脏小和近亲繁殖。众所周知，兔有不同于人类和小鼠的免疫应答机制，当用外界抗原进行免疫时，兔能产生强于人和小鼠的免疫应答反应。简单可靠的兔单抗已经成为部分科学家的“小红人”。": 3, - "兔单克隆抗体五大优势": 3, - "微管成像的优先级更高": 3, - "又到了年底需要写基金本子度日，这次我打算就写一些tension用于测定细胞内吞过程的题目。这个事情肯定是没人做过的，但是里面有什么问题是有价值有意义的，就需要我们来仔细了解。": 3, - "金仲超之前讲过一篇文献是用成像手段研究了内吞过程中囊泡分离过程，还什么成像（见henga）。内吞过程囊泡从细胞膜表面被拉扯进入微管运输体系，这个有多大的力，确实是大家不知道的。那么如果能够提供这样的测量，或许对于开发纳米载体是有帮助的。": 3, - "既然这样，我在写基金本子的时候，一方面我有丰富的细胞，以及纳米颗粒细胞摄取的工作作为基础（博士期间发表的文章），所以另外一方面，我就是要证明自己有做": 3, - "的平台条件和技术基础。目前我们已经拿到了分辨率很好的数据，虽然是折纸。然后细胞的成像，我们其实就需要做下微管。但是现在微管超分辨成像的质量还不高（见完成细胞的微管超分辨成像），主要是细胞状态和背景的问题。": 3, - "基于这样的需求，我得安排周高昂师弟拿到一些好看的细胞微管超分辨成像的图才行。至于是不是用": 3, - "反应实现的不重要。所以可以让他还是先用": 3, - "biotinavidin": 6, - "的方案来做，注意在使用一抗之前，加上内源biotin封闭这一步就行（见完成细胞的微管超分辨成像vidin预先连接）。": 3, - "周高昂师弟因为疫情防控相关政策，不能入校。这次实验后面的部分由我完成。前期让他整理了一下整个": 3, - "的微管标记方案，还不错。": 3, - "周高昂第三次biotinavidin和click方法对细胞微管超分辨成像pdf": 3, - "他昨天下午铺板了，我就接着细胞固定开始做。": 3, - "周高昂师弟因为疫情防控相关政策，直接放假回家了，这方面工作等到来年再说。我感觉可以买一下": 3, - "zeba": 6, - "的脱盐柱，然后再做这个": 3, - "反应，把链接到二抗上。": 3, - "开学已经两周，第一周让周师弟把细胞养起来，第二周让他尝试了一下，验证内源性biotin和游离荧光链的吸附问题。结果发现确实存在大量的内源性biotin，而且荧光链也确实会有一些非特异性吸附，后面让他对二抗做click反应连接，然后用zeba的脱盐柱来去除没有连接上的荧光链。": 3, - "完成细胞的微管超分辨成像": 3, - "总算勉强完成了细胞微管的超分辨成像，虽然分辨率只有": 3, - "nm左右，而且背景很糟糕。后续如果还要用avidin的方式，最好把细胞做biotin封闭。": 3, - "昨天上午就细胞铺板了。不过细胞有点杨过了，大盘的ea冻存了两管，传代了一个大盘，然后剩下一点点铺了两个": 3, - "皿，应该也是很密的。今天可以固定上，做一下免疫荧光染色。打算对微管的修饰进行优化。": 3, - "先用": 6, - "avidin": 21, - "修饰的": 21, - "链进行连接，然后用": 3, - "k": 24, - "的超滤管离心去除游离的荧光链。这样理论上可以减少游离docking": 3, - "链在细胞内的非特异性吸附。连接方案什么的后面再说，上午点要过去看看细胞状态，该固定固定。然后我只先打算用confocal看下，所以这周没有机时也不要紧。": 3, - "午饭前去系统楼看了下细胞，铺的两个confocal皿一个稀一个密，还ok。另外看的大皿中的算是又长满了，所以之前是严重过密。这种情况下，我今天晚上又需要一比四传一个大皿了。剩下的细胞铺两个confocal皿，然后再剩下的冻存掉。": 3, - "准备新的免疫荧光标记方法": 3, - "参考文献方法a，使用额外添加": 3, - "缓冲液直接裂解细胞秒，然后立即用漂洗一次，然后加入预冷的": 3, - "methanol": 3, - "（甲醇）放到": 3, - "度孵育": 3, - "分钟，这样应该对细微结构保存更加良好。重点还是甲醇。": 3, - "再用洗一遍之后，使用": 3, - "做封闭，大概两个小时。不用洗，直接换入一抗，放到": 3, - "度孵育过夜。其实这些搞法跟bcam抗体做的推荐说明都是非常接近的。了解了大概原理之后，我觉得就用甲醇试试吧，固定破膜一起搞，节约时间。但是注意废液的处理，避免污染空气。": 3, - "缓冲液": 3, - "，哌嗪二乙磺酸，缓冲剂，类似ris？": 3, - "，乙二醇双氨基乙基醚四乙酸，缓冲剂，类似": 3, - "所以本质上这个就是一个缓冲液，跟ris没啥两样。我可以自己加": 3, - "铺垫液盖德化工网": 3, - "guidechemcom": 3, - "铺垫液": 3, - "mlml价格上海远慕生物科技有限公司": 3, - "instrumentcomcn": 3, - "还是用": 3, - "一抗，配入抗体稀释液，然后再带上一管封闭液即可。参考细胞微管超分辨成像实验：终浓度": 3, - "nmolm": 9, - "的带有biotin的βubulin单抗（稀释，μ": 6, - "抗体稀释液）。": 3, - "最终我使用的是上次师弟回收的，他都放到一个盒子里边了。": 3, - "下午四点去了细胞房之后，先看了下细胞情况，大皿的长得有点密了，消化后传代，w铺大皿，w铺中皿，然后再铺了个": 3, - "confocal皿，w细胞每个皿。": 3, - "然后再做的细胞固定，度的甲醇固定分钟，效果还不错，至少细胞没有鼓泡和明显的皱缩。然后洗了两三遍，再加入": 3, - "封闭（放到度冰箱中孵育）小时。": 3, - "晚上七点过去，去掉封闭液，直接换上一抗，度冰箱孵育过夜，明天早上可以去看下confocal。": 3, - "这个玩意儿在系统楼，使用时如果是直接破膜，用量为": 3, - "（vv）in": 3, - "，如果是": 3, - "buffer，用量为": 3, - "，孵育完一抗之后要洗三遍。": 3, - "我做了两个样品，一个是click反应直接连接": 3, - "的一抗，可以漂洗完就看": 3, - "confocal。另外一个是通过": 3, - "连接": 6, - "strand，需要再准备一下": 3, - "avidin。": 3, - "vidin预先连接": 3, - "avidin：终浓度": 6, - "nmolm（稀释，μ": 12, - "抗体稀释液）": 9, - "docking链：终浓度为": 6, - "）": 15, - "这是之前细胞微管超分辨成像实验所用的比例。由于是预连接，我希望": 3, - "是倍过量，所以这里的体系修改为：": 3, - "vidin：": 3, - "原液（详见iotin修饰和炔基修饰的docking链nxig）：": 3, - "（注意补充al到m，避免相对盐离子浓度变化引起的聚集）：": 3, - "封闭内源性biotin": 3, - "在查找资料的时候发现，细胞内部本身也有很多biotin位点，需要先做block。就先在加一抗之前，就用avidin跟这些位点结合，然后再加过量的biotin，然后再进入后续的免疫荧光染色操作。详见lockendogenousbiotinpdf": 3, - "这个内源性biotin的问题，现在已经没有办法解决了，不过可以测试vidin预连接的优势如何？但是实验预期仍然是失败的。所以接下来我能想到的是，预连接抗体avidin和biotin修饰的，这样是最简单的，然后直接超滤，晚上再做一个，今天这个样品就算废了。": 3, - "蛋白质浓缩问题": 3, - "要浓缩的样品含盐量必须以上，含盐量低的样品须补加到": 3, - "对称放置ka超滤管和离心管，": 3, - "离心": 15, - "分钟": 6, - "离心结束后，内管倒置套在另一个干净的离心管中，": 3, - "离心收集": 3, - "蛋白质浓缩问题——超滤浓缩管的使用及保存": 3, - "实验方法": 3, - "丁香通": 3, - "biomartcn": 3, - "eutrvidin在中溶解性不佳": 3, - "eutrvidin对于细胞lectin的非特异性结合较弱，然后等电点在，是目前所有vidin中最好的。但是它在中溶解性不佳，可以添加": 3, - "的甘油。": 3, - "详见eutrvidiniotinindroteinpdf": 3, - "制备偶联抗体": 3, - "参考ungmann文章：": 3, - "vidin（": 3, - "mgm）与": 3, - "室温避光混合孵育（gentle": 3, - "shaking）分钟": 3, - "上述混合液再加入": 3, - "tubulin单克隆抗体（mgm），同样是": 3, - "分钟，然后用": 3, - "的超滤管去除没有连接的": 3, - "avidin和": 3, - "但是我想了一下，这个做成的可能性很高，可惜这周没有机时了，我也不想熬夜。关于免疫荧光染色实验，像这种公司都有很详细说明👉成功的免疫荧光法：固定和通透": 3, - "cellsignalcn": 3, - "我们的avidin，如果没记错，每管应该是": 3, - "u，然后稀释到": 3, - "u，是": 3, - "mgm，所以原始浓度是": 3, - "mgm，所以我得稀释十倍，加入": 3, - "的即可。": 3, - "tubulin我们的是只有": 3, - "ugm，所以要用": 3, - "的样子。最终体积可以用调整到": 3, - "用来做超滤。": 3, - "后续实验安排": 3, - "周四晚上让戴哲泽帮我拍一下。但是明天我要去五院复查，一大早就去挂号然后各种检查之类的。估计下午才回来。所以今天晚上可以把孵育上一抗的细胞拿回转化楼就放到冰箱里边。抗体也不用回收了。后面记得买一下碧云天的抗体稀释液，不容易长菌。": 3, - "我培养了四个细胞，都用": 3, - "固定": 3, - "分钟，然后漂洗一下，只用其中一个最好的，做通透和封闭处理，两个小时，就可以把东西都拿回来在转化楼干。然后制备偶联抗体至少一个小时，然后去把一抗孵育上去。": 3, - "处理通透了": 3, - "min，然后": 3, - "的封闭了两个半小时，然后做偶联抗体，用了": 3, - "抗体，相当于": 3, - "mgm": 9, - "的抗体弄到多少体积为": 3, - "ugm": 6, - "？，其实是": 3, - "u，所以待会儿超滤过后，直接加入": 3, - "（相当于抗体终浓度": 3, - "ugm），明天多孵育点时间。以后注意细胞还是铺到": 3, - "的confocal": 3, - "dish": 9, - "中，不然抗体不够用。": 3, - "晚上才把一抗回收，用": 3, - "漂洗了三次，然后再加入": 3, - "solution，然后加封口膜，加锡箔纸，拿到地下室房间去。": 3, - "参考上次计划帮丁龙江做个单分子成像年月日的方案": 3, - "mager：": 3, - "imager（），n，取": 3, - "u，终浓度": 3, - "iducial": 6, - "arker：": 3, - "luophere，取": 3, - "u，稀释": 3, - "倍": 3, - "uffer：x": 3, - "vv": 12, - "ween，取": 3, - "u，补足到": 3, - "otal": 27, - "volume：": 3, - "成像参数和步骤": 3, - "先开卤素灯，用明场和低倍镜快速找到合适的，细胞形态较好的细胞。": 3, - "稍微降下物镜位置，将物镜切换到": 3, - "倍油镜（可提前上油）。": 3, - "使用较低的激光功率，cy": 3, - "单通寻找微管稍微比较清楚的细胞": 3, - "激光通道（激光功率）查看合适的穿透深度（": 3, - "nm）和旋转角（d）。": 3, - "调整至微管成像的最佳焦面。注意的激光仍然会部分激发": 3, - "信号，勉强能看清微管，且左侧通道也有清晰的信号点闪烁，而细胞外的信号点闪烁比较糊时，即为合适焦面。": 3, - "曝光时间设定为": 3, - "ms，锁焦面，设定拍摄": 3, - "帧，关灯拉帘子，开始拍摄。": 3, - "`adcaution": 9, - "前期观察结果": 3, - "细胞外的背景还是挺强的": 3, - "cy通道能够被的激发": 3, - "cy激发也能造成一些，产生": 3, - "拍摄一次产生的数据有": 3, - "过夜拍摄了之后，又再找了一个微管更好的细胞再拍一次。先尝试": 3, - "激光功率，": 3, - "曝光拍摄": 3, - "帧，后面再尝试": 3, - "拍。避免谁谁要用机时。因为我今天白天实际没有机时。": 3, - "选取了局部先做一下超分辨的效果看看情况，结果超分辨是有，微管分辨率在": 3, - "左右，但是背景也有点高，而且微管不连续。难怪要拍摄很长时间才行。依我看": 3, - "帧都是需要的。总之需要优化的地方还不少。": 3, - "!zcpng": 3, - "后来尝试直接在": 3, - "中完成两个图像的merge比较，效果如顶图，可以操作，但是比较慢，而且也不够准确。后续还可以尝试用编程的方式来配准和分割，甚至做成动画。": 3, - "!tubulin": 3, - "zip": 3, - "细胞微管超分辨成像实验": 3, - "在注意细胞固定和使用ween之后，终于用基于avidin的方法把微管标记上docking": 3, - "了，但是背景很高。": 3, - "这周让周高昂师弟尝试": 3, - "biotinβtubulin一抗，再加": 3, - "avidin（作为二抗），再加": 3, - "biotin修饰的链的方式，把ocking": 3, - "标记到细胞的微管上，方便后面做超分辨成像。": 3, - "材料和步骤": 3, - "一抗：带biotin的βubulin单抗": 3, - "（": 6, - "μgm，": 3, - "ka，": 6, - "nmolm）": 3, - "avidin（mgm，": 3, - "nmolm，已分装": 3, - "u每管）": 3, - "带有biotin和cy标记的": 3, - "docking链（未分装，": 3, - "上述所需材料要稀释到一定终浓度使用：": 3, - "一抗：终浓度": 3, - "操作上类似免疫荧光染色，详见第一次细胞微管超分辨成像实验，需要注意的是：": 3, - "一抗要回收，而vidin蛋白和无需回收": 3, - "开始加抗体之后的一些漂洗步骤，最好是放置在摇床上晃一晃，大概一分钟（为了加速分子扩散过程并给其足够的时间），然后把液体吸干净（m": 3, - "的枪头较难吸干就用u的枪头）": 3, - "标记完，漂洗三遍之后，如果confocal看成像效果不好（高背景，以及细胞外有很多信号），再加入": 3, - "放到摇床上避光脱色半个小时（转速可以稍微高点）。": 3, - "由于本周预约机时紧张，我只约到了周二的时间，所以今天周一就让师弟把这个弄起来，这样明天就能做了。": 3, - "confocal就没拍出来": 3, - "由于赶工，让师弟用之前固定然后放置到度的老ea细胞拍拍看，结果还是没能染出微管来。分析有以下原因：": 3, - "细胞没有固定好，结构逐渐破坏": 3, - "摇床力道太大，细胞结构遭破坏": 3, - "avidin和荧光还是存在明显的非特异性吸附需要搞掉": 3, - "总之让师弟吸取经验教训，~~下午接着干~~": 3, - "后天传细胞铺板再好好整一整。注意非特异性吸附，还是得用": 3, - "的ween": 3, - "来解决。": 3, - "细胞固定液的问题": 3, - "我们的多聚甲醛很可能不行了，细胞固定能力较差，所以后面固定时间设置为": 3, - "min。": 6, - "第一次biotinavidin方法对细胞微管超分辨成像pdf": 3, - "让师弟整理下经验教训，感觉缺乏自己的思考，很多是在记录我说的话。不过他先能记住也是好的。": 3, - "成像拍摄步骤": 3, - "找戴哲泽要": 3, - "solution，包含终浓度为": 3, - "荧光小球（": 3, - "nm）": 6, - "找到焦面后，用cy通道对微管进行成像，静置分钟后拍": 3, - "拍摄参数，曝光时间ms，激光功率，拍摄帧数帧，使用s，xbin": 3, - "周师弟拍的confocal的效果": 3, - "用的": 3, - "的方案，总算把连接到微管上了，不过这个背景还是有点高，虽然加了": 3, - "ween。后面考虑先预杂交": 3, - "aividin和，然后超滤纯化一下，然后就省去三抗孵育的时间。同时减少": 3, - "非特异性吸附的问题。": 3, - "整理细胞微管成像方法": 6, - "对细胞微管做一次超分辨成像是我必须完成的挑战，从而树立自己的reputation，同时也真正建立起来一套实验体系。": 3, - "好看的细胞成像，光看细胞膜是没什么意思的。少不了微管，所以细胞固定，通透，抗体连接等等，都需要去做。所以相关的东西都要买起来，具体可以参考ungmann的at": 3, - "rotocolchnitzbauer。": 3, - "已有抗体": 3, - "之前陆陆续续在优宁维买了一些抗体，整理如下：": 3, - "单抗：（），兔源，细胞膜蛋白": 6, - "单抗：bsin（abs），鼠源，细胞微丝": 6, - "羊抗鼠g（二抗）：bsin（": 6, - "absss），结合鼠源抗体": 6, - "βubulin单抗：bsin（），鼠源，细胞微管，浓度": 3, - "单抗：（），兔源，细胞微管，浓度": 3, - "fjhibp": 3, - "连接生物素化抗体": 3, - "在年ungmann的工作中ungmann，用的是iotin修饰的抗体，再连接avidin，再上docking": 3, - "链的方式，而且也需要": 3, - "chamber。": 3, - "irst": 12, - "μl": 12, - "mgml": 15, - "streptavidin": 12, - "dissolved": 6, - "reacted": 6, - "biotinylated": 18, - "μ": 6, - "room": 6, - "temperature": 6, - "gently": 6, - "shaking": 6, - "incubated": 6, - "second": 6, - "monoclonal": 9, - "antibodies": 12, - "against": 18, - "ilter": 6, - "columns": 6, - "micon": 6, - "ka": 24, - "illipore": 18, - "purify": 6, - "preassembled": 15, - "conjugates": 30, - "unreacted": 6, - "streptavidinoligo": 6, - "可以看到，这个东西，是先做好，再拿去标记细胞的。": 3, - "免疫染色": 3, - "approximately": 9, - "confluence": 3, - "cells": 135, - "seeded": 3, - "into": 33, - "abek": 3, - "chambered": 3, - "coverglass": 3, - "h": 45, - "fixation": 15, - "icrotubules": 3, - "mitochondria": 3, - "olgi": 3, - "complexes": 9, - "peroxisomes": 3, - "immunostained": 3, - "procedure": 3, - "mixture": 15, - "paraformaldehyde": 12, - "glutaraldehyde": 9, - "reduction": 6, - "permeabilization": 6, - "blocking": 6, - "wv": 9, - "staining": 12, - "overnight": 6, - "antibody": 9, - "βtubulin": 9, - "diluted": 6, - "μgml": 3, - "postfixation": 3, - "参考文献ungmann，的密度接种到": 3, - "皿中，然后培养": 3, - "h，再固定。固定完了还需要用硼氢化钠还原，然后再用": 3, - "做通透，然后用": 3, - "做封闭，再用抗体过夜孵育。孵育完了之后，漂洗，再做一次后固定，然后用漂洗。": 3, - "还需要购买的一些东西": 3, - "a：硼氢化钠，抗原修复用（弃用）": 3, - "：曲拉通，细胞通透用（有库存）": 3, - "glutaraldehyde：戊二醛，细胞固定用（弃用）": 3, - "：牛血清白蛋白，封闭非特异性抗原用（有库存）": 3, - "已布置给周高昂师弟购买，让他都在sigma": 3, - "中购买，另外biotin修饰的": 3, - "docking链，其实我之前都前前后后买过两次，用来做": 3, - "的。连抗体不用着急，可以先做一做普通的tubulin或者actin的免疫荧光成像，看看特异性效果。": 3, - "第一次细胞微管超分辨成像实验": 6, - "普通免疫荧光染色做得还可以，但是click反应连接抗体和还是有点问题。": 3, - "在整理细胞微管成像方法中已经罗列目前有的东西，其实是可以做一次普通的免疫荧光成像（羊抗鼠g": 3, - "βubulin单抗）和一次超分辨成像（biotin": 3, - "单抗vidinbiotinockingtrand）的。但本质上都是相同的操作流程（免疫荧光染色）。": 3, - "微管的免疫荧光成像": 3, - "试剂准备": 3, - "基础缓冲液：": 3, - "（p": 3, - "细胞通透液：": 3, - "抗原封闭液：": 3, - "抗体稀释液：": 3, - "一抗：": 3, - "βubulin鼠源单抗（": 3, - "抗体稀释液": 6, - "二抗：": 3, - "细胞固定液：": 3, - "操作步骤": 9, - "固定，": 3, - "漂洗，": 18, - "洗三次": 18, - "通透，riton": 3, - "封闭，": 3, - "封闭": 3, - "标记，一抗过夜避光低温孵育（水平摇床，~": 3, - "rpm）": 3, - "染色，二抗孵育": 3, - "后固定，": 3, - "查询物品存放地点": 3, - "ep细胞太小微管不明显": 3, - "通过上述简单的流程先尝试对手上已有的ep细胞做一个免疫荧光染色，结果如上所示，虽然师弟操作过程中有些波折，但主要问题还是这个细胞不大适合做微管成像。": 3, - "铺了梁承品的ea细胞，明天让师弟试着再做一次，还可以自行摸索，用下zeiss的airyscan超分辨成像功能。": 3, - "wpasicrincipleiryscanpdf": 3, - "wplusracticaluideofeconvolutionpdf": 3, - "productinfopdf": 3, - "今天下午三点到五点还是跟着去拍了一下细胞微管，做得还是不错的，拍到了典型的细胞微管的图像。结果暂时还没有弄出来，最后拍了一个双色的iryscan的细胞。感觉iryscan的效果也没有说明书上的那么好。另外细胞质量不佳，ea似乎也有一些支原体污染。": 3, - "细胞微管confocal效果": 3, - "如上图所示，这次微管拍的效果还行。一方面确实ea这个细胞拍出来的微管效果更好，另外师弟也确实没有把拍摄参数调整到最优，事实上用zeiss的confocal拍微管，要扫描速度足够慢才行。": 3, - "riyscan超分辨效果": 3, - "airyscan在做后处理的时候一个": 3, - "autofilter，感觉弱的信号就被去除了。至于具体的提高分辨率的效果，可以看下放大的局部细节图：": 3, - "感觉分辨率提升还是有限的。": 3, - "ea微管的超分辨成像": 3, - "东西都是齐全的（见iotin修饰和炔基修饰的docking链），现在我需要选择是用avidin的方案，还是click反应直接连的方案。这个还用说吗？如果东西都齐全，自然是选择最优的方案来做，所以今天上午就可以把抗体连上。": 3, - "抗体修饰": 3, - "需要用炔基修饰的，购自akara，序列详见下方。": 3, - "：cy": 21, - "vmjs": 3, - "抗体选用已经做过的": 3, - "βubulin单抗（bsin，），最好确认下这个抗体的大小，一般g都是k（摩尔分子质量": 3, - "gmol），所以完全可以用": 3, - "的超滤管。": 3, - "取": 6, - "抗体（浓度": 3, - "ugu": 6, - "p）与": 3, - "叠氮化试剂（in": 6, - "，": 36, - "m，参考试剂配制计算表配置crosslinker溶液）混合后室温避光反应": 3, - "发现我们买的规格是mg，加了m的之后，实际浓度应该是": 3, - "用了接近u抗体，所以总体积可能在": 3, - "u，抗体分子的摩尔数大概是": 3, - "nmol": 3, - "叠氮化反应溶液立即加入": 3, - "ris·l": 6, - "终止反应，室温避光孵育min": 3, - "主要靠ris来竞争酰化反应过程实现反应终止": 3, - "转移至超滤管": 3, - "a，加入": 3, - "缓冲液，": 3, - "分钟，使用该缓冲液": 3, - "µ": 27, - "洗涤": 9, - "次": 3, - "向超滤管中加入": 3, - "的缓冲液，室温静置min，倒置放入干净的": 3, - "离心管中，": 3, - "中洗脱叠氮修饰的蛋白质产物（": 3, - "get）。": 3, - "加入倍量的炔基修饰链（": 3, - "缓冲液，摩尔数到": 3, - "nmol，浓度自行计算），分成两管，做成两个反应，各加入": 3, - "反应试剂（新开试剂盒总共提供了": 3, - "m，液），用超纯水补足体积到": 3, - "u（in": 3, - "m离心管）": 3, - "akara买的链，得有，戴哲泽师弟说添加了buffer，但是浓度已经不清楚了。": 3, - "炔基链的分子量大概是，就得有": 3, - "nmol，": 3, - "nmol，如果稀释到": 3, - "（umol": 3, - "nmolm的浓度，大概要加buffer": 3, - "u。": 6, - "炔基已按照": 3, - "每管进行了分装，冻存于度。": 3, - "盖上盖子vortex": 3, - "秒混匀": 3, - "u（click反应试剂盒提供，液），vortex混匀": 3, - "additive": 6, - "solution（新开试剂盒需加超纯水u溶解，液），vortex": 3, - "秒，等待两分钟": 3, - "solution（新开试剂盒需加超纯水u溶解，液），vortex混匀，溶液变为亮橙色": 3, - "室温静置反应h，全程注意避光": 3, - "离心管超滤漂洗三次，操作同": 3, - "每个超滤管中各加入": 3, - "缓冲液，静置五分钟后洗脱，同": 3, - "😲注意事项": 3, - "所提到的缓冲液和additive": 3, - "solution要临时配置（可能要用到p计），注意参考说明书（见click反应试剂盒说明书pdf。": 3, - "用孙晨蕴在生工买的": 3, - "risl": 3, - "p，注意跟她说一下。": 3, - "然后用放在干燥试剂柜中的，sigma牌子的，按照郑浩然的说法，得用": 3, - "的注射器抽取": 3, - "。避免针孔太大。": 3, - "📍后续操作": 3, - "给周高昂师弟安排了一下：基本同普通的免疫荧光染色，把细胞固定之后，不用染细胞核，做好通透，然后封闭，然后孵育一抗过夜。明天早上让师弟漂洗一下，不用加二抗，直接confocal拍拍看。": 3, - "今天有事请假，显然周高昂拍个confocal看看，结果如上。可能抗体做了click反应之后还是会存在一些问题。从上面的结果来看，抗体蛋白应该是修饰上了，不然不会有cy的荧光。我估计还是click反应影响了抗体的特异性。这个click反应可能需要再摸索。": 3, - "另外这个样品做的结果如上，感觉跟confocal中看到的差不多。再要求看了下成像时候的背景，感觉是非常高的。结合茜姐之前做的分析，我感觉也只能说是抗体蛋白在多轮纯化过程中发生了变性。因为同样的操作我们做普通的免疫荧光染色问题是不大的，为啥这里会出问题。。。": 3, - "实在不行，后面还是考虑用biotin修饰的抗体来搞，只不过是把二抗换为avidinbiotin修饰的docking链而已。完全不用纯化，因为免疫染色的步骤中就有好多次漂洗。": 3, - "核酸适配体验证实验": 6, - "用我们手上已有的和ep细胞验证适配体失败。核酸适配体还是太难搞了，就算人家发了cience的荧光适配体，我早期做的spinach，效果也不是那么好。以后即便要重复别人的工作，还是得慎重。后来觉得也有可能是细胞被支原体寄生污染了。": 3, - "在周小结中提出，或许可以作为一个细胞膜靶向摄取的基本模型，所以验证它对于细胞的这种靶向性，对于在实验室建立这个模型是有意义的，基于此让周高昂师弟开展这方面的实验，我昨天给他铺了个和个ep的皿，材料是足够的。他今天也过来问了我关于实验设计的东西，我说除了实验组（处理两种细胞），阴性对照（lank）和阳性对照（胆固醇标记）最好都上。": 3, - "我在周小结对周高昂本周的实验安排中已经有比较清楚的安排，但似乎他早上九点来了之后时间明显不够用，中午十一点都没能把探针制备，细胞固定，染色完全搞完。但我约定的是下午两点半拍": 3, - "confocal，所以时间上还是能有充分保障的。": 3, - "下午很快拍完，因为对这个核酸适配体并没有多少信号，跟ep没有太大差异。有多种可能：": 3, - "细胞的问题，毕竟人家筛出这个的适配体用的细胞可能就不是我们这个，养着养着就不一样了。": 3, - "没有做活细胞孵育的问题，可能细胞固定之后对于适配体跟细胞上靶蛋白的结合有影响": 3, - "总之这个事情让我对于核酸适配体的信心大减。相关数据在周高昂师弟那里，后面再找他拷贝一下即可。": 3, - "从这个结果来看，至少有两个问题，一个是细胞膜上为啥被": 3, - "hoechst": 3, - "染上色了，另外一个是": 3, - "标记的": 6, - "cy荧光链怎么跑到细胞内部去了。由于染色都是在细胞固定之后发生的，如果细胞膜是完整的，那么理论上荧光链不会自发跑进去。": 3, - "支原体污染": 3, - "!imgpng": 3, - "刚刚查了一下，oechst这个染料分子会嵌入到的小沟中，这种状况，很可能是支原体污染。": 3, - "利用荧光染剂（bisbenzimide": 3, - "oechst": 9, - "）侦测支原体污染。此染剂会结合到之denosinehymidine": 3, - "rich区域，因为支原体之中含量占多数（～），所以可将其染色而侦测。被支原体污染之细胞经染色后，在细胞核外与细胞周围可看到许多大小均一之荧光小点，即为支原体之，证明有支原体之污染。": 3, - "支原体污染的来源包括工作环境的污染、操作者本身的污染（一些支原体在人体是正常菌群）、培养基的污染、污染支原体的细胞造成的交叉污染、实验器材带来的污染和用来制备细胞的原始组织或器官的污染。": 3, - "国内外研究表明，％以上是以下四种支原体：口腔支原体（orale）、精氨酸支原体（arginini）、猪鼻支原体（hyorhinis）和莱氏无胆甾原体（laidlawii），为牛源性。所以细胞房还是要带口罩。": 3, - "经查，碧云天有一些支原体去除试剂": 3, - "固定后细胞膜被破坏": 3, - "「如果固定后再染，几乎全部染色」，网友如是说，这说明做完细胞固定之后，细胞膜肯定会受损，所以就出现了这种情况。": 3, - "查看iotin修饰和炔基修饰的docking链": 3, - "整理了一通发现，这个根本无需购买，可以直接用起来，之前基本上都把东西买齐了，就等着上手做实验。不过这周还是先用biotinavidin的连接方案（更为简单）看看。": 3, - "这一周计划周四要上，虽然之前已经有一些": 3, - "strand，但是我想着最好还是能够买点新的，因为那些时间太久远了。": 3, - "已有的mager": 3, - "最近购买的是": 3, - "修饰的，跟之前的": 3, - "序列相同，就叫做": 3, - "吧。除了这个mager，其它都是从": 3, - "订购的，且荧光基团都选择在端。": 3, - "：": 33, - "（x加速使用trauss）": 3, - "之前有的一些带biotin修饰的docking链": 3, - "cybiotin": 3, - "：cybiotin": 6, - "：cy（dzz购自akara，适用nt": 3, - "mager）": 3, - "（同上）": 3, - "nxig": 3, - "是最早在生工购买的，剩下两个是hermo买的，所以这种biotin修饰的链，其实可以不着急订购，炔基修饰用于做": 3, - "反应的": 3, - "链，可以问下大家有没有推荐的。": 3, - "这里整理完想到，也许有可能做一个双色的细胞的，那么就少一个线粒体的抗体。但是如果要完全重复ungmann，最好是有的setup。": 3, - "炔基修饰docking链": 3, - "可以先看下文献chnitzbauer，虽然推荐了两种方式，但还是会采用更为简单的click反应来连接抗体和ong。click反应试剂盒": 3, - "购买了很久了。": 3, - "炔基链据说最好是在takara上订购，但是货期比较慢，所以不妨先走快一点点的，从生工和takara上同时订购，反正这个估计消耗也比较大。": 3, - "jungmann推荐连抗体方法": 3, - "抗体超滤浓缩到浓度大于": 3, - "按摩尔比例混合crosslinker跟抗体，度避光孵育反应分钟": 3, - "脱盐柱子去除多余的": 3, - "linker": 6, - "加入要标记的，跟抗体的摩尔比例为，室温避光反应": 3, - "超滤去除多余的，做好的标记抗体最多可以在度保存六个月": 3, - "茜姐之前的方法": 3, - "参考茜姐之前在实验室做过的方案感觉更加靠谱一点。抗体需要被叠氮化，然后需要有炔基修饰。": 3, - "!📝": 3, - "连抗体的其他试剂": 6, - "总的来说，反应比例有所变化，然后叠氮化修饰产物纯化还是用的": 3, - "ka的超滤管来脱盐。": 3, - "抗体用量": 3, - "ug，要求浓度": 3, - "）混合后室温避光反应": 3, - "将不超过": 6, - "的叠氮化反应溶液加入超滤管": 6, - "a，再加入纯水": 6, - "稀释到µ，": 6, - "分钟，使用纯水": 6, - "次后经浓缩，立即进行下一步": 6, - "反应。": 6, - "加入倍量的炔基修饰链，使用click反应试剂盒反应，度避光反应过夜": 3, - "离心管超滤纯化": 3, - "相关重要试剂包括叠氮修饰和click反应试剂盒均已购买：": 3, - "可以支持": 3, - "次反应。": 3, - "安排有用的confocal成像实验和教学": 6, - "ep": 48, - "可以做": 3, - "的阴性对照，confocal": 3, - "成像效果也确实比普通荧光好，但是我后面未必必须使用": 3, - "细胞。": 6, - "之前答应了李凌云师妹安排": 3, - "教学。限于诸多条件，我喜欢让他们参与到有实际意义的实验中，这样可以在推进课题进度的同时完成教学，一石二鸟。但是比较教学还是会分心（对我），另外也需要让他们有参与感，树立信心，所以我会尽量安排简单一点的实验。眼下就有一个好机会。确定要培养的细胞潘改芳已经给我传了细胞": 3, - "我确定后面使用": 3, - "细胞，从潘改芳手里拿到之后，还是先鉴定确认一下。就使用手上有的": 3, - "aptamer。除此之外，可以同时在": 3, - "细胞上测试一下": 3, - "aptamer。总体上跟我上次细胞膜表面的confocal成像非常类似。不过还要添加一个": 3, - "ep（找赵海培要）": 3, - "的阴性对照。": 3, - "潘改芳后来说系统楼细胞房养的状态不好，打算过两天再给我她在转化楼细胞房养的细胞。如果转化楼我们也有权限可以养细胞的话，其实也蛮好的，到时候可以问一下徐丽凤。": 3, - "另外毕竟涉及到活细胞样品，从系统楼到转化楼之间的交流，所以要是能有一个恒温手提箱就最好不过了，这个可以自己购买一个，然后里边放热水，还有架子，再把细胞放到盒子里边。接着购买一个移动保温箱想想买些什么吧。": 3, - "赵海培说今晚就可以给我传一盘": 3, - "细胞，我觉得我可以去配置细胞培养基了。后来她决定不继续养这个ep了，所有的都给我，我觉得可以直接今晚传代铺板使用。": 3, - "另外我看了一下潘改芳养在系统楼的细胞，不是状态不好，而是啥都没有。所以我觉得她传给我的细胞我还是不大放心，所以还是找公司买一下吧。发现上海就有一家这样的青旗公司": 3, - "计划去所里拿细胞": 3, - "我跟所里的学生何威说了一下这个事情，先了解情况。查询了一下有没有以下细胞：": 3, - "师弟说帮我找找，但是不保证没支原体污染。另外我还让他提供了一下所里用的hermo的细胞冻存管的货号是": 3, - "，没想到这个玩意儿现在货期超长，要到明年六月份才发货了。": 3, - "然后打听了一下，尹芳菲师妹曾经用过液氮的方式从所里转移细胞到仁济，还行。但是如果是干冰什么的，温度不够，到了之后细胞都是碎片。最好是养好了细胞之后，通过培养瓶转运。这样的话，最好是找一下所里的学生，帮忙复苏一下以上几种细胞。": 3, - "总归是要过去拿，一下子复苏这么多细胞也不好，还是买个手提液氮罐过去拿好了。": 3, - "可以直接买这个": 3, - "容积的，作为小批量的冻存细胞转运是足够了的，空重大概斤，女生也能提起来。已经订购，加上之前那个保温箱，都是我自己京东付款的，让开学校的发票，后面注意报销。液氮罐到了，我就出发去所里。": 3, - "晚上传代ep细胞": 3, - "基本全程无监督让周高昂师弟对ep细胞进行传代，而我在显微镜房尝试使用那台普通的ikon倒置荧光显微镜，打算做一个简单的教程，这样以后如果有人跟我抢confocal，建议ta先尝试这个。": 3, - "师弟传完细胞后跟我反馈，说这个细胞难以消化，搞了一分半钟都还是成团的，然后最后只铺了w到培养皿中。我建议他跟赵海培问清楚这个细胞的情况，比如传代是多少比例，多少天一传。另外还让他铺了两个": 3, - "玻璃基底的": 3, - "皿。": 6, - "细胞培养基直接到hermo交大仓库领": 3, - "根据实际情况的安排": 3, - "我前面计划的confocal实验因为": 3, - "估计难以落实。接下来只能先鉴定一下": 3, - "ep作为": 3, - "适配体阴性对照的情况。预期结果就跟iua中一样。我打算让周高昂师弟自己写个实验计划，然后我帮忙修改一下，然后开始执行，这样估计今天下午就能开搞，然后晚上做一下三个细胞样品的confocal成像。也可以先看下lank，看完了让周高昂师弟去做hol的染色。这样就有四组了。": 3, - "confocal成像结果": 3, - "年月日，今天下午一点半到四点半，专门搞这个事情。带人教学不可避免地效率低下。不过还算是拿到了一些结果，ep": 3, - "也不是那么好的的阴性对照，如果跟完全空白的": 3, - "lank": 12, - "组相比。但如果跟": 3, - "hol修饰整个细胞膜的相比，信号还算是比较弱的，至少比ea弱一点。后面如果用": 3, - "，或许就不用负对照了。": 3, - "另外我还演示了一下怎么用confocal": 3, - "拍摄": 3, - "图像，怎么拍摄": 3, - "iles": 3, - "做自动拼图，其实都还算是比较简单的。此外还我还用了普通的荧光倒置显微镜作为一个比较。ikon普通荧光倒置显微镜的使用方法如果有空也可以整理一下。": 3, - "上图从左到右分别是": 3, - "lank，ep，ea，eahol，周高昂和李凌云都参与了拍摄。其中ea其实也没什么信号，本来也是一个不确定的阳性对照，不说也罢。只能说看": 3, - "hol": 24, - "标记的两个对照，ep": 3, - "可以算是": 3, - "的阴性对照，接下来就是要看": 3, - "了。但是另外一个问题是我真的要用吗？": 3, - "怎么拍明场我确实还没搞清楚。后面有机会问下相关大佬。": 3, - "然后再看下普通荧光显微镜跟": 3, - "的区别。这个都是": 3, - "ep细胞的细胞核。但是confocal": 3, - "只采集了很薄的一层，每次采集的信号都是一个很小的": 3, - "volume，所以基本不存在来自于其它位置的荧光的干扰。": 3, - "oechst细胞核染料": 3, - "要把细胞核染漂亮也不容易。常用的oechst染料的荧光强度随着溶液p升高而增强。水溶液可在": 3, - "°避光保存至少个月。长期储存于≤": 3, - "°。oechst": 3, - "都是一种可以穿透细胞膜的蓝色荧光染料，对细胞的毒性较低。": 3, - "带周高昂养细胞": 6, - "这周最好是教会他养细胞，从下周开始就可以让他帮我养细胞了。顺带可以教他使用细胞房最简单的显微镜和细胞计数仪。": 3, - "入门养ea细胞，来源可能是上海生科院，注意我的账户密码已经用dge浏览器记住，其实还是": 3, - "sheldonsinapcom": 3, - "xxd": 15, - "。但是生科院的产品目录并没有做得好。": 3, - "类别：贴壁，人源宫颈癌细胞": 3, - "完全培养基：，": 3, - "培养条件：℃，": 3, - "冻存条件：液氮": 3, - "常用培养皿：中皿（mm直径）": 3, - "培养周期：天": 3, - "传代比例：": 3, - "或": 3, - "传代": 3, - "消化方法：": 3, - "rypsin，": 3, - "min，新手用显微镜观察细胞边缘": 3, - "上面是ea细胞培养传代冻存的一些关键信息，根据我的经验所得。但是到细胞房做实验还是有另外一些注意的地方：": 3, - "开通门禁权限，找徐丽凤": 3, - "穿实验服，带垃圾桶，戴手套和口罩，穿鞋套再换拖鞋": 3, - "进门风淋除尘，进入后喷酒精擦拭双手": 3, - "把垃圾桶和其它需要使用的耗材放入超净台，开启紫外灭菌分钟": 3, - "完成细胞传代、加药或铺板实验后，清理超净台，把垃圾带走": 3, - "我觉得这里只是一个简单的备忘录，到时候可以让新生整理出来一个详细的": 3, - "出来，这个东西也是能写到毕业论文中去的。": 3, - "!细胞传代和铺板": 3, - "计划imager基底面成像实验": 6, - "⭐️⭐️⭐️⭐️⭐️": 9, - "接着尼罗红细胞膜成像实验，打算看一下": 3, - "lexa": 15, - "修饰的单链": 3, - "能否进入到细胞的下表面。这个可以拜托戴哲泽帮我合成一下四面体，顺带让他带一下做毕设的周高昂师弟，把四面体合成和跑胶表征这个部分教会。": 3, - "说起目前这三个师弟，戴哲泽，金仲超和周高昂，我得尽快对他们有所安排。这个另外再想想。": 3, - "实验目的": 6, - "看看手上的": 3, - "在细胞界面上的吸附性和扩散性。": 3, - "已知没有": 3, - "时，细胞区域和细胞外区域的界面的": 3, - "通道都是比较干净的。但是添加了": 3, - "之后，但是没有靶标的时候能否如此干净，还不好说。所以这里阴性对照是清楚的。另外我们还可以准备一个阳性对照，就是细胞膜上搞一些胆固醇修饰的": 3, - "链，或者是靶向特定蛋白的": 3, - "aptamer序列核酸适配体调研。看看能不能做成像。": 3, - "实验设计": 9, - "先测试": 3, - "能否对（基底面）细胞膜以及细胞膜上的特定蛋白做超分辨成像，具体如下图所示：": 3, - "注意，空白细胞的阴性对照可在序列买回来之前完成。": 3, - "相关序列": 3, - "mager序列：": 3, - "ptamerdocking链序列：": 3, - "：′′": 3, - "（靶向nucleolin）": 3, - "：’": 3, - "’": 9, - "（靶向蛋白）": 3, - "pacer：": 3, - "ocking：": 3, - "abel": 21, - "heck": 3, - "（检验aptamer对靶蛋白标记效果）": 3, - "胆固醇修饰：": 3, - "上海生工修饰基团说明pdf": 6, - "，端或者端修饰皆可": 3, - "另外还有一个": 3, - "也可以考虑，叫做mer，可以靶向": 3, - "细胞表面受体以及其它多种蛋白分子。这个已经被尝试用于超分辨成像了traussa。了解了一下之后，发现这个mer比较复杂，需要一些修饰碱基，所以还是算了oldupta。": 3, - "框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案": 6, - "这个初步实验方案其实就是复现别人的实验。": 3, - "明确关键词": 3, - "昨天把制定细胞力学超分辨成像初步计划发送给李茜看了，她的反馈跟我预计的一模一样，无非就是第一个方案没有，第二个方案太长远。在": 3, - "anab": 3, - "的工作一定要跟框架核酸搭上关系，不然就好像没有添加商标一样，老板没法那这个工作去跟人要资源或者谈合作。而刚开始没有支持，就无法立项，那你什么都做不了。如果你给了别人想到的东西，别人才会给你相应的支持，然后在这样的支持中，你可以做一点额外的事情。": 3, - "然后上边是樊老师关于课题": 3, - "和好工作形成的一些经验之谈。当然了核心意思就是「无需多么高明的idea，需要的是领域内世界第一，认识深刻」。然后茜姐也跟我说了一下，「世界第一」更多靠的是对领域的细分。比如我们前面的的工作，又可以说是热涨落自驱动集群纳米机器人执行复杂任务（成像）领域的世界第一。": 3, - "最后，demo并不需要解决什么科学问题，只是向大家证明我们能用框架核酸做细胞力学超分辨成像这个事情。": 3, - "综上所述，我其实完全可以尝试重复人家的实验rockman，但是可以做得更简单一点。不过再简单，也要五脏俱全。像框架核酸，超分辨成像，细胞力学这三个关键词是缺一不可的。": 3, - "预实验思考与设计": 3, - "这个实验首先是一个细胞成像，所以我可以选择常用的": 3, - "细胞。然后显微镜目前无法支持活细胞成像，且只能看基底面薄薄的一层，所以我得先做固定细胞成像。然后得选一个代表性的蛋白，像": 3, - "αβ": 6, - "就可以，年这篇纳米金的工作就完全可以借鉴iu": 3, - "基底面还是得选择封闭修饰，tension": 3, - "还是经过茎环设计的": 3, - "docking链，要充分参考t这篇文章rockman，然后蛋白通过结合对probe施加作用力。但是一看，我就发现修饰到": 3, - "链上也是比较费时间的实验，国内几家公司也没有直接提供这种修饰（尼罗红与细胞膜超分辨成像rccvn）。": 3, - "我想了一下或许有更简单的方案来完成这种连接，据茜姐说连接抗体是现成的技术，所以可以直接选定最经典的vinculin（黏着斑蛋白）的抗体rashoff，修饰链，预杂交到界面上的": 3, - "上。": 6, - "但是如上图所示，vinculin是在细胞内的类似接头蛋白，负责连接actin和integrin，所以还是选择真正跟胞外基质接触的": 3, - "integrin吧，找一下": 3, - "细胞中": 3, - "表达丰度适中，然后也有一些意义的蛋白。注意避免": 3, - "focal": 36, - "adhesion": 42, - "中富集的": 3, - "integrin，因为": 3, - "比较": 3, - "tight，gap": 3, - "height": 24, - "很低，就算": 3, - "probe被拉开，imager也较难去": 3, - "。想来想去，我之前也是做过": 3, - "ntegrin": 12, - "的，所以就用这个试试好了。ea": 3, - "细胞也比较皮实，到时候室温，然后培养基无二氧化碳也能坚持几个小时，就算拍应该也。不过细胞脱壁的时候得考虑是否选择无胰酶的方案。": 3, - "细胞这边的东西考虑好了，接下来就是界面和初步的": 3, - "的设计。我考虑是界面上伸出": 3, - "链，但是": 3, - "docking链被": 3, - "hairpin": 9, - "封闭，hairpin一端连接着抗体，被拉走了就能暴露": 3, - "序列，然后被": 3, - "可逆的结合到一起。这里需要搞清楚的就是选择什么": 3, - "序列，其它的我都比较清楚。我可以参考一下早期的基于d": 3, - "hairpin的tension": 3, - "工作lakely": 3, - "hangiu。": 3, - "但是上述方案还不如下边这个简单rockman：": 3, - "我把变成抗体蛋白，甚至连都能搞tabley。然后docking序列换成跟现有的": 3, - "匹配的，剩下的部分做一下调整，控制含量，避免特殊二级结构形成，就可以了。": 3, - "endocytosis": 30, - "另外一个我比较感兴趣的是": 3, - "过程中的力学。以": 3, - "clathrinmediated": 12, - "为例aksonen，该过程会回收一些细胞表面受体蛋白，如果我们能够把抗体指向这些蛋白，就有可能知道它们被回收时产生的作用力。": 3, - "但是这里就涉及到一些问题，比如哪些蛋白更需要被研究？然后这些蛋白会分布到细胞膜下表面去吗？我觉得这是后一个阶段可以考虑的问题。这只是说明了用抗体标记任意膜受体蛋白的好处。": 3, - "预实验方案小结": 3, - "小结一下预实验的基本方案：": 3, - "细胞：ea": 3, - "抗体：靶向": 3, - "亚基，连接": 3, - "界面：封闭，biotinavidin连接": 3, - "probe：拉链式，如下图所示": 3, - "imager：ss、imager": 3, - "成像阶段：arly": 3, - "attachment（living": 3, - "imaging，": 3, - "h）": 3, - "观测目标：不断扩大的接触圈（如下图）rockman": 3, - "目前仅需要简单设计下序列，然后购买抗体，连": 3, - "后来想到，如果不用抗体，可以直接使用": 3, - "aptamer（核酸适配体调研）": 3, - "呀，这个更快！但是就需要找一下合适的蛋白对象了。": 3, - "尼罗红细胞膜成像实验": 6, - "验证尼罗红做细胞膜超分辨成像的可能性，了解细胞": 3, - "arly": 6, - "dhesion": 18, - "的窗口期，判断细胞膜下表面跟基底面的间隙高度情况。": 3, - "时隔很久之后做实验，打算搞得简单一点。找人要一点": 3, - "细胞，铺一个": 3, - "皿，孵育": 3, - "个小时，一个做固定处理，然后直接拿去拍": 3, - "实际操作": 9, - "下午到系统楼，找魏雨涵要了一点ek细胞，虽然比较圆，贴壁也不是很好，但是对于我的实验目的来讲可堪一用。孵育过夜，明天一大早拍，跟卢沙沙协调一下时间。": 3, - "准备去溶解和分装，参考：": 3, - "!购买尼罗红染料配置": 3, - "早上到系统楼把": 3, - "细胞给固定了（看了一眼细胞铺板密度尚可），然后带到转化楼来备用，看今天什么时候有空就去拍一下。我感觉得准备买一个手提恒温箱之类的东西，不然这样细胞拿来拿去太不方便。购买一个移动保温箱": 3, - "!常规细胞实验方法整理细胞固定": 3, - "实验到这一步，我基本上无法判断所谓的窗口期了，不过这个也不是特别重要。固定的ek细胞还是可以用于尝试拍细胞的，这也是很有意义的摸索。": 3, - "预约了今天上午点到点的": 3, - "，打算先计划安排一下。": 3, - "首先是": 3, - "的成像参数，类似": 3, - "cy，用": 3, - "激光激发，但是这个通道一般拍单分子界面会比较脏，所以我需要先拍没用用": 3, - "染的阴性对照，看看什么情况。然后再用": 3, - "的染液染，再拍摄看看情况。最后我可以尝试使用非全内反射的方式拍拍看。": 3, - "事实上考虑到点扩散函数，在三维空间上是漏斗状的，所以我也不确定直接这样拍是否能够简单地根据信号的亮度来判断其高度。但是肯定高度太高的细胞部分，由于的特性，是拍不出来的。": 3, - "从八点半开始，搞了两个小时，采集完了所有数据，接下来就是分析一下。分析的记录可以接着这个文档写，但还要把主要的结果贴到中去。": 3, - "去了之后发现水平仪很偏，花了点时间调平：": 3, - "数据分析": 27, - "细胞轮廓获取": 3, - "不能扫描z轴，所以我自己在模式上，慢慢调整z轴位置，拍单张，然后做成stack，见上图左侧，然后搞了一个": 3, - "median": 3, - "projection，见上图右侧，可以用于获取细胞的轮廓。注意这里应该有好几个细胞。": 3, - "未染色细胞基底面背景情况": 3, - "首先": 3, - "通道确实是有比较多的杂质背景的，然后基本确定拍细胞基底面的最佳穿透深度是": 3, - "nm。此时信噪比较高。": 3, - "然后背景杂质的信号，在的激发下，": 3, - "曝光时间，无信号背景是，机器的": 3, - "offset": 3, - "count": 15, - "值一般大于": 3, - "，最高在": 3, - "再看下其它通道，基本上可以判断最好的还是": 3, - "通道，确实是不容易有什么界面上杂质引起的背景。contrast": 3, - "均调整为": 3, - "。这对于我们选择探针的荧光标记非常重要。": 3, - "实验条件和拍摄参数": 3, - "对于实验条件，主要就是": 3, - "的染料浓度，从我自己稀释的这个染液来看，得用": 3, - "甚至更低的终浓度，然后染液加进去之后大概需要": 3, - "的平衡时间。": 3, - "对于拍摄参数，比如激光功率，曝光时间都做了一些摸索，目前暂时感觉": 3, - "的能够得到比较正常的闪烁的单分子荧光信号。后面会尝试从单分子信号重构出细胞膜下表面形貌，并对这两种条件进行比较。为了节约时间，我每个条件拍摄的都是": 3, - "帧。": 3, - "我的假设是：细胞膜离基底面的高度，可能跟单分子信号的密度有一定程度的负相关性，即间隙高度越大，累积信号密度越低。": 3, - "lipid": 27, - "中的荧光量子产率，我设定为": 3, - "，根据文献ose报道。拍摄中使用的": 3, - "ain": 15, - "，相机": 3, - "offset（baseline）是": 3, - "，picassolocalize": 3, - "参数如下所示：": 3, - "然后打开": 3, - "render，看下点累积的效果：": 3, - "还是能够获得一些信息的，接下来就是要把细胞的轮廓跟这个做一个共定位。": 3, - "然后看下两种参数拍的效果：": 3, - "注意左侧是": 3, - "ms，右侧是ms，且右侧的": 3, - "localize": 6, - "参数也略有差异，所以render出来的效果上就会有所不同。主要是左边的条件能够采集到更多的单分子荧光信号，而在的激光功率的时候，荧光分子容易被淬灭。": 3, - "圈选一些结构上的数据来看，ms的光子数水平要比": 3, - "ms高": 3, - "倍，显然还是ms条件更优。": 3, - "ms的数据做了": 3, - "filter，结果那些比较特殊的结构都被去掉了（可能是因为单分子信号有融合或者不够典型），留下来的就越发像我最开始预期的一样了。": 3, - "感觉基底面拍的还不如直接高": 3, - "浓度拍摄的，如果不看超分辨的话。事实上传统的分辨率是": 3, - "nm，如果这里能够做到": 3, - "也是很好了啊。注意上图存在视野漂移的情况，所以共定位不是很好。": 3, - "然后分辨率这个东西，可以看到膜轮廓的宽度就有": 3, - "nm，根本没搞成什么超分辨。": 3, - "结论": 3, - "的超分辨能力是毋庸置疑的，而从这里的结果来看，确实能够对细胞膜和基底面的间隙空间形貌进行表征。而且还有一些特征的圆环": 3, - "pattern，这可能是细胞固定造成的。另外细胞外可能有大量的胞外囊泡或胞外基质（分泌外囊泡还是比较多的）的或者其它因素，导致": 3, - "发光。": 3, - "细胞内部确实存在比较明显的空腔，虽然细胞地面并没有明显的外部轮廓，但是胞外基质之类的可能会阻止较大的分子向细胞基底间隙扩散渗透。": 3, - "细胞样品并没有扔掉，下一次可以把修饰的荧光单链和四面体都扔进去看看。不过我觉得最好是搞一个": 3, - "的细胞吧。因为": 3, - "也会造成一些": 3, - "通道的杂点。": 3, - "另外一个事情，如果能够用": 3, - "扫描一下这个细胞的基底面，或许也能够得到一个很好的比较的参照。就是说一般": 3, - "对于这个基底面的成像是无能为力的。": 3, - "确定要培养的细胞": 6, - "明场图像": 3, - "最终确定要培养细胞作为细胞力学成像的基本模型。": 3, - "这次要真正好好养一到两种细胞，后面能够测量他的traction": 3, - "force。其实我是倾向于养": 3, - "这个细胞。因为它是一种具有肿瘤迁移能力的癌细胞。贴壁不是特别好，所以基底面间隙会大一点。然后我们手上的无论哪种": 3, - "（，）或者抗体对它都可以用（见购买抗体和适配体）。": 3, - "刚到群里瞅了一下，在交大这边有潘改芳和尹芳菲曾经询问过，但是似乎都没有人能给回答。": 3, - "所以细胞大概率也是没有的。另外尹芳菲还给我提供了信息，这边液氮罐疏于管理，有一段时间液氮都没了，导致细胞复苏之后存活率特别低。而目前大家在养的细胞，我目前了解到的就是": 3, - "ep、ea、巨噬细胞等等。": 3, - "为了方便搞清楚情况，我先在细胞培养群里边发一个表格。但是这个事情还比较急，所以我决定上午的时候，带着师弟去细胞房摸排一下情况。": 3, - "检查细胞种类": 3, - "带着周高昂师弟到系统楼转了一下，先看了细胞房在养的细胞，然后又看了一下液氮罐的冻存的细胞情况。细胞培养基，常见的、": 3, - "都是有的。细胞目前在养的感觉也就是：": 3, - "梁承品：ea": 3, - "戴琨：anc，aw": 3, - "赵海培：ep，ep": 3, - "魏雨涵：ek，，（雌性生殖干细胞）": 3, - "然后大家冻存的细胞：": 3, - "谢晓冬：ea（）": 3, - "郝亚亚：稳表达das的ea细胞系（）": 3, - "张霜叶：（）": 3, - "戴琨：ea，ep，anc": 3, - "丁飞：，": 3, - "注意括号内为冻存盒位置。但是冻存盒其实还是可以有更具体的编号的。另外大家用的冻存罐似乎也不大好（有液氮漏进去），最好还是用": 3, - "的。": 6, - "购买一波物品": 3, - "通过共享表格，我已经知道了潘改芳在养": 3, - "细胞，可以找她看看能不能传我一盘。这个是最快的方案。然后就是相应的一些培养基和试剂耗材的准备。": 3, - "离心管：找张霜叶要，她说有，弄一点灭菌即可": 3, - "铝质饭盒：值日的时候总能找到一些空饭盒": 3, - "离心管架子：可以到探索平台上购买": 3, - "透明离心管架子：可以到探索平台上购买": 3, - "细胞冻存管：到": 3, - "上购买": 3, - "普通金属镊子：用于夹取离心管和酒精棉球，可以到探索平台上购买": 3, - "文具夹子：用于夹住打开的培养皿包装带": 3, - "探索平台账户：，": 3, - "，是组内常用购买一些常规耗材的平台。购买时注意修改收货人信息，和发票信息。": 3, - "后续交给周高昂师弟去购买，都不是很着急，下午可以找潘改芳问一下细胞的情况。": 3, - "靶蛋白背景知识": 3, - "这就是一个高度糖基化的膜蛋白，癌细胞普遍高表达，但是糖基化不充分，所以能够暴露一些抗原表位。蛋白在文献中iua细胞是阳性对照，ep细胞是阴性对照，注意这两种细胞都使用": 3, - "培养基培养。": 3, - "膜蛋白recycle背景": 3, - "我在组会上提到，细胞会通过endocytosis的方式回收一些膜蛋白。但是对于我们选定的这些蛋白，比如": 3, - "nucleolin、": 3, - "这些蛋白的回收速率等相关情况，有没有报导，或者大家研究这个膜蛋白": 3, - "recycle": 3, - "的常用模型是什么，需要一些文献调研。我能马上想到的是a": 3, - "an的一篇文章iao，把蛋白质拖到lysosome中实现knockdown的，有点类似": 3, - "的策略。里面提到了一个": 3, - "cellsurface": 3, - "lysosomeshuttling": 3, - "receptor（），也是有": 3, - "的，长度为": 3, - "nt。注意文章中用的就是最简单的ea细胞。": 3, - "适配体序列如下所示：": 3, - "所以后续可以再买一个适配体过来玩玩。": 3, - "潘改芳已经给我传了细胞": 3, - "细胞一般就是两天传一下，明天可以看一下密度，然后决定什么时候传代铺板，用手上有的的aptamer测试一下，找一个": 3, - "作为对照。也算是对自己手上的细胞做到心里有数。": 3, - "细胞分时黏附成像": 6, - "成像最终没做成，不过还是有不少有用的结论：": 3, - "纳米金球还是不大适合作为": 3, - "fiducial": 15, - "marker": 27, - "ep细胞在室温条件下，完全培养基中也能在几个小时内贴壁": 3, - "找到了合适的拍摄参数，sm的信噪比还可以，能到左右": 3, - "s拍单分子荧光感觉得到的sigma更准确": 3, - "接下来就是要看下": 3, - "的一些膜蛋白，特别是": 3, - "的表达量了，然后就准备一下所谓的": 3, - "probe。把界面做好，直接就可以成像了。": 3, - "当然这是一手准备，另外我也可以考虑用": 3, - "复现一下经典的": 3, - "成像，从而证明我们做超分辨细胞成像的能力。": 3, - "实验目的见：!tcjs": 3, - "细胞准备": 3, - "早上快马加鞭先拿周高昂师弟养的": 3, - "细胞传了": 3, - "皿。他之前说": 3, - "细胞铺的中皿，长了": 3, - "天变成了": 3, - "w（细胞计数": 3, - "wm），说明这个细胞还是很给力的，生命力旺盛。我铺板的时候每个皿": 3, - "w多细胞（": 3, - "细胞悬液）。": 3, - "铺板是上午九点半，然后预计收的时间分别是十点半、十一点半、十二点半一直到下午两点半。我收了第一个十点半的样品，跟周高昂师弟交代了": 3, - "一下注意事项，比如": 3, - "固定时间调整为": 3, - "min，然后漂洗都变为一次，而且要尽量轻柔。此外，我还搞了一个室温放置的confocal": 3, - "皿作为贴壁对照，可以跟放在培养箱中的相互比较。": 3, - "大致思路": 3, - "做完了以上事情，我才有空腾出手来写详细的实验计划。有些时候有些实验准备其实是不需要太详细的书面实验计划的，但是这个仅限于我这种老手做细胞传代铺板这么简单的事情，而且还是因为想着今天下午三点开展一下的成像实验。": 3, - "今天下午主要是想做": 3, - "。成像的对象就是": 3, - "的细胞膜，docking": 3, - "链就是胆固醇，然后预杂交上": 3, - "abel，然后用": 3, - "链去做": 3, - "。条件也不用怎么摸索，就参考最早的那个，用": 3, - "mager，然后细胞膜的胆固醇链修饰密度要稍微注意一下。我觉得还是使用": 3, - "的孵育浓度搞": 3, - "min，先不用洗，直接拍拍看。如果背景很高，就漂洗一下。准备好各种溶液，避光保存，使用微流控来换液。": 3, - "试剂耗材准备": 3, - "nchor": 6, - "solution：合成": 3, - "holabel预杂交探针备用，稀释倍使用": 3, - "ash": 9, - "solution：": 9, - "g离子（·g）": 3, - "水：清洗微流控的管子": 3, - "arker：由于是cycy的，所以可用绿色的荧光小球，也可以试用下纳米金（": 3, - "拍摄参数设定": 3, - "这次做，成像视野尽量包含整个细胞，但是考虑到信号什么的，可以用": 3, - "的bin，这样生成的是": 3, - "format，每个像素大概是": 3, - "nm，足够了。": 3, - "另外需要注意，细胞成像没有": 3, - "marker，如果可以的话，最好是用一个": 3, - "marker，如果有比较大的纳米金球最好，没有的话也不要紧。郑浩然有": 3, - "的纳米金球，应该是很": 3, - "ok": 12, - "激光功率": 3, - "可以开到": 3, - "左右，因为按照昨天帮潘莉做到的漂白曲线来看尝试对光漂白的台阶曲线做分析，一般一个": 3, - "分子在": 3, - "这个激光功率下就是": 3, - "左右就会被淬灭。而": 3, - "的结合停留时间也就是": 3, - "左右，所以我得出一个": 3, - "的激光功率参数。": 3, - "相应的曝光时间也可以稍微拉长一点，": 3, - "就好了。所以有信号可以维持个三帧左右，会有很好的信噪比。": 3, - "拍摄时长，我觉得一个样品拍两个视野，每个视野半个小时足矣。今天总共有五个样品，我拍第一个做个示范，接下来让师弟师妹们操作。今天就能把这个数据拿到。": 3, - "`yaml": 24, - "ame": 87, - "embrane": 99, - "xower": 3, - "receptor": 24, - "left": 3, - "donor": 15, - "right": 18, - "ormat": 6, - "bin": 15, - "px": 3, - "ixelize": 3, - "xposure": 3, - "uration": 3, - "hoton": 6, - "onversion": 3, - "hotons": 3, - "ffset": 6, - "？": 3, - "也可以考虑先": 3, - "拍摄，": 3, - "帧也就十几分钟。总之根据实际情况决定。": 3, - "制作细胞膜": 3, - "nchor，度孵育分钟，然后迅速取出放到冰盒中退火。": 3, - "获取": 3, - "的胶体金（郑浩然），取用其中": 3, - "的倍比稀释到": 3, - "水中，分别有": 3, - "倍（），一万倍（）和一百万倍（），在做细胞之前可以先看下纳米金。": 3, - "到地下室发现师妹在用仪器，然后一看我预约到自己的日历上了。以后还是要注意啊。": 3, - "s相机光子数换算": 3, - "主要参考上面的截图，跟略有不同，ffset可能要实际测量确定。": 3, - "ep细胞的黏附真强": 3, - "让师弟留意室温放置的": 3, - "细胞的黏附情况，作为对照也拍照记录下。结果发现这个细胞室温也能贴壁得还可以。": 3, - "现象": 3, - "这是": 3, - "细胞培养箱孵育后从上图可以看到，还是可以发生的，但是并不是一个": 3, - "sm，可能是因为nchor的浓度太高了（": 3, - "min）。注意这个拍摄参数是": 3, - "的cy": 3, - "通道激光激发的。穿透深度是": 3, - "nm。": 18, - "除此之外，我也知道了": 3, - "这个细胞贴壁的时候，可能是这个样子的（纵切面如下图）：": 3, - "然后看": 3, - "通道，没有细胞的区域有很多密密麻麻的信号，可能是": 3, - "anchor": 3, - "没有漂洗干净导致的所谓的非特异性吸附。而细胞区域内的下表面，越靠近中央的部分，细胞间隙可能越大，所以看上去会有点暗，因为cy分子由于离基底面太高，可能在倏逝波的作用下无法被充分激发。": 3, - "sm信噪比": 3, - "后面做了一个": 3, - "孵育细胞": 3, - "，然后加": 3, - "拍摄的结果（": 3, - "曝光），能够看到一些闪烁的点了，但是似乎还是拍不出来，我估计应该是界面太脏，膜上的单分子信号质量不如界面上的（有高度差）。": 3, - "中半自动地圈选了": 3, - "个点，然后做了一些": 3, - "filter，得到上面的情况分析，可以看到": 3, - "通道的光子数大概是": 3, - "，信噪比能到": 3, - "左右。": 6, - "不知道师弟用的什么拍摄参数，反正我是按照": 3, - "ain来计算的，看下来sxsy的表现也很不错，不像以前一样。不过这个同样啥都没拍出来，也是很奇怪。": 3, - "细胞下表面的mager非特异性结合": 3, - "以内的mager可以进入间隙，非特异性吸附情况似乎并不严重。": 3, - "根据昨天的情况（见细胞下表面成像），今天下午只做一个简单的实验，就看下": 3, - "对细胞表面非特异性吸附如何？": 3, - "sage": 3, - "看下": 6, - "mager的细胞界面非特异性吸附": 3, - "非特异性吸附": 3, - "看下的非特异性吸附": 3, - "看下单链mager的吸附": 3, - "注意此次的": 3, - "都是新鲜合成的，用": 3, - "荧光修饰。": 3, - "细胞样品先拍摄没有添加任何mager的空白细胞，看看背景，再原位加入mager": 3, - "buffer）。": 3, - "可以尝试使用明场照明，看下细胞在那里，在原位拍下细胞下表面区域情况。": 3, - "号样品是昨天的": 3, - "lank，已经加过": 3, - "mager，注意充分漂洗。": 3, - "带着大家一起操作": 3, - "号样品先行，初步判断，cy": 3, - "通道和": 3, - "通道的背景荧光都比较少，然后换上含有": 3, - "u，静置平衡分钟，观察": 3, - "通道的荧光情况。看完这个，让三位新生拍剩下的，作为考试。": 3, - "u）": 3, - "吸出培养皿中的": 3, - "将细胞放入载物台，静置分钟": 3, - "拍摄cy通道两个视野": 3, - "数据基本说明": 3, - "如上图所示是单链": 3, - "的结果。我们用模式（角为，透射）在": 3, - "通道下获取细胞轮廓（左图），然后再切换到": 3, - "模式，穿透深度": 3, - "nm，旋转角": 3, - "d，曝光时间": 3, - "ms，激光功率": 3, - "，拍摄": 3, - "通道的": 3, - "信号，视频": 3, - "帧（中间）。为了方便显示，我做了一个": 3, - "ax": 21, - "rojection，可以看到在固定时间段内信号的累积。这个说明": 3, - "是可以渗透到细胞膜下表面跟基底面的缝隙中的。后面直接用做完": 3, - "rojection的结果进行直观的比较。": 3, - "以内的mager可以进入间隙": 3, - "从上图所示结果来看，在平衡时间分钟内仍不能很好进入细胞底部间隙，且还容易造成细胞外的背景升高。": 3, - "跟": 21, - "表现比较类似，证明可以进入到细胞间隙中，不过似乎细胞外背景也有所升高。": 3, - "此外，由于这些样品都属于无靶标，所以mager还是存在一些非特异性结合，不过目测细胞区域内外并没有太大区别，所以可能在允许范围内。": 3, - "最后，通过确定的细胞边界似乎与看出来的细胞轮廓并不是很一致，可能是因为成像焦面差异太大。后期可以考虑使用一些膜染料来帮助确定界面处的细胞膜区域边界。": 3, - "细胞膜表面的confocal成像": 9, - "带着周高昂师弟一起完成了这个预实验，初步判断": 3, - "aptamer方案可行，接下来还有更重要的": 3, - "成像要看。": 3, - "周二准备好细胞，周三固定好，做完染色就可以用": 3, - "先看一下。我主要用到一个": 3, - "aptamer，一个胆固醇修饰的": 3, - "链，然后再搞一个普通的细胞膜染料，比如i之类的。另外可以对细胞核做个染色，毕竟都要拍": 3, - "confocal了。再加上一个空白细胞的对照，我需要用ea铺个": 3, - "组别": 6, - "细胞膜标记": 6, - "加abel": 6, - "目的": 3, - "测试aptamer可用性": 6, - "注意浓度时间": 3, - "同上": 15, - "用作膜标记对照": 6, - "ii": 15, - "膜标记对照": 6, - "ull": 3, - "荧光链用量对照": 3, - "背景荧光": 3, - "ptamer：活细胞孵育，": 3, - "ii：活细胞孵育，": 3, - "hol：活细胞孵育，": 3, - "abel：固定后添加，": 3, - "细胞核染色：oechst，固定后染色，": 3, - "：预冷，固定分钟": 3, - "用到的序列信息": 3, - "标记": 3, - "序列": 3, - "修饰": 3, - "新购离心后添加": 3, - "到": 24, - "u，ptamer合成仅需": 3, - "℃": 3, - "min，然后直接退火到": 3, - "℃，尽量现配现用。": 3, - "核酸适配体细胞膜标记": 3, - "看了一下文献iua，这个核酸适配体，直接度变性分钟后退火annealing即可。严格来讲，似乎需要前后跑个看下结构是否形成？估计形成二级结构前后差异很小，很难区分，算了。": 3, - "孵育细胞时候的": 3, - "用量，从": 3, - "u，时间也可以好几个小时aia。如果是要让跟着nucleolin内吞，大概个小时iua。所以我估计这个细胞膜表面染色，可能最多半个小时？另外一个事情，就是这种标记是否需要活细胞标记，固定后就不行？": 3, - "另外文献中报道，": 3, - "如果使用": 3, - "就能抑制": 3, - "癌细胞的生长，但是对于正常细胞细胞却没有作用，即便把浓度提高到": 3, - "uoundararajan，但需要注意的是此文作用于细胞浆中的nucleolin，以及bcl。": 3, - "总之为了方便，两个": 3, - "我都使用": 3, - "的浓度，活细胞状态下标记": 3, - "分钟，然后进行固定。固定的时候使用预冷的": 3, - "搞分钟即可。更多细胞固定方法参考知乎。": 3, - "固定之后，再加入": 3, - "荧光链室温孵育": 3, - "分钟，浓度控制在": 3, - "u，然后再漂洗掉多余的": 3, - "abel。注意这个时候的incubate": 3, - "buffer，可能要使用含有": 3, - "离子的": 3, - "促进杂交了。": 3, - "常规细胞膜染料使用": 3, - "i应该是在碧云天买的。最大激发波长为nm，最大发射波长为nm。跟cy类似。最常用的浓度为μ。i可以直接染色活的细胞或组织，染色时间通常为分钟。": 3, - "事实上有的是i，是一种绿色荧光探针。最大激发波长为nm，最大发射波长为nm。另外我们还有": 3, - "itoracker": 3, - "染料（ed），可以让师弟拍着玩玩。": 3, - "顺带了解到碧云天还有微丝": 3, - "上午十一点细胞铺板，mm的confocal皿；每个well，": 3, - "细胞悬液约万": 3, - "细胞。细胞来源于戴琨，生长过密，状态不佳。使用": 3, - "培养基。": 3, - "整理了一下相关的抗体试剂，并溶解了所需的ptamer": 3, - "。整理归置细胞成像相关物品": 3, - "下午四点带着师弟去给细胞换液，经过四五个小时之后，果然还有一些细胞没有贴壁，用漂洗一遍，然后换新鲜培养基即可去除这些贴壁能力差的细胞。总体来看，还是要过夜培养，明天下午再继续后面的实验。": 3, - "下午一点半开始制备三个膜和膜蛋白的探针，abel和ptamer预杂交（混合）好后，再带到细胞房去。杂交后浓度为": 3, - "u，孵育（固定后）细胞终浓度为": 3, - "n，孵育时间为": 3, - "min。这样可以减少操作步骤和时间。!asted": 3, - "png!ptamer和abel预杂交配方表xlsx": 3, - "下午两点开始固定细胞、染色、漂洗，搞了三个小时。晚饭后快速用": 3, - "看了下效果。与空白对照相比，两个aptamer都有信号。与胆固醇对全部磷脂双分子的标记相比，信号很弱。另外单独": 3, - "polycy": 3, - "这个": 15, - "标记的也有荧光，可能这种存在非特异性吸附。!asted": 3, - "confocal拍完的细胞样品，加": 3, - "·g{}": 3, - "m，放到冰箱度暂存，后面再用。": 3, - "ea细胞系污染": 3, - "在细胞固定前我检查了一下，发现有两种截然不同的形貌。本来我还以为是之前戴琨养得太密了有些细胞有点贴壁不好。但是我估计他可能把巨噬细胞混入了ea细胞系中。然后可以看到巨噬细胞中好多巨噬泡。": 3, - "核酸适配体的信号": 3, - "总的来说，核酸适配体在我们这一套操作流程下还算是可以靶向细胞膜蛋白的，但是比较弱，可以在孵育的阶段，孵育时间和使用浓度上再做优化。!confocalcellembraneresultpptx": 3, - "confocal拍摄三维图像": 3, - "!ovieavi": 3, - "上边是": 3, - "的三维成像的结果（mage初步处理，太丑了），可以看到细胞膜上确实是有的，但是基底面什么的很难用": 3, - "看到。": 3, - "细胞下表面成像": 12, - "实验并不成功，无法得出有效结论。需要更好的实验设计再做。": 3, - "如果细胞下表面间隙较大，docking位点离界面太远，也可能拍不出来，因为倏逝波。如果细胞贴壁太好，imager": 3, - "渗透不进去，同样拍不出来。所以这个实验设计还是有问题。": 3, - "接着细胞膜表面的confocal成像，有": 3, - "个细胞样品可用。在探针设计上（计划imager基底面成像实验），已经结合到细胞膜表面的robe可以存在": 3, - "位点，可以用": 3, - "做": 21, - "。此次": 3, - "成像实验，主要有三个目的：": 3, - "在单分子水平，更灵敏地判断核酸适配体对靶标的特异性结合": 3, - "能够渗透进入下表面的空间与": 3, - "位点结合": 3, - "了解": 3, - "imager（cy）与": 3, - "情况": 3, - "此次实验均使用": 3, - "imager，使用前从储存液（": 3, - "u）倍比稀释到": 3, - "u，再稀释到": 3, - "n。采用": 3, - "的方式成像。": 3, - "说明": 6, - "先使用hol组做阳性测试，确定的拍摄参数。": 3, - "再按照顺序进行": 3, - "，查看对比成像效果。": 3, - "先看了一下hol组，发现界面很脏，几乎很少": 3, - "再看lank组，添加的": 3, - "更多在细胞边缘，说明不能很好地扩散进入细胞跟基底面的间隙内": 3, - "发现拍摄的时候需要用比较大的穿透深度，另外角也不是很好调节": 3, - "细胞失败": 3, - "!holsmellmp": 3, - "左边是": 3, - "通道，右边是": 3, - "通道，我用": 3, - "的激光激发，理论上如果是": 3, - "，左侧信号应该比较多。但事实上刚好相反，说明": 3, - "根本没有结合到细胞膜上。或者因为漂洗与放置时间过长，导致": 3, - "链丢失？": 3, - "分屏后光斑位置映射关系": 3, - "上图显示了分屏器的共定位情况，总的来说，左边屏幕的光斑，像素值再增加": 3, - "即可找到对应的右侧的相同位置的点。注意在下半部分还是存在一定误差，所以最好把观测视野放到上半部分。!分屏映射校验图tif!分屏位置映射关系xlsx": 3, - "ss较难渗透入细胞下表面间隙": 3, - "空白细胞组，如上图所示，有四个细胞基底面区域，但是只有一个细胞渗透的": 3, - "信号比较多。所以如果要用": 3, - "的方式对细胞膜表面的一些力学性质做测量，可能选择贴壁太好的细胞搞不成。另外，细胞核染色似乎也会造成一些影响。": 3, - "这里还是用了": 3, - "imager，所以还缺少一个真正的": 3, - "blank": 3, - "对照。": 3, - "采集的": 3, - "信号尽量还是不要选择": 3, - "cy，因为界面上大凡有点什么脏的，可能就有这个信号。这个事情明天可以用纯空白完全没有处理过的细胞尝试一下，上次做实验（见细胞膜表面的confocal成像）还剩下三个。": 3, - "docking链丢失的问题也很好解决，hol": 3, - "这一组，可以再去拍一拍": 3, - "看看，如果丢失了，confocal": 3, - "也拍不出来才对。如果没有丢失，confocal": 3, - "应该还能拍出类似的结果（见细胞膜表面的confocal成像）。": 3, - "与细胞膜靶标的结合尚待优化。": 3, - "与ptamer的spacer形成双链，可能可以提供一定的刚性，但如果跑掉了，这个": 3, - "可能就比较柔软，使得末端的": 3, - "位点不是那么容易暴露。从来看，的": 3, - "荧光并没有在": 3, - "中那么强。所以要考虑存在这个可能。如果真是这样的话，后面可能要考虑样品要尽可能fresh，而且spacer延长为个。": 3, - "用ssimager对细胞基底面成像": 6, - "这是一个预": 3, - "，看到今天晚上仪器有空，我可以直接弄一点": 3, - "去拍摄，非常快的。": 3, - "ss，如果能找到以前剩下的": 3, - "也可以一并看了。使用浓度就是": 3, - "n。可以先拍一下不上": 3, - "的作为阴性对照。": 3, - "结果发现，cy": 3, - "通道杂质太多了，nil": 3, - "拍出来的重构连细胞轮廓都看不到了。而且杂质在": 3, - "通道也有信号。然后添加": 3, - "带有": 3, - "并不能显著增加": 3, - "通道的信号数量，说明": 3, - "ssimager": 3, - "对于细胞表界面是没有多少非特异性吸附的。": 3, - "所以后面还是得用全新的ea细胞来做这个实验。": 3, - "整理归置细胞成像相关物品": 6, - "βubulin单抗：bsin（），鼠源，细胞微管": 3, - "单抗：（），兔源，细胞微管": 3, - "已归置到度盒子中。但是注意二抗说明书是": 3, - "度保存的。": 3, - "：带一条同上mager的延伸链（一套，四条链）": 6, - "：带一条同上mager的延伸链（一套，八条链）": 3, - "：ptamer": 6, - "hol：胆固醇修饰docking链": 3, - "abel：细胞膜荧光标签": 3, - "mager：ss": 3, - "已加": 3, - "buffer（p）到": 3, - "u，并放置到": 3, - "度盒子中。": 3, - "a：硼氢化钠（危化品，暂不使用）游离醛可以用硼氢化钠洗涤除去": 3, - "：曲拉通，细胞通透用": 3, - "glutaraldehyde：戊二醛，细胞固定用（危化品，暂不使用）": 3, - "：牛血清白蛋白，封闭非特异性抗原用": 3, - "biotin：生物素修饰": 3, - "eutrvidin：链霉亲和素，结合biotin": 3, - "反应试剂盒：与抗体一同放置于度": 3, - "关于细胞固定用于免疫荧光成像，可以参考一些资料。危化品，只要不是易制爆的，可以正常地从化学品平台走流程。": 3, - "很多相关试剂，可以在我们课题组的试剂库存中查询到。": 3, - "库存管理": 3, - "confocal再探细胞膜": 6, - "上图左中右分别是两天前刚做好": 3, - "样品拍的，以及多次漂洗后今天拍的两个不同视野的细胞（已调整至相同contrast）。以后这种的细胞表面修饰，还是使用比较": 3, - "gentle": 3, - "的方式来处理吧。": 3, - "参考前两次实验：": 3, - "觉得还需要对": 3, - "做一次": 3, - "成像，判断一下：": 3, - "是否cy荧光丢失（）": 3, - "细胞下表面的信号情况如何（）": 3, - "然后由于": 3, - "对于细胞膜良好的标记效果，可以search一下这个样品（疑似巨噬细胞混到了ea中）一些有意思的现象。另外，也可以让自己对于": 3, - "的操作更加熟悉一点。周高昂师弟今天上午学习四面体合成表征，就不带他了。": 3, - "很快就发现确实": 3, - "信号丢失很多，刚开始以为是某个视野被拍得淬灭了，又切换到其它视野也差不多，所以确实是": 3, - "解离了或者是整个胆固醇修饰的链都跑掉了。": 3, - "不稳定。": 3, - "另外还发现细胞膜存在一些破损，说明固定漂洗的步骤存在一些问题": 3, - "此外，cy信号分布已经不均匀，可能与lipid": 3, - "raft": 6, - "有关，胆固醇在这种地方结合比较紧密。": 3, - "另外本次实验还采集了细胞核的三维数据，细胞分裂时的染色体清晰可见，但是暂未处理。": 3, - "confocal使用注意事项": 3, - "今天使用": 3, - "遇到了一些问题并解决掉了，形成以下几条经验：": 3, - "切换样品时，显微镜前面板上可以oad": 3, - "osition，物镜会降下去，然后放好新的样品，再按向上就回到原来的焦面附近": 3, - "目镜下找焦面，可以在软件的locate": 3, - "panel": 3, - "中选择相应的通道，常用的明场或者细胞核（如果染了oechst）": 3, - "做细胞三维成像的时候，不要着急渲染和导出视频，此处会导致未知错误电脑重启，所以建议坚持这个原则：采集数据和分析数据分开。": 3, - "在confocal正式拍摄的时候，注意关掉灯。成像参数可以选择慢一点，以及做以下average，减少背景波动。": 3, - "采集和保存数据的时候，看情况选择bit或者bit。前者占用存储空间更少，而后者数据精度更高。": 3, - "制定细胞力学超分辨成像初步计划": 6, - "看了很多文献，目前我觉得结合实际情况，想比较快的做一些相关的工作，demo就是用": 3, - "对细胞膜进行实时超分辨成像。": 3, - "只能激发细胞膜跟基底面的部分空间（": 3, - "nm），而这个部分则是细胞力学成像的主战场，主要包括一些受体蛋白跟基质的相互作用。但是已有的空间分辨率不够，而新兴方法如使用的是一次性力学探针，只要作用力超过阈值，就亮了，后面这个位置发生了什么是无法继续检测的，所以新方法不能监测特定位置的连续力学动态变化。此外新方法还有样品制备非常复杂等现实条件制约。": 3, - "是一种膜染料，结合到细胞膜上才会发光，另外它会可逆地结合到膜上，在": 3, - "的极低浓度下能够产生单分子荧光信号，所以很早就被应用于超分辨成像。haronov": 3, - "后续也有不少人基于此发展细胞膜的超分辨成像，甚至能够以分钟的时间分辨率看到": 3, - "的过程anylchuk：": 3, - "scale": 3, - "可以看到，这种基于": 3, - "做出来的细胞膜，估计做完数据处理后，至少也有": 3, - "厚。而从一些文献中得知，细胞膜跟基底面的空间，其实一般在": 3, - "左右，iebel": 3, - "所以要检测这个空间的高度变化，z轴的分辨率（目前基于像散的方法是": 3, - "nm）是一个挑战。": 3, - "但如果能够比较好地检测这个空隙的高度变化，其实是可以反推很多东西的。因为这个高度变化就是细胞机械力的作用结果（形变）。如果能够通过这种方式实时检测空隙的高度变化，我们就可以连续观测整个细胞膜下表面的力学作用图景。虽然不能给出具体精确的力学数值，但是却能够提供关于连续形变的动力学描述。": 3, - "其它重要参考文献": 3, - "三维成像": 6, - "用对折纸结构进行立体成像，z轴分辨率也相当不错，cience大作。其实这个cylindrical": 3, - "lens的用法非常简单，庄小威iaowei": 6, - "huang的工作中uang早有提到。": 3, - "，超分辨多色成像，用到了柱面透镜？在另外一篇cience中说得更加清楚点。inuma": 6, - "尼罗红染料": 3, - "很好的一个工作，除了nile": 6, - "red，还用到另外一种类似的可逆结合的荧光染料，": 6, - "oechst，再加上，实现的多色活细胞超分辨成像，图拍的也很漂亮。⭐pahn": 6, - "用还有一堆细胞膜染料，包括ile": 6, - "ed，研究细菌细胞膜的流动性，用到了但是不涉及超分辨。因为ile": 6, - "ed非常集中能够形成foci。⭐trahl": 6, - "细胞形貌测量": 3, - "用的方式测量细胞跟基底面之间的空隙的厚度，大概在": 3, - "左右。ai": 6, - "细胞表面形貌成像，无论是，还是一些电阻抗的扫描显微镜，都可以做得很好，而且现在来讲速度也上来了，但是都是对细胞上表面形貌的测量。eitao": 3, - "细胞力学相关": 3, - "tabley": 15, - "早期一个关于（表皮生长因子）受体蛋白的": 6, - "sensor。": 9, - "olacheck": 93, - "一篇精悍的综述，归纳总结了现有的一些细胞力学测量方法，指出了": 6, - "存在的问题是不能获取力的方向，当然了这是阈值型probe策略上的局限，此外还有比如样品制备耗时长，只能看二维等等问题。⭐": 6, - "iu": 354, - "大佬halid": 6, - "alaita早期利用纳米金淬灭荧光的距离效应，做的一个tension": 6, - "probe，看了": 6, - "蛋白的作用。也是不错的范文。⭐": 6, - "lotnikov": 15, - "durotaxis，细胞会向胞外基质比较硬的地方迁移，这也是一种趋向性。其中": 6, - "adhesion（）具有": 6, - "fluctuating": 9, - "force，被认为是细胞感受机械力的": 6, - "sensor。另外一篇很早的文章，仔细地介绍了如何根据基质中的荧光小球的运动反推计算细胞的traction": 6, - "force。abass": 6, - "用来测量": 3, - "traction": 63, - "forces的rockman": 3, - "长期计划": 3, - "超分辨的细胞力学测量目前还无法获取作用力的方向信息，利用四面体的结构特点结合": 3, - "或许能够在一定程度上得到作用力方向：": 3, - "估计只能是判断三种状态差异：": 3, - "竖直向上（或者力很大，作用时间很短），三个棱都被拉开，位点充分暴露，结合频次最高": 6, - "与某条棱同向，带一个面翻转，暴露一个位点，结合频次最低": 6, - "与某个侧面中垂线同向，带一条棱旋转，暴露两个位点，结合频次居中": 6, - "注意，这里也不一定使用四面体，或许其它折纸结构（比如": 3, - "tile）会更好。": 3, - "导出记录": 3, - "!制定细胞力学超分辨成像初步计划docx": 3, - "细胞力学成像": 3, - "你好，我基本上已经学会如何使用": 3, - "note": 564, - "了，github有关于这方面的语法和说明，当然了更重要的是，关于题图的自动生成，这个插件似乎是自动抓取前面一部分内容，所以以后每个页面内容结束后，在开头插入一个简短的概要小结。": 3, - "超算平台上部署ulia": 6, - "julia部署": 3, - "julia在科学计算上比python具有更大的性能上的优势，有时间的话可以简单学习了解下。": 3, - "在linux上安装julia": 3, - "登陆jupyter可视化平台之后，打开一个terminal": 3, - "`sh": 30, - "module": 15, - "load": 27, - "miniconda": 18, - "cd": 15, - "esktopxxd": 3, - "mkdir": 3, - "julia": 12, - "wget": 6, - "tar": 6, - "zxvf": 3, - "julialinuxxtargz": 3, - "~bashprofile": 6, - "注意julia软件包可以到": 3, - "ownload": 3, - "下载最新版本的，此处选择": 3, - "linux": 9, - "版本，已经编译好，用": 3, - "命令解压一下，然后使用": 3, - "编辑一下": 3, - "bashprofile。": 3, - "lustrehomeacctccelmqccelmqlabesktopxxdjuliajulia": 3, - "在该文件后面添加如上所示内容即可，退出来后执行命令：": 3, - "这样可以使环境变量即刻生效，就可以直接在terminal中使用": 3, - "了。": 12, - "把julia搞到jupyterlab中": 3, - "terminal": 9, - "中直接键入": 3, - "，然后键入进入包管理模式，进一步输入：": 3, - "`julia": 6, - "add": 3, - "ulia": 27, - "就会开始安装一系列包。安装完成后，键入（向左删除）推出包管理模式，输入：": 3, - "installkernel\"ulia\"": 3, - "\"depwarnno\"": 3, - "然后刷新一下": 3, - "jupyterlab，就大功告成了，julia的": 3, - "kernel": 3, - "已经出现在了新建页面中。立即新建一个": 3, - "ipynb，进入输入语句并执行，毫无问题。💯": 3, - "超算": 18, - "试剂配制计算表": 3, - "配制试剂经常设计到一些简单的关于浓度、质量和体积方面的计算。所以这里放上来相关的一些excel表格，方便复用。swjxl": 3, - "!nile": 3, - "染液配置表格xlsx": 3, - "购买尼罗红染料配置": 3, - "抗体连": 3, - "配置crosslinker溶液": 3, - "叠氮化物（hermo，），w：": 3, - "先溶解于，再稀释到具体的反应体系中。": 3, - "这个东西非常容易潮解，所以从冰箱拿出来后先恢复到室温再开盖": 3, - "现配现用，冻存也会慢慢潮解。说明书推荐是直接加把整个都溶解了，避免称量吸潮什么的。": 3, - "!zidehosphineeagpdf": 3, - "的瓶子中，制成": 3, - "m（）的": 3, - "stock": 3, - "储存液放置于度冻存，使用前恢复室温再解开封口膜吸取": 3, - "做蛋白修饰时，如果蛋白浓度大于": 3, - "mgm，用十倍过量，如果浓度较低，用到倍过量，一般crosslinker终浓度是m": 3, - "修饰反应可以放置室温min，或者冰上小时。": 3, - "反应结束后加": 3, - "uenching": 3, - "buffer终止，其实就是": 3, - "riscl": 3, - "p，ris终浓度为": 3, - "把反应体系室温静置": 3, - "min或者冰上分钟": 3, - "使用zeba脱盐柱或者超滤离心管去除多余未反应的crosslinker": 3, - "了解一下mermaid做甘特图": 6, - "mermaid": 3, - "支持的一种代码块，可以渲染成各种图形，其中目前对我来说比较有需求的是甘特图，可以了解一下，对丰富自己的笔记内容非常有用。": 3, - "antt": 3, - "iagram": 3, - "est": 3, - "ection": 3, - "task": 12, - "nother": 6, - "after": 21, - "sec": 6, - "注意从document中直接拷贝过来的代码，具有一些html修饰符（不可见），最好是先搞到记事本或者": 3, - "vscode中，再拷贝到这里来。": 3, - "记录下obsidian中常用的query": 6, - "随着日志工作流的不断优化升级，之前产生的一些利用dataview": 3, - "的query代码片段会被弃用。但是它们本身已经包含了不少知识，直接删除也有点可惜，所以这里简单的收集一下，如果以后有新的": 3, - "需求也可以借鉴。": 3, - "阅读了": 6, - "`dvpages\"eadingpdfs\"": 3, - "超分辨多色成像whereppfilemtimedvdate\"today\"filelength`": 6, - "篇文献": 6, - "journal": 18, - "\"期刊\"": 9, - "publishdate": 15, - "\"日期\"": 9, - "citedtimes": 27, - "\"引用\"": 9, - "\"eadingpdfs\"": 9, - "超分辨多色成像": 87, - "datetoday": 15, - "filectime": 6, - "这个主要是动态展示今日阅读文献情况，行内引用和块调用": 3, - "插件，效果如下：": 3, - "初次使用": 3, - "dataviewjs": 6, - "`dataviewjs": 3, - "let": 3, - "num": 3, - "dvpages\"eadingpdfs\"": 3, - "unreadfilelength": 3, - "dvheader\"仍有\"num\"篇文献没有阅读！\"": 3, - "这种": 3, - "header": 3, - "是无法折叠的。": 3, - "查询最近一周读了什么文献": 3, - "filecday": 15, - "ate": 18, - "\"dnotes": 9, - "emplate\"": 9, - "都是内置函数，后者代表": 3, - "duration。然后运算符（特别是号）和变量之前一定要有空格，不然会报错。": 3, - "汇总最近一周的日志摘要": 3, - "datefilenamedate\"\"": 36, - "因为日志直接使用日期（格式）作为文件名，方便与": 3, - "alender": 3, - "日志插件连用。所以在做日期比较的时候直接使用": 3, - "filename，因为": 3, - "date可以解析多种日期类型的字符串。": 3, - "从obsidian导出docx": 9, - "为了方便obsidian用户打印出较为美观的实验记录用于纸质存档，特提供相关代码工具方便将": 3, - "obsidian的页面转为": 3, - "完成后续的编辑和打印。用户需注意：": 3, - "定期每周导出已完成的实验记录到docx文档": 3, - "在docx中调整图片大小和格式": 3, - "打印docx并按时间顺序装订存档": 3, - "检查vault仓库": 3, - "如使用sheldonxxd提供的vault仓库，相关脚本、文件和插件设置应该是ready的，但为了避免后续未知错误，强烈建议先检查一遍：": 3, - "emplater插件设置": 3, - "如上图所示，emplater插件中需存在用户自定义的函数，调用cmd或者其它bash执行命令": 3, - "eadingpdfspaperdocxpy": 12, - "tpfilepath": 3, - "paperdocx脚本文件": 3, - "然后检查对应的在目录下存在这个python脚本文件。": 3, - "to模板文件": 3, - "此外还需要检查在目录下存在模板文件，该文件中内容仅一行`": 3, - "tpuserto": 3, - "`，用于调用": 3, - "emplater插件中设定好的自定义函数。": 3, - "其它文件": 3, - "这个python脚本文件运行还需要以下文件：": 3, - "yibrarybib：zotero同步更新的bib文献条目总库": 3, - "acsnanocsl：默认使用的参考文献引文条目格式样式文件": 3, - "templatedocx：默认使用的docx文档模板": 3, - "注意文件名区分大小写，不能有任何错误。": 3, - "模板命令": 3, - "点击obsidian左侧边栏的emplater插件，即可打开插入模板下拉对话框，检查是否存在。": 3, - "安装python和依赖": 3, - "建议从清华镜像源下载最新版的miniconda默认安装，注意添加到环境变量。正确安装完毕后，按输入cmd，打开命令行窗口，然后输入，打开python解释器。": 3, - "如上图所示，如果能够看到": 3, - "conda，则说明成功。": 3, - "直接搜索pandoc下载安装，注意添加到环境变量。": 3, - "同python安装，可在cmd命令行窗口如上图所示输入命令`pandoc": 3, - "version`查看是否安装成功以及对应的版本。": 3, - "安装完python之后，进入cmd，`conda": 3, - "basepip": 3, - "bibtexparser`安装此模块。": 3, - "其它问题": 3, - "对于linux用户或mac用户，请注意在脚本中修改": 3, - "的文件导出地址。默认的是windows用户的桌面。": 3, - "使用和效果": 3, - "以emplater插入模板的方式调用to函数即可，相关的docx和其它文件均会导出到桌面的": 3, - "目录下，如下图所示：": 3, - "obsidian自定义导出幻灯片": 9, - "做幻灯片无论是小组会还是分享都有需求，用oweroint太割裂，所以这里对插件做了一点增强，可以导出独立的幻灯片html。": 3, - "正则": 3, - "软件工具obsidian": 18, - "代码说明": 6, - "ossys": 3, - "shutil": 12, - "re": 27, - "io": 9, - "urllibrequest": 6, - "unquote": 3, - "urlopen": 9, - "sysstdout": 6, - "ioextrappersysstdoutbuffer": 6, - "encodingutf": 78, - "出现print打印字符在cmd的一些错误": 6, - "embedurl": 3, - "rootdir": 27, - "ospathsplitexturl": 3, - "urlstartswith\"http\"": 3, - "fp": 183, - "url": 18, - "openfp": 39, - "rb": 6, - "basebencodefread": 3, - "else": 39, - "try": 45, - "res": 9, - "urlopenurl": 3, - "basebencoderesread": 3, - "except": 48, - "xception": 36, - "printstre": 36, - "datastr": 6, - "fdataimage{ext}basestrdata": 3, - "utf": 3, - "content": 66, - "patternreplace": 3, - "注意跟前面": 3, - "resub": 3, - "用到的": 3, - "保持一致": 3, - "converturl": 9, - "导出幻灯片html的indexhtml文件路径": 3, - "vault库的根目录绝对地址": 3, - "源文件文件名": 3, - "wks": 30, - "ospathspliturl": 3, - "openurl": 6, - "r": 48, - "fread": 12, - "img": 9, - "src\"\"": 3, - "alt\"": 3, - "寻找插图的标签": 3, - "resubpattern": 3, - "lambda": 3, - "embedxgroup": 3, - "覆盖写入原文件": 3, - "fwritecontent": 12, - "重命名html文件": 3, - "ospathjoinwks": 12, - "filenamehtml": 3, - "osrenameurl": 3, - "移动到桌面": 3, - "ospathexpanduser~esktopobsidianslides": 3, - "ospathexiststarget": 6, - "shutilcopyurl": 3, - "shutilcopytreewks": 3, - "shutilrmtreewks": 3, - "main": 33, - "给": 9, - "插件cmd调用的接头，参考如下：": 9, - "projectsworkingrojects软件工具obsidianobsidian自定义导出幻灯片md": 12, - "scriptpath": 12, - "ospathabspathsysargv": 9, - "这里要使用绝对路径，否则后面pandoc转的时候找资源会使用": 9, - "exportdir": 9, - "的相对路径": 9, - "libpath": 12, - "scriptfname": 12, - "ospathsplitscriptpath": 12, - "libpathsplitssets": 6, - "根目录": 9, - "再获取当前文件的": 6, - "sysargv": 21, - "ospathsplitextfp": 57, - "fname": 75, - "ospathsplitbase": 21, - "ospathjoinrootdir": 6, - "indexhtml": 9, - "assert": 27, - "ospathexistsurl": 6, - "xported": 6, - "lides": 9, - "ot": 12, - "ound!": 6, - "test": 36, - "r\"projectsworkingiary本周事务科普talk之我们要干嘛md\"": 3, - "r\"projectsworking\"": 6, - "namemain": 39, - "advancedslides": 9, - "插件可以导出": 3, - "html，但是存在一些bug，如果要实现": 3, - "portable，必须把图片嵌入到": 3, - "中。本来我以为": 3, - "的插件导出的": 3, - "可以直接替换": 3, - "标签的": 3, - "的数据。结果用": 3, - "eautifuloup": 15, - "总是找不到。后来打开": 3, - "的源代码查看，才发现是藏到": 3, - "script": 3, - "中。所以我最终直接用": 3, - "正则模块进行了处理。": 3, - "插件设置": 6, - "特别要注意：": 3, - "irectory": 3, - "就设置为根目录，在执行代码之后，会被转移到桌面的目录中。": 3, - "主题为": 3, - "black，chalkboard为黑板可以比比划划，都可以打开。": 3, - "插件添加设置": 3, - "插件中添加用户自定义函数：": 6, - "functionname": 6, - "exportslidesembedding": 3, - "command": 12, - "ssetscriptsexportslidesembeddingpy": 3, - "中添加对": 6, - "自定义函数的": 6, - "apture": 12, - "调用：": 6, - "然后针对幻灯片类型的笔记，trlhift": 3, - "可以开启预览。预览页面的三点菜单可以找到导出为": 3, - "html：": 3, - "导出后可以关闭预览，然后选中该幻灯片笔记，trl": 3, - "执行。": 3, - "导出文件": 3, - "固定导出目录的好处是所有的幻灯片": 3, - "可以": 3, - "动态展示所需的一些样式文件和插件代码。你可以把整个目录拷贝到盘上，在任何可以使用现代主流浏览器的设备上播放。": 3, - "幻灯片快捷键": 3, - "这里稍微记录一下这种": 3, - "类型幻灯片的快捷键：": 3, - "：前进或后退": 3, - "obsidian中浏览并标注文献pdf": 9, - "希望obsidian也能独立地浏览原文做批注": 3, - "目前我采用的": 3, - "的方式。但其实": 3, - "有一些": 3, - "浏览批注的插件，比如": 3, - "annotator，完全可以让我在": 3, - "中浏览pdf，而无需": 3, - "另外的": 3, - "阅读器。所以这相当于是解耦合的操作。同样我也是用": 3, - "代码来实现的。": 3, - "findpdffp": 9, - "fp为文献笔记的路径，此函数用于解析文献笔记数据，在pdfs目录中找到对应的pdf文件": 3, - "ospathsplitfp": 18, - "eadingpdfs": 9, - "一般是": 3, - "xxxmd": 3, - "xxxamd这种": 3, - "year": 12, - "fnamesplit": 3, - "printyear": 3, - "info": 66, - "freadlines": 3, - "linestartswith": 3, - "linestrip": 3, - "第一个出现的标题": 3, - "break": 6, - "printtitle": 3, - "pdfs": 18, - "file": 27, - "oslistdirwks": 6, - "fileendswithpdf": 3, - "ospathsplitextfile": 3, - "partoftitle": 3, - "前面是year，后面可能有序号，但同一篇文章的附件最好不要超过，不然这里要出错": 3, - "titlestartswithpartoftitle": 3, - "printpartoftitle": 3, - "pdfsappendfile": 3, - "printpdfs": 3, - "annotatefp": 9, - "fnamestartswith": 6, - "nly": 6, - "annotated!": 6, - "ospathsplitextfname": 6, - "lenpdfs": 6, - "find!": 3, - "printnly": 3, - "annotate": 3, - "attachments!": 3, - "idx": 90, - "enumeratepdfs": 6, - "f{name}{idx}": 6, - "fnameidx": 6, - "f{name}md": 3, - "fpidx": 3, - "ospathexistsfpidx": 3, - "nnotation": 3, - "already": 3, - "existed!": 3, - "创建": 3, - "annotation": 33, - "文件，需要": 3, - "插件配合": 3, - "fnannotationtarget": 3, - "{pdf}nnn": 3, - "openfpidx": 3, - "在原有文献笔记末尾追加pdf": 3, - "annotator行": 3, - "\"n": 21, - "f{name}": 3, - "templator调用时可以直接打印到active": 3, - "page": 9, - "printcontent": 9, - "r\"projectsworkingeadingpdfshangmd\"": 3, - "r\"projectsworkingeadingpdfstehramd\"": 3, - "代码也经历了不少迭代，所以批注很多。总体思路非常简单：": 3, - "获取当前文献笔记文件内容，得到文件名和笔记中的文献标题": 3, - "到同目录内遍历pdf文件，虽然文件名被cut过（zotfile插件rename的规则需要注意），但毕竟仍然是完整标题的一部分，所以我用了一个": 3, - "来判断是否为文献笔记对应的pdf文件": 3, - "多个附件可以分别新建pdf批注文件，在启用": 3, - "annotator": 9, - "插件的情况下，只需要在": 3, - "中写明`annotationtarget": 3, - "xxxpdf`": 3, - "zotero中zotfile插件设置说明": 3, - "format": 3, - "就是即可，这样pdf文件名就很简洁。": 3, - "主要是一个路径，这个路径指向了": 3, - "存放的目录。然后可以默认使用": 3, - "mode。": 3, - "emplater和uickdd命令": 3, - "annotatepdf": 3, - "ssetscriptsannotatepdfpy": 3, - "最终效果": 3, - "调用之后，会在当前文献笔记末尾添加指向": 3, - "标注笔记的链接：": 3, - "然后点进入可以直接阅读": 3, - "并进行标注：": 3, - "python抓取文献信息": 9, - "dnotes插件不给力，我决定自己把文献信息做成dataview可以解析的数据格式放到文献笔记中，这样方便overview。": 3, - "爬虫": 3, - "代码与说明": 3, - "导入基础模块": 3, - "bibtexparserbwriter": 6, - "ibexriter": 12, - "bibtexparserbibdatabase": 6, - "ibatabase": 15, - "requests": 12, - "bs": 3, - "quote": 3, - "datetime": 21, - "json": 9, - "刚开始就是导入各种所需要的模块，都是逐渐积累起来的，遇到问题就网上找答案，然后抄代码稍作修改。这里边简单做一些介绍吧。": 3, - "常用python模块说明": 3, - "os：主要用于处理文件路径，比如": 3, - "ospathjoin": 3, - "ospathsplit": 3, - "等等。": 3, - "用于让代码和": 3, - "进行交互，这样就支持": 3, - "emplater插件通过命令行的方式调用这段": 3, - "脚本。注意": 3, - "print": 3, - "的内容会打印到笔记中。": 3, - "pyperclip：可以跟粘贴板交互，有时候可以把字符串内容存到粘贴板上": 3, - "bibtexparser：和": 3, - "文件（与zotero实时同步更新）进行交互，读取文献条目的一些信息": 3, - "requests、urllib：这个都是发起网络连接，从网络上获取内容的": 3, - "eautifuloup：用于解析文档树": 3, - "datetime：日期字符串时间戳处理": 3, - "json：处理json数据转成python字典进行处理": 3, - "与bib文件交互的基础类": 3, - "class": 36, - "ibile": 12, - "initself": 24, - "bib文件读写基类": 6, - "selfdb": 12, - "selfwriter": 12, - "selflibrary": 12, - "selfnewlibrary": 12, - "用于装修改后的entries": 6, - "loadself": 9, - "testalse": 12, - "librarybib": 6, - "bibtexfile": 6, - "bibdatabase": 6, - "bibtexparserloadbibtexfile": 6, - "bibdatabaseentriesdict": 6, - "print{}": 6, - "entries": 6, - "loaded!formatlenselflibrary": 6, - "saveself": 9, - "db": 6, - "dbentries": 6, - "注意这里为list": 6, - "writer": 6, - "bibfile": 24, - "注意编码是": 6, - "utf，默认的": 6, - "gbk": 6, - "会出错": 6, - "bibfilewritewriterwritedb": 6, - "printave": 6, - "{}formatfp": 9, - "的数据搞成字典方便交互处理，这样就可读可写了。": 3, - "obsidian调用的主函数": 3, - "projectsworkingrojects软件工具obsidianobsidian中浏览并标注文献pdfmd`": 3, - "先获取": 3, - "文件的路径": 3, - "f\"{vault}eadingpdfsyibrarybib\"": 3, - "ckey": 9, - "fetchinfockey": 9, - "这个主函数演示了obsidian调用python脚本命令的处理流程，相当于就是在": 3, - "cmd": 9, - "中执行了一段命令。参数就只有当前页面的路径。": 3, - "不过因为脚本也是放在obsidian库中，为了使其可以利用相对路径，所以还对": 3, - "的根目录做了一下解析。这样python脚本就可以跟着": 3, - "随意移动了。注意python文件都放在目录下，所以我用了一个的办法。知道了": 3, - "根目录，接下来就可以找到存放于": 3, - "下的": 3, - "文件了。": 3, - "然后这个脚本只对文献笔记进行阅读，文献笔记是": 3, - "中用": 3, - "插件导出的，带有前缀，后面跟着": 3, - "key，所以用断言": 3, - "判断一下文件名，然后用": 3, - "函数，输入citation": 3, - "key跟文献库bib文件地址。就可以做后面的事情了。": 3, - "为了避免出现各种奇怪的错误，所以我用了`try": 3, - "的结构，这样错误信息会打印出来。": 3, - "可以说这段代码完全是不断实践迭代出来的，基本上是一个比较": 3, - "robust": 12, - "的与": 3, - "插件交互的": 3, - "示范。后续还会经常用到。其实我也考虑过进一步整合为一个内置于": 3, - "模块，多写一些类来做好封装。但可以等到后面有空了再说。": 3, - "fetchinfo": 3, - "函数": 3, - "其实就是citation": 3, - "key，如": 3, - "bib文件地址": 3, - "worker": 9, - "workerloadbibfile": 3, - "workerlibraryckey": 3, - "infodoi": 6, - "fetchfrompubmeddoi": 6, - "typeinfo": 6, - "dict": 6, - "ubed": 87, - "tatistics\"": 6, - "{infokey}": 9, - "print\"pubmed": 3, - "found!\"": 3, - "printinfo": 3, - "today": 6, - "datetimetodaystrftime\"md\"": 9, - "{citedtimes": 6, - "fetchfrombingdoi": 6, - "journaljournalnameinfo": 3, - "infodate": 3, - "queryt": 6, - "f{today}": 6, - "pyperclipcopycontent": 6, - "这个函数中，首先就是到": 3, - "文献库文件中找条目的doi，找到了doi之后我会优先到": 3, - "上查一下文献的其它信息，比如被引次数，用到了另外一个函数": 3, - "为啥是": 3, - "呢？因为它收录的内容比较齐全，整理得也比较好。然后": 3, - "oogle": 3, - "国内访问不了，「ing学术搜索」虽然也还但毕竟不专业。": 3, - "但是也会遇到": 3, - "pubmed": 6, - "没有收录该文献的情况，这个时候，条目信息就东平西凑，主要来源于": 3, - "中，但是被引次数从「ing学术搜索」": 3, - "中抓取（）。关键信息也就剩下期刊名和发表日期了。": 3, - "的名称我希望统一，如果有": 3, - "就用": 3, - "name，没有就全称，所以有个判别的小函数。": 3, - "journalnameinfo": 3, - "\"entry": 3, - "error!\"": 3, - "shortjournal": 3, - "infokeys": 6, - "infoshortjournal": 3, - "elif": 9, - "journaltitle": 3, - "infojournaltitle": 3, - "unknown": 3, - "爬取ubed网站信息": 3, - "pubmedurl": 9, - "f{pubmedurl}term{quotedoi}": 3, - "explorers": 6, - "ozilla": 6, - "ppleebit": 6, - "like": 9, - "ecko": 6, - "hrome": 9, - "afari": 6, - "dg": 6, - "headers": 6, - "{useragent": 6, - "joinexplorers}": 6, - "requestsgeturlquery": 6, - "headersheaders": 6, - "printtyperstatuscode": 3, - "rstatuscode": 9, - "如果网络不好或者断线，也提取zotero中信息": 3, - "alse": 12, - "soup": 6, - "eautifulouprcontent": 6, - "soupfindclassalteredsearchexplanation": 6, - "queryerrormessage": 6, - "\"ot": 6, - "ubed!\"": 3, - "有时候文章没有被收录到ubed，其中一些信息就还是从zotero中提取吧": 3, - "soupfindidcitedbyfindclassamounttext": 3, - "soupfindclassarticlesource": 3, - "sourcefindclassjournalactions": 3, - "dropdownblockfindbuttontextstrip": 3, - "other": 24, - "sourcefindclasscittextsplit": 3, - "issue": 6, - "othersplit": 3, - "发现有的是没有地址的": 3, - "affiliation": 9, - "soupfindclassaffiliationlinktitle": 3, - "soupfindallclassauthorslistitem": 3, - "authorsfindclassfullnametext": 6, - "authorurl": 3, - "authorsfindclassfullnamehref": 3, - "pmid": 6, - "soupfindclassidentifier": 3, - "pubmedfindclasscurrentidtext": 3, - "pmurl": 3, - "journaljournal": 3, - "issueissue": 3, - "pagepage": 3, - "fisrtauthor": 3, - "correspondingauthor": 3, - "f{author}": 3, - "address": 6, - "pubmedid": 3, - "f{pmid}": 3, - "这段代码比较长，但是一个很好的": 3, - "结合使用的例子。这一步需要在浏览器中打开调试模式，dge或者": 3, - "浏览器中用": 3, - "，然后看一下：": 3, - "的构造方式，以方便发起正确的请求": 3, - "你想抓取的网页内容的": 3, - "标签和": 3, - "之类的": 3, - "这部分需要注意的就是构造一个": 3, - "headers，然后就get方法直接访问url，注意检查状态码": 3, - "statuscode，以避免什么网络问题。headers": 3, - "我直接抄的自己浏览器的": 3, - "sergent。": 3, - "这部分就是一个": 3, - "findall": 3, - "的方法。特别要注意的就是如果要按": 3, - "来找，由于": 3, - "代码的关键词，所以加了一个下划线后缀。然后有些": 3, - "text可能包含一些格式化不显示内容（换行空格之类的），可以用字符串的": 3, - "方法去除。": 3, - "爬取ing学术网站信息": 3, - "目前bing学术算是国内能够愉快访问并替代google的选择了": 3, - "bingurl": 3, - "f{bingurl}searchq{quotedoi}": 3, - "acacontent": 3, - "soupfindclassacamain": 3, - "acalist": 3, - "acacontentfindallclassbhanel": 3, - "acalistfindclassacacontenttextstrip": 3, - "这里依然是": 3, - "联用，不过只抓取被引次数，所以还算简单。": 3, - "调用crossref接口查询doi": 3, - "fetchfromcrossrefdoi": 6, - "urlopenquery": 3, - "返回的是json二进制文件": 3, - "resgetcode": 3, - "\"nternet": 3, - "onnection": 6, - "rror": 6, - "rossef!\"": 3, - "jsonloadsresread": 3, - "entry": 6, - "datamessage": 3, - "infotitle": 3, - "entrytitle": 3, - "infofisrtauthor": 3, - "entryauthorgiven": 6, - "entryauthorfamily": 6, - "cauthor": 6, - "curl": 3, - "entryauthor": 3, - "cis": 6, - "entryauthorauthenticatedorcid": 3, - "co": 9, - "f{cauthor}": 3, - "infocorrespondingauthor": 3, - "infoaddress": 3, - "entryauthoraffiliationname": 3, - "infojournal": 3, - "entrycontainertitle": 3, - "infotype": 3, - "entrytype": 3, - "datetimefromtimestampentrycreatedtimestamp": 3, - "infopublishdate": 3, - "datestrftime\"md\"": 3, - "infovolume": 3, - "entryvolume": 3, - "infoissue": 3, - "entryissue": 3, - "infopage": 3, - "entrypage": 3, - "infocitedtimes": 3, - "entryisreferencedbycount": 3, - "infoqueryt": 3, - "虽然不及时，但是绝大部分的文献记录都有被crossref抓取，从而构建了一个非常庞大的文献引用关系网络。所以到": 3, - "crossref": 12, - "中抓取信息也是一个选择。不过": 3, - "直接返回": 3, - "数据包，所以这里处理方式不大一样，主要使用": 3, - "jsonloads": 3, - "对返回字节数据直接进行处理。": 3, - "完整的json数据包含了很多内容，我只选择了其中自己想要的，而且重新构造了一个字典。在日期时间处理上我用到了": 3, - "模块，还是有点意思。": 3, - "测试与运行": 3, - "tockhammer": 12, - "r\"projectsworkingeadingpdfsyibrarybib\"": 3, - "testcrossref": 6, - "sx": 45, - "代码写完一个函数一般我就会测试一下，所以会写一些小的测试小函数，这样在运行区就没有太多内容。我觉得这也是一个很好的习惯。": 3, - "obsidian设置": 3, - "emplater设置": 3, - "为了能够在": 3, - "中一键运行，我们还需要做一些工作：": 3, - "插件设置中开启「允许系统命令行功能」，然后添加": 3, - "user": 15, - "function。左边是名字，自己随意命名，右边是": 3, - "命令。": 3, - "fetchpaperinfo": 3, - "value": 12, - "ssetscriptsfetchpaperinfopy": 3, - "projectsworkingrojects软件工具obsidianobsidian中浏览并标注文献pdfmd": 3, - "注意使用的脚本是相对路径，根目录就是vault的根目录": 3, - "然后参数是": 3, - "templater内置函数提供的（比如当前笔记文件的路径）": 3, - "使用命令行的时候，注意检查自己的": 3, - "是否在环境变量中，而且python所用到的模块是否已经安装": 3, - "quickdd命令": 3, - "设置好了": 3, - "插件中的": 3, - "之后，然后去添加": 3, - "添加一个": 3, - "的命令，然后进入其中设置，直接是": 3, - "active": 18, - "file，这样当你": 3, - "keep": 3, - "当前的文献笔记": 3, - "的时候，调用": 3, - "命令（快捷键": 3, - "），就会激活下方填写的": 3, - "function，然后完成一系列操作。": 3, - "执行效果": 3, - "bing": 3, - "查看": 3, - "在文献笔记中有了这些内容之后，我就可以使用": 3, - "进行非常自定义的查询，": 3, - "渲染之后显示如下：": 3, - "obsidianslides测试": 6, - "debug": 6, - "使用幻灯片插件插入图片有些问题，没想到自己直接动手修改源代码成功fix掉了，有点自豪。": 3, - "这是标题": 3, - "修改插件源代码": 3, - "advanced": 6, - "slides": 6, - "版本存在图片路径解析问题": 3, - "我修改了源代码暂时解决了这个问题，之后给作者提了issue。": 3, - "debug的技巧": 3, - "obsidian这些插件的问题": 3, - "大部分可以先": 3, - "打开调试模式": 3, - "看看出问题的html代码": 3, - "确定一些关键词如tag或者class": 3, - "然后到插件的js文件中找找看": 3, - "obsidian导出库模板": 6, - "分类讨论，好的架构设计可以让后续迭代修改更加轻松。": 3, - "发现我在": 3, - "上的项目还是有不少人给了小星星，所以我觉得还是定期更新一下功能。为了方便形成一个": 3, - "模板，其实就是复制一些结构性的内容，去除自己的个人笔记，我弄了下面一段python代码。": 3, - "exportvaulttemplatewks": 6, - "此函数用于将我当下使用的": 3, - "导出为一个模板": 3, - "仅仅拷贝一些模板，query以及插件主题和配置文件，去除个人笔记内容。": 3, - "在桌面新建一个空白vault目录": 3, - "ospathexpanduser~esktopmyvaulttemplate": 3, - "totalappendtarget": 3, - "osmkdirtarget": 3, - "复制": 6, - "emplates": 6, - "目录和内部全部内容": 3, - "full": 6, - "ssetscripts": 3, - "shutilcopytreesrcwksfp": 3, - "dsttargetfp": 3, - "totalappendtargetfp": 3, - "中的重要文件": 3, - "osmakedirstargetthis": 3, - "files": 33, - "acsnanocsl": 3, - "markdowncss": 3, - "emplatemd": 3, - "templatedocx": 3, - "paperdocxpy": 3, - "getitationeyspy": 6, - "shutilcopywksthisf": 3, - "targetthisf": 3, - "totalappendtargetthisf": 3, - "复制其它空目录并填充占位文件": 3, - "space": 9, - "iary日志存档": 3, - "iary周小结": 3, - "iary月总结": 3, - "iary本周事务": 3, - "rchives": 3, - "ssetsxcalidraw": 3, - "sdir": 6, - "ospathjointarget": 3, - "osmakedirssdir": 3, - "existokrue": 3, - "opensdirkeep": 3, - "fwritethis": 3, - "created": 3, - "keeping": 3, - "totalappendsdir": 3, - "enumeratetotal": 3, - "printfopied": 3, - "{idx}": 3, - "{t}": 3, - "title版本变化": 3, - "代码到后面用着用着就会发现有一些小bug，有些小的需求需要进行修改。所以把代码记录到博客中，纯粹只能是作为一种参考。不过好的代码应当充分考虑到这种情况，在架构设计上有所体现，这样后面修改代码也不至于伤筋动骨。比如这里我新增了作为全复制目录，只需要到对应的列表中添加即可。": 3, - "推广obsidian用于试剂库存管理方案": 9, - "用obsidian整理试剂库存也有明显的优势，整理一下经验打算推而广之。": 3, - "概述": 3, - "先看效果图：": 3, - "在科研活动中，除了文献阅读知识碎片管理的需求，试剂信息管理的需求同样可以被": 3, - "很好的满足。如上图所示，每个试剂都可以新建一个小卡片，根据模板补充信息，然后汇总页面就会把这些试剂信息整合为一个表格，一目了然。而且，你还可以给每个卡片设置别名（aliases），这样在写实验记录是可以直接使用别名引用这个试剂，日后整理文章草稿什么的也很方便。": 3, - "开启「卡片」插件": 3, - "新建试剂「卡片模板」和卡片夹目录": 3, - "模板目录内新建": 3, - "文件，文件内容如下所示：": 3, - "试剂简称": 3, - "抗体核酸": 3, - "已分装将用完": 3, - "浓度或质量。。": 3, - "在根目录新建目录。": 3, - "设置「卡片」插件": 3, - "在「插件选项」侧栏中找到「卡片」，按上图填写信息即可。": 3, - "创建试剂目录": 3, - "可以在目录下新建页面，写入以下内容：": 3, - "这相当于建立了一个查询（query），dataview": 3, - "插件会自动按照脚本获取试剂卡片的信息。": 3, - "新建一个试剂卡片": 3, - "界面左侧边栏有一个": 3, - "icon": 3, - "可以直接创建新的卡片，在新建的卡片中修改信息，注意": 3, - "是特殊符号，前面是键，后面是值，": 3, - "后面要有空格。": 3, - "可以填写自己熟悉的别称，这样在引用卡片时可以通过别称在补全提示中快速搜索到这个卡片。如：羊抗兔：": 3, - "点击提示选项就可以补全双链引用。": 3, - "重要说明": 3, - "除了开启内置的卡片插件外，本方案还依赖以下插件：": 3, - "用户可根据自己的试剂情况，修改试剂卡片模板，和": 3, - "脚本。": 3, - "导出docx": 3, - "!推广obsidian用于试剂库存管理方案docx": 3, - "学习一下javascirpt": 3, - "中设置好，可以把": 3, - "复制到粘贴板，不过快捷键是": 3, - "，然后": 3, - "中的函数可以获取粘贴板内容，然后直接传递给": 3, - "函数，应该就能实现": 3, - "的转换。甚至可以直接拷贝": 3, - "文本内容到粘贴板，把": 3, - "什么的都搞定。": 3, - "不过话说回来，etter": 3, - "也可以设置": 3, - "quick": 3, - "copy": 6, - "的类型，默认是": 3, - "的，也可以是": 3, - "roam": 3, - "双链笔记这种。": 3, - "注意，quickcopy": 3, - "同样支持拖拽的，也就是说你甚至不需要": 3, - "ctrlshiftc，不过这种情况适用于你屏幕比较大的情况。": 3, - "整理看板日志工作流": 6, - "有一段时间之后，主要是用来弄文献阅读笔记，基本已经顺畅上路了。但是日志这一块，跟看板之间还是有一些割裂。后来我觉得如果把一天分成好多事情，那么逻辑上就清楚多了。": 3, - "看板就是置顶可见常见的看板，要先建立一个任务，然后执行它，然后完成了就可以写一些后感什么的。每天的日志主要是对看板的具体补充。因为我的看板内容上不会很负责，而且有些时候看板上的一句话是要直接作为看板笔记的文件名的。": 3, - "为了方便看板跟日志的连接，我修改了看板的设置，并且也修改了": 3, - "模板，使之能够直接通过快捷键新增任务并添加到看板。本来我还考虑了给看板添加所谓的优先级和复杂性，但是后来想想这个价值判断不是难事。拖延也并不是因为不知道什么事情重要，只是发动机空转，没有开始去做第一步而已。": 3, - "不过既然看板日志基本上对应具体的事物，我觉得还是可以弄一个": 3, - "，里边要对这个事情有简单的描述，然后可以被": 3, - "检索整理成表格。还能够反向链接到当日日志。所以我搞了一个看板事务。还修改了看板的设置，其实就是": 3, - "matter": 21, - "中的信息被修改了：": 3, - "kanbanplugin": 6, - "basic": 12, - "linkdatetodailynote": 3, - "timeformat": 3, - "dateformat": 3, - "showrelativedate": 3, - "prependarchivedate": 3, - "prependarchiveformat": 3, - "prependarchiveseparator": 3, - "datepickerweekstart": 3, - "hidedateintitle": 3, - "newnotetemplate": 3, - "emplates看板事务md": 3, - "newnotefolder": 3, - "nbox看板日志": 3, - "添加一个事务表": 6, - "这里主要是测试以下": 3, - "kanban": 3, - "利用模板新建模板日志的功能，结果发现似乎跟": 3, - "不兼容啊。还是创建的": 3, - "最初的草稿。可能": 3, - "要设置一下。但是也没有关系。": 3, - "利用超算中心做localize": 3, - "做采集的数据量越来越大，一个数据将近，最好是能够切割然后利用多进程做定位，否则一般的电脑吃不消。所以就上了超算，写了一些代码实现整个超大数据的超算localize流程。": 3, - "lifrawpy": 3, - "readlifreader": 9, - "ifile": 9, - "用于读取lif文件数据": 6, - "用于保存和读取": 6, - "文件": 15, - "yaml": 48, - "用于保存信息到": 6, - "time": 54, - "glob": 27, - "savedata": 12, - "保存信息到yaml文件": 6, - "row": 24, - "col": 21, - "datashape": 6, - "yte": 9, - "rder": 9, - "ata": 21, - "ype": 15, - "uint": 9, - "rames": 12, - "idth": 9, - "yamldumpinfo": 9, - "printf数据已保存至": 6, - "{fp}": 6, - "datatofilefp": 6, - "lifrawfp": 12, - "batchsize": 18, - "注意一个project对应一个lif文件，每个project中只有一个": 6, - "xyt": 6, - "的视频数据": 6, - "文件路径，返回": 6, - "nparray": 6, - "shape": 27, - "将数据保存为picasso可以处理的raw文件，并保存相应信息到yaml文件中": 6, - "ifilefp": 9, - "准备好存储空间，适合更多数据": 6, - "now": 6, - "datetimenow": 6, - "datastamp": 6, - "nowstrftime\"md\"": 6, - "cutdir": 6, - "fcut{batchsize}{datastamp}": 6, - "ospathexistscutdir": 6, - "osmakedirscutdir": 6, - "转换数据": 6, - "读取lif数据": 6, - "series": 27, - "datagetimage": 9, - "seriesinfo": 9, - "fn": 15, - "sdimst": 6, - "lif文件太大，容易出现内存分配不足问题": 6, - "batchid": 18, - "seriesgetitertc": 9, - "dataappendnparrayframe": 6, - "nparraydata": 6, - "dtypeuint": 6, - "ospathjoincutdir": 6, - "fnamef\"{batchidbatchsize}raw\"": 6, - "timetime": 21, - "globglobrxxdeicailif": 6, - "totalbatch": 12, - "printf\"ut": 6, - "{totalbatch}": 6, - "parts": 9, - "{timetimet}": 6, - "sec\"": 6, - "先在本地运行此段代码，将": 3, - "数据文件转换为": 3, - "文件，并且分割成小块保存，方便多进程处理和网络传输。上传到超算的存储空间，可以使用": 3, - "winscp": 9, - "工具。": 3, - "localizeconfigyaml": 9, - "amera": 9, - "注意修改此处": 6, - "atchumber": 3, - "总共有多少个数据块，注意修改": 3, - "fitmethod": 12, - "\"mle\"": 12, - "boxsidelength": 12, - "gradient": 12, - "baseline": 12, - "sensitivity": 18, - "gain": 12, - "qe": 15, - "drift": 60, - "使用自动漂移校正，为时禁用": 6, - "由于不同的相机和拍摄实验可能有不同的参数，在localize时做光子数转换需要修改一下配置，预设了两套参数，对应目前已有的两台相机。": 3, - "localizepy": 24, - "picassomain": 9, - "join": 18, - "argparse": 6, - "multiprocessing": 9, - "rocess": 9, - "cpucount": 9, - "signal": 21, - "ultirocessing": 3, - "ocalize": 3, - "yrocessrocess": 9, - "config": 18, - "superyrocess": 9, - "selfinit": 9, - "selffp": 12, - "selfconfig": 6, - "runself": 9, - "jobselffp": 9, - "procid": 9, - "osgetpid": 9, - "printf\"nn子进程{procid}已完成！n\"": 9, - "jobfp": 9, - "\"testsdatatestdataraw\"": 6, - "parser": 6, - "argparsergumentarser": 6, - "args": 6, - "parserparseargs": 6, - "argsfiles": 6, - "argsfitmethod": 6, - "configfitmethod": 6, - "argsboxsidelength": 6, - "configboxsidelength": 6, - "argsgradient": 6, - "configgradient": 6, - "argsbaseline": 6, - "configbaseline": 6, - "argssensitivity": 6, - "configsensitivity": 6, - "argsgain": 6, - "configgain": 6, - "argsqe": 6, - "configqe": 6, - "argsdrift": 6, - "configdrift": 6, - "mainlocalizeargs": 6, - "quitsignum": 6, - "终止while": 6, - "rue": 21, - "循环": 6, - "printntop": 6, - "ocalizationnn": 6, - "sysexit": 6, - "fetchilesrc": 6, - "获取src目录下所有文件的地址，包括子目录中的内容": 6, - "root": 9, - "dirs": 6, - "oswalksrc": 6, - "fnameendswithraw": 3, - "fpsappendospathjoinroot": 6, - "countilefps": 3, - "判断已经完成的数据块数量": 3, - "baselocshdf": 15, - "ospathexistsfp": 15, - "readheckfp": 12, - "yamlfp": 12, - "openyamlfp": 12, - "yamlloadf": 18, - "oaderyamlulloader": 18, - "movie": 36, - "npmemmapfp": 12, - "dtypeinfoata": 12, - "ypeshapeinforamesinfoeightinfoidth": 6, - "watchconfig": 6, - "batchnumber": 6, - "监控data目录文件": 6, - "print\"的核数为{}\"formatcpucount": 9, - "signalsignalsignal": 12, - "quit": 12, - "按快捷键trl终止程序运行，注意不要在运行时有复制的操作": 3, - "\"data\"": 9, - "jobs": 12, - "printf\"rocessing": 9, - "{fp}\"": 9, - "finishedappendfp": 9, - "proc": 12, - "yrocessfp": 9, - "jobsappendproc": 3, - "procstart": 9, - "lenfinished": 3, - "oin": 6, - "sortfilenamebyindexfp": 6, - "提取分块文件名的索引数值": 3, - "floatfnamesplit": 6, - "joinafterlocalizewksdata": 3, - "projs": 6, - "目录下存在若干项目，每个项目一般是": 3, - "cut{{batchsize}}{{date}}": 3, - "然后项目内又有多个子文件夹，代表是一次实验不同组别，命名随意": 3, - "注意该目录结构必须严格匹配，否则报错": 3, - "proj": 6, - "pdir": 6, - "oslistdirpdir": 3, - "jfile": 3, - "globglobospathjoinsdir": 6, - "joinhdf": 3, - "lenjfile": 3, - "locshdf": 6, - "sortedfps": 6, - "keysortfilenamebyindex": 6, - "joinfps": 6, - "keepindexalse": 6, - "printfoin": 3, - "{s}": 6, - "inished!": 6, - "printflready": 3, - "joined": 3, - "{proj}!": 3, - "openlocalizeconfigyaml": 6, - "setting": 9, - "camera": 9, - "settingamera": 6, - "settingcamera": 6, - "settingatchumber": 3, - "阻塞一下主进程": 3, - "procjoin": 3, - "printfotally": 3, - "{lenjobs}": 3, - "processes": 3, - "done": 3, - "{inttimetimet}": 3, - "joinafterlocalize": 3, - "此段代码已经存放在": 3, - "~esktopxxdapp": 3, - "目录中，在": 3, - "核": 3, - "server": 3, - "中打开": 3, - "erminal，依次输入以下命令执行：": 3, - "esktopxxdapp": 6, - "!mgpng": 3, - "注意分割数据时，如果是x每帧，建议每": 3, - "帧一份，大概": 3, - "。如果是其它的大小，可以尽量保持每份数据的传输时间在": 3, - "以内（校内网络传输速率": 3, - "s），所以切割大小范围推荐": 3, - "。如果总数据量小于": 3, - "，不推荐使用超算处理。": 3, - "一般数据上传完成，会在一两分钟内完成所有数据的localize，并自动完成": 3, - "join，可以通过": 3, - "下载子目录下带有": 3, - "后缀的单分子定位数据。": 3, - "slurm作业脚本": 3, - "也可以集中把一周内产生的大量数据上传到data目录之后，提交作业申请更多资源来完成计算。比如下方的例子就能够使用个节点，核来完成localize过程。": 3, - "`slurm": 3, - "!binbash": 6, - "jobnamepicassolocalize": 3, - "partitioncpu": 6, - "ntaskspernode": 6, - "mailtypeend": 6, - "mailusersheldonsinapcom": 6, - "outputjout": 6, - "errorjerr": 6, - "注意这里使用的": 3, - "脚本，后面依次要输入相机类型（s），数据块数量等参数。": 3, - "注意需要使用": 3, - "ssh": 6, - "命令登录超算中心的登录节点。": 3, - "loginhpcsjtueducn": 3, - "l": 6, - "ccelmqlab": 3, - "然后就会要求输入密码，详见交大超算平台使用经验。": 3, - "登录之后，直接`cd": 3, - "esktopxxdappnano": 3, - "localizeslurm`": 6, - "进入作业脚本修改参数，比如相机": 3, - "和数据块数量": 3, - "。保存后使用`sbatch": 3, - "提交作业。然后就开始排队。作业完成后，会发邮件，所以不用干等着。": 3, - "如果不会用命令行方式修改脚本，可以在本地写好一个": 3, - "slurm，通过winscp等工具上传到": 3, - "app": 15, - "cpu队列一般要独占节点，注意使用": 3, - "sinfo": 3, - "查看情况，然后修改申请节点数量，不然一直会在appending。": 3, - "提取漂移校正后的单分子荧光强度随时间变化曲线": 3, - "比如在做": 3, - "实验或者单分子荧光漂白实验的时候，往往要提取单个spot的强度随时间变化曲线进行后续分析。而实际拍摄过程中，总会发生xy方向的水平漂移，所以可以先用picasso做单分子定位跟漂移校正，然后根据校正轨迹提取想要的强度时间曲线。": 3, - "基于marker的漂移校正": 3, - "inline": 3, - "在jupyterlab中搞": 3, - "hpy": 3, - "imageio": 9, - "getriftm": 6, - "单个": 3, - "localizations": 12, - "或者多个": 3, - "的平均": 3, - "返回": 3, - "drift（dataframe~xyframe）": 3, - "mfilteritemsframexy": 3, - "driftiloc": 3, - "driftx": 15, - "ccx": 3, - "drifty": 15, - "ccy": 6, - "driftxmean": 3, - "driftymean": 3, - "undriftfp": 9, - "locs": 30, - "pdreadhdffp": 9, - "keylocs": 9, - "gp": 18, - "locsgroupbyframe": 3, - "df": 15, - "dfx": 6, - "floatdriftilocintkey": 6, - "dfy": 9, - "locsappenddf": 3, - "pdconcatlocs": 3, - "ignoreindexrue": 3, - "savefilepath": 3, - "suffixxxdundrift": 3, - "为数据帧": 3, - "suffix": 15, - "是hdf文件后缀": 3, - "ospathsplitextfilepath": 3, - "hdf": 6, - "fpyaml": 6, - "dfxvalues": 3, - "dfcolumns": 6, - "dfxdtype": 3, - "nprecarray": 3, - "dtype": 3, - "hpyilefpw": 3, - "fcreatedatasetlocs": 3, - "datag": 3, - "拷贝yaml文件记录": 3, - "shutilcopybaseyaml": 3, - "printaved": 3, - "当我们在": 3, - "picassorender": 6, - "中选取了一些质量较好的": 3, - "的轨迹之后，使用读取数据（pickedlocalizations），可以用函数绘制其轨迹，时间被编码成了颜色，选择其中最好的一条": 3, - "drift。再对原始的": 3, - "数据做": 3, - "，就可以完成漂移校正。使用范例如下：": 3, - "r\"serssheldonesktopcynlifnplocspickedhdf\"": 3, - "datagroupbygroup": 3, - "printf{idx}": 3, - "colorlineplotdfx": 3, - "dfframe": 3, - "gpgetgroup": 3, - "选择质量最好的满帧的单个": 3, - "r\"xxdeicaicynlifnplocshdf\"": 3, - "savefp": 3, - "选择想要的单分子spot并获取漂移轨迹": 3, - "用": 12, - "打开校正后的数据集，然后圈选想要的": 3, - "spots，保存为": 3, - "pickedlocalizations，然后用下边的代码提取出每个spot": 3, - "的中心坐标，然后进而得到每个spot完整的漂移轨迹：": 3, - "getickpicks": 6, - "picksgroupbygroup": 3, - "dfxmean": 3, - "dfymean": 3, - "locsappendx": 3, - "getickrajlocs": 6, - "trajs": 9, - "loc": 21, - "driftframe": 3, - "traj": 6, - "trajx": 3, - "这里和做undrift刚好是相反的": 3, - "trajy": 3, - "trajframe": 3, - "trajastype\"uint\"": 3, - "坐标是正整数（无符号）": 3, - "trajsappendtraj": 3, - "r\"serssheldonesktopcynlifnplocsxxdundriftpickedhdf\"": 3, - "picks": 3, - "是前面用到的最好的marker的漂移轨迹": 3, - "获取单分子的trace": 3, - "通过上面的步骤得到了轨迹坐标之后，就可以直接从原始数据中截取单分子小范围的movie，以及后续计算单分子的荧光强度或者光子数的变化了。": 3, - "readfp": 9, - "直接读取raw文件方便基于原始数据进行后续分析": 3, - "shapeinforames": 6, - "infoeight": 9, - "infoidth": 3, - "getracetraj": 3, - "radii": 9, - "enumeratemovie": 3, - "trajxvaluesidx": 3, - "trajyvaluesidx": 3, - "crop": 3, - "frameyradiiyradii": 3, - "xradiixradii": 3, - "的区别": 3, - "traceappendcrop": 3, - "r\"xxdeicaicynlifnpraw\"": 3, - "getracetrajs": 6, - "返回的是一个list": 3, - "nparraytrace": 3, - "转成一个": 3, - "ndarray": 3, - "tracemaxaxismeanaxis": 3, - "沿时间轴取每一帧的最大值": 3, - "pltplottrace": 3, - "最后trace的显示效果如下：": 3, - "如果要保存": 3, - "trace（其实也是一个小movie），可以用以下命令：": 3, - "imageiomimsave\"testtif\"": 3, - "若要保存为movie时，建议radii设置为，此时为x大小": 3, - "picasso软件包": 3, - "!icassoindowsbitexe": 3, - "jungmann组推出的工具，到年月日为止，发布了新的": 3, - "release，已经分享给翟婷婷和周高昂，应该是可以正常安装使用的。不过有一些错误。这种二进制安装文件比较简单，不像过去用python从源代码安装部署，虽然可以增加加速模块，然后手动修改一些bug，但是还是比较麻烦。": 3, - "的数据": 3, - "做成像实验，有时候产生的数据非常大，数据处理时需要转成格式，但是": 3, - "并没有提供对": 3, - "文件的转换接口。所以我自己写了一个": 3, - "convertor，然后后面又产生了对": 3, - "进行": 3, - "操作的需求。": 3, - "将软件产出的": 3, - "spe": 6, - "文件转成": 3, - "convertor": 3, - "将": 3, - "采集的超大视频文件转换为": 3, - "格式，方便": 3, - "picassolocalize": 3, - "模块进行处理": 3, - "print文件格式不对！": 3, - "selfwks": 3, - "selffilename": 3, - "selffilepath": 3, - "selfdata": 12, - "selffilepathendswithspe": 3, - "如果是其他文件格式，考虑其他读取方案，如": 3, - "readlif": 3, - "读取": 3, - "leica": 3, - "imageiovolreadselffilepath": 3, - "formatspe": 3, - "selffilepathendswithlif": 3, - "selfreadlif": 3, - "printata": 6, - "loaded!": 6, - "{f}": 6, - "secformattt": 6, - "readlifself": 3, - "ifileselffilepath": 3, - "npzerosshapesdimst": 3, - "sdimsy": 3, - "sdimsx": 3, - "dataidx": 3, - "selffilepathnpraw": 3, - "selfdatatofilefp": 3, - "selfdatashape": 3, - "saved!": 3, - "printo": 3, - "rangeeriesfp": 6, - "nchannels": 6, - "扩充图像分配不同通道，缺的补，上下分配": 3, - "imglist": 3, - "datagetiterimage": 3, - "lenimglist": 3, - "如果是整数倍才开搞": 3, - "framelist": 3, - "nparrayi": 3, - "imglistidxgetitertc": 3, - "npvstackframelist": 3, - "printseriesshape": 3, - "rangenchannels": 3, - "npzerosshapeseriesshape": 3, - "dtypenpuint": 3, - "seriesappends": 3, - "ch": 3, - "idxnchannels": 3, - "seriesch": 3, - "part": 3, - "nphstackseries": 3, - "printpartshape": 3, - "totalappendpart": 3, - "npvstacktotal": 3, - "printdatashape": 3, - "printhannel": 3, - "please": 3, - "check": 3, - "according": 3, - "channel": 21, - "number!": 3, - "mode": 9, - "convertorfp": 3, - "workerload": 3, - "workerdata": 3, - "workersave": 3, - "读取数据则通过": 3, - "这个函数，要格外注意，读出来的数据，如果遭到修改，那么硬盘中的原始数据也会被修改。": 3, - "剩下的对raw进行": 3, - "操作的函数，我交给了戴哲泽让他来完成，也算是一次编程教学。": 3, - "关键是要把各种数据格式转成": 3, - "raw，所以用到了": 3, - "这个包。": 3, - "后面重新写了一个更简洁的从": 3, - "笔记本：rawipynb，使用时基本上只需要输入": 3, - "文件路径即可。": 3, - "荧光相关光谱拟合": 6, - "从董朝青老师那里采集到的荧光相关光谱数据，其实还是文本文件，然后需要对相关光谱做拟合，从而得到一些参数，其中最重要的就是扩散时间。": 3, - "scipyoptimize": 3, - "curvefit": 6, - "fitfp": 6, - "initialguess": 6, - "printfp": 3, - "datasplitnn": 3, - "fetchorrelationurveparts": 3, - "aaime": 3, - "aime": 3, - "对初值非常敏感，可先参考origin的拟合结果": 3, - "dataimevalues": 3, - "dataorrelationvalues": 3, - "把拟合迭代次数尽量放大，默认是": 3, - "popt": 9, - "pcov": 3, - "curvefitfcs": 3, - "pinitialguess": 3, - "maxfev": 3, - "perr": 6, - "npsqrtnpdiagpcov": 3, - "ps": 6, - "psparams": 3, - "pserror": 3, - "pslabel": 3, - "printps": 3, - "查看方值": 3, - "fcs": 3, - "mean": 12, - "npmeany": 3, - "sstot": 6, - "npsumy": 6, - "ssres": 6, - "rsquared": 3, - "printfsquared{rsquared}": 3, - "可视化查看拟合效果": 3, - "pltplotdataime": 3, - "dataorrelation": 3, - "pltxscalelog": 3, - "pltxlime": 3, - "fetchorrelationurvepart": 3, - "lines": 6, - "partsplitn": 3, - "enumeratelines": 3, - "printname": 3, - "corr": 3, - "linesplitt": 3, - "dataappendfloattime": 3, - "floatcorr": 3, - "pdataramedata": 9, - "columnsime": 3, - "orrelation": 9, - "fcsx": 3, - "lag": 6, - "time（tau": 3, - "可能跟分子数有关（振幅）": 3, - "为荧光三线态比例": 3, - "tautrip，荧光激发的一个什么时间？": 3, - "offset常数": 3, - "taudiffusion，扩散时间": 3, - "固定值为，可能跟仪器相关": 3, - "canpexpbxxnpsqrtx": 3, - "globglobospathjoinwks": 6, - "用于收集每种imager的扩散时间": 3, - "enumeratefiles": 3, - "tau": 12, - "resparamsvalues": 3, - "单位是秒": 3, - "dataappendsample": 3, - "columnssample": 3, - "查看不同样品的tau": 3, - "snsswarmplotsample": 3, - "datadata": 3, - "保存tau数据": 3, - "datatocsvospathexpanduser~esktoptaucsv": 3, - "这段代码主要的功能就是从文本文件中提取相关光谱的数据并做预处理，然后对光谱做拟合，解析出来参数。值得一提的主要是利用": 3, - "曲线拟合": 3, - "，由于这个对初值敏感，所以迭代次数自己设置高一点。然后是拟合的结果，也就是参数的获取，参数的误差值的获取，还有评估拟合效果的方值计算，都是非常清楚的。所以这个是做": 3, - "做曲线拟合非常好的": 3, - "可以参考并自行修改程序运行部分的，以适配批量或者处理单个数据文件的需求。": 3, - "!荧光相关光谱分析html": 3, - "荧光相关光谱已经是从最原始的": 3, - "中提取分析出来的。其底层还是时序信号的自相关分析，能够发现一些周期性。其实在": 3, - "的数据分析中也有用到过这种，不仅仅是计算": 3, - "inetics，还包括漂移校正。": 3, - "虽然有": 3, - "的插件，但是不好用。而我之前有一套基于": 3, - "草稿转成带有参考文献的": 3, - "docx，所以这里稍微修改一下就可以用。这样我就能导出一份样式能够调整的": 3, - "文档分享给别人，同时也可以作为论文草稿。": 3, - "subprocess": 3, - "onvertor": 3, - "将论文草稿导出为带参考文献的docx": 3, - "template": 15, - "selfvault": 3, - "selfmd": 3, - "selfbib": 3, - "selfcls": 3, - "selftemplate": 3, - "selfname": 9, - "selfexportdir": 6, - "ospathjoinselfvault": 3, - "ospathexpanduserf~esktopxportxport{selfname}": 3, - "selfnewassetdir": 6, - "ospathjoinselfexportdir": 12, - "ospathexistsselfnewassetdir": 3, - "osmakedirsselfnewassetdir": 3, - "selfcontent": 12, - "toesktopself": 3, - "先把obsidian附件导出到桌面": 3, - "selfgetssets": 3, - "ospathsplitsrc": 3, - "dst": 9, - "ospathjoinselfnewassetdir": 3, - "shutilcopysrc": 3, - "然后修改双链语法标记为符合规范的markdown标记": 3, - "selfwikimd": 3, - "selfnamemd": 3, - "openselffp": 3, - "wikimdself": 3, - "插图标记转换：将!转化为!格式": 3, - "参考文献标记转换：将转化为格式": 3, - "figures": 6, - "refindall!": 6, - "f{fig}": 3, - "contentreplacef!{fig}": 3, - "selfcitations": 9, - "refindallaz{}az": 3, - "refindall": 3, - "item": 9, - "f{item}": 3, - "多一个空格": 3, - "contentreplacef{item}": 3, - "最后处理以下多个插入引用": 3, - "contentreplace": 3, - "getssetsself": 3, - "fnames": 6, - "filelist": 6, - "folders": 3, - "oswalkselfvault": 3, - "filelistappendospathjoinroot": 3, - "toocxself": 3, - "selfnamedocx": 3, - "printselfbib": 3, - "fpandoc": 3, - "citeproc": 3, - "markdownemoji": 3, - "bibliography\"{selfbib}\"": 3, - "csl\"{selfcls}\"": 3, - "referencedoc\"{selftemplate}\"": 3, - "\"{selffp}\"": 3, - "\"{target}\"": 3, - "openselfexportdircommandtxt": 3, - "fwritecommand": 3, - "ret": 3, - "subprocessopencommand": 3, - "shellrue": 3, - "cwdselfexportdir": 3, - "toibself": 3, - "收集文稿中的citation导出为一个独立的bib文件": 3, - "workerloadselfbib": 3, - "newlib": 6, - "newlibappendworkerlibrarykey": 3, - "workernewlibrary": 3, - "frefsbib": 3, - "workersavefp": 3, - "libpathspliteading": 3, - "f\"{libpath}yibrarybib\"": 3, - "f\"{libpath}acsnanocsl\"": 3, - "f\"{libpath}templatedocx\"": 3, - "onvertorvault": 3, - "xxdtoesktop": 3, - "xxdtoocx": 3, - "xxdtoib": 3, - "printlibpath": 3, - "这段代码比较复杂，按照完成任务的逻辑可以分成以下几个部分：": 3, - "读取obsidian文件内容，并将其中": 3, - "wiki": 9, - "双链部分转换为": 3, - "格式": 3, - "通过": 6, - "从总的文献库中提取被引用的条目形成新的子文献库": 3, - "把文本和附件以及子文献库内容都复制到用户桌面的": 3, - "目录": 3, - "通过命令行工具调用": 3, - "完成": 6, - "的格式转换": 6, - "这部分代码比较复杂，写了两个类，除此之外，一些比较重要的编程知识点如下：": 3, - "模块的使用，注意读出的是字典，而要写入的时候又是list": 3, - "基于正则": 3, - "模块的": 3, - "oswalk": 3, - "方法遍历所有文件夹和文件找到附件": 3, - "subprocessopen": 3, - "方法使用子进程调用": 3, - "工具": 3, - "这段代码同样作为": 3, - "脚本文件放到了": 3, - "目录下，同时还需要配套的其它文件如：": 3, - "yibrarybib：文献总库，由": 3, - "维持更新": 3, - "acsnanocsl：参考文献引文样式文件": 3, - "templatedocx：导出的": 3, - "的模板文件": 3, - "这些是我整合": 3, - "工作流的重要工具。使用的时候，同批量获取citationey，只需要用": 3, - "模块即可。": 3, - "正确运行没有啥提示，桌面的": 3, - "目录会出现一个子文件夹，里边放了各种文件：": 3, - "然后可以看下": 3, - "文档的效果，杠杠滴：": 3, - "利用": 9, - "还可以导出嵌入的": 3, - "文件，可以支持多媒体内容，比如音乐视频啥的。但是之前我玩": 3, - "iote": 15, - "的时候这个功能实际用的比较少，所以还是算了。": 3, - "批量获取citationey": 6, - "涉及文本文件读写的基本操作，亮点是利用内置sorted函数实现的自定义排序。": 3, - "python排序": 3, - "看文献的时候，需要批量插入": 3, - "key。但是只能先通过": 3, - "导出为一个": 3, - "txt": 9, - "文件：": 3, - "由于已经设置好了附件根目录为": 3, - "，所以这个文件直接保存过去。打开这个": 3, - "文件一看内容：": 3, - "但是我希望能够把这一堆": 3, - "citationkeys": 3, - "做成双链引用，而且还能按照年份进行排序的列表。这个时候就可以通过代码完成了。": 3, - "fetchtestalse": 3, - "在zotero中批量导出选中的多个条目的citationkey（需要better": 3, - "bibtex插件）到readingpdfs，": 3, - "注意就使用默认命名“导出的条目txt”，然后在obsidian中运行此代码实现内容抓取": 3, - "ospathexpanduser~esktop导出的条目txt": 3, - "ospathjoinlibpath": 3, - "导出的条目txt": 3, - "默认保存即可，会存放到readingpdfs目录下": 3, - "print\"用户桌面不存在文件：导出的条目txt\"": 3, - "cite{keykeykey}": 3, - "keys": 9, - "contentsplit": 3, - "printkeys": 3, - "sortedkeys": 3, - "keysorteyyear": 3, - "reverserue": 3, - "njoinf": 3, - "{kstrip}": 3, - "除了逗号之外，还有空格": 3, - "将内容复制到粘贴板": 3, - "osremovefp": 3, - "清除导出的条目临时文件": 3, - "sorteyyearcitationey": 3, - "该函数作为sorted的key被调用": 3, - "使用正则式抓取citationey中的年份": 3, - "然后返回这个年份的数值用作排序": 3, - "refindall\"{}\"": 3, - "citationey": 3, - "年份目前来讲都是四位数字": 3, - "intyear": 3, - "fetch": 3, - "此段代码主要用到了四个模块：": 3, - "os：主要是文件路径的一些处理，还包括删除文件。": 3, - "sys：因为我把": 3, - "脚本放到了": 3, - "目录中，所以可以通过这样方式自动获取相关文件的路径。如果切换了电脑或者主目录，没有必要每次来修改源代码。": 3, - "pyperclip：主要是把修改后的文本复制到粘贴板上去": 3, - "re：正则模块，方便提取": 3, - "中的年份": 3, - "这段代码里边很多都是基础操作，不过对我目前而言，值得一提的是自定义": 3, - "的内置排序函数": 3, - "sorted，所谓的自定义": 3, - "key，其实就是一个自定义函数，能够把": 3, - "iterable": 3, - "对象的每个": 3, - "返回一个数值，然后根据这个数值进行排序，默认是从小到大。另外一个是正则的使用，虽然我做的不漂亮，但是对于这个": 3, - "case": 12, - "是足够了的。": 3, - "为了方便，这段代码我在": 3, - "obsidiantemplator": 3, - "插件设置中上了钩子，所以每次使用，先从": 3, - "导出，然后插入": 3, - "getitationeys": 3, - "模板，然后按": 3, - "就粘贴为引用列表到当前文档了。": 3, - "erranohacon": 9, - "hao": 150, - "eveguk": 12, - "ia": 54, - "lba": 90, - "akahashi": 18, - "ay": 24, - "atel": 30, - "vscode": 21, - "复制代码设置": 3, - "注意，我主要使用": 3, - "进行代码编写和测试，再复制代码到": 3, - "的时候，需要确认自己的": 3, - "设置，否则会同时复制样式过来，导致": 3, - "这边的排版错乱。": 3, - "分析随机曲线": 3, - "!curledlinesbmp": 3, - "如上图所示的内容，需要：": 3, - "入门问题：统计图像中有多少条曲线": 3, - "进阶问题": 3, - "：统计每条曲线的长度": 3, - "进阶问题：统计每条曲线的收缩程度（最小外接圆直径与拉直的长度的比值）": 3, - "进阶问题：按长度或者收缩程度给线条上色": 3, - "高阶问题": 3, - "：保持曲线长度不变进行移动和形变，使每条曲线尽可能舒张，且图像各处的像素分布密度均匀（机器学习，可能无解）": 3, - "高阶问题：将问题的曲线变换过程可视化，制作一个movie": 3, - "blender编程": 3, - "lender中物体变换": 3, - "其实如果有": 3, - "编程基础，那么用这种方式控制然后制作三维动画简直不能更轻松。因为一些基础操作，比如移动旋转还有插入关键帧什么的，真的是比较繁琐的。另外一个方面，blender": 3, - "为开发者提供了非常方便的": 3, - "查询方式，基本上用户界面上每一个基础操作都有对应的函数文档，可以直接右键查询。": 3, - "另外我也到网上查了一些教程，先看中文的翻译，然后自己在": 3, - "blender": 18, - "的命令行": 3, - "nterface": 15, - "中稍微弄了一下。": 3, - "bpydataobjects": 6, - "bpydataobjectsamera": 3, - "objects对象": 3, - "支持列表索引": 3, - "bpydataobjectsube": 18, - "objects": 3, - "也支持字典索引": 3, - "obj": 18, - "访问对象的坐标和旋转角度属性": 3, - "objlocation": 15, - "ector": 6, - "objrotationeuler": 6, - "uler": 3, - "然后我尝试了一下随机变换功能，这个是制作随机运动的核心函数。注意需要选中对象，才能有效执行。可以先看下用户界面中是如何操作的。": 3, - "这个工具提示只给了函数，但是并没有给参数列表，所以可以右键单击该命令查询一下。": 3, - "的参数列表和函数文档。": 3, - "至于选择的问题，可以直接通过": 3, - "object": 12, - "方法": 3, - "来设置。": 3, - "需要注意的是，不同类型的": 3, - "可能有更多不同的属性和方法，要具体问题具体分析，不过像": 3, - "selectset": 3, - "这种应该是都有的。": 3, - "至于常规的平移旋转缩放操作，都可以参考随机变换的方式，获取其信息，非常方便。": 3, - "最后是插入关键帧。这个部分知乎上倒是给了两种简单的方式：": 3, - "两个示例都在活动对象的轴上插入关键帧。": 3, - "简单的例子：": 3, - "bpycontextobject": 6, - "objkeyframeinsertdatapath\"location\"": 6, - "index": 21, - "使用低级功能：": 3, - "objanimationdatacreate": 3, - "objanimationdataaction": 3, - "bpydataactionsnewname\"yction\"": 3, - "fcuz": 3, - "objanimationdataactionfcurvesnewdatapath\"location\"": 3, - "fcuzkeyframepointsadd": 3, - "fcuzkeyframepointsco": 6, - "我更喜欢第一个的例子，代码要少一点。另外可以发现，object": 3, - "location": 6, - "rotation": 9, - "属性估计是可以直接修改的。很赞。这样我就可以直接生成随机的路径（dx": 3, - "dy": 15, - "dz": 3, - "rx": 3, - "ry": 3, - "rz": 3, - "t），然后应用到": 3, - "上，不断插入关键帧即可。": 3, - "keyframeinsert": 3, - "方法的参数": 3, - "我都不是很确定。~~懒得仔细去翻文档了，如果不行，就直接调用": 3, - "ops": 3, - "actions。~~（此法不行，因为function没有指定帧，需要用户指定）": 3, - "好了，到此基本上使用": 3, - "完成一个动态过程的需要了解的": 3, - "api": 3, - "我都明白了，接下来就是制作一条变换路径数据。": 3, - "datapath": 6, - "property": 9, - "analogous": 6, - "fcurve’s": 3, - "int": 3, - "array": 6, - "efaults": 3, - "indices": 3, - "三维随机运动路径制作": 3, - "之前在的scheme绘制随机路径": 3, - "中已经完成了大部分工作，这里只不过需要稍微修改一下即可。": 3, - "制作颗粒随机运动动画": 3, - "但是我为了更快的验证一些东西，打算直接调用": 3, - "的随机变换功能，不用白不用。": 3, - "!blender随机运动的颗粒gif": 3, - "非常成功，本来我还以为是代码出错了，需要特定的脚本写法，比如写个类，然后注册什么的，其实没有必要，实现上述动画的代码如下：": 3, - "bpy": 6, - "objselectsetrue": 3, - "bpyopsobjectrandomizetransformrandomseedi": 3, - "rot": 3, - "objkeyframeinsertdatapathrotationeuler": 3, - "framei": 9, - "objkeyframeinsertdatapathlocation": 6, - "需要注意：": 3, - "`import": 3, - "bpy`": 3, - "然后编辑器不支持中文": 3, - "随机变换种子得不同，产生的随机数才会不同，这是假随机": 3, - "只接收": 3, - "string，且是": 3, - "的属性名": 3, - "随机变换只能选中了才能干。": 3, - "后面到网上抄了一个randomwalk的路径生成器并稍作修改，可以凑合使用：": 3, - "random": 3, - "choice": 12, - "andomalk": 6, - "numpoints": 6, - "selfnumpoints": 3, - "selfdx": 6, - "selfdy": 6, - "selfdz": 6, - "fillwalkself": 3, - "lenselfdxselfnumpoints": 3, - "xdirection": 3, - "xdistancechoice": 3, - "xstep": 9, - "xdirectionxdistance": 3, - "ydirection": 3, - "ydistancechoice": 3, - "ystep": 9, - "ydirectionydistance": 3, - "zdirection": 3, - "zdistancechoice": 3, - "zstep": 9, - "zdirectionzdistance": 3, - "continue": 6, - "nextx": 3, - "nexty": 3, - "nextz": 3, - "selfdxappendnextx": 3, - "selfdyappendnexty": 3, - "selfdzappendnextz": 3, - "\"main\"": 6, - "rw": 3, - "rwfillwalk": 3, - "enumeraterwdx": 3, - "rwdyi": 3, - "rwdzi": 3, - "癫狂的立方体blend": 3, - "补充说明": 18, - "花了将近一个半小时，折腾出来九行代码，实现了颗粒的三维随机运动，而且是的，不错不错！": 3, - "尝试一下blender的动画残影特效": 6, - "还挺好玩的，最后效果我觉得也还可以。": 3, - "!blender动画残影测试gif": 3, - "渲染出视频的时候忘记选择格式，结果导出到": 3, - "tmp": 3, - "目录的全是图片帧，后面用": 3, - "screengif": 6, - "导入这些帧，然后制作的": 3, - "gif，反倒是一个合理的工作流。": 3, - "可以重新设置帧率，还可以调整每帧图像的大小，一般来讲宽度在就很合适了。": 3, - "!动画残影测试blend": 3, - "ppt发布汇总页": 3, - "模仿": 3, - "项目的": 3, - "age，此页为ppt汇总页，不管是组会还是汇报的ppt都插入此处。注意用三级标题的日期，还要有简短的分条概述。": 3, - "!小组会谢晓冬pptx": 45, - "讲文献，溶酶体的超分辨成像示踪，大连化物所的工作。": 3, - "回顾之前的工作情况，简化信息加密设计方案，并计划订购相关物品试剂。": 3, - "小组会，继续讲文献，主要是斑马鱼中的组织迁移过程中的机械力传导模型，感觉有点因果倒置了。": 3, - "!文献大组会谢晓冬pptx": 12, - "文献大组会，分享一个简单的工作，用很简单的策略做了一个": 3, - "barcode，用变色顺序来编码多色。": 3, - "分享一些文献，主要是把折纸做成运动管道，再施加电场实现高速运动的case，另外还提到了胞间连丝。": 3, - "通过filter去除cy通道背景信号": 3, - "升级的双色通道配准（半自动）与混合样模式识别（人工）": 3, - "补充的": 3, - "xchange造成背景增加": 3, - "作图经验分享": 3, - "晁洁figure修改建议xxdpptx": 6, - "其实没有太多发挥空间，这个工作本身就非常简单，我只能说改改": 3, - "scheme，突出亮点，给人印象深刻即可。📂archieves改图晁洁李茜": 3, - "y通道的结构缺陷所致背景可通过调整入射角改善": 3, - "四种六螺旋混合样品拍摄": 3, - "细胞微管的超分辨重构": 3, - "!求职谢晓冬pptx": 6, - "lakz": 3, - "自我介绍与期望岗位薪酬": 3, - "博士后阶段的主要工作": 3, - "结构编码的纳米机器运动": 3, - "信息加密存储与读取": 3, - "博士后阶段的主要贡献": 3, - "建立荧光超分辨成像体系": 3, - "各种培训和成像数据分析支持": 3, - "未来三五年的工作计划": 3, - "细胞力学超分辨成像": 3, - "频次比例编码折纸位点存储信息位深": 3, - "后面又根据李茜的反馈意见，再修改了一般不那么中规中矩，但是亮点更加突出的ppt。": 3, - "ijog": 3, - "漂移校正新方法成功重构x点阵折纸": 3, - "漂移波动的频谱分析：需消除低频波动": 3, - "对细胞微管的标记和成像": 3, - "最强照明": 3, - "rid": 9, - "数据分析尝试": 3, - "信息加密六螺旋双色": 3, - "超分辨多色通道图像配准": 3, - "使用超算中心处理超大数据": 3, - "采取obsidian工作流之后第一次规范地发布课题数据整理的ppt。": 3, - "注意事项详见已有数据整理。": 3, - "核酸适配体的特异性验证": 3, - "细胞微管成像并查看了irycan的分辨率提升效果": 3, - "click反应连接炔基修饰与抗体": 3, - "第一次细胞微管成像": 3, - "结构光照明，偏振激光激发，cy荧光强度和作用力方向有明确定量关系": 3, - "首次实现nm空间分辨率的细胞力学方向测量lanchard": 3, - "有助于解析一些朝向依赖（orientationdependent）的细胞表面受体的作用机制": 3, - "首次尝试对细胞微管的免疫荧光成像": 3, - "单分子荧光漂白曲线采集和分析": 3, - "了解ep细胞贴附过程时间窗口期": 3, - "检验了s做单分子信号质量": 3, - "这周做的事情比较多，也有一些实质性进展。基本上我之前关于四面体能否进入细胞基底面间隙的疑虑被打消了，不过四面体在这个限域空间的扩散行为可能跟溶液中的又会不大一样。": 3, - "按照惯例，月末还需要提交实验记录本。茜姐没提就算了。": 3, - "由于会有一些新生在场，我打算介绍一些，就从最近一篇综述vanee入手吧。到了家里发现，可能明天茜姐又要找我聊一下关于信息存储加密的事情。我讲这个有点不合时宜，还是得重新做。但是明天早上又安排了实验，所以把电脑带上吧。": 3, - "结果到了年月日，我做完实验感觉时间已经非常不够用了，所以直接拿这个讲讲吧。至于本周主要的调研工作，我就不讲了。": 3, - "科普talk之我们要干嘛": 6, - "对我们目前的工作做一个简单的介绍，主要观众是一个想做大创的本科生。": 3, - "阶段性思考": 3, - "我们要干嘛？": 3, - "两大发展趋势": 3, - "信息社会：人工智能、区块链、元宇宙": 3, - "人口健康：基因编辑、智能穿戴、精准医疗": 3, - "需要更加充沛而且低成本的font": 3, - "color\"yellow\"能量font和font": 3, - "color\"yellow\"信息font。": 3, - "能耗与材料": 3, - "!astedimagepng": 3, - "在核聚变没有真正突破前，": 3, - "材料的进步是降低能耗的关键。": 3, - "信息与材料": 3, - "材料是信息的载体": 3, - "生命的信息从开始": 3, - "信息（虚拟）世界有着无限可能": 3, - "作为材料": 3, - "折纸术ey：": 3, - "将折叠成各种各样的纳米结构": 3, - "作为信息材料": 3, - "一公斤就可存储目前的全球信息总量": 3, - "读写细菌": 3, - "!vaffaddcaeccbgif": 3, - "生物学家将信息写入细菌基因组，传代多次后提取。hipman": 3, - "读写折纸": 3, - "化学家直接把把纳米结构当作写字板ickinson": 3, - "折纸加密存储": 3, - "color\"yellow\"anabfont": 3, - "折纸存储信息还可以加密。hanga": 3, - "折纸与活字印刷术": 3, - "将纳米结构的font": 3, - "color\"yellow\"超分辨成像font图案与字母对应起来。": 3, - "color\"yellow\"charfont": 3, - "color\"yellow\"stringfont": 3, - "利用特定的纳米探针（": 3, - "imager）": 3, - "去显现对应的字母并赋予索引。": 3, - "通过碱基互补配对特异性结合指定靶点": 3, - "通过四面体后缀调节结合动力学": 3, - "实现font": 3, - "color\"yellow\"基于结合频率差异的索引编码font": 3, - "准备内部述职求职": 6, - "最后还是直接在上边写边想，做了十几页，详见ppt发布页ijog": 3, - "可以先做个（注意贴到ppt发布页），然后微信上发给樊老师看，然后约个时间聊一下后面工作的事情。内容还是要尽量简洁直接，以求职为目的，展现自己的成果，能力，以及更为重要的": 3, - "taste。": 6, - "想做什么": 3, - "开门见山，就说自己想做什么，其实就是两个方向，一个是信息存储，另外一个是细胞的所谓": 3, - "tension。当然了这两个都是基于超分辨成像技术展开的。但是我并不打算采取一般的叙事方式。": 3, - "求职": 3, - "准备年度博士后面上基金申请": 3, - "从去年的情况来看，已取得的科研成果评分为": 3, - "，选题的创新性为，平台条件为，所以主要还是已取得的科研成果不大行。或者说，已有成果跟目前要研究的东西不是很匹配。然后也要充分利用平台条件特色。": 3, - "先找到去年的资料包。注意这个玩意儿只能用": 3, - "来搞。": 3, - "📂projects基金申请博士后基金博士后面上基金申请": 3, - "去年我写的是暗场成像的，这个题目不大行，所以下一步想一想写什么题目。我个人是认为纳米探针在分析化学上的应用会更好一点。毕竟这个博后是锁死在分析化学口的。而跟其它分析化学的工作相比，我的是成像，动态成像。所以我不妨从之前那个迁移体的工作延伸出去。借助纳米颗粒在细胞内的运动聚集状态分析来做事情。青基的题目也可以想一想，最好是能够跟后面的的内容有一个过渡，所以可以是多模态的成像，就是纳米金探针加上做一些成像分析的工作。": 3, - "调研胞间连丝": 3, - "migrasome属于一种新的细胞器，研究这种比较新的东西可能会有新的发现。但是通过胞内颗粒运动状态的变化去分析细胞内部环境比如粘弹性，相比较于探测具有更好的实时性。但是这个题目也太大了。从另一个角度出发，细胞间这种管道运输，如果用纳米探针作为标准物质来搞的话，可能更": 3, - "sense，毕竟之前都有一些文章说线粒体都能通过这种细胞间的丝（intercellular": 3, - "nanotubes）发生转运aha。所以我的落脚点可能还是这种胞间连丝。所以下一步了解这方面的内容。": 3, - "癌细胞存在多种免疫逃逸机制，其中一种就是通过胞间连丝窃取免疫细胞的线粒体，那么有没有其它利用胞间连丝的作用呢？": 3, - "asho": 3, - "ase": 6, - "signalling。": 3, - "可以看到，胞间连丝的作用还是很多的。那么接下来我的这个纳米探针和成像方法，可以解决什么问题？就是在这样一个通道中，一个比较普遍的运输过程的一些物理描述。接下来我就需要了解以下这方面有没有已经发表的工作，做到了什么程度。": 3, - "先快速看了三篇综述，aidyahinneryamashita": 3, - "对于胞间连丝有了一个比较宽泛的理解。这种结构非常常见，比如神经元细胞。至于普通的一些细胞，也有很多，甚至是细菌。这是细胞之间实现高效通讯的一个非常重要的方式和途径。": 3, - "查看各种对象在中的转运过程，相关文章年前就有一些，包括量子点，纳米金刚石，还有看溶酶体，线粒体，脂质体等等。bounitalepperlaeristlustomowinskiang": 3, - "但是用纳米金来看的确实比较少。": 3, - "也有一些纯粹从成像的角度去做的工作，比如和attice": 3, - "light": 18, - "sheet。alaszarker": 3, - "还有人工构建这种": 3, - "tunneling": 12, - "nanotube": 6, - "然后研究一些东西的工作。ong": 3, - "tommer。": 3, - "最近几年大量的相关工作集中于其生物学功能，比如间充质干细胞通过传递线粒体实现再生恢复能力；aliwal": 3, - "还有巨噬细胞极化能够影响和细胞器传递的过程；oodman": 3, - "还有很多综述，讨论": 3, - "跟免疫方面的关系。": 3, - "初步搜罗了篇文献，可以对这个领域做进一步的了解。下一步注意跟踪这个方面国内外做得比较好的团队的后续工作，看看有些什么具体的进展。但是更重要的是，我想解决的具体是什么问题？": 3, - "纳米金的切入点": 3, - "纳米金探针暗场成像的特点，可以间距荧光，然后暗场下可以变色，通过颜色显示大小。然后暗场追踪就有长时程的特点。因为暗场成像，不需要考虑光漂白的情况，也没有所谓的光毒性。所以某种程度上可以说是定量地研究cargo": 3, - "trafficking": 24, - "的关系。那么这个size跟trafficking之间的关系为什么要研究，是否重要？这个是我需要进一步从文献中查找的。": 3, - "直观的看，基于": 3, - "transmission，既有": 3, - "molecule，也有": 3, - "organelle，可以说": 3, - "范围是非常大。目前很多都是看一些": 3, - "organelle": 9, - "的转运，因为这个是在分辨率允许范围内的。但是对于更小的": 3, - "cargo，可能较难长时间观察。而且可能一些细的": 3, - "本身也难以通过普通的光学显微镜看到。但是我不是要去做一个超分辨的检测。": 3, - "考虑到纳米金聚集体最后一般是在晚期内吞体或者溶酶体中，而今天查的文献中刚好有一个疾病模型是": 3, - "asynuclein（突触核蛋白）": 3, - "通过溶酶体转运的。bounitictoria": 3, - "所以我从某种程度上可以从这里切入，说自己想开发一种诊疗一体的阻断工具。": 3, - "到此为止，基本上有个大致的思路了，剩下的明天再说，不然一整天搞这个事情有点腻。": 3, - "进站时间超过限制": 3, - "所以博士后面上基本上不用搞了，这个可以拿来整青基了。": 3, - "制定全局笔记日志方案": 6, - "目前我常用": 3, - "obsidian、joplin，再加上这个": 3, - "wordpress，可以说用于写日志的工具是非常丰富，而且电脑手机多端协同使用完全不成问题。不过": 3, - "侧重于工作，比如安排实验，调研文献之类的；而": 3, - "joplin可以使用坚果云同步，可以和手机端很好协同，所以我用来作为临时性草稿和生活方面的内容，这样可以方便随时随地写日志；wordpress是一个博客网站，主要特点是方便分享，可以定期（比如每周）发布一些有价值的内容。": 3, - "写日志的目的，是为了对抗遗忘，也是为了能够给后人留下些东西。从信息的角度出发，我的读者必定是亲朋好友，他们的第一站就是我的博客网站。所以不要把太多细节弄到博客中。他们关心的问题才是我需要呈现的内容。以此原则，一篇典型的周记应该包括以下内容：": 3, - "这周主要做（发生）了什么（重要的）事情？": 3, - "这周心情如何？": 3, - "这周身体怎样？": 3, - "下周有什么安排？": 3, - "写博客不难，坚持年复一年地写博客是真难。所以这也是一个依赖于习惯去实现的事情。从目前的时间安排来看，每周六周日的晚上是最合适的时间，能够给我写博客。而从内容上看，我保底要求自己先从周记做起。": 3, - "申请博士后续聘": 6, - "按照学校要求，结合咨询高延静师姐的经验，基本上就是填表，找老师签字，然后交给焦斌即可。": 3, - "给樊老师发了一封邮件，算是立了": 3, - "flag。等回复吧。": 3, - "!博士后续聘评估表谢晓冬doc": 3, - "年下半年博士后年度考核": 6, - "这个事情可以跟申请博士后续聘在本周一起干了。": 3, - "事实上本次考核名单上没有我。": 3, - "修改去年的青年基金": 6, - "先看评审意见": 3, - "谢晓冬女士先生：": 3, - "您好，您申请的国家自然科学基金项目，已经科学部初审、同行专家评议、学科评审组评审。由于科学基金实行竞争机制、择优支持，在有限的经费条件下，资助项目只能优中选优；或者因项目本身的原因，在某些方面尚有不足；今年未能给予资助。": 3, - "为了使科学基金评审工作更加客观、公正、透明，加强同行之间的交流，我们把同行评议意见全文反馈，该意见仅供您参考。": 3, - "关于你的项目的同行评议意见如下：": 3, - "具体评价意见：": 9, - "一、该申请项目的研究思想或方案是否具有新颖性和独特性？请详细阐述判断理由。": 9, - "本项目拟构建以四面体为框架的多价态、超分辨成像探针，通过荧光闪烁频率差异实现不同靶标位点的同时多色成像。项目的研究思想和实验方案有新颖性。": 3, - "二、请评述申请项目所关注问题的科学价值以及对相关前沿领域的潜在贡献。": 9, - "本项目针对活细胞单分子水平研究过程中现有的超分辨荧光显微成像技术的不足，提出拟构建以四面体为框架的新型超分辨成像探针，通过荧光闪烁频率差异解决不同靶标位点的同时多色成像的科学问题。": 3, - "三、请评述申请人的创新潜力与研究方案的可行性。": 9, - "申请者有较好的学习背景和从事科学研究的经历，也有较好的工作条件和前期研究工作基础。该项目选题具有理论和潜在的应用价值，研究内容较恰当，研究目标也比较明确，研究方案和技术路线基本可行。建议给予资助。": 3, - "四、其他建议": 9, - "本项目通过设计基于框架核酸的多价态成像探针，发展超分辨的多色成像手段。申请的项目具有一定的新颖性和独特性，但不是很突出。项目拟突破现有成像手段存在的分辨率、光损伤和成像速度上的瓶颈，但对于设计的策略为什么可以突破这些瓶颈，申请书交待的不清楚。纳米探针，尤其是四面体探针已经被广泛应用于成像研究中。对于项目提出的研究内容与目前报道的内容相比有什么突破，申请书中交待的也不清楚。": 3, - "项目拟通过发展超分辨多色成像手段，用于在活细胞单分子水平上研究多种生物组分的相互作用，但申请书中只是介绍了要发展的方法，对于方法的应用则根本没有提及。只有“当建立起成熟的技术体系后，再将该超分辨多色成像技术引入活细胞系统”这样一句话，导致申请书中研究的内容缺乏应用出口。": 3, - "项目提出的研究方案具有一定的可行性，但申请人的研究基础一般。": 3, - "申请人对申请书的撰写很不认真，申请书中竟然还有其他人提出的修改意见。如“写全名，不要全部大写”、“确认一下，染料分子具体种类”。总的来说，不建议对该申请给予资助。": 3, - "本项目拟发展超分辨光学成像的新型多色探针，在四面体上引入多个核酸杂交序列，利用不同价态的序列与目标位点结合时荧光闪烁频率的差异进行编码，实现不同靶标位点的同时多色成像。这一研究思路与常规方法有显著不同，具有较好的独特性和新颖性。": 3, - "项目关注的超分辨光学成像探针这一领域近年来发展迅速，对生物学领域相关问题研究意义重大，具有重要的科学价值。": 3, - "申请人具有很好的研究基础，对项目有一定程度的预研，提出的相关方法可望解决传统策略“越多色越耗时”的弊端，所提出的研究方案具有可行性。申请书应对这种频率编码在实际使用中可能出现的问题进行一些讨论。": 3, - "归纳问题": 3, - "提出的策略到底是要突破什么瓶颈？": 3, - "四面体探针的优势是什么？": 3, - "这种新方法新策略的应用出口是什么？": 3, - "频率编码方案可能存在哪些问题？": 3, - "文本撰写上的一些错误（注释没删掉）": 3, - "!青基草稿xxdpdf": 3, - "!青基提交版pdf": 3, - "在ppt发布页ijog的求职ppt中，我大致列了一下未来的研究兴趣和工作计划。这是一个比较现实的计划，它是从我现有的基础出发的。一个是细胞力学方面搞点工具出来，另外一个是存储方面搞点事情出来。前者偏向基础科学一点，后者更偏向应用科学一点。当然了，两者本质上都只是更进一步的延伸应用。": 3, - "过去在研究方向思考中，我结合了去侯尚国师兄实验室的具体安排，设想了一下，但是也非常不具体。在职业发展的思考中，我相当于是反悔了，最终决定留在上海，希望能够拼搏一番，追求一下卓越（评个优青什么的）。虽然也没有很具体的想法，但是这也算是有意义的。不过话说回来，还是要量力而为，不要变得追逐名利，本末倒置了。在未来发展方向中，我思考了一下微纳机器人方面的可行性，目前来讲这是一个更加基础或者说遥远的事情，不过好在我已经开始思考具体的东西了。幻想我的实验室这种事情，还是留到以后再说，至于文献阅读方向思考中说的基本也不作数，因为从历史的角度出发，我不算喜欢看文献，也没能做到每日一文。在思考一下未来的课题中，我倒是尝试归纳出来几个方向，算是自己比较感兴趣的。但现在文章发表真的是海量，我不可能非常仔细认真地去看，绝大部分可能就看个五分钟，有个大致印象。": 3, - "长远的思考多半空洞。随着时间推移，我很快忙起来，也就成了「人无远虑，必有近忧」，开始思考眼下的，一周之内的事情。比如思考任务和人员分配、思考一下师弟们的安排、思考剩下两天做什么交差。而且为了警惕自己不要在这种繁忙中迷失自我，还暗自告诫莫让他人安排了你的人生。": 3, - "从过去整个思考的变化来看，我的想法确实越来越切合实际。这就是一个很好的进步。要知道我并不是绝顶聪明，除了工作也还有生活上同样需要花费不少时间精力。我必须在通盘考虑下才能做出周全的安排。": 3, - "文献阅读方向思考": 3, - "合成生物学": 6, - "明确了将合成生物学作为自己最关心的领域，立志成为一名生命黑客。": 3, - "我的研究领域": 3, - "首先是几个关键词：荧光成像、单细胞、单颗粒（或者单分子）。": 3, - "成像是一种手段，也是我主要掌握的技术工具。单细胞单颗粒既是研究对象，也是一个尺度范围。概括起来，我就是利用成像手段，研究细胞分子生物学问题。当然我也会做一些所谓的纳米机器人。": 3, - "我不是开发新技术的（相比较于做仪器的），我只是比较好的掌握了一些高阶的自定义的玩法（相比较于做生物的）。所以对于成像，我只是一个高级用户，而非开发者。那么我的重心，还是要回归到细胞分子生物学问题上。": 3, - "细胞分子生物学": 3, - "虽然这个领域很大，热点问题也很多。但如果我要把科学研究当作一生的事业，那就必须要直视内心，不忘初心，而不是追逐潮流。": 3, - "回到高考结束填报志愿，我为何要选择人尽皆知的生物这个“天坑”专业，而不是大家都觉得不错事实上后面十年也证明的确成为大热门的计算机专业？我喜欢编程，但是我觉得所有的程序代码，都太“死”了。而自然存在的这些”活“物才是让我觉得奥妙无穷。": 3, - "从唯物主义的角度看，无论电脑还是细胞，无非都是一堆原子分子组成，到底是什么造成了这种”生死之别“，这是我关心的第一个问题。虽然到现在，基于我所见所闻，可以给出一个笼统含糊的答案：细胞（生命的基本单位）是一个复杂动态精妙的分子互作网络的具现。但是这个答案说了跟没说一样，只能提示我们从研究分子网络入手来揭示生命的奥秘。": 3, - "但是这里面的逻辑抽提出来，”当网络复杂度足够高的时候，从整体看它就是一个生命“，感觉也有点意思。量变引起质变或许是一个普遍现象，如果照着这个逻辑，现在互联网也在高速发展，那么整个互联网组织起来的人类社会整体，是否也可以看成是一个全新的生命呢？": 3, - "给生命编程": 3, - "宏大的问题（如上所提）大多没有真正的答案，穷极人的一生也无法给出什么答案，所以对于这种问题只能谈”信或不信“。我大体上还是相信，”复杂网络成就生命“这个假说的。恰好今年的诺贝尔物理学奖就颁给了研究复杂系统的。": 3, - "或许我们现在对于细胞内的分子互作网络认知还是沧海一粟，但是基于已知的网络，我们其实已经开始逐步尝试”给生命编程“。这就是合成生物学的范畴。博士期间其实我也有一些调研，但是限于实验室条件，并没有真正开展这方面的工作。我自身非常认同合成生物学的意义：就像是一个生命黑客，刚开始的阶段是学习生命的编程语言，开发一些小的生命程序。": 3, - "所以说了这么多，用早上最清醒的大脑，我得出结论，我未来的发展方向还得是合成生物学，成为一名生命黑客（姑且先叫做这个名字吧）。至于目前掌握的所有技术，以及知识背景，都只不过是预备。": 3, - "研究方向思考": 3, - "思考": 6, - "积累idea": 3, - "上一次的思考仅仅通过阅读文献这种实践就被证明不切实际（文献阅读方向思考），": 3, - "所以这里继续思考。希望能够对后面的职业发展有所帮助。": 3, - "我已经跟侯尚国师兄二次确认要过去他那边，所以结合他的技术特长，我的知识储备，以及深圳湾实验室的平台条件，可以做的方向其实是比较明确的。": 3, - "其实说到底还是问题不够具体。研究方向可以大致笼统的定，找准几个关键词即可，比如成像，单颗粒，细胞，都很好。但是现在要做的是得有一些具体的可行的": 3, - "的储备。": 3, - "的形成，自然是靠大量的文献阅读，然后综合未来的实际的实验室条件来筛选。而且，我觉得到那边去相当于要自主创业了，所以刚开始的": 3, - "一定要务实，能够保证性价比就好，不要过分追求高精尖。对我们来说，能够从": 3, - "mall、ngew": 3, - "起步发文章都是不错的。": 3, - "所以其实在这里，我就是要思考未来三五年，乃至十年期的工作计划。": 3, - "优势条件": 3, - "师兄掌握的世界一流的三维单颗粒示踪技术": 3, - "我掌握的丰富的探针设计、细胞成像以及数据分析经验": 3, - "在这样的基础上，我们能干些什么？师兄之前我跟提过一个人工智能的项目，说是跟哈工大那边的一个老师有合作，希望能够基于轨迹分析出来不同的": 3, - "pattern（of": 3, - "virus）。这个是重数据和分析的项目，如果能够在一年之内做出来也是不错的。": 3, - "既然是在师兄的实验室里，我想绝大部分课题，当然是要围绕着怎么应用这个尖端技术来开展。所以我可能要真正的独立去提出一些有意义的科学问题（可以用这个技术来解决）。": 3, - "初期阅读计划": 3, - "我觉得自己还是先从单颗粒单分子示踪成像的角度，多看看这方面的文章，做好积累，同时也获得一些启发。": 3, - "职业发展的思考": 3, - "反省": 6, - "这一波我想留": 3, - "evmx": 3, - "这一波我为啥想留在上海，详见上面的聊天记录，概括起来就是有以下几个点：": 3, - "有更大的机会实现阶层跨越": 3, - "比我预期的要多的独立自主": 3, - "但是就像老婆说的，不能一会儿一个主意，得有反复地客观地思考比较。所以我打算看看之前是怎么想的。": 3, - "回顾历史": 3, - "从有记录的日志来看，我最早是在，知悉实验室师兄师姐贷款三十年买房这件事情后，有所触动，在情绪作用下，没有太多认真的思考的情况下草率地得出了「想想都觉得可怕。所以我坚决不能留上海，要完完全全断了这个念想」的结论。": 3, - "然后在，我出于「有充分的设备上的保障来提高": 3, - "的分辨率，真正开展一些": 6, - "robot": 21, - "的工作」的考虑，觉得去侯尚国师兄在深圳湾实验室的组会更好。为了解决一个实验技术上的需求，而不是有长远的职业规划，就产生的这样的想法自然也称不上成熟，甚至可以说有点任性。": 3, - "过了几天，到，我的跳槽想法也更加成熟了点，我觉得「自己以后肯定是要单干，做独立」以及对于买房的担忧交织在一起，更加倾向于去深圳湾实验室。而本质上这两件事情是一回事，只有留在上海樊老师组，做独立才有更大的可能，而成为了优秀的人才，住房也根本不是问题。": 3, - "在，通过回顾前一段时间的思考和记录，认为自己「在学术上并没有卓越的追求，只是想通过这种方式满足生活需求。希望有更多业余时间能写写小说，开发有意思的软件」，但回想以下这几年来，我压根没有写过小说，即便是开发": 3, - "这个软件，到现在也完完全全被": 3, - "取代。所以不要对几乎没做过的事情充满幻想，成熟一点吧。": 3, - "在，我又对跳槽的事情做了一个字数比较多但是逻辑并不清楚的思考，其实一个因素，「我觉得深圳湾实验室设备条件比在上海的更好，有好的平台条件，我就更有可能做出好的工作，成为独立」，这个逻辑也是非常荒诞的。因为要成为一名独立，好的仪器设备平台条件恰恰是最不重要的因素。另外我也思考了自己的研究兴趣和家庭因素，这回总算考虑得全面点了。但是研究兴趣这个东西（详见截图）本质上也不重要，职业生涯几十年还是比较长的，完全可以立足当下，逐渐发展和靠近自己的兴趣。至于家庭因素，我必须搞清楚，我爸妈家是我的原生家庭，严格意义来讲并不算我家。我爸妈家有我爸妈对其负责，而我必须首先对我跟我老婆组成的这个小家庭负责。但是就我的感觉，我老婆明显是很希望留在上海发展的。": 3, - "再到了，我居然就已经跟刚回国的侯尚国师兄联系，敲定了去深圳的事情。其中还有一个重要的砝码是": 3, - "的深圳市人才补助，和预估": 3, - "的年薪（如果留交大做助理研究员可能只有w出头）。但是到今天看，这个人才计划已经取消了，吸引力便大大下降。其实回过头看，别人给你的终究不是你的，自己凭实力争取到的才是自己的。": 3, - "，我又再次思考了一下，博士后之后的去留问题。这次主要是茜姐push我的文章草稿的进度（其实还不是因为自己拖拉），有点恼怒，再次在情绪作用下完成了一系列思考，所以你看思考决策过程一定要保持冷静客观，拒绝情绪化。": 3, - "放完高温假之后，我觉得过去的思考都比较凌乱，干脆做了一个列表来进行打分比较，看去深圳和留上海的得失情况。其实上海跟深圳只有": 3, - "分的差距，这些差距主要来源于一些未来三五年的短期的生活需求，比如生娃、通勤、家人照料等等。而从长期发展来看，这些问题终将不是问题，所以我在做决定的时候，还是有点短视了。": 3, - "再到八月底的时候，我打算参加深圳湾的青年科学家论坛，但是到九月份开幕的时候，却没有完整听多少，因为这个本质上是招的一个面试大会。这个现在已经成为国内许多单位引才的基本操作。然后我通过侯师兄知道，以我目前的文章成果，根本无法申请到深圳湾实验室的启航学者，我到时候过去了只能是让师兄掏钱养着，所以这个也就没啥意思了。": 3, - "最后是，我听了深圳湾的青年科学家论坛，之后侯师兄打电话跟我再次确认这个事情，我当时说确定要去，「主要是家庭因素，再一个我们研究方向契合，还有就是我想去小一点的实验室」。然后师兄把另外一个求职者给拒绝了。搞得我也很不好意思。后面我也逐渐在同事间散步我想去深圳湾实验室的消息。就等着什么时候找个机会跟茜姐坦白情况。": 3, - "总结经验": 3, - "到目前为止，我人生总共完成了三次重大选择，一个是高考填志愿，一个是推免研究生，一个是跟我老婆处对象。这三次决策，做决定的时候都很快，并没有像这次历时如此之久，思考如此之多。但结果其实都还不错的。": 3, - "我觉得这样的思考也是有意义的，快速决策多半靠直觉和偏好，但成熟的人总归要学会深思熟虑，而且是有逻辑地思考。通过回顾我这段历史，也能清楚地看到我做决策时候一些可笑的地方。比如短视、以及情绪化。": 3, - "从另一个角度来说，想这么多，往往是因为还远没有到做决定的时候，在这个漫长的中间期，各种变量和影响因素也还是太多了。所以以后千万不要答应别人一年以后怎么样。甚至一周之后怎样都要慎重回复。": 3, - "接下来的应对": 3, - "既然考虑清楚了，首先是尽快跟师兄说清楚，道歉。虽然难为情，但是必须去做。然后是跟老爸老妈说清楚，免得他们空欢喜一场。当然了这个沟通的内容和方式，都需要好好想想，避免引起对方不适。": 3, - "未来发展方向": 3, - "前面已经有过研究方向思考和职业发展的思考，但是由于不打算去侯尚国师兄组了，所以要充分考虑现有的条件下能做些什么。": 3, - "在认真思考一下给本科生的大创课题，我提出目前一两年内，主要还是继续做纳米机器人，先把": 3, - "的弄好，同时也逐渐起步开始搞一些活细胞的内容。": 3, - "同时我也快速扫读了一些文献，比如分子机器专题阅读、微纳机器人的运动和应用": 3, - "等等，对于整个领域有了一个感性的认识：": 3, - "!微纳机器人的运动和应用tje": 3, - "从长远来看，我更想挑战一下集群纳米机器人，以及人工生命等题目。": 3, - "!职业发展的思考evmx": 3, - "从目前的发展来看，我的工作将具有显著的运动控制策略的特征，这个就好比当年从无到有造飞机的阶段。因为现在的各种运动控制其实做得并不算很好。而我们从size影响布朗运动入手，算是一个比较好的切入点。": 3, - "所以下一个阶段的文献阅读，我需要更加专注于运动控制这块。当然动力也是我的考量。所以又可以新开一个调研主题：微纳机器人的运动控制。": 3, - "关于运动控制": 3, - "运动控制从传统意义上讲，属于自动化领域。一个运动控制系统，包括以下组成部分：": 3, - "信号接收器，接收控制信号并转换": 3, - "执行器，执行特定的运动动作": 3, - "反馈传感器，将运动状态和信息反馈": 3, - "上述整理可能并不全面，总之传统意义上的机器还是需要和人或者人操纵的电脑进行交互来实现完全控制的。": 3, - "但事实上无论是发送信号、信号转码，还是传感器采集大量的信息反馈，都会形成大量的负荷，对于微纳机器人来讲，太难了。所以很难让单个的微纳机器人具备所有的功能，他们只能是具备部分的功能，通过集群组合来执行复杂的操作逻辑。就像细胞一样。": 3, - "在细胞中，生物大分子或者一些亚细胞结构，本质上都是只具有少数简单功能的": 3, - "machine。但是通过复杂的调控网络组织起来之后，却能够形成高度智能的细胞。当然了细胞的功能某种意义上讲也比较简单，比如一些原核单细胞生物，基本上就是不断复制分裂。如果要执行更高级的功能，比如类似人类这种思考和创造的功能，就还需要细胞形成超级复杂的大脑结构。": 3, - "我觉得这种集群的理念，是一定要贯穿微纳机器人设计始终的。那么接下来从文献调研的角度来讲，我需要知道对于单个的微纳机器人，可以具有哪些功能，或者说做到什么程度，以及有没有可能实现不同功能机器人的集群级联？": 3, - "我的实验室": 3, - "大致规划一下自己要发布的内容的类型，主要是分享搞科研的一些技术性经验。": 3, - "关于内容": 3, - "专门用于发布一些后面组建实验室，或者带学生用得着的东西。所以面向的多数情况下是我的学生。既然如此，那么就是从学生的角度出发，放一些他们真正需要，以及我需要他们知道的一些实用的方法。这里我先简单罗列一下：": 3, - "eading：基于": 3, - "的文献阅读技巧和方法": 3, - "nalysis：基于": 3, - "编程的数据分析和可视化方法": 3, - "isualization：基于": 3, - "的常规平面和三维作图": 3, - "orkflow：基于": 3, - "的工作笔记，实验记录，数据管理、工作汇报和文献汇报方法": 3, - "我感觉从逻辑上完全可以进一步对照一个研究课题的发展来概括。刚开始进入实验室，先是大量阅读文献，和学习实验室已有技术。所以这个时候得把基于": 3, - "的工作流，包括实验日志、阅读笔记这两大部分给搞起来。然后有了数据结果，要分析得到有效的结论，这个时候就涉及到": 3, - "nalysis": 27, - "isualization；最后就是要汇总思考和汇报工作，以及撰写文章草稿。": 3, - "既然是写给新生学习用的。那么针对新生而言，刚开始最重要的就是阅读文献。所以这个可以先搞起来。顺带就学会和熟悉了": 3, - "的工作笔记流程。当然了刚开始一年一般也不会有工作汇报，大多是文献汇报。所以这样是最合适的。当然了新生还是要跟着做实验，学习技术。所以整理相关的": 3, - "protocol，撰写实验记录肯定也是同步进行，如何按照模板写一个合适的实验报告，也是需要刚开始就学习的。至于数据分析和可视化作图，这个肯定是按需取用，主要是作为字典工具书存在的东西。所以你看，很容易找到了必修和选修，先修和后修的内容。": 3, - "最后，这是为建立我自己的实验室准备的，所以我也得相应的制度建设，从而保证实验室整体高效有序甚至是自动化运行。": 3, - "如果我独立建实验室": 3, - "我个人电脑技术很强，完全可以建一个实验室内部网站（局域网），然后让大家通过网站来共享相关资料内容。这个网站既可以是": 3, - "gitlab，也可以是": 3, - "bbs（物理距离这么近，没必要再在网上讨论了）。但从我的经验来看，gitlab": 3, - "是更好的选择。然后每个人都可以建立自己的课题相关的仓库。": 3, - "我推崇电子实验记录，事实上": 3, - "有": 3, - "插件，支持同步到": 3, - "gitlab": 6, - "的仓库去，而且每一次修改都会有记录，基本上不存在篡改的可能。而且我还可以通过每个人的主页轻松知道实验记录提交情况。": 3, - "当然了，原始数据很多情况下会比较大，所以这个还是要独立保存，不必上传": 3, - "gitlab。上传到": 3, - "上的主要就是基于": 3, - "语法的图片文字。": 3, - "简直太搞笑了，几个人还搞个破网站，自己维护就没有那个精力，所以根本就不现实，而且会把大家都搞得很累。不过整理一下这些搞科研的经验还是很有必要的。": 3, - "思考一下师弟们的安排": 6, - "戴哲泽后面接着信息加密的工作往下做，金仲超可以让他自己先调研下形成的初步方案，这些人大体上的安排都算是清楚的。": 3, - "周高昂的安排": 3, - "剩下的这个做毕设的周高昂师弟，虽然他是看着那个多色来的，但是我觉得做毕设，对于他而言更重要的是体验，而我跟他的关系也得是互利互惠。所以基于这样的原则，考虑到后面我的事情。我决定还是让他来做一些基础的实验，比如四面体合成，细胞培养和一些显微镜，比如": 3, - "的使用，这样就能帮我做一些基础的实验。": 3, - "但是对于他而言，后面毕业设计的论文，甚至是后面的发展，我也要稍微考虑一下。比如他论文题目，写什么呢？肯定不能是把我们未发表的数据拿去": 3, - "present，所以还得再想想一个听上去": 3, - "sense": 3, - "idea，然后在这个过程中顺手能够做的事情。": 3, - "细胞的力学超分辨成像中，做着做着肯定会有很多问题，所以具体他的论文内容，到时候都可以很容易编，所以不用急于一时。只不过我平时要注意积累和留意。当然了我也可以给他另外一个题目，就是之前我一直在提的，关于用实现漂移校正提取的事情。可以让他选择，当然了这是多选题。": 3, - "刚刚问了一下周高昂，他完全没有编程基础，对细胞成像更感兴趣。所以这个问题很完美的解决了。这周可以安排他开始把细胞培养起来了。就养ea细胞好了。": 3, - "毕设开题": 3, - "!开题报告周高昂武汉大学doc": 3, - "!任务书周高昂武汉大学doc": 3, - "既然他想做点细胞成像的东西，那就把细胞膜超分辨实时成像的这个题目给他。现在": 3, - "基本上已经不大可行了，因为": 3, - "与细胞膜的": 3, - "很难调整，所以就比较难得到好的单分子荧光信号。他的实验体系非常简单，就是膜上修饰胆固醇作为": 3, - "链，然后": 3, - "去": 3, - "。然后扔给他几篇参考文献先了解下背景。": 3, - "这篇最早用nile": 3, - "对lipid": 3, - "bilayer做的工作要看haronov，然后是e": 3, - "u的两篇工作anylchukoon，再然后是用做的膜超分辨pahn，还有那个用mer做的工作traussa。": 3, - "不过听他说，开题报告跟最后答辩的毕业论文内容可以不一致，我觉得也就无所谓了吧。": 3, - "指导学生": 9, - "思考一下未来的课题": 3, - "构思课题的基本原则": 3, - "从前面一些思考看下来并没有真正往提出一个课题的方向有效地前进。我觉得到了这个博士后期，虽然茜姐没跟我说，但是显然提出一个值得去做而且具备可行性的课题，是后面非常重要的能力，甚至胜过一切。": 3, - "实验室内流传一句话，叫做「去做最重要的事情」，这个是樊老师的博士后导师，诺奖得主给他的建议，也是他经常给我们的建议。在思考课题上来讲，这个就是一个最重要的原则。": 3, - "但是「去做最重要的事情」得有前提条件，就是你有一份能做的事情的清单。能做就是具备可行性。所以你看，构思课题的时候，可行性的优先级高于重要性。如果你想了半天只有一件能做的事情，那也就无所谓什么最重要的事情，因为你只能做这个。": 3, - "另外一个隐含的前提是，你有「寻找重要意义」的真实需求。就是说，对于我们这种刚进入科研圈的，首先要谋求的是立足和生存。而寻找重要意义，如果恰好能够碰上最好，碰不上还是务实一点，别凭空去思考，觉得自己要往哪个方向哪个领域发展。事实上你是哪个领域哪个方向，是一种历史概括，是过去式，它由你已经完成的工作决定的。我觉得对于学科交叉领域来说，就更不能被这种想法禁锢住。": 3, - "综上所述，我觉得自己还是务实一点，看看以目前的条件，能够做哪些事情，先列一个清单，然后再做挑选。": 3, - "目前能做的题目或方向": 3, - "按照目前anab的发展规划和战略方向，未来五年内主流不大涉及细胞，所以细胞方面主要是作为demo。目前已经完成的课题基本上决定了我主要还是做纳米机器。这个大的方向是可以确定的。但是大方向之下又可以做些什么，是需要思考的。": 3, - "信息加密": 6, - "这个其实已经有比较成熟的初步设想和一些预实验。参考整理信息读写加密部分的思路和数据。其核心就是用": 3, - "纳米机器来调制": 3, - "emporal": 18, - "barcode，然后用这个作为索引加密。我个人觉得意义方面还是不够，可以再好好想想。": 3, - "不过我看王飞师姐的动作（她负责计算和信息存储），后面": 3, - "超分辨成像肯定对于组内而言是非常重要的表征手段。然后从这门已经熟练掌握的技术出发，单分子单颗粒成像示踪能够干些什么（服务大家），也可以是我思考的一个角度。": 3, - "运动控制": 3, - "已完成课题主要是从运动控制上来讲故事。其实这也是一个有意思的方向，可以进一步发展。就是如何控制纳米机器的运动，我觉得这个是纳米机器领域最根本最核心的问题之一。但是毫无疑问它非常难，目前根本没有非常好的针对单个nanomachine的控制手段。": 3, - "自由扩散，布朗运动终究还是要克服的。所以细胞后面还是发展出来了沿微管运动的囊泡运输的方式。而目前我们在体外也可以复现这种": 3, - "transport，无论是基于微管和动力蛋白的方式，还是所谓的": 3, - "walker": 15, - "的方式。当然了我更有可能做": 3, - "walker，但是这个方向的难点其实很多（是真正难啃的骨头）。我觉得这个方向很难但是更有可能做出非常有意义的工作。": 3, - "智能响应": 3, - "想要控制单个纳米机器在整个世界中的运动自然是很难，但是一些自限性运动，或者说响应外部条件实现变构或者执行一些功能，这种": 3, - "dynamic": 27, - "nanomachine": 3, - "难度会小很多。而且基于此的一些": 3, - "nanocarrier": 9, - "的设计和工作也是层出不穷，相对来说是一个比较容易出文章的领域（也可以很轻松跟细胞结合）。": 3, - "人工智能": 3, - "人工智能作为近十年兴起的工具，必然会在科学研究中大放异彩。利用人工智能，最直接的一个点，就是提高效率，特别是提高数据挖掘和分析的效率，试图发现隐藏在数据背后的一些有意思的东西。所以这个方向其实只是一个附庸方向，它服务于我拿到的成像数据的分析。比如我之前提到的，有没有可能通过人工智能实现更好的漂移校正，从而提高分辨率。": 3, - "初步文献阅读的方向": 3, - "我的文库中大量关于的文献，从目前的情况来看，它们的阅读优先级已经大大降低。我认为，我目前更应该阅读一些智能响应方面的工作。因为这方面的工作比较多，也相对比较简单。当然了，很多": 3, - "computing类似的新概念，其实都是这个领域的细节分支。智能响应的微纳器件": 3, - "莫让他人安排了你的人生": 6, - "这一周说起来，周一周二疯狂看文献，周三交调研报告，周四继续修改，还有其它一堆乱七八糟的被李茜安排下来的事务。我还是忙得没空仔细思考权衡，只能是先去完成。但今天没有被安排任务了，我觉得就适合复盘和思考一下这个问题，就像标题所说，要警惕，「莫让他人安排了你的人生」。孔子说「三思而后行」，我这里也简单思考一下，归纳出一些经验。": 3, - "从重要程度出发": 3, - "周一的时候，茜姐跟我聊，未来樊老师想在细胞力学方面开展相关工作，问我能不能尝试做细胞力学的超分辨成像，因为已经有一个": 3, - "的工作rockman。这个事情说实话其实是很难的，特别是我在仔细阅读了此文之后。而且从另外一个角度来说，我就算是要去做一个验证性的实验，也差不多是建立起来了一个体系，把人家文章中的东西复现了七八成。严格来讲，如果将来不打算在这个团队留下来，这件事情对我来说毫无意义。": 3, - "而在职业发展的思考中我基本已经明确要留在上海，所以以后不管怎么说还是要仰仗樊老师。这种情况，我没有什么资格去谈，说你给我个准信让我留下来我就去做这个方向。所以只能是我自己主动去争取，去展现自己的实力和价值。一般情况下，需要发表一些高水平文章作为资本。但是由于我在团队内，都是知根知底的，所以工作能力并不一定需要以文章的形式体现。因此茜姐认为，比起发文章，这个可能更加重要。因为要尽快做出来demo，然后再拿这个去谈（也是时候了）。然后确定能留下来，有的是时间去发文章。": 3, - "从实际实践出发": 3, - "我毕竟是学生物出身，其实现在搞超分辨成像，深感自己无论是光学硬件还是物理数学的基础都很缺乏，更不用说涉及到微观纳米颗粒运动控制，以及化学过程涉及到一系列物理化学等等理论。另外一个就是说这些东西还是太精深了，我觉得适合那种喜欢在一个小方向花一辈子努力钻研的人才。我的经历和精力都决定了我自始至终是复合型学科交叉人才，所以就要充分发挥这种优势，做广度优先而非深度优先的事情。": 3, - "我在实际操作过程中，也就是这段时间在细胞力学方面的调研，就明显感觉到一种难以言喻的亲切感。广泛地了解细胞的一些神奇之处，有助于我加深对于生命的理解，满足我最初「探索生命奥秘」的需求。所以我觉得以后还是要充分利用樊老师这边框架核酸乃至其它相关的纳米探针，还有各种超分辨表征手段，去做一些细胞分子生物学的问题。这个空想是没有用的，只能是大量的阅读文献，事实上我很快就想到能否研究一下": 3, - "的力学框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案endocytosis": 3, - "force。": 6, - "从资源利用出发": 3, - "很多人都有远大的理想，都想做一些": 3, - "fancy": 6, - "的工作；还有很多人能力超群，天赋异禀。可是真正成功的还是少数。因为人要做成大事，离不开各种资源辅助。但是资源不仅有限，而且大多数集中在少数人手里。很多很多人，都在第一关就被卡住：拿不到别人的投资。而掌握资源的少数人，往往是由于历史或者制度原因上位，在大部分时候并不能产生好的具体的想法。这就是人才和资源的一种矛盾。": 3, - "做事情的第一关就是要拉赞助，如果自己是金主同样也要招兵买马，本质上就是一种人力资源和生产要素的交换。人类通过合作而不断前进，但是合作的基础是信任。说信任还太早，你起码还得认识。所以很多人会说，要结交贵人。我觉得结交是对的，但是也不要把对方想得太高人一等，诚如我知，不过是一种交换。只是因为很多历史和制度原因，交换双方的稀缺性和掌握的信息严重不对等。": 3, - "说人话，大腿还是要牢牢抱紧。": 3, - "有三种境界：": 3, - "别人说啥你做啥（听话），傻乎乎地爬上去或者被坑死": 3, - "别人说啥你任性（凭感觉），偶尔感叹一下错过机会然后逐渐碌碌无为": 3, - "别人说啥你想想（思考），挣扎与争执最后达成共识实现共赢": 3, - "我觉得自己完全没有必要因为这周没有搞什么写文章的事情惭愧或者焦虑，因为我完成了一件更为重要的事情。": 3, - "剩下两天做什么交差": 3, - "日报制度": 3, - "之前刷短视频看到一种大公司比较另类的管理方式：基层员工不用写周小结，组长要向组员提交周小结。理由也很简单：让更为重要的管理层，避免把精力花在粉饰美化工作（呈报给上级），同时也让管理层的工作更加透明，接受更多的监督。": 3, - "在实验室里边，我们同样要求提交周小结。可能老师还被要求每个月向樊老师提交月总结。我觉得周小结这个东西，其实我们从始至终都是一种透明化的。小组会上大家都要讲，也都知道自己干了什么。但是我觉得我的工作仍然没有足够的透明化。": 3, - "什么叫做透明化，就是具体到每天实际都做了什么。每周提出的任务是什么，最后又完成了什么。只有把这些弄清楚，形成一个闭环。才能让大家实事求是地发现问题，然后改进。所以我觉得我们实验室的这个流程中，其实还缺少了日报的环节。而这个东西，其实就是本周事务表截个图就完事的。": 3, - "考虑做个培训": 3, - "上面提到的日报制度，其实关键是要实现完整的信息流高度整合，而不是让信息分散存储于单个文件中。比如我数据是一个文件，日志是一个文件，然后汇总的excel表格又是一个，用于报告的又是一个。然后各个层级的信息被不同的文件割裂，不能很好地链接起来。而这个痛点，其实可以比较好地用": 3, - "软件来解决。所以下次小组会，我不妨用这个做一次演示，让大家看到这种效果。吸引大家特别是新生的兴趣，然后在实验室范围内，做一个简单的培训。": 3, - "课题方面": 3, - "其实现在一个很重要的问题，是人力资源的分配，不能让大家闲着。周高昂我已经做出了安排，但是两位普博，金仲超和谢瑶我还不知道怎么搞，或许可以跟他们聊一下。虽然茜姐说刚开始不一定每人给他们准备一个课题，但还是要帮助人家思考一下。当然前期主要还是参与到现有的课题中。": 3, - "所以金仲超还是可以让他尝试一下，毕竟他自己有一些想法，对于这样主动的学生还是要尽力培养，然后在单分子成像上金仲超可以跟戴哲泽互为备份。然后谢瑶的话，我觉得也可以让她跟着我做一些细胞方面的事情，这样谢瑶跟周高昂师弟可以在细胞成像上互为备份，谁都可以上。": 3, - "然后茜姐说，金仲超是比较心高气傲的，让戴哲泽带他肯定不行。所以还是得我来带。但是我认为对于普博而言，更重要的是思考一个课题，学习技术什么的已经不是那么重要了。当然了他们要做什么课题，大体上还是我们老师来决定的。": 3, - "所以还是回到了这个最本质的问题，我能够让他们做什么课题？本来我打算是多看文献看看有什么": 3, - "idea。但是这样很容易分散甚至迷失。茜姐建议最好是把自己的东西做精深，然后再立足于自己去发散出其它的课题。所以还是要充分地审视自己已有的工作。给大家一个比较清晰的": 3, - "blueprint。": 3, - "这个可以作为我下次小组会最重要的部分。再加上一些简单的实验设计，初步结果和分析，还有文献分享，其实内容就很丰富了。「不能让学生觉得在浪费光阴」倒逼我对全局进行思考。": 3, - "李茜发布的两个任务": 3, - "重新讲一下戴哲泽师弟讲过的两篇文献，如何把": 3, - "device": 12, - "讲清楚": 3, - "比较阅读两篇内容接近，但是档次不同的文章。": 3, - "思考任务和人员分配": 3, - "大致安排": 3, - "目前从技术层面和具体事务上看，我主要就两个方向的课题：": 3, - "单分子单颗粒成像（in": 3, - "vitro）：，": 3, - "nformatics": 3, - "细胞成像（in": 3, - "vivo）：ell": 3, - "echanics": 6, - "之前我主要在搞单分子单颗粒成像方面，现在要新开细胞成像方面。课题的设计弄得七七八八，但是后面不少实验，我未必需要自己来做。我目前是打算让谢瑶也参与到这个细胞成像中来（甚至成为主力）。这个部分我要想清楚然后做好分工。": 3, - "在单分子单颗粒成像上，金仲超师弟有一个": 3, - "的想法。这个东西或许可以做，但更重要把握的是值不值得去做。显然师弟现在还无法判断，所以只能我来判断。这个也需要额外的思考。": 3, - "最后就是关于已有方案用imager来搞信息存储的具体路线图，需要拿到什么数据，做哪些实验，这个相对来说轻松一点，后面主要让戴哲泽负责的。也要思考起来的。": 3, - "联想到之前茜姐转发我樊老师的聊天截图（框架核酸细胞力学超分辨成像初步实验方案），里面说要尽量做自己擅长的事情，范围一下子就缩小了很多，然后做里面重要的事情，然后把这个重要的事情做到尽善尽美。基于这样的考量，其实电化学超分辨成像，目前有没有做到尽善尽美，做到极致，我们有没有这样的能力和意志去推进这个领域，才是真正需要思考的问题。": 3, - "目前做得最好的，我听金仲超的报告，一个是冯建东他们组，虽然发了ature，但其实还是有很多不足，这个文章我需要好好拜读一下。另外一个是他师兄发的一个对比较大的纳米片，然后牺牲时间换分辨率的方式做的超分辨。这些文章有机会我还是要好好阅读一下，虽然一眼看过去，成像效果就不怎么样。特别是在细胞上的表现就不行。所以不妨考虑这个跟细胞力学成像结合到一起。但是可以让金仲超先建立成像的": 3, - "体系。": 3, - "我突然想到，可以通过看他们进入实验室一段时间的文献阅读情况，来判断他们的兴趣偏好更为准确。然后就发现：金仲超对于细胞成像更有兴趣，而谢瑶对于单分子成像以及结构方面感兴趣。所以这跟我的设想是完全相反的。所以这个东西真的未必要做。而谢瑶可以成为戴哲泽的好帮手。": 3, - "小结后续": 3, - "这个东西也并不着急定下来，今天晚上我分别约谈金仲超和谢瑶，听听他们是什么想法。我这边还是要把自己手上的工作弄顺。看一下哪些部分人家可以参与。": 3, - "!学生文献阅读情况分析pptx": 3, - "认真分析了一下谢瑶的文献阅读情况，因为对她确实了解不多。看下来，她也确实对单分子成像更感兴趣，也知道去了解一点实验室其它方向的工作，以及可能更普遍的热点工作，比如as等等。": 3, - "帮整本科生刘致远的大创申请": 12, - "申请书": 3, - "申请表文件": 3, - "!附件：上海交通大学大学生创新实践计划项目申请表docx": 3, - "需要我补充的说起来是「立项依据」，但简直就是「文献综述」、「课题执行方案」等真正实打实的内容。": 3, - "项目简介": 3, - "纳米机器人是一类新兴的可编程的分子工具。通过的序列设计，能够精确控制多种属性，最终实现特定的功能。基于已有的研究基础，结合纳米机器人的可编程性，本项目提出一种全新的信息编码、加密、存储和快速读取的完整解决方案。": 6, - "研究目的": 3, - "世界正在产生太多的数据，而存储无法跟进。发展变革性的信息存储与处理方式，已成为大数据时代的迫切需求。脱氧核糖核酸（）作为亿万年自然进化选择出来的碳基生命遗传信息的存储介质，具有极高的存储密度和稳健性。基于本身所具有的可编码性和高效复制能力，理论上可以实现超低能耗、超高容量和超稳定的信息存储。": 3, - "目前已有大量研究尝试使用编码、写入、存储、加密和读取信息，为了进一步降低成本真正服务社会经济，信息处理等诸多环节仍需要很大提升。信息存储的成本将随着技术的发展逐步下降。与此同时，其市场化应用也将是渐进式发展的，一部分重要的需要长时间存档的信息将被优先利用存储起来。重要的信息在许多场景下需要被充分加密，以保证数据的所有权和安全性。的信息加密领域目前研究相对较少，其中以折纸纳米结构为代表，能够在存储信息的同时产生目前计算机无法暴力破解的密钥，充分保障了信息安全。": 3, - "国内外研究现状": 3, - "存储发展与现状": 3, - "进行数据存储的理念可以追溯到": 3, - "世纪": 3, - "年代中期，然而当时": 3, - "测序和合成技术仍在起步阶段，不足以支撑大信息量": 3, - "存储的发展。早期的尝试工作所存储的信息量往往只有几十个字节，实际应用的潜力极为有限avis": 3, - "lelland": 9, - "ancroft。": 3, - "进入到": 3, - "世纪之后，哈佛大学": 3, - "eorge": 54, - "hurch": 30, - "与欧洲生物信息学研究所": 3, - "ick": 15, - "oldman": 9, - "等人的工作将": 3, - "存储这一领域推上了一个新的台阶，并引发了": 3, - "存储研究的热潮。": 3, - "年，hurch": 6, - "等人利用新一代的合成与测序方法，成功将": 3, - "的数字化信息存储于": 3, - "中hurch。次年，oldman": 3, - "等人则用十几万条人工": 3, - "合成的": 3, - "片段实现了": 3, - "数据存储oldman。至": 3, - "年，": 6, - "存储在单次实验中的最大存储量已经超过": 3, - "，存储于": 3, - "万条": 3, - "片段中rganick。": 3, - "随着": 3, - "合成与测序技术的进步，新的": 3, - "存储方法也在不断涌现。": 3, - "团队构建出首个基于": 3, - "系统的分子记录器hipman。该记录器让细菌细胞获取按照时间顺序输入的": 3, - "编码": 3, - "信息，并在基因组的": 3, - "阵列中按时间顺序存储它们。这样，这些包含时间": 3, - "顺序的事件信息就能够被读取和重建。": 3, - "年，他们成功使用": 3, - "系统存": 3, - "取了一段骑马奔跑的视频短片hipman，所有的帧都可以按正确顺序重建。": 3, - "年哥伦比亚大学": 3, - "ang": 672, - "团队开发了一种基于电遗传学的": 3, - "存储架构，实现了数字信": 3, - "息到": 3, - "遗传信息的直接写入。响应电刺激的": 3, - "系统可以将外部电脉冲": 3, - "转换成可遗传的基因信息，为硅基碳基的信息交互探索了新的可能性im。": 3, - "据美国": 3, - "分子信息存储项目预测，至": 3, - "存储的写入成本将降低至": 3, - "美元，而数据的写入与读取速度将超越": 3, - "秒，可与现有存储技术匹敌。然而，这一预测能否实现，还有赖于一系列技术瓶颈的突破。": 3, - "折纸与信息存储": 3, - "折纸术（": 3, - "origami）是纳米技术的一个重要分支。该方法发明于年，即利用上百条短单链作为“订书钉”，辅助折叠一条长达数千碱基的噬菌体基因组单链，并自组装形成预先设计的结构othemund。近年来，折纸术迎来了快速发展，目前几乎可以定制任意形状的复杂几何结构，包括各种实心或者镂空的结构、复杂曲面结构、可以动态变构的纳米装置与纳米机器人等等ey。": 3, - "除了利用折纸术制作各种精确的纳米结构外，折纸术同样可用于信息存储。": 3, - "年上海交通大学团队发展了一套基于": 3, - "折纸技术的生物分子加密系统，": 3, - "实现了加密术与隐写术的整合。": 3, - "该": 3, - "加密系统采用一条长度为": 3, - "碱基左右的骨架链，": 3, - "实现了约": 3, - "位的理论密钥长度hanga。年，ughes团队报道了基于折纸和超分辨成像技术的数字核酸记忆（d）ickinson。其主体部分是一个折纸面板。该面板上通过延伸链的精确排布实现": 3, - "的排列组合，信息通过喷泉码rlich的编码方式写入折纸。该方案基于成像手段直接读取信息，理论上能够实现以实验室硬件达到相当于磁带（每秒数百）的读写速度，短期内具有较大的发展潜力。": 3, - "多色成像与信息存储": 3, - "目前": 3, - "技术仅在折纸面板的单个比特位上实现了": 3, - "bit": 3, - "的位深（即": 3, - "），而从成像的角度看，还可以运用多色的策略扩充折纸面板上存储信息的位深，从而进一步提升折纸的信息存储密度。alf": 3, - "等人基于发展出用于超多色成像的xchange技术ungmann": 3, - "可以通过漂洗置换序列不同的mager，实现对不同颜色的时间尺度区分，完成了": 3, - "nm分辨率下的色成像。": 3, - "通过不同颜色的荧光信号组合制作条形码（barcode）也是重要的多色成像策略。比如于": 3, - "年提出的基于六螺旋折纸的荧光": 3, - "barcodein": 3, - "。再后来基于方块折纸和三色荧光组合而成的": 3, - "metafluorophoreoehrstein。除了荧光信号颜色的差异可以制作": 3, - "barcode，荧光信号闪烁的频率同样可以制作多色条形码，": 3, - "如利用荧光短链与靶标链结合频率差异形成的emporal": 3, - "arcodeshaha。": 3, - "以及调整一个方块折纸上": 3, - "位点数量，加上三色成像的方式弄出来结合频率差异": 6, - "的方案": 3, - "ade": 27, - "在成像硬件设备上的改造同样可以扩充多色超分辨成像的能力。年就有人采用多种激光照明实现少数的同时多色成像": 3, - "omezarcia": 12, - "，后来也有针对分屏后的信号的点扩散函数进行调制实现同屏的多通道多色成像": 3, - "patovski，最近": 3, - "alf": 162, - "等人用分屏的方式实现一块传感器同时采集多种颜色的信号imber": 3, - "。这些方案都为基于成像的折纸信息存储进一步提升和突破奠定了基础。": 3, - "纳米机器人与信息检索": 3, - "成像过程中，": 3, - "与靶标序列可逆地结合解离，产生不断闪烁的单分子荧光信号，其闪烁频率与": 3, - "的序列结合长度相关，这意味着的单分子荧光闪烁动力学具有良好的可编程性ungmann，因此，不同的靶标可以通过信号闪烁频率差异加以区分，这种频率标记的新思路有望突破荧光染料种类造成的“颜色”限制。mager": 3, - "常用长度范围是到个碱基，单纯从序列和长度入手，频率调制能力十分有限，因此有必要进一步拓展mager": 3, - "设计范围。": 3, - "基于碱基互补配对原理，利用核酸分子可以精确设计和组装从一维到三维、大小形貌多样的框架核酸结构": 3, - "se，在该框架结构上进一步组装化学分子、蛋白质等其他功能单元，可以设计得到功能化的": 3, - "纳米机器人u。其中四面体": 3, - "etrahedral": 15, - "anostructure": 12, - "作为一种合成简便，大小适中、结构精确可控的纳米结构，是mager十分优秀的搭载框架in": 3, - "in。在四面体上可以直接延伸出不同数目和序列的mager链，形成频率检索加密的纳米机器人，用于折纸上所存储信息的解密和读取。": 3, - "技术路线": 3, - "这里用": 3, - "drawio": 3, - "搞个流程图就可以了。": 3, - "!刘致远大创技术路线图png": 3, - "!刘致远大创技术路线图drawio": 3, - "拟解决问题和预期成果": 3, - "拟解决问题": 3, - "实现基于纳米机器人的加密信息成像解码读取是本项目的关键科学问题。已有的": 3, - "方案存在存储位深较少，信息存储密度低，没有加密等问题。": 3, - "预期成果": 3, - "本项目拟构建可用于信息成像读取解密的纳米机器人，通过框架核酸调整mager对靶标序列的捕获概率，实现对成像过程中单分子荧光信号闪烁频率进行调制，扩充折纸上存储信息的位深，并进一步根据成像结果和信号频率统计差异实现加密信息的解码。": 3, - "研究进度安排": 3, - "年月至年月": 9, - "制备并完成新型mager探针中关于框架核酸大小、延伸链长度、荧光基团修饰方面条件的筛选优化。": 3, - "完成六螺旋靶标结构以及超分辨成像样品的制备，并进行初步的验证新型mager探针的设计。": 3, - "建立完善超分辨多色成像实验体系。": 3, - "完成多价态高阶mager探针在调制中靶标信号闪烁频率的测试，并对四色靶标样品和细胞样品进行超分辨同时多色成像。": 3, - "在国际主流杂志上发表论文篇，申请专利项。": 3, - "整理实验数据，完善相关成果和技术，撰写提交结题报告。": 3, - "已有基础": 3, - "与本项目有关的研究积累和已取得的成绩": 3, - "折纸和纳米机器人设计制造能力方面：制成执行迷宫行走任务的单分子巡航机器人": 3, - "折纸和纳米机器人设计制造能力方面：完成了精准定制的折纸及其矿化，制作了具备逻辑运算能力的单颗粒“投票机": 3, - "单分子超分辨成像技术平台：通过本平台实现了活细胞双模式单颗粒成像和单细胞水平半定量研究球形": 3, - "核酸的胞内实时聚集和定位，并开发了基于比色法的自动算法，实现了纳米机器组件在细胞内聚集状态的自动、": 3, - "快速、定量的准确分析": 3, - "信息编码、存储和加密，以及计算方面：完成了集合加密与隐写功能的信息加密系统和可实现任意功能数字运算的开关电路": 3, - "已具备的条件，尚缺少的条件及解决方法": 3, - "实验室已建立起来了基于四面体的新型mager探针合成与表征手段，并使用原子力显微镜证明了新型mager探针的立体框架结构以及良好的单分散性（下图a）。实验室建立起成熟的传统成像体系，能够使用传统的mager探针完成对点阵折纸纳米结构（下图b）和细胞微管结构的超分辨成像（下图c）。这些前期成果为本项目的顺利开展和进行奠定了坚实的基础。": 3, - "!刘致远大创已有技术积累png": 3, - "可供参考的资料": 3, - "交大本科生致远学者许晗玲申请书pdf": 3, - "合成科学战略报告第十五章信息存储和计算李茜pdf": 3, - "青年项目报告正文谢晓冬doc": 3, - "思考的信息加密应用": 3, - "先回顾一下之前的实验，在年圣诞节前后，我分别用单链imager对四种六螺旋折纸进行了（见信息加密十点六螺旋的成像实验），发现双色通道配准就是一个大问题。而后再做多色混合样品拍摄就一塌糊涂了。后来把相关数据整理到": 3, - "，留待进一步分析。": 3, - "混合样品拍摄数据的进一步分析": 3, - "cy通道的背景过滤": 3, - "对": 6, - "每种浓度为": 3, - "n）的慢拍样品（ms曝光）做分析，可以看到": 3, - "通道的背景很糟糕，但是大体上还是可以进一步区分，net": 3, - "sigmax": 3, - "是有区别的。属于单分子荧光信号的": 3, - "net更大，sigmax更小。": 3, - "可以看到通过这两个特征进行": 3, - "filter": 9, - "之后的效果还是可以的。cy通道的信号基本可用了。": 3, - "cy用s采集的单分子荧光信号特征如上图，概括如下：": 3, - "likelihood：": 3, - "net：": 3, - "sigmax：": 3, - "photons：": 3, - "bg：": 3, - "📂xxdeicai": 3, - "双色通道配准": 3, - "尝试文献报道的一些软件，如": 3, - "mixer。我只需要把数据变形一下即可。imberadeus": 3, - "mixer": 3, - "reads": 3, - "separated": 3, - "text": 3, - "containing": 3, - "lists": 3, - "但是，我们的双色信号互补的，cy有，就没有。所以还是不行，得自己来弄，我觉得最切实可行的，就是手动把数据给弄了，半自动处理，然后统计，先看看结果如何。": 3, - "rad": 3, - "circle": 3, - "pick": 9, - "选择一些我觉得能够match的结构，再根据这个做进一步精细的配准看看效果。": 3, - "可以看到效果还是可以的，说明配准到这里还是ok的。但是信号质量确实是不行。感觉有一些点还没有出来。帧慢拍都没能行，这个有点说不过去了都。": 3, - "我在想要不要手动按照相应的": 3, - "直接挑选出来。因为我们是要从概念上验证频率编码索引实现加密的可行性，而不是要一步到位把数据分析自动化也搞完。可以根据这个配准的结果，更进一步地圈选出来比较好的结构，做后面的事情。": 3, - "📂xxdeicainmerge": 3, - "cy通道的信号坐标有缩放，需要乘以": 3, - "左右以映射到": 3, - "。可能我们用不同的荧光": 3, - "的时候，就是因为存在这样的缩放，导致并没有应用真正的漂移轨迹。": 3, - "虽说，": 3, - "nm，但这种误差确实存在。或许后面可以考虑对不同通道的marker的点做完仿射变换后再漂移校正。": 3, - "模式识别": 3, - "根据完整性和长度，手动圈选出来个左右的结构之后，再根据模式进行分类圈选。这个过程还是可以手动完成，但是也可以看到数据质量确实不高。": 3, - "可以看到，cy": 3, - "通道信号质量明显比": 3, - "好，这个跟之前是不大一致的。后面如果还要做的话，我看最好还是用": 3, - "来搞好了，避免这两种可以的dye之间有什么crosstalking。": 3, - "📂多色混合六螺旋样品": 3, - "多色混合样品拍摄": 6, - "并不算成功，主要是通道的效果比较差，需仔细调整imager浓度。": 3, - "混合多种折纸样品": 3, - "fc、fc、fc": 3, - "fc": 3, - "都混合到一起拍摄。混合配方详见下表。混合液取u加入到打": 3, - "中，显微镜载物台上找到焦面后静置分钟后拍摄。": 3, - "!混合折纸样品配方表xlsx": 3, - "后来发现": 3, - "通道背景太高，所以把": 3, - "终浓度都调整为": 3, - "n，总浓度为": 3, - "n，cy标记的imager的浓度为": 3, - "n，再拍了一次。效果就好了不少。": 3, - "这次拍摄使用的confocal皿（已经静置拍摄h），我直接拿下来，用": 3, - "的移液枪把之前的": 3, - "吸除，然后换上更低浓度的": 3, - "mixture，感觉没有造成已经吸附的材料的脱离。说明打plasma还是很nice啊。": 3, - "实际拍摄参数": 3, - "xposuretime": 3, - "aser": 6, - "angle": 6, - "enetrationepth": 3, - "为了更好的单分子信号质量，还是先把激光功率调整到最大吧。注意角要仔细调整，使得背景低，然后信噪比也高。": 3, - "数据预处理": 3, - "先本地切割数据，简单看了下，": 3, - "曝光的数据可以用用": 3, - "net": 3, - "的参数做localize，无需对配置文件做额外修改。然后上传到超算中心做localize，如下图所示：": 3, - "估计要个小时左右，毕竟是将近": 3, - "的数据。可以让winscp采取后台传输方式，开多几个进程，但是ii的速度峰值也只有": 3, - "s，所以就这样吧。": 3, - "感觉超算中心虽然好用，但时间都浪费在数据传输上边了，或许还不如在本地执行": 3, - "结果很糟糕啊": 3, - "多种结构在一起，非常混乱，密度也比较大，然后": 3, - "感觉点少，而": 3, - "通道点很多。基于手动圈选的图像配准也比较粗糙，而且要做第二次配准会把本来快配准的通道弄乱。": 3, - "分析x折纸双色数据": 6, - "折纸要稳定拍出来好的效果似乎也很不容易，总之这次算是失败了。": 3, - "整理本地大数据分析工作流": 3, - "发现使用超算，在数据传输的开销还是太大了，所以某种意义上讲，还不如本地电脑处理，刚好我也有一台远程控制的主机。要用的工具我已经整理成代码和脚本。": 3, - "首先是要把": 3, - "文件切割并转成": 3, - "文件，可以在jupyterlab中执行。然后就直接在": 3, - "中运行": 3, - "bat": 3, - "脚本。注意把bat脚本放入每个子文件夹中。": 3, - "lifrawipynb": 3, - "localizebat": 3, - "localizesbat": 3, - "localizejoin": 3, - "mle": 3, - "bl": 3, - "上边是脚本的具体内容，其实就是调用": 3, - "的命令行工具，然后指定一些参数而已。": 3, - "修改picasso代码": 3, - "提供的": 3, - "工具被我做了一些修改，以支持对分块数据的批量聚合以及顺序问题。": 3, - "漂移校正效果不行": 3, - "这次就算是上了": 3, - "的漂移校正nossen，还是没能很方便地得到很好的结果。我在以下方面做了尝试：": 3, - "，选出质量较好的单分子信号": 3, - "cut，选择局部小区域，如x": 3, - "做undrift预处理，比如": 3, - "总之利用": 3, - "postprocessing": 3, - "克服漂移校正还是非常": 3, - "tricky，暂时先放一边吧。": 3, - "搞清楚cy通道背景的问题": 3, - "cy通道的背景主要是界面结构缺陷所致，最好是仔细调整角来克服这个问题。通过数据后处理来消除这种背景暂时难度较大。": 3, - "cy通道的背景": 3, - "之前做双色，用的confocal皿，没有任何清洗，背景挺高，已经严重影响了cy标记的imager做的效果。戴哲泽做了liquinox清洗的玻片，去看了一下还是有较高的背景。我怀疑这个背景不是样品上的，而是物镜上的，不妨拿个皿加点水直接去看看。": 3, - "无光照背景随时间波动": 3, - "`stability": 3, - "是用": 3, - "ean": 18, - "来计算的。均值是每帧的像素均值，并且扣除了`offset": 3, - "`。由于": 3, - "都是": 6, - "单位，通过相同公式换算为光子数。所以此处得到的稳定性指标等同于光子检测稳定性。": 3, - "加激光照射后的背景波动": 3, - "此样品仅使用了": 3, - "m）": 3, - "置于新开封的": 3, - "皿中，激光": 3, - "cy用": 3, - "强度，是的强度。可以看到，`stability": 3, - "`，背景波动还是有显著上升的。": 3, - "旋转角的影响": 3, - "在拍摄的过程中发现，cy通道的背景总体的pattern并不会因为移动视野而发生太大变化，考虑可能是玻璃表面不平整造成的某种光的效应，推测调整入射角会有改善，事实上确实如此。": 3, - "通过每度拍摄一张图像的方式，可以看到在": 3, - "`ngle": 3, - "d`时，这种界面缺陷背景被降至最低，表现出最好的信噪比，能够清晰地看到杂质点。": 3, - "对每帧的roi内（x）的背景像素的均值和进行分析发现，指标跟背景的情况有一定对应关系，但是并不是非常吻合。所以后面还是要尽量调整角找到最佳的背景。需要注意的是，每一次实验可能都会有所变化。": 3, - "同帧内像素值差异": 3, - "上图是加了激光照明的空白样品，这个值大概在": 3, - "左右。而对于没有光照，同样取": 3, - "的空白帧而言，在": 3, - "，这个东西也是符合预期的。": 3, - "创业上市与存储": 3, - "现有技术用喷泉码编码策略可以实现": 3, - "存储": 36, - "数据，但瓶颈似乎还是在合成跟测序上。而折纸不用合成太多种类的链，似乎也能存储不少数据，不严谨估计甚至能到": 3, - "b。但是读取折纸上的信息需要超分辨成像，速度较慢。不过好在可以增加显微镜来实现线性提升以及微流控实现自动化。": 3, - "一些创业公司": 3, - "目前存储领域主要还是依赖于合成与测序。国外的一些公司包括：": 3, - "atalog，美国，，": 3, - "已经使用技术存储了小说《银河系漫游指南》和诗歌《未走的路》": 3, - "vonetix，英国，，硅阵列上并行合成的技术": 3, - "olecular": 78, - "ssemblies，美国，，": 3, - "酶促合成技术": 3, - "cript，法国，，专有的无模板技术制造合成": 3, - "wist": 3, - "ioscience，美国，，提供高通量的合成和测序服务": 3, - "elixworks": 3, - "echnologies，爱尔兰，，o平台，将合成成本降至美元字节": 3, - "ilobaser，奥地利，，推出了生产引物的设备": 3, - "ridia，美国，，开发基于的数据存储解决方案": 3, - "ynthomics，美国，，低成本、高质量、缩短周转时间的寡核苷酸合成解决方案": 3, - "存储：这些公司正在开启数据存储的未来存储数据存储碱基新浪新闻": 3, - "sinacomcn": 3, - "公斤就能存储全球数据！未来人体就是行走的超级“硬盘”产经前瞻经济学人": 3, - "qianzhancom": 3, - "国内的公司：": 3, - "中科碳元，深圳先进院合成生物学大牛创办公司获千万融资": 3, - "苏州泓迅生物科技股份有限公司": 3, - "生工生物工程上海股份有限公司": 3, - "中科碳元的存储编码解码器": 3, - "一个简单的在线工具，简化用户编码和解码信息。": 3, - "可以看到，我输入的信息如此短，但是表示它的序列却那么长，确实是有点过分了。": 3, - "如果限定长度的最小值为": 3, - "（不能更小了），": 3, - "最大值为": 3, - "，它就采取了": 3, - "存储的折纸解决方案": 3, - "以方块折纸为例，一个方块折纸（x": 3, - "nm），算它个碱基，每个碱基，一个折纸以": 3, - "的分辨率存储点阵（间隔nm），可以存": 3, - "个点。": 3, - "可以存储多少个点？初步计算，g": 3, - "做成方块折纸，可以存": 3, - "的数据，相当于": 3, - "万个": 3, - "的移动硬盘。": 3, - "里面到底可以写入多少信息？": 3, - "与直接合成，通过单个碱基来编码的方案相比。折纸是一种组合方案，只需要合成有限种类的短链（延伸链）即可实现这种编码。我觉得这是一个很大的优势。但其实现有文献报道的，是": 3, - "可以用喷泉码的方式存储": 3, - "的数据hurchrlich。提到了这个喷泉码（": 3, - "fountain）是个有意思的编码策略，在ickinson中也有提到，不过这个": 3, - "每个折纸上": 3, - "点，只有": 3, - "点是真正存储信息的。": 3, - "喷泉码百度百科": 3, - "anrosentcode": 3, - "ncoderecoder": 3, - "uby": 3, - "ransform": 3, - "fountain": 3, - "code": 9, - "双色拓展折纸位点存储的机制": 3, - "对于一个docking": 3, - "strand，可以任意设计，使其与两种": 3, - "的结合频次不同（总和保证该位点能够被出来），借助两种": 3, - "的结合频次比例实现对单个位点信息的编码，而不再是传统的": 3, - "。茜姐乍一听说感觉还可以，并联想到wain": 3, - "am的文章im，通过链互补设计实现基于纳米颗粒的计算。": 3, - "做分屏的高精度坐标映射": 3, - "使用分屏器做一些单分子成像实验，特别是双色超分辨这种，需要更高精度的坐标映射关系。我先就信息加密十点六螺旋的成像实验中的样品进行了这种手动校正，但是效果还是不大好。": 3, - "手动校正": 3, - "在细胞下表面成像": 3, - "分屏后光斑位置映射关系就已经粗略的得到了像素的关系，但实际上这个并不适用于超分辨的结果。因为左右的点并不是对应地很好，几十纳米的差异足以让结构不像样子。为此我先从": 3, - "render": 9, - "中导出放到了": 3, - "倍的全图，pixelsize相当于是": 3, - "nm，然后用": 3, - "mage辅助处理，找到一一对应的映射坐标组，然后在excel中快速得出变换关系。": 3, - "`js": 3, - "在右侧cy通道框选结构，自动找对应的左侧cy通道的信号": 3, - "根据自定义高精度映射方程的校准项调整共定位": 3, - "共定位达标之后，保存最终merge图像并记录此时的log窗口打印的共定位映射坐标": 3, - "getitle": 3, - "roianager\"add\"": 3, - "getoundingectx": 3, - "printx": 3, - "run\"uplicate\"": 6, - "\"titlecy\"": 6, - "run\"bit\"": 6, - "mapcyx": 6, - "dx": 15, - "dy{": 3, - "newrrayx": 3, - "修改这里的数值，如果调整到位了，": 3, - "就从log窗口把最新的一行复制到": 3, - "绿的向右移动个单位，": 3, - "绿的向上移动个单位": 3, - "selectindowimg": 3, - "makeectanglex": 3, - "run\"erge": 3, - "hannels\"": 3, - "\"ccy": 3, - "create\"": 3, - "run\"": 3, - "olor\"": 3, - "rename\"erge\"": 3, - "selectindow\"omposite\"": 3, - "close": 9, - "print\"\"x\"\"y\"\"x\"\"y": 3, - "共定位的映射坐标可以先复制粘贴到一个txt文件中，个一组搞完后，整体把坐标拷贝到excel表格中求线性方程。": 3, - "!分屏高精度坐标映射关系计算xlsx": 3, - "!分屏坐标映射校正vzip": 3, - "后面还是得用超分辨的双标折纸来做这个事情。本来最好是点六螺旋的样品，但是现在这样也ok，两点勉勉强强应该够用。": 3, - "双标样品拍摄": 3, - "让戴哲泽师弟用信息加密十点六螺旋的成像实验剩下的六螺旋样品，和": 3, - "两种不同的荧光标记，分别是（购自英潍捷基）": 3, - "标记（购自生工，见细胞膜表面的confocal成像，已经稀释到": 3, - "u方便使用，详见细胞下表面成像实验设计）的做一次，预计在分屏的两侧能看到一一对应的两点结构（间隔": 3, - "nm），然后基于这个来做坐标映射可以方便很多。": 3, - "!分屏多色通道配准ipynb": 3, - "后面到网上查了一下，找到一个根据对应映射点坐标，精确求解仿射变换矩阵的函数，还是挺好用的。": 3, - "了解漂移校正的和其它一些算法的文章": 6, - "超分辨成像后数据处理还是非常重要的，但是我感觉自己的数学物理基础相当匮乏，基本上只能用用这些已经发表出来的工具代码。": 3, - "在picasso分析最强照明的数据之后，基本判定影响我们成像分辨率的最重要因素是漂移。而基于荧光小球的漂移校正似乎不能得到非常好的效果。而参考文章中的搞法，先做，也很难直接得出x的grid结构。": 3, - "关于通过数据后处理来实现更高的分辨率的文章我还是积累了不少，但是大多都看不大懂，这里简单罗列一下，有空再好好钻研。": 3, - "nossen，基于熵最优化的漂移校正估计，据说比的精度能提高倍，可以一试，所谓的熵，似乎是高斯混合模型参数的一个统计指标。": 3, - "u，神乎其技，对环形结构的似乎有很好的效果": 3, - "ang，自动漂移校正的原文": 3, - "lmokadem，基于贝叶斯估计的漂移校正": 3, - "文献调研": 84, - "基于熵的漂移校正尝试": 3, - "用方法nossen实现了对我们拍摄的单分子荧光质量最高的数据做漂移校正，首次得到": 3, - "结构，把的分辨率提升到一个可用的地步，同时也正向证明了确实我们环境干扰相当大。": 3, - "后续的超分辨实验方案，就得常用双色通道，然后右边是x": 3, - "的折纸（或许可以用，避免": 3, - "cy通道太脏），还有荧光小球。": 3, - "软件包的安装和修改": 3, - "到elease": 3, - "·": 12, - "qnanodriftestimation": 6, - "v": 39, - "的有预编译的": 3, - "包。": 3, - "使用conda激活": 3, - "picasso虚拟环境，python为": 3, - "版本，安装": 3, - "photonpy": 9, - "这个模块，`pip": 3, - "photonpy`，参考itub": 3, - "qnanophotonpy": 3, - "cuda": 3, - "driver，": 3, - "oolkit": 3, - "update": 9, - "eveloper": 3, - "解压": 3, - "release，用": 3, - "进入并设置虚拟环境为": 3, - "picasso，参考范例调用函数。": 3, - "exampleforpicassohdfpy": 3, - "ataset": 3, - "dmedme": 3, - "dmeestimate": 3, - "r\"dzzmsemlifnplocsundriftfilterundrifthdf\"": 3, - "ds": 3, - "atasetloadfn": 3, - "printds": 3, - "prints": 3, - "drifttrace": 3, - "dmeestimatedspos": 3, - "dsframe": 3, - "dscrlbpos": 3, - "framesperbin": 3, - "imgshapedsimgshape": 3, - "pixels": 6, - "units": 3, - "dspos": 3, - "useudarue": 3, - "maxspots": 3, - "pixelsize": 3, - "注意修改": 3, - "displayalse": 6, - "dsapplyriftdrifttrace": 3, - "注意函数说明，返回为元组，取第一个就行": 3, - "dssaveospathsplitextfn\"driftcorrectedhdf\"": 3, - "另外还要修改": 3, - "中一个代码的片段：": 3, - "这里只是初步调用代码，后续可以让戴哲泽深入学习和了解这个的使用，特别是如何定义": 3, - "entropy然后实现最优化的。如果这个能够消化吸收，可以说直接就成为大拿了。": 3, - "估计所得更精细漂移轨迹的分析": 3, - "这个数据拍摄就是": 3, - "曝光时间，相当于": 3, - "z，分析这个漂移轨迹发现漂移波动的频率刚好也是在这个范围。这说明有可能是自身拍摄采样波动，也有可能是环境中的低频波动没有被去除。因此我们调研了一下被动隔振平台和主动隔振平台的区别": 3, - "当然了可以用更短的曝光时间拍摄荧光小球看看情况，如果这个振动的频率峰值还是在": 3, - "z，就很糟糕了。": 3, - "频率分析代码": 3, - "scipyfft": 3, - "fft": 3, - "fftfreq": 9, - "fs": 12, - "采样频率，总共采样了帧": 3, - "yf": 6, - "fftdriftxvalues": 6, - "序列强度值": 3, - "lendrift": 6, - "xf": 6, - "pltplotxf": 3, - "npabsyf": 6, - "pltxlabelrequency": 6, - "pltylabelmplitude": 6, - "pltxlim": 9, - "pltgrid": 6, - "正确的频率分析": 3, - "之前频率分析并没有使用真实的时间，而是帧作为相对的时间单位。频率的单位是，所以还是要把总的时间搞进去。": 3, - "totaltime": 3, - "总的采样时间": 3, - "pltfigurefigsize": 6, - "pltplotxftotaltime": 3, - "pltylim": 6, - "结果如上图所示，所以处理掉的是小于": 3, - "的低频振动的影响。而这种低频振动，或许需要利用更大更重的光学平台才能有效避免。": 3, - "picasso分析最强照明的数据": 3, - "戴哲泽师弟之前做了一个激光功率，而且开了高功率模式做的，然后据说用hunder这个插件做了一些分析，终于能够勉强看到x的结构。不过这个数据漂移比较严重，而且他的marker没有使用分屏，所以最终分析难度很大。这也说明了漂移确实是一个大问题。": 3, - "先圈选了一部分结构虽然不是很清晰，但是可以确认是方块折纸的结构查看基本的情况：": 3, - "可以看到这个单分子荧光光斑信号质量是很高的。有了这个前提保障，接下来我尝试解决漂移校正的问题，选取了一个最好的漂移轨迹并且做filter只取其lpx小的localization，然后提取相应的帧，结果做出来的效果还是不行。相关代码如下：": 3, - "!基于单点漂移校正html": 3, - "这个marker的轨迹单步jump都差不多有": 3, - "nm，所以用它来完成漂移校正几乎是不可能的。所以似乎基于marker的漂移校正还是存在问题的，这个问题该如何避免呢？我觉得就是要比较多的": 3, - "才能解决这个问题，通过比较多的数量来规避单个颗粒的波动，所以分屏是必须的。": 3, - "原始数据的信号质量，可以看到这个信噪比还是杠杠的。": 3, - "最后还是花了很长时间让电脑算的漂移校正结果。": 3, - "相关数据地址：": 3, - "对单点漂移轨迹做平滑之后再校正": 3, - "!漂移轨迹的平滑html": 3, - "可以看到这个校正结果稍微好一点。说明单颗粒marker的波动如果被平均，应该是得到更好的漂移校正结果的。所以我们最好有比较多的marker来做这个基于marker的漂移校正。": 3, - "并行计算": 3, - "搞了一个多进程监听文件并做localize处理的工具，算是打通了任督二脉。多进程并发计算和分布式计算是充分利用超算中心资源的唯一途径。而且数据量和计算量不大的时候，其实用自己的笔记本和超算中心并没有非常吃惊的区别（做测试）。": 3, - "我的电脑cpu是核，分了个数据块进行并行的多进程计算，总共耗时用掉": 3, - "秒。如果是不搞这个多进程，耗时更快只需要": 3, - "秒。如果注意切片成个数据块，总的运算时间需要": 3, - "秒。如果是切片成个数据库，运行时间变成": 3, - "秒。如果是两个数据块，则需要": 3, - "秒。所以似乎对于这种小的数据，可能体现不出来优势啊。": 3, - "然后我用ssh登录自己的台式机来做计算，发现多核的优势就显著体现出来了。同样是个数据块，秒搞定。单如果是单个数据来处理，同样是要更快一些，只需要秒：": 3, - "总的来说，台式机的虽然是": 3, - "的，但是性能差不多是我电脑的三倍。接下来我又要登录超算平台来试一试了。先做了数据分割，就发现速度没有台式机快。同样是分割为个数据，先看单个的处理速度，为秒，还是挺快的。但是想用多进程的时候，直接报错。": 3, - "那么我接下来只能是去试一试": 3, - "这个了，这个似乎支持多进程。后来发现是文件读取出现问题，真正运行下来，只需要秒。如果搞成个进程，需要": 3, - "秒。所以这个东西真的是，玄学。": 3, - "只能说单块数据太小了体现不出来优势吧。": 3, - "最后我把代码整理了一下，做成了一个数据处理工具，把lif放到": 3, - "中，按照说明书运行，就可以了。!大数据格式转换与自动localizezip": 3, - "交大超算平台使用经验": 3, - "了解了一点皮毛，不过真的是很有用。": 3, - "超算的账户，用户名是，": 3, - "超算可视化平台网址": 3, - "tudio": 6, - "感觉超算平台，还是要充分掌握并行计算编程，不然核的性能还是浪费了。多线程并发执行": 3, - "数据传输": 3, - "windows": 6, - "系统上用": 3, - "即可，挺好用的。": 3, - "ssh登录提示": 3, - "slurm常用指令：": 6, - "sbatch": 3, - "提交作业": 3, - "scancel": 3, - "取消指定作业": 3, - "集群设置以下队列，使用限制与说明如下：": 3, - "cpu": 3, - "允许单作业核数为~，每核配比内存，节点需独占使用；单节点配置为核，内存": 3, - "huge": 3, - "允许单作业核数为~，每核配比内存，节点可共享使用；单节点配置为核，内存": 9, - "ct": 15, - "small": 39, - "dgx": 3, - "允许单作业卡数为~，每卡最高配比核，每核配比内存；单节点配置为核，内存，块显存的卡": 3, - "cpu，small和dgx队列作业运行时间最长天，huge和ct最长天。作业延长需发邮": 3, - "件申请，附上用户名和作业，延长后的作业最长运行时间不超过天。": 3, - "仅用于短时间测试，请勿批量投递作业进行完整计算。队列每节点配置为核，节点可共享使用，作业允许节点数~，每核配比内存，最长运行时间为分钟": 3, - "用户帮助文档：": 3, - "登陆节点禁止运行作业和并行编译，如需交互操作，请申请计算资源：": 3, - "srun": 3, - "pty": 3, - "binbash": 3, - "bash": 3, - "登录节点不适合进行大批量数据传输，请通过传输节点datahpcsjtueducn进行数据拷贝": 3, - "，参考": 3, - "邮件支持：hpcsjtueducn": 3, - "账户存储使用情况：": 3, - "账户存储免费使用额度为：": 3, - "ccelmq账户存储使用量为：": 3, - "ccelmqlab用户存储使用量为：": 3, - "计费容量：": 3, - "信息加密十点六螺旋的成像实验": 3, - "分辨率上还是老样子，": 3, - "只能说够呛。": 3, - "初步整理信息加密工作之后，决定先做一个实验试试：": 3, - "!整理信息读写加密部分的思路和数据试样": 3, - "用新开封的confocal皿（": 3, - "glass），直接打plasma": 3, - "加入折纸": 3, - "solution（含": 3, - "marker）混合液": 3, - "到confocal皿，封口膜封闭，找到焦面后静置分钟后拍摄": 3, - "拍摄参数，曝光时间ms，marker的通道激光功率为，其它通道为，使用s和分屏拍摄，使用x": 3, - "bin，拍摄帧，约min。": 3, - "需要": 3, - "（）、（cy）": 3, - "三种": 3, - "做混合，每种": 3, - "吧。然后再加入绿色的荧光小球": 3, - "nm，稀释倍使用。": 3, - "加密方案所需所有链汇总xlsx中「ss": 3, - "imager」这个": 3, - "sheet": 6, - "!信号质量png": 3, - "六螺旋的点还是能够拍出来的，但是由于分屏双色缺乏合并，所以还无法判断很多东西，只能先看看单分子信号的质量，感觉还是不错的。注意": 3, - "浓度实际上是": 3, - "的两倍，所以背景也确实要高一些。": 3, - "从后面处理的结果来看：": 3, - "这个索引端点看不见": 3, - "这个靠近边缘的索引端点似乎也看不见": 3, - "所以六螺旋这样的设计估计还是有点难度，或者合成上加大": 3, - "staple链的比例能够解决。由于这个设计跟eng": 3, - "in于年的": 3, - "工作中用到的": 3, - "很像in，所以可以对比参照一下设计。": 3, - "超算分析测试型折纸样品": 3, - "利用周日在家的空闲时间，充分学习和基本熟练使用了超算的计算资源，知道了三种方式来搞，比如": 3, - "可视化平台去操作，也会使用": 3, - "slurm": 6, - "作业提交。": 3, - "数据转码和分割": 3, - "戴哲泽和郝亚亚拍摄的数据，用的是s，拍摄了帧，x的大小，大概是": 3, - "。用了的激光功率，的激光。我现在本地用": 3, - "lifraw": 3, - "将数据转成": 3, - "并分割数据块，每帧一个s或者每帧一个s。具体代码如下，几经修改应该是比较鲁棒了。": 3, - "数据上传": 3, - "在家用的": 3, - "manjarolinux": 3, - "系统，可以使用rsync命令行工具传输。但是": 3, - "rsync": 9, - "compress": 6, - "archive": 6, - "partial": 6, - "progress": 9, - "runmediaxxdlementsxxdeicaicut": 6, - "ccelmqlabdatahpcsjtueducnlustrehomeacctccelmqccelmqlabesktopxxddata": 3, - "可以看到传输速度还不错（家里s），等他先传一会儿，然后再去超算中心的作业中开启": 3, - "server。": 3, - "开启作业": 3, - "本次作业使用": 3, - "代码。注意先修改": 3, - "配置文件，指定拍摄所用的相机，以及一些光子转换所需的参数。": 3, - "ccelmqlabcas": 15, - "dir": 3, - "的核数为": 3, - "rocessing": 24, - "datacutslifraw": 24, - "可以看到这个节点的核数是，而且马上就把子数据块放到不同的进程开始做localize了。": 3, - "该代码存放于目录中，需要激活": 3, - "虚拟环境才能正确运行。": 3, - "注意cut数据必须放到": 3, - "的子目录中，一般使用上边的一整套代码就不会出错。然后该代码运行后不会自动停止，而是不断监听的多个子目录执行多进程作业，用户可以在": 3, - "erminal": 3, - "中按终止作业。": 3, - "watch": 6, - "globglobospathjoinsrc": 3, - "该配置文件存放于目录中，控制": 3, - "运行前用户需注意检查修改。": 3, - "作业运行状况": 3, - "基本上超算一直在等数据上传，上传结束马上就处理结束了。总共就用了差不多半个小时。所以这种方法还是work的。": 3, - "常见报错": 3, - "lustrehomeacctccelmqccelmqlablocallibpythonsitepackagespicassolocalizepy": 6, - "untimearning": 6, - "invalid": 6, - "encountered": 6, - "sqrt": 6, - "lpy": 3, - "npsqrts": 6, - "lpx": 3, - "picasso的代码还是要继续修改一下的。": 3, - "数据下载": 3, - "还是使用": 3, - "命令行工具传输，它支持增量，所以直接对换地址即可：": 3, - "ccelmqlabdatahpcsjtueducnlustrehomeacctccelmqccelmqlabesktopxxddatacut": 3, - "runmediaxxdlementsxxdeicai": 3, - "下载做好的单分子定位只需要": 3, - "秒，爽。今天就做到这里，其实在超算平台虽然使用": 3, - "不方便，但是使用": 3, - "的命令行工具，结合jupyterlab，基本上也是可以实现全流程的数据分析的。后面的明天再搞。": 3, - "本地linux安装anaconda": 3, - "可以通过命令下载": 3, - "镜像，我只打算用一下": 3, - "picasso，所以就搞了": 3, - "miniconda。而且用的是交大的镜像源。": 3, - "下载": 3, - "sh": 3, - "inicondapyinuxxsh": 3, - "一路yes之后，需要另外的操作，才能在": 3, - "中自动激活": 3, - "环境。其实就是要修改用户目录下的文件。": 3, - "~bashrc": 6, - "使用nano到里边检查一下内容，最好添加一下，添加环境变量。其实在安装": 3, - "最后会帮你在这个文件中写入一段：": 3, - "initialize": 6, - "!!": 6, - "ontents": 3, - "within": 27, - "managed": 3, - "init": 6, - "condasetup\"homexxdminicondabinconda": 3, - "shellbash": 3, - "hook": 3, - "devnull\"": 3, - "eq": 3, - "eval": 3, - "\"condasetup\"": 3, - "\"homexxdminicondaetcprofiledcondash\"": 6, - "\"homexxdminicondabin\"": 6, - "unset": 3, - "condasetup": 3, - "然后再按打开": 3, - "erminal，就能看到和": 3, - "的标签提示。": 3, - "后来在网上查到，我用的是": 3, - "zsh": 3, - "terminal，得写入文件才行。我们先把": 3, - "加入到环境变量，然后执行": 3, - "`conda": 3, - "zsh`": 3, - "自己添加环境变量": 3, - "然后这个终端配置就完美了。": 3, - "安装picasso软件": 3, - "只是简单用用，所以就按照alf": 3, - "ungmann在github上的最新说明：": 3, - "create": 9, - "picassosr": 3, - "运行非常简单，在": 3, - "虚拟环境中，输入命令`picasso": 3, - "render`即可打开。": 3, - "lib": 12, - "failed": 12, - "iris": 6, - "homexxdminicondaenvspicassobinl": 3, - "iblibstdcso": 3, - "version": 6, - "usrlibdriirisdri": 3, - "search": 6, - "paths": 6, - "usrlibdri": 6, - "dri": 6, - "driver": 6, - "swrast": 6, - "homexxdminicondaenvspicassobin": 3, - "liblibstdcso": 3, - "usrlibdriswrast": 3, - "driso": 3, - "qtqpaxcb": 3, - "cbonnection": 3, - "adindow": 3, - "resource": 3, - "major": 6, - "ranslateoords": 3, - "minor": 3, - "但是终端有报错，不过并不影响": 3, - "的正常使用，只是": 3, - "的效果跟我在": 3, - "中看到的有点差异。": 3, - "vscode可视化平台": 3, - "可以看到，vscode可以选择picasso的，这方便我修改源代码：": 3, - "然后我提交了": 3, - "undrift": 24, - "的作业，其实非常简单了，先写好": 3, - "undriftbyrccpy": 9, - "代码，然后再写一个": 3, - "脚本": 3, - "undriftslurm": 3, - "jobnameundrift": 3, - "注意一个节点（node）只配备了": 3, - "核，而": 3, - "cpu队列要求独占节点，所以核数是的整数倍。": 3, - "segmentation": 15, - "fetchocilesrc": 6, - "fnameendswithlocshdf": 3, - "baseundrifthdf": 3, - "把每个子块先undriftbyrcc": 3, - "直接搞效果其实也还可以，这就相当于解决了自动漂移计算时间太长的问题，我觉得能不能这样搞，还是要好好看看算法提出的原始论文ang。": 3, - "joinpy": 3, - "分块的数据最后需要根据文件名有序的连接起来，所以又写一段代码，实现这个功能。": 3, - "locsundrifthdf": 3, - "mainwks": 6, - "undrifthdf": 3, - "printob": 3, - "超算使用小结": 3, - "个人觉得最方便的使用方式，就是在本地写好代码，准备好数据，做一个小规模测试。然后把代码和数据的目录同时上传（rsync）到超算中心，再登录节点直接提交作业即可。作业结束能够自动发邮件到邮箱，然后就再同步一下收数据，非常棒。": 3, - "想想后面的存储加密是否能引入p": 6, - "用于信息存储加密的课题设计上，目前只有频率和颜色，事实上还可以加上": 3, - "p，这样会比较丰富饱满。p响应的主要是": 3, - "imotif（p": 3, - "都有很大的变化），这个可以了解一下。可能还有一些": 3, - "结构也能响应": 3, - "p。imotif": 3, - "可以嵌入到目前": 3, - "体系不同的部位，既可以是": 3, - "strand，也可以是imager": 3, - "链或者是骨架上。茜姐只是脑洞大开地跟我说一下这个事情，但其实很有很多具体的问题。": 3, - "iotif": 99, - "引入到": 3, - "目前的": 3, - "体系中，也可以先剥离出来一个小课题，尝试一下这种结构变化对于": 3, - "的影响。当然如果时间上凑不上，可以再延伸一下。目前可以先看下相关文献：iotif": 3, - "整理信息读写加密部分的思路和数据": 6, - "信息存储必然是fanlab实验室未来几年的重点核心。所以我的工作展望也必须要突出这一点。要认真而谨慎地探讨，基于单分子成像的存储信息读取方案的可行性和创新性。": 3, - "首先用于信息读取，是完全可行的，已经有这样的工作报道ickinson。基于此的信息读取的优势，直观感受是比扫": 3, - "这类的方式要快。由张祎男师兄完成的信息加密的工作就是扫实现的信息读取hanga。": 3, - "而我们的工作思路，其实是对信息加密的一个继承。因为前期的工作可认为是让我们具备了调制荧光信号闪烁频率的能力。接下来就是要利用这种能力，或者是把频率一种key，对存储的信息进行加密。这个在我的博士后项目汇报谢晓冬pptx": 3, - "所以我大致回顾了一下，弄了一个：信息读写加密": 3, - "工作计划": 3, - "pptx，其实就是一个": 3, - "的东西hahhaha。": 3, - "十点六螺旋设计": 3, - "相关的东西其实我们都已经买齐了，接下来就是要做成功，需要拿到好的数据。首先肯定还是先用单链拍一个样品试试看，分辨率到底有没有可以改善的空间。": 3, - "!加密方案所需所有链汇总xlsx": 6, - "信息加密方案": 3, - "其实这个更多就是一个信息加密的策略，用折纸的方式提供了映射表。对这串信息进行了加密，而解密需要知道形成这个六螺旋折纸需要补充的staple序列，以及mager的序列（对信息点进行，不然无法知道），和imager及其索引编号（对索引点进行，不然无法知道信息分段索引）。": 3, - "试样": 3, - "索引点可以都用一个，信息点的和间隔排列，合成一个这样的六螺旋样品，然后同时用三种": 3, - "来做。如加密方案中所示，其实我可以选取": 3, - "组作为测试样。f的频率对应的就是，c就是，不过我们可以先用单链拍拍索引看看。": 3, - "但是这里边一个更加基础的问题，其实是用频率编码索引的空间到底有多大（可能更多靠吹嘘）。我们如何产生足够多的频率差异，使之在单个折纸结构上可以区分。之前的数据显示也就": 3, - "之间差异比较大。": 3, - "合成fc（）样品": 3, - "找到之前混合的骨架链，见加密方案所需所有链汇总xlsx中「基本staple链」这个": 3, - "sheet，有背景颜色填充的序列是无需添加的，剩下的链混合到一起（无延伸末端和biotin标记链的混合物）。": 3, - "pointextension": 3, - "fc的信息pattern为（见设计图，填充背景黄色高亮为，其余为），序列可从「point延伸链」中寻找，使用后缀为的序列，使用后缀为的序列。按照pattern选取": 3, - "point": 6, - "延伸链，fc分别为：": 3, - "注意每个位点都包含四条链。": 3, - "indexextension": 3, - "fc样品使用索引为，": 3, - "可从「四套索引链」中寻找，后缀为的序列（或者index列为）。": 3, - "!整理信息读写加密部分的思路和数据docx": 3, - "已导出文件并发送给戴哲泽，让他帮忙合成一下这个六螺旋。": 3, - "uanga": 3, - "pectral": 3, - "deep": 15, - "learning": 24, - "uthors": 1926, - "ongqian": 3, - "uang": 105, - "uichen": 3, - "uo": 99, - "iang": 150, - "aocite": 12, - "ocal": 1944, - "libraryzoteroselectitems": 1932, - "opological": 3, - "supramolecular": 3, - "network": 9, - "enabled": 3, - "highconductivity": 3, - "stretchable": 6, - "organic": 12, - "bioelectronics": 3, - "uanwen": 9, - "hitao": 6, - "hang": 357, - "iuan": 6, - "eling": 3, - "harleshéophile": 3, - "oen": 3, - "rnie": 3, - "waun": 3, - "unghin": 6, - "onglai": 6, - "hong": 15, - "imiao": 6, - "eichen": 6, - "ref": 6, - "aberi": 3, - "ianheng": 6, - "ilei": 6, - "rtem": 3, - "rotsyuk": 3, - "ong": 201, - "oh": 18, - "hienhung": 6, - "enhui": 6, - "ui": 72, - "ailiang": 3, - "ihong": 9, - "urupranav": 3, - "urusankar": 3, - "enping": 3, - "heng": 78, - "einhold": 6, - "auskardt": 6, - "eoffrey": 9, - "urtner": 3, - "effrey": 45, - "arl": 9, - "eisseroth": 3, - "van": 27, - "oltesz": 3, - "henan": 6, - "scienceabj": 3, - "ational": 3, - "esign": 9, - "cids": 9, - "ioanalytical": 3, - "pplications": 27, - "uwei": 3, - "ingyi": 6, - "ingshu": 6, - "iao": 102, - "ei": 261, - "ueli": 9, - "ao": 228, - "eicite": 18, - "cplu": 3, - "hangb": 6, - "ighbrightness": 3, - "allpolymer": 3, - "chargetrapping": 3, - "dilution": 3, - "hengyi": 6, - "ongping": 3, - "uke": 15, - "aluska": 3, - "athaniel": 3, - "rine": 3, - "aoji": 3, - "atsuhisa": 3, - "hiao": 3, - "iaodan": 3, - "othemund": 3, - "olding": 15, - "shapes": 3, - "aul": 45, - "othemundcite": 3, - "hipman": 18, - "recordings": 3, - "directed": 3, - "eth": 15, - "eff": 12, - "ivala": 6, - "acklis": 6, - "hurchcite": 12, - "scienceaaf": 3, - "rganick": 6, - "andom": 6, - "access": 3, - "largescale": 3, - "ee": 111, - "iena": 3, - "umas": 6, - "ng": 6, - "uanyue": 3, - "andolph": 6, - "opez": 12, - "ergey": 12, - "ekhanin": 3, - "onstantin": 3, - "akarychev": 3, - "iklos": 6, - "acz": 3, - "ovinda": 3, - "amath": 3, - "arikshit": 3, - "opalan": 3, - "ichlien": 3, - "guyen": 24, - "hristopher": 48, - "haron": 3, - "ewman": 3, - "singeh": 3, - "arker": 18, - "yrus": 3, - "ashtchian": 3, - "endall": 3, - "tewart": 9, - "agan": 3, - "upta": 18, - "obert": 33, - "arlson": 3, - "ohn": 75, - "ulligan": 3, - "ouglas": 12, - "armean": 3, - "eorg": 15, - "eelig": 3, - "uis": 15, - "eze": 3, - "arin": 9, - "trausscite": 3, - "nbt": 9, - "owards": 6, - "practical": 9, - "highcapacity": 3, - "lowmaintenance": 3, - "synthesized": 3, - "ertone": 3, - "iyuan": 6, - "hristophe": 18, - "essimoz": 3, - "mily": 6, - "eroust": 3, - "otond": 3, - "ipos": 3, - "wan": 12, - "irneycite": 3, - "avis": 27, - "icrovenus": 3, - "oe": 15, - "aviscite": 6, - "iding": 3, - "messages": 3, - "microdots": 3, - "atherine": 21, - "aylor": 21, - "iviana": 3, - "isca": 3, - "arter": 18, - "ancroftcite": 3, - "ancroft": 6, - "ongerm": 6, - "torage": 12, - "nformation": 6, - "imothy": 9, - "owler": 6, - "rian": 15, - "loom": 3, - "lellandcite": 3, - "sciencec": 3, - "多色成像": 18, - "omputeraided": 3, - "chain": 12, - "reaction": 18, - "multiplexed": 60, - "singlecell": 6, - "spatial": 15, - "proteomics": 3, - "iaohao": 3, - "ongsheng": 3, - "uchen": 6, - "iucun": 3, - "lbertina": 3, - "sak": 3, - "uicui": 3, - "uoli": 3, - "eng": 228, - "enyong": 3, - "un": 135, - "iaoli": 3, - "eihong": 24, - "ancite": 60, - "sciadvabk": 9, - "多轮漂洗做对靶标蛋白进行单细胞组学多色成像。": 3, - "这个思路跟另一篇文字很像，yllborg": 3, - "不过另外一篇文章是，然后看的是组织样的转录组。": 3, - "chaffter": 6, - "otranscriptionally": 3, - "encoded": 21, - "displacement": 3, - "circuits": 3, - "amuel": 24, - "lizabeth": 9, - "trychalskicite": 3, - "sciadvabl": 3, - "用做链置换反应，多级串联逻辑门还行": 3, - "zyme的使用": 3, - "让分子逻辑门可以更好地整合到基因表达流程中": 3, - "在细胞内，合成生物学": 3, - "组会分享": 9, - "alawansha": 6, - "ijacking": 3, - "ethyl": 3, - "eader": 3, - "roteins": 33, - "uclearpecific": 3, - "egradation": 21, - "hanusha": 3, - "ines": 3, - "raig": 9, - "rewscite": 3, - "jacsc": 45, - "先连接靶标蛋白和methylreader再招募实现对细胞核内蛋白的降解。": 3, - "nanobody": 6, - "ovalently": 3, - "ngineered": 12, - "anobody": 9, - "himeras": 9, - "argeted": 30, - "uanfan": 3, - "exin": 3, - "inghao": 6, - "ongxiang": 3, - "ongjun": 9, - "ian": 180, - "hencite": 21, - "把酶的底物连接到纳米抗体上以靶向降解膜蛋白。": 3, - "iue": 3, - "叶酸": 3, - "ancer": 42, - "elective": 6, - "olateaged": 3, - "ing": 174, - "udao": 3, - "anye": 3, - "ümit": 6, - "aniskan": 6, - "enyi": 6, - "将酶的底物修饰上叶酸以增强对肿瘤的靶向性减少毒副作用": 3, - "yllborg": 6, - "ybridizationbased": 3, - "sequencing": 6, - "spatially": 6, - "resolved": 6, - "transcriptomics": 3, - "human": 15, - "mouse": 12, - "brain": 6, - "tissue": 12, - "aniel": 117, - "hristoffer": 6, - "attsson": 3, - "angseth": 3, - "iaoyan": 3, - "unkyoung": 3, - "hoi": 54, - "ergio": 6, - "arco": 24, - "alas": 3, - "arkus": 18, - "ilscher": 3, - "ein": 6, - "ats": 3, - "ilssoncite": 3, - "nargkaa": 6, - "用原位杂交然后做滚环扩增方式直接测定组织样品转录组。": 3, - "iuf": 3, - "click反应": 3, - "nable": 9, - "ranscription": 3, - "actors": 3, - "把泛素酶的底物用click反应链接到上然后靶向降解转录因子。": 3, - "ickinson": 9, - "下午": 129, - "class\"highlight\"": 3, - "dataannotation\"attachmenthttpzoteroorgusersitemsannotationeycolorffdpageabelpositionpagendexrectscitationtemurishttpzoteroorgusersitemslocator\"“applications": 3, - "amount": 3, - "density": 21, - "redundancy": 3, - "number”span": 3, - "class\"citation\"": 3, - "datacitation\"citationtemsurishttpzoteroorgusersitemslocatorproperties\"span": 3, - "class\"citationitem\"ickinson": 3, - "等。": 3, - "spanspan": 3, - "uyang": 21, - "叶绿体": 3, - "相分离": 6, - "iquidiquid": 3, - "hase": 15, - "ransition": 6, - "rives": 9, - "ntrachloroplast": 3, - "argo": 6, - "orting": 9, - "iaoyi": 6, - "eiqiang": 6, - "ua": 18, - "ingxi": 3, - "echen": 3, - "iwei": 6, - "iumei": 3, - "ongming": 3, - "ianren": 3, - "ixin": 12, - "hangcite": 27, - "jcell": 39, - "叶绿体中的相分离行为有助于cargo": 3, - "sorting。": 3, - "rofymchuka": 3, - "手机显微": 3, - "ddressable": 6, - "nanoantennas": 3, - "cleared": 3, - "hotspots": 3, - "portable": 3, - "smartphone": 3, - "microscope": 18, - "ateryna": 3, - "rofymchuk": 3, - "iktorija": 6, - "lembockyte": 6, - "ennart": 3, - "rabenhorst": 3, - "lorian": 108, - "teiner": 6, - "arolin": 6, - "ietz": 9, - "indy": 3, - "lose": 3, - "artina": 9, - "feiffer": 3, - "ars": 6, - "ichter": 3, - "chütte": 3, - "elbach": 6, - "enukka": 3, - "aadav": 3, - "onas": 57, - "ähringer": 6, - "ingshan": 3, - "ydogan": 3, - "zcan": 3, - "irka": 3, - "alkens": 3, - "uillermo": 12, - "cuna": 9, - "hilip": 42, - "innefeldcite": 18, - "天线型折纸加上纳米银颗粒对靶标分子信号增强检测以至于手机就可以成像": 3, - "annotationtarget": 114, - "origamipdf": 3, - "uan": 99, - "xtracted": 162, - "nnotations": 312, - "\"single": 3, - "us": 9, - "illuminated": 3, - "obliquely": 3, - "very": 6, - "pulse": 3, - "intense": 3, - "white": 3, - "s\"": 9, - "zoteroopenpdflibraryitemspage": 936, - "脉冲光成像，": 3, - "的时间间隔，真的是天下武功唯快不破，这样能够拍摄短暂的也不奇怪。但是与此同时，对于传感器的要求也很高了。": 3, - "pzoteroopenpdflibraryitemspage": 561, - "ltrafast": 15, - "mining": 6, - "assemblies": 15, - "highdensitypdf": 3, - "uper‐resolution": 9, - "eometric": 6, - "arcoding": 6, - 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"liganddependent": 6, - "etpdf": 3, - "apid": 12, - "equential": 9, - "itu": 12, - "ultiplexing": 12, - "euronalpdf": 3, - "olor": 6, - "uperresolution": 90, - "ngineering": 48, - "linking": 18, - "ineticspdf": 3, - "fold": 6, - "speedup": 6, - "optimized": 18, - "ppreciating": 6, - "things": 6, - "lifepdf": 3, - "particles": 33, - "hours": 18, - "continuous": 21, - "mediated": 18, - "fluorophorepdf": 3, - "{\"created\"\"\"\"text\"\"调整imager的使用，使得docking位点持续被标记上，而且无惧光漂白。\"\"updated\"\"\"\"document\"{\"title\"\"racking": 3, - "exchange\"\"link\"{\"href\"\"urnxpdfabefbeebfcc\"}{\"href\"\"vaulteadingpdfsracking": 3, - "fluorophorepdf\"}\"documentingerprint\"\"abefbeebfcc\"}\"uri\"\"vaulteadingpdfsracking": 3, - "fluorophorepdf\"\"target\"{\"source\"\"vaulteadingpdfsracking": 3, - "fluorophorepdf\"\"selector\"{\"type\"\"extositionelector\"\"start\"\"end\"}{\"type\"\"extuoteelector\"\"exact\"\"continuous": 3, - "\"\"prefix\"\"me": 3, - "inherent": 6, - "\"\"suffix\"\"where": 3, - "fluorescentlylabeled": 6, - "oli\"}}}": 3, - "me": 6, - "oli": 3, - "doimefsfshow": 3, - "调整imager的使用，使得docking位点持续被标记上，而且无惧光漂白。": 3, - "doimefsf": 3, - "pahn": 54, - "stain": 3, - "oechst\"": 6, - "这种染料也是跟nile": 3, - "类似的吗？": 3, - "\"the": 24, - "exchangeable": 3, - "labels": 6, - "\"mitochondrial": 3, - "cristae": 9, - "membranes\"": 6, - "线粒体内嵴": 3, - "\"e": 18, - "spacing": 3, - "about": 9, - "−": 9, - "nm\"": 18, - "\"∼": 3, - "分辨率差不多就是": 3, - "nm？": 3, - "combined": 6, - "ifeact": 3, - "perform": 3, - "dualcolor": 3, - "toolbox": 6, - "etection": 39, - "tandard": 6, - "luorescent": 33, - "nables": 21, - "ultiargetpdf": 3, - "mith": 39, - "\"form": 3, - "entropic": 6, - "potentials": 3, - "trap": 3, - "guide": 12, - "molecules\"": 9, - "利用激光打plasmonic表面，产生热能，驱动的运动，所以是": 3, - "photothermal": 3, - "transport。": 3, - "–as": 6, - "encoding": 12, - "digital": 15, - "genomes": 6, - "population": 9, - "ofpdf": 9, - "\"collisional": 3, - "flux\"": 3, - "\"is": 6, - "essentially": 3, - "constant\"": 3, - "readily": 3, - "achieved\"": 3, - "\"diffusion": 3, - "controlled\"": 3, - "这里就已经提到过diffusion": 3, - "\"nondestructive\"": 3, - "\"locate": 3, - "emitters": 9, - "withnm": 3, - "precision\"": 3, - "所以的定位精度的理论极限是": 3, - "吗？": 3, - "\"intermittency": 3, - "signal\"": 3, - "利用diffusioncontrolled的碰撞事件产生单分子荧光信号，参考文献，所以此文还不是最早的。": 3, - "\"based": 3, - "separation": 15, - "bright": 9, - "state\"": 6, - "超分辨成像的基本原理，就是拿时间换空间，在可以光学可分辨空间内（取决于点扩散函数和显微镜，以": 3, - "物镜和": 3, - "um": 3, - "而言，就是": 3, - "x，大概": 3, - "平方微米的范围），一个时刻只有一个分子是亮的。": 3, - "超分辨成像都依赖于荧光染料或者荧光蛋白特殊的性质，从而实现时间尺度上的单分子荧光信号的分离。": 3, - "\"rely": 6, - "photophysical": 6, - "characteristics": 3, - "photoactivatable": 3, - "proteins": 63, - "photoswitchable": 6, - "dyes\"": 9, - "\"ile": 6, - "red\"": 3, - "\"lipid": 3, - "bilayer\"": 3, - "\"he": 45, - "residence": 6, - "previously": 3, - "associated": 9, - "liquidphase": 3, - "msec": 12, - "when": 15, - "vesicle": 15, - "radius": 9, - "chosen": 3, - "\"d\"": 6, - "collected": 6, - "area": 3, - "framessec\"": 3, - "这里又是": 3, - "的曝光时间？？": 3, - "average": 6, - "there": 3, - "chance": 3, - "appearing": 3, - "hus": 3, - "apparent": 9, - "collision": 6, - "somewhat": 3, - "lower": 3, - "seen": 3, - "experiments\"": 3, - "continuously": 3, - "excited": 9, - "laser": 12, - "kcm": 3, - "power": 3, - "performed": 12, - "periods": 3, - "interval": 6, - "set": 3, - "long": 3, - "enough": 6, - "photobleach": 3, - "next": 3, - "sequence\"": 3, - "样品的拍摄参数，": 3, - "的拍摄间隔。": 3, - "的曝光时间是指换一个视野？？（足够单分子尼罗红荧光染料被漂白）": 3, - "\"never": 3, - "exceeded": 3, - "m\"": 3, - "稀疏性，每平方微米平均个单分子荧光光斑的密度": 3, - "\"by": 3, - "sonication": 3, - "piranha": 3, - "solution\"": 9, - "coverslip用食人鱼溶液洗干净，超声一个小时": 3, - "\"pixel": 3, - "plane": 3, - "cutoff": 6, - "reduce": 6, - "highfrequency": 3, - "noise": 3, - "这里用到了一个": 3, - "去除的高频噪声，这一步都可以做？？我感觉应该是基于傅里叶变换实现的。但是不会造成精度损失吗？回头可以试试。": 3, - "\"fitting": 3, - "aussian": 3, - "function\"": 9, - "\"values": 3, - "ofx": 3, - "andy": 12, - "pixels\"": 3, - "\"x": 3, - "ory": 3, - "outside": 6, - "discarded\"": 3, - "\"havingxy": 3, - "xy": 3, - "这个过滤条件保证了所谓的椭圆度，在picassofilter中的倒数第二列": 3, - "certain": 3, - "exceed": 6, - "accuracy": 9, - "positioning": 3, - "一个荧光分子在被淬灭前，总共能发射大概个光子，所以理论定位精度是": 3, - "mproved": 21, - "ptical": 21, - "arcodespdf": 3, - "whole": 6, - "spinning": 6, - "diskpdf": 3, - "oy": 159, - "上午": 36, - "\"experimental": 3, - "preparation": 3, - "analysis\"": 6, - "\"answer": 3, - "fundamental": 3, - "questions\"": 3, - "\"nonradiative": 3, - "transfer\"": 3, - "\"reports": 3, - "intervening": 3, - "distance\"": 9, - "\"efficiency": 3, - "transfer": 45, - "given": 9, - "这个公式解释了效率和分子对间距的定量关系。": 3, - "\"ratiometric": 3, - "method\"": 6, - "efficiency\"": 3, - "从图示来看，sm适合观测": 3, - "的距离变化": 3, - "\"surface": 3, - "immobilized": 3, - "microscopy\"": 6, - "\"s": 9, - "must": 3, - "extinction": 3, - "coefficient": 12, - "ε": 3, - "\"an": 9, - "excellent": 3, - "pair": 6, - "should": 6, - "large": 27, - "spectral": 9, - "acceptor": 24, - "emissions": 3, - "quantum": 9, - "yields": 3, - "efficiencies\"": 3, - "做sm的donor和acceptor荧光分子对的选择，除了光谱上的，自身的稳定性，量子产率也有要求。": 3, - "\"lack": 3, - "monovalent": 3, - "conjugation": 3, - "scheme\"": 3, - "量子点大于nm，不好做单价修饰": 3, - "\"most": 3, - "popular": 6, - "一般用于sm的都是有机分子荧光染料": 3, - "\"rolox\"": 3, - "\"suppresses": 3, - "stimulates": 3, - "longlasting": 3, - "cyanine": 6, - "combination": 6, - "enzymatic": 3, - "oxygenscavenging": 3, - "system\"": 6, - "\"~": 3, - "surface\"": 3, - "suitable": 3, - "pairs": 15, - "here\"": 3, - "激发光": 3, - "即可": 3, - "\"checking": 3, - "presence": 3, - "acceptor\"": 3, - "可用于检查receptor是否存在": 3, - "\"two": 3, - "types": 6, - "prismtype": 3, - "objectivetype": 3, - "vertical": 3, - "slit\"": 3, - "dichroic": 3, - "mirror\"": 3, - "\"quartz": 3, - "slides\"": 3, - "\"a": 18, - "biotinstrepavidin": 3, - "used\"": 3, - "如果只有核酸，用biotinvidin方案封闭即可，如果涉及到蛋白质，最好用封闭界面。": 3, - "\"f": 9, - "nonspecifically": 3, - "spot": 3, - "specifically": 6, - "tethered": 3, - "typically": 6, - "specific": 6, - "spotsμm\"": 3, - "界面检验的标准，在加入avidin之前，就加入probe，非特异性结合不能超过，就还，相当于": 3, - "平方米微米大概到个荧光点。": 3, - "\"rosstalk\"": 3, - "\"ith": 3, - "donoronly": 3, - "acceptoronly": 3, - "excitation\"": 3, - "为排除crosstalk，得到更真实的效率，需要使用单独的donor和acceptor样品分别用donor的激光来激发": 3, - "\"surfacetethered": 3, - "microspheres\"": 3, - "注意使用荧光小球，在两个通道都要量（宽发射光谱）": 3, - "linear": 9, - "transformation\"": 6, - "选三到四个marker就可以完成分屏图像的对齐": 3, - "\"onor": 3, - "spots": 3, - "colocalize": 3, - "selected\"": 3, - "\"apparent": 6, - "efficiency": 12, - "做完crosstalk的校正和去除背景之后，效率才能简单的用这个公式计算。": 3, - "rule": 3, - "thumb": 3, - "anisotropy": 3, - "κ": 3, - "refs": 3, - "经验法则，如果荧光各向异性小于，k方大概为三分之二。这个对于通过效率换算距离有重要作用。": 3, - "monotonic": 3, - "这个app只能用于反应距离变化，还不是真实的效率。": 3, - "\"γ": 6, - "change": 27, - "intensity\"": 3, - "\"fluorescence": 3, - "conjugated": 3, - "increases": 6, - "binds": 3, - "nearby\"": 3, - "蛋白质结合后能够让上修饰的cy的荧光升高？？厉害了。": 3, - "\"photoinduced": 3, - "bases": 3, - "quench": 3, - "而有时候还能淬灭连着的荧光基团，这个也很厉害啊。": 3, - "\"ontinual": 3, - "changes": 24, - "may": 9, - "sign": 3, - "nonspecific": 9, - "attachment\"": 3, - "\"ascertain": 3, - "acquired": 3, - "indeed": 3, - "要通过淬灭判断确实是单分子信号，并搞清楚特定拍摄条件下荧光计数值和单分子数量关系。": 3, - "\"eversible": 3, - "off": 3, - "y\"": 3, - "cy自身就会闪烁": 3, - "movies": 3, - "areas": 3, - "unbiased": 6, - "overview": 3, - "distribution\"": 3, - "sm，等系统稳定了后，采集个视野，每次拍摄大概秒时间？这个主要是为了判断（overview）单分子在界面上分布的均匀性。": 3, - "insensitive": 3, - "distance": 12, - "interdye": 3, - "sm也能检测": 3, - "nm的距离变化，当然是在": 3, - "范围内。": 3, - "photobleaching\"": 6, - "一个荧光分子，在被淬灭前能放出w个光子。所以对于": 6, - "sm，每帧至少要有个光子数的信噪比，所以大概能够产生": 6, - "个数据点。根据这个要求可以反推拍摄参数。": 3, - "\"best": 3, - "ms\"": 3, - "曝光时间？？这可能是说那种": 3, - "都被固定在界面上的。": 3, - "manipulation": 3, - "being": 3, - "sm\"": 3, - "\"forceinduced": 3, - "unzipping": 3, - "hairpin\"": 3, - "ies": 63, - "\"uses": 3, - "microscope\"": 6, - "一般用confocal做，就检测一个局部的小区域。": 3, - "\"detect": 3, - "stream": 3, - "arrival": 3, - "primary": 3, - "原始数据就是这个被检测区域的信号强度随时间变化。": 3, - "\"raw": 3, - "undergo": 3, - "several": 9, - "processing\"": 3, - "原始数据，还需要一些分析步骤。": 3, - "\"fluctuating": 3, - "autocorrelation": 6, - "curve\"": 3, - "颗粒随机布朗运动，造成局部检测信号的周期性涨落，可以用一个自相关算法来提出一些参数。": 3, - "\"herefore": 3, - "decay": 3, - "timet": 6, - "curve": 3, - "related": 6, - "volume\"": 9, - "扩散时间可以从自相关的曲线中提取出来": 3, - "\"it": 12, - "volume": 18, - "leads": 6, - "fluctuations": 18, - "ther": 3, - "sources": 3, - "dynamics": 54, - "connected": 6, - "varying": 3, - "excitation": 15, - "probabilities": 3, - "fluctuations\"": 3, - "造成信号涨落的，不仅仅是扩散，还有荧光自身三重态的分布等内因，甚至包括仪器的稳定性": 3, - "¼": 3, - "calculate": 3, - "这里清晰地给出了从自相关参数到扩散因子的求解过程。": 3, - "cid‐regulated": 6, - "elf‐blinking": 6, - "robe": 27, - "esolving": 9, - "hole‐cellpdf": 3, - "labelfree": 9, - "volumetric": 6, - "vibrational": 42, - "imagingpdf": 6, - "\"inherently": 3, - "multidisciplinary": 3, - "expertise\"": 3, - "细胞力学成像需要较多的多学科交叉知识的专家才能开展实验和分析解释结果。": 3, - "\"external": 3, - "forces\"": 15, - "\"measure": 9, - "\"stiffness\"": 3, - "deformation\"": 9, - "\"ompaction\"": 3, - "\"in": 9, - "dimensions\"": 3, - "\"relationship": 3, - "fibrous": 3, - "proteins\"": 3, - "mechanical": 30, - "relationship": 6, - "这里给出了几种理想化的胞外基质形变跟作用力对应的数学模型。": 3, - "\"ethods": 3, - "measuring": 9, - "只是测量细胞作用力中的一种方式": 3, - "n\"": 3, - "hairpin能够测量的力的范围明显比较小啊，但是考虑到这个是单分子，它能够测量的压强又很大。": 3, - "tractions": 3, - "distributed": 6, - "throughout": 3, - "space\"": 3, - "我咋感觉，的力学测量更有前景呢？": 3, - "\"deformations": 3, - "substrates\"": 3, - "sensors\"": 3, - "\"glass": 3, - "plastic": 3, - "polymers\"": 3, - "如果细胞接触的不是平面呢？？": 3, - "\"these": 3, - "magnitude": 15, - "probe是一种阈值型的探针，探针都是对应了固定的力大小，所以只能测定强度，而无法测定方向。": 3, - "levels": 3, - "vary": 3, - "\"vinculin": 3, - "probe\"": 6, - "\"cadherin": 3, - "cadherin": 3, - "αactinin": 3, - "fibronectin\"": 3, - "这里提供了很多容易sense到tension的complex啊": 3, - "\"perturbations": 3, - "due": 18, - "insertion": 9, - "poorly": 6, - "understood\"": 3, - "测量体系对于细胞力学本身的影响也未知": 3, - "host": 3, - "cells\"": 6, - "细胞间的力的相互作用，其实更需要被研究。": 3, - "\"injectable": 3, - "liquid": 12, - "droplets": 3, - "some": 12, - "insight": 3, - "forces": 36, - "living": 48, - "embryonic": 12, - "tissue\"": 3, - "\"cellcell": 3, - "\"cyclic": 3, - "nucleotidegated": 6, - "ion": 12, - "channel\"": 3, - "一个常见的四聚体离子通道蛋白": 3, - "，用单分子成像的方法观察蛋白跟c的结合动力学过程，发现分子协同效应，前一个底物的结合会促进第二个分子倍的结合效率提高。": 3, - "hreeimensional": 18, - "ulticolor": 12, - "rackingpdf": 3, - "\"vesicle": 3, - "sizecontrolled": 3, - "collisions\"": 3, - "妈的，这里确实已经提出了": 3, - "sizecontrolled，所以一定要好好读下此文，看下我们目前的工作跟这个的区别。": 3, - "emit": 3, - "burst": 3, - "collide": 3, - "hydrophobic": 3, - "vesicle\"": 6, - "这里讲的是尼罗红染料和": 3, - "大小的疏水性颗粒碰撞的时候会发出一个荧光信号的": 3, - "burst。所以": 3, - "是指疏水性颗粒，而不是染料？？": 3, - "\"bimolecular": 3, - "bursts\"": 3, - "\"collision": 3, - "ratet": 3, - "particle": 39, - "curved": 3, - "much": 3, - "larger": 3, - "hemispherical": 3, - "po": 3, - "density\"": 3, - "这个是颗粒碰撞的，小颗粒跟一个远大于它的球形颗粒的表面碰撞，碰撞速率是跟大球的扩散系数和浓度相关的。因为小颗粒扩散很快。": 3, - "\"when": 3, - "centered": 6, - "focus": 3, - "intensitytime": 3, - "records": 3, - "shown": 6, - "ig": 6, - "observed\"": 3, - "weaker": 3, - "peak": 6, - "counts": 9, - "arises": 3, - "bursts": 9, - "higher": 12, - "concentration": 6, - "appears": 3, - "near": 6, - "corresponding": 72, - "每个尼罗红染料分子在疏水界面上停留的时间和能够发射出来的光子数是有限的。": 3, - "achiyama": 24, - "\"activated": 3, - "rc": 9, - "localized": 6, - "adhesions\"": 6, - "\"translocation": 3, - "membranes": 27, - "considered": 3, - "its": 21, - "recruitment": 9, - "rc蛋白会从细胞膜富集到focal": 3, - "adhesion结构上，这个translocation动态观察估计是一个较好的模型。": 3, - "\"were": 3, - "viewed": 3, - "用看ea细胞的样子，确实挺丑的": 3, - "expressing": 6, - "enustagged": 3, - "variants\"": 3, - "用荧光漂白恢复的办法看rc蛋白分子的translocation，这说明对于分辨率还是有需求，不然就能直接看到了。": 3, - "ersatile": 6, - "bypdf": 3, - "\"gold": 3, - "nanoparticle": 36, - "sensor": 6, - "tensionbasedfluorescence": 3, - "\"range": 3, - "drive": 12, - "conformational": 30, - "macromolecules\"": 3, - "这么大的力已经可以引起构象变化了": 3, - "\"distancedependent": 3, - "quenching": 3, - "follows": 3, - "relationship\"": 3, - "纳米金具有淬灭荧光基团的效果": 3, - "\"uased": 3, - "ension": 42, - "luorescence": 78, - "icroscopy\"": 3, - "所以受到拉力作用的时候，探针中的荧光基团远离纳米级，恢复荧光": 3, - "\"ata": 3, - "werefitted": 3, - "±": 6, - "测定了力学响应范围，同时也可以看到如果离纳米金只有个纳米时，淬灭效果还是很厉害的。": 3, - "\"fter": 3, - "cultur\"": 3, - "细胞在界面上趴一个小时就可以了，估计这样的细胞得好好挑选吧。": 3, - "\"d": 3, - "bc\"": 3, - "这也是看到细胞跟基底面的图啊，只不过是被拉扯的纳米金": 3, - "\"reflection": 3, - "interference": 9, - "contrast": 6, - "igure": 3, - "c\"": 6, - "干涉相差显微镜": 3, - "\"μ": 3, - "latrunculin": 3, - "inhibits": 3, - "polymerization": 15, - "prevents": 3, - "generation\"": 3, - "又一个可以阻止actin，减小force的小分子抑制剂at": 3, - "\"force": 3, - "adhesions": 6, - "of∼": 3, - "p\"": 12, - "ubmicrometre": 9, - "geometrically": 9, - "rogramming": 33, - "“tomic": 6, - "ubstitution”": 6, - "lloy": 6, - "olloidal": 21, - "rystals": 6, - "utomated": 15, - "highly": 33, - "proteinpdf": 3, - "{\"created\"\"\"\"updated\"\"\"\"document\"{\"title\"\"utomated": 3, - "nanoarchitecture": 6, - "tissues\"\"link\"{\"href\"\"urnxpdfcffafcdbadaaae\"}{\"href\"\"vaulteadingpdfsutomated": 3, - "proteinpdf\"}\"documentingerprint\"\"cffafcdbadaaae\"}\"uri\"\"vaulteadingpdfsutomated": 3, - "proteinpdf\"\"target\"{\"source\"\"vaulteadingpdfsutomated": 3, - "proteinpdf\"\"selector\"{\"type\"\"extositionelector\"\"start\"\"end\"}{\"type\"\"extuoteelector\"\"exact\"\"ithin": 3, - "rounds": 6, - "andextracted": 6, - "highquality": 6, - "sets": 6, - "ig\"\"prefix\"\"": 3, - "seeupplementary": 6, - "able": 6, - "f\"}}}": 3, - "ithin": 3, - "ljnhkdkshow": 3, - "ljnhkdk": 3, - "ellular": 27, - "barcodingpdf": 3, - "aneko": 99, - "\"ixty": 3, - "years": 3, - "since": 3, - "publication": 6, - "hat": 12, - "ife": 15, - "chr": 3, - "̈dinger\"": 3, - "\"driven": 3, - "write": 3, - "present": 3, - "book\"": 3, - "\"ndeed": 3, - "researchers": 6, - "embarked": 3, - "study": 12, - "\"complex": 3, - "systems\"": 6, - "decades": 3, - "ago": 3, - "motivation": 3, - "seek": 3, - "theory": 6, - "understand": 3, - "\"\"complex": 3, - "biology\"\"": 3, - "hap": 3, - "background": 18, - "dynamical": 3, - "statistical": 3, - "physics": 9, - "described\"": 3, - "\"heredity\"": 3, - "\"ynamical": 3, - "system": 24, - "consists": 3, - "time\"": 3, - "\"his": 3, - "\"degrees": 3, - "freedom\"\"": 3, - "使用向量来描述每个时刻生命系统的状态": 3, - "how": 6, - "degrees": 6, - "freedom": 6, - "necessary\"": 3, - "所以要主成分分析": 3, - "\"state": 3, - "represented": 6, - "flow\"": 3, - "某个时刻的变化，其实就是向量的梯度，梯度用箭头表示。": 3, - "\"dissipative\"": 3, - "耗散，消耗": 3, - "region": 12, - "orbit": 6, - "recurrently": 3, - "returns": 3, - "neighborhood": 3, - "called": 3, - "attractor\"": 3, - "attractor是一个轨道富集区域": 3, - "\"haos": 3, - "trange": 3, - "ttractors\"": 3, - "\"and": 3, - "neither": 3, - "periodic": 3, - "nor": 3, - "quasiperiodic": 3, - "case\"": 3, - "chaotic": 3, - "attractor": 3, - "characterized": 3, - "orbital": 3, - "instability\"": 3, - "described": 3, - "introducing": 3, - "probability\"": 3, - "\"ome": 3, - "attractors": 3, - "basin": 6, - "others": 3, - "not\"": 3, - "occurrence": 3, - "avoided\"": 3, - "circumstances": 3, - "they\"": 3, - "任何情况下都不会": 3, - "\"while": 3, - "stable": 9, - "large\"": 3, - "如果系统本身波动就比较大（不稳定），你再施加微小的干扰，产生的变化也只会更大。这提示我们无论是使用精密仪器还是做细胞实验，都要尽量保证系统稳定。": 3, - "\"luctuation": 3, - "issipation": 3, - "heorem": 3, - "ubo": 6, - "\"we": 3, - "believe": 3, - "seeking": 3, - "fluctuationresponse": 3, - "relations": 3, - "become": 6, - "influential": 3, - "experimental": 6, - "methodology": 3, - "future": 3, - "biology\"": 3, - "ntirely": 3, - "oise": 3, - "nvironment": 3, - "ut": 6, - "esult": 3, - "nternal": 24, - "ynamics\"": 3, - "hatelier": 6, - "thermodynamics\"": 3, - "\"this": 3, - "behavior": 6, - "equilibrium": 9, - "perturbed": 3, - "relax": 3, - "back": 3, - "toward": 3, - "平衡稳态，当施加外力影响，系统会试图重新回来。但是这个外力不能超过一定范围，否则就打破稳态了。这就是稳态系统的": 3, - "plasticity。": 3, - "principle\"": 3, - "boundary": 6, - "attraction\"": 3, - "系统稳态的范围，就是basin的boundary": 3, - "\"\"flexibility\"": 3, - "regard": 3, - "variety": 3, - "responses": 3, - "externally": 3, - "applied": 6, - "operations\"": 3, - "与plasticity不同（稳态范围，ean），灵活性主要是衡量能够响应的作用的多变（）。": 3, - "\"cells": 3, - "differentiate": 3, - "eg": 6, - "stem": 6, - "possess": 3, - "flexibility": 6, - "committed": 3, - "produce": 6, - "own": 6, - "flexibility\"": 3, - "flexibility这里跟细胞的干性对应上了。": 3, - "\"such": 6, - "regained\"": 3, - "apidly": 9, - "evolving": 6, - "homing": 6, - "barcodespdf": 3, - "andpdf": 9, - "assler": 39, - "adapted": 3, - "这里是用做的，但不知道做了何种adaptation": 3, - "\"for": 3, - "classical": 6, - "comparably": 3, - "low\"": 3, - "如果是简单用，光信号采集效率比较低": 3, - "\"with": 3, - "respect": 3, - "cpm\"": 3, - "此法可以显著提高信噪比，以及每个分子的光子计数值": 3, - "×\"": 3, - "\"determine": 3, - "estimate": 3, - "分子还需要浓度、观测体积等参数，所以不是随便就可以搞的。": 3, - "correct": 3, - "mathematical": 3, - "representation": 6, - "居然把作为一种detection": 3, - "的表示，也还行吧": 3, - "\"or": 9, - "broader": 3, - "binning": 3, - "μs": 3, - "compared": 3, - "lasting": 3, - "sometimes": 3, - "milliseconds\"": 3, - "感觉我们现在的达不到这么快的成像速度啊": 3, - "\"diffusing": 3, - "rhodamine": 3, - "upper": 3, - "left\"": 3, - "成像速度要到us每帧，一般的肯定不行啊": 3, - "{\"created\"\"\"\"text\"\"这是一个pdf标注演示\"\"updated\"\"\"\"document\"{\"title\"\"ultiplexed": 3, - "xchange\"\"link\"{\"href\"\"urnxpdfffaefdeabfed\"}{\"href\"\"vaulteadingpdfsultiplexed": 3, - "andpdf\"}\"documentingerprint\"\"ffaefdeabfed\"}\"uri\"\"vaulteadingpdfsultiplexed": 3, - "andpdf\"}": 3, - "iiraxwcishow": 3, - "这是一个pdf标注演示": 3, - "iiraxwci": 3, - "highthroughput": 6, - "neuronal": 6, - "diffusiblepdf": 3, - "unasekara": 30, - "\"few": 3, - "kinetics\"": 3, - "假如抗体和靶标不能稳定结合，可逆结合也是可以的啊，这篇文章就从这个角度出发，搞了一种，其实可以理解为": 3, - "peptide": 24, - "\"chaotropic": 3, - "potassium": 3, - "thiocyanate": 3, - "promoted": 3, - "dissociation": 6, - "fragment": 3, - "ab\"": 3, - "还要添加一些破坏抗体结合的试剂氰化钾，使得其dissociation频率增加。": 3, - "\"b": 6, - "epresentative": 3, - "singlemolecule\"": 3, - "拍摄的时间好长，这个可能做得不是特别好": 3, - "\"aussianfitted": 3, - "crosssectional": 3, - "profiles": 3, - "microtubulefibers\"": 3, - "对微管的成像分辨率能够到": 3, - "nm，似乎也非常不错了，毕竟微管本身也是有点粗的。": 3, - "\"i": 3, - "ighmagnification": 3, - "representative": 6, - "frames\"": 3, - "看上去背景提高了不少": 3, - "\"uperresolution": 3, - "reconstructed": 3, - "pixel": 6, - "跟相比还是有点优势啊": 3, - "xcitationmultiplexed": 6, - "multicolor": 21, - "fm": 9, - "imultaneous": 9, - "sequential": 15, - "fluid": 9, - "usingpdf": 3, - "normalized": 6, - "correlation": 42, - "ofa": 3, - "t\"": 3, - "荧光自相关函数，描述很清楚，感觉我自己都可以写个代码来实现了。": 3, - "\"llustration": 3, - "showing": 6, - "generalized": 3, - "trace\"": 3, - "这个关于荧光自相关函数的图示说明真的太清楚了。": 3, - "timecorrelation": 3, - "analysis": 39, - "offluctuations": 3, - "thefluorescence": 3, - "emanating": 3, - "observation": 3, - "defined": 9, - "tightly": 3, - "focused": 3, - "beam": 3, - "made": 9, - "smaller": 3, - "than∼fl": 3, - "diffraction\"": 3, - "他这个二次激发的技术本身分辨率就能进一步提高，然后跟荧光相关光谱结合起来，可以进一步缩小观测的volume。": 3, - "erreira": 21, - "selected": 6, - "aptamers": 12, - "peptides": 3, - "presented": 6, - "association": 6, - "constants": 3, - "order": 9, - "those": 6, - "antibody\"": 6, - "aptamer的亲和力居然比单克隆抗体还高": 3, - "immunohistochemistry": 3, - "studies\"": 3, - "breast": 15, - "cancer": 42, - "rhodaminelabelled": 3, - "aptamer\"": 3, - "这个用aptamer做荧光成像的效果还行": 3, - "eshpande": 33, - "\"both": 3, - "pure": 3, - "phospholipid": 3, - "liposomes": 9, - "vesicles": 9, - "phospholipids": 3, - "fatty": 6, - "acids\"": 6, - "\"lateral": 3, - "tension\"": 9, - "侧向膜张力": 3, - "approach": 15, - "produced": 3, - "lipids": 9, - "看上去就是使用不同lipid来产生不同的membrane": 3, - "tension，这个说法感觉有点奇怪。": 3, - "\"dextran": 3, - "weight": 7, - "所以是dextran这种类似的分子，在liposome内部，形成了渗透压，导致了膜表面的张力。这个张力跟曲率似乎没有很大的关系。不过piezo蛋白其实似乎跟曲率有关，毕竟是一个结构变化引起的离子通道闭合。": 3, - "\"t": 3, - "acted": 3, - "osmolyte": 3, - "induce": 12, - "渗透压导致膜张力": 3, - "≈": 3, - "m−\"": 3, - "膜张力的单位有点意思": 3, - "lysis": 3, - "rather": 3, - "worsened": 3, - "growth\"": 3, - "如果膜张力接近破裂所需的张力，不仅没有促进融合生长脂质体，反而是阻碍了这种效率。": 3, - "witchable": 9, - "olvatochromic": 15, - "robes": 27, - "iveell": 12, - "ast": 15, - "mechanism": 21, - "pinduced": 3, - "imotif": 204, - "iotif的构象变化也可以用和等荧光方法来看": 3, - "\"y": 6, - "curves": 3, - "gradual": 3, - "decrease": 3, - "increasing": 3, - "升高p，构象被破坏，扩散系数下降，扩散时间延长。": 3, - "faster": 12, - "form\"": 6, - "完整稳定的imotif比解开的单链形式的扩散要快倍！": 3, - "\"conformational": 3, - "spectra\"": 3, - "圆二色谱为啥可以看这种构象变化？主要还是一个圆偏振光的吸收光谱。": 3, - "光学活性物质对组成平面偏振光的左旋和右旋圆偏振光的吸收系数ε是不相等的，ε≠ε，即具有圆二色性。": 3, - "relates": 3, - "lifetime": 3, - "indicator": 3, - "效率跟onorcceptor之间间距的关系": 3, - "的相关光谱多个样品的比较可以这样搞，注意归一化，然后调整xlim。": 3, - "\"intrachain": 3, - "contact": 9, - "formation\"": 3, - "总体看上去，形成imotif的速度还是要比open的速度慢": 3, - "intrachain": 3, - "ho": 51, - "\"yanine": 3, - "yanine": 15, - "hotoconversion\"": 3, - "常用的y荧光染料在一定条件下会变成y，但转换比例不高。": 3, - "\"undergo": 3, - "carbon−carbon": 3, - "bondbreaking": 3, - "forming": 3, - "bring": 3, - "dyetodye": 3, - "\"without": 3, - "illumination\"": 3, - "unheralded": 3, - "photoinduced": 3, - "farred": 3, - "generates": 3, - "blueshifted": 3, - "derivatives\"": 3, - "highdensity": 6, - "singleparticle": 30, - "tracking": 93, - "cell\"": 3, - "的object密度也是一个很重要的参数，如果太密集了，做tracking显然是更加困难的。": 3, - "\"urrent": 3, - "photoactivation": 3, - "constrained": 3, - "requirement": 3, - "potentially": 6, - "celltoxic": 3, - "reducing": 3, - "agents": 3, - "原来是这种photoactivation的方法需要和一些细胞毒性的还原剂。": 3, - "epidermal": 3, - "growth": 6, - "factor": 6, - "对膜上受体蛋白的tracking估计十分常见。": 3, - "\"photoactivated": 3, - "spt\"": 6, - "居然比spt还要好，那确实不错。ayle": 3, - "\"carcinoembryonic": 3, - "antigen": 3, - "over": 6, - "adopting": 3, - "pulsed": 3, - "irradiation": 3, - "flashlamp": 12, - "darkfield": 6, - "scattering": 9, - "homogenous": 3, - "还有这么牛逼的暗场显微镜，可以看自由移动的纳米金颗粒的瞬时散射光信号。": 3, - "rockman": 162, - "\"rigami": 3, - "attached": 3, - "biotinstreptavidin\"": 3, - "anchor链有biotin，所以这个界面还是iotinvidin？？": 3, - "\"lkyneazide": 3, - "cycloaddition": 3, - "conjugate": 3, - "带有c，这个是给细胞integrin抓取的一端。": 3, - "\"nalysis": 3, - "platelet": 12, - "lamellipodial": 9, - "dynamics\"": 3, - "这个细胞形态学分析很精彩！": 3, - "\"ccumulatedt": 6, - "anchor\"": 3, - "从这个看，还是用到了biotin修饰的链，利用biotinavidin的相互作用实现link": 3, - "substrate。": 3, - "\"m": 3, - "amine": 3, - "linked\"": 3, - "effects": 6, - "directly": 3, - "alter": 3, - "v": 3, - "conformation\"": 3, - "\"map": 6, - "piconewton": 12, - "已经有一些良好的细胞力学成像的基础，相关文献可以考古一下。": 3, - "\"live": 3, - "platelets": 6, - "fibroblasts\"": 3, - "或者超分辨成像，荧光基团固定在靶标上，长时间看肯定漂白完了，所以看细胞的动态，它们都尝试降低功率。而是不怕光漂白的。": 3, - "\"are": 3, - "favorable": 3, - "livecell": 18, - "imaging\"": 3, - "compatible": 3, - "probes\"": 3, - "~nm": 6, - "resolution\"": 6, - "的分辨率对": 3, - "级别的": 3, - "做mapping。）这个分辨率是不是做得太好？）时间上连续程度如何？）是否存在一些更大的力？）一些力学敏感的比如piezo蛋白能够响应的力大概是什么范围？）我们人体时刻都受到力的作用，这种更大尺度的力学作用呢？": 3, - "cryptic": 6, - "docking\"": 3, - "stemloop": 3, - "\"mechanical": 3, - "strain": 3, - "creates": 3, - "barrier": 3, - "hybridization\"": 3, - "链的机械应变居然会阻止杂交，这个细节值得注意。": 3, - "exceeds": 3, - "produces": 6, - "probability": 3, - "unfolding\"": 3, - "所以力学阈值就是取一半unfolded的时候的力数值？": 3, - "\"clotting": 3, - "functions\"": 3, - "血小板细胞还是很容易联结": 3, - "\"at": 3, - "min\"": 6, - "拍摄分钟，也得有帧": 3, - "\"ntegrinligand": 3, - "bond": 6, - "lifetimes": 6, - "ntegrin对ligand的结合时间真短": 3, - "\"signaltobackground": 3, - "信噪比居然能够到，神奇了。": 3, - "ring": 21, - "translocating": 3, - "细胞的移动还挺快的，对于纳米尺度来讲，分钟就能移动大概": 3, - "\"mouse": 3, - "fibroblasts": 3, - "用到小鼠胚胎纤维细胞作为模型。可能迁移能力较强吧。": 3, - "\"vinculin\"": 3, - "黏着斑蛋白vinculin": 3, - "\"focal": 3, - "stresses": 3, - "μm": 9, - "centroid": 3, - "itself\"": 3, - "\"no": 3, - "currently": 3, - "capable": 3, - "subnm": 18, - "mapping": 24, - "generating": 3, - "的超分辨": 3, - "\"olorcoded": 3, - "timeseries": 3, - "spreading\"": 3, - "不知道细胞和基质之间的间隙有多大，如果小于": 3, - "nm，那么没有结合上的": 3, - "岂不是也会亮，这种背景怎么搞定的呢？": 3, - "\"tension": 3, - "actin\"": 3, - "\"rp": 6, - "inhibitor": 6, - "\"cr\"": 3, - "rpmediated": 3, - "branching": 3, - "polymerization\"": 3, - "目前普遍认为细胞边缘的张力，是由rp介导的分枝状actin": 3, - "的聚合引起的。": 3, - "rp": 9, - "inhibitor\"": 3, - "是rp的小分子抑制剂": 3, - "\"removes": 3, - "selective": 3, - "action": 6, - "inhibition": 3, - "tensionring": 3, - "wide": 3, - "detectable": 3, - "为什么force": 3, - "需要超分辨，因为rp": 3, - "的inhibition，即便是目前最好的": 3, - "raction": 27, - "也看不出来。": 3, - "\"reating": 3, - "myosin": 3, - "kinase": 3, - "是轻链动力蛋白的inhibitor，也会造成force的下调。": 3, - "\"actin\"": 3, - "\"integrinligand": 3, - "integrin和底物的结合时间很短，到秒": 3, - "\"rupture": 3, - "irreversibly": 6, - "这里的": 3, - "probe，在力的作用下是不可逆的脱离。然后暴露出来的链可以作为的docking链。": 3, - "composed": 3, - "duplex": 9, - "直接连接到": 6, - "substrate，所以这里的": 3, - "substrate究竟是什么，细胞跟": 3, - "substrate之间的间隙有多大，diffusive": 3, - "能够顺利地扩散进去？？": 3, - "\"~nm": 3, - "之前的空间分辨率只有nm，现在到": 3, - "nm，还是很厉害了。": 3, - "change\"": 3, - "对于血小板细胞是一个很好的模型": 3, - "\"treptavidin": 3, - "ocklandnc": 3, - "μlide": 3, - "sixchannel": 3, - "coverslips": 6, - "purchased": 9, - "bidi": 3, - "hydroxyl": 6, - "succinimide": 3, - "iochempeg": 3, - "succinimideka": 3, - "anocs\"": 3, - "从这个配方表来看，界面是用的方案，也对，但凡是涉及细胞和蛋白的，的方案终究是不行的。": 3, - "\"urface": 3, - "preparation\"": 3, - "userdefined": 3, - "cellfree": 3, - "substrate\"": 3, - "ourzac": 42, - "\"take": 3, - "drugs": 12, - "places\"": 3, - "nanomedicine，减轻副作用，延长半衰期，生物相容性，减少用量还提高药效": 3, - "\"control": 3, - "freaks\"": 3, - "控制狂": 3, - "\"fully": 3, - "chemistry": 6, - "charge": 15, - "properties\"": 3, - "\"how": 3, - "get": 3, - "place": 3, - "causing": 3, - "side": 3, - "inducing": 3, - "resistance\"": 3, - "癌症治疗，让适量药物准确到达病灶，实现靶向杀伤，副作用最小。": 3, - "\"keeping": 3, - "toxic": 3, - "out": 3, - "healthy": 3, - "tissues": 9, - "says": 3, - "akesh": 6, - "ain\"": 3, - "纳米载体载带毒药，实现副作用减轻，是目前比较有前景的方向。": 3, - "\"anotechnology": 3, - "companies": 3, - "\"hurch": 3, - "calls": 3, - "carrier": 6, - "nanobot": 3, - "performs": 3, - "computational": 6, - "logic": 15, - "什么情况下，nanocarrier": 3, - "可以被称作": 3, - "nanorobot？大佬认为得有": 3, - "\"inety": 3, - "percent": 3, - "deaths": 3, - "caused": 3, - "metastases\"": 3, - "的癌症死亡是癌扩散了。": 3, - "\"hatia\"": 3, - "\"design": 3, - "tricks": 3, - "robotics": 3, - "ike": 60, - "ants": 3, - "whose": 3, - "actions": 3, - "simple": 6, - "who": 3, - "masse": 3, - "build": 3, - "anthill\"": 3, - "nanorobot就适合像蚂蚁一样，做成集群的，虽然单个的robot功能简单，但是通过集群可以实现复杂的事情。这个想法很有启发性。": 3, - "ayle": 57, - "\"plants": 3, - "rich": 6, - "autofluorescent": 3, - "wall": 9, - "chlorophyll": 3, - "phenolsflavonoids": 3, - "tannins": 3, - "anthocyanins": 3, - "lignin": 3, - "suberin\"": 3, - "植物细胞的自发荧光也比较多": 3, - "diffusion\"": 6, - "测量膜上的分子扩散行为，主流的三种方法，、": 3, - "\"chematic": 3, - "这个技术还是一个二维的tracking，而且要求成像速度很快（相对于移动的物体），这对于信号的质量要求也很高。": 3, - "\"pplications": 3, - "涉及到不少具体的膜蛋白，这个是值得注意和收藏的内容。": 3, - "\"clathrin": 3, - "shows": 3, - "static": 3, - "punctuated": 3, - "little": 3, - "lateral": 15, - "使用常规的荧光成像racking方法，clathrin的轻链居然在膜上不怎么动，这个点很重要的，估计是一个很常用的对照。但是如果用超分辨看就不是这样的了。": 3, - "largely": 6, - "mobile": 6, - "μm²s\"": 3, - "扩散性很强的蛋白也只有": 3, - "，所以在平面上的扩散运动还是相当受限的": 3, - "example": 3, - "absence": 3, - "treatment": 18, - "immobile": 3, - "rapidly": 3, - "plant": 18, - "hormone": 3, - "auxin": 3, - "osmotic": 3, - "stress\"": 3, - "在植物细胞中，这个蛋白分子能够响应植物生长素auxin以及渗透压从而发生运动模式的改变，这种动态模型也是我需要收集的。": 3, - "tonoplast": 3, - "intrinsic": 3, - "vacuolar": 3, - "membrane\"": 3, - "labeling": 27, - "afluorescent": 3, - "aloag": 3, - "technology": 3, - "dots\"": 3, - "对于而言，合适的荧光标记手段也非常重要。": 3, - "\"covalent": 3, - "tag": 6, - "exogenous": 3, - "application\"": 3, - "\"omparison": 3, - "typical": 3, - "spt": 6, - "以扩散系数而言，不同的蛋白或分子有不同的扩散系数，而且不同的显微镜技术也有各自的适用范围，这个图总结的很到位。": 3, - "response": 12, - "auxin\"": 3, - "competent": 3, - "graduate": 3, - "student": 3, - "postdoctoral": 3, - "researcher": 3, - "trained": 3, - "epifluorescence": 3, - "需要welltrained专家才能做这种实验": 3, - "\"fusion": 3, - "mos": 6, - "photoconvertible": 3, - "原来中常用的融合荧光蛋白是mos": 3, - "anometerscale": 6, - "uperesolution": 93, - "conomicpdf": 3, - "orrelating": 6, - "icroscopy": 171, - "ransmission": 6, - "lectron": 6, - "icroscopypdf": 3, - "utomating": 6, - "multimodal": 6, - "anoluidicspdf": 3, - "\"its": 3, - "sharp": 3, - "fast": 18, - "pdriven": 9, - "\"onoff\"": 3, - "switch": 21, - "level\"": 3, - "mato": 3, - "endrick": 6, - "cytosinerich": 6, - "telomeres": 3, - "eroy": 6, - "centromeres": 3, - "allego": 3, - "promoter": 6, - "oncogenes": 3, - "bcl": 3, - "han": 42, - "cmyc": 3, - "imonsson": 3, - "ckit": 3, - "razier": 3, - "ucek": 3, - "iotif真是无处不在啊！": 3, - "\"deprotonated": 3, - "hindering": 3, - "pairs\"": 3, - "slightly": 3, - "values\"": 6, - "\"circular": 3, - "dichroism": 3, - "nuclear": 3, - "magnetic": 6, - "resonance": 48, - "测定表征手段主要是和": 3, - "\"shows": 3, - "positive": 3, - "negative": 3, - "signals": 12, - "~nm\"": 3, - "\"characteristic": 3, - "ppm": 3, - "imino": 3, - "protons\"": 3, - "\"ionization": 3, - "mass": 3, - "spectrometry": 3, - "质谱也可以看iotif": 3, - "\"molecular": 3, - "spectroscopy\"": 3, - "\"exciplex": 3, - "states\"": 3, - "激发态？？": 3, - "partially": 3, - "folded": 6, - "structures\"": 6, - "\"thiazole": 3, - "orange": 3, - "\"enhancing": 3, - "free": 3, - "upon": 3, - "interaction": 3, - "acid\"": 3, - "\"crystal": 3, - "violet": 3, - "thioflavin\"": 3, - "\"imotif": 6, - "polymer": 3, - "conversion\"": 3, - "\"fluorescencebased": 3, - "anisotropy\"": 3, - "感觉是偏振荧光成像，此时荧光基团被偏振激光激发，产生信号跟结构变化有很大关系。": 3, - "\"sizeexclusion": 3, - "chromatography": 6, - "直接用体积排阻色谱来检测imotif": 3, - "\"harma": 3, - "闫颢他们组十几年前就玩过纳米金的可逆聚集解离，有点意思。": 3, - "guaninerich": 3, - "formed": 15, - "atsonrick": 6, - "favoring": 3, - "aggregates": 6, - "colored": 3, - "purple": 3, - "p~": 3, - "preventing": 3, - "leading": 3, - "color\"": 3, - "\"stiff": 3, - "wrap": 3, - "around": 3, - "stabilize": 9, - "us\"": 3, - "sensitive": 9, - "variation": 3, - "folding": 9, - "needed": 3, - "longer": 3, - "equilibration": 3, - "comparing": 3, - "unfolding": 3, - "occurred": 3, - "imotif的构象变换是一个缓慢的过程。": 3, - "currents": 3, - "电化学方式可以线性地控制p，或许这个可以成为所谓的电化学发光？": 3, - "barcoded": 6, - "boussi": 12, - "\"intercalated": 3, - "cytosine": 3, - "bou": 48, - "ssi": 48, - "iotif的核心关键，和质子化的作为配对": 3, - "existence\"": 3, - "和iotif结构都是细胞内自然存在的结构，具有一定的生物学功能。": 3, - "\"hexamer": 3, - "forming\"": 3, - "这是iotif的基础序列？": 3, - "hemiprotonated": 3, - "stability\"": 3, - "kmol": 6, - "canonical": 3, - "neutral": 3, - "kmol\"": 3, - "\"p": 3, - "mid": 3, - "transition": 6, - "所谓的p响应，其实给出的是一个均值，类似": 3, - "的概念。所以对于特定的": 3, - "p，iotif": 3, - "的构象是存在一个分布的，只是这个分布的宽窄目前我还不清楚。如果太宽了可能就不适合作为控制": 3, - "形变的方式。": 3, - "\"telomeric": 3, - "cytosines": 9, - "tract": 3, - "increases\"": 3, - "对越多，转变p也逐步升高，而且": 3, - "都是零点几的变化。": 3, - "\"◦\"": 3, - "需要注意，iotif的稳定性同样受温度影响。": 3, - "exhibits": 3, - "如果tract长度是，半变构p都到了": 3, - "\"everal": 3, - "的序列可以非常多样，主要是这种四链堆积。": 3, - "recognized": 3, - "iab": 3, - "iotif还有特定的抗体，厉害了，看来这个领域其实研究的也比较成熟了。": 3, - "adopt": 3, - "pdependent": 3, - "equilibrium\"": 3, - "卧槽，启动子都能有iotif这种二级结构，难怪认为这种二级结构能够影响基因表达。": 3, - "\"rich": 3, - "contain": 3, - "box": 3, - "black": 3, - "类似iotif的四链的二级结构，也不一定需要很多。": 3, - "\"right\"": 3, - "urzolo": 6, - "unneling": 36, - "nanotubes": 27, - "eshaping": 3, - "connectivity": 3, - "hiara": 9, - "urzolocite": 9, - "jceb": 3, - "泛读笔记": 489, - "大佬对于领域发展的评论。": 3, - "obiak": 6, - "celladhesion": 3, - "isualizing": 18, - "ormation": 15, - "ells": 108, - "eans": 3, - "dvanced": 9, - "pinning": 3, - "iskotal": 3, - "eflection": 18, - "ernd": 15, - "ntonio": 6, - "irgilio": 3, - "aillacite": 3, - "用观察了细胞的初期界面黏附过程，有视频，可以再好好看看。": 3, - "免疫": 9, - "mmune": 6, - "anotubes": 36, - "mpact": 3, - "ntercellular": 33, - "rossalk": 3, - "esponse": 15, - "ts": 21, - "herapeutic": 15, - "hunqi": 3, - "ingying": 3, - "oucite": 3, - "acsmolpharmaceutc": 6, - "介绍了免疫细胞中的作用。": 3, - "owoise": 3, - "anopore": 3, - "nitu": 3, - "abelree": 12, - "riggernduced": 3, - "achine": 9, - "ingleolecular": 3, - "evel": 3, - "hentong": 3, - "iaozheng": 3, - "uiping": 3, - "esheng": 3, - "ingling": 3, - "icite": 24, - "hovmer": 6, - "微管": 3, - "echanical": 6, - "ounterbalance": 3, - "inesin": 3, - "ynein": 3, - "otors": 12, - "icrotubular": 3, - "etwork": 6, - "egulates": 3, - "rchitecture": 3, - "echanosensing": 3, - "lexander": 84, - "lexis": 6, - "anning": 3, - "hynna": 3, - "ames": 60, - "ayes": 3, - "ylan": 6, - "urnette": 3, - "artagenaivera": 3, - "ikolay": 3, - "okholyan": 3, - "ingh": 18, - "rdem": 15, - "abdanovcite": 3, - "acsnanoc": 66, - "这个调整细胞微管骨架，形成一个巨大的环的模型还有点意思，有用到多种小分子。": 3, - "hou": 84, - "结构组装": 3, - "inite": 3, - "ssembly": 9, - "hree‐imensional": 3, - "ierarchical": 3, - "anoarchitectures": 3, - "rthogonal": 3, - "irectional": 3, - "onding": 3, - "ihao": 6, - "inyi": 3, - "iangbin": 3, - "angcite": 45, - "anie": 102, - "类似乐高的基于特定单元的纳米结构组装，很早就有这样的工作了。": 3, - "henazineased": 6, - "atiometric": 18, - "supsup": 12, - "ellesolved": 6, - "ual": 6, - "missions": 3, - "ensing": 15, - "echanism": 12, - "ibrationnduced": 3, - "mission": 12, - "aitao": 3, - "hiin": 6, - "hiyun": 6, - "ianhua": 6, - "iai": 9, - "iancite": 9, - "smll": 45, - "ttachments": 951, - "ualpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "hirnov": 6, - "memory": 12, - "ictor": 15, - "eza": 15, - "adegan": 6, - "urtej": 3, - "andhu": 3, - "illiam": 54, - "ughescite": 6, - "nmat": 3, - "大佬们联袂提出核酸信息存储的概念。": 3, - "hreedimensional": 21, - "live": 24, - "polarized": 3, - "multiangle": 12, - "uangyuan": 3, - "enjie": 9, - "ouhua": 3, - "himin": 3, - "uhong": 6, - "ingke": 9, - "uifang": 12, - "iucite": 30, - "polarizedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "调控入射角改变照明高度，可能还加了偏振，获取z轴信息。": 3, - "parse": 12, - "deconvolution": 6, - "improves": 6, - "eisong": 3, - "hiqun": 3, - "iuju": 3, - "iaoshuai": 3, - "hijia": 3, - "ulin": 6, - "uohua": 3, - "henqian": 3, - "ingxu": 9, - "een": 3, - "hunyan": 9, - "unlong": 6, - "usheng": 3, - "huwen": 3, - "iwang": 3, - "anquan": 12, - "ianyong": 3, - "aoquan": 27, - "anmei": 3, - "aoiang": 3, - "iubin": 3, - "aoyu": 3, - "iangyi": 3, - "superresolutionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "nalytes": 6, - "riggered": 9, - "onformational": 6, - "oldecorated": 3, - "olidtate": 3, - "anopores": 3, - "andan": 6, - "aoran": 9, - "ongxin": 3, - "acssensorsc": 3, - "oldecoratedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "hanghao": 6, - "细胞膜": 18, - "ighdimensional": 3, - "heterogeneity": 3, - "subcellular": 9, - "eiqi": 3, - "ihan": 3, - "ingye": 3, - "aoqian": 3, - "iaowei": 12, - "ionghai": 3, - "ayong": 15, - "incite": 48, - "金大勇ayong": 3, - "in的相关工作，能够利用lipid的极性来看membrane的异质性分布和动态，跟许珂e": 3, - "u的一些工作anylchuk是类似的。": 3, - "hanga": 18, - "荧光偏振": 6, - "otational": 3, - "ranslational": 3, - "ynamics": 24, - "ingle": 66, - "olecules": 18, - "adially": 3, - "zimuthally": 3, - "olarized": 6, - "umeng": 6, - "eiyan": 3, - "ingting": 6, - "atthew": 51, - "ewcite": 3, - "acsnanolettc": 48, - "通过荧光偏振解析单分子的平动和转动，让我联想到一篇测定细胞力学方向的文章。lanchard": 3, - "纳米金刚石": 6, - "iocompatible": 9, - "anotomography": 6, - "ightly": 6, - "ocused": 6, - "ight": 15, - "anyou": 3, - "ingan": 6, - "iheng": 3, - "azhan": 3, - "iangfeng": 3, - "ucite": 36, - "大概是利用纳米金刚石实现了某种激光定位，用到了线虫。": 3, - "anoparticle": 21, - "internalization": 9, - "mature": 3, - "leaves": 3, - "atalie": 9, - "ebecca": 15, - "inals": 3, - "duardo": 3, - "onzálezrandío": 3, - "ozde": 3, - "emirer": 3, - "alwan": 3, - "utrus": 3, - "irine": 3, - "akra": 3, - "lores": 3, - "hai": 9, - "oung": 9, - "ark": 102, - "arkita": 3, - "andrycite": 3, - "张欢师姐大作，探究了纳米颗粒大小形貌对于植物细胞摄取效率的影响，虽然纳米金棒摄取效果好，但是": 3, - "的球形核酸的转染效率更高。为啥看这个呢，其实是茜姐说让我们跟张继超师兄之前一篇类似的工作比较一下hanga。其实比较高下，主要就三点：": 3, - "选题的重要性：前者是纳米材料的植物毒理学（negative": 3, - "expect）；后者是植物的纳米载体（positive": 3, - "expect）。": 3, - "工作的完成度：前者只做了一种材料，而且只看了个现象；后者比较充分地探究了尺寸形貌对载带效率的影响，并完成了si的递送。": 3, - "描述的准确性：前者摘要非常boring，直接泛泛而谈no": 3, - "effect就概括了，no": 3, - "surprise": 3, - "impressive；后者直接指出": 3, - "球形纳米金是": 3, - "nanocarrier，打开了": 3, - "的局面。": 3, - "选题的意义无所谓高下，因为想做什么题目和能做什么题目是多方面因素决定的。但是前一个工作确实没有在有限条件下做到最好，用一个纳米金就想以偏概全，然后又提出potential": 3, - "但是却不能更进一步。": 3, - "uperresolved": 9, - "apping": 18, - "eactive": 6, - "ulfuracancies": 6, - "woimensional": 15, - "etal": 3, - "ichalcogenides": 3, - "ihter": 3, - "zueng": 3, - "ichal": 3, - "acha": 3, - "rchith": 3, - "ayabharam": 3, - "arla": 3, - "anjac": 3, - "anfei": 3, - "henyu": 6, - "omtet": 3, - "arayana": 3, - "luru": 3, - "agalí": 3, - "ingenfelder": 3, - "ndras": 3, - "leksandra": 21, - "adenoviccite": 6, - "woimensionalpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "蛋白分选": 3, - "ranslocation": 3, - "athway": 3, - "esicleediated": 3, - "nconventional": 3, - "ecretion": 3, - "hulin": 3, - "uxin": 18, - "iachen": 3, - "ecite": 12, - "对于一些没有信号肽的胞浆蛋白，它们是怎么被分选和分泌的呢？这里发现一种方式，如上图所示，先跟这种蛋白结合，导致其解构，然后跟内质网上的蛋白单体结合，引起": 3, - "的聚集，形成通道，然后进入到腔内。注意好像还能拉扯。再腔内蛋白重新形成三级结构。": 3, - "tetrahedral": 6, - "nanostructurebased": 9, - "multifunctional": 3, - "onghui": 3, - "onghang": 3, - "enjuan": 12, - "anxin": 3, - "irong": 6, - "ianshun": 3, - "ueping": 6, - "ichen": 3, - "engting": 3, - "hiyu": 3, - "iaoxiao": 9, - "unfeng": 12, - "cryptography": 6, - "secure": 6, - "communication": 3, - "inan": 6, - "uajie": 6, - "nzo": 12, - "opperger": 12, - "iaoguo": 24, - "iye": 33, - "ihua": 33, - "ianhui": 6, - "riedrich": 24, - "immel": 18, - "hunhai": 81, - "communicationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ynamic": 57, - "tructures": 24, - "ingwei": 6, - "ue": 9, - "ueqin": 3, - "aofei": 3, - "engfei": 12, - "onggang": 24, - "tructurespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ransportation": 9, - "fate": 3, - "gold": 9, - "nanoparticles": 24, - "oilseed": 3, - "rape": 3, - "ichao": 3, - "li": 24, - "ldalbahi": 6, - "iguo": 6, - "enzhong": 3, - "hucite": 3, - "本组工作，用同步辐射看了一下纳米金对于植物的毒理学，结论是没什么影响。": 3, - "xcitedtate": 6, - "onformationallectronic": 6, - "esponses": 6, - "addlehaped": 6, - "′isubstitutedihydrodibenzo": 3, - "ici": 3, - "phenazines": 3, - "ideuning": 3, - "hite": 6, - "ombination": 3, - "uin": 3, - "uohun": 3, - "rei": 3, - "houcite": 15, - "jacsb": 24, - "pdfzoteroopenpdflibraryitems": 60, - "henghao": 3, - "halid": 30, - "alaitacite": 24, - "ncomms": 24, - "cellpdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "stranddisplacement": 3, - "reactions": 9, - "avid": 84, - "eeligcite": 3, - "nchem": 15, - "eraati": 9, - "motif": 12, - "nuclei": 6, - "ahdi": 3, - "angley": 3, - "eter": 54, - "chofield": 6, - "aron": 33, - "oye": 6, - "omain": 12, - "ouet": 3, - "ughes": 15, - "racy": 6, - "ryan": 6, - "arcel": 15, - "inger": 6, - "hristcite": 3, - "cellspdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "usko": 6, - "ealtime": 36, - "approximation": 6, - 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"隐含假设：不同的微生物生成的纳米金颗粒的特征存在差异。这种差异可以通过综合纳米金的各种表征结果（、ize、eta电势、吸收波长）等体现出来。": 3, - "iosynthetic": 3, - "这个领域，还是有一些丰富的研究。虽然这种": 3, - "的形貌没有那么均一和完美。但是其复杂的特征，更容易应用机器学习的方式去寻找区别。": 3, - "感觉表征的contribution更大一些。": 3, - "作者试图从分子的角度去解释一下，认为一些bioactive": 3, - "在发挥作用。差异性是这些": 3, - "的丰度带来的。": 3, - "：主成分分析，无监督，找最重要的特征，实现数据降维（方差最大化）和聚类": 3, - "：线性判别降维，同一类数据尽可能的紧凑，不同类的数据尽可能分散": 3, - "orest：随机森林指的是利用多棵树对样本进行训练并预测的一种分类器（决策树）": 3, - "inglemolecule": 45, - "nonlinear": 6, - "inverse": 6, - "problem": 6, - "hmed": 6, - "lmokademcite": 3, - "pnas": 39, - "problempdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "oun": 6, - "icroatterned": 3, - "overslips": 3, - "anoimprint": 3, - "ithography": 3, - "rift": 18, - "orrection": 9, - "eoan": 3, - "uji": 3, - "shitsuka": 3, - "haoyi": 3, - "elvincite": 6, - "jbpj": 57, - "otapan": 6, - "ynthesis": 12, - "pyrrolidinyl": 6, - "carrying": 3, - "clicked": 3, - "label": 6, - "attawut": 3, - "hayan": 6, - "haroenpakdee": 3, - "awinee": 3, - "athanathavorn": 3, - "oonsong": 3, - "itmangklo": 3, - 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"halil": 6, - "bnouscite": 6, - "jijbiomac": 3, - "reviewpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "valence": 6, - "bonds": 6, - "singlestranded": 6, - "encoders": 3, - "uangbao": 3, - "iaoliang": 3, - "hibei": 6, - "hilei": 30, - "aghu": 3, - "radeep": 3, - "arayanan": 3, - "ewight": 3, - "illiams": 6, - "iaolei": 24, - "eringa": 3, - "encoderspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "angc": 9, - "细胞": 21, - "eciphering": 3, - "signaling": 15, - "networks": 6, - "massively": 9, - "biosensor": 9, - "barcoding": 6, - "eiu": 6, - "essica": 12, - "aki": 3, - "akayanagi": 3, - "ablo": 15, - "glesias": 3, - "huansiang": 3, - "uangcite": 12, - "用细胞表达的蛋白做barcode，很有意思。": 3, - "angb": 21, - "sizes": 6, - "brickassisted": 3, - "centrifugation": 3, - "henyong": 3, - "aurie": 6, - "aifeng": 6, - "iancheng": 6, - "iong": 21, - "ongfei": 6, - "dwin": 3, - "hapman": 3, - "homas": 99, - "elia": 3, - "aratekin": 3, - "ongzhou": 9, - "henxiang": 21, - "brickassistedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "anga": 12, - "细胞间隙": 3, - "anoscopic": 3, - "rganization": 15, - "ynapse": 3, - "ommon": 3, - "asis": 3, - "ommunication": 15, - "iaojuan": 3, - "nnaertcite": 3, - "主要是对神经以及免疫细胞相互之间的一些连接结构的综述，比如突触结构，细胞间隙也就": 3, - "ntelligent": 15, - "anorobot": 30, - "utonomous": 9, - "nticoagulation": 3, - "inlin": 6, - "uemei": 6, - "angli": 3, - "ingzhi": 9, - "uaizhi": 3, - "siao‐chu": 3, - "nticoagulationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ileedased": 3, - "fficient": 9, - "air": 3, - "ssay": 6, - "ndoplasmic": 3, - "eticulum": 3, - "luidity": 3, - "higang": 3, - "oungjin": 3, - "oungin": 3, - "oon": 33, - "erwilst": 3, - "oo": 36, - "ae": 15, - "hulhun": 3, - "eung": 12, - "imcite": 12, - "asia": 3, - "robing": 15, - "anoscale": 36, - "iffusional": 3, - "eterogeneities": 3, - "embranes": 27, - "ultidimensional": 9, - "ingleolecule": 48, - "fieldaccessionnum": 69, - "imes": 69, - "ited": 69, - "amashita": 9, - "胞间连丝": 15, - "pecialized": 3, - "ytonemes": 3, - "ukiko": 3, - "ayu": 3, - "naba": 3, - "uszczakcite": 3, - "annurevcellbio": 3, - "细胞伸出的这种细丝，也可以进一步细分为多种方式，只有": 3, - "是真正联通的。": 3, - "amaguchi": 9, - "斑马鱼": 3, - "集群运动": 3, - "ear": 3, - "adherent": 3, - "aoya": 3, - "iyi": 6, - "eseo": 6, - "chneider": 15, - "iran": 12, - "aniele": 9, - "anozzo": 3, - "olger": 3, - "nautcite": 3, - "斑马鱼中的组织迁移过程中的机械力传导模型，感觉有点因果倒置了。": 3, - "细胞的这种迁移运动还是很缓慢的，最后还是得靠血液循环系统。所以血管才是高速通道啊！": 3, - "在胚胎发育中，心脏和原始血管算是最早开始的，可以说印证了那句老话，要想富，先修路。": 3, - "ub": 3, - "lectrochemical": 9, - "synthesis": 9, - "electrode": 3, - "scalability": 3, - "integrated": 3, - "hengtao": 3, - "hongli": 3, - "电化学方法直接合成与测序，用集成的方案解决存储两大难题。": 3, - "membraneanchored": 3, - "monitoring": 3, - "carbon": 3, - "monoxide": 3, - "huai": 12, - "ongen": 3, - "huangan": 3, - "iaoing": 12, - "rofiling": 15, - "eidong": 6, - "ingjie": 24, - "aicite": 15, - "创新点到底是什么": 63, - "把docking链变成anchor，让mi提供imager的结合位点": 3, - "有什么意义？": 63, - "将做成了一个mi的检测工具，可多色可计数。": 3, - "有什么潜力": 60, - "很好的一个单分子检测平台": 3, - "什么要素，技术，体系，研究对象？": 60, - "方块折纸，，mi": 3, - "主要目标和结论，以及优缺点分析？": 60, - "非常短小精悍的一篇文章，单分子检测的灵敏度基本在": 3, - "摘记": 9, - "变": 3, - "anchor，被检测的": 3, - "ligand": 6, - "提供": 3, - "结合位点，nice。另外": 3, - "marker也很好，有方向性。": 3, - "ngew": 3, - "hem": 12, - "ngl": 3, - "yss": 15, - "nstitute": 45, - "iologically": 15, - "nspired": 15, - "arvard": 27, - "oston": 27, - "orrelated": 6, - "semiconductor": 3, - "heterostructures": 3, - "eigao": 3, - "eiwei": 6, - "chmidt": 12, - "eijie": 3, - "imo": 3, - "aab": 24, - "arole": 3, - "iederichs": 3, - "eibo": 9, - "enis": 12, - "eletskiy": 3, - "iongcite": 3, - "semiconductorpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ationally": 3, - "rchitectures": 3, - "iosensing": 6, - "iantian": 9, - "inbin": 3, - "run": 6, - "ichard": 21, - "handrasekaran": 9, - "acschemrevb": 24, - "nanoscopy": 33, - "microbiology": 3, - "ves": 9, - "ufrenecite": 3, - "nmicrobiol": 3, - "ufrene": 3, - "ultiview": 3, - "icong": 3, - "iaofei": 3, - "ijun": 3, - "elissa": 3, - "lidewell": 3, - "onathan": 48, - "aniels": 3, - "iamin": 3, - "itas": 6, - "engupta": 6, - "eyuarez": 3, - "ischer": 15, - "kshay": 3, - "hristian": 63, - "ombs": 6, - "unhui": 3, - "ufeng": 6, - "hristensen": 3, - "orey": 15, - "ingyu": 3, - "ilun": 3, - "eighton": 3, - "uncan": 9, - "iji": 3, - "ommier": 3, - "uno": 6, - "urphy": 6, - "ougata": 3, - "rpita": 6, - "padhyaya": 3, - "olónamos": 3, - "atrick": 9, - "iviere": 3, - "ari": 15, - "hroffcite": 3, - "做了一个三目的confocal，也搞成了超分辨成像显微镜，也算是独树一帜了吧。注意这里用的": 3, - "holder，看上去就很厚实的样子。": 3, - "pigenetic": 6, - "fine": 6, - "tunes": 6, - "lisé": 3, - "ahmoud": 3, - "bdelhamid": 3, - "ichelle": 15, - "hiabor": 3, - "elanie": 3, - "rigg": 3, - "elly": 18, - "rving": 9, - "icole": 6, - "oë": 9, - "allercite": 6, - "nargkz": 9, - "ongsirojkul": 6, - "smoticensionnduced": 6, - "ateral": 21, - "ichaporn": 3, - "aofumi": 3, - "himokawa": 3, - "akorn": 3, - "paprakasit": 3, - "asahiro": 3, - "akagi": 6, - "sutomu": 6, - "amadacite": 6, - "acslangmuirb": 6, - "rganizationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ojcik": 3, - "ermi": 66, - "dimers": 6, - "arek": 3, - "ójcikcite": 3, - "dimerspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "oehrstein": 42, - "ohannes": 57, - "aximilian": 60, - "uvena": 3, - "sciadv": 3, - "利用方块折纸排布荧光分子构成了小于nm的metafluorophore": 3, - "可以精确调控「meta荧光团」颜色和亮度。": 3, - "作为标记还是太大，得选合适的对象。如果跟信息存储可能找到切合点。": 3, - "方块折纸": 3, - "就在方块折纸上排列组合荧光基团，甚至都不用超分辨，能够调制出来亮度颜色可区分的种颜色。": 3, - "dv": 3, - "inckler": 12, - "ligandactivated": 3, - "ascale": 6, - "ydia": 6, - "artigue": 3, - "regory": 48, - "iannone": 18, - "rancesca": 15, - "iorgi": 3, - "rancois": 6, - "chas": 6, - "eanaptiste": 15, - "ibarita": 9, - "rahim": 6, - "ounis": 6, - "aurent": 12, - "ognetcite": 6, - "srep": 9, - "lartigue": 3, - "lydia": 3, - "ognet": 3, - "ickham": 15, - "omplex": 24, - "multicomponent": 3, - "rendered": 3, - "barrel": 3, - "pegboard": 3, - "helley": 3, - "uer": 42, - "ianghong": 6, - "andhini": 3, - "onnuswamy": 3, - "chueder": 93, - "örg": 12, - "chnitzbauer": 24, - "havik": 6, - "athwani": 6, - "teven": 42, - "errault": 3, - "aeseung": 3, - "ahn": 3, - "eungwoo": 3, - "aartje": 6, - "astings": 3, - "arah": 30, - "elmig": 3, - "nne": 9, - "ouise": 6, - "odal": 6, - "hihcite": 3, - "用对筒状折纸进行成像。": 3, - "erbin": 15, - "aier": 12, - "vendaño": 12, - "erena": 3, - "ecker": 9, - "audenz": 9, - "anuser": 6, - "orgercite": 3, - "sy": 30, - "用xchange看多种受体酪氨酸激酶assembly": 3, - "对了解乳腺癌细胞的抗药性的分子机制有一定帮助": 3, - "一些受体分子在细胞表面的聚集和分布值得研究": 3, - "乳腺癌，受体酪氨酸激酶（），聚类分析，": 3, - "随机森林": 3, - "发现的异质性，和一些新的分子相互作用。不过感觉数据质量一般，分析难度较大。": 3, - "orger": 3, - "enter": 21, - "aboratory": 12, - "ystems": 21, - "edical": 21, - "eidemann": 9, - "diversified": 3, - "arsenal": 3, - "ücksch": 12, - "etra": 42, - "chwillecite": 18, - "jsbi": 3, - "microscopypdfzoteroopenpdflibraryitems": 21, - "patially": 3, - "esolved": 9, - "rror‐obust": 3, - "icro": 3, - "iving": 27, - "enhao": 9, - "uiting": 3, - "iangdan": 3, - "iping": 9, - "iqi": 6, - "aru": 3, - "ongcite": 15, - "又一种多色成像用于测定细胞中的工作。": 3, - "behaviour": 9, - "disordered": 6, - "underlying": 6, - "low": 12, - "permeability": 3, - "organelles": 6, - "ingzo": 3, - "hana": 3, - "lbaumarfinkle": 3, - "lex": 12, - "olehouse": 3, - "arlos": 15, - "hihsiung": 3, - "arina": 6, - "eric": 3, - "rnold": 3, - "odney": 3, - "riestley": 3, - "ohit": 6, - "appu": 3, - "lifford": 6, - "rangwynnecite": 3, - "highpdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "atson": 18, - "诺贝尔奖": 3, - "tructure": 30, - "eoxyribose": 3, - "rickcite": 3, - "双螺旋结构首次被提出，打开分子生物学大门。": 3, - "asim": 9, - "inglearticle": 18, - "urface": 24, - "aabiah": 3, - "ebhinn": 3, - "reanorcite": 3, - "稀土": 3, - "生物膜": 6, - "acterial": 15, - "iofilm": 3, - "nfections": 3, - "achineearningided": 3, - "anthanide": 3, - "huoran": 3, - "urong": 3, - "ubing": 6, - "anbing": 6, - "uancite": 6, - "用到了稀土材料，对细菌产生的生物膜做多色成像，还结合了机器学习来做数据分析。": 3, - "micro": 3, - "ncogenic": 6, - "icro‐dependent": 3, - "ctivities": 6, - "anipulate": 3, - "umorigenic": 3, - "nvironments": 3, - "ynergistic": 6, - "umor": 15, - "herapy": 27, - "iangdong": 3, - "ianfeng": 3, - "onghua": 3, - "ongkang": 3, - "ustin": 15, - "ooding": 12, - "anmin": 3, - "纳米金响应一些micro然后改变肿瘤微环境，实现癌症治疗。": 3, - "单分子": 15, - "转录": 3, - "transcription": 3, - "regulation": 9, - "uhui": 3, - "ulan": 3, - "engcite": 3, - "jydbio": 3, - "单分子水平看细胞转录调控的综述。": 3, - "angd": 6, - "construction": 3, - "ongia": 3, - "ihen": 3, - "na": 15, - "uni": 3, - "eing": 3, - "dsca": 3, - "ourney": 3, - "anomotors": 3, - "rinciples": 12, - "hallenges": 9, - "ritical": 3, - "eview": 3, - "tateofthert": 3, - "adhm": 3, - "ubular": 6, - "anodevice": 6, - "sihemorug": 3, - "odelivery": 3, - "ehicle": 3, - "ombined": 6, - "haoran": 3, - "engsong": 3, - "haoli": 12, - "iashu": 3, - "ingcite": 12, - "esearch": 12, - "uejing": 3, - "eili": 3, - "iaojun": 3, - "onviolent": 3, - "elfatabolic": 3, - "zyme": 12, - "anosponges": 3, - "mart": 6, - "nticancer": 3, - "rug": 15, - "elivery": 36, - "uimin": 6, - "hizhen": 6, - "uomeng": 3, - "iaoqing": 6, - "acsnanob": 21, - "otions": 6, - "rigami": 42, - "anomachines": 3, - "ptasensor": 6, - "xpanded": 6, - "ucleotide": 6, - "anotetrahedra": 6, - "ancerous": 3, - "xosomes": 3, - "iqin": 6, - "huo": 9, - "ena": 3, - "ansiz": 3, - "uling": 3, - "iyang": 3, - "forpdfzoteroopenpdflibraryitems": 18, - "euronal": 12, - "issues": 3, - "oah": 9, - "onoghue": 3, - "chackmann": 3, - "ason": 15, - "oeller": 3, - "illberg": 6, - "emian": 6, - "ylvain": 3, - "apan": 3, - "oyden": 6, - "oan": 6, - "rugge": 3, - "ascal": 3, - "aeser": 3, - "arit": 12, - "gasti": 24, - "acsnanolettb": 54, - "用的置换代替抗体的多轮标记": 3, - "只需一轮免疫标记，后续都是置换链，加速了经典的基于抗体免疫的sequential多色荧光成像": 3, - "适用于复杂细胞和组织样本的多色成像": 3, - "抗体，免疫，细胞，神经组织": 3, - "这篇文章本质上就是把xchange换了一个说法，或者说找了传统的": 3, - "成像方法作为对手，向生物学家们突出了该技术“快”的优势。这种包装的思路让人叹服。": 3, - "ano": 15, - "ett": 12, - "arren": 12, - "lpert": 3, - "rown": 15, - "rovidence": 3, - "hode": 3, - "sland": 3, - "nited": 6, - "tates": 6, - "ocalization": 42, - "eventsbased": 6, - "correction": 27, - "redundant": 3, - "crosscorrelation": 6, - "algorithm": 3, - "ina": 21, - "oerg": 21, - "ueming": 6, - "ifan": 6, - "heni": 3, - "量子点": 12, - "uantum": 18, - "ots": 9, - "ilbert": 6, - "ruhwirth": 3, - "ony": 6, - "otspdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "利用量子点自身闪烁特性还有像散的方法做的一个三维成像": 3, - "yosinriven": 3, - "heat": 3, - "erm": 3, - "gglutinin": 3, - "uman": 12, - "hiang": 9, - "huin": 6, - "hiuan": 3, - "hiing": 3, - "ongu": 3, - "aien": 6, - "nnr": 3, - "量子点上修饰了麦芽凝集素，然后在细胞间通过来实现转运并观察。": 3, - "olorimetric": 3, - "ead": 3, - "ons": 9, - "anomolar": 3, - "imit": 3, - "unable": 9, - "ange": 9, - "idong": 3, - "eon": 18, - "zyme在有": 3, - "离子的条件下，切割": 3, - "释放了": 3, - "mer": 3, - "的ss": 3, - "能够阻止": 3, - "在高盐条件下的聚集，用这种方式做某种": 3, - "detection？": 3, - "频率编码": 3, - "inetics": 9, - "rsolya": 9, - "hilipp": 36, - "ickels": 18, - "ebastian": 27, - "tehr": 27, - "tein": 27, - "ahipal": 12, - "anji": 12, - "einrich": 15, - "rabmayr": 9, - "chwille": 15, - "ungmanncite": 51, - "对中的结合频次做barcoding": 3, - "证明了频率编码的可行性并实现了种靶标的同时检测": 3, - "在超多分子靶标检测上可能有用，另外这么强的编码空间或许可以考虑应用到存储上": 3, - "方块折纸，docking链数量": 3, - "从文中得知两倍以上的docking位点数目才能造成清晰的结合频率分布差异，这个对于我们后续设计频率索引有重要参考作用。": 3, - "pr": 9, - "hysics": 18, - "anoscience": 12, - "udwig": 9, - "unich": 21, - "ermany": 30, - "从docking链和imager链长短数量上设计实现频率编码。": 3, - "orselen": 9, - "icroparticle": 3, - "exertion": 3, - "immune": 9, - "cell–target": 3, - "aan": 6, - "iguel": 6, - "esus": 3, - "avak": 3, - "hah": 15, - "ooter": 3, - "organ": 3, - "ulie": 15, - "heriotcite": 3, - "voniezmanna": 3, - "von": 15, - "iezmann": 6, - "oav": 15, - "hechtman": 12, - "oernercite": 15, - "voniezmann": 6, - "exy": 3, - "vonhamiera": 3, - "emocratising": 6, - "eroostic": 3, - "ucas": 6, - "hamier": 3, - "aine": 9, - "ohanna": 9, - "ukkala": 3, - "hristoph": 33, - "rentzel": 3, - "lias": 6, - "ehme": 3, - "erche": 3, - "ara": 3, - "ernándezérez": 3, - "ieta": 3, - "attila": 3, - "leni": 3, - "arinou": 3, - "éamus": 3, - "olden": 3, - "hmet": 3, - "olak": 3, - "rull": 3, - "imliver": 3, - "uchholz": 3, - "artin": 36, - "oïc": 3, - "oyer": 3, - "eterrier": 6, - "ug": 12, - "eilemann": 21, - "uillaume": 9, - "acquemet": 6, - "icardo": 12, - "enriquescite": 6, - "eroosticpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "vonulow": 3, - "cluster": 6, - "determines": 6, - "viscosity": 9, - "dense": 18, - "solutions": 6, - "ören": 3, - "ülow": 3, - "arc": 12, - "iggel": 3, - "inke": 6, - "erhard": 6, - "ummercite": 3, - "proteinpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ignais": 9, - "onnections": 3, - "ffects": 6, - "itochondrial": 6, - "rafficking": 3, - "etabolism": 3, - "omeostasis": 3, - "arieuce": 3, - "ndrés": 6, - "aicedo": 3, - "eanarc": 3, - "rondello": 3, - "orgensencite": 3, - "示意图不错，专门介绍这个概念。": 3, - "ictoria": 9, - "lysosome": 6, - "spread": 6, - "prionlike": 3, - "lysosomes": 6, - "mplications": 6, - "neurodegenerative": 3, - "diseases": 3, - "uiliana": 3, - "oraya": 3, - "jcb": 15, - "ergauwe": 6, - "odification": 6, - "nzyme": 12, - "ctivity": 18, - "ibrational": 45, - "trong": 9, - "oupling": 18, - "ater": 3, - "obrecht": 3, - "noop": 3, - "alaivanan": 3, - "agarajan": 3, - "tef": 3, - "halabney": 3, - "ino": 9, - "hibault": 3, - "hervy": 3, - "arcus": 3, - "eidel": 3, - "loïse": 3, - "evaux": 3, - "ladimir": 21, - "orbeev": 3, - "bbesencite": 3, - "aterpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "atan": 6, - "olumetric": 6, - "serial": 3, - "ultrasectioning": 3, - "reconstruction": 6, - "neural": 6, - "arlan": 3, - "acqueline": 3, - "inehart": 3, - "henghang": 3, - "atsal": 3, - "garwal": 3, - "erry": 9, - "olenso": 6, - "peercite": 3, - "jxpro": 3, - "脑组织超分辨成像的protocol，作图不错。": 3, - "vanee": 6, - "ompleting": 6, - "canvas": 3, - "advances": 3, - "aman": 15, - "ilius": 24, - "hirlmin": 15, - "oocite": 9, - "jtibs": 6, - "canvaspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "andenberg": 6, - "ffect": 18, - "edeckercite": 3, - "accuracypdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "超分辨与探针扩散性": 3, - "这种超分辨成像的原理我不是很清楚，但似乎比较适合细胞成像，然后probe的扩散性是好的feature，从上图来看。": 3, - "hlig": 6, - "onitoring": 6, - "detachment": 6, - "thermoresponsive": 3, - "surfaces": 6, - "atja": 3, - "ischerhoff": 3, - "eanrancois": 3, - "utz": 27, - "ndre": 6, - "aschewsky": 3, - "agnus": 6, - "aeger": 3, - "ndreas": 18, - "ankenau": 3, - "laus": 21, - "uschlcite": 3, - "csmh": 3, - "用看了一下细胞在共聚物修饰的基底面上的": 3, - "过程。": 3, - "uriv": 6, - "ollective": 6, - "eorientations": 6, - "olloids": 6, - "ematic": 3, - "iquid": 3, - "rystal": 3, - "azo": 3, - "rodin": 3, - "ev": 12, - "eiffenrath": 3, - "azarenko": 3, - "avrentovichcite": 3, - "inpdfzoteroopenpdflibraryitems": 9, - "ournier": 12, - "iffusion": 48, - "tensor": 6, - "beyond": 6, - "ensor": 6, - "eyond": 3, - "acquesonald": 3, - "usumu": 3, - "ori": 3, - "eemanscite": 3, - "mrm": 3, - "beyondpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "orelli": 6, - "ontrolled": 12, - "ybridization": 12, - "manuela": 6, - "onica": 3, - "arini": 6, - "abrina": 6, - "almano": 3, - "uca": 9, - "iantanida": 6, - "esare": 3, - "olano": 3, - "lice": 9, - "carpellini": 3, - "azzarino": 3, - "iuseppe": 9, - "irraocite": 3, - "iwari": 9, - "ole": 3, - "iral": 9, - "nfection": 3, - "eurodegenerative": 3, - "isease": 6, - "aibhav": 3, - "aghuram": 3, - "oganti": 3, - "reer": 3, - "ussell": 6, - "nanya": 3, - "harma": 12, - "eepak": 3, - "huklacite": 3, - "fimmu": 3, - "综述了细胞在疾病感染，神经退行性疾病和癌症方面的作用。": 3, - "inevez": 12, - "rackate": 3, - "extensible": 6, - "platform": 27, - "eanves": 6, - "chindelin": 3, - "enevieve": 3, - "oopes": 3, - "eynolds": 3, - "mmanuel": 9, - "aplantine": 3, - "ednarek": 3, - "pencer": 9, - "horte": 6, - "evin": 48, - "liceiricite": 3, - "jymeth": 21, - "iana": 15, - "obotic": 3, - "anobee": 3, - "ctive": 15, - "argeting": 18, - "exuan": 3, - "anjing": 3, - "enyu": 3, - "adfm": 3, - "hubagere": 6, - "cargosorting": 9, - "nupama": 3, - "ohnson": 6, - "ibo": 3, - "oroudi": 3, - "zatt": 3, - "ittman": 3, - "iranjan": 3, - "rinivas": 6, - "amien": 6, - "oods": 3, - "infree": 3, - "ulu": 3, - "scienceaan": 6, - "robotpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "hornburg": 6, - "单细胞模拟": 3, - "undamental": 3, - "behaviors": 3, - "emerge": 3, - "simulations": 3, - "minimal": 6, - "ane": 3, - "ianchi": 3, - "roy": 3, - "rier": 3, - "enjamin": 27, - "yler": 3, - "arnest": 3, - "arcelo": 6, - "elo": 3, - "ataliya": 3, - "afronova": 3, - "áenz": 3, - "ndrás": 3, - "ook": 3, - "ise": 3, - "lyde": 3, - "utchison": 3, - "amilton": 3, - "aida": 3, - "utheychultencite": 3, - "好家伙直接模拟最小的单细胞里边的分子。涉及到非常多的数学，还有生化反应。": 3, - "hiele": 9, - "onfocal": 9, - "luorescenceifetime": 6, - "ominic": 9, - "elmerich": 3, - "azar": 6, - "leksiievets": 6, - "oman": 9, - "sukanov": 6, - "ugenia": 3, - "utkevich": 3, - "auer": 42, - "leksii": 6, - "evskyi": 3, - "nderleincite": 12, - "icroscopypdfzoteroopenpdflibraryitems": 24, - "hal": 9, - "abeling": 18, - "leg": 3, - "ovtun": 3, - "andra": 6, - "osenthalcite": 3, - "llptical": 6, - "eometry": 6, - "ené": 3, - "erhoef": 3, - "euwer": 3, - "ijlstracite": 3, - "acsjpccb": 3, - "uperesolutionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "avakoli": 9, - "orona": 3, - "ipidased": 3, - "itreous": 3, - "harmacokinetic": 3, - "onsiderations": 3, - "hirin": 3, - "tto": 3, - "alevi": 3, - "iina": 3, - "urunen": 3, - "atu": 3, - "ajunen": 3, - "echthild": 3, - "chmitt": 3, - "ehtinen": 3, - "umitaka": 3, - "asaka": 3, - "etteri": 3, - "arkkila": 3, - "oseph": 27, - "dika": 3, - "apani": 3, - "iitala": 3, - "arri": 3, - "lenius": 3, - "rto": 3, - "rtti": 3, - "strid": 6, - "ubrizicite": 3, - "asso": 15, - "anoaint": 3, - "ool": 6, - "tructural": 12, - "lasticity": 6, - "ariana": 12, - "icolas": 18, - "equeux": 3, - "solt": 9, - "enkei": 6, - "alacite": 3, - "ala": 6, - "uper‐oft": 3, - "uper‐lastic": 3, - "obot": 6, - "agnetically": 3, - "riven": 3, - "avigational": 3, - "ocomotion": 3, - "onfined": 6, - "pace": 3, - "ianpu": 3, - "unghwan": 3, - "ubnanometer": 6, - "imagingpdfzoteroopenpdflibraryitems": 18, - "akao": 12, - "结构色": 6, - "olour": 3, - "ontrol": 21, - "erylene‐abeled": 3, - "olymer": 3, - "hains": 6, - "rapped": 3, - "anotextured": 3, - "ilicon": 3, - "yota": 3, - "enta": 3, - "shiro": 3, - "azuki": 6, - "usano": 3, - "en‐ichi": 3, - "uyama": 3, - "atsuya": 3, - "hoji": 3, - "enver": 3, - "inklater": 3, - "lena": 6, - "vanova": 3, - "aulius": 3, - "uodkazis": 3, - "asuyuki": 3, - "suboicite": 3, - "一个表界面结构针对不同底物产生不同颜色的工作。": 3, - "ressuredependent": 6, - "quadruplex": 6, - "ugimotocite": 3, - "structurespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "adeus": 6, - "配准": 3, - "软件": 3, - "imixeri": 3, - "—a": 3, - "versatile": 3, - "tool": 3, - "demixing": 6, - "eorgi": 3, - "ndré": 3, - "ampe": 9, - "chmoranzercite": 6, - "一个软件，可以解决多色分屏同时成像时的通道配准问题": 3, - "winehart": 6, - "eerambert": 3, - "aw": 6, - "winehartcite": 3, - "edp": 3, - "wiatlowska": 9, - "ools": 3, - "studying": 9, - "modulating": 3, - "cardiac": 3, - "muscle": 3, - "mechanics": 3, - "mechanosensing": 3, - "across": 18, - "scales": 3, - "amela": 3, - "skratschcite": 3, - "undah": 6, - "arcoded": 3, - "profiling": 3, - "icholas": 12, - "eok": 3, - "uginia": 3, - "atalia": 6, - "ianguang": 3, - "eet": 3, - "hing": 3, - "ze": 3, - "uilin": 3, - "haocite": 15, - "unbul": 9, - "rhodaminebinding": 6, - "urat": 3, - "ens": 15, - "ackner": 3, - "nnabell": 3, - "nglert": 3, - "acene": 3, - "ranziska": 3, - "rün": 3, - "ienhaus": 9, - "lrich": 12, - "ndres": 6, - "äschkecite": 6, - "fastpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ctivated": 15, - "modes": 9, - "tipenhanced": 6, - "spectroscopy": 54, - "engtao": 3, - "urui": 3, - "ongxing": 3, - "hysev": 3, - "amanpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "tubb": 9, - "luctuationased": 3, - "orce": 33, - "ki": 3, - "itro": 6, - "iihkinen": 3, - "ellyeh": 3, - "amidi": 3, - "amilo": 3, - "uzmán": 3, - "enriques": 6, - "vaskacite": 3, - "trom": 6, - "扩散系数": 3, - "drives": 9, - "heterochromatin": 6, - "domain": 6, - "melyanov": 3, - "ustafa": 15, - "ir": 6, - "mitry": 3, - "yodorov": 3, - "avier": 12, - "arzacq": 3, - "ary": 6, - "arpencite": 3, - "formationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "蛋白质扩散系数改变，影响相分离过程。": 3, - "tride": 6, - "ntermolecular": 21, - "allin": 3, - "pali": 3, - "ayasooriyacite": 3, - "resonancepdfzoteroopenpdflibraryitems": 9, - "更短的imager和简并设计的靶标序列实现百倍加速的": 3, - "使更加成熟和被广泛应用": 3, - "可以更快地对复杂生物样品进行成像或许可以减少过长时间激光照射造成的样品损伤": 3, - "er": 6, - "cet": 3, - "一轮成像分钟已经很不错了，但是一般实验室很难复现。": 3, - "通过序列简并设计，一个": 3, - "sequence上存在个": 3, - "的结合位点，从而实现，结合各种其它优化累积，比最原始的要百倍快。。": 3, - "ethods": 12, - "aculty": 6, - "traussa": 9, - "odified": 12, - "enable": 12, - "quantitative": 15, - "ilma": 6, - "imenez": 18, - "abinina": 6, - "llenberg": 12, - "hashi": 9, - "ebojsa": 9, - "anjic": 9, - "uantifying": 21, - "absolute": 6, - "aas": 18, - "resolutionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "trahl": 6, - "homologue": 6, - "organizes": 6, - "bacterial": 18, - "enrik": 9, - "rank": 15, - "ürmann": 3, - "eendert": 3, - "amoencite": 3, - "membranepdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "tone": 12, - "hedding": 3, - "lasma": 9, - "helby": 9, - "eatchcite": 3, - "eatch": 3, - "araheatch": 3, - "tommer": 6, - "tubular": 6, - "transport": 9, - "ierre": 6, - "tömmer": 3, - "iefer": 3, - "onemann": 3, - "assimo": 3, - "ube": 3, - "oland": 3, - "etz": 3, - "endrik": 15, - "ietzcite": 9, - "用折纸辅助制造了膜管道结构模型，是个不错的选择。": 3, - "综述": 3, - "life": 3, - "ottanellicite": 3, - "abac": 3, - "简单综述了一下的活细胞和多色成像方面的进展": 3, - "ournal": 3, - "pplied": 3, - "oward": 6, - "bsolute": 6, - "umbers": 6, - "chueler": 3, - "lumhardt": 15, - "tehra": 6, - "单颗粒示踪": 6, - "ulian": 12, - "iederauer": 3, - "ristina": 6, - "anzinger": 3, - "ungmann等发展用于单颗粒示踪。": 3, - "lattop": 6, - "boosts": 9, - "quantification": 3, - "quantificationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "receptors": 9, - "arol": 3, - "urchenko": 3, - "tephen": 9, - "arshall": 3, - "fluorescentpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "peiser": 9, - "rtur": 3, - "ucasaphael": 3, - "üller": 3, - "oess": 6, - "lf": 12, - "atti": 9, - "bara": 3, - "esley": 9, - "egant": 3, - "nna": 30, - "reshuk": 3, - "akob": 6, - "acke": 3, - "uragacite": 3, - "holeell": 6, - "xchangeable": 6, - "luorophores": 3, - "rimm": 6, - "arko": 6, - "eilemanncite": 12, - "luorophorespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "coli": 12, - "nucleoid": 3, - "athilda": 3, - "laesmann": 3, - "nthony": 15, - "yala": 3, - "使用ileed和oechst染料对大肠杆菌做超分辨成像": 3, - "有助于以更高的分辨率了解细菌和核区的相互作用": 3, - "解析细菌耐药性的分子机制": 3, - "大肠杆菌，聚合酶，ileed，oechst": 3, - "别人都看哺乳动物细胞，此文看细菌，虽然也没有多少细节，但是用到的染料和技术体系都非常简单（最原始的，染料结合上特定结构才发光），而且也得到了一些视觉效果还不错的结果。": 3, - "hysical": 6, - "heoretical": 6, - "oetheniversity": 6, - "rankfurt": 6, - "axvonauetr": 3, - "owinski": 9, - "ptimized": 9, - "tefanie": 3, - "uhaatti": 3, - "lakoskela": 3, - "lare": 9, - "olly": 6, - "成像方法的改进。": 3, - "oundaraajan": 6, - "间充质干细胞": 6, - "anotubesediated": 3, - "rotection": 3, - "esenchymal": 6, - "tem": 6, - "pdate": 3, - "reclinical": 3, - "tudies": 9, - "hangavelu": 3, - "oundara": 3, - "ajan": 3, - "gnese": 3, - "ugliandolo": 3, - "lacido": 3, - "ramanti": 3, - "azzoncite": 3, - "ijms": 9, - "间充质干细胞的研究很多啊。": 3, - "oundararajan": 6, - "核酸适配体": 9, - "ucleolin": 3, - "estabilizes": 3, - "icli": 3, - "essenger": 3, - "reast": 6, - "ridharan": 3, - "leanor": 3, - "picer": 3, - "igel": 6, - "ourtenayuck": 3, - "ernandescite": 3, - "不仅能靶向": 3, - "nucleolin": 12, - "蛋白，还能感染乳腺癌细胞中": 3, - "cl": 3, - "基因的m，影响其翻译。": 3, - "ontakke": 6, - "水凝胶": 3, - "rogrammable": 12, - "acroscopic": 3, - "elfssembly": 3, - "ecorated": 3, - "ydrogels": 3, - "yankat": 3, - "ohei": 6, - "okobayashicite": 3, - "在水凝胶表面修饰一层当作特异性的胶水实现所谓的组装，其实挺无聊的。": 3, - "淀粉样蛋白": 3, - "uperiffusion": 3, - "ligomerization": 3, - "ibrillation": 3, - "myloidβ": 3, - "eptide": 9, - "along": 9, - "uhang": 6, - "acsmacrolettc": 3, - "人造的一个": 3, - "的膜管道，看造成老年痴呆的多肽分子在其中的运动。": 3, - "bulk": 9, - "enzyme": 6, - "heterojunctions": 6, - "uwen": 3, - "ekai": 3, - "aijun": 6, - "ianbang": 12, - "withpdfzoteroopenpdflibraryitems": 18, - "ommi": 6, - "微绒毛": 3, - "细胞摄取": 3, - "icrovilli": 3, - "lternative": 3, - "oute": 9, - "nternalization": 3, - "atrizia": 3, - "gostina": 3, - "itali": 3, - "tefania": 3, - "oniglio": 3, - "allegari": 3, - "ofia": 9, - "arbieri": 12, - "lberto": 15, - "asu": 9, - "ndrea": 12, - "alqui": 3, - "orenzo": 33, - "igano’": 3, - "arbara": 6, - "igani": 3, - "ranca": 3, - "errari": 6, - "mberto": 3, - "nselmiamburinicite": 3, - "细胞中很常见的微绒毛也能摄取一些纳米颗粒，这里提出了这样一种基质。注意并不是直接从微绒毛部位，微绒毛的作用看上去更像是捕获，最终还是一个内吞。微绒毛的作用感觉是sensing和摄取一些营养小分子之类的，对微绒毛的研究有时间可以进一步了解一下。": 3, - "ogratedrissi": 15, - "ultiarget": 3, - "igh": 12, - "esolution": 15, - "inimal": 3, - "isplacement": 6, - "rrors": 3, - "hama": 6, - "sbaner": 3, - "ggertartinez": 3, - "nderlein": 3, - "elipe": 9, - "pazocite": 3, - "用nanobody和靶标链偶联对目标分子进行标记": 3, - "减少了普通抗体造成的位阻效应（从nm变成nm）": 3, - "适合对更精细的细胞内分子结构进行成像": 3, - "线粒体，nanobody，高尔基体，染色质，微流控": 3, - "这里也用到了自动化的xchange，看来是一种趋势。另外": 3, - "可能制备上可能有难度且特异性也未必有保障。": 3, - "pazo": 3, - "euro": 3, - "ensory": 3, - "hysiology": 3, - "öttingen": 6, - "shamasograteidrissimedunigoettingende": 3, - "oete": 6, - "数据存储": 3, - "ewritable": 3, - "acromolecular": 3, - "ead‐out": 3, - "atthieu": 18, - "ruycker": 3, - "ilip": 6, - "rezcite": 3, - "用高分子和质谱的方式做存储。": 3, - "hotothermal": 6, - "ransport": 18, - "ntropyandscape": 6, - "lasmonic": 9, - "aveguides": 3, - "ameron": 9, - "nil": 3, - "hilsted": 3, - "edersen": 3, - "omas": 6, - "oungman": 3, - "yrnum": 3, - "icolai": 3, - "ichaelsen": 3, - "odolphe": 15, - "arie": 12, - "nders": 6, - "ristensencite": 3, - "aveguidespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "achineearningased": 6, - "pproach": 12, - "ecode": 6, - "nfluence": 9, - "anomaterial": 3, - "roperties": 3, - "heir": 3, - "nteraction": 6, - "jay": 3, - "ikram": 3, - "omiingh": 3, - "aharjan": 3, - "nurag": 6, - "anase": 3, - "atherina": 3, - "iewert": 3, - "osenkranz": 3, - "ishabh": 3, - "aux": 6, - "uchcite": 3, - "acsamic": 3, - "anomaterialpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "prises": 3, - "immelcite": 6, - "jmolmed": 3, - "imunovic": 6, - "controls": 3, - "curvaturegenerating": 3, - "ijo": 3, - "othcite": 3, - "impson": 3, - "etermining": 9, - "aggregation": 3, - "ordered": 12, - "ndr�": 3, - "impsoncite": 3, - "mrc": 3, - "imeth": 3, - "界面吸附": 6, - "ump": 6, - "acilitates": 3, - "dsorption": 12, - "quilibrium": 6, - "adja": 3, - "imethcite": 3, - "在表面搞了一个所谓的分子pump，可以吸附分子，该过程不可逆。参考文献enga。": 3, - "fish": 3, - "mechanically": 12, - "lock": 6, - "surface。": 3, - "igal": 9, - "超分辨成像": 18, - "突触": 3, - "ynaptic": 6, - "ields": 3, - "eurons": 3, - "peer": 3, - "azen": 3, - "abcock": 3, - "huangcite": 6, - "庄小威对神经元突触的超分辨成像。": 3, - "hrestha": 9, - "tensionprobe": 3, - "nanoswitch": 3, - "calipers": 3, - "rakash": 6, - "oma": 9, - "omov": 6, - "aconald": 3, - "ard": 6, - "ans": 6, - "ergal": 3, - "lisha": 3, - "rieg": 3, - "erkan": 3, - "abi": 3, - "ohnsonuck": 6, - "力学探针": 3, - "hkirman": 6, - "ermitype": 6, - "quasilinear": 6, - "spectra": 6, - "triazatetrabenzoporphine": 3, - "olovyovcite": 3, - "ofpdfzoteroopenpdflibraryitems": 24, - "bacteria": 6, - "用基因编辑的办法把信息存入大肠杆菌中。": 3, - "ul": 6, - "enetics": 6, - "venue": 3, - "ouis": 3, - "asteur": 3, - "assachusetts": 18, - "hin": 21, - "ecrease": 9, - "fluidity": 9, - "induced": 12, - "silicacoated": 3, - "bdurazak": 3, - "man": 3, - "etebo": 3, - "eungah": 3, - "eong": 21, - "haherin": 3, - "asith": 3, - "alachandran": 3, - "anavalan": 3, - "yeon": 9, - "won": 9, - "ungsu": 3, - "wang": 3, - "eecite": 15, - "silicacoatedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "用上图所示的微柱测量细胞的traction": 3, - "变化，发现磁性纳米颗粒能够导致细胞运动能力下降。": 3, - "uantification": 12, - "purified": 6, - "endogenous": 6, - "mis": 6, - "oochul": 3, - "oonseok": 6, - "eesoo": 3, - "hm": 3, - "inseok": 3, - "oomin": 3, - "iyoung": 3, - "herlhyun": 3, - "ioon": 3, - "arry": 6, - "ungchul": 9, - "ohngcite": 6, - "andpdfzoteroopenpdflibraryitems": 33, - "higyou": 6, - "ensionnduced": 3, - "enetration": 3, - "articles": 9, - "iposome": 3, - "agai": 3, - "ma": 3, - "topology": 6, - "pswitched": 6, - "sensing": 6, - "ili": 3, - "nargkx": 6, - "reversiblepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "hepherd": 6, - "rcking": 3, - "stoiiometry": 3, - "simulatin": 3, - "flexible": 3, - "beginnerfriendly": 3, - "program": 3, - "ack": 6, - "iggins": 3, - "ollman": 3, - "eakecite": 3, - "一个单分子racking的基于python的软件包，据称是目前最好的算法，能够在富有挑战性的数据集上取得良好的效果。": 3, - "rom": 18, - "heory": 3, - "iophysical": 6, - "awrence": 6, - "auzin": 3, - "ashad": 3, - "aiyasi": 3, - "enxiao": 3, - "oringo": 3, - "huang": 18, - "hristy": 6, - "andescite": 6, - "heetz": 6, - "membrane–cytoskeleton": 3, - "heetzcite": 3, - "cellpenetrating": 3, - "lexey": 18, - "obin": 9, - "ochstrassercite": 9, - "bih": 3, - "idefield": 6, - "probespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "“imotif”": 6, - "aswinder": 3, - "ahul": 6, - "hhabra": 3, - "hanmughapriya": 9, - "线粒体": 18, - "nter": 3, - "ntracellular": 12, - "mitochondrial": 9, - "health": 3, - "disease": 3, - "anthanam": 3, - "ianne": 3, - "angford": 3, - "alimuthusamy": 3, - "atarajaseenivasancite": 3, - "jarr": 3, - "线粒体是能源供应者，哪里需要去哪里。他的转运和定位还是很重要的。": 3, - "haracterization": 12, - "onto": 6, - "pectroscopy": 24, - "ienhauscite": 6, - "acsaccountsb": 6, - "bypdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "haha": 6, - "arcodes": 15, - "halin": 9, - "bhishek": 6, - "ubey": 9, - "eifcite": 6, - "acssynbiob": 3, - "利用信号闪烁频率差异作为多色条形码": 3, - "给基于单分子定位的超分辨多色成像开辟了一个新的颜色编码维度": 3, - "进一步扩充类超分辨多色成像能力": 3, - "，六螺旋折纸，支持向量机": 3, - "仅利用了短单链": 3, - "imager与靶标链结合动力学差异，频率调制范围有限，而且调制精度较差。不过这个想法别出心裁可以借鉴。": 3, - "ynth": 3, - "iol": 3, - "eif": 3, - "lectrical": 3, - "omputer": 3, - "urham": 3, - "orth": 3, - "arolina": 6, - "ingerprinting": 3, - "ingerprintingpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ezgin": 9, - "easuring": 24, - "rdinc": 3, - "alk": 3, - "ilvia": 12, - "aliani": 3, - "ztok": 3, - "rbančič": 3, - "aithe": 6, - "agerholm": 3, - "ggelingcite": 3, - "iotifuplex": 6, - "unctions": 6, - "eutral": 6, - "srael": 9, - "erranohacón": 3, - "artomeu": 3, - "úria": 3, - "scaja": 3, - "onzálezcite": 3, - "ppdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "egel": 6, - "纳米载体": 3, - "ammalian": 12, - "retroviruslike": 3, - "pseudotyped": 3, - "lake": 9, - "lim": 3, - "adha": 3, - "ergei": 6, - "ekhedov": 3, - "hiannon": 3, - "acrae": 3, - "ugene": 9, - "oonin": 3, - "scienceabg": 3, - "张锋团队之前整出来的一个哺乳动物细胞m递送的纯生物表达的载体。": 3, - "egal": 9, - "ighthroughput": 6, - "aya": 6, - "ntonino": 3, - "ngargiola": 3, - "itan": 3, - "erner": 6, - "angoon": 3, - "hung": 18, - "treets": 3, - "eiss": 12, - "ichaletcite": 3, - "genes": 6, - "machines": 9, - "nanomechanical": 6, - "devices": 18, - "adrian": 3, - "eemancite": 3, - "machinespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "uper‐esolution": 9, - "patial": 18, - "roximity": 9, - "roximity‐": 3, - "uanita": 6, - "ara‐utiérrez": 3, - "andvold": 3, - "eckwith": 3, - "roximity‐pdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "‐arcoded": 6, - "mics": 3, - "duard": 6, - "nterauer": 3, - "pmic": 3, - "micspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "conditions": 3, - "ianca": 6, - "perl": 3, - "arautiérrez": 3, - "eliveau": 3, - "inem": 6, - "aka": 6, - "iroshi": 15, - "asaki": 3, - "结合转盘共聚焦和实现厚样品成像": 3, - "将的成像深度提高到um": 3, - "基本上已经可以对全细胞做超分辨成像了。": 3, - "confocal，，": 3, - "最基础的只能对界面附件的薄薄一层进行成像，使用转盘共聚焦后可以对任意位置进行照明。或许其它照明方式比如光片也是ok的。": 3, - "ec": 6, - "chroeder": 6, - "膜蛋白": 3, - "fibroblast": 3, - "assisted": 3, - "arieena": 3, - "arwardt": 3, - "ahm": 3, - "unqing": 3, - "reund": 3, - "用看细胞表面几种生长因子受体膜蛋白亚型的分布，纯粹是一个方法学的demo。对于我们后面细胞成像实验上更具有参考价值。": 3, - "chroder": 3, - "荧光基团": 3, - "闪烁": 3, - "ow": 3, - "orrelations": 3, - "ultichromophoric": 3, - "chröder": 3, - "chedlbauer": 3, - "upton": 3, - "innefeld": 18, - "ogelsangcite": 3, - "荧光分子会闪烁，如果因为靠得太近发生collective": 3, - "blinking，那么根据光子数来推断分子数目就会出错。此文用": 3, - "来精确控制距离，调控": 3, - "collective": 3, - "blinking，搞清楚了这种影响，并明确了能量的转移效率。": 3, - "chramm": 6, - "romoting": 15, - "ibrations": 18, - "unction": 12, - "nzymes": 6, - "merging": 3, - "xperimental": 9, - "onvergence": 3, - "ern": 3, - "chwartzcite": 15, - "acsbiochemb": 3, - "nzymespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "chlichthaerle": 54, - "nprot": 9, - "chnedermann": 6, - "vidence": 6, - "phasedependent": 6, - "isotope": 6, - "effect": 9, - "photochemistry": 3, - "vision": 3, - "iebel": 9, - "pillane": 3, - "ugtenburg": 3, - "ernández": 3, - "alentini": 3, - "chapiro": 3, - "livucci": 3, - "ukura": 3, - "athiescite": 3, - "photochemistrypdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "nanometerscale": 3, - "microsecondrange": 3, - "common": 3, - "obias": 18, - "eihs": 3, - "urm": 3, - "sabelle": 6, - "ansen": 6, - "asmin": 6, - "ehman": 3, - "teffen": 9, - "ahl": 12, - "tefan": 39, - "ellcite": 9, - "把做的更简单，这个": 3, - "的分辨率确实是厉害，然后还用到了这些组件，能够主动调整xyz实时追踪单颗粒，感觉这个器件以后都要成为标配了。": 3, - "细胞力学": 24, - "sensors": 6, - "aroline": 6, - "indner": 3, - "非常简单的发夹形cell": 3, - "probe，用超分辨的方式测量作用力。": 3, - "chlichthaerlea": 6, - "acterially": 6, - "erived": 6, - "ntibody": 12, - "inders": 6, - "mall": 9, - "dapters": 6, - "‐": 18, - "imbu": 3, - "cbic": 12, - "uclear": 6, - "enetically‐ncoded": 3, - "ijmeijer": 3, - "oritz": 3, - "ueblbeck": 3, - "ervis": 3, - "hevathasan": 3, - "singpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "itepecific": 6, - "ffimers": 6, - "lexandra": 9, - "iede": 6, - "listair": 6, - "urd": 15, - "eckham": 3, - "omlinson": 3, - "chermelleh": 9, - "demystified": 3, - "othar": 3, - "lexia": 3, - "errand": 3, - "ggeling": 6, - "liver": 12, - "iehlmaier": 3, - "regor": 6, - "rummencite": 3, - "demystifiedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "checkenbach": 18, - 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"aha": 18, - "mediate": 3, - "anmoy": 3, - "hinmayee": 3, - "uparoshni": 3, - "ayabalan": 3, - "achin": 3, - "histe": 3, - "ulkarni": 6, - "urmi": 3, - "ayanta": 3, - "ondal": 3, - "radip": 3, - "ajumder": 3, - "ditya": 6, - "ardia": 3, - "hiladitya": 3, - "enguptacite": 3, - "癌细胞通过纳米管通道窃取免疫细胞的线粒体。": 3, - "癌细胞能够从免疫细胞中窃取线粒体，通过胞间连丝这种通道。这可能是一种重要的免疫逃逸的方式。": 3, - "egatively": 3, - "harged": 3, - "ipid": 9, - "ilayers": 3, - "uffer": 3, - "smotic": 3, - "ressure": 6, - "amiron": 6, - "umar": 12, - "ayed": 3, - "lam": 3, - "hibly": 3, - "asahito": 6, - "amazakicite": 6, - "acsjpcbc": 3, - "abass": 9, - "omputational": 12, - "dvances": 9, - "enedikt": 12, - "argaret": 3, - "ardel": 3, - "aterman": 3, - "chwarzcite": 3, - "biophysj": 6, - "ustom": 9, - "anotubular": 3, - "ighways": 3, - "rganelle": 3, - "ainer": 6, - "affrich": 3, - "vanka": 3, - "arkovic": 3, - "alther": 6, - "ansermann": 3, - "erdescite": 3, - "最早提出概念的文章。": 3, - "udyak": 12, - "ependence": 6, - "nanofluids": 3, - "rasnolutskiicite": 3, - "jphysleta": 3, - "simulation": 6, - "fluids": 9, - "alery": 3, - "rasnolutskii": 3, - "vanovcite": 3, - "xploring": 6, - "urface–anopillar": 6, - "nteractions": 30, - "nish": 3, - "einab": 3, - "ahed": 3, - "hinging": 3, - "sai": 6, - "ianxiao": 3, - "纳米柱看细胞内吞的超分辨成像": 3, - "这也是一种": 3, - "成像方式，但是超分辨的引入带来了什么，似乎说能够对蛋白的clathrin内吞过程有了新的了解。": 3, - "ohng": 3, - "aekjip": 6, - "acite": 6, - "ogers": 12, - "nusual": 6, - "sothermal": 6, - "ysteresis": 6, - "ransitions": 3, - "tudy": 15, - "romoter": 3, - "equence": 3, - "leming": 3, - "ynthia": 3, - "urrowscite": 3, - "ransitionspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "odgers": 6, - "means": 6, - "hydrogenbonding": 6, - "infrared": 3, - "achel": 15, - "baskharon": 3, - "ianxin": 6, - "enkai": 3, - "twopdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "igler": 15, - "udolf": 6, - "lliot": 12, - "lsoncite": 6, - "spectroscopypdfzoteroopenpdflibraryitems": 12, - "modular": 3, - "iescite": 9, - "大佬开源的一个基于matlab的超分辨成像数据分析工具包。": 3, - "自相关": 3, - "bies": 3, - "iera": 12, - "glycan–lectin": 3, - "lyco": 3, - "oger": 6, - "ogervorst": 3, - "oelman": 3, - "ujals": 9, - "vangelia": 3, - "olli": 3, - "eroen": 3, - "odée": 3, - "ander": 3, - "asteren": 3, - "lbertazzicite": 9, - "xciton": 6, - "bsorption": 6, - "uminescence": 6, - "akhar": 3, - "vgeny": 3, - "horoshilov": 3, - "ndrey": 18, - "harkov": 3, - "omogaev": 3, - "uglak": 3, - "arnovsky": 3, - "lexei": 6, - "ononovcite": 3, - "einkemeier": 6, - "人工细胞器": 3, - "filmlike": 3, - "eukaryotic": 3, - "translation": 3, - "emkecite": 6, - "不同于以往简单的弄几个基因去表达翻译，这里设计了一个基于膜的翻译系统，可以理解为人工细胞器整体弄到细胞里面实现功能。": 3, - "angamani": 6, - "roteinnduced": 3, - "urvature": 3, - "lters": 3, - "admini": 3, - "ranthi": 3, - "andadap": 3, - "stercite": 3, - "uilding": 6, - "amid": 3, - "moleculespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "大佬给": 3, - "achine写的综述，介绍了年以前主要的进展": 3, - "ajwar": 6, - "anodevices": 6, - "rogram": 6, - "njali": 3, - "inod": 3, - "orya": 3, - "umit": 3, - "harbanda": 3, - "hiraj": 3, - "hatiacite": 3, - "一篇综述介绍纳米技术在细胞膜上的应用和进展，不错，跟我研究领域算是高度契合的。": 3, - "afiq": 6, - "initrogen": 6, - "erpyridineolybdenum": 6, - "hromophore": 6, - "witched": 6, - "esonance": 15, - "hahnawaz": 3, - "áté": 3, - "ezdek": 3, - "hirik": 3, - "cholescite": 3, - "jchempr": 9, - "hifting": 3, - "plasmonic": 18, - "coupling": 9, - "mirage": 3, - "ario": 12, - "ernando": 12, - "tefani": 12, - "edro": 12, - "纳米金会对荧光造成一些影响。": 3, - "ürgen": 3, - "chmied": 3, - "usuk": 3, - "cphc": 6, - "uinodoz": 6, - "染色质": 3, - "promotes": 3, - "compartments": 3, - "nucleus": 6, - "oanna": 9, - "achowicz": 3, - "rashant": 6, - "llikainen": 3, - "bhik": 3, - "anerjee": 6, - "sabel": 9, - "oronzy": 3, - "lanco": 3, - "hovanec": 3, - "olanda": 6, - "arkaki": 3, - "asmine": 3, - "athrin": 6, - "lath": 3, - "itchell": 3, - "uttmancite": 3, - "非常基础的研究，促进了细胞核内的空间区域分区形成。": 3, - "ramework‐ngineered": 3, - "ong‐ange": 3, - "lectrostatic": 6, - "eactions": 6, - "heze": 3, - "ichi": 3, - "ianlei": 6, - "荧光探针": 3, - "hole‐cell": 3, - "ysosomes": 6, - "ong‐term": 3, - "anoscopy": 6, - "inglong": 3, - "iangning": 3, - "haowei": 3, - "enting": 6, - "iaogang": 3, - "haochao": 3, - "响应p的荧光分子探针可以用于溶酶体的超分辨示踪，ms每帧连续拍分钟没问题。": 3, - "拉曼成像": 3, - "膨胀显微": 3, - "henxi": 6, - "inhong": 3, - "iajun": 3, - "无标记膨胀成像": 3, - "解决较厚组织成像中荧光淬灭和探针扩散难的问题，分辨率可达nm": 3, - "在血管组织脑组织成像中有用": 3, - "膨胀显微，无标记成像，人工智能": 3, - "现在不少无标记成像的工作会跟深度学习结合起来，因为原位的荧光标记就是天然的标签，无标记成像的结果就是数据": 3, - "用到了": 3, - "expansion，以及": 3, - "imaging（拉曼成像），使得在比较大的组织样品中的成像进入超分辨领域。": 3, - "ivision": 3, - "hemical": 12, - "alifornia": 3, - "echnology": 21, - "asadena": 3, - "acile": 18, - "neot": 6, - "uminescent": 6, - "ateroluble": 6, - "lutathioneoated": 3, - "anocrystals": 6, - "uifeng": 3, - "haoqing": 3, - "ifang": 3, - "icun": 3, - "encite": 3, - "iocompatiblepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "rokhorenko": 6, - "ligonucleotide": 6, - "onjugates": 9, - "gor": 6, - "ioubankova": 3, - "orshuncite": 3, - "edpdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "reus": 9, - "øren": 3, - "ofie": 3, - "oer": 3, - "asse": 3, - "ildebrandt": 3, - "udnason": 3, - 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"ollars": 3, - "ickard": 3, - "avas": 3, - "mithcite": 15, - "侵染上皮细胞，制造大量含有同化kinesin的病毒，然后进一步侵染神经元，实现永久寄居。若第一步缺乏同化的kinesin，则病毒无法抵达神经元细胞核。": 3, - "edroso": 6, - "mmunotargeting": 3, - "pyatcher": 6, - "onjugation": 6, - "ntibodies": 9, - "assio": 3, - "ann": 3, - "uberbühler": 3, - "arkusrederik": 3, - "irginia": 3, - "ltoe": 3, - "harles": 9, - "raik": 3, - "ruce": 9, - "ohencite": 3, - "现有的纳米荧光颗粒，比如量子点，上转换发光材料，要跟抗体偶联，不大容易。这里提出了一个": 3, - "蛋白，能够识别抗体中共表达的": 3, - "pyag，然后抗体结合到靶蛋白上。他们挑选了一个很多人源癌细胞高表达的": 3, - "蛋白（血浆酶原激活受体）。": 3, - "cellderived": 6, - "nanovesicles": 6, - "cyclic": 3, - "ishal": 3, - "rturo": 3, - "alinas": 3, - "arong": 3, - "hipra": 3, - "idote": 3, - "oldschenhmcite": 3, - "bindingpdfzoteroopenpdflibraryitems": 9, - "etrads": 6, - "interdigitation": 3, - "inshaw": 3, - "atelcite": 3, - "interdigitationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "lattice": 3, - "attice": 6, - "culture": 3, - "metastases": 3, - "atrina": 3, - "vans": 6, - "yle": 9, - "llefsen": 3, - "evon": 3, - "awson": 3, - "用光片显微镜看": 3, - "aliwal": 9, - "egenerative": 3, - "abilities": 3, - "mesenchymal": 3, - "wati": 9, - "ituparna": 3, - "haudhuri": 3, - "grawal": 3, - "ujata": 3, - "ohantycite": 3, - "介绍了间充质干细胞的线粒体转移的作用和意义。": 3, - "vesny": 3, - "hunder": 3, - "comprehensive": 3, - "plugin": 3, - "vesný": 3, - "avel": 3, - "řížek": 3, - "osef": 3, - "orkovec": 3, - "deněk": 3, - "švindrych": 3, - "uy": 6, - "agencite": 3, - "bioinformaticsbtu": 3, - "mage插件，比较早期且广泛使用的超分辨成像数据分析工具。": 3, - "accelerates": 6, - "ristov": 3, - "ickaël": 6, - "elek": 9, - "immercite": 6, - "reopoulos": 12, - "hanges": 3, - "onomerimer": 3, - "olecule": 21, - "evealed": 6, - "ive": 21, - "annah": 6, - "ocheleau": 3, - "cott": 6, - "raywen": 3, - "ipcite": 3, - "patovski": 18, - "adav": 6, - "ael": 3, - "halev": 3, - "zra": 3, - "ucien": 3, - "oris": 3, - "erdman": 3, - "eut": 3, - "rangeedem": 3, - "hechtmancite": 3, - "修改不同波长的光信号的点扩散函数": 3, - "实现同屏同时多色成像": 3, - "可以支持更大的成像视野": 3, - "点扩散函数，分屏器，phase": 3, - "mask": 6, - "通过增加phase": 3, - "mask对不同通道的发射荧光的进行变形，与imber工作相比虽然硬件复杂了一点，但是所有信号可以打在同一个屏幕，视野更大，而且没有多通道配准的后续数据分析难题。": 3, - "ussel": 3, - "errie": 3, - "anotechnology": 3, - "iomedical": 3, - "echnion": 3, - "aifa": 3, - "inonen": 6, - "神经网络": 3, - "原子力显微镜": 3, - "iscovery": 6, - "tomic": 6, - "iko": 3, - "lldritt": 3, - "ilippo": 6, - "ederici": 3, - "anova": 3, - "edor": 3, - "rtev": 3, - "huning": 3, - "ndřej": 3, - "rejčí": 3, - "uho": 3, - "annala": 3, - "iljeroth": 3, - "ostercite": 3, - "借助卷积神经网络从图像中解析出电场信息。": 3, - "peptideprotein": 3, - "urran": 6, - "idden": 3, - "olyoake": 3, - "wen": 3, - "antelberg": 3, - "imon": 27, - "ochrie": 6, - "athew": 9, - "orrocks": 9, - "ynne": 6, - "egancite": 6, - "usingpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "brush": 3, - "super‐resolution": 3, - "artists": 3, - "pro": 3, - "proteinspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "uti": 6, - "抗菌肽": 3, - "ell‐ree": 3, - "creen": 3, - "ntimicrobial": 3, - "eptides": 3, - "ouble": 3, - "mulsion": 3, - "roplets": 3, - "icola": 6, - "ottmann": 3, - "riane": 6, - "tucki": 3, - "och": 12, - "ven": 3, - "anke": 3, - "ittrichcite": 3, - "基于乳液液滴体系用一个多色成像的方案去筛选抗菌肽": 3, - "clustering": 6, - "dimensional": 6, - "package": 3, - "jayakarsana": 3, - "oshua": 18, - "ilsteincite": 3, - "journalpcbi": 3, - "对三维的超分辨成像数据的聚类，也是用python写的，github": 3, - "仓库地址：": 3, - "ilsteinab": 3, - "lustering": 6, - "lgorithm": 3, - "singlemolecular": 3, - "ikic": 6, - "ebugging": 6, - "ukaryotic": 9, - "enetic": 6, - "ode": 12, - "xpansion": 9, - "ite‐pecific": 6, - "lick‐": 3, - "vana": 6, - "ikić": 3, - "emma": 3, - "strada": 3, - "irona": 3, - "iulia": 6, - "aci": 3, - "ofya": 3, - "ikhaleva": 3, - "hristine": 3, - "oehler": 3, - "ataliia": 3, - "hymanska": 3, - "amilla": 6, - "entura": 3, - "antos": 15, - "pitz": 3, - "lick‐pdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ieves": 9, - "covalent": 3, - "labelling": 9, - "genetically": 3, - "eva": 3, - "ilzenrat": 3, - "ran": 3, - "hengmin": 3, - "ugh": 3, - "acae": 3, - "aker": 9, - "atharina": 15, - "auscite": 9, - "rsos": 3, - 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"相结合，另外一个适配体自定义，从而实现类似于定向降解某个膜蛋白的功能。": 3, - "onstruction": 9, - "onjugated": 12, - "anostars": 6, - "earnfrared": 3, - "ualesponsive": 3, - "aoxing": 3, - "acsmolpharmaceutb": 3, - "earnfraredpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "bimolecular": 6, - "collisions": 6, - "rwen": 3, - "egalathan": 9, - "duplexes": 6, - "nanocircles": 3, - "noja": 3, - "obby": 3, - "ox": 9, - "ilkerson": 3, - "nisa": 3, - "aur": 6, - "apkota": 3, - "einer": 3, - "hakalcite": 3, - "edinaanchez": 9, - "microbots": 3, - "chmidtcite": 3, - "cale": 3, - "tyrosine": 3, - "compounds": 3, - "doublet": 3, - "eanne": 3, - "calecite": 3, - "jrs": 3, - "carthy": 6, - "eparation": 9, - "domains": 6, - "hydrostatic": 3, - "pressure": 3, - "scar": 3, - "eddon": 3, - "rookscite": 3, - "hydrostaticpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "aynard": 15, - "nhibitory": 3, - "eceptor": 3, - "tephanie": 9, - "ntoine": 3, - "rillercite": 3, - "fnmol": 3, - "ateuegue": 6, - "nveiling": 6, - "composition": 6, - "lysates": 3, - "àngels": 3, - 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"states": 12, - "virus": 6, - "aolin": 3, - "iaochu": 3, - "astilloenendez": 3, - "orman": 3, - "irmin": 3, - "lsahafi": 3, - "tz": 3, - "rmel": 3, - "hambers": 3, - "aoshan": 3, - "ongqing": 3, - "eichard": 3, - "rover": 12, - "rennan": 3, - "arman": 3, - "ardner": 3, - "ikićpiegel": 3, - "kihiro": 3, - "ugawara": 3, - "rthos": 3, - "emke": 6, - "arzan": 3, - "brams": 3, - "unro": 3, - "drian": 12, - "cermott": 3, - "inzi": 3, - "wong": 3, - "lanchard": 15, - "odroski": 3, - "othescite": 3, - "viruspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "癌细胞": 6, - "ubes": 3, - "lucidates": 3, - "umors": 3, - "mil": 3, - "epideh": 3, - "holami": 3, - "evgeniy": 3, - "omin": 3, - "enugopal": 3, - "hayanithy": 3, - "ujisawa": 3, - "nider": 3, - "esir": 3, - "teer": 3, - "ubbaya": 3, - "ubramanian": 3, - "atia": 3, - "anovaodorova": 3, - "alcolm": 3, - "oorecite": 3, - "jtrecan": 3, - "癌细胞伸出的这些": 3, - "tube，很丰富啊。注意": 3, - "的区别。": 3, - "luoresceintabilized": 6, - "nfolding": 6, - "eading": 9, - "tronger": 3, - "ffinity": 3, - "nand": 3, - "iwu": 3, - "hicheng": 3, - "uewen": 3, - "trongerpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "微阵列": 3, - "药物递送": 6, - "olypyrroleilicon": 3, - "anowire": 3, - "ava": 3, - "oceracite": 3, - "微阵列或许也是不错的delivery？但有些细胞可能不喜欢这种表面。": 3, - "iud": 6, - "nanodevicebased": 3, - "vaccine": 3, - "immunotherapy": 3, - "uanning": 6, - "ianbing": 6, - "inlong": 6, - "uangjun": 12, - "iub": 12, - "neuroanatomical": 6, - "basis": 6, - "electroacupuncture": 6, - "vagal–adrenal": 6, - "henbin": 3, - "hifu": 3, - "angshuai": 3, - "ingzhou": 3, - "anqing": 3, - "iufu": 3, - "axispdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "iua": 6, - "integrity": 6, - "affects": 6, - "biomimetic": 3, - "izhi": 6, - "ariaiola": 3, - "artikainen": 3, - "årlund": 3, - "arjut": 3, - "oponen": 3, - "ujun": 3, - "uoqing": 3, - "nnio": 3, - "asciotti": 3, - "esaekka": 3, - "ehtocite": 3, - "intracellular": 9, - "spherical": 6, - "acidspdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "刘蒙蒙师姐后来整理暗场成像数据分析方法发表的一篇protocoliu。": 3, - "ingleirus": 3, - "ethodologies": 3, - "irological": 3, - "aian": 3, - "nn": 9, - "amb": 3, - "对单个病毒的成像示踪方法。": 3, - "elfssembled": 9, - "latform": 3, - "ranched": 3, - "sgasntisense": 3, - "uehe": 3, - "iaohui": 6, - "uehui": 3, - "ction": 3, - "inning": 3, - "ctionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ipah": 3, - "revealed": 3, - "guilar": 3, - "经典模型中，包膜病毒通常是": 3, - "matrix": 6, - "蛋白（）招募糖蛋白（）和融合糖蛋白（）到膜上的组装位点。但是这里通过超分辨成像的方式，发现nipah病毒的": 3, - "不管": 3, - "存在不存在，就随机地分布于膜上。属于用新技术应用产生新发现的工作。": 3, - "dualtargeting": 6, - "tetrahedron": 12, - "iaoting": 3, - "iangcite": 6, - "jtalanta": 3, - "harge": 6, - "eutralization": 6, - "hape": 12, - "econfiguration": 6, - "ixue": 3, - "ede": 3, - "ichun": 6, - "ianping": 3, - "anotubespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "echanomaging": 6, - "ivingonliving": 3, - "ehl": 6, - "oshie": 3, - "arui": 3, - "jae": 3, - "ivingonlivingpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "inden": 6, - "ariational": 3, - "lgorithms": 3, - "nalyzing": 3, - "oisy": 3, - "ultistate": 3, - "rajectories": 3, - 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"文献精读": 3, - "主要侧重于实验设计和方法方面的学习，这篇文章的亮点什么的其实很简单。": 3, - "nm的六螺旋": 3, - "感觉提升分辨率没有延长六螺旋来得简单，所以我想试一下能否做一个": 3, - "nm的六螺旋。": 3, - "其实就是两个": 3, - "的六螺旋连接到一块的": 3, - "总共用了个biotin修饰延伸链，而且两端都有": 3, - "一个位点伸出": 3, - "条延伸链，占据xbp长度，大概nm": 3, - "这种六螺旋的柔性会更加明显，存在所谓的random": 3, - "thermal": 9, - "bending": 3, - "弯曲角度大于度的结构超过": 3, - "这个设计可以找人帮忙，但前提是我们这个工作确实值得做，而且能发大文章。但是为啥此文并不用这个来做超分辨的样品，也是耐人寻味的。通读了一下发现，人家可能是要发到别的文章中去，比如": 3, - "metafluorophore，详见oehrstein。": 3, - "我在想所谓的技术编码的多色工作oehrstein，这三个颜色的通道的强度调节，其实本质上就是频率调节。我一直认为频率编码是具有": 3, - "novelty，其实也未必。不过话说回来，频率编码作为索引，也许真的可以把这么多barcode": 3, - "存储的信息给编码出来。": 3, - "ynamism": 6, - "upramolecular": 9, - "anoarchitectonics": 3, - "nterlocked": 3, - "achines": 6, - "ingguo": 3, - "iaxuan": 3, - "akoto": 3, - "omiyama": 3, - "atsuhiko": 3, - "rigacite": 3, - "bcsj": 3, - "anoarchitectonicspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "odulation": 6, - "ntry": 3, - "athways": 3, - "ib": 15, - "四面体": 12, - "nterference": 3, - "ujie": 3, - "iwen": 3, - "achuan": 3, - "这个是在细胞里边动态组装纳米结构实现对线粒体的作用。": 3, - "酶级联": 3, - "ated": 3, - "ransient": 15, - "issipative": 3, - "imerization": 3, - "etrahedra": 3, - "rogrammed": 3, - "zymes": 3, - "hixin": 3, - "’agan": 3, - "tamar": 3, - "illnercite": 3, - "王建榜师兄参与的酶级联的工作。": 3, - "stigmatic": 3, - "uw": 9, - "olinork": 24, - "iliana": 9, - "ousef": 6, - "avanmardi": 6, - "uting": 6, - "seniya": 6, - "orobchevskaya": 6, - "mad": 9, - "oeendarbary": 9, - "ritzschecite": 9, - "nanodevice": 12, - "tumour": 3, - "immunity": 3, - "对ui工作的评论文章。": 3, - "ic": 9, - "shearing": 3, - "visualizing": 3, - "strong": 3, - "ongyun": 3, - "uru": 3, - "engxiang": 3, - "inghua": 3, - "enxu": 3, - "iyu": 3, - "非常丰富的": 3, - "设计。": 3, - "暗场成像": 6, - "fullcolor": 6, - "printing": 6, - "transparent": 6, - "ink": 3, - "aixuan": 3, - "ongyu": 3, - "ailong": 3, - "uizeng": 3, - "intao": 3, - "iaoyu": 3, - "ingzhu": 3, - "anlin": 3, - "sciadvabh": 3, - "inkpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "利用结构光来呈现不同的颜色，但是要用暗场显微镜看。": 3, - "半个小时把小组会搞好（小组会谢晓冬pptx）": 3, - "alking": 3, - "rive": 3, - "iahui": 3, - "ongda": 3, - "ongui": 3, - "iecite": 6, - "ensors": 6, - "rameworkridged": 3, - "engqin": 3, - "anotherapeutic": 3, - "asculature": 3, - "ifu": 3, - "hunzhi": 3, - "uping": 9, - "iangliang": 6, - "utomatic": 6, - "classification": 6, - "traces": 3, - "ieming": 3, - "eyou": 3, - "ils": 6, - "altercite": 3, - "timepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ellembranenchored": 3, - "anoplatform": 3, - "anyu": 3, - "iaojing": 3, - "ueyu": 3, - "responsive": 6, - "ishun": 3, - "hiyao": 3, - "himing": 3, - "uanjun": 3, - "eilei": 3, - "nanorobot": 3, - "trigger": 3, - "anhua": 3, - "nderson": 3, - "uangbiao": 3, - "uliang": 21, - "icronanorobots": 3, - "biomedicine": 3, - "surgery": 6, - "detoxification": 3, - "inxing": 3, - "erta": 3, - "stebanernandez": 3, - "vila": 6, - "iangfang": 3, - "sciroboticsaam": 3, - "endenmann": 9, - "ellogram": 3, - "nthely": 3, - "érémie": 3, - "ostanza": 3, - "iampietro": 3, - "pratim": 3, - "ajpai": 3, - "erber": 3, - "imos": 3, - "oulikakos": 3, - 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"icropatterned": 3, - "ugo": 3, - "allavi": 3, - "athur": 6, - "leakley": 3, - "ristine": 3, - "chauercite": 3, - "用研究细胞的外分泌过程。": 3, - "uzyk": 18, - "anophotonics": 3, - "nton": 15, - "acsphotonicsb": 3, - "anophotonicspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "lightdriven": 6, - "nanosystem": 6, - "translates": 6, - "chiroptical": 3, - "angyang": 3, - "iaoyang": 3, - "toll": 3, - "ovorov": 3, - "ugiyama": 3, - "molecularpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "uzmenko": 6, - "targeting": 9, - "rgonaute": 6, - "nuclease": 3, - "nastasiya": 3, - "guienko": 3, - "syunina": 3, - "udin": 3, - "ayya": 3, - "etrova": 3, - "lina": 3, - "udinova": 3, - "lga": 3, - "aslova": 3, - "inova": 3, - "yazansky": 3, - "ravin": 3, - "ulbachinskiycite": 3, - "nucleasepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "urzthaler": 6, - "spatiotemporal": 6, - "catalytic": 6, - "anus": 12, - "differential": 3, - "hristina": 9, - "lémence": 3, - "evailly": 3, - "ochen": 6, - "rlt": 3, - "ranosch": 3, - "idan": 3, - "rowncite": 3, - 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"teinhauer": 3, - "cheible": 3, - "nlw": 3, - "traverses": 6, - "microparticle": 6, - "llingtoncite": 3, - "surfacepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "enzophenoxazinebased": 6, - "iney": 3, - "urgesscite": 3, - "jtet": 3, - "biomoleculespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "oaquioaqui": 6, - "etallointercalators": 3, - "etrahedron": 3, - "elfssemblies": 3, - "ncreased": 3, - "erum": 3, - "tability": 3, - "axwell": 3, - "andapati": 3, - "amakrishnam": 3, - "aju": 3, - "riti": 3, - "rivastava": 3, - "angwei": 6, - "dgar": 6, - "rriaga": 3, - "alérie": 3, - "ierrecite": 3, - "四面体螯合了金属离子增加了在血清中的稳定性。": 3, - "etina‐nspired": 3, - "olor‐ognitive": 3, - "hromatically": 3, - "ontrollable": 3, - "ixed": 3, - "ransistor": 3, - "hanho": 3, - "aehyun": 3, - "wak": 3, - "eehoon": 3, - "yeong‐u": 3, - "yung‐il": 3, - "ong‐oon": 3, - "yu": 12, - "arkcite": 3, - "用量子点模仿视网膜功能。": 3, - "evelopment": 6, - "fan‐shaped": 3, - "tracker": 6, - "engqiang": 3, - "anni": 3, - "iaoxu": 3, - "edzved": 3, - "blameyko": 3, - 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"erkhoven": 3, - "ellerindeisen": 3, - "三维超分辨成像数据的后续average处理，这个的效果比storm和paint都要好。": 3, - "细胞电镜": 3, - "holecell": 3, - "ennett": 6, - "ckerman": 3, - "ogovic": 3, - "ckstein": 3, - "lyson": 3, - "etruncio": 3, - "ody": 3, - "unke": 3, - "yatt": 6, - "orff": 3, - "ippincottchwartz": 3, - "aalfeld": 3, - "ubrey": 3, - "eigel": 3, - "roject": 3, - "eam": 3, - "iasat": 3, - "rruda": 3, - "ahtra": 3, - "estiny": 3, - "guyencite": 3, - "太强了，用电镜结合，能够直接以纳米的分辨率解析亚细胞结构。": 3, - "!电子显微镜细胞器分割": 3, - "angmin": 3, - "angxi": 3, - "hunyang": 3, - "ouyi": 3, - "看量子点在中的转运。": 3, - "azlett": 9, - "pifluorescencebased": 3, - "auren": 15, - "andauer": 3, - "ohak": 3, - "adley": 3, - "itt": 3, - "eichner": 3, - "ranckcite": 3, - "ood": 3, - "vibrations": 3, - "enzymecatalysed": 3, - "am": 15, - "cruttoncite": 3, - "atakeyama": 6, - "ltrapure": 6, - "hermally": 6, - "elayed": 6, - "akuji": 3, - "azushi": 3, - "hiren": 3, - "iichi": 3, - "akajima": 3, - "hintaro": 3, - "omura": 3, - "oichiro": 3, - "akatsuka": 3, - 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"zabóelegcite": 3, - "aadd": 3, - "用超分辨来对中转运过程成像。": 3, - "anometercale": 3, - "bstacles": 3, - "chievements": 3, - "xperiment": 3, - "ptimization": 3, - "icrobiology": 3, - "yl": 3, - "iita": 3, - "iteencite": 3, - "iteen": 3, - "wosch": 12, - "delivers": 6, - "ape": 3, - "rancisco": 6, - "alzarotti": 12, - "utierrez": 6, - "efractive": 3, - "ndex": 3, - "ilicone": 3, - "els": 3, - "dherent": 3, - "kachenko": 3, - "chim": 3, - "esser": 3, - "rithu": 3, - "undd": 3, - "insberg": 3, - "roismancite": 3, - "journalpone": 12, - "早期的工作，用的是基底胶包埋了nm的荧光小球的方式看细胞的traction": 3, - "istochemistry": 3, - "ffrate": 3, - "nionic": 3, - "ompetition": 3, - "hirstrup": 3, - "hale": 6, - "arvis": 6, - "heri": 6, - "ilcox": 6, - "elinas": 3, - "airdcite": 3, - "bec": 3, - "生物矿化": 3, - "细胞储存": 3, - "nzymatic": 3, - "reservation": 3, - "iomineralized": 3, - "hahrouz": 3, - "mini": 3, - "acob": 3, - "ngudi": 3, - "gola": 3, - "iangfan": 3, - "ranco": 3, - "chraf": 3, - "oureddine": 3, - "iserez": 3, - "rinkercite": 3, - "用无定形硅方法对整个细胞进行矿化以实现长期储存功能。这个小领域有点另类，但相关工作也逐渐多起来了。": 3, - "神经元突触": 3, - "diffusible": 3, - "yuaning": 6, - "emi": 6, - "eneziano": 3, - "ordonov": 3, - "anielson": 3, - "erez": 3, - "rce": 3, - "ulesa": 3, - "ikehristian": 3, - "amhoff": 3, - "lainey": 3, - "ottrell": 3, - "athecite": 3, - "用xchange新技术对神经元突触进行成像分析": 3, - "能同时分析大量突触亚型结构和不同种类的蛋白分子标记": 3, - "增加对蛋白分子分布与突触功能之间关联的了解": 3, - "神经元突触，抗体偶联": 3, - "研究了大量神经元突触上的蛋白分子，在抗体偶联上以及xchange有非常丰富的经验可借鉴。": 3, - "athe": 3, - "iological": 9, - "ambridge": 3, - "分子扩散": 3, - "elman": 3, - "ruebelecite": 3, - "蛋白质的扩散系数会受到细胞内很多条件影响，比如分子伴侣。这个参数跟相分离过程也有很大关系uotrom。": 3, - "haotropic": 6, - "erturbation": 6, - "oncovalent": 6, - "emagglutinin": 6, - "ag": 6, - "onoclonal": 3, - "ragment": 3, - "ensus": 3, - "irushi": 3, - "angika": 3, - "unaweera": 3, - "agpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "用氰化钾处理，导致抗体跟细胞靶蛋白的dissociation": 3, - "上升，从而造成的效果，这个想法不错，但是手法太过于粗暴，然后效果我觉得也一般": 3, - "roves": 3, - "complement": 6, - "exclusion": 6, - "oligosaccharide": 3, - "rovescite": 3, - "glycobcwh": 3, - "chromatographypdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "inni": 3, - "ohrman": 3, - "afael": 6, - "iestuncite": 3, - "ddressability": 3, - "efects": 3, - "lton": 6, - "raugnard": 6, - "用和连用，拍得很好看，但是最后只是统计了一下，发现所谓的docking位点的可及性，是staple依然incorporated，但是就是": 3, - "inactive。他们通过": 3, - "照射的方式，分别增加和减少了这种可及性。这是一个小工作该有的样子。是写作值得学习的": 3, - "注意illiam": 3, - "ughes也是": 3, - "d（和信息存储）工作ickinson的通讯。": 3, - "rashoff": 12, - "vinculin": 6, - "renton": 3, - "offman": 6, - "renner": 3, - "uobo": 3, - "cean": 3, - "ligar": 3, - "focalpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ouda": 9, - "anthraquinone": 6, - "monomers": 3, - "laa": 3, - "ahasen": 3, - "mine": 3, - "edersencite": 3, - "monomerspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "巨噬细胞": 3, - "acrophage": 3, - "polarization": 3, - "impacts": 3, - "aphade": 3, - "eisha": 3, - "herquicite": 3, - "巨噬细胞纳米管的形成还受到极化状态影响": 3, - "repare": 3, - "ligonucleotideonjugated": 3, - "ultiplex": 3, - "aibiao": 3, - "lona": 3, - "olcomb": 3, - "oi": 3, - "ajonis": 3, - "nger": 3, - "amesh": 3, - "amakrishnancite": 3, - "acsbioconjchemb": 9, - "做连接抗体的工作，可作为目前实验的参考。": 3, - "ómezarcía": 6, - "arbacik": 3, - "tterstrom": 3, - "arciaarajo": 3, - "akadamyalicite": 3, - "调制激光波长实现多色": 3, - "可以同时超分辨多色成像": 3, - "可以实时观测多个靶标的动态相互作用": 3, - "激光频率编码，notch": 3, - "filter，machine": 3, - "learning，fft": 3, - "这种策略适用于所有，但是硬件和数据分析上难度很高，可能需要非常好的状态才能做出实验结果。": 3, - "nstitut": 3, - "iencies": 3, - "otoniques": 3, - "arcelona": 12, - "astelldefels": 3, - "pain": 6, - "ptamerased": 3, - "roteomic": 3, - "iomarker": 3, - "eborah": 3, - "yers": 3, - "ertino": 3, - "ock": 6, - "shley": 9, - "rody": 3, - "alby": 3, - "aton": 3, - "itzwater": 3, - "lather": 3, - "orbes": 3, - "rudi": 3, - "oreman": 3, - "harat": 3, - "awande": 3, - "eredith": 3, - "agda": 3, - "unn": 3, - "ennis": 6, - "alladay": 3, - "eil": 6, - "eilig": 3, - "icke": 3, - "usar": 3, - "ennings": 3, - "valdas": 3, - "atilius": 3, - "eeney": 3, - "ancy": 3, - "ad": 3, - "raemer": 3, - "roiss": 3, - "gan": 3, - "evine": 3, - "indsey": 3, - "ridget": 3, - "ollo": 3, - "ayfield": 3, - "ehan": 3, - "ehler": 3, - "ally": 6, - "elson": 12, - "ieuwlandt": 3, - "alti": 3, - "ikrad": 3, - "rs": 3, - "chsner": 3, - "stroff": 3, - "att": 6, - "tis": 3, - "ietrasiewicz": 3, - "esnicow": 3, - "ohloff": 3, - "lenn": 9, - "anders": 3, - "attin": 3, - "ritta": 6, - "tanton": 3, - "lana": 3, - "terkel": 3, - "uzanne": 3, - "tratford": 3, - "aught": 3, - "rkljan": 3, - "alker": 3, - "atrobka": 3, - "heela": 3, - "augh": 3, - "olfson": 3, - "olk": 3, - "ichicite": 3, - "imber": 9, - "分屏": 3, - "iclas": 3, - "分屏采集多种颜色的荧光": 3, - "实现同时多色超分辨成像": 3, - "加速多色成像": 3, - "分屏器，tubulin，clathrin，方块折纸，": 3, - "加速效果非常有限，但是同时采集多种荧光信号或许在研究多个分子在靶标处的竞争结合可能有点意思。": 3, - "通过分屏的方式实现多色同时超分辨成像。我们的工作部分被scoop了。": 3, - "ioxiv": 3, - "ellubstrate": 6, - "lasmon": 3, - "echinger": 3, - "erminghaus": 3, - "iedel": 3, - "eiderer": 3, - "eiland": 3, - "astmeyercite": 3, - "lasmonpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ndogenous": 6, - "ltraigh": 3, - "ensity": 3, - "osy": 3, - "evet": 6, - "onstals": 3, - "atrin": 3, - "chulze": 3, - "obolevsky": 3, - "osconi": 3, - "ouaux": 3, - "hoquet": 12, - "atpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "的方式，只对": 3, - "成像，说自己是": 3, - "，定位精度在": 3, - "nm，测试了和神经元细胞等三个模型。探针似乎就是肽段或者抗体。": 3, - "hosh": 15, - "基底面": 3, - "raphene": 3, - "metalinduced": 3, - "subnanometer": 3, - "axial": 3, - "rindam": 3, - "hizhik": 9, - "arain": 3, - "aredla": 3, - "基于能量转移来测定细胞基底面间隙厚度，厉害了，这不就是我之前想做的事情吗？他们用界面铺i的方式先做的一个标曲参照，确定测量结果和厚度的关系，然后再来测量细胞跟界面的间隙厚度，结果还是比较可信的。": 3, - "ester": 12, - "hydrogenbondinduced": 3, - "resonances": 3, - "nup": 3, - "mit": 9, - "rasad": 3, - "huntonovcite": 3, - "erling": 6, - "shapecomplementary": 3, - "non–base": 3, - "pairing": 6, - "components": 3, - "agenbauer": 3, - "euner": 3, - "scienceaaa": 3, - "ptamerassisted": 3, - "enhanced": 3, - "biotherapy": 3, - "hongmin": 3, - "henping": 3, - "inyao": 3, - "在细菌上共价修饰上": 3, - "核酸适配体，然后靶向杀伤肿瘤。": 3, - "hris": 3, - "rockwell": 3, - "lastair": 3, - "ehring": 6, - "tetrameric": 6, - "protonated": 6, - "cytosinecytosine": 6, - "alle": 3, - "eanouis": 3, - "aurice": 6, - "uéroncite": 3, - "pairspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "eertsema": 12, - "efthanded": 6, - "improved": 6, - "imola": 3, - "abricius": 3, - "uerste": 3, - "aufer": 3, - "werscite": 3, - "nucleuspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "rigaminabled": 3, - "igandrug": 3, - "injie": 3, - "uangqi": 3, - "ingqin": 3, - "hiping": 3, - "oncept": 3, - "arciaalvo": 6, - "膜张力": 3, - "flipper": 3, - "ombining": 6, - "echanosensitive": 3, - "ascade": 3, - "witching": 3, - "ynamicovalent": 3, - "etone": 3, - "immy": 3, - "aillard": 3, - "ureraj": 3, - "trakova": 3, - "dai": 6, - "olom": 9, - "ercier": 3, - "urelien": 3, - "oux": 6, - "authey": 3, - "aomi": 6, - "akai": 6, - "uerstenberg": 3, - "atilecite": 3, - "嵌入膜中的小分子膜张力探针": 3, - "并没有做到细胞膜上，这个flipper探针会闪烁，相应膜张力的可能是荧光寿命，这类文章非常化学arciaalvo，类似的工作还有": 3, - "olom。": 3, - "ackground": 6, - "suppression": 6, - "stimulated": 12, - "double": 3, - "depletion": 3, - "runsche": 3, - "nphoton": 6, - "emissionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "recompiling": 3, - "building": 3, - "decision": 3, - "support": 3, - "ohansson": 3, - "hahsavar": 3, - "rkad": 3, - "åhlfeldt": 3, - "igertzcite": 3, - "alior": 12, - "itinased": 3, - "ighagnitude": 3, - "orces": 6, - "kanda": 3, - "ivek": 3, - "ujisaki": 6, - "relaxation": 9, - "traubcite": 3, - "ptamerunctionalized": 6, - "angqi": 3, - "ungyeon": 3, - "ezhi": 3, - "ongmin": 3, - "uoliang": 3, - "pplicationspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "xial": 6, - "inter": 6, - "ojas": 3, - "culiffe": 3, - "attersoncite": 3, - "只用也可以做一点成像，不过靠的是一种逐层淬灭的方式，还是比较巧妙的u，这种通过控制入射角微调穿透深度的方式也被叫做": 3, - "，后来还有改进的工作能够以s的时间分辨率看活细胞heng。": 3, - "roehlich": 6, - "adiorequency": 6, - "trongly": 6, - "nteracting": 6, - "nrico": 6, - "ogt": 3, - "oschorreck": 3, - "ilhelm": 3, - "werger": 3, - "oehlcite": 3, - "aspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "rey": 6, - "paradigm": 3, - "soft": 3, - "roycite": 3, - "andp": 3, - "motionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "alculation": 3, - "tress": 3, - "luctuating": 3, - "luid": 3, - "arbettacite": 3, - "environmental": 3, - "stress": 3, - "wee": 6, - "ongfang": 3, - "inda": 3, - "enneycite": 3, - "cibg": 3, - "loch": 6, - "nanoimaging": 6, - "autoblinking": 6, - "rancoise": 3, - "ervant": 3, - "alland": 6, - "utler": 15, - "ominique": 3, - "ourgeois": 3, - "imminscite": 3, - "荧光分子可逆地与一种脱球菌的细胞表面结合造成荧光闪烁，从而可以做的工作，cientifc": 3, - "eports上的文章确实比较low，只停留在现象描述上。不过这个现象还是有一些东西可以挖掘的": 3, - "ish": 6, - "enneth": 3, - "ishcite": 3, - "cys": 3, - "talin": 3, - "kindlin": 3, - "isa": 3, - "lingner": 3, - "alph": 6, - "öttcher": 6, - "einhard": 6, - "ässler": 3, - "rashoffcite": 3, - "echange": 6, - "vo": 6, - "everins": 3, - "ighpeed": 6, - "roteinssisted": 6, - "dithya": 3, - "nanth": 3, - "argreet": 3, - "octer": 3, - "orrit": 3, - "egge": 3, - "der": 3, - "umour": 6, - "ingletranded": 3, - "atthews": 3, - "issailidiscite": 3, - "arkerpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ernandezuarez": 6, - "荧光标记": 3, - "arta": 9, - "早期的综述，介绍了各种用于生物样本的成像技术，发展，以及超分辨荧光探针的情况，其中对我们而言值得注意的是量子点。": 3, - "mechanisorption": 3, - "pumping": 3, - "cassettes": 3, - "unyan": 3, - "ingui": 3, - "hijie": 3, - "eale": 3, - "mar": 3, - "arha": 3, - "stumian": 3, - "raser": 3, - "toddartcite": 3, - "scienceabk": 3, - "非常特殊的体系，但是实现了一个全新的主动吸附概念。": 3, - "ssociation": 3, - "anodiamond": 3, - "otation": 3, - "ranslationotation": 3, - "engang": 3, - "hueng": 3, - "angin": 3, - "orsten": 3, - "endler": 3, - "rachtrup": 3, - "enao": 3, - "uncite": 3, - "hree": 3, - "ensch": 3, - "üldt": 3, - "uanheng": 6, - "ulipali": 3, - "usha": 3, - "enyuan": 3, - "enza": 3, - "oncarati": 3, - "暂时无法查看和下载原文。": 3, - "喷泉码": 3, - "ountain": 3, - "ielinskicite": 3, - "scienceaaj": 3, - "介绍了喷泉码的编码方式，把一整段信息分割成n份，每份平均发送e个拷贝，接收端就可以完整解码。": 3, - "pperla": 9, - "anodiamondediated": 3, - "handra": 3, - "itin": 3, - "heei": 3, - "hiahun": 3, - "看纳米金刚石在中的转运，之前我在读博的时候应该听说过这篇文章。": 3, - "lmokadem": 6, - "ptimal": 3, - "ayesian": 3, - "nference": 3, - "就是nossen中提到的基于贝叶斯估计的办法？似乎很慢，算了。": 3, - "ccessibility": 6, - "iostable": 6, - "ingletaple": 3, - "omberlato": 3, - "arish": 3, - "astingscite": 3, - "oiled": 6, - "oil": 6, - "eorgina": 3, - "avins": 3, - "eitz": 3, - "nteractionspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "beling": 6, - "—": 3, - "argovsky": 3, - "etrebko": 3, - "uri": 6, - "omanovskycite": 3, - "ubois": 9, - "nvestigating": 6, - "uidelines": 3, - "atéméh": 3, - "agalie": 3, - "énard": 3, - "astien": 3, - "eanacques": 3, - "chapman": 3, - "élène": 3, - "oberge": 3, - "ebon": 3, - "idier": 3, - "aptiste": 3, - "onterroso": 3, - "lie": 3, - "itoshi": 3, - "omuro": 3, - "éline": 3, - "azille": 3, - "evallet": 6, - "ergot": 3, - "uénaëlle": 3, - "udovic": 6, - "alascite": 3, - "癌细胞的的一些结构和功能的成像研究。": 3, - "uangrat": 6, - "bioimaging": 6, - "platforms": 6, - "therapy": 9, - "atchanee": 3, - "nuttara": 3, - "domprasert": 3, - "haned": 3, - "angsamaksincite": 3, - "cas": 3, - "echanically": 9, - "hain": 3, - "oxanne": 9, - "lazier": 9, - "lisina": 12, - "azrafshan": 18, - "uesong": 3, - "ysha": 3, - "ashid": 3, - "etrich": 6, - "细胞机械力作用出发的等温杂交链式扩增。": 3, - "ogicated": 6, - "ayloads": 3, - "hawn": 3, - "do": 3, - "achelet": 3, - "ayloadspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "osantosa": 3, - "arcelina": 3, - "ardoso": 6, - "yrille": 6, - "ezy": 6, - "affiolcite": 6, - "jbbamem": 6, - "都是一个人做的osantos，估计是体外的验证。": 3, - "osantos": 3, - "opography": 3, - "ariablengle": 3, - "arceline": 3, - "egis": 3, - "eturche": 3, - "用看细胞基底面高度，似乎超分辨都没用到，当然也不是": 3, - "realtime": 3, - "的。另外这个多种角度的测量高度的，之前也看到一些文章uhengosantosa。": 3, - "iienzo": 9, - "luctuation": 3, - "owerful": 3, - "rocesses": 3, - "armine": 3, - "ienzo": 3, - "abio": 12, - "eltram": 9, - "ardarellicite": 3, - "nricoeltram": 3, - "iiori": 6, - "measurements": 12, - "surfaceimmobilized": 3, - "iori": 3, - "ellercite": 6, - "iekmann": 9, - "ptimizing": 6, - "ahnwald": 3, - "eschamps": 6, - "singlemoleculepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "alternative": 9, - "ortuza": 3, - "lay": 3, - "ayden": 3, - "ndersen": 3, - "memorypdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "orthogonally": 6, - "regulatable": 6, - "spatiotemporally": 6, - "biorecognition": 3, - "henghan": 3, - "hanjun": 6, - "ele": 3, - "sciadvaba": 3, - "controlledpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "折纸": 3, - "warup": 3, - "urt": 6, - "othelf": 3, - "ijenhuis": 3, - "accà": 3, - "hancite": 3, - "大佬联袂撰写的关于折纸术的综述。": 3, - "rimers": 3, - "ensionediated": 6, - "rowth": 6, - "iposomes": 3, - "iddharth": 3, - "reekar": 3, - "unnava": 3, - "ueting": 3, - "ekkercite": 3, - "iposomespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "evany": 6, - "anorheology": 6, - "iscosity": 6, - "iseases": 3, - "asturi": 6, - "hakraborty": 6, - "rishnancite": 3, - "eschout": 21, - "ubstructures": 3, - "lia": 3, - "latzman": 3, - "ely": 3, - "eletti": 3, - "oachim": 9, - "patz": 9, - "recisely": 6, - "accurately": 6, - "localizing": 6, - "ella": 3, - "anacchi": 3, - "lodzianoski": 12, - "ewersdorf": 3, - "raeckmanscite": 3, - "esai": 9, - "genomic": 6, - "noncanonical": 6, - "amino": 6, - "ijoy": 3, - "uben": 3, - "onzalezcite": 3, - "largepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "deuis": 3, - "细胞通讯": 6, - "纳米翻译器": 3, - "anoprogrammed": 3, - "rossingdom": 3, - "etween": 3, - "eatriz": 3, - "ángela": 3, - "orelláucejo": 3, - "ntoni": 3, - "lopisorente": 3, - "artínezatorre": 3, - "élix": 3, - "ancenón": 3, - "armelo": 3, - "ópez": 3, - "osé": 6, - "amón": 6, - "urguía": 3, - "artínezáñezcite": 3, - "又是一个纳米翻译器的工作，可以把一个细菌的信号通过纳米颗粒转换为酵母可以响应的刺激。": 3, - "elor": 6, - "lightinduced": 6, - "donorbridgeacceptor": 3, - "ilan": 3, - "eane": 3, - "cattergood": 3, - "azanovich": 3, - "reetham": 3, - "owrie": 3, - "eijer": 3, - "einsteincite": 3, - "eeersmaecker": 9, - "erlinde": 3, - "eersmaecker": 3, - "amacho": 3, - "anuel": 3, - "antasa": 3, - "ron": 3, - "jii": 6, - "izuno": 6, - "usana": 9, - "ochacite": 3, - "ocha": 6, - "ligands": 3, - "enry": 3, - "avlos": 3, - "avlou": 3, - "jbmc": 3, - "ebnath": 9, - "egulation": 6, - "i‐otifs": 6, - "anobiotechnology": 6, - "herapeutics": 3, - "anish": 3, - "hushnood": 3, - "atma": 3, - "yotirmayee": 3, - "ashcite": 3, - "herapeuticspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "aste": 6, - "coincidence": 6, - "phosphoinositides": 6, - "curvature": 3, - "rederic": 3, - "alrant": 3, - "ikkel": 3, - "olst": 3, - "adsby": 3, - "iun": 6, - "rook": 3, - "lin": 3, - "arsson": 3, - "undmark": 3, - "allopcite": 3, - "研究了一些lipid如何影响actin的polymerization，做了活细胞的actin成像，用颜色表示结构的时间变化不错。": 3, - "asgupta": 6, - "supercritical": 3, - "nindita": 3, - "eintzmann": 3, - "将在z轴上的分辨率提高了倍。": 3, - "anylchuk": 12, - "mytro": 3, - "lymchenkocite": 3, - "ale": 12, - "quantitation": 3, - "celltocell": 3, - "cerney": 3, - "olfgang": 3, - "看病毒颗粒在中的转运。": 3, - "widefield": 6, - "cellsubstrate": 6, - "gap": 6, - "evolution": 3, - "plasmon": 3, - "holographic": 3, - "iqing": 3, - "ongyao": 3, - "iazhen": 3, - "ianglei": 3, - "ianlin": 3, - "jbios": 3, - "itspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "大佬写的一本书，包含了各种纳米结构和表征。": 3, - "aia": 6, - "ptamerguided": 6, - "targeted": 6, - "vitroi": 3, - "indong": 3, - "inong": 3, - "oncotarget": 3, - 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"这个小组在和蛋白偶联或者连用体系方面很有经验，值得学习。": 3, - "ioconjug": 3, - "reef": 6, - "indhoven": 6, - "etherlands": 3, - "oste": 6, - "ssential": 6, - "omponents": 6, - "istinct": 6, - "ation": 3, - "hannels": 3, - "ertrand": 3, - "ayanti": 3, - "anuela": 3, - "aryn": 3, - "arley": 3, - "anjeev": 3, - "anade": 3, - "etrus": 3, - "drienne": 3, - "ubin": 3, - "atapoutiancite": 3, - "ctivatedpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "erivery": 3, - "aeideh": 3, - "oleimanpour": 3, - "aterina": 3, - "omba": 3, - "olin": 6, - "arcos": 3, - "onzálezaitán": 3, - "atile": 3, - "patiotemporally": 3, - "uperesolved": 6, - "hloe": 3, - "atya": 3, - "huon": 3, - "raham": 6, - "heridan": 3, - "engeong": 3, - "hew": 3, - "elce": 3, - "oelho": 24, - "stabilization": 9, - "imao": 6, - "ongho": 6, - "aek": 6, - "ltraprecise": 3, - "intact": 3, - "raus": 3, - "alstead": 3, - "icovich": 3, - "risten": 3, - "eher": 3, - "etvi": 3, - "andhi": 3, - "sciadvaay": 3, - "通过主动反馈的方法对单分子漂移进行超高精度的补偿，从而实现更快质量更高的超分辨成像。": 3, - "nossen": 15, - "minimization": 6, - "elmer": 12, - "arlas": 6, - "做go的大佬hirlmin": 3, - "oo参与的工作，所以他们肯定也是不满足于的自动漂移校正，同时又觉得基于贝叶斯估计的方案过于消耗时间，然后提出这种基于熵的最值优化方案，跟我之前提出的用机器学习求解的方案是异曲同工，不过这里用的是更简单的": 3, - "的折纸，而不是": 3, - "x。": 3, - "github仓库地址：": 3, - "estimation": 3, - "测试数据地址：": 3, - "tunl": 3, - "这个感觉比较靠谱，有空测试一下。当然我觉得戴哲泽更有这个迫切需求。": 3, - "注意这个一作，年也有一篇": 3, - "ethodsnossena。": 3, - "nossena": 3, - "doubled": 6, - "patterned": 6, - "insdale": 3, - "asmus": 3, - "ø": 3, - "horsen": 3, - "arijn": 3, - "iemons": 3, - "ieger": 3, - "tallingacite": 3, - "illuminationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "epeat": 6, - "suppresses": 6, - "aufhold": 6, - "eletiou": 6, - "opticalpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "etecting": 3, - "istribution": 9, - "airs": 3, - "roximityependent": 3, - "利用split的策略来搞，只有靠近的时候才能有docking": 3, - "暴露被imager结合从而成像。": 3, - "larke": 15, - "imulation": 9, - "coherent": 15, - "alphahelical": 6, - "ollinscite": 9, - "ermipdfzoteroopenpdflibraryitems": 6, - "larkea": 3, - "hydrogen": 6, - "bonded": 3, - 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"arciajalvo": 3, - "ürol": 3, - "üelcite": 3, - "细菌不需要长距离的信号分子扩散也能够形成一些同心圆pattern，这对于集群行为有一些思考。": 3, - "pnduced": 6, - "ntramolecular": 6, - "ungkweon": 3, - "ooyeon": 3, - "akashi": 3, - "achikawa": 3, - "amoru": 3, - "ujitsuka": 3, - "etsuro": 3, - "ajimacite": 3, - "hotoconversion": 6, - "ighensity": 3, - "oonjung": 3, - "aehoon": 3, - "hulbom": 3, - "etalinduced": 3, - "ngo": 3, - "anshoff": 3, - "金属介导的能量转移，跟荧光寿命成像有关，能够实现细胞基底面形貌的测量，z轴分辨率能够到": 3, - "nm。在小组会上介绍过这个工作。小组会谢晓冬pptx": 3, - "hinnery": 9, - "神经元": 3, - "ye": 3, - "这种细胞间的": 3, - "nanotube，本身就是一种很常见的结构，比如神经细胞。": 3, - "henouard": 9, - "bjective": 3, - "comparison": 3, - "hor": 3, - "mal": 3, - "abrice": 6, - "haumont": 6, - "aška": 3, - "balzarini": 3, - "uanhao": 3, - "anick": 3, - "ardinale": 3, - "arthel": 3, - "oraluppi": 3, - "ohen": 3, - "odinez": 3, - "ohr": 3, - "alaidzidis": 3, - "ongying": 3, - "las": 3, - "agnusson": 3, - "oakim": 3, - "aldén": 3, - "elen": 3, - "lau": 3, - "errine": 3, - "aulilloteaux": 3, - "oudot": 3, - 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"四面体带个酶催化临近位点从而引入更多biotin接头，方便后面的磁珠纯化，这个工作我帮忙提供了作图建议。": 3, - "huangye": 3, - "aiyun": 3, - "arkers": 3, - "arkfield": 3, - "ancao": 3, - "ueyue": 3, - "inhui": 3, - "ecui": 3, - "ancerpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "hena": 12, - "荧光适配体": 3, - "ianjun": 3, - "asheng": 3, - "ingkun": 3, - "angting": 3, - "ipeng": 3, - "iuning": 3, - "engyue": 3, - "hengda": 3, - "injin": 3, - "enli": 3, - "uzheng": 3, - "inyong": 3, - "oscalzo": 3, - "华东师范大学的工作，多色荧光适配体对细胞内进行标记成像。": 3, - "xosomal": 6, - "iomarkers": 6, - "ccurate": 6, - "achine‐": 3, - "earning‐ased": 3, - "henfei": 3, - "huyuan": 3, - "aoan": 3, - "uicite": 3, - "dentificationpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "recise": 6, - "nanomedicine": 9, - "intelligent": 9, - "uabing": 3, - "ongwei": 3, - "hunying": 3, - "eihai": 3, - "uesi": 3, - "iaoyuan": 3, - "engte": 3, - "ianyu": 3, - "uhammad": 3, - "vais": 3, - "asha": 3, - "ouqing": 3, - "uayu": 3, - "uaping": 3, - "iangei": 3, - "ianchuang": 3, - "ianzheng": 3, - "cancerpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - 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"akaletz": 3, - "oodmancite": 3, - "构型的在细菌生物膜中很多，具有抗核酸酶降解的作用。": 3, - "ullmann": 3, - "‐ased": 3, - "wo‐omponent": 3, - "xcitonic": 3, - "tilizing": 3, - "igh‐erformance": 3, - "iarylethenes": 3, - "üllmann": 3, - "olmar": 3, - "orn": 6, - "aumseil": 3, - "紫外一照，碱基变性就不能，可见光一照就恢复，可以，可以反复搞个循环。": 3, - "ilica–iquid": 6, - "odulate": 6, - "ethanol": 3, - "olón": 3, - "elardecite": 3, - "omplementary": 3, - "econdary": 3, - "usie": 6, - "amantha": 3, - "endrickcite": 3, - "ph": 3, - "argetpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ivecell": 3, - "ravis": 6, - "eyer": 6, - "uach": 6, - "ender": 6, - "ellner": 6, - "gasawara": 3, - "attheyses": 6, - "eferences": 6, - "fphy": 3, - "lakely": 12, - "scienceaax": 3, - "jcelrep": 3, - "nargkw": 3, - "nlg": 3, - "jimmunol": 3, - "ncb": 3, - "urrently": 6, - "references": 9, - "library!": 6, - "rinks": 6, - "controlling": 3, - "wave": 3, - "packets": 3, - "ulzer": 3, - "ildner": 3, - "aminiau": 3, - "vlasevich": 3, - "üllen": 3, - "iek": 3, - "ulstcite": 3, - "利用脉冲激光照明单分子荧光，采集到的数据可以分析出来一些额外的信息并且实现单分子操纵。": 3, - "redenbeck": 9, - "nterfacepecific": 6, - "vishek": 3, - "anwang": 3, - "ienhuys": 3, - "ischa": 3, - "onncite": 3, - "pectroscopypdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "raman": 6, - "protocols": 3, - "citecite": 6, - "oyogluarnum": 9, - "uadrivalent": 6, - "influenza": 6, - "vaccines": 6, - "broad": 6, - "protection": 3, - "eyhan": 3, - "llis": 3, - "illespie": 3, - "utchinson": 3, - "oungun": 3, - "yed": 3, - "cton": 3, - "ashmi": 3, - "avichandran": 3, - "eleah": 3, - "ettie": 3, - "atheson": 3, - "reanga": 3, - "ephart": 3, - "ila": 3, - "taca": 3, - "aile": 3, - "eda": 3, - "ance": 3, - "uttman": 3, - "ascola": 3, - "eesler": 3, - "asaru": 3, - "anekiyocite": 3, - "protectionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "arrying": 6, - "ourzaccite": 3, - "drugspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ottcher": 3, - "ligand‐independent": 3, - "ässlercite": 3, - "embj": 6, - "ongiovanni": 6, - "hydrophobicity": 3, - "odet": 3, - "osatto": 3, - "irthensohn": 3, - 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"ertucci": 6, - "rotein‐ontrolled": 3, - "ctuation": 3, - "ranslators": 3, - "lessandro": 6, - "orchetta": 3, - "rica": 3, - "rosso": 3, - "ania": 3, - "atiño": 3, - "dili": 3, - "iccicite": 6, - "使用结合蛋白（两种）来触发链置换反应，搞了一个所谓的": 3, - "translator。": 3, - "enaissa": 6, - "荧光蛋白": 3, - "chemogenetic": 3, - "ela": 3, - "arim": 3, - "unoughi": 3, - "ujard": 3, - "velyne": 3, - "osette": 3, - "oïame": 3, - "lison": 3, - "ebo": 3, - "henge": 3, - "ertolin": 3, - "ramier": 3, - "anglot": 3, - "ietrancosta": 3, - "orin": 3, - "ullien": 3, - "rnaud": 3, - "autiercite": 3, - "就是有一个": 3, - "的蛋白标签，大概": 3, - "k，能够结合": 3, - "小分子和衍生物（罗丹明？游离态无荧光），然后产生各种颜色的荧光。这个有点类似荧光适配体。": 3, - "condenses": 3, - "aynes": 3, - "runner": 3, - "aiana": 3, - "liveira": 3, - "locco": 3, - "art": 3, - "oogenboom": 3, - "olloycite": 3, - "sciadvabf": 3, - "在单分子水平研究了蛋白和的相互作用，给出了一些力学描述": 3, - "eghin": 12, - "ocalizationbased": 6, - "meets": 6, - "highcontent": 6, - "del": 3, - "echkar": 3, - "arine": 3, - "abillic": 3, - "émi": 3, - "ibaritacite": 3, - "screeningpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ranslocate": 6, - "allistically": 6, - "ver": 6, - "istances": 6, - "nms": 3, - "peeds": 3, - "elma": 3, - "iranej": 3, - "nmspdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "photoactivated": 9, - "eanernard": 3, - "iche": 3, - "laire": 3, - "urny": 3, - "latre": 3, - "ollmann": 3, - "artinière": 3, - "aillaiscite": 3, - "ayguinov": 6, - "odern": 3, - "akley": 3, - "eanon": 3, - "oens": 3, - "itzpatrickcite": 3, - "cpcy": 3, - "介绍了一些共聚焦显微镜的基础知识。": 3, - "结构": 9, - "ohesin": 3, - "mediates": 3, - "extrusion": 3, - "“swing": 3, - "clamp”": 3, - "avidson": 3, - "anena": 3, - "ordana": 3, - "abriele": 3, - "itos": 3, - "interdorfer": 3, - "anichael": 3, - "eterscite": 3, - "机理研究，cohesin蛋白负责茎环结构的形成。": 3, - "atool": 9, - "ntibacterial": 6, - "anorobotic": 6, - "pecific": 6, - "emoval": 6, - "rugesistant": 3, - "taphylococcus": 3, - "aureus": 3, - "ayab": 3, - "eokyoung": 3, - "aba": 3, - "mdad": 3, - "insuk": 3, - "angryeol": 3, - "khilesh": 3, - "haurasia": 3, - "arandaellejero": 3, - "正交反应": 3, - "templated": 3, - "chemical": 6, - "orena": 3, - "aranda": 3, - "ellejero": 3, - "alihe": 3, - "ahdifar": 3, - "ianfranco": 3, - "rcolani": 3, - "用抗体，无非是增加了一个靶向的功能，可以在指定分子附近发生反应，执行功能。这篇文章主要还是靠讲故事。": 3, - "umerical": 6, - "eposition": 6, - "aseous": 6, - "icrochannel": 6, - "arious": 3, - "anbo": 3, - "haoqin": 3, - "hengxu": 3, - "thepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "anterle": 9, - "criterion": 6, - "iccolò": 3, - "hanh": 3, - "eckcite": 3, - "jjsb": 3, - "anskota": 6, - "viruslike": 3, - "amagya": 3, - "aguram": 3, - "essie": 3, - "ielsen": 3, - "ewby": 3, - "sborn": 3, - "usunuru": 3, - "rzysztof": 3, - "alczewski": 3, - "利用翻译表达的方式获取的类似病毒的载体用于运载一些蛋白，跟之前张锋的一个工作egel有点像。": 3, - "fluxes": 3, - "ilers": 3, - "rvid": 3, - "ynnå": 3, - "olker": 3, - "estphal": 3, - "scienceaak": 3, - "minimalpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "alinovic": 9, - "redshifted": 12, - "markers": 6, - "optimal": 6, - "lbrecht": 3, - "lrike": 3, - "ndesfeldercite": 3, - "driftpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "aldwin": 6, - "primer": 3, - "albo": 6, - "rowders": 6, - "ajor": 6, - "eterminant": 6, - "ereghetti": 3, - "adecite": 3, - "iffusionpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "akshi": 12, - "ribosomes": 6, - "polymerase": 6, - "scherichia": 6, - "ribosome": 3, - "omenath": 6, - "lbert": 3, - "iryaporn": 3, - "oulian": 3, - "jx": 3, - "scherichiapdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ubdiffractionimit": 6, - "aede": 6, - "ivepdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "aiz": 6, - "artosz": 3, - "łasiak": 3, - "inhaeng": 3, - "orcelli": 3, - "rend": 3, - "ijkstra": 3, - "hiui": 3, - "arrettoe": 3, - "ienui": 3, - "ansoneine": 3, - "ijeong": 3, - "wac": 3, - "ubarych": 3, - "asey": 3, - "ondergan": 3, - "aekawa": 3, - "eppert": 3, - "hinji": 3, - "aito": 3, - "antanu": 3, - "kinner": 3, - "tock": 3, - "traub": 3, - "egan": 3, - "hielges": 3, - "ominaga": 3, - "ndrei": 3, - "okmakoff": 3, - "ajime": 3, - "orii": 3, - "ebb": 3, - "annicite": 3, - "ntermolecularpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "aidya": 9, - "conduit": 3, - "trade": 3, - "aurabh": 3, - "hattacharya": 3, - "yanendra": 3, - "ideon": 3, - "amou": 3, - "enehudacite": 3, - "jmib": 3, - "细菌之间也存在这种纳米管，被视作是分子转运的特殊通道。": 3, - "conomic": 3, - "icroscope": 3, - "把的仪器小型化": 3, - "有利于推出集成的商业化产品": 3, - "简化操作使用门槛": 3, - "lite，z轴校准，": 3, - "证实了对于设备的低依赖性，但是为啥我们却很难拍出分辨率nm的数据？": 3, - "hemphyschem": 3, - "eschwistercholllatz": 3, - "ackgroundree": 6, - "robespdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "rjona": 6, - "cycle": 3, - "altering": 3, - "death": 3, - "aría": 3, - "uch": 3, - "ernández‐into": 3, - "ázquez": 3, - "gusil": 3, - "odrigo": 3, - "ómez‐artínez": 3, - "ariano": 3, - "edondo‐orcajo": 3, - "zhil": 3, - "mirthalingam": 3, - "luïsa": 3, - "érez‐arcía": 3, - "eresa": 3, - "uárez": 3, - "lazacite": 3, - "做了一些较大的纳米材料（硅）用于改变细胞内的力学性质。": 3, - "ristaomero": 6, - "ecombinant": 3, - "irusike": 3, - "elcanale": 9, - "acsphotonicsc": 3, - "用去表征病毒重组蛋白形成的纳米载体。": 3, - "rchetti": 9, - "aveguide": 6, - "offers": 6, - "fieldofview": 3, - "vgenii": 3, - "lushkov": 3, - "troganov": 3, - "anleycite": 3, - "fieldofviewpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "ntoniou": 6, - "ource": 3, - "atalytic": 3, - "ateromoting": 3, - "imitri": 3, - "jpb": 3, - "ndrian": 12, - "ultiparametric": 3, - "eodora": 6, - "将和联用，获取纳米颗粒表面的基团修饰情况。": 3, - "ioengineering": 3, - "atalonia": 3, - "aldiri": 3, - "eixac": 3, - "nnm": 6, - "nls": 3, - "natrevmats": 3, - "annurevpharmtox": 3, - "nrclinonc": 3, - "jsmim": 3, - "jjconrel": 12, - "ejh": 3, - "jcolsurfa": 3, - "jcap": 3, - "jdib": 3, - "aad": 3, - "acc": 3, - "fphar": 3, - "polym": 3, - "jxphs": 3, - "jps": 3, - "jbma": 3, - "chem": 3, - "acsamib": 3, - "histone": 6, - "ighspatial": 3, - "colourimetric": 3, - "modifications": 3, - "senescent": 3, - "nanoprobes": 3, - "oojeong": 3, - "akchun": 3, - "yunsung": 3, - "nhee": 3, - "细胞核区域这种大聚集体，其实我之前拍暗场的时候也经常看到的，但我一直以为是在细胞的顶部细胞质而非核内。我宁愿相信这篇文章是基于这个现象去做了一些深度挖掘的探索，然后说成是一个探针。用纳米贵金属颗粒探针去看组蛋白修饰的mapping。": 3, - "mbrose": 9, - "smfox": 6, - "opensource": 6, - "axter": 3, - "ully": 3, - "illmott": 3, - "teele": 3, - "enji": 3, - "ateman": 3, - "arisa": 3, - "artinernandez": 3, - "adby": 3, - "hewring": 3, - "arleen": 3, - "aldering": 3, - "raggscite": 3, - "lmada": 12, - "anoluidics": 3, - "ereira": 3, - "iân": 3, - "ulley": 3, - "hislaine": 3, - "aillol": 3, - "anny": 3, - "oroniueda": 3, - "ix": 3, - "harras": 3, - "uzz": 3, - "aum": 3, - "自动控制的乐高模块化微流控系统完成xchange": 3, - "大幅简化xchange成像操作步骤": 3, - "自动化的超分辨大数据采集": 3, - "微流控，mage，imentin，actin": 3, - "xchange成像需要一轮轮的漂洗置换，这里提供的低成本的自动化方案可以说是解放了做实验的双手。但是该套方案需要一定的动手能力和编程知识。": 3, - "ollege": 3, - "ondon": 6, - "iii": 6, - "nalytical": 6, - "osep": 3, - "adurní": 3, - "aimundo": 3, - "argallocite": 3, - "hemistrypdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "kiyama": 6, - "细胞迁移": 3, - "phosphatase": 6, - "interacting": 3, - "inka": 3, - "iroki": 3, - "umi": 3, - "wasaki": 3, - "eiya": 3, - "amada": 3, - "amiguchi": 3, - "hinichi": 3, - "akakibaracite": 3, - "interactingpdfzoteroopenpdflibraryitems": 3, - "研究了nka基因对于细胞迁移的影响，细胞模型选择的是，上面有一个划痕实验。主要通过影响": 3, - "adhesion，所以还有成像的实验。": 3, - "ukumar": 3, - "将docking序列修饰到抗体上以减弱位阻影响": 3, - "相比较于初代xchange用bbiotinavidinbiotin在细胞内标记方案，这种方案能够获得更好的成像分辨率": 3, - "在固定细胞样品中能够取得更好的多色超分辨成像效果": 3, - "抗体、细胞、正交mager": 3, - "此文设计并尝试了中正交的imager序列，最后实现了细胞内色成像，说明imager在细胞内造成的cross": 3, - "talking": 3, - "可能也是比较严重的。imager序列设计也大有讲究。": 3, - "mail": 6, - "pyhmsharvardedu": 6, - "jungmannbiochemmpgde": 3, - "dhikari": 9, - "antosh": 3, - "oscatelli": 3, - "hiranjib": 3, - "uchnercite": 3, - "bounit": 6, - "fibrillar": 3, - "α‐synuclein": 3, - "aïda": 3, - "uc": 3, - "ousset": 3, - "rida": 3, - "oria": 3, - "ieri": 3, - "ean‐hristophe": 3, - "livo‐arin": 3, - "onald": 3, - "elki": 3, - "突触核蛋白（in": 3, - "lysosome）通过转运的途径被阻断": 3, - "features": 3, - "aravís": 3, - "onzález": 3, - "asad": 3, - "amhacite": 3, - "nargky": 3, - "phingomyelin": 3, - "holesterolnriched": 3, - "omains": 3, - "ovel": 3, - "itsuhiro": 6, - "oshihide": 3, - "obayashicite": 3, - "ightpdf": 3, - "透明墨水结构色印刷": 3, - "!ekakb": 3, - "电子显微镜细胞器分割": 3, - "文献汇报谢晓冬pptx": 3, - "（霍华德休斯医学研究所）又搞大事情了。但是网站在中国境内基本上很难打开和直接使用。只能参考一下": 3, - "教程": 3, - "翻人家实验室一看，果然是大佬。": 3, - "他妈的各种资源都要翻墙才能查看，这是逼着我有空去搞个自己搭建服务器么。。然后发现如果是": 3, - "vimeo上的视频，可以使用另外一个网站下载。": 3, - "文章的通讯之一，是大佬。": 3, - "另一个通讯是电镜大佬。": 3, - "电镜技术（for": 3, - "largevolume": 3, - "imaging）的一作兼通讯。": 3, - "最近在招募": 3, - "细胞生理学": 3, - "这个研究方向真的是大佬云集，很多都是搞硬核技术，特别是成像数据分析方面。比如之前我看到的": 3, - "cellpose": 3, - "carsen": 3, - "stringer。": 3, - "聚焦离子束扫描电子显微镜（）与三维超分辨成像技术（）联用来实现细胞多模态成像": 3, - "训练所需的数据，估计需要利用前面的连用技术的前置，通过三维超分辨成像技术给不同的亚细胞器打上标签，而不是真的靠专家的眼力去实现分割。no，no。": 3, - "!细胞器mp": 3, - "文献阅读建议与主题阅读": 3, - "借机打磨自己的文献阅读工作流，稳固文献阅读习惯": 3, - "文献阅读": 6, - "近期受疫情影响，学校封闭，实验室切换为居家学习办公模式。樊老师继续倡议大家抓住机会，每日阅读十篇文献，争取在一个小领域提高自己的认知。我觉得这亦是自己整理文献库，真正凝练自己感兴趣的若干方向的机会。": 3, - "每日十文一月突破": 3, - "活动建议pdf": 3, - "文献泛读建议anabpdf": 3, - "文献泛读参考模板pdf": 3, - "根据这些建议和参考，我拟结合自己的基于": 3, - "的文献阅读流程，对已有库存进行梳理，期望实现以下目的：": 3, - "按照新的模板对所有文献笔记进行查漏补缺（收集）": 3, - "归纳总结若干感兴趣的方向（整理）": 3, - "对最感兴趣以及最有可能发展的小领域进行综述（发表）": 3, - "zotero文库整理": 3, - "非常轻松地根据自己对于所看文献的印象把文献库弄出了四个主题，分别是：": 3, - "：涉及到各种显微成像技术，但以荧光成像为主，也包括、、、等等。": 3, - "：这里主要是各种分子探针，纳米探针甚至是纳米结构方面的内容，不局限于荧光探针，纳米结构等等。主要是作为某种工具积累。": 3, - "：主要是对细胞以及细胞各种结构现象功能方面的研究，也可以理解为是偏生物学主题的内容，内容十分丰富。": 3, - "：各种智能的设计，比如智能响应的纳米机器，或者是计算存储等等，还包括人工智能，机器学习等算法的一些应用。": 3, - "然后借鉴": 3, - "的经验，同时我还设置了": 3, - "三个根目录。比如目前在博士后阶段开展的课题相关的文献，肯定是放到项目中；然后平时组会分享的文献内容就放到分享中，已经发表的文章其实就相当于存档了，就放到发表目录内。这样就非常清晰。所以对于任意一篇文献，它应该是要同时存在于多个目录，而且是先存在于四大主题和项目中。": 3, - "分类是一件需要做好顶层设计的事情。但是刚开始的时候很难做这样的顶层设计，所以只能是渐进式地调整。目前出于兴趣，前沿和能干等因素，我想集中精力研读的主题，主要是【超分辨多色成像】，所以我打算把这个放入到中。": 3, - "主题阅读示例": 3, - "!超分辨多色成像": 3, - "先搜索了一堆文献放着。bounit": 3, - "蛋白分子振动": 3, - "分子共振荧光增强中提到，分子间振动对于能量的转移是很有帮助的，chnedermann，那么在生命体系中，我想这个应该是被蛋白质广泛利用起来的一个机制。所以特地查一下蛋白质分子振动相关的文献。分子振动既可以是分子内不同基团的振动耦合，也可以是分子间的（比如在蛋白复合体中）。": 3, - "ntoniou：作为催化活性来源的内部酶运动：速率促进振动和氢隧穿": 3, - "larke：用费米共振模拟α螺旋肽的相干能量转移": 3, - "larkelarkea：": 3, - "describe": 3, - "quanta": 3, - "transferred": 3, - "coherently": 3, - "bonding": 3, - "network，⭐": 3, - "beling，investigate": 3, - "fading": 3, - "oscillations": 3, - "ujisaki，ibrational": 3, - "pulses": 3, - "occurs": 3, - "initially": 3, - "“injected”": 3, - "flows": 3, - "rest": 3, - "surrounding": 3, - "including": 3, - "ay，分子共振助力酶催化。fast": 3, - "motion（飞秒到皮秒尺度的振动）": 3, - "coordinate": 3, - "andor": 3, - "nucleartransfer": 3, - "eea，费米共振会造成一些拉曼的特征峰，基于这个特点可以设计方法实现对神经元膜电位的无标记成像。": 3, - "eitner，hem一篇perspective，介绍ermi": 3, - "olecule。提醒我如何控制这种分子振动实现更好的能量传递，这是个好问题啊，距离肯定是一个好的切入点。": 3, - "cale，早期工作，一些氨基酸分子的费米共振。": 3, - "incerincera，": 3, - "nzymes。事实上酶所谓的催化效率，肯定有很多变构作用，也就是所谓的vibration来降低能量壁垒。": 3, - "oritsugu，ibrational": 3, - "olecule，分子模拟研究（接近绝对零度的条件）": 3, - "oritsugu，研究温度对蛋白质分子共振的影响": 3, - "chramm，酶催化和分子共振的关系，这里换了一个说法叫做romoting": 3, - "vibration": 3, - "膜张力的情况": 3, - "piezo蛋白能够作为一种机械力响应的离子通道蛋白osteaselwandter，本质上是因为膜表面张力变化（形变），引起蛋白构象变化。aotomeiniang": 3, - "膜表面张力，更具体讲，是": 3, - "tension，到底是怎样一种力？如何产生这种力，以及这种力和膜曲率的因果关系，都是要搞清楚的。": 3, - "膜张力能够促进小liposome融合成大的，而且这里的膜张力主要靠渗透压来实现，就是在liposome中添加": 3, - "dextran。eshpande": 3, - "首先要尽量搞清楚这个概念。": 3, - "ine": 3, - "ention": 3, - "这个张力跟": 3, - "是相对的，感觉是指磷脂分子被抽出来的力。": 3, - "膜张力跟细胞运动的关系。": 3, - "可以看到这个侧向压力，肯定是磷脂分子在膜里边，侧向运动和相互作用造成的。结合渗透压升高，膜张力变大的现象，可以这样理解：疏水部分会在磷脂分子间距变大的时候形成一个拉力来对抗这种间距变化（e": 3, - "hateliers": 3, - "tension。": 3, - "知道了这种力的本质，也就是疏水相互作用，膜曲率可能造成张力差异，但似乎还是没有使用": 3, - "dextran": 3, - "这种制造渗透压的方式来得更科学合理。所以梁承品的工作分子共振荧光增强中提供的证据，即不同大小脂质体产生的变化，可能不能证明这是一种测量膜表面张力的工具。": 3, - "另外一部分实验，就是使用不同比例的磷脂分子来影响流动性的实验，则说明了这个四面体加几个的探针，其荧光强度更容易受到流动性影响，结合不同距离的显著信号下降，说明这个探针更可能是基于分子间的共振（有距离，有阻尼），产生的荧光信号增强的效果。": 3, - "但是这个olecular": 3, - "esonance距离衰减得比较厉害，能够支持的距离也就": 3, - "nm多一点。这个作用距离跟": 3, - "的很像，所以也不排除是类似": 3, - "的效应（光波耦合，而非机械振动耦合），比如一个": 3, - "分子的发射荧光再次影响了临近的": 3, - "，但是这个可能性比较小，排除实验也很简单，做一个用": 3, - "波长激发的实验即可。": 3, - "细胞膜张力的相关工作速览": 3, - "carthy，liposome上出现由不同磷脂分子形成的相分离，有一些microdomain，类似lipid": 3, - "ongsirojkul，渗透压控制liposome膜表面相分离": 3, - "iswas，β降低胆固醇可增强细胞膜张力及其变化，从而降低细胞的完整性": 3, - "ottcher，膜张力变化还能激活": 3, - "integrin信号通路": 3, - "antor，认为细胞膜的侧向压力，可能是一种重要的调控蛋白受体功能的机制": 3, - "olom，一种膜张力荧光探针": 3, - "lipt": 3, - "reporter，如下图所示：": 3, - "ournier，通过模型直接计算": 3, - "tension，物理学期刊大作": 3, - "asan，探讨了膜张力对脂质跨双层运动的影响": 3, - "scla，报道了一种膜张力响应蛋白acterial": 3, - "anmey，介绍了磷脂分子和膜的一些动态特性": 3, - "ieber，讨论了细胞运动过程中，头部和尾部的膜张力": 3, - "angamani，蛋白质可以改变局部膜的曲率和张力": 3, - "aha，似乎测量了在特定渗透压下脂质体膜的张力": 3, - "heetz，介绍细胞膜骨架和膜的一些关系": 3, - "higyou，膜侧向张力还能让一些颗粒进入liposome中": 3, - "imunovic，膜张力反过来也能影响和组织一些产生曲率的蛋白。": 3, - "细胞分子力学专题": 3, - "关于细胞的机械力作用，其实博士阶段我也经常看到相关的文献。我大致知道：": 3, - "机械力作用能够影响一些干细胞的分化（比如特定形貌的表面培养它们）": 3, - "测量分子机械力常用的光镊、磁镊等技术，但是门槛都很高；也有毛细管悬滴法": 3, - "我最近从头开始搭建自己的文献库，之前的一些文献和阅读记录并没有整合进来，所以这里干脆从零开始来了解这个领域。目前文库里边，有用来测量": 3, - "forces的rockman，还有用折纸测量微观分子拉力的拉力计ickels。还有piezo蛋白的。osteaselwandter": 3, - "值得注意的是，中医针灸也是一种细胞力学刺激，最近也有相关文献报道。iub": 3, - "先精读一篇文章": 3, - "第一遍速览，rockman": 3, - "这里边主要用到了两种细胞，还介绍了一些蛋白抑制剂，可以用于控制调整": 3, - "force。我觉得这个体系应该是比较成熟的，关键是我们要去做的话，能解决什么问题？它其实是突破了的控制分辨率限制，我们能突破什么？这个就需要精读了。不过作为刚开始的一个demo，我完全可以用单链复现一下这个体系，验证体系的成熟程度。": 3, - "再仔细看了一下全文和，此文还是存在一些问题，比如": 3, - "扩散到细胞和基质之间，这个厚度是否跟的倏逝波场配合？如果间隙就是": 3, - "左右，那么只要探针进入就是会亮成一片（背景很高）。但是实验的结果又是可以做，说明间隙不是很大的影响。但是文章提到信噪比为，所以我就不懂了。其实还是跟倏逝波有关，距离界面": 3, - "nm，这个激光的强度是指数下降的。不过间隙厚度的变化，是否能够作为另外一种测定细胞": 3, - "force的方式（用结果推测原因），也可以考虑。事实上电致化学发光（）也做一些这种细胞黏附的实验，其实就是利用的这种leaky吧。": 3, - "各种细节的问题": 3, - "新的": 3, - "probe能解决什么问题？首先是确定要看什么力？如果是用来做，只能看细胞跟基底面的间隙以及细胞边缘很浅的一层的蛋白。如果也看": 3, - "force，那么就是选定一些黏着斑蛋白之类的。接下来是这个框架核酸的probe能够提供超越hairpin的什么东西，有助于提供更多的力学信息。有没有可能把": 3, - "对应成它们的碱基对设计。不同大小的四面体，一端连细胞，一端连界面上的靶点。": 3, - "我本质上还是一个测量间隙厚度的想法：细胞表面和基质上都有四面体的": 3, - "链。细胞上的用的方式与integrin连接，细胞变形产生力的作用的时候，由于两条": 3, - "链离得太远，imager不能稳定停留在界面上。但是如果厚度较小，限域空间里，imager的结合频次到底会如何响应这个厚度？细胞表面和基底面如何竞争结合这个": 3, - "链？另外如何是测量这个间隙的厚度，有没有其它方法可以做，以及做的效果如何，以及我是不是非得用": 3, - "imager来做？": 3, - "我很快查到今年就有这样的工作，用的方式测量细胞跟基底面之间的空隙的厚度，大概在": 3, - "这个事实早在年就已经用研究过了。iebel": 3, - "总的来说，细胞跟基质的高度早就可以用测量了，然后最近也实现了实时的测量，但是还没有做到超分辨。如果可以把空间分辨率也提升上去，实时地观察细胞膜跟基质的距离变化，本身也是一个很有意思的事情。而且根据时空变化还可以反推力学作用，不管是大小还是方向。": 3, - "要做这个事情，我首先想到了是最早的，用": 3, - "染料对细胞膜成像。haronov": 3, - "然后我震惊地发现此文并没有涉及到细胞膜。难道是": 3, - "染料有细胞毒性？可是他在文章中也说了可以做一些这样的成像啊。然后我看了一下这个工作的后续，主要是许珂再搞一些事情，anylchukoon。我主要看到他们能够看细胞膜的上表面，而且还是的，但是细胞膜跟基质的底面似乎并没有。然后成像速度还挺快的，": 3, - "就能拍完超分辨。": 3, - "其实用": 3, - "做超分辨的细胞膜成像的工作已经很多了，可以另外调研一下。确认一下有没有直接用": 3, - "看细胞膜和基底面距离变化的（用）。我个人认为这个肯定有人做过。尼罗红与细胞膜超分辨成像": 3, - "另外一个是之前看到一个核酸适配体和染料快速可逆结合的，或许这里也可以用上。unbul": 3, - "但是这个": 3, - "，估计容易被降解，而且对应的底物也比较特殊，估计比较难以买到。": 3, - "我只是觉得这种基于aptamer的策略也许是可行的，就是一个变构。让细胞的作用力导致": 3, - "构象变化，产生荧光信号响应。": 3, - "另外还有的想法，就是利用结构，问了下实验室的刘江波和陈杰林，得知被打开大概就是几个": 3, - "的力。然后在细胞培养基中估计是动态稳定的，现在能够设计的是": 3, - "的串联序列，但实际真实能够存在的估计小于个。一般研究的力学的都是用磁镊或者光镊在搞。": 3, - "最终我似乎是想用": 3, - "结合": 3, - "动态地观察细胞膜与基底面之间的距离变化。这个如果能够做成，那就真的是吊打在cell": 3, - "adhesion方面的研究。": 3, - "直接使用": 3, - "观测gap": 3, - "变化存在z轴分辨率和时间分辨率的问题。不过我觉得如果是大尺度的": 3, - "变化，": 3, - "轴分辨率和": 3, - "的成像时间也还不错。": 3, - "基于框架核酸的ension": 3, - "先看一个典型的四面体（，oxzip，可以用": 3, - "oxiew在线工具": 3, - "打开和编辑）的结构。思考一个问题，如果从一条": 3, - "施加作用力拉伸，会不会暴露出来单链的": 3, - "位点？但是我直观地从这个结构来看，很难有解旋的作用。但如果是": 3, - "，中间三条棱插入，搞成": 3, - "的状态，一个四面体就可以搞三个，然后顶部一拉，就暴露位点。": 3, - "如上图所示的设计，由于四面体上有三条棱，其实就可以搞三种不同的颜色。如果能够成像，就有可能实现对作用力的方向的解析。如果是可以控制这个四面体能够搞得更大一点，或许空间上就可以区分，但是现有的，差不多": 3, - "nm的外接球直径，所以很难区分这三条棱，哪一条先被拉开。": 3, - "从另外一个角度来看，如果是作用力比较大，按照s的的最长": 3, - "作用时间算，可能一下子把三个棱都拉开了。就算是有方向的缓慢作用力，力的空间朝向也很难判断啊。我估计只能是判断三种状态差异：": 3, - "所以这里本身就需要一些模拟的工作，来判断一个半球的空间内作用力方向跟棱的打开的关系。至于作用力的大小，我觉得这个同样是阈值型的，只能知道它大概用超过了多少的力作用了这个probe。": 3, - "或者我可以换一个角度来思考，细胞就是施加一个作用力，拉扯一下探针，然后突破阈值之后，细胞走掉，跟这个探针不再接触。而探针在细胞力的作用下发生不可逆的变构（split），暴露出不同数量的位点。这样的话就足够后面的成像。": 3, - "至于力的方向正不正确，其实都有现成的模型，比如那个血小板细胞的收缩环，大致就能判断其作用力的方向。另外还有一些细胞脱壁直接变成悬浮细胞模型，则可以用于验证竖直向上的作用力。": 3, - "这个想法显然更加一点，也要高级一点（操作起来也更难），但是还是需要看一下关于细胞力学成像的方向解析方面的研究。": 3, - "能否直接用现成的": 3, - "确认能否直接拍": 9, - "尼罗红与细胞膜超分辨成像": 6, - "上面提到的两个课题思路，本质上都能解决作用力方向的问题，但实验体系什么的都不是现成的，可能要费老大功夫。所以在调研了这么多文献之后，我也在考虑能否用现成的体系，稍微多个细胞，就做点细胞力学方面的事情。": 3, - "直接拿去用的话，还是一个频率差异，但是也会遭遇到无法扩散到细胞跟基底面的gap中去的问题。然后要验证这一点，我做片子，铺细胞，可能还要对靶蛋白做标记，就是一整套新的实验体系差不多就": 3, - "还有一个问题，修饰在界面上的探针，如何确保它们不被内吞了呢？虽然人家工作已经做出来了，但是这里也可能有": 3, - "trick": 6, - "啊。另外细胞跟基底面之间的胞外基质成分其实也是比较复杂的，我非常怀疑": 3, - "imager在其中的扩散行为。": 3, - "最后，就算第一个问题解决了，imager也能对基底面成像，那么怎么把频率映射为作用力，这也是一个很大的问题。暴露不同的": 3, - "strand，然后同时多色成像（基于频率？）这个只是多色同时成像的可能性。哪怕只能搞两种似乎也行啊。但事实上如果用分屏的方式，也能很轻松做到两种颜色同时成像。": 3, - "我觉得现在是从一个做工具做技术的角度去思考问题，而不是从需求出发去解决实际问题，所以还是要先找到有意义的关于细胞力学方面的重要问题，不然的话就以最简单粗暴的方式弄一个技术，免得别人用起来也不方便。": 3, - "总而言之，直接移植": 3, - "到细胞力学的体系，我认为是一个非常远的目标了，至少得一年的时间（按照我搞的经验）。": 3, - "probe的drawback": 3, - "看多了我也产生一个疑问，既然的作用力是波动的lotnikov，会不会只要细胞接触到了表面就会触发这些信号？iu此文和用做的工作rockman都存在这样的问题。界面做好了之后，可能一个小时就铺细胞，此时细胞正好是要贴壁的过程，只要碰到了界面，就要用sensor去试探基质。所以这也算是一个": 3, - "吧。": 3, - "核酸适配体调研": 6, - "比较新的一篇综述u，介绍了几种常用的靶向细胞某些蛋白的": 3, - "aptamer，其中最著名的就是": 3, - "azdianobati，只有": 3, - "长度，靶向大名鼎鼎的": 3, - "蛋白。另外也还有靶向": 3, - "蛋白aa，以及二元适配体同时靶向lysosomeshuttling": 3, - "和感兴趣膜蛋白受体的工作iao。甚至还可以用er适配体靶向实现超分辨成像的traussa。": 3, - "我基本判断想用靶向nucleoin做点事情，所以进一步了解了下这个蛋白，结果发现功能太多了，ligand，或者各种靶向它的策略方法工具都很多。但是似乎只提到了": 3, - "nucleoin": 3, - "会在癌细胞中增高表达，膜表面也有这个蛋白存在，但是细胞膜下表面是否存在，以及nucleoin被内吞回收产生的作用力如何，这个又是值得探讨的。": 3, - "的序列：": 3, - "′′": 3, - "怎么连接到其它纳米结构上（spacer），可以参考山东大学姜威ei": 3, - "iang的工作iua。": 3, - "不过这篇工作用到的是": 3, - "（膜蛋白）的": 3, - "aptamerabavinia，细胞是，然后最终到细胞核里跟": 3, - "搞起来。注意": 3, - "能够让": 3, - "变构，然后让": 3, - "quencher链掉下来，恢复荧光。": 3, - "这个适配体的序列也不是很长（序列似乎是错的？），用spacer连接到四面体上。": 3, - "这篇文章也提供了一些荧光成像的证据，看起来这个": 3, - "还是很强的啊：": 3, - "通过溯源erreiraaia，我发现": 3, - "被使用的序列：": 3, - "然后加": 3, - "tail": 6, - "也还好，居然加了个，说明有": 3, - "不大影响这个的构象：": 3, - "′": 6, - "questions": 3, - "难搞的地方在于，如果蛋白拉扯，这边的拉链": 3, - "没打开，aptamer": 3, - "构象已经被改变，导致docking链始终被封闭，就存在这种可能性。": 3, - "据文中所称，这个的": 3, - "对蛋白的亲和力，比抗体还高erreira。": 3, - "看一下细胞被罗丹明标记的": 3, - "apt": 3, - "做的成像效果，感觉满满的都是。": 3, - "智能响应的微纳器件": 3, - "问题与关键词": 9, - "一定要把问题描述清楚，提取其中的关键词，用关键词去搜索相关资料。": 6, - "这个专题是我根据未来大致发展方向选定的第一个比较大的调研主题，在": 3, - "中先新建了一个": 3, - "folder，然后先看看已有文库中有哪些工作算得上。先输入": 3, - "这个关键词，就能找到几篇。": 3, - "在这个专题中，其实就两个关键词，最重要的就是智能响应，到底响应了什么，为什么能够响应，需要什么条件等等。然后就是微纳器件。": 3, - "相关文献": 9, - "针对一个问题，可以在": 9, - "中建一个文件夹，把搜索到的文献都放进去。": 9, - "相关的小综述。响应的自然也是链，然后基于链置换反应实现": 3, - "gates": 3, - "circuits。这个算是基本操作了，也是目前我所在实验室最有可能做的方向。": 3, - "上转换纳米颗粒响应具有良好穿透组织能力的近红外光（两种），能够分别产生光和绿光，然后激活光敏剂（photosensitizer）和核酸适配体（aptamer，靶向nucleolin蛋白，多种癌细胞膜表面过表达）。": 3, - "汇总小结": 9, - "尝试根据搜索到的资料对问题做出回答，并概括相关研究的情况。": 9, - "折纸的文章": 3, - "微流控系统调研": 3, - "自动化": 3, - "ulux": 3, - "rochurepdf": 3, - "lyerlow": 3, - "latformpdf": 3, - "我让师弟去查找一些相关的文献，看看有没有什么比较好的能符合需求的系统。今天能给飞姐回复就行。": 3, - "查看文献库时看到的用于超分辨多色自动化成像的微流控系统，levanski": 3, - "看上去更像是一个机械臂（pipetting": 3, - "robot），可以移动吸取和注射。商品官网。": 3, - "另外还有一个就很微流控的，lmada": 3, - "但是看上去是一个比较": 3, - "cheap": 3, - "的解决方案，依赖于": 3, - "lowcost": 3, - "ego": 3, - "hardware": 3, - "magebased": 3, - "software，估计setup之后还有大量的工作量，并不推荐。": 3, - "微流控系统调研docx": 3, - "北京燕京电子微流控上交通大学进样报价单pdf": 3, - "分子机器专题阅读": 3, - "为了综述的整体重构，突出我们是做了一个分子机器的设计和应用，特此研读。": 3, - "我们认为，通过size的精确设计控制，能够影响分子机器的微观运动行为，并进一步应用到，观察到了成像性能的改变。": 3, - "hapecomplementary": 3, - "文献erling中主要是搞了一种基于形状互补的动态纳米器件，而非是碱基互补配对。此文需要好好研读，理解行文逻辑。": 3, - "看了摘要和ntro部分，文章从蛋白质的相互作用，很多": 3, - "complementarity开始介绍（而不是乐高积木），然后说核酸也可以，并具体地距离说明": 3, - "体系，然后尝试模仿这个体系，构建基于形状互补原理的": 3, - "devices。并且鲜明地指出，此后只需要基于基本模块进行": 3, - "evice设计，而无需考虑复杂精细的基于碱基互补配对的结构设计。充分回应了": 3, - "nonbase": 3, - "的标题。": 3, - "总体框架上，确实与我们的工作有较好的对应，但是从解决的问题上讲，significance，还是这篇": 3, - "要强很多，它就好比从": 3, - "语言到": 3, - "python，是让整个": 3, - "器件制备": 3, - "领域发生变革的工作。我们只不过是改变size影响nanomachine的布朗运动。": 3, - "所以我认为，更需要找到已有哪些方法去影响motion。然后才知道我们这种方式是否是创新的。": 3, - "shortranged": 3, - "nucleobase": 3, - "stacking": 3, - "electrostatic": 3, - "repulsion": 3, - "repulsions": 3, - "negatively": 3, - "charged": 3, - "shapecomplementarity": 3, - "dwell": 3, - "counterioninduced": 3, - "condensation": 3, - "observations": 3, - "ensemble": 3, - "elastic": 3, - "allosterically：别构作用影响构象": 3, - "vicinity": 3, - "of：在临近": 3, - "to：与连用": 3, - "arbitrary": 3, - "shapes：任意形状": 3, - "analogy：类似的": 3, - "tochastic": 3, - "ung这篇工作设计了在微颗粒表面上随机行走的": 3, - "walker。要学习的就是对": 3, - "的描述，分阶段分步骤阐述，并且有对应的动力学参数。": 3, - "proceed": 3, - "thermodynamically": 3, - "favourable": 3, - "configuration": 3, - "traverse": 3, - "feasibility": 3, - "ickels文章中认为ss的弹性行为，使之特定长度（在": 3, - "clamp）就对应着特定大小的力，从而可以直接设计合成出来力大小的": 3, - "clamp。然后对": 3, - "holiday": 3, - "junction（可）施加不同大小的力，看下": 3, - "信号的变化，得到一个标曲。再换其它的结合蛋白，测定其信号，从而得到其力学参数。测量力的范围最好能到": 3, - "p。这里面同样有一些状态的对应关系值得学习。": 3, - "suffer": 3, - "operate": 3, - "autonomously": 3, - "massive": 3, - "parallelization": 3, - "benchmark": 3, - "spring": 3, - "imparted": 3, - "contour": 3, - "length": 3, - "envision": 3, - "rockman这个就是用": 3, - "来测量细胞的收缩力。测量范围大概在": 3, - "p。相当于docking": 3, - "有特殊设计，只有力大于这个范围时候，才会暴露出来位点，被的imager结合上。": 3, - "guage": 3, - "rupture": 3, - "abolish": 3, - "posited": 3, - "arrowhead": 3, - "behind": 3, - "eeman的综述，学一点话作为": 3, - "的开头。文中认为，能够不改变实验条件，比如温度，离子浓度，甚至添加": 3, - "fuel": 6, - "strand，就让machine自己自动执行功能的这种": 3, - "是更好的。": 3, - "suspect": 3, - "assemble": 3, - "hara展示了一个两足行走的机器人，当然只能在折纸上搞，不过行走过程描述得比较清楚，而且对于这个motion的概括比较到位，同样还是一个": 3, - "速率描述的。": 3, - "uel": 3, - "urke应该是相当早的分子机器的工作了，主要是提出了分子机器驱动的": 3, - "链的概念。但是": 3, - "cylce": 3, - "waste": 3, - "product": 3, - "我记得似乎还有一篇搞了个": 3, - "wastefree": 3, - "的工作uzyk。": 3, - "azrafshan：在地毯上走直线的折纸机器人，速度": 3, - "nmmin，还可以": 3, - "angialosi：百倍膨胀变形机器人": 3, - "hao：给定迷宫路径，向导机器人自主导航。": 3, - "ouglas：这个机器人主要是把分子转运到细胞里边。": 3, - "i：修饰了thrombin的桶装折纸，起到一个filter的作用。": 3, - "i：在细胞膜表面自主行走的分子机器": 3, - "iang：锁链和一些常见类型的": 3, - "circuit": 3, - "ingh：介绍了一些抗癌的分子机器": 3, - "ang：超软超弹的水凝胶，在磁场作用下发生形变运动穿越障碍。": 3, - "hubagere：钱璐璐的": 3, - "robot，写作可学习": 3, - "orelli：圆筒状折纸上有一个switchable": 3, - "flap，可以通过链杂交实现功能": 3, - "ang：自家综述，简单介绍了": 3, - "的驱动力，运动模式等。": 3, - "ang：韩达工作，": 3, - "具有": 3, - "anticoagulation": 3, - "功能": 3, - "hang：详细介绍": 3, - "链置换反应的综述": 3, - "hang：e": 3, - "介绍": 3, - "的综述。": 3, - "hu：纳米孔检测啊，这里的分子机器，可以响应紫外线，然后掉下来，然后自组装。": 3, - "ang：圆筒状折纸，接收thrombin作为input，通过一系列链置换，控制凝血行为。": 3, - "mith：利用激光打plasmonic表面，产生热能，驱动的运动。": 3, - "框架核酸四面体之类的": 3, - "主要是关于四面体、": 3, - "的一些基础，详见框架核酸及其应用": 3, - "纳米机器人的好应用和驱动方式": 3, - "要找到一些智能高效的纳米机器人的应用例子。详见微纳机器人的运动和应用": 3, - "框架核酸及其应用": 3, - "既可以说是框架核酸，也可以说是分子机器的组成部分。": 3, - "e：自家出品的关于框架核酸的概念的奠基性综述文章。": 3, - "hang：川大linyunfeng，四面体载药治疗": 3, - "acroix：纳米结构载药的一些挑战，综述。": 3, - "anga：四面体检测外泌体的工作": 3, - "iang：梁乐师兄的四面体进细胞": 3, - "in：林美华师姐的四面体做超灵敏检测": 3, - "in：林美华师姐的ature": 3, - "rotocol，涉及各种大小四面体的合成方法": 3, - "iu：赵彦师姐关于六螺旋折纸变构的工作，变构基于电荷中和作用，发在angew上了": 3, - "ao：毛秀海师兄早期关于四面体催化的工作": 3, - "ao：毛秀海师兄近期关于四面体里外环境差异引起aptamer亲和力将近三倍变化的工作": 3, - "ong：用四面体把不同的酶在bulk溶液中链接起来后，提高他们的级联反应效率，然后基于这种策略涉及了一个sarcosine的sensor，用于早期前列腺癌的诊断检测。": 3, - "anga：tanweihong组四面体再加上aptamer对exosome进行检测。": 3, - "iao：裴昊师兄组关于纳米结构设计和应用的综述。": 3, - "u：渠志倍师兄长程静电作用促进四面体侧链杂交反应（模拟居多）。": 3, - "undah：有证据表面在细胞里边四面体测链能促进互补杂交和连接": 3, - "ia：李凤琴师姐四面体搭桥，得到一个ultrafast": 3, - "uzmenko：guided": 3, - "go": 3, - "蛋白，这类结合蛋白都可以促进与target的结合，跟go相关。ilius": 3, - "纳米颗粒布朗运动专题阅读": 3, - "我们在综述提到，四面体是一种": 3, - "machine分子机器专题阅读，然后通过设计大小来影响其运动，运动主要就是": 3, - "diffusing，所以这里深入了解并确认了": 3, - "对于颗粒的": 3, - "的影响，基本在几百": 3, - "范围都是有一个指数下降的趋势。这意味着我之前的判断”四面体越大扩散性越差“的观点是站得住脚的。": 3, - "值得注意的是，借鉴蛋白颗粒有平动还有转动，而且size增加后似乎转动受到的影响还要大于平动，所以对于": 3, - "而言，它需要寻找到合适的空间取向，也成为了一个限速步骤。那么它的": 3, - "dark": 3, - "理论上讲会更长。很有参考价值的文献都放了截图。": 3, - "最后说一下意义，扩散是微观世界中分子运动的主要形式，但可惜的是扩散本身是随机的。而生命的神奇之处就在于，通过各种各样的方式调控，使得分子运动有序化，从而在某种意义上驾驭了随机的分子扩散，使之产生确定的生物功能。": 3, - "布朗运动": 3, - "布朗运动是指悬浮在液体或气体中的微粒所做的永不停息的无规则运动。": 3, - "其因由英国植物学家布朗所发现而得名。作布朗运动的微粒的直径一般为": 3, - "厘米，这些小的微粒处于液体或气体中时，由于液体分子的热运动，微粒受到来自各个方向液体分子的碰撞，当受到不平衡的冲撞时而运动，由于这种不平衡的冲撞，微粒的运动不断地改变方向而使微粒出现不规则的运动。": 3, - "`rownian": 3, - "otioncolloidal": 3, - "particle`（溶液中的悬浮的纳米颗粒？？）": 3, - "阅读文献anoharan": 3, - "阅读文献hakrabarty": 3, - "阅读文献uriv": 3, - "几篇文章快速看下来，发现可以直接用的理论。毕竟四面体是纳米颗粒。打算先了解下的基础知识，然后看下侯尚国师兄的": 3, - "tracking。": 3, - "与扩散系数": 3, - "是`ean": 3, - "quare": 3, - "isplacement`缩写，指的是均方位移。其定义为液体和气体分子不会待在一个固定位置，而是不停移动的。": 3, - "均方位移的量与原子的扩散系数存在对应关系。": 3, - "所以很多东西被浓缩到一个扩散系数里边去了。显然这是一个由粒子和环境共同决定的因素。比如流体环境黏度增大，这个扩散系数显然就会改变。": 3, - "`diffusion": 3, - "coefficient`": 3, - "阅读文献udyak：收获蛮大！😊": 3, - "differs": 3, - "significantly": 3, - "纳米颗粒的扩散系数受到本征的严重影响，这里给出了一个模拟的结果，即扩散系数与size": 3, - "存在指数关系，但是k值由材料本身决定。不过这个基本符合我的感受：即size越大，扩散系数越小，扩散能力越弱。": 3, - "阅读文献udyak，引用了文献udyak，但是探讨的纳米颗粒的size和溶液整体的黏度的关系。": 3, - "阅读文献harazmi：降低anus纳米颗粒的表面能（疏水部分），能够增加平动和转动的扩散系数。也是一个模拟为主的工作。": 3, - "阅读文献ournier：在有机组织中的扩散很不一样，基于这种方式联合可以对脑部成像有更好的效果。": 3, - "阅读文献usko：通过纳米孔测量蛋白质的转动的扩散系数，有不同大小的，还有蛋白复合体的，基本上也是越大，扩散系数越小。这个文章很有用。⭐": 3, - "蛋白质和小分子颗粒扩散": 3, - "阅读文献akshi，定量研究了大肠杆菌中的扩散转运": 3, - "阅读文献albo，认为一些分子的拥挤程度影响了扩散系数。。比如γlobulin，这不是跟差不多么": 3, - "阅读文献vonulow：蛋白浓度提高后，转动衰减比平动更严重": 3, - "阅读文献roves：技术测定多糖分子的扩散系数跟分子量的指数关系": 3, - "阅读文献onopka：测定在两种不同状态下细菌中的扩散系数。": 3, - "阅读文献esmelova：体系中球蛋白浓度越高，扩散系数越差": 3, - "阅读文献impson：iffusion": 3, - "的详细介绍。": 3, - "阅读文献ingh：认为纳米材料会影响细胞形状，没啥乱用。": 3, - "阅读文献akshi：光激活aede蛋白为例的diffusing": 3, - "微纳机器人的运动和应用": 3, - "微纳机器人能用来做什么，有什么用途？这是我第一个需要回答的问题，得先从已有的文献中先做一下简单的分类和思考：": 3, - "测量分子作用力，ickelsrockman": 3, - "检测或者过滤抗原，iang": 3, - "调控细胞功能，i": 3, - "运载货物，ouglashubagere": 3, - "微纳机器人的运动控制或驱动，不少可以参考自家综述ang：": 3, - "链置换行走，ungharaazrafshanhao": 3, - "物理场作用驱动，mith": 3, - "还是有不少内容有残缺，需要大量的文献阅读，去搜吧": 3, - "相关文献速览": 3, - "用包硅的四氧化三铁作为致动器（actuator），电磁场驱动，然后表面修饰能够结合细菌细胞壁的endolysin作为sensor，最终实现对多重耐药的金黄色葡萄球菌的杀灭。": 3, - "多位nanomedicine或者nanorobot领域的大佬畅谈该领域的发展，什么可以称作nanorobot，以及集群机器人作为一种手段对我有所启发。⭐": 3, - "用纳米技术合成四价流感疫苗，非常精确的组成。": 3, - "hao等人的综述，主要是关于纳米技术应用于nanomedicine，提出了所谓的": 3, - "的概念。": 3, - "自家用折纸治疗急性肾损伤的文章，陈倩师妹的工作。": 3, - "能够有较大穿透深度的近红外，加上上转换纳米颗粒，还有aptamer，从而实现了所谓的": 3, - "spatialtemporal": 3, - "selectivity": 3, - "controllable": 3, - "devices，说法都很有讲究。⭐": 3, - "hurch大佬eorge": 3, - "hurch的工作，什么autonomous": 3, - "robot、aptamer": 3, - "gate": 3, - "等概念，人家十年前就提出了。ourzac": 3, - "的采访中也有": 3, - "church": 3, - "的描述。⭐": 3, - "茜姐ian": 3, - "i通讯，葛志磊师兄一作的small文章，六螺旋折纸载药（ox）杀癌细胞，特点主要是载药数量精确？？": 3, - "黑磷纳米片治疗急性肾损伤，侯军军师弟的工作。": 3, - "关于微纳机器人的小综述。": 3, - "姜大卫师兄更早的关于用折纸治疗急性肾损伤的工作，算是搞起了一个模型。": 3, - "非常好的关于纳米技术和纳米结构材料用作nanomedicine的综述工作，作图简洁清新舒服。⭐": 3, - "做了一个多功能的nanorobot，典型的费力不讨好的工作，又是磁场控制、又是载药、可控释放、光热治疗等等。": 3, - "基于材料的一些motor的相关综述。": 3, - "果蝇的眼角膜上有纳米覆盖层，由于一种扩散反应的机制，形成了所谓的图灵样斑（uring": 3, - "patterns），此文进一步搞清楚了这种形貌结构跟生物学功能的关系。主要是对光线信号有更好的反射效果。": 3, - "生物医药领域，微纳机器人在": 3, - "diagnosis": 3, - "detoxification等方面的应用和进展。": 3, - "hao大佬的高引论文，其实就是模仿church做的一个": 3, - "trigger，能够响应凝血，在肿瘤微环境造成杀伤效果。": 3, - "一方面把肿瘤部位的血小板弄死，使得肿瘤组织更具更好的permeability，提高纳米材料的效应，另外一方面又让纳米材料载带凝血酶来阻断肿瘤组织的血运，饿死它们。": 3, - "基于zyme，以及烧桥原理，实现的分子机器在细胞膜表面的随机自主行走，行走过的路径会引起受体二聚，产生": 3, - "cytoskeleton": 3, - "remodeling": 3, - "enhance": 3, - "migration。概念上是个不错的工作。⭐": 3, - "ing等人的工作，ranched": 3, - "用于载带": 3, - "si、as": 3, - "等等进入细胞实现基因编辑。": 3, - "还是国家纳米科学中心这帮人，特别喜欢做滚筒折纸来载带一些，东西，这个是弄了一个肿瘤抗原，作为一个vaccine来发挥作用。事实上从健康理念上讲，确实是先疫苗预防，然后及早诊断。而等到病入膏肓，再治疗难度就很大。": 3, - "川大unfeng": 6, - "in的工作，四面体上伸出了一个": 3, - "aptamer，可以靶向肿瘤，导致蛋白进入到溶酶体降解途径，跟技术有点类似，还有一个韩达a": 3, - "an的工作，也是类似的比较有意思的策略（靶向降解蛋白）。⭐": 3, - "bphmkn": 3, - "一篇评论文章，讲微纳机器人需要更好的成像和控制，里边图比较漂亮，总结了三种典型的": 3, - "micromotor": 3, - "prototype。⭐": 3, - "介绍纳米结构，特别是": 3, - "作为": 9, - "cellualr": 3, - "的相关小综述。": 3, - "用蛋白质和做了个纳米线，所以不管是纯纳米结构，纳米结构，还是蛋白质组装的结构，以及这种": 3, - "nanomaterials，都有人做过了。": 3, - "微纳马达在生物医学上的研究进展综述，感觉还没有特别重量级的工作。": 3, - "in的工作，所谓的nanobee，我似乎还帮忙审过。": 3, - "可编程的药物释放，不能依赖于细胞内环境的降解作用，这样降解也得是自发可控，所以引入了zyme。产物包裹了氧化锌纳米颗粒。这个锌离子（进入酸性溶酶体中产生），既是酶的辅酶，也是的产生源。": 3, - "还是丁宝全aoquan": 3, - "ing他们滚筒折纸载带和靶向治疗肿瘤的工作，感觉换汤不换药。。": 3, - "一篇短小精悍的综述，提出了nanomotor要应用于invivo": 3, - "application面临的一些挑战。": 3, - "基于纳米结构的probe的一些进展的综述，内容较多。": 3, - "韩达a": 3, - "an模仿丁宝全他们体系，利用滚筒折纸执行抗凝血功能的工作，但是亮点主要在": 3, - "computing。": 3, - "快速粗略的读完一遍文库中微纳机器人相关的内容后，我感觉这个领域还非常初步。而且这个概念之前我其实是跟": 3, - "搞混淆了的。有一小部分nanorobot可以算是medicine，但大部分都不算。另外nanorobot也容易跟": 3, - "混淆。所以定义不是特别清楚，应用不是很多，是目前这个领域给我的感受。文章发得好的，一方面是搞纳米智能机器人的，另外一方面可能就张良方的一些工作还。": 3, - "tje": 3, - "图片来源：ineffableislandcom": 3, - "fourstranded": 3, - "knot": 6, - "letters": 3, - "bind": 3, - "最早在年，imotif": 3, - "被发现鉴定ehringatel，代表的是，翻译过来就是。": 3, - "很好的综述，imotif": 3, - "确实是": 3, - "响应，但是却存在一个类似": 3, - "值的半转换": 3, - "值。然后": 3, - "的稳定性主要是半质子化的": 3, - "对，也有很多其它因素能够影响。此外": 3, - "的序列也存在多样性，甚至有些细胞里边的启动子都能形成": 3, - "imotif。⭐": 3, - "从分析化学角度看": 3, - "的文章，这个东西结合电化学还挺有意思的，或许是新型的": 3, - "成像手段？另外还发现了用": 3, - "实现纳米金可逆聚集的工作": 3, - "harma，感觉": 3, - "针对": 6, - "的这种": 3, - "功能真的是非常好用⭐": 3, - "不少癌症相关的基因的表达调控元件都有": 3, - "imotif，所以这个玩意现在也是热门的靶点，事实上已经有抗体开发出来了。至少做细胞核成像是没有问题的。": 3, - "更细致的研究": 3, - "的稳定性受到": 3, - "和稳定影响的工作。": 3, - "、": 3, - "（荧光相关光谱）等方法测定": 3, - "的结构动态变化，得出结论是解构的速度比形成要快": 3, - "倍。⭐": 3, - "结构解析，两头": 3, - "imotif，中间": 3, - "综述，除了介绍": 3, - "的结构，还有细胞中存在的一些基因元件，还介绍了": 3, - "的作用底物，比较有意思的是碳纳米管可以促进端粒部位的": 3, - "形成。": 3, - "综述，特点是介绍了不少基于": 3, - "nanostructure，以及靶向": 3, - "的化学小分子。": 3, - "添加蒽醌化学修饰来提高": 3, - "的热稳定性。": 3, - "早期工作通过": 3, - "ray": 3, - "小角散射得到了": 3, - "在不同": 3, - "条件下的构象，尺寸参数给的非常明确。": 3, - "通过小分子稳定": 3, - "会导致": 3, - "不稳定，反之亦然，所以这就证明了细胞采取了不同的机制来利用": 3, - "这两种": 3, - "二级结构？？": 3, - "有参与的工作，清楚地显示了多种序列不同的": 3, - "的响应敏感性，": 3, - "波动就能造成这种形成和结构。": 3, - "做的一个纳米载体载药（）杀死癌细胞的小应用。": 3, - "链，还修饰了": 3, - "quencher，封闭修饰有荧光基团的": 3, - "aptamer（靶向肿瘤部位蛋白），然后这个": 3, - "序列的": 3, - "响应范围是": 3, - "。这个（荧光探针）思路很简单。": 3, - "分子加上": 3, - "之后也能响应": 3, - "发光了（刚性限制分子的作用）。这个感觉有点意思，但是似乎不太靠谱（解释得不是很清楚）。": 3, - "很神奇，imotif可以被荧光基团搞得更稳定，但此时荧光被淬灭掉了。通过升温解构之后的产物不可恢复，而且具有更强的表面吸附（到氧化石墨烯）能力。所以这种荧光染料还是要慎用。另外": 3, - "poly": 6, - "的表面吸附，也让我想起来姚广保师兄的": 3, - "吸附到金球表面的工作ao。⭐": 3, - "这篇分析化学的文章弄了一个基于": 3, - "的双色比例型荧光探针，对": 3, - "的响应非常精细，响应范围从": 3, - "，线性良好。⭐": 3, - "同样是利用": 3, - "效应，实现对两个荧光": 3, - "对的距离控制，造成效率差异。还搞了纳米孔，注意这里用的": 3, - "给出了尺寸参数是": 3, - "纳米金花结合": 3, - "载药（）做的": 3, - "nanomedicine。": 3, - "钾离子也能够影响": 3, - "的稳定性。": 3, - "被短波长激光激发产生磷光，还可能发生损伤？？": 3, - "研究这个启动子中的": 3, - "体外模拟细胞内环境，提供拥挤环境和g离子，证明也能提高": 3, - "稳定性": 3, - "解析了": 3, - "imotif和常规的双螺旋共存的结构，指出在很宽的实验条件下二者是可以共存的。这有利于更加丰富的设计。": 3, - "i老师的相关工作，利用": 3, - "和其它一些元件如": 3, - "结构弄了一个响应": 3, - "变化的": 3, - "荧光传感器件。": 3, - "研究了压力对于": 3, - "结构稳定性的影响，压强升高，前者更稳定，后者更不稳定，有点意思。": 3, - "研究了表观遗传修饰对于": 3, - "的稳定性的影响。": 3, - "证明人细胞核中存在": 3, - "固态纳米孔上喷金再修饰": 3, - "imotif，然后调节p搞银离子跟": 3, - "结合，然后放谷胱甘肽啥的。。。": 3, - "粗略看下来，目前关于": 3, - "的研究主要就是两大类，一类是研究各种影响它稳定性的因素，另一类是利用imotif作为": 3, - "psensitive": 3, - "的功能做一些传感探针设计。但是如果我想在": 3, - "中引入": 3, - "的话，单分子水平的": 3, - "变构的速度，以及不完整的开链结构会产生什么样的影响，都是未知的。因为目前都是给出的": 3, - "构象比例跟": 3, - "不同": 3, - "的响应曲线。这是个宏观的东西。": 3, - "微纳机器人的运动控制": 3, - "没有实际真实的目标去阅读文献或者调研一个东西是低效的。那么在开始做这件事情之前，我需要问一下自己，后面是要开展这方面的课题吗？还想着如何去控制纳米机器人的运动吗？我会去使用化学催化反应或者物理手段控制吗？": 3, - "其实我第一时间的反应都是": 3, - "o，因为我们提运动控制，纯粹是从答案找问题，觉得是一种新的运动控制策略。但是毫无疑问我们在这个方面的积累是严重不足的。不过后面不做这个方面的更重要的因素是，实在是": 3, - "不住。": 3, - "观察单颗粒的运动当然是可行的，甚至我们还有侯尚国师兄超强的三维单颗粒实时示踪手段。但是控制单颗粒运动这个事情，过于细节，我还没有形成一个": 3, - "big": 6, - "view，就很难产生较强的意义感。": 3, - "而且从理论上来讲，不管怎么做结构设计优化，都无法实现真正的主动靶向运输，物法实现真正意义上的纳米机器人：能够接收并执行人类发出的指令，以及自主地处理一些微观世界地任务。": 3, - "我心中其实是有一个": 3, - "view，如职业发展的思考中所说，我更想搞一点探索生命奥秘的题目，比如研究分子反应网络，或者是集群行为什么的，做个人工细胞什么的。但显然这个目前跟我的研究领域相去甚远，而且也过于理想化。": 3, - "所谓，听其言，观其行。我嘴上讲着总想研究一点生命的奥秘，但事实上我真正欣赏的文章，多是偏向技术突破（比如成像技术，分析手段，方面的），或者是好的技术应用，而不是概念上的某种突破。这种情况可能是我目前的境界还没有到，没有体会到从无到有，突破认知边界的那种意义感。": 3, - "全世界最前沿的个科学问题": 3, - "cience杂志在创刊周年发布了个问题，这些问题其实是一些非常大的问题。而从某种意义上讲，我的研究最好是从属于其中之一。": 3, - "化学自组织的发展程度如何": 3, - "自然界中手性原则的起源是什么": 3, - "蛋白质如何发现其作用对象": 3, - "是什么保持了细胞内的通行顺畅": 3, - "我留下了可能跟我兴趣点相关的问题。其中": 3, - "都是跟物质的运动有关。": 3, - "此后，上海交通大学在其建校周年时，跟cience联合发布了新版的个问题。": 3, - "其中人工智能部分第一个问题就是：可注射的抗病纳米机器人会成为现实吗？所以你看，其实我搞来搞去，都是在搞人工智能。我觉得这个是我要抓住的一个点。因为曾经我踏上码农的道路，就是体会到了自动化的魅力。效率的提高是对生产力的解放，这对于整个人类社会来讲都是进步的。": 3, - "所以脑子里始终记住四个字，“提高效率”，要做提高效率的研究，因为提高效率让我真正快乐。人工智能如果不能提高效率，那就是人工智障。": 3, - "在多色成像上就有好多工作，比如比较经典的": 3, - "xchange。ungmann": 3, - "其实比它更早的多色成像工作应该是基于六螺旋的": 3, - "barcode。in": 3, - "后来": 3, - "又发展出来了所谓的": 3, - "metafluorophore。oehrstein": 3, - "此外也有利用与靶标链结合频率差异弄的emporal": 3, - "arcodes。haha": 3, - "还有通过调整一个方块折纸上": 3, - "可以说": 3, - "在超分辨多色成像领域确实有优势。但是它的劣势也非常明显，就是速度太慢了，最近": 3, - "等人用分屏的方式稍稍缓解了这个问题。imber": 3, - "当然了早年就有人采用多种激光照明实现少数的同时多色成像。omezarcia": 3, - "最近也有针对分屏后的信号的点扩散函数进行调制实现同屏的多通道多色成像。": 3, - "针对超分辨多色成像的优化有很多策略比如同时使用碳酸亚乙酯、重复序列和spacer设计加速；ivitci": 3, - "更短的imager和简并设计的靶标序列实现百倍加速的；": 3, - "甚至包括自动化方面的工作。lmada": 3, - "需要注意的是自动化exchange": 3, - "是被普遍采用的策略，多色成像也这样搞。levanski": 3, - "这些本质上都是解决成像速度慢的问题，另外还有降低设备成本和操作难度的小型化ite；uer": 3, - "或者是与转盘共聚焦连用增加成像深度，chueder": 3, - "以及使用": 3, - "nanobody减少分子标记的位阻效应，ogratedrissi": 3, - "所以这些优化除了自动化之外，其它更多是对成像技术本身缺陷的优化（而不是新的多色策略）。某种程度上讲，exchange": 3, - "仍然是超分辨多色成像领域的主流。": 3, - "除了上述我直接通过回忆记起来的代表性工作，xchange本身就有了很多应用以及其它变形。比如jungmann对exchange的进一步优化，也是把docking链直接修饰到抗体上，减少位阻，适用于细胞内多靶标的成像，gasti": 3, - "但是这个工作跟前面提到的nanobody的其实有点类似的，ogratedrissi": 3, - "所以有时候你不比较阅读都不知道其中的细微差异。此外，对xchange的优化还包括使用": 3, - "quencher链，这样有助于克服厚组织样品多色成像时": 3, - "在漂洗过程中难以快速扩散的问题；utz": 3, - "可以很明显的发现除了": 3, - "xchange技术提出者，其它人做的针对这个技术修修补补的工作杂志发的都不是很好。": 3, - "但如果是使用": 3, - "xchange去做一些别的事情，哪怕是换一种说法，比如对标sequential免疫荧光染色，可以说xchange只需要一轮免疫染色，后面都是置换，速度很快；ang": 3, - "甚至简单的用该技术看下细胞膜上受体蛋白分布也还可以；erbin": 3, - "或者不做细胞成像，做成mi的体外检测也很好；u": 3, - "当然一些生物学领域深耕细作基础深厚的团队运用起成像技术更能够做出漂亮的工作，比如对神经元突触的成像。uo": 3, - "使用超分辨成像是为": 3, - "narrow": 3, - "范围，因为多色成像工作更是数不胜数。所以除了，我只需要想想其它的超分辨成像手段，比如": 3, - "、、": 3, - "甚至": 3, - "在多色成像上的一些进展如何即可。tockhammer此外，也只是": 3, - "这类依赖于": 3, - "diffusive": 6, - "的超分辨成像手段的分支，所以还可以看到有些直接用一些染料小分子做的多色超分辨。比如用": 3, - "对细菌的多色超分辨成像。pahn": 3, - "比较偏门的就是拉曼成像，不过这个信号弱是硬伤，而且它的超分辨是超它自己的分辨率极限。ian": 3, - "另外针对多色超分辨成像数据的分析也是难题。in": 3, - "文献阅读列表": 3, - "`dvpages\"eadingmdnotes\"": 3, - "\"综述\"": 3, - "成像": 9, - "确认一下有没有直接用": 3, - "看细胞膜和基底面距离变化的（用）。": 3, - "最早提出的文献用到了nile": 3, - "染料对脂质体和磷脂双分子层做了一个超分辨成像，eiharonov": 3, - "后续也有工作跟进，nile": 3, - "逐渐成为一个细胞膜超分辨成像常用的染料。anylchukoon": 3, - "但是却看的不是细胞的下表面（跟基底面接触的部分）。": 3, - "唐本忠参与的工作，用长时间观察了下纳米颗粒被细胞摄取。heng": 3, - "利用尼罗红的特性做超分辨，拿到空间信息同时还能拿到谱学信息（棱镜分光），因为尼罗红发出的光谱跟环境状态有关。但是这个工作没有做到活细胞。⭐ongiovanni": 3, - "大佬hilip": 3, - "innefeld的综述，认为这一类都属于superresolution": 3, - "。olle": 3, - "把和ile": 3, - "搞成了一个": 3, - "分子对，用于测量内质网的膜流动性。ang": 3, - "湖南大学张晓兵的工作，对nile": 3, - "red做化学修饰而成一个探针，还能检测活细胞释放的一氧化碳，感觉有点神奇。u": 3, - "对分子极性也是敏感的，在气液界面也能发出荧光来，此处利用看了一下纳米气泡（用玻片制作的，估计是电解水产生气泡）。eng": 3, - "非常好的同时看光谱和超分辨成像的技术，但是是基于的，可能是发表晚了，只发了个。⭐oon": 3, - "目前我基本确定，很少甚至几乎没有人用": 3, - "研究过细胞下表面跟及基底面的距离变化。接下来就是要根据掌握的信息看看这个事情的可行性如何？事实上：": 3, - "ed这个太容易受到周围环境影响了，所以用背景不见得低": 3, - "而且ile": 3, - "ed还会在细胞膜里边扩散，很容易就把细胞整体染得很红": 3, - "另外我对于": 3, - "的成像，以及基于": 3, - "之间的一些区别超分辨成像，还不是特别清楚，这个要真正搞清楚。因为有一些": 3, - "也能看细胞骨架和线粒体这些细胞内部的结构。（需要额外的光学硬件inuma）。": 3, - "最后还有一点，就算这个可以做，但是似乎跟没有多少关系啊。。。或许把": 3, - "修饰在上rokhorenkootapan，用四面体影响它的扩散？？": 3, - "英潍捷基修饰清单xls": 3, - "中并没有直接卖的。所以要想跟联系到一起还真不容易，估计得自己掌握一下click反应。": 3, - "rccvn": 3, - "前面已经确认过，ungmann提供的三维的": 3, - "需要额外的硬件，一个什么": 3, - "cylinder": 3, - "lens，通过光学像散的方式实现。inuma": 3, - "但另外一篇文章又说不需要什么光学切片，但仔细看了一下还是要用像散获取z轴信息，只是因为diffusive": 3, - "probe没有结合的时候是被淬灭完全没有荧光的（这种结合到靶标才会亮的性质就叫做），所以无需考虑背景问题。hung": 3, - "如果我想获取细胞膜跟基底面的高度变化，那么不可避免地我需要获取z轴信息啊。其实这个cylindrical": 3, - "huang的工作中uang早有提到：": 3, - "所以到时候可以让高兆帅师兄帮忙买一个安装好就行，感觉把分光镜改改就行。然后这个东西的原理，一些卖光学器件的公司说明书都很清楚。": 3, - "总之用拍三维的肯定要有一个简单的改造，不算复杂，加两块玻璃然后调整好光路的事情。但是能做三维成像又能够怎样呢？人家还拿尼罗红做超分辨看光谱呢。oon": 3, - "简单的用nile": 3, - "red是否能够实现动态变化的检测，这个才是最关键的问题。基底面细胞膜结构的动态变化，跟细胞力学作用肯定是相关的，而且可以说是存在比较直观的因果关系。但是要观察到这种动态变化，时间分辨率上够不够，文章中提到integrin跟c的相互作用时间是srockman，算是比较快的。然后": 3, - "最快实现超分辨成像是": 3, - "min，anylchuk感觉这里可能是非常勉强够用的。至于": 3, - "做超分辨的空间分辨率，无论是xy还是z，基本上还是有保障。而细胞膜跟基底面的空隙一般也就在": 3, - "左右iebelai。说实话这个厚度，估计四面体大了是很难扩散进去的。": 3, - "这是从eica公司关于显微镜产品的技术说明，左侧是普通，右侧是。确实看的就是": 3, - "基底面，细胞（breast": 3, - "carcinoma": 3, - "cell）黏附蛋白直接就是一片绿。当然了这里不是单分子成像，也没有，所以看着就是一片绿。": 3, - "看e": 3, - "拍的细胞膜anylchuk，其实也是绿油油的一片。但是这里拍的z轴估计比较厚，然后拍的是上表面。特别需要注意这里用的": 3, - "添加了比较短的烷基链修饰。不过我不用对z轴分辨率担心，毕竟人家cience中都能看几十个纳米的折纸。inuma": 3, - "另外又查到另外一篇用对微米的表面修饰的微球做的表征，也是用到像散的方法做": 3, - "，我干脆问了一下高兆帅，像散方法拿到z轴分辨率大概就是": 3, - "nm。所以这个分辨率，其实我是很难判断这种高度的变化的。所以这大概就是为什么大家都不去做的原因。": 3, - "至于细胞表面形貌成像，无论是，还是一些电阻抗的扫描显微镜，都可以做得很好，而且现在来讲速度也上来了。eitao": 3, - "sm的实验与数据分析方法": 3, - "我自己包括实验室其它人对于": 3, - "都有很大的需求，希望能够从单分子角度观察距离变换，等价于效率变化。": 3, - "goilius原班人马的新作品，利用xchange的方式提高了": 3, - "的分辨率。": 3, - "实现多色成像，感觉有点神奇，后面再细看。⭐": 3, - "用的方式测定端粒中重复序列长度跟稳定性的关系，非常smart的一个关于的应用，我小组会上跟人分享过。小组会谢晓冬pptx": 3, - "基于神经网络的sm数据分析，很大程度上自动化了整个流程": 3, - "ungmann做的，注意": 3, - "荧光基团被修饰在docking链上了，只有": 3, - "donorimager": 3, - "结合上来才会有信号。": 3, - "通过的方式加速，注意donor": 3, - "都在不同的两条": 3, - "上，同时结合到": 3, - "链上": 3, - "，才会发生": 3, - "。⭐": 3, - "用单分子和荧光相关光谱测定imotif的动态变化，结构比形成的速度要高一个数量级。": 3, - "单分子成像自动化的视频教程，涉及到一些微流控系统调研的东西。": 3, - "sm早期比较通俗易懂的综述，了解了很多基础知识，特别是很多实验细节，但是看了一个小时也是有点慢的。⭐": 3, - "smf，一个开源的sm数据分析工具。": 3, - "此文介绍了一种在蛋白复合体上精准修饰荧光分子的方法，先通过引入人工氨基酸（带有类似click生物正交反应的基团），跟靶标蛋白复合物一起表达出来之后，就可以再定点定量地修饰上荧光分子。⭐": 3, - "把有机荧光染料修饰到病毒上的三聚体蛋白上，如何精确控制数量和位置有点意思，然后用sm可以搞清楚病毒侵染过程的构象变化。⭐": 3, - "高通量的sm成像仪器设计，有一个x的结构光照明": 3, - "sm数据分析，可能在寻找race上有帮助": 3, - "一个比较成熟的用于": 3, - "sm数据分析的软件，有。": 3, - "读完oy，从": 3, - "实验设计、样品制备、成像采集和数据分析等方面看，我觉得有以下地方需要额外注意：": 3, - "sm能够检测": 3, - "的距离变化，而且检测的精度能够到": 3, - "sm常用的荧光染料需要注意，除了光谱上能够，最好是亮度高，稳定性好": 3, - "sm的样品需要固定到玻璃界面上，如果只有核酸，一般用vidin方案；如果有蛋白质，就用封闭界面": 3, - "sm界面封闭的效果，可以在添加": 3, - "之前，加入": 3, - "的荧光材料进去看看，每平方微米在到个点就合格了": 3, - "为排除crosstalk，得到更真实的效率，需要使用单独的donor和acceptor样品分别用donor的激光来激发。": 3, - "sm成像需要使用分屏器，为方便后续做不同通道的共定位，还需要界面固定的marker，一般是发射光谱较宽的荧光小球（但我们可以固定好仪器，一次性把坐标变换关系确定下来）": 3, - "通过简单的荧光淬灭来检验是否是单分子荧光，通过短视频（s）和多个视野（个）overview整个界面判断样品分布是否均匀，通过": 3, - "通道激发判断": 3, - "acceptor是否存在（donor": 3, - "同）等系统稳定平衡后开始长视频拍摄": 3, - "个数据点。根据这个要求可以反推拍摄参数。如果donor": 3, - "都被固定在界面上的，曝光时间可能得": 3, - "做完了": 3, - "校正，以及扣除背景之后（x": 3, - "area），才可以计算真正的": 3, - "fficiency，公式非常简单，就是": 3, - "{apparent}": 3, - "frac{{cceptor}}{{cceptor}": 3, - "{onor}}。": 3, - "fficiency": 3, - "和荧光分子对间距有着直接的线性关系。": 3, - "目前对于我做界面瞬时杂交的": 3, - "实验，在实验细节上确实有很多补充。我觉得真的是有必要再好好做一次。后面可以根据文献和经验，整理出来一份可以实际操作的完整的": 3, - "其它启示": 3, - "的数据分析还是有点难度，目前虽然有不少工具出来了，但是我估计也还没有到很傻瓜的地步。": 3, - "sm在蛋白质相互作用动态上还是能够大放异彩，但是蛋白质的精准荧光标记，虽然有人工氨基酸共表达嵌入的办法，但可能还是不大容易操作。": 3, - "单分子成像": 6, - "单分子成像是": 3, - "超分辨成像的大背景，这个领域目前发展到什么样的阶段，可以简单看看。": 3, - "工作的后续啊，这个主动式的三维漂移校正平台，发完cience": 3, - "再发": 3, - "protocol，其实也挺好的。": 3, - "提出了一种算法能够完成对圆环形的": 3, - "（点累积结果）的识别。": 3, - "基于超分辨成像，发展了一种定量化的单分子共定位分析手段，能够解析蛋白复合体。⭐": 3, - "利用深度学习算法，实现对稠密的成像数据的单分子定位分析（一般的要求稀疏的单分子荧光信号），从而提高成像速度。": 3, - "搞了一种": 3, - "aptamer（核酸适配体），可以对罗丹明染料有非常快结合解离速度，然后就造成快速的": 3, - "blinking，非常好的思路。这个": 3, - "可以共价表达到": 3, - "上，cool。⭐": 3, - "使用主动式的三维漂移校正平台，实现对细胞内分子距离的测定，这样就可以解决": 3, - "的漂移校正的问题。": 3, - "成像速度和成像质量很难兼得，此文给出了一个比较好的成像方案，关于激光功率等各项参数调优。⭐": 3, - "实现在细胞里边的三维多色成像。": 3, - "侯尚国hangguo": 3, - "ou师兄的大作，目前最好的单分子三维实时示踪成像技术。": 3, - "详细介绍了的成像样品制备。⭐": 3, - "兼容": 3, - "的自动化多色成像方案。可想而知目前超分辨多色成像存在费时费力的情况。": 3, - "使用深度学习来实现": 3, - "数据的自动分类分析。也跟人讲过。": 3, - "ao的相关特色工作，加电场控制，可以测定单个蛋白质分子的一些属性，不过涉及到比较复杂的数据分析过程。我之前跟人组会上分享过。": 3, - "单分子超分辨成像的综述，面向应用提出了一些challenge。⭐": 3, - "用单分子成像的方法定量检测内源提取纯化的micro，发就有点意思了。⭐": 3, - "荧光寿命成像与": 3, - "的结合，能搞出来多色成像的花样。不同的荧光染料分子，可能光谱性质很接近，但是荧光寿命可能差异很大。": 3, - "利用这个染料分子瞬时二聚化红移的特点做，实现了对真核细胞内脂滴的超分辨成像，分辨率可达nm。": 3, - "面向生物学家和用户的关于各种超分辨荧光成像的综述介绍。示意图很漂亮。⭐": 3, - "数据分析方法，可以从稠密的数据中发现特定的": 3, - "pattern，实现自动化的圈选。": 3, - "利用统计学的一些方法，硬是把数据后处理最终得到分辨率给提高了很多，神乎其技！有空一定要尝试一下。⭐": 3, - "用深度学习的方式，可以利用最多少两个数量级的采集帧数（单分子定位成像，），重构出结构。需要wildfield的reference，重构出来的结构又要进行卷积生成图像跟": 3, - "做差值，作为": 3, - "loss": 3, - "function。这个思路其实听上去是可行的，而且在一些常见的结构，如微管和线粒体上取得了较好的结果。⭐": 3, - "用对纳米金棒成像，用到了一种特殊的荧光染料，避免plasmon": 3, - "resonance对于荧光单分子定位的影响aab。": 3, - "诺奖得主在的基础上进一步发展出了": 3, - "，分辨率到": 3, - "当高内涵加上超分辨（主要是d），实现对细胞的高通量成像和自动化数据预处理分析，cool。⭐": 3, - "介绍超分辨成像的综述，有空可以简单看看。": 3, - "效应能够导致单分子定位的位置发生偏移。所以纳米金附近有荧光，会对荧光单分子定位产生影响，这个很神奇。⭐": 3, - "单分子定位成像技术在真核细胞成像中的应用介绍，大综述，先说了不少有机荧光染料的内容。⭐": 3, - "介绍了一下全内反射显微镜的基础知识，以及用于细胞膜表面的一些研究。": 3, - "概念最早出现的文章，用的是尼罗红（ile": 3, - "ed）染料去染": 3, - "liposome，分辨率还可以，是超分辨。速度很快，因为染料在膜上的停留时间只有": 3, - "ms。⭐": 3, - "单分子超分辨成像是目前成像领域的最前沿，追求的就是更高的时空分辨率，还有更多的颜色。但事实上很多时候都是": 3, - "tradeoff，在实际使用中也有很多地方需要": 3, - "optimization。总的来说，可以优化的，既有光学硬件的设计，也有样品制备的优化，还有数据采集和分析高通量自动化方面的各种努力。所以单分子成像领域目前的主要问题，其实就是让它变得好用起来，以及有更多有意义的用途，真正助力生物医学研究。要让「旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家」。": 3, - "分子共振荧光增强": 3, - "分子共振": 3, - "resonance，分子共振，比如，就是通过这种方式实现了能量从": 3, - "的转移。现如今我们手上有一种": 3, - "分子，似乎也存在这种共振，但的共振似乎是自身或者是跟胆固醇。": 3, - "共振结构是年鲍林": 3, - "auling创立的一种分子结构理论。": 3, - "分子hou具有效应，这种分子存在振动，如果把它卡住在一种构象，会有荧光峰出现。这种分子振动在多个分子间可能出现分子共振。": 3, - "费米共振": 3, - "费米共振的理论是在年由ermi提出的。他在研究了的振动光谱后发现，的弯曲振动谱的倍频×cmcm本应该在拉曼谱中比在红外谱中弱，但是在拉曼光谱中却出现了两个强峰cm和cm，同时本应该出现的对称伸缩振动的强峰消失。ermi把这一现象称为费米共振（ermi": 3, - "esonance），是两个具有相同对称性的能量相近的振动能级互相耦合的结果。": 3, - "费米共振是一种广泛存在于分子内和分子间的分子振动耦合（mechanically）和能量转移现象。分子内的费米共振现象由某个基团的基频和另一个基团的组频或某两个基团的和频发生耦合而产生。": 3, - "所以我觉得这应该是一种费米共振现象。但是具体的现象我是不大清楚的。": 3, - "法诺共振": 3, - "在物理学中，": 3, - "法诺共振（ano": 3, - "resonance）是一种会产生非对称线形的散射共振现象。背景和共振散射之间的干涉产生一种非对称的线形。": 3, - "感觉这是一个光学现象，可以问高兆帅。但估计不是这里的机制。": 3, - "费米共振的一些研究": 3, - "分子间的费米共振tride。": 3, - "注意这种措辞，vibrational": 3, - "effectaiz。不过还有一个需要厘清的，是": 3, - "mechanism，因为如果是发射的光波产生的后继影响。": 3, - "这似乎也是一个分子间的费米共振的例子。ui": 3, - "其它文献": 3, - "aselwandter，讲": 3, - "peizo": 3, - "蛋白的，跟": 3, - "有关，今年拿了诺贝尔生理与医学奖好像。": 3, - "iang，似乎是从模拟的角度研究三聚体蛋白（": 3, - "peizo）的动态。": 3, - "hang，田禾院士团队弄的": 3, - "分子，跟蝴蝶一样的形态，可机械振动，伸展态有红色荧光。": 3, - "redenbeck，综述，通过拉曼光谱来研究分子振动，这个是基本操作了。": 3, - "ang，费米共振用于受激拉曼。": 3, - "roehlich，研究有费米共振的气体分子": 3, - "hosh，氢键诱发的分子内不同基团的费米共振": 3, - "an，检测两个分子间的费米共振，，算是物理学的顶刊把，湖南大学有个老师参与。": 3, - "atakeyama，做的，利用硼和氮的相反的共振效应，基于策略（hermally": 3, - "delayed": 3, - "fluorescence）设计的新型发光材料，可以有很窄的蓝光光谱。有点意思。": 3, - "acaluso，这篇文章把概念分得很清楚，分子内的叫做structural": 3, - "fluctuations，": 3, - "分子间的叫做": 3, - "interactions。": 3, - "afiq，这个发表在hem上的文章是一个典型的分子内的费米共振的应用。⭐": 3, - "odgers，用费米共振效应测量两个近红外探针的氢键结合状态。": 3, - "chnedermann，指出vibronic": 3, - "couplingwwwnaturecomarticlessz": 3, - "的重要性，对于分子系统的": 3, - "，ature": 3, - "的大作。不过这个是原子核跟电子的振动耦合⭐elor": 3, - "hkirman，感觉荧光激发过程也容易受到费米共振的影响": 3, - "un，针尖增强拉曼光谱中的激活振动模式和费米共振": 3, - "ergauwe，水的振动强耦合对酶活性的影响": 3, - "ojcik，二聚体中的费米共振的模拟模型研究": 3, - "ianga，该工作在三甲胺水团簇中，氢键结合的伸缩振动与水分子的多种运动模式（平动、摇摆和弯曲）发生了强烈的费米共振，从而产生了异常复杂的多组伸缩振动谱峰。": 3, - "其它相关内容": 3, - "!膜张力的情况": 3, - "!蛋白分子振动": 3, - "现有的工作基础可能跟膜张力无关，而跟分子间共振相关，距离费米共振这种很物理化学的领域（而且感觉主要是一些做能源化学机理研究的人在搞，相对比较冷门）还有较大的距离，建议如下：": 3, - "核心问题是如何驾驭分子间共振从而影响能量传递效率？": 3, - "解决方案是利用框架核酸的精确调控控制距离（分子排布）": 3, - "荧光相关光谱成像": 3, - "我们的文章还需要": 3, - "影响了": 3, - "difussion": 3, - "的证据，目前比较好的选择是分析。这种荧光闪烁的自相关分析其实在": 3, - "的部分文章中我也看到过的。不过在具体的实现上，更多": 3, - "对一个非常小的局部空间进行监测，获取荧光信号强度变化。": 3, - "我们实验室当然是配备confocal": 3, - "的，但是如何把扫描成像区域锁定到一个位置，而且还要使用较高的灵敏度来记录信号，我还不清楚怎么弄。另外我在一些中文期刊上似乎看到也可以用，这个不知道又是怎么个搞法，可以搜搜看，见assler。": 3, - "事实上，李茜找了董朝青，他们是可以做的，所以最简单快捷的方式就是我们提供一下材料，让人家测试一下就可以了。": 3, - "把超分辨成像和结合起来的工作。": 3, - "做单分子荧光成像的handbook，不仅有也有。": 3, - "同上，也是一个荧光程序的大部头书，侧重于原理介绍。": 3, - "荧光寿命成像、": 3, - "结合起来，实现对膜蛋白": 3, - "diffusion的高精度测量。⭐️": 3, - "用来分析结合蛋白跟的相互作用⭐️": 3, - "有非常详细的从荧光信号trace到扩散系数求解的计算公式": 3, - "pringer出版社关于专门的指导书，更为详细。": 3, - "同样时方面的指导书": 3, - "使用测量膜蛋白diffusion的protocol": 3, - "使用查看纳米颗粒吸附的蛋白冠": 3, - "使用查看disorderd": 3, - "的相分离": 3, - "一种过渡金属组成的二维纳米材料，具有相关闪烁特性，可以用技术分析。": 3, - "用来做，有提高信噪比和光子监测速度的作用，但要求很高的成像速度，差不多": 3, - "us。": 3, - "交大化院董朝青老师技术的一个实际使用，也是我们最后获得数据的设备方法，一定要研读和引用。⭐️": 3, - "还是一个非常有用的技术，其核心还是在于自相关分析，以及背后的统计学原理（泊森分布），有空的话完全可以拿的数据尝试做这样的分析。": 3, - "简述了技术用于研究细胞内的分子运动。不仅仅是自由扩散，还有好多种复杂形式，比如拥挤环境，网状组织中的分子扩散运动都具有显著不同的": 3, - "pattern。": 3, - "参与的用": 3, - "研究界面结合解离事件的工作。": 3, - "超分辨成像可以说是我博士后期间了解最多的领域，这部分的内容非常丰富，但由于我中间切换了好几次文献管理库。所以目前的分类状态比较混乱。这里只是作为一个目录性质的存在。": 3, - "主要概念": 3, - "用对折纸结构进行立体成像，z轴分辨率也相当不错，cience大作。": 3, - "的开山之作。⭐️": 3, - "用尼罗红染料和liposome体系第一次提出了超分辨成像的概念，值得注意的是他们处理数据的时候，先对数据基于傅里叶变换做了降噪处理，但是我之前做降噪处理似乎是有问题的。另外一篇更早的文章中ei，已经想到了": 3, - "产生这种单分子荧光": 3, - "burst。注意此文还给出了一个碰撞速率跟浓度以及扩散系数的公式。⭐️": 3, - "技术优化": 3, - "我认为最大的优点就是能超多色成像（见的多色成像），但是也存在很多问题，首当其冲就是速度慢，自动化程度（见微流控系统调研）也亟待提高。此外对我这种入门的，漂移校正也很重要，不然分辨率根本上不去（单分子成像的漂移校正）。当然了，成像的背景以及成像的视野大小等等，都需要不断改进。所以在这项技术的优化上也有很多改进。不过我觉得这项技术如果是瞄准细胞成像，还是有它致命的缺陷，跟、": 3, - "有很大的差距。": 3, - "相关应用": 3, - "通过硬件主动克服漂移校正，好像还有一个不错的应用oelho，因为从源头上克服了漂移之后，产生高质量单分子信号的效率就从根本上改善了。": 3, - "另一种超分辨成像图案模式识别和重构的方法。": 3, - "详细介绍了做细胞的超分辨成像时候样品制备和一些实验方法细节上的内容。⭐": 3, - "使用红色的荧光小球，": 3, - "大小的能够取得相对较好的漂移校正效果。": 3, - "解决超分辨图像中的模式识别问题。": 3, - "用经典的统计学方法完成数据后续分析提升分辨率。": 3, - "做和picasso数据分析软件的protocol": 3, - "通过硬件实时主动调整，克服漂移": 3, - "用同时采集的明场通道作为marker用于漂移校正": 3, - "主要是用于自动漂移校正的方法。": 3, - "介绍了": 3, - "作为超分辨成像的分辨率方法，给出了比较容易明白的": 3, - "分析过程。还可以通过滤波": 3, - "实现更好的成像效果。": 3, - "提供了基于python的软件工具包，包括": 3, - "的分析和去卷积。": 3, - "主要是用": 3, - "来测定图像的分辨率，基本原理还是要单个解构分成两张图，然后做傅里叶变换，然后计算相关。注意对于低空间频率，曲线接近统一对于高空间频率，噪声占主导，衰减到。图像分辨率被定义为曲线低于给定阈值的空间频率的倒数，阈值等于≈最适合于定位显微镜图像。图像傅里叶变换结果如下图所示：": 3, - "这篇文章提出了稀疏去卷积（parse": 3, - "deconvolution）方法，结合i系统可实现目前活细胞光学成像中最高空间分辨率（nm）下，速度最快（z）、成像时间最长（小时以上）的超分辨成像。⭐": 3, - "首推侯尚国师兄的这篇文章ou。但出于高效的考虑，我还是要思考一下做这个方面的调研的真正目的。": 3, - "首先，我并不是要去掌握各种技术细节，特别是硬件上如何调优这种。然后我主要是了解一下目前": 3, - "有什么样的进展，大家都用这个技术做了一些什么？特别是看细胞看生物学体系方面的应用。通过这样的调研，我需要搞清楚": 3, - "能做什么，不能做什么。然后再进行下一步的调研。": 3, - "根据关键词`single": 3, - "tracking`先找一点文献快速看看：": 3, - "研究拟南芥植物细胞膜上的蛋白的，不仅是单分子示踪，同样是超分辨成像。singleparticle": 3, - "这里是": 3, - "的结合。⭐": 3, - "暗场显微镜，纳米金然后偶联能够结合癌胚抗原的抗体，如果有抗原就聚集，然后运动变慢，通过测定这种扩散系数来实现抗原检测。用到了一种": 3, - "的暗场成像技术uan，说是能够检测纳米金颗粒的自由运动，神奇。其实就是要超快拍摄。": 3, - "这个是多种数据分析处理方法的比较。": 3, - "利用cy转换为cy的机制，开发了一套可以用于密集对象的的技术，对蛋白进行了追踪成像。": 3, - "单分子定位的基本概念讲的很清楚，有助于硬件优化和数据分析。": 3, - "一个对纳米金刚石在细胞里边的，不仅看位置变化，还能同时获取旋转变化信息。里边有不少关于": 3, - "的引文，可以收藏。⭐": 3, - "似乎是有一块特殊的透镜，然后就能用实现的多个颗粒的追踪（两个点变六个）。最重要的是这个范围还挺大的。": 3, - "侯师兄": 3, - "protocol，比较详细，从光路到软件设置": 3, - "侯师兄用": 3, - "看了一个病毒颗粒": 3, - "landing": 3, - "的过程，可惜这个技术通量太低，没有观察病毒进入细胞的过程": 3, - "侯师兄关于": 3, - "的小综述，对于细胞和分子体系的运动的时空尺度总结得不错。": 3, - "侯师兄代表作，详细展示了": 3, - "早期介绍活细胞单颗粒二维示踪数据分析方法的文章": 3, - "提出了一个fanshaped": 3, - "算法用于分析亚细胞囊泡运动轨迹。其实就是一个扇形区域搜索，然后计算是下一个连续轨迹上的点的可能性。这种算法主要是解决漏帧问题。missing": 3, - "trajectory。": 3, - "关于二维": 3, - "数据分析方面的综述文章": 3, - "ouoang": 3, - "离心力显微镜（），看上去主要是检测结合力的。样品预先结合在界面上，转起来后如果离开界面，会出现离焦的图像变化。有点新奇。⭐": 3, - "用神经网络对二维的的trajectory数据进行特征分类。具有很高的借鉴意义，不过如果我们提供三维轨迹是否更有优势，这个可能在具体场景上（比如竖直穿膜过程，平面缺乏z轴信息）会有很大差异。⭐": 3, - "urzthalererbinoartinez": 3, - "提到了一个概念：ifferential": 3, - "icroscopy（），感觉就是基于成像对运动轨迹分析得到什么，后面再具体了解。⭐": 3, - "使用隐马尔可夫算法对": 3, - "轨迹数据进行分析": 3, - "关于方方面面比较全面的综述，年以前的文章暂时不用细看，就看这篇综述即可。⭐name": 3, - "的多色成像，有点意思。⭐": 3, - "早期关于二维的综述文章吧。": 3, - "扩散系数分布相关的早期工作": 3, - "的大综述，非常全面。⭐": 3, - "相当于是用追踪一个载药的lipid": 3, - "droplet，发现其运动与表面带电相关。": 3, - "量子点标记神经元上的蛋白分子": 3, - "rackate这个mage插件，可以用于的数据分析，我已经使用过。⭐": 3, - "三维单分子定位超分辨成像和单分子示踪方面的综述": 3, - "技术在细胞研究方面的综述": 3, - "关于细胞膜蛋白的的综述": 3, - "粗略浏览了一些文献之后，有以下体会：": 3, - "查一个关键词，最好是五年以内的文献，更早之前的除非是高引，否则可以等到后面溯源的时候再看。": 3, - "如果是比较陌生的，希望有比较系统全面的认知，优先看综述。": 3, - "作为一个技术，目前的应用似乎还不是很多。": 3, - "侯尚国师兄的": 3, - "技术存在低通量的硬伤（采集数据比较费劲），但是优势也是非常大的。": 3, - "注意收集一些": 3, - "响应的分子相互作用模型体系。": 3, - "electedorks": 3, - "bepresscom": 3, - "这位大佬在用": 3, - "结合做信息存储方面的工作（d）我们在深度借鉴学习。": 3, - "一套磷脂膜上搞球形核酸（纳米金纳米银修饰）的体系做暗场成像玩得贼溜。": 3, - "基于熵的漂移校正轨迹估计的工作对我们帮助很大": 3, - "esearchate上已关注，其基于熵的漂移校正轨迹估计的工作对我们帮助很大。": 3, - "researchgatenet": 3, - "漂移校正": 3, - "elft": 3, - "荷兰": 3, - "aus": 3, - "outh": 3, - "ales": 3, - "澳大利亚": 3, - "环境界面化学": 3, - "山东大学": 3, - "山东": 3, - "jiangwsdueducn": 3, - "alaita": 6, - "emory大学": 3, - "美国": 33, - "ksalaitaemoryedu": 3, - "哈佛大学": 9, - "zhuangchemistryharvardedu": 3, - "纳米技术，zyme": 3, - "复旦大学": 3, - "上海": 3, - "hongzhougufudaneducn": 3, - "selfassembly": 3, - "emory": 3, - "univ": 3, - "yonggangkeemoryedu": 3, - "伯克利": 3, - "xukberkeleyedu": 3, - "湖南大学": 3, - "谭蔚泓院士，早期是湖南大学的，主要做核酸适配体（aptamer）。": 3, - "马普生物物理化学研究所": 3, - "德国": 6, - "诺奖得主，超分辨技术的发明人": 3, - "单分子检测，": 3, - "rizona": 3, - "tate": 3, - "也是单分子成像分析检测领域的一方大佬，可惜去世得早。": 3, - "中科大化学系": 3, - "安徽合肥": 3, - "tlitaoustceducn": 3, - "李涛，中科大老师，上过他的课，也搞纳米技术。": 3, - "acidbased": 3, - "evices": 3, - "芝加哥大学化学系": 3, - "yamunauchicagoedu": 3, - "纳米技术，plasmonic": 3, - "timliedlphysiklmude": 3, - "纳米技术，计算": 3, - "上海交通大学分子医学研究院": 3, - "上海浦东仁济医院号楼室": 3, - "dahansjtueducn": 3, - "交大仁济分子医学研究院的老师，学计算机出身，现在各种搞": 3, - "nanotechnology，课题组网站搞得不错。": 3, - "核酸纳米材料、再生医学": 3, - "四川大学生物医学工程学院": 3, - "四川省成都市一环路南一段号": 3, - "yunfenglinscueducn": 3, - "technologies": 3, - "measurement": 3, - "可控自组装及功能化": 3, - "国家纳米科学中心": 6, - "北京市海淀区中关村北一条号": 6, - "dingbqnanoctrcn": 3, - "丁宝全，耳熟能详了": 3, - "纳米生物效应与安全": 3, - "zhaoylnanoctrcn": 3, - "中科院院士，国家纳米科学中心的主任？": 3, - "超分辨荧光成像": 3, - "（欧洲分子生物学实验室）": 3, - "德国一个做成像的，跟alf": 3, - "ungmann有合作，对于": 3, - "也比较熟悉荧光相关光谱成像。": 3, - "膜受体蛋白，神经生物学": 3, - "年诺奖得主。搞了各种细胞的表面受体的研究，偏向于神经电生理。": 3, - "纳米光子学，器件": 3, - "自组装": 3, - "的博士后导师，领域内的传奇大佬。": 3, - "超分辨成像，dynamic": 3, - "耶鲁大学": 6, - "耶鲁大学的，也是做": 3, - "超分辨成像方面，近期有一篇": 3, - "的工作就是他参与的。": 3, - "领域大佬，的高水平文章都是他的工作。": 3, - "应该是": 3, - "的发明人。": 3, - "框架核酸": 3, - "上海交通大学": 3, - "上海市闵行区东川路号": 3, - "本实验室大佬，深耕纳米技术，提出“框架核酸”概念，致力于学科交叉，未来主要是“原子制造”，“纳米机器人”和“信息存储与计算”几个大的发展方向。": 3, - "听说是个电镜做得特别好的家伙。": 3, - "作息时间表": 3, - "时间段": 3, - "事务": 3, - "起床，早餐，上班": 3, - "八段锦搞起来": 3, - "上午工作时": 3, - "多喝水别久坐": 9, - "午饭午休": 3, - "最好在办公室伏案午休": 3, - "下午工作时": 3, - "晚饭晚休": 3, - "注意饭后散步": 3, - "晚上工作时": 3, - "晚上锻炼时": 3, - "健步走也行啊": 3, - "下班，睡觉": 3, - "睡前不要太兴奋": 3, - "日常作息时间表，从周一到周五，保证每天工作小时（）。": 3, - "以后还是定期发布吧！有bug可以着急修改，改了就到中去记录一下。但是不要着急去git同步甚至发布": 3, - "release。导出了模板库之后，记得打开检查一下。避免出现什么未知的问题。": 3, - "下午又费了不少功夫修整obsidian教程，哎。我觉得这回应该是差不多了。后面真的真的不能花费太多时间在这个上边了。周小结": 3, - "上午完成了一个帮忙整大创申请书的任务，算是对信息加密存储这来龙去脉的文献做了一下梳理吧。": 3, - "有人在知乎问我怎么没有": 3, - "目录，才发现自己打包漏掉了，干脆下个月再补发一个包，并建议大家": 3, - "clone": 3, - "而不是下载最新的": 3, - "release。我这个": 3, - "得删除。": 3, - "遵守作息时间表": 60, - "晚上对": 3, - "autotransfer": 3, - "功能进行了优化。后面在": 3, - "中不需要写那么长的完整的相对路径了，只需要输入编号就行。比如": 3, - "就能够自动解析为": 3, - "。不过这种文件目录名的数字前缀，不能超过位，而且同级目录中必须是唯一的。": 3, - "晚上看完文献之后，李茜来问我整大创申请的进度，我。。。终于是开始看了下。按道理来讲这种本科生的大创申请书本不该我来写。但是现在都是这么玩的，不然怎么吸引人来打工呢。。。": 3, - "晚上老婆要学习java，我又弄了一天obsidian而没有搞科研，总归还是看下文献，然后再思考一下未来吧。": 3, - "新增了一个功能，利用python将相册中比较大的": 3, - "图片压缩为": 3, - "图片。但是并不完整（因为": 3, - "是锁定状态不可被外部修改），需要手动将双链中的": 3, - "字符串替换为": 3, - "jpg。不过有快捷键": 3, - "可以使用，所以还好。注意原先的": 3, - "图片并没有被删除。": 3, - "关闭了与新版obsidian不是很兼容的两个插件，一个是sliding窗口的，另外一个图片预览的。然后又弄了另外两个插件，一个可以通过front": 3, - "来": 3, - "笔记打开时以什么模式呈现。另外一个是增强搜索功能，以卡片形式呈现检索结果，但是可能比较吃电脑性能。": 3, - "干脆弄了一个相册模板，以后如果是搞相册，就不走日志草稿流程，直接到相册文件夹中创建。": 3, - "老婆公司远程开民主生活会，说是要分享疫情期间在家做的美食，要我提供素材，还好我会拍照记录一下。也顺带整理到相册中吧。春疫情在家的美食集锦": 3, - "昨天让老妈发送了不少我小时候的照片，我觉得这些照片还是整理一下吧。谢晓冬小时候的照片": 3, - "休息了一下，收拾房间，活动伸展身体，然后在微信群里跟老妈交流教育问题，提起记单词比较难，顺手推荐了词根词缀记忆法。词根词缀记忆大全pdf": 3, - "虽然还有很多事务，但是我打算就近期写obsidian教程这个事情做一个回顾小结。第一次写书的体验": 3, - "昨天给黑曜石玩家指南收尾了，然后同步到github上，并且在知乎上发布了一个非常简短的介绍，结果昨天就有将近两百次访问和次下载。说明这个东西确实还是有人有需求的。": 3, - "再写一两节obsidian教程，争取完成第三章": 3, - "早上起来之后，把任务归档自动制作甘特图的功能给完善了，还挺酷的。周小结": 3, - "写一两节obsidian教程": 6, - "收到通知，上海的疫情封控要持续到月日。据说昨晚超市排队买菜都疯了。现在的情况感觉不妙，不过对我而言影响还不算大，因为工资照常发，工作也能够继续。网上各种怨言还是很多，我只能说经此一役，政府的公信力不可避免地下降了。就本轮omicron的疫情来看，超强的传播力和大量的无症状感染，如果采取针对之前刚开始新冠病毒的经验实时所谓的精准防控，必然是行不通的。这是一个很明显的事情。我觉得专家们都能意识到这一点，但是采取更严格的措施的代价是很大的，再加上某种侥幸心理（轻症多），希望疫情防控能够软着陆。其实不少专家包括我这个稍微懂一点的却明白，「人定胜天」的情况还是少见。疫情一波未平一波又起，本就是人类种群自然调节的力量。中国政府现在这样做，（让人民）付出巨大的代价，是在真正贯彻「人民至上，生命至上」的理念，作为中国人我其实感受到一种安全感。但如果这个代价我自己承担太多，假如我是一个开店的，那么现在我肯定也是骂领导骂得很凶的，因为没有生意没有收入甚至都会有生存焦虑。有人赞美，有人讽刺，有人歌颂，有人咒骂，不过是各自利益的代表罢了。从进化的角度看，人类社会因为团结协作而发展至今，也必将继续深化紧密这种团结而继续向前。团结协作让单细胞组成了多细胞生物，让人类形成了人类社会，带来的是秩序和繁荣。而病毒细菌等微生物某种程度上可以理解为是自私自利的，凭借着本能寻求不断复制繁殖，带来的更多是破坏和混乱。再回过头来比较共产主义和资本主义，该如何选择是非常清楚的。而从这种大的趋势来看，人类必须学会进一步深化合作，才能避免亡族灭种。具体到现实生活上，我觉得以后人们自由活动的机会会逐渐减少，而居家网络办公的情形会越来越多，而且个体的其它活动自由也会从现实世界转移到虚拟的元宇宙当中。": 3, - "预言": 3, - "早上解决了昨天写导出项目功能代码遇到的关于双链字符串正则解析的问题，终于得到了比较robust的代码，完善了这个功能，以后可以轻松地从": 3, - "库中直接导出某个项目了。": 3, - "继续写一两节obsidian教程": 6, - "接着完成了大牛追踪相关的教程。感觉自己写得越来越慢。不过本来就该是这样的吧。这个事情真的优先级不高，我已经算是开了很好的一个头了，后面就是能够保持稳定的输出，就可以完成这个作品。周小结": 3, - "又完成了主题阅读和比较阅读相关的教程，obsidian教程的第二章大体上已经快完成了，打算今天再一鼓作气，彻底搞完文献阅读部分的说明吧。": 3, - "完成了文献阅读阶段性小结的教程说明，这里可以测试一下。": 3, - "相关文献，其实就是": 3, - "list": 6, - "的功能已经搞完。今天打算再接再厉，写两小节obsidina教程的内容。": 3, - "打算今天有空开发一个搜索相关文献的代码，可以自动到网上找当前文献的相关文章，主要是利用": 3, - "crossref。搜索到之后，可以跟本地文献库进行比对，如果存在的话，直接就在文献笔记中建立双链。": 3, - "起床到现在，过早洗漱，然后就开始折腾obsidian，结果现在才学会buttons这个插件，感觉也确实蛮好的一个功能，所以收纳了。": 3, - "准备小组会汇报内容（就讲文献）": 3, - "又增加了一个": 3, - "authorcount": 6, - "的功能，可以从文献库中提取作者并统计，看看我看谁的文章最多。毫无疑问是": 3, - "jungmann。": 3, - "开完了小组会，好像给自己定了一个目标，下周争取把文章框架整理好。然后实现回学校就补数据就ok了的状态。": 3, - "老婆发烧到，本来都躺到床上了，还得起来继续工作。病因推测是上次骑电瓶车去五院，路上可能吹风导致受寒了。": 3, - "又到了一周小组会，总不能说自己从头到尾都在忙活自己的兴趣爱好，疯狂撰写obsidian教程吧。算了，算了，讲点文献。小组会": 3, - "补充记录，今天上海发布报告我们小区有确诊病例，所以疫情封控还在继续，中午又再次去做了核酸。": 3, - "补充记录以下，帮李茜p了一张他们线上存储会议的合照。": 3, - "今天到目前为止，又写了两小节obsidian教程的内容。写作速度明显变慢。": 3, - "早上七点半起床，洗漱，早餐，出恭，八段锦，这一套下来很快就一个小时过去了。不得不说八段锦还是很有舒展身体的效果，做完精气神好像都被激活了。": 3, - "今天过得非常充实，希望以后每天都能这样。": 3, - "继续写一点obsidian教程": 3, - "完成综述修改建议": 3, - "把审稿的任务完成。": 3, - "再次测试一下，好的，在前面加换行符就好。": 3, - "感觉tracking的格式有点问题，多增加一些换行把！": 3, - "发现昨天对代码整理之后，paperdocxpy": 3, - "存在了bug，今天给改回来了，而且进一步对代码做了优化。": 3, - "原定年月在深圳的分析化学年会因为疫情又延后了，我直接申请退费。": 3, - "又写了一节obsidian教程，主要就讲了怎么搞pdf，做标注。进一步阅读原文": 3, - "审一篇稿子，讲一个什么糖修饰的，具有良好的稳定性，在血清中不容易降解。然后用非常老套的套路看了下这个材料的细胞摄取，生物分布代谢什么的。审稿": 3, - "在obsidian教程关于草稿撰写的部分，增加了如何创建表格。": 3, - "花了点时间完成实验室安全教育和考试的任务。": 3, - "!实验室安全培训内容docx": 3, - "!实验室安全答题docx": 3, - "帮老婆弄一下六级英语的成绩单，弄成pdf，她在华为转正要走一些必要的流程。": 3, - "完成昨天综述修改建议剩下的一点尾巴，补全了后面的修改建议。": 3, - "!combinedv": 6, - "dzz": 6, - "rdocx": 3, - "又完成了obsidian教程一小节，花费一个小时。本来还想接着再写一节。但是今天的事情比较多，周五晚上又要开组会，不能这么任性了。": 3, - "早上起床洗碗做早餐然后出门扔垃圾做核酸检测，时间很快就过去了。": 3, - "提供综述修改建议": 3, - "跟新入职的赵磊老师请教一下人工智能在成像数据分析上可能的应用": 3, - "整了一张很简单的，问一下赵磊能不能帮忙搞定数据漂移校正的事情。毕竟他在人工智能，算法，数据分析上的知识经验储备还是比我强很多的。": 3, - "!超分辨成像数据分析方面的咨询谢晓冬pptx": 3, - "晚上简单聊了一下，感觉他人还是很nice的，愿意提供帮助，但是因为很忙，只能说是就具体的算法问题上提供建议，写代码处理数据什么的还是得自己来的。另外可能是专业跨度太大，他并没有正确理解我所描述的场景。不过从一些细节上看，他的理解能力也确实不是很强。所以不要对他人抱太大希望。": 3, - "下午回来，加上晚上的时间，对戴哲泽的综述草稿做了修改建议。还没看完，": 3, - "剩下的明天再搞。": 3, - "rcdocx": 3, - "!fig修改建议xxdpptx": 3, - "下午陪老婆做完产检。": 3, - "这次大排畸产检结果显示胎儿发育正常，上图中只有一个是谢合吾。虽然还在娘胎里，但是相貌已然不凡了。": 3, - "在obsidian中绘制了两个示意图放到obsidian教程第一章的小结中，不然都是文字太干巴巴的了。不过我应当克制这种美化的冲动，先力求快速完整地完成该教程的撰写计划。": 3, - "刚刚陪老婆去小区物业领取临时出入证，发现还是有不少人出入的，但都是特殊需求，比如看病就医，或者是去医院上班的。": 3, - "昨晚对目录结构做了调整，把存放了大量pdf文件的": 3, - "目录从": 3, - "移动到了": 3, - "ssets。然后导出": 3, - "的相关文件转移到": 3, - "cripts，而mdnotes则统一放置到": 3, - "eadingmdnotes。这样的安排可以使整个": 3, - "库「轻重分离」，日志、阅读笔记和其它事务记录作为纯文本文件分别存储于": 3, - "iary、eading、rojects。这三个目录轻量化之后，可以方便免费使用云同步工具，做到重要地个人信息的实时备份。": 3, - "据说疫情封控还要继续，不过好在现在封控顾及了民生，社区可以flexible放行特殊需求的人，比如今天要去做产检大排畸的老婆大人。": 3, - "今天继续搞obsidian教程，争取完成大半。": 3, - "刚刚出现了一个同时显示两个panel的情况，还不好关闭": 3, - "基本已经调整测试完毕": 3, - "草稿模板没啥问题，可以正常运行，说明templater插件也是运行的": 3, - "输入内容主要还是下拉召唤quickdd命令面板，也很丝滑。": 3, - "dataview用起来也很丝滑": 3, - "作图插件也没有必要，也没法用，删掉": 3, - "发现项目归档是没有意义的，删掉": 3, - "看板插件也可以添加任务，没啥问题": 3, - "quickdd：tracking命令经过了测试": 3, - "今天可以解决用手机写日志然后汇总同步到电脑的工作机制。": 3, - "完成obsidian教程的部分内容": 3, - "刚刚写了不少": 3, - "教程相关的内容，也算是有个交代。💯": 3, - "搞完了序言，大致说了下为啥要做这个事情，书大致是什么内容，以及自己撰写计划。接下来先把目录搞定。obsidian目录": 3, - "打算开始逐步撰写《黑曜石玩家指南》，先写个序言吧。想想自己打算在这本书中写什么内容，有个什么大纲安排，然后按部就班的一章节一章节的安排。决定写obsidan教程": 3, - "刚刚去做了一次八段锦，打了好几个嗝，早餐吃的面条的味道都涌上来了。这是好事，说明这样子的运动对于胃肠道蠕动有好处，助消化。还是要多动，否则久坐会容易积食不消化。": 3, - "完成了最近一段时间的周小结，还顺带完善了本周事务归档到相对应的project": 3, - "的工具脚本。后面希望能够形成良好的工作流。": 3, - "刚刚去拖了个地，稍微运动了一下感觉也好不少，待会儿下一个break可以做一个八段锦的体操。": 3, - "疫情封控在家，两天两天又两天。今天干嘛呢？今天好好反省一下这段时间的所作所为吧。周小结": 3, - "帮李茜下载视频转gif和mp，用到screengif，bilibili下载助手，迅雷影音。视频是清华大学李赛团队制作的新冠病毒的科普：": 3, - "!“恶魔”曝光！清华联合发布新冠病毒真实图像mp": 3, - "制作这样的视频，一方面需要有超高质量的电镜成像数据，另外一方面三维制作渲染技术也要求很好，所以这个视频值得收藏。": 3, - "各种小工具不断迭代升级，所以我现在不大想记录下该怎么操作这些软件。因为并不复杂，点两下鼠标，或者网上搜搜都能找到。而我现在记录下来的方法，将来也可能失效。所以我觉得最重要的还是不怕麻烦，然后善于搜索。": 3, - "文献阅读半小时": 33, - "整理最近优化obsidian的相关代码": 3, - "今天周六，先整理下这周为obsidian写的不少代码，然后反省反省。": 3, - "发现还可以从": 3, - "上检索doi的meta信息，获取更加准确的被引次数。但是比较新的文献是没有被收录的。": 3, - "准备小组会": 6, - "又到了一周周末了，自己也可以总结一下疫情封控在家的心得体会。": 3, - "昨天就忘记上传文献阅读笔记了，糟，今天还是要补上进度才行。": 3, - "今天又要晚上八点开小组会，还是得准备一点可以讲的东西吧。小组会": 3, - "查看了现有文献库的杂志情况，这样就知道自己这个领域经常发表的一些期刊是哪些了。": 3, - "修改了草稿模板的": 3, - "和本周事务表的": 3, - "以适应目前的工作流。": 3, - "这个插件确实挺好，但是插图需要转": 3, - "格式而且得使用完整地址这个事情就不能忍，我都想去改源代码了。obsidianslides测试，": 3, - "昨晚茜姐反馈说我和戴哲泽文献阅读打卡没有必要，我觉得这个东西还是很有帮助，所以还是得干。": 3, - "晚上又要开会，主题就是跟一个想加入team的本科生聊天，我被要求做一个比较科普的ppt聊一下。科普talk之我们要干嘛": 3, - "打算整一个制作模板和流程，还弄了一个插件增强obsidian的幻灯片功能，先试试吧。模板": 3, - "发现obsidian可以像写代码一样的快捷键实现注释，也就是，然后会生成，以后我再也不用丑陋的": 3, - "标记了。或许这个也跟主题设置有关。天知道这些极客弄进去了什么小功能。": 3, - "完成了今日份的文献阅读并上传到企业微信，也大致理顺了文献泛读的基本流程。": 3, - "今天继续清空文献阅读清单，然后回过头想想自己这段空闲时间可以系统性地阅读什么方面的内容。文献阅读建议与主题阅读": 3, - "昨天晚上写了一个可以根据doi到pubmed上查询一些信息的小脚本，又做成了一个新的quickdd命令：，可以联网抓取文献的被引用次数。": 3, - "实验室发布了「一日十文，一月突破」的号召，就是在疫情封控期间多阅读文献。其实挺好的，我也借机好好整合一下自己的这个资料库。毕竟是打算传代给后人的。": 3, - "打算弄一个文献引用次数统计，学习一下": 3, - "的高阶使用方法。结果发现还是简单的": 3, - "就足以完成我的需求了，而且生成的表格渲染效果更好。": 3, - "启动": 3, - "插件，并新增一个配套的脚本加上": 3, - "命令，可以在文献阅读笔记直接创建指向": 3, - "的标记。好使💯": 3, - "今天还是先继续清理文献阅读清单。": 3, - "感觉可以发布为卡片一样的东西，每个ppt就是一个页面，这个比周小结更有作用一点。最后决定还是保留这个，但是把ppt发布页转移到目录下。然后后面针对周小结这个事情做一些优化。": 3, - "感觉需要给自己的obsidian弄一个打包升级工具，可以把我的vault直接复制指定的一些文件形成一个模板，然后可以用这个模板去覆盖别人的已有的vault，实现「一键式」升级。obsidian导出库模板": 3, - "给to增加一个导出的功能，也算是继承一部分": 3, - "的遗产。": 3, - "今天先清理一下自己的阅读清单吧": 3, - "今天晚上要开小组会，准备一下讲文献吧。然后今天剩下的时间，把vault清理一下，然后开始阅读文献。": 3, - "学校封了，居家办公第二天，要开始干活了。先整理一下之前的内容吧。": 3, - "周高昂做抗体标记又失败，打算让他更换试剂盒（见click试剂盒）。": 3, - "其实今天就可以开始准备小组会的了。以小组会要汇报的内容为纲，科研不迷路。": 3, - "整理项目相关资料，思考文章和后面要怎么搞。": 3, - "晚上抽空把机房的电脑弄一下。": 3, - "修改作息时间表，更加合理。": 3, - "修改日志模板，增加每日模块。": 3, - "先完成上周的小结吧，规矩不能乱周小结。": 3, - "小组会准备讲个文献算了。": 3, - "发现这次博士后考核名单中没有我。那么接下来先搞定续聘的事情吧。": 3, - "李茜叫我给大家解读下一篇文章amaguchi，我答应了，但是没给具体时间，先存着，等有空再讲吧。": 3, - "博士后面上基金申请不了，因为我的入站时间已经超限了。准备年度博士后面上基金申请，看上去后面还是准备青基吧。但是如果是胞间连丝的题目，我把握不是很大，因为时间太仓促了，为啥要用纳米金来看就很不好自圆其说。如果是之前的题目修改修改，感觉也不大容易中。": 3, - "感觉joplin是iote的最佳代替方案，尝试数据迁移，注意选择：": 3, - "修改了之前的iote，删除了对typora的依赖，改用vscode作为markdown编辑器，也算是有始有终。不过我后面基本不大会用了。": 3, - "初步整理博士后面上基金的思路之后，看看申请博后续聘怎么搞。": 3, - "清理obsidian工作空间。": 3, - "先制定全局的笔记日志方案。": 3, - "跟李茜聊了一下：": 3, - "春节假期过得如何？": 3, - "有没有兴趣长长见识，帮她搞一下大佬们的会议，回答是可以": 3, - "今年的各种安排，生娃，博后延期（要请示樊老师），文章发表，保底是两篇": 3, - "其它的工作或者兴趣，人工细胞": 3, - "了解一下基金申请的情况。": 3, - "博士后面上资助，申报开始时间为月日，截止日期是月日。这个基金还是要争取拿到。准备年度博士后面上基金申请": 3, - "另外还看了下国自然的，截止日期是月日，学校这边我还没有打听到，但估计会比较早。": 3, - "早上一来一直在搞制定公用电脑管理方案，然后整了一个盘，在这个方面的技术又有所精进，主要是各种好用的工具又变多了。": 3, - "到处乱逛发现了内网穿透的很好的一个解决方案，叫做虚拟局域网eroier": 3, - "entral": 3, - "自动生成了密码。免费账户可以创建一个虚拟局域网，然后最多可以连接台设备。": 3, - "注意我伺服主机的用户名是，": 3, - "是uaint": 3, - "成功实验，确实可以用这种方式搞定远程连接。": 3, - "工作站主机用户名": 3, - "发现连接工作站主机的网速就太慢了，可能是因为pp拓扑结构没有优化好。": 3, - "下午主要是制定公用电脑管理方案，后来又发现": 3, - "ypora": 3, - "做得太绝，之前": 3, - "beta": 3, - "测试版都不让用了，就算静止更新都不行。看来以后还是老老实实用": 3, - "吧，配合坚果云的": 3, - "使用未尝不爽。": 3, - "坚果云账户：sheldonxxdcom": 3, - "eboplin：": 3, - "应用": 3, - "：assgassevhpn": 3, - "oplin版本：桌面，手机": 3, - "上午主要是帮忙（李茜和晁洁）修改figure，删繁就简，又是这个套路。晁洁figure修改建议xxdpptx": 3, - "刚刚添加了一个【uickdd📂插入路径】，可以方便指向电脑硬盘其它位置的资源，比如数据，而无需将这些很大的数据弄到vault中来。": 3, - "又到了周小结的时候了。周小结": 3, - "我的steam账户是跟qq邮箱绑定的（xxdqqcom。然后账户名则为sheldonxxd，": 3, - "game。注意更换设备登录需邮箱验证，但是我早已忘记密码，幸好已经跟手机绑定。我还是成功在僚机上安装了steam，所以之前安装失败可能还是网络拥堵的问题。": 3, - "决定在僚机上安装下steam，发现网站都登不上去，或者学校校园网出于好意帮我们屏蔽掉了。最终我在超算平台自己的账户里部署了": 3, - "julia。": 3, - "摸了一下自己的肚子，真的是好几层肥肉，真的要加强锻炼减减肥了。今天下午天气不错，去锻炼一下，算是开个头。": 3, - "刚罗小骞师妹过来问我要corelraw的安装包，我顺带整理了手上有的最新版本的corelraw，搞成压缩包（存放到机械硬盘中了，并上传了实验室的企业微盘）。虽然我已经很久不用这个软件了。因为破解版有反破解的风险，需要设置防火墙和修改host屏蔽。": 3, - "修改了本周事务表的dataview查询语句，适配新的草稿模板，使用status属性，inprogress": 3, - "两个标签可以省下来了，可以让标签更加有信息。": 3, - "又要重蹈覆辙吗？今天上午差不多折腾了一个上午的trilium，就跟之前搞iote，搞obsidian一样。如果时间精力总是这样浪费掉，很难有所成就啊。就好好用": 3, - "不行吗？": 3, - "今天戴哲泽要一口气合成和纯化从、、、、、、七个样品，干脆晚上直接所有的都做一个。": 3, - "明天上午要陪老婆去产检，实验只能让戴哲泽自己去化学楼了。": 3, - "昨天晚上让戴哲泽去做一下和的sm，发现cy通道背景很高，而通道看不到什么信号，很奇怪。最好是再订购一条docking": 3, - "strand。": 3, - "上午来了之后，决定还是把生活方面的内容，转移到trilium上面去，跟工作内容分开。": 3, - "分析结果感觉温度影响比较大，预约了周五上午九点再完整地做一次。": 3, - "上午来了之后先快速看了一部分文献，然后和戴哲泽去找董朝青老师测。": 3, - "晚上花了一个半小时教郑浩然师弟如何处理他的脂质体图像，两个通道的数值要求比值，首先要做漂移校正共定位，然后做除法计算，本来以为颇简单的事情，还是花费了一个半小时。最后把这个代码部署到交大超算jupyter平台上了。!asted": 3, - "感觉下午什么都不想做，不知道为啥？可能是稍微有空了一些？其实又进入了一个人生中的转折点，该停下来好好思考一番了。把之前的思考归纳到中，用的": 3, - "olderote插件直接归纳总结。": 3, - "刚刚看了一下股市，感觉新年以来一直在跌，我今天入手小部分增持了一些股票，算是试探性地操作。我感觉炒股这东西，每个月一两次的交易频率是ok的。": 3, - "理财": 6, - "刚刚跟郑浩然去了解了下目前confocal的情况，倍物镜存在一定的照明不均问题，但估计可以通过后处理消除。其他人拍细胞的倍油镜的还是比较均匀的。": 3, - "调整了看板的设置，任务中增加标签会被隐藏，但是会显示到卡片下方，这样可以方便从卡片新建笔记时不带上标签了。": 3, - "昨天感觉主要是去搞求职了，没能计划安排这周的事务，今天务必搞定。周小结": 3, - "下午睡醒后费了点时间完成求职。详见ppt发布页lakz": 3, - "周一例行整理上周的工作，然后完成一下周小结。周小结": 3, - "早上一来就开始尝试分析上周周六下午采集的数据，结果不大行啊。": 3, - "身体出问题了，半夜腹痛，起来拉屎（先软便后拉稀），黄中带红。今早又是拉稀，偏黑且黏。拉完屎起来马上流鼻血。看来最近一段时间生活作息上是有问题的。": 3, - "把localize跟提取trace的两个工具代码发给了戴哲泽，让他消化吸收一下，以后这种事情可以交给他处理。另外跟他说可以考虑重构代码，做成一个本地工作站一键localize的工具。": 3, - "丁龙江的实验已经做完，感觉点很少，估计是纯化得太厉害，导致延伸链丢失。也有可能确实是纳米金的作用导致imager更难结合到桶上。确实纳米金会导致桶内伸出链的可及性下降。数据还是像上次一样分割上传到超算中心完成localize。顺便整理下代码：利用超算中心做localize": 3, - "李茜昨天跟我说要尽快找樊老师聊一下，表明自己是值得被留下来的。然后岗位估计是助理研究员，年薪税前大概是w，反正没有我现在收入高。跟老樊聊，主要讲三个方面，自己做了什么，能做什么，后面想做什么，要体现自己的": 3, - "西安这波": 3, - "疫情": 3, - "充分暴露了当地政府城市治理能力的诸多问题，比如一码通故障体现了信息技术能力不够，再比如足八月孕妇在医院门口等到流产，体现了领导干部处事僵硬呆板甚至可以说毫无人性。而上海、成都甚至东莞，都出现过疫情的紧急情况，都得到了及时处理而没有到这种地步。": 3, - "今天上午要帮丁龙江做下实验，可以先看看之前的一些资料。": 3, - "发现工作流还是得用任务看板，新建任务，然后有必要就从看板新建页面，此时": 3, - "会自动反向链接到当天日志。而且也方便周小结转移内容。以及兼容关系图谱，虽然很久没有查看了。": 3, - "看了一下两位新生的期末小结，金仲超对于想做的东西还是比较清晰的，谢瑶还是踏踏实实学到了些东西。前者想做，和细胞表面的。后者想做细胞内的。谢瑶docx，金仲超docx": 3, - "去东窗台望远休息一下眼睛，顺带神游思考了一些关于存储方面的事情，详见创业上市与存储": 3, - "京东买电脑的发票终于搞齐了，财务报销这种事情就是有点烦。。": 3, - "给戴哲泽师弟说了一下，计划周五早上拍一个四种六螺旋的混合样品，需要合成几种折纸。另外他反馈新买的链（详见补充订购其它大小的imager）也到了，另外还加上": 3, - "lexaluor修饰的": 3, - "imager。但是我打算下周再搞。并建议戴哲泽管理好这些": 3, - "imager，溶解分装妥善保存于度。": 3, - "思考了下春节假期写基金本子的事情，博后面上打算写去年的同时成像工作，青基打算写要做的endocytosis内吞作用力tension测量，顺带搞清楚了目前的工作重点，就是要拿到好的微管超分辨成像图证明自己在上的能力。（见微管超分辨成像的优化）。": 3, - "午饭后尝试了一下": 3, - "trilium": 3, - "这个笔记软件，据说是高度自定义的，可以自己到服务器上架设，然后随时通过浏览器访问（感觉还是不够安全的样子）👀zadamtrilium": 3, - "uild": 3, - "personal": 3, - "knowledge": 3, - "rilium": 3, - "otes": 3, - "上午来了之后想搞清楚cy通道背景的问题，拿了个空白皿加纯buffer去拍然后回来分析数据就是一上午过去了。": 3, - "老婆今天又要加班到很晚，我可以先回家，也可以先下班，然后了解下股票的一些知识，主要是得会看线图。": 3, - "晚上跟周高昂师弟去细胞房值日，先就插了下枪头，灭了个菌。算是意思意思吧。": 3, - "今天都要过去了，还没有完成最重要的事情，思考这周要做些什么。": 3, - "让周高昂去磕细胞微管超分辨成像的优化，让戴哲泽去磕的分辨率提升，路线方针都是很清楚的，就是需要实践了。": 3, - "准备补相关的实验，要求先整理好数据和文章大致内容，然后、sm、可能都要做一遍。但是像样品准备什么的，可以交给剩下的谢瑶和金仲超。": 3, - "准备拿信息加密方面的数据，要用上四面体和几种六螺旋混合到一起（也可能下周做）。": 3, - "总的来说，未来三周就是多做实验，尽量把数据都拿到手，放假了就写文章搞基金什么的。": 3, - "一个半年前的发票说我没报销，一看公共邮箱里边根本没有这个号的发票，真是见了鬼了。现在抓紧报掉，免得hermo又锁我们账号。顺带找京东客服催了一下电子发票的开具，": 3, - "这个事情就是麻烦。": 3, - "是时候给obsidian的用户分享怎么把实验记录导出为": 3, - "了。从obsidian导出docx": 3, - "中午午饭后回家一趟，安装房东给买的洗衣机，还是有一些操作彰显了我的智慧。我先用天然气灶台烧刀片，切割下水道接头管，然后把挂钩钉上去，再搞了个回形针把洗衣机的出水管跟下水道口拉住。经过测试现在洗衣服已经不会漏水弄得卫生间总是湿湿的了。!asted": 3, - "决定从年开始，生活方面的记录和工作日志开始合并。生活记录主要是在日志中，而工作方面的内容则以新增页面为主。多使用标签加以区别。": 3, - "房东在京东上给我们换了一个洗衣机，说今天送货到家，预约时间是个机器人电话，说要按键回复是否有空，结果我的电话刚好欠费停机，按也没用。。。所以千万不要迷信所谓人工智能，总有一些情况是难以预料的，而这些不具备推理思考能力的就没办法搞定。": 3, - "周高昂师弟过来问我这周什么安排，我说他后面就是养hela细胞，把细胞微管的超分辨成像做好就行，一月底就是春节，所以也就剩下三周时间，他能把这个搞定就不错了。": 3, - "然后就开始整理和打印": 3, - "，发现打印机的墨盒跟纸张都没有了，打印机处的东西是乱七八糟的。另外我直接从obsidian导出pdf然后打印出来的操作也是有点迷的，以后最好每周打印一次实验记录，而且最好是导出为docx后调整图片大小再打印，搞完了再分类存档。": 3, - "上午来了之后，先弄了一下细胞微管超分辨成像的结果的展示图（详见完成细胞的微管超分辨成像），把工作做完整。": 3, - "晨练": 3, - "元旦假期过后，早上起不来床，来了实验室就犯困，打了一套八段锦就很有提神的效果。": 3, - "感觉日志又逐渐混乱了起来，先周小结一下。周小结": 3, - "跟戴哲泽说了一下让他调研一下购买一个主动隔振平台，顺带了解下被动跟主动隔振的区别。": 3, - "被动隔振是我们目前用的光学平台，为简单的结构即可获得最大的隔振效果，但其缺点为在低频段的共振及隔振性能极低。": 3, - "主动隔振的有点就是在低频区段共振很弱。": 3, - "电脑的各种零配件都到齐了，但是京东预约的上门装机服务完全没有下文，干脆让师弟自行组装起来。": 3, - "晚上成功使用别人发布的基于熵最小化的漂移校正数据后处理方法nossen，对x折纸（见picasso分析最强照明的数据）完成了漂移校正，效果跟文献中报道的接近。注意目前最好还是在windows平台上使用预编译好的dll，而且cuda": 3, - "driver要安装上。另外我还顺藤摸瓜，发现了qnanophotonpy": 3, - "今天周二，我都干了啥啊，上午来了之后先跟陈晓亮聊了会儿天，吐槽了一阵子。": 3, - "上午一来就各种做实验，到这会儿才有空坐下来，休息然后写点东西。周小结": 3, - "而且昨晚严重睡眠不足，现在脑子都是不好使的。感觉很多事情要做，又乱成一团了。这个时候我应该先休息，恢复一下精神。然后思考一些手头上有什么事情，按照重要性和紧迫性排列一下。超算分析测试型折纸样品": 3, - "晚上回到家里，真的是下午太久坐，整个人都是不舒服的，胸闷。": 3, - "上午来先处理了数据，周小结小组会的都没有弄。": 3, - "戴哲泽反馈数据处理第一步localize就很慢，我现在考虑有没有可能做并行计算。": 3, - "奇怪的知识又增加了，给自己的台式机开启了ssh服务器，然后笔记本连接它，发现ssh登录输入局域网ip是不行的，得是。然后发现台式机开启的jupyter": 3, - "server，我用笔记本正确的访问方式是输入到浏览器地址栏，nice。": 3, - "下午深度尝试使用交大的": 3, - "平台，jupyter算是部署完毕并且走通了。接下来了解更具体地内容，比如申请相应的资源，然后进行计算。交大超算平台使用经验": 3, - "戴哲泽反馈lif文件转raw时报错闪退，经查发现是数据有问题，当数据大于内存余量时才出错。为此我修改了代码，采取分割的方式将大的lif保存为若干个小的raw。详见将lif文件转换为raw格式ipynb，效果还不错：!asted": 3, - "年纪真的大了，连续写代码分析数据，盯着电脑屏幕看久了眼睛贼疼。肩膀也酸，还胸闷。": 3, - "全程在台式机上处理的数据，所以没有及时记录到": 3, - "中，而是用的": 3, - "工具来搞的，不过我觉得这样也好，不然": 3, - "拷贝来拷贝去似乎也不大好。": 3, - "昨天一天加上今天半天算是all": 3, - "数据分析了，终于实现了超分辨双色通道的高精度配准。详见iotezip": 3, - "obsidian悄咪咪跟我后台更新了，有了一个live": 3, - "preview模式，还挺好的，感觉就是ozan那个插件的升级版本。但是发现有bug，还是legacy的editor更好。暂时不建议升级。": 3, - "中午教了一下戴琨师弟如何用mage分析他的免疫组化的成像数据，他是分析实体瘤切片，有两种巨噬细胞，似乎是什么和型，有些是肿瘤的帮凶。教了他之后让他自己整理好一个protocol，到时候发给我一份。": 3, - "通过ssh登录超算中心的存储盘发现，免费容量只有个。!asted": 3, - "按照说明下载了一个in工具inetupexe，方便把数据传输到超算中心的账户中去，结果发现速度挺慢的。!asted": 3, - "最终找李子慕要了一个": 3, - "的账户，用户名是，": 3, - "是，登录进去之后要提交作业申请，排队大概要个十分钟左右，然后才可以开始使用。然后登录了远程桌面，在网页上操作真的是有三秒的延迟。图形交互太糟糕，还是得买电脑。": 3, - "早上来先把申购工作站电脑的事情搞定了，败家之眼全家桶方案，总价约为三万五。详见高性能电脑需求及配置单xxddocx，后面让戴哲泽师弟负责组装电脑，然后安装一个linux系统。后来秘书推荐我找李明强老师问一下交大超算中心能不能用，看了一下果然还是能用的，用": 3, - "刚刚碰到徐丽凤师姐说移动硬盘的事情，我觉得可以搞一个无人值守的工作站主机，再配个ip，安装linux系统，大家都可以使用web服务来分析处理数据和拷贝数据。最简单的方案就是把之前的电脑再弄过来，重新布置一下。": 3, - "打算精读一下eng": 3, - "in关于": 3, - "的文献in，感觉对于六螺旋目前的体系很有帮助。": 3, - "跟戴哲泽师弟说了一下，让他来做两点的，imager只使用的，只不过一种是标记，一种是cy标记。然后通过这个双标样品，实现空间坐标映射。做分屏的高精度坐标映射双标样品拍摄": 3, - "昨晚花了很大的力气做分屏的高精度坐标映射，希望实现双色通道在纳米尺度上的共定位，结果发现还是相当困难，我们手动采集了将近三十个成对的映射点，但是得到的线性映射函数还是不好用。": 3, - "下午要开始做，如果周高昂师弟的不行，就做六螺旋的，需要把": 3, - "链跟": 6, - "什么的准备好了。": 3, - "昨晚跟今天早上一点时间，都用在了的数据分析上了，想尽办法也没能用picasso搞出来x折纸结构，尽快其单分子信号质量已经是最佳的了。picasso分析最强照明的数据": 3, - "妈的开一天组会都要讲，累死。": 3, - "上午小组会讲工作，下午大组会讲文献。": 3, - "感觉今天的事情基本都做得差不多了，该安排下去的活都安排下去了，接下来我可以看点文献，处理下数据，写写文章什么的。细胞力学成像专题阅读": 3, - "刚看了一下仪器预约的情况，只有周二有空，所以让周高昂师弟准备好今天就开始把biotin修饰的一抗（见整理细胞微管成像方法已有抗体）就给孵育上，的抗体会好一些，但是浓度低，不过还是可以稀释到抗体稀释液中使用。周计划周高昂pdf，细胞冻存（初版）周高昂pdf，细胞微管超分辨成像实验": 3, - "的成像改造工程正式启动，其实就是买个像散的柱透镜给塞进光路中。主要是给高兆帅他们提供一些需求说明。": 3, - "给戴哲泽安排了一下合成六螺旋与设计四面体的任务。参见同时查看尺寸和扩散结合频次的关系，信息加密十点六螺旋的成像实验": 3, - "修改周小结ppt为ppt发布页，以后但凡是制作了ppt给别人看的都发布到这里来。": 3, - "任务看板有一些事情放着碍眼。任务看板gaxsp": 3, - "其实就是整理代码，尽快搞定把。提取漂移校正后的单分子荧光强度随时间变化曲线，花了分钟才整理完。": 3, - "先想想这周都要干什么吧!不一定非要把本周安排满，能把今天做什么安排清楚都行。": 3, - "把已有的数据贴个任务看板zkfc，已有数据整理": 3, - "做相关的实验计划并分配任务": 3, - "做信息加密方面的实验计划并分配任务任务看板qusre，整理信息读写加密部分的思路和数据": 3, - "今天是周一，例行完成周小结。周小结": 3, - "上周的日志写得更少了，这不是一件好的事情，其实是因为生活方面一些坏习惯死灰复燃，导致工作生活节奏紊乱。": 3, - "报销了一下最近手头上的发票": 3, - "报销了一下最近手头上的发票，已经到这一步了还是花费了半个小时。所以你看试剂耗材调研采购报销什么的，其实要花的时间并不比真正做实验少。": 3, - "明天刘蒙蒙师姐要派她的学生黄鹿鹿过来取一点lipo细胞转染试剂，下午三点左右，应该还好。": 3, - "今天一来实验室就是在查各种资料，为修饰抗体做准备。原理很简单，但实际操作还是有很多细节需要注意，我最后就是尽可能靠近试剂盒提供的实验方案来执行。": 3, - "第一次月度总结": 3, - "下午两点回学校开始搞报销材料就搞了一个小时。anab发票报销年月日": 3, - "设置了sliding": 3, - "panes插件，现在被选中的pane能够自动以最大宽度显示了": 3, - "现在应该好了吧": 3, - "测试了一下，似乎空格有些问题。": 3, - "修改了随手记记的方式，以后时间是倒序的。": 3, - "完成第一次月度总结，很有意思。月总结，然后添加了命令，方便以后写月总结。": 3, - "搞了一个上午的电脑": 3, - "今天上午过来搞了一个上午的电脑，本来是想把另一台笔记本作为server，可以尝试远程连接这种，结果win家庭版不支持远程连接。这就扯淡了。然后我又想着用jupyterlab也行啊，结果搞半天也还是无法实现远程登陆，这些在之前我都玩过的。我觉得一个是系统的原因，另外一个就是局域网的拓扑结构很奇怪。除非我两台电脑都不上网，组一个独立的局域网。但是这就违背了我的初衷了。总之搞真的是太费时间了。但是那台电脑确实不错啊，不拿来做点什么，就放在家里积灰，实在是说不过去。要不干脆就回归它游戏笔记本电脑的本质，专门用于玩游戏吧。": 3, - "⭐️⭐️": 48, - "本周的实验安排": 3, - "今天一大早来就传细胞冻存铺板啥的，搞到九点钟。交大实验室细胞库建设年月日": 3, - "在系统楼听到实验室一些不道德的行为，比如左小磊指使学生过来偷师，还有一些人经常翻看人周小结窃取idea。共享周小结本来是一件很好的事情，但是也不得不堤防别人有什么坏心思，所以我跟戴哲泽师弟讲后面周小结就交txt。": 3, - "老规矩整理一下上周的情况，然后再决定这周干什么。周小结": 3, - "整理就花了将近一个小时，主要是给周高昂师弟仔细思考了一个本周的实验安排，也算是打了个样，后续要求大家这样搞，周日的时候就发送过来看看。当然这个也可以进一步优化，就是甘特图什么的。": 3, - "下午来了尝试报销一下最近买的东西anab发票报销，结果发现有的发票还没有到手。": 3, - "徐丽凤给了我一个测试报告（见irf测试报告docx），估计是仪器管理相关的需求，现在要凑够个小时的使用机时，我让戴哲泽师弟去弄了，让他周三晚上六点前给我一下。后面徐丽凤说越快越好不要等到周三，我让师弟今晚弄好给我（见irf测试报告docx）": 3, - "免疫荧光染色": 3, - "今天看看有没有可能做一个免疫荧光染色，但是会有很多东西要准备，可能不是很来得及。不过这个后面也是要做的，可以试着安排一下。第一次细胞微管超分辨成像实验": 3, - "昨天做的细胞黏附实验的数据，虽然没有很成功，但是结果还是可以拿上来分析分析，毕竟也还是有的。细胞分时黏附成像": 3, - "明天请假，这周基本就剩下今天下午了。周高昂师弟现在在养两种细胞，一个是": 3, - "，一个是": 3, - "ep。我差点今天再复苏一个": 3, - "细胞。但光养着细胞拿来用，也是没啥意义的。所以我还得继续思考，后面要做的实验。主要有三个方面：": 3, - "细胞力学成像，或许可以直接上": 3, - "细胞微管的超分辨成像": 3, - "普通免疫荧光confocal成像": 3, - "细胞传代冻存保种方面的安排": 3, - "分时的细胞黏附变化": 3, - "上午一到实验室，想了一下，可以做一个分时的细胞黏附变化，最后可以出来的图其实跟ungmann的t是类似的。然后就赶紧去传细胞铺板，用的就是": 3, - "tcjs": 3, - "因材施教，示范一遍即可。": 3, - "早上茜姐跟我聊了一下，后面可能有继续跟医院的合作，希望看下染色质中的某些特定蛋白的距离，通过的方式，还跟我推荐了一下之前的一篇的文章。": 3, - "后面的事务更多的是思考和分配任务，不过按照昨天金仲超的经验，以后还是不要高估别人举一反三的能力，还是要先仔细教过一遍怎么做，然后测试一遍，然后再真正安排任务去做。": 3, - "技术支持申请需规范": 3, - "新的一周开始了，从周小结开始。周小结": 3, - "补交周小结到企业微信，这个最好还是遵守实验室的规章制度，按时提交吧。": 3, - "学校工会刚发完福利苹果，就开始号召大家捐款。这次我捐了": 3, - "元，算是积德行善，给尚在娘胎的娃修点福报吧。!asted": 3, - "今天下午潘莉跟我约明天帮忙拍一个淬灭曲线，来来回回我问了十五分钟，才搞清楚大致情况。为了避免以后类似的事情发生，我决定搞一个技术支持申请单。以后先把单子填好再找我。本来是让金仲超搞了一下（见单分子成像技术协助申请表金仲超docx），但是他还没有十分准确地理解，也很正常，让他们去做主要就是学习一下。最后还是我自己写了个单分子成像实验技术支持申请单docx": 3, - "⭐️⭐️⭐️⭐️": 48, - "细胞界面的mager吸附": 6, - "今天下午做细胞的成像，基本上就只能拍一下，看看mager能否进入细胞下边了。细胞界面的mager吸附": 3, - "上午去拍了一下confocal，感觉现在也不是那么喜欢做实验了，两个小时关在黑屋子里，做细胞成像，也不大舒服，主要是温度有点高。": 3, - "上午整理了下confocal细胞成像的数据，然后跟着高兆帅继续安装新的，但是进度很慢。细胞膜表面的confocal成像": 3, - "下午打算做一下细胞样品的成像，看下细胞的下表面。细胞下表面成像": 3, - "下午终于搞定了新的s相机的安装，已经分屏器的调整，然后还拍了细胞的样品，但是结果并不怎么样。": 3, - "晚上先是指导了一下戴哲泽用新的相机做，但是他的样品有点脏。我感觉单分子成像的难度还是太大了，所以后面并不打算仔细教做毕设的周高昂师弟，他负责好细胞培养跟confocal成像，活细胞成像就非常好了。": 3, - "晚上还指导了周高昂师弟去做细胞传代铺板，看上去他还不大熟练，所以后面接着让他养细胞吧。下周一带他把冻存的ea细胞复苏起来。明后天可以告诉他需要准备些什么东西。": 3, - "具体计划安排细胞膜的confocal成像验证一些问题。": 3, - "昨天跟戴琨约了今天上午传细胞，叫上我，争取把他剩下的细胞都薅过来。周高昂师弟能赶上就跟着，赶不上我也不等他了。注意使用well为mm直径的confocal皿，可以多搞点样品。细胞膜表面的confocal成像": 3, - "回顾了下细胞免疫荧光成像的一些步骤，再次采购一些常规试剂，让周高昂师弟去买，也算是学习锻炼了。整理细胞微管成像方法": 3, - "下午教翟婷婷用picasso处理她的单分子荧光数据。她需要统计发射的总光子数，用的激光功率才，就为了说明抗漂白。后续的处理为了简单，让她用originab打开hdf文件。": 3, - "和李茜聊了一下，她把目前的工作分为了三个部分，都是围绕，第一个是之前的工作在重构，第二个是在信息存储上的课题要开展，继续带着戴哲泽开始做；第三个是细胞成像的，带着师弟周高昂开始搞。另外还聊起来看看元旦有没有可能搞一个什么培训。我说细胞房培训至少也要两周之后。": 3, - "跟高兆帅尝试给安装新的s，结果没有成功，eica的软件似乎重装了，无法识别硬件，只能再约工程师来搞。另外关于像散成像，镜子似乎也没有合适的地方放置。": 3, - "完成了周小结并制定了本周实验计划": 3, - "新的一周又开始了，周日在家懒得动，以后周小结就放到周一或者周五吧。周小结": 3, - "给大家安排了任务，新生主要是学习。普博就是周五的时候跟我学一下，毕设的小周跟我和戴哲泽学习的比较多。": 3, - "「读任何一篇文章的时候，我会先扫一眼题目和主图，脑补作者会如何论证他的论点，然后再看摘要和结论，与我的脑补进行对照。」这个就是看文献泛读的基本方法，参考陈虹宇的blog。": 3, - "终于掌握了foldernote这个插件的搞法，可以在一个页面中用card的方式来显示其它目录下内容的标题，摘要和图。": 3, - "修改草稿模板以适配新的olderote和本周事务表，主要是把内容和小结分开，然后frontmatter中增加deadline，默认每个事务的deadline是天。": 3, - "百度网盘最近在集中清理，其实我有很多账户，趁此机会把": 3, - "统一管理起来。": 3, - "x厦铺天王：xxdxia，绑定了的手机": 3, - "我摆渡：最常用的": 3, - "又黑又红的冬哥：似乎是在中科大的时候注册的，绑定了中科大学生邮箱，已不能使用": 3, - "i慢摇：密码xxd，绑定qq邮箱，空间已收回，存放了大量照片": 3, - "各种开组会，然后给小组内的师弟师妹培训了一下zoteroobsidian，让他们熟悉这种工作流。": 3, - "给大家演示obsidian，这里插入一个参考文献egg；hen；omezarcia": 3, - "跟两位普博说了一下安排，超分辨成像分辨率有所提高。": 3, - "今天一天都没有写工作日志，可想而知工作效率如何。其实大部分时间都在看文献，另外还指导了一下戴哲泽，跟他一起分析实验结果。": 3, - "带周师弟做细胞实验，思考人员分配。": 3, - "实验安排": 3, - "今天晚上老婆估计会七点到家，我可以下午带师弟传ea细胞。这样周六下午可以再让他来传细胞，我在旁边看着。后面养细胞的事情就基本交给他了。然后刚开始可以教他做一些固定样品，使用显微镜拍摄好看的图片。": 3, - "事务安排": 3, - "今天又到星期四了，这周小组会我总得讲点什么，除了文献之外。所以我得好好想想。思考剩下两天做什么交差": 3, - "整理和改进阅读清单，对于dataview的query语句语法了解又更进一步，对于文献阅读工作流也更加顺畅。": 3, - "思考了一下，觉得统筹全局，做好设计，安排人员是目前一个比较重要的工作。我需要把自己手上的事情整理好，然后细分一下。晚上还约了两位普博面谈。思考任务和人员分配": 3, - "看了一下戴哲泽昨晚挑战分辨率的结果调研photon": 3, - "rate，有一个条件似乎还行，但最好是低浓度，长曝光，高功率地拍摄才有可能提高分辨率。顺带我让他尝试对原始数据做一个时间轴上的bin处理，需要掌握对raw文件的。的数据": 3, - "整理出来一份细胞传代和铺板的实验方法，打印出来交给周高昂师弟，让他边看我做实验边有个对照，争取尽快上手。": 3, - "似乎各种看文献，然后进一步优化了zoteroobsidian的工作流。": 3, - "先把周小结都交到企业微信的共享云盘中吧，以后要养成习惯。": 3, - "昨天晚上跟李茜聊了一下，有一些重要信息：": 3, - "她认为之前的工作虽然重要但是急不来，需要自我不断思考和突破": 3, - "细胞成像的事情需有更高的优先级做出来": 3, - "谢瑶也会加入我们，这么多人力资源如何高效利用起来也需要思考": 3, - "细胞房需要重新管理起来": 3, - "昨天戴琨师弟帮我传了一盘ea细胞，但是他说状态不是很好，可能有黑胶虫，他已经买了药，三天到货后除一下。另外细胞房昨晚已经整体紫外过夜灭菌了。细胞房这一块我还是要继续抓起来。但还是要先充分了解实际情况。": 3, - "早上还有一点时间，可以继续看看文献，需要扫读的还有很多呢！": 3, - "刚刚陈杰林找我要了一个比较好用的录屏软件，我向他推荐了aptura，虽然停止开发了但是确实好用。不过各种软件设置还是需要注意一下。": 3, - "文献阅读流程还是要进一步优化，当条目入库之后，不必放到任何分类目录中，此时默认为": 3, - "状态。然后统一创建": 3, - "mdnotes，后面不管是新增附件还是pdf标注，都不必再更新mdnotes。然后mdnotes的模板做一定的修改，文章的泛读和精读笔记都放到这个文件中。所以我修改了dnotes": 3, - "emplate，然后增加了一个新增文献的阅读清单，这样就很方便了。泛读完成之后，注意修改unread标签和评级，然后在zotero中完成分类。": 3, - "对应地又修改了一下quickdd命令，以后文献调研是文献调研，放到每周事务里边。": 3, - "📅日志": 141, - "做完了尼罗红细胞膜超分辨成像实验但结果不好，更多的时间似乎放到了优化obsidian上。": 3, - "终于把尼罗红的细胞膜成像预实验给做完了，初步分析的结果感觉这个玩意儿超分辨不大现实，不过用作一种可以抗漂白的diffusive": 3, - "还是不错的。接下来要考虑怎么把现有的人力资源用起来。": 3, - "晚上又去看了一下，ss基本对于细胞界面没有非特异性吸附。": 3, - "修改了本周事务表，注意可以在每个事务文件文末新增一行，用标签的方式表示此事务的分类和状态。": 3, - "修改了日志部分的目录结构，以后都放到本周事务中。感觉这样我似乎都不怎么需要任务看板了，因为我可以很清楚现在有哪些事情，处于什么状态。然后每周小结只需要把本周事务表弄过去，设置一下期限即可。另外其它类型的事务，包括文献调研，代码整理，都可以用草稿的方式新建。": 3, - "我倒是觉得，看板可以是某种日志的形式。随手记记就是从新建任务开始。但是从实际情况来看，看板三个比较合适，可以放置一些长期的任务，所以还是有其存在的必要的。": 3, - "感觉每篇笔记的标签不要超过五个，慎重使用标签。": 3, - "调整了quickdd，在实际使用过程中，其实随手记记更加频繁，优先级比新建任务高。": 3, - "删除了quickdd中的添加人物，因为比使用": 3, - "便捷不了多少。另外注意文献调研，代码整理和每周小结，都是从当天的日志创建的，会留下link。": 3, - "以后所有的非日志页面统一从日志出发，实现入口的统一。新建任务只适用于比较大的复杂任务，一旦创建就会产生页面。结果发现跟我想的还是很不一样。所以这个任务看板还是像原来那样吧。": 3, - "想到看板还可以用于日常文献阅读的不同阶段，这样就能知道哪些阅读到了什么样的深度。后来想想，一个个去添加到看板，会把自己逼疯的。算了算了。周小结": 3, - "针对初步的实验安排采购了一些试剂，还听了金融大佬的报告": 3, - "今天主要是得把该买的东西都买了，然后这周剩下的时间，赶紧把我之前的文章写好，下周东西到齐了之后开始做新的实验。购买抗体和适配体": 3, - "下午听了两个多小时的报告，主要是转化医学的案例，既有技术研发做三特异性抗体药物产品的，也有从投资的角度看产业化历程的。有所启发，或许折纸也可以作为": 3, - "连上好几个抗体，做一个的疗法。跟之前": 3, - "也有点像，linker": 3, - "的角色很重要。估计组内已经有人在开展这样的工作吧，因为并不难想到。报告药物转化与投资": 3, - "发现手机日志跟电脑有两种交互场景：）把手机内容增量备份到电脑，）把手机某篇笔记发送给working": 3, - "vault。对于前者，使用数据线或者电脑上自建热点贡献文件夹是可以轻松实现。对于后者的需求，最直接的就是通过微信发送笔记内容文本，然后再发送附件即可。并不是什么事情都需要写代码": 3, - "发现日历是结合日志功能的，只能跟踪一个folder，所以我干脆把日志从一开始就放到日志存档目录而不是本周事务中。": 3, - "到上刷了一下，结果发现已经有两个月没有跟踪最新文献了，夸张。这个还是很有必要的，知道当下都有什么最新的进展。怎么说的，这个事情从现在开始抓吧。": 3, - "微信群里有人推荐了一个国内大佬开发的在线文献阅读的网站，试用了一下，还是有很多问题的。不过里边的很多理念可以学习一下，方便我组织优化自己的文献阅读工作流。": 3, - "分析一下制约分辨率的可能因素：调研photon": 3, - "记录下自己看过的小说": 3, - "昨天上午修改基金正文还有其他一些东西，硬是把我搞烦搞累了，中午伏案午睡也不成，所以下午直接回家，说是躺床上好好休息，然后在家办公，晚上再回学校打卡。结果却是，我躺在客厅沙发，开始看小说，疯狂看。一本是《洪荒降临之最强玩家》，大致就是主角重生，知道世界要发生异变，智脑接管地球，所有人都可以玩一个叫做洪荒的游戏，而游戏世界跟现实世界差别不是很大。然后主角先知先觉，各种抢机缘。刚开始我快速看了一两百章，爽过之后就刷到最后一章看，逐渐就索然无味了。另外一本书是《洪荒之人族崛起》，也是类似的套路，讲主角从现代穿越到了洪荒世界一个人族身上，茹毛饮血，然后开始修仙，各种先知，各种气运，直到最后成为媲美盘古大神的级别。这都是爽文，虽然没啥营养，但是确实能够让人在比较短暂的时间里爽一爽，当然也就一两个小时，看多了就是索然无味。不过也有稍微比较好点的耐看的爽文，比如起点中文网的《大奉打更人》，虽然大致上是抄袭明朝万历年间的历史，但明显作者写作功力要强上一些。": 3, - "关于在上海买房": 3, - "我已经知道实验室好几个博士后在上海买房了。比如丁飞、渠志倍、甚至是高延静。基本上买的都是二手房，总价万，首付（w），然后贷款分期年还，一个月还房贷一万三四千。说实话我听起来都是瞠目结舌的。房子首付就要万，我上哪里凑这么多钱（就算我爸没搞也弄不来这么多钱），而且二手房还得交税，现金。所以差不多要准备w才能考虑在上海买房。买了之后，再考虑还贷年。想想都觉得可怕。所以我坚决不能留上海，要完完全全断了这个念想。所以博士后之后，赶紧找一个南方的坑入了。粤港澳交通发达，即便是深圳我也可以考虑，房子买在东莞，工作在深圳，我可以短期租住的嘛。既然是这样，就要多找那边的朋友帮忙留意位置了。": 3, - "再次失眠": 3, - "昨天没有午睡，所以到了晚饭后感觉很困，就回家了。回家之后也没啥性质休闲娱乐，就说先睡半个小时再起来干点活。结果定了闹钟根本没用，我一觉睡到晚上十点多老婆下班回家。所以，我再次失眠了。这个事情告诉我：真的困得不行的时候，定闹钟是没用的。以后必须要避免这种情况发生，我得：": 3, - "必须午睡，而且是有质量的午睡，甚至骑车回家午睡都行": 3, - "晚上要是提前回家了，感觉到困乏也不用睡觉，坚持休闲娱乐甚至锻炼一下都行（毕竟困乏多数是因为脑力劳动过度所致，身体还是不疲惫的）": 3, - "思考课题与人生": 3, - "既然睡不着，干脆起来写写东西，比如思考课题，甚至是思考人生。": 3, - "我博士后就剩下不到一年的时间，不出意外到了今年底我就要开始找教职了。而按照现在“水涨船高”的行情，我估计还得再发表两篇": 3, - "以上的文章，才能有把握找到一般的教职。而如果想成为好地方的特聘教授做独立的": 3, - "，这年头没有几篇子刊或者正刊是行不通的。": 3, - "就我目前的": 3, - "课题来看，短期内也就是几篇": 3, - "的预期产出，可能博士后延期一年，能勉强做出个子刊（但未必能见刊）。而": 3, - "课题延伸出去，最": 3, - "的方向就是跟": 3, - "相结合，而不是在“用成像方法探索生物学问题”上。": 3, - "基于这种预期和现状，我还是倾向于短期积累一些“差不多”的文章，而不是冲刺子刊或者顶刊，因为后者不是一两年就能搞定的。另外我如果想做独立": 3, - "，就应该尽早脱离樊春海老师的课题组。因为在组里虽然是平台资源各种好，但这个也是相互利用的事情，如果继续待下去，我很难保证自己的一些想法被组内一些人付诸实践。": 3, - "最近侯尚国师兄回国，到了深圳湾实验室建组，他在搭建显微镜平台上有丰富的经验，我觉得这也是我的机会。我可以明年出站后加入他的实验室，这样我们就有充分的设备上的保障来提高": 3, - "的工作。虽然刚开始可能待遇不会很好，但至少这样是更": 3, - "的。好吧，最近我可以跟侯师兄联系一下。": 3, - "这个想法我暂时还是要保密，比如茜姐。她是非常希望我能留在交大，大家后面一起做一些有意思的工作。如果事后要问起来，我就说去南方离爸妈近，好照顾一家老小。": 3, - "不过我又想到，自己青基的项目如果中了，那么现在项目不能跟着人走，我就不得不博士后延期来完成这个项目了。如果没中，那就是老天爷都要让我走这条路。": 3, - "小结与反思": 3, - "关于博客": 3, - "我在日志（）中写道：“用一种": 3, - "easy": 3, - "的方式帮助自己留下很多有价值的记忆，免得自己老了之后都没有跟子孙后代吹牛逼的资本”。这是我对于在": 3, - "pages": 3, - "上写博客的基本看法。所以上边尽量还是要放一些能够吹牛逼的东西。比如：": 3, - "有用的代码": 3, - "做人做事的经验总结": 3, - "预测和猜想": 3, - "达成的目标和取得的成就": 3, - "本来还想加一个重大事件的看法和分析，但是这个部分很容易涉及到时政，当局并不愿意我们在毫无根据以及缺少真凭实据的情况下胡乱发言，所以还是算了。再一个我自己也确实不擅长，也不大可能对很多问题有独到的见解。": 3, - "关于课题": 3, - "目前做的这个": 3, - "肯定是没跑的。但是这个东西，我还没有看到能够发表": 3, - "aturecience": 3, - "的潜力。继续做框架核酸，": 3, - "纳米结构的": 3, - "，其实很难解决": 3, - "在生物成像上的痛点。所以我总是想着，这个技术能不能用于": 3, - "的一些行为表征，但是目前最好": 3, - "的分辨率，其实很难。而且就算是你要做": 3, - "robot，最后也要找生物学应用出口（如果不是工作特别": 3, - "astonishing": 3, - "的话）。": 3, - "目前我的特长，最厉害的就是成像数据分析，而后是成像探针设计，最后才是所谓的生物学背景。如果我能够就某一个生物学问题，利用成像方法，基于统计学的大数据分析，得到一些有意思的结果，我觉得自己就可以成为独立的": 3, - "，领导一个实验室，或者说直白点就是自己处去单干。": 3, - "细胞也是“千人千面”，现在各种单细胞分析也是非常热门的方向，但是也仅仅做到了一个“单”字，在系统研究细胞群体动态行为方面，还是非常少见。我觉得这个方面，并不是大家没有想到，而是难度非常大。但我觉得可以尝试。": 3, - "哈佛大学威斯研究院研究员李曙光博士": 3, - "揭开集群运动行为的面纱": 3, - "当然了，既然我对现在的研究方向还不是很满意，现在凭空凭感觉说换一个也不切实际，还是要多思考多看文献再做决定，而且注意以下几点：": 3, - "我已有的（或者未来能有）条件能不能做": 3, - "这个领域或者问题有没有潜力值得持续投入精力": 3, - "关于未来": 3, - "最近我闲的时候刷微信上的视频号，开始对室内装修设计感兴趣，其实潜意识里是希望自己能够买房安居。所以比较短期的未来，其实无非就是要到哪里的城市定居工作的问题。然而国内所谓的北上广深的房价，都是动辄要贷款三十年才能搞得定的。我也知道这极高的房价背后是各种社会不公平的现象，但是至少我目前无力改变它，而且我预期在大城市的房价基本上还会一直慢慢上涨，所以真的是越早买房越好。然后北方我不想去，就剩下东部和南方。南方有我爸妈在，他们年纪渐长，我过去有个照应。所以我会优先选择南方的城市。然后大学和研究所，我会优先选择给钱多的。": 3, - "目前来看，我觉得【深圳湾实验室】是一个比较合适的选择。如果是以我可预见的产出去应聘的话，很难拿到独立": 3, - "的位置，但是当一个助理研究员或者副研究员也是不错的。我的想法是在交大延期一年的博士后，尽量把文章都攒够，然后再到南方去。": 3, - "关于生活": 3, - "锻炼身体这个事情，说了一万年了。一定要搞起来。": 3, - "实验筹备": 3, - "microtubules": 3, - "plated": 3, - "round": 3, - "grown": 3, - "ech`": 3, - "supplemented": 9, - "fetal": 3, - "calf": 3, - "serum`": 6, - "ibco": 3, - "isher": 6, - "cientific": 6, - "°": 6, - "humidified": 3, - "incubator": 3, - "efore": 3, - "washed": 3, - "buffer`": 6, - "permeabilized": 6, - "`paraformaldehyde": 3, - "ubsequently": 6, - "quenched": 3, - "ml–": 6, - "`a": 3, - "blocked": 3, - "goat": 3, - "`riton": 6, - "subsequently": 6, - "catalog": 9, - "stained": 3, - "`monoclonal": 3, - "antialphatubulin": 3, - "antibody`": 6, - "igma": 3, - "`goat": 3, - "antimouse": 3, - "polyclonal": 3, - "harmingen": 3, - "followed": 3, - "igmaldrich": 3, - "assay": 6, - "inally": 3, - "摘自文献eertsema，感觉不少组分都没用过，再看看其他的。": 3, - "µl": 12, - "mgml`": 3, - "immunostaining": 3, - "较早的": 6, - "多色": 6, - "的文章ungmann中，是先把": 3, - "avidin、以及带": 3, - "biotin修饰的二抗连接好，超滤，再去对细胞结构进行标记。而细胞免疫标记这个部分看上去更为简单合理，还有": 3, - "postfixation。": 3, - "glutaraldehyde：戊二醛，细胞固定用。我们常用的是": 3, - "的，没有其他添加。": 3, - "a：硼氢化钠，还原剂，有毒。": 3, - "：表面活性剂，我们常用的是": 3, - "简单查了一下资料，各种试剂最好跟人家的一模一样。": 3, - "📝": 18, - "抗体的选择": 3, - "tubulin，有": 3, - "α": 3, - "两种": 3, - "单克隆抗体（一抗，鼠源），都有使用。": 3, - "简单查资料就知道，两者二选一即可。至于二抗，就是biotin": 3, - "修饰的羊抗鼠。但是": 3, - "jungmann": 3, - "他们ungmann直接用的": 3, - "iotinylated": 3, - "。这个抗体": 3, - "有卖的，我还是比较放心。": 3, - "注意用量是": 3, - "的浓度，取用": 3, - "最后我找的": 3, - "优宁维的李青林": 3, - "代购这个抗体，价格是": 3, - "，货期三周。": 3, - "的抗体保存液比较特殊，不要分装，里面成分有甘油，在度也不会凝固。": 3, - "除此之外，我也订购了": 3, - "的普通一抗（可以直接连），这个有现货，所以到时候可以": 3, - "直接连一抗的先做。": 3, - "报价：absug": 3, - "¥": 3, - "这个部分主要参考茜姐的": 3, - "需要使用炔基修饰的ocking链，为了方便，最好还带上": 3, - "的修饰，方便知道连接抗体的情况。": 3, - "抗体要使用叠氮化试剂进行处理，认为": 3, - "倍浓度的叠氮化试剂就可以了，浓度不用太高。": 3, - "叠氮化的抗体与": 3, - "炔基链的连接，后者只需要": 3, - "倍浓度即可。": 3, - "偶联产物（g抗体本身大于": 3, - "ka），可以使用": 3, - "超滤管": 3, - "完成纯化。": 3, - "一次反应后，每个抗体分子表面连接的": 3, - "数目大约为": 3, - "重要试剂": 3, - "叠氮化试剂": 9, - "zido": 6, - "propionic": 6, - "uccinimidyl": 6, - "反应试剂盒": 6, - "lickit": 6, - "kit": 6, - "抗体叠氮化反应": 3, - "µg": 3, - "µgµ": 3, - "抗体，": 3, - "混匀，室温避光": 3, - "叠氮化抗体纯化": 3, - "反应": 6, - "纯化仅使用": 3, - "超滤管即可，详见下方。": 3, - "反应产物纯化": 3, - "一些": 3, - "链的订购": 3, - "根据试剂情况而定，最好从": 3, - "takara": 6, - "买。": 3, - "表面活性剂": 3, - "的差别": 3, - "是一个非离子表面活性剂的重要代表，并应用于大多免疫沉淀实验中。这个家族的所有成员riton": 3, - "onidet": 3, - "gepal": 3, - "非常相似，仅仅在每个胶束分别为": 3, - "）的平均单体数量和基于的头端基团的大小分布上有区别。riton": 3, - "来源于聚氧乙烯，并含有一个烷苯基疏水基团。riton": 3, - "临界胶束浓度较低，因此不易通过透析法去除。其浊点是摄氏度，在此温度下，可以观察到两相分离。": 3, - "是具有脂肪酸的酯基团和长聚氧乙烯链的聚山梨酯表面活性剂。它们临界胶束浓度很低，一般都是温和的表面活性剂，不仅不影响蛋白质活性，而且溶解蛋白的能力也高。它们不是细胞裂解液的常见组分，但是通常见于免疫印迹和酶联免疫吸附实验中的洗涤缓冲液，因为它们可以最大程度地减少非特异性结合的抗体以及去除不结合的部分。": 3, - "所以": 3, - "用于": 3, - "细胞裂解可能更好，而": 3, - "主要是漂洗缓冲液中常用。": 3, - "去污剂": 3, - "ween等": 3, - "labomecn": 3, - "细胞固定试剂": 3, - "戊二醛：": 3, - "穿透性强，微细结构保存好，但对抗原有一定影响，常与其他固定剂联合用作免疫电镜固定液。": 3, - "多聚甲醛常用：": 3, - "可用于免疫电镜；也可用于免疫荧光染色。": 3, - "主要检测组织内一些性能娇弱的抗原特别是细胞表面抗原，例如各类淋巴细胸分化决定簇、主要组织相容性抗原等。": 3, - "戊二醛、多聚甲醛与福尔马林固定原理及用途的区别": 3, - "生物科学": 3, - "小木虫论坛学术科研互动平台": 3, - "muchongcom": 3, - "标记方案": 3, - "细胞培养": 3, - "细胞，培养基，": 3, - "的胎牛血清，加双抗，正常培养即可。细胞漂洗": 3, - "足矣。细胞固定液参考ungmann": 3, - "的文章ungmann。需要物品如下：": 3, - "细胞，有的": 3, - "培养基及血清之类的，需询问": 3, - "，实验室库存未知，可能需要购买": 3, - "a，硼氢化钠，库存未知，可能需要购买": 3, - "戊二醛，库存为止，可能需要购买": 3, - "多聚甲醛，有的": 3, - "，有的": 3, - "蛋白（用于封闭非特异性抗原），库存未知，可能需要购买": 3, - "生物素亲和素标记": 3, - "此方案中，使用带": 3, - "一抗，然后预先和": 3, - "结合好，再结合带": 3, - "链。所需物品清单如下：": 3, - "βtubulin（biotin），已下单，三周货期": 3, - "avidin，实验室还有库存": 3, - "链（还带": 6, - "修饰），需订购": 6, - "超滤管，需查询库存": 6, - "直连抗体标记": 3, - "此方案中，直接通过": 3, - "链": 3, - "一抗上chnitzbauer，避免使用": 3, - "avidin。所需物品清单如下：": 3, - "普通抗体": 3, - "βtubulin，已下单，五一假期后到": 3, - "，需订购": 6, - "炔基修饰的": 3, - "通过一些关键词搜索自己的文库，先看下之前都是怎么想的：": 3, - "自己这一辈子，要是能有一部这样的超长小说，也算是非常了不起了。": 3, - "🔗html《》": 33, - "未来还是要继续做细胞与分子成像，理想的就是用成像方法研究细胞行为学。": 3, - "疯狂在搞": 3, - "xidebar": 6, - "软件开发，这是典型的不务正业。": 3, - "要记住，现在我的职业是做科研，做不好就没饭吃。": 3, - "robot，恕我直言，更容易发好文章。": 3, - "留下很多有价值的记忆，免得自己老了之后都没有跟子孙后代吹牛逼的资本。": 3, - "🔗thinkboutloghtml《关于博客的思考》": 3, - "吐露了希望尽量留在交大的想法。": 3, - "还是要尽快买属于自己的房子。": 3, - "要以一个开放积极进去的心态去迎接未来。": 3, - "🔗keepalancehtml《博士毕业之后》": 3, - "事业上做好力所能及的事情，平日里拥有健康的生活方式，每一天都尽量充实一点，人生的幸福感与成就感并不会比做大事的弄潮儿差。": 3, - "🔗hinaillinhtml《大变局之我见》": 3, - "更多的智能器件，才应该是发力的方向。": 3, - "🔗thinkboutorldhtml《吃饱喝足想歪歪》": 3, - "概括一下，就是要职业上继续做科研，业余还能有时间写小说，或者写代码开发有意思的软件。": 3, - "然后在学术上，并没有卓越的追求，只有满足自己满足社会的务实的需求。还会继续做分子细胞成像相关，如果能涉及到智能化小器件的开发就更好。": 3, - "留在交大和尽快买房子的愿望是冲突的，综合我前面的想法，那只能舍弃交大，去一个一般的城市一般的学校。": 3, - "上一次思考，基本上确定，“去个一般点的地方和学校继续做分子细胞成像相关的研究”。而目前我的现状是，": 3, - "超分辨需要的": 3, - "显微镜一般的实验室就搞不起。至于做别的成像，如果希望效果好，那肯定离不开高端仪器。然后养细胞其实也很贵。如果我不考虑好这些因素，贸然去了一个地方，很可能什么都干不了。所以说要想独立做": 3, - "，得有一些容易的课题作为预备和启动。这个是我需要筹划的。": 3, - "然后既然决定要离开，博后延期就不要考虑了，而且现在就要开始找下家，我的范围还比较好划，东莞及其附近都行。之前我最想去的是深圳湾实验室，平台还是很重要的。": 3, - "既然重视平台，为何不选择留在交大？主要还是我对于这边的战略方向，还是不大感兴趣。无论是纳米机器人还是信息存储与计算。而对于超分辨成像，其实也就是那样，就算我能够发一点文章，但它也不是我非常感兴趣的方向。": 3, - "我感兴趣的方向，还是分子层面或者细胞层面的相互作用。但是在这个方面我的积累实在是太少了。之前我或许还了解了一点": 3, - "entosis（细胞吞噬），": 3, - "migracytosis（迁移性胞吐），但是最近几年了解的就越发少了。所以我即不知道研究进展如何，更不知道国内谁做得比较好。最近": 3, - "migracytosis": 3, - "都已经发": 3, - "了，我之前还拿相关工作发了中国分析化学。其实我觉得自己就“癌细胞自己吃自己”的这个事情好好研究一下。这个要结合肿瘤微环境，以及放疗化疗的实际情况考虑。": 3, - "房价什么的影响因素真的无所谓，真正重要的是有没有一个自己真正感兴趣的问题。因为是自己真正感兴趣的问题，就会像之前写": 3, - "的项目代码一样，非常主动自觉地去做这个事情。我觉得如果我能够在交大站稳脚跟，或许可以自己独立做一做这个方面的研究。先找到一个好的简单的突破口，然后利用好这边的仪器。当初樊老师招我来，未必不是存了补足这边细胞生物学方面短板的意思。所以在": 3, - "这边的工作差不多了，我就会逐步转移工作重心到细胞成像上来。": 3, - "但是家人的比重也很重，至少要跟我个人的兴趣持平。我不希望自己变成一个工作狂，所有的时间精力都投入到工作中。我不希望每周累死累活，一到周日完全只想宅在家里补觉，甚至还会因为周日没有加班，拖延了课题进度而自责。": 3, - "所以还是下决心博后之后去广东。至少我可以买房买车搞起来。": 3, - "终于跟侯师兄打电话表达了一下意向，幸好人家还没有招满，可以给我助理研究员的位置和待遇，三年后可以成为副研究员（侯哥是五年的考核期）。其实这种编制随着国家发展，越到后面意义越小，还是要做出有代表性的工作。": 3, - "未来三年的计划安排": 3, - "前几天我已经和侯尚国师兄说好了，博后出站去跟他在深圳湾实验室混。既然这样，我就势必要做出一些安排和调整。": 3, - "首先最重要的事情，就是未来三年的科研计划，要结合师兄实验室以及深圳湾实验室平台资源，做仔细地思考，然后做出一些有意义的工作。现在就要调研起来。": 3, - "其次是安家的事情。买房暂时还是买不起，估计到时候还是得在深圳先租房度过头几年。然后生娃，未来三年肯定是要生娃的，到时候让我爸妈在东莞带着，周末或节假日可以经常家人团聚。就这一点我是非常满意的。": 3, - "接着是上海这边的善后交接。我博士后期间主要搞": 3, - "，文章势必是要出来一篇的。然后把戴哲泽带出来，基本上就功德圆满了。此外是跟陈楠老师那边，纳米银的文章也要有一个交代，最好能在我还在上海的时候发出去。另外是申请的基金，目前博士后面上已经没戏了，后面就看青年基金（我估计中的希望也不大），所以大体上看，明年出站能够比较洒脱。当然了，人走了，心还在，以后还是可以有很多合作的。": 3, - "😟": 3, - "怕是搞不下去": 3, - "今天让师弟看了一下加入过氧化氢对经典的单链": 3, - "的影响情况，结果发现浓度高了肯定不行，浓度低也说不清楚，因为是同一张片子换液了多次。虽然我之前的预实验结论不受影响，即带引擎数量越多，robot的运动更快。但是这种情况下，robot": 3, - "恐怕不能拿来做": 3, - "了。至于能拿来做什么，这个就不是我要操心的了。因为按照我的规划，我在交大发一篇文章，就算是给了足够的交代了。": 3, - "工作啥时候结束": 3, - "现在想到一个非常简单的加密的事情，基本上能够囫囵，然后发个": 3, - "之类的。但是要想得更有趣点，发个子刊，还是很有难度。": 3, - "按照飞姐的建议，我前两天看了一下张祎男师兄的，他采用了折纸加密，形状加密等多种方式。但是我这个": 3, - "中，折纸只能搞六螺旋一种，而": 3, - "也只不过是一排点。所以真的只能说是启发参考，而完全不能照搬。": 3, - "目前我的加密设计，只能说从概念上实现了加密和解密的功能，但是加密的优势（不可破解）还不是特别突出，甚至于加密的信息的容量也不够突出。只能说相比较于之前的多色（其实是两种颜色）成像，从概念上讲更加有趣点。": 3, - "如果说折纸本身就是一种加密手段，那么就是选择": 3, - "链组合，这个组合就是一个": 3, - "key，但如果确定为": 3, - "结构，那么其实": 3, - "大体是固定的一个组合，如果从其中随机抽样，比如": 3, - "个位点（staple）作为": 3, - "extension，剩下的能够有多少种组合呢？就是说，我作为": 3, - "message": 3, - "sender，只提供了几条": 3, - "链，而我需要告诉对方（reciever）的是剩下的": 3, - "staple，如果对方不知道这种组合，就无法合成出来有固定": 3, - "，解析得到我的信息，这就是所谓的折纸加密。这个在我的体系中也是成立的。而且这是天然的一级加密。": 3, - "另外，要合成": 3, - "pattern，我们的": 3, - "不是一个": 3, - "origami上的，而是多个": 3, - "的组合，所以理论上我们的": 3, - "链组合还要大一点。因为你得合成三种或者更多种": 3, - "折纸。合成了之后，虽然你知道我的": 3, - "extension": 6, - "链序列是什么，而且基本上也能知道这些序列在单个折纸上的": 3, - "pattern，但是你还不知道它们应该怎么才能组合成一个正确的排列。所以这个就是一个二级的加密，就是单pattern的组合。这种排列组合的数量就不会太丰富，因为": 3, - "能够容纳的信息量有限，目前我们实验条件制约下，我设计的是只有种": 3, - "pattern，但是如果你要搞色成像，那这个排列组合的空间就非常大了。当然我们不排除使用": 3, - "exchange，如果到时候": 3, - "不是很好用的情况下。或许我们可以先用": 3, - "来验证一下概念，得到一个时间，肯定比较长，然后作为对照，而": 3, - "就一锅丢进去，基于频率区分，可以更快地读出来。": 3, - "六螺旋如果按照常规理想的": 3, - "的分辨率来看，以": 3, - "为准，一条六螺旋上可以容纳": 3, - "bit，其中用于确定结构和方向的端点（个）去除，还剩下": 3, - "bit。然后": 3, - "链我们按照": 3, - "计算，的次方也有很大的编码空间，就相当于我们可以编码的信息，至少是": 3, - "思考这些东西没啥意义。": 3, - "师兄师姐都是好人": 3, - "突然决定提前休高温假回老家，最重要的事情就是思考博士后之后的去留。但其实我在家里并没有做太多这个方面的思考，也没有坚持写论文。我就是顺其自然地过休假生活。": 3, - "回到上海之后，茜姐来问我写作的进度。我说假期就没写。然后她稍微批评了一下，这个是她的性格。我虽稍有恼怒但也能理解。": 3, - "思考去留无非是有选择，一个是留下跟着茜姐在上海交大接着混，另外一个是南下深圳跟着侯尚国师兄混。其实有这么一个假期让我解脱出来，我觉得还可以有第三个选择：转行。": 3, - "为何转行": 3, - "做研究包含很多事情，但大体上是要围绕一个具体课题去开展各项工作，比如：": 3, - "做实验（一般）": 3, - "看文献（不爱看）": 3, - "带学生（没耐心）": 3, - "谈合作与社交（不喜欢）": 3, - "分析数据（一般）": 3, - "写文章投稿（不喜欢）": 3, - "做报告（一般）": 3, - "从上面来看，很多科研相关的活动，其实我不是很感兴趣。如果课题不能让我真正喜欢（然而这一点非常困难），仅仅是为了发文章糊口，我宁愿干点别的事情。": 3, - "我坚持写日志也快一年了。不难看出，我并没有什么聪明才智，或者远见卓识，更缺乏规划，自律和强大的执行力。简单的说，我就是一个普通人。与其在学术前沿阵地上成为炮灰，为人类增加一些根本微不足道的知识，不如真正投身业界生产对人们真正有用的产品。": 3, - "转行利弊": 3, - "学术研究作为一项职业，「性价比」可以说是非常低的，课题失败的风险很高，要做的杂事很多，加班加点是义务，最后到手的收益，名多利少，而且还是一个超长期的过程。而且这个领域内卷一天比一天严重。": 3, - "我在这个方面的累积优势，只能说中等水平：": 3, - "有一些文章成果": 3, - "有院士大佬背后罩着": 3, - "自己的科研技能点满满": 3, - "所在的研究领域还算热门": 3, - "如果要转行，以上所有累积优势荡然无存，我只能倚仗自己的博士学历，以及一些基本的学习能力，沟通能力，办事能力以及编程能力。以我的情况，如果不是有特别好的工作，就只有自己创业，才值得转行。": 3, - "核心诉求": 3, - "转行自然也是可以，但前提要想好自己的核心诉求是什么，再想能干什么。": 3, - "既然是用“搞科研挣钱少还劳心费神伤身，现在身体吃不消”的核心理由，那么换一份工作，就得是「轻松」的。显然这个不大现实。特别是转行，刚开始几年不可能比继续做科研更轻松。": 3, - "所以当我说想转行的时候，本质上是价值观的问题。搞科研纵然有千万条不好，但让我做出转行决定，不是心累，也不是憋屈，更不是不感兴趣，而是无用。我确实觉得": 3, - "paint": 3, - "无用，robot": 3, - "无用，": 3, - "更是无用。": 3, - "不仅是我觉得没用，很多低年级的师弟师妹也觉得无用，至于到了樊老师那个层次，就是找了个「有之以为利，无之以为用」的说法麻醉自己。中层的青年老师眼里，就不会考虑这个问题，只有文章文章文章，能发文章，让自己升职加薪比什么都强。所以起码对自己有用，至于对别人对社会有没有用，全靠瞎几把吹（文章粉饰）的水平。": 3, - "以人为本": 3, - "我觉得做职业选择，还是得以人为本，从自身最基本的地方出发。": 3, - "第一个就是身体条件。我现在是绝对的亚健康，胃病肝炎还有阿尔法型超重。照顾好自己的身体，就必须要平衡好生活和工作（不管是什么职业），合理分配时间精力，别让自己落入拖延的怪圈，导致身体和精神上的巨大压力。": 3, - "第二个就是基本诉求。人活着基本诉求无非就是衣食住行，教育医疗等等得到满足。眼下来看，除了买房难，其它的都还好。如果在上海或深圳，基本只能租房。其实我如果留在交大慢慢发展人脉，教育医疗也能有好的保障。": 3, - "第三个就是精神追求。这个涉及到个人深层次的价值观，也就是我会认为度过怎样的一生才有意义。目前我至少可以用排除法：我不求大富大贵，也不追求卓越的名声。我就想普普通通的，跟自己老婆长相厮守，生娃然后扶养ta长大，然后比较健康地终老，就非常不错了。如果说有什么牛逼的事情，做了教授的较高的社会地位值得一吹，发表的论文也值得一吹，甚至业余搞点把软件或者电子制作的作品，又或者写一部自己满意的超长篇小说，都是非常值得骄傲的事情。当然，还有坚持写日记，坚持锻炼……其实这些事情都有两个共同的特点：": 3, - "常人不能完成": 3, - "需要付出持久的努力": 3, - "所以，其实我觉得的牛逼，并不是所谓的「有没有用」或者说对别人做了多少贡献。牛逼非常简单，就是别人做不到，你能。如果要再升华一下这一点，他就叫做「创新」。不过创新总是难得（得蝎子拉屎），能够胜过大部分人就很不错了。": 3, - "我博士后在交大干了满一年，接下来又要决定未来了，这是艰难的，所以当初我就开玩笑说，做博士后就是个「死缓」。其实到现在，我的选择可以有很多，但是比较占优的，也就是两种：一个是争取留在交大继续，二是去深圳湾实验室跟侯尚国师兄合作。": 3, - "比较两种选择": 3, - "工作上的选择必然也会对生活造成巨大的影响。因为这个事情直接决定了我将来到底要在哪里安居乐业。生娃，买房，这些人生中非常大事，在未来三到五年都会陆陆续续解决。所以我不得不做好选择和计划。": 3, - "通过各方面的比较公平实在的评价比较，可以看到去深圳湾实验室，还是占有一定优势的。所以我最终还是要选择去深圳湾实验室。": 3, - "⭐基于选择制定计划": 3, - "既然要去深圳，那么最好是成为「深圳湾启航学者」，这样就不用挤占自己课题组的经费（不然我助理研究员的工资是侯师兄从课题组发的钱），有利于我跟侯师兄进一步的发展。为了做这件事，我最好要参加「青年科学家云论坛」，这个截止报名时间比较紧迫，我得抓紧了。": 3, - "我做出的这个决定，其实对于李茜师姐来说并不是一个好消息。所以我得找个时机跟她讲清楚，不要到时候再突然变卦，让人家猝不及防。": 3, - "参加论坛暂时没有什么太多要求，就是填写一个报名表就可以了。所以这个可先搞着，看那边的通知，如果可以做报告，后面就准备。然后至于申请启航学者的事情，肯定得我跟李茜说明白之后，再找樊老师要推荐信，这样就十拿九稳了。等到这个事情差不多了，我才能继续后面的事情，比如思考未来的课题和发展方向，甚至买房买车等等。": 3, - "青年基金如果能中最好，~~这样我就能再申请一个深圳后备级人才计划资助，五年下来似乎有": 3, - "w，也是一笔大钱。如果申请不中，那么我就转而发力博士后面上，好好改改，争取能拿到~~。": 3, - "深圳湾实验室相关": 3, - "“深”爱人才、“圳”等你来、“湾”里相会": 3, - "——深圳湾实验室年青年科学家云论坛通知": 3, - "qqcom": 12, - "年月日举行青年科学家云论坛，论坛将采取线上方式进行。": 3, - "具有海内外知名大学或科研院所博士学位，原则上年龄不超过周岁": 3, - "海内外青年学者请通过邮件（lippszblaccn）提交个人简历和论坛报名表（详见附件），报名截止日期：年月日": 3, - "参会者将有机会优先入选深圳湾实验室特聘研究员或者深圳湾实验室启航学者👇": 3, - "深圳湾学者全球招聘通知": 3, - "“深圳湾学者”实行聘期制，聘期为年。“深圳湾港湾学者”可续聘一个周期，“深圳湾启航学者”表现优异者，可申请特聘研究员（unior": 3, - "rincipal": 3, - "nvestigator）岗位。": 3, - "深圳湾启航学者应具有博士学位，原则上获得博士学位不超过年。有良好学术训练基础，在科学研究方面有出色的成就和创新性研究思路。聘期内全职在实验室工作。": 3, - "“深圳湾启航学者”的岗位职责和支持条件：根据实验室以及研究所中心的学科规划，在现有课题组内开展合作研究工作或独立领导团队开展科学研究工作；": 3, - "实验室提供世界先进的技术支撑平台，提供科研经费。": 3, - "作为全职岗位，深圳湾启航学者享有全职员工的所有福利待遇，包括五险一金、补充医疗保险、年度健康体检、带薪年假、人才住房；接收户口档案；协助子女入学等。": 3, - "应聘材料：": 3, - "自荐信；": 3, - "简历；": 3, - "研究总结和预计在实验室开展的研究工作计划；": 3, - "至少三名推荐人的姓名、机构、联系方式等信息。港湾学者候选人的其中一名推荐人为实验室现有，该为候选人获得港湾学者后在实验室的合作研究者。": 3, - "请将上述材料合并为一个文档后发送给实验室人事部李老师，邮箱：hrfellowszblaccn。申请人需在申请材料或申请邮件中明确其意向研究所中心和申请岗位。": 3, - "学者岗位申请持续开放，每份申请材料一经收到即会进入评估程序。只有初审合格的申请人会被联系和邀请参加面试。": 3, - "关于青年基金": 3, - "国自然放榜时间表！": 3, - "前（本周四）": 3, - "月日": 3, - "信息中心开通依托单位和申请人项目审批结果查询功能。": 3, - "关于深圳人才计划": 3, - "关于后备人才政策废止": 3, - "深圳市委书记王伟中": 3, - "深圳市": 3, - "广东省": 3, - "领导留言板": 3, - "人民网": 3, - "peoplecomcn": 3, - "深圳市政府给出的解释中，主要是突出市场化机制支持人才，支持重点用人单位设置特聘岗位，根据不同专业、不同学科特点和人才成长规律，自主评价聘用高精尖缺人才。所以“深圳湾学者”就是在这种背景下提出的。": 3, - "深圳市人力资源和社会保障局关于高层次人才业务、新引进人才租房和生活补贴业务相关安排的公告深圳市人力资源和社会保障局网站": 3, - "szgovcn": 6, - "深圳人才补贴": 3, - "年深圳人才补贴政策讲解（必读干货）": 3, - "入职落户后缴纳了三个月社保，可以领几万块市里的补贴，再过半年可以领光明区的补贴。": 3, - "关于生娃定居买房": 3, - "老婆已经吃起了叶酸，还跟我算起了家庭小账本，踌躇满志地要搞定几件人生大事。": 3, - "深圳将不断加大人才安居保障力度，加快完善“”住房供应与保障体系。所以买房这个事情其实也不用着急。如果合适，深圳市区的房子也可以买。": 3, - "深圳市人民政府关于深化住房制度改革加快建立多主体供给多渠道保障租购并举的住房供应与保障体系的意见市政府文件": 3, - "年深圳人才房申请指南（公租房安居房）": 3, - "补充：关于户口": 3, - "深圳户口有什么好处？": 3, - "年了，上海户口为什么依然价值百万？": 3, - "看完最后👆这篇关于上海户口的说明，虽然大部分说法感觉不靠谱，但是确实还是很有吸引力，就像老婆时不时念叨浪费了上海户口。": 3, - "但是仔细想想，上海户口最大利好的是子孙后代。比如有上海户口，上学，就业乃至婚恋都是很大加分。然后对我们自己好的地方可能在于医疗和养老，然后公共交通出行也比较方便。": 3, - "以上海为例，户口最大的价值在于两点，一个是购房资格，一个是教育。但是要实现这两个价值，说白了都是以经济基础为前提的。": 3, - "上海户口真的那么好吗？": 3, - "户口所附带的一些东西，比如医疗、教育，其实我在前面的表格中也有体现，所以也没啥好说的。深圳户口和上海户口相比，不会差到哪里去。": 3, - "!深圳湾实验室青年科学家云论坛报名表docx": 3, - "!谢晓冬简历找工作版docx": 3, - "!谢晓冬学术简历docx": 3, - "!附件：青年科学家云论坛参会约定pdf": 3, - "!附件：青年科学家云论坛议程pdf": 3, - "eptember": 3, - "temporary": 3, - "meeting": 3, - "eijing": 3, - "ime": 3, - "由于周六上午小组会，所以我打算采取录制屏幕的方式。在网上找了个免费开源的工具": 3, - "apture。（注意要使用": 3, - "ffmpeg）": 3, - "最后我只录到一个用": 3, - "技术对": 3, - "数据做分析处理的工作。作者是真做得好。i": 3, - "而且我还在小组会": 3, - "上分享了这个工作。": 3, - "乍一看大部分精力还是在折腾obsidian。": 3, - "把文献阅读库给迁移出来了": 3, - "还是决定使用无自定义代码的": 3, - "zoteroobsidiancitation": 3, - "文献阅读流测试zotero文献阅读工作流": 3, - "即日起，工作流从": 3, - "sheldonxxdworkspace": 3, - "迁移到": 3, - "zoterotest。": 3, - "完善每周任务看板使用规范，如任务看板": 3, - "进一步完善": 3, - "设置，使之能够使用相对路径链接附件，实现各种可切换。测试zotero文献阅读工作流otero": 3, - "修改了日志模板，不再有": 3, - "schedule": 3, - "模块，这个功能弄给看板。": 3, - "删除各种自定义的功能，保持现有工作流的轻量化，并且精简了相关模板。如论文草稿模板、emplates每周看板、实验记录模板、草稿模板。": 3, - "根据路径自定义了关系图谱中节点的颜色，还挺方便的。": 3, - "切换建立并完善zoteroobsidian的文献阅读工作流": 3, - "开始干活，先忏悔反思一下吧，任务看板中重要的事情一件没干": 3, - "将工作库搬迁到了固态移动硬盘上，还是这样方便一点。": 3, - "工作库的内容主要是科研工作方面的，大头是文献阅读，这里使用的zotero的工作流，使用": 3, - "scuxxdhotmailcom": 3, - "账户，": 3, - "xxd，注意": 3, - "zotero以及插件的设置。": 3, - "尝试了一下": 3, - "logseq": 3, - "配合zotero，设置啥的都挺简单的，但是插入文献的时候不够流畅，至于关系图谱就更是垃圾了。还是obsidian老牌，做了大量的优化。": 3, - "感觉就融合到一起，all": 3, - "也没什么，都是草稿，不过是多建几个文件夹的事情。": 3, - "在家里的电脑的manjaro系统上折腾zoteroobsidian，还不错，跨平台跨设备的使用还是很丝滑的。测试zotero文献阅读工作流": 3, - "终于完善了多级文献阅读的笔记体系，就看自己能够阅读多少文献了。": 3, - "算是初步搞定了文章草稿新版的scheme": 3, - "先看看这周还有什么任务要做，任务看板，先搞逻辑框架图吧。文章新的逻辑框架": 3, - "尝试": 3, - "nhancingindmap": 3, - "indmap，注意这个查看脑图得执行命令（），而不是在": 3, - "中写东西。": 3, - "一图胜千言，outline虽然有条理但是却不够直观。我得尽快弄个图出来。的scheme": 3, - "回到家里，洗完澡，本来还想看看文献思考下未来的。结果又接着尝试了一堆": 3, - "的插件，各种捣腾，最后决定使用大神的": 3, - "snippets": 3, - "就意味着图片往左侧对齐放置，然后还可以设置宽和高。": 3, - "整理文献库和看文献，顺带做了一点小组会的内容。": 3, - "先尝试学习使用dataview插件，感觉在自动聚合一些内容上有不错的效果。": 3, - "这周的任务还剩下两个，而且还是最难的两个，而且这周只剩下两天了。我还是先修改文章的igure吧，不然小组会都不知道讲什么。然后改图改累了就穿插着写ntroduction和文章。": 3, - "我发了outline和scheme的截图给茜姐，她回复我跑远了先停下来，不明觉厉，那就先弄小组会吧。小组会，然后在准备小组会报告，要分享文献，索性把之前弄的两个专题阅读的内容给搞过来。分子机器专题阅读，纳米颗粒布朗运动专题阅读": 3, - "整理了最近三个主题阅读的内容（另外还包括分子共振荧光增强）。": 3, - "继续扫读文献库，把分子机器专题的搞完。": 3, - "发现分子机器里边有不少框架核酸的内容，其实应当另外析出。框架核酸及其应用": 3, - "查看微信公众号上的推送，发现关于力学在组织发育和肿瘤形成发展中扮演的角色还挺重要的，可以找": 3, - "方面的文献读一下。细胞分子力学专题": 3, - "差不多把小组会文献汇报部分的内容搞完了，打算下班回家。": 3, - "还是看文献的一天，还不错啦！": 3, - "昨天整理了文献库，也看了不少文献，还剩下很多文献没有整理。我觉得这样也不是办法，我得停下来思考一下，凝练出我应当发力的主要方向，以及另外三到五个感兴趣的方向。文献阅读方向思考": 3, - "决定了合成生物学的方向之后，我打算先找一些电子书看看，可以用": 3, - "iology》aneko": 3, - "简单看了下《ife": 3, - "system》这本书的前言和某章，学到了一些术语吧，对于一个复杂系统的基本概念有了了解。": 3, - "注册了zibrary的会员，用户名是": 3, - "sheldonsinapcom，密码是": 3, - "zbook，edge浏览器记住了": 3, - "。注册用户每天可以下载本书，不然就只能下载本。然后我接着下载了四本关于合成生物学的书籍。": 3, - "沈建磊师兄跟我约了周六下午大组会之后聊一聊，我可以再了解一下膜张力的情况。膜张力的情况": 3, - "掐灭了关于合成生物学方面的想法。": 3, - "今天主要是两个阅读任务，一个是继续看一点蛋白分子振动的文献，另外一个是快速地整理有关的文献。": 3, - "其实之前已经看过不少了，再做这样的整理，形式大于意义，我觉得还是可以看下合成生物学方面的文章，或者看看微信收藏的一些文章。": 3, - "文献大组会，稍微听一听。文献大组会": 3, - "快速扫读了合成生物学的一些书籍，发现这个确实是适合给学生玩的i的选题。有一套成熟的工具箱和表达体系。但如果我要去切入做研究的话，肯定要深入底层，如扩充工具箱，但是这样一来很难，二来跟我目前的基础相距甚远。aldwin": 3, - "在家休息几乎不大可能做工作上的事情，除非是十万火急。": 3, - "周日早起了，打开电脑打算做点什么，但其实很多事情并没有必要去做，不如看看这周的日记，好好反省一下。": 3, - "昨天临下班的时候，沈建磊师兄找我谈接手课题的事情，我当然是拒绝了。分子共振荧光增强": 3, - "还是做了不少事情，但却是并不重要的急事杂事。": 3, - "今天是分析化学年会（，深圳）提交摘要的deadline，先把这个事情搞定（深圳分析化学年会展报）。我注册了中国化学会的会员，登录邮箱是": 3, - "xxd。": 6, - "寻找报名参加学术会议的实验室相关制度要求，发现企业微信（规章制度）和钉钉（试剂耗材采购，请假考勤等）都很久没有登录了。钉钉的登录手机号是": 3, - "王飞师姐计划买一个微流控系统，让我帮忙调研一下。微流控系统调研": 3, - "我真心觉得，看板这个东西有一个就可以了。": 3, - "给任务看板好好地整理了一下，以后就用这一个看板就行，足以支持我做计划安排。我在计划安排这一块，思想和行动非常割裂，但还是要实事求是，先从简单的搞起。所以看板也非常简单。": 3, - "现在基本上搞会了anban插件，接下来要结合": 3, - "弄一个快速添加任务的东西。但这个如何跟我现有的日志体系结合到一起，值得思考。": 3, - "我把quickdd的快捷键都整理了一遍，就可以召唤": 3, - "quickdd，然后进一步选择各种命令。关于": 3, - "的用法，我觉得这篇博客非常好。": 3, - "上周通过形而上的思考文献阅读方向思考，觉得自己后面想搞合成生物学的东西，但是简单了解了一下，这个想法也是有点不切实际。所以还是要必须联系实际情况来做一些思考。研究方向思考": 3, - "做了一点正事，但也就一点点。": 3, - "昨晚提早下班放浪形骸了，今天开始改变，先从前期的小结开始。周小结": 3, - "做事还是要讲究循序渐进，其实并不是我拖延，而是要干的事情大多比较陌生而且复杂，而且我想做出的改变太多。所以我不妨先从一些简单的事情干起。比如阅读文献，先每天阅读十篇单颗粒成像方面的文章。成像": 3, - "不过这个事情可以安排到晚上来搞，因为它并不算难，我现在更应该搞，不然即便我看了十篇文献，内心也不会舒坦，这就是真实。文章新的逻辑框架": 3, - "刚刚跟戴哲泽看了一下他的大组会，完成度比较低，因为他调入了一个误区。他试图把这个大组会工作汇报当作是文章的来搞，然后根据得到结果来推前面的背景。这样对于他必然是吃力的，尤其是他对于这个工作的创新性把握还不到位，到底这个工作提出了一个什么新的概念，我已经明确跟他指出是一种新型的": 3, - "左小磊老师名下的博士生郭瑞妍找我咨询超分辨成像样品制备的事情，我建议她搞合作，她说后面经常用想自己学，。": 3, - "再次查看戴哲泽师弟的工作汇报，感觉他的逻辑还是有点混乱的，似乎一个下午也没有多少更新。要求他先把一个大纲弄出来。": 3, - "晚上又跟茜姐一起看戴哲泽的工作汇报，果然不出我所料地挨批。": 3, - "阅读了不少文献，还修改了些代码练手，充实。": 3, - "发现目前还无法在晚上意志薄弱的时候去阅读文献，所以只能先放到早上来培育一下习惯。": 3, - "先用eb": 3, - "cience、ubed、oogle": 3, - "cholar": 3, - "等工具搜索了": 3, - "`single": 3, - "tracking`": 3, - "这个关键词，找到高度相关的，高引用的和近期发表的文章收集起来，大概三十篇的样子，先看一看。成像": 3, - "晚上又跟茜姐一起帮忙看戴哲泽师弟的工作汇报，感觉我们都有些揠苗助长。以后自己带学生的时候注意，从课题一开始就让他准备这个完整版的，然后根据不同需求和场合导出不同版本和长度的。而不是提前一周准备，这样双方都太吃力了。对我自己而言也是一个教训。": 3, - "给了我启发uan，如果后面非要测定不同大小的": 3, - "coefficient，或许可以采取增加溶液粘稠度，然后快速成像的方式。": 3, - "tuhjg": 3, - "完成了": 3, - "命令的升级，可以同时导出包含的引文的": 3, - "记录文件。": 3, - "前期的拖延导致了现在的压力。": 3, - "win的升级不慢，但由于未知网络因素，下载到特定的进度居然卡死，无语，浪费我早上宝贵时间，本来打算看看文献开工的。": 3, - "早上茜姐过来问我今天能不能搞完，我说可以。其实如果昨天静下心来搞，昨天就能搞完一个初稿。所以还是有点": 3, - "拖延": 6, - "中午搜索了一些关于nanorobot的生物医学应用的文献微纳机器人的运动和应用，找了篇左右，差不多了，接下来要快速的看，主要的目的还是要完成的素材积累文章新的逻辑框架。": 3, - "饭后无聊，想到一个图像分析的编程题目，编程题目分析随机曲线。": 3, - "事业上有种拨开云雾的感觉。": 3, - "昨天晚上跟茜姐聊了一下，让我又动摇了后面去深圳的想法。职业发展的思考": 3, - "调研了一下荧光相关光谱技术，感觉在测定分子或纳米颗粒的布朗运动扩散系数上很有用。荧光相关光谱成像": 3, - "但是这个似乎要用": 3, - "去做，而且后续的数据分析也需要一些功夫。": 3, - "千里之行始于足下，我觉得做一个obsidian搞学术研究的教程还蛮有意义的。不妨现在就开始做起来，每天一点点。利用obsidian搞科研": 3, - "戴哲泽师弟工作汇报终于结束，跟侯尚国师兄说明情况并获得理解。": 3, - "电脑": 12, - "带了拯救者p电脑到学校来安装一些软件和系统升级。结果还是会遇到一些问题，manjaro中通过软件包管理器安装blender失败，因为cuda总是装不上，尝试直接通过命令行`yay": 3, - "`，发现是镜像源的问题，切换到上海交大的镜像源，就舒服多了。": 3, - "联想拯救者p电脑上的zotero储存了前期大量的文献积累，暂时还不能用，所以我在家里主要还是得用manjaro系统来同步办公。": 3, - "又到了周末，到了需要写周小结的时候了，试试？周小结": 3, - "发现周小结模板中": 3, - "语句存在问题，查询资料后修改成功，后面根据日志文件名日期来进行更为准确的query。每周小结": 3, - "bjvam": 3, - "尝试了workbench这个插件，简直就是一个垃圾。所以很快试用结束后就删除掉了。下一步我打算看看文献。": 3, - "在家还是没有认真完成重要工作的习惯，不过好歹迈出了第一步，看了一点文献。": 3, - "感觉临时任务没有必要添加到看板中，这样就失去了计划执行完成的意义。": 3, - "感觉文献阅读工作流还是需要进一步完善，感觉没有必要依赖于annotator插件了。所以完全切换成了": 3, - "zoterocitations": 3, - "的工作流。看文献的标注还是依赖于": 3, - "reader": 3, - "直接在": 3, - "上做高亮标注即可。": 3, - "每天提前一个小时上班，不妨好好利用这段时间，多看文献，真正养成看文献的习惯。": 3, - "发现标签值得好好利用，使用日志racking的时候可以先想好标签。然后标签加上反斜杠还能作为子标签呢。": 3, - "继续整理标签，只要在标签面板rename即可，非常方便。感觉文件夹就是分类，标签就是另外一种组织方式。太棒了，终于把": 3, - "rangler": 3, - "这个插件用起来了。": 3, - "花了点时间，调整了自己笔记本上manjaro的显示缩放（英寸屏幕，缩放比较合适），其实在显示器设置的部分。": 3, - "修改了paperdocxpy": 3, - "的代码，采用相对路径。此后随便移动": 3, - "也不用修改代码了。另外注意从": 3, - "中导出": 3, - "时，要导出到": 3, - "目录下的文件。": 3, - "发现在linux上运行，paperdocxpy": 3, - "脚本还是存在很多问题，一一解决，现在才称得上是能够完美了。": 3, - "还不错，终于搞了第一版的，也理清了一些东西。": 3, - "来了实验室打开电脑的第一件事情，就是发布vault模板的第一个release，后面还有没有新的版本，就随缘了，但这个事情我必须要切割，不然会分散我的时间精力。": 3, - "今天是周一，肯定是要进行一下周小结周小结，然后思考一下这周的安排，对任务看板做修改。一定要养成这样的": 3, - "习惯": 3, - "总算给茜姐提交了的初稿，并获得了一些建议文章新的逻辑框架。下一步搞新的scheme。": 3, - "深入了解了一下stokesinstein方程，公式简洁明了，扩散系数就是跟液体剪切力（黏度相关）和大小成反比。": 3, - "修改了第二版，方向是对的，另外还看了不少文献，以及了解了python控制blender制作动画。": 3, - "早上来先看个十篇微纳机器人的运动和应用中还没看的文献，平均六分钟一篇，也还行吧，其实看的内容很少。": 3, - "在笔记本hinkpad上开启了共享文件夹以及服务，然后开启个人热点，手机连上这个热点就可以实现无线文件传输了，速度大概在s的样子。": 3, - "打算用": 3, - "编程的方式控制": 3, - "制作三维动画，主要是涉及到物体的选择、移动变换以及插入关键帧。blender编程": 3, - "文献阅读逐步进入一个新的阶段，要开始思考后面的可执行课题了。": 3, - "上午跟新生金仲超聊了一下，他提出了（电化学发光）做的超分辨的想法，给我介绍了一下。我提出了一些实际的疑问，还有关于": 3, - "的设计建议，以及建议尽快验证这边的设备能否测定单光子信号。这个学生还是很积极的。": 3, - "把微纳机器人的运动和应用剩下的一点文献快速扫读完了，后面可以就应用于细胞和医学诊疗的微纳机器人以及集群机器人这个方向做更加深入的调研和思考。": 3, - "课题思考": 3, - "最近不仅要整自己目前的课题的工作成（文章新的逻辑框架），还要想一下后面的事情（想想后面的存储加密是否能引入p，认真思考一下给本科生的大创课题），牛逼格拉斯了要。": 3, - "新搞了一个每日相关的模板，可以在当天的日志中快速插入一个dataview的query，显示今天新建的笔记内容。这是可选项，并不一定每个日志都插入，所以我并没有修改日志的模板。": 3, - "今天下午下班还剩下一点时间，看一下文献，制作文献汇报的。电子显微镜细胞器分割": 3, - "真的忙的时候哪有时间写日志啊。": 3, - "今天到现在才写工作日志，其实做了不少事情。早上跟着去做荧光相关光谱": 3, - "荧光相关光谱成像，下午分析数据（荧光相关光谱分析html），然后还帮忙给茜姐的一篇文章改图（anuscriptdocx，帮忙改图李茜ai，改图建议pptx）": 3, - "晚上打算下班回家，除了干家务之外，可以整理一下代码，这个东西复用性很高。然后作图的经验和思考也是可以整理总结的。然后再看下文献，感觉时间都不够用了。（事实上啥都没干，回家太累，不一会儿就睡了）": 3, - "有一次展现了作图的能力，另今天实验室举办了第四季度的生日会。": 3, - "早上来趁着脑子清醒，有目的性地看下文献，思考切实可行的未来发展方向。": 3, - "午饭前搜罗了一下iotif的文献，可以好好看看。": 3, - "计划今天再整理一下超分辨成像的文献，争取周末的时候能够系统地再回顾阅读一下。": 3, - "昨天帮忙修改的图对方很满意，还需要再帮忙修改一处（anuscriptdocx，帮忙改图李茜ai，改图建议pptx）。我先用草图说明了大致的修改方向，如果对方要让我全权修改的话，就需要对方提供矢量图元素了。": 3, - "在文献阅读的时候遇到一个新的问题。就是针对一个": 3, - "topic，其实它的内容是需要不断更新的。但是一篇笔记的内容如果太多，就会出现阅读困难。不过在": 3, - "中的还可以保留为同一个文件夹内，这个倒也无妨，总之做好链接就行。": 3, - "帮戴琨同学安装了一下cadnano，非常简单的事情，再一次树立了实验室老码农形象。": 3, - "上午小组会，下午大组会，周六的组会开不停。": 3, - "今天留给我的时间不多了，半个小时把小组会搞好（小组会谢晓冬pptx）。": 3, - "为了更好的展示效果，制作一个blender四面随机运动的三维动画。andomsblend": 3, - "下午听组会的时候重新做了一个文献汇报的（文献汇报谢晓冬pptx），讲的是结构色方面的工作ib，用于绿色印刷，通过结构控制颜色的策略还是很不错的，真刺激。这个工作降低了结构色印刷工艺的难度，但即便这样还是很难。话说结构本身很大程度上决定功能，手性光学材料就是如此。": 3, - "ekakb": 3, - "周日在家不要求工作什么，不过好歹可以写下周小结，毕竟自动化程度很高了。": 3, - "周日在家，老婆却要去上班，所以自己好自为之，最好是能够补补课，把之前因为拖延的进度赶回来吧。不过可以先对这周做一个小结。周小结": 3, - "发现在": 3, - "上，我的每日相关的dataview": 3, - "模版似乎失效了。所以这个东西慎用吧。": 3, - "看了不少文献，进一步完善obsidian个人文库建设。": 3, - "早上来先补充了一下荧光相关光谱成像的新文献，然后看了一会儿": 3, - "的综述，有点意思。": 3, - "整理了一下": 3, - "的目录结构，在": 3, - "目录中新增「课题思考」、「软件工具」、「组会汇报」等常规项目。": 3, - "在网上本来想找一下关于": 3, - "附件管理的插件，结果发现了点别的，比如这个": 3, - "asyyping": 3, - "插入内容的话），可以按": 3, - "format。": 3, - "刚处理完一些四面体结构形态参数的几何学统计，并同时查看尺寸和扩散结合频次的关系，但这个部分的数据，相关的示意图，比如把四面体粗粒化的圆柱体。到时候可能要用": 3, - "导入": 3, - "pdb，然后绘制一下圆柱体，直接从这个": 3, - "的模型上测量更具体的参数。": 3, - "修改了getitationeyspy": 3, - "代码，支持按照文献年份排序。": 3, - "新增了": 3, - "目录，这个是按照以后自己独立建组，成立实验室准备的内容发布平台（面向学生和公众），后面可以直接全平台搞起来，什么微信公众号，知乎专栏，一个都不放过。但是平台只是平台，内容还是要靠日常的积累。": 3, - "晚上从搞": 3, - "post": 3, - "开始，然后切换到": 3, - "manjaro": 3, - "系统，说弄一下": 3, - "gitlab，结果没搞成，还为了腾出硬盘空间，把之前安装的": 3, - "anaconda、blender、inkscape、cuda": 3, - "等全部都删掉了。折腾了一圈回到": 3, - "系统，又发现连不上网。然后也觉得自己的想法（我的实验室）真可笑。我没有必要专门搞一个": 3, - "post，本来就是个人的文库。": 3, - "打算整理一下最近的代码，这个是个细水长流的工作，不急于一时，尽量把代码都整理好。能封装程函数的搞成函数。今天就搞批量获取citationey": 3, - "这一个，弄好了一个模板，后面只要是代码就照着这个来，会比较清楚。": 3, - "创建了代码整理模板模版，然后把实验记录模板，论文草稿模板的front": 3, - "都删掉了。因为我认为它们是我在": 3, - "的时候先创建草稿，再添加内容的。": 3, - "感觉以后尽量使用脚注的方式插入网页链接，或者附件会比较好，注意一下。": 3, - "又找了一堆插件，感觉还不错，主要是图表绘制和": 3, - "racker。": 3, - "oday": 3, - "\"nbox\"": 6, - "\"rojects\"": 9, - "\"rchives\"": 9, - "\"eading\"": 6, - "filemtimedate\"\"": 18, - "又是接人，又是搞工作汇报，其实做的事情蛮多了。": 3, - "刚接到侯尚国师兄，他从深圳过来上海，找樊老师聊一下。": 3, - "茜姐说周三小老板们要聊一下，希望把我手头上这个东西整理出来一份形式上达标的工作汇报，到时候她去讲一讲。今天先快速地给她搞出来一版。搞一下工作简报": 3, - "下午又做了一个框架核酸分子机器的补充，给茜姐整理信息读写加密部分的思路和数据；接着她就跟我细化布置了另外一个任务统计汇总框架核酸分子机器的结构参数。": 3, - "感觉有点累，似乎什么都不想干了，而且也快到饭点了，干脆看一会儿文献吧微纳机器人的运动控制。": 3, - "初步了解了imotif的情况，又是看文献的一天。": 3, - "继续看了一下": 3, - "iotif，又有一些新收获，对它的了解也更多了，也包括荧光相关光谱成像。": 3, - "关闭了": 3, - "asy": 3, - "yping": 3, - "插件，因为它有太多设置，如果默认的话会出现一些我不希望它增加或删除空格的情况。": 3, - "花了将近一个小时整理文献库中关于": 3, - "的内容，然后调整合并": 3, - "中关于": 3, - "topic。然后根据实际情况，把": 3, - "topic": 3, - "分为三类，分别为：「成像」、「细胞」和「纳米」。": 3, - "完成了iotif的初步阅读，有一些收获和启发，但是一些关键问题还没想清楚。": 3, - "刚刚茜姐把左小磊老师的工作汇报发给我看了下，有草稿和最终的报告两版，方便比较学习。学习整理和汇报工作": 3, - "郝亚亚找我要之前实验室祖传方块折纸的biotin修饰链序列设计，我考古一阵子终于找到了当时的笔记文件。": 3, - "又快到吃饭时间了，打算利用剩下的半个小时，继续整理一下代码，就上次光谱分析的内容。荧光相关光谱拟合": 3, - "晚上不想干活，拖延症犯了。这里的干活就是那种积压已久的事情，我会下意识觉得它很困难，事实上确实如此，我只能用清晨的劲头去冲击，然后一鼓作气，白天还能推进不少。现在已经晚上了，适合思考一下未来的课题。": 3, - "跟人分享了obsidian，并进一步完善obsidian工具链。": 3, - "今天继续从看文献开始，看一个小时，到九点钟正式开工。看下单分子成像吧。": 3, - "演示一下obsidian和zotero连用，看一下折纸的文章。": 3, - "跟陈杰林和翟婷婷推荐了": 3, - "笔记工具，大受好评。有了我这个模板自然是好的，但我还是推荐他们慢慢使用，从日志开始。": 3, - "在github上的vault模板有人提了issue，询问的确实是一个存在的问题，这算是我第一次被人提issue，值得纪念。另外我还发现这个项目已经被标了三颗星。无论是线下还是线上，都有人用，说明我这个项目确实做的是好东西。或许后面有空，可以现在实验室内部宣传推广一下。但就是准备一份详细的教程会比较费时间。": 3, - "把软件工具给细化了一下，后面慢慢地填充内容。其实我个人值得分享的一些经验技巧，大部分都是一些软件工具的使用。我觉得这个也是宝贵的，如果一个新生能够尽快地掌握这些工具技术，或许能够更快地实现「思考自由」，从而加速科研的效率。": 3, - "又只剩一个小时就到晚上的饭点了，干脆一鼓作气把单分子成像剩下的部分看完了。": 3, - "根据实际情况，增加了文献调研模板，规范了速览阅读笔记的主要内容，其实非常简单，就是一个page就是针对一个特定问题的回答，文献就是其中的素材。另外还新增了大牛页面模板模板，感觉又可以搞一波": 3, - "了。!": 3, - "添加一段注释内容到当前光标，预览时并不会出现这段内容": 3, - "弄了一个笔记注释的": 3, - "quickdd，这样以后就可以轻松插入不被渲染和打印出来的注释内容了。": 3, - "终于把需要用到的": 3, - "quickdd命令给弄好了。忽然想起来思考课题最好也搞一个模板，帮助自己理顺逻辑，避免一堆废话。": 3, - "打算规范化弄一下people，并且建立一个人物汇总页。终于把uthoranking搞好了，弄这个的时候发现": 3, - "esearchate": 3, - "更加好用。": 3, - "陈杰林分享了将endnote里的文献信息还有一起导入zotero": 3, - "看文献关于sm部分，进一步晚上了obsidian工作流。": 3, - "今天可以先看下sm方面的文献，对自己做实验和数据分析有所帮助。sm的实验与数据分析方法": 3, - "工作日志中，我感觉应当是先新增任务，然后如果有需求就新建看板笔记，然后做完了这个事情，到": 3, - "中写一下后感，这样是一个比较顺畅的逻辑。": 3, - "花了一个小时的时间把任务看板工作流搞顺，我觉得这个时间还是花得很值的。另外每日日志的内容其实也可以更加丰富了。可以增加一个草稿区，随意发挥，不管格式。再次修改日志模板": 3, - "将任务看板和本周事务表锁定，这样以后从它们点到别的页面，这两个页面还能被保留。": 3, - "周六开一天的组会，上午临时急忙做了一个文献分享。": 3, - "听大组会": 3, - "梁承品，特殊的线粒体染料分子，可以用作超分辨成像，而且拍摄时间似乎能到一个小时": 3, - "把sm的专题调研部分大致看完了": 3, - "丁飞讲了一篇直接用低温薄层包裹自体癌细胞制备肿瘤疫苗，激活患者的免疫细胞的工作，这个方向感觉又会成为包膜类似的领域，比较混乱。": 3, - "郝亚亚讲了一个利用上转换颗粒结合低功耗的实现信息存储的工作，": 3, - "分辨率。感觉现在很多工作会想着把激光功率降下来。另外这里边还有氧化石墨烯。有点像蓝光（单层可达": 3, - "的存储容量）。这个如果做成光盘，估计得有倍的容量提升。": 3, - "thers": 12, - "看完文献之后，本来想思考一下新课题，但似乎也没有什么好的想法。或许可以先整理下已有的实验技术和条件，以及观察的一些实验现象和实验困难，从实际情况出发提出一些问题。": 3, - "光刻机是目前国家最被卡脖子的东西。其实就是高精度加工电子芯片。有没有可能利用": 3, - "bottomup": 3, - "的方式制备可用的芯片，其实尹朋eng": 3, - "in尝试过用折纸作为限域模板来生长一些金属，瞄准着芯片制备。从短期来看，": 3, - "制程的芯片以及背后的庞大工业链决定了，基于晶体管的电子芯片的基本结构和工作原理是不会改变的。所以问题就是如何生长这种晶体管，然后按照人类意愿（芯片设计图）实现空间排布。如果能够有纳米机器人来执行这个原子尺度的合成制造就好了。": 3, - "折纸确实是可以搞的，每个位点都可以伸出延伸链，作为寻址位点。所以就有可能实现定点的生长。双螺旋是": 3, - "nm，伸出位点间距一般是": 3, - "今天在家休息，时间过去大半才打开自己的工作笔记，可以小结一下。周小结": 3, - "在家也能看文献，而且可以仔细全文阅读，不追求数量，更追求质量，收获更大，我那么多星标文章，都可以这样。": 3, - "考虑过要不要学习一下javascirpt，这样就可以写一段": 3, - "js": 3, - "代替一些": 3, - "脚本，放到": 3, - "vault里边，真的就非常": 3, - "elegant。但是这个事情虽然有一定意义，但并不重要也不紧急，因为我目前已经有解决方案了。": 3, - "还想着要不要利用放假的时间，看一看的": 3, - "文章，系统回顾一下。我觉得如果不是要写综述，或者寻找新的灵感，这个事情也不是很重要。但是对于建立每天阅读文献打卡的习惯，确实是必要的。所以我给自己限定时间，一个小时阅读一下。": 3, - "看文献想课题，细胞力学成像": 3, - "与其早上来看的文献，试图补充完整自己的文献库阅读笔记，不如好好思考一下自己将来要发展的方向，有针对性地看一个方向领域的文献。": 3, - "刚刚茜姐跟我说了，后面或许可以开展关于细胞力学成像的工作，这个也是符合实验室的大方向（樊老师最近决定要做），所以我要更多的这个方面的调研，相比较于智能响应的微纳器件，确实让我更加兴奋一点。细胞分子力学专题": 3, - "今天真的是看了一天的文献，思考课题能怎么做，还是有一些收获尼罗红与细胞膜超分辨成像，但是还远远不够。主要是nile": 3, - "red单分子荧光信号的强度如何与高度对应。感觉haronov对于": 3, - "nm的liposome，~~拍出来的单分子荧光信号估计没有特别大的差异啊~~（还是有precision的差异，说明确实离得远了产生的光子数少，信噪比差，定位精度就差）。或许我可以先利用顾宏周老师他们的技术ianangb先在体外建立nile": 3, - "red单分子荧光强度和高度的关系，搞一个origami": 3, - "liposome即可。": 3, - "\"nbox看板日志\"": 3, - "\"eadingtopics\"": 3, - "继续看文献想课题": 3, - "今天又看了一天的文献，但是并没有像昨天一样开心，昨天是刚开始调研，不断地产生希望，今天就是不断破灭希望的一天。": 3, - "重新制定初步的细胞力学课题的实验，更换obsidian主题": 3, - "今天周三，这周已经有两天的忘我地文献调研和课题思考，如果再这样就会拖慢现有文章工作的进度了。所以今天简单草拟一下关于细胞力学成像比较快的实验计划，算是对前两天工作的总结。": 3, - "发现目前的事务表中关于重要程度，紧急程度，成就感的信息都没有太多必要，徒增累赘，也不客观。我感觉每天做的事情，就让他待在inbox里好了，等到周小结的时候直接看事务表就一目了然自己到底做了些什么。那么我关心的可能就是一个timeline": 3, - "occupied的情况，所以只需要starttime和duration即可。": 3, - "将看板事务修改为本周事务，并且将": 3, - "转移至": 3, - "iary目录下。": 3, - "修改日志模板，感觉没有必要搞一个每日相关，因为看板事务已经很好地自动建立了对当天日志的链接。": 3, - "修改默认新建文件的目录直接为": 3, - "iary本周事务，然后修改": 3, - "nbox": 3, - "，作为存放各种使用": 3, - "实现的": 3, - "map，调整了本周事务表，并且删除了之前的看板任务的模板。": 3, - "更换了一个lueopaz主题，避免审美疲劳。": 3, - "的一些高级用法（bjvam），表达式如果用了加减乘除运算符，一定要有空格，不然就是无效的。然后时间相减默认得到一个duration的数据类型。如“今天到此为止工作了": 3, - "`thisfilemtime": 3, - "thisfilectimehours`": 3, - "个小时”。": 3, - "到网上找lueopaz主题推荐的霞鹜文楷字体下载要老大一会儿了，这里干脆添加上附件：enai霞鹜文楷字体包zip，然后就发现自己屏幕的分辨率不够，无法直观感受到这字体的妙处。": 3, - "还是看文献调研了下核酸适配体": 3, - "根据上级最新指示精神，重新制定了细胞力学成像的方案，收集分析思考甄选了大量信息，最后得到的方案其实看上去如果偷懒的话，只看一篇文献就足够了。所以有些时候真的是要给自己设置一个": 3, - "deadline，比如要求自己一个小时内必须解决这个事情，就不会去花费两天的时间看两百多篇论文。当然了这个过程本身还是带来了很多收获，都是有用的知识积累。": 3, - "忽然觉得，其实阅读文献的时候，只要建立了zotero跟obsidian的连接就可以了，无需频繁更新": 3, - "mdnotes文件。至于pdf备注，说实话目前还没有感受到它的强大威力，可能是搞得不多。不过我现在有在考虑做一个基于dataview的map，能够直接看我文库中高引作者和高引论文。但关系图谱已经就此做了图形化展示。": 3, - "我必须修改下关系图谱中的未创建页面的节点颜色，打开主题样式css文件，搜索这个属性即可`": 3, - "graphunresolved`。": 3, - "另外样式文件中有非常多的注释，介绍了一些独特的用法，比如特殊标签有不同颜色，给字体或者背景加颜色，控制图片位置大小甚至添加图注等。但只有标签比较好看，图片的比较实用。": 3, - "下午调研了好久核酸适配体的东西，感觉这个会更加简单方便。": 3, - "给大家演示一下": 3, - "obsidian，这是个链接帮李茜刷一下文章angew的格式，这里演示文献引用erreira，然后我自己又折腾主题，到论坛上发现": 3, - "插件配套": 3, - "opaz主题使用": 3, - "搞了一个icon插件，让自己的笔记更加丰富有趣一点把，快捷键是，我觉得也没多少有意思的icon，所以关闭了。不过文件夹的icon倒是可以搞一个。": 3, - "了解傅里叶环相关，还弄了一点细胞样品": 3, - "早上稍微整理下有关超分辨成像数据分析方面的，我感觉这个领域目前就是各种optimization，特别是data": 3, - "analysis方面的。": 3, - "关于细胞力学成像的调研工作已经七七八八，其它杂活儿也没有了，然后已经周五了，要准备周小结。但是我感觉对我自己而言最重要的事情，当然是把工作整理好发表文章，却一点都没做。这种情况我觉得要好好反思一下。": 3, - "尼罗红染料已经到位，可以先尽快做一波细胞成像的实验了。": 3, - "发现obsidian目前还不支持直接从excel复制表格过来，不过": 3, - "typora": 6, - "可以，所以": 3, - "还是有它的存在价值的。": 3, - "swjxl": 3, - "上午下午都是组会": 3, - "今天下午听一下大组会，文献大组会": 3, - "周日在家总是什么都不想干。": 3, - "今天小结一下，以后周日就是默认的小结之日。周小结": 3, - "📅月总结": 3, - "工作上有很大进步，切记不要拖延，要明白志存高远，活在当下的道理。": 3, - "其实是过去两个月了，说起来现在能够不看日志，回想起来的几件事情：": 3, - "已经能够非常熟练地使用obsidian": 3, - "明确了后面留在上海发展": 3, - "工作有了新的架构": 3, - "又带了一波新生做实验": 3, - "要说有什么心得体会，这个阶段无疑是进步了很多，而且也有点拨开迷雾的感觉。就是要踏踏实实好好干活。保持好一个稳定输出的节奏，千万别说我已经做了这么多事情，给自己放两天假好好放松一下。按照过往的经历，这样做经常导致重新开机的巨大心理挑战。所以就跟我的工作电脑一样，可以休息，但是不要关机。否则打开了那么多的软件界面，千头万绪再重新开机找回来是非常困难的。": 3, - "另外对于一些课题思考整理这种事情，目前潜意识里还是有点畏难的，这就导致了拖延的情况时长发生。但是没有办法，一定多少要每天干一点，不然越拖越难受，自己整个人心理也不健康。这里我是对整理思考工作新架构有感。": 3, - "然后思考未来发展这种，过去一段时间让我心思反复，难以静下心来好好做事。再加上车祸赔偿，以及老婆怀孕种种大事交织在一起，我已经进入到一个不能想太多想太远的境地。我也逐渐意识到，作为一个普通人，也未必需要考虑长远，徒增烦恼。": 3, - "当然了，所谓的志存高远还是可以的，比如给自己定一个五年之后的目标，做出成果，弄个优青的头衔，这个是可以的。但如果是去哪个城市哪个单位，买房买车诸如此类过于现实的事务，都只是未来可能存在选择而不是志向。考虑这种还远没有到做决定的选择，就很难给自己带来正面的情绪。我觉得这里还是要各种学会区分，区分志向和选择。再自己咬文嚼字一下，「志存高远」，就是把比较高的不大可能完成的志向存放到比较远的地方，才能产生吸引力和美感。另外一个相对应的就是「活在当下」，像买房买车定居什么城市这种，都是具体生活事务，而且还是未来而非当下的生活。所以千万不要活在未来。": 3, - "🥑周小结": 39, - "混沌终将过去。": 3, - "最近可以说搞得非常混乱。": 3, - "撰写一两节obsidian教程": 6, - "帮忙": 6, - "但是从下周开始，要正式按照自己整理好的obsidian教程开始操作了。": 3, - "obsidian目录": 3, - "`uickdd": 3, - "📒项目归档`": 3, - "一时兴起开始写书，很好！": 3, - "还是要收收心，把时间精力放在主业上。": 3, - "健康最重要，人生短暂，有空就做自己真正想做的事情。": 3, - "本周事务": 33, - "的sm新方案设计": 6, - "的信息加密新方案设计": 6, - "是时候清空一下自己的未读文献列表了": 3, - "开足马力搞起来": 6, - "项目归档": 3, - "工作小结": 9, - "过去一段时间因为疫情被封控在家，可以看到工作效率是很低的。清空了之前累积的文献阅读清单，后面还跟风每日十文说好好看看超分辨多色成像方面的文章，但基本上泛读完就算了。再到后面就是给obsidian写了不少python脚本，以方便我的文献阅读需求。这一幕似曾相识，之前我不就是非常热衷于搞": 3, - "么，结果现在使用更多的是": 3, - "obsidian。": 3, - "从高中到现在，我无论是在纸质笔记本上还是电脑上写过很多日志随笔了，但是都没能很好的整理到一起。等到以后我退休了，或许可以尝试收集一下这些资料，然后整理起来，写成一本「我的自传」之类的书籍，方便后人阅读。现在使用": 3, - "写日志笔记，我觉得不要妄想后人会直接来阅读这个最原始的资料库。": 3, - "秉承新的理念，即「收集（草稿）→整理（小结）→输出（发布）」，我还是得有一个计划。比如每周一篇博客或者每年一部书籍的出版计划。我觉得可以用gitbook，事实上我之前已经有了一个模板文件夹，部署好了相关的脚本。📂archievesfirebooksacademicwriting": 3, - "不过我觉得，草稿也完全可以在": 3, - "project": 3, - "中完成。": 3, - "工作上的事情我不想也不敢想太长远，因为未来很多事情可能会让我很焦虑，甚至到睡不着觉的地步。而我非常明白自己最需要的是改善自己的身体健康，加强锻炼，另外可能更重要的是养成一些好习惯。最后，我也明白人生短暂，得花时间做一些自己真正想做的事情，比如写一本小说，出几本书什么的。": 3, - "开学两周过去，主要是逐渐找回工作状态，然后完成了博后续聘和青基修改两件事情，也还行吧。": 3, - "接下来就是要努力搞文章，争取把文章给发表了。由于时间过去很久，我不得不开始各种找之前的线头。第一步就是先整理一下自己这个": 3, - "的仓库。opaz又有很多更新，还提供了一个很": 3, - "模板，但是我觉得自己还是走自己的路，慢慢学习消化吸收并用于己身，而不是又把自己的资料转移到新的": 3, - "{}br实验安排": 3, - "工作上，实验主要是安排给师弟师妹们来做，做得还是可以的。": 3, - "完整的系列imager的": 3, - "系列": 3, - "sm（背景太高）": 3, - "分享了一篇机器学习分析微生物合成纳米金产物实现分类鉴定的工作u": 3, - "小组会没有做，直接投屏在自己电脑上讲了一下文献。": 3, - "清空未读文献列表": 3, - "再做实验": 3, - "再做多色样品的实验": 3, - "注意把本周事务表中已完成的项目整理到其它对应的目录中，实现清空。": 3, - "看看上次的周小结，提到obsidian工作流要进一步改。具体而言，就是要把写周小结的时间提前到周六上午甚至是周五。自己先小结一遍，然后根据周小结的内容写小组会的。": 3, - "戴哲泽周一已经帮我合成了和（详见补充订购其它大小的imager），并且做完了，暂存于度。预约了周三和周四晚上的，可以先拍": 3, - "sm，再拍": 3, - "。我需要提供一下之前用的条件参数，并指定具体的实验方案细节，让他们（还有谢瑶、金仲超）去动手操作。周高昂这边，让他继续把细胞养着，继续尝试给细胞微管修饰上，先用confocal看就行。": 3, - "昨天茜姐找我聊了一下关于信息存储加密这个事情，年底能不能搞完，我说不行，存在技术难点，可能不是一次两次实验就能搞定的。但是这个事情可能是更加重要的。因为她还是觉得作为一个新方法的应用落脚点得是这个事情，这样才有子刊的味道。所以我还得花点时间想想怎么拿到这方面的数据。": 3, - "感觉现在的日志工作流似乎又可以有新的变化调整了，主要就是任务看板利用率太低，我打算是搞成一个长期的项目清单。但事实上它的功能完全被本周事务表取代了，而且每周结束后我可以直接截图就对本周所完成的事务完成概括。": 3, - "不过我暂时还不想删除任务看板，毕竟也是费了老大功夫，而且卡片式的显示方式也确实更高级。当然了其实这些都不是很重要，最重要的还是ppt发布页，其实它包含了我的周小结，甚至是工作熵的月度总结，年度汇报总结等等。": 3, - "不过终究只是一个比较概括的内容的展示，更具体或者说更罗嗦的内容，还是需要用这种文本记录的方式留下来。按照严格的办法，本来就应该是先在周小结中写好详细内容，然后再选取其中需要展示的部分弄到中的。只是我之前的习惯，都是要开小组会了才来做这件事情，所以就比较仓促。但事实上这样才是更加合理的，后面要逐步转变过来。而且这个小结，其实跟草稿模板是深度兼容的。": 3, - "新的一年要有新的气象，好好干吧。": 3, - "整理漂移校正后强度时间曲线提取代码": 3, - "gaxsp": 3, - "整理信息加密存储课题资料": 3, - "qusre": 3, - "接着之前的继续汇总工作": 3, - "zkfc": 3, - "上周干的事情很多啊，比较有自豪感的事情，就是用上了交大超算中心，感觉很爽。": 3, - "按照上周周小结的情况来看，这周：": 3, - "有机会还是要完成细胞的微管超分辨成像": 3, - "思考下一步信息加密的实验计划": 3, - "iotin修饰和炔基修饰的docking链": 3, - "关于obsidian工作流": 3, - "在实际的obsidian使用过程中，我发现工作日志跟生活日志有非常显著的区别，前者以具体事务为基本单元，而后者以每天的journey为主。所以两个obsidian": 3, - "vault的差异也越来越大。不过具体而言，我觉得工作日志还是要以日志为主，类似“一元笔记法”，每天的日志是第一个入口。一般的事务如果能够在日志中一两句话说完就这样就好，如果复杂一点的，可以新建一个草稿；如果是更复杂的，还可以添加到长期的任务看板中。我觉得这种工作流是更为合适的。因为日志中": 3, - "自带时间戳，一天结束之后你可以很清楚自己都干了什么。": 3, - "关于课题安排": 3, - "过去半个月，我主要是带周高昂师弟做一些细胞成像实验。目前来看基本上可以让他负责这一块儿了，后面就剩下一个对细胞微管做成像的实验了。所以从这周开始，我可以逐步把精力放到单分子成像这一块儿来。但是吸取上周的经验教训，我没有必要在这里想得太细，也很浪费时间。比如周高昂师弟让他列一个本周的计划过来。": 3, - "实验教学、数据分析、做计划，非常高产的一周。": 3, - "上周确实是做了不少实验，过得比较充实（见小组会谢晓冬pptx）。但是文献看得很少，思考也比较少。后面要想办法解放自己的生产力，把周高昂师弟真正带出来。少做实验，多思考。": 3, - "在小组会谢晓冬pptx中已经有所提及：": 3, - "复苏培养ea（xxd冻存）": 3, - "完成微管的免疫荧光和超分辨成像": 3, - "培养皿基底面封闭修饰准备": 6, - "拉链式": 6, - "probe设计订购": 6, - "整理信息加密存储相关资料并制定实验方案": 6, - "增加若干不同大小四面体imager并完成相关补充实验": 3, - "事实上ea细胞已经在上周六复苏了，今天来看的话，细胞比较稀，可以考虑再长一天然后消化全部传代。其实我的ea之前似乎是梁承品给的。复苏活率这么低的原因，可能正如尹芳菲师妹所说，液氮罐曾经无人管理出现了液氮挥发完的情况吧。": 3, - "这周五上午又要请假去江川路社区医院拿孕妇的小卡。所以时间也比较紧张。另外还有周二和周三下午的": 3, - "教学。周二的话，ea细胞来不及，所以只能是看下": 3, - "两个细胞的特异性差异了。周一晚上": 3, - "细胞可以传代然后稍微铺个板，长到周二下午固定，走免疫荧光的那一套，就可以周三看看细胞微管。这些事情都可以让周高昂师弟去做了。": 3, - "后面其实也不知道有什么用，或许可以作为一个对照？？按文献iua中的说法，四面体连接是作为膜蛋白靶向的，然后还能被细胞摄取。如果后面要尝试分析这个过程的力学成像也是可以的。所以这个模型有进一步验证的价值。": 3, - "这样的话，这周细胞微管的超分辨成像，其实也可以让周高昂师弟准备样品，如果他的细胞微管普通的免疫荧光成像能够搞成功的话。然后我就可以专注于一些思考设计方面的工作。比如不同大小四面体imager这个工作，真的不能再搁置了。": 3, - "对周高昂本周的实验安排": 3, - "主要是三个细胞成像实验：": 3, - "核酸适配体靶向成像体系的验证": 3, - "ea细胞微管结构的普通免疫荧光成像": 3, - "ea细胞微管的超分辨成像": 3, - "周一": 3, - "下午两点查看细胞铺板状态（ep，": 3, - "下午给ea细胞（梁承品给的，标记，三盘中有一盘可传代）传代（标记ea），铺两个": 3, - "皿，使用": 6, - "dish。": 3, - "给我们自己复苏的ea细胞传代，由于细胞数量较少，全部转移到下一个中皿，（标记ea）": 3, - "周二": 3, - "上午完成ep，": 3, - "总共个confocal皿的固定和染色（）": 3, - "上午完成": 3, - "细胞的固定（铺板要超过h）": 3, - "下午完成ep": 3, - "细胞的成像（confocal": 3, - "教学）": 3, - "下午和晚上进入": 3, - "细胞的免疫荧光染色（新配一抗二抗）": 3, - "周三": 3, - "上午完成ea的免疫荧光染色": 3, - "上午完成细胞的冻存": 3, - "上午完成ep": 3, - "细胞的传代培养": 3, - "上午在普通显微镜下比较两种ea细胞的形态": 3, - "下午完成ea细胞的免疫荧光成像（confocal教学）": 3, - "晚上将ea进行传代扩大培养（全部转移到大皿中）": 3, - "晚上ea铺四个": 3, - "周四": 3, - "上午准备biotin修饰的抗体通过": 3, - "（docking": 3, - "strand）": 3, - "下午把ea固定，类似的方法做免疫荧光染色，但不使用二抗，修饰上一抗即可（注意仔细参考相关文献ungmann，整理细胞微管成像方法连接生物素化抗体）": 3, - "周五": 3, - "链上已经修饰了": 3, - "分子，上午可先用": 3, - "成像检验一下ea微管标记。": 3, - "下午超分辨成像。": 3, - "ea细胞冻存。": 3, - "我觉得这是一个很好的本周实验计划的": 3, - "，后面有机会推广一下。本周实验安排docx": 3, - "又开始带新人做实验，各种预实验搞起来。": 3, - "上周其实任务完成度非常好，详见ppt发布页年月日，但是我周一来写这份周小结的时候，还是明显感觉到了整个工作流的某种割裂。": 3, - "情况汇总的是每天的日志，但是上周的日志其实非常不完整，甚至可以说是断断续续的。因为很多时候我是从看板直接创建任务，这个时候日志中的内容其实根本就不重要了。日志随笔和看板任务的这种割裂，我觉得是有必要斟酌的。": 3, - "任务就是任务，是对具体事务的客观记录。而日志随笔，可以是其它的东西，比如做某件事情之前的某种情绪思考，做完某件事情之后的感受获得。所以两者是可以相辅相成的。但是在周小结中，我觉得情绪思考可以被折叠。事实上看板归档中已经自动添加好了很多时间戳（注意及时归档），方便与日志随笔链接起来。": 3, - "然后我还整了一个近期阅读（已放到记录下obsidian中常用的query查询最近一周读了什么文献），其实这个也没有必要，把周小结搞得太过于复杂。": 3, - "如我在ppt发布页年月日中所说：": 3, - "活细胞": 3, - "筹备": 3, - "ucleolin高表达癌细胞培养准备": 3, - "其实这个工作量还是稍微偏大了一点。我觉得我在安排事情上要更加地科学合理。所以我学习了一下甘特图（见了解一下mermaid做甘特图）。": 3, - "如果上一周是成功的理想的一周（见周小结后续安排），那么其实我也可以参考上周在周小结中的做法，先从做实验的角度去安排。": 3, - "要让周师弟把细胞养起来，但是养什么细胞要尽快确定": 3, - "要准备一些样品做confocal教学，这样以后就不用我亲自到细胞房去了": 3, - "思考新的实验设计，关于": 3, - "probe。": 3, - "信息加密存储，也需要重新整理下资料，这个主要是带金仲超和谢瑶去做。他俩的分工我还需要注意一下。": 3, - "然后我就在任务看板中新增了一堆任务，先完成吧，因为基本上都是更具体的事务安排。": 3, - "完善并推广obsidian工作流，有初步的细胞力学方面的实验计划。": 3, - "obsidian工作流进一步完善，而且已经完成了输出，这个非常好。后面就是真正让它成为我的利器，发挥作用，而不是成为一个收藏品。": 3, - "工作上，上周有所推进，主要是明确了细胞力学成像的初步实验计划，然后也采购了相关的试剂，做好了准备。另外也跟新进入的三位同志安排了一下工作。虽然在写文章上没有什么进展，但是我必须明白，眼下在细胞力学成像上做出结果出来，比写文章更加重要。": 3, - "是时候准备一下周小结了，专门搞一个page放ppt发布页": 3, - "近期已阅": 6, - "下方使用": 3, - "查询了最近一周看过的文献，其中标了三星的可以综合深入阅读了解一下。总的来说，我发现看细胞膜下表面空间这个事情，真的也有大量工作，但似乎还没有实时动态的。": 3, - "周小结中怎么能够少了后续安排。新的一周要干些什么？毫无疑问，我要大力推进细胞力学成像的工作。然后周三和周五，可以安排一些事情给两位普博干，其余时间主要是带着周师弟。另外我还兼有指导管理学生的职责，自己也有各方面的工作要统筹，所以我先以实验安排为主线吧。": 3, - "这周主要还是培养细胞，一定要把周高昂师弟带出来。周二跟戴琨约好了，他传代，搞点ea细胞接着养。然后最好细胞能够直接铺多几个板，养过夜周三就可以固定，然后后面各种做细胞染色成像实验。": 3, - "周一：准备好细胞培养和后续成像的各种试剂物品，确认放置位置": 3, - "周二：获取ea细胞，传代铺板": 3, - "周三：铺板的细胞固定处理，染色，confocal看膜上nucleolin蛋白（教学）": 3, - "周四：细胞传代，扩大培养，看膜上的": 3, - "蛋白，": 3, - "的方式": 3, - "周五：处理实验数据，整理结果": 3, - "周六：细胞传代，细胞冻存（教学）": 3, - "主要是看文献和学习使用obsidian": 3, - "从某种意义上讲，真正熟练掌握了": 3, - "这个工具。我真正建立了一套丝滑的工作流，并且开始用它做了一些实在的事情。初步整理了自己现有的文献库，也思考了后面要阅读的文献方向，总体来说是一个好的开端。": 3, - "完成事项": 15, - "帮李聪装picasso软件": 3, - "周五下午一点去学院开会": 3, - "文章要素和逻辑框架图br": 3, - "文章新的逻辑框架br": 3, - "工作间歇活动，避免久坐不动": 3, - "切换obsidian文献阅读工作流br测试zotero文献阅读工作流": 3, - "整理文献库：br": 3, - "ibrationbr": 3, - "kanban插件用于周计划和小结br": 3, - "emplates每周看板br": 3, - "思考一下未来发展方向br文献阅读方向思考": 3, - "了解一下分子振动br分子共振荧光增强": 3, - "学习": 3, - "kanban插件的使用": 3, - "确定后面留在交大好好干，工作也有了新的架构。": 3, - "最重要的进展，是确定争取后面尽量留在交大发展，早日上优青，这样很多问题就迎刃而解。当然在取得这个进展的过程中，我也算进一步熟练目前更加先进的工作流，并且初步建立起来了文献阅读的好习惯。": 3, - "下周主要就是两件重要的事情：": 3, - "把搞完": 3, - "让dzz师弟合成并纯化好": 3, - "到，用于": 3, - "新的文章scheme": 3, - "当然了，既然我已经要留在交大发展，这一系列事情自然是越快越好，最好是新的文章草稿都能够出来。充分地发挥自己的主观能动性吧。": 3, - "思考未来发展方向": 3, - "{}br研究方向思考": 3, - "指导一下戴哲泽的工作汇报": 3, - "搞一段代码实现自动化批量提取citation": 3, - "key并复制到粘贴板，方便做文献阅读笔记": 3, - "学习使用dmonition插件": 3, - "{}br文章新的逻辑框架": 3, - "创建一个quickdd实现快捷添加任务": 3, - "专题文献阅读（每日十文）成像": 3, - "可以改进自定义的": 3, - "函数，支持同时导出参考文献为": 3, - "使用olderote插件，对文件夹做标注": 3, - "打磨zoteroobsidian的工作流": 3, - "系统升级到win": 3, - "增加一个完成临时任务的quickdd": 3, - "被抓差去应付ell": 3, - "iscover": 3, - "仪器检查，因为整个实验室来讲目前只有我会。": 3, - "帮李茜搞工作汇报，另外继续大量阅读文献，学习obsidian。": 3, - "这一周关于文章的工作并没有多少推进，主要是帮李茜搞了一下工作汇报的，然后自己这边阅读了大量库存的文献，同时进一步完善了": 3, - "的工作流，思考了一下后面可能进行的课题，也还算比较充实吧。": 3, - "从每周看板的归档部分转移过来": 6, - "根据要素绘制新的文章scheme": 3, - "br的schemeersionbr{}": 3, - "给思考课题搞一个模板": 3, - "跟侯尚国师兄说明了情况，然后整了新架构工作的。": 3, - "这一周应该是我决定继续留在上海发展，搏一搏上优青的第一周。从每天日志的自我评价来看，还算是不错的。": 3, - "把p电脑带到学校，利用网络安装一些软件，包括升级win": 3, - "考虑制作一个用obsidian搞科研的教程，这是个长期的我觉得挺有意义的但是并不紧急的项目。": 3, - "跟戴哲泽师弟安排合成并纯化imager的任务br!asted": 3, - "pngbr": 3, - "整理文章的出来🔥": 3, - "br文章新的逻辑框架": 3, - "再次迭代修改工作": 3, - "抽空学习一下blender的编程": 3, - "这周六的文献大组会报告准备一下": 3, - "br电子显微镜细胞器分割br{}": 3, - "明天上午八点二十到化院化学楼测": 3, - "大量阅读文献并深入思考细胞力学成像方面课题": 3, - "这一周其实完成了一些重要的事情，就是真正思考了后面要开展什么方向的研究工作。这个思考是离不开大量的文献调研的。我也真正体会到了「idea来自于文献」的感觉。详见莫让他人安排了你的人生。": 3, - "回顾下的相关文献超分辨成像": 3, - "快速阅读和整理相关文献": 3, - "简化了方案设计，只作为字母映射。": 3, - "从之前的一些预实验结果看，我们目前能够做到的分辨率有限，所以一个": 3, - "的六螺旋上能够做的点的数量只有个左右。（见信息加密十点六螺旋的成像实验）为了降低难度，现在就以点出发，设计在信息加密方面的应用。": 3, - "由于前面的": 3, - "用到的是「三点六螺旋」，并给出不同": 3, - "的结合频率分布。所以后面可以让七点中固定有三点是imager结合位点，作为索引（），剩下的个点是": 3, - "的结合位点（）。然后七点总是全亮，只是顺序不同。这样难度就会大大降低。索引的有效性可以得到充分保障，然后双色通道配准难度也会下降。但是这样做，信息加密中的“信息”和“加密”都如何体现？": 3, - "如果就": 3, - "来看的话，": 3, - "不考虑索引点，剩下个信息点，在个结合位上的组合只有": 3, - "种。种如果是映射英文字母（az）加上阿拉伯数字（），还是差一点。所以还是搞一点冗余吧，至于存储的信息我觉得就是「peace」，每种六螺旋就是一个字母。索引决定了字符的顺序。然后一个混合样品就是一个单词，每读取一个单词就是成像一次。虽然有点傻。但我们主要是得体现用频率作为索引的概念。": 3, - "然后对于": 3, - "peace": 6, - "而言，刚好切合最近的俄罗斯跟乌克兰的战争，世界越来越动荡，用这种方式去呼唤和平，我觉得是不错的。另外在技术上，要弄出": 3, - "来，我们得首先有一个六螺旋": 3, - "的映射表，然后是确保有种频率差异。或者说基于频率分析能够识别出来种imager（我们总共设计了种）。": 3, - "可行性上是没有问题的。严格来讲，结构的差异必然导致结合频率的差异，只是在实验上单分子水平的随机性让方差变大而弄得难以区分。所以我们还可以通过算法进一步优化，因为一个字母也拥有固定的pattern，根据字母进行分组（一个字母就是一种结构），然后用更大的数量来统计以减小单分子水平的波动，就可以判定这个字母的索引顺序了。": 3, - "均值与方差": 3, - "可以看到，抽样多次取均值重新组成的样本，是可以缩小样本统计方差的。这算是一个常识了。另外一点，对于一个正态分布，如果值很大，那么它的均值的置信区间就会很窄。这意味着，我通过先可以通过一个宽分布找到均值的置信区间，然后做某一类结构的时候多找一点求均值，这个值如果在置信区间内就可以判定它的类别。": 3, - "映射编码方案设计与理论性验证": 3, - "总的来说，得用八选四的方案，才能支持对个字母的映射。": 3, - "无序组合方案计算": 3, - "comblength": 3, - "combinationsrangelength": 3, - "vs": 6, - "vsappendi": 3, - "hbs": 6, - "hb": 3, - "nponeslength": 3, - "hbidx": 3, - "hbsappendhb": 3, - "nparrayhbs": 3, - "ids": 9, - "vvs": 3, - "rowi": 3, - "enumeratehbs": 6, - "rowj": 3, - "rowx": 3, - "rangelength": 3, - "rowii": 3, - "rowxi": 3, - "clength": 3, - "vvsappendrowi": 3, - "idsappendid": 6, - "nparrayvvs": 3, - "差异度计算": 3, - "diffa": 3, - "acopy": 3, - "enumeratea": 6, - "enumerateb": 3, - "npabsolutec": 3, - "dsum": 3, - "infoappendidx": 3, - "pdatarameinfo": 3, - "columnsx": 3, - "infopivotindexx": 3, - "columnsy": 3, - "valuess": 3, - "npzeroslikeinfo": 3, - "masknptriuindicesfrommask": 3, - "snsaxesstyle\"white\"": 3, - "snsheatmapinfo": 3, - "maskmask": 3, - "vmin": 3, - "vmax": 3, - "cmap\"lues\"": 3, - "squarerue": 3, - "我决定做得精细一点：": 3, - "参考": 3, - "diff中的变量，通过": 3, - "pivot": 3, - "得到": 3, - "diffvalue": 3, - "infodescribelocmean": 3, - "diff": 9, - "diffvaluesortvalues": 3, - "dlist": 3, - "dellist": 6, - "dlistindex": 3, - "finalpattern": 3, - "finalpatternappendrow": 3, - "nparrayfinalpattern": 3, - "difffinal": 3, - "可以看到差异度的排序情况，那么差异度越大的我们尽可能安排上后面要成像的字符，peace。": 3, - "到这一步，基本上差不多了，就算按字母顺序直接安排上问题也不大。": 3, - "映射字典保存可视化": 3, - "对于前面挑选好的pattern组合，可以直接按顺序安排上字母键，然后保存这个映射字典。": 3, - "stringasciilowercase": 3, - "csappendc": 3, - "nparraycs": 3, - "npnewaxis": 3, - "nphstackcs": 3, - "npsavepatterntochardictnpy": 3, - "这个字典可用于后续半自动的数据分析，重新将实际成像得到的": 3, - "翻译为字母。": 3, - "读取映射字典": 3, - "nploadpatterntochardictnpy": 3, - "allowpicklerue": 3, - "columnslist\"s\"": 3, - "datasetindexs": 3, - "pltsubplotsfigsize": 3, - "axsetaspect": 3, - "char": 6, - "enumeratebase": 3, - "idy": 9, - "f{idy}": 3, - "datalocindex": 3, - "floatvalue": 3, - "irclexyidx": 3, - "edgecolorff": 3, - "facecolorff": 3, - "ectanglexyidx": 3, - "edgecolorbb": 3, - "facecolorbb": 3, - "axaddpatcha": 3, - "axtexty": 3, - "xidx": 3, - "schar": 3, - "fontconsolasfontsize": 3, - "遭遇疫情，虽然设计好了，但还没有订购下单。": 3, - "这次做": 3, - "主要参考": 3, - "这篇文章ee，注意我们现有的": 3, - "都是从端伸出的荧光基团。所以我们的方案中：": 3, - "ocking链端修饰biotin": 3, - "onor": 6, - "trand：ss": 3, - "mager，cy修饰于序列端": 3, - "ccpetor：mager，lexa修饰于延伸链端": 3, - "近界面区域结合onor": 3, - "远端结合cceptor": 3, - "然后是确定序列，cceptor其实已经是确定的，但是作为一整套体系，我觉得最好这个onor的序列以后也能用于其它实验，所以得跟数据库中的不冲突或者怎么样。": 3, - "这个序列后面还买了": 3, - "cyb": 3, - "修饰的，": 3, - "可以用作全新的信息加密方案的index，内嵌在点之中。但是选择什么": 3, - "暂时还无法确定。": 3, - "是我们这个": 3, - "方案中统一使用的": 3, - "mager，再看ee文章中的设计，序列基本上跟这个不冲突，所以我们的": 3, - "就是：。那么对应的": 3, - "是：。": 3, - "onor：cy": 3, - "trand：iotin": 3, - "没有文章是不行的。到如今，工作上任何事情的优先级都没有把这篇文章发表出来重要。一鼓作气，再而衰，三而竭，持续输出，警惕中断！": 3, - "现状": 3, - "的第一篇文章，是以结构设计控制运动，然后造成频率差异，最后应用于信息加密方面的整体思路。目前而言思路是清楚的，但是实验数据方面七零八落，需要重新弄一下。": 3, - "我们主要是控制四面体的大小，所以有": 3, - "、、、、、、总共七种": 3, - "mager。基础表征包括胶图和的图，补充数据可以有一些的纯化数据，紫外定量数据等等。这个部分大体上是齐全的，但是质量如何还需要进一步查看。": 3, - "去年已经用荧光相关光谱完整地测定了一下各种mager的扩散情况（详见和的实验再做一次）。但是线性关系似乎不佳。看上去是一些较大的数值比较低，所以这个最好是再做一次，注意每个样品多测量一些数据。能够提供关于": 3, - "在溶液中做随机布朗运动的均值描述，是一个很好的方法。": 3, - "接下来我们在": 3, - "上的数据，其实是缺少": 3, - "的。而且颗粒运动受到温度影响比较显著，所以最好是同批次来做。这意味着以前的数据还是不能用。那么最好是重新再做一遍。可以用": 3, - "的方式在同一张片子上来测试。另外注意sm的话，使用较低的激光功率（，ms）拍摄分钟就差不多了。还有一个，这个的设计也要重新修改一下，不然": 3, - "固定在界面上很快就会被淬灭掉的。sm能够提供": 3, - "结合事件的一些": 3, - "的描述，这个也是必须的数据。": 3, - "然后是六螺旋体系上的，这里其实是分为两个部分，一个是验证": 3, - "用于超分辨成像的": 3, - "performance，所以要有简单的图案被拍摄出来，我们选择的就是三点。还要有分辨率和结合的频率的展示。这个部分的数据年前也让戴哲泽所有mager一起做了一遍，结果因为一些原因似乎一些原因没有拿到好的结果，所以还是要重做的。第二个部分是利用": 3, - "改变结合频率的能力，结合多色来做一些信息加密和解密读取的事情。这个部分目前进行了一些预实验但是并不成功，还得修改设计降低难度。": 3, - "总的来说，除了": 3, - "的合成表征，其它部分的数据都需要重新做一下实验，所以剩下的工作量还是很大的。但由于前面已经有了很多经验积累，这也可以作为是一次重复性检验的实验，从头做到尾，可以连续搞，所以估计不会超过一周（更何况现在能够调动的人力资源很多）。只是最后的信息加密的应用，可能要多花一些时间摸索。": 3, - "接下来要做的事情": 3, - "设计sm的新方案，并购买链（见的sm新方案设计）": 3, - "设计信息加密的新方案，并购买链": 3, - "整理实验数据可用部分，也就是的合成表征（见已有数据整理）": 3, - "重新开始写论文草稿，争取实验结果出来之后文章也能快速搞完（见综述）": 3, - "细胞力学成像专题阅读": 3, - "文献库作者排序": 3, - "topn": 6, - "点击下方按钮即可对文献库中作者出现的次数进行统计并排序。": 3, - "如果要修改显示的数量，请修改": 3, - "的数值，不要超过。": 3, - "注意此按钮所执行的templater自定义函数仅对此页面生效，所以不可引用。": 3, - "button如果使用模板，则模板应存放于": 3, - "emplates的根目录，不能为其子目录": 3, - "`button": 3, - "🐼作者统计": 3, - "append": 3, - "replace": 3, - "buttonxp": 3, - "试剂库存卡片": 3, - "存放": 3, - "\"ards\"": 3, - "文献阅读清单": 3, - "recentlimit": 3, - "有`": 3, - "dvpages\"eadingmdnotes\"": 3, - "unreadwhereppfilenamefilelength`篇未读文献": 3, - "显示所有带": 3, - "标签的新增文献条目，泛读后注意删去该标签并使用其它标签。": 3, - "评分维度说明": 3, - "相关性：指文章与当前研究课题或者拟开展的课题的相关程度": 3, - "信息量：指文章内容能够学习参考的东西（作图、行文、数据分析）多寡": 3, - "创新性：指文章的研究思路是否真正别出心裁让人有所启发": 3, - "显示最近阅读过的篇文献。": 3, - "标签": 3, - "评分": 3, - "初步印象": 3, - "thisrecentlimit": 3, - "组会已分享`": 3, - "dvpages\"eadingmdnotes\"whereppsharefilelength`篇": 3, - "事务表": 3, - "tart": 3, - "\"iary本周事务\"": 6, - 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